一言居士の独言

なんとマウスのJ2の方が6個と判明したようです。7個と書かれているArticle Extended Data Figure 2-gの概念図はヒトのTCR遺伝子でした。どこまで続くぬかるみぞ。でも、とりあえず我々の認識の方は正しく修正しておきましょう。17通りですね。

01.D1-J1の123456-D2-J2の123456(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の123456(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の123456(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の123456(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の123456(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の123456(*GL)
07.D1-J2の123456
08.D1-J2の23456
09.D1-J2の3456
10.D1-J2の456
11.D1-J2の56
12.D1-J2の6
13.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
14.D1-J1の123456-D2-J2の3456(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の456(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の56(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の6(*リアレンジバンド)

さて、どういうことになって行ってるんでしょうかね。話を聞いてみましょう。

1. 2019/06/27(木) 08:03:43|
2. STAP事件
4. | コメント:76

学さんブログでOoboe さんの情報が出たわね。

1. 2019/06/27(木) 08:07:24 |
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我々のブログの<Ooboeさん情報>に加えておいたよ。それよりもパートナー氏はなかなかご自分のブログを開設なさらないね。Ooboeさんとパートナー氏と楠本さんには私たちの居場所は知らせておきたいんだけどね。

1. 2019/06/27(木) 08:10:00 |
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もう少し様子を見ましょう。最終的にはこのジムさんのブログで知らせてもいいんだけど、その前に自分のブログの防御態勢は取っておかないといけないわ。今普請中だものね。学さんには知らせているけど無論この状態で判明したら誰が知らせたかが分かるように探針を刺しているのよ。

1. 2019/06/27(木) 09:24:54 |
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あら、活玉依毘賣の刺した麻糸は鍵穴を通って三輪山の神の社に続いているのかしら。

1. 2019/06/27(木) 09:25:34 |
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kahoの日記は我々のブログの資料カテゴリーにも置いているけど、Ooboe さんの今回推理している線は以前から問題になっているところだよね。

1. 2019/06/27(木) 09:26:13 |
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元データにはコメント欄もあるんであれはいずれそれも入れた改定を行うつもりだよ。今は急いでるんでね。アーティクル論文の機械翻訳も入れる予定なんだけど、なにしろ今最後の詰めなんで手が回らない。英語の読めない人でも便所の壁紙新聞を読んだら一から自分で確認できるようにしておきたいのさ。

1. 2019/06/27(木) 09:26:51 |
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取り合えず行きがかりの序にkahoの日記に関しては一通り検討しておこうかな。

1. 2019/06/27(木) 09:27:42 |
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これね。
>>
・・・私はこのまっとうな意見に対して「調べる手段はあるよ」と思っていました．それが先程述べた”input”です．
このデータは50塩基ほどの断片なので，再構成されたDNA配列全体は分かりません．しかし，切り取られた配列がなくなるため，「再構成が起きたかどうか」は分かります．
ゲノム再構成とは染色体のある部分が編集されて短くなるので，DNA配列をみるとその部分がなくなってしまいます．
もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．
この解析を始めた時，私は軽い気持ちで，実験生物学をやっている人が見つけられないものでも自分ならすぐに分かるという軽い優越感を得ようとしていました．
しかし，結果は驚くべきものでした．
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．
これが私の解析が悪いせいなのかと思い，全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが，他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました．つまり，STAP細胞はT細胞由来ではなかったのです．
この段階で私は，この論文におけるT細胞の選別が非常に悪く，幹細胞が混ざっていたのではないかと推測しました．しかしそれは甘かったのです．
低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．これは，実験の手技が悪いとか，ミスであるとか，そういう話ではありません．
それもこの”input”の比較によって明らかになります．・・・

1. 2019/06/27(木) 09:28:29 |
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対象インプットデータは以下のようだね。酸浴細胞とSTAP細胞が混同されているのかな。STAP細胞は無いのでSTAP幹細胞のことだとしておこう。
>>
①SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG
③SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG

1. 2019/06/27(木) 09:29:13 |
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3. #-
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①にはあるが②と③に見られないと言ってるのかな。何か混同があるな。(STAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞)と言ってるが、STAP細胞なんて記載はどこにもないしそれに該当するものもないから一応③だということにして考えようかな。(低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．)と根拠もなく述べているところは杜撰な論理以前で、酸浴細胞にはT細胞が自分のやり方で見つからなかったから、いなくなるんだという根拠だね。そして自分が見つけられなかったたった一つの事実を根拠に(ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．)と先に進んでいる。まず自分の結論が正しいのかということから確認しないといけない。しかも、STAP幹細胞でTCR再構成が確認されたなんてどこにも書かれていない。丹羽さんと笹井さんが外させている。書かれているのはSTAP細胞にはあるということだけだ。そもそもが(もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．)という方法論はどこから来てるのかということを検討したいね。

