一言居士の独言

一応のお勉強を済ませたところで、吉村コメントの検討ですね。さてさて、どういうことになるのでしょうかね。

1. 2019/06/10(月) 09:41:02|
2. STAP事件
4. | コメント:46

さて、とりあえず、吉村コメントを何とか理解できるレヴェルまでお勉強したということで、まずは吉村コメントの批判から入ろうかな。

1. 2019/06/10(月) 09:42:00 |
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いいわ。まずコメントの確認からね。
>>
"吉村 より:
2014年3月21日 00:57
たまたまこちらの議論を見かけました。この状況でもSTAPとTCRについて科学的な議論をされているので大変感激しました。多くの疑問は""最後にもう一度TCR” *ttp://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350 をお読みいただければご理解いただけるのではないかと思います。発生学者はCD45陽性の分化した細胞からでもOct4陽性の細胞ができたのだから『未分化細胞からでも万能細胞が出来た』と割と気楽にポジテイブに結論ずけようとします。つまりよい面を評価して伸ばそうという姿勢でそれはそれで評価できます。しかし論理性の強い免疫学者は『仮説以外のあらゆる可能性を排除しなければ仮説は正しいと認めない』という堅苦しい人が多いのです。"

1. 2019/06/10(月) 09:42:48 |
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書き込みは(2014年3月21日 00:57)だね。石井調査の真っ最中だ。(論理性の強い免疫学者は)って変でしょ。論理性の強くない科学者なんていないよ。そうでないような人は科学者とは言えないんでね。人文科学ですらそうなのに何を言ってるんだ。

1. 2019/06/10(月) 09:43:53 |
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まあ、まあ、そういうことはいいから、事件の時系列を確認しとこうよ。
>>
2014/1/28***STAP論文記者会見発表
2014/1/29***岡部氏スペルムエッグ書き込み
2014/1/30***西川さんブログ書き込み。駅に記者が張っているからタクシーで来るよう理研から電話。
2014/2/2****若山氏クムリナ書き込み
2014/2/4****論文発表から１週間がたったころ日本で一番大きな生物学分野の学会から竹市所長に連名メール(142P)。ティシュー誌にゲルの使いまわし疑惑の指摘。確認中画像の間違いを発見。ゲルの方は小島氏がハーバード側の責任と謝罪。

1. 2019/06/10(月) 09:44:43 |
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2014/2/13***平成 26 年 2 月 13 日、独立行政法人理化学研究所（以下、「研究所」という。） の職員らの研究論文に疑義があるとの連絡を受けた研究所の職員から、役員を通じ て監査・コンプライアンス室に相談があった。監査・コンプライアンス室長は、「科 学研究上の不正行為の防止等に関する規程（平成24年9月13日規程第61 号）」（以 下、「規程」という。）（参考資料）第 10 条第 3 項に基づき、当該相談を通報に準じ て取扱うこととし、規程第 11 条に基づき、同日より同年 2 月 17 日の間、予備調査 を実施した。　　　平成 26 年 2 月 20 日から同年 3 月 31 日までの間、関係資料の収集・精査及び 関係者のヒアリングを行った。
2014/2/14***11次元の博論画像流用指摘
2014/2******ネイチャー・インタビューにて若山氏「STAP細胞は小保方さんに教えてもらってできた」(210P)

1. 2019/06/10(月) 09:45:24 |
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2014/3******NHK藤原淳登記者から携帯に電話が頻繁に来る。
2014/3/5****丹羽氏プロトコルイクスチェンジ報告。kahoの日記「なめてますね、これ.」。
2014/3/9****小保方さん共著者ともネイチャーに訂正を提出した。
2014/3/10***竹市氏論文撤回を強く勧める。　林GDから撤回しろという強い文面のメール、丹羽氏山梨に行く。山梨大若山氏「STAP存在確証なし」(152P)
2014/3/11***東北大大隅声明
2014/3/13***石井調査中間報告
2014/3/14***STAP再現の噂を否定
2014/3/15***自己点検委員会試料保全(156P)　林先生からの指示。
2014/3/16***PSとの比較試料資料撤回。ATPを使ったプロトコルの発表も検討されたが不能。

1. 2019/06/10(月) 09:46:25 |
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ここに入るのね。
2014/3/21***吉村氏TCRに関してコメント

