一言居士の独言

>>学さん
①4/6に連投1-10があります。
②4/8に連投11-12があります。
③4/9に連投13-20があります。
まだアップされてないのは②の前にある連投1-10で、それは①とは違います。②は①の続きではありません。よろしくアップされていただきますようお願いします。パブピアの記載に関する論考です。
お忙しい先生に事務的なことをお願いして申し訳ありませんが、Ooboe さんの書き込みだけでなく、恐らくスピン屋さんたちの嫌がらせ書き込みの中から識別されているのでしょうから大変だと思います。それで分かりやすくするために連投番号を振りましたが、前送文のアップ前に続きを送ったのが混乱の原因となってしまいました。次回からはもっと配慮します。送り直すか、次の論考の中で繰り返し説明してもいいのですが、送り直しは余計に混乱の原因になりそうですので待ちますが、面倒だったら、ああ、メンドクサイとお返事ください。次の論考での説明にします。以上です。

>>Ooboeさん
DORAさんの新しいライブドアブログでなぜ論文通りの本物のキメラが無いのかの論証を書かせてもらいました。一応見てやって置いてください。ジムさんのところでの書き込みはいま訳があって意識的に中断しています。以上です。



[ntES論チェックの件1]
>>
学さん
Ooboe さん

今、信頼できるDORAさんのブログで私のntES論の論理構成検証をお願いしています。一応、一段落するまではDORAさんブログのコメント欄においでになるのはお控え願うとありがたいです。対応が大変になりますので。
DORAさんを納得させられたら私のntES論も一つの論理整合的仮説として完成したということになります。無論、各種情報に関してミッシングリングの多い事件だから、内部に矛盾を包含しない仮説はひとつしか構築できないということも言い切れませんが、とりあえずはひとつは作れたということになりますね。

[ntES論チェックの件2]
学さんお尋ねの件、
>>
2011年11月に、最初にキメラができた日ですか？それが４Ｎキメラというのはおかしくないですか？ふつう、２Ｎキメラから始めてるのが、一般的かなと思いますが・・・。

御意。まず2Nか4Nか以前にどうしてF1からなんでしょうかね。STAP由来を確認するためにはGOFからではありませんか。2011年11月にキメラが初めてできたことは自己点検委員会の報告でも確認されています。最初にキメラが光ったんです。Oct4-GFPマウスではないんです。最初から、アクロシンはともかくとして、少なくともCAGなんです。できることは分かっていたんです。我々に言わせるとキメラができなかったことを小保方さんにちゃんと確認させた後、若山さんは自分の関心からその細胞核を使ってntESキメラを作って研究してみるという計画を実行し始めました。ntES化しているんですからキメラができるのは当たり前です。目的はその先にある。

[ntES論チェックの件3]
ともあれ、キメラができないことを確認した後、小保方さんはできないなりの論文を纏めてヴァカンティの元に帰ろうとしたのだと推測しています。ここは彼女は詳しく書いていません。若山さんはntES化研究を始めようとしていますから帰ってもらっては困るんですが、それ以上に、若山さんは彼女の熱心さを気に入っていて山梨大に連れて行きたがってるんですね。でもこの段階では手記88Pに研究方針の対立が書き込まれているように、小保方さんは細胞の性質をもっと直接に研究したがっていた。本当のことを言うと、帰ってしまう可能性があった。と同時に、若山さんは既に山梨大の教授が内定していたんですが、そのことがまだ言えない段階だった。翌年の年度末には発表できる。その時には助手という待遇提示ができて、小保方さんが喜んでくると思っていた。
来てくれるということになったら自分が何をしているのかをちゃんと説明できる。しかし、この時小保方さんは二つ返事でなかったんですね。何度も書きましたから繰り返しません。

[ntES論チェックの件4]
>>
渡したマウスについて、若山氏の言い分が正しいと桂報告書が決めるなら、Ａｃｒ入りは渡していないとの、証拠が必要になると、一言居士さんは、言おうとしていますか？

FLS樹立時に渡したマウスが「僕のマウス」であったがアクロシン入りだったという話がそのまま12/27テラトーマのアクロシンに繋がり、したがって最初のキメラもアクロシン入りだったと言っていることになるのは若山さんと桂報告です。これはESコンタミ論です。
ESコンタミ論は否定されていますよね。すると最初の成功キメラは出来ていたということになるではないですか。でも、実際に残されているキメラや幹細胞からはアクロシンが出ているじゃないですか。これは事実です。太田ESコンタミでもないのにアクロシン入りキメラは存在している。
それは、若山さんが「僕のマウス」を渡したと言ってることが嘘であること、そしてアクロシンが入っていて当たり前の別の実験が行われていたということを証しています。

