一言居士の独言

[連投1]
>>学さん
>遠藤解析によると、FI細胞のSNIPsをB６、non-B6との分類法で分けると、TSマーカの各SNIPごとのばらつきがみられることから（図2Cを参照）、FI細胞中の混入TS細胞は、B6でも１２９でもないマウス由来（CD1）との判定になるのです。

少なくともSox21に関してはESはいうに及ばず、他の細胞にも発現があって、Sox21が出ていたらTS細胞であるという意味で、Sox21がTS特異的マーカーであるという遠藤さんの主張はTs.Marker さんによって否定されましたね。ただ、Sox21がTS細胞内で重要な働きをしているという意味で、TS特異的マーカーであるかもしれないのは後の論文が明らかにしつつあるということですね。

[連投2]
遠藤論文が10%のCD1はTSであるという根拠はもはやElf5だけですね。Elf5はどんな場合もESには出ないのですか。Elf5は確かにTS特異的マーカーだと小保方論文には書かれています。ある幹細胞に特異的なマーカージーンって何でしょうね。Oct4が発現していたらES細胞なのならSTAP細胞はES細胞だということになります。ES細胞にはOct4の発現があるということですよね。逆は真ではない。そういう間違いが多い。Letter Extended Data Figure 5-e,fのGFPとBFPの共挿入ES細胞の入ったGOFのFI-SCではないのですか。これは若山研に無いESですから丹羽研の提供だとすると、CD1のTSも丹羽研提供ですから、このESもCD1であった可能性はありますよね。無論GOFのFI-SCはあったに決まっている。だって、小保方さんは黒いマウスを渡されているんでしょ。彼女は混乱の中で若山さんをかばうために何を渡されたか知らなかったとまで答えていますね。なんてかわいそうなんだろう。以上です。



[連投1]
>>楠本さん、Ooboeさん
>自分は全くのど素人なので・・・
>どれが漏れ出し画像なのかがよくわかりません・・・

Ooboeさん、お久しぶりですね。一度に大量投稿するとスパム的なものと機械が判断するようです。1,2日間書き込めなくなるので、一日の投稿量を自粛しています。
お問い合わせの漏れ出しの原理は分かっていません。世界中で誰にも分っていないという意味です。ニュートンは人間の知っていることは浜の真砂の一粒に過ぎないという意味のことを言っています。丹羽さんが初めて見つけましたが、理研での検証目的が違うので、原因究明はされないままに事実報告をされただけです。分かったと言ってる人は今のところ私は知りません。ただ、GOFマウスを設計した人は心当たりがあって報告されているか、何か調査中なのかも知れませんね。

[連投2]
まず最初に自家蛍光についてですが、死細胞は自家蛍光を発します。自家蛍光は死細胞だけではありませんが、今は死細胞だけに絞りましょう。次に当たり前ですがGFPは緑色にしか蛍光しません。そして自家蛍光は様々なスペクトルを出すということです。緑色に蛍光している蛍光顕微鏡映像を赤色フィルターに切り替えたとき、何も蛍光してなかったらもとの緑色蛍光はGFPの蛍光です。もし、赤色蛍光がでていたらそこには自家蛍光が含まれているということですね。
注意すべきは"含まれている"のであって元の緑色蛍光像にGFPの蛍光が無いということではありません。その識別はフィルター切り替えだけでは不能です。必要ならPCRでGFPの人工遺伝子の発現もしくは、免染でGFP蛋白質の存在を確認しなければなりません。

[連投3]
更に、注意すべきは死細胞は自家蛍光を発するが、死にかけの細胞は自家蛍光は発しません。以下は根本さんの紹介している有志の会の記事です。
>>
理研の広報室に自家蛍光の特徴を聞くと「死滅発光はだいたい一時間から三時間くらい。」との事

論文に添付されているライブセルイメージング編集動画において、3時間というのは30分インターバルの方で6コマ分なんですが、一秒間のコマ送りはほぼ9コマです。自家蛍光はその都度1秒間以内で消えているんです。マクロファージが掃除してしまうんですね。マクロファージは酸浴に強いみたいですね。

[連投4]
死にかけてるということはまだ生きているということです。そしてここでも注意すべきは、死にかけの細胞はOct4遺伝子を発現しOct4蛋白を作ることがあると言われていますが、これ自体は自家蛍光ではないということです。今、自家蛍光とGFPの話をしています。混同しないでください。GFPの蛍光と、内在性Oct4の発現もしくはOct4蛋白の発現を区別しましょう。
緑色蛍光に関して、以下の現象がありうるわけです。
①GFPのみの発現
②GFPの発現と自家蛍光の混交
③自家蛍光のみの発現
④丹羽氏発見の"常時"5から10%のGFP漏れ出し

