一言居士の独言

ゲル2の2NキメラのTCR再構成は本当にあったのでしょうか。それとも実験ミスなのか。
資料、もしくは残存データとして残されていたことは間違いないことです。
しかも理研は一旦公開したその資料を後に削除した。これも事実です。資料をなぜ削除したのかの理由も説明されていない。
もしこのデータが実験ミスもしくは捏造でなく真実であったとしたら、少なくとも3つの事実が演繹される。
①遺伝子欠損しているT細胞からでもSTAPキメラは出来る。
②太田ESでないT細胞とされる酸浴細胞を使ったキメラが若山さんの手によって作られている。即ち桂報告書の結論は間違いである。
③多様なTCR再構成が見られることから複数のT細胞由来細胞が尻尾組織に分化した。

この実験が真実であるためには③が最大の問題になるでしょうね。移植された細胞は偶然の位置関係によって全身のどの部位に分化していくかが決まるが、尻尾になったのは通常1個の細胞であるはずですね。別々の2個の細胞が増殖して互いに入れ子になって尻尾になることはあるかもしれない。全部の細胞が少しずつ全部尻尾に入るということはない。これはリシピエント側のインナーセルマスとの関係でも同様だが、こちらはGLしか出ないので混じっていても関係ないんですね。むしろ混じっている場合はGLが出ないとおかしいということになる。
さてさて、登場人物たちの対話はどこに我々を連れていくのでしょうか。

1. 2019/06/15(土) 06:24:37|
2. STAP事件
4. | コメント:44

桂報告書の記載と手記の記載を並行して読み比べると桂チームが如何に偏向した視点から文章を書いているかがわかるんじゃないか。

1. 2019/06/15(土) 06:30:27 |
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桂報告書は以下のように整理しているんだよな。
①小保方さんはSTAP細胞とSTAP幹細胞にTCR再構成があると若山研で最初に報告した。
②後に、小保方さんが継代培養を繰り返していた8系統のSTAP幹細胞のTCR再構成を再確認したらその時は無かった。
③この実験ではCDB 若山研メンバーが依頼されて確認事件をしたが実験ノートに再構成が無いことが記されている。

1. 2019/06/15(土) 06:31:13 |
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手記の記載と違ってるわね。手記149Pは以下だわ。
①STAP幹細胞8株に関しては当初若山研のスタッフが解析し2株に再構成があると聞いた。
②その実験にはコントロールが無かったので後日小保方さんがコントロールとともに確認したらどれも再構成が無かった。
③STAP幹細胞株はGRASに移管され外部者にも使えるようにしようという予定だったので、プロトコルにこれらの幹細胞にはTCR再構成は無いと記載されることになった。

1. 2019/06/15(土) 06:32:47 |
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手記は最初に幹細胞の確認をしたのはラボメンバーだと言ってる。桂報告はそれを省いて、小保方さんの報告から書いている。次に再確認の時に先のラボメンバーと一緒に確認しているそのノートに無いと書かれているというストーリーにしているんだね。このメンバーは寺下さんだよね。小保方さんはこの人をかばってるんだね。だから明確には書いてない。寺下さんは小保方さんのラボに配属されたんで彼らからいろいろと聞かれたはずだ。

1. 2019/06/15(土) 06:33:31 |
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幹細胞には無かったというのが本当かもしれないね。我々のntES論だと無くても不思議はないからね。それは後で論じよう。ここでは小保方さん、丹羽さん、笹井さんは培養過程で選択消滅したと考えたんだね。それ自体はおかしくないね。彼らはntESだとは知らないからね。STAP幹細胞は複数の細胞集団であるSTAP細胞から作られていると思い込んでいるんだからどの細胞かにはTCR再構成が確率的に出るはずなんだね。だから当然培養過程で消えたという可能性も考える。我々のntES論だと元が単一細胞からだからそもそも無い可能性は結構高くあるね。その代わり同じクローン株が元になっていたらキメラにもないはずだ。

1. 2019/06/15(土) 06:34:23 |
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その辺りは後でもっと緻密に確認しよう。学ブログでやりたかったことだったんだけどね。あの姿勢では議論しても無駄だからな。

