一言居士の独言

取り敢えず、以下の理解ということにしとこうということですね。今一つ納得できませんがね。

①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe

各セグメントとその間の距離は以下で、イントロンの中も切り取られ得るという解釈のようですが、そんなことが起こるのならバンドはもっと細切れに現れますよねえ。

Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp


ただ571bpの中で切り取りがあるのだと解するより他にGLバンドとD2-J2.1バンドとが別々に表れてくる理由が分からないということのようです。まあ、とりあえずそういう理解にしておいて考えを前に進めようということらしいです。では、対話をどうぞ。

1. 2019/07/04(木) 18:19:19|
2. STAP事件
4. | コメント:84

まあ、とにもかくにも、問題はGel1,2だからな。アルイミオウジ変態ジジイが持ってきた論文とそこから類推したリアレンジバンドは彼の浅薄な理解から来る間違いか、もしくはそれと知って行っている意図的なスピン記述であるかのいずれかにせよ、そのこととは独立して、あの論文から推定できるバンドはあるな。それを考えよう。

1. 2019/07/05(金) 05:43:51 |
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3. #-
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小保方プライマーは(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)だと論文に書かれている。Gel1,2はその論文の元データだ。このときにJβ2.6がどういう位置を意味しているかが今回不確定になったということだね。

1. 2019/07/05(金) 05:44:29 |
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3. #-
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ややこしいな。でも科学的事実関係は知ってしまえば難しいことではないね。マウスのJ2セグメントは偽遺伝子セグメントも入れて7つあるが、その数え方に学会での決まりがなく、人によって、或いは論文によって二通りの書き方をしているらしいということだね。現に先に挙げた二つの論文では①がaで②がbの表記になっている。
>>
(a) 1,2,3,4,5,6,7
(b) 1,2,3,4,5,pseu,6

1. 2019/07/05(金) 05:45:14 |
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小保方さんは(Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)と書いてるわね。(a)の表記なら7の前にある6ということになって6は pseudogene segmentだということになる。その後ろに7があるのね。
でも、(b)の表記なら pseudogene segmentには番号が振られていないから、(a)の場合の7という意味になるわね。
これじゃあ、どちらなのか分からないわね。

1. 2019/07/05(金) 05:46:00 |
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そうね。無論プライマーのDNA配列が書かれているから専門家がデータベースを当たったらどちらかはわかるけどね。このままでは判断ができないね。

1. 2019/07/05(金) 05:46:40 |
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小保方さんは、若山さんは、西川さんは、西川さんのところの試薬をくれた研究者は、丹羽さんは、笹井さんは、石川さんは、桂チームの科学者集団のリーダーであった松崎さんは、マウスの専門家である相沢さんは、果たしてマウスのTCRβ鎖のJ2セグメント数が偽遺伝子を入れると7個であるということを知っていたであろうか。ひひひひひ。

1. 2019/07/05(金) 05:47:32 |
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小保方さんは別としよう。その他の人々はシニアなんでね。それぞれの専門は違ってもこの程度のことを知らないということはないね。ただ、それぞれの専門で普段考えていることではないからうっかりスルーするということは当然あると思うね。これは分野が違ってそれぞれであっても、一般人の我々でも自分の分野に引き寄せて考えればすぐに理解できることだろうや。

1. 2019/07/05(金) 05:48:25 |
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小保方さんは別としてってどういう意味なの? 彼女は後の経緯で剥奪されたとは言え、曲りなりにでも博士号取得者だわ。私たちど素人とは比べ物にならないくらいはるかにハイレベルの知識を自分の専門分野では持ってるはずだわ。

1. 2019/07/05(金) 05:49:13 |
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日本語の博士という言葉には語感として歴史的意味合いが付随していて、平安時代の身分階層として文章博士というのがある。菅原道真さんの時代辺りにはすでに博士は国に数人しかいない。大学寮のトップで、従五位下だから貴族階層に入っている。現代と比較して、比喩的にいえば東大の総長という感じかな。モンジョウハカセというね。皇族・貴族たちの教育係みたいなものかな。天神様は学問の神様だからね。博士と言ったら、博覧強記で知らないことがないという語感は今でもあるでしょ。