[連投5]
①は赤が無ければGFPの蛍光ですが、④が常時あるということです。②と③は見ただけでは区別できません。④こそ、誰もが騙された当時未知のアーティファクトだったということです。
ここでもっと重要なことを確認しなければなりませんね。①だったからと言ってSTAP細胞が多能性細胞であるということには全然ならないということです。ES細胞は常時Oct4を発現しています。多能性維持のために不可欠な蛋白質だとされているんでしょ。でもOct4が発現したら、それは多能性細胞なのか。逆は真ではない。
STAP細胞が多能性細胞とされたのは遺伝子発現解析によるのではありません。若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。キメラができたから多能性細胞なんです。

[連投6]
沢山の人々が無意識にか意図してか、遺伝子解析結果から結論を導こうとしていますよね。これはレター論文を一から一言一句リヴァイズした笹井さんですら陥っている錯誤です。無論、笹井さんと丹羽さんの場合は、キメラができているという大前提があっての錯誤です。その証拠に手記127Pに丹羽さんの「浅い解析」という言葉が書き留められていますね。どうしてそんな「浅い解析」を放置できたか。若山さんがキメラができていると言ってるからです。その根本が動かない限りは遺伝子解析は後にちゃんとやればいいという判断になる。でも、キメラはスタンダードな意味ではできていないということだったらどうなるでしょう。
もし、レター論文の遺伝子解析結果だけでこの細胞は多能性細胞だなんて主張したら物笑いの種でしょう。若山さんはスタンダートな意味でできてないことを知ってるから、こんな論文は通るはずがないと思っている。他の人々はキメラはスタンダードなプロトコルに従ってできている。だからそれが通らないのは論文の書き方によるのだと思っている。

[連投7]
本当はキメラを何べんでも作って見せたらいいだけじゃないですか。それが実証科学というものだ。でも、書き方が悪いから通らないとされたら、通せと言われた人々はキメラ作成以外で査読者に疑われているところを掘り下げて説得するしかない。そんなことで論文が通ったら変でしょ。だから若山さんは通らないと思っていた。あるいは通らないことを祈ってたかもしれませんね。でも通ったんですよ。笹井さんと丹羽さんのクレジットが加わったからです。
もう書きすぎてますね。次回にしましょう。Ooboeさんの私の論考に関するご理解はほぼその通りです。以上です。

[連投8](昨日の続きです)
>>楠本さん、Ooboeさん

加えて、後の丹羽論文が発見した小保方細胞に関する新知見は、GFPの発現とは離れて、一回の実験で約30個のスフィア塊ができ、ひとつの細胞塊が約千個の細胞で構成されているとして、30000個の細胞総数ですが、その中で内在性Oct4遺伝子の発現量は、スフィア塊30個の20%、すなわち6個のスフィア塊の中に散在し、細胞個数に換算して6から12個分だということです。
小保方さんはハーヴァード時代に一回にこの30個程度のスフィア塊をたくさん作り、ひとつづつシャーレで培養してそのなかの20個に一つ50個に一ついう確率で三胚様分化を導きました(手記53P)。この結果は丹羽さんのPCR検証結果と一致していますね。このハーヴァード時代の細胞が何であったかはまだ分かっていません。小保方さんは震災がなかったらその研究を進めていたことでしょうね。

[連投9]
若山さんは真実を語るべきチャンスを逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって仏教の言うところの縁起ですよね。利害関係者らしいオホホ・ポエムに以下のようにありますね。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」
「ＣＤＢの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり」
「もうホント馬鹿じゃないかと」
「で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。ＣＤＢは５月末になってからやっと細胞の調査を始めた」
「けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のＥＳが同定ｗｗｗ」

[連投10]
情報は寺下さんからも入るんですね。無論寺下さんは若山先生方と単なる電話での会話をしているだけですね。それだけで情報は伝わる。
小保方さんが米国に帰ったところまでで何もとりたてて世間を騒がせるようになる要素はなかったところに、竹市さんがたまたま倫理委員会の席上で興味を持っていたところに、西川さんから小保方さんが米国に帰ったという話を聞いてURLに採用したらといったことが、オホホ・ポエムが<「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」>と言っている真意でしょうね。本音がでてますね。でも、因縁ですよね。倫理委員会で検討されたのは若山さんが自分の血液でSTAP細胞を小保方さんに作らせたことが機縁ですよね。因果は巡る。西川さんが最初に理研を辞任したのもこのURLの契機を作ったことが後ろめたかったんでしょうね。無論、こういうのは偶然に過ぎない。躓いたのは道端にあった石が悪いのかに類した話にしかならない。