1. 2019/06/27(木) 09:29:58 |
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我々の論考ではCD45+細胞にはTCR再構成がPCRで確認されてたね。STAP幹細胞のデータはないね。桂報告が隠蔽したままだ。ラボメンバーの実験ノートが確認されている。もっと情報があるはずだね。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが今はないと言ったから外させた。またキメラのPCR結果はあったね。でもこれも実験が杜撰と判断して結論づけは早いから以後の確認報告とさせた。丹羽さんが外させたんだね。我々の結論はSTAP幹細胞は小保方核使用ntESだから、若山さんはCD45+細胞からドナー核を選んでいる。T細胞に当たっていなかった可能性が半分以上あるね。キメラのPCR結果はリシピエント由来血液のコンタミと結論してる。
問題は酸浴細胞からTCRリアレンジメントが発見されなかったとしているところだな。ゲルを見ればリアレンジメントがあるのは明確だったね。この公開データの試料がどういうものなのか、そして遠藤氏の方法論自体がどうなんだということね。

1. 2019/06/27(木) 09:30:41 |
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3. #-
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Ts.Marker さんのブログに依頼状を置いてきた。遠藤さんの結論を再現して見せてほしいという依頼だ。

1. 2019/06/27(木) 09:31:23 |
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3. #-
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久しぶりにブログの方を確認したらアルイミオウジ氏の名前があったからこちらも久々に覗きに行ったらTCRの件についていろいろ調べているわね。学さんと私たちの対話で興味を持ったのかな。いいことだわ。

1. 2019/06/27(木) 09:32:07 |
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3. #-
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我々は今のところGLラインとリアレンジメントラインの4本しか納得できてないけど、彼は一番下の強く光ってるラインをD2-J2.6バンドだと思ってるらしいね。それと参考にあげている論文の方はJ2が6個しかない。僕は今調べたが。マウスが6個でヒトが7個だ。僕は逆に認識してたぞ。
⋆ttps://www.jstage.jst.go.jp/article/jibiinkoka/114/6/114_6_539/_pdf
>>
② β 鎖遺伝子
β 鎖遺伝子はヒトの第７染色体q32―35，マウスの第 ６染色体Ｂに位置する．Cβ 遺伝子は２個存在し，それ ぞれ５’上流に１個のDβ 遺伝子と６～７個のJβ 遺伝子 をともなう．ヒトではJβ1遺伝子群に６個，Jβ2遺伝子 群に７個で計１３個でのJβ 鎖遺伝子が存在し，マウスで は各群６個ずつ，計１２個である．

1. 2019/06/27(木) 09:32:58 |
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3. #-
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あら、Article Extended Data Figure 2-eは7個あるわ。これってヒトの遺伝子なのね。若山さんも、笹井さんも、丹羽さんも、石井さんも、桂さんも、そもそも西川さんも、よくもまあ、こんな間違いを放置できたわねえ。どうしたの?

1. 2019/06/27(木) 09:34:02 |
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3. #-
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誰一人気づいてないよ。学氏も肝心な論文紹介した本人のアルイミオウジ氏もね。我々はずっと7個だと言い続けていたはずだがな。誰一人指摘しなかった。そもそも我々の誤解はこのArticle Extended Data Figure 2-eが原因だからね。これが正しいと思ってるからヒトの方が6個だと思ってた。

1. 2019/06/27(木) 09:35:12 |
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3. #-
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以下は間違いね。19通りではない。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の1234567(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の1234567(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の1234567(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の1234567(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の1234567(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の1234567(*GL)
07.D1-J2の1234567
08.D1-J2の234567
09.D1-J2の34567
10.D1-J2の4567
11.D1-J2の567
12.D1-J2の67
13.D1-J2の7
14.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の34567(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の4567(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の567(*リアレンジバンド)
18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)
19.D1-J1の123456-D2-J2の7

