一言居士の独言

いまいち納得が行きませんでしたが、本庶さんの『ゲノムが語る生命像』を読み直していたらVDJ組み換えの説明にRAG1/2が出てましたからそこからネット検索で芋づる式に利根川さんの研究成果の説明を見つけて解決しましたね。

crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.html

切り取る場所はイントロンの中の特定の配列12RSS、23RSSと決まってるんですね。ランダムに切り取られるのではない。だからいろんな長さの断片は出来ないんですね。それを切り出す役目をRAG1/2が担っている。で、D2-J2.1の間にも切り取られる場所が一つあるんですね。だから前回の8バンドは正しいということです。GLとD2-J2.1は長さが違う。だからGLバンドとは別に出るということです。

中に二つ動画がある。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=27o1OOnO4YY
*ttps://www.youtube.com/watch?v=QTOBSFJWogE

最初ので疑問は解決しますね。D2-J2.1の間にもRAG1/2で切り取られる領域が一つある。

あるべき8バンドを再掲しておきましょう。今度は疑念無しです。
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe

やっと、Gel1,2の問題に入れますかね。どうなっていくのか、対話を聞いてみましょう。

1. 2019/07/05(金) 16:41:02|
2. STAP事件
4. | コメント:50

なんだか、私たちど素人の推定もまんざらでもなかったようね。イントロンの中が切り取られるのね。私たちはランダムな位置で切り取られるんじゃ何本でも長さの違う断片ができるとから変だと疑義していたら切り取られる場所は決まってたのね。

1. 2019/07/08(月) 14:12:27 |
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あはははは、我々ど素人が利根川さんに出会うことになるなんて思っても居なかったな。でも、そもそもこの仕組みは利根川さんが発見したものなんだよな。

1. 2019/07/08(月) 14:13:56 |
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本庶さんのブルーバック『ゲノムが語る生命像』を読み直していたらVDJ組み換えの説明にRAG1/2が出てたから、そこからネット検索で芋づる式に利根川さんの研究成果の説明を見つけて解決したね。
以下の説明が分かりやすい。
>>
crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.html

1. 2019/07/08(月) 14:14:37 |
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切り取る場所はイントロンの中の特定の配列12RSS、23RSSと決まってるのね。ランダムに切り取られるのではないんだわ。だからいろんな長さの断片は出来ないわね。それを切り出す役目をRAG1/2が担っている。で、実はエクソンの無い長いD2-J2.1の間のイントロンの中にも一か所切り取られる場所があるのね。だから前回の8バンドは正しいということになったのね。GLとは長さが違う。だからGLバンドはD2-J2.1とは別に出るということね。結果オーライだわ。バンザーイ。😸　💪　👍　

1. 2019/07/08(月) 14:15:17 |
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上記解説の中に二つ動画がある。最初ので疑問は解決するね。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=27o1OOnO4YY
*ttps://www.youtube.com/watch?v=QTOBSFJWogE
我々は最初はD2-J2再構成においては最初に切り取られ得るのはJ2.1だと思ってたからね。その分GLより短くなると理解していた。でもリコンビネーションはエクソンでないところでも起こるんだね。エクソンであるJ2.1が切り取られる以前にその上流のD2-J2.1の間にあるイントロンの一部が切り取られる。従ってD2-J2.1という再結合は最初のGLからイントロンが切り取られた分だけ短いんだね。盲点だよね。

1. 2019/07/08(月) 14:16:48 |
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再構成が起きた後イントロンはスプライシングによってどうせ取り除かれるから、再構成時にイントロンの切り取りがあるとは思わなかったんだよな。でもその場所に12RSSと23RSSという切込みが入っているんだな。自然の不可思議だね。

1. 2019/07/08(月) 14:17:47 |
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D2とJ2.1の間だけやけに長いからかしらね。他の部分の間隔と比較すると3倍から8倍長いわね。
>>
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp

1. 2019/07/08(月) 14:18:46 |
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もう一度貼り付けるわよ。あるべき8バンドね。無論、多数のT細胞をPCRに掛けた時の話よ。1個の時は1本か2本か0本ね。0本というのはD2が切り取られてしまうようなDJリコンビネーションが起きたときだから、要するにD1-J2リコンビネーションが起きている時ね。これはプライマーがD2-J2.6で挟むようにしている実験だからそうなるのよね。D2が存在して無ければ検出しようがないわね。