1. 2019/07/05(金) 05:50:17 |
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ええっ?へへへ。私、小保方さんがそうだとは思えないわ。だって光る精子って何ですかと他人に聞いたんでしょ。

1. 2019/07/05(金) 05:51:05 |
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まあ、博士なる日本語の歴史的意味合いに拘泥する限り、小保方さんが光る精子を知らなかった時点で明治以降の所謂文系的定義において、彼女を博士であると認めることに抵抗があるのは理解可能だね。逆に言うと、だから明治以降の理系的博士の定義は歴史的に解釈されてはいけないということになるよな。今の人でも文系的博士の定義において何か自分の分野で知らなかったことがあったらみずから恥じ入ってしまうくらいの気持ちのようだよ。まだ伝統のモラルを引きずってるのさ。理系みたいに若くして博士号は授与されない。それは博覧強記になるためには年月がかかるので、空海さん並みのよほどの天才でない限り若くしては不可能だからね。

1. 2019/07/05(金) 05:52:14 |
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ショウペンハウエル氏がグーテンベルクの印刷機の発明が博士を殺したという意味のことを語っているじゃないか。

1. 2019/07/05(金) 05:53:03 |
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ヤスパース君、ショーペンハウエルの奴は新聞を読むな、古典を読めと言っている限りにおいて正しいが、古典はグーテンベルクの奴の所為であれ以来指数関数的に増えていくのだよ。君ぃぃぃぃっ。

1. 2019/07/05(金) 05:53:55 |
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忘却とは忘れ去ることなり。忘れ得ずして忘却を誓う心の悲しさよ

1. 2019/07/05(金) 05:54:42 |
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だからあ、なんでも覚えてたら脳みそがバンクしちまうんだよう。馬鹿野郎。俺なんか忘却するまでもなくそもそも覚えてない。

1. 2019/07/05(金) 05:55:25 |
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自然科学分野そのものの歴史が浅いからね。発見される事象はすべて過去には知られていなかった事柄だ。文学は人類共通の普遍的な真実を獲得する道だから、新しい事象は存在していない。過去に天才たちによって考えられたことすべてを再獲得したところで一応博士だ。その上で第一句にして得ることができた人は思想革命者だということになるな。ひひひ。

1. 2019/07/05(金) 05:56:27 |
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同じ博士という言葉を使っているのが間違いだね。でも、自然科学者も社会的に身分があってなんらかの生活手段は無いと研究できないからな。そういう社会的な意味合いで博士号が必要だというのは誰にでも理解できることじゃないか。昔の文章博士が従五位下で職田6町で食ってるんだという意味合いでなら理系の博士さんも同じだ。

1. 2019/07/05(金) 05:57:42 |
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ど素人が博士の語感で誤解してしまうのは博覧強記の意味合いが新しい分野では全く異なっているというところだね。そもそも研究の対象が人にはほとんど何も知られていない事物だということが文学と違う。

1. 2019/07/05(金) 05:58:29 |
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みんな別々のことを手分けして解明しようとしているのね。隣の人が何をしているのか知らないことは博士として特段恥ではない。ただ自分が行っている研究において知っていた方がよかったことをたまたま知らなかったのは自分にとって良くなかったなというだけのことね。

1. 2019/07/05(金) 05:59:31 |
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程度問題だね。ポスドクとシニアにどんな違いがあるか。

1. 2019/07/05(金) 06:00:34 |
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博覧強記の具合に差があるのだというのなら、ポスドクは昔の学問だと博士ではなくて書生よね。