[ntES論チェックの件5]
>>
失敗続きで初めて成功キメラができたときに、小保方氏はその時からＡｃｒ入りに変えるのは無理だとの議論が、以前からあります。つまり、“最初のキメラは本物であるはず”論ですが、それをふまえていますか？

アクロシン入りの岡部マウスとのF1が最初から使われているんです。渡したのは若山さんです。キメラからアクロシンが出ているのにそれが太田ESコンタミでなければ、最初から渡されていたマウスがアクロシン入りだったに決まっているではないですか。FLSの段階で「僕のマウス」を渡したという若山さんの嘘です。この点に関して他に解がありますか。この時の嘘は演繹的に最初のキメラもアクロシン入りだったという<事実の推測>に繋がっています。最初のキメラ作成時に渡したマウスも従ってアクロシン入りであってはなりませんね。でもだからと言ってここでは「僕のマウス」でないことは<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と桂報告が言ってることで分かっているんです。FLS時と違って、ここではヘテロマウスなんです。

[ntES論チェックの件6]

太田ESコンタミでキメラが作られているのでない限り、現に存在しているアクロシン入りのキメラはマウス段階から入っていたもので、それは若山研に維持されていた岡部マウスです。このことは和モガさんが最初から指摘しています。最小限維持するというのは出来てくる子供を処分するということです。手記にある光る精子がそれを証しています。彼は記者会見で岡部マウスもそういえばあったけどという体でとぼけてましたよね。太田ES以前に疑われるべきは岡部マウスです。若山さんはそのマウスを自分で維持しているんですよ。そういえばなん体の話ではない。彼は最初のキメラを破棄してしまっています。
桂調査は2011/11/28のキメラのマウス背景を<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と書きながら、そのGFPがCAGなのかAcr-CAGなのかを隠しましたね。聞かなかったと思われますか?　以上です。次は本題に戻る予定です。本題はJAKiです。まだ終わっていません。私が学さんブログに来た目的はそちらです。

1. 2019/06/01(土) 10:36:20|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

>>Ooboeさん、
パートナー氏に誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製や
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。②はもし本当ならSTAPキメラであっても、ntESキメラであっても大発見なんです。①の珍しくもないことと②の大発見を同列において混同なさらないでください。胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされていることになるんです。これからその問題を論じることになります。以上です。



[連投1](本題の続きです)
>>学さん
>私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

リヴァイズ通知が来た時のありさまは手記118Pから119Pに書かれています。小保方さんはリヴュアーコメントのほぼすべてに赤線が引かれてしまうありさまで、笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしていることがよくわかりますね。最初の投稿時には無かったご引用の本文文章を加えたのは笹井さんで、丹保さんもそれを読んでいます。GFP/BFP共挿入マウスを提供したのは丹羽さんか笹井さんで、丹羽さんである可能性が高く、しかもマウス背景はCD1である可能性が高いとも申し上げました。

[連投2]
第二レフェリーがcould be excludedとアドヴァイズした言葉を笹井さんはcan be removed と言い直していますね。これはやんわりとES細胞は死滅してexcludeされたわけではないよねとレフェリーに指摘しているのに対して小保方さんはリジェンドの中でeliminatedと笹井さんの苦労を徒労にしてしまっています。cludeというのはcloseの意味のラテン語根ですね。eはex、limiはlimitの意味のラテン語根limesで、excludeとeliminateはほぼ同義だと思いますが、removeは別の場所に動かすことで、ESが死滅したというニュアンスはないですね。

[連投3]
先行論文はヤーヌスキナーゼが多能性を維持しているようだからその阻害剤を入れたら多能性細胞は分化し始めると言ってるんですね。ESであった細胞が培地から死んでexcludeされると主張しているわけではない。 元論文を押さえれば、BFPが残っていること自体は問題ではありませんね。でも小保方さんはリジェンドでと書いていて、ES細胞が多能性細胞としての機能を失うという意味に受け止められないことはありませんが、同時に細胞自体が死滅するという意味が残ってしまう。またレフェリーのアドバイス
[連投4]
笹井さんはそこをうまく査読者の気持ちを傷つけずにと微調整したのではないですか。小保方さんはリジェンドを書くときに笹井さんの書いている文章の微妙なニュアンスに気づかなかったのではないでしょうか。