1. 2019/06/10(月) 09:47:04 |
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2014/3/25***新聞にてマウス系統違い指摘(154P)山梨で分析されていることからサンプルが持ち出されていることに気づく。MTA無し。
2014/3/31***石井調査報告、マンションで報道陣に待ち伏せされた。
2014/4/1****石井調査に対するコメント　驚きと憤り
2014/4/8****平成26 年 4 月 8 日付けによる不服申立てについては、4 月 20 日付けの不服申立につい ての理由補充書（１）と 5 月 4 日付けの不服申立についての理由補充書（２）を合わせ、 調査委員会では不服申立ての趣旨、理由等を勘案し、平成 26 年 3 月 31 日付け「研究論文 の疑義に関する調査報告書」における調査結果に対して、再調査は不要と判断する。 (渡辺報告)

1. 2019/06/10(月) 09:47:52 |
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続きよ。
>>
もしSTAP幹細胞やキメラでTCR再構成がひとつでもあればそれはもう逆らえない証明なので『未分化T細胞から万能細胞が出来た』と肯定せざるを得ません。しかし今回のようにSTAP細胞と呼んでいる細胞のかたまりにしかTCR再構成が見つからない場合（幹細胞やキメラには見られない）、現在の知識で一番合理的に説明可能な『ESの混入』あるいは『未同定の組織幹細胞』の可能性を排除しない理由は考えられません。それらの混入の可能性を実験的に排除するためにTCRを持ち出したのに結局それに答えていないのでさらに疑惑が深まるという構図になっています。CD45陽性分画からスタートしたのだから組織幹細胞は入らないというのは幻想で、FACSの純度は不明ですし、未知の幹細胞はCD45陽性かもしれません。

1. 2019/06/10(月) 09:48:46 |
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（幹細胞やキメラには見られない）というところは、アーティクル論文は確認したが、石井調査のゲル1、2写真と特許の写真もまだ確認してない段階のコメントだということだね。

1. 2019/06/10(月) 09:49:43 |
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(現在の知識で一番合理的に説明可能な『ESの混入』)ってどうしてそんなことが言えるかな。ライブセルイメージングの動画は確認してないようだね。論文に添付されてるだろうに。ESだったら最初から光ってる。

1. 2019/06/10(月) 09:50:32 |
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一言居士
(あるいは『未同定の組織幹細胞』の可能性)と言ってるところは、これはあり得るね。(FACSの純度は不明ですし、未知の幹細胞はCD45陽性かもしれません。)というところも、あり得ることだ。ただCD45というのは白血球の共通分化抗原だからね。分化抗原というのは元の造血幹細胞から分化してくる過程で細胞表面に発現してくる分子のことで、これの種類をCD(cluster of differentiation)と言っていて、分子構造が解明されてきた歴史的順番でナンバーが振られているから、番号自体に科学的な意味はない。区別のためだけだ。で、元の造血幹細胞からCD45+に分化している段階でまだ幹細胞であるような細胞存在は考えにくいよね。ここはそれがあり得るかのようなややスピン掛かった説明になってるよな。

1. 2019/06/10(月) 09:51:32 |
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3. #-
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続きよ。
>>
もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは１つ（または２つ？）のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい１本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。

1. 2019/06/10(月) 09:52:18 |
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もとさんなるHNの人がどういう人かは知らないが、(一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは１つ（または２つ？）のはず)ということを吉村氏は肯定しているんだよな。まず最初に、ここで2Nキメラに触れているよね。先に書いている（幹細胞やキメラには見られない）という主張はでは、ゲル2を見ているにも関わらず、理由も言わずに結論を先に出していることになるね。こういうのは印象付けのスピンだよね。

1. 2019/06/10(月) 09:53:10 |
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ULRの紹介があるからそこに詳しく書かれているのを前提にしているのかな。我々は探すのが面倒で読んでないけどな。

1. 2019/06/10(月) 09:53:59 |
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取り合えずここに書かれていることだけでいいよ。(胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個)というのはどういう思い込みなのかな。ES細胞だったらリシピエント側もES側も全部分化していくよね。どうして数個だと言ってるのかい。一つの組織に入り込む細胞が位置関係で偶然その組織になるんだから、一定の組織に入り込むES細胞は一個だと言ってるのならまだわかるけどな。つまりマウスの尻尾に入ったのはその時の位置関係で一個のESであったり1個のリシピエント側インナーセルマスだったり、せいぜいその両方だったりするという意味なら分かるが、移植したES細胞は数個しかマウスにならないと読みうる文章の書き方になってるよな。こういうところもスピン臭いよな。あたかもSTAPはESと違って数個しかマウス組織にならないと確認されているかのごとき書き方だ。

