一言居士の独言

[学さんへのお答え1]
>>学さん
>核移植して一旦ＥＳ化した細胞は、ＥＳ細胞でしょう？

受精卵ESは自然のインナーセルマスから取り出した一次人工幹細胞です。ntESは体細胞核をリシピエント卵でリプログラムした時点で一次人工幹細胞で、その発生途中のインナーセルマスを取り出した時点で二次人工幹細胞ということになり、更にキメラ胚に入れて発生途中のインナーセルマスから取り出した三次人工幹細胞です。同じだと考えるのは危険でしょうね。それが胎盤の問題に発展したと思います。

[学さんへのお答え2]
>核移植技術を黙ってやったら、すぐ、ねつ造論文になってしまいます。

あなたが諸般の事情を配慮されてアップされなかった私のコメントに答えは書かれていますよね。私はさういうご疑問に先回りしてお答えしている。論文が通らなかったら捏造論文にはなりません。なぜこうなったかの経緯はアップされなかったところを再読されてください。以上です。



>>学さん
了解です。スピン屋さんは相手にしないのが一番ですけどね。
学さんはジムさんのブログは一度ここでご自身が紹介されているのでご存じのはずですけど。
http://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28651565.html
私は今ここに原稿を送っていません。今、学さんのところで考察していることが最後の考察になると思っていて、あなたの批判を全部説明し終えて、あなたにご納得いただいたら、ひとつの成立し得る仮説としての持論を纏めてジムさんのところに送る予定なんです。755の2019/3/19の投稿で中断されています。後の論考はここの学さんのブログにしかないんです。ジムさんは御承知です。以上です。


[培地の違い1]
>>学さん
前回の続きです、まず以下はレター論文の最後の二つの文章です。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture.

[培地の違い2]
(続き)
Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.

[培地の違い3]
Extended Data Figure 5-a,bの培地はES細胞なんですからES培地ですね。ではc,dの培地はなんでしょうか。Fgf4誘導細胞の作り方はFigure 2にあります。STAP細胞をFGF4培地に入れる。すると最初Oct4-GFPの蛍光していたものが7日目辺りで消える。そして第一回目の継代をon feeder条件で行った時点でうっすらととまたOct4-GFPが蛍光する。この状態の免染とqPCR結果がc,d,e です。Oct4が少し、Cdx2とEomesがたくさんという結果です。

[培地の違い4]
それに対して、Extended Data Figure 5-c,dの培地は何なのか。リジェンドには以下のようにある。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).

[培地の違い5]
(続き)
The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.

[培地の違い6]
条件がfeeder-freeになってますが、培地が何かは書かれていない。しかし、Figres 2の作り方なら常識的にはFGF4培地だとしておきましょう。ここにJAKiを入れた。そもそも論文上はSTAP細胞はインナーセルマス由来ではありませんから、そこから誘導されたとされるFI-SCが元論文の通りになるかどうかも分かりませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていた。これが仮に我々の仮説であるntESだったとしても受精卵ES細胞で行われた元論文の結果と同じになるとは限りませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていたわけです。

[培地の違い7]
ではe,fの培地は何なんでしょうかね。リジェンドは以下です。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).

[培地の違い8]
（続き)
Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

[培地の違い9]
ここではTS培地だとはっきり書いてありますね。Fgf4が入っている。c,dが本当にTS培地なら同じです。この場合常識的にはeの中段は光ってないといけない。何度も書いている通りです。でも、c,dはfeeder-freeとは書いてあるがTS培地であるとはっきりとは書かれていませんでしたね。仮にこれがa,b,c,dともにfeeder-freeのES培地だったらどうなるのか。
a,bはそもそもコントロールのES細胞なんですからともかくとして、この場合この細胞はFigure 3で説明されているES-likeに転換されたFI-SCだということになる。これだととても大量のESマーカーを発現して、TSマーカーの発現が少なくなる。このことはFigure 3-bで証明されている。

[培地の違い10]
FI-SCはTS培地の中ではES特異的マーカーであるOct4を発現していないか、もしくはとても微弱という意味です。光ってなくていい。それに対してES細胞はFgf4の入ったTS培地の中でどれだけ生き続けられるのかは知りませんが、取りあえずはOct4-GFPを発現している。しかし、JAKiを入れると分化してしまうのでOct4-GFP発現を失う。BFPの方はCAGですから分化し始めても蛍光しているということですね。これで実験結果に不合理は無いということです。

