一言居士の独言

DNAラダーがなんであるか、やっとわかったようです。しかし、本質な問題はまだ解決していないようです。

①原理的に16通りある再編成断片が一体幾つのラダーを形成するのかという専門的知識。(各断片の重さの分類)
②キメラ胚に入れた多能性細胞のどれが、或いはどれとどれが例えば尾部組織になるのか。
③キメラ体細胞組織細胞採取の際に白血球を取り除く手法はあるのか。

さてさて、登場人物たちの考察検討はどうなっていくのでしょうねえ。

1. 2019/06/15(土) 12:26:03|
2. STAP事件
4. | コメント:11

僕はDNAラダーを調べたぜ。これって市販されている分子量の測定用メジャーだな。GLなんて関係ないよ。

1. 2019/06/15(土) 12:26:55 |
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そういうことなのか。分子量の分かっている蛋白質を各種取り混ぜて電気泳動するとラダーができてメジャーになるように配合されているマーカー試薬なんだな。エエド。だんだんわかってくるな。

1. 2019/06/15(土) 12:27:46 |
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貼り付けたメジャーではないのね。同時にゲルに流すものね。違う電気泳動写真もこのメジャー部分を合わせると比較可能になるのね。

1. 2019/06/15(土) 12:28:19 |
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ラダーの一番上と次の間に間隙があるのは単なる目印なんだね。製品の種類によっては区切りになる目盛り部分のラダー強度が強くなるように配分しているものもあるね。ただ、小保方さんが選んだDNAラダー種は上部が不足しているよね。もっと重いところから始まるラダーを選ばないといけないよな。

1. 2019/06/15(土) 12:29:09 |
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道理で下までラダーが出ているはずだ。むしろ上部が不足していることが我々ど素人の誤解を誘発したんだな。一番上に単独に光ってる部分はGLなんかじゃない。そもそもTCR再構成バンドではなく、人工的に作られて分子量の分かっている各種蛋白質の混合液なんだな。

1. 2019/06/15(土) 12:29:50 |
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ラダーは単なるメジャーにすぎないと分かったのね。これは分子量の大きさを知るためと、違う実験を相互に比較できるようにするためのメジャーね。とすると、2NキメラのTCR再構成バンドはどういう理解に修正されるのかしら。

1. 2019/06/15(土) 12:30:36 |
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その理解は何も変わらないな。分からなかった矛盾点が一つ分かっただけだ。西川さんのところの研究者があらかじめ作ってくれていたメジャーなんかではないということだ。市販されているメジャーだとはっきりした。

1. 2019/06/15(土) 12:31:19 |
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2Nキメラには再構成ラダーが出ている。これをどう見るかだ。最初に疑われるのは血液が入ってないかということだよな。血液が入っているとアウトだからな。これはリシピエントの血液は新たにTCR再構成するので、これが入ると実験ミスになる。ドナー側の血液があったとして、これは一旦TCR再構成を起こしている血液なのでどうなるのかは分からないが、又変な再構成を起こし得るのか、そのまま免疫不全なのかは不明だね。血液以外の体細胞はリシピエント側はGLだけになる。ドナー側はGLを含んで0か1か2本のバンドが出る。STAP細胞の場合はたくさんのT細胞が含まれているので全バンド、つまり最大16最低3バンドの全てが出る可能性が高いよね。でもキメラの場合はまた位置の偶然の関与があるね。

1. 2019/06/15(土) 12:32:17 |
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DJリコンビネーションに関しては小保方さんはD2-J2.6で挟んだ。つまり限られた範囲だけで挟んだので、そこから漏れるリコンビネーションがあるということだね。D2もしくはJ2.6を切り取られてしまったDNA断片は検出されないということだね。この挟めない断片はアニーリングを何度繰り返しても正比例関数でしか増加しないから、目に見えないのに対して、挟まれた部分は指数関数的に増加するんで、やっとマクロ世界で認知できる数になるんだね。

1. 2019/06/15(土) 12:32:51 |
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ちょっと整理しとこうかな。
>>
①CD45は白血球の分化抗原である。
②CD3とCD90はT細胞の分化抗原である。
③FAX選別は不完全ではあるがほぼ99%は選別している。
④脾臓まで来ているT 細胞は相同染色体のどちらもDJリコンビネーションを別々に起こしている。
⑤D1-J2の間で脱落が起きるとD2が無い。またD2-J2.7の間で脱落が起こるとJ2.6が無い。従ってD2-J2.6で挟むとどちらもPCRにはかからない。
⑦小保方さんのプライマーでPCRにかかっているのはD1-J1で切り取られた場合(増幅断片はGLに集まる)、D2-J2.6で切り取られた場合(ここで切り取りが無いときはGLになり、切り取りがあるときは再構成ラダーのどこかに入る。)
⑧CD45+CD3+もしくはCD45+CD90+で選別されたリンパ球はほぼすべてT細胞である。これをPCRに掛けると論理的にはすべてのラダーが出る。
⑨上記T 細胞を酸浴させて再度GFPでFACS選別したものがSTAP細胞だということになるが、確率的にはほぼすべて元のT細胞なのであるから、これをPCRに掛けると酸浴前と同じすべてのラダーが出る。
⑩CD45+でFACS選別された細胞はT細胞以外の細胞腫を含むが小保方さんのプライマーで挟むとT 細胞以外はGLに集まるだけなのでPCR結果には大差ない。
⑪ゲル2のキメラはCD45+細胞由来STAPキメラなので他の細胞腫が入っている。他の細胞腫からキメラができていたらGLラインに集まる。T細胞からできていたらラダーのどこかに入る。
⑫2Nキメラ体細胞のPCR検査の際のDNA採取作業中に白血球の存在を排除しているか否かは知られていない。

1. 2019/06/15(土) 12:34:00 |
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😸　🐜　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　

1. 2019/06/15(土) 12:36:54 |
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