1. 2019/06/10(月) 09:54:44 |
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そこは推測に過ぎないね。そう推測して更にこの"やり方"だとPCRのバンドは1本しか出ないと言ってるのは、君の言ってる位置関係の話だね。我々のntES論での仮定でも結果的にはこの疑問は同じで、0か1か2本しかないんだね。若山さんはntES化させている張本人だから、TCRバンドがたくさん出たのはおかしいと分かってたはずだよ。リンパ球が除去されてないことに気づいていたはずだね。でももはやこれまでと決心してからはキメラのTCR結果は本物でないという主張で言い訳しようと決めてたんだな。それで吉村氏を使った。

1. 2019/06/10(月) 09:55:22 |
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スピンの目的はまさにそれだからね。2NキメラのTCR再構成写真は捏造だと。
>>
この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。

この結論がスピンの目的だね。

1. 2019/06/10(月) 09:56:11 |
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(理研の先生たち)の意味するところは無論笹井さんと丹羽さんで若山さんは入ってないね。入ってたら若山さんが論文を認めているんだから若山さんに文句言う形になってしまう。若山さんはこのゲル写真も特許の20図も論文のも知らなかったことになってるんだよ。他方、笹井さんも丹羽さんもリンパ球が混じってる可能性を考えたから外させたのであって、捏造だなんて思ってはいないよね。だって思ったら論文発表なんてしない。それを(不自然であること)が理由で外させたなんて誘導するのは典型的なスピン言辞だねえ。どう不自然かを考えたらすぐに白血球の除去を忘れてる可能性に気づくでしょうよ。自分だって免疫学者なんでしょ。

1. 2019/06/10(月) 09:56:56 |
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3. #-
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続きよ。
>>
こんな形而上学的な議論は実はたいした意味がなく、純化したT細胞から作ったSTAP細胞でキメラを作製するとか、4Nキメラで解析するとか、キメラの子孫でTCRの解析をするとか、不確実性を可能な限り排除した感度の高い方法で実験すれば何の問題もないはずです。現在丹羽先生が再現実験をされているそうなので次回ぜひこのような疑問点を解消していただければと思います。

1. 2019/06/10(月) 09:57:45 |
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3. #-
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(こんな形而上学的な議論は実はたいした意味がなく、)って何だい。大した意味もなく、(2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろう)と言い放したのかいな。たいした意味ないのか。それとも自分が世論誘導をするためにスピン言辞をしている疚しさを自分で打ち消すために大した意味はないのだと煙幕しているつもりなのか。

1. 2019/06/10(月) 09:58:48 |
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3. #-
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①純化したT細胞から作ったSTAP細胞でキメラを作製するとか
②4Nキメラで解析するとか
③キメラの子孫でTCRの解析をするとか
しなくても、TCR再構成が無い場合はともかく、有るのであれば、それで証明は終わってるよね。ゲル２キメラにはあるね。そうでないという場合は、ゲル2写真は捏造だとちゃんと言わないといけないぜ。それを仄めかしでスピンしてるんだよな。

1. 2019/06/10(月) 09:59:26 |
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2014/3/21時点で(現在丹羽先生が再現実験をされているそうなので)って話は聞いてないね。丹羽さんは2014/4/17にFLSを調べ、2014/4/22にGLSの雌雄確認のための核型解析に出しているね。再現実験は細胞の確認の仕事を松崎さんが引き継いでから丹羽さんの担当になったよね。丹羽さんは細胞の調査から体よく外されたんだよな。吉村さんはどうやら裏事情まで知ってるのではないかな。ははは。

1. 2019/06/10(月) 10:00:28 |
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3. #-
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続きよ。
>>
"ただ今回の議論で免疫学者は『もっぱらアラさがしをしてポジティブな面を評価しようとしない』傾向があることに自分でも気がつきました。厳密な論理性を要求する学問であるからか、免疫はなかなかとっつきにくく若い人に敬遠される理由がはからずもわかったような気がします。
なおTCRが単一の4Nキメラマウスでは免疫不全になるかもしれませんが、通常の動物実験室の環境でしたら生存できます。TCRトランスジェニックマウスと似たようなものです。"

