一言居士の独言

[Oct4-GFP蛍光1]
>>学さん
そろそろ本題です。Extended Data Figure 5-a,bの問題からです。
小保方さんはB6の受精卵ESを持ちません。小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのはntESです。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて前提で実験をする人はまともな科学者にはいないはずです。このリヴァイズ実験は笹井さんと丹羽さんの指導で行われている。JAKiの元論文は受精卵ES細胞での実験ですね。誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということになります。査読者がやりなさいといった実験なんですから提供者は笹井研か丹羽研で、若山研ではありません。査読書の到着日は2013/4/4です。若山研は理研にはもうありません。

[Oct4-GFP蛍光2]
FI-SCが多能性細胞であることはキメラができたこと、或いは一歩譲ってもテラトーマができたことにあるわけです。
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっているグラススライド試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

[Oct4-GFP蛍光3]
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんで小保方さんと一緒に作業した。小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しのようですね。でも彼女も東北大です。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを預かっているわけです。東北大は大隅理事長、遠藤さんの出身校であり、東大の松崎さんも東北大の教授経験者ですね。東北大はPNASで小保方さんの細胞論文と争って勝ったミューズ細胞論文を出した学校で業界と提携したプロジェクトもあるところです。Ooboeさんとパートナー氏は太田ESが若山さんの手で東北大の黒木助教授のところに分析依頼に出されている事実を突き止めていますね。FI-SCのキメラを小保方さんに渡したのは無論若山さんで、他の人にはできません。
①はCAG-GFPだとリジェンドにありますからCTS1のAcr-CAGだと思われますが、無論、JAKi検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違います。

[Oct4-GFP蛍光4]
GOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果データが添付されて無いのですから、そもそも多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、CTS1キメラができたんだから、GOF由来FI-SCでもできるだろうと論理的に演繹推論されているだけで実証データはつけられていない。このGOF由来FI-SCがOct4-GFP発現していて、JAKiを入れても発現は消えないという現象が何であり得るかという問題を考えないといけないのですね。

[Oct4-GFP蛍光5]
若山さんは、小保方さんの作ったGOF由来STAP細胞をFgf4誘導したものと言って渡していた細胞があって、それにいろいろと口頭で説明していたものを、笹井さんと小保方さんとで論文化したということなんですから、全部が全部若山さんの考えていたことと一致しないのは当然ですが、彼はGOFマウスからFgf4誘導した細胞はつくった"記憶がない"と言ってますね。大問題ですよね。論文の骨子のところに書かれていて、原稿を送られているのに、見てなかったとでもいうのですかね。まあ、実際そういってますけどね。Figure 2-a,bは何なんでしょうかね。誰が写した写真なんでしょうか。Ts.Markerブログで最初から指摘されていますね。無いものをあるように作ったら捏造です。桂さんに仕事中に寝ないように注意申しあげたいものですね。まあ、無論ただの嫌味ですがね。

[Oct4-GFP蛍光6]
論文が正しいとすると、小保方さんはOct4-GFPが光っているけど、JAKiを入れても蛍光が消えない細胞を持っていたということになる。無論渡したのは若山さんで、FI-SCという名前は笹井さんが命名しただけで、若山さんはCalls TSと名付けていただけですね。ではこの細胞は何か。
①ESの可能性はこの実験によって否定されていることになる。
②GOF由来STAPをFgf4誘導してもできないことが一応丹羽論文に書かれている。
③私はGLSをFgf4誘導した細胞と考えていて、GLSは2011年にGOF由来STAP細胞の核を使用してntESを作り、キメラ胚に入れて再度ES化したGLを2012年になってそのままGLSとしたと考えている。従ってこの現象はさういう細胞の持っている性質だと考えている。

[Oct4-GFP蛍光7]
丹羽さんの検証結果と初期の小保方さんの実験成果を踏まえると、若山さんは小保方細胞核を使用してクローン胚を作った時に真正の小保方細胞には当たっていないとわたしは考えています。従って、彼の作った細胞はただたんに白血球細胞を使ったntESをキメラ胚に入れて再度ES化した細胞の本来持っている性質を表していて、結果的にはSTAP細胞は不要な実験だったのだと思っています。この細胞はFgf4誘導された結果、JAKiを入れても分化を起こさないという性質を持っているということです。

