一言居士の独言

>>Ooboeさん、
パートナー氏に誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製や
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。②はもし本当ならSTAPキメラであっても、ntESキメラであっても大発見なんです。①の珍しくもないことと②の大発見を同列において混同なさらないでください。胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされていることになるんです。これからその問題を論じることになります。以上です。



[連投1](本題の続きです)
>>学さん
>私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

リヴァイズ通知が来た時のありさまは手記118Pから119Pに書かれています。小保方さんはリヴュアーコメントのほぼすべてに赤線が引かれてしまうありさまで、笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしていることがよくわかりますね。最初の投稿時には無かったご引用の本文文章を加えたのは笹井さんで、丹保さんもそれを読んでいます。GFP/BFP共挿入マウスを提供したのは丹羽さんか笹井さんで、丹羽さんである可能性が高く、しかもマウス背景はCD1である可能性が高いとも申し上げました。

[連投2]
第二レフェリーがcould be excludedとアドヴァイズした言葉を笹井さんはcan be removed と言い直していますね。これはやんわりとES細胞は死滅してexcludeされたわけではないよねとレフェリーに指摘しているのに対して小保方さんはリジェンドの中でeliminatedと笹井さんの苦労を徒労にしてしまっています。cludeというのはcloseの意味のラテン語根ですね。eはex、limiはlimitの意味のラテン語根limesで、excludeとeliminateはほぼ同義だと思いますが、removeは別の場所に動かすことで、ESが死滅したというニュアンスはないですね。

[連投3]
先行論文はヤーヌスキナーゼが多能性を維持しているようだからその阻害剤を入れたら多能性細胞は分化し始めると言ってるんですね。ESであった細胞が培地から死んでexcludeされると主張しているわけではない。 元論文を押さえれば、BFPが残っていること自体は問題ではありませんね。でも小保方さんはリジェンドでと書いていて、ES細胞が多能性細胞としての機能を失うという意味に受け止められないことはありませんが、同時に細胞自体が死滅するという意味が残ってしまう。またレフェリーのアドバイス
[連投4]
笹井さんはそこをうまく査読者の気持ちを傷つけずにと微調整したのではないですか。小保方さんはリジェンドを書くときに笹井さんの書いている文章の微妙なニュアンスに気づかなかったのではないでしょうか。

[連投5]
この相違は胎膜(fetal membranes)と卵黄嚢(yolk sac)に関する笹井さんの書いた本文と小保方さんの書いたリジェンドにも出現していて、笹井さんは胎膜(fetal membranes)と書いていますね。
>Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

[連投6]
それに対して小保方さんは リジェンドやグラフの中でyolk sacとfetal membranesを混在して使っています。fetal membranesは栄養外胚葉(trophoblast layer) 由来でこれが本当に光ったら事件ですが、yolk sacは、内部細胞塊(inner cell mass)が胞胚腔側の表層の原始内胚葉(hypoblast)と胚体(dorsal epiblast )に分かれた更に先に分化してくる胚体外中胚葉 (extraembryonic mesoderm)由来ですから、これは光って当たり前で、このことはPub Peerの覆面コメンテータも指摘しています。今度は笹井さんの方が、図表とリジェンドは小保方さんに任せて、不注意で見逃しているのではないかと思います。

[連投7]
Pub Peerの#12コメント冒頭は以下です。
>>
#12 Peer 5 commented 5 years ago
commented February 28th, 2014 10:04 AM and accepted February 28th, 2014 10:04 AM
The authors claim that "Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a-c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c)." and they show the analysis of chimaeric embryos with placentas at E12.5.

[連投8]
(続き)I'm sorry to say but that is normal in E12.5 chimaeric embryos produced by injection of wt ES cells into blastocyst, since the placental FETAL blood vessels and yolk sac mesoderm cells are derived from the ES-cell derived epiblast.

[連投9]
グーグル訳は以下です。
>>
＃12 Peer 5 コメント 5年前
投稿 2014/2/28, 10:04 AM 受付 2014/2/28 10:04 AM
著者らは、「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は、胚だけでなく、60％のキメラ胚（図1c）の胎盤と胎膜にも寄与していた（図1b及び拡張図1a-c）」と主張していて、12.5日胚で胎盤を持つキメラ胚の分析を示している。遺憾ながら胎盤胎児血管と卵黄嚢という中胚葉細胞はエピブラスト由来ES細胞からもたらされるので、野生型 ES細胞の胚盤胞注入されたE12.5キメラ胚では正常なことである。

