一言居士の独言

胎盤の問題からしばらく離れていますが、TCRの問題は重大ですね。ゲルが嘘ならまず第一に小保方さんが疑われるのだし、ゲルが本当に2NキメラのものだったらT細胞からキメラが作られていた証拠になる。裏返すと太田ESなどでは作られていないという絶対的な証拠になる。桂調査結果とそれを誘導した若山さんの嘘が暴露されることになる。さて、どちらになるのでしょうかね。
我々はテラトーマを捏造するのであればGOFマウスをドナーにしている移植時にF1のキメラを作らせるときに使用したとされているどこにあったかもしれないような太田ESを使うより学生からもらっているGOF-ESを使うに決まっているということが分かっている。つまりテラトーマからアクロシンが出たのは小保方さんの関与しないところだと知っている。従って、このTCRの件も同様に小保方さんが何かしたなどということはないのだと知っている。ここが学氏と我々との違いで、彼女は搦め手の情報を何も分析できていないんですね。
さて、登場人物たちの対話はどこに我々を運んでいくのでしょうかね。

ロゴスの導くがままに。

1. 2019/06/13(木) 07:03:56|
2. STAP事件
4. | コメント:21

学さんはどうやら隠れスピン屋さんだと判断されるのね。

1. 2019/06/13(木) 07:05:30 |
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>>T細胞を集めてTCRを見た実験は、STAP細胞のTCRを見る時にはつかわれましたが、キメラや幹細胞実験は関係ありません。すなわち、T細胞由来STAP細胞からキメラが作れたとはかかれておらず、キメラにはTCRが無くても良いのです。

キメラ尾部のTCR確認をしたことは結果は書かれていないが論文に出ているし、Gel2にも特許20図にもある。誰にでも反論できることを書いて、読み手の意識を小保方さん側に向かわせようとしている。しかもこれをラベルの貼り間違えかもなどと言って、小保方さん側の責任にしようとしている。一方で誰が貼ったか分からないなどと桂報告書方式に逃げる。まともににこのキメラが作られていたのなら若山さんが作っているのだぞという方向から読み手の意識をそらしている。学さんは桂報告書に寄りそうスピン屋だと思われても仕方ないよね。

1. 2019/06/13(木) 07:06:09 |
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">>キメラをつくったCD45+細胞は、幹細胞になりにくい細胞種だとは思いますが、生体内（胚内）では、生存力が強く、分化能、増殖能が高いであろう細胞です。丹羽先生の実験の写真も参考にしてください。そうした細胞の存在が想像できます。Lさんのアドバイスもありますので、この部分の当ブログ記事を読んで欲しい。
https://blogs.yahoo.co.jp/solid_1069/15861903.html"

笑わせないでもらいたいね。我々は以前からL氏はスピン屋グループだとみていてそのことは何度も書いてる。我々は以下のようにL氏宛に返信しているが学氏はアップしないで、これが我々の立場だと分かった上でそんなことを書いてる。
>>
鉄
Lの奴、一研究者ブログでのことに触れて、自分がスピン屋グループだということを暴露しちまいましたね。引っかかりやがった。あっしは「相変わらず探針の分からん奴だ。ははははは」と返信してやりましたから、学さんはアップするかなと興味深くみてますよ。ははははは。

1. 2019/06/13(木) 07:07:08 |
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我々のブログを見れているのはこの期間ジムさんと我々の友人一人と学氏だけだね。我々はずっと学氏とのやりとりを我々のブログに記録し続けている。後で公開した時に学氏が恣意的なコメント選択で他人の意見を捻じ曲げていたことがばれるだけだ。

1. 2019/06/13(木) 07:07:40 |
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CD45+細胞というのは系譜決定された体細胞であるという根本事実からその酸浴STAP化実証実験が行われている。笹井さんが編集した論文なんだよ。医学知識において笹井さんが間違っているとでも学氏はいうのかね。
<キメラをつくったCD45+細胞は、幹細胞になりにくい細胞種だとは思いますが、>って、なんで学氏がそんなこと知ってんのかね。世界で初めて作ったのは小保方さんじゃないのかね。どうしてなりにくいと知ってるんだ。学氏が酸浴実験でもして確認したのかね。それとも一旦白血球になっている細胞がまた体性幹細胞にでもなってたのだとでもいう意味なのかね。わけのわからん事言わないでいただきたいね。。

1. 2019/06/13(木) 07:08:16 |
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ほんとだよ。<生体内（胚内）では、生存力が強く、分化能、増殖能が高いであろう細胞です。>って、だから何だというのかな。CD45+細胞は白血球だということだろう。白血球は「幹細胞になりにくい細胞種」なのかね。では論文上、酸浴以外の原因でどうしてキメラになったのかね。生体内で体性幹細胞にでも戻っていた分があるとでもいうのかね。