[培地の違い11]
Extended Data Figure 5-cのFI-SCのOct4-GFPが蛍光しているのに、5-eのOct4-GFPが蛍光していないのは、前者の培地がES培地であり、後者の培地がTS培地だからだということです。前者は査読者の求めに応じて、まずES-like転換後のFI-SCにJAKiを添加してES細胞でないことを示したもの。後者は、TS培地の中でTS-like転換されているFI-SCのOct4-GFP蛍光がなく、混ぜているES細胞ではOct4-GFP蛍光があり、JAKi添加後では消えるという違いを示しているものです。

[培地の違い12]
論文のリジェンドの説明では培地の違いが分かりにくいですね。ど素人には理解しにくい。でも、本文の説明をよく読めば、 の実験ってExtended Data Figure 5-e,fの実験では無いかと気づけますね。

[培地の違い13]
プロトコルにある培地の説明です。
>>
(i) ESC maintenance medium consists of KnockoutTM DMEM (Life Technologies), 20% FBS, 1 × NEAA, 1 × Glutamine, 1 × Nucleosides, 10-4M 2-mercaptoethanol, and 1000 U/ml LIF.
>>
(i) TS medium consists of RPMI 1640 with 20% FBS, 1 mM Sodium Pyruvate, 100 µM 2-mercaptoethanol, 2 mM L-glutamine, 25 ng/ml of recombinant FGF4, and 1 µg/ml of heparin.

[培地の違い14]
小保方さんはFI-SCの遺伝子解析においてもリジェンドの中で培地の違いを明確にしないで書いています。すべてがTS培地にある状態での遺伝子発現なのか明確でない。
一連の考察は無論桂報告の欺瞞を明らかにしていますが、肝心のSTAP細胞は論文通りの形であったのか否かはこの検討だけではわかりません。"あった"か"ntES"であったのかは12/27テラトーマの体細胞組織と言われた試料の説明がつくかつかないかで決まる。ntESなら説明できるということです。
そして最後に残された問題は光る胎盤ですね。次回にします。以上です。



[歴史観1]
私はこの事件に関っている個々人の犯罪性はとても低いと考えています。だから社会的影響を慮って匿名の掲示板で便所の落書きだと断って考察を続けてきているんです。若山さんは別に最初からそんなことを意図していたわけでは無論ないに決まっているが、結果的にかなりひどいパワハラを小保方さんに行うことになってしまったなあと判断してる。でも彼がそんなことをする羽目に追い込まれてしまった事情というのは、競争社会の中で生き伸びるために誰でもがしている努力の一環に対して、外部からの不可避的な影響があったからに過ぎません。自分の意図しないことが思いがけず実現してしまうという、これも大人なら誰でも大なり小なり経験していることです。

[歴史観2]
この競争社会にはルールがあって法治されている。この法の内側で足の引っ張り合いをしていることをもって犯罪だと言ったら、逮捕者だらけになってしまう。自分はそういうことをしなくて済んでいると信じている道徳的人々なら別の判断があるかもしれませんね。聖書に石もて投げよと命じられている人々ですね。あの場面では誰一人投げられなかったみたいですけど。

[歴史観3]
理研が若山さんと小保方さんの研究を自ら取り上げることをしなかった間の2012年12月まで、若山さんはどんな違法行為もしていないということを認識できるだけの歴史的視点を持つ訓練のできている人がここにどれだけいらっしゃるでしょうかね。自分の中にある今の知識と歴史的人物がその時点で持っていた知識との識別訓練ができる歴史観のある人です。若山さんは小保方さんと研究しているこの時期、この1年後に論文を笹井さんと丹羽さんが通してしまうなんて予想もしていません。それを知っているのは今の我々です。当時の歴史的彼は知らない。特に小保方さんを預かってから幹細胞研究の論文を書かせようとしている時期の若山さんは小保方さんごと理研が自分のデータを奪っていくであろう、そして論文は通って、自分の研究が捏造判断されることになるかもしれないなんてつゆ思っていませんね。

[歴史観4]
小保方さんを預かって以来、若山さんは私たちのntES仮説であってすら、ただ小保方さんとヴァカンティ研に対してntES化して別の研究をしているんだよと言ってないだけです。この言ってないことはあの時点でなんら犯罪じゃないですね。ましてや、我々の推測では一時的な時間稼ぎの嘘で、山梨大に助手で来てくれとプロポーズしたら二つ返事のはずだからその時には本当の研究内容を小保方さんに知らせるつもりだったんだということで、何ら犯罪要件を構成していませんよね。それを歴史観を得るための訓練をしていない人たちは、それは"捏造論文になっちゃうじゃないか"と短絡する。一体、この時点でどこにどんな論文があるんでしょうかね。そういう人はSTAP論文が事件化してのちの現在の視点から過去を見ているんです。過去の人になり切る訓練ができてないんです。

