一言居士の独言

取り敢えずの調査結果ですね。

D1-(CAC)GG,(TGATT,CAA)TT,CTATG,GGAA(G,C)C(TTT,ACAAA,AA)CCA
D2-(CAC)AA,(TGATT,CAA)CT,GGAAG,AGGT(G,C)T(TTT,ACAAA,AA)GCT

TTATT,T(T)TCT,CCTCA,TCCTA,TGGCA,C(TGTG)-J1.1
TCCAT,A(T)TCG,AGTAT,CTGTA,TTCTG,A(TGTG)-J1.2
GGGGT,T(T)TGA,AGTGG,ACCCG,GGAGG,C(TGTG)-J1.3
GAAGT,T(T)TAC,CACCA,GGCTT,TAATG,T(TGTG)-J1.4
GGGAG,T(T)TGT,CACCC,TCATG,TTGTA,C(TGTG)-J1.5
TAGGT,T(T)TAC,CAAGG,CCACC,TGCAG,C(TGTG)-J1.6
GGGGC,T(C)CAT,TTCTG,ACTGG,AGGGG,T(TGTG)-J1.7

AAGAA,T(T)CTT,GGTAG,CCCTT,TTCTG,C(TGTG)-J2.1
GAGGT,T(T)GTG,CCAGC,ATTTCCAGGA,C(TGTG)-J2.2
TGAGT,T(T)TTG,TCCTG,AGCCT,GGAGG,C(TGTG)-J2.3
CCAGT,T(T)TTG,TCCTG,TACCA,AGAGG,C(TGTG)-J2.4
ATAGT,T(T)TTG,TGTTG,GGTTC,TGGGG,C(TGTG)-J2.5
CGGGT,T(T)CTC,TTGGG,AGTCA,CAGGG,T(TGTG)-J2.6
CGGGT,T(T)GTG,TGTGG,GGTTG,AGCCT,C(TGTG)-J2.7


実験が4Ｎキメラで行われていない理由は若山さんにあるということですね。誰が考えたって、ESのコンタミでなく、酸浴T細胞がキメラになったことを査読者に証明するに際して２ＮキメラのＴＣＲ再構成結果を示す人はいない。これって世紀の大発見のはずですね。どうやら若山さんだけは大したことでないと思ってるようです。世紀の大発見だと思ったら４Ｎキメラで厳密に調べますね。はは。論文は通ってもらったら困るんですね。きっと。

さてさて登場人物さんたちの話を聞いてみましょうかね。

1. 2019/07/13(土) 08:42:33|
2. STAP事件
4. | コメント:38

久々にアルイミオウジ変態糞ジジイのツイッターが再開されたと思ったら、又同じことの繰り返しね。そんなところは誰も関心ないのにねえ。小保方さんは目視で合わせたんで、そんなことはしちゃいけない。するなら白線を入れろよと言われただけの話ね。

1. 2019/07/14(日) 12:25:31 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

何を言いたいのかがまず分からないね。石井調査が主張しているゲルの物理的性質というのは、物質の表面を微細なものに電流を流して引っ張るという仕組みなので、使われるアガロースゲルという物質の表面構造が実験ごとに完全に同じということはないから、理論的に厳密なものでないことを知った上で、誤差の範囲を考慮した上で論理構築しないといけないというだけの話だね。別々のgelの実験はそれぞれに共通に流されたDNAラダーの位置と比較されればいいだけね。別にラダー同士の間隔を厳密に縮尺で合わせるなんて必要はない上に、それは出来ないよと言ってるんだよな。理論上はゲルの上を論理的に対数比で流れることになってるけど、それは大雑把な話で、比較的厳密に比例的に流れる分子量の範囲が様々な電気泳動条件によって変化すると言ってるだけでしょ。

