一言居士の独言 2019年09月

一枚報告補記9

一枚報告補記9

(前置き)

Ooboeさんから依頼がありましたから、学さんに対する疑義はもうこれ以上は言いません。
あのねさんから応答がありましたのでテラトーマの件に関して補記を書きます。私はど素人なのでウェットとドライという専門用語は知りませんからあのねさんのコメントを見て後から調べただけですが、ちゃんと呼びかけには応じていただけました。以下にまずコメント全文引用します。こういう議論こそ望むところですね。
学さんのコメント欄は時間表示がなくかつ上に積み重なってくる設定になっているので読みずらいですね。上からの順番に直します。
>>
あのね
　小保方実験ノート(117P)記載の4匹入荷した12/27Haruko PGA 免疫不全マウスを使ったテラトーマのExperimental No.がなぜ2番から始まっている理由を考えてみます。小保方ノートにNo.1が記載されていないのは、免疫不全マウスのNo.1は、若山研の誰かに別に用途を告げられてNo.2からノートに記載したと考えるのが自然です。多分、小保方さんは必要だと言われて入荷した残りの3匹の免疫不全マウスを渡されて実験しているのですよ。なので、No.2から書かれているのは、連動した同じテラトーマ実験系で共有されていることを推察しなければなりません。No.1の免疫不全マウスを若山氏は何に使ったのでしょうかね？
2019/09/22 URL 編集

あのね
　もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html
2019/09/22 URL 編集

以上のあのねさんの疑義に関して批判を述べる前に、いい機会ですので、「テラトーマを巡る諸考察」と題して、バックグラウンド情報を整理しておきましょう。この補記のシリーズはOoboe さんの部門別説明が欲しいという要望にお応えしているものです。

「テラトーマを巡る諸考察」

(免疫不全マウス)

まず最初にこの時の免疫不全マウスはヌードマウスです。以下は川田龍平議員の質問書の一部です。
>>
二　理研の調査委員会の「不服申立てに関する審査の結果の報告」によると、小保方氏は不服申立ての理由補充書において二〇一二年一月二十四日にマウスからテラトーマを取り出したと主張しているとのことである。先般、私が文部科学省に資料請求したところ、提出されたゲノム・リプログラミング研究チームの購入物品一覧では、この実施日までに購入された免疫不全マウスは二〇一一年一二月二十七日に検収された六週齢のBALB/c-nu/nuマウスのみである。この購入の認可予算名の項目欄には「文部科学省」と記録されているが、該当する科学研究費補助金の研究課題名と代表者を示されたい。また、その研究課題に対して交付された科学研究費補助金は、ストレスによる体細胞の初期化の研究であるＳＴＡＰ細胞研究とは別課題のはずであり、ＳＴＡＰ細胞研究には使用できないものと考えるが、政府の見解を明らかにされたい。

2011/12/27こそ、小保方さんが渡米準備休暇中に休日出勤してテラトーマ実験を行った日です。以下はOoboeさんのパートナー氏が情報公開請求された謝金支払い認可表の12月と1月分です。2012/1/24は最初の出勤日の翌日だと分かります。4週間での切り出しです。

問題の実験ノートの図です。

以下は私がそれを書き写したものです。

今NHKの『不正の真相』は見れなくなっていますが、昔何度も巻き戻して確認して「No2が一番大きなマウス」と読めるところは、実はマウスではなくてテラトーマだと分かっています。テラトがマウスと読めますがその後ろにーの先が映っている。右側の記載はケージに貼り付けられていたラベルを利用して書いてそれをノートに貼った時に後ろの文字が隠れたものです。そのことが弁護団の説明のところに書かれているようです。

12/27入荷(6W)と書かれているところは、川田議員が文科省に確認しているものと一致しています。小保方さんはアーティクルにはNOD/SCIDを使ったと書いていますが、写真は下3枚に博論時の免染写真を貼り付けていた。博論時のテラトーマ実験はNOD/SCIDなんです。以下は博論日本語概要の当該記載箇所です。
>>
第四章では同様の細胞群がその他の組織にも存在しているかを確認するため三胚葉由来組織の代表的な組織である脊髄（外胚葉）、筋肉（中胚葉）、肺（内胚葉）から細胞を単離し、粉砕処理後、無血清培養条件下で浮遊培養を行った。タンパク質マーカーの発現は骨髄で行ったときと同様にc-kit, Sca-1, SSEA-1, E-cadherin陽性の細胞が確認された。遺伝子発現解析の結果、骨髄のときと同様、ES細胞に特異的な遺伝子の発現が多数確認された。特に肺由来のsphereからは高頻度にOct4陽性のsphere細胞塊が確認された。一方、脊髄からは多くのsphere形成が確認されるが、Oct4などのES細胞特異的な遺伝子マーカーを発現したsphereの割合は骨髄由来のsphereと比較して低い値を示した。培養系での分化誘導実験を行うと、骨髄のときと同様に、各特異的なマーカーで陽性を示す三胚葉由来組織の細胞へと分化した。さらにPGAに播種しNOD/SCIDマウスの皮下に移植すると、骨髄のときと同様に上皮、神経、筋肉、軟骨、腺といった三胚葉系の組織へと分化した。以上のことから、骨髄中から発見された広範な分化能を有する細胞群は、脊髄、筋肉、肺といったすべての三胚葉由来組織からも単離され得ることが確認された。

因みにハーヴァードでの実験でもNOD/SCIDを使っていて、以下はティシュー論文の当該箇所です。
>>
In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid ﬁbers, 200µm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal ﬂanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

この12/27検収のマウスはヌードマウス(BALB/c-nu/nu)といわれている免疫不全マウスです。小保方さんは2012/1/24にこれを切り出してHE染色したまま放置してこのテラトーマ画像は3誌論文には使わずに博論のを使ったんです。だから超免疫不全マウスと言われているNOD/SCIDと正しく意識していることにはなるんです。ただ、その後差し替えがあった。

(実験ノート)

その話に進む前に、まず、あのね氏の指摘のマウス番号の件です。「小保方実験ノート(117P)記載の4匹入荷した」と書かれているが何匹であったかは情報公開されていません。あのね氏のは少なくとも4匹という推測です。
記載事項の確認ですが、右カット、左カットという言葉はマウスを区別するために耳を切っていて、右の耳を切っているか、左の耳を切っているかの区別ですから切らないのも入れて3匹しか区別できません。それでカット数で更に区別していると推測される。つまり左カットは3つ切込みを入れたものと、2つ切込みを入れたもので区別しているのだと解釈して見る。
右耳カットマウス(No2)は精巣、左あし、右かたですから、マウスの体に右かたに小さな半円で場所指定してあり、左側の足の部分にも半円がある。そしてお尻の精巣部にも半円があって理解できる。
左耳3つ切込みマウス(No3)は精巣、左かたですからテラトーマの図示箇所は合っている。
問題は左耳2つ切込みマウス(No4)の絵が無いにもかかわらず、No4という書き込みはあって線で示されているのはNo3のマウスの絵の精巣のテラトーマ位置である。この線が何かの汚れで本当は右側にもう一匹のマウスの絵が隠れているといいのですが、これがない。
左耳2つ切込みマウス(No4)マウスは精巣と右あしです。するとNo4の線は右足に引かれていると考えるとNo3とNo4の精巣は半円表示を省略しているのだと考えるしかなくなる。
これですべて納得されたということになったら、この時のマウスの検収が何匹であったかは分からないが、No1のマウスが何か別の目的で使われているということが分かる。ここにはES細胞がコントロールとして使われているのではないかということも考えられる。このコントロールは耳が切ってないのでしょうね。ただ、小保方さんがNo1を実験ノートに記載してない事情は明らかになっていませんが、Noは打たれているのですから関係した実験だということは間違いありません。別の人が別の目的で使ったら小保方さんがナンバーを振ることはない。

もう一度実験ノートに戻ります。

この実験ノートには日付がありませんが、左側の書き込みノート部分の日付は2012/1/24だということは明らかですね、「薄切りの後、染色」と書かれている。右側は2011/12/27にマウスが納品されたときのケージに貼られていたラベルの余白を利用してメモ書きとして書き込んでいたものを、2012/1/24にテラトーマを切り出してHE染色した後に実験ノートを書き、その後右側にそのラベルを貼り付けたんです。だから"テラトーマ"という文字の"ーマ"部分が隠れて、"テラト"が"マウス"に見えるわけです。
この時に作られた試料が桂報告書(スライド)に示された以下ですね。2012/1/24に作られたんです。

実験ノートに「カルス大量移植」と書かれている。パラフィンブロック「CD45カルステラトーマ」のカルスという語彙が対応していますね。実験ノートの「テラトーマ、PFA固定」のPFA(paraformaldehyde=パラホルムアルデヒド)がブロックを固定したパラフィンのことですね。スライドグラスには「6weeks +PGA 12/27移植　Haruko」と書かれている。6weeksというのは検収されたヌードマウスの週齢で、実験ノートに貼られたラベルの「12/27　入荷　(6W)」と一致し、川田議員の「二〇一一年一二月二十七日に検収された六週齢のBALB/c-nu/nuマウス」という調査記載と何ら矛盾が無い。+PGAというのはヴァカンティ足場を使ったという意味ですね。上掲のティシュー論文のマテメソにあるpolyglycolic acid ﬁbersのことです。ヴァカンティが耳マウスを作った時の足場です。培養液をこれに含ませて細胞塊を包んで皮下に移植する。結局試験管内実験に近いもので、スタンダードなテラトーマではありません。
CD45カルスと書かれているように使われている細胞はリンパ球です。小保方さんはキメラができたと聞いていますから、ひょっとしたら今までと違って足場なしでもできるかもしれないと考えたでしょうが、安全のために今まで通り足場を使いました。これでも増殖力が今までと違っていれば今までより良くできるはずです。そして今まで一度も行わなかった精巣へのインジェクションを行った。これはES細胞で使われる手法です。以下の相沢報告に10の5乗個以上のES細胞が必要だと書かれている。小保方さんは5乗個入れて、かつハートマークを書いた。楽しみだったでしょうね。>>
>>
Previous studies also examined the pluripotency of purported STAP cells by their potency to generate teratomas in immune-deficient mice. However, more than 10^5 cells are required to form teratoma subcutaneously in the flank of an immune-deficient mouse using ES or EC (embryo carcinoma) cells, and the process takes about one month. No teratoma formation was examined in the present study, since the frequency of green fluorescent cell aggregates was low and time was limited. Teratoma formation under the kidney capsule, which also takes about two months using blastocyst embryos, was also not examined.

この10の5乗個は精巣だけではありません。他の足場を使ったものも10の5乗個入れたんです。キメラができているのですからESに近くは出来るはずだと考えたんですね。因みにレター論文のFI-SCのキメラは10の5乗個でできています。私の仮説ですとntESなんですから当たり前ですけどね。

(移植細胞数)

ティシュー論文では使われた個数は2x10^6です。上記ティシュー論文のマテメソに2000 spheres, each containing *1000 cellsとあります。

博論では10の7乗個です。以下は博論の草稿の11jigen氏の公開しているものです。
>>
Figure 13 Teratoma forming assay
10^7 bone marrow cells and ES cells were injected subcutaneously into immunedificienl mice.
After 6 weeks of implantation, cell masses were harvested.

アーティクル論文では無論博論のをそのまま使っていますから10の7乗です。要するに本来の小保方さんの細胞はある程度の本当の多能性を帯びているらしき細胞がとても少ないんですね。ここでESのテラトーマもコントロールとして作っているということを確認してください。彼女はESのテラトーマを知っているんです。
無論ティシュー論文でも以下のようにESのテラトーマが作られていて大きさが比較されている。
>>
Although the spheres in this study described were capable of generating teratoma-like tissue, the transplanted cells did not form large teratomas as did ES cells, nor they did express Eras in vitro as ESCs,[31] which suggests that the teratoma-like tissue they generate may be very different from true teratomas generated from ESCs. In addition, the cells studied did not express the trophectoderm marker Cdx2[32 ]or also associated with ESCs. These differences of gene expression pattern may explain the differences of the biological function between ESCs and adult stem cells in this study.

小保方さんがこの12/27移植テラトーマですべてを10の5乗にした理由は分かりますね。キメラが出来てると聞いてますからね。ハートマークの意味が分からない人たちというのはそもそもフローベールの"感情教育"ができてないのかな。ハートマークの書き込みは12/27の実験中のラベルにメモ書きされているものです。
まあ、こういう書き込みが氾濫しましたね、
>>
小保方さんは実験ノートを公開しない方が良かったんじゃ
小保方氏の実験ノート、代理人が一部を公開：朝日新聞デジタル
小保方さんの実験ノートの一部が公開されましたが、見て思わずファッ！？となってしまいました。
ハートマークが書かれているのに驚き、「陽性かくにん！よかった。」は思わずよかったね！と子どもを諭すような心持ちになれました。
真面目なツッコミを入れると「ストレス条件を試した」とは書かれてますが、どのようなストレスを加えたのか書かれていません。マウスの絵には「大量」、「一番」などと記載されていますが、具体的な量も大きさも書かれていません。第三者がこの記述を見ても行われた実験内容をトレースするのは厳しいです。この実験ノートを見れば、小保方さんが論文で使用した図の実験条件が異なっているのもさもありなん。小保方さんが、まともに実験データを管理できているとは思えません。
実験ノートは実験の正当性を証明するためのものです。そのため第三者が読んでも分かるように書きます。また、小保方さんのラボノートについて | 栗原潔のIT弁理士日記で述べられるように特許の正当性にも関わってきます。
書き方は流派があるでしょうが、実験ノートとはなんぞやという人には実験ノート - Google 検索のイメージと小保方さんが公開した実験ノートを比べてみると、小保方の実験ノートの酷さが分かるかと思います。
あるいは、「よかった」などと書かれた業務日誌や議事録を想像してみてみるとよいでしょう。
正直、なぜ代理人がこれを公開したのかさっぱりわかりません。理研が調査を継続しないことを受けての対応のようですが、小保方さんにとどめを刺しているようにしか見えない。
しかも、わざわざ代理人がワープロソフトで打ち直しているのも謎です。打ち直さないともっとひどいのか。打ち直してるのにわざわざハートマークを入れてるのは、もしかしたら心臓を表しているのかもしれませんね！
代理人は特許の関係ですべては公開できないとしてますが、特許は既に申請しているので公開しても問題は無いはずで、しかもわざわざ打ち直していることからも、人様に見せられるようなまともな記述が、これくらいか無かったのでしょう。
あるいは、実験ノートの公開は代理人の本意ではなく、小保方さんがどうしても公開したいと迫り、譲歩した結果がこの惨状なのかもしれません。

当時はこういう見当はずれの悪口ばっかりでしたね。どういう社会心理なんでしょうかね。
ともあれ、2012/1/24にテラトーマは摘出されていくつかのスライドにされてHE染色までされて、そのまま免染されずに放置されたのです。なぜでしょうかね。以下は小保方さんがES染色までしておいたもので、三誌には使用されていません。

これに関して桂報告書は以下のように書いている。
>>
４）テラトーマとマウス組織の区別
「CD45 カルス-テラトーマ」の試料が GFP を恒常的に発現する Acr-GFP/CAG-GFP 細胞を含むことから、移植細胞に由来する組織とホストマウス由来の組織を GFP の抗体染色で区別することを試みた。その結果、テラトーマ組織内に多くの GFP 陽性の細胞が確認できた。他方、移植細胞に由来すると報告された小腸上皮（Article Fig.2e 右）と膵臓（Article Extended Data Fig.4c）様の組織は GFP 陰性であり、テラトーマに由来するものではなくホストマウスの組織であることが判明した。

Article Figgure 2-e

Article Extended Data Figure 4-c

小保方さんはESのテラトーマを作ったことのある人なので作ろうと思えば簡単にできますね。
桂報告書はこのテラトーマからAcr-CAG-GFPが出たから、これは小保方さんがFES1を使って捏造したのだと言ってるわけです。でもこのテラトーマはGOFマウスのリンパ球から作られているものです。捏造するなら学生のGOF ESを使うに決まっていますね。
ドナーにF1マウスは使えませんね。GOFマウスに関しては小保方さんはテクニカルスタッフに依頼して用意してもらうことができ、出来たら自分で取りに行くこともできますが、F1の交配はテクニカルスタッフには任せられていません。若山さんが自分で交配します。ですからこの時のドナー細胞はGOFマウスの脾臓由来のリンパ球なんです。
桂報告も少し考えたらわかりそうなものですがね。小保方さんが仮に学生のGOF ES を使ってこのテラトーマを造ったら簡単にできてしまいますよ。ハーヴァードでも東京女子医大でもコントロールのESテラトーマは作っているんですからね。
仮に小保方さんの捏造だったらそもそもせっかく捏造したテラトーマを小保方さんがどうして3誌で使わなかったのかを考えないんですかね。一部のテラトーマに、ましてGFPがなかったからリシピエントマウスの組織細胞を切り出したなんて、言ってることが頓珍漢も極まってますよね。ESで捏造したら簡単にできてしまうではないか。どうして体細胞なんかを切り出す必要があるのだ。これも考えなかったんですかね。しかも、体細胞か否かはヌードマウスなんだから遺伝子解析で簡単に識別できるのにそれをやってない。ただGFPがないから体組織だと。博士号返上しなければならないのは小保方さんではなくて彼らではないのか。

以下はBCA報告のFigure 1のテラトーマ関連の図です。cはキメラ子1～9の件で今『AC129について』と題した部門別考察中ですが今ここでひっかかっている。No8のキメラのAcr-GFPが無い。1段目と2段目はどちらも3番染色体上にあって、一緒に動くはずのものです。この問題はここではやりません。

テラトーマはd,e,f,g,hです。
まずdです。

以下はd,eのリジェンドです。分かりやすくするために分かち書きにしています。
>>
d,e, Teratomas are derived from ES cells. qPCR reproducibly detects Acr-gfp (d), and FES1 ES-cell-specific deletions (e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block.
Lanes 1: STAP cell teratoma;
2: STAP cell teratoma (separately prepared);
3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell);
4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell);
5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell);
6: C57BL/6NCrSlc mouse; and
7: no template DNA.
Each value shows fold-amplifications relative to the Il2 gene (seeSupplementary Methods).

まず、12/27テラトーマの二つ用意された切片とFLS4からAcr-GFPが検出されている。他には無い。次にOct4-GFPを調べたらGLSから出た。6のC57BL/6NCrSlc mouseは普通のB6でGOFマウスではありませんから出ない。ところが1からはPCRでわずかに検出されているということを最初に指摘したのがアルイミオウジ氏です。和モガさんがそれを後に論じたんでしたね。
12/27テラトーマを作った時に小保方さんが使った赤ちゃんドナーマウスはGOFマウスです。F1マウスでは行っていません。そして、このテラトーマ実験は小保方さんが休暇申請している中を自主出勤して作られていて、そのことを若山さんは知らなかったようなのです。手記210P。
>>
キメラ実験やSTAP幹細胞の樹立が成功した後、STAP研究は若山先生の指揮下で行われていた。若山研での初めてのテラトーマの実験はキメラ実験が成功した後に行われたものだった。テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。又テラトーマ実験の経過観察の期間、私はアメリカに出張しており、管理は他の若山研のスタッフによって行われていた。経過観察の報告を若山研の他のスタッフから受けた際、その旨をさらに若山先生に報告までしている。しかし、若山先生は、テラトーマの実験があったからキメラの実験をする気になったと主張していた。

小保方さんはこの手記を書く時点で何があったのかを分かっていませんから、自分にとって不審なことを書き連ねているだけですね。
この中でマウスの購入に関して若山さんの許可が必要なのは当然で、免疫不全マウスを買っていいよという許可は出していることは間違いない。で、手配したのは奥さんかテクニカルスタッフかは分からないが、12/27に入荷すると小保方さんが聞いているのは当たり前で、それまでにSTAP細胞を作っておかないといけませんからね。出来るまでに1週間かかります。

ともあれ、小保方さんがまずテラトーマ実験をしたいと若山さんか奥さんに申し込んでいるはずです。そうでないとマウスは12/27に届きません。ただ小保方さんは「テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。」と書いている。自分が直接言ってたら言ったと書きますから、第三者経由で申し込んでいるんですね。奥さんである可能性が一番高いでしょうね。そんなにたくさん人の居るラボではありません。若山さん、奥さん、野老博士、李博士、小保方博士、テクニカルスタッフの坂出さん、山中さん、男子学生の糸井さん、京極さん、女子学生の寺下さん。事務員さんの11人の世帯です。小保方さんがテラトーマの実験をしたいのでマウスを購入してくださいと頼めるのは直接でなければ奥さん、野老さん、李さんですが李さんは外国人でかつ男性ですから、奥さんか野老さんでしょうね。普通は奥さんでしょう。

若山さんは12/27に免疫不全マウスが来ることまで知っていたかどうかは分かりませんね。奥さんに任せていたら細かいことまでは分からない。ただ許認可はしますから買っていいよと言ってる。一方で小保方さんは年末年始を仕事したいということで渡米するために休暇申請を出している。これは当然若山さんには言わないといけませんから、彼は知ってる。すると12/27にテラトーマ実験を小保方さんがするということは知らなかった可能性があるんですね。少なくとも小保方さんはそのことを若山さんには言ってない。言ってたら言ったと手記に書くでしょうが、そのことは書いてない。自分は渡米してテラトーマの管理はしてないが、スタッフから聞いて若山さんにメール報告しているから知っていたはずだと言ってる。メールは見たとは限りませんからね。それから、テラトーマができたからキメラ実験をする気になったというのは博論のテラトーマの話を聞いてキメラを作ってみる気になったという意味のことを言ったのかもしれないですね。いずれにせよ、若山さんがそういったという事実の情報は私は持ってない。小保方さん側から見て不審に思ったことを書いているんでしょうね。何しろ彼女は手記を書いている時点でもこの事件で何が起きたのかを分かってはいないんですね。
>>
又テラトーマ実験の経過観察の期間、私はアメリカに出張しており、管理は他の若山研のスタッフによって行われていた。経過観察の報告を若山研の他のスタッフから受けた際、その旨をさらに若山先生に報告までしている。しかし、若山先生は、テラトーマの実験があったからキメラの実験をする気になったと主張していた。

若山さんはテラトーマを作るためにこれを使いなさいとF1を渡してはいないことは分かりますよね。もしこの実験がF1マウスで行われていたならば、小保方さんは真っ先にF1マウスをくれたのは若山さんではないかと書くでしょう。知ってた筈だなんて曖昧なことは書かない。つまり小保方さんはGOFマウスを使ったんですね。GOFマウスの交配は彼女が腰かけてから、いつも赤ちゃんマウスが出来てくるように若山さんがテクニカルスタッフに指示をだしてやっています。小保方さんはマウスを自分で取りに行くこともできますが、後の管理を任せているくらいですから、誰かは関与しているはずですね。少なくともGOFマウスが使われたということくらいは証言者があるのではないでしょうか。テラトーマからはOct4-GFPが出なければいけません。桂報告書はそのことも確認出来てないんですね。ただ論文に書かれているからGOFであるはずだがアクロシンが出たから云々という杜撰な論理の運びです。小保方さんは確かにGOFマウスを持って行ったということは第三者に確認しておかないといけませんね。警察なら必ず裏を取ります。大事なところです。彼女がGOFを使ったのなら捏造は学生のESで行うでしょう。若山さんがF1を渡していたのなら小保方さんはFES1を使うでしょう。

桂報告書の前提では彼女はどちらの細胞も持っていたことになっていますよね。小保方さんが最初のキメラ成功時にFES1を若山さんに渡したと言ってるんでしょう。そして2011/11/25に樹立されたGLという幹細胞樹立時にも学生のGOS ESを渡したと言ってることになるんでしょ。その時のキメラは残されて無いがそれも学生のGOF ESを渡したからこそできたんでしょうよ。そして次にGOFマウスを使ってテラトーマ実験した時に小保方さんが学生のGOF ESを使わずにFES1を使ったんですって?頭大丈夫か?
GLの検査をどうしてしなかったかについては今楠本さんが情報公開請求されていますね。

テラトーマからAcr-CAGが出ました。そしてアルイミオウジ氏の指摘で試料1のテラトーマからわずかにOct4-GFPが検出されていると分かった。なぜこうなるのか。
小保方さんが自分でコンタミさせるなら学生のntESを使いますね。でもここで使われているESはアクロシン入りです。私は若山さんがF1のntESを上から注射したと言ってる。では若山さんは、2011/11/25に培養開始したGLが2011/12/27以降には樹立されていたはずですから、どうしてそれを注射しなかったのか。

小保方さんが捏造するなら悪事ですからこっそりやるに決まっている。でも若山さんはそうではない。若山さんは取り敢えずここでテラトーマが出来てればいいんです。翌年の早いうちに小保方さんを山梨大に助手で勧誘するつもりですから、それまでちょっといたずらで騙していたらいいんです。むしろ、先生、このテラトーマCAGが光かってるんですけどなぜなんですかと、聞いてきてもらった方が話をはじめやすいじゃないですか。まさか、若山さんがこんな類の捏造なんてするわけがないでしょ。何の得にもならない。ばかばかしい。ただちょっとの間引き留めておきたかっただけじゃないですか。ただ、彼女は蛍光顕微鏡では調べなかった、カモシレナイ。HE染色したときに既に変だと気付いている。

我々のntES論は若山さんは小保方さんを引き留めるために一時的嘘をついただけだと考えているものです。なぜ一時的にでもあれ、嘘をつく必要があったのか。本当のことを言って引き留めるのが一番早い。ntES化してみようよとどうして若山さんは小保方さんに話してみなかったか。その答えは手記に有ります。88P。
>>
しかし、若山先生のご意見は違っていて、「Oct4陽性細胞という多能性を示す細胞が採取できるならば、キメラマウス作製こそが最重要なデータであり、iPS細胞のような(無限増殖できる)幹細胞ができるかもしれない可能性を追うことを目的とすべきだ」とおっしゃっていた。

小保方さんはまずは自分の細胞を調べたかった。幹細胞化には当面の興味はない。若山さんはそれを分かっていたんです。根気強く勧誘しようとおもっている。この時Oct4-GFPは光り始めていた。

(NOD/SCID)

彼女は12/20迄には赤ちゃんマウスを受け取っています。謝金支払い認可表で分かるように、彼女はキメラができたというヴァカンティ研への報告のために土日を挟んで12/10から12/18まで渡米しているんです。そして一旦帰国し、12/19から12/22まで4日間日本に戻っている。12/20近辺に彼女は日本に居ますね。
テラトーマは小保方さんが行う実験ですが、免疫不全マウス購入は若山さんに依頼しないと手に入りません。マウスそのものは2011/9/9に申請されていて、2011/10/4に承認されている。以下は申請書の一部です。あくまでも若山さんの研究申請ですね。

申請されているマウスは以下です。無論BALB/c-nu/nuでNOD/SCIDではありません。テラトーマ用のIsogenecマウスとしてドナーであるGOFマウスと同じ背景のB6も用意されている。

こういう申請がありながら共同研究契約書が無いということはとても理解に苦しむところですね。でもそういう報告ですから納得するよりない。この申請書により相沢さんは早くからSTAP研究を知ってたんですね。竹市さんはこの頃知りません。一番早いのは西川さんで、小保方さんを理研に腰かけさせるときに若山さんが相談をしている。或いは博論時のキメラ実験の時も聞いていたかもしれない。

ここにIsogenec移植モデルとして若山さんが2011/9/9時点で普通のB6マウスを申請していることはとても重要です。テラトーマはキメラと違って免疫拒絶があるんです。キメラはリシピエントの卵の中にドナー細胞という異物を入れる。でも卵の側で胚盤胞期はまだ免疫体系が確立されていないので拒絶がないんです。それに対してテラトーマは通常皮下にドナー細胞をインジェクトする。通常のリシピエントマウスでは拒絶されてドナー細胞は死滅してしまいます。だから通常は免疫不全マウスをリシピエントとして使う。所謂無毛が特徴でヌードマウスと呼ばれているものです。バカンティ医師が耳マウスを作った時に使用したマウスもヌードマウスですね。
ところが小保方さんはハーヴァードと東京女子医大で作った時はNOD/SCIDという人間の細胞を移植しても拒絶しないような超免疫不全マウスを使っています。足場の使用はヴァカンティ医師と共通なのでそれが原因では無くてヌードマウスではスフィア塊が死滅してしまうんですね。わざわざNOD/SCIDを使ってテラトーマライクをやっと作れているんです。
そのころ小保方さんは博士課程の学生でヴァカンティ研には留学で来ている。デイナの記事で明らかになっているように、ヴァカンティ医師が自分の研究を推し進めてくれる若い人を求めていた時にヴァカンティ医師の知人の大和氏が自分の預かっている学生を紹介した。青田買いですね。青田売りかな。紹介がてら留学させたら、小保方さんは試験管内三胚様分化実験を成功させてしまった。ヴァカンティ医師が驚いて留学期間をハーヴァードもちで延長させた。そして論文をPNASに出してアクセプト寸前まで行ってミューズ細胞に逆転された。その結果小保方さんの論文はヴァカンティ氏主催のティシュー誌に掲載されたんです。このときにミューズ細胞論文がPNASでなく他の雑誌に掲載されていたらSTAP事件は起きなかったかもしれませんね。小保方さんもヴァカンティ医師も平常心でこの細胞の研究を続けることになったでしょうね。

小保方さんの学部の時代の指導教官は常田さんで、化学の先生です。小保方さんの博論は自分の指導しやすい形でのテーマをアドヴァイズしたんですが、小保方さんがスフィア研究の続きに拘ったんですね。大和氏のところで勉強したのは岡野氏の細胞シートです。その関係でヴァカンティ研との人脈があるんですね。それでキメラを作ってもらってみようということになって、ヴァカンティ研にいる小島さんの伝手で若山さんのところに行くことになった。若山さんも運命論的にはいい迷惑でしたね。この話が無かったら若山さんは普通に山梨大の教授に納まっていたと思いますよ。

Isogene[i]c移植モデルをどうして使わなかったのかねと誰かが聞いたのを覚えている人がどれだけいるでしょうね。笹井さんが手伝ってあげて、2013/3/11の深夜に小保方さんは論文をネイチャー誌にネット送信しましたね。そして2013/4/4にリヴァイズの連絡があった。その査読文書にどうしてNOD/SCIDなのかね。どうしてsyngeneic miceを使わなかったのかねと問うた人がある。Refelee #2さんですね。流出査読文書は私のブログの[ネイチャー査読(1)]に置いてあります。4枚目の17行目からです。
>>
Data should be provided on the frequency and reproducibility of in vitro differentiation.How many cells were grafted for the teratoma assy? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?The frequency and sizes(weights) of Teratomas should be presented.Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-gfp)?

この問いに対する論文上での小保方さんの答えが以下ですね。
>>
we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice.

質問者がsyngeneic miceではいけないのかと問うたことに対する答えです。対してどうしてヌードマウスではいけないのかと問うた人が無いので知られていませんが、ヴァカンティは足場を使ってヌードマウスで耳マウスを作っているのですから、ヌードマウスでもいいはずですね。でもハーヴァードに居るときにできなったんですね。足場の問題ではない。結果的にいろいろ試してNOD/SCIDでしかできなかったんでしょう。
若山さんはその話は当然知ってますね。そして自分のところで酸浴させて仮にテラトーマを作ることになったとき、それはまずsyngeneic mice(=Isogeneic mice)で行い、次にヌードマウスで作ってみる。そういう予定で申請書を出している。足場付きで、しかもNOD/SCIDでしかできないなんてそれはテラトーマとは言えないと考える。当然ですね。小保方さんも論文ではテラトーマライクとちゃんと認識しています。
ところが、先にキメラが出来てしまったんです。小保方さんは取り敢えずヌードマウスの手配をお願いした。今まで自分が作っていた細胞ではキメラはできなかったんですから、今度は違うと思って不思議ではないですね。で、移植数はESと同じ10^5にした。そして精巣に注射した。これでESと同程度の増殖力だったらテラトーマができる。でも違っているかもしれない。だから今まで通りの足場付きの皮下移植も行ったが、その時の細胞数も10^5にした。
それが、12/27Harukoなんです。そしてこのテラトーマは論文では基本三誌論文の最後まで使われなかったんです。
因みにsyngeneic miceを使うというのは近交系マウスはDNAがほとんど同じなので、同一系統のすべてのマウスは自分自身と同じです。完全ではないがクローンに近いんですね。拒絶反応というのは非自己を攻撃する免疫反応ですが、胸腺でT 細胞が作られるとき、自己を攻撃しないものだけが選別される。その選別機能が同じだというような原理のようです。学さんに詳しく教えて貰うといいでしょうね。

移植細胞数をもう一度確認しましょう。以下はティシュー論文のテラトーマ記載です。
>>
In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid ﬁbers, 200µm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal ﬂanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

博論草稿です。
>>
Figure 13 Teratoma forming assay
10^7 bone marrow cells and ES cells were injected subcutaneously into immunedificienl mice.
After 6 weeks of implantation, cell masses were harvested.

アーティクルです。
>>
In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 10^7 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.

アーティクルではSTAPテラトーマと、STAP幹細胞テラトーマの二つに関して述べられている。STAPテラトーマの記載は博論のテラトーマに対する説明ですね。彼女は正しく博士論文のテラトーマ写真に対する説明をしているんです。12/27Harukoは三誌のリジェクトまで使われていないという彼女の認識なんです。彼女は12/27HarukoはESか何かのコンタミがあると考えた。彼女はESのテラトーマがどういうものか知っています。だからHE染色まで行ったが、免疫染色をせずに放置していたんです。そして論文には間違いなく自分が作ったテラトーマライクである博論のを添付していたんです。キメラはできていますからね。テラトーマはサプリとして添付されていただけだった。

STAP幹細胞のテラトーマは無論博論以前にはありませんし、12/27Harukoにもありません。もし若山さんが小保方さんに最初のキメラ成功時のF1の幹細胞を渡していて、精巣に注入しなさいと言っていたら、小保方さんは手記に「テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。」と書くことは無かったでしょう。そもそも若山さんはこの日に小保方さんがテラトーマ実験を行うという予定すら知らなかったんです。しかも、彼女は休日予定になっているところを突然出勤している上に、若山さんはそのときラボに居なかったのは明白です。だから彼女は渡米後に報告しているんです。ここで幹細胞のテラトーマ作製は行われていない。ここで行われていなかったら後に行われたということである。STAP幹細胞のテラトーマ写真は以下のArticle Extended Data Figure 8-hにある。

リジェンドは以下です。
>>
h, Clonability of STAP stem cells. Clonal expansion from single STAP stem cells was performed. Pluripotency of clonal cell lines was confirmed by teratoma formation assay, showing the formation of neuroectoderm (left), muscle tissue (middle) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

ついでですからFI-SCのテラトーマも以下に図示しておきましょう。Letter Extended Data Figure 6-bです。

リジェンドは以下です。
>>
b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

試料は木星リストの、小保方さんが申し出て竹市さん曰く「リークしない人たち」(竹市、松崎、丹羽、片山)の立会いの下、理研に提出された小保方研の-30度フリーザーの以下に残されている。

(STAPテラトーマ)
23番　CD45カルステラトーマlike、6 weeks +PGA 12/27移植Haruko、他
52番　テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３
53番　testis テラトーマ CD45 カルス、CD45 カルス-テラトーマ、他
(STAP幹細胞テラトーマ)
３２番　FLSテラトーマ 8/6/2012　[増殖拡大(4週間)]
３６番　FLSテラトーマ、他
(FI幹細胞テラトーマ)
２０番　FI-SC Brown:PanCK,FI-SC Brown:CK8,good CK8,TS8-1, FLS ひかてらとーま、他　[テラトーマ:この時は随分大きくなった]

因みに「リークしない人たち」の中にリーク者が居たことは『捏造の科学者』に暴露されている。224P。
>>
「CDB自己点検検証委員会の報告書案、目を通しに来られますか」
その頃、私はさる人物から願ってもない提案を受けた。数日後、指定された場所に向かうと、前置きもそこそこに資料を手渡された。
急いで目を通すと、幾つかの初めて知る内容に気づいた。記事になる、と確信したが、さすがにコピーをとるわけにはいかない。おそるおそるバッグからカメラを取り出し、撮るジェスチャーをして目で了承を求めると、相手は軽くうなずき、別の作業を始めた。

報告書案などを持っている人間は特定される。公務員が公文書を部外に流出させた犯罪現場の証言記述ですね。よくもまあこんなことを書いたな。この非常識な記者は誰からも二度と取材に応じてもらえないだろうな。

それはともかくとして２０番はOoboe さんのパートナー氏が入手した持ち出し記録の方から抜粋しましたが、木星さんが入手した時点のリストには[FLS ひかてらとーま]はありません。

木星リストは以下です。

持ち出しリストは以下です。

サンプル数は６のままです。[TS8-1, FLS ひかてらとーま]が加わっている。誰が加えたのか。しかも[てらとーま]はひらがなです。FLSはSTAP幹細胞ですね。

『捏造の科学者』の扉の写真にある細胞リストや写真は違法に内部から流出したものです。後に木星さんたちが合法的に公開請求したようなものではありません。公務員法違反犯罪のあった動かぬ証拠です。

(小保方さんの嘘)

事件化して後、調査に対して彼女は博論の画像を取り違えたのだと説明しました。それは嘘ですね。画像の取り違えだったら細胞数の説明は10^5でなければならないし、使われた免疫不全マウスはヌードマウスでなければならない。アーティクル論文の説明はむしろ博論の画像に対してこそ正しく書かれているんです。彼女はなぜ12/27Harukoを使わなかったのかの説明が出来なかったんです。それは後に手記で彼女が書いている行動から推測されるように、不審だった。だから使わなかった。それを若山さんやそのラボの仲間たちに対しての配慮から言えなかった。だから嘘になってしまったというのが根本にある原因です。
そして、最後に残された問題が、ではどうしてネイチャー論文では博論の画像の上から12/27HarukoのHE染色画像だけが貼り付け加工されているのかということです。このネイチャーの画像は3誌にはないものです。三誌にあったのは博論の画像ですね。以下が11jigen氏が示したアーティクルと博論の画像比較です。

博論と、三誌論文まで右側の写真が使い続けられていて、問題は何もありません。サイエンスでも左の写真にはなってない。ではいつ左の写真になったのか。これは笹井さんの証言がありますね。笹井さんがテラトーマ画像を見た時には、右側のものではなかったんです。小保方さんはまだ左のe図の上の画像ではないが、12/27HarukoのHE染色画像を博論の画像の上段に貼り付けていたんです。笹井さんはその元の画像に戻ってもっと鮮明な部分を撮影し直させた。そのことは笹井さんが最初貼ってあった写真と同じ画角の部分があることを確認したと言っています。そこよりももっと見栄えの良い同じグラススライドの別の画角を撮影させ直したと説明している。
ということはサイエンスが2012/8/21にリジェクトされて後、小保方さんがサイエンスベースでどこか別の雑誌に掲載する準備をしていたリヴァイズ原稿に、理研からの呼び戻しがあって、日本に向かう飛行機の中で2012/12/11の日付を入れた時までの4か月弱の期間中に、小保方さんが博論のHE染色画像を12/27Harukoに差し替えたんです。

この差し替えは小保方さんの意思があってのものです。論文原稿のテラトーマの説明記述は博論のままになっていてこそ首尾一貫している。今回は酸浴細胞を使っているが、小保方さんの意識の中では博論時の細胞と酸浴細胞は繋がっています。理研でSTAPテラトーマがうまくできなかったために、博論でできたものを三誌論文にサプリとして使っていてこれには説明もつけていない。ただテラトーマもできているという意味で画像のみを貼り付けている。
しかし、小保方さんが12/27Harukoを博論のHE画像と差し替えた時、このテラトーマは論文に記載されている説明と違うテラトーマになってしまう。論文記載は書き換えられなければならない筈です。
ただし、誤解してはいけないのはSTAP幹細胞やFI幹細胞のキメラはできているし、何よりもキメラはできていて、後には胎盤も光ると、次から次へと自分の細胞の多能性証明が揃ってくる中で、STAP細胞のテラトーマだけが、今までと同じく、足場付きで、しかもNON/SCIDを要求することもできない中で、ヌードマウスで作っていて、どうしてもちゃんとしたものができない。自分の持っている一番良い出来のが博論のであったということです。
彼女は12/27Haruko を3誌論文に全部リジェクトされる最後まで使わなかった。これはとても立派なことでしょうね。彼女はESテラトーマを知っている。変だと思ったから使わなかった。大したものです。でも、誰かがいたずらしているなんてこともつゆ思っていませんからね。なんか変だがどうしてESなんかが事故混入するのかなあと不思議に思っている。我々のntES論では若山さんか上から注射した。でも彼女はそんな可能性を考えることはできない。何しろキメラは出来ているんですから、ひょっとして若山さんが何か注射したと考えると、キメラから疑うことになる。普通の人はキメラは本当はできてなくて、先生がテラトーマにもいたずらしているなんてことは気づけませんね。すると何か変だがどうしてだろうという疑念にとどまる。では、使うのは止めて置こうという判断はできる。そしてやりなおせばいいと。そしてどういう経過か、最終的には、12/11ヴァージョンでは上段のHE染色の分だけが12/27Harukoに貼り替えられ、しかもキャプションもその時に書き換えられている状態になった。ここを11jigen氏が調査している。

見ずらいでしょうが、本物は11jigen氏のHPで確認してください。まず一番下の画像が博論の画像です。一番上が最終的にアーティクルに貼られた画像です。11jigen 氏が、そのキャプション部分を画像解析で調べたら博論の画像の上がまず切り取られていて上の画像の下の端の部分が残ってしまったので、一旦キャプション毎黒塗りし、その上に新たにキャプションを書き直した。別に不審なことでも何でもありませんね。何しろ捏造だと思いたがってるわけです。
よく見てくださいよ。彼女の博論のキャプションは黄色ですね。免染画像の上に直接書き込まれている。ところが11jigen氏が黒塗りの下に画像解析で見せているのは上の画像のバリだけでなく、キャプションの色も分かりますね。紫色ですよね。そもそも最初は黄色だったですね。彼女はサイエンスリジェクト後に12/11ヴァージョンを準備していた、その時に12/27Harukoを使おうとして上を差し替えた時に、バリ出には構わず、ただ中央のキャプションの色を紫に変更した。そして笹井さんがもっといい画角を使えと指示した時に、バリにも気づいて全部を黒塗りにしてその上から新たに3枚とも字体の違うキャプションを入れたんですね。その時の真ん中の色は緑ですね。つまり黄色→紫→緑と変遷しているんです。これは小保方さんと笹井さんが説明している通りですね。11jigen 氏は気づいていないですが、渡辺報告書は12Pでそれを指摘している。
>>
さらに、本件画像データの分析によれば、２回にわたり、オリジナルの画像データ上に文字を追加するなどした跡が認められるところ、この文字については、「私自身も正直、文字があることに気がついていた」旨、3 月 19 日に述べている。

加えて11jigen 氏が黒塗りの下に見つけた画像は博論画像そのものではなかった。小保方さんが間違えたと言ってるのは博論画像を2011年の11月に若山さんたちにプログレスレポートとして説明するためにPDFに加工したものだった。だから11jigen氏が国会図書館まで出かけて行って入手してきた小保方さんの博論のコピー画像と色が違っていた可能性がここに一つあるわけです。
でも、色の違いのもう一つの書き換えのチャンスとしてはやはり12/27HarukoのHE染色画像を彼女自身が使おうとした時の可能性もあります。後に述べる理由で真実は後者です。しかし、本質的な問題はそこではないですね。本質的問題は彼女が今まで使わないと決めていた12/27HarukoのHE染色画像をなぜ使おうとしたのかということです。
彼女は理研に来てからはテラトーマライクすらうまく作れていないはずですよね。NOD/SCIDが無いからですね。でも彼女自身はその理由に気づいてはいません。STAP幹細胞も、FI幹細胞もテラトーマはヌードマウスでできているんです。幹細胞は自分の細胞を使って若山さんが作ってくれていると信じ込んでいる。でも自分の作ったSTAPからはテラトーマライクすらうまくできない。ということは自分で本物と確信のある免染画像も博論のしか無いということです。
彼女は3誌リジェクトされたあとヴァカンティ氏のティシュー誌に掲載する予定にせよ、誘惑に負けたかもしれませんね。12/27HarukoはどうもESコンタミ臭い。だから使わないでいたが、ESコンタミであったとも限らない。では完全に差し替えてしまうか。免染は査読にはあまり影響しないが、HE染色は見栄えの判断で左右されやすい。免染は自分の確信ある本物なんだから残すとして、はっきりしないHE染色画像は差し替えて置こうかと中途半端に不正をしたのではないか。それも3誌リジェクトされてどうする当ても明確にはなく準備している段階で行っていますよね。
笹井さんは12/27Harukoに関して小保方さんがなんとなく疑念を抱いていて3誌までは使っていなかったのだということは知りません。

