一言居士の独言

思いがけず重大局面にきてしまいましたね。TCRで決着がつくとは思ってなかった。ゲル写真が2Nキメラのものでなかったらこれは小保方さん、もしくはそれを手伝った人の捏造だということになってしまいます。2Nキメラだとしたら若山さんが犯人だと決定です。T細胞でキメラが作られている。若山さんは太田ESを渡されたと主張している。T細胞の由来のキメラがあるというだけで若山さんの主張は破綻します。

あの特許と石井調査時の二つのゲル図にあるキメラマウスの体細胞のTCR結果は桂報告書にとっては捏造でなければ困る。
登場したのは吉村さんでした。彼のコメントを貼っておきましょう。ただし、これは論文のSTAP細胞のTCR結果に対するもので、特許と石川調査のゲルに関して言ってるのではないが、原理に関して語っているところは後者にも通じることですね。

"吉村 より:
2014年3月21日 00:57
たまたまこちらの議論を見かけました。この状況でもSTAPとTCRについて科学的な議論をされているので大変感激しました。多くの疑問は""最後にもう一度TCR” http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350 をお読みいただければご理解いただけるのではないかと思います。発生学者はCD45陽性の分化した細胞からでもOct4陽性の細胞ができたのだから『未分化細胞からでも万能細胞が出来た』と割と気楽にポジテイブに結論ずけようとします。つまりよい面を評価して伸ばそうという姿勢でそれはそれで評価できます。しかし論理性の強い免疫学者は『仮説以外のあらゆる可能性を排除しなければ仮説は正しいと認めない』という堅苦しい人が多いのです。もしSTAP幹細胞やキメラでTCR再構成がひとつでもあればそれはもう逆らえない証明なので『未分化T細胞から万能細胞が出来た』と肯定せざるを得ません。しかし今回のようにSTAP細胞と呼んでいる細胞のかたまりにしかTCR再構成が見つからない場合（幹細胞やキメラには見られない）、現在の知識で一番合理的に説明可能な『ESの混入』あるいは『未同定の組織幹細胞』の可能性を排除しない理由は考えられません。それらの混入の可能性を実験的に排除するためにTCRを持ち出したのに結局それに答えていないのでさらに疑惑が深まるという構図になっています。CD45陽性分画からスタートしたのだから組織幹細胞は入らないというのは幻想で、FACSの純度は不明ですし、未知の幹細胞はCD45陽性かもしれません。
"
"もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは１つ（または２つ？）のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい１本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。
こんな形而上学的な議論は実はたいした意味がなく、純化したT細胞から作ったSTAP細胞でキメラを作製するとか、4Nキメラで解析するとか、キメラの子孫でTCRの解析をするとか、不確実性を可能な限り排除した感度の高い方法で実験すれば何の問題もないはずです。現在丹羽先生が再現実験をされているそうなので次回ぜひこのような疑問点を解消していただければと思います。
ただ今回の議論で免疫学者は『もっぱらアラさがしをしてポジティブな面を評価しようとしない』傾向があることに自分でも気がつきました。厳密な論理性を要求する学問であるからか、免疫はなかなかとっつきにくく若い人に敬遠される理由がはからずもわかったような気がします。
なおTCRが単一の4Nキメラマウスでは免疫不全になるかもしれませんが、通常の動物実験室の環境でしたら生存できます。TCRトランスジェニックマウスと似たようなものです。"

吉村 より:
2014年3月22日 20:48
とも様
私も粗忽者で間違いが多く、とてもとても尊敬されるような立派な学者ではありません。仲間にはザルと言われています。ただ一応免疫学の専門家ですので学生や一般のかたに興味を持っていただけるチャンスと考えて解説をしているだけです。
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。
ですので理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。よってバンドが見えるとすれば１つか２つでともさんの考えは正しいと思います。それぞれの可能性の確率がどれくらいなのかは原著をあたらないとちょっとわからないのですが、明らかにこの方法ではTCR再構成が起こっても全く検出できない不確実性がついてまわります。もしTCR再構成をT細胞由来の染色体のマーカーとして使うのであれば、さらに確実な方法で確認したほうがよいと思います。例えば汎用型のVDJでのPCRプライマーで検出する方法、サザンブロッテイングを行う方法、あるいはwholeゲノムシークエンスシングを行う方法、TCRβレパトア特異的抗体によってFACSで解析する方法などいくつか考えられます。いづれにしましても出発細胞を純化したT細胞やB細胞にすることでCD45+よりも検出感度が格段に上がるはずですのでぜひ再試験ではそうしていただければより確実だと思います。

1. 2019/06/04(火) 13:48:39|
2. STAP事件
4. | コメント:36

もし2Nキメラだったら若山さんが犯人だったということになるのね。これは2Nキメラのゲル写真じゃないと言わなくちゃいけないわね。若山さんは誰かが代わって言ってくれないかなあと望むかしら?

