一言居士の独言

なんてところで釣りに行ってしまうのでしょうかね。
でもこういうことってとても個人的なことで他者には伺い知れない面が多いでしょうね。相沢さんは実はパートナー氏からそれとなく話を振られてntES化はSTAPの性質と混在してしまうから無いとお答えになっている。無論ntES化どころかESコンタミであるということすら思いもよらない段階での笹井さんと丹羽さんがこのあたりをどう考えていたのか。パブピアのコメンテーターの指摘していることなんて二人は当然知ってますね。丹羽さんの胎盤の光る2005年の写真は有名ですね。ああいう風に撮るにはああいう切り方をしないと分かりませんね。




さて、どうなることやら。

1. 2019/05/11(土) 11:51:28|
2. STAP事件
4. | コメント:35

栄養外胚葉(Trophoblasts )由来組織が何になっていくのかが今一つはっきりしないんだな。そしてその原因が
①若山さん
②小保方さん
③笹井さん、丹羽さん
の三者間でどう理解または誤解されているのかが分からないんだな。

1. 2019/05/18(土) 18:35:00 |
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いや、まずは我々自身がど素人で分かってないよな。つまり、
①若山さん
②小保方さん
③笹井さん、丹羽さん
④我々ど素人
との間での理解もしくは誤解だ。

1. 2019/05/18(土) 18:36:00 |
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ややこしいからまず胎盤だけに絞りましょう。胎盤が光ったと言い出したのは若山さんね。胎盤の何が光ったから驚いたのかしら。

1. 2019/05/18(土) 18:37:03 |
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まずは我々ど素人の理解だ。胚盤胞期の胚が子宮壁に埋まって母体側の組織と一体となって胎盤を形成する。胎盤は母体と胎児との間で栄養や排泄物やガスの交換をする器官で、胎児側の栄養外胚葉(Trophoblasts )が子宮内膜と接触しているので、その子宮内膜に胎児側から細胞性栄養膜（cytotrophoblast）が入り込んで多核合胞体栄養細胞(syncytiotrophoblast )を形成するんだろ。いわゆるラビリンスと呼ばれている場所だね。ここは拒絶反応が起きない仕組みになってる。この栄養外胚葉(Trophoblasts )由来の組織部分が光ったということになって驚いた。

1. 2019/05/18(土) 18:38:46 |
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いいでしょ。その理解が違ってたらすべては御破算ということでいいよな。その前提で、丹羽さんはそこに一番の興味があって、小保方さんのメンターに指名されてすぐにその胎盤切片を彼女に見せてもらってて、このGFPの入り方は自分の今まで見たことない入り方だと証言しているね。

1. 2019/05/18(土) 18:42:48 |
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記者がその胎盤はどこにあるのかと問うたとき小保方さんは固定液の中にあると答えたのに、桂さんは同じ質問に対してむにゃむにゃと答えなかったわね。結局それがExtended Data Figure 1-b,cであるのか否かすら分からないのね。

1. 2019/05/18(土) 18:44:10 |
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ES細胞のキメラ胎盤の細胞性栄養膜（cytotrophoblast）も母体側組織と一体化した多核合胞体栄養細胞(syncytiotrophoblast )も2Nであれ4Nキメラであれリシピエントのトロフォブラスト由来だから光らないね。

1. 2019/05/18(土) 18:45:15 |
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ES細胞のキメラ胎盤は光らない。にもかかわらずレター論文内に胎盤の光っている写真が存在しているということが不思議なんだね。光ってるものがあったらES細胞のコンタミ結論の矛盾点になるね。だからこれを否定しようと思ったら、実は光るべきところが光ってはいないのだという結論にしないといけない。或いはESであろうとなかろうと事実光ってないのだと。

1. 2019/05/18(土) 18:48:22 |
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まずは光っているという証拠写真はどれとどれなんだい?