ここまで推測していくと小保方さんのこの嘘は言い訳のできないもののはずですよね。ところが彼女は手記で堂々と間違えたのだと言ってる。誘惑に負けたのだとは言ってないし、そもそも12/27Harukoが偽物だと思っていたなんてことも言ってない。

我々は若山さんの嘘を証明していて、小保方さんが無実だということを知っている。では彼女は本当に手記に書かれている通りに間違えたのだということがあり得るのかどうかを検証してみましょう。

我々の観点とは違うが、渡辺報告はずっとこの問題を小保方さんの不正という方向から追っています。小保方さんと弁護団はずっとそれに抗弁している。それを再度よく検討してみようではありませんか。我々はずっと小保方さんの言うことを信じる。そういう立場を貫く。小保方さんは手記において博論画像の取り違えに気づいたのは自分であって、ネットの指摘では無いと抗弁している。ここは相手がそういうことを言うから抗弁しているだけなのでどうでもいいですね。
まず、渡辺報告書のこの辺りから始めてみましょうかね。
>>
不服申立て者のデータ管理は、「2 月中旬に１枚１枚写真をチェックしていたら、テラトーマの写真、免疫染色の写真が、どこを見ても、近々のデータの中のどこを見ても見つからなかった、これはおかしいということに気がついた、しかも、それが、アッセンブルされた状態だったので、なかなか見つからなかった、学生時代のデータにまでさかのぼって探したら、博士課程のときに行っていた実験のフォルダーの中でその写真が見つかった、昔使っていたハードディスクに入っていた、画像データは、当初、若山研での実験で得られたものと思っていたが、東京女子医科大学での実験で得られたものであったことに気づいた、いつ間違えたかも分からない」旨、3 月 19、23 日に説明している。

この下りは手記の142Pに事件の始まりとして書かれている。論文発表から約一週間後に竹市所長のところにある学会の数人から連名のメールが来た。後に11jigen氏の指摘したティシュー論文のgel写真の捏造疑惑であった。手記では小保方さんはティシュー論文を持っていなかったので、大学に提出した博士論文を見直したという。
ここがおかしいのは、ティシュー論文のgelの捏造疑惑は博論を見ても分からないはずです。ティシュー誌を取り寄せるのではなくて博論を見なおしていたら、疑惑指摘とは全く別の自分がネイチャーに掲載したテラトーマの写真が博論のと同じだということに気づいたという。そして、笹井さんに報告して叱られ、若山さんに謝った。

まずティシュー論文のgel写真は一週間後に11jigen氏が公表して大騒ぎになったが、原因はヴァカンティ研のラボメンバーの間違いで訂正も出され、小島氏が関係者に説明してくれた。ここで発表1週間後の連名のメールと2/14の11jigen氏の調査結果は関連していることが分かる。11jigen氏は発表当初から待ち構えていたのである。武田邦彦教授が早くから指摘していましたね。学者仲間の内部から情報が入るんですね。こんな早期から調べがティシュー論文まで及んでいるということはリーク者は若山さんということになる。それは2013年の8月に笹井さんに責任著者を降りたいと言ったその辺りからの流れですね。

にも関わらず小保方さんの手記の説明もおかしいですね。ティシュー誌のgel疑惑を竹市さんから知らされ、原著論文を今持ってないから博論を見てたら、テラトーマ画像の取り違えに気づいたという。普通はそんなことより、原著論文であるティシュー誌をヴァカンティ研に要請してメール添付で見るのじゃないか。ただ、これは文章の構成が悪かっただけで、博論をメール指摘を契機に調べ直したということを書きたかったのかもしれない。

渡辺報告は「2 月中旬に１枚１枚写真をチェックしていたら」と小保方さんが言ったことになってる。違うでしょ。手記では竹市さんに捏造指摘メールが来たと知らされて、ティシュー誌が無かったので、博論を見ていたら間違いに気づいたと言ってる。

問題は「いつ間違えたかも分からない」と彼女が言ったとされているところです。本当にそういったのか。彼女は2011年の11月に若山ラボでのプログレスレポートで博論の画像をPDF加工していることは思い出している。だから近いファイルにそれが入っていたことは自分で理解している。手記では一旦は博論のハードディスクまで遡っているが、これが若山研でのPDFであることまでは思い出している。

問題は手記にこうあるところですね。
>>
博士論文に掲載したテラトーマの写真は未発表のデータで、新たに投稿論文の図表として用いることには問題がないのだが、ネイチャー誌に記載していたテラトーマの作製の方法とは記述が異なっていたので、掲載の方法として不適切だった。

その通りですよね。我々が既に上で解明してますよね。細胞数も違っているし、NOD/SCIDも違っている。我々は小保方さんが12/27Haruko をESコンタミではないかと疑義してわざと使用を見合わせたと解釈しましたが、彼女自身は取り違えたと主張しているんですね。我々は自分が12/27Harukoテラトーマを疑っていたことを若山さんの手前言い出せないから嘘をついていると解釈しましたが、でもこの嘘は笹井さんに対しても嘘になっていますよね。

我々は今小保方さんは犯人ではないから小保方さんを信じるという立場で考えている。小保方さんは取り違えたと言ってる。そして論文の記述は図表に対して適切になってないと書いている。つまりよく理解している。ところが下は博論、上は12/27Haruko になっている。そして論文の記述は博論に対しては正しく、12/27Harukoに対しては不適切なのである。彼女はその自己矛盾に気づいてない風に手記を書いている。

小保方さんは元の画像が博論画像だと意識しないままにもちゃもちゃやっていたという。博論でないということは何だと思っていたかというと、どちらも12/27Haruko だと思っていたということである。それなら間違っているのは論文の説明の方なのだから説明を細胞数10^5、リシピエントマウスはヌードマウスと書き直したらいい。その代わり、12/27Harukoの免染画像は別途有るのでなければならない。

根本的には理研の実験は酸浴刺激で、博論は物理刺激です。最初に調査チームが小保方さんに分かっているのかと釘を刺すものだから、小保方さんは自分自身の科学的姿勢に関しての間違いに気づかされていて、自分が本当にはどういうつもりで何をしたのかということを説明しずらい尋問になっている。我々の推測では更に加えて12/27Harukoは怪しいと自分で思っていたということは言えない以上、結局しどろもどろになるしかなかったんですね。尋問している側もまさかntESで別の実験が行われていて、リクルート上の都合で他愛ない嘘がつかれている状態で、小保方さんはそれに気づいていないのだということを知りようもないわけです。分からないもの同士で問答している。そして分からないことが小保方さんの嘘と受け止められているんですね。こういうの、ダメなんです。分からないことは今のところ分からないと結論しておかないといけない。どちらも非科学的で、非合理です。魔女狩り裁判の類です。こういう人たちには西洋の合理性の淵源を"魔術からの解放"過程に捉えたM.Weberの注意喚起を拳拳服膺していただきたいですねえ。何しろ人は生まれ変わるとき記憶を全消去されて出てきますから一からインプットし直さないといけない。そういう仕事に失敗すると文明は先祖帰りして退化していきますね。

(免疫染色画像)

彼女は何時12/27Harukoの免染を行ったか。渡辺報告書13P。
>>
一方、2012 年 6 月に取得されたという免疫染色データ（画像 B）

2012/1/24にHE染色したのにどうして6月まで免染しなかったのか。言うまでもなく、疑っていたからだ。小保方さんは調査時にこれが言い出せなかったんではないのかと考えたわけである。ではなぜ6月に免染もしてみようと思ったのかと考えを進めると、ここで初めてSTAPテラトーマを何度もヌードマウスで作り直してみたが、できなかったのだという事情に気づける。
12/27Harukoが変だと思ったら何度でも作り直せばいいことだ。実際彼女は何度もテラトーマを作っていると答えている。実験ノート記載が杜撰で信じてはもらえなかったが、我々は今とことん信じるという立場でこの問題を考えている。彼女が作ったと言っているから作ったのだと信じる。ではその何度も作ったものの結果はどうだったのか。これは後の検証結果を参考にして推測するのであるが、GFPの単なる漏れ出しであった小保方さんの細胞はハーヴァードで最初に苦労してNOD/SICDを使わずにできたはずはないということになる。どういう出来方であるにせよ、ヌードマウスで博論に勝るものが出来ようはずはない。だからこそ、チャンピオンデータだったのではないか。
>>
（４）本画像データが学位論文に由来することに対する認識について不服申立て者は、テラトーマに係る本画像データについて、「ある意味、チャンピオンデータであった」、「学位論文の実験で、本件画像データのように非常にきれいなテラトーマの写真ができたことは少なかった」旨、3 月 19、23 日に説明した。(12P)
>>
（キ）不服申立て者には、得られたデータを綿密に検討することをしていなかったこともうかがわれ、また、いわゆるチャンピオンデータにこだわっていたともうかがわれる点がある（チャンピオンデータは、頻度は低いながら非常にうまく行った実験のデータを意味し、2012 年論文の投稿時からチャンピオンデータであるとするこのデータが使用されていた。）。 (15P)

渡部報告は無論GFPの漏れ出しなどという現象を知らない。そして彼女がキメラが出来ているのに自分の細胞からはテラトーマができないという問題に苦しんでいることも理解できていないし、まして、12/27Harukoを彼女が使わなかったのがなぜかという視点を持たない。彼女はキメラができたと若山さんに騙されているままなのだということを知らないのである。
私が思うに当時の渡辺調査の置かれている状況でこれに気づくのは困難ですね。もし、気づけるとしたら、小保方さんが12/27Haruko は変だったので使わなかったんですけど、どうしても今まで通りにできなかったから最後には、6月に免染もしておいてみたんですという意味のことを答えていたら調査チームも理解したかもしれませんね。でもどうしてそんなことが言えるでしょうかね。キメラは出来ている。自分の酸浴細胞はギラギラ光っている。誰かが私のテラトーマに何かしているとチラとても疑うことはあったとしても、それを言うことはできないでしょう。記者会見して2か月もたってない。彼女は実験全体は本物だと信じているのです。ただ、なぜかテラトーマが今まで通りにできない、いや、今までどおり以上に簡単にできなければいけないのに、自分でやり直してもできなかったんですね。今私のntES仮説に立ってこの調査を見渡せばその現象は理解可能ですね。そして小保方さんも、調査委員も肝心な真実の情報を欠如したまま論争しているだけだと見えますね。幹細胞も彼女にはできませんでしたよね。同じことです。ここに若山さんが何かしているという証拠がでているのだけど、自分が大発見しているということを立証してくれている人のことを疑うということは人間の心理としてはとてもむつかしいでしょうね。

小保方さんは6月に免染して、それをセルにもサイエンスにも使わなかった。テラトーマの出来具合が査読で問題になっては居ないんですね。サプリとしてつけられているだけだ。小保方さんが2月に放置したものを6月に免染したのはやり直しをあきらめたからですね。12/27Harukoは変だけど免染もしておこうということです。余り長く放置していると変質してしまう。このことは報告書も指摘していますね。
>>
（エ）テラトーマを取り出してからすぐに免疫染色などの解析を行うのが通常である。サンプルの保存中にタンパク質などの分解あるいは変性が生じ、抗体の反応性の消失または低下をきたす可能性があるためである。2012 年 1 月 24 日にテラトーマを取り出してから 2012年6月9日に免疫染色解析を行ったという説明には違和感を感じざるを得ない。また、この間、不服申立て者は、当該研究内容の論文を、4 月に Nature 誌（2012 年論文）、6 月に Cell 誌、7 月に Science 誌に投稿している。2012 年論文では成体マウスの脾臓細胞を用いた研究内容であったが、Cell 誌への投稿論文より新生仔の脾臓を用いた内容へと変更を行っている。本研究におけるテラトーマの解析の重要性を考えれば、新生仔の脾臓細胞から作成された STAP 細胞に由来するテラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）を、Cell 誌投稿以降の投稿論文に使用しなかったことは、なおさら理解し難いものである。(14P)

二つのことが指摘されています。蛋白質の変性に関しては笹井さんはテラトーマの問題が発覚してすぐに12/27Harukoの再免染を小保方さんに命じて保存させている。2012年6月時点から更に1年半以上経過している。それは指摘していない。大丈夫なんですね。桂報告(スライド)のパラフィンブロックも大丈夫でしたね。小保方さんは化学は専門なんですね。
「本研究におけるテラトーマの解析の重要性」というのは調査チームがそう思い込んでいるだけで、査読で指摘されないから小保方さんもあまりこだわっていないんですね。3誌リジェクトされてからいろいろ考えたわけでしょう。新生児を使っているのは最初からで、論文にそのことを書いてなかったから情報を追加しただけでしょう。

ここで小保方さんと弁護団が出してきた「テラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）」こそが重要なんですね。三誌までは博論画像が使われている。そして、それはそれで構わないんですね。物理刺激と酸浴細胞を混同しているという批判はあるとしても彼女の中では刺激細胞で同じものなんですね。だから博論のを使った。なぜ12/27Harukoを使わなかったかについては口を閉ざしている。でも嘘はついてない。

問題はアーティクル論文のテラトーマが混乱してしまっているんですね。ここでも博論画像で通していたら、物理刺激と酸浴細胞を混同しているという批判だけで済んだはずです。これは本質は同じだと彼女は思っているんですから捏造にはなりようがない。間違いですね。或いは厳密さを欠く論文だと批判されたらそれでいいんですね。キンガ・ヴォィニーツは小保方さんのティシュー論文を先行論文として参考論文に挙げていますが、その方法論を批判していますね。でも、捏造だなんて言ってない。

このアーティクル論文の画像と説明文がどういう経緯でこの形で残されたかが問題の核ですよね。
小保方さんはアーティクルでは一転して12/27Haruko を使うことにした。今まで疑っていたけど、3誌リジェクトされているから、何かもう少しインパクトある書き方をしないといけないといろいろ考えたでしょうね。キメラは出来てるんですよ。落ちる理由が分からない。誰でもそう思いますね。キメラはできてないんだ。ESコンタミだったんじゃないか、若山さんが何かしてるんじゃないかと疑える人はいません。3誌査読者だって事故ESコンタミだと考えてリジェクトしているんです。どうしたらいいんでしょうかね。小保方さんの身になって考えてください。本当のことを書いているのに信じてもらえない。書き方が悪いんだと思いますね。もっと説得力ある書き方をしないから信じてもらえないんだと思う。そういうことをサイエンスリジェクトされてから笹井さんに12/11ヴァージョン原稿を渡すまでの間の4か月間、考えていた。この時にもちゃもちゃやってた原稿が12/11ヴァージョン原稿なんです。

「テラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）」は12/27Harukoの免染画像です。後にアーティクルに貼られていた上段の写真が12/27HarukoのHE染色画像です。彼女は自分で博論を見ていて、アーティクルの画像が博論のだと気付いたという。ということは12/11ヴァージョンでもちゃもちゃしていたとき、べースになっていた画像は12/27Harukoの上下写真だと思い込んでいたということでなければなりませんね。上下別々でなくて一体になったものがあるので無いといけません。
>>
イ本件画像データの取扱いに係る問題点は、ずさんな管理にとどまらない。「どういうデータが必要なのか、論文化するために、集めるような作業を、よくしていた」、「パワーポイントで上書きをして Figure を作り続けていた」、「６個の写真ごとやっていた」、「３枚か６枚か分からないが、まとまったテラトーマの写真をアセンブリされた状態で Nature 誌の Figure も作ったと思う」、「テラトーマの画像は１枚１枚とってきたものではないと思う、１枚１枚やっていたら気がつくはずである」、「投稿論文時には、アセンブリされた状態の画像データを使用したと思う」、「論文１の投稿時にはアセンブリした状態のまま使用し、その後、画像の入れ替えをした」旨、3 月 19、23 日に説明していることからも明らかなとおり、学位論文の画像データや研究所における実験の画像データを集めた上、適宜アセンブリし、アセンブリした状態のまま上書きを繰り返しながら保管し、アセンブリした状態のまま使用していたことが認められる。 (10P)

論文1というのはアーティクルの事です。このときに「論文１の投稿時にはアセンブリした状態のまま使用し、その後、画像の入れ替えをした」というところは重大で、投稿は2013/3/10です。これ以降に画像を入れ替えた。最後の入れ替えですね。これが笹井さんの指示による入れ替えだということになる。この時にキャプションとバリを黒塗りして、キャプションの上書をした。それが最終形の画像です。するともう一つ前段階の画像は真ん中のキャプションがピンクで、バリの出たままの写真があって、笹井さんはそれを一旦は見ているということになる。そして彼の説明だとこの時の画像の上三枚は既に12/27Harukoであったということになる。博論の画像の次は2011年11月の若山研でのプログレスリポート用のPDFだ。

博論の画像は2010年のものです。最終画像になったのは2013/3/10のネイチャー論文提出後です。リヴァイズ実験中に笹井さんがHE染色のフォーカスの合わせ方に関してアドヴァイズした。その中間に文字の色がピンクの画像が作られた。そして笹井さんの証言により、その上の画像は既に12/27Harukoだった。2011年のプログレスレポートではまだ文字の色はピンクにはなっていないですね。なにしろまだ12/27Harukoは存在していない。12/27Harukoが作製されたのは2012/1/24です。
そして2013/6/10まで免染画像は存在していない。ということは上下6枚の12/27Harukoはそれ以前には存在し得ない。また、そして3誌論文では博論画像が使われてつづけている。

小保方さんは、サイエンスリジェクト後から12/11ヴァージョン完成の間に三誌に載せていた博論画像添付をやめて、12/27Haruko画像を使うと決めた。そのときに2012/1/24に作ったHE染色画像と、2012/6/9に作られた免染結果画像Bを6枚セットとして組み合わせたつもりが、元あった博士論文の6枚組の上半分のHE染色画像だけを差し替えてしまったと説明していることになる。

しかし、その場合は本文も同時に10^5細胞数で、免疫不全マウスもヌードマウスに書き直さねばならない。これは単に写真を取り違えて、博論の免染画像が残ってしまったということだけではなくて、テラトーマの説明本文全体をも書き直すのを忘れていたということにならないとおかしい。

手記の説明をもう一度貼りましょう。
>>
博士論文に掲載したテラトーマの写真は未発表のデータで、新たに投稿論文の図表として用いることには問題がないのだが、ネイチャー誌に記載していたテラトーマの作製の方法とは記述が異なっていたので、掲載の方法として不適切だった。

変でしょ。ここには「テラトーマの作製の方法」は正しいという前提が見えますね。画像が正しくなかったのだと。では、6枚共に12/27Harukoに差し替えたらどうなりますか。「テラトーマの作製の方法」は間違いじゃないですか。書き直さないといけない。でも彼女は本文を書き直さなければならないということには気づいていない。「テラトーマの作製の方法」は正しいのだ。画像を間違えたのだと言ってる。その正しい画像は「テラトーマの作製の方法」に従えば博論画像です。

小保方さんはこの手記を書く段階に来てもまだ自分が何をされたかに気づいていないのである。矛盾の中で生きている。12/27Harukoは自分の見るところESコンタミであるらしい。だから何度も作り直すがうまくできない。しかし、幹細胞のテラトーマは簡単にできてくる。12/27Harukoは出来たのだとしておこうと信じたくなりますね。本当は何度やり直してもうまくはできないのだけど。その葛藤の中で中途半端に見栄えだけを考えて上だけ変えると、後の言い訳は大変でしょうね。

それもこれも若山さんが騙しているからなんですね。根本に若山さんの他愛ない嘘が種明かしされないままに論文が書かれ続けているという事情がある。小保方さんが助手で山梨大についていくか否かの問いに答えないままに引きずったからこうなった。行くなら行く。行かないなら行かないとはっきりさせないと。
行くと返事していたら若山さんはなぜキメラとテラトーマができたのかをその場で説明したでしょうね。人事秘の解ける現在になるまであなたを引き留めておいて、助手の条件を提示したかっただけなのだと。そしてついてくるなら僕のntESの研究を全部引き継いでもらうという期待を語ったかもしれない。

でも、この期待があったとしたら、というより、ヘッドハンティングしようとしているのだからあるにきまっているが、それは若山さんが強引だったかもしれませんね。というのも小保方さんはヴァカンティ研のポスドクで、常田、大和、岡部、ヴァカンティという系譜の中で育てられている。そして何よりも既にヴァカンティ研で発見をしている。若山さんはその発見は最初の内は大したことないとおもってましたからね。腰かけて後最初に勧誘した時は小保方細胞なんてどうでもいいので、彼女の熱意に惚れたんですね。そして一度断られたが、その断り方も中途半端で、ひょっとしたら行くかもしれないと匂わしている。その継続の中で酸浴細胞が光り始めた。

ともあれ酸浴ではESコンタミらしきものと、足場付きの移植でくしゃくしゃっとしたテラトーマライクしかできていない。テラトーマライクであっても、博論のが一番しっかりできている。その気持ちが手記を書く段階でもまだあるんですね。調査尋問でも言い出せない。若山研を庇っていることもあるし、自分がそんなことを信じたくないという気持ちもある。なぜキメラができ、STAP幹細胞とFI幹細胞のテラトーマは出来るのにSTAP細胞のテラトーマは出来ないのか。彼女は知らないんですよ。
彼女は査読者の問いになぜNOD/SCIDを使ったかを本文で答えている。この彼女の答えは画像が博論のものであると分かっている人の答えです。12/27Harukoを使っていると分かっていたらNOD/SCIDなんて本文に書いていなかった筈ですよね。そうしたら査読者の質問はどうしてNOD/SCIDであってsyngeneic miceではいけないのだということでなく、どうしてヌードマウスであってsyngeneic miceではいけないのだということになっていたでしょう。その時彼女はSTAP幹細胞と、FI幹細胞のテラトーマはヌードマウスでできるが、STAP細胞テラトーマは足場付きで、しかもNOD/SCIDでなければちゃんとはできないのだということから先に答えなければならなかったでしょうよ。そしてsyngeneic miceは使ったことがないから分からないと。科学者なら自分の論理で自分の論文がおかしいと気付かないと。先生がそう言ったからというのでは一人前の科学者にはなれないでしょうよ。ガリレオもケプラーがそう言ったからなんて言ってたら今名前は忘れられていますよ。

(F1幹細胞の注射)

BCA報告のFigure 1に戻ります。テラトーマの関係を再掲します。

リジェンドは以下ですね。
>>
d,e, Teratomas are derived from ES cells. qPCR reproducibly detects Acr-gfp (d), and FES1 ES-cell-specific deletions (e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block.
Lanes 1: STAP cell teratoma;
2: STAP cell teratoma (separately prepared);
3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell);
4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell);
5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell);
6: C57BL/6NCrSlc mouse; and
7: no template DNA.
Each value shows fold-amplifications relative to the Il2 gene (seeSupplementary Methods).

f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block. The intestinal epithelium and pancreatic tissue in the rectangles correspond Fig. 2e and Extended Data Fig. 4c from ref. 1, respectively.

g,h, Magnifications of the rectangles with immunostaining for enhanced GFP (eGFP), indicating that these tissues are derived from GFP-negative host tissues (white arrowheads). Scale bar, 1 mm.

eのグラフは以下に示す桂報告書(スライド)のB6と129の遺伝子異常の一致です。

f,g,hがCAG-GFPの無い組織部分があるという検証証拠写真です。小保方さんはGOFマウスをドナーに使っていますから通常はOct4-GFP蛋白質はテラトーマ段階では既に発現していませんから、こういう免染でOct4-GFP蛋白を見つけることはできません。でも桂報告書は誰かがCAG-GFPのESを移植したのだと疑っていて、CAG-GFPの蛋白質が免染で見つかっていて、かつ免染とは別にPCRで遺伝子異常も一致しているということです。因みにOct4-GFPと enhanced GFPのGFPは同じ蛋白質ですから区別はできませんが、テラトーマでは前者は発現しないからCAG-GFPなのだという演繹推論です。

これらの写真はe-GFP(CAG-GFP)の無いテラトーマ部分があるということを示している。原因の可能性は三通りですね。

①GOFマウスのテラトーマである。
②ホストマウスの体細胞を切り出してパラフィンブロックを作るときに一体化させて貼り付け加工したのだ。
③我々の説ではキメラ成功した時に同時樹立されたntESのソート前の幹細胞を上から注射したためにリシピエントのICRマウスのES細胞からテラトーマができたのだ。

一番自然なのは①です。Oct4-GFPの蛋白質はテラトーマ段階では消えてしまっていますから免疫染色で検出されることはありませんが、Oct4遺伝子自体は細胞が死滅してない限りは存在していますのでPCRに掛ければ検出される。それがアルイミオウジ氏の指摘した1単位の検出結果になっている。
ただ、GFPの検出されていない部分はあまりに出来すぎているテラトーマなんですね。小保方さんは多分足場付きでこんなテラトーマが今までできた経験はないでしょうね。他方桂チームも出来すぎているからとホストマウスの体組織を切り出して加工したのだと言ってる。でも、そもそもESによって捏造するのに学生のGOFESを持っているにも関わらずFES1を使っていると考えること自体がおかしい上に、ESの捏造なら簡単にテラトーマは出来るからそんなことをする必要はありませんよね。
そこで、小保方さんがこの12/27Harukoを3誌リジェクトまで使用しなかったということと相まって、既述しているように若山さんの注射だと我々は主張している。

(あのね氏への反論)

もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html

No.1はESコントロールではないのですかね。確定的なことは言えません。でもそのことは「誰かがESを重ねてinjectionした説」の根拠を否定しないと思いますけど。

(最後の矛盾)

Article Extended Data Figure 4-dです。

リジェンドは以下です
>>
d, Teratoma-forming ability of Oct4-GFP+ and Oct4-GFP-dim cells (isolated by FACS, top). Oct4-GFP+ cells, but not Oct4-GFP-dim cells, efficiently formed teratomas (table at the bottom). However, because STAP cells were dissociation-intolerant, the teratoma-forming efficiency of dissociated Oct4-GFP+ cells was lower than that of non-dissociated STAP cell clusters.

出来ていることになっている。試行回数50か所にも及ぶ。すべてGOFでの実験です。

手記206P。
>>
STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンブルもなくなっていた。

今残っているのは以下ですね。
(STAPテラトーマ)
23番　CD45カルステラトーマlike、6 weeks +PGA 12/27移植Haruko、他
52番　テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３
53番　testis テラトーマ CD45 カルス、CD45 カルス-テラトーマ、他

この図の形式は2013/4/1の査読者の要求に沿ったものになっています。

再掲しましょう。
>>
Data should be provided on the frequency and reproducibility of in vitro differentiation.How many cells were grafted for the teratoma assy? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?The frequency and sizes(weights) of Teratomas should be presented.Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-gfp)?

実験はGOFマウスで行われている。トリプシンで乖離したものとスフィア塊のままのもので、前者は20の実験で3つできた。後者は20の実験で8つできた。そしてFACSで蛍光の弱いdimを使うと10の実験で結果は0であった。この表の形式は2012/4/4のリヴァイズ要請に応じているから、新規にこの実験を行うと笹井研での実験となる。テラトーマ実験は4週間から6週間かかる。ただ、笹井さんの記者会見で明らかになっているように、笹井さんは12/27Harukoの画角を変えて撮影させているので、新たに一から行ったのなら不要な撮影になる。行っていないということだと、理研若山研での実験結果だということになる。しかし、テラトーマの重量を測っていたのかどうかも分からない。少なくとも12/27Harukoのテラトーマ重量は実験ノートには無い。

まず順を追って査読指示に関して考える。ここで小保方さんがNOD/SCIDを使って、査読指示通りの実験を一からやり直していたとしたらアーティクルに記載されたテラトーマの記載事項は嘘ではなくなる。この時に確認されなければならないのはNOD/SCIDの笹井研での購入記録です。笹井研というより小保方研の予算に関する申請書です。小保方さんは10月まで笹井研で間借りしている形になっている。しかし、彼女の動物実験申請書は逆流性食道炎モデル実験のもので2013/11/27の申請になっていて、実は笹井研でのリヴァイズ実験はすべて笹井研の予算で行われているようである。

ここで、この実験が笹井研でNOD/SCIDで行われたものだとすると、既述してきた推測はすべて不要で、間違っているということになる。実際にNOD/SCIDが使われていたのなら、最初の永田龍平議員の疑義から始める必要はなかったのである。

この問題は画像が間違っていたというものである。そしてその画像に12/27HarukoがあったからNOD/SCIDではなくヌードマウスだったはずだがという疑義になった。仮にArticle Extended Data Figure 4-dの実験がNOD/SCIDで行われていたのなら、小保方さんはそういえばいいだけです。テラトーマの本文記載事項は笹井研で行われたNOD/SCIDの実験のもので間違いないのですと。

もう一度アーティクルです。
>>
In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 10^7 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.

これは12/27Harukoの実験ではありませんと。でも、査読者は元の論文にNOD/SCIDの記載があったことを証明している。この本文が後に笹井研で行われたテラトーマ実験であったとしても、画像は12/27HarukoのままでリシピエントマウスはNOD/SCIDと書かれていたことは判明している。

笹井研でArticle Extended Data Figure 4-dの実験が新たに行われたということはないようです。小保方さんは若山研で行った実験を新たに査読者が指示した形式で整理しただけのようです。するとこのマウスはすべてヌードマウスだということになる。

そして、もう一度貼り付けましょう。手記206P。
>>
STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンブルもなくなっていた。

もう一度現在残されているSTAPテラトーマです。

50個のテラトーマが試行されていて、12/27Harukoのケースでは1匹に3か所が最大ですからそれで計算すると16匹分になる。同じく一回の実験で3匹使うと5,6回の実験になる。複数回という手記の記載と一致する。そのうち成功したのは11回分ですから5,60枚のグラススライドがあることになるが、手記にはそれが無くなっていたという。そして今残されている木星リスト上の数量とは合わない。更に今残されているのは12/27Haruko時の実験に関係したもののみのようだ。

「STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていた」という書き方は行為者が自分と別人と両方考えられる。また、「それらのサンブルもなくなっていた。」のなら、犯人は識別がついたというこということになる。テラトーマはヴァカンティ足場をつかわないのなら習えばだれにでもできるので、作ったのは小保方さんだけでない可能性がある。

23番の[CD45カルステラトーマlike]は彼女が足場を使っているからlike なんですね。同じく23番の[6 weeks +PGA 12/27移植Haruko]はまさに問題のグラススライドです。また52番の[テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３]は幹細胞だと記載がないから幹細胞だという判断でいますが、"ひか"は皮下でしょうからこれも足場付きではないかと思われる。53番の[testis テラトーマ CD45 カルス]は唯一ヴァカンティ足場を使わないSTAPテラトーマができていることになる。[CD45 カルス-テラトーマ]も問題のバラフィンブロックですね。

(応答です)

あのねさんから応答がありました。我々のストーリーを纏める前に検討してみましょう。
>>
あのね

>>学さん
>訴訟を断念した小保方氏は、良い選択をしたと思いますが、今後に沈黙を破り、もう少しメッセージを発信してくれるでしょうか？謎ですね。

　ただ、(希望的には)私はまだ訴訟を断念したとは思っていません(笑)。ペコリさんの意見を引用すれば、例えばSTAP騒動で小保方弁護団が小保方さんにNature論文の掲載費用返還に応じることを薦めたのは、その時はそうせざるを得なかったのは良い選択だったけど、ついでに弁護団は支払うことの「仕掛け」を用意したと言っています。すなわち、支払った60万円の掲載費用返還請求で、時効「会計法第30条」は来年です。訴訟すれば、全ての立証責任は理研側にあります。仕掛け=トロイの木馬から兵隊を出すかどうかは小保方さん次第ですが…
2019/09/30 URL 編集

[弁護団は支払うことの「仕掛け」を用意したと言っています。]ということを私は知りませんでした。どこかで確認されたんですね。可能ならソース開示願います。
私は博士号剥奪がひどいと思っています。あれは小保方さんが再試験という大学側からの申し出を受けたんですね。大学を信じた。自ら一旦博士号を返還した形になっていていますから、詐欺として私は口車に載せられて騙されたのですと訴訟しない限りは勝てませんし、弁護団は訴訟しなさいとアドヴァイズしている。小保方さんがしなかった。彼女はそういうことは嫌いなだけなんですね。自分の細胞は多能性細胞ではなかったのか。そちらの方が彼女には重大だったのだと思っています。他のことはどうでもいいんですね。
それとこの理研での事件は難しすぎて弁護団自身が小保方さんを疑っているんです。弁護士はクライアントの真にためになるように行動しようとする。その判断では理研とは戦わない方が良い。しかし、博士号剥奪は詐欺訴訟で勝てます。小保方さんが本当に理研の実験で若山さんを騙してESコンタミ捏造に導いたと仮定してすら勝てるんです。なぜなら博士号の剥奪は理研の捏造とは何の関係もありません。捏造事件で騒がれた人々はそのまま博士号維持しているではありませんか。まあ、剥奪されたのはシェーンくらいのものでしょう。あれは刑事訴追されましたからね。ちゃんと警察が調べている。それに対して早稲田大学は小保方さんの草稿提出に気づきもせずにノーチェックで博士号を与えた。お前の落ち度だろうが、まぬけが。金払って勉強した客に対して何だテメエは、恥を知れ。ということですね。はい。それだけのことです。

あのね
　一言居士さん、私の疑問に対して応えてくださってありがとうございます。実は私の中に様々な疑問があり、文書に走り書きをしており、それは一冊の本がかける程です。それを小出しに意見を述べています。本来なら、一言さんのコメントに反映させたいのですが、一言さんのブログが汚れてご回答に困られることを憂慮しつつ、学さんのブログを通して意見を述べました。私の立ち位置は一言さんの全て否定の意味ではありません。以後、質問させて頂きますが、お答えできる範囲でご自身のブログで意見されてください。
2019/09/30 URL 編集

あのね
>テラトーマからAcr-CAGが出ました。そしてアルイミオウジ氏の指摘で試料1のテラトーマからわずかにOct4-GFPが検出されていると分かった。なぜこうなるのか。小保方さんが自分でコンタミさせるなら学生のntESを使いますね。でもここで使われているESはアクロシン入りです。私は若山さんがF1のntESを上から注射したと言ってる。では若山さんは、2011/11/25に培養開始したGLが2011/12/27以降には樹立されていたはずですから、どうしてそれを注射しなかったのか。
2019/09/30 URL 編集

あのね
>>学さんの質問
>STAP細胞注射部位の上から、Acr-GFP細胞を重ねた可能性はどうなのでしょうか？あのねさんのコメントがいただけたら、ありがたいです。

　ノートに免疫不全マウスの1番がなぜ無いのかがの謎解きが先決です。これは、一言さんにも考察して欲しいんですけどね。私はノートの耳の切れ込みを同じにして1番の免疫不全マウスでES(小保方さんが知らない、研究室に既に何年も残されている(不法の)FES1を起こした"129 GFP ES"でテラトーマで渡米中の彼女の1匹を破棄してスワップしたと思います。10^5オーダーであのような立派なテラトーマはPGAでもできないと考えています。だから小保方さんは3匹全てがそうでないことに不審に思って、聞き取りでも以後にテラトーマ実験をしています。組織像はHE染色でまず評価するから、免疫染色が遅れた理由とかの桂報告書は呆れるね。彼女が疑っているから免疫染色が遅れているのですよ。報告書では、パラフィン切片でのFISH法で得られた結果を称賛して、パラフィンブロックで後の免疫染色が劣化すること等の指摘の矛盾には笑えますね。一度固定包埋されたら簡単に劣化しません。切削後のパラフィンブロックは空気と遮断するためにパラフィンコーティングします。
2019/09/30 URL 編集

[ノートに免疫不全マウスの1番がなぜ無いのかがの謎解きが先決です。これは、一言さんにも考察して欲しいんですけどね。]という問い合わせには、あなたと同じくESのコントロールではないかとここのすぐ上で答えていますよ。
>>
(あのね氏への反論)

もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html

No.1はESコントロールではないのですかね。確定的なことは言えません。でもそのことは「誰かがESを重ねてinjectionした説」の根拠を否定しないと思いますけど。

私が書き続けているので多分見逃されましたね。どの時点で返答するかは紛らわしいですね。お察しします。今でもまだ終わってないんですよ。でもこの辺りはいずれにせよ大したことありませんね。
むしろ、[私はノートの耳の切れ込みを同じにして1番の免疫不全マウスでES(小保方さんが知らない、研究室に既に何年も残されている(不法の)FES1を起こした"129 GFP ES"でテラトーマで渡米中の彼女の1匹を破棄してスワップしたと思います。]の部分があなたの推測ですね。これはありませんよ。No1を打ったのは小保方さんです。若山さんではありません。小保方さんのNo1をスワップしてもそもそも小保方さんはそれを使っていないではありませんか。

あのね
　なお、不法と表現したのは、当時共同研究者がArc-GFP入りのESを樹立して理研に残していたからで、クローンの顕微受精に便利なESであることから若山氏は重宝していたでしょうね。私だったら、黙ってもらいますね。およそ10年前の凍結細胞をそのまま残すことは考えられません。数年単位で、例えばより優秀な凍結保存剤が販売されれば細胞起こして(解凍)凍結維持する作業はあったはずで、それが129GFPESと考えています。そこでなぜスワップしたか？の疑問になりますが、小保方さんは日頃からSTAP細胞からPGA環境でも「テラトーマライク」の結果の不満を若山氏に伝えていたと考えます。その時は、悪戯と言っては語弊ですが若山氏に悪意はなかったと考えています。細胞の取り寄せについてですが、FES1は129GFPESに化けているし、129GFPESは不法の細胞だから樹立日記入もない、若山研のある人しか誰も知らない幽霊細胞です。騒動が起こり、小保方さんの真性な試料を破棄取り捨てしてジャミングさせて、それだけを残したと考えています。
2019/09/30 URL 編集

まず、129GFPESは小保方さんが持っていたFLSにすぎません。特別なものではないです。これをFES1だと言ったのは若山さんに騙された桂報告書に過ぎません。そもそもFES1なんて太田さんが京都大学に全部持ち出してしまっていて理研若山研にはありません。後に若山さんが京都大学の太田さんから細胞を送ってもらって中身をFLS3に入れ替えて第三者機関に分析に出しただけのものです。何も難しくないです。
そもそも太田さんの2005年の論文は若山さんとの論文なんですから、ntES-G1を若山さんが持ってたという可能性はある。でもFES1、2というのはその論文とは無関係に半年後位に片手間で作ってすぐ凍結した受精卵ESなんですよ。論文の責任著者の若山さんとは無関係な細胞なんです。
また、2008年論文の実験は今も理研にいらっしゃるテクニカルスタッフの坂出さんが第2著者になっていて、Hiroshi Ohta, Yuko Sakaide, Kazuo Yamagata, Teruhiko Wakayamaという共著者陣ですから、その時の所謂ntES-G1に関してなら坂出さんが持っていて、フリーザーの隅に残されていたという可能性は有りますが、これらもFES1、2とは無関係です。しかもこのntES-G1G2は中身の親の雌雄が論文及びラベルともに違っていたというお粗末さです。
この2005年と2008年の論文は以前は山梨大の若山ラボの文献リストにアップされていましたが、今は消されています。もっとも私は論文コピーをエクセルに保存しています。このブログにはアップしていませんけどね。Ooboさんとパートナー氏そして相沢さんはその原稿をお持ちですよ。

重要なことは、最初のキメラ成功で小保方さんがFES1を若山さんに渡したからキメラができたのであるのなら、2011/11/25に樹立培養開始されたGLは小保方さんが学生のGOF ESを若山さんに渡したから樹立されたわけです。8株樹立されているんですよ。

12/27Harukoのドナー細胞はGOFマウスです。どうして、捏造するにせよ、このテラトーマに小保方さんがFES1を混入させるんですか。GOF ESを持っているんじゃないんですか。GLではそれを若山さんに渡したんではないんですか。渡さなかったのならどうしてGLが8株樹立されているのですか。この致命的な論理矛盾を押さえてください。

[そこでなぜスワップしたか？]はスワップしていたらの話ですね。いたずらで本当は持ってたFES1を若山さんが使ったと?小保方さんが+PGAでできないと言っていたからと?いたずらする動機はこの場合はもう只のおふざけになりますね。でもその前にキメラが出来ていて、幹細胞までできたと知らされている。こっちもおふざけだったのですか?私はリクルート目的だと説明しています。そしてntES化実験そのものは真面目な実験だと考えている。若山さんが捏造をおふざけでもすることはありません。真面目な研究で作っているキメラをどうやって作ったかを隠して、できたよとリクルートのための時間稼ぎの嘘に利用しただけだとストーリーを構築している。あなたの部分ストーリーは全体を説明し得ていないのではありませんか。

まずあなたは一冊の本を書くだけの材料をお持ちなのですから、書いてみるべきです。この事件で一体何がどうなってこうなったのかのストーリーをご自分なりに構築されてください。ご自分のブログでも、佐藤さんのように本になさってもいい。自分で書いていると最初に自分の作るストーリーのいろんな矛盾点に気づけます。矛盾を解消するようにストーリーを組み直していくと一応全体が整合する一つのストーリーが出来る。和モガさんはジグソーパズルに例えている。私は弥生土器の復元に例えています。土器でもジグソーパズルのピースでも、断片が全部残っていたら、完成形は一通りしかない。でも部品に大きな欠損があると、考えうる復元図は一通りとは限りません。もし、私の仮説に何か違和感を感じられるなら、まずはご自分の復元図を作ってみてください。人の推理の一部を取り出して別の可能性を提示する前に、まずご自分で全体を構成されてください。そうしないとどうしてその部分で一つの可能性だけが選ばれているのかを理解できません。
その問題と、部分的にではあれ、事実が違っているとか、論理が間違っている時は批判していただくと有難いですね。これは別の問題ですから、全体の整合性とは無関係にご指摘可能のはずです。私は間違ってたらすぐ訂正します。目的は何があったかを知ることで特に小保方さんを擁護しようという考えはありません。彼女が犯人だと分かったのならそう書きますが、今のところ若山さんが犯人だと分かったつもりでいるので、そう書いているだけです。ここのトイレの落書きは私の勉強室なんです。

因みにジムさんのところにリンクされているryobu-0123のブログはほとんど私と同じ推理ですが、一つだけとても違うところがある。それは若山さんの嘘の動機を私のようにリクルート目的だけでない、方便の嘘とみなさない、見方です。私はその方向ではあえて考えていませんが、頭の隅には当然ありますね。復元可能図は一つではないです。私があえてその可能性を深く追わないのは、そもそもこの事件は大した問題で無いと思っているからです。譬えは悪いが夫婦喧嘩には口を出さないというような感じでしょうか。でも刃物が出たら放置できないからと見守るような感じでしょうか。本来、こんな問題は外に出るような話ではないですね。とても特殊な環境で起きた例外的な事件だと思います。まあ、私は自分で納得できたらもういいんです。ただ、博士号剥奪はひどい詐欺事件だとは思ってるんです。

始めに戻って[本来なら、一言さんのコメントに反映させたいのですが、一言さんのブログが汚れてご回答に困られることを憂慮しつつ、学さんのブログを通して意見を述べました。]とおっしゃる部分に関して、コメント欄はご自由にお使いください。したらばの時と違ってアラシは消せますし、その気になれば事前にブロックできますから大丈夫です。私が困るような質問をしていただけるとありがたい。一人でやってると見落としはあるものです。

序に、Ooboe さんにも申し上げますが、タイトルのところにもご自分のハンネを入れるとここのテンプレートは見やすいです。題をつけたいときには本文の中で区分するといいです。