1. 2019/06/04(火) 13:52:33 |
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さて、望むか否か、望んだだけか否かは別問題だとして、最初にこの問題を解説したのは又も、例の査読文書をどうしてこんなコンフィデンシャルドキュメンツが流出しているのだと訝る文言とともに更にネットで余計に世間にまき散らす仕儀を行った吉村さんだったね。序にESとTSのコンタミだなんてわけのわからん理屈をこねた遠藤論文から謝辞を送られているのも吉村さんだねえ。

1. 2019/06/04(火) 13:53:46 |
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TCR再構成のラダーが出ている以上あれはT細胞由来の何らかの細胞だ。キメラでなかったらT細胞そのものだということにしかならないね。

1. 2019/06/04(火) 13:54:56 |
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誰がこの実験を行ったのかな。

1. 2019/06/04(火) 13:55:46 |
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西川さんが小保方さんに必要な試薬をあげるからTCR再構成の確認をやりたまえ(手記97-98P)とアドヴァイズしたんだから、やったのは小保方さんと西川さんのところの研究員が助言し、若山研のラボメンバーも手伝ったかな。調査が無いから分からないね。

1. 2019/06/04(火) 13:56:31 |
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でも、そこに書かれているのはSTAP細胞のTCR再構成のことだけで、キメラの体細胞を調べたということは何も書かれていないわよね。この検査は誰が行ったのかしら。小保方さんは論文にはキメラ尾部の検査について触れているんだけど手記にはこのことは書いてないのね。

1. 2019/06/04(火) 13:57:16 |
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ところがちゃんと調査はされているのさ。石井調査報告にある。
>>
調査結果
小保方氏と笹井氏の連名により提出された Figure 1i の元になったゲルの写真 の電子ファイルと実験ノート類及び同図の作成経緯と方法の書面による説明、並 びに両氏からの個別の聴取内容を精査した結果、Figure 1i の図は 2 つのパルスフ ィールド電気泳動ゲルを撮影した２枚の写真に由来する加工画像であることを確 認した。同電気泳動においては、合計 29 のサンプルを、サンプル 1 から 14 をゲ ル 1 に、サンプル 15 から 29 をゲル 2 に電気泳動したこと、Figure 1i のレーン 1, 2, 4, 5 がゲル 1 の左から 1, 2, 4, 5番目のレーン（標準 DNA サイズマーカーを レーン 0 として左から番記）に相当し、レーン 3 がゲル 2 のレーン 1（同）に相 当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。なお、ゲル 1 のレーン 3 とゲル2のレーン1はともにT細胞受容体遺伝子再構成を示すポジティブコント ロールであり、それぞれ脾臓の CD45+血液細胞と CD45+CD3+ T リンパ球由来の DNA の PCR 産物を泳動したものである。

1. 2019/06/04(火) 13:58:16 |
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あら、でも石井調査のゲル2の2Nキメラは27-29の3つよね。特許図には#1-#9まであって、石井調査のゲル2の2Nキメラの電気泳動写真と同じパターンのものはないから特許図は別ものね。これって小保方さんじゃない可能性もあるのね。

1. 2019/06/04(火) 13:59:00 |
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石井調査チームはここに2Nキメラの電気泳動写真があるということの重大さには当時まだ気づいていないね。27-29は小保方さんが行ったものだ。27と28はそっくりで29がほぼ同じなんだけど違うラインも少し出ている。そして何より重要なのは一番上のGLラインが無いということだ。

1. 2019/06/04(火) 14:00:01 |
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学さんのところでちっとも要領を得なかった問題だわね。吉村さんの説明の怪しさとも関係しているところね。

1. 2019/06/04(火) 14:00:44 |
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あたしたちのntES論ではキメラのTCR再構成は一種類でGLともう一本のみで、あんなに何本も出ることは考えられないんだから、ここを素直に見る限り、これは私たちのntES論が間違ってる可能性を示すものだわね。

1. 2019/06/04(火) 14:01:48 |
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24-26がSTAP細胞だ。これは主にT細胞の酸浴細胞でGLラインが極端に薄い。キメラもそうだね。先にこの問題を理解できないとどうしようもないね。学さんはあの対応だと我々ど素人の真剣さをなめてるな。そんなもんだと思えみたいな。無茶苦茶だ。ここは我々のntES論が間違ってることを証明されているところかもしれないからとても重大だ。間違ってたら別の道を探さなくちゃいけなくなるんだからね。

