一言居士の独言

(2012年の実験日程)

STAP樹立期間は7日、幹細胞樹立は4継代(12日)、メイティングは50日後、胎児は12日胎児、出産は20日で計算してみる。1,2日のずれはある。
まず、知られている情報通りに計算してみる。STAP幹細胞は論文通りSTAP細胞からのES培地誘導と仮定する。

1月23日 月 小保方さん帰国初出勤。
1月24日 火 129xB6-GFPの赤ちゃんマウスを雌雄取り混ぜて数匹渡された。STAP作成開始。
1月31日 火 若山さんFLS-1樹立培養開始。2N・4Ｎキメラ作成開始。
2月02日 木 若山さんFLS-2～8樹立培養開始。
2月09日 木 FLS-1三継代目。
2月11日 土 FLS-2～8三継代目。
2月12日 日 FLS-1四継代目。
2月13日 月 STAP由来2N・4Ｎキメラ12日胎児帝王切開取り出し。(Extended Data Figure7-d-下)
2月14日 火 FLS-2～8四継代目。
2月15日 水 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラ胚移植。
2月21日 火 STAP由来2N・4Ｎキメラ出産。(Figure 4-c,Extended Data Figure7-a-右、7-b)
2月27日 月 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラの12日胚の帝王切開。写真撮影。
3月06日 火 FLS-1～8の2N・4Ｎキメラの出産。
3月12日 月 西川氏本人主張TCR再構成アドバイス。(手記は4月のネイチャーリジェクト後)
3月22日 木 アニマルカルス命名。
4月06日 金 CDB若山研メンバーがFLSの4NキメラのDNA抽出。(出産から1か月後に当たる)
4月11日 水 STAP由来2N・4Ｎキメラメイティング。
4月19日 木 129B6FES1(僕のマウスES)樹立培養開始。(桂報告)(若山さん持ち出しリストでは5/25)(1～6まである)
4月24日 火 米国特許仮出願。
4月25日 水 FLS由来2N・4Ｎキメラメイティング。
4月27日 金 倫理委員会にて竹市所長の知るところとなる。
4月30日 月 4月中にネイチャーリジェクト。
5月01日 火 STAP由来2N・4Ｎキメラ子出産(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure7-c 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配?結果無し)
5月15日 火 FLS由来2N・4Ｎキメラ子出産。(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure 8-i 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配 Figure 8-j)
5月25日 金 CTS1 樹立培養開始。129B6F1ES(僕のマウスES)樹立培養開始。129B6F1TS(僕のマウスTS)樹立培養開始。(若山さんの持ち出しリスト)
6月06日 水 セル誌リジェクト。(TCR再構成の切り貼りレーンが使われている)
7月09日 月 CTS11～13樹立培養開始。
8月13日 月 AC129-1,2樹立培養開始。
8月21日 火 サイエンス誌リジェクト。


今度は我々のntES仮説でこの時に2011年の実験を最初から確認したと考えてみる。つまり、一からntESを作り直すとして計算してみる。矛盾はそのまま残す。

1月23日 月 小保方さん帰国初出勤。
1月24日 火 129xB6-GFPの赤ちゃんマウスを雌雄取り混ぜて数匹渡された。STAP作成開始。
1月31日 火 若山さんクローン胚-1移植
2月02日 木 若山さんクローン胚-2～8移植。
2月04日 土 3.5日クローン胚-1胚盤胞胚の取り出し、ntES細胞培養開始。
2月06日 月 3.5日クローン胚-2～8胚盤胞胚の取り出し、ntES細胞培養開始。
2月16日 木 ntES-1樹立
2月18日 土 ntES-2～8樹立
2月20日 月 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラ胚移植。
2月24日 金 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラ胚のインヴィトロ培養後、再度インナーセルマスを取り出しソートしてリシピエント細胞を排除して幹細胞FLS樹立とする。
3月03日 土 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラの12日胚の帝王切開。(Extended Data Figure7-d-下)
3月11日 日 ntES-1～8の2N・4Ｎキメラの出産。(Figure 4-c,Extended Data Figure7-a-右、7-b)
3月12日 月 西川氏本人主張TCR再構成アドバイス。(手記は4月のネイチャーリジェクト後)
3月22日 木 アニマルカルス命名。
4月06日 金 CDB若山研メンバーがFLSの4NキメラのDNA抽出。(出産から26日後に当たる)
4月19日 木 129B6FES1(僕のマウスES)樹立培養開始。(桂報告)(若山さん持ち出しリストでは5/25)(1～6まである)
4月24日 火 米国特許仮出願。
4月27日 金 倫理委員会にて竹市所長の知るところとなる。(若山研究室から神戸研究所研究倫理第一委員会に「STAP 現象 をヒト体細胞に適用する計画」が申請され、小保方氏が説明 )
4月30日 月 ntES-1～8由来2N・4Ｎキメラメイティング。4月中にネイチャーリジェクト。
5月20日 日 ntES-1～8由来2N、4Ｎキメラ子出産。(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure 8-i 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配 Figure 8-j)(2Nは兄妹交配 Extended Data Figure7-c 小保方氏が抽出した DNAあり、4Nは戻し交配?結果無し)
5月25日 金 CTS1 樹立培養開始。129B6F1ES(僕のマウスES)樹立培養開始。129B6F1TS(僕のマウスTS)樹立培養開始。(若山さんの持ち出しリスト)
6月06日 水 セル誌リジェクト。(TCR再構成の切り貼りレーンが使われている)
7月09日 月 CTS11～13樹立培養開始。
8月13日 月 AC129-1,2樹立培養開始。
8月21日 火 サイエンス誌リジェクト。

始めの仮定で、2011年度に作られた幹細胞をソートし直したものが既にあると仮定変更する。この場合は、FLSは作る過程を省略したところから始まればいいだけで、日程は変わらない。

小保方さんの論文作成に関して大事なのはSTAPキメラであって、FLSは幹細胞化実験なので、最初の三誌投稿段階ではFLSのキメラ実験は入ってない。笹井さん参加後の論文でFLSの実験が入れられることになるが。それは三誌リジェクトされた後、ネイチャー二報同時投稿の話になった時にヴァカンティが抵抗して、小保方さんは米国に帰った。結局小保方さんに渡したその時の若山さんのデータがベースになっている。

小保方さんの実験はキメラが出来なかったということで終わっている。若山さんのntES化実験は進められているが、小保方さんの論文はキメラは出来てないのにできたと騙されて書くという状態になっている。若山さんは通させないつもりだから構わない。ヴァカンティのティシュー誌にぶら下げたら終わり。後は自分のntES化実験を、小保方さんを山梨大での助手にしてから、本格的に研究して、今度は嘘でないntES化した結果として、ちゃんとした本物の論文を書かせる。その前準備をしている。

①小保方細胞核使用ntESの無限継代の証明。(細胞増殖率表の作成実験)
②小保方細胞核使用ntESのキメラ形成能の証明(2N・4Ｎキメラの作成実験)
③小保方細胞核使用ntESキメラの生殖能力確認(2N・4Nキメラのジャームライントランスミッション確認実験)
④小保方細胞核使用ntESの遺伝子解析
⑤小保方細胞核使用ntESの4Nキメラの体細胞DNAの採取。
⑥小保方細胞核使用ntESキメラの胎盤蛍光の免染確認。
⑦小保方細胞核使用ntESをFgf4誘導したFI-SCキメラの胎盤蛍光確認。

若山さんは所謂二兎を追ってる。


(FLBとは何か)

上記日程の検討に入る前に若山さんの事後MTAの添付リストを再掲しておこう。



FLBの意味はリスト内に書かれているようにF1 Limphocyte Blastcystなのだから［F1の白血球胚盤胞」という意味である。分類はSTAP-SCであるが、奇怪なことに桂チームはこれを一切分析していない。
FLB-1～8とあって上から4,5,6行目がそれに該当する。1/31,2/2,2/3の三度に分けて作成準備されている。

1/31　2Nキメラ胚を7個使って2個樹立された
2/2　　4Nキメラ胚を8個使って4個樹立された
2/3　　2Nキメラ胚を3個使って2個樹立された

理研側に残されている試料は以下です。



通しナンバーが違ってます。少なくとも15番まである。作成途中のものと考えてもうまく説明できませんね。一年前に持ち出したときのメモは有るはずですが、1年後に約束通り事後MTA締結した時にもちゃもちゃと弄っているんでしょうね。残していたものとのディスクレが出ている。
ここにあるsortという文字は細胞をGFPの有無でsortしているんですね。このFLBが何かということについては、岡部研究室のブログに書き込まれた若山さんのコメントから推測している。
>>
No. 2172 (2014/02/02 02:51) Cumulina
べさま コメントをありがとうございます。核移植を一番の専門にしているのに、核移植のいらない初期化方法を発表して、自分で自分の首を絞めている論文の関係者です。今回の小保方さんの発見はすごすぎたのかレフェリーに相手にしてもらえず、ずいぶん苦労しました。いまマスコミでリケジョとか違う方向で話題になっていますが、本当にすごい研究者で膨大な実験を徹夜続きで行いました。論文ですが、サプリにたくさんのデータが乗っていますが、それもほんの一部です。たとえば細胞の樹立がなかなかできず、STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータは、当初それだけで論文にするつもりでしっかりした表と解析を行っていたのですが、途中から直接簡単に樹立できるようになり、葬り去られました。実験中にどんどん発展していったのでしょうがないですが、STAP細胞の将来がすごく楽しみです。

「STAP細胞を注入したキメラ胚を使って初めて樹立に成功したデータ」という言葉から幹細胞化の手法ではないかと推測した。このことは和モガさんも書いていたはずですね。彼は4Nをsortする意味を掴みかねていましたね。というのも4Nは胎生致死という知識があって、この早い段階ではまだ死んでないという可能性があるんですが、実証事実としてはど素人は知りませんからね。

我々がこのことに気づいたのは12/27のテラトーマからGFPの無い組織が出たという事実からです。桂チームは体細胞切り出しだと考えたのですが、ES捏造仮説なのに体細胞を切り出すはずが無いということにすら気づいていないんですから愚かと言われても仕方ありませんよね。まして、体細胞ならヌードマウスなんですから組織の遺伝子解析をしたらすぐわかることですが、それをせずにGFPがないから体細胞だと短絡した。愚かしいというより、結論ありきの犯意すら感じるところです。

我々の推定ではこのFLBはAcr-CAGだと思いますよ。若山さんはそれを今回のネイチャー論文とは別の自分の実験試料だから関係ないという説明で言い逃れているんじゃないでしょうか。若山さんを疑わないというのが桂チームの基本方針ですからそれを押しての調査はしないということですね。小保方さんに対しては病院にまで押しかけて行って、たまたまその場にあった実験ノートを心身不調の彼女に対して配慮もなく持ち帰りそのコピーを意図的にNHKに流出させるという公務員法違反犯罪まで犯しているんですから呆れる。

それはともかく、このFLBと同一の趣旨で作られているもう一つの細胞試料がありますね。若山さんの持ち出しリストの8行目のGLです。GOF Limphocyteです。GOFマウスの白血球のSTAP-SC分類の細胞ですから、蛍光細胞をCumulina書き込みの手法で作ったものです。我々のntES仮説ですと、GOFの酸浴蛍光細胞の核を使ったクローン胚からのntESです。若山さんはこの細胞を小保方さんに渡していない。しかし、後のリストにはその存在を書き込んでいる。Cumulina書き込みと対応しているアリバイ作りでしょうね。リストはCumulina書き込みの後に提出されているものです。FLBは理研側に残されていますからこれが何かは説明しないといけなくなる。Cumulina書き込みは表と解析があると言ってます。調査段階で押さえられるサンプルがあると、それを説明しなければならなくなる。FLB は残してしまっている。結果GLも残さざるを得なくなる。Cumulina書き込みというのは調査を予期した言い訳なんですね。細胞は既にntESになってしまっているものです。桂調査チームはGLを取り寄せて解析することも無論していない。性別を調べるだけでも分かることがあったでしょうね。今やもう事件は解決したとして廃棄してしまってるでしょうね。廃棄されていないのは理研側の試料だけでしょう。