1. 2019/07/14(日) 12:26:42 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

まずゲル表面の物理的抵抗値が実験ごとに厳密には一定ではないということを石井報告が言っているというそのこと自体に関して認識があるのか否かが示されてないね。

1. 2019/07/14(日) 12:27:31 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

頭がモヤーとしているんだろうね。数理論理的な縮尺をいくらいじっても8.4%の違いなんて出るわけがない。石井調査が言ってるのは現実にある8.4%の違いはゲルの表面物性が原因なのだと言ってるんでしょ。数理的縮尺に従わない別の物理的原因があって、そんなことは誰で知ってるぞと言ってるんだろうや。その理解があれば、長々と一人でやってる作業は事件の解明とは全く無関係と知れるね。何のハッタリなのかな。

1. 2019/07/14(日) 12:28:41 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

白線入れてれば何の問題もなかったのよね。アルイミオウジ変態糞ジジイは白線入れてたら何も問題が無かったんだと石井調査が言ってることと、自分が一人芝居している作業との関係を説明すべきよね。無関係なことやってる。スピン屋の特徴よね。

1. 2019/07/14(日) 12:29:42 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

数学が得意なんだろうな。数学は詳しいぞとまずハッタリかましたいんだな。そして俺は詳しいんだからと無関係な別の嘘をつく。そんなことよりマウスのRSSの論文を探してくれや。

1. 2019/07/14(日) 12:31:29 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

あなたの大金持ちだぞっていうハッタリと同じね。尤もあなたのハッタリは罪がないけど、アルイミオウジ変態糞ジジイの場合はハッタリの後にスピンが来るのね。やたら権威付けした後でスピンをかけるマスコミコメンテーターたちに似てる。

1. 2019/07/14(日) 12:32:20 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

なあんだって。小町姐さん。僕が大金持ちでないという証拠でも掴んだのか。ネットの上でそんな確認は不可能のはずだぜ。それに対して、アルイミオウジ変態糞ジジイの国語力=零点というのは、誰の目にも見える。君には毎晩僕が畳をめくって床下の穴倉の中に入り柿右衛門のツボの中に入れた札束を一枚一枚数えている姿は見えないはずだ。

1. 2019/07/14(日) 12:33:25 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

まあ、だからあなたいつも目が真っ赤なのね。毎晩寝られないでしょう。私なんか羊が一匹二匹三匹あとたくさんたくさんで熟睡だわ。

1. 2019/07/14(日) 12:34:55 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

はいはい。石井報告ね。
>>
これらは、ゲルの違いや電気泳動条件の違いにより、ゲルごとに泳動に関する直線性が担保される分子量の範囲が変化するという、 分子生物学実験に従事する研究者において広く知られるところであり、それ故に標準 DNAサイズマーカーの並列が電気泳動を行う各ゲルにおいて必要とされるところである。

1. 2019/07/14(日) 12:36:14 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

Gel1,2の実験では2NキメラのTCR再構成確認実験が行われている。この馬鹿げた実験を放置したのは若山さんだね。

1. 2019/07/14(日) 17:03:39 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ナイフ切り分けで小保方さんの酸浴細胞からキメラができた。何がどうであろうと大事件だよ。

1. 2019/07/14(日) 17:04:29 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

本当ならね。

1. 2019/07/14(日) 17:05:59 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

だって、できたと言ったのは若山さんだわ。仮にESで騙されていたのだとしたところで、この時にはまだ気づいていないんだから大発見だわよね。

1. 2019/07/14(日) 17:07:52 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

若山さんが本当に大発見だと思っていたら、論文が通らないでESコンタミだと言われてリジェクトされたときに西川さんのアドヴァイスを受けてTCR再構成を調べるときに2Nキメラなんて使わせるわけがないだろうよ。

1. 2019/07/14(日) 17:08:49 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

TCR再構成なんて調べたくないのさ。

1. 2019/07/14(日) 17:09:35 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

数理なんてどうでもいいんだぜ。間抜けな嘘を見抜く国語力が問題なのさ。

1. 2019/07/14(日) 17:10:24 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

言葉なんです。思索は言葉なんです。言語中枢なしに思索ということはできないでしょう。方程式が最初に浮かぶことは決してありません。方程式を立てておくと、頭がそのように動いて言葉が出てくるのでは決してありません。ところどころ文字を使うように方程式を使うだけです。

