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一言居士の独言

胎盤に関する考察33

長くなったので分割ですね。ひひひ。
  1. 2019/07/08(月) 17:18:54|
  2. STAP事件
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コメント

ヘーゲル

本題たのむぜ。
  1. 2019/07/08(月) 17:19:47 |
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カール・ヤスパース

師匠、懐かしいフレーズですねえ。本題、何でしたっけ?
  1. 2019/07/08(月) 17:20:29 |
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デラ・ストリート

プロタゴラス石井さんの主張よ。
>>
これらは、ゲルの違いや電気泳動条件の違いにより、ゲルごとに泳動に関する直線性が担保される分子量の範囲が変化するという、 分子生物学実験に従事する研究者において広く知られるところであり、それ故に標準 DNAサイズマーカーの並列が電気泳動を行う各ゲルにおいて必要とされるところである。
  1. 2019/07/08(月) 17:21:13 |
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小野小町

学さんが<学とみ子はこの石井報告書を読んでないです。(いろいろ抜けていますがすみません)>と2019/6/11(火) 午後 8:09の記事でおっしゃった関連ね。石井報告のその場所を再引用すると以下だわね。
>>
調査結果
 小保方氏と笹井氏の連名により提出された Figure 1i の元になったゲルの写真 の電子ファイルと実験ノート類及び同図の作成経緯と方法の書面による説明、並 びに両氏からの個別の聴取内容を精査した結果、Figure 1i の図は 2 つのパルスフ ィールド電気泳動ゲルを撮影した2枚の写真に由来する加工画像であることを確認した。
同電気泳動においては、合計 29 のサンプルを、サンプル 1 から 14 をゲ ル 1 に、サンプル 15 から 29 をゲル 2 に電気泳動したこと、Figure 1i のレーン 1, 2, 4, 5 がゲル 1 の左から 1, 2, 4, 5番目のレーン(標準 DNA サイズマーカーを レーン 0 として左から番記)に相当し、レーン 3 がゲル 2 のレーン 1(同)に相当することを、各ゲルに写った写真情報から確認した。
なお、ゲル 1 のレーン 3 とゲル2のレーン1はともにT細胞受容体遺伝子再構成を示すポジティブコント ロールであり、それぞれ脾臓の CD45+血液細胞と CD45+CD3 T リンパ球由来の DNA の PCR 産物を泳動したものである。
  1. 2019/07/08(月) 17:22:31 |
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一言居士

こんなところを<石井報告書を読んでない>では済まないです。読んでから参加してもらわないといけない。読んだ後の以下のコメントはまだ分かってないですよね。
>>
ここで、大事なのは、ゲル2にはコントロールがあるということですよね。つまり、図として評価できる状態にあるということです。それなのに、石井委員会は大事な所見を削除してしまったのです。
  1. 2019/07/08(月) 17:23:17 |
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閲覧者

石井さんがコントロールと言ってるのは論文の画像の話で、ゲル2にあるレーンをゲル1の再構成バンドの中に入れたのがけしからんと言ってるので、どちらのゲルにもちゃんとDNAラダーが流されている。その意味でどちらにも共通のコントロールはある。
  1. 2019/07/08(月) 17:24:03 |
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小野小町

石井さんは小保方さんが目視でバンドを合わせようとしていることを批判しているのね。それはゲルの物理的特性と掛けられた電圧の違いから両者の縮尺は合わせられないんだと主張しているだけなのよね。でもどちらにも分子量のちゃんと調整された同じDNAラダー試料が流されてるから縮尺なんて合わせられなくても、どちらもT細胞のリアレンジメントバンドだということくらい証明されているということなのよね。小保方さんは後者を主張していて、石川さんは前者を主張している。
  1. 2019/07/08(月) 17:26:04 |
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どっちが雇用しているんだよっていうことだな。お前何様だと。
  1. 2019/07/08(月) 17:27:04 |
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ふふふ

小保方さんは何が起きているのかこのとき何も分かってなかったのさ。自分がエイプリルフールされていたんだと分かっていたらなあ。でも、キメラができたと信じ込んでるからな。お前何様だと言われてもなあ。そんなこと考えもしてない。自分の細胞は多能性細胞てあることを若山さんが証明してくれているんだと信じ込んでいる。だから石井調査に対して何を些末なことを言うのだと、憤りの気持ちで一杯になる。
>>
調査委員会の調査報告書(3月31日付け)を受け取りました。驚きと憤りの気持ちでいっぱいです。特に,研究不正と認定された2点については,理化学研究所の規程で「研究不正」の対象外となる「悪意のない間違い」であるにもかかわらず,改ざん,ねつ造と決めつけられたことは,とても承服できません。近日中に,理化学研究所に不服申立をします。 このままでは,あたかもSTAP細胞の発見自体がねつ造であると誤解されかねず,到底容認できません。
  1. 2019/07/08(月) 17:28:11 |
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一言居士