1. 2019/06/15(土) 06:35:20 |
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この事件は社会問題なので一般人が考えるべきことなんだね。ただ、専門的なことに専門家のアドヴァイスが必要だというだけだ。裁判と同じなんだな。専門家は参考人に過ぎない。人間存在というものの分からない視野狭窄の思い上がった専門家が中心になって事件を考えて、人を裁くなんておこがましい。それこそ、この裁判の分野ではど素人極まりない存在なんでね。裁判所は公平に両者の言い分を聞いて後にどちらに嘘があるのかを判断する。裁判官というのは細胞生物学の分野の専門家でないという意味で一般人だ。裁くのは一般人の良識だ。

1. 2019/06/15(土) 06:36:31 |
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幹細胞に関しては論文に触れられていないので「１）TCR 遺伝子再構成に関する不整合データ隠蔽の疑いについて 」述べること自体が嫌疑の捏造だよな。そして結論は「意図的な隠蔽 ではなく、研究不正とは認められない。 」なんて、当たり前だろってんだな。ただ怪しい怪しいということを書き連ねて、最後にそんなことはないって、あほか。

1. 2019/06/15(土) 06:37:19 |
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ここで論じているのは丹羽さんがSTAP幹細胞には再構成が無いと書いたことがあたかも問題であるかのように扱っていながら、手記が書いているようにそれはこの幹細胞を一般の使用に供しようという事情があったから注記されたので、そもそも元の論文にSTAP幹細胞にTCR再構成があったなんて何も書かれてないじゃないか。何が問題なのか。むしろ石井報告にゲル2があるということを知っていながら、キメラにTCR再構成があることをなぜ論じなかったか。
むしろ桂報告書の方こそ捏造報告書だと嫌疑をかけられるべきだろうな。

1. 2019/06/15(土) 06:38:40 |
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それを今からやるのさ。我々のブログに『桂報告書疑義』というカテゴリーがあるがそこに加えるべき重要案件だな。

1. 2019/06/15(土) 06:39:21 |
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STAP幹細胞のTCR再構成を確認したなんてことは論文のどこにも書かれていない。間違いだね。確認できなかったから書かなかったんだ。STAP細胞とキメラに関しては検証して前者にはあったと書いたが、キメラの検証結果には触れなかった。笹井さんと丹羽さんが実験の不完全さを心配したからだよな。キメラ自体は出来てるんで、不正確なところは書かずに後の論文でしっかりした報告をすればいいと考えるのは当然だ。

1. 2019/06/15(土) 06:40:07 |
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キメラの結果はGel2と特許20図にあったのね。あったということは事実ね。既存ESだと結論しながら、それを否定しているこの事実をどうして桂調査は不問に付しているのかという問題よね。隠蔽しているのはどちらか。はは。

1. 2019/06/15(土) 06:40:57 |
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これを徹底調査したら犯人が誰かが分かる。それをあえてしなかった。もしくはしていながら隠蔽した。

1. 2019/06/15(土) 06:41:46 |
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ゲル1、2に関しては、今でも理研のホームページの「調査委員会調査中間報告書(スライド資料)」があるが、以前載ってた全体図が除去されている。その魚拓版が以下だね。
*ttp://web.archive.org/web/20140314222554/http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20130314_1/document-5.pdf

これは基本Article Figure 1-iの切り貼り問題で参考掲載されたもので、ラベルは実験ノートを確認しながら調査チームがつけたものか、小保方さんが自分でつけていたものかは分からない。このゲル1,2からFigure 1-iに移されたレーンが赤色で文字反転してある。小保方さんがつけたラベルなら正直に書いていることになるが、調査チームがつけたラベルなら、後に2Nキメラのデータを見れないようにしたのは隠蔽以外の何物でもない、

1. 2019/06/15(土) 06:43:15 |
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この実験の2Nキメラは若山さんが作ったものね。キメラ側には関与しているのをあえてFigure1-iの件にのみ焦点を誘導して若山さんがすべてに関与していないかの如くに笹井さんと丹羽さんの陰に隠しているスピン記述なのよね。
>>
改ざんされた画像は、小保方氏が行った実験データを元に、同氏が作成したものであり、笹井、若山、丹羽の三氏は、この実験及び画像データ作成に関与して いない。三氏は、小保方氏から、論文投稿前に、すでに改ざんされた画像をその 事実を知らされないまま示されており、この改ざんは容易に見抜くことができる ものではなかったことなどから、三氏については、研究不正はなかったと判断される。 (石井調査4P)