1. 2019/06/27(木) 09:36:14 |
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3. #-
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17通りだ。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の123456(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の123456(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の123456(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の123456(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の123456(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の123456(*GL)
07.D1-J2の123456
08.D1-J2の23456
09.D1-J2の3456
10.D1-J2の456
11.D1-J2の56
12.D1-J2の6
13.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
14.D1-J1の123456-D2-J2の3456(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の456(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の56(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の6(*リアレンジバンド)

1. 2019/06/27(木) 09:36:57 |
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なるほど。でも多数のCD45+細胞、もしくは多数のCD3+もしくはCD90+であるT細胞をPCRにかけて出る理論的バンド数は6本という命題に変更はないんだね。

1. 2019/06/27(木) 09:38:04 |
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3. #-
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そうだね。でもそれはともかくとして、誰も小保方さんが採用したこの概念図の7個に関して気づかなかったという問題は大きいよね。誰も気づかないということがあり得るのか。特にこの件に関して不正検討をした石井さんだね。乳がんの研究論文のある人だから医学系じゃないかな。

1. 2019/06/27(木) 09:38:59 |
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3. #-
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学さんはお医者だったはずよね。気づいてないわね。それともわざと黙っているのかな。

1. 2019/06/27(木) 09:39:44 |
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3. #-
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いや、医学系はヒトのTCRを勉強しているんで7個が普段勉強していることだから気づかないんだよ。マウスが6個ということを意識できている人がいなかったんじゃないかな。丹羽さんも、笹井さんもお医者だ。西川さんもそうでしょ。西川さんのところの研究者が試薬を小保方さんに渡しているんで、その時の説明で、小保方さんはマウスも7個だと思い込んでいるかもしれない。ただし、実際の実験はD2-J2.6で挟んでるからね。7つあるのにどうして6で止めてるのか不思議だったんだけど、プライマーを教えた人はマウスは6個だと知ってたんじゃないかな。

1. 2019/06/27(木) 09:41:22 |
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3. #-
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小保方さんがこの概念図をどこかから持ってきたときに気づかずにヒトのTCRの図を張り付けてしまって、それに医学系の人たちが気づいて注意できなかったというだけのことかもしれないね。

1. 2019/06/27(木) 09:42:11 |
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3. #-
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この概念図が間違っていると気付いた人はまず小保方さん自身がこのTCRに関して詳しくないと気付けるね。同様に渡辺調査ではゲルによってDNAラダーの出方は変わるんで縮尺で合わせることはできないのだと説明しているが、ということはPCRに関しても小保方さんが詳しくないと気付けるよね。

1. 2019/06/27(木) 09:43:10 |
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3. #-
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その場合彼女は無知によって間違ってるだけなんだけど、そういう指摘だと不正の根拠が弱くなるからではないかと疑義されるわよね。知らなかったんなら不正にはならないわよね。ただ、無知の恥があるだけだわ。彼女は若山さんの不正を隠すために、行ったことを無知の所為でなく、意図のあったものと断定されたのね。

1. 2019/06/27(木) 09:44:00 |
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3. #-
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ラボごと無知だったんじゃないかという疑義だってでてしまうところだね。若山さんは何を見ていたんだ。西川さんは結果のチェックをしてやったのかと考えていくと、そんなことってあり得るかと更に疑義が出る。そもそもいい加減な実験を分かってさせてないかという疑義だね。

1. 2019/06/27(木) 09:44:47 |
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3. #-
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西川さんもグルだったのかということだね。ややこしくなるな。丹羽さんですら気づいてないんだからな。図は小保方さんがどこかから持ってきたものだね。でも、それがヒトの細胞だと誰も気づかなかったということだな。そしてこんなに大勢が気づかないままにスルーされるということがあり得るだろうかという新たな疑義を生じるということね。

1. 2019/06/27(木) 09:45:26 |
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3. #-
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裏に若山さんの山梨大教授就任と研究所という箱物予算が付随していて、天下り先の確保という文科省の省益が絡んでいるよな。そもそも西川さん斡旋絡みのプロモーションだったんじゃないかという疑義か。

1. 2019/06/27(木) 09:46:22 |
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3. #-
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山梨大での一大プロジェクトにするということね。そのためにはヴァカンティの許から小保方さんを奪わないといけない。そういう風に推理するとそもそものキメラ捏造自体が研究の窃盗目的だということまで視野に入れないといけなくなるね。

1. 2019/06/27(木) 09:46:57 |
2. URL |
3. #-
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西川さんも加担してたと?