1. 2019/06/04(火) 14:03:05 |
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時間はなんぼでもある。ははは、まあ他力ってそんなもんだ。所詮は自分で調べるしかないのさ。結局基本は論文にある通りだからね。(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだと書いてある。再構成を受けてないときの最長の長さの断片のたまってくるのがGLのラインだね。それが無いというのはそういうDNA断片が最初にとても少なく入っていたということだろ。PCRというのは二つのプライマーで挟んだ部位を検出可能量まで増幅増量するだけなんだから、最初に存在していた分量が大まかに反映されるんだよな。

1. 2019/06/04(火) 14:04:01 |
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まずはGLに集まっている断片はTCR再構成を受けていない細胞のDNAから検出されるものだから、普通の細胞は皆このGLに集まるね。特許図のESとか繊維芽細胞に出ている結果がそれだね。すべての細胞は完璧なDNAセットを持っていて、ただそれがエピジェネティックに修飾されて働かないようにコントロールされている。PCRにかけるときは全部ほどいてすべてを出してしまっているから、(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだ部位は必ず存在している。TCR再構成は相同染色体の片方だけで起きるのでPCRにかけた時は再構成してない側のGLバンドが必ずある。だからGLが無いケースというのは僕の理解ではないので学さんとLさんに質問しているんだね。

1. 2019/06/04(火) 14:09:04 |
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彼女は途中から我々のコメントをアップしなくなった。そして一部だけを都合よく利用していたね。そして後に分かったがLさんのコメントもアップしてなかった。もちろん向こう側のは以前からだし、こちらですらこうなんだからあちらは当然そうだろうとは推測していたけどね。

1. 2019/06/04(火) 14:10:04 |
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向こうでも相変わらず怒ってるが、こちらにはもっと怒るべき理由が別にあるからなあ。もはやあそこで議論することはないだろうな。

1. 2019/06/04(火) 14:11:08 |
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Lの奴、一研究者ブログでのことに触れて、自分がスピン屋グループだということを暴露しちまいましたね。引っかかりやがった。あっしは「相変わらず探針の分からん奴だ。ははははは」と返信してやりましたから、学さんはアップするかなと興味深くみてますよ。ははははは。

1. 2019/06/04(火) 14:11:52 |
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Lさんって手記読んでない人でしょ。それに血液は混じっていて、かつ小保方さんの捏造もあるって、支離滅裂よね。自分でT細胞由来キメラがあるということを認めたら犯人は若山さんになるということにすら気づいてないんでしょ。

1. 2019/06/04(火) 14:12:49 |
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僕は今まで彼を信用したことはないよ。DORAさんブログを立ち去った時の言葉が面白かったな。あれは研究者ブログにいた"在米ポスドク"なんかの類だな。

1. 2019/06/04(火) 14:13:48 |
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吉村さんと同じくスピン屋さん側なんだよ。自力しかないよ。

1. 2019/06/04(火) 14:14:43 |
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まあ、それはともかくとして我々の理解に不備があるのは明らかだね。だってGLのないゲル写真が現にたくさんあるんだからね。だからこそ学さんに聞いたんだよな。

1. 2019/06/04(火) 14:15:33 |
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そうね。つまり(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだ部位の無い、もしくは少ないケースがあるということだ。これはさすがに動かないよ。

1. 2019/06/04(火) 14:16:20 |
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プライマーの選び方が、それでいいのかという問題なのね。小保方さんの理解はArticle Extended Data Figure 2-eにあるわね。D2とJ2で挟んだらTCR再構成を起こすべき部位を検出すると考えていて、その両端のプライマーを25bpずつ取って(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)としているということね。このプライマーが正しく両端でなかったら大変ね。

1. 2019/06/04(火) 14:17:05 |
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誰一人指摘しないけどね。常識的には専門家に聞けばプライマー配列は既知のはずだけどね。プライマーは業者に作ってもらうんだけど、業者は言われたとおりに作るだけだからね。小保方さんが違う場所と間違えていたら挟めない部位が出てくるね。でも、西川さんのところの研究者が手配してくれているんだろ。考えにくいよな。

1. 2019/06/04(火) 14:18:09 |
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でもいろいろ調べた結果、結局そもそも小保方さんはこのTCR再編成を起こす遺伝子領域の全てをカバーするようには挟んでないんだね。我々は最初漠然とβ鎖作成遺伝子部位の全領域だと思ってたからな。全領域カバーするととてつもなく多くなってしまうんで、適当な箇所だけに絞って再構成があるかないかの有無を調べているんだね。。

1. 2019/06/04(火) 14:19:06 |
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それだと完全な調査ではないわね。そもそもあればラッキーだというだけで、なかったからと言って由来がT 細胞でなかったなんて全然言えないのね。
丹羽さんは記者会見の説明でTCRの無かった原因にそんなことを言わなかったわね。