GLがあるということはF1の幹細胞もないといけませんが、それは何も書かれていない。最初のキメラ成功時に幹細胞もできたと言ってますよね。我々は12/27テラトーマの上から注射されたのがそのF1のソート前の幹細胞だったとみています。だからリシピエントのインナーセルマス由来のESからできたGFPの無いテラトーマの切片が作られたんですね。それはどこかにあるに決まっていますが、リストに書かれていない。そもそもこの時のキメラすら残されていない。若山さんが廃棄しているんですね。かろうじて見つかったのが2011/11/28日付の4Ｎキメラの画像でしたね。小保方さんはその画像を2012年に入って胎盤が光ってるから調べてくれと頼まれたときの画像として論文に掲載していましたが、それは違うと若山さんが言いだしたがために、逆に2011年の写真の存在が明るみに出たのみならず、その時のマウス背景が「僕のマウス」ではないということまで知られてしまった。この写真が本当に小保方さんの写真選択の間違いかどうか、桂報告は確認したと言っているだけで、その写真を公開していない。テラトーマに関しては比較写真をつけているにも関わらず、こんな大事なPC内にあったという写真と論文の写真とどう同じなのかの比較写真はないのです。言うまでもありませんが、裁判ならこんな主張をしたら比較写真を出せと要求されます。出さなかったらその時点でこんな重大な事実に関して嘘をついていると判断されます。言ったことは事実証明しないと裁判官の心証を害して敗訴しますね。
STAPではできないからESでテラトーマを作ったのだと主張しておきながら、ESでできなかったから体細胞を切り出したなんてことを言ったらブーメランが自らの後頭部に帰ってくることくらい分からないのでしょうか。裁判官が素人だからと言ってその知性を舐めてるんでしょうかね。

(F1の幹細胞だけがなぜもう一度作られたのか)

実験日程計算ではF1だけを書いていますが、無論GOFでの実験も同時に行われていることになっている。でも変なのはGOFマウスのキメラ胚を使った幹細胞化の実験は無いんですね。持ち出しリストの上から7行目です。
1/31に2STAP /wellを13作って、13ライン樹立、GLS1～13ですね。GOF Lymphocyte Spheresです。達成率100%ですね。小保方さんが作ったSTAP細胞をES培地に入れたら増殖したというんですね。これが小保方さんには全くできなかった。又丹羽さんの検証でもできなかった。小保方さんがリヴィズ実験中にできないと訴えても、若山さんは自分の手技だと言って教えなかった。桂チームはこれを学生のGOFntESによる捏造だと結論した。しかし小保方さんによる捏造なら若山さんは何も手技の必要なことはしてない理屈になる。山梨にSTAP細胞を持って来い。目の前で作ってやると言えばいいことだ。そうできないのはntES化しているからだ。我々はsortしたGLそのものだと考えている。

GOFのntES化実験はGLをソートしただけのもので実際には行われていないと考えられる。理研側の残存サンプルは以下である。



既述しているように丹羽さんの持ち出しは性別の問題があって核型解析に出したときのものですね。これは学生のGOFntESと同じものと確認された。当時ラボを離れていた学生本人が自分の作ったGOFntESをどこかにまだ持っていたのか、それを理研に提出したのかどうかは何も報告されていない。が、小保方さんが学生から貰ったと言われる細胞はあった。以下の分である。



GLS1=GOF ESだということは桂チームが遺伝子異常の存在で証明している。BCA報告の図を以下に添付しましょう。



小保方さんが犯人でなければ試料の中身の入れ替えが逆に証明されたことになりますよね。今Ooboeさんのパートナー氏が検察に資料提出されていますね。ここは我々が早くから小保方さんか若山さんのどちらかが犯人だということにしかならない証拠なのだと主張していたものです。小保方さん擁護派の人でもどちらも犯人でないという人たちが多かったですね。中身が入れ替えられてなかったら小保方さんが犯人です。若山さんが犯人ならこの中身は入れ替えられている。だからX染色体上の逆位接続が一致してるんです。若山さんが本当に小保方さんから貰ったGOFのSTAP細胞をそのまま培地誘導で幹細胞化したのなら小保方さんにプロトコルを教えるだけで簡単にできたでしょうよ。小保方さんができないと言ったらウソつくなと言わないといけない。誰にでもできる。すぐSTAP細胞を持って山梨に来いと言えばいいだけです。3日もいれば増殖を確認できる。

桂チームは目の前に誰が犯人であるかの証拠を発見していますね。小保方さんが犯人だと思うなら、このサンプルの中身を若山さんが入れ替え得なかったという証拠を調べたらよかったんです。その証拠が出たら小保方さん犯人確定です。逆に若山さんが犯人ではないのかと疑うのなら、中身を入れ替えているということを証明したらいいんです。実は調査サンプルは全部若山さんが自分の行ったことを隠すために都合よく中身が操作されているものですから、このGLSだけではないので、どれであってもサンプルの提出経路の説明に嘘があったら若山さん犯人が確定するんです。今Ooboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼しているのがその件なんですね。

細胞の大きさは言わずもがな若山さんの説明には他にたくさんの矛盾があって、嘘の傍証にことかかない。中身が入れ替えられていないと仮定すると他の矛盾が説明できなくなります。あちこち押しピンで止められていますから一か所外したからと言って身動きできないんですね。ということは外してみる仮定も間違いだと分かる。事件はそういう論理構造になっているんですね。

(GLSに関するDORA氏の調査結果)

このGLSに関してはそもそも雌雄の問題があって、旧DORAブログに詳しい調査結果があります。何れ見れなくなる恐れがあるので、まずはここに保存しておきましょう。

ＧＬＳの性別に関する解析データ。
2017/4/23(日) 午後 2:39 日記 練習用

久々にＳＴＡＰ関連なんですけど。ずっと以前、ＧＬＳの性別について、触れたことがありまして、だいたい以下のような経緯です。
２０１４年６月１６日の記者会見で、若山氏は「ＧＬＳの１３株すべてがメス」と発表した。しかし、そのあと、若山氏はＧＬＳの性別について、ＣＤＢの発表との間に齟齬が生じていることに気づき、訂正している。『６月１６日に山梨大で行った会見内容の一部修正、およびＮａｔｕｒｅに掲載された撤回理由書の訂正について』（７月２２日）において、若山氏の方から次のように訂正した。

会見時に、もう一種類のＳＴＡＰ幹細胞であるＧＬＳ（Ｏｃｔ４-ＧＦＰ遺伝子をもつＢ６由来とされる）は細胞株の１番から１３番まですべてメスの細胞だと報告しました。しかし、ＣＤＢとともに詳しく精査したところ、ＧＦＰすべての細胞株はオスだということがわかりました。原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

ところが、このあと、桂調査委の報告書では、再びオスからメスへと性別が逆転している。若山氏が「ＣＤＢと詳しく精査した」と述べているにもかかわらず、それをあっさり覆している。しかも、そのことに対する桂調査委からの説明はいっさいなかった。そこで、「ＣＤＢとともに詳しく精査した」という、その解析データを理研の情報公開窓口を通じて入手したところ、次のようなものであった。まずは核型解析についてである。








以上のように、核型解析の専門機関から丹羽仁史氏に対し、GLS-1とGLS-11は、ともにオスであると報告されているようです。


ＧＬＳの性別に関する解析データ（その２）。
2017/4/24(月) 午前 10:59 日記 練習用

次に、ＰＣＲによる解析データです。以下の通りです。





いちおう、説明部分を書き出しておきます。

この結果、Eif2s3yとSsty2のＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出し、１２９♀では全く検出しない事から、Ｙ染色体上の遺伝子を特異的に検出していると考えられた。これに対し、予備的検査で用いたZfy1ならびに新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた。
ＦＬＳ３とＡＣ１２９-１は共にSsty2,Eif2s3yが検出され、雄であると判定された。これに対し、ＧＬＳ１,ＧＬＳ１１はSsty2は検出されるもののEif2s3yは検出されず、Zfy1のバンドも１２９♀同様に薄かった。これらの結果と簡易核型解析の結果をあわせて考えると、ＧＬＳ１,ＧＬＳ１１は部分的に欠失したＹ染色体を有する雄の細胞であると考えられる。

つまり、このときはオスに特異的なSsty2遺伝子の検出と簡易核型解析との結果によって、Ｙ染色体が部分的に欠失したオスだと判定されたようです。


ＧＬＳの性別に関する解析データ（その3）。
2017/4/25(火) 午前 8:55 日記 練習用

桂調査委の調査報告では、ＧＬＳについて「大きな欠失＋末端重複逆位接続」という構造異常を指摘していた。で、「末端重複逆位接続」についてはスライドで説明されていたのだが、「大きな欠失」についてはデータとして示されないので、それがどの程度の欠失なのかいまひとつわからなかった。そこで、情報公開窓口を通じてそのデータを入手したところ、次のようなものであった。



このデータは後に『STAP cells are derived from ES Cellls』には掲載されたようなのだが、なぜか桂調査委の報告書には載らなかった。これをみると、およそ１７０Ｍのうち２３Ｍしか残っていなかったらしい。となると、核型解析でＹ染色体だと断定したものは、じつは非常に大きく欠失したＸ染色体だったと考えることができるわけだ。

しかし、まあいちおう、核型解析の専門家がみたらどう判断するのか、念のために、核型解析を専門にしている会社に電話して、「ある核型解析を判定してもらえないか」と頼んだところ、そこの研究者が快く承諾してくれた。そこで　（先入観のないよう細胞の正体を伏せて）見せたところ、一瞥して躊躇なく「これはオスです」と断言した。これにはむしろこちらが驚いて、「それじゃあ大変なことになる。これはゲノム解析ではメスなんです、欠失したＸ染色体なんです」というと、ちょっと困惑して「それならもっと詳しく調べてみないとわからない」という答えだった。

で、まあ、核型解析は専門家の勘違いだったとしても、それならＳｓｔｙ２遺伝子の件はどうなるのか。それが気になった。

ＧＬＳの性別に関する解析データ（その4）。
2017/4/26(水) 午後 2:33 日記 練習用

で、それがメスであることと、Ｓｓｔｙ２を持っていることと、どのように両立するのか、もしかすると、なにか納得のいく説明でもあるのかな、と、このことを気まぐれ先生にうかがってみたのですが、正直、先生も困惑気味でいらっしゃったようで、「説明できない」とのお答えでした。（なお、気まぐれ先生は解析にはいっさい関わっていらっしゃらなかったとのことです。）
「遺伝子をいじくった可能性もある」とのことでしたが、そういう可能性を考えない限り説明できないということだと思われます。

また、ＥＳ細胞の樹立時に、このような大きな欠失が生じることがあるのでしょうか、とお尋ねしたところ、次のようなお答えでした。

「普通メスの体細胞では 、X chromosome inactivation ということが起こっていて、２本の染色体の中のどちらかが不活性化され、発現しないようになっています。この現象が起こるのがＥＳ細胞がとられる時期の発生段階です。２つの活性なＸ染色体があることは、ＥＳ細胞にとっても都合が悪いようで、２つの活性なＸ染色体をもつＥＳ細胞が得られることは稀で、どちらか一方が失われる、あるいは、大きな欠失を起こす、また、得られたとしても培養している間に、このようなことが起こるのは普通です」

この説明ですと、Ｘ染色体に大きな欠失があったことは、それがＥＳ細胞であることの有力な証拠だったことになります。しかし、そうなると、桂調査委が報告の際に「末端重複逆位接続」のデータだけを示し、大きな欠失のデータを示さなかったことはむしろ不自然に思えます。

