一言居士の独言

胎盤の問題に戻る前に学さん仮説の批判をしておこうということになったようですね。TCRに関してとても良いコントを頂きましたのでお礼の批判ですね。本当は一枚報告に向けて邁進すべきところですが、最後のご挨拶ということでしょうか。
ただTCRの件はほぼ理解が及んだ感じですが、Kahoの日記にあるコメントには先に触れて置きましょう。こちらはPCR検査ではない。
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・・・私はこのまっとうな意見に対して「調べる手段はあるよ」と思っていました．それが先程述べた”input”です．
このデータは50塩基ほどの断片なので，再構成されたDNA配列全体は分かりません．しかし，切り取られた配列がなくなるため，「再構成が起きたかどうか」は分かります．
ゲノム再構成とは染色体のある部分が編集されて短くなるので，DNA配列をみるとその部分がなくなってしまいます．
もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．
この解析を始めた時，私は軽い気持ちで，実験生物学をやっている人が見つけられないものでも自分ならすぐに分かるという軽い優越感を得ようとしていました．
しかし，結果は驚くべきものでした．
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．
これが私の解析が悪いせいなのかと思い，全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが，他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました．つまり，STAP細胞はT細胞由来ではなかったのです．
この段階で私は，この論文におけるT細胞の選別が非常に悪く，幹細胞が混ざっていたのではないかと推測しました．しかしそれは甘かったのです．
低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．これは，実験の手技が悪いとか，ミスであるとか，そういう話ではありません．
それもこの”input”の比較によって明らかになります．・・・


対象インプットデータは以下です。
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①SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG
③SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG

①にはあるが②と③に見られないと言ってる。そして杜撰にも(STAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞)と言ってるが、STAP細胞なんて記載はどこにもないしそれに該当するものもない。あるのは酸浴細胞だけなので、これは③のSTAP幹細胞の誤植ではないかと推測される。また(低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．)と根拠もなく述べているところは杜撰な論理以前で、酸浴細胞にはT細胞が自分のやり方で見つからなかったから、いなくなるんだという根拠です。そして自分が見つけられなかったたった一つの事実を根拠に(ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．)と先に進んでいる。まず自分の結論が正しいのかということから確認しないといけない。しかも、STAP幹細胞でTCR再構成が確認されたなんてどこにも書かれていない。丹羽さんと笹井さんが外させている。書かれているのはSTAP細胞にはあるということだけだ。間抜けも極まってますね。そもそもが(もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．)という方法論はどこから来てるのかということですね。緻密さの欠落した論理ですね。

我々の論考ではCD45+細胞にはTCR再構成がPCRで確認されてましたね。STAP幹細胞のデータはありませんね。桂報告が隠蔽したままですね。ラボメンバーの実験ノートが確認されている。もっと情報があるはずですね。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが今はないと言ったから外させた。またキメラのPCR結果はありましたね。でもこれも実験が杜撰と判断して結論づけは早いから以後の確認報告とさせた。丹羽さんが外させたんでしたね。我々の結論はSTAP幹細胞は小保方核使用ntESですから、若山さんはCD45+細胞からドナー核を選んでいる。T細胞に当たっていなかった可能性が半分以上ありますね。キメラのPCR結果はリシピエント由来血液のコンタミと結論しています。

問題は酸浴細胞からTCRリアレンジメントが発見されなかったとしているところです。ゲルを見ればリアレンジメントがあるのは明確でしたね。方法論自体が杜撰なんだと思われますね。FI-SCでもたったひとつのマーカー蛋白の発現をもってTSだと断じた。頭の構造が杜撰なんですね。ひひひひ。

1. 2019/06/23(日) 09:59:27|
2. STAP事件
4. | コメント:15

これから述べる批判は、学さんがいくらかまとまった自説を書かれている以下の記事に関しての私たちの理解ね。いろいろと教えてくれたお礼よ。本当は私たちの説も真剣に批判していただきたかったんだけどね。隠れアンチだったのでは仕方ないわね。
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ESねつ造なら、実験中にとうにシニア研究者は気づいています。[2019/6/2(日) 午後 8:13]

