一言居士の独言

[学さんへの質問1]
>>学さん
UP有難うございます。Lさんが答えてくれるか否かは彼の意志ですから先生は関与なさらない方がよいのではないですか。
胸腺から脾臓に入る過程でT細胞の受容体変化がどういう時系列で起きるのかは私は知りません。ただ、Extended Data Figure 2-eに小保方さんが示しているリコンビネーションの概念図があって、これはご教授いただいているVDJ再編成後の長さですね。これがGLの長さでしょ。二つのプライマーもマテメソに示されています。続いて相同染色体の片方にα鎖のVJ再編が起きる。二つのプライマーもマテメソに示されています。原則として対立アレルのGLは必ず残りますね。

[学さんへの質問2]
この件に関して吉村氏は以下のように説明しています。
>>
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。

[学さんへの質問3]
ここまでの理解だと(GL0本)のケースは原理的にありませんね。でも、現にPCR結果に実例が2つもあり、原理的にもあると吉村さんがおっしゃっているわけですから私の理解が間違ってるのは明確ではないですか。これが重要でなくてなんでしょう。教えていただきたいんですけどね。以上です。



[プライマーの選択間違い?1]
>>学さん
>D2J2のプライマーで検出される部分は、TCR遺伝子DNAの一部です。ここを理解できれば、全貌が見えます。

ということはGLの検出に使われている(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)がそもそもの実験目的にあってないということではありませんか。そんなことあからさまに言ってる専門家今までいませんでしたよね。笹井さんはこれでいいとしたんでしょ。遠慮があるのですかね。

[プライマーの選択間違い?2]
この理解だとPCRの原理から考えてD2J2自体がリコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。90%は切り取られていると。どうして今までそれを問題にしなかったんですか。

[プライマーの選択間違い?3]
忘れないでいただきたいが、この細胞はESだと言われてましたよね。ES細胞はリコンビネーションなんて起こしませんね。以上です。


[γδTCRだってあるよ?1]
吉村さんは一個の細胞で0本とおっしゃった。そのときに0本はあるという原理はわかりました。90%という場合は複数個入っているケースて゛、現実のキメラ実験のケースですね。すべての尾部体細胞が1個のT細胞ドナーでできていた時の話と違う。でも吉村さんはわざと話を混同させていますね。
>>
胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、

ESの場合は全部ですよね。STAPの場合はどうして数個と決めつけているのでしょうかね。無論私の説の場合はゼロですけどもね。キメラは出来てない。

[γδTCRだってあるよ?2]
特許図は受精卵ESではないですね。この場合はGLのみに現れる。キメラ尾部の場合はGLのないのはαβTCR型でないT細胞、もしくはD2J2の切り取られたαβTCR型のT 細胞なんですね(こんなことがあり得るのか否かはまだお返事を頂いていませんが)。
でもラダーは1本と言わず別にありますから、血液が入ったか、数十個のドナー細胞が尾部に入ったということになるが、後者は胚様の分化順序からして考えにくいですね。だから血液でいいんじゃないですか。
私の仮説では小保方細胞核使用ntESキメラに血液が入ったという実験結果という解釈になる。
学先生ご説のようにこれは受精卵ESでは絶対にない実験試料ですね。

[γδTCRだってあるよ?3]
西川さんは何を教えたのでしょうかね。或いは笹井さんはこのことに気づかなかったのか。また吉村さんはES細胞ではあり得ないとどうしていわないのでしょうかね。以上です。


> 一言居士さん

＞D2J2自体がりコンビネーションで切り取られて存在してないということになりますね。

D2J2遺伝子を選ばなかったT細胞があります。各D、Jの遺伝子の中からD２J２領域が選ばれたT細胞で、D２J２プライマーが有効です。

全貌を理解したいなら、ここでのコメント合戦で理解するのは難しいです。図を見ながら周辺の勉強をしてください。吉村氏の説明を何度も読んでください。

こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。
2019/6/2(日) 午前 9:52
返信する

[これ以上1]
>>学さん
>こうした交錯した議論は、ため息グループが喜びますからこれ以上は止めましょう。

どうでもいいことをおっしゃる。
γδTCR型のT細胞の存在があるから、吉村さんの説明のケースでGLの0本があり得るんですね。そう説明されたらわかりますよ。それとαβTCR型のT 細胞であった場合、GLは対立アレル側の分が必ず出ますね。それからD2J2部分が切り取られて無くなるようなαβTCR型のリコンビネーションはないということでいいですね。1個のT細胞がキメラになった場合、吉村氏の言うように、
①γδTCR型のT細胞ではB鎖ができないからGLラインは出ない。
②αβTCR型のT 細胞ではリコンビネーションが起きていない細胞ではGLだけが1本出る。
③αβTCR型のT 細胞でリコンビネーションが起きている場合はGLと再構成された長さのPCR産物の1本で計2本出る。
ということでいいですね。

[これ以上2]
やっと次に進めます。
今、特許図に絞っていますが、このキメラ尾部細胞は受精卵ES細胞でもなく、リンパ球を使ってないntESによる捏造キメラでもない。
ここはあなたの証明でしたね。異論はありませんよね。そして、吉村氏とLさんはそのことに気づいていないのですね。

[これ以上3]
この後でやっと本物だったか、ntESであったかの話に入れますね。でも以上確認いただきたい。以上です。

1. 2019/06/02(日) 10:41:27|
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