結局、確実な結論は出せなかったのですが、どちらかというと、データを全て公開せず、詳しい説明もないまま公的に確実な結論を出す方が軽率であるように思われます。

DORAさんの考察はここで終了しています。佐藤さんはこの問題を2015/12/7発行の『STAP細胞 残された謎』で触れています。後の2016/2/14に発行した続編『STAP細胞 事件の真相』ではこの問題に触れていません。DORAさんが『ＧＬＳの性別に関する解析データ』のその1～4を書いたのは2017/4/23(日) 午後 2:39から2017/4/26(水) 午後 2:33の間です。佐藤氏はDORAさんではないかと言ってる人もいますが、個人的なことには興味がありません。ただこの件に関する書き出しは佐藤本と同じです。和モガさんも無論この問題には触れています。私は最初和モガさんが佐藤さんなのかなと思っていて佐藤本第三弾を期待しましたが、彼は若山さんによる成果の隠蔽という推測ですが、DORAさんはただ真相究明姿勢ですね。どちらかというと後者だったかもしれませんね。まあ、どうせ皆匿名でやってるんですからどうでもいいことです。

しかし、扱われている問題はどうでもいいというわけにはいきません。いまだに放り出されたままになっている。若山さんは2014/3/10の共著者に対する論文撤回要請の後に放医研にサンプル解析を依頼しています。若山さんの記者会見は2014/6/16でしたが、この記者会見の席上で山梨の若山研でGLS1～13の性別を確認してすべてメスであったと発表した。一方、丹羽さんの記者会見は若山さんより2か月以上早く、2014/4/8に行われましたが、その2週間ほど後の2014/4/22に理研側に残されていたサンプルを持ち出しています。その解析結果はDORAさん取り寄せ資料にある通り2014/5/27です。数日後には丹羽さんは結果を受け取っているはずですので、すぐに伝えたら2014/6/16の若山さんの記者会見ではすべてオスであったと発表されたはずですが、どうも連絡のずれがあるようですね。若山さんは自分で調べた通りにメスだと発表した。そして記者会見の後の、2014/7/22に、『６月１６日に山梨大で行った会見内容の一部修正、およびＮａｔｕｒｅに掲載された撤回理由書の訂正について』（７月２２日）を公表した。DORAさんのブログからそれを再掲すると以下です。
>>
会見時に、もう一種類のＳＴＡＰ幹細胞であるＧＬＳ（Ｏｃｔ４-ＧＦＰ遺伝子をもつＢ６由来とされる）は細胞株の１番から１３番まですべてメスの細胞だと報告しました。しかし、ＣＤＢとともに詳しく精査したところ、ＧＦＰ(ママ。GLSのタイプミスだと思われる。)すべての細胞株はオスだということがわかりました。原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

これを見ると、丹羽さんが結果を受け取ってから検討があって、若山さんに伝えられたのが遅れたのだと推測されるところです。ここで若山さんはY染色体の性決遺伝子をＳＲＹだと考えていて、それを検出するプライマーでPCRに掛けたのだが、それがなかったからメスだと判断したのだということになる。

ところが、丹羽さんは自分で解析に出したGLSの性別に関して意見を書いている。核型解析の結果はオスでした。写真を誰が見てもオスです。ところが、丹羽さんの報告に曰く、これは山梨大と理研とで行った予備検査の結果であるメスという結論と矛盾していたと。山梨大と理研で予備調査をして、同じ結果だった。メスだったということです。そして、核型解析結果を見た後に、丹羽さんがもう一度PCR検証をやり直した。そして上の表にあるような結果を得たんですね。以下に整理します。数字は遺伝子座の開始位置番号です。上から順番に並んでいるものです
>>
725207 Zfy1(丹羽さんの予備調査ターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀△　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△
1010543 Eif2f3y(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1✖　GLS11✖
2662471 Sry(若山さんの予備調査ターゲット遺伝子、丹羽さんは今回初めて設計)
B6♂〇　129♀〇　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△
67045883 Ssty2(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1〇　GLS11〇

△はありですが、バンドの出方が薄いものです。薄いですが他に紛らわしいものがありませんから有りは有りなんですね。人によって見えた方が違うということも無いと思いますがね。確認してもらえばいいですね。問題は肝心のSRYですね。129♀〇ではY染色体特異的遺伝子では無いではありませんか。まずもってど素人には理解できませんね。素人常識ではメスにY遺伝子特異的遺伝子のバンドがあったら、それはメスと言いながらに実はオスであったか、SRYが実はY遺伝子特異的遺伝子では無いかのどちらかです。
そこにもってきて、丹羽さんはこんなことを言ってる。
>>
この結果、Eif2s3yとSsty2のＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出し、１２９♀では全く検出しない事から、Ｙ染色体上の遺伝子を特異的に検出していると考えられた。これに対し、予備的検査で用いたZfy1ならびに新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた。

あのねえ。冗談も休み休みお願いしたいものですよ。ど素人でも趣味で科学ファンというのは居て、ブルーバックスシリーズ程度なら楽しくて全部読んだなんて人もあるよねえ。でもこんな論理の運びは読んだことないでしょ。今Y染色体特異的遺伝子を探してるんでしょ。そしてその遺伝子座の位置は分かっていて、最大26桁、つまり4の26乗に一つしかないという位置を特定してプライマーを設計している。4の26乗って全遺伝子座数より大きい数値だからね。そしたらメスにもあったからこれはY染色体特異的遺伝子では無かったようだって。。。変でしょ。何を言ってんの。

若山さんは「ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまった」と言ってるんですよ。SRYはＹ染色体の重要な遺伝子だと思ってGLSの性を決定したんでしょ。欠失があっての誤認はともかくとして、丹羽さんは「新たに設計したSryのＰＣＲは、Ｂ６♂で予想通りのサイズのバンドを検出するものの、１２９♀でも薄いバンドが見える事から、特異性が低いと考えられた」とおっしゃった。

これが何を意味しているかというと、新たに設計したSryのプライマーがいけなかったと言ってて、SRY自体がY染色体特異的遺伝子では無かったという意味ではないはずだ。でも挟んだプライマーは二つのそこしかないという絶対的位置です。

GPSで場所が特定されて、正確にカダフィの愛人の家の煙突の四角い穴からクルージングミサイルは突入してきた。そういう時代です。

二つの点の間にSryなるY染色体特異的遺伝子がある。挟み方が悪いとX染色体を含む他の染色体のどこかにSryなるY染色体特異的遺伝子の無い断片があり得ると。変でしょ。

SryはY染色体特異的遺伝子では無かったという意味にしかならないよね。

細胞生物学ってその程度の学問なのか。未だにY染色体上にある特異的遺伝子すら特定されていないのか。こんな調べればわかるようなことすらまだ試行錯誤中だとしたら、ここに従事している学者たちって仕事してるの?　税金で只飯食らってるゴクツブシかね。マスコミの羽織ゴロツキと同じレヴェルなの? 無論、嫌味で言ってるんだけどね。

若山さんはSryはY染色体特異的遺伝子だと言った。丹羽さんは違うよと言った。若山さんの言ってることが間違ってたとしたら、若山さんは勉強不足のアホなのかね。それとも嘘つきなのか?　嘘だとしたら、オスであったら困ることがあったのかな。

予備調査で丹羽さんも雌だと思っていた。ただし、Sryではなくて丹羽さんはZfy1で調べたと書いていますね。再検査の結果は以下でした。前回がどうであったかは分からないが、今回は△を無いと判断するメスになりますね。
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725207 Zfy1(丹羽さんの予備調査ターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀△　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1△　GLS11△

丹羽さんもメスだと予想していた。しかし、核型解析結果がオスだったので、新たに調べ直して、結局、予備調査で自分の使ったマーカーと若山さんの使ったマーカーは捨てて、新たに設計したEif2f3yとSsty2をY染色体特異的遺伝子として使うことにした。
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1010543 Eif2f3y(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1✖　GLS11✖
67045883 Ssty2(丹羽さんが新たに設計したターゲット遺伝子)
B6♂〇　129♀✖　FLS3〇　AC129-1〇　GLS1〇　GLS11〇

どちらもB6♂〇　129♀✖ですね。これぞY染色体特異的遺伝子ではありませんか。そしてSsty2があるのですからオスは決定で、 Eif2f3yが無いから欠失していると結論した。当然ですね。

当然でないのは、そもそもお前たちの言ってるY染色体特異的遺伝子というのは既存知識だったのかという疑義です。

今度は、そんな馬鹿なことはない。Y染色体特異的遺伝子というのは既存知識だ、という前提で考えなおしてみましょう。専門家はどちらか知ってますからね。ど素人はどちらか分からないときは両方とも考えるだけです。専門家が正直だったら不要な手間ですけどね。専門家が嘘ついてるような低レヴェルの未開社会だから仕方ない。

(コントロール)

コントロールはB6♂と129♀です。Y染色体特異的遺伝子はZfy1,Sry,Eif2s3y,Ssty2です。ところが前者2つには129♀にも薄くバンドが出ている。この時点で既に丹羽さんは説明する義務がある。
Zfy1,Sry,Eif2s3y,Ssty2はすべてY染色体特異的遺伝子でしょということです。129♀にバンドが出てはいけませんよね。まずこの説明が必要です。これらの遺伝子はX染色体上には無いからY染色体特異的遺伝子だとされているはずです。その機能に関してはまだ研究途上であっても構いませんが、今調べているのはY染色体の有無です。X染色体上にも同じものがあるような遺伝子を調べることはあり得ませんね。マウスの全ゲノムは既に読まれていますよね。同じ配列がX染色体上に無いからこれらの4つが選ばれているはずです。
なぜ、Zfy1とSryが129♀にも薄く出ているのかの説明が必要です。129♀に129♂の細胞が少し入ったのではないのか。或いはそれが考えにくければ例えばこの細胞が血液だとして、B♂の採血の残りが少し入ってしまったのではないか。でもその場合、Eif2s3yとSsty2でも同様の薄いバンドが出るはずです。とても理解しにくい現象です。

一方若山さんの説明は丹羽さんとは違っている。SRYを性決定遺伝子であると考えているらしいことが書かれている。以下です。
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原因は、ＧＬＳのＹ染色体は性決定遺伝子ＳＲＹを含むＹ染色体の重要な遺伝子群に欠損があり、用いたプライマーではＹ染色体が存在しないと誤判定されてしまったからです。

明確でないが、若山さんはマーカーとしてSryを使った。で、自分が山梨大に持っていたGLS1～13の全株を、SryがY染色体特異的遺伝子であると思って、PCRで確認したら全株に無かった。だから全株メスと言った。メスだと思っていたが、丹羽さんオスだと言ってる。丹羽さんが調べたんだから間違いないだろう。ではY染色体特異的遺伝子であるSryの遺伝子座を欠損しているのだなと理解した。結論だけは丹羽さんの結論に合わせた。

対して丹羽さんは若山さんと違って、Y染色体特異的遺伝子としてZfy1を選んだようである。そして理研側に残されていたGLS1と11(木星リスト28と38番)を予備的調査段階でPCRにかけたらどちらにも無かったから若山さん同様に全株メスだと結論していた。ところが別の機関に同じ細胞株を核型解析に出したところ、どちらも短いY染色体が見つかってオスだと結論された。

丹羽さんはなぜだと思ってもう一度PCRを本気でやり直したのである。まず今度はB6の雄と129の雌の細胞をコントロールにした。そしてY染色体特異的遺伝子を増やし。前述の4種とした。4つとも今でもY染色体特異的遺伝子とされているものである。