1. 2019/06/27(木) 09:47:41 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

理研には文科省からの天下りが居るよね。

1. 2019/06/27(木) 09:50:01 |
2. URL |
3. #-
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手記に曰く、"大将"ね。若山さんのプロモーションに関して西川さんの口利きがあるなら理研の天下り官僚経由だということはあるわね。

1. 2019/06/27(木) 09:50:44 |
2. URL |
3. #-
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ふむ。雑駁としているね。まあ、そういうことは全部一応ペンディングして置いて、ひとつずつ押さえて行こう。とりあえずはTs.Marker さんに依頼している再現検討だね。

1. 2019/06/27(木) 09:51:21 |
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3. #-
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その前に、我々の理解が正しければ今回のアルイミオウジ氏の知見から得るものは何もないな。大半間違ってる。本当は学さんに我々の理解はこれで正しいのかと確認したかったんだけどな。アンチの意見を掘り起こしてはプロパガンダを広めるのが仕事みたいだな。味方のふりをしながら結論は桂報告の犯人は分からないというところに落とすというお約束がその論旨に見えるね。アルイミオウジ氏と同じだな。まあ、期待するのが無理なんだろうけどね。若山さん擁護のアンチだよ。若山さんを擁護している限り犯人は必ず小保方さんになる。彼らは小保方さんは犯人でないと口では言いながら、その証明に反論するどころか、一切触れもしない。小保方さんが犯人でない証明は若山さん犯人を示唆してしまうからだ。限りなく小保方さんを犯人だと示唆しながらその反証に触れることなく、この曖昧な位置に彼らよりはるかに利口な世間様をとどまらせておきたいと間抜けなコメントを書き込むのが彼らスピン屋の仕事だからな。ただ、マウスが6個だというヒントは与えてくれたからな。無視扱いはしないでおこう。

1. 2019/06/27(木) 09:52:14 |
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3. #-
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学さんの時と同じように、気づかせてくれたお礼に批判して置いてあげようかしらね。
>>
DNAラダーはゲルが違うと目視では合わせられないよと渡辺報告に書いてあることも知らないみたいね。それ以前にDNAラダーの意味も調べてない。更にGLが出ないケースが多数のCD45+細胞や多数のT細胞という条件では論理的にはあり得ないのだという理解がないんだわね。一個の場合と混同している。また、そもそも丹羽さんの"GFPの漏れ出し"を蛋白質レヴェルで細胞外に出ているGFPのことだと書いているのは間違いね。PCR結果なんだから細胞質内のRNAの存在を確認しているのよ。それにGFP蛋白は細胞外には出ないわ。それもいうなら核外の細胞質内でしょ。

1. 2019/06/27(木) 09:53:42 |
2. URL |
3. #-
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それとくだんの写真はどこから持ってきたものなのかな。D2-J2.6で挟んだ時のGLとD2-J2.1は同じ意味のはずだけどなあ。GL以外に6本というのはおかしいね。7本になってしまう。それとこれこそレーンの切り貼りだらけのゲル写真だね。白線も入っていない。

1. 2019/06/27(木) 09:55:04 |
2. URL |
3. #-
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学さんのところで掘り下げたかった問題だったのよね。GLというのは無論ジャームラインという意味ね。再構成を受けてない親から受け継いだままの遺伝子配列のことよね。でもここでゲルに流しているのは何らかのプライマーで挟んだ領域の間だけのDNA配列断片ね。ここでのジャームラインはだから何もその間では遺伝子が切り取られていない断片なんだから、D2-J2.6で挟んだ時のD2-J2.1がGLに集まってくるのよね。つまりGLとD2-J2.1は同じ意味でないといけない。D2-J2.6の間で何も切り取りが無いとつながりはD2-J2.1になるわね。

1. 2019/06/27(木) 09:56:24 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

アルイミオウジ氏の持ち出してきた論文写真のD2J2はGLとD2-J1のバンドが二つあることになってる。この時のプライマーは小保方さんと同じのはずだね。
でもD1J2の方はもっと長い区間のプライマーでD1-J1.1がずっと上部の隠れているところにGLとして存在してないといけないよね。こちらはおかしくないんだけどね。
この辺りの説明を願いたいものだね。あの論文の図が正しいのなら我々の理解はまだ修正されなければならないことになるからね。