1. 2019/06/10(月) 10:01:19 |
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これはわかり切った話だね。我々の説ではFLSはT細胞由来なので、何らかの再構成を受けている細胞だけど、ジャームライントランスミッション確認をするまでの間、２月から５月末までずっとキメラもその子も生きている。

1. 2019/06/10(月) 10:01:58 |
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3. #-
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続きよ。
>>
吉村 より:
2014年3月22日 20:48
とも様
私も粗忽者で間違いが多く、とてもとても尊敬されるような立派な学者ではありません。仲間にはザルと言われています。ただ一応免疫学の専門家ですので学生や一般のかたに興味を持っていただけるチャンスと考えて解説をしているだけです。

1. 2019/06/10(月) 10:02:51 |
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2014年3月22日なので翌日の書き込みだね。なんか、(私も粗忽者で間違いが多く、とてもとても尊敬されるような立派な学者ではありません。仲間にはザルと言われています。)という前振りは今から嘘でもつこうとして、指弾されたときのための言い訳の準備なのかな。専門家だと言ってるんだから自信があって(学生や一般のかたに興味を持っていただけるチャンスと考えて解説をしている)だよな。そうでなかったら書き込まないよね。気持ちが矛盾してるね。

1. 2019/06/10(月) 10:03:28 |
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続きよ。
>>
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。

1. 2019/06/10(月) 10:04:18 |
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3. #-
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ここは流石に本当のことだったね。僕が教科書で確認した。序にヒトの場合だけど、D1J1の再構成とD1J2およびD2J2との再構成の割合はほぼ３対7で後者が多い。更に序に調べたことを言うと、J2の1-7の間では1に一番繋がりやすいんだ。この実証的な割合は既に調査されている。こういうことがあるので確率的組み合わせ数は99通りだけど、現実にはサイコロみたいな出方はしない。偏るんだ。バンドの濃さに違いが出るのはそういう事情もある。
>>
Jβセグメント使用も均一ではない。Jβ2 > Jβ1（TCRβ再構成の72% vs 23% )、とくにJβ2.1が最多(24%), 次いでJβ2.2(11%), Jβ2.3, Jβ2.5(各々10%)が多い。
*ttp://www.ft-patho.net/index.php?T-cell%20receptor(TCR)%20gene

1. 2019/06/10(月) 10:05:01 |
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3. #-
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続きよ。
>>
ですので理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。

1. 2019/06/10(月) 10:05:48 |
2. URL |
3. #-
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理論的組み合わせは99通りだ。ここは普通の数学だね。でも実際の再構成には偏りがある。(実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。)というのはそれを言ってて、まずホームズ氏の調べたヒトのケースがマウスでも当てはまるとして、D1でもD2でも７割方がJ2と繋がる。ということはD2に繋がってるのは全体の35%だね。そのうちJ2.1とJ2.2とJ2.3とj2.5の合計が55%なんだから残りの45%がヒトの場合はJ2.4とJ2.6に繋がっている。半分ずつとしても35%の22.5%だから7.8%だね。マウスの場合はJ2.7まであるから均等に割って1.5%だとしたら5.2%になる。でもヒトとマウスはそもそも違うかもしれないからね。10%程度というのアアナロジーで理解可能だね。ここも嘘はないよな。

1. 2019/06/10(月) 10:06:43 |
2. URL |
3. #-
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続きよ。
>>
もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。よってバンドが見えるとすれば１つか２つでともさんの考えは正しいと思います。

1. 2019/06/10(月) 10:07:26 |
2. URL |
3. #-
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ここも嘘ではなかったね。我々の整理では以下だね。ただ、ここまでのところでGLの出る確率を10%程度と言ったこととの関連はないね。
>>
①GLの１バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)

1. 2019/06/10(月) 10:08:21 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

続きよ。
>>
それぞれの可能性の確率がどれくらいなのかは原著をあたらないとちょっとわからないのですが、明らかにこの方法ではTCR再構成が起こっても全く検出できない不確実性がついてまわります。

1. 2019/06/10(月) 10:08:58 |
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3. #-
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原著というのは何か教科書的なものをおっしゃってるようだね。僕はSTAP論文を読んでないのかと誤解したんだけどそうではなさそうだね。