1. 2019/07/05(金) 06:01:11 |
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だから僕が言ってるじゃないか。過去に天才たちによって考えられたことすべてを再獲得したところで一応博士だ。その上で第一句にして得ることができた人は思想革命者だということになる、とね。でも自然科学という新しい学問分野では、過去に天才たちによって考えられたことすべてを再獲得してなくても、第一句にして得るということがあるのさ。どんな博覧強記の教育者であっても大した発見をしないということも同時にあり得る。知られていないことの方がはるかに多い。

1. 2019/07/05(金) 06:02:19 |
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自然科学でも過去の天才たちによって考えられたことはできるだけ再獲得しておいた方が、自分の研究にとって無駄がないね。小保方さんも光る精子に関して事件になって初めて他者に教えられて知るより、実験している最中に勉強して知っておいた方がこんな事件にならなくて済んだことにもなるよね。それは自分にとって有益だったろういうことで、知らなかったから彼女の理系的定義における博士号の価値が減ずるものではない。それは文系的誤解だということさ。博士だから何でも知ってると思うなという意味でね。

1. 2019/07/05(金) 06:03:16 |
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まあ、なんでもは知らないのに博士っておかしいと思うのは日本語の伝統から引き継がれている語感の所為なのね。

1. 2019/07/05(金) 06:04:03 |
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平安時代での博士は数人だからね。明治後の今の博士は数万人だ。伝統は明治に一旦切れて西欧文明に接ぎ木されている。

1. 2019/07/05(金) 06:05:01 |
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前置きは終わったかい?
小保方さんは、なぜプライマーをJ2.6で切ったのか。それは誰かの無知なのか。それとも理解の行き違いなのかね。

1. 2019/07/05(金) 06:05:41 |
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小保方さんがTCRに関して、又PCRに関して、どの程度の知識で実験を理解していたかという問題だね。それは石井調査における不正検討を通して分かることがあるわけだね。そこが明確にならないと、幹細胞やキメラにTCR再構成があったかなかったかという問題を考えるための前提を欠くということになるね。

1. 2019/07/05(金) 06:06:30 |
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困ったな。我々は小保方さんが論文に書いている以下のプライマー配列をアルイミオウジ変態ジジイの奴が紹介しているinformatics.jax.org/marker/MGI:4937236 …において見つけられないんだけどな。
>>
(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)

1. 2019/07/05(金) 06:07:19 |
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一方で妙な機械翻訳文のついている論文の図の方は中にURLが入っているな。
*ttp://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/eji.200323461
これは河本氏の論文でその中にプライマーが書かれているが、小保方さんの採用しているプライマーはアルイミオウジ変態ジジイが指摘しているようにそれと同じ配列だ。
>>
阿塁未央児‏ @aruimiouji 7月1日
>>いい見本があった。TCRβ鎖関連では権威である京都大学の河本宏先生。 STAP論文で使われた当該プライマーはおそらくこの先生の論文に依拠すると思われる(他の論文)。

1. 2019/07/05(金) 06:08:16 |
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妙な訳文の元ってこれだったのね。
>>
4.5 PCR analysis of D–J rearrangement in TCRβ chain gene
Cells (4×103 cells) were suspended in 20 μl of 1× PCR buffer (10 mM Tris‐HCl, pH 9.0, 50 mM KCl and 1.5 mM MgCl2) including 0.45% NP40, 0.45% Tween 20 and 1.2 μg proteinase K (Sigma, St. Louis, MO), and incubated at 55°C for 1 h, then 95°C for 10 min. Samples of these disrupted cells were used as templates for PCR amplification. Primers were: Dβ1, 5′‐TTATCTGGTGGTTTCTTCCAGC‐3′; Dβ2, 5′‐GCACCTGTGGGGAAGAAACT‐3′; Jβ1.5, 5′‐CAGAGTTCCATTTCAGAACCTAGC‐3′; Jβ1.6, 5′‐GGTAGAAAGGTAGAGGGTTCCAGA‐3′; Jβ2.6, 5′‐TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT‐3′. The reaction volume was 20 μl containing 5 μl of the cell extract (equivalent to 1,000 cells), 1.5 μl of 10× PCR buffer, 0.16 μl of 25 mM dNTPs, 0.4 μl of each primer (10 mM), and 0.6 U Taq polymerase. Thermocycling conditions were as follows: 5 min at 94°C followed by 35 cycles of 1 min at 94°C, 1 min at 60°C and 2 min at 72°C and 10 min at 72°C. Amplified DNA products were loaded on a 1.2% agarose gel, electrophoresed, and stained with ethidium bromide. In the experiments in Fig. 4D, 32P‐labeled dCTP was added to the PCR, and PCR products were loaded on a 6% denaturing polyacrylamide gel.