ははははは。学さんにはいろいろ教わったけど彼女は全然わかってないんだよなあ。そうとしか思えないコメントだ。でも同時にこのような書き方はスピン屋ならだれでも考えることだ。それほどひねりもないし。ごく普通のスピンだね。我々はまだ探針は刺したままだけどね。
>>
ペリー・メイスン 氏は以下のように言っています。
>石井調査チームはここに2Nキメラの電気泳動写真があるということの重大さには当時まだ気づいていないね。

これは、学とみ子的解釈では、そのような理研研究者が検証調査をやっていたということは重大だと思いますね。そこに謎があるのですから、問題とすべきです。
  1. 2019/07/08(月) 17:29:48 |
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閲覧者

<そのような理研研究者>って石井さんのことだよね。もっとじっくり考えないとね。
  1. 2019/07/08(月) 17:30:38 |
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小野小町

私たちど素人はいつも搦め手から入るのよね。先に勝手口から入って家の中を覗いて置くスパイみたいなものかしら。 石井報告における<分子生物学実験に従事する研究者において広く知られるところ>という物言いは、もちろん小保方さんに対して、お前はそんなことも知らんのかと揶揄しているつもりなのよね。こういうものの言い方は一般にそう受け取られるわね。そして世間でそう受け取られがちであることを承知の上で言ってる。
  1. 2019/07/08(月) 17:31:23 |
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遠山金四郎

プロタゴラス石井。そなたはその言葉を若山さんにも向けているのか。
  1. 2019/07/08(月) 17:32:17 |
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プロタゴラス石井

いえいえ、そんなことはありませんよ。だって不服申し立てをしたのは小保方さんですからねえ。小保方さんが自分がそうしたと言っているんですよ。その上で何が悪いと居直っている。だから指導してやったんだ。そんなことしちゃいかんのだ。常識だぞと。
  1. 2019/07/08(月) 17:33:28 |
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遠山金四郎

この実験の指導者は誰じゃ。
  1. 2019/07/08(月) 17:34:10 |
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小野小町

若山さんと西川さんだわよね。小保方さんは免疫学なんてまるで専門じゃない。彼女は化学から岡野と大和の細胞シート研究に進み、ヴァカンティ研でスフィア細胞を発見したんだわ。そのキメラ形成確認のためと、途中から選択してきたのではなくできてきているのではないかという課題を受けた段階で若山研にひょんなことから腰かけて、2011年11月にキメラと幹細胞ができたと若山さんに知らされたんだわ。論文を書いたら何がキメラになったかわかったものじゃないとネイチャー査読者に批判されて、若山さんと一緒に西川さんに相談したらT細胞再構成を確認すればトレースできるとアドヴァイズされたのよ。西川さんは免疫学の大家よ。ど素人の小保方さんを指導したのは西川さんだわ。
  1. 2019/07/08(月) 17:35:00 |
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井伏鱒二

小保方さんは博士だ。でも、一般人は博士の歴史的意味に拘泥して、小保方さんがなんでも知っているべきだという思い込みを持たないようにと注意したよな。理系の博士は所詮生きていくための資格条件に過ぎないんだ。公認会計士資格とか司法試験資格と同じだ。公認会計士はラッセル卿のようにギリシア哲学に精通していなければならないなんて思う人はいないよな。同様に、科学や細胞シートの分野で知識を蓄えてきた小保方さんが免疫学のことに関しても西川さん並みに、或いはプロタゴラス石井氏のミスリーディングな書き方が世間を誤解させるように、< 分子生物学実験に従事する研究者において広く知られるところ>くらいは知っていなければならないということは無いんだよ。彼女は別の分野で博士号を取得したんだ。
  1. 2019/07/09(火) 08:40:49 |
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デラ・ストリート

小保方さんは自分の今までの研究過程で獲得した知識と技術で試験管内で三胚様に分化する不思議な細胞を見つけたのよね。ここに免疫学の知識は必要なかったのよね。
  1. 2019/07/09(火) 08:42:17 |
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ぺーリー・メイスン