(諸情報間に整合性のとれた最も合理的なストーリーは構築可能か、それとも何か重大なミッシングリングがあるか。)

F1マウスによって最初のキメラができ、幹細胞も成功した。そのキメラの写真は2011/11/28の日付プロパティを持っている。

Letter Extended Data Figure 1-a

この写真が2011/11/28撮影だということは桂報告書が証言している。
>>
４）Letter Extended Data Fig.1a について 
・2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚の写真の疑いがある点(論文撤回理由 2)（これについては、2014 年 5 月 10 日に著者から報告、5 月 21 日に報道されている） 
・この写真で胚の一部を胎盤と誤同定している可能性がある点

（調査結果） 4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いたPC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があって、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性が高い。

この写真のマウスが129B6F1だということも桂報告書が証言している。
>>
（評価）
2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」が正しいが、不注意による間違いと思われる。

桂報告書とBCA報告書はともにキメラは既存ESのコンタミによってできたと結論していますから、この最初のキメラも当然太田ESであるFES1のコンタミということになる。そうでなければなぜできたのかを更に追求しないと結論にはなりません。また、この最初のキメラができた時に同時に樹立されたと、若山さん本人がインタヴューにも答えているし、後には小保方さんの手記にも書かれている、幹細胞もFES1だったということになる。そしてこの時にはGOFマウスでの幹細胞化実験も成功していて、若山さん自身が事後MTA締結の際の持ち出し細胞リストにGLとして記録している。この時にキメラが作られたのかどうかは分かっていませんが、まずは樹立された幹細胞があるのですから、これも学生のGOF ESによるコンタミであったということになる。リストは以下ですね。

GOFマウスのリンパ球由来と書かれている。樹立培養開始日は2011/11/25です。クムリナ書き込みにあるように、一旦キメラ胚に入れて作っているので、当然キメラも作られていると推測されますが、確認はありません。いずれにせよ、F1のキメラと幹細胞は太田ESで作られ、GOFマウスのキメラと幹細胞GLは学生のGOF ESによってつくられたというのが両報告書の結論になるわけです。

そして12/27にヌードマウスが入荷して、小保方さんは事前に用意していたGOFマウスのSTAP細胞を精巣インジェクションと足場付きの皮下埋納移植を行ったわけです。F1マウスはテクニカルスタッフや小保方さんには作成できないことは若山さん自身が記者会見で証言していますから、小保方さんはGOFマウスでテラトーマを作成した。キメラではありませんから蛍光確認なんてする必要はありません。むしろOct4-GFPが蛍光していることをちゃんと確認できるGOFマウスの方がいいわけです。

桂報告書は小保方さんがFES1と学生のGOF ESをどちらも持っていたと推測している。後者は推測ではなくて、事実ですね。で前者は何の証拠も無いばかりか、入手経路については疑問が残ったと書いている。でもあったのだと前提して無いと、コンタミはあり得ません。コンタミだと結論しているからにはあったと推測されているんです。そして無いはずのFES1が解凍されない限り使えない以上、このコンタミが故意であることは明確で、犯人は小保方さんだと言ってるも同様のレトリックを使って報告書を書いている以上、小保方さんがこのテラトーマに学生のGOF ES を使わずにF1マウスの太田ESであるFES1を混入したと言ってるのと同じなんですね。これって、普通アホと言わないか。F1キメラと幹細胞にはFES1を混入し、GOFキメラと幹細胞GLには学生のGOF ESを混入したのだと結論しておきながら、GOFマウスがドナーのテラトーマをFES1で小保方さんが捏造したと言ってるお前の脳みそはマコメミソかと、世界に揶揄されて恥ずかしくないかなあ。マルコメミソさんに失礼かな。

Ooboeさん、こんなもんでいいかな。あのねさんも何か疑問があったらここのコメント欄にお願いします。僕はそろそろAC129に戻ります。

追記(2019/10/7 6:00)
>>
楠本英正
6時間前
理研よりGL、FLBの件で回答。
論文に使われていない為、解析していないと回答。

論文に使われている細胞だけが調査の対象になっては居ないし、論文に使われた細胞の全てが調査されたわけでもない筈だけど。FESとかFLS-TとかntES-Gなんて誰がどこから持ってきた細胞なんでしょうか。桂報告書に諸細胞をどういう方針で分析したかは記されていない。竹市さんが細胞の由来を確認しないと意味のある結論は出ないと忠告したにもかかわらず、誰が会議を主導したのか。

>>
Ooboe
学さん

毎日新聞、須田記者著書「捏造の科学者」はパートナーにとって、資料入手のヒントの宝庫でした。また、リーク画策者達は、まさか、ここまで記述されるとは、思わなかったでしょうね、理研CDB内リーク画策者によって、須田記者は、見事巧妙に操られ結果的に小保方stap否定の最大の功労者となっていきました。彼らは須田氏も願ってもない情報をリークし続けていました。
「自己点検委員会報告書の草案、眼を通しに来ませんか」などなど
2019/10/06 URL 編集

Ooboe
2014年5月末、若山氏解析依頼の（偽称）第三者機関の解析結果の連絡を受けた、理研CDB内リーク画策GDは、このことをどのメディアよりいち速くスクープしたい記者魂を（くすぶる）べく須田記者にリークしました。必ず山梨に飛んで行って若山氏に解析内容の記事化の了承を取りに行くものと踏んだでしょう、リーク画策者の思わく通り須田記者は取材に山梨に飛んで行きました。
解析内容の記事化の了承は得れませんでしたが、近く記者会見をする予定とのことを記事化出来ることになり6月4日の夕刊記事報道に繋がりました。
寝耳に水の須田記事、若山第三者機関解析結果記者会見発表記事に、急遽、理研本部テレビ会議に呼び出されることになり、
本部に対して解析結果の記者会見実現の説明をすることが、結果的に叶えられました。このことが小保方stap否定への、分水嶺となったのですから、stap否定最大の貢献者と思います、、。しかしその糸を巧妙に引いた画策リーク者こそ凄いです。
2019/10/06 URL 編集

リーク元のひとつは松崎GDの研究室ですね。NHKに小保方さんの実験ノートを流出させた複数の筋もある。若山さん自身は番組に出演していますからね。すべての大本は無論ここです。

一枚報告補記8

一枚報告補記8

学氏から反論を受けましたから、再反論しましょう。

因みにジムさんに一枚報告補記の7の原稿のアップをお願いしましたが、音沙汰無しです。長期旅行か何かかもしれません。以前にも一度ありました。ひょっとしたら、飽きられたかもしれません。私も自分では分かってしまったつもりなので意欲下がり気味です。でも、Ooboeさんとパートナー氏が頑張っておられますから、その間はまだわかってないところを少しずつ解明して行こうかなと思っています。

ジムさんに送ったメールを紹介しておきます。
>>
お世話になっております。学さんがGLSに関して間違ったことばかり書かれているので、読後批判を書きました。補記7です。最近静まって話題性が無くなっていますから刺激のためにも、よろしければアップしてやってください。以上です。それと若干の連絡をさせてください。

小野小町
Ooboeさん、お元気? 学さんのところに書き込まれていることで、細胞の小ささに関して博論時に若山研へ持ち込まれた細胞はリンパ球ではありませんから注意なさってね。小保方さんが先を細めたパイペットは10マイクロメーターとされています。B6の骨髄細胞などから物理選別されているものです。
リンパ球は体細胞の中では各段小さいものでかつ酸浴させているから恐らく浸透圧の関係で水分が幾分抜けているのではないかとも想像しているわ。笹井さんもCD45より小さいとおっしゃってる通りよ。ただ小保方さんは物理選別の時代から小さい細胞を探しているので小さいということに関して思い込みが強いようだけど、リンパ球はそもそもが小さいということと区別がついていないのようなのね。

一言居士
楠本さん。情報公開請求のGLの説明待ってます。どんないいわけになるのか、そしてその中に何らかのヒントがあるかどうか、楽しみにしています。

Ooboe さん宛に追記しておくと、ピペットの径は博論概要の中に書かれています。私のブログの小保方さんの論文というカテゴリーの中に置いてあります。FACSでは6マイクロメーター以下の細胞を集めています。11jigen氏の紹介している小保方さんが間違えて草稿を提出してしまっていた第二章の文章には8マイクロメーターと書かれています。
>>
第二章では、spore-like stem cellの採取法を検討すると共に、幹細胞マーカーの発現を解析した。Spore-like stem cellsは細胞直径が非常に小さいという特徴を有しているため、小さい細胞を採取する方法を施行した。まず、cell sorterを用いてBlack6 マウスの骨髄細胞から、直径６μｍ以下の細胞のみを回収した。続いて低浸透の溶液で細胞を短時間処理することによって、大きな細胞の細胞膜を破壊し小さな細胞のみを回収した。また先端を10μｍほどまで細めたガラスピペットで細胞を粉砕することによって小さい細胞を回収した。
>>
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less　than 8 micro meters in diameter cells were isolated.

楠本さん宛に追記しておきますと、ジムさんと今連絡が取れませんので、取り敢えず私のブログのその他(0)以下のカテゴリー4件以外は自由に使われて結構です。特に、補講一枚報告(5)は今AC129に関して考え続けていて結論が出ていません。確定したら別の名前でSTAP事件(44)の上に入れる予定です。そうなったときはご自由にされてください。ただし、ここにあるのは"便所の落書き"に過ぎませんので、自己責任でのお取り扱いをお願いします。

では、本論です。

一言居士さんの反論
万能細胞 iPS ES STAP
携帯入力分をパソコンで書き直しました。内容が一部違って申し訳ありません。
一言居士さんから、すごく長い反論をいただきました。

この程度で長いなんて、それでは誰かの全集なんて一つも読めないじゃないですか。読んでて退屈だから投げ出したくなる位長いとおっしゃるのなら分かりますけどね。

竹市先生らもご指摘のように、調べたサンプルの出所が正当なものかがわからないのは、この問題を追っている人たちの共通の認識です。
しかし、事件関係者が誰も詳細を語っていないこの状況で、そこを追及しても何も始まりません。

竹市さんがそういったというのは佐藤さんが公開資料請求してそれを世間に知らせたからです。それまで誰も知りません。この指摘から「何も始まりません。」でしたか。この疑問からすべては始まったんではありませんか。和モガさんの問題意識の始まりはただここにはA=Bだという証明があるだけで、だからなんだということに関する関連情報の証拠が何もないというものでした。桂報告を読んだ者が共通に感じた疑義です。そしてその疑義は桂調査を依頼する前段階の会議の席上で竹市さんから指摘され、野依さんが同意していたということを佐藤さんやDORAさんが世間に知らせたものです。
いきなり何を否定なさるのでしょう。「調べたサンプルの出所が正当なものかがわからないのは、この問題を追っている人たちの共通の認識」なら、物事はその問題を中心に解明されて行かないといけない。「事件関係者が誰も詳細を語っていないこの状況」は事実誤認ではないですか。若山さんが自分に都合の良いことはたくさん詳細に語られていますよ。小保方さんも手記と日記でたくさんのことを書いている。我々はその証言間にある矛盾を指摘し、それを整理し、他方にあるA=Bなる検証事実との関連付けを行っている。「何も始まりません。」どころか、私は始めて5年の今ほぼ終わりましたよ。後はもう少し細かいところまで分からないかなと考えているだけです。

調査対象の物品がまずは正当なものとみなし、公開された調査結果から疑惑があれば、そこを指摘していくとの作業を、私たちはしています。

そこは同じです。"まずは"科学者の矜持程度は有るだろうという前提で検査事実に関して嘘はついてない筈だという仮定から始めるということで、ここでは語られたことは事実であろうが、全てが語られていないということは直感的に疑義されているということです。ただ、最終的には科学者の矜持も怪しいというところに落ち着きましたかね。その裏側には結論ありきの文科省圧力も加わっているとみています。文科省はパンドラの箱の蓋を開けられたくなかったんでしょう。ただ、この圧力をいいことに社内権力闘争を行っていた者があったということも分かってきましたね。

当初、学とみ子は小保方氏の悪口満載の桂報告書をひどい！と感じたのですが、理研から出てきた調査結果は、STAPはESから作られたと証明できないとするものであったので、学とみ子は満足です。
しかし、表面的には小保方氏が混ぜたと印象操作はしているので、ここはマイナス点ではあります。

「理研から出てきた調査結果」というのは実態はそうですが、法形式上は理研が依頼した第三者調査ですので誤解を避けるために注しておきましょう。この桂報告書と後に英語でネイチャー誌を通して世界に広報されたBCA報告書は「小保方氏の悪口満載」、「表面的には小保方氏が混ぜたと印象操作はしている」ものです。そしてその印象操作を糊塗するかのように、間違った論理を使って、犯人は分からないとしているものです。間違った論理ですから、間違いを訂正すると小保方さんが犯人だという印象操作が書かれていることになります。
そして両報告書の結論はキメラとSTAP幹細胞はFES1とGOF ESと「僕のマウス」ESを使った捏造であって、論文に書かれているように作られたものではないということでした。
これを「小保方氏が混ぜたと印象操作はしている」のが、両報告書だということです。「は」という言葉は強意の指示助詞として使われていますね。印象操作はしているが、何か別のことはしていないと強調されようとしている。何か別の事というのが学さんによれば、「STAPはESから作られたと証明できない」という結論だと裏読みなさっている。
これはあくまでも裏読みですね。表には明確に、キメラとSTAP幹細胞はFES1とGOF ESと「僕のマウス」ESを使った捏造であると書かれていますよね。

恐らく、報告書にESねつ造との書き方を匂わせないと、誰か？（理研の学術層でない部署の管理者？）が満足しなかったので、あのような印象操作となったのでは・・・と、学とみ子は想像します。

文科省から早く終わらせろという指示があったんです。理研のみならず、山梨大にも、それ以外のあちこちにも違法天下りしている。既にラブオンザビーチで知れ渡っている。裏金問題もある。文科省はこのSTAP事件には関与していません。藪をつつくなと言ったんですよ。それだけの話しです。

一般社会がES論で終わらせようとするプレッシャーの中で、桂報告書が書かれました。

日本の一般社会はどうなってるんだと固唾をのんで見守っていただけですよ。一般社会って理研内部の理事たちの"コンセンサス"のことをおっしゃってるんですか。ヒエラルキーは文科省-桂第三者調査委員会-理研理事会-理研調査科学チームの順です。上意下達です。

一般社会がES論で終わらせようとするプレッシャーの中で、桂報告書が書かれました。このプレッシャーをかけた組織は、ひどいですけど、それがパトロンを抱える日本の科学界が抱える問題点ですね。

パトロンという言葉は一般的には民間活動での資金援助者という意味で使われますよね。理研は当時独立法人で今は特定法人ですが、いずれにせよ、世界基準の定義では政府関連企業です。税金で運営されている。大学も含めて予算は文科省が差配している。無論最終的権限者は財務省であり、更には国会承認です。民間の技術部門や研究所は通常は政府のお金は入りません。無論、裏では産学協同のプロジェクトや公共投資を通して間接的な税金の投入はあるわけです。でも、そういうのはパトロンとはいいませんね。
お金は誰かが出すんです。資本主義社会ですから民間では株主と国民の家計部門の金を集めている金融機関が出す。理研や大学などの国営企業は政府が出す。
広い意味でお金を出している部門をパトロンと言っても構いませんが、お金は誰かが出さないと科学研究はできません。「パトロンを抱え」ていたら、それが「日本の科学界が抱える問題点」なんですか。パトロンが無ければいいんですか。それだと科学研究はできませんから、科学研究をしないがいいという意味ですか。そんな意味ではないでしょうよ。

そうしたプレッシャーの下で、科学的に遺伝子調査では、ESねつ造を決めることはできないというのが、報告書の結論です。

「そうしたプレッシャー」をかけているのがあなたのおっしゃる「パトロン」なんでしょ。もしそうなら、その「パトロン」は文科省ですよ。あなたは「文科省」という言葉をご存じないんですか。「パトロン」という言葉は歴史的にはヨーロッパの貴族が芸術家や学者を子飼いしているような関係をいいます。そもそもヨーロッパでは大学も教会も発祥は私立ですよね。
この事件の裏には利権団体として製薬会社もあるんです。広告宣伝には電通も入っいる。あなたが「パトロン」という言葉を使われると、とても紛らわしい。まさかあなたが製薬会社が資金援助しているからその利害関係の圧力の前に理研の科学調査チームが屈したのだなんてお考えではないでしょ。利権団体なんて文科省の前にはへりくだってしまいますよ。舐めたことしてたら厚生省から圧力がかかるかもしれない。
あなたがおっしゃりたいのは「文科省」の早く収拾しろという圧力に対して、ESコンタミ説で説明し、小保方さんを生贄の山羊、トカゲの尻尾にせざるを得なかったが、むしろそんなことはないのだということを報告書の各所に矛盾として散りばめて、科学者の抵抗を見せたのだとおっしゃりたいらしい。
私は断固あなたの解釈に反対します。あらかじめ言っておきます。これを行ったのは科学者の中の悪党です。

そして、小保方氏の作業内容から、彼女のES混入は無理との含みもあると思います。
STAPはESときめられないとの調査結果であったと、読者はそう読むべきです。

私がなぜあなたのことを隠れアンチだと疑義しているのかの理由がこのあなたの理研科学チーム、とりわけBCA報告を書いたメンバーに対するあなたのこの擁護姿勢だということはおわかりでしょう。

表面的なESと思わせる桂報告書の文言に、ES論者はこれで良いと思わされてしまったのです。

そう書いてありますからね。そう読まれて文句は言えませんね。自分で書いてるんですから、誤読ではない。読者に罪はない。ただ、矛盾があるから嘘をついているねと我々が指摘している。あなたはその矛盾は分かる人にはわかるように書き手が意図的に散りばめているのだとおっしゃってるんですよ。
国民を舐めてるんですか。報告書は法の要請下に事実を報告するよう義務付けられている。そんな舐めた態度で、報告書を書いている事自体が横柄でおこがましい。何様だ。と、国民は怒っているんです。国民はあなたの言う「パトロン」の更にヒエラルキーの上位に居るんです。勘違いなさらないでください。

小保方氏の未熟性の悪口が書き込まれたことで、ES説の扇動者は満足してしまったのです。

「ES説の扇動者」って誰のことですか。小保方ESコンタミで収拾しようとしたのは理研の理事会でしょう。文科省の早期収拾指示で決めたことだ。文科省は世間を鎮静化させて官僚不祥事に飛び火させなければ満足なので、「小保方氏の未熟性の悪口が書き込まれたこと」などという些末なことに満足なんてしませんよ。むしろそんな話には何の興味もないでしょう。文科省はESコンタミで行けなんて指示してない。早く終わらせろと言っただけです。ESコンタミ説で行くしかないと判断したのは理研上層部です。
彼らは調査の結果、それしかないと判断したんです。小保方さんが捏造したのだろうなあと本気でそう思ったのです。でも変だなあと思いながらも、時間がなかった。

ES説を堅持したいなら、FES2,や核移植ESの解析などしてはいけなかったのです。

「ES説」を言い出したのは若山さんだということを完全に忘れていますね。こういう試料を持ち出してきたのは若山さんです。持ち出されてきたから調査せざるを得なくなった。竹市さんが「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」と言ったのはこのときです。
このときに犯人グループが調査の主導権を握ったんです。竹市さんが試料の分析を拒んでいると騒ぎ立てた。若山さん、遠藤さん、松崎さんらですね。桂調査の科学検証実働部隊は松崎GLでしたね。BCA報告の責任著者にもなっている。須田氏に細胞の写真を流出させたのも、おそらくNHKに小保方さんの実験ノートコピーを全部違法流出させたのもこの人脈です。

実は、桂報告書では、故意の混入を否定して、実験ミスの可能性も指摘しています。

間違った論理でね。太田ESの解凍は実験ミスでは起こり得ません。ミスで太田ESを解凍しますか。そもそもどこにあったの。そんなもの解凍して何をしようとしてたの。仮にそんな解凍が行われたのなら故意に決まってるじゃないか。実験ミスの可能性の指摘は論理的誤謬じゃないですか。間違ってる。つまりミスではないんだ。故意なんだ。もし本当に太田ESであったのならね。そもそも太田ESでは無かったのでしょ。
太田ESを使ったと結論し、その使用をミスだと言ってる桂報告は、論理的に考えたらミスでないことは自明なのだから、結論の太田ESコンタミは嘘だと読者が分かるように書いているとあなたはおっしゃる。
だから一般の大多数の常識人たちは法治とは何ぞやと問い直しているのです。国民を舐めてるのか。お前たち調査委員は法の命令に従って正しく報告したらそれでいいんだ。おこがましいことをするなということです。多分してないと思いますよ。彼らはただ間違えたのだ。

調べない方が良かったサンプルまで調べたのは、理研のアンチES論者だと思います。
FES1がおかしな細胞なのは、皆わかってます。
だからこそ、他の若山研のESを広く調べたと思います。

FES1、FES2、ntESG1、ntESG2を京都大からわざわざ取り寄せて持ち込んだのは若山さんです。肝心なことを忘れてますね。持ち込んだのはアンチES論者ではありません。FESで捏造していると騒いだのは若山さん、遠藤さん、松崎さんですよ。若山さんが嘘をつき中身を入れ替えてることが我々の検証結果でばれてきているだけです。

和モガさんが早くから指摘していましたが、理研は問題点を知っています。

理研は竹市さんと野依さんが主張していたということを佐藤さんとDORAさんが公開資料で暴露したんです。彼ら二人の意見は通らなかった。だから今でも試料の出所が問題になっていて、Ooboe さんのパートナー氏が検察に調査依頼されているんです。

科学力で、理研はES説の問題点を書いたのです。

問題点を指摘したのは和モガさん、Ts.Markerさん、木星さん、DORAさん、アトモス部屋さん、Ooboeさんとパートナー氏ら私もあなたも含めてその他たくさんの一般人たちです。理研は自分では何も白状していませんよ。ただ、理事長が変わったので公開請求に対して以前とは態度が変わっていますね。

こうした読み方を、学とみ子は紹介してます。

そういう読み方は間違ってる。かつ、コンプライアス違反の容認思想です。

ES論なんて、まともな研究者が信じるわけないです。

それは文科省圧力の前には誰も何もいいませんから分かりませんね。だから無関係な一般人たちが解明してきたわけです。「まともな研究者」なる人々は何も手伝ってくれていませんよ。むしろスピン屋が暗躍している。私はあなたもそうでないかと疑義していますがね。

本物の学者は、桂報告書で、巧みに故意のES説を否定したと思います。

桂報告書を書いた学者が桂報告書で巧みに故意のES説を否定したと思います、ですって! そんなことをするのは違法行為です。ただ事実を報告するのが彼らの責務です。あなたの言う通りなら彼らは訴訟されないといけないでしょう。ただでさえ訴訟されるべきなのにそこにまだ罪を加えるのですか。

小保方氏がメスオスを渡されたかどうかも不明です。全て闇の中です。

渡されたマウスのオスメスは小保方さんが見たらすぐわかります。オスメスは見たらわかるんですよ。そして論文にちゃんとオスメス取り混ぜたと書いてある。

渡されたマウスがクローンだった説だってあるんだから、その場合は、マウスとES細胞は自由に同一遺伝子構成で相互に行き来します。

渡されたマウスが何のクローンなんですか。マウスとES細胞って何のマウスとES細胞なんですか。自由に同一遺伝子構成で何と何が相互に行き来するんですか。ちょっと説明不足ではないですか。全く理解できません。具体的にあり得るストーリーを説明してください。

そうした技術のある研究室で起きた事件です。

そうです。だから私はntES論を唱えているんです。

誰かが何かをしたのかの人為的な問題については、実験者は沈黙します。

若山さんや小保方さんや笹井さん、丹羽さん、西川さん、遠藤さん、吉村さん、岡部さん、太田さん、ヴァカンティさん、小島さん、大和さん等々たくさんの人たちがそれぞれ沈黙していませんから、相互の証言の矛盾から演繹結論を引き出してます。全部一般人たちの仕事です。

故意のすり替えたとか、入れ替えたとかは、他者にはわかりません。

分かるんです。

新規の実験では、意図しないミスも起きます。

勿論です。でも桂報告書の言っているミスはありません。あれは論理的に故意です。

調べた株での結果から、一般人読者はすべての推論をしないとならないのです。
出てきた情報だけで考えて行くしかありません。

私も含めて一般人はそうしていますよ。他にできることがないからですね。我々の見るところではあなたはその努力がたりないか、むしろ隠れアンチの意図的なスピンではないかと疑義している。

理研ですら、人為的な行為はわからないのですから、調査は、自然におきる現象に注目せざるをえません。

調査は科学的調査結果のみでなく事件の解釈を含みます。正しい評価が法によって要請されている。分からないことは分からないとしなければならない。憶測と決めつけの勝った間違った報告書であると我々はみています。再評価を求めますね。

年余にわたり、マウスの一塩基変異がどのような状況であるかを、桂報告書は丁寧に調べたのです。
そこに事件の鍵があると思ったのです。FES１のSNPの状態に疑問を感じたから、理研はさらに他の提出されたES細胞をいろいろと調べたと思います。

SNPs解析は遠藤論文がでたからやってみたということです。遠藤論文はたくさん間違っています。そもそもあの趣旨で論文を書くのなら別にSTAPのデータを使わずにちゃんとコントロールをとってウェトとドライと両方やって論文発表したらいいんです。小保方さんを陥れようという不純な動機があるからあんな論文になる。自然の謎を解きたいという真摯な研究心はありませんね。だからトリソミーでも間違える。自分でちゃんと実験した結果を分析したらその間違いには気づけるんです。公開データを調べただけですべてが分かるなんて科学として間違ってるでしょ。君は何時から捜査員になったのだと国民からは見られていますね。

ES派は、調べれば調べる程、ESねつ造を確定できると思ったのではないでしょうか？

何度も聞きますが「ES派」って具体的にだれのことですか。私には若山さん、遠藤さん、松崎さん等々の人にしか受け取れないけど。それならその通りでしょう。

STAP細胞がES細胞から作られたと言える場合は、どのような状態なのかを、桂報告書は示しました。

GLSのことですか。既に述べたようにGLSとGOF ESが元あったままであると仮定したら小保方さんがGOF ESを若山さんに渡したということになる。逆に若山さんが犯人なら若山さんがGOF ESの容器にGLSを詰め替えたということになります。何度も繰り返しますが和モガさんの言ってるようにこれはA=Bだと証明されただけでだから何だということを言うためにはその由来に関する別途証明が要るのだということです。桂報告書はそれを示していないのです。
そして私は若山さんが犯人だということを証明したことから、逆にサンプルは必ず入れ替えられていると結論している。あなたみたいに分からないなんて書いていませんよ。私が書いていることを否定してください。まず、若山さんはESを入れられたのが分からなかったと嘘をついている。まずこれを否定してください。そうするとサンプルは必ずしも入れ替えられているということにはならない。その作業はあなたがいつもお相手をしているため息ブログの面々と同じことをすることになるでしょう。だから私はあなたは彼らのお仲間であろうと疑義しているんです。

そして、理研は、他のES細胞の遺伝子状態を示すことで、若山研究室で年余にわたって飼育されているマウスの一塩基変異がどのくらいの頻度で起きるかを明かにしてしまいました。

マウスはほとんど調べられていないと思いますよ。若山さんが山梨に持ち出してしまっていますからね。調べられているほとんどは残された幹細胞と、市販のマウスです。唯一「僕のマウス」の両方の親の一匹づつだけが調べられている。結果129/Svは近交系を保っていないと判明した。岡部マウスは調べられていません。それとGOFマウスは理研にあるもので、若山さんが自家飼育していたものだということは明らかになっていない、この件に関しては今別途考察中です。

理研は、意図したそこの調査で、ES説の問題点を指摘したかったのだと思います。

繰り返しますが桂報告書は第三者調査です。真実だけを報告したらいいんで、余計なことをすると違法になります。ESコンタミだと結論しながら、本当はそうではないんだと裏で言うようなマッチポンプみたいなことを意図していたらアウトです。その時はESコンタミでは無いと書かなければなりません。

追記
一言居士さんの指摘について
＞SNPsというのは同一近交系マウスとして固定されている数万か所の一塩基性変異のことです。

SNPと呼べない一塩基変異を話題にしてます。細胞単位で偶発的にこれが起きても、広がるかどうかはわかりません。マウスは一個の細胞から増えて来るので、一塩基変異はマウス全体を構成します。培養細胞とは違います。

「SNPと呼べない一塩基変異」は培養変異でしょ。データ開示されている何万か所かのSNPs以外に新たにジャームライン上で発生したSNPのことですか。どちらの話かわかりませんが、後者なら、SNPs解析は既知の何万か所だけを調べてます。例えばB6と129のそれぞれの既知のSNPsだけを調べてどちらになっているかをグラフにしてある。それがピンクとグリーンとブルーのグラフです。新たに加わったわずかのものは調べられていないから関係しません。GLSに関してはB6だけですから既知のデータがほぼ全部一致してあったということです。ほぼというのは培養変異で消えている場合もあり得るからです。でもそれはわずかだから背景マウスの同定には関係しないんです。
近親率表は繰り返しますが「僕のマウス」の特に129が近交系を維持して無くてマウスコロニーにコンタミによる不均一がまだ残っているんです。20世代兄妹交配していると129ではないが曲りなりにでも近交系になります。もっと近い時期にマウスコンタミが生じているんです。その差もあるし、「僕のマウス」以外では129のX1とterの違い、更には自家繁殖させているGOFマウスのマウスコンタミも考えられるので、岡部マウスのB6と同じSNPsを維持しているかすら不明です。

一動物が獲得した塩基変異は、標準マウスの塩基と違います。これはSNPと呼ばないようですが、今の議論とは別問題です。SNPの定義とは離れ、若山研究室におけるマウスの一塩基変異を問題にしてます。

「一動物が獲得した塩基変異」はジャームラインに載ってきたんですから獲得されたと書かれているんでしょう。これは近交系マウス樹立時のデータ登録されているホモに固定されたSNPsではありませんが、一塩基変異という意味ではSNPsですね。定義の問題ですから新規分は登録外だからその近交系マウス特異的SNPsと呼ばないということなら、それはそのとおりでしょう。これが蓄積して増えてきたら、名前を変更して亜種として新たにそのSNPsを特異的SNPsとして登録し直すだけです。
「若山研究室におけるマウスの一塩基変異を問題にしてます。」ということに対する私の答えが、自家繁殖の過程でマウスコンタミがあって、近親率の違いの原因が特定できないというものです。

一枚報告補記7

学氏がGLSに関してブログに書かれている。私も今自分のブログでこの件に関して考察中ですが、事前にここに学説に関する批判を書いて置きます。

SNP調査などしない方が、ES説にとって都合が良いかもしれず、評価を後に残したのか？
2019/09/17 万能細胞 iPS ES STAP

GLS1とGOF ESは前者は小保方さんが若山研に自家飼育されていたGOFマウスを渡されてそのリンパ球を使ってSTAP細胞を作り若山さんに渡したものです。その後若山さんが何らかの手法で幹細胞化したと称しているもののうち理研側に残されたものの中から丹羽さんが性別確認のために2014/4/22に1と11を持ち出しています。木星リストの28と38番です。そのうちの1との比較です。
GOF ESというのは2010年の春から秋にかけて当時ラボに研修に来ていた糸井さんという学生さんが練習のために、やはり、若山研で飼育されていたGOFマウスを使ってntESをたくさん作っていたものを小保方さんが頼んでコントロールのESとしてシャーレ一皿を譲り受けていたもので、木星リストの102番のことです。2013/3/31までの若山研の引っ越し作業中に若山さんはMTA無しでこのサンプルの全てを小保方さんや第三者の立会無しに整理していますから、中身が当時のままであることは保証されていません。所謂、竹市さんが当時コメントした「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」という忠告通りになってしまっているものです。警察の捜査であれば当たり前の事前の証拠能力の調査が全く行われないままに恣意的に調べられているサンプルです。お粗末としか言いようのないもので、こんなレヴェルで博士を称しているなんて、専門知識はともかくとして、そもそも基本的な常識は無いのかと一般人達に笑われているような調査です。

どういう時に、STAP細胞がES細胞から作られたと言えるかについて、桂報告書に書かれている。
特に、GLSの時に、条件が整っているので、一番、理解しやすい。
また、ES細胞へのすり替えとか、最初からES細胞が使われたとかでなく、桂報告書で、なぜ、“混入”との言葉が使われたのか？
ここに疑問を感じた人はいないのだろうか？

STAP幹細胞はSTAP細胞から作られたと言われている。論文にそう書いてあります。嘘か本当かは分かりません。論文に書いてあるのですからその通りなのが普通は当たり前です。でも、残されているSTAP幹細胞と言われているものは、当時の理研若山研内にあった既存の受精卵ES(太田FESもしくは若山F1ES)、もしくはntES(糸井ntES)と同一であると証明されたがゆえに、STAP"幹細胞"がES細胞から作られたと桂報告とBCA報告は判断した。そして、STAP幹細胞は若山さんが小保方さんから受け取った細胞で作ったと証言しているからSTAP細胞は既存ES由来であったと世界にこっ恥ずかしい論理をさらしているわけです。無論裁判所でこんなこと言ったら裁判官からアホな事言うなと言われますよね。若山さんが小保方さんから渡された細胞をそのまま使ってSTAP幹細胞を作ったという主張は若山さんが自分で言ってるだけで何の証拠もない。恥ずかしすぎる論理です。小保方さんから渡された細胞をそのまま使ったのだという証拠を出さないと、STAP細胞が既存の受精卵ES(太田FESもしくは若山F1ES)、もしくはntES(糸井ntES)であったということはできないですよ。こんなことど素人が注意するようなことですかねえ。和モガさんも早くから指摘されていますよね。
竹市さんはテレビ会議で、「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」と忠告して、野依さんも同意したというのに、こんな当たり前のことが実行されなかったというのは、理研にはノーベル賞受賞者とその候補者の二人しかまともな知性はいなかったということなのでしょうか。これはたぶん高校生レヴェルなら既に判断のつく問題ではないでしょうかね。無論嫌味を言ってるんですよ。私は。

小保方氏が故意にESを使おうとしたなら、どこでどうやって混ぜたの？について、さまざまな推論になる。最初から、ES細胞を使った方が確実などとの憶測も飛んだ。風が運んだ説、めったに起きない実験上のミスがたまたま重なった説とか、いろいろに言われた。そこで、桂報告書について、“混入”と表現された理由に注目して読んでみよう。

そういういろんな説は聞いたことは有りません。小保方さんが既存ES細胞を渡したのだとマスコミは言い立てましたよ。桂報告とBCA報告は事故コンタミか意図的コンタミかは分からないが残されている幹細胞は既存の受精卵ES(太田FESもしくは若山F1ES)、もしくはntES(糸井ntES)であったと判断しているんです。そして常識的には事故の蓋然性は低いがゼロではないと言ってるんです。
この事故コンタミの可能性に関しては太田ESが使われたと主張されている限りにおいては絶対にない。蓋然性ゼロだと私が論証しています。太田ESは理研若山研には無かったはずのESです。仮に置忘れがあったとしてもそれを解凍した人は故意です。凍結細胞というのは解凍しないと使えないんです。こんなことにも気づかない桂チームは高校生以下だと分かりますよね。若山研内で誰一人太田ESのことは知らないと答えているんですよ。自分で太田ESが使われていると主張してるんですから、無かったはずで誰も知らないと言ってる太田ESを解凍して人がいる以上、嘘をついている人があることになるのは明確ですね。意図的に解凍した人がいないと使われようが無いが、誰も知らないといってるんだから意図的に解凍した人はいないのだと主張しているのが桂報告です。日本の恥です。全国の若人よ。こんな組織に入るんじゃないぞ。世の中にはまともな企業がたくさんある。

“混入”は、悪意のある故意以外でも、実験のたびに実験者も気づかないままで起きる可能性がある。桂報告書のこの部分を読むと、そうしたことを念頭に文章が書かれていることがわかる。
大事なのは、桂報告書は、実験ミスの可能性を念頭に入れている点ではないだろうか？

違いますね。この事件で事故コンタミはない。このことは上記したこと以外にも細胞がマウス背景に応じて使い分けられていることから古田氏ですら桂報告書に対して疑義を出しているくらいです。彼女の場合は小保方さんがやったのだと間接的に指弾する意図なんですね。でもそれは後で考えることにして、ここでは誰が犯人であるにせよ、既存ESコンタミとする以上は事故コンタミは無いのだと知らねばなりませんね。もし、既存ESのコンタミでは無かったと主張を訂正するのであれば、その時には初めて事故コンタミがあったのではないかと問い直すことになる。
その時には桂報告とBCA報告は小保方さんと全世界にまず謝罪しなければなりませんよね。既存ESのコンタミであるとしたままで、事故コンタミがあったかもしれないと強弁することは許されない。まず謝れ。どれだけ小保方さんがお前たちの間抜けな論理に苦しめられたか。謝りたくなかったらそのまま強弁しつづけていろよ。

まずは、GLSで、同一細胞性が十分に説明されている部分を確認しよう。

STAP 幹細胞 GLS の中から選んだ GLS1 と ES 細胞 GOF-ES 細胞において（桂報告書七頁　青字）
１）全ゲノム上の SNPs 分布（C57BL/6 マウス背景）が同一
２）挿入遺伝子の種類、コピー数、挿入領域の配列が同一
３）由来するマウスの性別（メス）が同一
４）X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）が同一
このうち特に大事なのは、SNPの一致であろう。
すなわち、遺伝子構造異常の一致と、SNPsの一致で、GLS1 と ES 細胞 GOF-ES 細胞は同じ細胞とみなされ、STAP幹細胞はGOF-ES 細胞から作られたと結論している。

1)は当然ですね。元の背景マウスが若山研で自家飼育されているGOFマウスですから小保方さんの貰った学生のntESの元のマウスと若山さんが小保方さんにした赤ちゃんマウスは同じSNPs分布を持つマウスで、若山さんがそのままGLSにしたか、それとも核移植してntESにしたかはともかくとして、又MTAもせずに一人で細胞を整理しているわけですから若山さんがGLSを小保方さんのGOF ESとラベルしているチュープに入れ替えたかは、全て可能性として留保しておかなければならないが、元のマウスは同じものだと証明されているんですね。これは論文通りのSTAP幹細胞なのか、学生のntESなのか、若山さんの作ったntESであるかの問題とは何の関係もありません。元のマウスは共通だという証明です。
2)もOct4-GFPのことで、自家繁殖させているGOFマウスだということです。1)と同じマウス背景の同一性証明に過ぎない。
3)はDORAさんブログで昔検討された問題で、丹羽さんが持ち出して核型解析させオスだとされた。常識的に一見すればオスですね。

GLS-1です。

GLS-11です。

若山さんは6/16の記者会見で全部メスだと報告しましたね。

これは若山さんの説明で山梨大で13株の性別を調べたと証言されている。山梨大に保管されていた細胞株が全部メスだったということです。対して丹羽さんが調査に出したのは理研に残されていたものです。これは核型解析で1も11もXYと書かれていてオスの判定です。この後理研の調査結果と食い違っていたために若山さんは7/22に訂正した。Y染色体に欠損があって用いたプライマーにかかってこなかったので無いと誤認してメスと判断したという。若山研では核型解析ではなくてY染色体の有無をPCRで確認したんですね。
そして、この結末はどうなったかというと桂報告でメスということになった。

10/21に松崎氏が持ち出して全株調べ直したんですね。その調査結果は以下でしたね。
>>
The STAP stem-cell line GLS1–13 was reported as established from STAP cells prepared from genomic Oct4 fragments (GOF) mice (B6 background) carrying the Oct4-gfp transgene[10] in 2012. All these cell lines have a large truncation with a terminal inverted repeat in one of two X chromosomes (Extended Data Fig. 2a). An identical X chromosome was found in GOF-ES, an ntES cell line established from GOF mice in 2011, but not in parental GOF mice. It is unlikely that such a peculiar X chromosome abnormality would occur independently, strongly suggesting that the GLS lines were derived from the GOF-ES.

strongly suggestingというところに書き手の間抜けさが暴露されていますね。サンプルは入れ替えられているんです。入れ替えられてないということを先に証明しないと裁判にすらならない。

因みに全解析されているのはGLS-1だけですね。他はPCRなのか、シーケンシングなのか。注は*The line subjected to WGS is indicated in parentheses in cases in which several sublines were established for one cell type. Other sublines were confirmed by PCR and sequencing.となっている。

ともあれ、メスであるかオスであるかはどうでもいいんですね。もともとオスメス混ぜられていたSTAP細胞からどうして片方の性の細胞だけが出来てくるのかという疑義です。既存ESコンタミでなければ若山さんのntESしかありませんね。どちらかはわかっていません。そもそも若山さんのntESの可能性なんて調べられていない。間抜けも極まっているんですね。そもそも科学の専門家だというだけで捜査にはど素人以下の人材しかいないんですから呆れかえってしまいますね。一般人だって捜査の常識程度は知ってるぞ。テレビで探偵もの見てるしな。はは。野依さんと竹市さんが意見してるんでしょ。会議を主導した馬鹿は誰だ。日本ってここまででダメになってるのか。

ま、そういうことで、性別の件から4番目の検査結果が突然出てきた。今度はY染色体ではなくてX染色体に欠失と重複があるという。これは後に全部調べて13株すべてにあった。若山さんの言ったY染色体の欠失はどうなったのだ。Y染色体に欠失は無かったのなら当初のメスであるという発表は正しかったということになる。というより、Y染色体は無かったのだ。無かったのにどうして欠失があったと言ったのか。調べもせずに適当に話を合わせているだけだと知れる。
若山さんが山梨大で保持していたGLS1～13はメスだったのに、理研側に残されていて、丹羽さんの調べたGLS1と11、そして後述しますが、小保方さんが論文に掲載しているGLSのどれか一つの計3つはオスだったということになる。ところが、松崎氏が後に理研側の全株を調べ直したらメスだったと言ってることになる。とんでもない矛盾です。計3つが一見オスにしか見えないのになぜすべてメスだということになったのか。短いY染色体と見えるものはX染色体の大きく欠失したものだと解釈しないといけなくなるが、この染色体の欠失に関しては何の説明もない。以下の説明にある末端逆位重複接続は長さの問題とは無関係なものです。(大きな欠失)の証明がない。

「最も強い疑問は、第五章ですでに述べたように、GLSの性別が逆転(オス→メス)していることである。調査委がこの性別の逆転について何の説明もせず、また性別の逆転の理由なると思われる「大きな欠失」について具体的に触れないのも不自然である。」(佐藤貴彦著　『STAP細胞残された謎』　155P)

４）X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）が同一

ともあれ、混入根拠に関しては、これが決定的なんですね。同一性の証明としてはこれだけです。他は同じマウスを使ってるということだけですから同一性の必要条件に過ぎなくて十分条件ではない。この4)こそが十分条件なんですね。少なくとも調べたGOF ESとGLS1～13は同じものだ。つまり

①GOF ESを小保方さんが若山さんに渡したからGLSが作られた。
②GOF ES ラベル容器を若山さんが洗い出してGLSを入れた。

①でないことは既にES細胞の大きさの違いから笹井さんの指摘が証明されている。②なんです。

小保方氏が若山氏からわたされたマウスの状態では、X染色体の異常はないと思われる。

引用するときは全部して欲しいですね。
>>
５）マウス個体で X 染色体上に上記のように大きな構造異常が生じた場合、その染色体は世代を超えて安定に維持されないこと
６）ES 細胞 GOF-ES の元となった親の GOF マウスには、X 染色体構造異常が認められなかったこと
７）GOF マウスの SNPs 分布が、STAP 幹細胞 GLS1 および ES 細胞 GOF-ES の SNPs 分布と異なっていたこと
８）STAP 幹細胞 GLS1 以外の全ての独立な GLS 株でも、STAP 幹細胞 GLS1 と同じ X 染色体上の構造異常が見つかったことが判明した。

マウスにX染色体の異常が無いことは報告書に書かれています。思われるなんて、推測と報告事実を一緒くたにしないでいただきたい。

推測だが、培養途上でSTAP凝集塊が増大していく過程で、質の違う細胞が一緒に凝集塊に加わるとは思えない。
となると、特殊な生存状況で凝集している細胞に直前に“混入” するとなる。
この場合は、Ooboe氏らが指摘するように、その形態から若山氏が気付かないわけがない。
注入する時は、凝集した細胞を個々に若山氏は見るであろうと思われるからである。