1. 2019/07/05(金) 06:09:37 |
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ほお、アルイミオウジ変態ジジイはどうしてそんなことが分かったのかな。若山さんの関係者なのかな。それともバックで関係者が糸を引いているのかな。

1. 2019/07/05(金) 06:10:26 |
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彼は何かグーグルとは違う翻訳ソフトを使ってるようね。Cellsを"電池"なんて変換してる。グーグル翻訳の方がはるかにマシね。それに機械翻訳のままで引用するというのもおかしな変態ジジイよね。そのまま使える翻訳機はまだないわね。翻訳機があると日本語を一からタイプしなくて助かるというレヴェルよね。

1. 2019/07/05(金) 06:11:30 |
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構文がそれほど複雑でなければそのまま使えるときもあるよ。ためしに上記英文のグーグル訳は以下だ。
>>
4.5TCRβ鎖遺伝子におけるD – J再配列のPCR解析
細胞（４×１０ ３細胞）を、０．４５％ＮＰ４０、０．４５％Ｔｗｅｅｎ ２０および１．２μｇプロテイナーゼＫを含む２０μｌの１×ＰＣＲ緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ － ＨＣｌ、ｐＨ９．０、５０ｍＭ ＫＣｌおよび１．５ｍＭ ＭｇＣｌ ２）に懸濁した。シグマ、ミズーリ州セントルイス）、５５℃で１時間、次いで９５℃で１０分間インキュベートした。これらの破壊された細胞のサンプルをPCR増幅のための鋳型として使用した。プライマーは以下の通りであった：Ｄβ１、５' － ＴＴＡＴＣＴＧＧＴＧＧＴＴＴＣＴＴＣＣＡＧＣ － ３ '。 Ｄβ２，５' − ＧＣＡＣＣＴＧＴＧＧＧＧＡＡＧＡＡＡＣＴ − ３ '； Ｄ． Ｊβ １．５、５' − ＣＡＧＡＧＴＴＣＣＡＴＴＴＣＡＧＡＡＣＣＴＡＧＣ − ３ '。 Ｊβ １．６、５' − ＧＧＴＡＧＡＡＡＧＧＴＡＧＡＧＧＧＴＴＣＣＡＧＡ − ３ '； Ｊ． Ｊβ２．６，５' − ＴＧＡＧＡＧＣＴＧＴＣＴＣＣＴＡＣＴＡＴＣＧＡＴＴ − ３ '。 ５μｌの細胞抽出物（１，０００細胞に相当）、１．５μｌの１０×ＰＣＲ緩衝液、０．１６μｌの２５ｍＭ ｄＮＴＰ、０．４μｌの各プライマー（１０ｍＭ）、および０．６ＵのＴａｑポリメラーゼを含む２０μｌの反応容量であった。 。サーモサイクリング条件は以下の通りであった：９４℃で５分、その後９４℃で１分、６０℃で１分そして７２℃で２分そして７２℃で１０分の３５サイクル。増幅したＤＮＡ産物を１．２％アガロースゲルにロードし、電気泳動し、そして臭化エチジウムで染色した。図4Dの実験では、32 P標識dCTPをPCRに添加し、PCR産物を6％変性ポリアクリルアミドゲルにロードしました。