ところがとんでもない結果が出た。まずコントロール実験によって、自分の使ったY染色体特異的遺伝子だと思っていたZfy1と若山さんの使ったマーカーであるSryは129のメスからも検出されてしまった。
丹羽さんはまたも新発見をした。つまり、Zfy1とSryはX染色体にも存在しているということである。さもなければこのコントロール実験は失敗していることになる。実験が正しければ新発見なのである。Y染色体におけるZfy1、2に関しては精子の働きをコントロールしていることが分かったという論文が書かれていて、それはそれでいいのだが、その論文の紹介ではZfy1、2はY染色体にしか無いと"されている"という具合に紹介されているが、X染色体には無いと断言されてない。つまり丹羽さんのように実験で確かめられていないということになる。今回、雌からも薄く出ているので、これが実験の失敗でなければ新発見ということになる。この程度のことすら誰も確認してなかったなんて。だからこの分野の科学者たちはゴクツブシなのかと問うているのである。
Zfy1、2はオスの精子の働きをコントロールしている遺伝子だということは分かったが、X染色体上にもあるということになった。ただし、薄く出たということが何を意味することになるか。オスはXYです。メスはXXでZfy1はXにもYにもあるのですからどちらも同じ濃さで出ないとおかしい。となるとXYはどちらも働いていますが、XXの片方は相沢さんの言うようにX chromosome inactivationの所為だと考えると量的に半分しか出ない理由は説明できる。しかし、PCRに掛けるときは全部解除されてしまうのではないか。分からないことだらけです。
ただし、丹羽さんの説明には一つだけ疑念がありますね。最初の予備的調査ではZfy1が無かったから、若山さんと同じメスだという結論になっていたはずです。でも核型解析結果が出た後に再検査したときは薄く出たんでしょ。結果が違っている。

その齟齬を置いておいて、丹羽さんは取り敢えず、Zfy1とSryは129の雌からも検出されているのだからY染色体特異的遺伝子ではないとした。彼の言い方だと特異性が薄いとした。でも我々の理解では特異性はあるか無いかのどちらかですから、Y染色体特異的遺伝子では無いと言ってるのと同じです。そしてEif2s3yとSsty2はコントロールによってオスには出て、メスには出てないからY染色体特異的遺伝子だとした。そして、この二つのマーカー遺伝子のＰＣＲ結果によれば、GLS1と11にはSsty2が出ているからオスであるとした。ところが同じくY染色体特異的遺伝子であるはずのEif2s3yは出ていない。従ってこれはY遺伝子に一部欠失があってEif2s3yの遺伝子座を欠失しているのだと説明した。若山さんの理解とは違っていますね。どちらも合わせるとSryとEif2s3yの両方の遺伝子座を欠失しているオスという認識で説明できる。なぜ欠失しているにも関わらずオスなのか。Ssty2が検出されているからですね。

これを桂報告とBCA報告はメスだと逆転させたのである。DORA氏は「それがメスであることと、Ｓｓｔｙ２を持っていることと、どのように両立するのか」と疑義を書き留めましたよね。
論理学の問題なら、Ssty2がY染色体特異的遺伝子でないか、GLSがメスだとは限らないかのどちらかです。

アーティクル論文に載っている　Extended Data Figure 8-b　の核型解析写真です。



トリソミーはどこにもありませんね。しかも、この図のリジェンドは以下です。
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b, Q-band analysis (n = 4; all cell lines showed the normal karyotype).

参考にタカラバイオの宣伝広告を貼り付けて置きましょう。右側がマウスのESのオスのQ-band核型解析です。



(並行する実験と三誌論文に採用されたデータ)

小保方さんの最初のネイチャー論文の主旨はとてもシンプルなものです。自分が酸浴させた細胞をキメラ胚に入れたらキメラができたから自分の作った細胞は多能性細胞であるという主張です。4月に提出されて4月中にリジェクトされていますから、ジャームライントランスミッション実験結果は入れられていません。上記しているどちらの日程表によっても明らかですね。
我々のntES仮説では、そもそもスタンダードなプロトコルでキメラができたというのは嘘です。小保方さんを引き留めて、ヴァカンティへの約束である論文を出すというところまで行なって、最終的にはヴァカンティの主催誌であるティシュー誌にぶら下げさせる。そして山梨大に小保方さんを助手として連れて行くという目的のために嘘の論文を書かせている。
この嘘の論文は専門的にはバカバカしいほど嘘っぽく、かつ事実嘘なのでアクセプトされる気遣いの無いものです。そして、このことはこの時点で世界中で基本若山さんと小保方さんとヴァカンティの3人しか関与していない話だったんです。この時点で若山さんのついている嘘って他愛ないものですね。この論文を査読させられた人も多忙な中をいい面の皮だと思いますが、この最初の論文の査読は公表されてないのでわかりません。しかし三誌最後のサイエンスの査読は事件化したために例外的に現在サイエンス誌編集部によって公表されていますね。査読ではまあ、ESのコンタミだよと言われていて、どんな杜撰な管理しているラボなんだとけなされている。そしてこの査読者は正しいわけです。ntESもESなんですからキメラはESで作られている。別に杜撰な管理によるコンタミなんじゃなくて意図的に作っている別の実験結果を嘘と知らされずに著者が書いているだけだ。若山さんはそういう査読結果になるだろうなあと安心して書かせているんですね。採用されたら逆に困りますよね。でも絶対リジェクトされると確信している。自分が査読者でもリジェクトするでしょう。若山さんもネイチャーに何本も論文掲載されていますからね。そのレヴェルは知ってる。ヴァカンティもヴァカンティじゃないか。こんなんでキメラができるわけないだろう。再現されない限り認められないんだから自分の雑誌にぶら下げておいて、後で自分で再現するなり、人が再現したら第一発見者の栄誉が得られるじゃないか。再現できなかったら忘れられていくだけでしょう。そんな論文はこの分野に無数にあって、常態ではないか。自分にどうしてキメラができたのかなと問うて来たら、何かESのコンタミ事故でもしてしまったかなと言ったらおしまいじゃないか。この時点で何か事件の臭いがしますかね。しょうもない話だと思いますよ。

(幹細胞化実験)

それに対して、若山さんの幹細胞化実験は真剣なものです。歴史的視点の無い人の陥る錯覚は、この時点でGOFマウスのOct4-GFPが大量に光ったという事実に関して、若山さんがこの細胞は何物かではあると信じ込んでいることを、後の知識から忘れることです。
事件化してからはむしろ自家蛍光の誤認は若山さんの言い訳にとって好都合だったのでノフラー氏や関氏の人脈を使って大々的に宣伝しましたが、自家蛍光を確認しない専門家なんてあるわけがないじゃないですか。自家蛍光なんて常時あるに決まっている。だからフィルター切り替えで確認するし、自家蛍光の継続時間が6時間程度ということを利用してライブセルイメージングで7日間の撮影も行っている。一コマ30分とか15分のインターバルで撮影すると6時間は12コマから24コマです。アーティクル添付の動画だと1週間分を38秒と97秒で早回ししている。1秒間に5コマから16コマ進む。つまり自家蛍光は1秒から2秒の間で発生したり消えたりするんです。それも最初のころに集中していますね。その後にずっと蛍光し続けているのは自家蛍光ではないんです。この実験は笹井研で行う以前に若山研で既に先に行われている。手記を読まない人には分からないことですね。

笹井さんは記者会見でこの細胞は何物かではあるといいました。多分若山さんが別の場所でそう言ってますから、若山さんに感化された言葉だと思います。若山さんは当時このGFP蛍光をキメラは出来ないまでも何物かではあると信じ込んでいたんです。これが小保方さんのこの細胞の核を使って自分のntES化技術を組み合わせれば何かしら新種の多能性細胞ができるのではないかと発想した直接の原因です。この若山さんの幹細胞化実験は何ら捏造などというものではありません。歴史的視点を得るための訓練の無い人たちには、笹井さん参加後のSTAP論文の趣旨に対して、ntESでキメラを作ったと言うと、時間的経過とその間の経緯の情報が欠落しているのでそんな馬鹿なことをするわけが無いと短絡するんですね。今回の事件で最も反省させないといけないのはマスコミのレヴェル低下でしょうね。単に頭が悪いと言う印象ですね。業界の人材の質が落ちてるようですね。斜陽化産業なのでしょうかね。

若山さんの実験は小保方さんの最初の論文と切り分けて考えるととてもまじめな研究です。これはこれで科学的な興味の尽きないとても面白いものだということは、キメラができたと嘘をつかれる前の小保方細胞が何であるのかという研究が若山さんを離れてヴァカンティ研で行われていたらどんなにか興味深い研究であったろうかということと同じですね。

でも事実はそうならなかった。それが事件の原因でオホホポエムの言ってることはある意味正しい。


(小保方さんの発見した現象)

細胞は刺激を契機にリプログラムされ得るという発見はひょっとしたら小保方さんが世界で最初に発見した事実かもしれません。小保方さんがティシュー論文と博論を書き上げた後にヴァカンティと大和のアドヴァイスで、これは既存幹細胞ではなくて、トリチュレーションの物理刺激によってリプログラムが起きているのかもしれないという方向に研究仮説を変更したのが、2010年の12月のフロリダ会議でした。彼女は博士号取得後にヴァカンティ研のポスドクになる予定でしたから、その研究は米国で行われることになっていた。小保方さんは今までヴァカンティの胞子様細胞を見つけたのだと思っていましたが、最初からあるのではなくてできてきていた細胞を見つけて三胚葉分化させることに成功していたわけです。これが本当にできてきている細胞だったら世界で最初の発見です。
小保方さんの細胞は組織を選びません。どんな組織細胞からもとても少ない確率ですが、三胚葉に分化する細胞を発見している。ただ、これが本当にできてきているのか、或は各組織に存在している既存の幹細胞を拾い出してしまっているのかはまだ厳密には明確になっていない。それが今後の課題で彼女が米国で研究しようとしていたことです。
それに対して、全ての組織ではなく、筋肉という限定された組織細胞が刺激でリプログラムするという発見は、2011年2月に既にムーさんによって発表された。筋肉の損傷が速やかに修復されるという臨床事実は以前から知られていて、最初から存在している筋肉幹細胞が働いているのだと思われていた。でも、ムーさんはクレ追跡システムを応用して実はその筋肉幹細胞は最初から存在していたのではなくて、すでに筋肉細胞に分化してしまっている細胞が一旦多能性細胞にリプログラムされて、その多能性細胞から幹細胞ができるのだと証明した。筋肉というのは単核細胞が融合して二核の細胞になっているんですが、その二核の細胞が組織の裂傷を契機に単核に戻り、更に多能性細胞に一旦戻ってから、幹細胞を作るのだということを発見した。この発見が小保方さんの発見と同じ系統上にある研究だということは分かりますね。細胞は刺激を契機にリプログラムされ得るんだということです。
STAP騒動が小保方さんの辞任で終わり、今度は博士号の再取得指導を受けていた最中、2015年6月に、ムーさんの弟子のキンガ・ヴォイニーツがSTAP論文にヒントを得たのでしょうが、ムーさんの細胞がどの程度のリプログラム段階にある細胞なのかということを確認した実験結果を発表した。試験管内分化、テラトーマ形成、キメラ樹立が確認された。ジャームライントランスミッションだけが無かったのである。 ムーさんの発見したinjury induced muscle-derived stem cell-like cells (iMuSCs)は多能性細胞だったのである。つまり筋肉になる段階の手前で止まっているものでなく、もっと以前の段階までリプログラムされているということである。この論文でキンガは小保方さんのティシュー論文を先行論文の一つとして引用している。

(若山さんが発見したと思った現象)

