一言居士の独言

シャーロック・ホームズ氏が教科書を買ってきてお勉強をするとおっしゃってますが、何とか正解に近づけるのでしょうかね。心もとない。

1. 2019/06/06(木) 06:37:28|
2. STAP事件
4. | コメント:20

『スタンダード　免疫学』　ってのを買ってきたぜ。理学、薬学用の免疫学の入門教科書みたいだな。

1. 2019/06/06(木) 06:46:33 |
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どうなんだ?

1. 2019/06/06(木) 06:47:23 |
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今から勉強するが、ざっと読んだが、あちこち理解が違ってるな。ただ、このレヴェルではまだ無理かもしれない。吉村さんの５パターンになるのは相同染色体のどちらも独立してDJ変換している場合ではないかと、病院へ行く途中の運転中にふと思ったけどこの教科書ではそこまで書いてなさそうだ。

1. 2019/06/06(木) 06:48:19 |
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それはそうだと思って確認すればいいだけだわ。両相同染色体がどちらも違う組み換えを起こしていたら以下になるわよ。
①GLの１バンド
②組み換えの1バンド
③GLと組み換えの2バンド
④組み換えだけの2バンド
⑤検出無し

1. 2019/06/06(木) 06:48:59 |
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結論は一致したが吉村さんの①は二つのケースがあるんだね。それを分けると6パターンだ。
①GLの１バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)

1. 2019/06/06(木) 06:49:38 |
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で、DJ組み換えは相同染色体で別々に起きるのかね?

1. 2019/06/06(木) 06:51:04 |
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組み換えは原理的にランダムに起きるので、同じ形になるという方が理屈的にもむつかしいだろうな。でも、この教科書レヴェルではそこまで明確には書かれていないね。なにしろ利根川さんのノーベル賞業績なんだからそんなに簡単には理解できない。ムキになっちゃいけないぜ。楽しみはできるだけ長く味わうものだ。分かってしまったらそこでおしまいじゃないか。棺桶だ。へへへ。尤も学さんがこの問題に必要なエッセンスだけ教えてくれたらこんな苦労はしないでいいんだけどなあ。今更医者になんかなるつもりはないぜ、俺は。

1. 2019/06/06(木) 06:51:50 |
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まあ、確認は後回しにして、そういうことならここで一度写真との理屈照合だわ。論文とあの石井調査時の写真と特許写真が何を意味するのか考えましょうかね。私たちの一つの細胞からのPCRバンドの出方の理解は以下で吉村コメントと一致したのね。
>>
①GLの１バンド(両方ともGL)
②GLの1バンド(片方がGLで、他方は検出不能)
③組み換えの1バンド(片方が組み換え、他方が検出不能)
④GLと組み換えの2バンド(片方がGLで、他方が組み換え)
⑤組み換えだけの2バンド(両方が同じ組み換えはあり得ないので別の組み換え)
⑥検出無し(両方が検出不能)

1. 2019/06/06(木) 06:53:09 |
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まずは論文の写真だね。二つある。先にArticle Figure 1-iだ。
1.ES
2.Fibroblasts
3.Limphocyte
4.Sorted Oct4-GFP 1
5.Sorted Oct4-GFP 2

1と2は体細胞だからGLバンドだけだね。①であって②ではないね。3はGLがなくて明確なのは4本のバンドが出ていて、これはたくさんの種類の入ったリンパ球なので、先に書いてるように組み合わせとしてバンド数は最大16本だからね。その中の4種類があったということで、③⑤⑥の混合結果だ。4、5に関してはこれは酸浴してGFP蛍光している段階のリンパ球だけどこれは①②③④⑤⑥の全ての混合結果だ。