1. 2019/06/27(木) 09:57:21 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

虚心坦懐にただ我々の理解の間違いを指摘してくれる奴はいないのかなあ。

1. 2019/06/27(木) 09:58:02 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

本当の専門家はいくらでもいて我々の間違いは簡単に指摘できるはずよ。でも、彼らは文科省門下だからね。お給金は文科省予算から出ている。我々が間違った認識でいてくれた方が正解にたどりつけないんだから、都合よく間違っている場合は黙っているさ。当たり前じゃないか。正解にたどりつけないようにスピンするかただ我関せずのどちらかしかないよ。一応皆家族があって食わしていかないといけない。

1. 2019/06/27(木) 09:59:04 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

消費税はなぜ上げるのか。ひひひひひ。

1. 2019/06/27(木) 09:59:38 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

親分、上げたがってるのは財務省だけですね。独法に天下っているOBの圧力ですよね。人事はOB達が決めている。彼らに都合よく働かないと出世できませんな。

1. 2019/06/27(木) 10:00:28 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

大きな力は二つあるね。一つは角栄の列島改造論で巨大なインフラを作りすぎてそれが怒涛の対外輸出になったもんで、世界の経済バランスを壊してしまった。米国からの対日要求の中にその調整圧力が入ってるんだね。竹中の骨太方針というやつだ。で、バランスを取ろうとすると自分の力を押さえないといけない。ここで今までの分配システムが変更されるよな。その時に政策決定者に近い順に厚く配分されるように税制が改正された。これはしょうがないよな。それが不満で自分にとって都合よくしたかったら自分がその地位になれるように努力するしかないな。でもこういう世界的な動きというのは歴史なんで、この時に煽りをくらって引きこもりが60万人なんてことにもなっていくんだけど、それを言ったら戦争中の若人はどうなるんだ。個々の人々にとっては時の運命というものが厳然としてあるんだよな。我々とは見てきたものが違うぞ。

墓地は焼け跡蝉肉片のごと樹々に

1. 2019/06/27(木) 10:01:18 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

消費税を導入した分だけ、法人税と所得税率を下げた。民間の給与システムはいじれないからそのままになってるところに税制を変えると所得配分は変わって一億総中流から格差社会に変貌したんだな。こういう流れって世界的調整圧力でやむを得ない流れであるという半面で一部の人間だけが自分たちだけはその影響を被らないようにしようとするすさまじい利己的行動の原因にもなったんだね。それが二つ目の力の正体で、今でも消費税を上げようとする惰性を作っている。都合のいい真実というやつだね。

1. 2019/06/27(木) 10:02:51 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

戦国時代にもどったかな。ははは。

1. 2019/06/27(木) 10:03:51 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

世界的調整は終わってるよな。もうそろそろ力強く再生したいものだがなあ。

1. 2019/06/27(木) 10:04:33 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

日本の官僚たちは利己的行動を止めたくないんだな。空気に支配されて国策を過っていくのがいつもの彼らの行動パターンだ。ひひひひひ。

1. 2019/06/27(木) 10:05:14 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

行動原理が惰性だね。愛国心のかけらもない。もっとも我々外人は日本がどんどん弱くなっても大して困らないからどうでもいいけどな。

1. 2019/06/27(木) 10:06:02 |
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日本は自分たちで思ってるほどには大したこと無い国なんだなあ。他国に舐められるほどひどくもないけどさ。ははは。民間は馬鹿社長だと所詮最後は倒産退場して社員ごと淘汰されるから日本社会全体にとっては何の問題もないが、国家の場合も外国の侵略を受けて国家ごと淘汰されるのは同じだが、神が管理している、或いは同じことだが、誰も管理してない自然の人類史にとっては痛くも痒くも無かろうが、かつて日本国民であった人々にとっては深刻な事態になるだろうね。

1. 2019/06/27(木) 10:07:12 |
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遠藤氏がスピン屋として先陣を切ったというのはOoboeさんに見抜かれている通りだろうね。彼の論文に論証の穴があることは既に指摘しているが、このkahoの日記なる書き込みにもまた論証に瑕疵があるに違いないということは彼が何者かに頼まれたスピン屋だと分かれば予想できることだね。

1. 2019/06/27(木) 10:08:05 |
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Ts.Marker さんは遠藤氏と同じデータを持っていてその解析技術もある。kahoの日記の結論を再現できるかな。