[連投11]
繰り返しになりますが、若山さんは小保方さんに惚れ込んでいて山梨大に連れて行きたかった。向こうに連れて行ったら本当のことが言える。そしてちゃんとした論文を書かせてやろうと思っている。でも、ヴァカンティの手前、あれは何かのコンタミだったんだよと言い訳する準備もしておかなければならない。ところが小保方さんはどうも日本の研究室の因習が好きでなかったようですね。ヴァカンティのもとに帰ってしまった。助手の誘いをちゃんと断らないままにプイとヴァカンティの元に帰った。これは小保方さんを擁護する私であってもいくらなんでも礼儀を知らんと内心怒るでしょうね。ここは若気の至りも過ぎてると思いますね。礼を尽くして説明して断らないと失礼ですね。あれだけ世話になっておきながら、黙って帰るのか。そして他者の口を通して断ってくるのか。今まで引き延ばしてきていたのは何だったのか。

[連投11]
手記239Pに相沢さんが小保方さんに対して「身から出たサビだ」というくだりがあります。小保方さんは再現実験中に相沢さんのチームに所属していて、相沢さんは大学の大先輩だということもあっていわゆるベイビーシッター役を仰せつかっていますから、小保方さんから今までの経緯を聞いていて、気づくところがあったんではないですか。孫くらいの年の差です。
ここはどんな経緯なのかの調査がありませんから一方的な言い分だけを強調するのはよくないかもしれませんが、若山さんは総じてずっと小保方さんに対して優しいですよね。人に対して優しくて、相手のわがままに対して宏量の人ほど一旦憤ると内心収まりませんね。こういう人は我慢強いので本心を表情や語気に出したりはしませんよね。

[連投12]
こういう話は巷にあふれていて珍しくもない話ですが、そういう下世話なことも考えておかないと事件の全体像はつかめないかもしれませんね。
追い詰められて仕方なかったとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えています。この入れ替えが無いということが証明されていたら犯人は小保方さんですよ。その意味では桂チームの細胞の由来に関する解析結果は見事なものです。ただ、入れ替えがなかったことが一切証明されていないばかりか、理研はそれに関する問い合わせに対して言を左右にして答えませんから、この解析結果はA=Aだという馬鹿げた結果しか意味し得なくなっているんです。

[連投13]
入れ替えは一方的に若山さんが悪い。でも、相手は自分に対してあんなことしたやつだよということになるでしょう。万が一論文が通ってしまって、捏造だと騒がれたときはどうするのか。キメラは自分がntESで作ってしまっている。これはESコンタミだったと言い逃れるしかないですね。よく小保方さんに対してそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが若山さんに対して何をしたかを思い出さないといけませんよね。だからああいう下世話なことも考えておく必要があるわけです。
若山さんは本心では論文が通らずにうやむやになることを望んでいたと思います。でも、内偵させていることにもなっている小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いていますよね。

[連投14]
2013年8月に笹井さんにレターの件をむにゃむにゃと話したが、理解してもらえなかったということで、笹井さんにも責任著者の一人になってもらって、いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、11jigenにもリークしておいたということで、だから記者会見発表後すぐに大騒ぎになったわけです。
では若山さんはいつからそんな準備をしていたのか。最初はヴァカンティの特許仮申請ですね。あれは何かのコンタミだったようだという言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。ヴァカンティに対してはキメラができたのはコンタミだったと説明し得るようにするためですね。これはFLSのジャームライントランスミッション実験で、キメラの成長を待って行いますから5月から6月頃です。

[連投15]
ネイチャー論文ではマウス背景はGFPに関してヘテロだけしかありません。小保方さんはホモであった可能性を若山さんからにおわされて試料ラベルに+/-表示をしていますね。実際にはヘテロに結果が来たんですから論文にヘテロ表示している。ではホモであったということはいつ分かったのかというと、事件後の若山記者会見の席上です。僕のマウスはホモだったと言い出した。それならどうして論文を早く修正させなかったのかと言いたくなりますよね。責任著者でしかも実験の実行者じゃないか。
論文原稿も修正させず、ジャームラインがホモのはずがヘテロに来たと小保方さんに口頭でいっただけで事件化するまで何も言わなかった。なぜか。この言い訳は小保方さんが山梨についてきてくれていたらヴァカンティにする予定だった言い訳だからです。竹市さんが小保方さんを論文ごとURLにして奪い去った後にする予定だったものではないが、もはやそれしか道が無くなっていたんですよ。

[連投16]
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。更に2012年8月にはAC129の実験で小保方さんがそれをコンタミしたとしているが、この時の実験は小保方さんはキメラができていてローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれません。というのもFLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロールES株129B6F1ES-1で作られている。AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるんですね。木星リストの謎となってDORAさんが疑義していたところですね。以上です。私は先頭のJAKiのスレッドに行きます。こここそ、私の本当に知りたかったところなんです。
"学さんにお願いですが、あまりどんどん先に進まないでください。私は応答するのに
書き込み量制限があるんです。以上です。明日JAKiのスレッドに行きます。"

1. 2019/06/01(土) 07:39:50|
2. 学さんブログ検討記録
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