1. 2019/07/05(金) 06:13:58 |
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3. #-
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うわあ、凄いのね。進歩するものね。103細胞は10^3という表記ね。"シグマ、ミズーリ州セントルイス）"のかかっている場所が変ね。

1. 2019/07/05(金) 06:15:40 |
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3. #-
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掛かり具合が複雑で認識できないときそれは後ろに取り残される傾向にある。

1. 2019/07/05(金) 06:16:33 |
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3. #-
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アルイミオウジ変態ジジイはどうしてあんな時代遅れの翻訳機を使っているのかしら。あいつ以前から自分は英語が苦手だとつぶやいていたわよね。丹羽論文の誤読を指摘した時だったかしらね。

1. 2019/07/05(金) 06:19:05 |
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3. #-
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英語が苦手であんな古い翻訳機を使ってあれだけの論文だとかデータベースを引用できるわけがないでしょ。演じているんだよ。あれだけのデータ解析処理ができるのにグーグル翻訳機の存在を知らないわけもないんでね。裏に若山関係者がいて糸を引いてるか本人自身が関係者なんだよ。

1. 2019/07/05(金) 06:19:57 |
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3. #-
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なるほど。それで以下の書き込みになるのね。焦ってるのね。
>>
>>科学史を書き記す義務がある。 邪魔をしているだけなんだよ、若山捏造仮説が大好物な詐欺擁護は。 愚民さんとかひでたろうさんとかジムさんとかいい加減にしてくれ！。 お前らは消えろ！。 糞みたいな口出しスンナ！。 したらば歌劇団は論外中の論外！。 スクショ集めて裁判考えなきゃ。

1. 2019/07/05(金) 06:21:04 |
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3. #-
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やってみろ。変態糞ジジイ。俺がこいつは殺ると決めた奴の末路は哀れだぜ。お前はこの世界から消えることになるだろう。小学生の女の子に声掛けんじゃねえぞ。痴漢野郎。訴えるぞ、屑が。

1. 2019/07/05(金) 06:22:07 |
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3. #-
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これこれ、鉄や。匿名同士で悪たれつきあっていても物事は何も前には進まんぞ。

1. 2019/07/05(金) 06:22:55 |
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3. #-
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若山さんが犯人ではなく、小保方さんも犯人でないんだったらSTAP細胞はあったんじゃないの。太田ESを渡されて捏造キメラを作らされたのだと言って、論文を取り下げたのは若山さんだと皆が知ってるわ。アルイミオウジ変態糞ジジイは何か若山さんがあったものを隠す刑法違反行為をしてるってことを言いたいのかな。私たちの罪もない嘘どころの騒ぎじゃないわね。ははははは。

1. 2019/07/05(金) 06:24:15 |
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3. #-
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僕はそういう事柄は既に考え抜いてしまってるんで、興味ないんだけどな。ntES仮説ですべてが説明できるということを検証している途中だ。ザッハリッヒに頼むじぇ。

1. 2019/07/05(金) 06:25:01 |
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3. #-
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プライマーが何かということが問題なんだな。小保方さんのプライマーと河野論文のプライマーは同じだ。これは事実だね。
>>
アーティクル論文にある小保方プライマー
Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′
Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′
>>
河野論文にあるFigure3-Dで使われたプライマー
Dβ2, 5′‐GCACCTGTGGGGAAGAAACT‐3′
Jβ2.6, 5′‐TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT‐3′

1. 2019/07/05(金) 06:25:50 |
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3. #-
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問題はDβ2とJβ2.6の間でのリアレンジメントを調べようとしたら誰がやっても同じプライマーになるのだったらアルイミオウジ変態糞ジジイが、<STAP論文で使われた当該プライマーはおそらくこの先生の論文に依拠すると思われる>と書いたことは物笑いにしかならないよな。でも、そうじゃない。