思いだけでは証拠になりませんね。

次の桂報告書8頁の中に、①②の数字を学とみ子が入れたが、ここは、報告書が、ES細胞が混じってしまう可能性のある時点を指摘している。
混入の危機は、この二時点である。
①は小保方氏の作業で、②は若山氏の作業である。

本調査委員会では、「STAP 幹細胞 GLS と ES 細胞 GOF-ES は同一由来の細胞である」と認定した。
また「GOF マウスから ES 細胞 GOF-ES が樹立された過程で X 染色体上の構造異常が生じ、①GOF マウスから STAP 細胞を経て② STAP 幹細胞 GLS が作製された過程でこの ES 細胞 GOF-ES の混入が生じ、それを用いた実験結果が Article の Fig.5 および Extended Data Fig.8 に示された」と結論づけた。

以下のArticle Figure 5-aのDAY7の画像は小保方さんは作れないのだから写真を撮ったのは若山さんです。bはSTAP細胞は塊で培養維持されていて増殖しないが、STAP幹細胞はバラバラにしたものから増殖しているという増殖能を獲得したという証明画像。cは増殖率表ですがES細胞の実験はどこかからのデータを使用していて行われていないが、STAP細胞とSTAP幹細胞(FLS)の増殖実験は行われていて40パッセージのFLS1～8が残されている。我々の仮説ですとntESなのでこの結果は当たり前です。

Extended Data Figure 8は以下です。

Extended Data Figure 8-bにはGLSの核型解析結果が添付されているが、丹羽さんが検証したのと同じオスですね。トリソミーも無い。

dはメチル化実験結果でキメラが出来ているので脱メチル化していなければならないのに、してないから、データを何度も取り直して実験結果を捏造したとされているものですが、そもそもキメラが出来ていると騙されているのですから、こんな状況に置かれたら誰だってもちゃもちゃやることになるでしょうね。いや自分ならやらないという人は、若山研に世話になっておきながら、しかも、できたと言ってくれている人のことを捏造者だと糾弾しなければならなくなるでしょうね。そんなことってできる人いるか。しかもポスドクの客員の身分で。ただ、一人の科学者としては変だと気づかないといけないのではないかな。気づいてもっと早く去るべきでしょうね。気づいてないから理研の呼び戻しにも応じましたね。

①で混入が起きてしまう理由は、まれには器具の汚染があるだろうが、可能性は意識的な“混入”である。
（ただし、学とみ子は、誰にしろ故意のES混入説には否定的）

②の場合は、意識的にES細胞を混ぜるのではなく、実験手技を通してのミスである。
故意でない混入の方が、可能性が高いと思う。
いづれにしろ、桂報告書（青字）はこの二点において、“混入”を疑った。
だからこその“混入”との言葉なのである。

桂報告書はまず(GOFマウスからES細胞GOF-ESが樹立された過程でX染色体上の構造異常が生じ)たと言ってる。学生の糸井さんが作製した時にできたと想定していますが、まず糸井さんはたくさんシャーレを作っていて小保方さんはその中の一つを貰ってGOF ESと名付けて継代し、凍結ラベルしていたということです。糸井さんが当時作った細胞は糸井さんがどこかに保管しているのかどうかは報告されていない。調べたかどうかすら分からない。糸井さんが作った時に入ったなんてことは全部を調べないと分からないことで、どんな株分けをしたのかもわかりませんね。たまたま小保方さんの貰ったものに遺伝子異常があったのかどうか。ntESというのはたくさんのクローン胚から成功しているものだけをES化して更に成功したものだけが樹立とされるものですから、由来が皆違うものです。マウスにはこの変異は有りませんから、核移植から先の培養変異です。

学生のntESというのはリンパ球由来ではないはずです。恐らく尻尾の組織細胞か何かでしょう。それに対して小保方さんが渡したはずのSTAP細胞はリンパ球です。GLSのLはLimphocyteです。私の仮説でも使われた細胞はリンパ球の酸浴細胞核使用ntESなんです。GOF ESでもGLSでもいいが、これにTCR再構成があるか無いかを調べると、あれば少なくとも学生のntESは使われていないと証明されるんですが、この調査はなされていない。公共データ登録されているものもGLSの解析はされていませんね。
糸井さんに使った組織は何であったか確認する。そしてGLSもしくはGLのTCR再構成確認をする。それだけで証明されることすら行ってない。決めつけ調査なんですね。小保方さんがESを混入したという決めつけです。これを言い出したのは若山さんです。自分の渡したマウスで無いと言い出した。

シャーレ全部が変異した細胞で満たされるということはありません。一部に変異集団があるということですから、どこまで分割継代して行っても正常な細胞は存在している。変異が入った細胞だけが増殖力を増して全シャーレを支配するバイアスがあるという保証もありません。一つのシャーレを調べたというのはその中の全部の細胞をすりつぶしてDNAを断片化して、シーケンサーで読み取るときに異常の有る断片が見つかったということです。調べられたのはGOF ESとGLS1～13で、全てに異常が共通していたと、桂チームは言う。
これまでひどいレトリックばかり弄しているからそもそもこいつらの人間性が信じられるのかと疑うと、実験結果すら疑わしいということになりますが、まあ、科学者として最低の矜持くらいはあるだろうと判断して実験事実は信じるという立場で検討しているわけです。

変異がいつ入ったかに関しては、

①若山さんがGLSとしてntES化する過程(GL作成時点からの可能性が高い)のどこかで入った。核移植後すぐに入ると全体が変異集団になる。維持培養中に入ると、株分けの仕方にもよるが、一部に入ることになる。GLSは全株に入っている。無論GOFESは後にGLSに中身が入れ替えられている。偶然に同じ異変が入ることはない。
②①のケースと同様に糸井さんがntESを作った時のどこかの過程で入った。それを小保方さんが若山さんを騙して渡した結果、できてきた幹細胞は全部同一変異があることになった。

②はないんですね。もしそうなら若山さんは出来ないと小保方さんに訴えられた時に簡単に教えることができたことになる。人が違うとできないなんてことはあり得ない。小保方さんの前で小保方さんの作った細胞で幹細胞化させることはできなかったということです。結論は①しかありません。学さんがおっしゃるような事故ESコンタミは無いんです。

[①GOFマウスからSTAP細胞を経て② STAP幹細胞GLS作製された過程]を前提にしてはいけませんね。それは片方の容疑者が言ってることに過ぎない。可能性は桂報告の推定だけではない。小保方さんの細胞核を使った別の実験であった可能性は考えもされていない。調査のやり直しが必要ですね。

毎回作られるSTAP細胞作成時、大きな遺伝子異常がおきれば、そこらからキメラはできてこない。
X 染色体上の構造異常やトリソミーなどを持つマウスは生存できないが、細胞実験には用いることができる。
ネーチャー論文にその細胞の写真が載っていてるのは、細胞としては生存が可能であるからと思われる。

トリソミーは丹羽さんの調査に出したときの写真にありますね。GLS-1の8番染色体にある。でもGLS-11と論文のExtended Data Figure 8-bにはトリソミーはありません。

桂報告書8P。
>>
なお、STAP幹細胞 GLSには第 8 染色体のトリソミーがあったが、GOF マウスおよびES細胞 GOF-ES にはなかった。このトリソミーはマウスでは致死だが、ES 細胞でときどき生じるもので、STAP幹細胞 GLS作製（GOF-ES混入）時または作製（混入）後に生じたと考えられた。

GOFマウスに無いのは当たり前ですね。トリソミーがあったら子供は生まれません。2014年の調査時点で、GOF ESにはトリソミーが無かった。しかしGLSにはあったというが、全ラインにあったかどうかはまたしても書かれていない。杜撰極まりない論理ですね。
でも丹羽さんの調べたGLS1には明確にトリソミーがある。11はトリソミーにはなっていないが同じ染色体に乗り換えが見られる。そして論文リヴァイズ時には何の異常も無いオスの核型解析結果がつけられている。理研の2014年時点での最終結論はメスです。
2014年時点でGOF ESにはトリソミーがなかった。GLS1にはトリソミーがある。つまり入れ替えられたGLSはGLS1以外だということまでは分かる。GLS-11には交叉乗り換えがあるが、GOF ESに乗り換えがあったか否かは報告されていない。2013年のリヴァイズ時点につけられたと推測される幹細胞化されたSTAP細胞の遺伝子異常が無いという証明写真は、GOF由来のSTAP細胞で無いとおかしいが、遺伝子異常は全くない。これがGLSであるなら、というよりGLSであるはずであるが、これには全く異常が無いので、異常の無いしかも、オスのGLSが小保方さん側に残されていたということになる。そして、オスであることは丹羽さんの検証とも一致している。
変なのは若山さんが山梨大で分析したGLS1～13なのであって、これはメスだと当初発表されたが、丹羽さんの検証結果と合わせるかの如くに、一旦Y染色体に欠失があってPCRにかからなかったと言う言い訳とともにオスとされたが、桂報告はそれを更にひっくり返してメスとした。『STAP細胞残された謎』153P以降に問題提起されていますね。この問題は解決されていない。今、楠本さんがGLに関して問い合わせられていますから、そのうち何か情報があるかもしれませんね。

GLSでの評価がわかる人なら、どういう時に、STAP幹細胞がES細胞から作られたと判断できるかの基準が理解できる。
つまり、性の一致は当然のこととして、構造異常（重複、欠失、くりかえし）などの一致に加えて、一塩基変異も一致していることが大事なのである。遺伝子解析の専門家でない一般人でも理解できるように、懇切丁寧に桂報告書は書いている。ここを書いた人たちは、科学的判断をしっかり世に残したいと思ったのだろう。

何かSNPsに関して誤解があるようですね。SNPsの一致とGFPの挿入位置の一致は若山研で飼育されていたGOFという背景マウスの一致証明で、そこから作られた、学生のntESか若山さんのntESか小保方さんのSTAPかの識別の証拠ではありません。遺伝子異常の一致こそが、GOF ES=GLSの動かぬ証拠です。つまり、若山さんが中身を入れ替えているという動かぬ証拠です。

動物から細胞がつくられた直後、あるいはその逆の時も含めて、両者の遺伝子構成は一塩基変異も含め一致する。
一塩基変化も一致するので、細胞同時で、一方が他方から作られたことがわかるが、同時に、一塩基変異は、細胞がとられたマウスの遺伝子状況を反映している。一塩基変化も一致している。

SNPsの基本の誤解ですね。近交系マウスですから20継代されて近交系マウスとして樹立された時点で、その時のマウスのSNPsは固定されます。近交系マウスはクローンと同じなので、樹立されたときに存在している何万か所かの特異的SNPsが全部ホモでかつ自分自身との交配ですから変化しないんです。だからGOFマウス由来だというのも、GOFマウス特異的なSNPsを調べてデータと一致していたら判明するわけです。近交系マウスですからその後交配を重ねても他のマウスのSNPsが混じり込むことはマウスコンタミでもない限りはありません。ただ、交配されるときに配偶子に新たなSNPsが生じることは有りますが、何万か所で同定されていますから少し加わったからと言って判別に難はありません。ある程度長く継代されて無視できないくらい増えた時には新たにネーミングを変えますね。
それから当然ですが培養変異は体細胞分裂にすぎませんから遺伝はしません。SNPsというのは代々積み重なってきているDNAの遺伝子変異ですよ。近交系マウスではそれが樹立時のまま固定されているというだけの話です。通常は両親から別々のSNPsを引き継いでいきますから刻々と組み合わせが変わる。近交系マウスでは自分自身と交配しているようなものですからそれが無いので、そのマウスの特異的SNPsがデータとして公表されているということです。

そして、その後に動物継代や細胞培養をくりかえし時間が経過してくると、相互に独自の塩基変異が起きる結果、その一致率に影響がでて来るのである。

培養変異はSNPsとは直接関係ありません。

ここをふまえて、FES1の場合を考えてみよう。

SNPs比較だけの話ですね。

GLSでの全一致の状況と比較すると、FLS3、FI 幹細胞 CTS1、FES1の場合は、そうした関係ではないことがわかる。同一性の決め手になるのは、偶発的に起きる一塩基変異の一致である。

培養変異としての一塩基の変異を考えられているのなら、それは紛らわしい。SNPsというのは同一近交系マウスとして固定されている数万か所の一塩基性変異のことです。ここにジャームラインで加わってくるものとも違う。ただ単に培養中に起きている変異でまとまった遺伝子の繋がりではなくて一か所がDNA複製の時にコピーミスするというような話ですね。これは他の染色体単位での変異と同じに考えればいいので、基本のSNPsのどれからもランダムに乖離していくのでSNPsの一致率とは関係ありません。

FLS3、FI 幹細胞 CTS1、FES1、129/GFP ESは、共通の細胞に由来するとの考えは同じjだが、GLSの時のようにSNPまでぴったり一致しているわけではない。FLS3、CTS1、129/GFP ESの三細胞間ではSNPがほぼ一致だが、FES1とではSNPが少し違っていた。

桂報告書5頁（青）
FLS3、FI 幹細胞 CTS1、ES 細胞 FES1、および小保方研で見つかった 129/GFP ES の、常染色体に存在する 129 ホモの SNPs が、突然変異、あるいは遺伝的背景の不均一性によるものとしても、もしこれらの幹細胞がそれぞれ独立に作製されたものであるなら、これらの 4 か所に共通の SNPs が観察される可能性は低く、これら4種類の幹細胞が共通の細胞に由来することを強く示唆する。

これは以下の近親率表の話ですね。

まず第一に混同しないようにしないといけないのはGOFマウスは近交系マウスですが、この近親率表に出ているマウスはF1です。近交系マウスではありません。129/SvとB6の交配種です。父親のB6はほぼ近交系マウスでしたが、母親の129/SvのCAGホモマウスは若山研でのマウスコンタミがあったらしくて、全く129/Svになっていないばかりか、それなりの近交系にもなっていなくてコロニーに不均一があります。完全な近交系同士でしたらSNPs分布は半々のグリーンになりますが、以下の通りなっていない。しかも不均一の証拠としてわずかな違いが出ている。

とくに、今回、FES1とFES2のSNPの異なる部分をあえてピックアップしてしまったために、ますます、FES1とFES2がそれぞれ、どの年度に作られた細胞に近いのか？がわかるようになった。
FES1とFES2において、他の細胞のSNPの一致率を比較することにより、FES1とFES2の作製時期は違うのではないか？の疑問である。

FES1とFES2の違いは制作時期の違いではなく、129/Sv-X1と129/Sv-terの違いではないかと和モガさんが推測しています。ntES-G1G2はterです。FES2には似た分布箇所がある。これもサンプルの入れ替えが疑われているんです。

SNP調査などしない方が、ES説にとって都合が良いはずである。

SNPs解析をしなければ既存ESコンタミ結論は導けなかったでしょう。ただその論拠に破綻が出ただけでしょう。

桂報告書がこれを書いたことは、STAP幹細胞がES細胞から作られたとの評価を、後の人に託したということではないのだろうか？

小保方さんを陥れたのは桂報告とBCA報告です。何が後を託すですか。小保方さんをあんな目に合わせた奴らのために何を弁明してやろうとしているのですか。

AC129を巡る問題5

(2012年の実験日程)

STAP樹立期間は7日、幹細胞樹立は4継代(12日)、メイティングは50日後、胎児は12日胎児、出産は20日で計算してみる。1,2日のずれはある。
まず、知られている情報通りに計算してみる。STAP幹細胞は論文通りSTAP細胞からのES培地誘導と仮定する。

1月23日月小保方さん帰国初出勤。
1月24日火 129xB6-GFPの赤ちゃんマウスを雌雄取り混ぜて数匹渡された。STAP作成開始。
1月31日火若山さんFLS-1樹立培養開始。2N・4Ｎキメラ作成開始。
2月02日木若山さんFLS-2～8樹立培養開始。
2月09日木 FLS-1三継代目。
2月11日土 FLS-2～8三継代目。
2月12日日 FLS-1四継代目。
2月13日月 STAP由来2N・4Ｎキメラ12日胎児帝王切開取り出し。(Extended Data Figure7-d-下)
2月14日火 FLS-2～8四継代目。
2月15日水 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラ胚移植。
2月21日火 STAP由来2N・4Ｎキメラ出産。(Figure 4-c,Extended Data Figure7-a-右、7-b)
2月27日月 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラの12日胚の帝王切開。写真撮影。
3月06日火 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラの出産。
3月12日月西川氏本人主張TCR再構成アドバイス。(手記は4月のネイチャーリジェクト後)
3月22日木アニマルカルス命名。
4月06日金 CDB若山研メンバーがFLSの4NキメラのDNA抽出。(出産から1か月後に当たる)
4月11日水 STAP由来2N・4Ｎキメラメイティング。
4月19日木 129B6FES1(僕のマウスES)樹立培養開始。(桂報告)(若山さん持ち出しリストでは5/25)(1～6まである)
4月24日火米国特許仮出願。
4月25日水 FLS由来2N・4Ｎキメラメイティング。
4月27日金倫理委員会にて竹市所長の知るところとなる。
4月30日月 4月中にネイチャーリジェクト。
5月01日火 STAP由来2N・4Ｎキメラ子出産(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure7-c 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配?結果無し)
5月15日火 FLS由来2N・4Ｎキメラ子出産。(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure 8-i 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配 Figure 8-j)
5月25日金 CTS1 樹立培養開始。129B6F1ES(僕のマウスES)樹立培養開始。129B6F1TS(僕のマウスTS)樹立培養開始。(若山さんの持ち出しリスト)
6月06日水セル誌リジェクト。(TCR再構成の切り貼りレーンが使われている)
7月09日月 CTS11～13樹立培養開始。
8月13日月 AC129-1,2樹立培養開始。
8月21日火サイエンス誌リジェクト。

今度は我々のntES仮説でこの時に2011年の実験を最初から確認したと考えてみる。つまり、一からntESを作り直すとして計算してみる。矛盾はそのまま残す。

1月23日月小保方さん帰国初出勤。
1月24日火 129xB6-GFPの赤ちゃんマウスを雌雄取り混ぜて数匹渡された。STAP作成開始。
1月31日火若山さんクローン胚-1移植
2月02日木若山さんクローン胚-2～8移植。
2月04日土 3.5日クローン胚-1胚盤胞胚の取り出し、ntES細胞培養開始。
2月06日月 3.5日クローン胚-2～8胚盤胞胚の取り出し、ntES細胞培養開始。
2月16日木 ntES-1樹立
2月18日土 ntES-2～8樹立
2月20日月 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラ胚移植。
2月24日金 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラ胚のインヴィトロ培養後、再度インナーセルマスを取り出しソートしてリシピエント細胞を排除して幹細胞FLS樹立とする。
3月03日土 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラの12日胚の帝王切開。(Extended Data Figure7-d-下)
3月11日日 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラの出産。(Figure 4-c,Extended Data Figure7-a-右、7-b)
3月12日月西川氏本人主張TCR再構成アドバイス。(手記は4月のネイチャーリジェクト後)
3月22日木アニマルカルス命名。
4月06日金 CDB若山研メンバーがFLSの4NキメラのDNA抽出。(出産から26日後に当たる)
4月19日木 129B6FES1(僕のマウスES)樹立培養開始。(桂報告)(若山さん持ち出しリストでは5/25)(1～6まである)
4月24日火米国特許仮出願。
4月27日金倫理委員会にて竹市所長の知るところとなる。(若山研究室から神戸研究所研究倫理第一委員会に「STAP 現象をヒト体細胞に適用する計画」が申請され、小保方氏が説明 )
4月30日月 ntES-1～8由来2N・4Ｎキメラメイティング。4月中にネイチャーリジェクト。
5月20日日 ntES-1～8由来2N、4Ｎキメラ子出産。(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure 8-i 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配 Figure 8-j)(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure7-c 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配?結果無し)
5月25日金 CTS1 樹立培養開始。129B6F1ES(僕のマウスES)樹立培養開始。129B6F1TS(僕のマウスTS)樹立培養開始。(若山さんの持ち出しリスト)
6月06日水セル誌リジェクト。(TCR再構成の切り貼りレーンが使われている)
7月09日月 CTS11～13樹立培養開始。
8月13日月 AC129-1,2樹立培養開始。
8月21日火サイエンス誌リジェクト。

始めの仮定で、2011年度に作られた幹細胞をソートし直したものが既にあると仮定変更する。この場合は、FLSは作る過程を省略したところから始まればいいだけで、日程は変わらない。

小保方さんの論文作成に関して大事なのはSTAPキメラであって、FLSは幹細胞化実験なので、最初の三誌投稿段階ではFLSのキメラ実験は入ってない。笹井さん参加後の論文でFLSの実験が入れられることになるが。それは三誌リジェクトされた後、ネイチャー二報同時投稿の話になった時にヴァカンティが抵抗して、小保方さんは米国に帰った。結局小保方さんに渡したその時の若山さんのデータがベースになっている。

小保方さんの実験はキメラが出来なかったということで終わっている。若山さんのntES化実験は進められているが、小保方さんの論文はキメラは出来てないのにできたと騙されて書くという状態になっている。若山さんは通させないつもりだから構わない。ヴァカンティのティシュー誌にぶら下げたら終わり。後は自分のntES化実験を、小保方さんを山梨大での助手にしてから、本格的に研究して、今度は嘘でないntES化した結果として、ちゃんとした本物の論文を書かせる。その前準備をしている。

①小保方細胞核使用ntESの無限継代の証明。(細胞増殖率表の作成実験)
②小保方細胞核使用ntESのキメラ形成能の証明(2N・4Ｎキメラの作成実験)
③小保方細胞核使用ntESキメラの生殖能力確認(2N・4Nキメラのジャームライントランスミッション確認実験)
④小保方細胞核使用ntESの遺伝子解析
⑤小保方細胞核使用ntESの4Nキメラの体細胞DNAの採取。
⑥小保方細胞核使用ntESキメラの胎盤蛍光の免染確認。
⑦小保方細胞核使用ntESをFgf4誘導したFI-SCキメラの胎盤蛍光確認。

若山さんは所謂二兎を追ってる。

(FLBとは何か)

上記日程の検討に入る前に若山さんの事後MTAの添付リストを再掲しておこう。

FLBの意味はリスト内に書かれているようにF1 Limphocyte Blastcystなのだから［F1の白血球胚盤胞」という意味である。分類はSTAP-SCであるが、奇怪なことに桂チームはこれを一切分析していない。
FLB-1～8とあって上から4,5,6行目がそれに該当する。1/31,2/2,2/3の三度に分けて作成準備されている。

1/31　2Nキメラ胚を7個使って2個樹立された
2/2　　4Nキメラ胚を8個使って4個樹立された
2/3　　2Nキメラ胚を3個使って2個樹立された

理研側に残されている試料は以下です。

通しナンバーが違ってます。少なくとも15番まである。作成途中のものと考えてもうまく説明できませんね。一年前に持ち出したときのメモは有るはずですが、1年後に約束通り事後MTA締結した時にもちゃもちゃと弄っているんでしょうね。残していたものとのディスクレが出ている。
ここにあるsortという文字は細胞をGFPの有無でsortしているんですね。このFLBが何かということについては、岡部研究室のブログに書き込まれた若山さんのコメントから推測している。
>>
No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさまコメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。

「STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータ」という言葉から幹細胞化の手法ではないかと推測した。このことは和モガさんも書いていたはずですね。彼は4Nをsortする意味を掴みかねていましたね。というのも4Nは胎生致死という知識があって、この早い段階ではまだ死んでないという可能性があるんですが、実証事実としてはど素人は知りませんからね。

我々がこのことに気づいたのは12/27のテラトーマからGFPの無い組織が出たという事実からです。桂チームは体細胞切り出しだと考えたのですが、ES捏造仮説なのに体細胞を切り出すはずが無いということにすら気づいていないんですから愚かと言われても仕方ありませんよね。まして、体細胞ならヌードマウスなんですから組織の遺伝子解析をしたらすぐわかることですが、それをせずにGFPがないから体細胞だと短絡した。愚かしいというより、結論ありきの犯意すら感じるところです。

我々の推定ではこのFLBはAcr-CAGだと思いますよ。若山さんはそれを今回のネイチャー論文とは別の自分の実験試料だから関係ないという説明で言い逃れているんじゃないでしょうか。若山さんを疑わないというのが桂チームの基本方針ですからそれを押しての調査はしないということですね。小保方さんに対しては病院にまで押しかけて行って、たまたまその場にあった実験ノートを心身不調の彼女に対して配慮もなく持ち帰りそのコピーを意図的にNHKに流出させるという公務員法違反犯罪まで犯しているんですから呆れる。

それはともかく、このFLBと同一の趣旨で作られているもう一つの細胞試料がありますね。若山さんの持ち出しリストの8行目のGLです。GOF Limphocyteです。GOFマウスの白血球のSTAP-SC分類の細胞ですから、蛍光細胞をCumulina書き込みの手法で作ったものです。我々のntES仮説ですと、GOFの酸浴蛍光細胞の核を使ったクローン胚からのntESです。若山さんはこの細胞を小保方さんに渡していない。しかし、後のリストにはその存在を書き込んでいる。Cumulina書き込みと対応しているアリバイ作りでしょうね。リストはCumulina書き込みの後に提出されているものです。FLBは理研側に残されていますからこれが何かは説明しないといけなくなる。Cumulina書き込みは表と解析があると言ってます。調査段階で押さえられるサンプルがあると、それを説明しなければならなくなる。FLB は残してしまっている。結果GLも残さざるを得なくなる。Cumulina書き込みというのは調査を予期した言い訳なんですね。細胞は既にntESになってしまっているものです。桂調査チームはGLを取り寄せて解析することも無論していない。性別を調べるだけでも分かることがあったでしょうね。今やもう事件は解決したとして廃棄してしまってるでしょうね。廃棄されていないのは理研側の試料だけでしょう。

GLがあるということはF1の幹細胞もないといけませんが、それは何も書かれていない。最初のキメラ成功時に幹細胞もできたと言ってますよね。我々は12/27テラトーマの上から注射されたのがそのF1のソート前の幹細胞だったとみています。だからリシピエントのインナーセルマス由来のESからできたGFPの無いテラトーマの切片が作られたんですね。それはどこかにあるに決まっていますが、リストに書かれていない。そもそもこの時のキメラすら残されていない。若山さんが廃棄しているんですね。かろうじて見つかったのが2011/11/28日付の4Ｎキメラの画像でしたね。小保方さんはその画像を2012年に入って胎盤が光ってるから調べてくれと頼まれたときの画像として論文に掲載していましたが、それは違うと若山さんが言いだしたがために、逆に2011年の写真の存在が明るみに出たのみならず、その時のマウス背景が「僕のマウス」ではないということまで知られてしまった。この写真が本当に小保方さんの写真選択の間違いかどうか、桂報告は確認したと言っているだけで、その写真を公開していない。テラトーマに関しては比較写真をつけているにも関わらず、こんな大事なPC内にあったという写真と論文の写真とどう同じなのかの比較写真はないのです。言うまでもありませんが、裁判ならこんな主張をしたら比較写真を出せと要求されます。出さなかったらその時点でこんな重大な事実に関して嘘をついていると判断されます。言ったことは事実証明しないと裁判官の心証を害して敗訴しますね。
STAPではできないからESでテラトーマを作ったのだと主張しておきながら、ESでできなかったから体細胞を切り出したなんてことを言ったらブーメランが自らの後頭部に帰ってくることくらい分からないのでしょうか。裁判官が素人だからと言ってその知性を舐めてるんでしょうかね。

(F1の幹細胞だけがなぜもう一度作られたのか)

実験日程計算ではF1だけを書いていますが、無論GOFでの実験も同時に行われていることになっている。でも変なのはGOFマウスのキメラ胚を使った幹細胞化の実験は無いんですね。持ち出しリストの上から7行目です。
1/31に2STAP /wellを13作って、13ライン樹立、GLS1～13ですね。GOF Lymphocyte Spheresです。達成率100%ですね。小保方さんが作ったSTAP細胞をES培地に入れたら増殖したというんですね。これが小保方さんには全くできなかった。又丹羽さんの検証でもできなかった。小保方さんがリヴィズ実験中にできないと訴えても、若山さんは自分の手技だと言って教えなかった。桂チームはこれを学生のGOFntESによる捏造だと結論した。しかし小保方さんによる捏造なら若山さんは何も手技の必要なことはしてない理屈になる。山梨にSTAP細胞を持って来い。目の前で作ってやると言えばいいことだ。そうできないのはntES化しているからだ。我々はsortしたGLそのものだと考えている。

GOFのntES化実験はGLをソートしただけのもので実際には行われていないと考えられる。理研側の残存サンプルは以下である。

既述しているように丹羽さんの持ち出しは性別の問題があって核型解析に出したときのものですね。これは学生のGOFntESと同じものと確認された。当時ラボを離れていた学生本人が自分の作ったGOFntESをどこかにまだ持っていたのか、それを理研に提出したのかどうかは何も報告されていない。が、小保方さんが学生から貰ったと言われる細胞はあった。以下の分である。

GLS1=GOF ESだということは桂チームが遺伝子異常の存在で証明している。BCA報告の図を以下に添付しましょう。

小保方さんが犯人でなければ試料の中身の入れ替えが逆に証明されたことになりますよね。今Ooboeさんのパートナー氏が検察に資料提出されていますね。ここは我々が早くから小保方さんか若山さんのどちらかが犯人だということにしかならない証拠なのだと主張していたものです。小保方さん擁護派の人でもどちらも犯人でないという人たちが多かったですね。中身が入れ替えられてなかったら小保方さんが犯人です。若山さんが犯人ならこの中身は入れ替えられている。だからX染色体上の逆位接続が一致してるんです。若山さんが本当に小保方さんから貰ったGOFのSTAP細胞をそのまま培地誘導で幹細胞化したのなら小保方さんにプロトコルを教えるだけで簡単にできたでしょうよ。小保方さんができないと言ったらウソつくなと言わないといけない。誰にでもできる。すぐSTAP細胞を持って山梨に来いと言えばいいだけです。3日もいれば増殖を確認できる。

桂チームは目の前に誰が犯人であるかの証拠を発見していますね。小保方さんが犯人だと思うなら、このサンプルの中身を若山さんが入れ替え得なかったという証拠を調べたらよかったんです。その証拠が出たら小保方さん犯人確定です。逆に若山さんが犯人ではないのかと疑うのなら、中身を入れ替えているということを証明したらいいんです。実は調査サンプルは全部若山さんが自分の行ったことを隠すために都合よく中身が操作されているものですから、このGLSだけではないので、どれであってもサンプルの提出経路の説明に嘘があったら若山さん犯人が確定するんです。今Ooboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼しているのがその件なんですね。

細胞の大きさは言わずもがな若山さんの説明には他にたくさんの矛盾があって、嘘の傍証にことかかない。中身が入れ替えられていないと仮定すると他の矛盾が説明できなくなります。あちこち押しピンで止められていますから一か所外したからと言って身動きできないんですね。ということは外してみる仮定も間違いだと分かる。事件はそういう論理構造になっているんですね。

(GLSに関するDORA氏の調査結果)

このGLSに関してはそもそも雌雄の問題があって、旧DORAブログに詳しい調査結果があります。何れ見れなくなる恐れがあるので、まずはここに保存しておきましょう。

ＧＬＳの性別に関する解析データ。
2017/4/23(日) 午後 2:39 日記練習用

久々にＳＴＡＰ関連なんですけど。ずっと以前、ＧＬＳの性別について、触れたことがありまして、だいたい以下のような経緯です。
２０１４年６月１６日の記者会見で、若山氏は「ＧＬＳの１３株すべてがメス」と発表した。しかし、そのあと、若山氏はＧＬＳの性別について、ＣＤＢの発表との間に齟齬が生じていることに気づき、訂正している。『６月１６日に山梨大で行った会見内容の一部修正、およびＮａｔｕｒｅに掲載された撤回理由書の訂正について』（７月２２日）において、若山氏の方から次のように訂正した。

会見時に、もう一種類のＳＴＡＰ幹細胞であるＧＬＳ（Ｏｃｔ４-ＧＦＰ遺伝子をもつＢ６由来とされる）は細胞株の１番から１３番まですべてメスの細胞だと報告しました。しかし、ＣＤＢとともに詳しく精査したところ、ＧＦＰすべての細胞株はオスだということがわかりました。原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

ところが、このあと、桂調査委の報告書では、再びオスからメスへと性別が逆転している。若山氏が「ＣＤＢと詳しく精査した」と述べているにもかかわらず、それをあっさり覆している。しかも、そのことに対する桂調査委からの説明はいっさいなかった。そこで、「ＣＤＢとともに詳しく精査した」という、その解析データを理研の情報公開窓口を通じて入手したところ、次のようなものであった。まずは核型解析についてである。

以上のように、核型解析の専門機関から丹羽仁史氏に対し、GLS-1とGLS-11は、ともにオスであると報告されているようです。

ＧＬＳの性別に関する解析データ（その２）。
2017/4/24(月) 午前 10:59 日記練習用

次に、ＰＣＲによる解析データです。以下の通りです。

いちおう、説明部分を書き出しておきます。

この結果、Eif2s3yとSsty2のＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出し、１２９♀では全く検出しない事から、Ｙ染色体上の遺伝子を特異的に検出していると考えられた。これに対し、予備的検査で用いたZfy1ならびに新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた。
ＦＬＳ３とＡＣ１２９-１は共にSsty2,Eif2s3yが検出され、雄であると判定された。これに対し、ＧＬＳ１,ＧＬＳ１１はSsty2は検出されるもののEif2s3yは検出されず、Zfy1のバンドも１２９♀同様に薄かった。これらの結果と簡易核型解析の結果をあわせて考えると、ＧＬＳ１,ＧＬＳ１１は部分的に欠失したＹ染色体を有する雄の細胞であると考えられる。

つまり、このときはオスに特異的なSsty2遺伝子の検出と簡易核型解析との結果によって、Ｙ染色体が部分的に欠失したオスだと判定されたようです。

ＧＬＳの性別に関する解析データ（その3）。
2017/4/25(火) 午前 8:55 日記練習用

桂調査委の調査報告では、ＧＬＳについて「大きな欠失＋末端重複逆位接続」という構造異常を指摘していた。で、「末端重複逆位接続」についてはスライドで説明されていたのだが、「大きな欠失」についてはデータとして示されないので、それがどの程度の欠失なのかいまひとつわからなかった。そこで、情報公開窓口を通じてそのデータを入手したところ、次のようなものであった。

このデータは後に『STAP cells are derived from ES Cellls』には掲載されたようなのだが、なぜか桂調査委の報告書には載らなかった。これをみると、およそ１７０Ｍのうち２３Ｍしか残っていなかったらしい。となると、核型解析でＹ染色体だと断定したものは、じつは非常に大きく欠失したＸ染色体だったと考えることができるわけだ。

しかし、まあいちおう、核型解析の専門家がみたらどう判断するのか、念のために、核型解析を専門にしている会社に電話して、「ある核型解析を判定してもらえないか」と頼んだところ、そこの研究者が快く承諾してくれた。そこで　（先入観のないよう細胞の正体を伏せて）見せたところ、一瞥して躊躇なく「これはオスです」と断言した。これにはむしろこちらが驚いて、「それじゃあ大変なことになる。これはゲノム解析ではメスなんです、欠失したＸ染色体なんです」というと、ちょっと困惑して「それならもっと詳しく調べてみないとわからない」という答えだった。

で、まあ、核型解析は専門家の勘違いだったとしても、それならＳｓｔｙ２遺伝子の件はどうなるのか。それが気になった。

ＧＬＳの性別に関する解析データ（その4）。
2017/4/26(水) 午後 2:33 日記練習用

で、それがメスであることと、Ｓｓｔｙ２を持っていることと、どのように両立するのか、もしかすると、なにか納得のいく説明でもあるのかな、と、このことを気まぐれ先生にうかがってみたのですが、正直、先生も困惑気味でいらっしゃったようで、「説明できない」とのお答えでした。（なお、気まぐれ先生は解析にはいっさい関わっていらっしゃらなかったとのことです。）
「遺伝子をいじくった可能性もある」とのことでしたが、そういう可能性を考えない限り説明できないということだと思われます。

また、ＥＳ細胞の樹立時に、このような大きな欠失が生じることがあるのでしょうか、とお尋ねしたところ、次のようなお答えでした。

「普通メスの体細胞では、X chromosome inactivation ということが起こっていて、２本の染色体の中のどちらかが不活性化され、発現しないようになっています。この現象が起こるのがＥＳ細胞がとられる時期の発生段階です。２つの活性なＸ染色体があることは、ＥＳ細胞にとっても都合が悪いようで、２つの活性なＸ染色体をもつＥＳ細胞が得られることは稀で、どちらか一方が失われる、あるいは、大きな欠失を起こす、また、得られたとしても培養している間に、このようなことが起こるのは普通です」

この説明ですと、Ｘ染色体に大きな欠失があったことは、それがＥＳ細胞であることの有力な証拠だったことになります。しかし、そうなると、桂調査委が報告の際に「末端重複逆位接続」のデータだけを示し、大きな欠失のデータを示さなかったことはむしろ不自然に思えます。

結局、確実な結論は出せなかったのですが、どちらかというと、データを全て公開せず、詳しい説明もないまま公的に確実な結論を出す方が軽率であるように思われます。

DORAさんの考察はここで終了しています。佐藤さんはこの問題を2015/12/7発行の『STAP細胞残された謎』で触れています。後の2016/2/14に発行した続編『STAP細胞事件の真相』ではこの問題に触れていません。DORAさんが『ＧＬＳの性別に関する解析データ』のその1～4を書いたのは2017/4/23(日) 午後 2:39から2017/4/26(水) 午後 2:33の間です。佐藤氏はDORAさんではないかと言ってる人もいますが、個人的なことには興味がありません。ただこの件に関する書き出しは佐藤本と同じです。和モガさんも無論この問題には触れています。私は最初和モガさんが佐藤さんなのかなと思っていて佐藤本第三弾を期待しましたが、彼は若山さんによる成果の隠蔽という推測ですが、DORAさんはただ真相究明姿勢ですね。どちらかというと後者だったかもしれませんね。まあ、どうせ皆匿名でやってるんですからどうでもいいことです。

しかし、扱われている問題はどうでもいいというわけにはいきません。いまだに放り出されたままになっている。若山さんは2014/3/10の共著者に対する論文撤回要請の後に放医研にサンプル解析を依頼しています。若山さんの記者会見は2014/6/16でしたが、この記者会見の席上で山梨の若山研でGLS1～13の性別を確認してすべてメスであったと発表した。一方、丹羽さんの記者会見は若山さんより2か月以上早く、2014/4/8に行われましたが、その2週間ほど後の2014/4/22に理研側に残されていたサンプルを持ち出しています。その解析結果はDORAさん取り寄せ資料にある通り2014/5/27です。数日後には丹羽さんは結果を受け取っているはずですので、すぐに伝えたら2014/6/16の若山さんの記者会見ではすべてオスであったと発表されたはずですが、どうも連絡のずれがあるようですね。若山さんは自分で調べた通りにメスだと発表した。そして記者会見の後の、2014/7/22に、『６月１６日に山梨大で行った会見内容の一部修正、およびＮａｔｕｒｅに掲載された撤回理由書の訂正について』（７月２２日）を公表した。DORAさんのブログからそれを再掲すると以下です。
>>
会見時に、もう一種類のＳＴＡＰ幹細胞であるＧＬＳ（Ｏｃｔ４-ＧＦＰ遺伝子をもつＢ６由来とされる）は細胞株の１番から１３番まですべてメスの細胞だと報告しました。しかし、ＣＤＢとともに詳しく精査したところ、ＧＦＰ(ママ。GLSのタイプミスだと思われる。)すべての細胞株はオスだということがわかりました。原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

これを見ると、丹羽さんが結果を受け取ってから検討があって、若山さんに伝えられたのが遅れたのだと推測されるところです。ここで若山さんはY染色体の性決遺伝子をＳＲＹだと考えていて、それを検出するプライマーでPCRに掛けたのだが、それがなかったからメスだと判断したのだということになる。

ところが、丹羽さんは自分で解析に出したGLSの性別に関して意見を書いている。核型解析の結果はオスでした。写真を誰が見てもオスです。ところが、丹羽さんの報告に曰く、これは山梨大と理研とで行った予備検査の結果であるメスという結論と矛盾していたと。山梨大と理研で予備調査をして、同じ結果だった。メスだったということです。そして、核型解析結果を見た後に、丹羽さんがもう一度PCR検証をやり直した。そして上の表にあるような結果を得たんですね。以下に整理します。数字は遺伝子座の開始位置番号です。上から順番に並んでいるものです
>>
725207 Zfy1(丹羽さんの予備調査ターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀△　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△
1010543 Eif2f3y(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1✖　GLS11✖
2662471 Sry(若山さんの予備調査ターゲット遺伝子、丹羽さんは今回初めて設計)
B6♂〇　129♀〇　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△
67045883 Ssty2(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1〇　GLS11〇

△はありですが、バンドの出方が薄いものです。薄いですが他に紛らわしいものがありませんから有りは有りなんですね。人によって見えた方が違うということも無いと思いますがね。確認してもらえばいいですね。問題は肝心のSRYですね。129♀〇ではY染色体特異的遺伝子では無いではありませんか。まずもってど素人には理解できませんね。素人常識ではメスにY遺伝子特異的遺伝子のバンドがあったら、それはメスと言いながらに実はオスであったか、SRYが実はY遺伝子特異的遺伝子では無いかのどちらかです。
そこにもってきて、丹羽さんはこんなことを言ってる。
>>
この結果、Eif2s3yとSsty2のＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出し、１２９♀では全く検出しない事から、Ｙ染色体上の遺伝子を特異的に検出していると考えられた。これに対し、予備的検査で用いたZfy1ならびに新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた。

あのねえ。冗談も休み休みお願いしたいものですよ。ど素人でも趣味で科学ファンというのは居て、ブルーバックスシリーズ程度なら楽しくて全部読んだなんて人もあるよねえ。でもこんな論理の運びは読んだことないでしょ。今Y染色体特異的遺伝子を探してるんでしょ。そしてその遺伝子座の位置は分かっていて、最大26桁、つまり4の26乗に一つしかないという位置を特定してプライマーを設計している。4の26乗って全遺伝子座数より大きい数値だからね。そしたらメスにもあったからこれはY染色体特異的遺伝子では無かったようだって。。。変でしょ。何を言ってんの。

若山さんは「ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまった」と言ってるんですよ。SRYはＹ染色体の重要な遺伝子だと思ってGLSの性を決定したんでしょ。欠失があっての誤認はともかくとして、丹羽さんは「新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた」とおっしゃった。

これが何を意味しているかというと、新たに設計したSryのプライマーがいけなかったと言ってて、SRY自体がY染色体特異的遺伝子では無かったという意味ではないはずだ。でも挟んだプライマーは二つのそこしかないという絶対的位置です。

GPSで場所が特定されて、正確にカダフィの愛人の家の煙突の四角い穴からクルージングミサイルは突入してきた。そういう時代です。

二つの点の間にSryなるY染色体特異的遺伝子がある。挟み方が悪いとX染色体を含む他の染色体のどこかにSryなるY染色体特異的遺伝子の無い断片があり得ると。変でしょ。

SryはY染色体特異的遺伝子では無かったという意味にしかならないよね。

細胞生物学ってその程度の学問なのか。未だにY染色体上にある特異的遺伝子すら特定されていないのか。こんな調べればわかるようなことすらまだ試行錯誤中だとしたら、ここに従事している学者たちって仕事してるの?　税金で只飯食らってるゴクツブシかね。マスコミの羽織ゴロツキと同じレヴェルなの? 無論、嫌味で言ってるんだけどね。

若山さんはSryはY染色体特異的遺伝子だと言った。丹羽さんは違うよと言った。若山さんの言ってることが間違ってたとしたら、若山さんは勉強不足のアホなのかね。それとも嘘つきなのか?　嘘だとしたら、オスであったら困ることがあったのかな。