[歴史観5]
あちこちの歴史資料館で例えば弥生式土器の出土断片の復元したものが展示されていますが、あれは全断片が残っていたら完全復元できるんですね。今ではコンピューターが断片の形状を全部記憶して組み合わせを決定してしまいます。考古学は理科系の学問で歴史学とは違いますね。断片が少ないときはあるものだけで噛み合う破片だけを組み立てて、残りは白い粘土で補充する。一つには土器は基本中央を通る縦軸に対してシンメトリになってますから推測できる部分が多いんですね。

[歴史観6]
でもたまに下部の部分だけしかなくて上部が何一つないのに複雑な形で復元されている土器をごらんになるでしょう。あれは今度は累積した知識があって、完品の復元データが沢山分類されていて、下部がこの形の時は上部は必ずあれになるというデータがあるんですね。それで上部断片は一片もないのに上部が"お前あの時代にタイムマシンに乗って見てきたのか"と疑義したくなるほど精巧に復元される。学問の力ですね。

[歴史観7]
我々のSTAP事件に対する態度もこの土器の復元と似ています。存在しない部分は合理的な推測で補完するんですね。で、大事なのは全体像が矛盾無く復元されているかということです。弥生土器は全国で大量に発掘されていますからミッシングリングというのは少ない。でもSTAP事件は一回しか起きてない事件なので、他の事例で推測できる部分が少ない。するとあり得る復元像は何通りかできる可能性がありますね。でもどのあり得る復元像も内部に噛み合ってないところ、或いは想像でもいいから合理的に説明できていない部分を残していてはいけませんね。

[歴史観8]
私はそういう意味であり得る復元像としてntES仮説を展開しているんです。"ある論"で誰が全体の復元像を提示してますか。私は何人かそういう努力をしている人を知っていますが、そのうちの誰も、なぜ"ある"のに若山さんは論文を撤回しようとあんなに必死になったのかを、説明された人はいません。つまり完全復元されていないんです。Ooboe さんとパートナー氏は正直にその部分は思いつけないのだとおっしゃってる。誰か思いついて完全復元してあげてください。それ以前に、少なくともOoboe さんたちみたいに完全復元されていないという自覚だけは持たれてください。

[歴史観9]
Ooboeさんから特許に関する質問をいただいています。Ooboeさんとパートナー氏とはやり取りの付き合いが長いのでおっしゃりたいことはすぐわかります。
研究に秘密はつきものだということ、ましてこの共同研究は契約書さへ締結されていないということを思い出されてください。加えて、若山さんは小保方さんをヴァカンティの手から奪いたいと思っている。手記は何度も読み返されていますよね。若山さんが小保方さんをリクルートしようとしていることは最後のRULへの誘いがあった時点での若山さんとのやり取り説明も含めて全部で4か所に書かれていますね。

[歴史観10]
奪いたい理由に二つあるとみています。
①小保方さんの熱心さを見て、自分が今までやってきた研究のブレイクスルーをもたらしてくれると思ったくらい惚れ込んだ。
②たまたま彼女の持ってきた細胞の性格をntES化してみるという課題をみつけた。そして胎盤が光ってるのではないかと思い込んだ。
③そして②は山梨大側での予算獲得のプロジェクト研究の課題と関連して魅力的だと考えた。

①が最大の理由です。この動機がなかったら事件は起きてない。②や派生した③が主因なのではない。

[歴史観11]
他方で小保方さんをヴァカンティの手から奪うためにクリアしなければならない条件は論文を書かせるということですね。小保方さんが助手の待遇で二つ返事しなかった理由もこれですね。<論文が出るまでは>(81P)とくぎをさされていることになっている。この二つ返事のタイミングを失って、罪もないエイプリルフールはまたも種明かしが先延ばしされてしまった。仕方なく若山さんはキメラがナイフ切り分けでできたと小保方さんに書かせたままネイチャーに投稿させ、結果はリジェクトだった。ここで論文は書かせたから、後はヴァカンティのティシュー誌に載せて置いたらいいじゃないかと若山さんは思っていたんでしょ。万が一にでもリバイズになったら自分からああ勘違いだったと断ればいいだけです。