①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe

1. 2019/07/08(月) 14:19:50 |
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小保方さんは河本氏の論文の実験をまねしてプライマーを模しているからGLの長さが全く同じだね。そして再構成後の断片の長さも同じだ。切り取られた側の断片のそれぞれの長さはD2の下流で近接する12RSSと上記それぞれのJ2セグメント間にあるイントロンのどこかにある32RSSまでの位置なので決まっている長さだ。我々は具体的にはどうであるか知らないが専門的には簡単に決定できる長さだね。専門家は無論具体的それを知っている。

1. 2019/07/08(月) 14:21:07 |
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ゲルにGLが出てるとか出てないとかいう問題は先に原理的なことを押さえておかないと、複合原因の考えられる場合には結論を出せないよな。まずたくさんの細胞が検体になっているのか、それとも一個の細胞が検体になっているのか。プライマーは何か。ゲルの条件や電圧はどうなのか、検査している人々はプロフッショナルなのか、それとも新人たちなのか。

1. 2019/07/08(月) 14:22:15 |
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取り合えず、私たちはたくさんの細胞を検体にしてTCR再構成バンドを調べたら理想的実験が行われていたら8本のバンドがでることになると理解したところね。

1. 2019/07/08(月) 14:22:59 |
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我々は事件の真相を知りたいだけなんで、今更お医者や細胞生物学者になるために今お勉強しているわけではない。僕は言っちゃあなんだが若くしてすでに鉄鋼とびの事業で成功してOoboeさんもうらやんで少し頂戴とおっしゃったくらいの大金持ちになっているんで、ほんと今更そんなきつい職業に就く必要がないし、そのつもりもサラサラない。済まんが毎日遊んで暮らしているのだ。そのへんのスピン家業で糊口を凌いでいる貧乏人どもと一緒にしないでね。ひひひ。だから僕に言わせてもらうと、専門家が我々の疑問にちゃんと答えてくれたら、我々にとってはこんなに無駄な時間はかからなくて済むということなんだよな。

1. 2019/07/08(月) 14:26:31 |
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学さん。

1. 2019/07/08(月) 14:30:05 |
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あらまあ。いきなり呼びかけたわね。

1. 2019/07/08(月) 14:30:48 |
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あなたはあなたのブログの2019/6/2(日) 午後 3:01の記事でこうおっしゃった。
>>
あなたはGLにこだわりすぎています。バンドが何本でるかは大事ではありません。吉村先生とLさんの意見が違うようなところまで入り込んでどうするのですか？

1. 2019/07/08(月) 14:31:37 |
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俺は一度聞いた言葉は決して忘れない男なんだぜ。

1. 2019/07/08(月) 14:32:43 |
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あれ、お前、こないだ、以下のように言ってたはずだ。わしは小保方さんと同じで一度聞いたら決して忘れない男なんじゃよ。
>>
鉄
だからあ、なんでも覚えてたら脳みそがバンクしちまうんだよう。馬鹿野郎。俺なんか忘却するまでもなくそもそも覚えてない。

1. 2019/07/08(月) 14:34:00 |
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学さん、あなたはこの事件に関して考え始めてから長くないようですね。L氏に関しては私は早い段階から感想氏、在米ポスドク氏と同様にスピン屋だと思っていますし、吉村氏に関しては、遠藤氏と同様に若山氏と結託して小保方さんを陥れた犯罪者だとすら思ってるんで、あなたのご意見はスルーしてましたがね。

1. 2019/07/08(月) 14:35:06 |
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あらまあ、そうだったの。人様のブログなんで遠慮してたのね。ふふ。

1. 2019/07/08(月) 14:35:53 |
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俺たちのしたらばをああいう風にしちまったやつは必ずぶち殺してコンクリ詰めのテトラポットにして東京湾に放り込んでやるからな。覚悟してろよ。

1. 2019/07/08(月) 14:36:56 |
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おかしいな。お前はなんでもすぐに水に流す奴だと思ってたが。

1. 2019/07/08(月) 14:37:44 |
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親分、忘れねえぞ、リメンバーって口に出して言うやつは忘れっぽいからいきむんでさあ。水に流そうなんて言ってるやつくらい執念深い人間はいない。日本人がそうですぜ。