[連投5]
この相違は胎膜(fetal membranes)と卵黄嚢(yolk sac)に関する笹井さんの書いた本文と小保方さんの書いたリジェンドにも出現していて、笹井さんは胎膜(fetal membranes)と書いていますね。
>Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

[連投6]
それに対して小保方さんは リジェンドやグラフの中でyolk sacとfetal membranesを混在して使っています。fetal membranesは栄養外胚葉(trophoblast layer) 由来でこれが本当に光ったら事件ですが、yolk sacは、内部細胞塊(inner cell mass)が胞胚腔側の表層の原始内胚葉(hypoblast)と胚体(dorsal epiblast )に分かれた更に先に分化してくる胚体外中胚葉 (extraembryonic mesoderm)由来ですから、これは光って当たり前で、このことはPub Peerの覆面コメンテータも指摘しています。今度は笹井さんの方が、図表とリジェンドは小保方さんに任せて、不注意で見逃しているのではないかと思います。

[連投7]
Pub Peerの#12コメント冒頭は以下です。
>>
#12 Peer 5 commented 5 years ago
commented February 28th, 2014 10:04 AM and accepted February 28th, 2014 10:04 AM
The authors claim that "Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a-c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c)." and they show the analysis of chimaeric embryos with placentas at E12.5.

[連投8]
(続き)I'm sorry to say but that is normal in E12.5 chimaeric embryos produced by injection of wt ES cells into blastocyst, since the placental FETAL blood vessels and yolk sac mesoderm cells are derived from the ES-cell derived epiblast.

[連投9]
グーグル訳は以下です。
>>
＃12 Peer 5 コメント 5年前
投稿 2014/2/28, 10:04 AM 受付 2014/2/28 10:04 AM
著者らは、「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は、胚だけでなく、60％のキメラ胚（図1c）の胎盤と胎膜にも寄与していた（図1b及び拡張図1a-c）」と主張していて、12.5日胚で胎盤を持つキメラ胚の分析を示している。遺憾ながら胎盤胎児血管と卵黄嚢という中胚葉細胞はエピブラスト由来ES細胞からもたらされるので、野生型 ES細胞の胚盤胞注入されたE12.5キメラ胚では正常なことである。

[連投10]
ESのキメラ胎盤と卵黄嚢は光って当たり前だと言ってるわけですね。むしろFigure 1-aのESキメラとされているものの方が光ってないことが不思議だと。
>>
In that sense what is surprising to me is that in their chimaeras (fig 1a and 1c) produced by injection of GFP expressing ES cells (Rosa26GFP or CAG-GFP) into blastocyst none showed fluorescence in the placenta (fetal blood vessels) or yolk sac (yolk sac mesoderm).
[その意味で、私にとって驚くべきことは、胚盤胞へのGFP発現ES細胞(Rosa26GFPまたはCAG-GFP）のインジェクションによって作られたキメラ（図1aおよび1c）に於いて、胎盤（胎児血管）あるいは卵黄嚢（卵黄嚢中胚葉）がまったく蛍光していないことだ。]

[連投11]
若山さんが取り下げ理由書でFigure 1-a,bはどちらもSTAP細胞キメラだと言い出したことはご承知のとおりです。Rosa26GFPの幹細胞キメラは作ってないとも言い出した。ワキャワカラン状態です。でもそういう問題が出る前から、このパブピアの覆面コメンテーターは何かしらGFP蛍光に関する複雑な要因による錯誤があると言ってますね。我々は若山さんは小保方さんを山梨に連れていくための手段として論文を書くようにデータを渡していたものが、理研にさらわれた結果、笹井さんの手を介して、このようなワッキャワカラン論文になったのを、若山さんはむしろ論文が落ちることを望んでレター論文との同時提出を強く主張したのだと思っていることは既述した通りです。彼はこれならリジェクトされると期待した。