若山さんは小保方さんの細胞核を使用してntESを作ってみようと考えた。この時に大きな勘違いがあったことは後に丹羽さんがGFPの漏れ出し現象を発見してから気づかれた。ティシュー論文段階からスフィア塊単位で20個から50個に一つのシャーレから三胚葉分化が確認されていた。分化は1000個程度の細胞で構成されている一つのスフィアの中に1個でも多能性細胞が含まれていたら起きうるものです。
この確率の低さについては、これも丹羽さんが再現実験でかなり厳密に計算する実験を行っている。丹羽さんの計算では500,000個の細胞酸浴によって最大30個のスフィア塊ができ、そのうちの2割のスフィア塊が1個から2個のOct4遺伝子を発現しているという結果です。この結果は20個から50個のスフィア塊からやっと一つ三胚葉分化してくるという小保方さんの報告と一致します。
無論、この結果は小保方さんの三胚葉分化実験では確率的に生じ得ることですが、これが若山さんのntES化実験で使われたときにどうなるかということです。ntESというのはまずはクローン胚の中に小保方さんの細胞の核を一個ずつ入れるものです。1000個単位で20も50も行ったものを数セットやるのではない。この膨大なシャーレに関しては小島さんがたまには整理しろと小保方さんに命じた逸話が残されているくらいですね。1000個単位のスフィア塊ですらこれだけの実験を行わないと確認できないものです。
若山さんは当然ティシュー論文の話は知っています。小保方さんの以前の実験ではOct4遺伝子発現細胞はわずかだと知っている。その確率の低さは厳密には知らなくても、仮に1/2であっても小保方さんの細胞核を使う実験なんてできません。20個から50個のスフィア塊に一つなんて言われたら何をクローン胚に入れることになるか分かりません。そんな実験はしませんね。
若山さんのところで光った細胞はそんな数では無かった。西岡さんのガンバレブログに楠本さんがアップされているOoboeさんのパートナー氏が入手された写真です。これもあちこちに保存コピーを確保しておくという意味でここにも貼り付けておきましょう。左側は赤色フィルター画面です。自家蛍光の無いものです。これを最初見せられた時はショックを受けましたね。これだけ光ったら誰でも何物かだと思いますね。



若山さんが酸浴細胞に関してもヴァカンティには何の権利も無いなどと言ったという手記の記事も理解できないではありません。ヴァカンティ研で発見されたのは20個から50個に一つあるかないかの細胞じゃないか。何を見つけていたか分かりはしないぞ。GOFマウスを使わせてやって、赤ちゃんマウスを使えとアドヴァイズしてやって、こんなに「よく光ってるね」と確認できる細胞は理研若山研で発見されたのだと。まあ、アイディアの発端がヴァカンティ研にある位の事は認めてやろうと。ただ、この細胞からはキメラができなかったんですね。

この蛍光スフィア塊の中からいくつか取り出してクローン胚を作る。科学者というのはなんでもやってみるんですね。やってみなければ分からないことを発見しようとしている。推測ではできないからやらないと言ってたら自然界から何か新しい事実を発見するなんてことはできない。思いがけない事実を発見するから発見なんで予期した通りの事なんて、すでに人が知ってるから予期するのであって、発見にはならない。

ここに歴史眼が必要なんですね。自家蛍光かもしれないなんて考えないレヴェルで博士なんてあり得ませんね。実際ここでも赤色フィルター確認されているし、既述している通り、ライヴセルイメージングでも確認している。自家蛍光ではないんですね。自家蛍光でないことを確認しないで実験なんてやるわけがないでしょう。馬鹿かというような話です。そんなことをノフラーというのは喧伝していた。間抜けた話です。あんなヨタ話についてくるマスコミのレヴェル低下というのもひどいものです。チイトハ考えろや。
でも、それは既存の知識で熟慮すればわかるでしょうという話に過ぎない。科学というのは既存でない知識を得ようとするものですから、丹羽さんが後に発見したGOFマウスの細胞の酸浴によるGFPの漏れ出しなどという事実は、この頃の若山さんは知りません。これが歴史眼です。彼がそれを知らない状態で行動しているということを理解しなければならない。

若山さんは小保方さんのOct4遺伝子発現している細胞核をクローン胚に入れたと信じているんです。でも、丹羽検証の結果を知っている我々はそれはただのGFPの漏れ出しで光っているだけで内在性Oct4遺伝子を発現している細胞で無い確率がはるかに高いということを気づける場所にいる。

そしてそこから演繹できる結論は若山さんはただ白血球の酸浴細胞で生き残った細胞の核を使ったクローン胚を作ったに過ぎない確率が高いということです。そして、仮に結果的に若山さんがいろいろ調べた結果が、単なる普通の体細胞ntESであったとしたら、それはただ単に自分の研究で新たな発見をしたに過ぎないということになる。でももし彼が小保方さんの細胞に出会わかったら彼はそんな研究は決しておこなわなかったでしょうね。

彼のntESの胎盤は光ったかもしれません。どうしてかというと、クローン胚はそもそも体細胞がリプログラムしているものです。自然胚と同じく胎盤貢献はもともとするものなんです。ただ、ESとして取り出したときに、自然胚のESとクローン胚のESと同様に常識的には胎盤貢献しないと思われていただけかもしれないんです。ntESの胎盤異常は大変有名な研究課題です。クローン胚というのは確かに成功すると自然胎児と同様に生まれてくるんですが、自然胚には胎盤異常なんてめったにありません。自然胚が胚盤胞になったとき外側のトロフォブラストと内側のインナーセルマスに分かれる。外側が胎盤形成するんです。中に残ったインナーセルマスは胎盤になりません。だからこの段階で取り出したES細胞は胎盤貢献しないんですね。でもクローン胚のインナーセルマスはどうでしょうか。クローン胚には胎盤異常が多発する。そこにはトロフォブラストとインナーセルマスへの機能分離が完全には行われていない可能性も考えられる。するとクローン胚のインナーセルマスを取り出したものであるntESに胎盤への分化能が残る可能性が理論的にはありますよね。
今回小保方細胞を入れたと思い込んでいることから調べてみることになっただけで、結論はひょっとしたら小保方細胞とは無関係にntESの胎盤は光るのかもしれないんですね。そのことは若山さん自身が後に言ってますね。そもそも正直な人なんでしょうね。内心本当の事を知ってもらいたいという気持ちはあるんでしょうね。

尤も笹井さんはああいうことになっちゃったからもはや本当の事すら言えなくなってしまった。あれは笹井さんがいけないですね。自決は無論自己責任です。誰かの所為にすることはできませんが、他者が何も言えなくなってしまいますからね。そういう意味であれは笹井さんがいけないですね。

(如何にしてヴァカンティの手から小保方さんを奪うか)

二兎を追うとどこかで破綻しますね。若山さんは自分の研究と、小保方さんに論文を書かせてヴァカンティの手元から小保方さんを奪うという仕事を両方行わなければならなくなった。そもそもはキメラが出来なかったから帰ろうとした小保方さんを2,3か月引き留めて置くだけの軽い嘘だったもので、翌年に小保方さんがはっきり山梨大に行くとか行かないと回答していたらこんな問題にならなかったはずです。
ただ、小保方さんはあの時点で行くという返事はできません。あの時点ではハーヴァード大の所属で給与は正式に米国から小保方さんの口座に振り込まれています。理研ではただの客員で、小保方さんはハーバードから日本へ長期出張してきているだけです。2012年の4月、もしくは2013年の4月から山梨大に行きますとは言えない。ハーヴァードとの約定がどうなっているかは分かりませんが2年契約とか3年契約だと行けませんし、常識的に1年契約の双方異存なきときは自動更新だとしても、ヴァカンティの言によれば論文が出るまでは動けない。小保方さんの願いを入れて日本への長期出張を認めてくれたヴァカンティ先生を裏切ることはできないし、そのバックには常田、大和という恩師の紹介や人脈あっての就職です。でも、行かないという即答はあり得たんですね。
因みに武田邦彦教授は小保方さんを研修生のような理解でおられるが、小保方さんの給料はハーヴァードからちゃんと支払われていますから、理研が支払っているのは客員への謝金だけです。あの部分の認識は間違いです。ただ共同研究協約書のない客員受け入れなので後にそれがいろいろとトラブルの原因になってるんですね。

行かないと断るとどうなるかというと、この共同研究は打ち切りでしょうかね。そもそも若山さんが自分の研究費を使ってハーヴァードの研究を手伝っているという姿そのものがおかしいと誰でも思いますね。現に岸氏はとても怒ったらしいですね。小保方さんが院生のころに若山さんは好意でキメラ実験を引き受けてあげているんですね。小保方さんは当時東京女子医大の院生です。だから理研は研修生受け入れできる。ところが細胞の権利がハーヴァードにあるので、ヴァカンティはその権利を奪われるのを恐れたんです。小島さんを通して、共同研究の形でキメラ実験を行ってくれと頼んだ。研修生なら簡単なんですが、共同研究だなんて、ただキメラ作ってあげるだけの話です。どんな契約文面にするのだということです。若山さんが申し込んだんじゃない。若山さんは断ればよかっただけです。でも日本人の学生で、研修生なら簡単に引き受けられるものを米国が細胞の権利を留保するためにそんなことを言いだしているだけです。若山さんはめんどくさいから、客員受け入れの形で手伝ってやってるんですね。形式的なものです。震災後の受け入れでも若山さんはその延長線上の考え方で小保方さんをひきうけてやっている。ただ、渡米できるようになった時に自分のラボにヘッドハンティングしようとして、結果ヴァカンティが断った。でも小保方さんは若山研のGOFマウスを使って研究したかったから、ヴァカンティに頼み込んで理研で研究できるようにしてもらった。この時の交渉は小島氏と若山さんの話合いと推定されますね。その時に共研究契約書を交わさずに以前通りの単なる客員受け入れにしてしまったんですね。

まだ何も発見はありません。若山さんはヴァカンティが論文が出るまでは自分のラボに所属していてくれと言ったという小保方さんの言を何となく聞いている。小島も同様のことを言ってるんでしょうね。若山さんとしてはキメラを作ってやるだけの話と思っている。共同研究だなんて言われても、自分が望んだことではない。相手が頼んできているんだ。でも理研は日本の会社ですからね。原則理研が望んで共同研究するので無いと認めませんね。若山さんもなんらか理由は考えておかないといけませんよね。共同研究だと研究計画書をださないといけないんですが、我々はそれがあると思っていたら、理研は公開請求に対して無いと答えました。

共同研究の約定が無いことの問題は、GOFのGFPが光り始めた時から顕在化し始めたでしょうね。若山さんはそんな細胞は出来やしないと内心思ってますからね。いつまでこの子を預かってりゃいいんだという気持ちですね。とても中途半端な気持ちですね。どうせできないだろう。できなければヴァカンティとも別れて自分のところにいずれ来てくれるかなとも思うし、どうなるか分からないが、熱心さは買っているんで、自分のところに連れてきたいと思ってますね。現に一度誘ってますからね。これは酸浴細胞とは無関係なんですね。むしろ自分の弟子にして自分の研究を発展させてもらいたいと期待する。

しかし、光り始めた時には何物なのだと思いますね。GFPの漏れ出しなんて考えもしてませんね。Oct4-GFP蛍光=Oct4遺伝子発現という認識です。光ってはいるが、前回も確認してキメラは出来ませんでしたからね。キメラは出来ないだろうなとは予測しているがそれでもいろいろと確認して最終的にできないと結論した。そこからこの細胞をntES化してみようという自分の関心が生まれてくるんですね。岸氏がけしからんと怒るが、そもそもそんな共同研究なんて考えていたわけではない。ただキメラを作ってやるのに便宜的な形にしておいただけだ。まさかあんなに光るなんてわかってたら約定してたかもしれないくらいだ。そんなことはまるで考えてなくて、ただ小保方さんをリクルートしたいなあと思ってただけだ。あくまでも好意で預かってあげている。