1. 2019/06/04(火) 14:20:11 |
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彼はTCRのない細胞も混じっていると言ったんで僕らど素人は今度は脾臓段階でTCR再構成をまだ受けていないT細胞もあるのかと思ってたね。でも説明してもどうせ分からんだろうということで一般人を舐めた説明になっていて、これは今となっては小保方さんが挟んだ領域においてTCR再構成の無いものもあるという意味の説明だったのかもしれないね。こういうのって日本人の欠点ね。他の分野でもそうだ。相手の理解は間違ってるんだけど面と向かって訂正しないでそう思ってればいいよ、そういうことにしとこうというような、和をもって尊しとなす思想ね。日本教だね。公開の場での討論の習慣がそもそもないというより、悪とされている倫理観だからね。

1. 2019/06/04(火) 14:21:26 |
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そういうのはいけないわよね。申し上げているのは概略的な説明なので細かくはいろいろあるんですよとちゃんと説明しないといけないわね。自分のレベルが本当に高い場合は、相手のレベルを判断してちゃんと分かるように説明することはできるのよね。小林秀雄の岡清、そして湯川秀樹との対談で、専門家があんなに難しいことを嘘にならないように、でも、ど素人にでもちゃんとわかるように説明することはできると証明されているわよね。

1. 2019/06/04(火) 14:22:27 |
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マウスのT 細胞のβ鎖関連DNAの場合、具体的に何個ずつかはまだ調べてないけど、 VもDもJも数十個あるようだね。TCR再構成ってその組み合わせよね。どんな組み合わせにせよ、体細胞だったら二つのプライマー間に挟まれている部位が必ず存在しているね。だからGLに並ぶ。でもT 細胞の場合、相同染色体のどちらもβ鎖のDJ再編成までは起きているんだね。T細胞では相同染色体の両方とも普通の体細胞よりβ鎖製造遺伝子が短くなってる。

1. 2019/06/04(火) 14:23:35 |
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学さんは免疫学は専門に近いよ。お医者なんだからね。免疫の仕組みも知らないでは医者は務まらない。でもこの事件で自分の深い知識による理解がどう解明に関与するのかに関しては我々ど素人より分かってない。だから我々の方が学さんの知識の提供を求めているんだよな。我々がいまさら医者や研究者になろうなんて考えてるわけもないんでね。高い位置から我々のレヴェルは見えるはずだから、その我々のレヴェルに応じてこの事件解明に必要な知識を与えてくれたらそれでいいだけなんだけどな。嫌なら嫌で我々は立ち去るだけの話だ。

1. 2019/06/04(火) 14:24:39 |
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今、やっといろいろと昔の書き込みを紹介してくれているね。我々も動画なんかでチェックしたが、結局DNA上のVDJの並んでいる並び方の構造がちゃんとわかればなぜGLの無いものがあるのかが分かるんだろ。

1. 2019/06/04(火) 14:25:34 |
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僕はまだ分かってないよ。ネットでいろいろ調べるがまだマウスのケースで、β鎖を作り出す遺伝子の分類、それぞれの全体の総個数までは分からないな。ヒト細胞の説明で以下のような繋がり方なのかなというのはあるね。
V1-D1-J1の123・・・D2-J2の123・・・D3-J3の123・・・
V2-D1の2-J1の2の123・・・D2の2-J2の2の123・・・D3の2-J3の2の123・・・
V3-D1の3-J1の3の123・・・D2の3-J2の3の123・・・D3の3-J3の3の123・・・
小保方さんは(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだ。
つまりD2とJ2の6番目で挟んだ。とても狭い領域だ。で、相同染色体の両方でDJ再編が起きて後、V-DJ再編が原則片方で起きる。この理解だと片方にどうしてもGLは残るんだよな。GLってこの場合D2とJ2の6番目の間で再構成されていない長さの遺伝子断片のことだ。

1. 2019/06/04(火) 14:26:48 |
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吉村さんの説明にスピンが無い限り、まだ私たちは彼の説明を理解するところに至ってないのよね。
>>
もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③GLと組み換えの2本
④検出無し

1. 2019/06/04(火) 14:30:04 |
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②と④は我々の理解ではないんだよな。まだ何か間違ってるな。

1. 2019/06/04(火) 14:31:00 |
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GLの無い事例がファクトとして現にあるんだから私たちの理解が間違ってるに決まってるのよね。そして私たちは<V-DJ再編が原則片方で起きる>と考えているから②と④がないのよね。両方で起きるとしたら無くてもおかしくない。その場合は相同染色体の片方でのみ起きたら他方は止まるという理屈とどう絡んでいるのか。そのあたりのもっと詳しい理解ね。

1. 2019/06/04(火) 14:32:23 |
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1. 2019/06/04(火) 14:34:16 |
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