1. 2019/06/27(木) 10:08:51 |
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やってくれるか否かが先に問題になりそうね。トリソミーに関する論文の方はOoboe さんの指摘しているように<コンブライアンス室が取上げ、外部有識者に査読依頼し、5月19日、外部有識者から、遠藤stap否定所見を否定する報告書が回答されていました。>ということなんだけど、ここで彼(もしくは彼ら?)はNHKと日経サイエンスにリークしたのね。査読者に結論を否定されていながら、マスコミにリークした。ところでこのkahoの日記の結論の方は誰のチェックも受けずに勝手に遠藤氏がネットで広めているだけだわよね。そして、彼のその結論は誰も確認していない。それがGel1,2と特許20図と関係しているんだけど桂報告も隠蔽した。私たちは酸浴細胞には少なくとも3本のリアレンジバンドがあると確認しているわね。そしてSTAP幹細胞のデータはないから確認できない。キメラの方は実験がちゃんと行われているか否かが保証されてないという疑義で論文から外されていると認識しているわよね。

1. 2019/06/27(木) 10:10:29 |
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Ts.Marker さんが遠藤氏の検証を再現してくれるか否かは彼の意志だから任せるしかない。でも遠藤氏の結論がどうなっているのかは確認しておかなければならいなよね。ここにもひどいレトリックがありそうだね。間違いを装っているが最後まではっきりさせなかったね。最初の印象を作っておいて後はお母さんのスカートの陰に隠れた。ひひひ。

1. 2019/06/27(木) 10:12:28 |
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>>
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．

ここの<STAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞>と二つあるかのごとき叙述は何だい?

1. 2019/06/27(木) 10:13:13 |
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やっと調べがついたぞ。Kahoの日記のコメント欄にある。どうやら最初の登録記載と我々がデータを取得した時の記載に違いがある。誰かが変更しているんだ。
>>
Re:データの読み方 (スコア:1)
by Anonymous Coward on 2014年03月07日 14時27分 (#2558286)
Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさんがゲノムデータから解析した事実はすでに著者らが公表しているということでしょうか？
何故Strainの異なるマウスから得たサンプルをコントロールとして使用したのか、全くわかりません。少なくとも実験系としてはきちんとコントロールされておらず、低レベルの杜撰なデータ解析であることは明らかです。
CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov]
ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov]
STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393449 [nih.gov]
STAP Stem Cell (derived from C57BL/6 x 129/sv)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393452 [nih.gov]

1. 2019/06/27(木) 10:14:10 |
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2393449というのはSAMNOのことね。これは②の酸浴細胞と同じものだわ。私たちは省略しているけど以下はSAMN02393449なのよ。
>>
②SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG

1. 2019/06/27(木) 10:14:51 |
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遠藤氏がSTAP細胞とSTAP幹細胞を混同している意味合いもあるんだね。自分で認めている。ただし、それが何を混同したと言ってるかは別だ。
>>
あの。。。。 (スコア:0)
by Anonymous Coward on 2014年03月05日 18時50分 (#2556798)
kahoさんはstap細胞とstap幹細胞の違いを理解出来てないのではないですか？
至急勉強して自分の間違いは訂正してくださいね

Re:あの。。。。 (スコア:1)
by kaho (2741) <reversethis-{moc ... a} {js+oratatub}> on 2014年03月05日 19時04分 (#2556812) ホームページ 日記
ご指摘ありがとうございます．
怒りに任せて書いたのでいろいろ誤字脱字用語の混乱がありますね．解析の方では気をつけているので以降はちゃんと区別します．
--
kaho

1. 2019/06/27(木) 10:16:00 |
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3. #-
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解析の方では気を付けていると言ってるわね。だから丹羽さんのプロトコルや、論文のSTAP幹細胞に関して思い込みの誤読していることを謝ってる形になっているんでしょ。公開データにSTAP細胞と酸浴細胞の二つの"input"があったらしい件に関しては謝ってないわね。

1. 2019/06/27(木) 10:17:27 |
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3. #-
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誰に対して怒っているのかな。若山さんから吹き込まれた説明でもあったのかな。純粋に科学的に不正を発見したのならただ客観的に指摘するだけで、怒りなんて起きないはずだけどね。何かに対して感情移入があるんでしょ。怒りがあったから間違えたなんて自分の印象付けのスピン記事に対するいいわけでしょ。印象付けがすでに終わってしまっているよね。小保方さんはSTAP幹細胞にTCRがあったなんて論文に一言も書いてないよ。丹保さんが意識的に外させたものだからね。それを分かっていながら以下のように書いた。
>>
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．
これが私の解析が悪いせいなのかと思い，全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが，他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました．つまり，STAP細胞はT細胞由来ではなかったのです．
この段階で私は，この論文におけるT細胞の選別が非常に悪く，幹細胞が混ざっていたのではないかと推測しました．しかしそれは甘かったのです．
低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．これは，実験の手技が悪いとか，ミスであるとか，そういう話ではありません．

