一言居士の独言

さてさて、いよいよ査読流出の件以来我々の理解ではスピン屋さんであるはずの吉村教授のコメント理解へのチャレンジですね。登場人物たちはいったい何時になったら完全理解に達するのか。見ものです。

1. 2019/06/04(火) 22:20:21|
2. STAP事件
4. | コメント:20

ちょっと間違えたわね。吉村さんの原理は5バターンだったわね。一つ抜けたわ。
>>
もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③GLと組み換えの2バンド
④組み換えだけの2バンド
⑤検出無し

1. 2019/06/04(火) 22:21:11 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

いきなりそこに行かないで吉村さんの話はSTAP細胞のゲルのパターンの原理として言ってて、キメラの話じゃないね。

1. 2019/06/04(火) 22:21:59 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

原理は同じだけどね。後々誤解されるといけないね。彼はこの時点で論文さえ読んでないと言ってる。だからそのあたりの経緯は後でやればいいさ。今はなぜ小保方さんのやり方でGLラインが出ないのかということだけを先に解決したいんでしょ。

1. 2019/06/04(火) 22:22:46 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

分かったわ。じゃそこの引用からだわ。
>>
ともさんの疑問についてですが、VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。
次にVDの組み換えが起きますが、対立遺伝子排除の機構は主にこの時期に働きます。つまりまずD1J1, D1J2, D2J2の組み換えのいずれか、あるいはD1J1とD2J2の両方の組み換えが両アレルで先に起こって、それからどちらかのアレルのVがDJとくっつく。ここで機能的なTCRβができればもう片方のVD組み替えは起こりません。これが対立遺伝子排除といわれる現象です。もし機能的なTCRβが出来なかった場合はもう片方の染色体でVDの組み換えが起きます。

1. 2019/06/04(火) 22:23:29 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

そこに我々のまだ知らないことがあるんだね。吉村さん曰く、D1J2で組み換えが起きると言ってるが、ここでD2が欠落するとプライマーで挟めなくなるよな。でも我々はD2を跨いでの切り取りが起きうるということは知らなかったよな。それに正しいかどうかもまだ調べがついてない。

1. 2019/06/04(火) 22:24:32 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

明日もまた病院で街に出るから免疫学の入門書でも買ってこようかな。ウィキの泥縄ではどうにもならないね。小保方さんのArticle Extended Data Figure 2-cを見たらだれでも誤解するよな。D2は常にある形だと思ってる。でも吉村さんの説明が本当なら、この形で長いのと短いのができるのではなくて、初めからD2のないのがある。その時は無論検出されないんだね。

1. 2019/06/04(火) 22:25:12 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

でも、仮に吉村さんが本当のことを言ってるとしてもその結果は理屈上以下にはなり得ないところがまたややこしいところだね。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③GLと組み換えの2本
④組み換えだけの2本
⑤検出無し

1. 2019/06/04(火) 22:26:01 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

まずD2を跨いでの切り取りもあるのだと仮定して、というよりいくらスピン屋さんだとは言え、免疫学の専門家がこんなところに嘘を入れてたら後で物笑いになって業界で生きていくことはできなくなるだろうから本当なんだろうけど、この場合のDJコンビネーションで欠落したD2エクソンは両相同染色体で欠落しているという理屈よね。彼は<VDJ組み換えではDJが先行して起こりますので両方の染色体でDJ組み換えが起きます。>と説明している。小保方さんはD2で挟もうとしているんだからこのケースでは両相同染色体とも挟めないので検出不能ね。つまりバンドは何も出ないで全体が真っ黒になる。見本としては17とか24に近いかな、でもこれらは下方に1本線があるわね。でもイメージとして真っ黒という感じね。

1. 2019/06/04(火) 22:26:48 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

その場合は⑤の検出無しのケースに該当するのね。小保方さんの二つのプライマーでは挟めないケースね。

1. 2019/06/04(火) 22:27:24 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

そういうことになるわね。他の①②③④は何らかの検出があるのだから小保方さんのプライマーで挟めたということでしょ。小保方さんのプライマーは論文にある通り、(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)だからD2とJ2の6番目のエクソンで挟んでいる。D2とJ2の6番目のエクソンは必ず残っているが故に検出されているんだから、J2の12345の中から一回で切り捨て去り得る組み合わせ数になる。
1.2.3.4.5の5通り
12.23.34.45.の4通り
123.234.345の3通り
1234.2345の2通り
12345の1通り
全部で15通りのリアレンジメントがあり得るのね。この領域でリアレンジメントが起きなかったら何も切り捨てられていないからGLになるのね。それも入れると16通りね。この段階は両染色体で全く同じ形になっている。そしてこの後にV-DJリアレンジメントが基本片方だけで起きる。まれに両方で起きる。でもこの段階では最初に起きたDJアレンジメントの形は保持されたままね。つまりDJリコンビネーションが起きた後の変化は小保方さんの挟み方だと何も関係しないということね。

1. 2019/06/04(火) 22:28:22 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

D2が欠落していたら⑤の検出無しでいいわけだね。ではそうでないケースはどういうことになるのかな。

1. 2019/06/04(火) 22:30:53 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

両相同染色体ともに同じ形なんだから、組み換え無しだったら①のGLの１バンドだね。組み換えが起こっていたら組み換えだけの1バンドだね。どちらも同じ形になっているからね。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③検出無し

1. 2019/06/04(火) 22:32:02 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

でも、吉村さんは以下の5通りと言ってる。まだ我々の理解が及んでないか、そろそろこのあたりからスピンが始まっているのか。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③GLと組み換えの2バンド
④組み換えだけの2バンド
⑤検出無し

1. 2019/06/04(火) 22:33:07 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

明日街に出るから本買ってこようかな。

1. 2019/06/04(火) 22:34:07 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

我々は既に搦め手から若山さんが犯人と間接的な証明を終わらせていて、吉村さんや遠藤さんが若山さんのために出てきた経緯を知ってるから、何をしたがっているのかは分かっていて、都合の悪いことをごまかそうとしているんだよな。

1. 2019/06/04(火) 22:34:59 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

2Nキメラの体細胞のPCR結果が本物だったら困るのよね。その場合例えば太田ESでないことは自明になってしまう。あはははは。このPCR結果はでたらめだと言わないいけないのね。

1. 2019/06/04(火) 22:35:49 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

さあ、こんなところからすでにもうスピンなのか、それともまだ違うのか、あるいはずっと違うのか。ずっと違うその時は我々はntES論を捨てて別の道を探すことになるだろう。

1. 2019/06/04(火) 22:36:45 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

へぇー、ワトソンさん。その時、どこに別の道があるの?

1. 2019/06/04(火) 22:37:37 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

全ての道は歩いたはずだなあ。どこかに間違いがあるということになるしかないね。ま、それよりもホームズが明日免疫学の本を買ってくると言ってるから、それからでいいじゃないか。急ぐと棺桶が近づいてくるだけだぜ。

1. 2019/06/04(火) 22:38:32 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽⚽

1. 2019/06/04(火) 22:40:11 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]