1. 2019/06/06(木) 06:54:09 |
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全然問題ないのね。ただし、これは酸浴段階に過ぎないのね。キメラではない。手記の98Pに書かれていることでセル誌に載せたというものね。これの③が切り貼りで白線を入れてないと石井調査は騒いだのね(石井調査3-4P)。
>>
同電気泳動においては、合計 29 のサンプルを、サンプル 1 から 14 をゲ ル 1 に、サンプル 15 から 29 をゲル 2 に電気泳動したこと、Figure 1i のレーン 1, 2, 4, 5 がゲル 1 の左から 1, 2, 4, 5番目のレーン（標準 DNA サイズマーカーを レーン 0 として左から番記）に相当し、レーン 3 がゲル 2 のレーン 1（同）に相 当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。なお、ゲル 1 のレーン 3 とゲル2のレーン1はともにT細胞受容体遺伝子再構成を示すポジティブコント ロールであり、それぞれ脾臓の CD45+血液細胞と CD45+CD3+ T リンパ球由来の DNA の PCR 産物を泳動したものである。

1. 2019/06/06(木) 06:57:27 |
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今の我々の問題意識からすると重箱の隅をつつくような話だね。そんなのは後回しにして次はExtended Data Figure 2-gだ。これはGLバンドと再構成バンドがとても近いのでゲル1,2とは全く別の実験だね。
1.ES
2.Limphocyte
3.Tcell STAP #1
4.Tcell STAP #2

これも酸浴段階のいろんな細胞の混ざっているサンプルの結果で全然問題ないと分かるね。4はバンドが何もないがこれが我々の分類の<⑥検出無し(両方が検出不能)>のケースだということが分かるね。いろんな細胞がある中で小保方さんのD2とJ2の6番目のエクソンで挟まれている狭い領域の中のものが一つもなかったケースだ。D2のプライマーに対応する場所が切り取られて欠損しているものばかりのサンプルだったので検出不能のケースということだね。

1. 2019/06/06(木) 06:58:41 |
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2と3のラダーの出方がとても似ているところを見ると、2をそのまま酸浴してるもので、そのままGL以外が生き残ったものと、別のウェルでは全滅したのかな。GFP蛋白だけは光っているという。

1. 2019/06/06(木) 07:00:11 |
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GFP蛍光しているやつだけを選んでいるはずだからね。GLラインに並ぶような細胞が酸浴で死滅したかGFP蛍光しなかったんだろうな。

1. 2019/06/06(木) 07:01:02 |
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でもまあ、論文は全く問題ないということね。ただ小保方さんはデータの意味するところを分かりやすくするために切り貼りしたんだけどその時に白線を入れるというお作法を無視したのね。そして対数表示を目視で調整してリニアでは1.6倍に引き延ばしてしまった。多分下の線を合わせたんじゃないかしらね。そんなことする必要はなかったと既に分かってることね。下の線は実際には別のラインなのね。このあたりよく考えずに安易にやってるところは未熟よね。でも、こういうことはキメラを捏造したなんて話とはレヴェルの違う話ね。

1. 2019/06/06(木) 07:02:01 |
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で、ゲル1,2には2Nキメラのものとされる多数の再構成バンドがあって、このバンドが尾部の血液が混じり込んでいるのではないとしたら、我々のntES仮説ではバンドは無いか、1つまたは2つしか出ない筈なので間違っているという証拠になる。
①我々が間違っている。
②尾部細胞を取り出すときに小保方さんが血液の混入を排除できてない。
とちらか調査されていないね。まだ未定だ。

1. 2019/06/06(木) 07:03:04 |
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その前段階で、この写真が本当に2Nキメラのものかという疑義があるんだね。
①2Nキメラのものではないとき小保方さんか手伝った人の捏造となる。
②2Nキメラのものだったら若山さんがアウトだということになる。

1. 2019/06/06(木) 07:03:57 |
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これから買ってきた本を読むから待ってね。医者になろうなんて思ってないんだけどなあ。

1. 2019/06/06(木) 07:04:38 |
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来世でなったら?

1. 2019/06/06(木) 07:05:15 |
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嫌だよ。来世に生まれ変わるときは世界一の大富豪だ。切符の予約はしてるんだけど100億年程度の長蛇の列だぜ。でもまれに医者になると言ってキャンセルする物好きも居て何年に一回かくらい60年くらい短くなって前に出てる。はは。

1. 2019/06/06(木) 07:06:26 |
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😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔😔

1. 2019/06/06(木) 07:09:02 |
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