1. 2019/06/15(土) 06:44:20 |
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笹井さんと丹羽さんには研究不正はないが若山さんは容疑者だね。レトリカルな書き方だよな。弁護士の悪知恵なのか、松崎なのか。挙句の果ては後からまずいと気付いてキメララベル部分の写っていた写真を除去した。なんだ、こいつら。

1. 2019/06/15(土) 06:45:16 |
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白線の件はサイエンスの査読者からも注意されていて少なくとも若山さんは知ってるだろ。

1. 2019/06/15(土) 06:46:18 |
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これらの増幅断片が何段のラダーを構成するか。ちょっと我々の手に負えないものだったな。
01.D2-J2の123456(GL)
02.D2-J2の12346
03.D2-J2の12356
04.D2-J2の12456
05.D2-J2の13456
06.D2-J2の23456
07.D2-J2の1236
08.D2-J2の1256
09.D2-J2の1456
10.D2-J2の3456
11.D2-J2の126
12.D2-J2の156
13.D2-J2の456
14.D2-J2の16
15.D2-J2の56
16.D2-J2の6

1. 2019/06/15(土) 06:47:09 |
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最大で16本のバンド位置以外には無く、01が一番重くて16が一番軽い。我々ど素人にはそれ以上のことは言えない。

1. 2019/06/15(土) 06:48:06 |
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最小3本のバンド位置があり得ることはわかっているのね。最大16本、最小3本ね。でもGel2のDNAラダーはもっとあるわね。これってどうやって作ったのかしら。

1. 2019/06/15(土) 06:53:00 |
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Gel2のDNAラダー以外の電気泳動写真の一番下を見るといいよ。すべての検体で一番下のバンドはそろっていてしかもその更なる下は無い。ここが16のバンドだよ。一番軽い断片だ。ところがDNAラダーには更に下のバンドラインがあるよね。これは(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟んだのではないね。

1. 2019/06/15(土) 06:54:36 |
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では何で挟むとこのようなラダーが出るのかい?

1. 2019/06/15(土) 06:55:18 |
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素人考えだとD1J2で挟んだのかしら。

1. 2019/06/15(土) 06:56:03 |
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それはないんだよ。どうしてかというとD1J2で挟むとGLラインはもっと長い断片になって更に上にラダーができる。ところが上には無いよ。

1. 2019/06/15(土) 06:56:46 |
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なるほど、では小保方さんはリンパ球等をD2-J2.6で挟んだけどDNAラダーを作るときはD2-J2.7で挟んだのね。小保方さんはExtended Data Figure2-eの概念図でマウスのJ2が7まであることを知ってることを示しているわね。

1. 2019/06/15(土) 06:57:31 |
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それをやるとコントロールにならなくなるよ。D2-J2.7で挟むと6の階乗=22と1で23通りの組み合わせができてしまう。

1. 2019/06/15(土) 06:58:36 |
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あれ? DNAラダーは20前後数えられるね。何、これ。

1. 2019/06/15(土) 06:59:14 |
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このDNAラダーを作ったのは西川さんのところの研究者じゃないの。D2-J2.7で先に作ってあげてるんじゃないの。スケールとしてね。だからGel1の1とGel2の15は同じだよね。中間報告でも長さを並べて比較している。そっくりだ。ということはこのラダーはあらかじめつくられていたものの切り貼りだね。同時にゲルに流したものじゃない。

1. 2019/06/15(土) 07:00:09 |
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D2-J2.7で一番長い断片はD2-J2.6の断片より長くて重いから、他の検体のGLラインより上に無いといけないが、1と15は上には何もない。むしろ濃いバンドがGLの下にある。そして(16.D2-J2の6)より下に更に長く出てる。小保方さんは分からなくなって中間のバンドの出ている位置に目視で合わせてるんじゃないか。ここにはプライマー設定が違っているということに気づいてない勘違いがあるんじゃないか。