[連投12]
JAKi検証に戻って、問題なのはこの実験は何をしている実験なのかということです。ESコンタミがあるのかという杜撰管理の批判を、STAP幹細胞のコンタミを心配しているのだと、レトリックでかわしながら、実際には査読者が要請しているESのコンタミが無いことを確認した実験です。それはabとcdの対比によって実証されている。でもその対比の片方に捏造があってはいけないから同時にやったということです。c,dのOct4-GFPはJAKi添加前後で光っていますね。しかし、e,fの中段のFI-SCのOct4-GFPはどちらも光ってない。これはどちらも光っていなければ主張の論旨と合いませんね。いくら拡大しても緑色蛍光は見えませんよね。見えていないことを放置していること自体が意味不明ですね。原因を知りたいんですね。何かの説明不足などというものではありませんよね。文章を書いているのは笹井さんです。途中ですが以上にしておきます。もう書きすぎたかもしれない。

[連投13](本題、前回の続きです)
笹井さんは無論、母体側と胎児側の組織が結合した胎盤(placenta)部分と胎膜(fetal membranes)が光ったと理解している。ところが小保方さんはリジェンドとグラフ図表で、胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解ですよね。
胎盤は後回しにして、先に胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解の原因究明ですが、Extenred Data Figure 1-a,b,cともに卵黄嚢(yolk sac)と明確に書かれている。この図では胎膜(fetal membranes )という言葉は一切出てこない。推測できる最初の原因は小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)だと言われてキメラを渡されているということです。この時に、若山さんが胎盤にくっついているのは卵黄嚢(yolk sac)だと言って、それは光ってて当たり前なんだよと言ってなかった場合、小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)も光ったら不思議なのだと理解していたことは間違いないことです。

[連投14]
cの写真はそれが膜であること、そしてそこにGFPが入っていることを免染で証明したものです。これは光ってて当たり前だと小保方さんが思ってたらこんな検査実験はしません。胎盤だけでいいですよね。ところがFigure 1では胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解になっています。これは最初卵黄嚢(yolk sac)と聞いていたものに対して笹井さんが胎膜(fetal membranes )と言い直したことが原因だと推測できますよね。つまり、笹井さんは驚くべきことが起きたと思っているんですから卵黄嚢(yolk sac)が光るというのはおかしいので光ったことが驚きなのは胎膜(fetal membranes )なのだから胎盤とともに光ったというのは卵黄嚢(yolk sac)じゃなくて胎膜(fetal membranes )だろうと訂正したというようなことが推測されるんですね。

[連投15]
まず注意しなければならないのはアーティクルに関してはサイエンス投稿論文ベースの12/11ヴァージョン原稿があったのですが、レター論文に関しては小保方さんの下書き程度のものしかなく、データのキャプションや図表のリジェンドなんかもない生のデータを見せられながら笹井さんが一人で原稿を書いたのではないかと推測される。こういう状況で小保方さんが後から持っているデータを添付画像やグラフとしてリジェンドをつけながら整理編集していくとこういう部分が見逃されるということがあり得ますね。ただ、その場合それにしても結構深刻なミスだと思いますが、主旨として胎盤が光ったということなので、そちらに気を取られて見逃したかもしれないですね。

[連投16]
私は実験はとても素直に行われていると思っていますから、学さんの言う通り、という思いは同じです。つまりOct4-GFPと書かれているFI-SCはあるに決まってると思っています。現にOct4-GFPは蛍光している。残されている謎はeの中段でどうして光っていないのかという問題だけですね。
桂調査チームはCTS-1がAcr-CAG-GFPマウス由来だということを遺伝子全解析して証明しました。ところがCTS-11～13に関しては何も調べていません。若山さんの実験ノートには背景が書かれてなくて、ただ、若山さんの記憶に作った記憶がないと言ってるから作られてないのではと言ってる。調べればわかることを調べもせずに無いのではと言ってる。馬鹿げてますね。

[連投17]
これと同じことは12/27テラトーマのリシピエント体細胞切り出しでも行われていて、彼らは免疫不全マウスの細胞かどうかは調べればわかるのに、調べもしないで、GFPが無いという理由だけで体細胞だと主張しているのです。我々は無論キメラ胚のリシピエント側から作られたESだと言ってます。
私が笹井さんや丹羽さんの錯誤と言っているのは、彼らの錯誤はキメラはスタンダードに作られているということを前提としていて、業務命令で、論文を通すよう依頼されていて、キメラの作成に秘密があるなんてことを疑うことはできない状況の中での錯誤だという意味です。

