(英文)
Expression analysis by chromosome to identify trisomy
FPKM values originating from ESCs (SRR1171574 and SRR1171575) and STAP cells (SRR1171578 and SRR1171579) were calculated, and genes having >0.01 FPKM in all four original experiments were selected. Genes without pseudogenes were classified for chromosomes, and the log ratio of the average of two experiments using the same cells was determined for each chromosome. The distribution of relative FPKM values was evaluated using one-sided t-test against the mean log ratio of whole genes.
トリソミー識別のための染色体による発現解析
ES細胞（SRR1171574とSRR1171575）及びSTAP細胞（SRR1171578とSRR1171579）由来のFPKM値が算出され、全4回のオリジナルの実験における0.01以上のFPKMを有する遺伝子が選択された。染色体上に偽遺伝子を伴わない遺伝子を分類し、各染色体について同じ細胞を用いた2つの実験の平均の対数比を決定した。相対FPKM値の分布は、全体の遺伝子の平均log比に対して、一群t検定を用いて評価した。
(英文)
MEF marker genes
Marker genes of feeder cells were identified using unpublished RNA-seq data provided by Dr Jafar Sharif and Dr Kyoichi Isono. Gene expression differences among ESCs, TSCs and MEFs were compared using the cuffdiff program, and genes that were significantly highly expressed in MEFs were selected. Genes encoding cytokines and extracellular matrix-related genes were selected to illustrate the features of feeder cells in Fig. 2E.
MEFマーカー遺伝子
フィーダー細胞のマーカー遺伝子はジャファルシャリフ博士や磯野恭一博士によって提供されている未公開のRNA-seqデータを用いて同定されている。 ES細胞、TS細胞及びMEF（マウス胎児線維芽細胞)間の遺伝子発現の違いはcuffdiffプログラムを用いて比較されていて、MEFの中で有意に高頻度で発現された遺伝子が選択されている。サイトカインおよび細胞外マトリックス関連遺伝子をコードする遺伝子が図2Eのフィーダー細胞の特徴を説明するために選ばれている。
(英文)
Acknowledgements
I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis. Dr Ichiro Taniuchi and Dr Nyambayar Dashtsoodol, RIKEN-IMS, offered insightful information for interpreting the experimental procedures. Dr Norihito Hayatsu, RIKEN-IMS, provided unpublished inbred/outbred mice sequences to validate the genotype analysis. Dr Jafar Sharif and Dr Kyoichi Isono, RIKEN-IMS, provided unpublished transcriptome data to identify marker genes. Dr Shinichi Nakagawa, RIKEN, provided critical comments on my manuscript, and Mr David Gifford, RIKEN-CSRS, edited the text. I especially thank the authors of the retracted paper, Dr Teruhiko Wakayama, University of Yamanashi and Dr Hitoshi Niwa, RIKEN-CDB, for commenting on this manuscript.
謝辞
私はまず慶應義塾大学の吉村明彦博士に謝辞をささげたい。博士は最初にウェブサイト上でNGSデータがSNP解析により評価しうると示唆された方です。理化学研究所統合生命医科学研究センターの谷内一郎博士とNyambayar Dashtsoodol博士には実験手順を解釈するための洞察力に富んだ情報を提供していただきました。同じく理化学研究所統合生命医科学研究センターの早津徳人博士には遺伝子型解析を検証するために未発表の近親交配系/非近親交配系のマウスシーケンスを提供していただきました。同じく理化学研究所統合生命医科学研究センターのジャファルシャリフ博士と磯野恭一博士にはマーカー遺伝子を特定するために未発表のトランスクリプトームデータを提供していただきました。理研の中川真一博士には私の原稿に重要なコメントを提供していただきました。そして環境資源科学研究センター (CSRS)のデビッド·ギフォード氏はテキストを編集してくれました。また特に取下げ論文の著者である山梨大学の若山照彦博士と理研CDBの丹羽仁博士にはこの原稿について論評していただいたことに感謝致します。
(英文)
References
Ben-David, U., Mayshar, Y. & Benvenisty, N. (2013) Virtual karyotyping of pluripotent stem cells on the basis of their global gene expression profiles. Nat. Protoc. 8, 989–997.
Chang, G., Gao, S., Hou, X. et al. (2014) High-throughput sequencing reveals the disruption of methylation of imprinted gene in induced pluripotent stem cells. Cell Res. 24, 293–306.