ハーヴァードは小保方さんの給与も出張旅費も滞在費も無論全部負担している。でもそれはハーヴァード側の当然の負担で、若山さんが何かを頼んだわけではない。それどころか若山さんは自分の研究費で小保方さんの研究を手伝っている。理研の資材を使わせていることも含めて普通はその負担を契約書で分担して無いとおかしいんですね。単なる客員預かりの届出書で処理されていると理研は言ってるが、社会常識でそんなことはあり得ないことなんですけどね。でも、10年以上保存原則の契約書が保管されていないと言ってますからね。とても不可思議なところです。
常識的には形だけでも契約書は無いとこの客員受け入れは承認されませんよね。因みにこの時小島氏も客員に登録されています。10月には酸浴細胞の実験のための動物実験申請書が副所長だった当時の相沢さん宛に提出されていますよね。あくまでも若山さんの研究として提出されている。若山さんは約定もなく自分の研究として税金から出ている自分の研究予算を使い、日本の税金で運営されている理研の資材を使って、米国の研究を手伝っている。普通は違法行為でしょう。よくこんなことができましたね。契約書は曲がりになりにでも有ると考えた方が理解しやすいんですがね。岸氏が怒ったのはその内容が杜撰だったということだったとしたら理解可能なんですが、最初から何もないとなると、怒って済むような問題に留まりますかねえ。しかも理研の調査では何度もこの研究を共同研究だったと公表している。理研の調査報告書はすべて公文書です。そこに契約書も交わされていないのに共同研究であったなどと書かれていること自体変ですね。


(細胞塊は本当によく光った)

これが事件の深奥に横たわっている真の原因だったかもしれませんね。知られていなかったアーティファクトの存在です。

我々は今AC129の謎を解明しようとしている。こんな時期になぜ若山さんがこんな実験をしたのか、そしてなぜ小保方さんがこの時に渡されたはずの赤ちゃんマウスに関してローザだと書いているのか。そして小保方さんはキメラが作製されたと書いているのに若山さんはなぜキメラを作っていないと答えているのか。更にはなぜ公共データ登録されている試料に129/Svのエピプラスト幹細胞があるのか。
我々はこの頃若山さんが信じ込んでいるよく光っている細胞核のntESであるはずの幹細胞の正体に疑念が出たのではないかとみています。その切っ掛けは西川さんがアドヴァイズしたTCR再構成のPCR検証で自分の予測していた結果が出なかったことではないかと考える。

(西川アドヴァイスの余波)

幹細胞は論文通りの作り方であると無論TCR再構成に関してはポリクローナルな集団ですからPCRに掛けると全バンドが出ないといけない。しかし、若山さんはクローン胚の胚盤胞のインナーセルマスを取り出していますから、もともとが一種類のTCR再構成を起こしている一個の細胞が自己増殖しているものですから、そのTCR再構成結果はいろんなシャーレのものを混ぜていない限りは0本か1本か2本のいずれかのバンドが出るので無いといけない。キメラは今は置いておいて、特に幹細胞FLSは全部雄です。これは小保方さんの細胞核を使ってたくさんクローン胚を作って、それぞれを別のシャーレで維持培養しているものを持っていたでしょうが、それらを混ぜてはいないということを意味している。


まず、事実関係の確認です。手記の主張するところでは2,3株にTCR再構成があったという結果だったが、後に調べ直したらどれにもなかったと書かれている。
桂報告書は以下のように書いている。27P。
>>
１）TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて

（調査結果）
小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。しか し、後に 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成を確認したところ、再構成は確認 されなかった。なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。
さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成 の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実 験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。
以上のことから、小保方氏は最初の実験でTCR遺伝子再構成があることを報告したが、 後の小保方氏自身の実験、および CDB 若山研のメンバーに確認を依頼した実験では TCR 遺伝子の再構成を認めるに至らなかったことから、実験データに不整合が存在したこと は明らかである。
丹羽氏は 2013 年 1 月に論文作成に加わった際に、小保方氏が継代培養を繰り返して いた 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成は確認されなかったと聞いたと説明し ている。さらに、丹羽氏は笹井氏に対して、TCR 遺伝子再構成に関するデータを論文に 含めることについては慎重にすべきとの意見を伝えた。小保方氏の追試が不成功であっ た点に関して、笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。なお、Article 論文には、 STAP 細胞を含む細胞塊の TCR 遺伝子再構成については記載されたが、STAP 幹細胞自体 の TCR 遺伝子再構成実験の結果については記載されなかった。
一方、丹羽氏は、Protocol Exchange への投稿は、発表後、この論文ではすぐに再現 性についてクレームがつくと思った。小保方氏のプロトコールでは不十分と考えそれを 詳細にしたものを早急に公表すべきと考えた、と説明した。さらに、当時、小保方氏と 笹井氏はコリジェンダム（corrigendum）で相当に多忙であり、エディターと応答でき る者が必要ということで、自分が執筆した、と説明した。
2014 年 3 月 5 日に Protocol Exchange に公表された詳細なプロトコールの「STAP stem-cell conversion culture」「 2．After 4-7 days of…」のプロトコールの「IMPORTANT」 (iii)に、8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められない、という結果の記 載が存在している。 また、丹羽氏は「若山さんは、最初 STAP 幹細胞の初期のパッセージでは TCR 遺伝子 再構成はあった、と小保方さんから聞いたと言っている」と説明した。

（評価）
TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後 の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわら ず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用したものの、後に、Protocol Exchange で 8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められないという結果が記 載されたこと、並びに丹羽氏への聞き取り調査における上記の説明から、意図的な隠蔽 ではなく、研究不正とは認められない。

手記の148Pは以下です。
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STAP幹細胞は理研の細胞リソース部門に移管し、外部の研究者たちにもSTAP細胞を取り寄せて実験に使ってもらえるようにすることが予定されていた。STAP幹細胞のTCR再構成については、当初若山研のスタッフによって解析が行われた。その時の結果では調べられた8株のうち2株にはTCR再構成があるようだったが、その実験にはコントロール実験がなく、結果の正確さは担保されていなかった。そのため私が後日、自分で確認の実験をコントロール実験と同時に行ったところ、どの細胞からもTCR再構成は観察されなかった。しかし、私が解析したSTAP幹細胞は若山研のスタッフが実験を行った細胞から継代培養の過程で選択がかかりTCR再構成のない細胞だけが生き残ったのかが不明瞭になってしまった。ただ、外部に譲与される予定だったSTAP幹細胞は少なくとも継代培養によって増やされたものであるので、プロトコールにはSTAP幹細胞にはTCR再構成がない、と記載されることになった。

桂報告書は相変わらず支離滅裂な報告ですが、

①まず事実関係で手記との間に矛盾がある。手記では最初に幹細胞のTCR再構成確認実験を行ったのはスタッフと書かれているが、桂報告は「小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。」と書き出し、"最初に報告した"と書くことによって、小保方さんが幹細胞の最初の確認実験を行ったかと誤認させるような卑劣なレトリックを使っている。ここはテクニカルスタッフが確認したとちゃんと書くべきところでしょう。小保方さんはその結果を聞いてCD45陽性細胞や酸浴STAP細胞やと合わせて報告したということになる。印象操作をしている。小保方さんが嘘をついているのなら、そのスタッフの実験ノートを証拠として提示しないといけない。

②次に、桂報告書はTCR遺伝子再構成の有無はどういうバンドが出た時に有りで、どういうバンドの出方では無しなのかの説明がない。ひょっとしたら考えてない可能性すら疑われる。少なくとも小保方さんは全バンドが出たときが有りだという理解であることはGel1、Gel2の写真からアーティクルの画像を構成していることから明らかですが、全ラインから同じように出ないとおかしいということに関して、このラボ内での報告の時疑義表明していません。どうして若山さんは幹細胞の確認実験を小保方さんにやらせずにテクニカルスタッフにやらせたのか。これを調査しないといけませんね。小保方さんが自分で最初の幹細胞の実験をしていたらいわばGel3のようなものがあったはずでしょう。

③この時にラボに所属していたテクニカルスタッフは坂出裕子さんと山中香織さんでしたね。前者は太田論文の共著者ですね。今も理研に勤務されている。後者は大阪のエキスポ館でしたっけ。李さんとメールしてたり、ハーイポールなんておっしゃってた方でしたか。コントロールの無いPCR実験を行って、2つにあったと小保方さんに言ったんですね。どうして6つには無かったのか。そんな筈ないでしょ。あったら全部にありますよ。そもそもあったと言ったこと自体どんなバンドがあったのかすら怪しいですね。小保方さんは客員だからラボのプログレスレポート時期に疑念を言い出せなかっただけではないか。この幹細胞は太田ESだと言われているんですからね。最低でも全部にGLバンドが1本出てたはずなんですがね。ESであったらバンド無しはあり得ません。バンド無しはTCR再構成があるということです。ただし、その場合検体はモノクローナルな集団だということを証明する。

④桂報告は「なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。(段落) さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成 の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実 験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。 」と書くが、手記では小保方さんは継代培養を繰り返していた細胞の再確認は依頼してない。「さらに、この実験」と言ってるのは最初の実験なのか。最初の実験を小保方さんがスタッフに依頼してたのだったら、最初の実験はスタッフだと知ってることになるではないか。どうしてまずそれを書かないのだ。それとも確認実験を小保方さんがスタッフに頼んだというのか。それなら小保方さんが手記に書いていることは嘘になる。手記には自分でコントロールを取ってやり直したと書かれている。

⑤「この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実 験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。 」と書かれている実験ノートは公開されなければならない。なぜなら、この実験が最初の実験であるならば、このラボメンバーは小保方さんがラボで幹細胞にもTCR再構成があったと発表した時に嘘だというでしょう。同じ場所にいるのにそんな確認もできないか。仮に小保方さんが手記に書いている再確認時に誰かに手伝ってもらったものの事だったらTCR再構成は無かったと小保方さんが書いていることと何も矛盾が無い。これを手伝ったのは寺下さんでしょう。手記に書かれている最初の実験時のスタッフではない。

⑥「(評価） TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後 の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。」という認識は最初の実験を小保方さんが行ったと誤解していることが明確な書きようである。間違ってるんです。最初、若山さんは幹細胞のTCR確認を小保方さんにやらせなかったのだ。手記はスタッフと書いている。

(若山さんの行ったTCR再構成確認PCR実験)

幹細胞のTCR再構成確認実験は若山さんとテクニカルスタッフの間で行われた。この時の確認がFLS8株であるはずはありません。若山さんは成功したいくつかのntESラインの維持培養シャーレを持っている。CD45陽性細胞というのは白血球の共通抗原ですから、いろんな種類の白血球が混在している。好中球・好酸球・好塩基球・リンパ球・単球とあって、リンパ球にもT細とB細胞があって、無論TCR再構成のあるのはT細胞だけです。若山さんにしても自分のntESのそれぞれが何であるかは確認しておきたいでしょう。西川さんのアドヴァイスは若山さんの研究にも影響を与えたんですね。

でも、TCR再構成確認では若山さんのntESの由来細胞が何であるかを決定することはできませんね。西川さんが小保方さんにアドヴァイズしたのはポリクローナルな細胞集団であるはずのSTAP幹細胞集団ならTCR再構成の全バンドが出るから、STAP細胞がT細胞を含んでいるリンパ球、もしくはもっと広い範囲で白血球由来であることは証明可能だというものです。T細胞が少しでも含まれていたら他の細胞由来のものもあったとしても、TCR再構成の全バンドが出るから、少なくともT細胞もSTAP幹細胞になっていることは証明できるのだということです。PCRは目的の遺伝子断片を増幅しますから少しでもあれば全部拾ってくる。でも最初から存在しないゼロはどれだけ増幅してもゼロです。