[Oct4-GFP蛍光8]
これだけのことは押さえたうえで、Extended Data Figure 5-e,fの問題を考えようということです。最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと同じ株であるのかということです。もし違う株を使ってると話が変わる。でも普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は光ってるではないか。まずはその原因から考えることになる。私は結論は持っていないんです。ロゴスの導くままに推論するだけです。次回にします。以上です。



[学さんへの返事1]
>>学さん
>上記のコメントですが、2013年、1月、6月にＧＲＡＳに持ち込んだＴＳ２が何物かは桂報告書に書いてあるのでしょうか？ＴＳ２とは、何ものなのか？がわかる記述がありますか？

あります。すでに挙げていますが再掲します。

[学さんへの返事2]
(桂報告書15P)
２－３－１－２．ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ（公共データ ベースに公開）)、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。

[学さんへの返事3]
要するにデータの出所は三種類なんです。
① NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ（公共データ ベースに公開）)
②本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データ
③本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)

<ＴＳ２>は②の出所で、①に無いものです。

[学さんへの返事4]
(桂報告書16-17P)
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。

[学さんへの返事5]
(続き)
再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

[学さんへの返事6]
TS2とFI-SC3が6月提出だということは報告書(スライド)の方の表で分かります。ただしスライドは<1月:最終>と書かれているけどこれが<6月:最終>の間違いだということは報告書側の記載からFI-SC2が1月でFI-SC3が6月になることからわかります。1月と6月では査読(2012/4/4)の前と後に分かれるので、これはわざと間違えて書いている可能性が高い。わざと分かりにくく書いているんです。

[学さんへの返事7]
>>学さん
>ＦＩ－ＳＣ3に混じっていたのはＣＤ１だとかいてあります。桂報告書26Pに書かれた丹羽研のＴＳは何マウスからか？は書いていないです。2012年8月のＴＳ１は、Ｃａｇ入り１２８ｘＢ６とあります。丹羽研が用意したとわれるＴＳは、何からか？はわからないのではないですか？

16Pのに関して、報告書(スライド)にもと書かれていますし、また自己点検報告にもあるし、公開データ登録された記載もある。これはいいんでしょ。26Pの<丹羽研が用意したとわれるＴＳ>は16Pのなんです。このことは次のご質問への回答でご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事8]
>>学さん
>ＦＩ実験と言うのは、2012年早々にやっていて、5月に樹立とあるので、ＦＩを用いた実験はその前からやっているでしょう。若山研での実験の最中に、他の人がＧＲＡＳにサンプルを持ち込んでいると考えました。

そう考えることはできないのです。GRASというのはCDB内の別の組織なんで依頼された分析に関してはすべて記録が残されていて、かつデータだけでなく残存サンプルもあったんです。FI-SCに関して若山さんが認可した分析依頼関係は2011年8月、笹井さんたちが依頼したのは2012年1月、2012年6月の3回だと桂調査チームがが報告しているんです。もっと以前に小保方さんの実験関係で依頼されたのはFI-SC関連の分析ではありませんでしたね。メチル化実験の分でした。
これで26Pの<丹羽研が用意したとわれるＴＳ>は16Pのだとご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事9]
>>学さん
>上記のレフェリーの指摘は、ＳＴＡＰ実験全体へのＥＳ，ＴＳコンタミへの警告だと思います。ですから、ＥｘｔＦｉｇ５efに限定した話ではないと思います。

以下の下りはのことを論じています。<ＳＴＡＰ実験全体>の話ではありません。この査読者要請は2012/4/4以降に実験実施されたものです。若山研で行われたものではありません。若山さんが記者会見で自分のところではできない実験があるとおっしゃった実験はこのJAKiの実験しか該当しそうなものはありませんよね。

[学さんへの返事10]
(続き)
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells).

[学さんへの返事11]
訴訟で裁判所に呼び出されたとき、検察の言うことは聞くがお前の言うことは聞かないと裁判官に言われた被告は、その裁判官の弾劾運動を起こして罷免するよりないですね。そもそも手記を読まないで何か事件に関して語る資格はないと思います。両者の言い分を聞いて客観判断するのが裁判です。Oct4-GFPだと書いてある論文に対してそれがCAGだったらなんて、笹井さん、丹羽さん、小保方さんが捏造しているのだと仮定することですね。まず論証するか実証するかしてからにしてもらわないと。桂報告書の非論理は我々がすでに指摘しているんですからそれに対して具体的に反論があれば受けるだけですね。まず事件の全体像を構築してこないと。以上です。私の場所に戻ります。

1. 2019/06/01(土) 10:44:51|
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