[連投10]
ESのキメラ胎盤と卵黄嚢は光って当たり前だと言ってるわけですね。むしろFigure 1-aのESキメラとされているものの方が光ってないことが不思議だと。
>>
In that sense what is surprising to me is that in their chimaeras (fig 1a and 1c) produced by injection of GFP expressing ES cells (Rosa26GFP or CAG-GFP) into blastocyst none showed fluorescence in the placenta (fetal blood vessels) or yolk sac (yolk sac mesoderm).
[その意味で、私にとって驚くべきことは、胚盤胞へのGFP発現ES細胞(Rosa26GFPまたはCAG-GFP）のインジェクションによって作られたキメラ（図1aおよび1c）に於いて、胎盤（胎児血管）あるいは卵黄嚢（卵黄嚢中胚葉）がまったく蛍光していないことだ。]

[連投11]
若山さんが取り下げ理由書でFigure 1-a,bはどちらもSTAP細胞キメラだと言い出したことはご承知のとおりです。Rosa26GFPの幹細胞キメラは作ってないとも言い出した。ワキャワカラン状態です。でもそういう問題が出る前から、このパブピアの覆面コメンテーターは何かしらGFP蛍光に関する複雑な要因による錯誤があると言ってますね。我々は若山さんは小保方さんを山梨に連れていくための手段として論文を書くようにデータを渡していたものが、理研にさらわれた結果、笹井さんの手を介して、このようなワッキャワカラン論文になったのを、若山さんはむしろ論文が落ちることを望んでレター論文との同時提出を強く主張したのだと思っていることは既述した通りです。彼はこれならリジェクトされると期待した。

[連投12]
JAKi検証に戻って、問題なのはこの実験は何をしている実験なのかということです。ESコンタミがあるのかという杜撰管理の批判を、STAP幹細胞のコンタミを心配しているのだと、レトリックでかわしながら、実際には査読者が要請しているESのコンタミが無いことを確認した実験です。それはabとcdの対比によって実証されている。でもその対比の片方に捏造があってはいけないから同時にやったということです。c,dのOct4-GFPはJAKi添加前後で光っていますね。しかし、e,fの中段のFI-SCのOct4-GFPはどちらも光ってない。これはどちらも光っていなければ主張の論旨と合いませんね。いくら拡大しても緑色蛍光は見えませんよね。見えていないことを放置していること自体が意味不明ですね。原因を知りたいんですね。何かの説明不足などというものではありませんよね。文章を書いているのは笹井さんです。途中ですが以上にしておきます。もう書きすぎたかもしれない。

[連投13](本題、前回の続きです)
笹井さんは無論、母体側と胎児側の組織が結合した胎盤(placenta)部分と胎膜(fetal membranes)が光ったと理解している。ところが小保方さんはリジェンドとグラフ図表で、胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解ですよね。
胎盤は後回しにして、先に胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解の原因究明ですが、Extenred Data Figure 1-a,b,cともに卵黄嚢(yolk sac)と明確に書かれている。この図では胎膜(fetal membranes )という言葉は一切出てこない。推測できる最初の原因は小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)だと言われてキメラを渡されているということです。この時に、若山さんが胎盤にくっついているのは卵黄嚢(yolk sac)だと言って、それは光ってて当たり前なんだよと言ってなかった場合、小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)も光ったら不思議なのだと理解していたことは間違いないことです。

[連投14]
cの写真はそれが膜であること、そしてそこにGFPが入っていることを免染で証明したものです。これは光ってて当たり前だと小保方さんが思ってたらこんな検査実験はしません。胎盤だけでいいですよね。ところがFigure 1では胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解になっています。これは最初卵黄嚢(yolk sac)と聞いていたものに対して笹井さんが胎膜(fetal membranes )と言い直したことが原因だと推測できますよね。つまり、笹井さんは驚くべきことが起きたと思っているんですから卵黄嚢(yolk sac)が光るというのはおかしいので光ったことが驚きなのは胎膜(fetal membranes )なのだから胎盤とともに光ったというのは卵黄嚢(yolk sac)じゃなくて胎膜(fetal membranes )だろうと訂正したというようなことが推測されるんですね。

[連投15]
まず注意しなければならないのはアーティクルに関してはサイエンス投稿論文ベースの12/11ヴァージョン原稿があったのですが、レター論文に関しては小保方さんの下書き程度のものしかなく、データのキャプションや図表のリジェンドなんかもない生のデータを見せられながら笹井さんが一人で原稿を書いたのではないかと推測される。こういう状況で小保方さんが後から持っているデータを添付画像やグラフとしてリジェンドをつけながら整理編集していくとこういう部分が見逃されるということがあり得ますね。ただ、その場合それにしても結構深刻なミスだと思いますが、主旨として胎盤が光ったということなので、そちらに気を取られて見逃したかもしれないですね。