1. 2019/06/15(土) 07:01:48 |
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それで仕方なくポジコンとして(⑯CD45+/CD3+ 1(100ng))を使ったが今度はＧｅｌ1と2では別の電気泳動なので長さが同一に出ないから、これをまた目視で調整したということだわね。これって無知の結果よね。意図的な不正ではない。しかも手伝っている寺下さんは学生だわ。加えて若山ラボ自体が医学系でないからよく分からないままに検査しているのね。

1. 2019/06/15(土) 07:02:47 |
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よくわからないままに教えられたとおりにやってるから、2Nキメラはまさにその通りのキメラなんだな。そしてここでも実験ミスがあって、尻尾の組織にもリンパ液が回っているなんてことを忘れていて除去してないんだよな。だから小保方Ｔ細胞由来ＳＴＡＰ細胞核使用ntESであるにも関わらず多くのバンドが薄くたくさん出ている。元のntESにはバンドが無い奴に当たってるんじゃないかな。だからSTAP幹細胞にＴＣＲ再構成が無いのだな。バンドが検出されないケースはＤ2が切り取られた再構成になってる場合だな。Ｄ2では挟めないから何のバンドも出ない。

1. 2019/06/15(土) 07:04:11 |
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特許図はGLが出ているんでもとのクローン胚に何種類かあるかな。笹井さんや、丹羽さんは無論ｎｔＥＳだということには気づかないが、実験に勘違いが多いということには気づいていて、だからこそSTAP細胞以外のTCR再構成結果は全部外させて、次の論文でちゃんとやらせようとしたんだな。

1. 2019/06/15(土) 07:05:04 |
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若山さんは当時は小保方さんの白血球のSTAP化したものの細胞核を使ってるんだから何の問題も無くTCR再構成は出ると考えていたのよね。若山さんもそんなに詳しくなかった。まあ、その点学さんは流石にお医者であったということね。勉強にはなったわね。あれで隠れスピン屋さんでなければもっと教えてもらえたんだけどねえ。

1. 2019/06/15(土) 07:05:52 |
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学氏がTCRに関する知識自体に関してはとても深いことは自分たちが勉強していく過程でもよくわかった。まあ、お医者なんで当たり前とは思ってたけどね。対してため息氏の理解は浅い。従って流石に両者が同一人物のマッチポンプで小芝居してるという可能性は無いかな。

1. 2019/06/15(土) 07:06:40 |
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俺っちならやろうと思えばできないことはないけどなあ。上が下の認識段階を模倣するのは易しい。逆は無理だ。個体の認識の進化もその系統進化を繰り返す。

1. 2019/06/15(土) 07:07:23 |
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しかし、鉄、文体が違うな。我々の文芸に関する嗅覚からするとこの文体の違いは人間の違いを意味している。文章にはその人の体臭が沁みついていて、逆に同一人物でこれほどの違いを書き分けられるようだとプロの小説家になれるな。大谷崎みたいにね。

1. 2019/06/15(土) 07:08:14 |
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結託は可能でさあ。ひひひひひ。

1. 2019/06/15(土) 07:09:23 |
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まあ、そうね。

1. 2019/06/15(土) 07:10:00 |
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雪吊りに　富士の裏風　鳴りにけり

1. 2019/06/15(土) 07:10:43 |
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藻塩焼く　海女佇みし　ならひかな

1. 2019/06/15(土) 07:11:38 |
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あれ、兜太さん、いつ来たの?

1. 2019/06/15(土) 07:13:32 |
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僕は最近やっと三途の川べりにたどりついたところだ。有名な山村聰の三途銀座ポイント店はどこなの。釣り具を買ってコーヒー飲みたい。明日は朝から三途の川でへらぶな釣りだ。仲間に入れてね。

1. 2019/06/15(土) 07:14:57 |
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ここまで来たら急ぐ旅でないよ。釣りをしながらいくらでもゆっくり考えられる。

1. 2019/06/15(土) 07:16:23 |
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⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊　♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　💢　📹　📺　📱　

1. 2019/06/15(土) 07:18:09 |
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