1. 2019/06/10(月) 10:09:40 |
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3. #-
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方法論的に不確実性があることは最初から分かっている事だったよな。でもゲル2で出ているから不確実性は関係ないよねえ。出てないときに無いと言い切れない方法論だというだけで、出てれば有るので、現に出てる。これが捏造でありうる何の根拠も示されていないねえ。

1. 2019/06/10(月) 10:10:20 |
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3. #-
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続きの最後よ。
>>
もしTCR再構成をT細胞由来の染色体のマーカーとして使うのであれば、さらに確実な方法で確認したほうがよいと思います。例えば汎用型のVDJでのPCRプライマーで検出する方法、サザンブロッテイングを行う方法、あるいはwholeゲノムシークエンスシングを行う方法、TCRβレパトア特異的抗体によってFACSで解析する方法などいくつか考えられます。いづれにしましても出発細胞を純化したT細胞やB細胞にすることでCD45+よりも検出感度が格段に上がるはずですのでぜひ再試験ではそうしていただければより確実だと思います。

1. 2019/06/10(月) 10:10:58 |
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3. #-
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その方がいいだろうねえ。でも若山さんは自分で小保方細胞核使用ntESだと知ってるからそんな無駄なことはやらないだろうね。それにキメラからバンドが出ているから関係ないでしょ。問題はそれが捏造写真なのか否かということだよね。そのことに関して彼はGLが出るのは10%だと言ってるんだね。キメラ写真を見るとGLは結構出てる。つまりGLは出すぎているから偽物だと誘導していることになるんだね。仄めかしているのさ。本当は尻尾の細胞を採取した時にリンパ球が混じってしまっていたら、もうなんでもありということになってしまうと分かっているのにスピンをかけているということだ。遠藤さんとコンビの人だったよね。

1. 2019/06/10(月) 10:11:36 |
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若山さんがT細胞でキメラを作ってたら桂報告と若山さんの既存ESキメラ論はアウトだと言うだけの話でしょ。小保方さんは自分の細胞でキメラができなかったからESを若山さんに渡した。そして若山さんはESのキメラをたくさん作ったんだね。でもネイチャーが通さないので西川さんのアドヴァイスをもらってTCR再構成を調べることにした。蛍光細胞からはラダーが出た。でもキメラはESなので出るはずがない。だからT細胞をゲルに流してキメラのだと書いたんだね。そしたら吉村さんがそんなにたくさんラダーが出るのはおかしいよと言ったわけだ。序にGLバンドは１割しかない筈なので、出ないケースの方が多くないといけないと言った。そういう話なんだろ。後は無駄な話だ。

1. 2019/06/10(月) 10:12:20 |
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3. #-
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だから問題はとても簡単で、もう一回幹細胞とキメラを調べ直したらよかったんだろうよ。特にFI-SCのキメラはまだ残ってるよな。小保方さんはESを渡したんだろうよ。体細胞調べたら一発で分かるよ。今度は血液のコンタミはないだろうから、5通りだね。ESだったらGL１本だ。①②は１割の確率だ。③④⑤⑥は９割だ。
>>
①GLの１バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)

1. 2019/06/10(月) 10:13:12 |
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それは直接実証の話ね。でも搦め手の調査からしてすでに若山さんの話の矛盾が多いのよね。ここでも実験ノートに書かれている実験で、西川さんのところの研究者が検査の方法まで手伝ってるんでしょ。当然キメラも若山さんは作り直したんじゃないの。そういう調査報告が何もないこと自体がとても杜撰よね。隠し事があるということね。

1. 2019/06/10(月) 10:13:54 |
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3. #-
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仄めかすだけで、何も調べてない。調べたらすぐわかることだよ。

1. 2019/06/10(月) 10:14:35 |
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3. #-
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TCRの件はこのくらいでいいだろう。本題に戻ろうぜ。

1. 2019/06/10(月) 10:15:18 |
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3. #-
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本題何でしたっけ?

1. 2019/06/10(月) 10:15:55 |
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3. #-
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小保方さんが犯人ではあり得ない理由の続きで、もっぱら桂報告書の欺瞞に関する検討だわよ。TCRの件も含むわ。

1. 2019/06/10(月) 10:16:40 |
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3. #-
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1. 2019/06/10(月) 10:18:25 |
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