一言居士の独言

[配慮1]
>>学さん
「議論のためのスペース用です」に私の"あのね"さんへの回答である<学さんこっちでやれと言う意味ですね1～6>がアップされている。ここで私が間を置かずに連続投稿して書き込み禁止になったものですから、ひとつ前の「特殊人たちが集まっている事が示せて、何らかの意味はあったかと思います。 」に<学さんこっちでやれと言う意味ですね7～14>を書き込んだ後、<どのように考えるか1,2>を送りました。後者はアップされて今の議論に繋がっているんですが、前者はアップされていませんので、"あのね"さんや、"おそまつ"さんは僕からの直接的もしくは間接的表現であれ、返事を受け取れていません。御多忙でしょうが、急ぎませんのでアップしていただけるとありがたいです。僕のコメントは最後に必ず"以上です"と入りますから、それが無いときは終わってないということです。連番が欠けていてもアップが無いとわかるはずです。

[配慮2]
先生が女性らしい御配慮でもコメントを取捨選択なさっておられるのはわかってますが、私には私の書き込みに関するポリシーがあるんです。私のためにご配慮いだだく必要はありません。書き込みによる自分自身への影響は自己責任と自覚しています。無論ブログ主ですので、取捨選択はご自由で、それが気に入らないコメンテーターはここに来なければいいという選択肢があることも分かっております。

[配慮3]
さて本論ですが、「議論のためのスペース用です」にLさんの新しい書き込みがあったということですね。私は学さんへの回答と自分のコメントのアップに注意を取られていて気づいていませんでした。
>>
吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。

[配慮4]
私のTCR再構成に関する理解はに書いていますから、私の理解の程度はご存じのはずなので、私の泥縄の理解レヴェルに合わせてご説明願いたいです。

①吉村先生は、・・・

この情報知りません。出典教えていただきたい。

②T細胞が1個、キメラに入ると・・・

キメラ胚に一個のT細胞STAPを入れてキメラを作製したと仮定した時という意味ですか、それとも実際にそういうことをして検証されている論文がある話なんですか?

[配慮4]
③D2J2で検出されるのは、・・・

PCRで最終的に再構成された遺伝子断片を検出した時という意味ですか? アーティクルのマテメソにある二つのプライマーで探している部位のことですね。
>>
PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination.

[配慮5]
④0本から2本といっていますね。

PCR産物をゲルに流したときに現れる線が0から2本という意味ですか? 僕はここが理解できませんから、知識に欠如があるんですね。ご指導願います。
因みに私の理解は一個のT細胞由来STAP細胞移植キメラが作られていたとして、そのキメラのドナー細胞由来部分の体細胞をPCRにかけた場合、そのT細胞が受容体再構成を受けていないものだったら、増幅されたPCR産物はGLラインに集まってきて、1本の線が現れる、また、再構成を受けていたT 細胞であった場合は下に下がるほど徐々に短くなって軽くなったものが集まる仕組みのラダーのどこか一種類の線の場所に集まるというものですから、無論、1本現れるというものです。

[配慮6]
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
<0本から2本>の意味が「0か、長いか、短いかの三通りだ」という意味なら分かりますが、出典を確認していないのでそこもよく分かりません。

⑤D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います

上述の通り、私の泥縄理解ではそれはD2J2領域、もしくはD2、J2のプライマー部位のどちらかが欠失している細胞のDNAだということになる。

[配慮7]
⑥Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。

これは特許図の話ではありませんし、15-29という一部しかないものですから何とも言えませんね。第一僕の理解を先に修正しないと、間違った理解の頭でこんな話はできません。以上です。ご指導下されたし。私のブログの件はもう少し待ってください。

[病院帰り1]
行き帰りの運転中に考えて分かりました。T細胞の受容体再編成は相同染色体上の片方だけに起こるんでしたね。1本の場合は再構成の起きてないT細胞、2本が再構成を起こしているT 細胞ですね。GLと別にもう1ラインですね。0本は分からないままです。以上です。

［0本の意味と特許20図1]
>>学さん

Lさんの書き込みの特許図に関してのコメントについてのみ事実指摘します。

>特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。

［0本の意味と特許20図2]
Lさんは血液細胞が入ったことを認めておられますね。
>
特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。

［0本の意味と特許20図3]
学さんも英語版お持ちでないようですのでURL貼っておきます。
*ttp://kanda-ip.jp/wp-content/uploads/2014/01/id00000022883817.pdf

>しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。

確認されればお分かりのように、事実はLさんの推測通りですね。翻訳が雑なだけです。Lさんも英語版を読まれてないんですね。

［0本の意味と特許20図4]
私の前回のコメントは以下です。
>>
[TCRの件24]
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。

［0本の意味と特許20図5]
>なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。

問題はここですね。#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure　2-gの　も同じでしたね。

［0本の意味と特許20図6]
このことに関する私のコメントは以下です。ただし、この時点では相同染色体の片方の存在を失念している。でも無いという意味では同じです。無いということはこのケースで正常な細胞で正常な検査をやってればあり得ないと思います。

［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件10]
(Extended Data Fig. 2g)の方はどうかというとTcell STAP #1にはあるが、#2にはバンドが何もない。つまりベータ鎖部分のDNAが分解されてしまっている細胞群ということになりますね。どんな細胞であれ、再構成されていないときにはGLに溜ってこないといけないですね。再構成されて短くなった奴の長さの順番にラダーができる。一番短い奴が最下段にまでひっぱられる。検体は(本文)によればですよね。でも検体は同時にです。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。遺伝子であったらDNAは全部分解されているわけではない。するとベータ鎖部分だけが分解してしまったということになる。もし残存蛋白質なら死細胞自体のDNAが全部分解されてしまっている集団だったのかもしれない。なぜラダーが何にもないのかの説明は書かれていませんから読み手には分かりませんね。理解はそこで止まります。

［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件14]タイトル連番抜けたので再送です
対して(本文)のという書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。

［0本の意味と特許20図7]
ここに吉村さんの出典の分からないコメントが関係している。

>吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。

吉村さんの<0本>の意味も、という学さんのコメントの意味も私には分からない。教えてください。以上です。

1. 2019/06/02(日) 08:09:32|
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