1. 2019/05/18(土) 18:49:08 |
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ややこしいんで胎盤だけに限るよ。
①Letter Figure 1-bのSTAPキメラとされている胎盤蛍光写真。
②Letter Figure 2-fのFI幹細胞由来キメラとされている胎盤蛍光写真。
③Letter Figure 2-gのFI幹細胞由来キメラとされている胎盤蛍光写真。
④Letter Extended Data Figure 1-aのB6GFP x 129/Sv 背景と書かれたSTAP由来キメラとされている胎盤蛍光写真。
⑤Letter Extended Data Figure 1-bのB6GFP x 129/Sv 背景と書かれたSTAP由来キメラとされている胎盤にGFP蛋白を発現している細胞がインテグレイトしている免染写真。

1. 2019/05/18(土) 18:50:46 |
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①に関して若山さんはデジタル増感だと言ったけど、桂報告書もアトモス部屋氏も増感はされていないと言ってるわね。光ってないものは増感しても光ってないと思うんだけど、若山さんはどういう意味でおっしゃってるのかしらね。

1. 2019/05/18(土) 18:51:50 |
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若山さんが記者会見でも説明していたように胎盤は胎児側の血管組織なんかは光って当たり前だから、こういう写真の撮り方だとどこの部分がどう光っているかが明確でないよね。正確な解剖学的な処置と発生学的な由来知識が両方必要だ。

1. 2019/05/18(土) 18:53:11 |
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胎盤のラビリンス部分は胚盤胞期最終段階で子宮に埋もれるときの母体と接している側にできるのね。その切り出し写真が②のブライトフィールドで示されているのね。これはラビリンス部分を形成しているトロフォブラスト由来組織だけの解剖結果なんでしょ。それが光ってるのよね。ただしFI-SCキメラよね。最終論文では胎児も胎盤も光るとされているのね。でも胎児側の蛍光写真は無いのね。

1. 2019/05/18(土) 18:54:31 |
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同様に①に戻ってあの丸い形のが②の形と同じなので胎盤のラビリンス構成部位だということになるんだろうけど、それが光っているのに若山さんはデジタル増感だと取り下げ理由書に書いている。変だよね。しかも増感ではないと桂報告書も言ってるし、アトモス部屋にはその根拠まで示されているよな。

1. 2019/05/18(土) 18:55:43 |
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増感だということは光っていること自体は否定してないということね。STAP胎盤は光ってるということね。

1. 2019/05/18(土) 18:56:26 |
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ところがこちらの問題はどうなるのかしらね。もう一度、Pub Peerの#12コメント冒頭よ。
>>
#12 Peer 5 commented 5 years ago
commented February 28th, 2014 10:04 AM and accepted February 28th, 2014 10:04 AM
The authors claim that "Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a-c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c)." and they show the analysis of chimaeric embryos with placentas at E12.5.
I'm sorry to say but that is normal in E12.5 chimaeric embryos produced by injection of wt ES cells into blastocyst, since the placental FETAL blood vessels and yolk sac mesoderm cells are derived from the ES-cell derived epiblast.

1. 2019/05/18(土) 18:57:43 |
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取り合えず胎盤だけに絞って、胎児側血管(placental FETAL blood vessels)は光るぞと言ってるんだよな。

1. 2019/05/18(土) 18:58:38 |
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①②③に関して胎児側血管があの解剖された胎盤の中にあるかという問題ね。

1. 2019/05/18(土) 18:59:20 |
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あるよ。だってラビリンスには胎児側血管が入り込んでるんだから。

1. 2019/05/18(土) 19:00:32 |
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光ってて当たり前というコメンテーターの主張は正しいのね。裏返すと取り合えず胎盤のみに関して①も②も胎盤貢献しているという主張の何の証拠写真にもなってないということね。

1. 2019/05/18(土) 19:01:35 |
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そう。だからこそ若山さんが免染して確認してと小保方さんに胎盤を渡した。そして少なくとも小保方さんはどの分であるかは定かでないが、⑤に免染結果を張り付けているんだね。そのGFP自体はど素人が見てもインテグレイトしているように明示されているよ。

1. 2019/05/18(土) 19:02:49 |
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問題はどこの切片を小保方さんが切り取ったのかということね。だって胎児血管のあるあたりの切片だったらどうにもならないわよね。

1. 2019/05/18(土) 19:03:54 |
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その辺りが問題なんだけど、通常ネイチャーに曲りなりにでも論文を出しているレヴェルでこの人は自分の行っていることに関して知識が不足しているなんて疑義は抱かないよね。通常なら免染はしかるべき場所をちゃんと免染しているということは前提されていて、疑わないものだ。それこそがあなたの専門なんでしょということだ。そもそもいろんな写真も実験結果が本当に正しいなら必要最小限でいいんで、読み手は書かれていることに関してああそうなのかと思うんで、証拠を出せなんて言わないね。核心的部分に関する真偽は他者が再現することによって淘汰されていく。