[歴史観12]
ところがヴァカンティは承知しなかった。デイナの取材はここに繋がっているんですね。
>>
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

[歴史観13]
ネイチャーリジェクトを受けてヴァカンティがセルとサイエンスを提示して低いバーを飛びたいのかいと小保方さんを励ましたんですね。ヴァカンティはキメラが本当にできたと思ってますからね。当然ですよね。。若山さんはこんなレヴェルでネイチャーに通ることはないと知ってるから、これで一件落着と思ってたんです。ティシュー誌はヴァカンティ主催だからそこにぶら下げておいたらいい。誰にも再現はできない。結局ネイチャーの査読者がいってたようにESコンタミだったんだろうで消え去っていく。ヴァカンティに問われたら自分が何か間違ったのかなと言って置けば済む。その時はもう山梨大に居て理研の実験室でのことは分からなくなってますからね。小保方さんの核を使ったntES論文はずっとあとから世に問えばいいんです。若山さんの目的は小保方さんを山梨に連れて行くことです。

[歴史観14]
ネイチャーの結果が4月のいつ出たのかははっきりしませんが、ヴァカンティが米国の特許仮申請を出したのは2012/4/24です。この話は小保方さんを通して若干前に若山さんの知るところとなってるはずですね。
で、Ooboeさんのお問い合わせの特許の件はこちらではない。ヴァカンティのは酸浴細胞からキメラができたという論文に関する特許で、彼は今でもキメラができたという部分を外して特許申請維持しつづけていますね。これは認可されるか否かは別にして本物の研究結果ですね。STAP細胞は本物だという言い方で正しいのはこの意味に限定した場合だけです。初期研究に引き続いて酸浴細胞でも試験管内三胚様分化は確認されていますからね。キメラが嘘なだけです。

[歴史観15]
Ooboeさんのお問い合わせの特許は「2012年8月になると…」(手記101P)の幹細胞化論文の特許の話ですね。
若山51%、小保方39%、ヴァカンティ5%、小島5%と若山さんの言った小保方酸浴細胞の幹細胞化特許ですね。増殖能力の弱い小保方細胞を自分の技術で増殖できるようにしたから51%なんですね。ES細胞を増殖したんじゃないですね。Ooboe さんたちに公開請求してもらいたいのは、存在しているなら、このときに作られた特許申請のための諸資料です。そこにどんなことか書かれていたのか。今我々が知っているのはクムリナ書き込みでキメラ胚を使ったということと、後にはその必要もなくなったと書かれていることだけですね。

[歴史観16]
後にはその必要がなくなったというプロトコルってES培地に入れるだけですね。どこにも51%の特許請求できる若山さんの技術はないことになります。クムレナ書き込みはただES細胞を渡されていたんだという言い訳をしているだけで、51%だと言ってヴァカンティ達と争った理由が消えてしまっているとわかります。そもそも小保方さんは2011年にキメラができた時に同時樹立されたと言われた幹細胞をES培地で作れてないし、後に若山さんの培地をもらってやってもできてない。彼はntES化していることを隠したままですからね。できなくて当たり前だ。

[歴史観17]
この特許は結局は正式申請はされていませんね。若山さんと理研知財との間でやり取りされただけで、後に理研とハーヴァード、東京女子医大との共同申請時に吸収された。この時点でもクローン胚に入れたとは書かれてないはずです。小保方さんはやり取りの経緯を見ていますからね。若山さんにとっては通らなくてもいい。研究はまだまだ山梨で続けていく予定ですからね。でも、特許にするつもりですから研究は最終的には本物でなければならないですね。

[歴史観18]
若山さんは
①GFP蛍光は真正のOct4発現を反映していると信じている。
②この細胞は試験管内で三胚様分化した何物かではあると信じている。
③この細胞をntES化してキメラを作ったら胎盤が光ったと信じている。

ntES化することこそ「僕の技術」です。"ヴァカンティなんかには何の権利も"ありません。そして理研で行った小保方さんの酸浴細胞が無ければできない研究という意味で、39%です。ヴァカンティ研を全部合わせたら49%ですね。ES培地で培養してできたなんてことで若山さんの51%に値しますか。そして小保方さんを山梨の若山研に連れてこれたらヴァカンティ研に10%、山梨大に90%の特許になるということでしょ。Ooboe さん、ntESキメラの胎盤が光っていると分かった時、若山さんが舞い上がっていては変ですか?　続きは次回ということで取り合えず以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:47:32|
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