DeVeale, B., van der Kooy, D. & Babak, T. (2012) Critical evaluation of imprinted gene expression by RNA-Seq: a new perspective. PLoS Genet. 8, e1002600.
Gropp, A. (1982) Value of an animal model for trisomy. Virchows Arch. A Pathol. Anat. Histol. 395, 117–131.
参照
Ben-David, U., Mayshar, Y. & Benvenisty, N. (2013) 『世界的遺伝子発現プロファイルに基づく多能性幹細胞の仮想核型分類』 Nat. Protoc. 8, 989–997
Chang, G., Gao, S., Hou, X. et al. (2014) 『大量処理シークエンシングが誘導多能性幹細胞の中のインプリンティング遺伝子のメチル化破壊を明らかにする』 Cell Res. 24, 293–306
DeVeale, B., van der Kooy, D. & Babak, T. (2012) 『RNA-配列によるインプリント遺伝子発現の重要な評価：新たな視点』PLoS Genet. 8, e1002600
Gropp, A. (1982) 『トリソミーのための動物モデル』 Virchows Arch. A Pathol. Anat. Histol. 395, 117–131
(英文)
Hussein, S.M., Batada, N.N., Vuoristo, S. et al. (2011) Copy number variation and selection during reprogramming to pluripotency. Nature 471, 58–62.
Kim, Y.M., Lee, J., Xia, L., Mulvihill, J.J. & Li, S. (2013) Trisomy 8: a common finding in mouse embryonic stem (ES) cell lines. Mol. Cytogenet. 6, 3–7.
Lagarrigue, S., Martin, L., Hormozdiari, F., Roux, P.F., Pan, C., van Nas, A., Demeure, O., Cantor, R., Ghazalpour, A., Eskin, E. & Lusis, A.J. (2013) analysis of allele-specific expression in mouse liver by RNA-Seq: a comparison with cis-eQTL identified using genetic linkage. Genetics 195, 1157–1166.
Liu, X., Wu, H., Loring, J., Hormuzdi, S., Disteche, C.M., Bornstein, P. & Jaenisch, R. (1997) Trisomy eight in ES cells is a common potential problem in gene targeting and interferes with germ line transmission. Dev. Dyn. 209, 85–91.
Mayshar, Y., Ben-David, U., Lavon, N., Biancotti, J.C., Yakir, B., Clark, A.T., Plath, K., Lowry, W.E. & Benvenisty, N. (2010) Identification and classification of chromosomal aberrations in human induced pluripotent stem cells. Cell Stem Cell 7, 521–531.
Hussein, S.M., Batada, N.N., Vuoristo, S. et al. (2011) 『多能性再プログラミング中のコピー数の変化と選択』 Nature 471, 58–62
Kim, Y.M., Lee, J., Xia, L., Mulvihill, J.J. & Li, S. (2013) 『トリソミー8：マウス胚性幹（ES）細胞株における一般的所見』 Mol. Cytogenet. 6, 3–7
Lagarrigue, S., Martin, L., Hormozdiari, F., Roux, P.F., Pan, C., van Nas, A., Demeure, O., Cantor, R., Ghazalpour, A., Eskin, E. & Lusis, A.J. (2013) 『RNA-配列によるマウス肝臓における対立遺伝子特異的発現の分析：遺伝子連鎖を使って同定されたcis-eQTLとの比較』 Genetics 195, 1157–1166
Liu, X., Wu, H., Loring, J., Hormuzdi, S., Disteche, C.M., Bornstein, P. & Jaenisch, R. (1997) 『ES細胞におけるトリソミー８は遺伝子ターゲッティングにおける共通の潜在的な問題であり、生殖系列伝達を妨害する』 Dev. Dyn. 209, 85–91
Mayshar, Y., Ben-David, U., Lavon, N., Biancotti, J.C., Yakir, B., Clark, A.T., Plath, K., Lowry, W.E. & Benvenisty, N. (2010) 『人間の人工多能性幹細胞における染色体異常の同定及び分類』 Cell Stem Cell 7, 521–531
(英文)
Obokata, H., Sasai, Y., Niwa, H., Kadota, M., Andrabi, M., Takata, N., Tokoro, M., Terashita, Y., Yonemura, S., Vacanti, C.A. & Wakayama, T. (2014a) Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency. Nature 505, 676–680.
Obokata, H., Wakayama, T., Sasai, Y., Kojima, K., Vacanti, M.P., Niwa, H., Yamato, M. & Vacanti, C. (2014b) Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency. Nature 505, 641–647.