無論細胞のことをやろうという時点での基礎的な知識はあるからね。少なくとも我々の泥縄程度の知識はその場で勉強すれば必要最小限度の知識は我々のレベル程度でなく獲得できる。だから西川さんは基礎的な論文として河本さんのを教えたんだろうね。小保方さんはそれをざっと読んで理解して、同じ実験を行った。無論、実験には金がかかるんで全部若山さんの監督の元に決まってるよね。
  1. 2019/07/09(火) 08:43:23 |
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井伏鱒二

ここでも予想される一般的誤解として、小保方さんは免疫学をこの時にとても深く勉強したなんて考えてはいけないということだ。なぜなら、小保方さんは自分の細胞からキメラができたと聞いて、そう論文に書いたら、既存の幹細胞でも拾ったんじゃないのかと一蹴されたんで、西川さんのトレース法をやってみようとしただけで、今から免疫学の大家になろうなんて考えていたらおかしいでしょ。とりあえずTCR再構成があるのか無いのかだけを知りたいんじゃないか。
  1. 2019/07/09(火) 08:44:22 |
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開高健

TCR再構成はあった。プロタゴラス石井氏は自分の仕事が嫌で、ただ、そんなことすんなよと言っただけだ。彼はばかばかしくていやだいやだと思いながらやらされている不正調査に関して、こんなもので世間的に終わらせたらどうだという線を示したら、キメラが出来ていると信じ込んでいる小保方さんから思いがけない反発を受けたということだね。ははは。
  1. 2019/07/09(火) 08:45:11 |
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一言居士

理研も石井さんも初動で躓いているからね。事件はある学会からの内部告発から始まっている。大隅が理事長をしていた学会だ。そして世界展望や11jigenなる得体のしれないいかがわしいスピン屋たちが暗躍し、その後遠藤、吉村、松崎と言ったスピン屋たちがさまざまに非正規ルートから正規ルートを壟断した。犯人たちは我々ど素人から見たら最初から直感されていて、何も悪いことをしてない奴がこんな大騒ぎすることはないということだ。彼らスピン屋に情報を流したのが若山さんでね、2013年8月に笹井さんと話をして、もはやこれまでと観念したんだね。裏で情報をまき散らせて暴露しているのは若山さん自身なんだよ。だからSTAP細胞論文発表記者会見で笹井さんとは対照的に、笑ってないんだよ。
  1. 2019/07/09(火) 08:46:34 |
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閲覧者

西川さんもTCRアドヴァイスをしたということはキメラ実験結果は素直に信じ込んでいるんだね。そういう意味ではこの人は無実だね。ただ、文科省との関係で若山さんはかばわないといけないから小保方さんがESコンタミした主張しているから、この時点では犯人の仲間になってる。
  1. 2019/07/09(火) 08:47:21 |
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ひひひ、親分。ビーチ何とかっていましたぜ。
  1. 2019/07/09(火) 08:48:05 |
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ふふふ

大本は文科省の違法天下りだ。こっちの官僚腐敗は国難だからなあ。STAP問題なんてチンケな話と違う。
  1. 2019/07/09(火) 08:49:35 |
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デラ・ストリート

搦め手側はそれでいいわ。正面から入れば、<ゲルの違いや電気泳動条件の違いにより、ゲルごとに泳動に関する直線性が担保される分子量の範囲が変化する>から<標準 DNAサイズマーカーの並列が電気泳動を行う各ゲルにおいて必要とされる>ということね。小保方さんはそれを説明せずに目分量でバンド位置を合わせ、しかも白線を入れて区別して置くというマナーすら守ってない。ケシカランということね。
  1. 2019/07/09(火) 08:50:42 |
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ペリー・メイスン

Gel1,2の左端のDNAラダーが所謂その<標準 DNAサイズマーカー>だな。分子量の分かっている市販試料を電気泳動実験のたびに同時に流す。これで異なった実験でも比較が可能になる。でも実験ノートには書いてあるんだろうけど写真映像だけではそれぞれの分子量がどういうラダーで並んでいるのかは分からないね。
  1. 2019/07/09(火) 08:51:34 |
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在原業平

今まで勉強した結果からしてあったことは間違いないでしょ。そしてプロタゴラス石井は無かったなんて言ってはいないよな。彼が言ってるのは図表の提示の仕方に不正があったといってるだけだ。
  1. 2019/07/09(火) 08:52:56 |
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小野小町