1. 2019/07/08(月) 14:39:24 |
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あれ、今お前、<俺はしつこい人間なんだぜ。>と口に出して言わなかったか。

1. 2019/07/08(月) 14:40:18 |
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今私を呼んだかね。

1. 2019/07/08(月) 14:41:26 |
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いえ、お呼びしてませんわ。学さんが<あなたはGLにこだわりすぎています。バンドが何本でるかは大事ではありません。>とおっしゃった言葉の間違いを今から執念深く検証するという意味にすぎませんわ。あなたのパラドックスは私たちはよく理解してますのよ。

1. 2019/07/08(月) 14:42:32 |
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法廷だと宣誓して真実の説明をしなければならない科学者が呼ばれるけど、ネットの中にいる専門家は嘘をついてスピンをかけるのが目的の人たちが大半なので、我々の単純な疑義にひとつづつ素直には答えてくれないんだよな。

1. 2019/07/08(月) 14:44:04 |
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文科省の犬だと言ってしまえば、専門家が我々に本当のことを説明するわけがない理由は知れ切ってることになる。

1. 2019/07/08(月) 14:44:56 |
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共通する利害の仲間という意味では一般の企業でも同じだな。内部告発するなんてのは組織論的には裏切り者だからね。褒められはしないな。もっとも放置しているとその組織のためにもならないという判断はあり得るんだけどな。個々人の倫理観に任されるべきことだな。ただ、公務員は違法行為を知って放置していると処罰される法律になってるけどね。そこは民間とは違う。民間は競争原理によって淘汰されるからね。国家は戦争侵略によって消滅し得るし、現に消滅した国家は歴史上大量にあるけど、日本人は海に守られていた時代が長くて疎いかな。

1. 2019/07/08(月) 16:52:56 |
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検体をゲルに流すと検体の断片の長さは小保方さんの実験と河本さんの実験とでは基本全く同じだわね。違うのはゲル条件だけね。これは実験ごとに全く同じということはあり得ないのね。

1. 2019/07/08(月) 16:53:50 |
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3. #-
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でもバンドの相対的位置関係はほぼ同じになるはずなんだ。

1. 2019/07/08(月) 16:54:56 |
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3. #-
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さあ、いよいよGel1,2の検討だぞ。D2-J2.6に関してはプライマーはわかっている。そしてそれは河本論文と同じだとも分かっている。以下だね。
>>
アーティクル論文にある小保方プライマー
Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′
Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′
>>
河本論文にあるFigure3-Dで使われたプライマー
Dβ2, 5′‐GCACCTGTGGGGAAGAAACT‐3′
Jβ2.6, 5′‐TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT‐3′

1. 2019/07/08(月) 16:55:57 |
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面白くなったね。石井さんから引き継いだ渡辺報告から始めようかな。渡辺さんは弁護士だからね。科学的なことは石井さんから引き継いでいるんだよ。当たり前だよね。。
>>
ア　レーン３の挿入に対する主張について
（ア）不服申立て者において、
・Ｔ細胞が成熟していく過程では、DNA が短くなるという現象が見られるので、成熟 したＴ細胞が含まれているか否か（Ｔ細胞受容体再構成が生じた細胞が含まれてい るか否か）、すなわち、DNA が短くなるという現象が生じているか否かを 「sorted-Oct4+」について見られるかを実証するためにパルスフィールド電気泳動を 行った
・その結果、 「sorted-Oct4+」について、 「DNA が短くなった、すなわち、Ｔ細胞受容体 再構成がおこった細胞が含まれているという結果」を得た ・論文１に掲載するにあたり、画像を見やすいように、実験の結果得られた２枚のゲル写真に操作（ポジティブコントロールを見やすいものにする操作）を加えたから といって、この「DNA が短くなった、すなわち、Ｔ細胞受容体再構成がおこった細 胞が含まれているという結果」自体は、何らの影響も受けない
・したがって、「研究活動によって得られた結果等」を虚偽にするものでもなく、「真正でないものに加工する」ものではない 旨、主張する（不服申立書「第２、３」、同「第２、４」及び補充書（１）「第２」等）。

1. 2019/07/08(月) 16:57:00 |
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この判断に関して、ど素人の私たちの勉強の成果の出るところね。小保方さんの主張は間違ってないわよね。