若山さんは幹細胞をntESとして作っていますから、全バンドが出ることはないということを知っているはずです。はずだというのは、専門が離れすぎていていて、西川さんなどに比べていつも考えていることではないということから、STAP実験の各種試料のTCR再構成のバンドがどういう具合に出るものなのかということに関して、深く考えたかどうかが分からないということです。小保方さんも若山さんも医学系ではありません。常識的なことは当然学んではいるが、常時免疫のことを考え続けている仕事ではありませんね。
我々ど素人がちょっと調べただけでも、小保方さんのTCR再構成の概念図はミスリーディングなものです。笹井さんも丹羽さんも概念図だからいいだろうと判断したかもしれませんね。J2の7つのセグメントのうちの6番目は偽遺伝子なんですが、それも含めて1から順番に番号が打たれている。そして彼女は6番目のところでプライマー設定していると図示している。つまり7番目は後ろに残されていると。ところが、アルイミオウジ氏が紹介している論文から、小保方さんの使っているプライマーは有名な河本論文のプライマーと同じであることが判明した。河本論文では偽遺伝子を数えないでJ6の後ろで切り取っているのです。これですと出てくるべきバンド数が変わってきますね。ただし、バンドの数は又、遺伝子の距離が近いと重なってしまうということもあります。なかなか単純でないんですね。特にこのPCRに関しても専門家がいて、彼らに頼むと厳密にバンドが出て来るようなテクニックがあるようですね。若山ラボで行われたPCR実験は手技の稚拙さも考えなければならないようなんです。つまり、実験はちゃんとした技術で行われているかという問題まであるということです。

因みにアルイミオウジ氏は我々のしたらば掲示板の書き込みを荒らした者と同様に我々のブラックリストに上がっているスピン書き込み者です。いずれ11jigen や世界展望なんかと同様に、その素性に関してこの便所の落書き新聞で検討することになるでしょう。スピン屋には3種ある。若山ラボ関係者、関与マスコミ関係者、文科省関係者、厳密には変質者を入れて4種かもしれませんね。

ともあれ、このTCR再構成確認は小保方さんを含めて若山ラボには難しかったようです。加えて、若山さんは論文を通したくないという姿勢で小保方さんに接していますからね。実験は厳密でないほどいいのだという裏事情がある。論文がこの証明で通っては困るんです。小保方さんは2つにはTCR再構成があったと手記に書いている。これって幾分かでも専門的に考えることのできる人だったらおかしいと思います。どうして8ライン全部に出ないのか。小保方さんは気づいていません。そもそもどんなバンドが出ていたのかも誰も書いてない。桂報告さえ出るべきバンドについて言及していない。
唯一分かっていたのは石井さんで、あの図は白線さえ入れていれば何も問題なく、かつ、ちゃんとバンドが出ていると言っていますね。分かっているんです。ここに2つにだけある幹細胞のPCR結果があったら、石井さんは変だということを指摘したでしょうね。それは白線を入れるというような些末なルールの問題ではない。この幹細胞と呼ばれているものは何だと指摘することになったでしょう。それはキメラのgelを見ても言わねばならなかったはずのことです。変だと問題提起しないといけなかったでしょうね。ただ、これは丹羽さんと笹井さんが変だと気付いて何かの手違いだと考えたので、論文から外させている。だから問題にできなかったんですね。

話をAC129に戻しますが、AC129という幹細胞は試料として残されているだけの話で、この頃若山さんが何のために129/Svを使って小保方さんにSTAP酸浴塊を作らせているのかは若山さんのストーリーに従って考えることはできません。彼は既にたくさんの嘘をつき不審な言動をしていることが判明しています。我々が彼の説明を真に受けて考える理由などありません。小保方さんはアーティクルに 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) と書いています。そして論文は共著者は全員読んでいる。
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STAP stem-cell conversion culture
For establishment of STAP stem-cell lines, STAP cell clusters were transferred to ACTH-containing medium[36] on MEF feeder cells (several clusters, up to a dozen clusters, per well of 96-well plates). Four to seven days later, the cells were subjected to the first passage using a conventional trypsin method, and suspended cells were plated in ES maintain medium containing 20% FBS. Subsequent passaging was performed at a split ratio of 1:10 every second day before they reached subconfluency. We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

STAP幹細胞は小保方さんの作った酸浴STAP細胞をACTH-containing mediumに4～7日オンフィーダーで培養した後、通常のES維持培地で継代するもので、このプロトコルは無論若山さんが小保方さんに伝えたもので、小保方さんはこのプロトコルでできていません。そのことを論文リヴァイズ中に若山さんに相談したら、人が変わるとできないこともあると言って、やって見せようともしなかった。小保方さんはそれを丹羽さんに相談したら若山さんが絶対の自信を持っているんだから信じるべきだと言ったと手記に書かれていて、手記の記載が嘘なら丹羽さんが指摘するでしょうからね。丹羽さんも若山さんを信じていて、後に多忙だった小保方さんの代わりに口伝されたとおりのプロトコルを書いあげている。信じていたからこそ、若山さんが取り下げを主張した時に「梯子をはずされたんや」と口をついて出たんですね。このとき丹羽さんは直ぐに山梨に出かけて行って若山さんに会っています。後の丹羽さんの記者会見で、この件について、若山さんはESを入れられたと信じ込んでいるもんでと答えましたね。この時に若山さんはESだったと態度を翻したんです。
因みに笹井さんと丹羽さんはヴァカンティの米国特許仮申請の期限が迫っていることがあって、小保方さんに信じるべきだと言ってるんで、確認すべきことだということは分かっているんです。だからこそ丹羽さんは急ぐ中でもキメラと幹細胞のTCR再構成確認実験の記述は外させた。これだけでも科学者として大したものだと思わないとけないでしょうね。他のことは勤め人として業務命令に従って行っていることですからね。科学に門外漢のど素人でも理解可能なことですね。組織というのは命令一下各人が歯車になり切って行動しないと仕事になりません。各人が社長のように思い思いの判断で行動したら組織ではなくなる。当たり前のことですよね。

(「舐めてますね」。これ。)

アーティクル論文には書かれていませんが、丹羽さんはオンフィーダー培養時点で使われた細胞はキメラと同じくナイフ切り分け塊だということを後のプロトコルに書いています。
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The STAP cell cluster was isolated, dissected into small pieces as in the case of injection into blastocysts as shown in Figure 4a (Obokata et al. Nature, 2014a), and seeded on mouse embryonic fibroblast feeder cells in the ACTH medium.

論文のプロトコルには無い情報です。若山さんに確認して追加しているのではありませんか。丹羽さんと若山さんは知人ですね。世界からの情報で再現が取れないので、プロトコルを書くということになって、若山さんに手技を聞いたんでしょうね。その言い訳の中に幹細胞もキメラと同様にナイフ切り分けで行うのだと答えたんでしょう。重大な情報ですね。小保方さんはマニピュレーターを使えませんから自分の細胞塊をあのようにカットはできないんです。小保方さんにできるのはESの培養と同じようにトリプシンでばらして培養するか、カットせずにスフィア塊ごと培養するかです。彼女がどうやったのかは分かっていませんが、カットしてないことだけは分かります。もっともカットしてできるのなら塊のままでもできますね。これはキメラではありませんから大きすぎるなどという問題も無い。カットするのが手技だというのも妙な話です。
そもそもこんなことは小保方さんが聞いているんだから教えればいいだけの話ですね。若山さんが教えない理由がありませんね。仲間ではないのか。ヴァカンティに知られたくないのでしょうか。そういうことですと、一体どうして共著者になんかなっているのだという話になってしまいますねえ。それも責任著者で通常直接の先生がなるものだ。キンガの論文の責任著者は当然ムーさんです。若山さんとヴァカンティはライバル同士で共著者になってるのか。

このプロトコル発表後すぐに遠藤氏による「舐めてますね」という書き込みがあった。同じ3月5日です。お前はいきなりどこから来ているんだというような書き込みです。何が舐めてるんだ。お前は何者なんだということですね。その後すぐに若山さんが取り下げだと騒ぎだした。3月10日です。
お前たちの関係を言って見ろ。東北大繋がりなのかな。
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2014/01/28　　STAP論文記者会見発表
2014/01/29　　岡部氏スペルムエッグ書き込み
2014/01/30　　西川さんブログ書き込み。駅に記者が張っているからタクシーで来るよう理研から電話。
2014/02/02　　若山氏クムリナ書き込み
2014/02/04　　論文発表から１週間がたったころ日本で一番大きな生物学分野の学会から竹市所長に連名メール(142P)。ティシュー誌にゲルの使いまわし疑惑の指摘。確認中画像の間違いを発見。ゲルの方は小島氏がハーバード側の責任と謝罪。
2014/02/13　　平成26年2月13日、独立行政法人理化学研究所（以下、「研究所」という。） の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じ て監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24年9月13日規程第61 号）」（以 下、「規程」という。）（参考資料）第 10 条第 3 項に基づき、当該相談を通報に準じて取扱うこととし、規程第 11 条に基づき、同日より同年2月17日の間、予備調査を実施した。平成26年2月20日から同年3月31日までの間、関係資料の収集・精査及び 関係者のヒアリングを行った。
2014/02/14　　11次元の博論画像流用指摘
2014/02/??　　ネイチャー・インタビューにて若山氏「STAP細胞は小保方さんに教えてもらってできた」(210P)
2014/03/??　　NHK藤原淳登記者から携帯に電話が頻繁に来る。
2014/03/05　　丹羽氏プロトコルイクスチェンジ報告。kahoの日記「なめてますね、これ.」。
2014/03/09　　小保方さん共著者ともネイチャーに訂正を提出した。
2014/03/10　　竹市氏論文撤回を強く勧める。林GDから撤回しろという強い文面のメール、丹羽氏山梨に行く。山梨大若山氏「STAP存在確証なし」(152P)
2014/03/11　　東北大大隅声明

ナイフ切り分けしてその中にESが入っていたのに気づかなかったと。そしてESなら簡単に増殖したであろうに、小保方さんができないと訴えているにも関わらず、人が変わるとできないなんて、あなた責任著者じゃないのか。論文を通したくない人なのかね。

論文に作られたと記されているSTAP幹細胞は以下の3種です。

①C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29)
②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)
③129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)

①は常識的にはGLSですね。③はFLBもしくはFLSです。若山さんの持ち出しリストを再掲しましょう。数があってないですね。



そもそもキメラはともかくとして、STAP幹細胞が若山さんの口伝のプロトコルでできないというのは変なんですね。隠している手技があるから他人にできないんです。論文の筆頭著者ができないままに論文を書かせたのは若山さんの責任ですね。論文の共著者は論文が通るように努力するのが当たり前です。小保方さんが太田ESを渡していたら簡単にできたでしょうよ。若山さんも簡単にできたはずだ。手技なんてどこにありうるのでしょうかね。STAP細胞を持って山梨に来い。プロトコル通りに簡単にできるぞと言わないと変でしょ。ほら、できるじゃないか、安心して提出しろと言わないとおかしいでしょ。ESを渡されていたのだったら簡単にできたはずだ。キメラほどの困難もない。隠すような手技なんてありえないじゃないか。それでも騙されていて自分では手技があるのだと信じていたんだというのなら、cumulina書き込みの手技と論文プロトコルの違いを説明しなさいよ。
実験でできてるのは若山さんだけじゃないか。彼が作って見せなくて誰にできるのでしょうかね。そうしなかったのは、小保方さんが細胞を持ってきてもできないと分かっているからだ。一旦クローン胚に入れないとできませんよね。目の前ではやってみせられないんですね。

(ローザという言葉が出てくる理由)

AC129は若山さんの持ち出しリストには2つ作って2株樹立と書かれている。でも他の試料もすでに数がおかしいというのが判明していますから、これも真に受けられませんね。竹市さんが「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」と2014/6/5の埼玉和光市での会議にテレビ会議出席した時の言葉の通りの結末ですね。(『STAP細胞　事件の真相』79P)

[②129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) ]は小保方さんが論文に書き込んでいる幹細胞で、キメラ確認もされていると書かれている。これが若山さんの持ち出しリストのAC129であるという証拠は何もない。更に、木星リストに並んでいるAC129の由来も又明確になっていない。AC129の入っていたボックスがリスト以外となっていることに注意が必要です。