1. 2019/06/27(木) 10:18:36 |
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<ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．>という部分は公共データベースにという意味だけど、直前で言ってることは酸浴STAPのことだ。論理が三段に落ちてない。でもこのことによって世間には強い印象付けの効果を及ぼしたよね。それは後から謝ったことによって消える効果じゃない。

1. 2019/06/27(木) 10:20:03 |
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3. #-
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論文に書かれていないということは知っているんだよな。
>>
奇妙なことにこの再構成がSTAP幹細胞からつくられたマウスでも観察されるかは論文に記載されていません．これを出せ，という意見はかなり早くからありましたが，これまで出していませんでした．

1. 2019/06/27(木) 10:20:45 |
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手記の説明だと、小保方さんが幹細胞は自分が今調べたら消えていたというから丹羽さんはそれを外させた。キメラの方は書かれていないから分からないが、これも実験の不備が伺われるから外させているんだよな。そうでなかったら再構成があるという証明なんだから論文の主張からして外す理由がない。プロトコルはサンプルを他の研究室に供与することになったから、再構成は無いサンプルだと注記したんだね。そのことはまだ手記は出ていないから遠藤氏は知らないが、知りもしないことをこれだけ早とちりして怒りに任せて書いたからだってのは通らない言い訳だね。意図的にプロパガンダしているんだよな。そうでなければよほどそそっかしい奴だ。

1. 2019/06/27(木) 10:21:42 |
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kahoの日記の最初の書き込みは2014/3/5だ。論文発表からまだ1か月だよ。手ぐすね引いて待ってたんだろ。ちょっとフライング気味だったかな。ははは。

1. 2019/06/27(木) 10:23:00 |
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直観力の鋭いOoboeさんに<遠藤高帆氏は、公開データで待ってましたが如くStap非実在論をネット「kahoの日記」で主張して、笹井先生や丹羽先生のことを「舐めてます」と、敵意まるだしの政治的表現をしていました。>と批判されてしまったね。ははは。

1. 2019/06/27(木) 10:23:44 |
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その辺の事情は我々は既に論じていることだからいいじゃないか。それよりももっと知りたいのは、彼の分析手法の妥当性だ。

1. 2019/06/27(木) 10:24:33 |
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今Ts.Marker 氏には依頼しているが、遠藤氏はやけにテクニカルなことやってるようだが、Ts.Markerさんは悩むだろうな。
>>
結果として，以下の単純（≒ロバスト）な方法でうまく行きそうだという感触を得ましたので，非常にテクニカルになりますが，再現実験を試みる人のために記します．
・染色体を50, 100, あるいは250塩基ごとのウィンドウに分割する．
・２つのゲノム間で，同じウィンドウ間のリード数を数える．
・ウィンドウ内のリード数をカウントし，性別が異なってもよいよう，各染色体ごとの総リード数を用いてオッズ比を算出する．また，性染色体は計算から除外する．
・オッズ比の95%信頼区間を計算する．
・オッズ比が１より大きい場合は信頼区間の下限値が２より大きいもの，オッズ比が１未満の場合は信頼区間の上限値が0.5未満のものを「CNVの差がある」区間としてカウントする．
・ただし近接している領域は結合させて１つと数える．
・このCNVの違いを2つの細胞の距離として評価する．