小保方さんはTCR再構成があったという論文の主張は間違いではないと反論したんだわ。
  1. 2019/07/09(火) 08:53:48 |
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プロタゴラス石井

だから僕は無かったなんて言ってないだろうよ。コントロールの入れ替えなんてしないで、そのまま使ってたら何の問題も無かったと言ったろうが。
  1. 2019/07/09(火) 08:54:56 |
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小野小町

だったらどうして重箱の隅をほじくるような不正摘発をしたのよ。世紀の大発見をそんなつまんないルール違反で葬り去るつもりなの?
  1. 2019/07/09(火) 08:55:40 |
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プロタゴラス石井

僕は理研から頼まれて、このSTAP論文は捏造だという内部告発の真偽を確かめるために調査したんだ。論文不正はあったと報告しただけで、STAP論文が捏造であるかないかなんて調べてない。それは他の調査チームの仕事だ。
  1. 2019/07/09(火) 08:56:31 |
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小野小町

そんな無責任な調査報告をすること自体が小保方さんに冤罪をおっかぶせる行為になってるじゃないの。世間は捏造なのかと疑っている。それに対して論文の書き方にルール違反があったなんて言ったら、小保方さんが反論したように、結果そのものまで疑われかねないじゃないの。全体が分かっても居ない段階でそんな発表すべきではないわ。理研による捏造報道だわ。
  1. 2019/07/09(火) 08:57:15 |
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ま、ま、姉御。今から我々がちゃんと検証しますから、ここのところは矛を収めていただきてえ。
  1. 2019/07/09(火) 08:58:04 |
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小野小町

お前には言われとうないわ。
  1. 2019/07/09(火) 08:58:45 |
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一言居士

我々は河本論文を知ってしまったからな。バンドの数は8本と分かっている。プライマーも全く同じだから、Ger1,2のバンドがリアレンジバンドであることは既に知ってしまっているよ。ゲルの条件がどうであれ、そんな小さな原因で結果は大きく左右はされない。GLバンドの下に更に6本のラダーがあり、少し離れた下にもう一本がある。それがD2-J2.7の断片さ。更にその下にもう一本あるのはまた別の原因だろうね。
  1. 2019/07/09(火) 08:59:47 |
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閲覧者

小保方さんが言ってるとおり、どれがどれか、又濃淡の原因を考えるまでもなく、その辺りにあるのがリアレンジバンド以外の何物でもないのは河本論文で明確だな。つまりOct4GFP発現している酸浴細胞がT細胞であるというアーティクルの主張は間違ってない。
  1. 2019/07/09(火) 09:00:34 |
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小野小町

幹細胞は? キメラは?
  1. 2019/07/09(火) 09:01:28 |
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姉御。慌てちゃいけませんぜ。論文には幹細胞とキメラの結果には触れられていない。
  1. 2019/07/09(火) 09:02:10 |
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ふふふ

石井調査報告は幹細胞はともかくここにあったキメラに触れていないばかりでなく、酸浴細胞にTCR再構成があったか無かったのかにも触れていないな。科学的に不正な手続きであったということのみを言い募っている。
  1. 2019/07/09(火) 09:03:03 |
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一言居士

酸浴細胞にはあったのさ。間違いのないことだ。不正手続きとは関係なく河本論文の実験結果から、これらはリアレンジメントバント以外の何物でもないな。
  1. 2019/07/09(火) 09:03:56 |
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姉御。問題は幹細胞以前にキメラの方なんですぜ。ここにはキメラの体細胞のTCR再構成確認実験が行われている。この事実が何を意味するのか。
  1. 2019/07/09(火) 09:05:23 |
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ふふふ

アルイミオウジ変態糞ジジイがハナから問題意識の理解できてないところだな。がはははは。
  1. 2019/07/09(火) 09:06:10 |
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あいつただ単に日本語ができないだけですぜ。というよりそもそも人の言ってること聞いてないからな。勝手に藁人形こしらえて、藁人形を批判して一人悦に入っているんだよな。
  1. 2019/07/09(火) 09:06:59 |
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シャーロック・ホームズ

ひひひひひ、お仕事、お仕事。お仕事だよ。スピン掛けるのが仕事だから所詮雇われてる時点でアホに決まってる。言ってることも嘘だからアホに見える。
  1. 2019/07/09(火) 09:07:46 |
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小野小町