[連投18]
と同時に、若山さんは小保方さんが2012年12月に理研のRULとして採用される以前はただ内輪での話をしているだけです。後に小保方さんのネイチャー論文として結実した論文に関して、2012年11月までの間、世間に対して何の責任もありません。論文は世に出ていません。若山さんに責任があるとしたらこの後の行動にあるんです。
でも事件は理研がその研究を小保方さんごと引き取ったことが引き金になっている。これが無かったら若山さんのそのあとの行動も無かったんです。そして、理研はそのことをよく理解しているということですね。若山さんを非難できないんです。

[連投19]
理研の調査が恣意的なもので結論ありきはもう大体わかっているんではないでしょうか。DORAさんは早くからそれを指摘しています。彼は理系なのでこの分野での問題に理解が早いんですね。桂報告が出てすぐにもう今の結論になっています。理研の報告はほとんど嘘です。私も遅まきながらそこに関しては同じ結論になっていて、ある程度理研の判断にもやむをえない落としどころという意味で理解はあるんですが、小保方さんが博士号を剥奪されたことは余計な不正でしたね。それはそれとして、今の私の関心は小保方細胞とは何であったのか、あるいは今でも何であるのか、そしてなぜキメラは出来たのかという問いにあります。それがこのJAKi検証の謎に解が潜んでいると思ってこの学さんブログに来ている理由です。

[連投20]
これから中段のOct4-GFPはどうしてどちらも光ってないのに放置されているのか。そして胎盤そのものは本当に光ったのかという問題に深入りしていかないといけないですね。取り合えず以上です。

>>学さん
昨日投稿した[連投1]から[連投12]が反映されていません。それから<あちら>に限らずスピン屋には興味がありません。それから、私は疑問に対する答えを求めてここにきています。また、ご迷惑なら、ここに来るのはやめます。私のスタンスは結論ありきではありません。議論によって真実をつかむことです。

>>学さん
失礼しました。Ooboeさん宛の応答だったんですね。交差して誤解しました。直前とこのコメントは無視されてください。ただし[連投1]から[連投12]が存在しないのでしたら送り直しますのでご連絡ください。

>二種が混じったとされるサンプルを、小保方氏がどう調整したか？すら質問していません。小保方氏が分与されたFI細胞を解凍してサンプル調整したと答えたら、調査委員は次の質問や検証が出来るでしょうに。

御意。何が起きたかが理解できてない状況で混乱している小保方さんに対して誘導質問しているんですね。不都合な答えの返ってくる可能性のある質問はしないことによって相手に言わせないという手法ですね。無論雇用の主従関係が前提での手法で、束縛から解除された上での法廷では通用しませんけどね。小保方さんは法廷闘争が怖かったようですね。当時まだ子供心だったんですね。それと自分が何をされたかが分かってなかった。また、自分が何をしたかもわかってなかったと思います。手記を書いたことによって大人の他者には見えたことがありました。そして多分最後にはご自分で気づかれたと思っています。

1. 2019/06/01(土) 10:32:30|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[回答1]
>>学さん
>この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか？他のレフェリー分もあるのですか？

お答え申し上げます。多分今からでは入手困難と思います。私は2014年の事件発生当初、慶応大の吉村教授のブログでこんな流出論文がネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーを保存しています。
これは流出させてはいけないものだが、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは思いながらも本物だということはすぐにわかりました。この吉村教授の名は後に遠藤論文の謝辞 に、I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis.とあることで若山さん側の関係者だと分かりました。

[回答2]
また、流出させた張本人は須田桃子さんの『捏造の科学者』が出版されて、302P以降にこの査読文を何人かの研究者に送ったことが書かれています。コピーの流出元は若山さんか、調査資料として保持している理研の上層関係者しかありませんが、多分松崎さんだということはOoboe さんたちはよくご存じです。
今吉村さんのブログはリニューアルされていて査読文のコピーはそこに存在してません。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようですが、それも今は見れないようです。私はPDFからの変換ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものです。レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読コメントです。

[回答3]
加えてのご質問です。
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな？

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違います。

③小保方氏は、ｍRNAを混ぜることなんてできない

上記御質問と合わせて以下の時系列をご確認ください。

[回答3]
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(2012年8月/TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日の間)
4.第二回GRASへの試料提出(2013年1月/TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のJAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