1. 2019/07/14(日) 17:11:16 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ひひひ。TCRの結果はセル誌から掲載始めたのね。でもセル誌は見れないからサイエンスの査読から推測するしかないわね。ははは。
>>
Reviewer 1
The DNA analysis of the chimeric mice is the only piece of data that does not fit with the contamination theory. But the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. This assay is not properly explained. If it is just an agarose gel then the small bands could be anything. Moreover this figure has been reconstructed. It is normal practice to insert thin white lines between lanes taken from different gels (lanes 3 and 6 are spliced in). Also I find the leading edge of the GL band suspiciously sharp in #2-#5.

1. 2019/07/14(日) 17:12:44 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

翻訳機。出番だわよ。

1. 2019/07/14(日) 17:13:45 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ホント、人使いの荒い女だなあ、
>>
キメラマウスのＤＮＡ分析は、(ES)コンタミ説に合わない唯一のデータである。 しかし、このキメラのDNA断片はリンパ球のものと同じには見えない。 この実験はちゃんと説明づけがなされていない。 もしそれが本当に一つのアガロースゲルであるならば、いくつかの小さなバンドは何物かではあるかもしれない。でもそれ以前にこの図は再構築されている。 異なるゲルから得られたレーンの間には細い白線を挿入するのが普通だ（レーン3と6は割り込まされている）。 また、＃2～＃5のGLバンドの前縁が疑わしく鋭いのがわかる。

1. 2019/07/14(日) 17:14:51 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

この時の写真はArticle Figure 1-iとは違うね。少なくとも6レーンあると分かる。それと別のゲルから持ってきたのが二つあるようだね。小保方さんはこの査読は読んでるはずだから白線を入れなければならないことは知っていたはずだと石井報告が言ってるんだね。小保方さんはそんなところはリジェクトされたんだから大して意識してなかったと言ってるんだな。それよりもTCRがあるのか無いのかが重要だと。査読者はTCRに関して何物かではあるとみているが、説明が全く足りてないという判断で、疑わしいところがたくさんあると言ってるんだな。疑われたくなかったらちゃんと説明しろと。

1. 2019/07/14(日) 17:16:16 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

小保方さん自身は免疫に関してはど素人なんでただTCR再構成バンドが出ていたらそれでいいという考えなんだね。大雑把なんだよな。あの3本の線は間違いなく再構成バンドの中のいずれかなんだな。その意味では、間違ってないんだけど、最初からESコンタミが疑われているんだよな。若山さんは指導者として一体何を見てるんだということね。

1. 2019/07/14(日) 17:19:01 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

そもそもntES化してるんだから、そんなことには関心ないのさ。論文はリジェクトされないと困るし、こんな論文でリジェクトされない筈もないんで、4Ｎキメラでやんないと変でしょなんてアドヴァイズするわけもない。

1. 2019/07/14(日) 17:19:58 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

はい次よ。
>>
Reviewer 2
2) The analysis of TCRb gene rearrangement in fig S6 purporting to show derivation from fully mature T cells with TCRb rearrangement is flawed. If mice are clonally derived, they should have a single gene rearrangement, not a population of polyclonal rearrangements as appears in at least some of these animals. This analysis should be done using Southern Blots to avoid the problems of PCR contamination; see Hochedlinger and Jaenisch, Nature 2002.