見えるだけでなく、事実アッポだと。
  1. 2019/07/09(火) 09:08:21 |
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一言居士

このGel1と2の実験は若山研で西川氏のアドヴイスを受けて行われている。このとき若山さんは2Nキメラしか小保方さんに渡さなかった。なぜかということだね。
  1. 2019/07/09(火) 09:09:06 |
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閲覧者

吉村氏は4Nキメラでやってみるべきだとも言ってるよね。まるで2Nキメラを選んだのが小保方さんだと決まっているかのようなスピンだね。
>>
もとさんの『一つの細胞から分化した細胞ならTCR再構成で見えるバンドは1つ(または2つ?)のはずなので、こんなにいっぱいバンドが見えるのが何故かは私にはさっぱり判りません。』は完全に正しい推論です。胚盤胞に入れられる細胞はせいぜい20個でそのうちマウス組織になるのは数個なので、この方法で見れるバンドはせいぜい1本です。この2Nキメラの解析結果が不自然であることを理研の先生たちは理解しているからこの図をもって『キメラにTCR再構成がある』と言わないのだろうと思います。
こんな形而上学的な議論は実はたいした意味がなく、純化したT細胞から作ったSTAP細胞でキメラを作製するとか、4Nキメラで解析するとか、キメラの子孫でTCRの解析をするとか、不確実性を可能な限り排除した感度の高い方法で実験すれば何の問題もないはずです。現在丹羽先生が再現実験をされているそうなので次回ぜひこのような疑問点を解消していただければと思います。
ただ今回の議論で免疫学者は『もっぱらアラさがしをしてポジティブな面を評価しようとしない』傾向があることに自分でも気がつきました。厳密な論理性を要求する学問であるからか、免疫はなかなかとっつきにくく若い人に敬遠される理由がはからずもわかったような気がします。
なおTCRが単一の4Nキメラマウスでは免疫不全になるかもしれませんが、通常の動物実験室の環境でしたら生存できます。TCRトランスジェニックマウスと似たようなものです。
  1. 2019/07/09(火) 09:09:59 |
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一言居士

我々のntES仮説だと若山さんは4Nキメラを渡すとそのTCR結果が自分の行ったことを証明してしまうリスクを感じたから小保方さんに4Nキメラを渡さなかったんだね。
  1. 2019/07/09(火) 09:11:29 |
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デラ・ストリート

取り敢えず、石井調査の検証に関して纏めておいてよ。説明しやすいように再掲ね。
>>
Gel1よ。
①DNA ladder
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
⑦Sorted-Oct4+ 3
⑧Sorted-Oct4+ 4
⑨Sorted-Oct4+ 5
⑩Sorted-Oct4+ 6
⑪STAP cluster 1
⑫STAP cluster 2
⑬STAP cluster 3
⑭STAP cluster 4
  1. 2019/07/09(火) 09:12:20 |
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  3. #-
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デラ・ストリート

Gel2よ。
⑮DNA ladder
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑰CD45+/CD3+ 1'(50ng)
⑱CD45+/CD3+ 2(100ng)
⑲CD45+/CD3+ 2 (50ng)
⑳CD45+ 1
㉑CD45+ 2
㉒CD45+/CD90+
㉓CD45+/CD90+
㉔CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉕CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉖CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉗2N chimera 1(CD45 STAP)
㉘2N chimera 2(CD45 STAP)
㉙2N chimera 3(CD45 STAP)
  1. 2019/07/09(火) 09:13:01 |
  2. URL |
  3. #-
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ペリー・メイスン

ふむ。そうだね。石井調査が問題にしたのはArticle Figure 1-iだ。これはGel1,2対応させると以下の並びだ。
>>
②ES Cell
③Fibroblast
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
  1. 2019/07/09(火) 09:13:52 |
  2. URL |
  3. #-
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遠山金四郎

後にプロタゴラス石井は以下であったら何の問題もなかったと言ったな。
>>
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
  1. 2019/07/09(火) 09:14:41 |
  2. URL |
  3. #-
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小野小町

ということは問題にされるべきはなぜ④を⑯に差し替えたのかということね。
  1. 2019/07/09(火) 09:15:20 |
  2. URL |
  3. #-
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在原業平

小保方さんは再構成が⑤と⑥にあるということを示すためには④より⑯がもっとクリアに出ていると考えたと抗弁したんだ。
  1. 2019/07/09(火) 09:16:04 |
  2. URL |
  3. #-
  4. [ 編集 ]