[回答4]
(FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜたJAKi検証実験のデータを小保方さんが公共データ登録したものではないかと申し上げているのが③の御質問への答えです。これを遠藤氏はTSのコンタミだとして、その根拠にSox21とElf5の発現があるからとしたことを私はそういう論拠は論理的錯覚だと申し上げたんです。Sox21とElf5はどんな条件下でもTS以外からは発現しないのか。Sox21はいろんな細胞からでていることをTs.Markerさんが示しています。Elf5はどうなんですか。誰も調べてない。遠藤さんも調べていませんね。非論理だと申し上げている。とりあえず以上ですが、私のこの件に関する疑義は続きます。もうちょっと書けそうですが危ないので明日にします。

1. 2019/06/01(土) 08:09:50|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連絡1]
>>学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

[連絡2]
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?

[連絡3]
>>Ooboeさん
ntES化してキメラ作成の成功は若山研では毎日全員で行われていることで、何も珍しくありません。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと思ったから舞い上がっているとみています。これも一言で解説はできません。待ってください。その間ご自説開示願う。以上です。



[連投1]
>>学さん
取り合えず、流出ネイチャー査読文のレターに関する第二レフェリーのコメントのグーグル訳を貼り付けることから始めましょう。
>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している）。 ＥＳ細胞の存在は、ＪＡＫ阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてＯｃｔ４およびＮａｎｏｇ免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか？

[連投2]
この査読文の日付は2013年4月4日で、手記118Pの日付とも一致しています。小保方さんは同じページで論文原稿のウェブ投稿を終えたのが3月11日の夜中だと書いていますね。この論文は笹井さんがリヴァイズした文章です。特にレターに関しては小保方さんが事前に渡していた未完成論文の文章は全く残ってないと記者会見で答えています。でも、言わんとする内容は変えてないとも言ってますね。笹井さんは文責があるんです。科学的に明らかな間違いがあったら世界の笹井さんの知識によって訂正されていると考えていいわけです。ここに誤りがあるときには笹井さんの錯誤と言っていいわけですね。
Extended Data Figure 5の実験結果は最初の投稿時原稿に無かったという事実はご了解いただいたと思います。つまり、JAKiを使った実験は2013/4/4以後に行われているんです。同様にFigure 2-i,j,kも無かった。学さんが提示されているこの件に関する本文のグーグル訳も貼り付けましょう。

[連投3]
>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊（ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した（拡張データ図5a,b）。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。（拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー（図2j）や栄養膜マーカー（図2k）も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞（ICMタイプ）を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7（ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ）に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP（拡張データ図5g）を高レベルで発現した（拡張データ図5g)。

[連投4]
第二レフェリーはSTAP細胞かES細胞がコンタミしている可能性があると言ってますね。その理由として時折Nanogの出ているデータがあると指摘している。で、もしESのコンタミならJAKiで取り除けると言ってるんですね。 could be excludedと表現している。取り除くという意味ですね。constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells)も存在していてはいけません。ただし、査読者はcouldと言ってますね。できるんじゃないかと言ってる。

[連投5]
他方、笹井さんは論文の中でどう言ってるかというと、「STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない」と言ってるんです。査読者はESのコンタミでないことをJAKiで検証したらとアドヴァイスしているのに、笹井さんはSTAP幹細胞のコンタミがないことをJAKi検証したと書いている。ところが、実際の実験ではSTAP幹細胞は使われていませんよね。私が笹井さんの錯誤と言ったのはこのことで、錯誤には錯誤の原因がありますよね。ES細胞のコンタミはありませんという論文記述はできないんですね。どうしてかはお分かりですよね。コンタミなんてあり得る実験環境はラボとして最低です。そんな可能性があるかもしれないからと自分で言うような論文はあり得ません。そんなことする前に実験の基礎から勉強し直せと言われてしまう。

[連投6]
でも、笹井さんは論文を通してやるのが使命です。査読者の言ってることを笑止というわけにはいきません。そんな態度ではリジェクトされてしまう。ご機嫌は取らないといけませんね。文責は笹井さんですね。実際にはESの実験しかしていないのに、本文ではESという言葉をSTAP幹細胞という言葉に置き換えたんです。その時にレトリックを駆使した。
<先行する研究では、内部細胞塊（ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した（拡張データ図5a,b）。>と書いていますね。<内部細胞塊（ICM)タイプの多能性細胞>ってESのことですね。注意深く読むと、直前のSTAP幹細胞を受けているのではないと分かりますよね。もしそうなら間違いになる。STAP幹細胞はICMタイプではありません。彼が微妙な作文をしていることに気づかれると思います。