1. 2019/07/05(金) 06:26:52 |
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3. #-
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河野論文にあるFigure3-Bにこの一連の論文で使われたプライマーの位置が図示されている。ここでは図を貼り付けられないからセグメントの並びを以下のように表示する。
**Dβ1**Jβ1.1**Jβ1.2**Jβ1.3**Jβ1.4**Jβ1.5**Jβ1.6**Cβ1**Dβ2**Jβ2.1**Jβ2.2**Jβ2.3**Jβ2.4**Jβ2.5**Jβ2.6**

1. 2019/07/05(金) 06:27:34 |
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3. #-
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この場合偽遺伝子セグメントは除かれているのね。

1. 2019/07/05(金) 06:28:33 |
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3. #-
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そうだ。論文の主旨は我々の関心事とは別だからね。論文の目的からして働きの無いものの表示は不要だから省略されている。もし表示するならJ2.5と2.6の間だから以下のようになる。
**Dβ1**Jβ1.1**Jβ1.2**Jβ1.3**Jβ1.4**Jβ1.5**Jβ1.6**Cβ1**Dβ2**Jβ2.1**Jβ2.2**Jβ2.3**Jβ2.4**Jβ2.5**Pseu**Jβ2.6**

1. 2019/07/05(金) 06:30:10 |
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3. #-
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分かったわ。で、どういうプライマーで切り取るようになってるの。

1. 2019/07/05(金) 06:30:47 |
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3. #-
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ゲル図は以下だね。
C上図は<**Dβ1**Jβ1.1**Jβ1.2**Jβ1.3**Jβ1.4**Jβ1.5>がGLになるように切り取られている。
C下図は<**Dβ1**Jβ1.1**Jβ1.2**Jβ1.3**Jβ1.4**Jβ1.5**Jβ1.6**>がGLになるように切り取られている。
D図は<Dβ2**Jβ2.1**Jβ2.2**Jβ2.3**Jβ2.4**Jβ2.5**Pseu**Jβ2.6>がGLになるように切り取られている。
E図は<**Dβ1**Jβ1.1**Jβ1.2**Jβ1.3**Jβ1.4**Jβ1.5**Jβ1.6**Cβ1**Dβ2**Jβ2.1**Jβ2.2**Jβ2.3**Jβ2.4**Jβ2.5**Pseu**Jβ2.6>がGLになるように切り取られている。
F図は<Dβ2**Jβ2.1**Jβ2.2**Jβ2.3**Jβ2.4**Jβ2.5**Pseu**Jβ2.6>がGLになるように切り取られている。

1. 2019/07/05(金) 06:31:31 |
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3. #-
4. [ 編集 ]

D図とF図はプライマーに関しては同じだということね。それと**で始まったり終わったりしているのは各セグメントの開始位置より前後ろから切り取ってるという意味ね。

1. 2019/07/05(金) 06:32:18 |
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3. #-
4. [ 編集 ]

図解なので明確ではないけど矢印の示すところそういう風に解せるね。実際には以下のように河野論文ではプライマーは明確に書かれているからね。調べればわかる。
>>
Dβ1, 5′‐TTATCTGGTGGTTTCTTCCAGC‐3′
Dβ2, 5′‐GCACCTGTGGGGAAGAAACT‐3′
Jβ1.5, 5′‐CAGAGTTCCATTTCAGAACCTAGC‐3′
Jβ1.6, 5′‐GGTAGAAAGGTAGAGGGTTCCAGA‐3′
Jβ2.6, 5′‐TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT‐3′

1. 2019/07/05(金) 06:33:05 |
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3. #-
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そういう書き方ってそれぞれのセグメントの開始位置とか終始位置に対するプライマーじゃないの。

1. 2019/07/05(金) 06:33:55 |
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リアレンジメントを調べるのに別にきっっちりそこから始めたり終わらせたりしなくても間で遺伝子の切り取りが起きるんだから少し前とか少し後ろで挟んでも構わないんだよな。

1. 2019/07/05(金) 06:34:44 |
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そこに我々の理解の限界が二つあるんだよな。

1. 2019/07/05(金) 06:35:20 |
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何なの?