小野小町

プロタゴラス石井の言ってるように④でもちゃんと出てるんだけどね。小保方さんが強調したかったのは⑯にくっきり出でいる3本のバンドなのよね。これは④より⑯の方が明らかにはっきりしている。この3本のバンドをポジコンとして見せたかったのよね。
  1. 2019/07/09(火) 09:17:02 |
  2. URL |
  3. #-
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一言居士

この3本のバンドが何かということを我々は追及してきて最終的結論を得たね。ここにはっきり学さんの間違いを指摘しておくぜ。彼女は以下のように言った。
>>
あなたはGLにこだわりすぎています。バンドが何本でるかは大事ではありません。吉村先生とLさんの意見が違うようなところまで入り込んでどうするのですか?
  1. 2019/07/09(火) 09:17:49 |
  2. URL |
  3. #-
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閲覧者

二つに分解しておこう。
1.あなたはGLにこだわりすぎています。バンドが何本でるかは大事ではありません。
2.吉村先生とLさんの意見が違うようなところまで入り込んでどうするのですか?
  1. 2019/07/09(火) 09:18:32 |
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  3. #-
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一言居士

1はそれらがTCRバンドであるか否かという意味において重大なんだね。2に関して我々は彼らを犯人の仲間とみている。言っとくからな。我々は学さんは2を擁護している限りにおいて隠れスピン屋さんではないかと疑義しているから探針をみ服の裾に刺させていただいている。
  1. 2019/07/09(火) 09:21:43 |
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  3. #-
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小野小町

あらまあ、そんなことまで言ってしまっちゃったのね。
  1. 2019/07/09(火) 09:22:26 |
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  3. #-
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一言居士

我々は学さんを信用して本来ならOoboeさんに先に知らせるべき我々のブログの在りかを学さんに先に知らせた。その時に誠意ある回答が無かったというのが我々に探針を刺させた理由だ。
  1. 2019/07/09(火) 09:23:17 |
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  3. #-
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閲覧者

まあ、もはやアルイミオウジ変態糞ジジイがばらしてしまったから関係ないんだけどね。ははは。いずれ、知らせる予定だったんだからそこはどうでもいいんだ。
  1. 2019/07/09(火) 09:24:00 |
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  3. #-
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一言居士

便所の落書きだからな。たまたま入った奴が読んで大笑いすればいいのさ。余り広まってもらいたくもないのさ。
  1. 2019/07/09(火) 09:24:42 |
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  3. #-
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シャーロック・ホームズ

<バンドが何本でるか>も分からないままでは、Article Figure 1-iが何を意味するか分からない筈だよな。学さんはTCRに詳しいのに小保方さんの図が何を意味するのか世間に分かって欲しくないから、そう言ってるかもと、我々の探針に繋がっている麻糸を通して打電されてきているんだけどな。バンドは正しく実験が成功していたら8本出るんだよ。
>>
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe
  1. 2019/07/09(火) 09:25:36 |
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  3. #-
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ドクター・ワトソン

ゲル1、2ともにDNA ladderがついている。
①DNA ladder
⑮DNA ladder
これがゲルの物理的特性や電圧の違いを乗り越える共通尺度なんだな。このラダーの一番上に出ている線が開始の目印バンドなんだ。GLラインはその少し上にあってGEL1,2に共通している。Gel1の方がはっきりしていて、これがGLラインだということはGel1,2には示されていないが、Article Figure 1-iには示されている。三つは共通の実験だからバンドの形を見たらわかる。
  1. 2019/07/09(火) 09:27:19 |
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  3. #-
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一言居士

そうだね。そしてそこから下に7本のリアレンジバンドが現れるはずというのが我々のお勉強の成果だね。そしてその各バンドの位置は縮尺とは関係なく、ラダーとの相関で確認できる。
例えば一番下の線は河本論文で検討したように<⑧Ps-D2-J2の6-Pe>の断片なんだな。これはどちらのGelもラダーの10番目の線と一致している。Gel1と2では引かれている罫線の位置が違うが、ラダーの位置が本当のメジャーだ。
  1. 2019/07/09(火) 09:28:09 |
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  3. #-
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小野小町