Tanaka, S., Kunath, T., Hadjantonakis, A.K., Nagy, A. & Rossant, J. (1998) Promotion of trophoblast stem cell proliferation by FGF4. Science 282, 2072–2075.
Wang, L., Wang, S. & Li, W. (2012) RSeQC: quality control of RNA-seq experiments. Bioinformatics 28, 2184–2185.
Obokata, H., Sasai, Y., Niwa, H., Kadota, M., Andrabi, M., Takata, N., Tokoro, M., Terashita, Y., Yonemura, S., Vacanti, C.A. & Wakayama, T. (2014a) 『取得多能性を持つ再プログラム細胞における双方向への発生能力』 Nature 505, 676–680
Obokata, H., Wakayama, T., Sasai, Y., Kojima, K., Vacanti, M.P., Niwa, H., Yamato, M. & Vacanti, C. (2014b) 『体細胞の多能性への刺激惹起性運命変換』 Nature 505, 641–647.
Tanaka, S., Kunath, T., Hadjantonakis, A.K., Nagy, A. & Rossant, J. (1998) 『FGF4による栄養膜幹細胞増殖の促進』 Science 282, 2072–2075
Wang, L., Wang, S. & Li, W. (2012) 『RSeQC：RNA-seq実験の品質管理』 Bioinformatics 28, 2184–2185
(英文)
Supporting Information
(Filename) gtc12178-sup-0001-FigS1.pdf
(Format) application/PDF
(Size) 265K
(Description) Figure S1 Allele distributions from the RNA-seq data obtained for the cell lines reported in the Obokata et al. study. CD45+ cells (gray), ESCs (yellow), STAP cells (blue), STAP-SCs (green), TSCs (orange), EpiSCs (light blue), and FI-SCs (red). The ESCs, STAP cells, STAP-SCs, FI-SCs, and epiblast stem cells (EpiSCs) were annotated as being derived from a 129B6F1 strain, and the TSCs as from a CD1 strain.
サポート情報
(ファイル名) gtc12178-sup-0001-FigS1.pdf
(書式) application/PDF
(サイズ) 265K
（説明） 図S1 小保方らの研究の中で報告された細胞株に対して得られたRNA-seqデータからの対立遺伝子分布。 CD45+細胞（灰色）、ES細胞（黄）、STAP細胞（青）、STAP幹細胞（緑）、TS細胞（オレンジ）、EpiSCs<エピプラスト幹細胞>（水色）、およびFI幹細胞の（赤）。 ES細胞、STAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞、および胚盤葉上層幹細胞（EpiSCs）は129B6F1株由来のものとして、またTS細胞はCD1株由来のものとして注釈されている。
(英文)
(Filename) gtc12178-sup-0002-FigS2.pdf
(Format) application/PDF
(Size) 214K
(Description) Figure S2 Allele frequencies of all chromosomes. SNPs on all autosomes and the X chromosome were counted, and their distributions are indicated. The RNA-seq data from the CD45+ and STAP cells are identical to those used in Fig. 3. Numbers after each chromosome name are those of applied SNPs of CD45+ rep1, CD45+ rep2, STAP rep1, and STAP rep2, respectively.
(ファイル名) gtc12178-sup-0002-FigS2.pdf
(書式) application/PDF
(サイズ) 214K
（説明） 図S2 すべての染色体の対立遺伝子頻度。すべての常染色体とX染色体上のSNPが計数され、かつそれらの分布が示されている。 CD45+およびSTAP細胞からのRNA-seqデータは図3で使用されているものと同一である。各染色体名の後の数字はそれぞれ、CD45+ rep1、CD45+ rep2、STAP rep1、及びSTAP rep2のSNPの数である。
(英文)
(Filename) gtc12178-sup-0003-TableS1.xlsx
(Format) application/msexcel
(Size) 11K
(Description) Table S1 RNA-seq raw data used in this study
Please note: Wiley Blackwell is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.
(ファイル名) gtc12178-sup-0003-TableS1.xlsx
(書式) application/msexcel
(サイズ) 11K
（説明） 表S1 本研究で用いたRNA-seqの生データ
ご注意：ワイリーブラックウェルは、著者によって提供されるあらゆる補助情報の内容や機能についての責任を負いません。（コンテンツの欠落を除く）ご質問は記事の責任著者の方へお願いします。
- 2020/01/27(月) 11:39:31|
- 遠藤論文
-
-
| コメント:0