1. 2019/06/23(日) 12:24:59 |
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学さんの文章に対してカッコ内が我々の批判だ。
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ESねつ造なら、実験中にとうにシニア研究者は気づいています。[2019/6/2(日) 午後 8:13]　(そのシニア研究者自身が犯人の可能性を排除してますね。裁判官と同様に公平に考えないといけない。)

私の説は、“誰が何をしたかわからない”というものです。　(小保方さんは酸浴細胞を作りました。若山さんはキメラ胚実験をした。分かっていることも山ほどありますね。まずやんなきゃいけない仕事はファクツを集めることです。)

1. 2019/06/23(日) 12:26:00 |
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それぞれ登場人物は、ご自身の行動はわかるが、他の人はわかりません。(行動は人が見ていて自分では意識されないものもある。まず文学できてないといけないですね。言語と行為との関係とか、言動の社会的意味付けに関しての反省が必要ですよね。裏返すと思想の絶対的自由の問題を考え抜かれているかという問題です。それが文学できてるかという問題ですよね。学氏にとっては医学でないという意味で専門外かもしれないが、文学はどんな人間にとっても専門でないといけませんよね。だれだって自分の頭の中で言語で考えている。私の中に入ったら王様でも殺すぞという周知の格言がありますね。)
だから、小保方氏を含み、誰が何をしたか？については、結論はでないというのが正しいと思います。(そんなこと言ってたら世間の裁判は不可能になりますね。桂報告も出せないし、あなたのその結論が出ないという結論も出せませんね。)

1. 2019/06/23(日) 12:26:55 |
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それぞれの関係者が少しづつ何かをやったのかもしれませんが、(原理として“誰が何をしたかわからない”と最初におっしゃいましたね。)ESを故意に混ぜた人はいないと思います。(分からないとおっしゃったんじゃありませんか。分かったのですかね。なにか根拠があったのですかね。その根拠は分かっていること、つまりファクツの集積と分析からの演繹結論ではないのですか。あなたは持っているファクツの絶対量が不足しているのではないですか。事件に関して新参でほとんど調べてないでしょ。これはTCRに関して詳しいということと何も矛盾しない。)

1. 2019/06/23(日) 12:28:29 |
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論文通りに、４５＋陽性細胞からキメラができたのですが、 (それが問題なので、事実みたいに断定言辞を使わないでください。科学者なんでしょ。)　それはCD４５陽性細胞から出来たと書かれていて、何の細胞由来かはわかりませんし、わからなくて良いと思います。(分かった方がいいでしょうよ。ただFACS選別はそこまで厳密でないというだけの話です。)　そこは、今後の検討になるわけです。(論文はT細胞だと証明したかったが、幹細胞とキメラに関しては証明できてなかったから、今後早急に検討すればいいわけですね。そもそも論文はその程度のことは解明してから発表した方が良かったろうけど、理研の科学者も組織人なので、ヴァカンティの特許仮申請期限等の問題もあって、業務命令には従わざるを得ないから不本意であってもこうなったという可能性はあるでしょうね。)

1. 2019/06/23(日) 12:34:26 |
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可能性が高いのはマクロファージなんですかね？(我々は別の論拠から小保方酸浴細胞核使用ntESだと思ってるますからね。若山さんが酸浴細胞の何を偶然拾い出してクローン胚に入れて、その中のどれが10%程度樹立されたntESなのか、そして樹立されたどれが培養されているのかによると考えてますよ。確率的にほぼ白血球の中のどれかだとは言えますね。これはTCRリアレンジメントの確認、もしくはBCRリアレンジメントの確認だけではわかりませんが、誰も調べていませんね。実物は今でもありますけどね。Kahoの日記に書かれたような迂遠で杜撰な検証でなく、FLSを調べたらT 、B細胞であったかなかったかはすぐわかりますね。でも白血球の中の何かということまでは識別できませんね。DNAはT 細胞やB細胞以外は全部完全セットで存在していますからね。ただ、若山さんは小保方さんのCD45+酸浴細胞を使ってますから、TかB細胞にあったってる確率も低くは無いと思ってます。でも、幹細胞もキメラもPCR検証実験自体が杜撰だから採用しなかったんでしょ。そもそも4Nでやってないこと自体が、由来が何であるかを分からせない原因の一つですよね。)