予備調査で丹羽さんも雌だと思っていた。ただし、Sryではなくて丹羽さんはZfy1で調べたと書いていますね。再検査の結果は以下でした。前回がどうであったかは分からないが、今回は△を無いと判断するメスになりますね。
>>
725207 Zfy1(丹羽さんの予備調査ターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀△　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△

丹羽さんもメスだと予想していた。しかし、核型解析結果がオスだったので、新たに調べ直して、結局、予備調査で自分の使ったマーカーと若山さんの使ったマーカーは捨てて、新たに設計したEif2f3yとSsty2をY染色体特異的遺伝子として使うことにした。
>>
1010543 Eif2f3y(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1✖　GLS11✖
67045883 Ssty2(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1〇　GLS11〇

どちらもB6♂〇　129♀✖ですね。これぞY染色体特異的遺伝子ではありませんか。そしてSsty2があるのですからオスは決定で、 Eif2f3yが無いから欠失していると結論した。当然ですね。

当然でないのは、そもそもお前たちの言ってるY染色体特異的遺伝子というのは既存知識だったのかという疑義です。

今度は、そんな馬鹿なことはない。Y染色体特異的遺伝子というのは既存知識だ、という前提で考えなおしてみましょう。専門家はどちらか知ってますからね。ど素人はどちらか分からないときは両方とも考えるだけです。専門家が正直だったら不要な手間ですけどね。専門家が嘘ついてるような低レヴェルの未開社会だから仕方ない。

(コントロール)

コントロールはB6♂と129♀です。Y染色体特異的遺伝子はZfy1,Sry,Eif2s3y,Ssty2です。ところが前者2つには129♀にも薄くバンドが出ている。この時点で既に丹羽さんは説明する義務がある。
Zfy1,Sry,Eif2s3y,Ssty2はすべてY染色体特異的遺伝子でしょということです。129♀にバンドが出てはいけませんよね。まずこの説明が必要です。これらの遺伝子はX染色体上には無いからY染色体特異的遺伝子だとされているはずです。その機能に関してはまだ研究途上であっても構いませんが、今調べているのはY染色体の有無です。X染色体上にも同じものがあるような遺伝子を調べることはあり得ませんね。マウスの全ゲノムは既に読まれていますよね。同じ配列がX染色体上に無いからこれらの4つが選ばれているはずです。
なぜ、Zfy1とSryが129♀にも薄く出ているのかの説明が必要です。129♀に129♂の細胞が少し入ったのではないのか。或いはそれが考えにくければ例えばこの細胞が血液だとして、B♂の採血の残りが少し入ってしまったのではないか。でもその場合、Eif2s3yとSsty2でも同様の薄いバンドが出るはずです。とても理解しにくい現象です。

一方若山さんの説明は丹羽さんとは違っている。SRYを性決定遺伝子であると考えているらしいことが書かれている。以下です。
>>
原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

明確でないが、若山さんはマーカーとしてSryを使った。で、自分が山梨大に持っていたGLS1～13の全株を、SryがY染色体特異的遺伝子であると思って、PCRで確認したら全株に無かった。だから全株メスと言った。メスだと思っていたが、丹羽さんオスだと言ってる。丹羽さんが調べたんだから間違いないだろう。ではY染色体特異的遺伝子であるSryの遺伝子座を欠損しているのだなと理解した。結論だけは丹羽さんの結論に合わせた。

対して丹羽さんは若山さんと違って、Y染色体特異的遺伝子としてZfy1を選んだようである。そして理研側に残されていたGLS1と11(木星リスト28と38番)を予備的調査段階でPCRにかけたらどちらにも無かったから若山さん同様に全株メスだと結論していた。ところが別の機関に同じ細胞株を核型解析に出したところ、どちらも短いY染色体が見つかってオスだと結論された。

丹羽さんはなぜだと思ってもう一度PCRを本気でやり直したのである。まず今度はB6の雄と129の雌の細胞をコントロールにした。そしてY染色体特異的遺伝子を増やし。前述の4種とした。4つとも今でもY染色体特異的遺伝子とされているものである。

ところがとんでもない結果が出た。まずコントロール実験によって、自分の使ったY染色体特異的遺伝子だと思っていたZfy1と若山さんの使ったマーカーであるSryは129のメスからも検出されてしまった。
丹羽さんはまたも新発見をした。つまり、Zfy1とSryはX染色体にも存在しているということである。さもなければこのコントロール実験は失敗していることになる。実験が正しければ新発見なのである。Y染色体におけるZfy1、2に関しては精子の働きをコントロールしていることが分かったという論文が書かれていて、それはそれでいいのだが、その論文の紹介ではZfy1、2はY染色体にしか無いと"されている"という具合に紹介されているが、X染色体には無いと断言されてない。つまり丹羽さんのように実験で確かめられていないということになる。今回、雌からも薄く出ているので、これが実験の失敗でなければ新発見ということになる。この程度のことすら誰も確認してなかったなんて。だからこの分野の科学者たちはゴクツブシなのかと問うているのである。
Zfy1、2はオスの精子の働きをコントロールしている遺伝子だということは分かったが、X染色体上にもあるということになった。ただし、薄く出たということが何を意味することになるか。オスはXYです。メスはXXでZfy1はXにもYにもあるのですからどちらも同じ濃さで出ないとおかしい。となるとXYはどちらも働いていますが、XXの片方は相沢さんの言うようにX chromosome inactivationの所為だと考えると量的に半分しか出ない理由は説明できる。しかし、PCRに掛けるときは全部解除されてしまうのではないか。分からないことだらけです。
ただし、丹羽さんの説明には一つだけ疑念がありますね。最初の予備的調査ではZfy1が無かったから、若山さんと同じメスだという結論になっていたはずです。でも核型解析結果が出た後に再検査したときは薄く出たんでしょ。結果が違っている。

その齟齬を置いておいて、丹羽さんは取り敢えず、Zfy1とSryは129の雌からも検出されているのだからY染色体特異的遺伝子ではないとした。彼の言い方だと特異性が薄いとした。でも我々の理解では特異性はあるか無いかのどちらかですから、Y染色体特異的遺伝子では無いと言ってるのと同じです。そしてEif2s3yとSsty2はコントロールによってオスには出て、メスには出てないからY染色体特異的遺伝子だとした。そして、この二つのマーカー遺伝子のＰＣＲ結果によれば、GLS1と11にはSsty2が出ているからオスであるとした。ところが同じくY染色体特異的遺伝子であるはずのEif2s3yは出ていない。従ってこれはY遺伝子に一部欠失があってEif2s3yの遺伝子座を欠失しているのだと説明した。若山さんの理解とは違っていますね。どちらも合わせるとSryとEif2s3yの両方の遺伝子座を欠失しているオスという認識で説明できる。なぜ欠失しているにも関わらずオスなのか。Ssty2が検出されているからですね。

これを桂報告とBCA報告はメスだと逆転させたのである。DORA氏は「それがメスであることと、Ｓｓｔｙ２を持っていることと、どのように両立するのか」と疑義を書き留めましたよね。
論理学の問題なら、Ssty2がY染色体特異的遺伝子でないか、GLSがメスだとは限らないかのどちらかです。

アーティクル論文に載っている　Extended Data Figure 8-b　の核型解析写真です。

トリソミーはどこにもありませんね。しかも、この図のリジェンドは以下です。
>>
b, Q-band analysis (n = 4; all cell lines showed the normal karyotype).

参考にタカラバイオの宣伝広告を貼り付けて置きましょう。右側がマウスのESのオスのQ-band核型解析です。

(並行する実験と三誌論文に採用されたデータ)

小保方さんの最初のネイチャー論文の主旨はとてもシンプルなものです。自分が酸浴させた細胞をキメラ胚に入れたらキメラができたから自分の作った細胞は多能性細胞であるという主張です。4月に提出されて4月中にリジェクトされていますから、ジャームライントランスミッション実験結果は入れられていません。上記しているどちらの日程表によっても明らかですね。
我々のntES仮説では、そもそもスタンダードなプロトコルでキメラができたというのは嘘です。小保方さんを引き留めて、ヴァカンティへの約束である論文を出すというところまで行なって、最終的にはヴァカンティの主催誌であるティシュー誌にぶら下げさせる。そして山梨大に小保方さんを助手として連れて行くという目的のために嘘の論文を書かせている。
この嘘の論文は専門的にはバカバカしいほど嘘っぽく、かつ事実嘘なのでアクセプトされる気遣いの無いものです。そして、このことはこの時点で世界中で基本若山さんと小保方さんとヴァカンティの3人しか関与していない話だったんです。この時点で若山さんのついている嘘って他愛ないものですね。この論文を査読させられた人も多忙な中をいい面の皮だと思いますが、この最初の論文の査読は公表されてないのでわかりません。しかし三誌最後のサイエンスの査読は事件化したために例外的に現在サイエンス誌編集部によって公表されていますね。査読ではまあ、ESのコンタミだよと言われていて、どんな杜撰な管理しているラボなんだとけなされている。そしてこの査読者は正しいわけです。ntESもESなんですからキメラはESで作られている。別に杜撰な管理によるコンタミなんじゃなくて意図的に作っている別の実験結果を嘘と知らされずに著者が書いているだけだ。若山さんはそういう査読結果になるだろうなあと安心して書かせているんですね。採用されたら逆に困りますよね。でも絶対リジェクトされると確信している。自分が査読者でもリジェクトするでしょう。若山さんもネイチャーに何本も論文掲載されていますからね。そのレヴェルは知ってる。ヴァカンティもヴァカンティじゃないか。こんなんでキメラができるわけないだろう。再現されない限り認められないんだから自分の雑誌にぶら下げておいて、後で自分で再現するなり、人が再現したら第一発見者の栄誉が得られるじゃないか。再現できなかったら忘れられていくだけでしょう。そんな論文はこの分野に無数にあって、常態ではないか。自分にどうしてキメラができたのかなと問うて来たら、何かESのコンタミ事故でもしてしまったかなと言ったらおしまいじゃないか。この時点で何か事件の臭いがしますかね。しょうもない話だと思いますよ。

(幹細胞化実験)

それに対して、若山さんの幹細胞化実験は真剣なものです。歴史的視点の無い人の陥る錯覚は、この時点でGOFマウスのOct4-GFPが大量に光ったという事実に関して、若山さんがこの細胞は何物かではあると信じ込んでいることを、後の知識から忘れることです。
事件化してからはむしろ自家蛍光の誤認は若山さんの言い訳にとって好都合だったのでノフラー氏や関氏の人脈を使って大々的に宣伝しましたが、自家蛍光を確認しない専門家なんてあるわけがないじゃないですか。自家蛍光なんて常時あるに決まっている。だからフィルター切り替えで確認するし、自家蛍光の継続時間が6時間程度ということを利用してライブセルイメージングで7日間の撮影も行っている。一コマ30分とか15分のインターバルで撮影すると6時間は12コマから24コマです。アーティクル添付の動画だと1週間分を38秒と97秒で早回ししている。1秒間に5コマから16コマ進む。つまり自家蛍光は1秒から2秒の間で発生したり消えたりするんです。それも最初のころに集中していますね。その後にずっと蛍光し続けているのは自家蛍光ではないんです。この実験は笹井研で行う以前に若山研で既に先に行われている。手記を読まない人には分からないことですね。

笹井さんは記者会見でこの細胞は何物かではあるといいました。多分若山さんが別の場所でそう言ってますから、若山さんに感化された言葉だと思います。若山さんは当時このGFP蛍光をキメラは出来ないまでも何物かではあると信じ込んでいたんです。これが小保方さんのこの細胞の核を使って自分のntES化技術を組み合わせれば何かしら新種の多能性細胞ができるのではないかと発想した直接の原因です。この若山さんの幹細胞化実験は何ら捏造などというものではありません。歴史的視点を得るための訓練の無い人たちには、笹井さん参加後のSTAP論文の趣旨に対して、ntESでキメラを作ったと言うと、時間的経過とその間の経緯の情報が欠落しているのでそんな馬鹿なことをするわけが無いと短絡するんですね。今回の事件で最も反省させないといけないのはマスコミのレヴェル低下でしょうね。単に頭が悪いと言う印象ですね。業界の人材の質が落ちてるようですね。斜陽化産業なのでしょうかね。

若山さんの実験は小保方さんの最初の論文と切り分けて考えるととてもまじめな研究です。これはこれで科学的な興味の尽きないとても面白いものだということは、キメラができたと嘘をつかれる前の小保方細胞が何であるのかという研究が若山さんを離れてヴァカンティ研で行われていたらどんなにか興味深い研究であったろうかということと同じですね。

でも事実はそうならなかった。それが事件の原因でオホホポエムの言ってることはある意味正しい。

(小保方さんの発見した現象)

細胞は刺激を契機にリプログラムされ得るという発見はひょっとしたら小保方さんが世界で最初に発見した事実かもしれません。小保方さんがティシュー論文と博論を書き上げた後にヴァカンティと大和のアドヴァイスで、これは既存幹細胞ではなくて、トリチュレーションの物理刺激によってリプログラムが起きているのかもしれないという方向に研究仮説を変更したのが、2010年の12月のフロリダ会議でした。彼女は博士号取得後にヴァカンティ研のポスドクになる予定でしたから、その研究は米国で行われることになっていた。小保方さんは今までヴァカンティの胞子様細胞を見つけたのだと思っていましたが、最初からあるのではなくてできてきていた細胞を見つけて三胚葉分化させることに成功していたわけです。これが本当にできてきている細胞だったら世界で最初の発見です。
小保方さんの細胞は組織を選びません。どんな組織細胞からもとても少ない確率ですが、三胚葉に分化する細胞を発見している。ただ、これが本当にできてきているのか、或は各組織に存在している既存の幹細胞を拾い出してしまっているのかはまだ厳密には明確になっていない。それが今後の課題で彼女が米国で研究しようとしていたことです。
それに対して、全ての組織ではなく、筋肉という限定された組織細胞が刺激でリプログラムするという発見は、2011年2月に既にムーさんによって発表された。筋肉の損傷が速やかに修復されるという臨床事実は以前から知られていて、最初から存在している筋肉幹細胞が働いているのだと思われていた。でも、ムーさんはクレ追跡システムを応用して実はその筋肉幹細胞は最初から存在していたのではなくて、すでに筋肉細胞に分化してしまっている細胞が一旦多能性細胞にリプログラムされて、その多能性細胞から幹細胞ができるのだと証明した。筋肉というのは単核細胞が融合して二核の細胞になっているんですが、その二核の細胞が組織の裂傷を契機に単核に戻り、更に多能性細胞に一旦戻ってから、幹細胞を作るのだということを発見した。この発見が小保方さんの発見と同じ系統上にある研究だということは分かりますね。細胞は刺激を契機にリプログラムされ得るんだということです。
STAP騒動が小保方さんの辞任で終わり、今度は博士号の再取得指導を受けていた最中、2015年6月に、ムーさんの弟子のキンガ・ヴォイニーツがSTAP論文にヒントを得たのでしょうが、ムーさんの細胞がどの程度のリプログラム段階にある細胞なのかということを確認した実験結果を発表した。試験管内分化、テラトーマ形成、キメラ樹立が確認された。ジャームライントランスミッションだけが無かったのである。ムーさんの発見したinjury induced muscle-derived stem cell-like cells (iMuSCs)は多能性細胞だったのである。つまり筋肉になる段階の手前で止まっているものでなく、もっと以前の段階までリプログラムされているということである。この論文でキンガは小保方さんのティシュー論文を先行論文の一つとして引用している。

(若山さんが発見したと思った現象)

若山さんは小保方さんの細胞核を使用してntESを作ってみようと考えた。この時に大きな勘違いがあったことは後に丹羽さんがGFPの漏れ出し現象を発見してから気づかれた。ティシュー論文段階からスフィア塊単位で20個から50個に一つのシャーレから三胚葉分化が確認されていた。分化は1000個程度の細胞で構成されている一つのスフィアの中に1個でも多能性細胞が含まれていたら起きうるものです。
この確率の低さについては、これも丹羽さんが再現実験でかなり厳密に計算する実験を行っている。丹羽さんの計算では500,000個の細胞酸浴によって最大30個のスフィア塊ができ、そのうちの2割のスフィア塊が1個から2個のOct4遺伝子を発現しているという結果です。この結果は20個から50個のスフィア塊からやっと一つ三胚葉分化してくるという小保方さんの報告と一致します。
無論、この結果は小保方さんの三胚葉分化実験では確率的に生じ得ることですが、これが若山さんのntES化実験で使われたときにどうなるかということです。ntESというのはまずはクローン胚の中に小保方さんの細胞の核を一個ずつ入れるものです。1000個単位で20も50も行ったものを数セットやるのではない。この膨大なシャーレに関しては小島さんがたまには整理しろと小保方さんに命じた逸話が残されているくらいですね。1000個単位のスフィア塊ですらこれだけの実験を行わないと確認できないものです。
若山さんは当然ティシュー論文の話は知っています。小保方さんの以前の実験ではOct4遺伝子発現細胞はわずかだと知っている。その確率の低さは厳密には知らなくても、仮に1/2であっても小保方さんの細胞核を使う実験なんてできません。20個から50個のスフィア塊に一つなんて言われたら何をクローン胚に入れることになるか分かりません。そんな実験はしませんね。
若山さんのところで光った細胞はそんな数では無かった。西岡さんのガンバレブログに楠本さんがアップされているOoboeさんのパートナー氏が入手された写真です。これもあちこちに保存コピーを確保しておくという意味でここにも貼り付けておきましょう。左側は赤色フィルター画面です。自家蛍光の無いものです。これを最初見せられた時はショックを受けましたね。これだけ光ったら誰でも何物かだと思いますね。

若山さんが酸浴細胞に関してもヴァカンティには何の権利も無いなどと言ったという手記の記事も理解できないではありません。ヴァカンティ研で発見されたのは20個から50個に一つあるかないかの細胞じゃないか。何を見つけていたか分かりはしないぞ。GOFマウスを使わせてやって、赤ちゃんマウスを使えとアドヴァイズしてやって、こんなに「よく光ってるね」と確認できる細胞は理研若山研で発見されたのだと。まあ、アイディアの発端がヴァカンティ研にある位の事は認めてやろうと。ただ、この細胞からはキメラができなかったんですね。

この蛍光スフィア塊の中からいくつか取り出してクローン胚を作る。科学者というのはなんでもやってみるんですね。やってみなければ分からないことを発見しようとしている。推測ではできないからやらないと言ってたら自然界から何か新しい事実を発見するなんてことはできない。思いがけない事実を発見するから発見なんで予期した通りの事なんて、すでに人が知ってるから予期するのであって、発見にはならない。

ここに歴史眼が必要なんですね。自家蛍光かもしれないなんて考えないレヴェルで博士なんてあり得ませんね。実際ここでも赤色フィルター確認されているし、既述している通り、ライヴセルイメージングでも確認している。自家蛍光ではないんですね。自家蛍光でないことを確認しないで実験なんてやるわけがないでしょう。馬鹿かというような話です。そんなことをノフラーというのは喧伝していた。間抜けた話です。あんなヨタ話についてくるマスコミのレヴェル低下というのもひどいものです。チイトハ考えろや。
でも、それは既存の知識で熟慮すればわかるでしょうという話に過ぎない。科学というのは既存でない知識を得ようとするものですから、丹羽さんが後に発見したGOFマウスの細胞の酸浴によるGFPの漏れ出しなどという事実は、この頃の若山さんは知りません。これが歴史眼です。彼がそれを知らない状態で行動しているということを理解しなければならない。

若山さんは小保方さんのOct4遺伝子発現している細胞核をクローン胚に入れたと信じているんです。でも、丹羽検証の結果を知っている我々はそれはただのGFPの漏れ出しで光っているだけで内在性Oct4遺伝子を発現している細胞で無い確率がはるかに高いということを気づける場所にいる。

そしてそこから演繹できる結論は若山さんはただ白血球の酸浴細胞で生き残った細胞の核を使ったクローン胚を作ったに過ぎない確率が高いということです。そして、仮に結果的に若山さんがいろいろ調べた結果が、単なる普通の体細胞ntESであったとしたら、それはただ単に自分の研究で新たな発見をしたに過ぎないということになる。でももし彼が小保方さんの細胞に出会わかったら彼はそんな研究は決しておこなわなかったでしょうね。

彼のntESの胎盤は光ったかもしれません。どうしてかというと、クローン胚はそもそも体細胞がリプログラムしているものです。自然胚と同じく胎盤貢献はもともとするものなんです。ただ、ESとして取り出したときに、自然胚のESとクローン胚のESと同様に常識的には胎盤貢献しないと思われていただけかもしれないんです。ntESの胎盤異常は大変有名な研究課題です。クローン胚というのは確かに成功すると自然胎児と同様に生まれてくるんですが、自然胚には胎盤異常なんてめったにありません。自然胚が胚盤胞になったとき外側のトロフォブラストと内側のインナーセルマスに分かれる。外側が胎盤形成するんです。中に残ったインナーセルマスは胎盤になりません。だからこの段階で取り出したES細胞は胎盤貢献しないんですね。でもクローン胚のインナーセルマスはどうでしょうか。クローン胚には胎盤異常が多発する。そこにはトロフォブラストとインナーセルマスへの機能分離が完全には行われていない可能性も考えられる。するとクローン胚のインナーセルマスを取り出したものであるntESに胎盤への分化能が残る可能性が理論的にはありますよね。
今回小保方細胞を入れたと思い込んでいることから調べてみることになっただけで、結論はひょっとしたら小保方細胞とは無関係にntESの胎盤は光るのかもしれないんですね。そのことは若山さん自身が後に言ってますね。そもそも正直な人なんでしょうね。内心本当の事を知ってもらいたいという気持ちはあるんでしょうね。

尤も笹井さんはああいうことになっちゃったからもはや本当の事すら言えなくなってしまった。あれは笹井さんがいけないですね。自決は無論自己責任です。誰かの所為にすることはできませんが、他者が何も言えなくなってしまいますからね。そういう意味であれは笹井さんがいけないですね。

(如何にしてヴァカンティの手から小保方さんを奪うか)

二兎を追うとどこかで破綻しますね。若山さんは自分の研究と、小保方さんに論文を書かせてヴァカンティの手元から小保方さんを奪うという仕事を両方行わなければならなくなった。そもそもはキメラが出来なかったから帰ろうとした小保方さんを2,3か月引き留めて置くだけの軽い嘘だったもので、翌年に小保方さんがはっきり山梨大に行くとか行かないと回答していたらこんな問題にならなかったはずです。
ただ、小保方さんはあの時点で行くという返事はできません。あの時点ではハーヴァード大の所属で給与は正式に米国から小保方さんの口座に振り込まれています。理研ではただの客員で、小保方さんはハーバードから日本へ長期出張してきているだけです。2012年の4月、もしくは2013年の4月から山梨大に行きますとは言えない。ハーヴァードとの約定がどうなっているかは分かりませんが2年契約とか3年契約だと行けませんし、常識的に1年契約の双方異存なきときは自動更新だとしても、ヴァカンティの言によれば論文が出るまでは動けない。小保方さんの願いを入れて日本への長期出張を認めてくれたヴァカンティ先生を裏切ることはできないし、そのバックには常田、大和という恩師の紹介や人脈あっての就職です。でも、行かないという即答はあり得たんですね。
因みに武田邦彦教授は小保方さんを研修生のような理解でおられるが、小保方さんの給料はハーヴァードからちゃんと支払われていますから、理研が支払っているのは客員への謝金だけです。あの部分の認識は間違いです。ただ共同研究協約書のない客員受け入れなので後にそれがいろいろとトラブルの原因になってるんですね。

行かないと断るとどうなるかというと、この共同研究は打ち切りでしょうかね。そもそも若山さんが自分の研究費を使ってハーヴァードの研究を手伝っているという姿そのものがおかしいと誰でも思いますね。現に岸氏はとても怒ったらしいですね。小保方さんが院生のころに若山さんは好意でキメラ実験を引き受けてあげているんですね。小保方さんは当時東京女子医大の院生です。だから理研は研修生受け入れできる。ところが細胞の権利がハーヴァードにあるので、ヴァカンティはその権利を奪われるのを恐れたんです。小島さんを通して、共同研究の形でキメラ実験を行ってくれと頼んだ。研修生なら簡単なんですが、共同研究だなんて、ただキメラ作ってあげるだけの話です。どんな契約文面にするのだということです。若山さんが申し込んだんじゃない。若山さんは断ればよかっただけです。でも日本人の学生で、研修生なら簡単に引き受けられるものを米国が細胞の権利を留保するためにそんなことを言いだしているだけです。若山さんはめんどくさいから、客員受け入れの形で手伝ってやってるんですね。形式的なものです。震災後の受け入れでも若山さんはその延長線上の考え方で小保方さんをひきうけてやっている。ただ、渡米できるようになった時に自分のラボにヘッドハンティングしようとして、結果ヴァカンティが断った。でも小保方さんは若山研のGOFマウスを使って研究したかったから、ヴァカンティに頼み込んで理研で研究できるようにしてもらった。この時の交渉は小島氏と若山さんの話合いと推定されますね。その時に共研究契約書を交わさずに以前通りの単なる客員受け入れにしてしまったんですね。

まだ何も発見はありません。若山さんはヴァカンティが論文が出るまでは自分のラボに所属していてくれと言ったという小保方さんの言を何となく聞いている。小島も同様のことを言ってるんでしょうね。若山さんとしてはキメラを作ってやるだけの話と思っている。共同研究だなんて言われても、自分が望んだことではない。相手が頼んできているんだ。でも理研は日本の会社ですからね。原則理研が望んで共同研究するので無いと認めませんね。若山さんもなんらか理由は考えておかないといけませんよね。共同研究だと研究計画書をださないといけないんですが、我々はそれがあると思っていたら、理研は公開請求に対して無いと答えました。

共同研究の約定が無いことの問題は、GOFのGFPが光り始めた時から顕在化し始めたでしょうね。若山さんはそんな細胞は出来やしないと内心思ってますからね。いつまでこの子を預かってりゃいいんだという気持ちですね。とても中途半端な気持ちですね。どうせできないだろう。できなければヴァカンティとも別れて自分のところにいずれ来てくれるかなとも思うし、どうなるか分からないが、熱心さは買っているんで、自分のところに連れてきたいと思ってますね。現に一度誘ってますからね。これは酸浴細胞とは無関係なんですね。むしろ自分の弟子にして自分の研究を発展させてもらいたいと期待する。

しかし、光り始めた時には何物なのだと思いますね。GFPの漏れ出しなんて考えもしてませんね。Oct4-GFP蛍光=Oct4遺伝子発現という認識です。光ってはいるが、前回も確認してキメラは出来ませんでしたからね。キメラは出来ないだろうなとは予測しているがそれでもいろいろと確認して最終的にできないと結論した。そこからこの細胞をntES化してみようという自分の関心が生まれてくるんですね。岸氏がけしからんと怒るが、そもそもそんな共同研究なんて考えていたわけではない。ただキメラを作ってやるのに便宜的な形にしておいただけだ。まさかあんなに光るなんてわかってたら約定してたかもしれないくらいだ。そんなことはまるで考えてなくて、ただ小保方さんをリクルートしたいなあと思ってただけだ。あくまでも好意で預かってあげている。

ハーヴァードは小保方さんの給与も出張旅費も滞在費も無論全部負担している。でもそれはハーヴァード側の当然の負担で、若山さんが何かを頼んだわけではない。それどころか若山さんは自分の研究費で小保方さんの研究を手伝っている。理研の資材を使わせていることも含めて普通はその負担を契約書で分担して無いとおかしいんですね。単なる客員預かりの届出書で処理されていると理研は言ってるが、社会常識でそんなことはあり得ないことなんですけどね。でも、10年以上保存原則の契約書が保管されていないと言ってますからね。とても不可思議なところです。
常識的には形だけでも契約書は無いとこの客員受け入れは承認されませんよね。因みにこの時小島氏も客員に登録されています。10月には酸浴細胞の実験のための動物実験申請書が副所長だった当時の相沢さん宛に提出されていますよね。あくまでも若山さんの研究として提出されている。若山さんは約定もなく自分の研究として税金から出ている自分の研究予算を使い、日本の税金で運営されている理研の資材を使って、米国の研究を手伝っている。普通は違法行為でしょう。よくこんなことができましたね。契約書は曲がりになりにでも有ると考えた方が理解しやすいんですがね。岸氏が怒ったのはその内容が杜撰だったということだったとしたら理解可能なんですが、最初から何もないとなると、怒って済むような問題に留まりますかねえ。しかも理研の調査では何度もこの研究を共同研究だったと公表している。理研の調査報告書はすべて公文書です。そこに契約書も交わされていないのに共同研究であったなどと書かれていること自体変ですね。

(細胞塊は本当によく光った)

これが事件の深奥に横たわっている真の原因だったかもしれませんね。知られていなかったアーティファクトの存在です。

我々は今AC129の謎を解明しようとしている。こんな時期になぜ若山さんがこんな実験をしたのか、そしてなぜ小保方さんがこの時に渡されたはずの赤ちゃんマウスに関してローザだと書いているのか。そして小保方さんはキメラが作製されたと書いているのに若山さんはなぜキメラを作っていないと答えているのか。更にはなぜ公共データ登録されている試料に129/Svのエピプラスト幹細胞があるのか。
我々はこの頃若山さんが信じ込んでいるよく光っている細胞核のntESであるはずの幹細胞の正体に疑念が出たのではないかとみています。その切っ掛けは西川さんがアドヴァイズしたTCR再構成のPCR検証で自分の予測していた結果が出なかったことではないかと考える。

(西川アドヴァイスの余波)

幹細胞は論文通りの作り方であると無論TCR再構成に関してはポリクローナルな集団ですからPCRに掛けると全バンドが出ないといけない。しかし、若山さんはクローン胚の胚盤胞のインナーセルマスを取り出していますから、もともとが一種類のTCR再構成を起こしている一個の細胞が自己増殖しているものですから、そのTCR再構成結果はいろんなシャーレのものを混ぜていない限りは0本か1本か2本のいずれかのバンドが出るので無いといけない。キメラは今は置いておいて、特に幹細胞FLSは全部雄です。これは小保方さんの細胞核を使ってたくさんクローン胚を作って、それぞれを別のシャーレで維持培養しているものを持っていたでしょうが、それらを混ぜてはいないということを意味している。

まず、事実関係の確認です。手記の主張するところでは2,3株にTCR再構成があったという結果だったが、後に調べ直したらどれにもなかったと書かれている。
桂報告書は以下のように書いている。27P。
>>
１）TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて

（調査結果）
小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。しかし、後に 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成を確認したところ、再構成は確認されなかった。なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。
さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。
以上のことから、小保方氏は最初の実験でTCR遺伝子再構成があることを報告したが、後の小保方氏自身の実験、および CDB 若山研のメンバーに確認を依頼した実験では TCR 遺伝子の再構成を認めるに至らなかったことから、実験データに不整合が存在したことは明らかである。
丹羽氏は 2013 年 1 月に論文作成に加わった際に、小保方氏が継代培養を繰り返していた 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成は確認されなかったと聞いたと説明している。さらに、丹羽氏は笹井氏に対して、TCR 遺伝子再構成に関するデータを論文に含めることについては慎重にすべきとの意見を伝えた。小保方氏の追試が不成功であった点に関して、笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。なお、Article 論文には、 STAP 細胞を含む細胞塊の TCR 遺伝子再構成については記載されたが、STAP 幹細胞自体の TCR 遺伝子再構成実験の結果については記載されなかった。
一方、丹羽氏は、Protocol Exchange への投稿は、発表後、この論文ではすぐに再現性についてクレームがつくと思った。小保方氏のプロトコールでは不十分と考えそれを詳細にしたものを早急に公表すべきと考えた、と説明した。さらに、当時、小保方氏と笹井氏はコリジェンダム（corrigendum）で相当に多忙であり、エディターと応答できる者が必要ということで、自分が執筆した、と説明した。
2014 年 3 月 5 日に Protocol Exchange に公表された詳細なプロトコールの「STAP stem-cell conversion culture」「 2．After 4-7 days of…」のプロトコールの「IMPORTANT」 (iii)に、8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められない、という結果の記載が存在している。また、丹羽氏は「若山さんは、最初 STAP 幹細胞の初期のパッセージでは TCR 遺伝子再構成はあった、と小保方さんから聞いたと言っている」と説明した。

（評価）
TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわらず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用したものの、後に、Protocol Exchange で 8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められないという結果が記載されたこと、並びに丹羽氏への聞き取り調査における上記の説明から、意図的な隠蔽ではなく、研究不正とは認められない。

手記の148Pは以下です。
>>
STAP幹細胞は理研の細胞リソース部門に移管し、外部の研究者たちにもSTAP細胞を取り寄せて実験に使ってもらえるようにすることが予定されていた。STAP幹細胞のTCR再構成については、当初若山研のスタッフによって解析が行われた。その時の結果では調べられた8株のうち2株にはTCR再構成があるようだったが、その実験にはコントロール実験がなく、結果の正確さは担保されていなかった。そのため私が後日、自分で確認の実験をコントロール実験と同時に行ったところ、どの細胞からもTCR再構成は観察されなかった。しかし、私が解析したSTAP幹細胞は若山研のスタッフが実験を行った細胞から継代培養の過程で選択がかかりTCR再構成のない細胞だけが生き残ったのかが不明瞭になってしまった。ただ、外部に譲与される予定だったSTAP幹細胞は少なくとも継代培養によって増やされたものであるので、プロトコールにはSTAP幹細胞にはTCR再構成がない、と記載されることになった。

桂報告書は相変わらず支離滅裂な報告ですが、

①まず事実関係で手記との間に矛盾がある。手記では最初に幹細胞のTCR再構成確認実験を行ったのはスタッフと書かれているが、桂報告は「小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。」と書き出し、"最初に報告した"と書くことによって、小保方さんが幹細胞の最初の確認実験を行ったかと誤認させるような卑劣なレトリックを使っている。ここはテクニカルスタッフが確認したとちゃんと書くべきところでしょう。小保方さんはその結果を聞いてCD45陽性細胞や酸浴STAP細胞やと合わせて報告したということになる。印象操作をしている。小保方さんが嘘をついているのなら、そのスタッフの実験ノートを証拠として提示しないといけない。

②次に、桂報告書はTCR遺伝子再構成の有無はどういうバンドが出た時に有りで、どういうバンドの出方では無しなのかの説明がない。ひょっとしたら考えてない可能性すら疑われる。少なくとも小保方さんは全バンドが出たときが有りだという理解であることはGel1、Gel2の写真からアーティクルの画像を構成していることから明らかですが、全ラインから同じように出ないとおかしいということに関して、このラボ内での報告の時疑義表明していません。どうして若山さんは幹細胞の確認実験を小保方さんにやらせずにテクニカルスタッフにやらせたのか。これを調査しないといけませんね。小保方さんが自分で最初の幹細胞の実験をしていたらいわばGel3のようなものがあったはずでしょう。

③この時にラボに所属していたテクニカルスタッフは坂出裕子さんと山中香織さんでしたね。前者は太田論文の共著者ですね。今も理研に勤務されている。後者は大阪のエキスポ館でしたっけ。李さんとメールしてたり、ハーイポールなんておっしゃってた方でしたか。コントロールの無いPCR実験を行って、2つにあったと小保方さんに言ったんですね。どうして6つには無かったのか。そんな筈ないでしょ。あったら全部にありますよ。そもそもあったと言ったこと自体どんなバンドがあったのかすら怪しいですね。小保方さんは客員だからラボのプログレスレポート時期に疑念を言い出せなかっただけではないか。この幹細胞は太田ESだと言われているんですからね。最低でも全部にGLバンドが1本出てたはずなんですがね。ESであったらバンド無しはあり得ません。バンド無しはTCR再構成があるということです。ただし、その場合検体はモノクローナルな集団だということを証明する。

④桂報告は「なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。(段落) さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。」と書くが、手記では小保方さんは継代培養を繰り返していた細胞の再確認は依頼してない。「さらに、この実験」と言ってるのは最初の実験なのか。最初の実験を小保方さんがスタッフに依頼してたのだったら、最初の実験はスタッフだと知ってることになるではないか。どうしてまずそれを書かないのだ。それとも確認実験を小保方さんがスタッフに頼んだというのか。それなら小保方さんが手記に書いていることは嘘になる。手記には自分でコントロールを取ってやり直したと書かれている。

⑤「この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。」と書かれている実験ノートは公開されなければならない。なぜなら、この実験が最初の実験であるならば、このラボメンバーは小保方さんがラボで幹細胞にもTCR再構成があったと発表した時に嘘だというでしょう。同じ場所にいるのにそんな確認もできないか。仮に小保方さんが手記に書いている再確認時に誰かに手伝ってもらったものの事だったらTCR再構成は無かったと小保方さんが書いていることと何も矛盾が無い。これを手伝ったのは寺下さんでしょう。手記に書かれている最初の実験時のスタッフではない。

⑥「(評価） TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。」という認識は最初の実験を小保方さんが行ったと誤解していることが明確な書きようである。間違ってるんです。最初、若山さんは幹細胞のTCR確認を小保方さんにやらせなかったのだ。手記はスタッフと書いている。

(若山さんの行ったTCR再構成確認PCR実験)

幹細胞のTCR再構成確認実験は若山さんとテクニカルスタッフの間で行われた。この時の確認がFLS8株であるはずはありません。若山さんは成功したいくつかのntESラインの維持培養シャーレを持っている。CD45陽性細胞というのは白血球の共通抗原ですから、いろんな種類の白血球が混在している。好中球・好酸球・好塩基球・リンパ球・単球とあって、リンパ球にもT細とB細胞があって、無論TCR再構成のあるのはT細胞だけです。若山さんにしても自分のntESのそれぞれが何であるかは確認しておきたいでしょう。西川さんのアドヴァイスは若山さんの研究にも影響を与えたんですね。

でも、TCR再構成確認では若山さんのntESの由来細胞が何であるかを決定することはできませんね。西川さんが小保方さんにアドヴァイズしたのはポリクローナルな細胞集団であるはずのSTAP幹細胞集団ならTCR再構成の全バンドが出るから、STAP細胞がT細胞を含んでいるリンパ球、もしくはもっと広い範囲で白血球由来であることは証明可能だというものです。T細胞が少しでも含まれていたら他の細胞由来のものもあったとしても、TCR再構成の全バンドが出るから、少なくともT細胞もSTAP幹細胞になっていることは証明できるのだということです。PCRは目的の遺伝子断片を増幅しますから少しでもあれば全部拾ってくる。でも最初から存在しないゼロはどれだけ増幅してもゼロです。

若山さんは幹細胞をntESとして作っていますから、全バンドが出ることはないということを知っているはずです。はずだというのは、専門が離れすぎていていて、西川さんなどに比べていつも考えていることではないということから、STAP実験の各種試料のTCR再構成のバンドがどういう具合に出るものなのかということに関して、深く考えたかどうかが分からないということです。小保方さんも若山さんも医学系ではありません。常識的なことは当然学んではいるが、常時免疫のことを考え続けている仕事ではありませんね。
我々ど素人がちょっと調べただけでも、小保方さんのTCR再構成の概念図はミスリーディングなものです。笹井さんも丹羽さんも概念図だからいいだろうと判断したかもしれませんね。J2の7つのセグメントのうちの6番目は偽遺伝子なんですが、それも含めて1から順番に番号が打たれている。そして彼女は6番目のところでプライマー設定していると図示している。つまり7番目は後ろに残されていると。ところが、アルイミオウジ氏が紹介している論文から、小保方さんの使っているプライマーは有名な河本論文のプライマーと同じであることが判明した。河本論文では偽遺伝子を数えないでJ6の後ろで切り取っているのです。これですと出てくるべきバンド数が変わってきますね。ただし、バンドの数は又、遺伝子の距離が近いと重なってしまうということもあります。なかなか単純でないんですね。特にこのPCRに関しても専門家がいて、彼らに頼むと厳密にバンドが出て来るようなテクニックがあるようですね。若山ラボで行われたPCR実験は手技の稚拙さも考えなければならないようなんです。つまり、実験はちゃんとした技術で行われているかという問題まであるということです。

因みにアルイミオウジ氏は我々のしたらば掲示板の書き込みを荒らした者と同様に我々のブラックリストに上がっているスピン書き込み者です。いずれ11jigen や世界展望なんかと同様に、その素性に関してこの便所の落書き新聞で検討することになるでしょう。スピン屋には3種ある。若山ラボ関係者、関与マスコミ関係者、文科省関係者、厳密には変質者を入れて4種かもしれませんね。

ともあれ、このTCR再構成確認は小保方さんを含めて若山ラボには難しかったようです。加えて、若山さんは論文を通したくないという姿勢で小保方さんに接していますからね。実験は厳密でないほどいいのだという裏事情がある。論文がこの証明で通っては困るんです。小保方さんは2つにはTCR再構成があったと手記に書いている。これって幾分かでも専門的に考えることのできる人だったらおかしいと思います。どうして8ライン全部に出ないのか。小保方さんは気づいていません。そもそもどんなバンドが出ていたのかも誰も書いてない。桂報告さえ出るべきバンドについて言及していない。
唯一分かっていたのは石井さんで、あの図は白線さえ入れていれば何も問題なく、かつ、ちゃんとバンドが出ていると言っていますね。分かっているんです。ここに2つにだけある幹細胞のPCR結果があったら、石井さんは変だということを指摘したでしょうね。それは白線を入れるというような些末なルールの問題ではない。この幹細胞と呼ばれているものは何だと指摘することになったでしょう。それはキメラのgelを見ても言わねばならなかったはずのことです。変だと問題提起しないといけなかったでしょうね。ただ、これは丹羽さんと笹井さんが変だと気付いて何かの手違いだと考えたので、論文から外させている。だから問題にできなかったんですね。

話をAC129に戻しますが、AC129という幹細胞は試料として残されているだけの話で、この頃若山さんが何のために129/Svを使って小保方さんにSTAP酸浴塊を作らせているのかは若山さんのストーリーに従って考えることはできません。彼は既にたくさんの嘘をつき不審な言動をしていることが判明しています。我々が彼の説明を真に受けて考える理由などありません。小保方さんはアーティクルに 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) と書いています。そして論文は共著者は全員読んでいる。
>>
STAP stem-cell conversion culture
For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium[36] on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates). Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS. Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency. We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

STAP幹細胞は小保方さんの作った酸浴STAP細胞をACTH-containing mediumに4～7日オンフィーダーで培養した後、通常のES維持培地で継代するもので、このプロトコルは無論若山さんが小保方さんに伝えたもので、小保方さんはこのプロトコルでできていません。そのことを論文リヴァイズ中に若山さんに相談したら、人が変わるとできないこともあると言って、やって見せようともしなかった。小保方さんはそれを丹羽さんに相談したら若山さんが絶対の自信を持っているんだから信じるべきだと言ったと手記に書かれていて、手記の記載が嘘なら丹羽さんが指摘するでしょうからね。丹羽さんも若山さんを信じていて、後に多忙だった小保方さんの代わりに口伝されたとおりのプロトコルを書いあげている。信じていたからこそ、若山さんが取り下げを主張した時に「梯子をはずされたんや」と口をついて出たんですね。このとき丹羽さんは直ぐに山梨に出かけて行って若山さんに会っています。後の丹羽さんの記者会見で、この件について、若山さんはESを入れられたと信じ込んでいるもんでと答えましたね。この時に若山さんはESだったと態度を翻したんです。
因みに笹井さんと丹羽さんはヴァカンティの米国特許仮申請の期限が迫っていることがあって、小保方さんに信じるべきだと言ってるんで、確認すべきことだということは分かっているんです。だからこそ丹羽さんは急ぐ中でもキメラと幹細胞のTCR再構成確認実験の記述は外させた。これだけでも科学者として大したものだと思わないとけないでしょうね。他のことは勤め人として業務命令に従って行っていることですからね。科学に門外漢のど素人でも理解可能なことですね。組織というのは命令一下各人が歯車になり切って行動しないと仕事になりません。各人が社長のように思い思いの判断で行動したら組織ではなくなる。当たり前のことですよね。

(「舐めてますね」。これ。)

アーティクル論文には書かれていませんが、丹羽さんはオンフィーダー培養時点で使われた細胞はキメラと同じくナイフ切り分け塊だということを後のプロトコルに書いています。
>>
The STAP cell cluster was isolated, dissected into small pieces as in the case of injection into blastocysts as shown in Figure 4a (Obokata et al. Nature, 2014a), and seeded on mouse embryonic fibroblast feeder cells in the ACTH medium.