1. 2019/07/08(月) 16:57:44 |
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これが裁判だったとしよう。裁判長は法律に関してはプロだけど、TCR再構成に関しては全くのど素人だろ。今裁判しているという仮定で、科学者が証人として裁判官たちに説明するとき、宣誓して嘘をつくと牢屋に放り込むぞという命令に同意するよな。

1. 2019/07/08(月) 16:58:34 |
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テメエ、この桜吹雪が見えねえけえ。国家権力を舐めてると承知しねえぞう。

1. 2019/07/08(月) 16:59:37 |
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鉄、芝居はいいから。

1. 2019/07/08(月) 17:00:19 |
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私たちの常識から考えると彼女の主張は正しいわよね。彼女はGel.1,2の実験結果は試料にTCR再構成のあることを証していると主張している。

1. 2019/07/08(月) 17:00:56 |
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僕そんなこと問うていないから。小保方さんのゲルの比較はプロとして、博士として、厳密でないと批判している。

1. 2019/07/08(月) 17:01:40 |
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やかましいわ。貴様。ここは裁判所だ。小保方さんの主張が正しいか否かを問うている。

1. 2019/07/08(月) 17:02:21 |
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僕は法廷の証人として呼ばれているのではない。宣誓もしていないぜ。小保方さんは提訴していないんでね。理研の調査委員として報告しているだけだ。僕は君の支配下には居ないぞ。小保方さんの雇用者側の立場の代理人として上から目線で言いたい放題なんだよ。ひひひ。業務命令で行っているんで何の処罰もないんでね。むしろ僕がその命令に従わないと逆に解雇と言う処罰が商法によって可能になってしまう。僕は上手に生きていかないと家族とともに生活があるんでね。お生憎様。小保方さんは文句があったら会社辞めてとことん戦えばいいんや。僕はこんな仕事本当はやりとうないんやで。

1. 2019/07/08(月) 17:03:14 |
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親分、あんなこと言ってまっせ。悔しいなあ。なんかぶち殺したくなってきた。

1. 2019/07/08(月) 17:03:59 |
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好きにするといい。自己責任でな。ま、それで日本人の間では忠臣蔵がはやるんだ。

1. 2019/07/08(月) 17:04:57 |
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吉良さんも不運よね。結構いい人だったみたいだけど。鉄さんみたいに血の気が多い人と出会ってしまって、ご家来も忠義で人殺しして自分たちはさばさばと切腹なのよねえ。

1. 2019/07/08(月) 17:08:00 |
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3. #-
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エドモン・ダンテスは違うぜ。フランス人はまた一味違う。決闘でなら人殺しは許されている。キューリー未亡人のエピソードにもある。フランス人の女の子はラテン系で可愛いらしいからなあ、男もいろいろあるぜ、きっと。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=g0WLA0BKxOc
アルイミオウジ糞ジジイの奴、フランス人形にクラクラ来て声かけなきゃいいが。

1. 2019/07/08(月) 17:08:48 |
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なんか納得出来たらだんだん昔の私たちの歌劇場に戻ってきたわね。最近何聴いてる?

1. 2019/07/08(月) 17:09:34 |
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3. #-
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こんなのどうだい?
>>
Martha Argerich, Kissin, Levine, Pletnev Bach Concerto For 4 Pianos Bwv 1065 Verbier, July 22 2002
*ttps://www.youtube.com/watch?v=tJ49G2-Chhs

1. 2019/07/08(月) 17:10:26 |
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あれ、川上さん。生きてる人はここには登場できないんじゃなかったっけ。

1. 2019/07/08(月) 17:11:05 |
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外人はいいんだよ。B.B.キングがこんなところに書き込むわけないじゃないか。エリック・クラプトンだって登場するかもしれないぜ。

1. 2019/07/08(月) 17:12:30 |
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あ、僕は許されたんだね。じゃあ、ブルースも紹介しとこうかな。
>>
The Nortons- Married to the Blues
*ttps://www.youtube.com/watch?v=B9ItNmfR4vI

1. 2019/07/08(月) 17:13:24 |
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💚　💜　💙　💏　💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔈　🔉 　🔊　📀　📞

1. 2019/07/08(月) 17:15:12 |
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3. #-
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