1. 2019/06/23(日) 12:35:33 |
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もちろん、実験ミスがあり、ESがコンタミしたという可能性もあります。(アクロシンが出てそれが太田ESだと言われていて、これは無かったはずの細胞の置忘れだとされているんです。そんなものを解凍した行為は故意に決まっていてESコンタミなら事故コンタミは無いと既に証明されているんです。こんな認識では正しい結論は出ませんよ。Ooboe さんたちの努力を何も知らないのではないですか。素人だと舐めてますよね。)

1. 2019/06/23(日) 12:37:20 |
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しかし、その後のインビトロの実験では、(その後ではないです。インヴィトロの実験は既にハーヴァードで行われていて今はティシュー誌で読める。)従来のものとは違う新規の多能性細胞があった可能性が高いと思います。(時系列が逆転していますよ。先に新規多能性細胞ではないかと思われるスフィア細胞を若山研に持ち込んでキメラ確認して、できないと分かった。つまりESのような段階の多能性細胞ではないと証明されたんです。その後震災後に理研の客員になってからヴァカンティの胞子様細胞を見つけたのではなくて、刺激でできてきていたのではないかという新たな仮説に立って、リンパ球を酸浴させる確認に入った。でもこれもOct4-GFPはたくさん光ったがキメラは出来なかったわけです。)
それで、若山研は全員でその不思議な細胞を追及する実験をしたのです。(違います。その前に今まで何度もできなかったものが2011年11月に突然ナイフ切り分けでできたんです。若山研全員の参加は翌年です。後に捏造キメラだとされてしまった実験は2011年11月に行われたんです。諸情報を整理してないから焦点が分からないでしょ。)

1. 2019/06/23(日) 12:38:00 |
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実験サンプルは、実験中からいろいろと勝手に解析されていた可能性もありますが、(実験しているときに誰が何をしようといいでしょ。共著者間でちゃんとディスカッションして論文は書かれているべきものなのだから。勝手にというのはどういう視点からの疑義なのですか。若山さんが勝手にという意味なのか、ラボ仲間が勝手にという意味か、小保方さんが勝手になのか。すべては最終的にディスカッションテーブルに載せられるでしょう。論文はそれから書き始められる。)　論文疑惑後は、研究室主催者が都合のつく残存検体だけ残したでしょう。(若山さんが都合のつく検体だけ残したら、若山さんが捏造犯だという間接証拠になるんですよ。犯人は分からないんじゃなかったのですか。論理の筋を通してください。)
ですから、調査委員会が後からそれをいくら調べても意味がありません。(それは我々と同じ若山さん犯人説です。分かっておっしゃってるのかな。正しい実験をしているのに都合のいい検体だけ残す必要なんて無いでしょ。)

1. 2019/06/23(日) 12:39:26 |
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CDB上層部が当初、残存サンプルを調べようとしなかったのも、サンプルが操作されていることを知っていたからです。(竹市さんが裁判で言うところの所謂証拠能力を先に証明しないと意味がないと注意したのに、松崎氏たちが大騒ぎをして残存サンプルの調査を始めたんです。その時に丹羽さんは再現実験に回されて体よく細胞の調査から外されている。同時に若山さんは勝手に第三者機関にサンプルを提出して分析をはじめ、遠藤、吉村両氏がTCRを騒ぎ立ててスピンをかけ、知人の岡部氏のところに若山さんはクムリナ書き込みをして、あたかもESに騙されていたという伏線を張った。そういう時系列分析は我々のところではとっくの昔に終わっています。学氏には我々のブログのありかは知らせているはずですね。Ooboeさん情報というカテゴリーを確認されてください。)
論文発表後１か月で変心した研究室主催者や研究員が、残存サンプルを操作してしまっていたことは、誰でも予想します。(そこも、ファクツ情報不足と検討不足ですね。サンプルの入れ替えは事件が起きてからではない。主に2013年3月の引っ越し時でないと不可能なんです。若山さんは論文はリジェクトされると最後まで期待していた。これが事件を複雑化させてしまったかもしれないですね。通るかもしれないと思ったらもっと早く説明することもできたかもしれないが、そこは分かりませんね。)