1. 2019/07/05(金) 06:35:59 |
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一つは、アルイミオウジ変態糞ジジイが紹介している遺伝子配列のデータベースだけど、ちょっと調べただけだけど河野論文のプライマーに対応するセグメント配列はない。つまり少し上少し下という可能性があるんだよ。例えばDβ2を頭に挟もうとした時のプライマーは以下だと書かれているよね。
>>
Dβ2, 5′‐GCACCTGTGGGGAAGAAACT‐3′

でもDβ2セグメント自体の配列はそのデータベースで調べると以下だよ。
>>
Dβ2
5'-TGGGGACTGGGGGGGCCA-3'
3'-ACCCCTGACCCCCCCGGT-5'

1. 2019/07/05(金) 06:37:01 |
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あら、全然対応している箇所が無いのね。それに長さがブライマーより短いなんて。

1. 2019/07/05(金) 06:38:26 |
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3. #-
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だからコードされていないところから大きめに切り取ってるはずなんだよな。でもそれがどこかなんてちょっと調べきれないね。

1. 2019/07/05(金) 06:39:14 |
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もう一つど素人にとっての大問題がGLの理解だ。河野論文のD図はプライマー位置がどうであれ、小保方さんの実験と同じプライマーなのである限り、うまく結果が出たら岡野論文と同じゲル図になるはずだということだ。その時に河野論文にはGLがD2-J2.1とは別に存在しているということだ。

1. 2019/07/05(金) 06:40:05 |
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D2-J2.1のバンドは何もセグメントが切り取られていないバンドだということなので我々の今までの理解ではGLと同じになると考えていたけど、論文にそう書かれている以上我々に知識不足があるということになるね。

1. 2019/07/05(金) 06:40:46 |
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3. #-
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セグメントが切り取られていないことは間違いないのにGLより短いD2-J2.1の断片があるということは、その間に存在しているコードされていない配列が切り取られるということもあり得るということかな。

1. 2019/07/05(金) 06:41:43 |
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3. #-
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論理的にはそう考えるしかないね。ただ、こんなことまで知ってる人ってそれを仕事にしてる人たちくらいのものだよ。僕が買ってきた教科書は薬学部なんかで使われている教養課程レベルの解説だから、とてもそんな詳しいことは書かれていないね。

1. 2019/07/05(金) 06:42:33 |
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相沢さんなんかはマウスの専門家で免疫不全マウスなんかも作ってるだろうから当然知ってるだろうね。

1. 2019/07/05(金) 06:43:28 |
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結局、小保方さん、もしくは若山研がこの実験を行った時に河野論文を参考にしたというのは間違いなさそうだね。そうでないとプライマーが全く一致するということはないね。西川さんを通したアドヴァイスもあったということだろうね。そして、そのことを知っているアルイミオウジ変態糞ジジイが若山さんの関係したスピン屋たちの仲間の一人だということは暴露されてしまったということだな。

1. 2019/07/05(金) 06:44:20 |
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よく歌うから。

1. 2019/07/05(金) 06:45:02 |
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TCR再構成の仕組みとしてループが作られて切り取られるときにコードされてない部分が切り取られることもあるのだとしておこうかな。他に原因を考えつかないからな。

1. 2019/07/05(金) 06:46:00 |
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3. #-
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各セグメントとその間の距離は以下だね。
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp

1. 2019/07/05(金) 06:46:55 |
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571bpの一部が切り取られて短くなると考えるのね。機能的には区別はないのね。

1. 2019/07/05(金) 06:47:42 |
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河野論文のFigure 3-DのJβ2.6は上記のJβ2.7だと相対距離の確認で分かるね。

1. 2019/07/05(金) 06:48:23 |
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やっぱり小保方さんの概念図は間違って貼り付けられているのね。小保方さんは河野論文のJβ2.6とされているのが偽遺伝子を数えてないから概念図対応ではJβ2.7になるのだと気付いていないのね。笹井さんや、丹羽さんや、石井さんたちも見逃したのね。というのも小保方さんのプライマーが河野論文からもたらされたものだと知らないし、知る由もないからよね。