1. 2019/06/13(木) 07:08:51 |
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>この写真で、初期化遺伝子を発現した細胞の位置が、肝細胞由来STAP細胞とはずれているのでは？との指摘コメントがLさんからありました。以下の写真を見る限り、一方の、肝細胞であることを示すGFP陽性細胞（肝細胞がアルブミンを産生するようになるとGFPで光るよう設定された細胞）の位置と、他方の、初期化マーカーであるOct,Nanog陽性を示す細胞の位置が、一つの凝集塊において異なる場所に存在している可能性が指摘されました。

一つの凝集塊を別々に染色するときは一旦パラフィンで固めてそれを薄くスライスしてたくさんのグラススライドを作る。約1000個ほどの凝集塊球体のできるだけ中央付近のを使って別の抗体で染色するが、細胞はとても小さいんで、接している2枚のスライドに含まれている細胞は別の細胞だ。位置がずれてるように見えるのは当たり前で、内在性Oct4染色されたものが、同時にGFP染色されているわけではない。こんなのはとっくの昔に我々が説明しているところだ。何を馬鹿な事言ってるんだ。

1. 2019/06/13(木) 07:09:29 |
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なんでもいいが体細胞と言われていたものをキメラ胚に入れたらキメラができたんだから、
①太田ESを代表とする既存ESのコンタミ捏造である。
②本物のSTAP細胞だった。
③未知の体性幹細胞であった。
④若山さんの小保方細胞核使用ntESによる結果的捏造キメラである。
の4つのうちのどれかだ。あれでもあり、これでもあり得て、ああ分からないというんだったら、分からないと書いておしまいだ。ひとつづつ整理して分かろうとしている人たちの中に入ってくるな。

1. 2019/06/13(木) 07:10:25 |
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それをど素人の真剣さを舐めてるというんだよ。

1. 2019/06/13(木) 07:11:11 |
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整理している人たちの中に入りこんでそれを引っ掻き回す頼まれ仕事をしている人たちのことをスピン屋というのよね。

1. 2019/06/13(木) 07:11:52 |
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>キメラにTCRがあればすごい事だと思っていました。ところが、実験結果にそれがあったわけです。それが、今まで他のブログなどでは騒がれなかったのですよね？

理研も含めて他の誰も騒がなかったのは事実で、だから、我々がそれを指摘したのは学氏が初めてだと言ってる。我々のブログにちゃんと彼女に送った原稿は保管してあるよね。でも、他の場所ではTCRは無かったと言ってるじゃないか。ラベルの貼り間違いって言ってたのは何だい。支離滅裂だよな。小保方さんも若山さんも潔白だなんて解はないんでね。

1. 2019/06/13(木) 07:12:24 |
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まあ、少なくとも誰もその可能性に関して整理できた説明をしてないわね。
>>
Lさんからの説明（2018/4/2(月) 午後 11:38）　青字
肝臓には、肝細胞の他に、血管系（血管内皮細胞、ペリサイトなど）、胆管系、造血系（クッパー細胞など）の細胞が混在しており、これら「非肝細胞」系の細胞からOct4陽性細胞が出現する場合は、GFP陰性になります。

これはGFPがアルブミンクレなんで、内在性Oct4+細胞とは違う細胞である可能性を言ってるだけで、位置の違いとはまた別の意味で、そもそも肝細胞ではない可能性を言ってて、丹羽実験を批判しているだけで、小保方さんの2Nキメラのゲル写真は何かということとは全く関係ない記述だわ。適当にあちこちにある言葉をつぎはぎするなと言いたいわね。

1. 2019/06/13(木) 07:14:26 |
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最初にTCR再構成が無いと言い出したのは遠藤氏だね。

kahoの日記の開始は2014/03/05だ。
>>
CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．

ここに吉村氏の名が登場するのは2014/3/7。
>>
名誉なことに引用していただいた慶応大学の吉村先生ならば「ネガコンとポジコンをしっかりとるのは研究者の基本だ」と叱られるところだと思います．

1. 2019/06/13(木) 07:15:16 |
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我々は若山、遠藤、吉村、松崎ラインはお仲間だとみているんでね。太田ESであるということを言うためにまず、2NキメラのTCR再構成写真があるのがまずいと気付いたんだね。受精卵ES細胞からはGLバンド以外は出ない。キメラからそれ以外のバンドが出るということは何であれ、T 細胞が使われているということになる。つまり太田ESではないんだね。