ラダーの開始位置の少し上がGLバンドね。そして真のラダーの10番目の位置にあるバンドが一番短い<⑧Ps-D2-J2の6-Pe>断片なのね。そしてその上にあるはずの<⑦Ps-D2-J2のp6-Pe>は、実は偽遺伝子の前で切り取られている断片だけど、実際、そこのイントロンの部分は154bpあって他より長いのよね。
>>
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp
  1. 2019/07/09(火) 09:29:27 |
  2. URL |
  3. #-
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一言居士

それは各イントロンのどこに23RSSがあるかという問題があって我々は厳密には調べていないよ。それから、石井調査が語っているようにゲルの特性があるから単純な比例関係にはないからな。ただ、相対的な間隔としての違いはある程度相関的に出るはずなんだし、現に出てるね。
  1. 2019/07/09(火) 09:30:19 |
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  3. #-
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閲覧者

調べりゃ分かることなんだけどな。ちょっと距離感が出るように並べてみようかな。
>>
Dβ2(17bp)***571bp***Jβ2.1(59bp)***144bp***Jβ2.2(60bp)***201bp***Jβ2.3(63bp)***77bp***Jβ2.4(62bp)***28bp***Jβ2.5(63bp)***87bp***Jβ2.6(56bp)***154bp***Jβ2.7(63bp)
  1. 2019/07/09(火) 09:31:16 |
  2. URL |
  3. #-
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一言居士

<Jβ2.4(62bp)***28bp***Jβ2.5(63bp>のところ、変だね。RSS(recombination signal sequences)はJ2の各セグメントの前に最低39bpあるはずだぜ。
  1. 2019/07/09(火) 09:32:14 |
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小野小町

ヘプタマーが7、スペーサーが23、そしてノナマーが9で合計39bp必要ね。数え間違ってないかな。アルイミオウジ変態糞ジジイの紹介してくれたデータベースは見ずらいのよね。
  1. 2019/07/09(火) 09:35:42 |
  2. URL |
  3. #-
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一言居士

我々が見つけた論文は人間の奴じゃないかな。動画のに出てる配列はないぜ。
  1. 2019/07/09(火) 09:36:31 |
  2. URL |
  3. #-
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閲覧者

ふむ。また躓いたな。よしとりあえず本腰入れて数え直しだ。やっつけで数えたからね、今数え直すと35だ。動画はヒトのケースだ。
  1. 2019/07/09(火) 09:37:46 |
  2. URL |
  3. #-
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小野小町

以下のレポートはヒトのケースだということね。下記配列はマウスにはない。
>>
"2018年04月23日
V(D)J遺伝子再構成におけるRAG1/2と再構成シグナル配列の動態詳細 "
*ttp://crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.html

HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 32bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
  1. 2019/07/09(火) 09:38:40 |
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  3. #-
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閲覧者

我々が知りたいのはマウスの23RSSのDNA 配列だ。これが分かると大体のバンドの並びが推定できる。
  1. 2019/07/09(火) 09:39:54 |
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小野小町

アルイミオウジ変態糞ジジイがまたいいデータを紹介してくれるはずね。待ってましょ。こいつ専門家の端くれよね。ど素人の変態自治会長なんかじゃないわね。ひひひひ。
  1. 2019/07/09(火) 09:40:37 |
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  3. #-
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一言居士

まあ、小保方さんの酸浴細胞にはTCR再構成はあったのさ。そしてそれはほとんどT細胞ばかりの検体を酸浴させた結果なんだから、TCR再構成はあって当たり前で、ちっとも変じゃない。こんなところに因縁つけてる石川さんは政治配慮があって結果報告してるんだよな。
  1. 2019/07/09(火) 09:41:28 |
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  3. #-
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閲覧者

問題はキメラにあったのか。幹細胞にあったのかということね。まあ、急ぐ旅でない。アルイミオウジ変態糞ジジイが自己の正体を現してまで、ど素人をごまかそうとしているんだからとことこん説明してもらおうぜ。若山さんは無実なんだろ。そして小保方さんも無実なんだな。がはははははは。キメラがなぜできたのか説明してもらおうか。そしてなぜできてるのに若山さんが取り下げたのか。そして太田ESのコンタミだと小保方さんを糾弾したのかの理由もね。
  1. 2019/07/09(火) 09:42:22 |
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  3. #-
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小野小町

私たちが知りたいのは以下の人の場合に対応するマウスの情報よ。頼んだわよ。
>>
HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 23bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
  1. 2019/07/09(火) 09:43:58 |
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  3. #-
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イェイ

📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈
  1. 2019/07/09(火) 09:45:42 |
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