一言居士の独言

①原理的に16通りある再編成断片

勘違いだったようですね。だんだんよくなる法華の太鼓。

>>
ドクター・ワトソン
DJリコンビネーションの結果残る断片は以下の19通りだ。その内小保方さんのプライマーで検出されるのは(*GL)と(*リアレンジバンド)の二種類で、バンド位置としては6か所だ。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の1234567(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の1234567(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の1234567(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の1234567(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の1234567(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の1234567(*GL)
07.D1-J2の1234567
08.D1-J2の234567
09.D1-J2の34567
10.D1-J2の4567
11.D1-J2の567
12.D1-J2の67
13.D1-J2の7
14.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の34567(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の4567(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の567(*リアレンジバンド)
18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)
19.D1-J1の123456-D2-J2の7

そうだったんですか。では対話を聞いてみましょう。

1. 2019/06/15(土) 19:39:50|
2. STAP事件
4. | コメント:20

まだ違うな。僕は間違えた。D1とD2がJ1とJ2のいずれかに結び付くのがDJリコンビネーションだ。以下は間違ってる。
>>
01.D2-J2の123456(GL)
02.D2-J2の12346
03.D2-J2の12356
04.D2-J2の12456
05.D2-J2の13456
06.D2-J2の23456
07.D2-J2の1236
08.D2-J2の1256
09.D2-J2の1456
10.D2-J2の3456
11.D2-J2の126
12.D2-J2の156
13.D2-J2の456
14.D2-J2の16
15.D2-J2の56
16.D2-J2の6

1. 2019/06/15(土) 19:41:00 |
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DJリコンビネーションの結果残る断片は以下の19通りだ。その内小保方さんのプライマーで検出されるのは(*GL)と(*リアレンジバンド)の二種類で、バンド位置としては6か所だ。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の1234567(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の1234567(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の1234567(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の1234567(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の1234567(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の1234567(*GL)
07.D1-J2の1234567
08.D1-J2の234567
09.D1-J2の34567
10.D1-J2の4567
11.D1-J2の567
12.D1-J2の67
13.D1-J2の7
14.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の34567(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の4567(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の567(*リアレンジバンド)
18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)
19.D1-J1の123456-D2-J2の7

1. 2019/06/15(土) 19:42:01 |
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これだとリアレンジバンドは必ず軽くなりながら5本出るという理屈になるわね。各Jエクソンの分子量の絶対値は必要なくなったわね。

1. 2019/06/15(土) 19:43:02 |
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我々ど素人を迷わせていたのは現実のゲルのバンドが6本以上見えてることだよな。薄く出ているところを数えると6本以上の場所がある。これは何だということになるのかな。まずDNAラダーは関係ないということはわかったよな。リアレンジ領域が問題だ。

1. 2019/06/15(土) 19:44:07 |
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ネットで検索しているとPCRの失敗時の相談というのは結構あるんだね。実験上の手違いやミスやもあって、ど素人にはとても手に負えないな。

1. 2019/06/15(土) 19:45:42 |
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実例でひとつづつ検討しようぜ。Gel1、2から始めよう。まずGel1の左端の1番からだ。

1. 2019/06/15(土) 19:47:01 |
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だんだん意地になってきたな。

1. 2019/06/15(土) 19:47:39 |
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こん畜生、分からないままでは済まさねえぜ。

1. 2019/06/15(土) 19:48:18 |
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ふむ。虚心坦懐に行こう。①DNA ladderはいいよな。兜太さんが調べてくれた。市販のラダー用の試薬を流したものだけど、いろんな種類があるのにもう少し重いものの入ってるものでないとメジャーがGLに届いてないんだな。一番上のバンドが他の検体のGLバンドより下にある。その代わり、他の検体の一番下の{18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)]であるはずのバンドより更に下がある。

1. 2019/06/15(土) 19:49:09 |
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その一番下がどれなのかもやや怪しいんだけどな。次の②ES Cellと③Fibroblastの一本しかないバンドは流石にGLだよな。体細胞なのでリアレンジされてないからそのまま存在している。ぼやけたようなラインすらない。すっきりしているよな。まだ血液も作られていないんでそのコンタミも無い。このラインを目安にすると他の検体のGLがどこか分かる。

1. 2019/06/15(土) 19:50:33 |
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ふむ、エエド。たまに納得できる場所があるとホッと息抜きできるよな。いよいよ④CD45+ cellsだね。FACSで白血球だけ選んだもので、必ずT細胞が含まれている。6か所の全バンドが出てないといけないはずだな。

1. 2019/06/15(土) 19:51:28 |
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まずGLは①②と比べれば薄いがはっきりと出ている。そして5本目の罫線の上に一本のバンドが明確に見える。

1. 2019/06/15(土) 19:52:28 |
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その明確に見えてるすぐ下に他の検体ではバンドがあって、とても薄いけど③にも見えるわね。

1. 2019/06/15(土) 20:01:17 |
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それを言うと①②にも気のせいか同じくらい見えるよ。そこは無いと判断すべきでしょ。むしろ他の検体にはっきり見えているバンドが何かを考えた方がいいのかな。

1. 2019/06/15(土) 20:02:13 |
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よし、そこはど素人の我々としては両構えで行こうや。③の一番下を{18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)]だとしたらGLを入れて二本は明確だ。後4本あるはずだろうよ。

1. 2019/06/15(土) 20:03:10 |
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3番目と4番目の罫線の間に3本はしっかり見えるが、その上に行くにしたがってグレイデーションがかかって更に3本くらい見えて悩ましいんだな。

1. 2019/06/15(土) 20:04:08 |
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GLを除く残りの5か所がどこなのかということな。ひょっとして4番目と5番目の罫線間にある2本のバンドはプライマー・ダイマーの類ではないかと。
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プライマーダイマー(primer dimer)
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）法において生じる、プライマー同士が形成した二本鎖（ダイマー）のこと。プライマーダイマーの発生は、鋳型量が多すぎるなど、PCRの条件が不適当であることを示している場合が多い。プライマーダイマーは、増幅産物をゲル電気泳動した際に、低分子量の位置にバンドが生じることによって確認することができる。

1. 2019/06/15(土) 20:05:19 |
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流石にそこまでくるとそれを商売にしている人にしか分からないわよね。ど素人としてはその可能性を考えて置くという程度ね。返す返すも学さんがスピン屋さんだったらしいのは悔しかったわね。とことんご指導願えるはずだったのに。残念ぇぇぇぇぇん。

1. 2019/06/15(土) 20:06:30 |
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その1本もしくは2本を捨てると3本ははっきりしている。残りの2本はどこかということになるよな。問題は特許20図のリアレンジDNA領域が広すぎることなんだよな。とことんど素人泣かせだ。

1. 2019/06/15(土) 20:07:25 |
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👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　🙈　🙊　🐰　😸　

1. 2019/06/15(土) 20:09:35 |
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