[連投7]
そして、続く<対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。（拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー（図2j）や栄養膜マーカー（図2k）も実質的影響を被らなかった。>という文章も単独では嘘にはなっていないですね。宙に浮いたのは「TAP幹細胞の混入の可能性を排除できない」という文章で、この結末はどこにも落ちていないし、実験も示されていない。

[連投8]
先行する論文は参照文献で示されているが、この論文がレフェリーの言っているように、Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, と主張しているかどうかは、我々が読んでも別問題だと分かりますが、笹井さんならもっと分かっているでしょうね。でもリジェクトされない作文が必要ですね。でも、そもそもそんなことしていいんでしょうかね。

[連投9]
学さんが先へ先へ進まれていることは承知しています。学さんらしく直感的表現で、と問われた真意は分かっています。アーティクルのアブストの中に以下の文章があって、彼の内心の葛藤を漏らしたものと思っています。彼は万が一に備えて自分のことを告白しているんですよね。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.

[連投10]
この実験は2013/4/4以後に行われている。Ooboeさん。したらばでの桂報告書の35の間違いを思い出してください。スライドにあるは2013.6ですから訂正を要求しないといけないと申し上げた。本文には6月とあるのにここで1月としているのは間違いを装った虚偽である可能性すらあるとお気づきですか?もどかしいですが書き込み量制限があるので明日にします。以上です。因みに<以上です>が無いまま止まっているとき、私は書き込めない状態に陥っていると判断されてください。以上です。

1. 2019/06/01(土) 07:52:10|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連投1]
>>学さん
素晴らしい場を提供していただいて本当に感謝します。まず確認しなければならないことは、この実験は若山研で行われたものではないという事実ですね。Extended Data Figure 5-a,bの写真はOct4-GFPですね。小保方さんはOct4-GFPのESを若山研で入手はしていませんね。小保方さんが持っているのは学生が作って小保方さんがもらったと言われているOct4-GFPのntESです。さらにExtended Data Figure 5-e,fに使われているGFP/BFP共挿入マウスのESも小保方さんは若山研では入手していません。提供者は丹羽さん、もしくは笹井さんですが、ほぼ丹羽さんだと思われます。というのは公共データ登録されているTSはマウス背景がCD1と書かれていて、これは若山さんが作ったと言っている129B6F1CAGホモマウス背景のTSが分化していたため丹羽研から提供されたと報告されていますね。

[連投2]
因みにこのTSは私があのねさんに提供した分類で以下のようになっています。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)

[連投3]
5件ともCD1とデータ登録されているんですが、Tru-Seqの分析結果は129xB6-CAGと分かりましたから若山さんのTSのようですね。ChIP-Seqは登録名と中身の検査結果が一致していて丹羽さんのものと分かる。公共データ登録は通常は論文の著者が直接行うものですが、小保方さんは直接でなく、2013/11/5に理研に提出していて、理研はそれを2014/2/13にNCBI に提出していますね。つまり間に人が介入しているんです。このデータベースのマウス背景記載はF1がすべてとされていて雌雄が逆になっている。Ooboeさんのパートナー氏には是非小保方さんが理研に提出した時のデータ資料を開示請求してもらいたいものですね。

[連投4]
私がGFP/BFP共挿入マウスのESの背景がCD1ではないかと申し上げている理由はお分かりだと思います。遠藤論文が分析したデータは以下ですね。桂報告はTSであるとは言ってない。TSはCD1だと併記しているだけです。でも遠藤さんはこれをTSだと論文で主張しています。そしてその根拠たるや、TS特異的マーカーであるSox21とElf5が発現しているからだと説明したのです。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)