論文のプロトコルには無い情報です。若山さんに確認して追加しているのではありませんか。丹羽さんと若山さんは知人ですね。世界からの情報で再現が取れないので、プロトコルを書くということになって、若山さんに手技を聞いたんでしょうね。その言い訳の中に幹細胞もキメラと同様にナイフ切り分けで行うのだと答えたんでしょう。重大な情報ですね。小保方さんはマニピュレーターを使えませんから自分の細胞塊をあのようにカットはできないんです。小保方さんにできるのはESの培養と同じようにトリプシンでばらして培養するか、カットせずにスフィア塊ごと培養するかです。彼女がどうやったのかは分かっていませんが、カットしてないことだけは分かります。もっともカットしてできるのなら塊のままでもできますね。これはキメラではありませんから大きすぎるなどという問題も無い。カットするのが手技だというのも妙な話です。
そもそもこんなことは小保方さんが聞いているんだから教えればいいだけの話ですね。若山さんが教えない理由がありませんね。仲間ではないのか。ヴァカンティに知られたくないのでしょうか。そういうことですと、一体どうして共著者になんかなっているのだという話になってしまいますねえ。それも責任著者で通常直接の先生がなるものだ。キンガの論文の責任著者は当然ムーさんです。若山さんとヴァカンティはライバル同士で共著者になってるのか。

このプロトコル発表後すぐに遠藤氏による「舐めてますね」という書き込みがあった。同じ3月5日です。お前はいきなりどこから来ているんだというような書き込みです。何が舐めてるんだ。お前は何者なんだということですね。その後すぐに若山さんが取り下げだと騒ぎだした。3月10日です。
お前たちの関係を言って見ろ。東北大繋がりなのかな。
>>
2014/01/28　　STAP論文記者会見発表
2014/01/29　　岡部氏スペルムエッグ書き込み
2014/01/30　　西川さんブログ書き込み。駅に記者が張っているからタクシーで来るよう理研から電話。
2014/02/02　　若山氏クムリナ書き込み
2014/02/04　　論文発表から１週間がたったころ日本で一番大きな生物学分野の学会から竹市所長に連名メール(142P)。ティシュー誌にゲルの使いまわし疑惑の指摘。確認中画像の間違いを発見。ゲルの方は小島氏がハーバード側の責任と謝罪。
2014/02/13　　平成26年2月13日、独立行政法人理化学研究所（以下、「研究所」という。）の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じて監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24年9月13日規程第61 号）」（以下、「規程」という。）（参考資料）第 10 条第 3 項に基づき、当該相談を通報に準じて取扱うこととし、規程第 11 条に基づき、同日より同年2月17日の間、予備調査を実施した。平成26年2月20日から同年3月31日までの間、関係資料の収集・精査及び関係者のヒアリングを行った。
2014/02/14　　11次元の博論画像流用指摘
2014/02/??　　ネイチャー・インタビューにて若山氏「STAP細胞は小保方さんに教えてもらってできた」(210P)
2014/03/??　　NHK藤原淳登記者から携帯に電話が頻繁に来る。
2014/03/05　　丹羽氏プロトコルイクスチェンジ報告。kahoの日記「なめてますね、これ.」。
2014/03/09　　小保方さん共著者ともネイチャーに訂正を提出した。
2014/03/10　　竹市氏論文撤回を強く勧める。林GDから撤回しろという強い文面のメール、丹羽氏山梨に行く。山梨大若山氏「STAP存在確証なし」(152P)
2014/03/11　　東北大大隅声明

ナイフ切り分けしてその中にESが入っていたのに気づかなかったと。そしてESなら簡単に増殖したであろうに、小保方さんができないと訴えているにも関わらず、人が変わるとできないなんて、あなた責任著者じゃないのか。論文を通したくない人なのかね。

論文に作られたと記されているSTAP幹細胞は以下の3種です。

①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)
③129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)

①は常識的にはGLSですね。③はFLBもしくはFLSです。若山さんの持ち出しリストを再掲しましょう。数があってないですね。

そもそもキメラはともかくとして、STAP幹細胞が若山さんの口伝のプロトコルでできないというのは変なんですね。隠している手技があるから他人にできないんです。論文の筆頭著者ができないままに論文を書かせたのは若山さんの責任ですね。論文の共著者は論文が通るように努力するのが当たり前です。小保方さんが太田ESを渡していたら簡単にできたでしょうよ。若山さんも簡単にできたはずだ。手技なんてどこにありうるのでしょうかね。STAP細胞を持って山梨に来い。プロトコル通りに簡単にできるぞと言わないと変でしょ。ほら、できるじゃないか、安心して提出しろと言わないとおかしいでしょ。ESを渡されていたのだったら簡単にできたはずだ。キメラほどの困難もない。隠すような手技なんてありえないじゃないか。それでも騙されていて自分では手技があるのだと信じていたんだというのなら、cumulina書き込みの手技と論文プロトコルの違いを説明しなさいよ。
実験でできてるのは若山さんだけじゃないか。彼が作って見せなくて誰にできるのでしょうかね。そうしなかったのは、小保方さんが細胞を持ってきてもできないと分かっているからだ。一旦クローン胚に入れないとできませんよね。目の前ではやってみせられないんですね。

(ローザという言葉が出てくる理由)

AC129は若山さんの持ち出しリストには2つ作って2株樹立と書かれている。でも他の試料もすでに数がおかしいというのが判明していますから、これも真に受けられませんね。竹市さんが「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」と2014/6/5の埼玉和光市での会議にテレビ会議出席した時の言葉の通りの結末ですね。(『STAP細胞　事件の真相』79P)

[②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) ]は小保方さんが論文に書き込んでいる幹細胞で、キメラ確認もされていると書かれている。これが若山さんの持ち出しリストのAC129であるという証拠は何もない。更に、木星リストに並んでいるAC129の由来も又明確になっていない。AC129の入っていたボックスがリスト以外となっていることに注意が必要です。

この細胞は丹羽さんが持ち出しています。

2014/6/2に解析を受けたとされているAC129-1,2がこれです。(『STAP細胞　事件の真相』80P)　
この件に関しては既にOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼されていますね。

この問題は旧DORAブログでも扱われています。彼は今この問題には関心を失ってるようです。ブログの引っ越しで失われる可能性もありますから、資料保存のためにもここにデータ保管しておきましょう。
>>
A.小保方冷凍庫保全リストに「AC129-1」はない。
2016/5/16(月) 午前 10:27 日記練習用
ちょっと気づいたんだが、小保方冷凍庫保全リストに「AC129-1」に該当するものはない。桂調査委の報告書には、「小保方研フリーザーに保管されていたＳＴＡＰ幹細胞AC129-1について解析を行った」と書かれているのだが。これについて、理研広報に尋ねたところ、返事は「わからない」だった。まあ、電話口では即答できないということだろう。あらためてメールで質問を送ってくれというから、そうしたが、「質問によっては答えられない場合もある」という。まあ、それならそれで仕方がないが。疑惑は深まると思うけれども。

B.木星さんへ‥‥もう一度、リストの件。
2016/6/16(木) 午後 0:22 日記練習用
もう一度、リストの件についてですが、私の新たに入手したリストには、次の４種類が載っていました。
（１）日付のないリスト。
（２）4/14日にリスト化されたもの。
（３）5/14日にリスト化されたもの。
（４）7/19日にリスト化されたもの。
この四つのリストには、それぞれ全く別々の試料が記載されています。合わせると膨大な量です。全部で190項目ほどになります。

AC129-1 AC129-2は、このうち（１）に記載されています。

しかし、それ以外にも、見どころ満載のリストです。この四つのリストは絶対に必須です。必ず入手してＵＰしてください。もちろん、すでに申請中だと思いますが。「小保方研冷凍庫、保全した試料全ての帰属がついた後の全リスト」‥‥と情報公開窓口に言えば、通じると思いますけど。

木星さんがリストを集めている頃の話ですが、この時点ではMTAの問題などまだ解明の途に就いたばかりの時期で、五里霧中です。今となっては事後MTAの約束であったろうことは調べがついていますが、この事後締結の打ち合わせ中に双方でのサンプルのやり取りが疑われるんですね。この件に関しては結局今に至るまで調べはついていません。このサンプルの管理責任者は片山さんなんですが、彼の関与していないところでリスト外からもたらされているサンプルがあって、AC129はそこに入っていたんですね。
我々は若山さんはサンプルの中身をあれこれと入れ替えてると推定しています。特に先に挙げたGOFESの遺伝子異常は若山さんが入れ替えてなかったら小保方さんが犯人になるというくらい決定的なものです。小保方さんが犯人で無いということが証明されると、逆に細胞の中身の入れ替えが確定してしまうような証拠なんですね。あの遺伝子異常はGOFマウス自体には無い異常だとされているので、通常培養の体細胞分裂でたまたまできた異常細胞がその近辺で自己増殖した部分をたまたま分割して継代して行ったものでしょうね。
我々はあのGOF-ESは中身が若山さんによってGLSに入れ替えられていると推定していて、GLSはソート後のGLを培養しただけのもので、GLは小保方さんの作ったGOFマウスの酸浴蛍光細胞のクローン胚から誘導したntES細胞だと考えている。
GLを継代していたのは若山さんですから11/25辺りから2/2辺り過ぎまでほぼ2か月間以上植え継いでいる時に遺伝子異常の塊だけが偶然残されたということですね。GLS1～13の全てに異常があった。継代のやり方で全部に同じ異常が入ったのか、元々のntES化によって最初の段階て発生していたものなのか、分かりません。継代株分け中に13株全体に分散してくというのも考えにくくはありますがね。それよりも酸浴で異常の入っていた細胞核からのntESだとシャーレ全体が同じ異常で占められるということが起きやすいでしょうね。
そしてこの理屈は学生のもntESだったんですから若山さんが犯人でも小保方さんが犯人でも同じことが起きる。では太田ESを小保方さんが入れてないと分かった以上、こちらも犯人は若山さんだ。するとサンプルは必ず入れ替えられているということになるんですね。

因みに培養変異と新たなSNPs獲得を理論的に混同している人々がいますが、SNPsはジャームラインに乗ってきたものを言うんです。しかも例えば129/SvJというマウス系統のSNPsというのは何万年も蓄積してきていて、この近交系マウスをジャクソン研究所が近交系マウスとして確立した時のSNPsを言うんです。これが世界中で使われて、その後何十年経過したところで新たに加わるのはわずかで、遺伝子解析でSNPs分布を調べるときに問題になるほどの数ではありません。培養変異というのは体細胞分裂です。ここで発生している異常は体内で発生している癌細胞なんかと同じで原則遺伝はしない。遺伝するのは生殖細胞での異常だけです。キメラを作ってその異常細胞が生殖細胞に入ってかつ生殖能力を持っていると遺伝形質となる。参考までに注しておくと、キンガの実験ではムーさんの細胞はキメラにしても生殖能力はありませんでした。若山さんのntESは既に畜産応用されていて、精子や卵を採るために4Ｎキメラを作ってジャームラインを作ります。

後にAC129とされたSTAP幹細胞と小保方さんが論文に書いている129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)とは当初小保方さんに説明されたものとは違う目的の実験ではなかったかと考えて見るわけです。そう考えると、若山さんはなぜRosa26-gfpを使って実験しようとしたのかが問題として浮上してくる。このマウスはCre-LoxPシステムと組み合わせて特定部位でGFP蛍光させるマウスで、一般的に何の遺伝子情報も無いと推定されているRosa26と呼ばれている遺伝子座にGFPを挿入してあるところからその名を負っているマウスです。

丹羽さんが検証実験で使ったのがこのマウスでした。STAP細胞の由来確認のために使おうとした。本当は小保方さんがSTAP論文で使ったのは主に白血球で、かつFACSでT細胞選別までしていますね。でも小保方さんはハーヴァード以来三胚葉由来組織の全てからスフィア細胞を採取して試験管内で三胚葉分化させています。血液以外の体細胞を材料にして若山さんはキメラや幹細胞を作ってはいないはずですが、彼女は自分研究は連続しているものだと考えていますから、物理刺激でもできると書いているんですね。
>>
STAP by exposure to other external stimuli
To give a mechanical stress to mature cells, a pasture pipette was heated and then stretched to create thin capillaries with the lumens approximately 50 μm in diameter, and then broken into appropriate lengths. Mature somatic cells were then repeatedly triturated through these pipettes for 20 min, and then cultured for 7 days. To provide a heat shock, cells were heated at 42 °C for 20 min and cultured for 7 days. A nutrition-deprivation stress was provided to mature cells, by culturing the cells in basal culture medium for 3 weeks. High Ca2+ concentration stress was provided to mature cells by culturing cells in medium containing 2 mM CaCl2 for 7 days. To give a strong stress by creating pores in cell membranes, cells were treated with 230 ng ml−1 streptolysine O (SLO) (S5265, Sigma) for 2 h, then cultured for 7 days. After each treatment, the ratio of Oct4-GFP-positive cells was analysed by FACS.

そして丹羽さんは血球を使わずに脾臓、心臓、肝臓を使って追試の実験をしたんです。リンパ球は小保方さん本人が担当しましたね。丹羽さんはこの時にアルブミンクレを使いました。

(そもそもどうして細胞追跡を行わねばならないのか)

キメラ胚に入れたのはCAG-GFPマウスの酸浴リンパ球です。キメラ胚自体はICRでGFPのないものです。2Nであれ、4Nであれ、キメラが光ったらドナー胚がキメラ形成したのだということは明らかではありませんか。どうしてTCR再構成だの、ローザなんてことが関係するのか。それは最初の論文査読に原因があって、ESの事故コンタミか、はっきりとは言わないが捏造だろうと疑われたからですよね。こんなの論文としてずっとどこかににぶら下げていたらいつか本当なら誰かが追試するので、発見事実は動きません。無理にネイチャーに信じてもらわなくてもいいですよね。ただどこかの論文には掲載して証拠は残しておかないといけない。
ヴァカンティは本当だと信じていますから、これが本当なら三大誌に載るはずだと考えて自分の主催のティシュー誌に載せようとしなかった。これもまた当然ですよね。
それで小保方さんが仕方なく若山さんと相談の結果西川さんのアドヴァイスを受けに行った。ESではないということを証明しないといけないわけです。ドナーと同じ系統のマウスのES細胞があったら捏造は可能です。だからそんなものは無かったと書くと同時に、口で言って信用されるくらいなら、GFPが光っていることだけでトレース証明は十分のはずなのですから、それではいけないわけです。ESでは無いと証明しないといけない。だからESではなく、リンパ球だということを証明しようとしたわけです。ESは卵ですからまだ未分化な細胞で血液になんかなっていませんからTCR再構成なんてありません。小保方さんのプライマーで挟んだらGLバンド1本しかでません。キメラになっていたら数本のバンドが出るはずだ。或いはSTAP肝細胞なら全バンドが出る。
でも、ここに論理の落とし穴もありましたよね。キメラの場合入れたドナー細胞がどの組織に行くかは分かりません。又何個の細胞が一つの組織に入り込むのかも明確ではありません。厳密な細胞追跡法ではありませんよね。ただ、バンドが出さえすれば少なくともT細胞がキメラになっているという証明にはなる。ただ、この証明はいろいろと難しいですね。GFPが光っているものがTCR再構成を受けているという二つを同時に証明しないといけない。幹細胞では簡単ですが、キメラでは難しい。

それに対して丹羽さんが行ったのはそもそも一からやり直すのですからリンパ球でなくていい。西川さんに当時与えられていた条件は外して構わないわけです。リンパ球ではありませんからTCR再構成は使わなくていい。でも、GFPが光りかつESではないという条件はクリアしないといけない。

実際に使われたのはアルブミンクレマウスとローザマウスのF1です。このマウスは肝臓だけが光っている。卵は光りませんからそのES細胞を作ってキメラにすると肝臓だけしか光りません。丹羽さんはこのマウスの肝臓を酸浴させたものをドナーにしたんです。これをキメラにしたら全身に光るドナー細胞が分布しますね。これでESでないことが証明される。ただし、このキメラは出来ませんでしたね。

若山さんは論文は通したくないんです。丹羽さんがやろうとしたような目的でローザマウスを使ったとは思えません。別のことをやろうとしていたはずです。自分の実験目的のはずです。彼はなぜローザマウスを使おうとしたのか。或いは使っているかのごとくに小保方さんに言ったのか。
事実だけをまず確認すれば彼は129/SvのSTAP細胞を小保方さんに作らせたということです。彼がそれを必要としていた。後のストーリーですと、マウス背景がSTAP形成に与える影響を調べる実験だったということになっている。でも129/SvであったはずなのにAC129なる幹細胞は「僕のマウス」ESでしたね。しかも最後には若山さんしか持っていないF1ESの1だった。129/SvのES細胞は若山研にあるということにはなっていません。今までESを使い分けて来た小保方さんはとうとう何の関係も無い「僕のマウス」ESを若山さんに渡して、幹細胞ができるように捏造したのだと。馬鹿か。
マウス背景がSTAP形成に与える影響を調べる実験だというのに、当該ESがなかったからって小保方さんが系統の違うESを使ってでもできたことにする捏造をしたのだと。
これって、できなかったら、129/Svだとできないのだということになって困るような実験なんですか。背景を違えて捏造しなければならないような実験ですか。こんな馬鹿な捏造者を想定する頭って、どれほど悪い頭なんでしょうかね。きっと博士号を後から取り消される以前に博士課程には進めない頭ではないんですか。そもそも大学入試以前の頭かな。

一枚報告補記6

『一枚報告補記6』

読みたくも無いと言いながら私のブログの書きかけの原稿を覗いてわけのわからんたわごと言ってる人がいるが、読みたくないものは読むなよ。馬鹿じゃないの。頼まれもしないのに読みたくもないものを読むなんて間抜けじゃないか。それとも誰かに金もらって頼まれでもしているのか。
>>
通常のジャームライントランスミッション確認の手順ではキメラ同士の交配はしないのですな。
(お前の言う通常の手順とやらを無視してキメラ同士の交配実験をやったのは若山さんだ。お前論文読んでないのか。Article Extended Data Figure 7-cだ。どこ見てる。若山さんを呼びつけて何をしてるんだとお前が説教してやれや。)

キメラの全部の精子、卵子がドナー由来とは限らないからですな。
(俺がそう書いてるだろう。人の書いてること読んでやっと中途半端にわかったくせに。中二か。)

だからターゲットにしている遺伝子を持たないマウスと交配するというのは当たり前の手順なんですよ。
(戻し交配と言ってるから「僕のマウス」を渡したというのが本当なら、GFPが無い129/Svは母親では無いじゃないかと言ってるんだ。GFPがあって困ることも無いのにどうして無いのと掛け合わせるのかね。母親にGFPがあってもキメラに生殖能力が無ければ子供が生まれてこないから分かるんだよ。子供が光る光らないの問題じゃない。戻し交配というのは親はキメラじゃない。生殖能力があると分かっているものだ。お前、全然わかってないだろ。若山さんはそもそもGFPの無い129/Svと岡部マウスの父親を掛け合わせたF1を小保方さんに渡していただけだわ。キメラにオスしか居ないからほんとの母親を持ってきたらGFP無しの129/Svだったというだけだよ。)

だから、キメラ同士だと、仔に伝わった遺伝子が父由来か母由来かわからない。
(分かる必要はないだろう。どっちかが伝わったらそれはジャームライントランスミッション有りだ。お前はその場合無しと書くのか。この実験の目的は小保方細胞が多能性細胞であるかどうかの最後の関門である生殖能力の有無を調べている実験だ。)

どちらかは子孫に遺伝子を伝える能力はないかもしれないんですな。
(だから何なんだよ。メスにはあってオスには無かったらジャームライントランスミッション無しと書くような実験をしているのか。そもそも戻し交配をしたと言ってる実験の4Nキメラは全部雄だと言ってるだろうが。雄しかいないのに雄雌どちらも調べるってのか。できないだろ。)

せっかく読んで理解できつつあるんだからもっとちゃんと読んで、その後よく考えてから批判しろや。2Ｎキメラの場合と、4N キメラの場合、そして兄妹交配の場合と戻し交配の場合を分けて、メモ用紙でひとつづつどうなるか確認していけ。嫌ならネット書き込みなんてしてないで番茶でも飲んで過ごせ。お前が以前書いてたSNPsのアサッテの話なんてみんな大笑いしてたんだぜ。学さんにすらだいぶ成長したなんて笑われてたろう。羽織ゴロツキみたいな大柄な口きいてないで俺様みたいに謙虚になれや。

あ、そうそう。Ooboeさん。
STAP細胞とES細胞、そしてSTAP幹細胞のそれぞれの大きさは比較図をつけていますね。補記1と補記4にあります。比較しているのは胚盤胞径基準だけではありませんよ。私のntES論は<太田ES細胞であったとされるべき証拠>といつも裏腹になっているんですよ。だからDORAさんが気づけないで降りてしまったんです。もう少し討論が継続できていたら説明できる地点にまで行けて合意できたでしょうね。
小保方細胞核使用ntESの大きさは小保方細胞の大きさではないんですよ。太田ESと同じ大きさです。一旦クローン胚に入れてその胚盤胞期のインナーセルマスを取り出して培養したものだからです。私はあのSTAP細胞の大きさを桂報告書のように太田ESだと考えずに、若山さんの作ったntESだと言ってるんです。Ooboeさんはあの大きさの違いを何だとお考えですか。幹細胞もキメラも論文通りにできていたのなら、STAP細胞がSTAP幹細胞になるときにどうして大きくなるのかを説明できなければなりません。あなたは桂報告書のように太田ESが混ぜられたからだと結論するのですか。そんなことはないでしょう。私とあなた方との間の溝は歩いて跨げるくらいにわずかの幅です。
私は若山さんが震災後に小保方さんを一時預かりしてあげたことに悪意を想定することは到底できません。どう考えても善意の受け入れです。だからその後の経緯も動機をできるだけ善意に考えている。無論可能性はたくさん考えうるんで、他のことも考えてないわけではありません。ジムさんのところのリンク集に「ryobu-0123のブログ」があります。そこではもう少しこの動機を私よりシニカルに考えておられますね。参考にされては如何ですか。

AC129を巡る問題4

(画像の取り違え)

この2Ｎキメラ実験と同時に4Nキメラ実験も行われている。Article Extended Data Figure 7-d図です。

そのリジェンドです。
>>
d, 4N embryos at E9.5 generated with STAP cells derived from F1 GFP mice (B6GFP and DBA/2 or 129/Sv). B6GFP, C57BL/6 mouse carrying cag-gfp.

Article Extended Data Figure 7-bにある2N実験と対応したマウス背景の4Nです。雌雄をかき分けていることに注意が必要です。それからこれは、2012年2月の実験です。「若山氏の実験ノートでは、このキメラの作製は 2012 年 1 月終りから 2 月はじめにかけて行なわれていた。(桂報告書10P)」のでした。

ところが、この4Ｎキメラがレター論文の胎盤蛍光写真として使われていると、またもや若山さんが妙なことを言いだした。そのLetter Extended Data Figure 7-aが以下の写真です。

リジェンドは以下です。
>>
a, Chimaeric mouse with STAP cells derived from CD45+ cells of B6GFP × 129/Sv mice (B6GFP, C57BL/6 line with cag-gfp transgene). Arrows indicate a placenta and a yolk sac.

これは胎盤が光っているから免染で確認してくれと2012年の3、4月頃に若山さんが小保方さんに指示した時のキメラ胎児胎盤のはずなんですが、それを2月に撮影されているはずの上の4Ｎキメラの写真と同じものの別角度の写真だと言い出した。手記の99Pです。
>>
若山先生が、スフェア細胞からのキメラ胎児だけではなく胎盤も形成しているようだと報告された。ES細胞はキメラマウスを作製しても胎児の組織を形成することはできるが、胎盤の組織は形成することができないため、若山先生の発見はスフェア細胞がES細胞のの多能性を超える分化能を有していることを示唆していた。スフェアからのキメラマウスの胎盤だというものをいくつか渡され、「（スフェア由来の細胞が胎盤に存在しているかを証明するために)組織学的に解析して欲しい」と指示を受けた、。後日、解析した胎盤内にはGFP陽性細胞が存在していたが、若山先生は私に依頼した解析結果を待つことなく、ご自身の発見から着想を得たようで、2012年4月頃には、TS細胞(Trophoblast Stem Cells:栄養膜幹細胞)と呼ばれる、胎盤を形成する能力のある幹細胞株を樹立する培地でスフェアを培養すれば、TS細胞様の幹細胞株も樹立できるのではないかと、すでに実験を開始されていたようだった。

小保方さんの証言では若山さんが胎盤が光ると言い出したのは2012年の4月以前頃ということになる。このためのコントロールESである129B6F1 ES1は2012/4/19に培養開始されている。それ以前に胎盤を小保方さんに渡している。STAP細胞を作り10日前後のキメラを帝王切開して取り出すので20日くらいは前から始まっている実験で3月の末から4月の始めなのである。少なくとも2月の実験分ではない。2月のキメラは2月中に帝王切開それている日程になる。小保方さんはまだ最初のネイチャー論文さえ提出していない。2012年2月頃の写真と胎盤が光ると言い出して小保方さんに胎盤を渡した3、4月頃の写真が同じだと言う。胎児胎盤は生ものです。

若山さんの書いたネイチャーへの取り下げ理由書です。
>>
(2) Extended Data Fig. 7d in the Article and Extended Data Fig. 1a in the Letter are different images of the same embryo and not, as indicated in the legends, a diploid chimaera embryo and tetraploid chimaera embryo.

この英文は意味が分かりません。 not, as indicated in the legends, a diploid chimaera embryo and tetraploid chimaera embryo.ってどう解釈したらいいのか。桂報告書の同一の件を見てみましょう。21Pです。
>>
４）Letter Extended Data Fig.1a について 
・2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚の写真の疑いがある点(論文撤回理由 2)（これについては、2014 年 5 月 10 日に著者から報告、5 月 21 日に報道されている） 
・この写真で胚の一部を胎盤と誤同定している可能性がある点

(Letter Extended Data Fig.1a が2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚の写真の疑いがある)と主張しているようなんですが、そもそもLetter Extended Data Fig.1a が2N キメラであるなどという記載は論文には無い。若山さんの英文をそう解釈することも又困難で、何を言ってるのか分からない。加えて桂報告書が更に妙なことを言いだす。
>>
（調査結果）
4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があって、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性が高い。

おいおい、2011年11月28日って最初のキメラ成功実験の写真じゃないか。

この最初の成功キメラは保存されてない。同時にできたとされていたF1の幹細胞もない。ところがここに突然写真が出てきた。それだけでも驚きなのに、最初の成功時に胎盤が光るなんて話は出てないはずなのに、2011年の11月の写真と、2012年2月の写真と、2012年3、4月の写真が全部同じだという。タイガイニセエヤ。

因みに若山さんの英文をグーグル翻訳機に掛けてみると以下のようになる。
>>
記事の拡張データ図7dおよびレターの拡張データ図1aは、同じ胚の異なる画像であり、伝説に示されているように、二倍体キメラ胚および四倍体キメラ胚ではありません。

Articleが記事、legendが伝説になっているが、そこは機械翻訳なんだから論文と説明に直せばいいだけなんですが、構文的に直訳すると必ずこうなります。つまり、二倍体キメラでも四倍体キメラでもないと。でもキメラって常識的にはどちらかしかありません。学者とか教師というのは職業上の習性があって、本当のことは言わないまでも、嘘がつけないということがあるんですね。事実を曲げることができない。この文意を通そうと思ったら、この胚はキメラではなくクローンだという解釈もできるんです。ただ、証拠がないからね。

桂報告書はこう言うんです。
>>
（調査結果）
4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があって、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性が高い。
（評価）
2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」が正しいが、不注意による間違いと思われる。

若山さんは正直な人であくどい嘘をつけない人のようです。彼は助手の採用条件を言えるまでの期間ちょっとした嘘でつなごうとした。僕はひょっとしたらどこかの大学の教授になって、ひょっとしたら研究所も立ててもらって所長兼務になるかもしれないけど、そのときは君僕のところに助手で来てくれるかなあとは言わなかった。ちゃんと人事秘を守りました。仮に小保方さんがそのことを誰かに喋ってそれが他者に漏れて入札でトラブってと連なって行くと関係している人々全部の人事に影響します。小保方さんが大和さんや常田さんら自分の先生方に相談するということはあり得ますからね。
当たり前だけどとてもまじめな人です。その彼が、こう書いてるんでしょ。
>>
(2) Extended Data Fig. 7d in the Article and Extended Data Fig. 1a in the Letter are different images of the same embryo and not, as indicated in the legends, a diploid chimaera embryo and tetraploid chimaera embryo.

桂氏は間違えたかもしれません。「2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。」って何を言ってるんでしょ。クローンだよ。2N キメラか 4N キメラかと読んだのは桂氏だ。でも実際にはどちらでも無いと書いてある。「研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性がある」んなら捏造ということになる。馬鹿なこと言うな。とは言え、「4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。」んです。移植したドナーが違うんだよという若山さんのフロイト的告白を聞き分けろと言っても、それはちょっと無理かもしれません。

(矛盾)

もう一つとんでもないことがあります。(Extended Data Fig. 7d in the Article and Extended Data Fig. 1a in the Letter are different images of the same embryo)と書いている。Extended Data Fig. 1aは(「129/Sv×B6GFP」が正しい)んでしょ。並べて比較してみましょう。

帝王切開して取り出してる一回限りの胎児なんでしょ。同じ胎児でどうして大きさと形が全然違うということがあるのですか。そっくりなのはむしろ以下でしょう。

でも、こちらはマウス背景が違うし、形も似てるがよく見ると異なっている。そもそも妊娠後同じ日数経過したマウス胎児の形はほとんど同じです。切開して広げて撮影するときの状況が少しずつ違うだけだ。Article Extended Data Fig.7d とLetter Extended Data Fig.1a は全く違うものです。

手記には「スフェアからのキメラマウスの胎盤だというものをいくつか渡され」とあるのみで、胎児はどうであったか、卵黄嚢がどうであったか、撮影した写真がどうであったかはわかりません。小保方さんが胎盤を貰ったときにマウス写真をもってなかったら何かつけるということになります。

聞けばいいだけですよ。小保方さんは7月からずっと理研にいました。実験してないときは相沢さんの部屋で待機している。相沢さんに聞いてもらえばいいだけだ。こんな明らかな矛盾にさえ気づいていないようですから、どうにもなりません。

(小保方さんのマウス背景認識)

どこに事実があるのか。

まず「4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。」ということです。PCに写真があってLetter Extended Data Figure 7-aの写真と全く同じであったと言ってることになるが、今見た通り別のものだ。実験ノートにマウス背景は129/Sv×B6GFPと書かれていたんでしょ。対して論文にはこのキメラはB6GFP x 129/Sv背景であると書かれ、手記によれば2012年の3,4月頃に渡されたはずの、胎盤の免染写真がセットでつけられている。以下です。

リジェンドです。
>>
a, Chimaeric mouse with STAP cells derived from CD45+ cells of B6GFP × 129/Sv mice (B6GFP, C57BL/6 line with cag-gfp transgene). Arrows indicate a placenta and a yolk sac.
b, Cross-sections of yolk sac (top) and placenta (bottom). GFP-positive cells (arrows) were seen only in yolk sac and placenta of the STAP cell chimaera. Scale bars, 50 μm.
c, Co-immunostaining showed that these GFP-positive cells (right) were found in the extra-embryonic endoderm-derived epithelial cells (pan-cytokeratin+ and overlying laminin+ basement membrane; left) of the yolk sac. Scale bar, 10 μm.

B6GFP × 129/Sv mice (B6GFP, C57BL/6 line with cag-gfp transgene)と書かれています。小保方さんは親の雌雄の書き分けルールを知ってます。小保方さんはB6側にCAGが入っていると聞かされているんです。Acrに関してはそもそも小保方さんの実験目的には関係がないから知らされてないだけで、実際にここで使われているのは岡部マウスのB6GFPなんです。Article Extended Data Figure 7のマウス背景の書き分け方を見ておいてください。前がメスと知らないでこんな書き分け方をするわけがありません。
>>
B6GFP x DBA/2
129/Sv x B6GFP

Letter Extended Data Figure 7-aのマウス背景記述を小保方さんのマウス背景の書き分け方の不注意と書いたのは桂報告書で、小保方さんに確認したわけではない。
>>
なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」が正しいが、不注意による間違いと思われる。

小保方さんは2012年3,4月に免染依頼を受けた胎盤のマウス背景をB6GFP×129/Svと聞いていたからそう書いているので、それを2011/11/28のキメラが129/Sv×B6GFPなんだからときめつけて、不注意による間違いだと判断する前に、本人に確認すべきです。7月からずっと再現実験で理研に来ているんですから、聞いたら分かることです。

因みに彼女が不注意な書き方をしているのはむしろArticle Figure 4-cの以下の部分でしょう。

以下がそのリジェンドですが図のキャプションと違って、逆になっている。これは2月の分ですからリジェンドの方を間違えている。
>>
c, Adult chimaeric mice generated by STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino). Asterisk indicates a highly contributed chimaeric mouse.

恐らく、以下のFigure 4-cのリジェンド背景記述と混同したのではないでしょうかね。

リジェンドは以下です。これは論文に添付されているヴィデオのストップモーション画像だとされています。無論、若山研で当時撮影されていたものです。笹井さんのところではキメラがないから撮影はできません。
>>
f, E10.5 embryo generated in the tetraploid complementation assay with STAP cells (B6GFP × 129/Sv).

もう一つ紛らわしい書き方をしているのはアーティクル本文の以下でしょうか。ここでは雌雄を配慮せずに書いている。
>>
Furthermore, in a tetraploid (4N) complementation assay, which is considered to be the most rigorous test for developmental potency34, 35 (Fig. 4a, bottom), CD45+ cell-derived STAP cells (from F1 mice of B6GFP × 129/Sv or DBA/2) generated all-GFP+ embryos on embryonic day (E)10.5 (Fig. 4f, Extended Data Fig. 7d and Supplementary Video 3), demonstrating that STAP cells alone are sufficient to construct an entire embryonic structure.

以上の検討からわかることは2011/11/28の写真が本当にLetter Extended Data Figure 7-aの写真と同じであったのなら、小保方さんが写真だけを選択し間違えたということになる。そして、同時に小保方さんはその写真を持っていたということです。2011年の胎盤の免染なんてあるわけがないと我々が知っているのは、手記を読んで胎盤の免染がいつの話か読んでいるからです。桂チームは無論手記は読んでない。若山さんに聞いただけですね。2012/11/28の胎盤を分析したなんて聞いてないんじゃないですか。若山さんがそんなことを言うはずもない。キメラが初めて成功したというのに、胎盤が光っているかなんて誰も気づきませんね。そして胎盤は生ものです。その時のものだ。免染写真が2011/11/28のキメラのものであるわけもないことです。だとしたらただの写真の選択間違いに過ぎない。では胎盤を免染させた時のキメラ写真はどれだと調べて行かないといけないですよね。ところが彼らの結論は以下でしたね。
>>
2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基づき認定する限り、研究不正とは認められない。

小保方さんに確認したらすぐにわかることを確認もせず、ただ若山さんに言を左右にされて結局分からなかったということでしょうが。
小保方酸浴細胞核使用ntESキメラだと気付かない限りは全部を整合的に理解することはできません。この時点で桂チームがそのことに少しでも気づいていたということはなさそうです。変だなあとはだれしも思うでしょう。でもど素人の私は分かるまで5年かかった。専門家はもっと早く分かるはずですが、こちらの方は、その時にはすでに文科省の圧力がかかって緘口令が敷かれているんでしょうね。

(相沢さんの感想)

ずっと以前にOoboeさんのパートナー氏が何かの序に相沢さんに聞いてくれたことがあります。ntES化したと言ってる人がいますけどと。言下の答えは、それだとどちらの性質なのかが分からない、というものでした。
ntESはキメラができます。従って小保方細胞をntES化したらキメラができるのは当たり前です。相沢さんはその時よく考えずに、やはりキメラができたことがＳＴＡＰ細胞の多能性証明なのだから、そんなことしてキメラを作っても無意味でしょと言うコンテクストに沿って反論されたんでしょうね。特に彼が直前まで携わっていた検証は小保方細胞でキメラが再現できるかという仕事でした。ここにntES論を持ち込まれたら誰でも意味が分からないでしょうね。
理研は特許を申請しています。その趣旨は論文の記載に沿ったものだ。論文に書かれている通りの現象が再現できなかったら特許申請を維持していると大変な損害を被る。できなければ取り下げなければならない。今はどうかは知りませんが、当時は論文のコンテクストに沿って現実との乖離を理解しようとしていたことは当然です。

でも我々のntES論はそういうものではありません。若山さんは何度もキメラ作成を試みてできないことを確認している。恐らく写真にあるようなナイフ切り分けでもできないことを確認しているはずです。
小保方さんの細胞はキメラのできない細胞なんです。若山さんにとってそれは科学的事実です。相沢さんは論文に沿って考えているし、それが仕事ですから、キメラは出来たと書いてあるというところから離れることはできません。でも、若山さんは2011年の10月頃にできないと確認し終わっているんです。我々はその若山さんの確信に沿って彼が何をしたかを考えている。論文なんてこの頃書かれていない。過去を知りたかったら過去の人になり切らないといけない。笹井さんの論文なんて存在していません。ここにあるのは若山さんの意思だけです。

小保方さんの細胞はＯｃｔ4-ＧＦＰを大量に発現しています。後にはノフラー氏とか関さんが自家蛍光だなんて宣伝をしまくって世間を過った方向に連れて行こうとしましたが、ど素人じゃあるまいし、電子顕微鏡の自家蛍光識別もしない専門家がどこにいるでしょうね。顕微鏡下でよく光ってるねと言った若山さんがフィルター切り替えすらしなかったと馬鹿にしているのでしょうかね。それとも自家蛍光は6時間程度しか続かず、ずっと光ってることの分かるライブセルイメージング実験が最初若山研で行われているのだということすら聞いてなかったのか。

今、丹羽さんの論文でＧＯＦマウスのＧＦＰ漏れ出しが報告されました。これは内在性Ｏｃｔ-4が発現していないのにＯｃｔ4-ＧＦＰが発現する現象です。丹羽さんの検証論文以前には誰も知らなかった科学的事実です。自家蛍光だ、酸浴させると内在性Ｏｃt4が発現することもあるのだなどという机上の空想を述べる人はいましたが、誰一人、ＧＦＰだけが発現するなんて事態を予想した人はいません。小さな新事実ですが丹羽さんの発見なんですね。
このことの意味を論じる人は知る限りありませんが、ＧＯＦマウスを開発した人々にとっては研究課題になってるはずですがね。通常の使い方ではＧOＦマウスは内在性Ｏｃｔ4を発現させるプロモーターが働いた時に同時に同じプロモーター下にＧＦＰを発現するように設計されている。酸浴させ、亜致死下に置いたら、ＧＦＰだけが発現するなんて初めての知見です。

歴史的に考察するというのは、この知見は今は知られているが、当時は知られていなかったという地点に想像力を働かせて戻れるかということですね。関さんもノフラーも知らなかったことです。知らなければ本物か自家蛍光かしか推測ができない。彼らにとっては丹羽さんの発見は思いもよらないことでしたね。専門家だから専門領域に関する主張が正しいなんて保証はありませんね。特に自然科学では知られていないことの方が多いんですから当然です。専門家は現時点で分かっていることの範囲内で解説ができるということだけです。

重要なことはＧＦＰの漏れ出しなどという現象があるかもしれないなどとは若山さんも、小保方さんもこの時点では知りません。「よく光ってるね」と言ったんです。それは自家蛍光だよとは言わなかった。その代わり、6時間で消える自家蛍光を取り除くために一週間に渡るライブセルイメージングを撮影した。若山さんは自家蛍光なんてこの頃考えてもいませんね。この実験は笹井研での映像以前に若山研で行われていることが手記に書かれている。手記も読まないでこの事件に関して何かを語るなんてをこのことですね。関連する文献は全部読まないといけない。そして眼光紙背に徹してからものをいうものです。

若山さんがこの細胞は一体何なのかと考えたとしたらそれは何か奇妙なことでしょうかね。後の論文を読んでそのコンテクストの上でしか物事を見れない不自由さを背負っていては歴史は見えないでしょう。後の論文は後にそうなったので、この時には姿もないものです。あるのは若山さんの好奇心だけですね。

彼は小保方さんのためにもう少しこの細胞の性質を見極めてやろうとしたんでしょう。無論、彼自身の好奇心もあった上に、彼は小保方さんをヴァカンティの手元から奪いたかった。いたく気に入ったんですね。4月に腰かけて小保方さんが渡米できるようになって帰ろうとしたときに自分のラボに誘った。手記も読まないでどうしますか。手記の記述は小保方さんがその後なぜ若山研の客員になったのかをちゃんと説明しています。若山さんが誘ったからこういうことになった。誘わなかったら彼女は米国で研究していたでしょう。こういう裏事情も知らずにこの事件を語ろうなんて愚かしい。

彼女はキメラができなかったのでヴァカンティの許に帰ろうとした。できなかったからＥＳで捏造するなんて、Ｏｃｔ4-ＧＦＰがあんなに光っているのにそんなもったいないことをする研究者はいないでしょう。ティシュー論文や、博論段階では何十個のスフィアに一つという細胞であったのに、若山さんのところに来て酸浴実験をしたらどんどんできてきたと思い込んでいる。本物と信じ込んでいるＧＦＰ蛍光を見ているのにどうしてそれを捏造で台無しにするなんてことがありますか。

この点に関しては若山さんも同じです。若山さんもＧＦＰの漏れ出しなどというアーティファクトは知りません。内在性Ｏｃｔ4を発現する細胞がたくさんできてきていると思っているんです。
小保方さんは渡米してその細胞の性質を見極めようとした。若山さんはちょっと待ってと引き留めたかったんです。米国に帰らずにもう少しここでやりなさいと。

相沢さんはntES論をあの時点では一蹴しました。今はどうか。いまでもこの問題は根が深いと思われますね。一度自分のntESの材料にしてみようと思いつくのはそれ程むつかしくはない。できてきたキメラが普通のｎｔＥＳとどう違うかを調べてみようとする発想です。でもここには相沢さんの言った、方法論上の問題がありますよね。論文はキメラができたことを主張している。その論文から今離れるわけですから、相沢さんが一蹴した根拠はそれなら消えているかというと、消えません。特に最終的には胎盤貢献が違うのではということになったんだけれども、ではコントロールとしての普通のntESの胎盤は既に解明しつくされているのかという問題です。ntESの胎盤異常はとても有名な研究課題です。どちらもはっきりしないような問題ではコントロールが取れないではないかという意味においてなら、相沢さんの指摘は正しいでしょうね。そしてそれが若山さんの致命的な誤認の原因になった。

こういう風に推測してみる。
①小保方さんを山梨に連れて行きたかった。
②ＧＯＦのＧＦＰ漏れ出しは当時誰も知らなかった。若山さんも小保方さんもたくさんできてきていると誤解した。
③若山さんは小保方細胞の性質を調べるためにその核を使ってntES化した。
④違いは胎盤貢献ではないかと思い込んだ。
⑤しかし、胎盤貢献に関してはコントロールとしてのｎｔＥＳ側がまだ研究途上で確定事実がなかった。
⑥②の誤解からそのntES化はただのCD45陽性細胞の核移植結果となってしまっていたが、若山さんは気づいてなかった。
⑦結論的には彼の小保方細胞核を使ったと信じていた現象は只単に自分のntESの性格であったに過ぎなかった可能性がある。もしそうなら自分でやればいい研究だったということになる。
⑧しかし、丹羽論文が出る前にそのことに気づくことはできない。彼は彼なりに自分の研究にたくさんの疑問を抱いていたはずである。
⑨スタンダートなプロトコルでキメラが出来てないことは彼がリクルートのためについている軽い嘘にすぎなかったが、自分の行っている研究は本物であって、自分の本当の研究を隠すために嘘をつき続けていても後のイクスキューズはできる。
⑩しかし、自分の行っている研究に何か勘違いがあったら、それは小保方さんに対してついている嘘のイクスキューズをも失ってしまうことになる。
⑪何も知らない笹井さんが若山さんの研究成果を使って査読対応実験で調べたレター論文の実験は彼を震撼させたかもしれない。
⑫若山さんは2013年の8月にレター論文の原稿を読んで、自分でも分からない論文になってしまっていたと、笹井さんに責任著者を降りたいと申し出た。何か自分の間違いに気づいたかもしれない。それは相沢さんの言った方法論上の瑕疵だったかもしれない。