1. 2019/06/27(木) 10:25:27 |
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>>
この計算で一定の数字が得られることは分かりますが，そこで得られた距離をどう解釈するかは，別の基準がなければなりません．今回，おおよそリード数が同じ（数割少ない）で，世代をまたいだり同一個体から別組織を得たりしたデータを取得しているXiao（3/11 10:13訂正）らの論文(Cell, 2012, GSE36114)GSE36294(Chang et al., Cell Res. 2014)（3/11 13:11再訂正）のデータを用いました．著者らにコンタクトを取り（ついでにデータベースから論文へのリンクが貼られていないことを修正してもらい），個々の細胞の由来を聞いた所，1-MEF-iPSからマウスを作成し，2-APC, 2-HPCという細胞をそのマウスから得たことを確認しました．
このデータを使うことで，最初の幹細胞と分化した細胞の変異，体細胞ごとのCNVの違いが分かります．
今回，目立ったCNVが100塩基未満だったこと，50塩基では統計上サンプルが少なくて評価ができにくかったことから，ウィンドウサイズが100塩基の時の計算結果を示します．
結果を示しますと，以下のようになります．どの細胞の組み合わせでもCNVが観察出来ました．
          2-HPC*   2-HPC   2-APC
1-MEF_iPS     76     141     255
2-APC        151     160
2-HPC         16
2-HPC*
次に，この手法をSTAP論文のために公開されたデータに使います．この結果は以下の通りになりました．
        ESC STAP-SC  STAP  FI-SC    TSC
CD45+   245    270    277    182    669
TSC     420    459    360    371
FI-SC    17      6     17
STAP      0      2
STAP-SC   6
ESC
これまで見てきた通り，CD45+細胞はSTAP/STAP幹細胞/ES細胞とは由来が異なることがこの解析でも分かります．
また，ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく，ほぼ同一であることが示されました．この近さは慎重な実験をするために，STAPを抽出したマウスからES細胞を作成したとしても説明がつかないように思われます．

1. 2019/06/27(木) 10:26:36 |
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手法の妥当性と再現事実の信憑性の二つの問題はTs.Marker さんにお任せするわ。私たちの手には余ってる。それよりも同じデータであるはずのものをどうしてふたつあると思って解析したのかということよね。SAMNOは書かれているじゃないの。
>>
STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393449 [nih.gov]
>>
②SRR1171584　SAMN02393449　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG)
>>
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．

1. 2019/06/27(木) 10:27:26 |
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3. #-
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CD45+s細胞のsはタイプミスなんだろうね。この書き方だと両方調べたことになってるよね。どういうことなのかな。現在見れるのは②だね。遠藤氏が見た時は二つあったこになるよね。そして彼は加えてその二つのSAMNOが一緒だということに気づかなかったということになる。

1. 2019/06/27(木) 10:28:33 |
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彼は後に同じものと気づいているようだぜ。2014/3/8だ。こいつ何を見てこんなこと言ってるのかな。理研の誰かからデータを貰ってるのかな。そんな混在は今のデータベース上には無い。
>>
ちなみに，データベース上の表記では同じサンプルにSTAPと書かれている場合と酸で処理したCD45+細胞と書かれている場合が混在していて正確な条件が分かりません．図の見やすさも考えて，今回はSTAPに統一しています．

1. 2019/06/27(木) 10:29:34 |
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最初の書き込みでは以下のように書いていたわね。
>>
今回の論文（２報）のうち片方ではChIP-seqという実験を行っています．そして（本当は論文の公開時にするべきですが）しばらくした後でこの時のデータを誰にでも使えるように公開しました．

1. 2019/06/27(木) 10:30:37 |
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小保方さんはちゃんと2013/11/5に理研に提出していて、それを論文発表後まで控えていたのは理研だね。データベースにちゃんと書かれているぜ。
>>
Submission
2013/11/5　H.Obokata　PRJNA238286　
Submission
RIKEN　2014/2/13

1. 2019/06/27(木) 10:31:35 |
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この問題も我々は既に論じていて誰か内部の者が書き直しているという疑義があるんだよな。特にF1のマウス背景がすべてC57BL/6x129/Svと書かれていて、しかも後の調査では記載とデータとが違っていることが分かっているよな。誰がC57BL/6x129/Svと書いたのかという問題もあるんだね。しかも、ひとつのデータが同時に二度記載されているなんて理研の中の誰かがやってるんだよな。小保方さんの提出したままではない。期せずしてまた遠藤氏の書き込みで浮上してきたな。

1. 2019/06/27(木) 10:32:53 |
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（本当は論文の公開時にするべきですが）というのは因縁つけてるだけだな。この時にどういう登録になってたのかは分からないが、少なくとも現在書かれていることは今知ってるはずだ。何らかの謝罪が必要でしょ。お母さんのスカートの陰に隠れてんじゃねえぞ。

1. 2019/06/27(木) 10:33:46 |
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あはははは。お母さんって文科省とか岸氏のことね。今、学さんが一研究者ブログで書かれていることを蒸し返してきて、岸擁護のコメントを世間にもう一度広めようとしているのね。ほんとスピン屋さんね。

1. 2019/06/27(木) 10:34:34 |
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　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　

1. 2019/06/27(木) 10:36:53 |
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