[連投5]
Extended Data Figure3-bのヒートマップの下から1/3の辺りにPou5f1(Oct4)がありますね。CD45,ES,STAPの順に並んでいますが、右端のスケールで、CD45は2-4レヴェル、ESは10-12、STAPは4-6ですね。2を底とする対数表示ですから、リニアにはCD45は4-16、ESは1024-4096、STAPは16-64です。ESの0以上の発現遺伝子を真ん中に置いてESと同じ発現遺伝子に関してCD45とSTAPを比較している。これを見ると丹羽さんの後の検証確認と一致していますね。ESと比較したらSTAPは格段少ない。でも今はそのことを論じているのではなくて、Pou5f1(Oct4)はES特異的遺伝子であるが、Pou5f1(Oct4)が発現していたらESなのではないということの根拠として指摘しているんです。遠藤さんの論拠を思い出してください。TS特異的遺伝子が発現していたらTSだと言ってるんですよ。非論理も極まっている。

[連投6]
遠藤論文はネイチャーで一蹴されて日本分子生物学会主催のGenes to Cellsに拾われた。STAP論文記者会見発表後に竹市さんのところに連名のメールを送った先です(手記142P)。当時の理事長と副理事長が大隅典子氏と中山敬一氏ですね。前者は東北大学、後者は九大でNHKの番組にも出てましたね。因みにBCA報告の松崎さんは東大ですが、理研に来る前は東北大で教鞭をとってましたね。
ここで、見落としていたあのねさんへの返事をさせてください。
>>
一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか？
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する

[連投7](入れなくなってました。続きです。)
そう思っています。一蹴されるレヴェルだと思っていたはずです。若山さんも査読する立場の人ですからね。自分でやってできなかったものを、できたことにして論文提出させている。落ちるに決まってる。実際の事実は自分が一番知っていますね。現にけんもほろろでしたね。若山さんは小保方さんをヴァカンティから切り離すこと事だけを考えていたんですよ。論文を提出したら縁が切れるような説明を小保方さんから受けていますよね(手記81P)。ニュアンスは分かりませんけどね。若山さんはあきらめていません。キメラができないことがはっきりした後に、当時はまだ人事秘だった山梨大への転勤の内示を発表できるまで小保方さんを引き留めたいと思ってntES化実験のことは何も話さないでキメラができたと嘘をつき、翌年の転勤発表の時に助手で来いと誘ってますね。若山さんは二つ返事だと思ってたでしょうね。ここで小保方さんが即答しなかったことが話がこじれて行った原因だと思っています。

[連投8]
話を戻します。Extended Data Figure 5-a,b,c,dはESのOct4はJAKiの添加で消えるがFI-SCは消えないというものです。私が錯誤という言葉を使ったことが学さんの誤解を生んでいるようですが、ここの部分の本文は以下ですよね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.

[連投9]
笹井さんが一からリバイズしたとされる本文で、コンタミが疑われるからとされているのはSTAP幹細胞で、ESではありませんね。それにそもそもSTAP幹細胞はインナーセルマス由来細胞ではありませんよ。JAKi検査される対象ではありませんよね。しかも、現にSTAP幹細胞のJAKi検証なんて行われていませんね。
この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。若山研にはないはずのESです。この実験をさせたのは笹井さんと丹羽さんで、この原稿をちゃんと見ているはずですね。若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。

[連投10]
論文の趣旨に沿って、Extended Data Figure 5-e,fを見てみましょう。ここはいろんな人が指摘しているところですが、FI-SCのOct4-GFPはJAKiの添加で消えませんでしたよね。e,fで使われているFI-SCは無論c,dで使われたものと同じですね。白の矢印の先にFI-SCがある。矢印はブライトフィールドでの同じ位置を示していますね。eの中段はOct4-GFP細胞ですからJAKi添加前も後も光ってないといけませんね。c,dと同じ結果でないといけない。でもどちらも光ってない。最下段はどうかというと、これはブルーのフィルターなんですからどちらも緑色蛍光は見えないのが当然です。ここは問題ない。

[連投11]
そしていよいよGFP/BFP共挿入ESです。青の矢印の先にある。これはESですね。GFPに関してはa,bと同じ結果にならないといけない。つまりJAKi添加前には光っているが、添加後には消える。中段の画像はその通りになってますね。ではBFPに関してはどうなるのが論旨でしょうか。ESなんですからJAKiが添加されたらGFPと同様にBFPも消えないといけませんが、最下段のJAKi添加前はちゃんと光ってますね。でも添加後も光ってるのはどうしたことでしょうか。この実験は笹井さんも丹羽さんも見ている実験です。私が錯誤と言ってるのはその意味です。これ以上書き込むと機械にリジェクトされそうです。以上です。明日、また続きを書きます。

1. 2019/06/01(土) 07:47:24|
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