1. 2019/07/05(金) 06:49:23 |
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アルイミオウジ変態糞ジジイの奴はよく知る由があったものだなあ。

1. 2019/07/05(金) 06:50:22 |
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グルだな。

1. 2019/07/05(金) 06:51:02 |
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僕は河野論文の<Jβ1.5, 5′‐CAGAGTTCCATTTCAGAACCTAGC‐3′>のプライマー位置を見つけたよ。狭い範囲だから見つかりそうだと見当つけて調べたらあった。Jβ1.5のセグメントは41,535,079～41,535,140の61bpだけど、その中には無くて更に下流でJβ1.6の始まりとの間にあって、100bp後ろの41,535,240～41.535.263の24bpだ。

1. 2019/07/05(金) 06:52:03 |
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100bp離しているのが目印なのね。なんかだんだん解明されてきたわね。

1. 2019/07/05(金) 06:52:48 |
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小保方さんがこの論文と同じ場所をPCRしていると分かった以上、この論文のFigure 4-DはそのままGel1,2のバンドと一対一対応していないといけないことになる。

1. 2019/07/05(金) 06:53:37 |
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以下の書き込みに対応しているアルイミオウジ変態糞ジジイの推定したバンドは正しいということだな。彼はこの論文から小保方さんがプライマーを持ってきたことを知ってる。こいつ単なる頓珍漢な自治会長なんかじゃないぞ。この論文の存在を知らない前提で考えると小保方さんのプライマーはきっちり対応するセグメントの頭から始まっていると思うのが普通だ。彼はそうでないことを知ってる。こいつ関係者だぞ。
>>
阿塁未央児‏ @aruimiouji 6月28日
その他
地球の反対側の(比喩！)、Ａのラボの実験とＢのラボの実験がこんなに一致している……但し、ここで出しているのは「位置取りマーカー」(←と勝手に名付けました)だけだけれど。 最下部のD2-J2.6はズレているけどね？。 多分、頑張ればソースの論文は出せるのだけれど……ああ、面倒臭い。 異なるゲル>>

1. 2019/07/05(金) 06:54:32 |
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河本論文は有名なものらしいが、ど素人でそんなことまで知ってるやつは居ない。それが小保方さんのプライマーを探って行って、この論文に行きついてしかも、そのプライマーの記載が完全に一致していることに気づき、しかもそれが各セグメントの開始位置でないと分かっているはずなのに、そのことをわざと言わない。こいつはスピン屋確定だね。

1. 2019/07/05(金) 06:55:36 |
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若山氏のお仲間学者だね。

1. 2019/07/05(金) 06:56:23 |
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エエド。だんだんお里が知れてくる。

1. 2019/07/05(金) 07:26:29 |
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河本論文と同じ実験だと分かった以上小保方さんのJ2.6は偽遺伝子をJ2.6とする数え方ではJ2.7のことだと分かったね。偽遺伝子はJ2.5のすぐ下に近接して存在している。J2.7は離れているから分かるね。

1. 2019/07/05(金) 07:27:23 |
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紛らわしいから偽遺伝子はpで表示しましょう。私たちが理解しているDJリコンビネーションの小保方プライマー(同時に河本プライマーでもある)で挟んだ時の理論的バンド位置数は以下の8本ね。プライマーはどちらもD2の少し上流、J2.6の少し下流の位置に設定してあるのね。それは河本論文を知ってないと分からないのね。プライマー位置をPsとPeで表示しましょう。startingとendingね。
>>
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe

1. 2019/07/05(金) 07:50:54 |
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やっと、Gel1,2の問題には入れるね。

1. 2019/07/05(金) 08:00:29 |
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オウ、イェイ!

1. 2019/07/05(金) 08:01:14 |
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💚　💜　💙　💏　💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺

1. 2019/07/05(金) 08:02:15 |
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