他方、遡って、ヴァカンティは論文が出るまでは自分のところから小保方さんを離さないと言った。では論文は書かせないといけない。あちこちにぶら下がったまま忘れられていく論文が大半なんですから、取り敢えず最終的にはヴァカンティの主催のティシュー論文でぶら下がったままにすればいい。
案の定、ネイチャーはリジェクトした。だったら次はティシュー誌に挙げて置いたら約束は果たされて、小保方さんは自分と一緒に山梨大に来てくれるので無いといけない。約束じゃないか。
でも、デイナのニューヨーカーへの寄稿文によると、ヴァカンティは低いバーを飛ぶつもりかと小保方さんを励ました。なぜか。キメラが出来ていると嘘をついているままだからだ。キメラが出来ているのにノーベル賞級の発見で無くてなんだ。ヴァカンティでなくても誰でもそう思いますよね。若山さんの誤算ですよね。薬が効きすぎてしまってる。でも、歴史的視点を失わないでいればこのときここで行われている実験を世界中で知ってるものは10本の指でしか数えられないほどの狭い範囲だった。それが先進国中に知れ渡るほどの問題に発展するとこの時点で予測した人はいたでしょうかね。ヴァカンティさえごまかせたらなんか小さく丸め込めそうでもある。いざとなったらああ、あれはＥＳコンタミだったみたいと。

C. 129/Sv carrying Rosa26-gfp

a. AC129の実験とTCR再構成調査以外の細胞追跡法

(「僕のマウス」証言)

所謂「僕のマウス」が登場するのは2014/6/16の若山さんの記者会見ですね。「僕のマウス」を渡したと証言した。ところがそういうマウスを渡したという実験ノート等の記載証拠は全く無いどころか、論文には明らかにB6側のGFPヘテロ記載のマウスしかない。実際の実験を担当した共著者である若山さんが論文にヘテロだと書いてあるのに今まで一度も小保方さんに注意していない。今頃何を言い出すのだというトンデモ主張である。それを桂報告は確認もできないまま諸幹細胞等からGFPヘテロが出たからと言って、小保方さんが太田ES等を使って捏造したというストーリーにしてしまったのである。警察もまま無理な立件をすることもあるが、これほどの馬鹿なことはしないですね。「僕のマウス」渡したんですと主張したら、はい、その記録を見せてくださいとまずは尋問過程で事実を確定させていく。この桂報告書は最初の時点から証拠無しの前提なのである。それどころか論文にヘテロと書いてあることの経緯が何かということすら調査していない。

これはよほどのことですよね。万が一殺人事件に巻き込まれて警察にこんなことされたら誰でも殺人犯にされてしまう。無論、事件の裁判なら弁護側と検察側で証拠の能力検証が行われるので、少なくとも事実認証に関してこんなことはありえないが。この事件は裁判ではない。第三者委員会が調査した調査結果なのである。
「僕のマウス」を渡したんです。ノートの記載はしていないが僕を信じてください。論文に小保方さんがそういう記載をしていることは知らなかった。彼女はマウスのことは詳しくないんです。という感じで、ああそうですかとなった。小保方さんに、確認もしていない。ホモかヘテロかは外見では見分けがつかない。論文になぜヘテロ表記したのですかと聞いたらそういわれたと答えたと思いますね。マウスに詳しくない人は言われたとおりに書くのが普通ですね。最初の成功キメラはGFPヘテロのＦ1でしたよね。それは実験ノートに書いてあった。それが分かっているのに二回目が「僕のマウス」であることはそのまま信じた。
「僕のマウス」を渡したのにヘテロマウスが返ってきたと主張しているのですから、何より大事なのは「僕のマウス」を渡したという証拠です。最初の成功マウスはヘテロマウスを渡したらヘテロマウスが返ってきてるんですから、二回目もそうじゃないのかねとすら問うてない、というより気が付きもしていない。

(「僕のマウス」の初出)

所謂「僕のマウス」は記者会見で出たものですが、このマウスらしきものの初出は2012年の5月頃です。若山さんはFLSのキメラを作ってそのキメラのジャームライントランスミッション確認実験を行った。キメラは20日で生まれますが、子供を産めるように成熟するまで50日かかる。その後交配して20日後にキメラ子が生まれる。キメラ移植からほぼ90日後です。
ＦＬＳの実験は1/31にＦＬＳ1、2/2にFLS2～8の二日間行われた。小保方さんは1/23に初出勤している。それまではハーヴァードで仕事をしていた。以下謝金票の再掲です。

若山さんが後にあれは「僕のマウス」だったと言い出した赤ちゃんマウスを数匹渡されたのは出勤日かその翌日ですね。インキュベーターで1週間かかりますからね。研究者は土日無しみたいなものですからこのときの出勤がどうであったかは分からないが、ぴったり1/31の開始に間に合うようにすべては段取りされていたということです。

因みに彼女が12/27テラトーマを切開したのは1/24だと証言されています。4週間後です。彼女はティシュー論文と博論は6週間で切り出し、アーティクル論文では博論のを使ったから博論の時のままの記述で、6週間でかつＮＯＤ/ＳＣＩＤだと書いている。ヌードマウスではない。永田龍平衆議院議員が指摘しましたね。12/27テラトーマはヌードマウスでの実験で、4週間後の切開ですが、HE染色しただけで免染しなかった。おかしいと思ったからです。後に調査の時小保方さんはこのおかしいと思ったということを言い出せなかった。誰かを疑うことになるからですね。これが言い出せなかったから写真を間違えたと嘘をついたんです。それで話がこじれた。しかし、調査チームが既に偏向していますからね。彼女は本当にキメラができたと信じていますから、そういうことは言わなくても真実は明らかになると思ってたでしょうね。
若山さんは小保方さんが博論の写真を使ってたと聞いてあり得ないと思い態度を翻したと証言していますが、テラトーマの上からできたばかりの幹細胞を注射したのは自分ですから、小保方さんがES混入を疑ってあのテラトーマを使っていなかったのだと知ってショックだったでしょうね。あのころから疑われていたんだと。山梨大に助手で来ないかと誘われて、即答できなかった事情とも関係あるかもしれない。

ともあれ、幹細胞は若山さんは3,4回の植え継ぎで樹立判断をしているようです。2週間程度の後でしょうか。FLSの樹立です。ここから幹細胞のキメラ実験に入る。
その日を2/15だと設定すればその90日後は5/15だ。5/15前後に若山さんは小保方さんにGFPが半分にしか来なかったと言った。それはどの実験なのか。

2Nキメラはリシピエントの胚由来のキメラも生まれますから、これらを兄妹交配するとGFPが来たものが分かる。一つの株でたくさんのキメラ胚を作るので、キメラもたくさん生まれる。その一つにでもGFPが来たらジャームライントランスミッションは有りですね。無いことを証明するためにはすべての可能性を虱潰しにしないといけませんが、有ることの証明は一つあったらいいんですね。
以下が2Nの結果でした。全ラインyesですね。

若山さんは全部に来ないといけなかったのに半分にしか来なかったと言った。これも不可解な発言ですよね。これは2Nの実験ではあり得ませんね。雌雄ともに配偶子がリシピエントのキメラも含まれているわけですから全部に来るというケースはない。4Nの実験ですよね。
以下がそれです。

4Nキメラは全身がドナー細胞由来ですから配偶子もドナーです。この配偶子に生殖能力があるか無いかを確かめるのがジャームライントランスミッション実験です。では2Nと同じく兄妹交配させればいい。ところがここには書いてないが228個のキメラ胚から生まれてきたキメラ52匹の全てが雄だったんでしょ。この実験は無論若山さんが一人で行ってデータだけを小保方さんに後から渡しているものですね。
このSTAP-SC#1～#8ってFLS1～8のことですね。これは若山さんが放医研に調査に出して全ライン雄と発表したものですよね。雌が居ないんだか4Nキメラ子同士の兄妹交配はさせられません。既述していることですね。では一体メスはどこから持ってきたのか。
桂報告書によると若山さんは戻し交配したと言ってます。通常戻し交配というのは実際の親に掛け戻すことです。彼がロックフェラー大学で作っていたB6のCAG-GFPホモマウスからそのGFPだけを129/Sv(GFP無し)に移すときに使ったような手法が戻し交配です。若山さんはこの時のドナーは「僕のマウス」を渡したと言ってるんですから、本当に"戻し交配"なのなら雌の129/Sv-CAGホモを持ってくることになる。
でも、親にCAG-GFPホモのを持ってきたらキメラにジャームライントランスミッションがあったのかどうかはGFP蛍光確認では調べられませんね。全部光ってしまいます。
ジャームライントランスミッションの確認のためには、CAG-GFPの無い、しかし、生殖能力がちゃんとあると分かっているメスを持ってこないといけない。で、CAG-GFPの無い129/Svを持ってきたということですが、この場合"戻し交配"とは言いませんね。これはワイルドタイプの無関係な背景のメスでもいいわけです。この場合だとはっきり"戻し交配"と言わないことは分かりますね。同様にGFP無しの129/Svのメスであっても"戻し交配"とは通常は言わない。この言葉は調査に対する尋問への言い訳対応の中で出てきた言葉です。小保方さんに対する説明時には無いものですね。

228個のキメラ胚移植の結果52匹の4Ｎキメラが生まれてきたがそのすべてがオスだった。彼はそれを不思議にも思わずに、4Nキメラ子にメスが一匹も居なかったので、キメラ子のジャームライントランスミッション確認実験をするときに、GFPの無い129/Svのメスを使ったと説明していることになるんです。常識的には全部オスだということが彼にとって何も不思議ではなかったから、実験を続けているだけでしょう。
我々のntES論ではFLSの元となったたくさんある中の一つのntESがたまたまオスだったもので、それを8株に分けたものがFLSとして小保方さんに渡されたものですから、GFPがヘテロなのは若山さんには分かり切っていたことだ。そのジャームライントランスミッション実験に129/Svを持ってきたら"戻し交配"だということになる。なぜなら、若山さんがntES化させるために小保方さんに作らせたSTAP細胞の材料は129/Sv x B6-CAG-GFP(岡部マウス)だからです。彼は「僕のマウス」を渡したということが嘘であることを"戻し交配"という言葉を使った時に苦し紛れに告白してしまっているんです。

実際に実験に使われたのは成熟した26匹ですね。4Nキメラで、しかも全部オスですね。若山さんが渡しているマウスは129 x B6-GFPです。精原細胞から減数分裂で129とB6GFPの二種の精子に分かれる。ここに129のメスを持ってくると、GFPの有るものと無いものと半々に生まれてくる。当たり前です。上表では全部Yesになっていますが、キメラは最低２匹いますから確率的には全部Yesでもおかしくはない。２匹のうちの1匹でも光ればYesです。
実験そのものは岡部マウスとのF1での小保方細胞核使用ntES化の実験のシリーズとして何もおかしくないものです。
ヴァカンティ氏が米国特許仮申請をした頃に、若山さんが、小保方さんに半々にしか来なかったのが変なんだと吹き込んだ。それはヴァカンティ氏に対してあれは何かの間違いだったという言い訳のための伏線だったんですね。何か、マウスの交配ミスがあったのだという言い訳です。この頃まだ理研でのネイチャー論文なんて書かれていません。このFLSのキメラ実験なんて三誌論文には無いものです。

ネイチャーはリジェクトされたんだからヴァカンティさんは小保方さんの論文をティシュー誌に載せて置いて、一年後に進展が無ければ仮申請は引っ込めたらいいんです。小保方さんは山梨に連れて行っていいんでしょ。そういう約束だったじゃないか。
他方で、ntES化の実験結果はまだ若山さんを魅了している。若山さんが何かこの研究に関して捏造を行うということは常識的にはあり得ません。彼は既に功成り名遂げた学者でノーベル賞を待ってる人なのでそんなことをして得が無い。又何か大発見したんじゃないかとワクワクしてるだけです。小保方さんと一緒に若山研でもう一度何か出来るかもしれないと夢見てる。
ここに何かしら、GFPの漏れ出しなんかも含めて、いろいろと大きな勘違いがあったことと、もう一つは小保方さんのリクルート絡みでヴァカンティ氏に対して策を弄している。これが思いもかけない理研の参入という事態に至って、若山さんは窮してしまったんですね。逃げ場がない。論文が落ちてくれることを願いつつ、通ったらどうしようかと考える。それが太田FESのコンタミストーリーです。

(小保方さんの+/-)

専門家の間ではヘテロ表示を+/-と略記する。小保方さんが自分のサンプルに+/-と書いているものが以下です。木星リスト103,109,111,114番です。

小保方さんは若山さんからこの時に本来ならGFPが全部に来るはずのマウスを君に渡したんだぜと刷り込まれているんです。だから、若山さんが記者会見で突然「僕のマウス」を渡したと言われて心当たりがあったからこの件に対して反論できなかったんです。そういえばあの時そんなこと言ってたわと。でも違う細胞が返ってきたということに関しては否定しましたね。渡されたマウスで作った細胞をお返ししたと。

因みにES+/-は後にそう命名されたFLSのことだとはっきり分かりますね。小保方さんは5月頃に若山さんにそう言われて後に再凍結したラベルに+/-表示を加えているんです。ＥＳは学生にもらってGOF-ESしか持っていませんから、ＥＳ-ｌｉｋｅの意味でＥＳと書いていた。129 GFP +/-も同じですね。彼女F1はB6にGFPのあるヘテロだと思っていますから、129GFPと書いたら129B6と書いているのと同じになる。当時紛らわしいものがなかったからこう書いている。129F1GFPは紛らわしくなりかかっていた時期かもしれませんね。仮に129/SvのＧＦＰ入りの実験が始まると以前のＦＬＳはＦ1と入れておかないと識別できなくなる。この114番はその2となっていてその1が無い。たぶん件の95番がそうではないかと思いますが、先に2を凍結して、これを1に書き換えるつもりが渡米するときの多忙でそのまま以前のラベルで再凍結したものかもしれないが、その辺りは分からないですね。ただ、そもそもヘテロだと思っているところにホモだった筈なのにヘテロだったよと言われて、最初からヘテロだと思っていたけどやっぱりヘテロだったんだという意味で+/-表示しているんですね。本来なら書かなくてもいいくらいの情報だ。まんまと刷り込まれている。

若山さんは3/5前後には生まれたキメラが全部雄だと知っていた。そしてキメラが成長するのを待って5/15前後にジャームライントランスミッション結果を知らせるときに、「僕のマウス」の情報を小保方さんに刷り込んだ。
小保方さんの最初のネイチャー投稿論文のリジェクトは4月中です。まだジャーライントランスミッション実験の最中でしょう。そしてヴァカンティが米国特許仮申請をしたのが4/24です。
ここに「僕のマウス」ESの樹立開始日が2012/4/19である謎が重なる。これは件の129B6F1ES-1です。これによってAC129とFLS-Tが捏造されている。若山さんはMTAの添付資料リストにこの樹立開始日を2012/5/25と書いていて1か月強の差がある。
この頃又胎盤が光るといわれて胎児胎盤を渡される経緯もあって、このキメラの背景は明確には誰も語っていない。
更に4月のネイチャーリジェクトを受けて西川さんのＴＣＲアドヴァイスがあった。ＣＤ45とSTＡＰ細胞からは簡単にＴＣＲ再構成の全バンドがでた。しかし、幹細胞に関しては若山さんはテクニカルスタッフの二人の内の一人に任せ、小保方さんにやらせなかった。結果は全バンドは出てないという意味では無かった。小保方さんがやりなおしても無かった。そんな筈はない。ただＳＴＡＰ細胞を培養しただけのポリクローナルな細胞集団であるはずだ。
出来事の目白押しした時期ですね。そしてＡＣ129の実験が始まった。

実はntESキメラを作るのには事前にクローン胚に入れて3.5日の胚盤胞を取り出した後に中のインナーセルマスを取り出してＥＳ樹立します。一週間から半月位多くかかります。5/15は5/末から6月初頭である可能性まで考えておかなければなりません。

AC129を巡る問題3

d.　TCR検証との関係

(西川氏のアドヴァイス)

AC129の実験が「遺伝的背景が及ぼす影響」を調べるためでなく、細胞追跡の実験だったらどうでしょうか。その可能性も念頭に置いて検討してみましょう。そうでないと、なぜこの実験に関して129ローザなんて話が紛れ込んでくるのかが分からない。何かまだ知られていないことがあるからとんでもない"勘違い"だという説明になってしまう。誰がローザと聞きもしないでローザと書くでしょう。誰かがローザと言ったからローザと書かれている。それを追求しないと、単に勘違いで済む問題ではありません。自分に置き換えてみたらわかる。聞きもしないで、かつ何の理由もなく、突然ローザと書けるか。はは。

我々の仮説では、若山さんは小保方さんの細胞がキメラ形成しないことは知っています。しかし、何物かではあると信じて、或は何物であろうかということを知ろうとして、小保方酸浴細胞核を使用してそのntESからキメラを作ってみている。そしてどうもその胎盤が光っているのではないかと気づいたわけです。だからこそそのntESをTS培地によって誘導してCTSを作ろうとした。

ただし、この胎盤蛍光が単なる希望的思い込みでなかったかということが後の議論でも出て、かつ小保方さんの免染も確かにGFPは入っているんですが正しくその場所を免染しているとは限らない。つまり光って当たり前の場所を調べてたのではどうしようもないという疑義がでたわけです。このことは笹井さんが参加してからのことで、査読者たちに指摘されたり、事件発覚後にパブピアで指摘されたことなので、この当時は論文も幹細胞化の実験に関しては発表していないから、胎盤の件が正しいか否かは二人ともまだはっきりとは分かってないんです。

一方でACCsの論文がネイチャーにリジェクトされ、若山さんにしてみたらリクルート絡みの問題は終わりだと思ってたら、ヴァカンティが高いハードルを飛べと小保方さんに指示したもので、論文はティシュー誌でなくセルとサイエンスに投稿することになった。

どうしたら通るかという小保方さんの相談を聞いてもらうために若山さんが西川さんのところに連れて行った結果、TCRアドヴァイスを得た。そして実験して結果を添付したがまたセル、サイエンスともにリジェクトされた。

(PCRの結果)

一方でFI幹細胞の研究をつづけながら、若山さんは小保方さんからのTCR結果を聞かされている。彼は小保方さんの作ったリンパ球の酸浴細胞にTCR再構成PCR結果が出るのは当然だと思ってる。CD45+だけでも出るものを念を入れてFACS選別で確率高くT細胞だけに絞ってます。ある程度違う細胞が混じってもPCR検査では出るに決まっているし、現に出てる。もう1度貼り付けましょう。

ど素人なんでどれがTCR再構成バンドか分からなかったから苦労しましたが以下が泥縄のお勉強の成果でした。

はっきり出てますね。CD45陽性細胞と酸浴STAP細胞にはTCR再構成はあります。ここは問題ない。キメラにもTCR再構成があるが、ここはどういう出方をしているかが問題になった。そしてGel1とGel2には所謂STAP幹細胞のPCR結果がありませんが、幹細胞は別のラボメンバーが担当した。これが後に問題になった。
ここで残されている課題はキメラと幹細胞にはどういうバンドが出ているべきなのかという問題です。

STAP幹細胞は若山さんが小保方さんから渡された細胞を基本ES培地で培養誘導して作られたと若山さんが語っているものを小保方さんが論文にプロトコルとして書いている。手記によれば小保方さんは自分ではプロトコルに従っては作れていない。作れないのに構わずに書かせたのは若山さんですが、丹羽さんも相談を受けて若山さんを信じるべきだと答えている。こんな論文はおかしいと誰でも思う。でも、笹井さんと丹羽さんは業務命令でリヴァイズの手伝いをしていますからね。実験が疑わしいというスタンスは初めからありません。
筆頭著者ができないのに責任著者が自分はできるから、できたと書いて置けと言われ、シニアの指導者も若山さんを信じるべきだと助言した。後から、若山さんはあれは小保方さんがESを自分に渡したのだと言い出した。丹羽さんは梯子を外されたんやと、その足で山梨に向かったという。記者会見でなにしろESを渡されたと思い込んでいるもんでと、語っている。
ESを渡されたら誰でも気づくということは既に我々が証明した。若山さんは嘘をついている。論文は通らないようにと書かせているんですね。それが通ってしまったんで、逃げようとしたんです。通りそうだと寺下さんから情報を受けた頃からあちこちに情報リークをして準備を始めている。そしてタレコミがあって事件化するまでは知らぬ顔をして小保方論文をほめていた。11次元の博論のテラトーマ画像流用指摘から突如豹変した。予定通りです。11次元に博論の件をあらかじめ知らせたのは若山さんですね。
ここから先はかなり悪質ですね。どうしてこんなことになったか。何かやはりリクルートの経緯だけでなく、若山さんを心情的に怒らせるものが加わっているのではないかとも疑義される。事件に無関係なはずの遠藤氏の、舐めてますねこれという、やくざ的な言葉づかい、或は真綿でじわじわなんていう、会ったことも無い相手に対するいわれのない憎しみの原因がどこにあるかと推測すると、若山さんからの情報ですよね。俺達を舐めてると。どういう情報のやり取りになっているのでしょうかね。

(研究の発案と特許)

若山さんは小保方さんが山梨に来てくれると思って、或は来て欲しいと強く望んで、幹細胞化の論文のためのデータを渡している。ところが小保方さんはそのデータを持ったままヴァカンティの許に帰った。
Ooboe さんとパートナー氏の公開請求で共同研究契約書は交わされていないと判明している。理研の事務窓口は共同研究の実態があったのかどうかも分からないと答えている。
すると小保方さんの客員身分はどういう手続きで生じたのか。どうやら、客員受け入れ申請書の類のものらしい。そしてその保管期限も過ぎて書類は無いという。
では客員申請はどういうケースで行われるかというと共同研究申請書に基づくのが普通であるが、今、理研のその規定は見れなくなっている。どうやら安易なイレギュラーな客員受け入れが行われていたようですね。そしてそういう受け入れは海外でもあって、学者が海外旅行のために休暇を取るのにこの契約がまま流用されているらしい。このケースでは小保方さんの震災避難の受け入れ、或はそれ以前の博論実験の受け入れでもそのイレギュラーな処理が行われているのではないかと疑われる。契約書が無いというのは正式な理研の答えで、かつ、岸氏がちゃんと約定してないからこうなると怒ったという情報も流されている。

そういう研究状況の中で、小保方さんの論文の投稿と、若山さんの幹細胞化の実験が並行して進められている。スフィア細胞自体はヴァカンティ研での小保方さんの発見であるが、理研に来て酸浴実験からGOFの赤ちゃんマウスを使ってのOct4-GFPの蛍光までの実験は若山研での発見である。しかし、約定の無いままになんだか分からない発見らしきものが次々に続いていく。
特許でもヴァカンティと揉めている。11月に小保方さんがヴァカンティの許に戻った時、幹細胞化実験のデータは小保方さんが持ち逃げした形になっているが、渡したのは若山さんで、しかも共同研究契約書は存在してない。小保方さんが若山さんに渡されたデータは一体誰のものなのか。

岸氏が約定もなくこんなことをしているからこんな問題になると怒ったらしいのは一般人でも当たり前だと思うところでしょうね。でも本当は若山さんはそのままヴァカンティ研で小保方さんが研究を続けてくれていた方がありがたかったでしょう。何しろntES化しないでキメラの再現はないし、幹細胞化の実験の意味も分からないはずだ。どうしてあの時キメラができたのか。別の実験のESをコンタミさせてしまっていたみたいと言い訳したらそれで済む。

ところが小保方さんは理研に呼び戻されてしまった。しかも笹井さんと丹羽さんがメンターになるという。とうとう本当のことを言えないままに論文が自分の手を離れてしまった。笹井さんの手にかかったら論文は通るかもしれない。キメラはスタンダードな方法でできたと書かれる。再現ができないと最後に自分のところに責任が来る。論文は通ってもらいたくない。せっかく三誌は落としてくれたのに今更別の雑誌に又投稿するなんて困る。それには幹細胞化の論文をつけさせて、一度落としてくれたネイチャーに再投稿するのがいい。こんなntES化実験をSTAP細胞からダイレクトにできたなんて書いて通るはずがない。小保方さんを山梨に連れてくるために言った勧誘言辞をそのまま利用して、そんなこととはつゆ知らない無関係な笹井さんに押し付けたことになる。山梨に来てくれたらこの幹細胞化の論文は小保方酸浴細胞の核を使用したntES化実験だと本当の研究論文を書かせることができる。でも、それを知らないままに笹井さんが論文を書いたら、いくら何でも通るはずは無いと考えたんですね。それで強硬にネイチャーへの二報同時報告に拘った。例えばPNASに笹井さんの論文構成力と信用力で投稿したら通るでしょう。そしてキメラができたということに焦点が当たる。そこは自分の責任のあるところとなる。困るんですね。だから何が何だか分からなくする意味で幹細胞化論文の二報同時投稿を強硬に主張したんですね。

ここでどうして本当のことを言わなかったのでしょうかね。やっぱり人事のことでいろいろと自分で売り込んでるんでしょうね。特に西川さんがメンターですからね。今まで話してきたことと矛盾するようなことがあると話せないですね。論文が通らなければそれが一番無事なんですね。
小保方さんに幹細胞が自分ではできないと訴えられても、作り方を目の前で教えもしていない。論文は通ったら困るんですね。こんな論文はトンデモなんだから通るはずはない。通るように教えるなんて輪をかけてトンデモだ。僕の手技だよとごまかしてシカトしている。そんな科学は普通ではあり得ません。
若山さんの誤算は自分はntES化させたことを知っていて、ntES化させないでキメラができるわけが無いと分かっている。査読者たちは誰も信じないと思い込んだことです。現に三誌でリジェクトされている。でも、笹井さんはそんなことは知らない。ここで起きていることはすべてダイレクトに小保方細胞が引き起こしている現象だと信じて論文を構成している。
若山さんが通るなよ、通るなよと念じているのに、笹井さんは通るように通るように努力した。理研と笹井さんと丹羽さんの信用力が加わって、理研と若山さんだけの信用では通らなかった論文が通りそうになってしまった。
小保方ユニットリーダーの元には寺下さんがついていて、若山研とは常時連絡を取り合っている。若山さんは追い詰められてしまったんですね。

(出るべきバンド)

幹細胞とキメラ体細胞からはどういうTCR再構成バンドパターンが出るべきなのか。CD45と酸浴STAP細胞からは全部のパターンが出る。こちらは簡単で、現に出ていますね。T細胞を選別しているのですから当たり前です。

でも、幹細胞とキメラは違いますね。まず幹細胞の方は、小保方さんの酸浴STAP細胞を基本ES培地で培養したら増殖を始めたということが本当なら、これはSTAP細胞と同じく全バンドが出ます。すべての幹細胞株でTCR再構成の全バンドがでる。それは細胞集団がポリクローナルな集団だからです。
ところが、この実験を若山さんは小保方さんにさせなかった。これを確認したのは別のラボメンバーで、結果は調べられた8株にのうち2株にはTCR再構成があると、小保方さんは知らされているように手記の149Pに書いている。ラボの中での報告でも、それを合わせて報告していると思われるが、桃子本ではあったと本人が報告したと書かれ、桂報告書でも相変わらずあたかも小保方さんが全部行ったかの如くミスリーディングな書き方をしている。
8株のうちの2株にあるという意味はとても不可解なものです。論文のプロトコル通りに作られているものなら、すべての株に全バンドが出ないとおかしい。

一個一個の細胞のTCR再構成のありかたの可能性の全ては以下ですね。我々のお勉強の成果でした。もう一度確認しておきましょう。小保方さんのプライマーで挟むとカッコ内の6本のバンドが出る。7～12は検出できないということです。J1、J2ともセグメント数を6としています。実際には7つのようですが、再構成するときの仕組みが素人には理解がちょっと難しい。でもそれはこの問題にはあまり関係しない。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の123456(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の123456(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の123456(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の123456(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の123456(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の123456(*GL)
07.D1-J2の123456
08.D1-J2の23456
09.D1-J2の3456
10.D1-J2の456
11.D1-J2の56
12.D1-J2の6
13.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
14.D1-J1の123456-D2-J2の3456(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の456(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の56(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の6(*リアレンジバンド)

ポリクローナルな細胞集団をPCRの検体にすると全部のバンドが出るということです。論文通りの幹細胞の作り方だとそうならないとおかしい。8株の中に2株ほど"あったようだ"というような出方にはならない。
しかし、検体がモノクローナルな細胞集団であると、この中の二つの組み合わせになる。というのは染色体が二本あるからです。従って、上記のリストの二つの組み合わせになる。結果的に0本か、1本か、2本ということです。

でも、小保方さんも、手伝ったラボメンバーも8株の検体がモノクローナルな細胞集団だなんて予期していませんよね。丹羽さんは後にこれをもう一度検査させて、おかしいと気付き論文から外すように笹井さんにアドヴァイズしました。流石ですよね。ただし、ntES化されているなんて考えもしてませんね。何か予期しない実験上の手違いがあると考えて後でゆっくりやり直したらいいと考えている。捏造なんて疑ったら手伝い自体をつづけられませんね。

キメラの場合はもっと複雑ですね。今度は小保方細胞そのものであっても、小保方細胞核使用ntESであっても、20個程度移植した個々の細胞の増殖していった器官部分は0本か、1本か、2本のいずれかのバンドしか出ない。狭い範囲を試料採取するとそうなるが、広い範囲で採取するとポリクローナルな結果と同様になる可能性もある。キメラの場合の尻尾の細胞がモノクローナルに構成されているのか、ポリクローナルに構成されているのか、事前に誰か研究でもしているのか。まして、2Nの場合はリシピエントの細胞も考えないといけない上に、組織の採取時点で、リシピエントからの白血球が混じってないという可能性も排除されているかどうかが書かれていない。方法論自体が厳密さを欠いている。

丹羽さんと笹井さんが幹細胞とキメラのTCR再構成結果を外させたのは当然ですね。ただ、キメラはスタンダードなやり方でできているということは疑ってないから、捏造に気づくなんてことは誰にもできません。キメラは出来たと聞いていて、それが前提で論文の書き方を指導してやってくれと頼まれているだけだ。捏造だと思ったら途中で降りるでしょ。そして捏造調査に入るでしょ。
11jigen氏が笹井さんの立場に居たら、同時に国会図書館に行き、博論を調べ、ティシュー論文も調べて突合せるということを、論文のリヴァイズを行う傍らで3か月間で両方やれたというのでしょうか。そんなことを疑うのだったらこの仕事は引き受けないでしょう。そもそも11jigen氏が博論を国会図書館にまで調べに行って、コピーまで取ってきたのは自分の自発的行動なのか、それとも誰かに情報を齎されてのことでしょうか。

(オスしか居ないことを不思議に思わない不思議)

2NキメラのTCR再構成PCR結果がGel2と特許申請書に存在している。これがとても錯綜した結果です。Gel2の2Nキメラです。一本欠如がある。難問です。

取り敢えず幹細胞の雌雄の問題から検討してみましょう。桂報告書の検査結果は以下です。
>>
①FLS1～8　オス
②CTS-1,11～1　オス
③GLS-1～13　メス
④AC129-1,2　オス
⑤FLS-T1,T2　オス
⑥GOF-ES　メス
⑦129B6F1ES1　オス
⑧129/GFP ES　オス
⑨FES1　オス
⑩FES2　オス
⑪ntESG1 オス
⑫ntESG2　オス

まず、FLSは現状は全部オスです。Article Extended Data Figure 8-jがそのFLS8ラインの4Nキメラのジャームライントランスミッション実験の結果です。

以下がそのリジェンドです。
>>
j, Production of mouse chimaeras from STAP stem-cell lines by the tetraploid complementation method. *These STAP stem-cell lines were generated from independent STAP cell clusters.

4Ｎキメラということは胎児の体の組織すべてがオスだということです。従って精原細胞もオスです。要するにオスのマウスということです。

8ライン由来4Ｎキメラは全部雄です。従って兄妹交配は出来ません。相手のメスにGFPの無いものを持ってこないとジャームライントランスミッション確認ができない。「僕のマウス」のGFPがどうこう言う以前に、この時点ですでに若山さんがどうしてオスだけなのかということを不思議に思わないこと自体が彼の嘘を証明しているんです。

8ライン作って全部オスなんて、仮に正しく小保方さんのスフィア細胞を使って作っていても、或は我々が判断しているように、小保方さんの細胞の核を使ってntES化したにしても全部がオスだったなんて確率はほとんどありません。そうではなくて、一つの成功したntESがたまたまオスでそれを8つに株分けしただけか、クローン胚はたくさん作っているはずだから、成功しているntESラインは複数あってそれを持っているのだが、小保方さんにこれがFLSの8ラインだから無限継代が可能かどうかちゃんと確認しなさいと渡していた8ラインが成功した複数のntES株の中の一つだけを8株に分割しただけのものであるかのどちらかでしょう。

既に、桂報告書が調べたFLSが何であるかは明らかになっています。小保方さんが普段使っていたFLSです。

松崎氏が2014/10/21に持ち出して調べたFLSサンプルは木星リスト123番なんです。13というのは上のGLSの13です。小保方さんが間違えてこちらに入れてるんです。FLSは8ライン、GLSは13ラインです。このFLSの全ラインがオスだったということです。でも、ここで雌雄を調べたとは限りませんね。なぜならこの調査は若山さんが先回りして無断で行っていますよね。以下です。

FLSが8株全部オスだということは調べなくても若山さんは知っています。なぜならFLSキメラにメスがいなかったから129/SvのGFP無しの雌マウスと戻し交配してジャームライントランスミッション実験をしたんです。「ＳＴＡＰ細胞は産仔を数匹混ぜて作るため、性別が一致する率は高くない」って、今更何言ってんでしょうか。ジャームラインの実験の時には分かってやってたんでしょうよ。
そして、この頃に生まれた子の半分にしかＧＦＰが来なかったと小保方さんに言った。つまり、この実験が何かコンタミがあったかもしれないという言い訳をこの時に準備しているんです。それはこの段階ではもっぱら米国特許仮申請をしてしまったヴァカンティに対する言い訳です。

又、小保方さんがリヴァイズ中に丹羽さんとPCR再検証してTCR再構成が無かったとされた実験後のサンプルが、木星リストの2番、4～10番のP2とされている8ライン分ではないでしょうか。笹井さん丹羽さんはこのサンプルを世界に公開しようとしてプロトコルを書いたんですね。その時にこの幹細胞にはTCR再構成は無いと書いた。手記の説明はそうなってますね。キメラ実験を信じているんですから当然の処置ですね。
それをTCRがないのに捏造を疑わないとは何事だと騒いだ最初が遠藤氏でしたね。舐めてると書いてましたね。無関係な人が突然入り込んできて丹羽さんに対して舐めてるなんて学者とも思えないやくざめいた唐突な書き込みが、kahoの日記でした。この人が何者なのかは11jigen氏と同様いずれ検討されなければなりません。

ともあれ、我々のntES仮説であると一種類だけを株分けすると全株がオスだけということは当然あるのですが、先に述べた2Ｎキメラの尾部のTCRに欠如しているバンドがあって、これは何種類かのntESラインを混ぜている可能性しか考えられないところなんですね。リシピエントの血液が混じっていたら全バンド出ます。キメラのバンド欠如を考慮すると、我々はたくさん作ったntESをいくつか混ぜてキメラ胚に挿入したのではないかと推測したのですが、幹細胞に関しては1種類を8株に株分けしただけのような結果になっている。

桂調査は太田ESのコンタミ捏造という線で論旨を構成しているのでntES説に関しての証拠が不足していて、なんとも分かりにくいところです。ただ、今我々は太田ESのコンタミは無いと証明してしまってますからね。ここは本物かntESしかありませんが、幹細胞がポリクローナルな集団で無かったことで既に、論文通りの幹細胞でないことも証明されてしまってますよね。幹細胞はモノクローナルな細胞株なんです。桂報告書27P。
>>
１）TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて
（調査結果）小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。しかし、後に 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成を確認したところ、再構成は確認されなかった。なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。
さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。
以上のことから、小保方氏は最初の実験でTCR遺伝子再構成があることを報告したが、後の小保方氏自身の実験、および CDB 若山研のメンバーに確認を依頼した実験では TCR 遺伝子の再構成を認めるに至らなかったことから、実験データに不整合が存在したことは明らかである。
丹羽氏は 2013 年 1 月に論文作成に加わった際に、小保方氏が継代培養を繰り返していた 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成は確認されなかったと聞いたと説明している。さらに、丹羽氏は笹井氏に対して、TCR 遺伝子再構成に関するデータを論文に含めることについては慎重にすべきとの意見を伝えた。小保方氏の追試が不成功であった点に関して、笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。なお、Article 論文には、 STAP 細胞を含む細胞塊の TCR 遺伝子再構成については記載されたが、STAP 幹細胞自体の TCR 遺伝子再構成実験の結果については記載されなかった。
一方、丹羽氏は、Protocol Exchange への投稿は、発表後、この論文ではすぐに再現性についてクレームがつくと思った。小保方氏のプロトコールでは不十分と考えそれを詳細にしたものを早急に公表すべきと考えた、と説明した。さらに、当時、小保方氏と笹井氏はコリジェンダム（corrigendum）で相当に多忙であり、エディターと応答できる者が必要ということで、自分が執筆した、と説明した。
2014 年 3 月 5 日に Protocol Exchange に公表された詳細なプロトコールの「STAP stem-cell conversion culture」「 2．After 4-7 days of…」のプロトコールの「IMPORTANT」 (iii)に、8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められない、という結果の記載が存在している。
また、丹羽氏は「若山さんは、最初 STAP 幹細胞の初期のパッセージでは TCR 遺伝子再構成はあった、と小保方さんから聞いたと言っている」と説明した。
（評価）
TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわらず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用したものの、後に、Protocol Exchange で 8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められないという結果が記載されたこと、並びに丹羽氏への聞き取り調査における上記の説明から、意図的な隠蔽ではなく、研究不正とは認められない。

小保方さんの手記での説明と矛盾していますね。手記で書いている幹細胞サンプルを世界に公開するという目的があって、プロトコルにはTCR再構成が無いと書いたのだという事情を桂報告書は意図的に外していますね。そしてTCR再構成が無いということを捏造だと気付くべきことだと世間に間違った印象を与えるように文章を構成している。キメラが出来ているという大前提の下で幹細胞のTCR再構成実験に何らかの間違いがあることは、後にちゃんとやり直せばいいことで、キメラの捏造を疑うのならまず若山さんが何をしたかから調査しなければならない。しかし、彼らは若山さんの主張している通りに調査を始めた。犯人の指示に従って調査しているんですね。御笑い種です。警察を入れないからこんなことになる。

「さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。」と書きながら、だから幹細胞にTCR再構成があるなんて書かれてないでしょと言うことに気づかないわけも無いと思われるが、もしここで、桂チームが丹羽さんたちが気づくべきだと思ったのなら、どうして若山さんが何をしたかを調べなかったのか。何を勝手に太田ESのコンタミだという若山さんの嘘に騙されているのか。若山さんが犯人だということに気づけば調査サンプルの中身が入れ替えられているということにも意識が向くでしょう。笹井さんたちがこの実験が捏造だと気付かなかったことをとやかく言う前に、お前たちがなぜ若山さんが犯人だということに気づかなかったかを先に反省すべきだと、警察なら言うでしょうね。プロは人を疑う時には先にすべてを公正な立場で検証する。第三者調査といいながら、若山さんが犯人だという可能性を最初から除外している。捜査のドシロウトと笑われてしかるべきでしょうね。尤もど素人だったからなのか、意図的な隠蔽だったのかはこれから暴かれていくでしょうね。

今、Ooboe さんのパートナー氏がその細胞の入れ替え問題に関して検察に申請書を提出された。ES細胞を小保方さんが若山さんに気づかれずに渡すことはできないと既に証明されている。にも拘わらずFES1はFLSと同じだという調査結果がでた。ブーメランですね。これがサンプル入れ替えの動かぬ証拠です。FES1の中身は若山さんが入れたFLSです。このことは和モガさんが既に近縁率の数値結果からも導いていますね。和モガブログで確認されてください。

(細胞増殖率グラフ)

FLSに関してついでですから調査されていないP40のことに触れて置きましょう。FLS1～8の細胞増殖率表は小保方さんが正しく3日ごとに40継代しているからP40のサンプルが残されているんです。もう一度掲載しましょう。

小保方さんはこの中の一つのデータを増殖率表に使用したんです。桂報告書が海外出張等で3日に一度出られた日はないと言ってるのは小保方さんがES細胞の増殖率データに関して、2011年の春と嘘をついたから、まだ腰かけているだけで客員にもなってないときですから当たり前ですが謝金支払表になかったんです。ES細胞の増殖率なんてわかり切っていてわざわざ金をかけて新たにやらなくてもデータはどこにでもある。若山研の予算でそんな無駄なことを若山さんがやらせるわけがない。小保方さんは咄嗟のことで事情も分からないままに、若山さんを庇うための嘘をついた。桂報告はそれを承知の上で捏造指摘している。大事なのはSTAP細胞の増殖率とFLSの増殖率で、それはちゃんと行われていて、Ooboe さんのパートナー氏の取り寄せた謝金支払表ではほとんど出勤している。ついでですから証拠保全をあちこちに置くという意味でも楠本さんのデータをここにも貼り付けて置きましょう。

桂報告書はこの件に関して以下のように結論している。ESの増殖率実験が実際には行われていないことを、FLSが行われているにも関わらず意図的にレトリックを弄してあたかもどちらも行われていないかのごとくに書いている。
>>
（評価）この実験は行われた記録がなく、同氏の勤務の記録と照合して、Article Fig.5c のように約 3 日ごとに測定が行われたとは認められない。

"この実験"というのは正確にはES細胞の実験のことだけを言ってるんです。でも勤怠を見てない人はFLSも行なわれていないと思うでしょう。でも上のサンプルに小保方さんの字でP40と書かれたFLS-1～8があります。そして2月から5月にかけての120日間3日ごとに出勤できないような箇所はありません。そもそも腰かけていた2011年の春はまだ蛍光細胞すらできてなくて、こんな時期に分かり切ったESの増殖率実験を小保方さんがやってるわけがないし、まだ客員にもなってないのに勤怠があるわけもない。そんなことは桂チームも分かってるんです。小保方さんが何が起きたのか分からない状態で、とっさの嘘の言い訳をついたのを利用して間抜けなレトリックを弄して捏造虚偽報告しているのです。

(再度雌雄の問題)

本題に戻って、今ある通りにFLSが全部オスだけだったらメスは生まれてこないんで兄妹交配はできないから別のジャームライン確認用の雌を持ってこないといけないと分かったところです。Article Extended Data Figure 8-j　は4Nの実験だからそうなる。では2Nだったらどうなるのか。それがひとつ前の図のArticle Extended Data Figure 8-i　です。

リジェンドは以下です。
>>
i, Production of chimaeric mice from STAP stem-cell lines using diploid embryos. *These STAP stem-cell lines were generated from independent STAP cell clusters.

