一言居士
[連投1]
>>学さん
議論の場をしつらえて下さって有難うございます。
>>Ts.Markerさん
論文のご紹介有難うございます。
[連投2]
論文発表の時系列順序は以下です。
(小保方論文 Published online 29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文 published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
[連投3]
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales 論文 Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
[連投4]
上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初からお気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うようアドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているデータを解析した時にTS細胞分とFI-SC分にSox21発現があったから。
[連投5]
①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことはもっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析した
の中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。
[連投6]
はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果、後の論文にあるようにそれが今他者の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。
[連投7]
もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんにアップしていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを調べられて、ある程度分かっているのをES特異的マーカージーンと呼んでいるんですよね。逆にどんな細胞でもOct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そしてそこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。
[連投8]
もし、②が原因で遠藤さんが
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
とされているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にもなりませんね。ただし、ややこしいのは、遠藤論文の論旨に従ってこのSox21遺伝子のSNP痕跡をトレースに使っているところがまたよくわからない論理になってますね。でもそこは後の問題としましょう。
[連投9]
ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題があるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んでいることが、すべての無反省で不注意な解析になっている遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを御批判いただきたい。
- 2019/06/01(土) 07:01:06|
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