この細胞は丹羽さんが持ち出しています。



2014/6/2に解析を受けたとされているAC129-1,2がこれです。(『STAP細胞　事件の真相』80P)　
この件に関しては既にOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼されていますね。

この問題は旧DORAブログでも扱われています。彼は今この問題には関心を失ってるようです。ブログの引っ越しで失われる可能性もありますから、資料保存のためにもここにデータ保管しておきましょう。
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A.小保方冷凍庫保全リストに「AC129-1」はない。
2016/5/16(月) 午前 10:27 日記 練習用
ちょっと気づいたんだが、小保方冷凍庫保全リストに「AC129-1」に該当するものはない。桂調査委の報告書には、「小保方研フリーザーに保管されていたＳＴＡＰ幹細胞AC129-1について解析を行った」と書かれているのだが。これについて、理研広報に尋ねたところ、返事は「わからない」だった。まあ、電話口では即答できないということだろう。あらためてメールで質問を送ってくれというから、そうしたが、「質問によっては答えられない場合もある」という。まあ、それならそれで仕方がないが。疑惑は深まると思うけれども。

B.木星さんへ‥‥もう一度、リストの件。
2016/6/16(木) 午後 0:22 日記 練習用
もう一度、リストの件についてですが、私の新たに入手したリストには、次の４種類が載っていました。
（１）日付のないリスト。
（２）4/14日にリスト化されたもの。
（３）5/14日にリスト化されたもの。
（４）7/19日にリスト化されたもの。
この四つのリストには、それぞれ全く別々の試料が記載されています。合わせると膨大な量です。全部で190項目ほどになります。

AC129-1 AC129-2は、このうち（１）に記載されています。

しかし、それ以外にも、見どころ満載のリストです。この四つのリストは絶対に必須です。必ず入手してＵＰしてください。もちろん、すでに申請中だと思いますが。「小保方研冷凍庫、保全した試料全ての帰属がついた後の全リスト」‥‥と情報公開窓口に言えば、通じると思いますけど。

木星さんがリストを集めている頃の話ですが、この時点ではMTAの問題などまだ解明の途に就いたばかりの時期で、五里霧中です。今となっては事後MTAの約束であったろうことは調べがついていますが、この事後締結の打ち合わせ中に双方でのサンプルのやり取りが疑われるんですね。この件に関しては結局今に至るまで調べはついていません。このサンプルの管理責任者は片山さんなんですが、彼の関与していないところでリスト外からもたらされているサンプルがあって、AC129はそこに入っていたんですね。
我々は若山さんはサンプルの中身をあれこれと入れ替えてると推定しています。特に先に挙げたGOFESの遺伝子異常は若山さんが入れ替えてなかったら小保方さんが犯人になるというくらい決定的なものです。小保方さんが犯人で無いということが証明されると、逆に細胞の中身の入れ替えが確定してしまうような証拠なんですね。あの遺伝子異常はGOFマウス自体には無い異常だとされているので、通常培養の体細胞分裂でたまたまできた異常細胞がその近辺で自己増殖した部分をたまたま分割して継代して行ったものでしょうね。
我々はあのGOF-ESは中身が若山さんによってGLSに入れ替えられていると推定していて、GLSはソート後のGLを培養しただけのもので、GLは小保方さんの作ったGOFマウスの酸浴蛍光細胞のクローン胚から誘導したntES細胞だと考えている。
GLを継代していたのは若山さんですから11/25辺りから2/2辺り過ぎまでほぼ2か月間以上植え継いでいる時に遺伝子異常の塊だけが偶然残されたということですね。GLS1～13の全てに異常があった。継代のやり方で全部に同じ異常が入ったのか、元々のntES化によって最初の段階て発生していたものなのか、分かりません。継代株分け中に13株全体に分散してくというのも考えにくくはありますがね。それよりも酸浴で異常の入っていた細胞核からのntESだとシャーレ全体が同じ異常で占められるということが起きやすいでしょうね。
そしてこの理屈は学生のもntESだったんですから若山さんが犯人でも小保方さんが犯人でも同じことが起きる。では太田ESを小保方さんが入れてないと分かった以上、こちらも犯人は若山さんだ。するとサンプルは必ず入れ替えられているということになるんですね。

因みに培養変異と新たなSNPs獲得を理論的に混同している人々がいますが、SNPsはジャームラインに乗ってきたものを言うんです。しかも例えば129/SvJというマウス系統のSNPsというのは何万年も蓄積してきていて、この近交系マウスをジャクソン研究所が近交系マウスとして確立した時のSNPsを言うんです。これが世界中で使われて、その後何十年経過したところで新たに加わるのはわずかで、遺伝子解析でSNPs分布を調べるときに問題になるほどの数ではありません。培養変異というのは体細胞分裂です。ここで発生している異常は体内で発生している癌細胞なんかと同じで原則遺伝はしない。遺伝するのは生殖細胞での異常だけです。キメラを作ってその異常細胞が生殖細胞に入ってかつ生殖能力を持っていると遺伝形質となる。参考までに注しておくと、キンガの実験ではムーさんの細胞はキメラにしても生殖能力はありませんでした。若山さんのntESは既に畜産応用されていて、精子や卵を採るために4Ｎキメラを作ってジャームラインを作ります。

後にAC129とされたSTAP幹細胞と小保方さんが論文に書いている129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2)とは当初小保方さんに説明されたものとは違う目的の実験ではなかったかと考えて見るわけです。そう考えると、若山さんはなぜRosa26-gfpを使って実験しようとしたのかが問題として浮上してくる。このマウスはCre-LoxPシステムと組み合わせて特定部位でGFP蛍光させるマウスで、一般的に何の遺伝子情報も無いと推定されているRosa26と呼ばれている遺伝子座にGFPを挿入してあるところからその名を負っているマウスです。

丹羽さんが検証実験で使ったのがこのマウスでした。STAP細胞の由来確認のために使おうとした。本当は小保方さんがSTAP論文で使ったのは主に白血球で、かつFACSでT細胞選別までしていますね。でも小保方さんはハーヴァード以来三胚葉由来組織の全てからスフィア細胞を採取して試験管内で三胚葉分化させています。血液以外の体細胞を材料にして若山さんはキメラや幹細胞を作ってはいないはずですが、彼女は自分研究は連続しているものだと考えていますから、物理刺激でもできると書いているんですね。
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STAP by exposure to other external stimuli
To give a mechanical stress to mature cells, a pasture pipette was heated and then stretched to create thin capillaries with the lumens approximately 50 μm in diameter, and then broken into appropriate lengths. Mature somatic cells were then repeatedly triturated through these pipettes for 20 min, and then cultured for 7 days. To provide a heat shock, cells were heated at 42 °C for 20 min and cultured for 7 days. A nutrition-deprivation stress was provided to mature cells, by culturing the cells in basal culture medium for 3 weeks. High Ca2+ concentration stress was provided to mature cells by culturing cells in medium containing 2 mM CaCl2 for 7 days. To give a strong stress by creating pores in cell membranes, cells were treated with 230 ng ml−1 streptolysine O (SLO) (S5265, Sigma) for 2 h, then cultured for 7 days. After each treatment, the ratio of Oct4-GFP-positive cells was analysed by FACS.

そして丹羽さんは血球を使わずに脾臓、心臓、肝臓を使って追試の実験をしたんです。リンパ球は小保方さん本人が担当しましたね。丹羽さんはこの時にアルブミンクレを使いました。

(そもそもどうして細胞追跡を行わねばならないのか)

キメラ胚に入れたのはCAG-GFPマウスの酸浴リンパ球です。キメラ胚自体はICRでGFPのないものです。2Nであれ、4Nであれ、キメラが光ったらドナー胚がキメラ形成したのだということは明らかではありませんか。どうしてTCR再構成だの、ローザなんてことが関係するのか。それは最初の論文査読に原因があって、ESの事故コンタミか、はっきりとは言わないが捏造だろうと疑われたからですよね。こんなの論文としてずっとどこかににぶら下げていたらいつか本当なら誰かが追試するので、発見事実は動きません。無理にネイチャーに信じてもらわなくてもいいですよね。ただどこかの論文には掲載して証拠は残しておかないといけない。
ヴァカンティは本当だと信じていますから、これが本当なら三大誌に載るはずだと考えて自分の主催のティシュー誌に載せようとしなかった。これもまた当然ですよね。
それで小保方さんが仕方なく若山さんと相談の結果西川さんのアドヴァイスを受けに行った。ESではないということを証明しないといけないわけです。ドナーと同じ系統のマウスのES細胞があったら捏造は可能です。だからそんなものは無かったと書くと同時に、口で言って信用されるくらいなら、GFPが光っていることだけでトレース証明は十分のはずなのですから、それではいけないわけです。ESでは無いと証明しないといけない。だからESではなく、リンパ球だということを証明しようとしたわけです。ESは卵ですからまだ未分化な細胞で血液になんかなっていませんからTCR再構成なんてありません。小保方さんのプライマーで挟んだらGLバンド1本しかでません。キメラになっていたら数本のバンドが出るはずだ。或いはSTAP肝細胞なら全バンドが出る。
でも、ここに論理の落とし穴もありましたよね。キメラの場合入れたドナー細胞がどの組織に行くかは分かりません。又何個の細胞が一つの組織に入り込むのかも明確ではありません。厳密な細胞追跡法ではありませんよね。ただ、バンドが出さえすれば少なくともT細胞がキメラになっているという証明にはなる。ただ、この証明はいろいろと難しいですね。GFPが光っているものがTCR再構成を受けているという二つを同時に証明しないといけない。幹細胞では簡単ですが、キメラでは難しい。

それに対して丹羽さんが行ったのはそもそも一からやり直すのですからリンパ球でなくていい。西川さんに当時与えられていた条件は外して構わないわけです。リンパ球ではありませんからTCR再構成は使わなくていい。でも、GFPが光りかつESではないという条件はクリアしないといけない。

実際に使われたのはアルブミンクレマウスとローザマウスのF1です。このマウスは肝臓だけが光っている。卵は光りませんからそのES細胞を作ってキメラにすると肝臓だけしか光りません。丹羽さんはこのマウスの肝臓を酸浴させたものをドナーにしたんです。これをキメラにしたら全身に光るドナー細胞が分布しますね。これでESでないことが証明される。ただし、このキメラは出来ませんでしたね。

若山さんは論文は通したくないんです。丹羽さんがやろうとしたような目的でローザマウスを使ったとは思えません。別のことをやろうとしていたはずです。自分の実験目的のはずです。彼はなぜローザマウスを使おうとしたのか。或いは使っているかのごとくに小保方さんに言ったのか。
事実だけをまず確認すれば彼は129/SvのSTAP細胞を小保方さんに作らせたということです。彼がそれを必要としていた。後のストーリーですと、マウス背景がSTAP形成に与える影響を調べる実験だったということになっている。でも129/SvであったはずなのにAC129なる幹細胞は「僕のマウス」ESでしたね。しかも最後には若山さんしか持っていないF1ESの1だった。129/SvのES細胞は若山研にあるということにはなっていません。今までESを使い分けて来た小保方さんはとうとう何の関係も無い「僕のマウス」ESを若山さんに渡して、幹細胞ができるように捏造したのだと。馬鹿か。
マウス背景がSTAP形成に与える影響を調べる実験だというのに、当該ESがなかったからって小保方さんが系統の違うESを使ってでもできたことにする捏造をしたのだと。
これって、できなかったら、129/Svだとできないのだということになって困るような実験なんですか。背景を違えて捏造しなければならないような実験ですか。こんな馬鹿な捏造者を想定する頭って、どれほど悪い頭なんでしょうかね。きっと博士号を後から取り消される以前に博士課程には進めない頭ではないんですか。そもそも大学入試以前の頭かな。

1. 2019/09/10(火) 11:30:30|
2. AC129
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