[連投16]
私は実験はとても素直に行われていると思っていますから、学さんの言う通り、という思いは同じです。つまりOct4-GFPと書かれているFI-SCはあるに決まってると思っています。現にOct4-GFPは蛍光している。残されている謎はeの中段でどうして光っていないのかという問題だけですね。
桂調査チームはCTS-1がAcr-CAG-GFPマウス由来だということを遺伝子全解析して証明しました。ところがCTS-11～13に関しては何も調べていません。若山さんの実験ノートには背景が書かれてなくて、ただ、若山さんの記憶に作った記憶がないと言ってるから作られてないのではと言ってる。調べればわかることを調べもせずに無いのではと言ってる。馬鹿げてますね。

[連投17]
これと同じことは12/27テラトーマのリシピエント体細胞切り出しでも行われていて、彼らは免疫不全マウスの細胞かどうかは調べればわかるのに、調べもしないで、GFPが無いという理由だけで体細胞だと主張しているのです。我々は無論キメラ胚のリシピエント側から作られたESだと言ってます。
私が笹井さんや丹羽さんの錯誤と言っているのは、彼らの錯誤はキメラはスタンダードに作られているということを前提としていて、業務命令で、論文を通すよう依頼されていて、キメラの作成に秘密があるなんてことを疑うことはできない状況の中での錯誤だという意味です。

[連投18]
と同時に、若山さんは小保方さんが2012年12月に理研のRULとして採用される以前はただ内輪での話をしているだけです。後に小保方さんのネイチャー論文として結実した論文に関して、2012年11月までの間、世間に対して何の責任もありません。論文は世に出ていません。若山さんに責任があるとしたらこの後の行動にあるんです。
でも事件は理研がその研究を小保方さんごと引き取ったことが引き金になっている。これが無かったら若山さんのそのあとの行動も無かったんです。そして、理研はそのことをよく理解しているということですね。若山さんを非難できないんです。

[連投19]
理研の調査が恣意的なもので結論ありきはもう大体わかっているんではないでしょうか。DORAさんは早くからそれを指摘しています。彼は理系なのでこの分野での問題に理解が早いんですね。桂報告が出てすぐにもう今の結論になっています。理研の報告はほとんど嘘です。私も遅まきながらそこに関しては同じ結論になっていて、ある程度理研の判断にもやむをえない落としどころという意味で理解はあるんですが、小保方さんが博士号を剥奪されたことは余計な不正でしたね。それはそれとして、今の私の関心は小保方細胞とは何であったのか、あるいは今でも何であるのか、そしてなぜキメラは出来たのかという問いにあります。それがこのJAKi検証の謎に解が潜んでいると思ってこの学さんブログに来ている理由です。

[連投20]
これから中段のOct4-GFPはどうしてどちらも光ってないのに放置されているのか。そして胎盤そのものは本当に光ったのかという問題に深入りしていかないといけないですね。取り合えず以上です。

>>学さん
昨日投稿した[連投1]から[連投12]が反映されていません。それから<あちら>に限らずスピン屋には興味がありません。それから、私は疑問に対する答えを求めてここにきています。また、ご迷惑なら、ここに来るのはやめます。私のスタンスは結論ありきではありません。議論によって真実をつかむことです。

>>学さん
失礼しました。Ooboeさん宛の応答だったんですね。交差して誤解しました。直前とこのコメントは無視されてください。ただし[連投1]から[連投12]が存在しないのでしたら送り直しますのでご連絡ください。

>二種が混じったとされるサンプルを、小保方氏がどう調整したか？すら質問していません。小保方氏が分与されたFI細胞を解凍してサンプル調整したと答えたら、調査委員は次の質問や検証が出来るでしょうに。

御意。何が起きたかが理解できてない状況で混乱している小保方さんに対して誘導質問しているんですね。不都合な答えの返ってくる可能性のある質問はしないことによって相手に言わせないという手法ですね。無論雇用の主従関係が前提での手法で、束縛から解除された上での法廷では通用しませんけどね。小保方さんは法廷闘争が怖かったようですね。当時まだ子供心だったんですね。それと自分が何をされたかが分かってなかった。また、自分が何をしたかもわかってなかったと思います。手記を書いたことによって大人の他者には見えたことがありました。そして多分最後にはご自分で気づかれたと思っています。

1. 2019/06/01(土) 10:32:30|
2. 学さんブログ検討記録
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