1. 2019/06/13(木) 07:16:10 |
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<STAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞>って同じものなんじゃないのかな。別々には存在してないけどなあ。<再構成は観察されなかったのです．>というところ、Ts.Marker さんに確認してもらいたいね。これは流石にリンパ球のはずだよね。遠藤氏がまた嘘をついてないかな。
>>
Tru-Seq
⑨SRR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
ChIP-Seq
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
SMARTer-Seq
⑨SRR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑩SRR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

1. 2019/06/13(木) 07:16:57 |
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この問題は1から検討し直すべきね。取り合えず桂報告書のTCRに関する報告を貼り付けておきましょうかね。キメラに全く触れない不可思議を順次検討しましょう。
>>
２−３−３．論文作成過程における疑義の調査 (26-27P)

１）TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて （調査結果） 小保方氏は TCR 遺伝子再構成に関する実験を開始し、STAP 細胞を含む細胞塊、一部の STAP 幹細胞に TCR 遺伝子の再構成が見られることを CDB 若山研で最初に報告した。しか し、後に 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成を確認したところ、再構成は確認 されなかった。なお、この8系統は小保方氏が継代培養を繰り返していた細胞であった。 さらに、この実験は小保方氏の依頼で、CDB 若山研メンバーによる TCR 遺伝子再構成 の確認実験が行なわれた。しかし、この CDB 若山研メンバーの実験ノートによれば、実 験の結果 TCR 遺伝子の再構成は確認されなかった。

1. 2019/06/13(木) 07:17:54 |
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>>
以上のことから、小保方氏は最初の実験でTCR遺伝子再構成があることを報告したが、 後の小保方氏自身の実験、および CDB 若山研のメンバーに確認を依頼した実験では TCR 遺伝子の再構成を認めるに至らなかったことから、実験データに不整合が存在したこと は明らかである。 丹羽氏は 2013 年 1 月に論文作成に加わった際に、小保方氏が継代培養を繰り返して いた 8 系統の STAP 幹細胞の TCR 遺伝子の再構成は確認されなかったと聞いたと説明し ている。さらに、丹羽氏は笹井氏に対して、TCR 遺伝子再構成に関するデータを論文に 含めることについては慎重にすべきとの意見を伝えた。小保方氏の追試が不成功であっ た点に関して、笹井氏らは STAP 幹細胞がヘテロな集団であり、長期的な継代培養により再構成が起っていた細胞が消失したという解釈を採った。

1. 2019/06/13(木) 07:18:45 |
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>>
なお、Article 論文には、 STAP 細胞を含む細胞塊の TCR 遺伝子再構成については記載されたが、STAP 幹細胞自体 の TCR 遺伝子再構成実験の結果については記載されなかった。 一方、丹羽氏は、Protocol Exchange への投稿は、発表後、この論文ではすぐに再現 性についてクレームがつくと思った。小保方氏のプロトコールでは不十分と考えそれを 詳細にしたものを早急に公表すべきと考えた、と説明した。さらに、当時、小保方氏と 笹井氏はコリジェンダム（corrigendum）で相当に多忙であり、エディターと応答でき る者が必要ということで、自分が執筆した、と説明した。 2014 年 3 月 5 日に Protocol Exchange に公表された詳細なプロトコールの「STAP stem-cell conversion culture」「 2．After 4-7 days of…」のプロトコールの「IMPORTANT」 (iii)に、8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められない、という結果の記 載が存在している。 また、丹羽氏は「若山さんは、最初 STAP 幹細胞の初期のパッセージでは TCR 遺伝子 再構成はあった、と小保方さんから聞いたと言っている」と説明した。

1. 2019/06/13(木) 07:19:50 |
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>>
（評価）
TCR 遺伝子再構成に関しては、最初小保方氏が再構成を確認したとされたが、その後 の CDB 若山研メンバー、および小保方氏自身の追試で失敗した。その事実にもかかわら ず、実験結果を自分たちのアイデアに沿うようなものを採用したものの、後に、Protocol Exchange で 8 系統の STAP 幹細胞には TCR 遺伝子再構成が認められないという結果が記 載されたこと、並びに丹羽氏への聞き取り調査における上記の説明から、意図的な隠蔽 ではなく、研究不正とは認められない。

1. 2019/06/13(木) 07:20:34 |
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この件に関しては小保方さんは手記で全く違うニュアンスの説明をしているよね。丹羽さんが幹細胞のTCR結果に関して無いと言った理由もちゃんと書いている。ははは。『桂報告書における2NキメラのTCR再構成調査の隠蔽について』という報告書が書けそうだね。明日だ。

1. 2019/06/13(木) 07:21:13 |
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🙈　🙊　🐰　😸　🐜　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦

1. 2019/06/13(木) 07:23:38 |
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