1. 2019/06/23(日) 12:40:47 |
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ここで、大事なのは、そうした状況でCDB上層部がSTAPの実在を証明しようと動いたことです。(竹市さん、笹井さん、丹羽さんはそうだけど、他方で笹井さんを引きずり下ろしたい松崎氏を若山さんは人脈で篭絡していますね。竹市さんはセンター長なので、客観的にはガバナンスがゆるゆるで、部下を統率できてないですね。合法的組織内での支配の手段は人事権ですから、命令に従わない人を首にする決断のできない時点で組織の長としては失格だということでしょう。科学者としては立派な人なんでしょうけどね。自由な研究環境を維持することとガバナンスを効かせるという難しい作業に失敗しているということでしょうね。)
これはCDB上層部が小保方氏を信用していた何よりの証拠です。(上層部が二つに分かれて権力闘争をしているんですね。Ooboeさんたちの調査結果や、佐藤貴彦氏の著作を確認されてください。)

1. 2019/06/23(日) 12:42:14 |
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キメラマウスの尻尾細胞にTCRが出現していたゲル図２０の＃１はいかにもラベルがちょっとずれた！感のラベル貼りで作られています。(事実を確認してください。図20にはラベルは無い。あるのはゲル2の方です。これでは議論にもならないですよ。)
もし、本当にT細胞キメラがあったら、 このキメラの全身をもっともっと調べたでしょう。どんな疑惑があろうとも、キメラ尻尾細胞のTCRはSTAPの多能性を証明します。しかし、研究室主催者はSTAP論文をあきらめてしまいました。(研究室主催者はTCR再構成結果を信じなかったということですか。STAP論文をあきらめたって何ですか。STAP論文はずっと後に笹井さんが手伝って発表したんですよ。時系列が支離滅裂です。この時期に特許図を知財に提出したのは若山さんですよ。小保方さんは当時単なる客員です。それにさっきまで若山さんがサンプルを隠蔽したと言ってなかったですか。無実の人は検体を取捨選択なんてしないでしょ。どういう脈絡の話なんですか。)
実験中に、小保方氏にちょっといたずらしてやろうとか考えた人がいたとか、想像はいろいろにあります。(正当な理由もなくいたずらしてずっと黙っている人なんていないでしょ。嘘には理由がある。我々はリクルート絡みだと説明している。いろいろあるならその合理的可能性に関して具体的に考察してください。中途半端に問題を放り出さないでください。)

1. 2019/06/23(日) 12:43:29 |
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しかし、この＃１を小保方氏が作ったなら、その研究者とはシニア研究者は絶対に組みません。だから、作ったのは小保方氏ではありませんね。(我々は#1はSACs#5だと思ってますよ。一つずつずれて、キメラは#1から#8までだと思ってますがね。この実験を誰が行ったのかはわかりませんが、ちゃんとやるなら無論4Nでやらないといけない実験ですからね。2Nでやってるからには通す気はないんですよ。それと論理が三段に落ちてませんよ。)
ゲルに流したりしたのは小保方氏かもしれませんが、リンパ球のDNAサンプルを他の人からもらったかもしれません。(分かってないことを考えるときは考えうるすべての可能性を網羅しないといけないですよ。それでも漏れが出ます。それよりも分かっていることから演繹推論して行った方が狭い範囲ながらも確実な結論を得られますね。)

1. 2019/06/23(日) 12:45:09 |
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CDB上層部を潰そうとする大きな力が働いても、CDB上層部はSTAP証明に動いたのです。CDBの研究能力のサポートを受けて、論文は完成したのですから、STAPを否定することは、CDBの否定になります。
事態はすでに、CDB上層部が指導力を発揮できない状況になってしまったと思います。
(論理の脈絡がついてないです。文科省、岸氏、松崎氏、関係しながらもそれぞれ自分の思惑で動いているようですね。現体制の竹市-野依ラインとの間に緊張関係がある。世間に珍しくもない権力闘争でしょうけどね。結果として事実は文科省判断でCDBは組織改編を受けて消滅したということです。それはともかくとして、キメラはなぜできたのか。論文通りにできていたのに若山さんがサンプルの入れ替えまでしてなかったことにした理由は何なのか。我々が学氏に求めているのは学氏なりに考え抜いた首尾一貫した結論です。ここまでのところ我々は十分な説明がなされていないと理解している。原因は情報収集不足とそれに伴って事実誤認が多いからだとみています。)

1. 2019/06/23(日) 12:46:16 |
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⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊　♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟

1. 2019/06/23(日) 12:47:51 |
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