ここにはメスがあります。なぜならリシピエント卵のインナーセルマスから雌ができるからです。GFPがあろうとなかろうと兄妹交配してGFPが来たらジャームライントランスミッション有、つまりYesとなる。

アーティクル本文のマテメソに以下のようにある。
>>
Because the number of CD45+ cells from a neonatal spleen was small, we mixed spleen cells from male and female mice for STAP cell conversion. To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

ここで小保方さんが書いていて、かつ笹井さんが英文をみてやったintercrossの意味は兄妹交配(sibling mating)のことで、backclosss(戻し交配)と対照的に使っているのではないかと思われますが、正しい使い方か否かは素人なのでよくわかりません。近交系マウスを作るときにはincross,cross,backcross,intercrossという概念があって、それぞれ、雌雄相互に同一遺伝子をホモにもつ個体同士の掛け合わせ(完成した近交系マウスの掛け合わせはすべての遺伝子座でインクロスになる)、雌雄相互に異なった遺伝子をホモに持つ個体同士の掛け合わせ、ホモとヘテロの掛け合わせ、ヘテロ同士の掛け合わせという概念です。

この定義に従うと、STAP細胞の場合、そもそもF1マウスを使っている段階から先はできた子供同士の掛け合わせやワイルドタイプとの掛け合わせは全部インタークロスになります。そして別の近交系マウスを持ってきて掛け合わせたときだけバッククロスしていることになる。用語として正しいのかどうかはわかりませんが、他方メイティングの実際は論文で出ているわけです。
以下はArticle Extended Data Figure 7-bと7-cのSTAPキメラとそのジャームライントランスミッション実験の表です。

リジェンドは以下です。
>>
b, Generation of chimaeric mice from STAP cells by cluster injection. STAP cells used in the experiments above were generated from CD45+ lymphocytes of multiple neonatal spleens (male and female tissues were mixed). *All fetuses were collected at 13.5 d.p.c. to 15.5 d.p.c. and the contribution rate of STAP cells into each organ was examined by FACS. **The contribution of STAP cells into each chimaera was scored as high (>50% of the coat colour of GFP expression). ***B6GFP: C57BL/6 mouse carrying cag-gfp.
c, Production of offspring from STAP cells via germline transmission. Chimaeras generated with 129/Sv × B6GFP STAP cells (obtained from the experiments shown in b) were used for germline transmission study.

b図は2012年初頭の実験です。DBA/2とのF1も使われている。この実験は2Nキメラ実験です。リジェンドのaにも書かれているんですが、右端にドナー貢献度が書かれているからそれだけでも判断できます。4Nキメラであれば胎児は全部ドナーですからこの記載は不要です。
そしてこのb図の2段目の129/Sv x B6GFPのキメラのジャームライントランスミッション実験がc図です。b図でキメラになっているのが20匹(内 High contributionが6匹)です。
2Nキメラですので何を根拠にキメラになっていることを調べたかというと、注に**The contribution of STAP cells into each chimaera was scored as high (>50% of the coat colour of GFP expression).とあって、GFP蛍光している毛色の面積が50%超をHigh contributionとしているので、その他も体毛のＧＦＰ蛍光判断です。そして紛らわしいですが、*All fetuses were collected at 13.5 d.p.c. to 15.5 d.p.c. and the contribution rate of STAP cells into each organ was examined by FACS.と書かれているのはあくまでも、最上段のB6GFP x DBA/2の子供だけで、これは帝王切開で全部取り出して、各器官組織を取り出して解剖し、FACSでＧＦＰ貢献度の確認をしたということです。従って二段目の129/Sv x B6GFPは出産されたマウスで、ＧＦＰ蛍光の確認は体毛だけです。
この20匹から9匹を選び、ワイルドタイプを1匹加えてメイティングさせた。それがc図です。
2Nキメラですから体毛が蛍光しているからと言って生殖細胞までドナーだとは限りません。体毛判断でHigh,Medium,Low と分けているんですが、何か意味があるのかどうか分かりません。精原細胞、卵原細胞というのはとても早い段階で偶然の位置関係で決まるのではないですかね。毛色の貢献度とどういう関係なのか、よくわかりません。
結果、105匹の子供が生れて体毛のＧＦＰもしくは黒目判断(リシピエントのＩＣＲはアルビノなので赤目)でジャームライントランスミッションの確認されたものが35匹ということです。これは見えるところにありさえすればいいので、見えないところで(例えば心臓で)ひょっとしたらあるかもしれないですが、実験全体としては一つでもあればトランスミッション有ということなので他は関係ない。三段目の実験は32匹出産されて体毛と赤目判断では０でしたが、それは心臓にはGFP蛍光があったかもしれないが、他で既にトランスミッション確認されてますからSTAP細胞はキメラ形成能だけでなく、更にジャームライントランスミッション能もあるという証明終わりだということです。
幹細胞キメラは別ですが、このSTAPキメラに関しては、すでにTCR再構成のPCR結果がサイエンスで書かれていることは査読文書で分かります。
>>
The DNA analysis of the chimeric mice is the only piece of data that does not fit with the contamination theory. But the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. This assay is not properly explained.

アーティクル論文とは違っているようですが、キメラのTCR結果も入っていますね。これらを丹羽さんと笹井さんが外させたんですね。

(B6の3番染色体上の5bp欠失とキメラ子8のGFP欠失)

さて、問題はこの時のキメラ子9匹のDNAが残されていることです。桂報告書10Pです。
>>
（調査結果）１）Article Fig.4 と Extended Data Fig.7 に 129/Sv×B6(CAG-GFP) F1 マウスから作られた STAP 細胞由来の 2N キメラができたこと、さらに germline transmission により、このキメラの子ができたことが報告されている。小保方研のフリーザーに「カルスキメラ子 1」～「カルスキメラ子 9」と書かれた 9 本の DNA 試料があり、2011～2012 年の CDB 若山研では STAP 細胞を「カルス」と呼んでいたことから、これらはこのキメラの子の DNA と考えられた。実際に、小保方氏への聞き取り調査により、これらの試料は Article Extended Data Fig.7 に出てくるキメラの子から小保方氏が抽出した DNA であることを確認した。若山氏の実験ノートでは、このキメラの作製は 2012 年 1 月終りから 2 月はじめにかけて行なわれていた。

9匹なんです。ジャームライントランスミッション実験時に親として選ばれたキメラがWild type(Wide typeはタイプミス)を除いて9匹でした。でもこれはキメラのＦ0です。キメラ子という以上Ｆ1でしょうね。つまり35匹生まれた中の9匹でしょう。この検証結果が桂報告書のスライドにある。こちらはBCA報告にはないものです。以下です。

まず、3番染色体にAcr-CAGの入っていたカルスキメラ子は2,3,6です。このGFPが入っているのは岡部マウスです。岡部マウスというのはB6マウスです。F1マウスのB6側の３番染色体にこのAcr-CAGが入っている。同じく3番染色体には5bpの欠失があってそれはカルスキメラ子2、3、6、8にあるのですが、実はこれもB6側の３番染色体なんです。同じく桂報告書のスライドです。

ピンクの下向き三角と赤の四角です。B6側のGFPと欠失は同じ3番染色体上にあるので一緒に動きます。カルスキメラ子の8にはGFPがついてきていません。不思議です。

原因として通常考えられるのは減数分裂時の乗り換えでしょうか。2Nキメラのジャームライントランスミッション時に、できた子供の一つに、GFPが減数分裂時に相同組み換えを起こして別の染色体上に交叉融合して飛んでしまっていたものが居たということになる。しかしGFPはこの場合PCRで探しています。岡部マウスと分かってしまっているのですから既知のプライマーで挟んでます。別の染色体に飛んでいても存在していたらPCRにかかってくるはずですね。乗り換えではなさそうです。
因みに5bp欠失の見つけ方としては、場所はシーケンシングで分かっていますから、その場所の前後近辺のプライマーを作ってPCRにかけて挟むと長いのと短いのが出るので短い方が4つバンドになっているところが提示されているわけです。

GFPに関してはマウスコロニーにGFPの無いB6が飛び込んだのか、減数分裂過程、もしくは培養時の体細胞分裂過程でGFPの欠失が生じた等の可能性が考えられるが、5bp欠失は4つに共通していて1つだけにGFPが無いという現象がどの可能性を許すかという問題になる。GFPの有るマウスと無いマウスのどちらにも5bpの同じ欠失が生じるということは無いので、やはりGFPのあった細胞に5bp欠失が生じ、それをいくつか株分けして継代培養しているうちにその一つにGFPの欠失が生じたと考えるしかない。できたばかりのSTAP細胞を移植してこういうことは起きない。我々のntES仮説を支持している数々の証拠の中の一つの現象ではないか。
因みに太田ＥＳは作っただけで使いもせずにすぐ凍結して、解凍するまでは時間は止まっていたので、それに培養変異があるなんてことはない。桂報告の小保方さんによる太田ES使用捏造結論でも、変異が入るなら小保方さんが解凍した後の話ですね。若山さんのntES化であっても、小保方さんの太田ES使用であっても、変異期間は同じ長さです。桂報告書の論理はとても非合理なもので科学者の書いた文章とは思えないところです。

小保方さんは光っているマウスだけを9つ選んだと推定したが、PCRの結果は光っているのは3つしか選んでない。キメラ子自体は105匹生まれていてその中の毛色でジャームライン有になったもの35匹の中から9つ選んでいると考えたのですが、このPCR結果は105匹の中からランダムに9匹選んだことになる。それで35/105はほぼ3/9で計算上はあっています。

これらカルスキメラ子105匹のマウス背景は何であり得るかというと、元の2Nキメラの生殖細胞はドナーである129B6であるか、リシピエントであるICRであるかのどちらかです。毛色でキメラになっているもの同士の兄妹交配ですが、GFP蛍光する生殖細胞以外はどうであるかは実際には関係ありません。
配偶子は129とB6そしてICRとICRに減数分裂する。たまたまICR同士がメイティングしていたら子供はすべてICR/ICRが生まれる。129B6同士だったら129B6が2、129/129が1、B6/B6が1の比率で生まれます。ICRと129B6がメイティングしていたらICR/129が2とICR/B6が2生まれます。B6の入っているものだけが光る。
因みにキメラの子はキメラではありません。普通のマウスです。

岡部マウスは太田さんが岡部さんの元から若山研に来た2003年からあるはずのものです。彼は精子での研究に来ている。無論自分の研究のために若山研に持ち込んだものなので、それ以来若山研で維持されている。
「僕のマウス」の親の129ではとんでもないマウスコンタミがありました。岡部マウスに関してもコンタミ懸念は無いのか。マウス会社から別のB6を買ったことがあるのは記者会見で証言もされている。
ただ、手記によると若山さんは光る精子を集めていたと書かれているので、岡部マウスの交配は顕微授精で行われていた可能性もある。卵はCAGで光るし、精子はCAGで光らない代わりにアクロシンで光る。このやり方で継代し続けている限り、比較的マウスのコンタミは排除される。特に他の遺伝子コンタミは防ぎえないかもしれないが、GFPに関してはこれの無いB6は取り除かれてしまうのでGFPのないマウスは無いことになる。

桂チームは2010年に若山研で凍結された岡部マウスの受精卵を調べて3番の欠失は無いと言っています。どうして最新維持されている岡部マウスは調べなかったのか。小保方さんの研究のための実験は2011年から2012年にかけて行われた。2010年の凍結卵だけ調べては分かりません。こんなついでに調べられるような今の岡部マウスを調べないというのは結論ありきの線から外れそうなものはもともと調べないという方針だと疑われても仕方無いでしょう。

桂報告はFLSは太田ESのFES1だということにしてしまったのですが、FES1は2005年の論文で使われた129と岡部マウスを掛け合わせた129B6F1のntES-G1G2、もしくはその元を作った頃に、何の目的もなくただ同じマウスから受精卵ESを作ったと、本人によって物語られているもので、歴史的な証拠は何もないものです。本人は日経サイエンスの取材で細胞リストに書かれていると証言しているようですが、その開示はありません。因みに理研に提出されているntES-G1G2のラベルには129B6F1G1と129B6F1G2と書かれているのですが、理研の調査結果ではどちらもB6/129で親の雌雄が逆になっていました。太田論文には129/B6となっています。つまり論文記載背景とラベルは一致しているが中身が違っているわけです。

G1,G2と名前を付けたのが2008年かどうかは調べられていないから分かりませんが合理的推測では2008年です。先に作られたものに最初から2番と書かれているわけはない。中身が論文ともラベルとも違っていると分かっていながら証拠の信憑性確認をスルーするというのは詐欺犯罪に近い行為ではないでしょうか。

(培養変異)

繰り返しますが、太田ESが2005年の論文のための実験中に作られていて2014年に調べられるまで１０年近いから培養変異が入りやすいという理屈は無論嘘です。凍結されている間細胞の時間は止まっています。変異は培養回数によるんです。何日間培養され何回植え継がれたのかということはどのサンプルも調べられていません。そもそも実験ノートの提出公開は一部といえども小保方さん以外は行っていません。小保方さんの提出した実験ノートを公務員法違反行為と知りながらNHKに全コピー流出させた松崎GDを起訴もしないという、これも同時にそれ自体も公務員法違反である行為を犯していながら、小保方さんの実験ノートが提出されなかったから分からないなどと、とぼけたことを書いている桂報告を放置している理研は、追々追及を受けることになるでしょう。

FES1,2は2005/12/7に凍結されている。何の目的もなく作ったと太田さんが証言している以上、できたのち長く継代培養することはない。作成したのは１２月中でしょう。ntESG2の凍結は2005/1/20です。論文を提出して既に2005/4/26にはアクセプトされている。その後８か月も経過してから何の目的もなくFES1,2を作ったと言ってる。余った129/Sv-terを使って実験したのかと思いきや、ここではX1を使った。若山さんが別途購入していたものを流用したのでしょうかね。ただ、その場合は2005年の論文とは何の関係もありませんね。何のためにntESG1,G2を提出したのか。報告書4P。
>>
また、STAP 幹細胞 FLS が、Acrosin プロモーター下に GFP を発現する Acr-GFP と、CAG プロモーター下に GFP を発現する CAG-GFP の共挿入を含むことが判明した後に、過去に CDB ゲノム・リプログラミング研究チーム（以下「CDB 若山研」という）で作製された Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入 ES 細胞を取り寄せて解析したのが、下段の 4 種類の細胞である。

アクロシンが出たから過去に岡部マウスを使った論文関係の細胞を出せと言われて太田氏と若山さんが理研に出したのが、FES1,2とntESG1,G2という書きざまですが、Ooboe さん提供データで明らかになっているように、これは桂調査チームより先に若山さんから東北大に解析依頼提出されている。むちゃくちゃですね。ガヴァナンスも何もあったものじゃない。

FES1は無かったはずのものです。報告書14P。
>>
ES 細胞混入のもう 1 つの謎は、ES 細胞 FES1 がどのようにして STAP 細胞研究時の CDB 若山研に存在したかである。ES 細胞 FES1 は 2005 年に当時の CDB 若山研メンバーによって樹立されたが、その後、研究に使わず、2010 年 3 月（CDB 若山研で STAP 研究が始まる前）に転出した時に ES 細胞 FES1 の凍結保存試料を全部持ち出して CDB 若山研には残さなかったとされている。当時の CDB 若山研メンバーへの質問状と聞き取り調査、および関係者の実験ノートの調査でも、当該メンバー以外に ES 細胞 FES1 を使用した者は見つからなかった。

だったらFES1は使われていないと分かりそうなものですがね。

FES1には3番と8番に欠失がありましたが、8番は129側ですので、今はB6の3番の欠失です。FES1の3番の欠失はいつできたか。2010年の岡部マウスの凍結受精卵にはなかった。無いのにどうしてそれ以前の2005/12/7に作られている太田ESにB6の欠失があるのか。それは培養時にできたのだという解釈ですね。培養は2004年の実験中と、2007年の解凍後の再使用時の培養の二度です。何回植え継がれたか調べられていない。一方、FLSやCTSは2012年の初頭から秋口までと笹井研での再解凍培養の二度です。こちらより太田ESの培養期間が長いとも思えませんね。どちらにも3番の欠失は起こり得るんです。そしてFES1と称してFLSを中身に入れ替えたらこんなことは当たり前の結果です。SNPs近似はむしろそれを指摘しています。これは和モガさんがずいぶん以前から指摘しているし、佐藤さんの本でも書かれている。

この3番の欠失は当然ですがテラトーマからも出ている。
>>
(f) STAP 細胞から作製されたテラトーマは、ES 細胞 FES1 に由来する可能性が高い

(調査結果) Article Fig.2eと Extended Data Fig.4a-c に登場する STAP 細胞由来のテラトーマは、いずれも Oct4-GFP+細胞の 7 日目細胞塊から由来したとされている。しかし、以下１）～３）の検証結果に示す通り、このテラトーマは、（１）Acr-GFP 遺伝子を含むが Oct4-GFP 遺伝子は含まないこと（２）ES 細胞 FES1 に特異的な 2 個の欠失が定量 PCR の解析で検出されたこと（３）組織切片の FISH 並びに染色体ペインティングで大部分の細胞に X 染色体と Y 染色体各 1 本が検出されたこと(ES 細胞 FES1 が XY(オス)であるという事実と合致) が判明した。よって、これらの図に登場する STAP 細胞由来のテラトーマは、ES 細胞 FES1 に由来する可能性が高い。

太田ESを渡されて騙されたと言ってる若山さんの嘘は既に証明しています。ESを渡されたら大きさの違いで誰にでもわかる。太田ESでないのにアクロシが出るのは最初から小保方さんに渡しているマウスが129/Sv-X1と岡部マウスとのF1だからです。
そして若山さんの当時維持していた岡部マウスには3番の欠失は2010年まで無かった。
無論、2010年の凍結卵にないものは2008年以前には無かったはずというのは、マウスがちゃんと均一に近交系に維持されている場合の話です。不均一ですとたまたまGFPの欠失しているマウスが選ばれなかったというだけの可能性もある。どうも「僕のマウス」の片親である129CAGホモのB6特異的SNPs領域が広くてマウスのコンタミが疑われている。白毛のマウスの中に黒毛が飛び込んでるとしたら、黒毛の岡部マウスに黒毛のＧＦＰ無しマウスが飛び込んでわからなくなったいうことはあり得ないことではない。
こういうコロニーの汚染はランダムに数匹抜き取って調べないと少ない数では分かりませんが、そもそも岡部マウスのコロニー自体は調査すらされてない。自家繁殖なんてさせてる事自体がどうなのか。もっとも、若山ラボの研究目的にとって大きな障害ではなかったということはあり得ますね。そんな研究室に、マウスのコンタミなんてあってはいけない小保方さんの研究が参加してきてしまったという予期しない事情があったということも推定される。でも所詮マウス管理、なってないんですよね。
マウス自体にGFP欠失の有るものが混じったとしたらそれは、2010年以前と以後と両方あり得る。

しかし、まあ、時々顕微授精もしていたとして、結構長く自家繁殖もさせているから、GFPがヘテロに入っていたマウスがあったという蓋然性もそれほど高くはない。すると培養時にGFP欠失が起きたと考えることもできる。体細胞分裂時に起きた欠失ですね。
この場合は酸浴中、酸浴維持培養中の7日間、そして、この細胞の核を移植してntES化して後の培養中、更にその維持培養中に生じたと考えることになる。FLS樹立と同時に行われた2Nキメラでしょうね。テラトーマに最初のＦ1の幹細胞を注射してしまっていますから一からやり直したとすると日程的には以下のようになる。

2012/2/2***若山さんが129/B6-Act-CAGの赤ちゃんマウスを小保方さんに4,5匹渡す。
2012/2/8***小保方さんがSTAP塊を若山さんに渡す。
2012/2/9***若山さんがリシピエントの除核卵に小保方細胞核を入れたクローン胚をたくさん作る。
2012/2/13***数日後クローン胚が胚盤胞期になったところでインナーセルマスを取り出してntES培養を始める。成功率は1割程度。増殖成功しているシャーレはそれぞれ雌雄どちらかである。
2012/2/20***培養一週間後で増殖確認できたものをキメラ胚に入れる。いくつかのシャーレから数個ずつを混ぜて一つのキメラ胚に20個程度入れる。
2012/2/25***いくつかのキメラ胚のインナーセルマスを取り出してES培養し、幹細胞化する。これがFLSのライン。小保方さんに8ライン渡して増殖率実験を行わせた。120日後、2012/6/25前後に実験を終えて凍結されたものがP40のFLS1-8のサンプルである。
2012/3/10***20日後に2Nキメラの出産がある。若山氏実験ノートに2012/3/11とある。

2Nのカルスキメラ子8にだけGFP欠失がある。
ではこのGFPの欠失は何時起きたか。すでにテラトーマにはAcr-CAG-GFPが見出されている。しかし、テラトーマの場合はたくさん注入するので、作られた1ラインに欠失があっても他のにGFPがあれば検出される。問題は翌年の実験であるカルスキメラ子の8番だけにGFPの欠失が生じていることです。

我々はntES化されていると見ている。酸浴細胞をクローン胚に入れてntESしたいくつかのシャーレの中からランダムに取り出してキメラ胚に入れているとみている。そのシャーレのどれかでGFPが欠失したものができたと考えることはできる。その際はもう一つの欠失は岡部マウスに先にできていたと考えるしかない。2010年には無かったがその後できたと。顕微授精を常時行っていてもありうる。この場合今の岡部マウスを調べないと分からない。なぜ調べなかったか。若山さんが捨ててしまっていて2010年のものしかなかったか。

(不動の定点)

これを考えるときに不動の定点があるのと無いのでは天と地ほどの違いがある。我々は今小保方さんによる既存ESのコンタミなんて無いのだと分かっている。ここが押さえられるまでは本当に悩まされたが今や、STAP cells are derived from ES cellsなんてトンデモだと分かっている。この表題だけならntESであることも含みうるが内容は太田ESと学生のGOF-ESと若山さんの「僕のマウス」ESを使った小保方さんによる捏造という結論になっている。大間違いですね。
もう一度貼り付けましょう。ニーチェはこういう時よく「驢馬どものための注」と書くのを好んでました。

左は最初の実験時に小保方さんの細胞をナイフでカットして胚盤胞に移植している写真です。若山さんが行ってる写真ですから、細胞塊は小保方さんが渡しているものです。左は通常の受精卵ES細胞です。大きさが違う。少々胚盤胞の大きさが違っても影響しない。以下はマウスの胚盤胞期である3.5日目の解剖取り出しされた胚盤胞です。この後ハッチングと言って外側のたんぱく質の膜を脱ぎ捨ててエピブラストになってから子宮に着床しますから、前段階で外膜が柔らかくなって全体が1.5倍くらいに急激に拡大します。そして直後にハッチングする。このハッチング前の期間のExpanded Blastcystと呼ばれる胚をキメラ胚として使います。大きさが違うのは3.5日目で検討つけて取り出しますから、1匹に20個ほどある卵の段階が微妙に違うからです。一番小さいのは胚盤胞になり立てで、一番大きいのがハッチング直前です。この中から適当な大きさの径のパイプで胚盤胞を集める。こういうのはキメラ作成のプロトコルに説明されていますね。

実験には100個とか200個が使われますから一番数の多いサイズで集めて、集める過程で人の目で選択しているからやや小さいのも入りますね。入れる胚盤胞が少々小さくてもESの大きさと小保方さんの細胞の大きさの違いが分からないなんてことはありません。

3.5日の胚盤胞写真で一番大きいのと一番小さいのは直径で倍違いますね。一番大きいのと一番小さいのがたまたま選ばれている確率はとても低いですね。みな同じ作業していますから平均的に一番多い大きさを集めている。でも両極端比較もしておきましょう。

まだES細胞の方が大きいんですね。何年ＥＳを見続けているのだということですね。小保方さんの細胞は基本リンパ球由来だから小さいんです。

直径で1/2、面積で1/4、体積で1/8です。

同じ大きさにしようと思ったらESの写真はとてつもなく小さな胚盤胞を選んでいたということになりますね。以下のくらいかな。

こんな小さな胚盤胞を選ぶ人いないでしょ。そもそもSTAP細胞とES細胞の大きさは小保方さんが論文に写真を貼付している。彼女は形の比較を見せるために写真を同じサイズに調整していますから気づきにくいですが、左下にスケールがついているんですね。それを合わせたのが以下です。

ナイフ切り分け写真は後からのデモンストレーションとして撮影し直したかもしれませんが、彼は記者会見で質問に対してナイフ切り分けで入れた最初の実験でキメラができたんですと答えている。キメラの成功した時、彼はこんなに小さな細胞の幾分大きめの塊をナイフで切り出して、ES細胞の移植時より大きめのパイプを自分でバーナーで炙って引き延ばして、この細胞塊を移植したんです。そう自分で言ってるんです。もう一度貼り付けましょう。

失敗続きだったころ、彼はSTAP細胞の小さな粒に合わせたガラス管を作っていました。パイペットの作り方の図示は以下です。胚盤胞を左側で吸引して支持しているパイプをホウルディングバイペットといいます。カッティングニードルというのは若山さんが細胞塊を小さく刻んでいるあの針で、核移植の時にも使います。インジェクションパイペットが中にSTAP細胞やES細胞が入っているものです。

若山さんはSTAP細胞をトリプシンでばらして挿入している時はとても細いパイプを自分で作っていたことになりますね。彼のラボはntESキメラは常時作っています。受精卵ESもntESもその遺伝子解析的な性質は違いますが、大きさは同じです。普段ntES細胞は移植のためのパイプをいつも作っています。STAP細胞の時だけとても細く作る。細胞の大きさの違いを知らないということはありえませんね。

そして次に塊で入れたらその時に成功したから大きさについて意識していなかったといったんですがね。その後もその後も何回同じことしていることになるのでしょうかね。細胞の大きさ自体がかなり違いますよね。パイプとか胚盤胞との相対的な比較だけではありません。本当に何度もやっていたら大きさの違いに気づかないことはないでしょう。笹井さんがはっきり分かると言ってますね。

ナイフ切り分けなんてそもそも何度もはやってないと思いますね。最初の実験時だけですよ。

太田ESでないことが分かったら、ではなぜAcr-CAGがでるのか。それは若山さんが岡部マウスとのF1を使っていたからに決まってます。これはFLSを作った時、小保方さんに「僕のマウス」を渡したとという証言が虚偽だということを同時に証明しているんです。

手記208-209P。
>>
・・・若山先生は光る精子で実験をしていました・・・

Article Extended Data Figure 7-bと7-cはSTAPキメラです。でも、若山さんの2011年11月までのキメラ実験失敗、検証再現実験で丹羽さんと小保方さんの作った酸浴細胞を清成さんがナイフ切り分けでキメラ胚移植実験した失敗結果からの我々の判断では、小保方酸浴細胞からキメラはできません。
従ってこのキメラはntESキメラだと考えるのが最も自然な推測です。

一枚報告補記5

『一枚報告補記5』

(基本にある虚偽)

[大きさの認識]

頑張れブログに櫻井さんというかたが「専門的な説明は、有難いですね。」と書き込まれている。私はど素人ですが比較的長くやってますから泥縄で集めたデータをたくさん持っています。キメラ胚の関連画像や動画はたくさんありますね。いくつか紹介しましょう。
まず、以下の動画はヒトの卵です。倫理的制約の中でとても貴重なビデオですね。3日目から5日目までです。6細胞程度からエピプラストまでです。

*ttps://www.youtube.com/watch?v=uCn1PQP2yAo
Blastocyst Development - Day 3 to Day 5 (MUST SEE)

桑実胚までは大きさが変わらないことを確認してください。固い殻の中で卵割して行っているだけです。胚盤胞になっても最初は変わりませんが途中から急に大きくなりますね。1.5倍程度に膨らんだものをexpanded blastcystといいます。この後にハッチングして殻を脱ぎ捨てる準備です。ヒトは哺乳類ですからね。魚や鳥と違うところです。真っ裸になってお母さんの子宮に着床する前段階がエピブラストですね。

[胎盤形成に関する予備知識]

この後はすぐに子宮に着床して胎盤が形成される。この胎盤が形成されるときにトロフォブラストが胎児側胎盤になる。ES細胞だと４Nキメラでもトロフォブラストを形成しないから胎児側胎盤は実はリシピエントの胎児胎盤になるようです。若山研関係の論文にありますね。STAP細胞は胎盤にも貢献すると若山さんが言いだした。キメラは胚盤胞の中にESなりSTAPを入れます。胚盤胞の外側はリシピエントのトロフォブラストが既にできている。そこにSTAP細胞からのトロフォブラストが侵入してくるという仮説だったんですね。私にはほとんどイメージできませんけどね。これが若山さんの作ったTS-like cells仮説ですね。できた新手の幹細胞は若山さんと桂報告の主張によると太田ESをTS培地で誘導したものということになるんでしょうね。和モガさんやTs.Markerさんたちが解析して首をひねっているところですね。通常の受精卵細胞とは違いますね。
言うまでもありませんが、我々のntES論ではこれはntESですからね。ntESの胎盤の特徴だと見ないといけません。この若山さんの作った小保方細胞核使用ntESはまずは元が原則としてT細胞だということですから、PCRに掛けるとTCR再構成は０本か、１本か２本のバンドのいずれかになる。０本というのは相同染色体のどちらもが小保方さんのプライマー部分が欠失して挟めないから断片バンドが出ない場合、1本というのは一方が欠失で、他方がGLを含めた６本の再構成バンドのいずれかになっている場合と、どちらもGLになっている場合です。TCR再構成の仕組みとしてどちらも同じ再構成バンドにはなりませんが、GLだけは別の場所で異なる再構成があるが、小保方さんの挟んだ部分ではGLのまま変化ない場合が複数あるんです。２本は６本の中でそれぞれ別の二つを選ぶ組み合わせです。
これが太田ESであった場合は必ず１本になります。GLバンドだけがでる。0本とか２本というケースはT細胞だからそうなるんです。0本とか２本とが出たらT細胞由来細胞だという証拠です。因みに太田ntESはマウスの尻尾由来ですね。FES1は受精卵ESですからどちらも当然GLバンドしか出ませんね。遺伝子にそもそも欠失のある多能性細胞なんて、小保方さんの特殊な実験くらいでしか使いません。

DNAですからね。ちゃんと実験したらバンドが消えてたなんてことはありません。笹井さんは若山さんが嘘をついているとは考えませんでしたからね。長期培養で選択バイアスかかったと考えた。例えばシャーレの中でB細胞ばかりになってしまったなどというケースです。だったら元の冷凍細胞を使えばいいんです。嘘をついていると考えていいのだったら、PCRくらい何度でもやり直させたでしょう。バンドが0本というのは受精卵や体細胞ではないということです。今ちゃんとやり直したらいいんですよ。幹細胞はたくさん残っているじゃないですか。プロフェッショナルにバックティーから打って見せて欲しいというのはそういう意味です。全部GLラインになりますかね。桂報告書の結論はそういうことになると主張していることになるんだから、今やったら簡単にこの問題は解決する。警察が入ったらすぐ終わるんです。小保方さんは血球を使っている。既存のESは受精卵ESです。学生のGOF-ESはntESだが血球を使ってないからGLラインしか出ない。GLとGLSのTCR再構成のPCR検査をしたらいい。学生のだったらGLライン一本です。小保方さんの細胞を若山さんがもちゃもちゃしていたら０本とか２本があり得るでしょうね。
小保方さんは胎児胎盤卵黄嚢のGFP検査を頼まれただけです。STAP細胞由来キメラとFI-SCキメラ由来の胎児胎盤は若山さんが作った。我々は幹細胞GLや幹細胞GLSの中身は小保方さんの持っていた学生のGOF-ESの中身を洗い出してGLSを入れたものとみています。逆はすべて入れ替えないといけないので大変です。凍結細胞を全部調べたら一発で分かるでしょう。

[キメラ移植用expanded blastcystの大きさ]

胚盤胞注入に使うのは上記ヴィデオのexpanded blastcystです。上記ヴィデオはヒトですから遅いですが、マウスの場合はこの段階はプラグ閉鎖確認後3.5日目ですから、その頃に帝王切開して取り出す。4日目だともうハッチング始めてるから遅い。5日目の胚盤胞だなんて人間でもハッチングし始めてますね。マウスによって少し時間が違ってきますから、完全に大きくなって今にもハッチングしそうなのから、まだ胚盤胞のなりたてで小さいのもある。一匹で20個位取れるらしいですね。Article Extended Data Figure 7-aでは262個の胚盤胞を使っていますね。10ペア以上のメイティングを行って、丁度キメラ作成時に3.5日になっているように準備する。大目に作らないといけないですね。ダメな卵は使いません。

下は取り出した胚盤胞の大きさの比較です。どの程度大きさが違うか。

この程度には違うが、パイプで吸い取るときに平均サイズ以下を吸い取りますから、サイズはこれほどには違わない。違ってもこの程度ということです。

径の差を最大に1/2にしてもまだＥＳ細胞はSTAP細胞のにまで小さくならない。実際には径がこれほど違うものに移植するということもありません。大体同じ大きさを選ぶ。誰がやっても似たようなものです。プラグ閉鎖から3.5日だからです。

以下はキメラインジェクション動画です。ＥＳを吸いとるときもパイプ径に合わせて吸い取ってますね。これは胚盤胞とＥＳ細胞と一緒にしたシャーレの中で作業している。胚盤胞にも大小があるが大差ある奴は入れない。選ばれた一個の前方のが少し小さいですね。無論大きい方が入れやすいに決まってますから入れる人は大きいのから選ぶ。準備するときパイプて゜吸い取ってるからその径でできるだけ大きいのを選ぶとほぼ同じになってくる。

*ttps://www.youtube.com/watch?v=yByw0IdRMlI
Chimeric Mouse Injection Procedure

大きさの問題はそろそろいいでしょうかね。ホウルディングバイペットの大きさに合わせるなんて言ってた人はどこにいったのでしょうかね。自分の言ったことをほったらかして別の人間が別のことを言いだすのがスピン屋グループの昔からの特徴ですね。
動画のパイペットはとても太いですね。若山さんは細目ですね。受けてる側の面積の違いで圧をかけた時の力の分散の問題があるんでしょうね。太さが違うということはそこに一長一短があるということでしょうね。ど素人にはうかがい知れないですね。ただ挿入されたES細胞と胚盤胞との相対的大きさ比較は同じですね。大きさは一目でわかるということです。大体皆同じ作業をしている。ES細胞とSTAP細胞の大きさが分からなかったと若山さんが言ったのは嘘ですね。ナイフ切り分けしたときにできたんですよ。だから見慣れた姿が無かったと。その後何度もキメラを作っているはずなのを忘れてますよね。実際にはこんなことは最初の一回だけで後はやってないからです。

[ES１個でキメラを作る方法]

大粒の1,2個が入ればESキメラが出来てしまうと考えた人もあるようですね。何もかも一緒くたにしないでひとつづつ整理して片付けていきましょう。大きさの問題はここで一旦終わりです。

ヴィデオを見ればわかりますが、大体ESキメラの場合は20個～30個位入れるんですね。そのくらい入れないとキメラにならない。因みにテラトーマの場合は10の5乗は必要です。全部ESで10の5乗無いとできない。相沢さんが、小保方蛍光細胞の中の内在性Oct4-遺伝子発現の少なさから、それだけの数の細胞を集めることはできないとテラトーマ実験は中止しました。ティシュー論文以来、小保方さんはスタンダードなテラトーマは作っていません。ヴァカンティ足場を使っていわば試験管ごと皮下に埋納しただけのテラトーマライクです。博論も同じです。これは分化培養液ですから1個でも入っていると分化増殖します。ESでも同じです。1粒でも入っていると確率的には分化培養結果が出る。小保方さんはスフィア塊を入れた30～50シャーレに一つ分化してくると報告していて、丹羽さんの内在性Oct4発現細胞の確率検証結果と違いませんね。
小保方細胞というのはそういう段階の細胞だったんです。

ある日、突然、ナイフ切り分けしたらキメラができた。切り分けた塊の中に1粒2粒ES細胞が入っていたという説のようです。あんまりたくさん入っていたらこれは何だろうと大きさの違いで若山さんが気づきますからね。スフィア塊の構成細胞数はほぼ1000個平均です。これは丹羽さんの撮った写真でも数学的に確認できますね。球体ですからね。直径上の細胞数を数えたらわかる。スフィア塊というのはCD45陽性細胞を酸浴させた後に1週間培地に入れて置く。最初からES細胞を入れたらESの増殖力でSTAPは絶滅してしまいますから、渡す寸前に入れるんでしょうね。パイペットで吸い取ってスフィア塊の上に何個がポトリと落とす。あのカット写真の一部にぷりぷりとくっついている数個がES細胞だと。
そんなことしてコンパクションがうまくいくのかどうかも知りませんが、そもそもそういう操作は、使用に若山さんの許可のいる、マニピュレーター付きの電子顕微鏡で無いとできませんね。小保方さんは普通の電子顕微鏡しか使えないでしょう。いくつか大きめの細胞が見えるのは他の白血球でしょうね。マクロファージなんかは大きいですね。若山さんはそんなのは胚盤胞内に入れてませんね。

こういうキメラ胚を若山さんは262個作りました。Articl Extended Data Figure 7-bの結果ですね。

①Ｂ6ＧＦＰ　ｘ　ＤＢＡ/2 58個
②129/Ｓｃ　ｘ　Ｂ6ＧＦＰ　　　98個
③BL6(oct4-gfp) 7days　　　73個
④BL6(oct4-gfp) 10days　　　35個

生まれてきたのが167個体で63%、内キメラ認識されたのが64個体で24%です。Extended Data Figure 8-jの下段にＥＳキメラの2Ｎ実績があります。ES細胞を20個～30個入れたものです。53個のキメラ胚を作って、生まれたのが32個体で60%です。ジャームライントランスミッションできるまで成熟したキメラは21匹で40%です。こんなものなんですね。21，2個混ぜてはこんな結果になりませんね。小保方核使用ntESを20～30個移植したんです。キメラは出来て当たり前です。若山さんのところでは毎日やってる実験です。

一枚報告補記4

『一枚報告補記4』

(基本にある虚偽)

いろんなブログを覗いていますが、基礎的なところで戸惑っておられる方が多いようですね。まず大きさの認識を受け入れないと他のことをいくら論じても無駄ですよね。胚盤胞の大きさというのはある程度は幅がありますね。そういう実験の動画を見たことないんでしょうかね。集めた胚盤胞の大きいのを選別しているところなんか、小さいのは成長が悪いんです。そういう大きさの違いと卵管からのわずかな水分と栄養補給以外には着床以前に大きくなれる要素が無いのだということとは違います。中にはホウルディングバイペットの径が基準だなんておっしゃる方もある。自分でやってみて確認すればいいんですがね。胚盤胞は幾分小さくなりますが、中のES細胞とSTAP細胞の大きさの違いはカバーできませんね。そもそもバイペットは人それぞれ使いやすく作るので既製品の大きさではない。先端を溶かして丸めるので形状は皆それぞれ微妙に違いますね。

STAP塊にも大きい細胞が若干ありますね。それをもってES細胞と変わらないとおっしゃってる方もあるようです。でも胚盤胞の中に小さいのばかりを選んで入れているのは若山さんだということを忘れているんでしょうかね。一つは画像が小さいということがあるんでしょうね。私は４９インチのモニターで見ていて、かつ拡大していますから正に一目瞭然なんですけど、普通のPCモニターやノートパソコン、ましてやスマートフォンの画面では拡大しても直覚をえられませんかね。

以下は若山さんが選んで入れたSTAP細胞塊の部分拡大図です。パイプの中とパイプの先に塊がある。後ろに2、3個バラバラになったのがある。拡大するとぼやけますが上の図でも確認できますね。

以下は、ES細胞の大きさをSTAP細胞の大きさに合わせた比較図です。黒線の幅がES一個分の径です。若山さんは見分けがつかなかったとおっしゃったんです。ESを入れるときの胚盤胞ってSTAPを入れるときとこんなに大きさが違うなんてことはありませんよね。下の写真はホウルディングパイペットの先端側に大きな細胞がいくつか見えるものです。でも大半は小さいもので、しかも、若山さんが大きいのは入れてない。パイプの先と中にあるものを確認したらわかりますね。ES並みに大きいのは入ってない。選択しているのは若山さんです。大きさの違いをご本人が分かっているということです。

いいですよね。若山さんは嘘をついていますね。桂報告書とBCA報告の大前提が覆っているんです。ゴルフのプロはバックティーから打つんですね。グリーンは普段アマチュアの見ている景色とは全然違いますよね。桂報告書とBCA報告書を書いた人々には後ろから打ち直してもらわないといけない。

どうしてSTAP幹細胞はCD45より大きくなっているのかな。バックティーから打って見せて欲しいですね。

一枚報告補記3

『一枚報告補記3』

(基本にある虚偽)

下のこの写真は西岡さんのガンバレブログに渋谷さんが2019/2/10に写真付きで指摘されたのが最初で、比較写真をアーティクルのものに変えて欲しいと楠本さんに何度もお願いしてなかなか思い通りの比較写真にならなかったものです。やっと自分で加工できるようになったので自分のブログにアップしました。私としては一目瞭然だと思ってましたが、渋谷さんが指摘されたときもそうですが、細かく説明しないと人にはなかなか伝わらないものだと今回実感しました。新しい学さんのブログに何か初心の方が間違ったことをたくさん書き込まれていますが、成程ああいう風に誤解されるものなのだとわかります。いい機会ですので、基礎的なところも説明しておきましょう。

①マウスの卵の大きさは排卵時直径140マイクロメーター程度で、子宮に着床するまで卵管の中を移動しながら卵割が進みますが、栄養の補給が卵管壁からのわずかの水分と栄養以外にありませんから、大きさはほとんど変わらない。卵割の最終段階が上の胚盤胞(ブラストシスト)期で、この後ハッチングして殻を出て、後期胚盤胞(エビブラスト)となって、子宮壁に着床(インプランテーション)します。このときはすでに胎児となる場所が決まっています。着床して子宮壁に埋もれると子宮側と胎児側の両方から胎盤が形成されて栄養補給と排泄が可能になり新陳代謝が活発になって急激に大きくなり始めます。以下がその概念図です。

②移植写真の左側の胚盤胞を支えているパイプのことをホウルディングパイペットといいます。卵を吸引固定している。右側のガラス管はインジェクションパイペットで、ドナー細胞を吸引してからリシピエント卵の中に押し出す。細かい操作は顕微鏡にセットする補助機械があるんです。ただしパイペット部分は人が加工します。以下がその加工の写真です。カッティングニードルというのは除核卵を作るときとか、移植するドナー核を取り出すときに使われるものですが、若山さんはSTAP細胞塊をカットするときに使っているところが写真にありますね。

③キメラ胚作製移植写真の左右でホウルディングパイペットの大きさが違うのは作った人が別人で引き伸ばしたガラス管の径が少し違うからです。

④若山さんが移植している小さな細胞の集合体は若山さんが小保方さんから受け取った細胞です。移植しているのは若山さんで、小保方さんはこういうことはできません。できるなら若山研にキメラ作成をお願いには来ていません。

⑤カッティングニードルはArticle Figure 4-aでは細胞塊のカットに使われていますが、我々のntES論においては、もっと先を細くしてあの小さな小保方細胞の一つずつの核を取り出すために使われているはずだと考えています。とても繊細な技術が必要だったと思われます。自分にしかできないと若山さんが小保方さんに語ったのはむしろそういう意味だと見ています。他は清成さんにできましたね。

余談ですが、若山さんはこの頃ワクワクしていたと思いますよ。ナイフカット塊の移植実験はもっと前から先に行っていてできなかったのだと思ってます。できなかったからこそ、ntES化実験に切り替えて、キメラを作成して、小保方細胞の性質を見極めようとした。彼は当初小保方細胞は何物かだと信じていたんですね。この後かなり勘違いがあったと思います。今でもTs.Markerさんたちがこの頃の幹細胞の性質を確認し続けていますが、これは恐らく若山さんのntESの性質に過ぎないと思っています。若山さんは試験管内三胚葉分化する小保方細胞の核を使ったと当初信じていたと思いますが、丹羽さんの検証を参照する限り、彼は結果的にはリンパ球のntESの性質を調べることになっただけだと思います。ただ、彼は小保方細胞に出会ったことによってはじめて自分の細胞をあのように分析することになったのだと思います。特に笹井さんが行った幹細胞の検証結果は若山さんは初めての知見だったと思います。
まあ、先走るのはよしましょう。何れ本当のことが分かってくると思います。とりあえず、移植写真は太田ES細胞ではないのだということです。

一言居士の独言

一枚報告補記9

一枚報告補記8

一枚報告補記7

AC129を巡る問題5

一枚報告補記6

AC129を巡る問題4

AC129を巡る問題3

一枚報告補記5

一枚報告補記4

一枚報告補記3

プロフィール

最新記事

最新コメント

月別アーカイブ

カテゴリ

検索フォーム

RSSリンクの表示

ブロとも申請フォーム

ＱＲコード