1. 2019/07/14(日) 17:20:43 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

>>
２）TCRβ遺伝子再構成を有する完全に成熟したＴ細胞からの誘導を示すと主張する図Ｓ６におけるTCRβ遺伝子再構成分析には欠陥がある。( これらのキメラ)マウスが(単一の)クローン細胞由来のものである場合、それらは少なくともここに示されているマウスのいくつかに見られるような複数のクローナルな再構成の集団ではなく、単一の遺伝子再構成を有するはずである。 PCRコンタミの問題を避けるために、この分析はサザンブロット法を用いて行われるべきである:Hochedlinger and Jaenisch、Nature 2002参照。

1. 2019/07/14(日) 17:21:29 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

fig S6がどういうものかは分からないが、キメラのTCR分析が出ているんだね。そしてそこには複数の再構成バンドが出ているんだよな。それってGel2の27,28,29みたいだよな。この3つのキメラマウスがclonally derivedだという意味は塊でインジェクトしてもある部分の組織細胞に分化してくる細胞は偶然の位置によって選択された一つの細胞だということが前提になってるんだよな。その場合TCR再構成は1種類になる。つまり吉村解説にあるように、バンドが1本か2本か0本のどれか一つになると言ってる。

1. 2019/07/14(日) 17:22:29 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

少なくともGel2の27,28,29がポリクローナるであることは誰が見ても明らかだ。バンドは3本以上まあ5,6本は見えるよな。

1. 2019/07/14(日) 17:23:36 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

このレフェリーはTCRコンタミを疑っているのね。つまりリシピエント側の血液を拾ってないかということね。だから遺伝子配列までわかるサザンでやれと言ってるのね。

1. 2019/07/14(日) 17:24:31 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

まあ、4Nでまずはやらないとね。fig S6に2Nか4Nかが分かるように書かれていたか否かも不明だね。

1. 2019/07/14(日) 17:25:24 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

はい最後のレフェリーよ。
>>
Reviewer 3
The authors will argue that, indeed, under certain circumstances, they were able to reprogram terminally differentiated cells, and that this was attributable to TCR recombination. I think, ideally, that the cells should be experimentally tagged and traced. This would unequivocally clarify the source of the cells and, further, would exclude the possibility that some cells pre-existed in a pluripotent state.

1. 2019/07/14(日) 17:26:06 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

>>
著者らは、確かに、特定の状況下で、最終分化細胞を再プログラムすることができた、そしてこれはTCR再構成によって証明されていると主張するだろう。私の考えとしては、細胞は実験的にタグ付けされ追跡されるべきだと思う。 これは議論の余地なく細胞の起源を確定し、そしてさらには、いくつかの細胞が多能性状態で(予め)存在していたという可能性を排除することにもなるだろう。

1. 2019/07/14(日) 17:27:05 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

この人は第2レフェリーのようにTCRバンドの数がおかしいとは気づかなかったのかな。むしろ、リンパ球でない既存幹細胞がキメラ形成した可能性に関して実験的に厳密な排除が出来てないと批判しているようだね。

1. 2019/07/14(日) 17:27:49 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ということで、ここまでの推測だけで、若山さんが犯人だということは明らかだね。犯人でなかったら4Nキメラを作ってやって小保方さんにこれでやりなさいというに決まってるじゃないか。笹井さんも丹羽さんもキメラの図は外させている。当たり前だよ。2Nでやってどうするのさ。二人は論文発表後にちゃんと4Nキメラのデータを出せばいいと考えただけだ。

1. 2019/07/14(日) 17:28:35 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

笹井さんと丹羽さんのお二人はこんな事情が裏にあるなんて全く知らないからね。キメラは本物だと思ってるから、とりあえず実験の曖昧な奴は後回しにすればいいと考えているだけね。

1. 2019/07/14(日) 17:30:48 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

さて、さて。いよいよ問題の2NキメラのTCR結果の検証だね。

1. 2019/07/14(日) 17:31:28 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

2ＮキメラはArticle Extended Data Figure 7-cのジャームライントランスミッション実験で子供を産ませているから4,5月頃にはまだ飼育されているんだよな。

1. 2019/07/14(日) 17:32:23 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

⏰　⌛　🗻　🗾　🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　⏰　⌛　🗻　🗾　🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　

1. 2019/07/14(日) 17:33:57 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]