1. 2019/05/18(土) 19:07:10 |
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ところがこの論文はそうじゃないのさ。基本的に小保方さんはキメラ作成技術がない。だから若山さんに頼んでできるかどうかを調べてもらったらできたと聞いたんだね。こういう論文に関してキメラの細かいことに小保方さんが疎いのは当たり前なので、こういう場合はちゃんと共著者間で意思疎通があるのが普通だ。でも、この論文は理研が引き取ってしまっていて、若山さんはまるで協力的でなかったよね。こんな論文ってあってはいけないんだよ。

1. 2019/05/18(土) 19:08:38 |
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我々のntES論では若山さんは論文が通ってもらっては困るんだから非協力的なのは当たり前なんだね。それがレター論文がこんなにまで奇妙な姿になった原因なんだな。

1. 2019/05/18(土) 19:11:53 |
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小保方さんはアーティクルには自分の酸浴細胞がキメラ胚にインジェクトされた結果キメラができたと書いたのね。酸浴細胞の樹立に関しては自分がすべて行っていて、キメラの樹立だけは若山さんに手伝ってもらった。この論旨だったらキメラの作り方とか、マウス背景が何であるとか、GFPがホモかヘテロかなんて知る必要もないのね。キメラができたことが自分の酸浴細胞が幹細胞であることを実証している。

1. 2019/05/18(土) 19:12:47 |
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そこにもう一つの大問題があったんだよな。小保方さんは自分の酸浴細胞は1週間程度で出来上がるとその後1週間程度を更に過ぎると死滅し始めると書いた。これって幹細胞定義を外れているんだよな。

1. 2019/05/18(土) 19:13:38 |
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だからこそ、流出査読文でレフェリーたちが強い疑義を出しているんだよな。それで幹細胞と言えるのかと。

1. 2019/05/18(土) 19:14:29 |
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生体内でキメラ分化する幹細胞でインヴィトロで無限増殖しない幹細胞は今まで知られていないんだな。

1. 2019/05/18(土) 19:15:20 |
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学さんのところで示唆した問題ね。

1. 2019/05/18(土) 19:16:04 |
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分化能というのは当然増殖能の上位にある能力で増殖能なしに分化できるわけがないな。インヴィトロで増殖しないのにインヴィヴォでは増殖分化する。言うまでもないが酸浴細胞は体細胞だからね。分化の終了して系譜決定されてしまった自己増殖しかしない細胞だ。これがキメラ形成したということはリプログラムされて何らかの幹細胞段階に戻っているということなんで、増殖能があるのでないとリプログラムされた分化能も働かない。そこで学さんが言うように培地が適合してないからインヴィトロ増殖しないんで、生体内に入れてやると増殖能が復活するのだと考えることはできるんだよな。

1. 2019/05/18(土) 19:17:18 |
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そこまでは普通に理解可能だね。ところがここにとてつもない躓きの石があって、最初のキメラ作成段階から若山さんはSTAP細胞を増殖させているんだよな。最初の成功キメラを作った残りの細胞を使って増殖させたと言ってる。

1. 2019/05/18(土) 19:18:17 |
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小保方さんはどうして増殖しないと書いたの? 若山さんが増殖させたと言ってるじゃないの。若山研で書いたリジェクト3誌でも増殖能が弱いと書いているの?

1. 2019/05/18(土) 19:19:32 |
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そうだよ。小保方さんはずっとそのことを書き続けているよ。以下はサイエンスの第二レフェリーのコメントだ。
>>
4) The ability to permanently maintain these cell lines is not well-described. The authors claim that “spherical colonies grew to approximately 70 um in diameter … and spherical colonies could be maintained for another 7 days in that culture condition.” Figure 2C–it appears that the expression of mESC-associated pluripotency genes is decreasing significantly over time in bulk SAC populations. If these cells are truly pluripotent. they should not only exhibit the developmental potential of ESCs/iPSCs but also the ability to indefinitely self•renew. For ESCs/iPSCs, past groups provided evidence of telomerase activity to indicate the capture of an immortalized cell line. In the case that the cells cannot self-renew indefinitely, a description of what happens (differentiation, death, etc.), and an explicit statement on unlimited or limited proliferative potential of the SACs should be provided.

1. 2019/05/18(土) 19:20:26 |
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1. 2019/05/18(土) 19:22:44 |
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