2ntブログ

一言居士の独言

学さんブログでの検討記録24

[学さんへのお答え1]
>>学さん
>核移植して一旦ES化した細胞は、ES細胞でしょう?

受精卵ESは自然のインナーセルマスから取り出した一次人工幹細胞です。ntESは体細胞核をリシピエント卵でリプログラムした時点で一次人工幹細胞で、その発生途中のインナーセルマスを取り出した時点で二次人工幹細胞ということになり、更にキメラ胚に入れて発生途中のインナーセルマスから取り出した三次人工幹細胞です。同じだと考えるのは危険でしょうね。それが胎盤の問題に発展したと思います。

[学さんへのお答え2]
>核移植技術を黙ってやったら、すぐ、ねつ造論文になってしまいます。

あなたが諸般の事情を配慮されてアップされなかった私のコメントに答えは書かれていますよね。私はさういうご疑問に先回りしてお答えしている。論文が通らなかったら捏造論文にはなりません。なぜこうなったかの経緯はアップされなかったところを再読されてください。以上です。



>>学さん
了解です。スピン屋さんは相手にしないのが一番ですけどね。
学さんはジムさんのブログは一度ここでご自身が紹介されているのでご存じのはずですけど。
http://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28651565.html
私は今ここに原稿を送っていません。今、学さんのところで考察していることが最後の考察になると思っていて、あなたの批判を全部説明し終えて、あなたにご納得いただいたら、ひとつの成立し得る仮説としての持論を纏めてジムさんのところに送る予定なんです。755の2019/3/19の投稿で中断されています。後の論考はここの学さんのブログにしかないんです。ジムさんは御承知です。以上です。


[培地の違い1]
>>学さん
前回の続きです、まず以下はレター論文の最後の二つの文章です。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture.

[培地の違い2]
(続き)
Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.

[培地の違い3]
Extended Data Figure 5-a,bの培地はES細胞なんですからES培地ですね。ではc,dの培地はなんでしょうか。Fgf4誘導細胞の作り方はFigure 2にあります。STAP細胞をFGF4培地に入れる。すると最初Oct4-GFPの蛍光していたものが7日目辺りで消える。そして第一回目の継代をon feeder条件で行った時点でうっすらととまたOct4-GFPが蛍光する。この状態の免染とqPCR結果がc,d,e です。Oct4が少し、Cdx2とEomesがたくさんという結果です。

[培地の違い4]
それに対して、Extended Data Figure 5-c,dの培地は何なのか。リジェンドには以下のようにある。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).

[培地の違い5]
(続き)
The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.

[培地の違い6]
条件がfeeder-freeになってますが、培地が何かは書かれていない。しかし、Figres 2の作り方なら常識的にはFGF4培地だとしておきましょう。ここにJAKiを入れた。そもそも論文上はSTAP細胞はインナーセルマス由来ではありませんから、そこから誘導されたとされるFI-SCが元論文の通りになるかどうかも分かりませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていた。これが仮に我々の仮説であるntESだったとしても受精卵ES細胞で行われた元論文の結果と同じになるとは限りませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていたわけです。

[培地の違い7]
ではe,fの培地は何なんでしょうかね。リジェンドは以下です。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).

[培地の違い8]
(続き)
Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

[培地の違い9]
ここではTS培地だとはっきり書いてありますね。Fgf4が入っている。c,dが本当にTS培地なら同じです。この場合常識的にはeの中段は光ってないといけない。何度も書いている通りです。でも、c,dはfeeder-freeとは書いてあるがTS培地であるとはっきりとは書かれていませんでしたね。仮にこれがa,b,c,dともにfeeder-freeのES培地だったらどうなるのか。
a,bはそもそもコントロールのES細胞なんですからともかくとして、この場合この細胞はFigure 3で説明されているES-likeに転換されたFI-SCだということになる。これだととても大量のESマーカーを発現して、TSマーカーの発現が少なくなる。このことはFigure 3-bで証明されている。

[培地の違い10]
FI-SCはTS培地の中ではES特異的マーカーであるOct4を発現していないか、もしくはとても微弱という意味です。光ってなくていい。それに対してES細胞はFgf4の入ったTS培地の中でどれだけ生き続けられるのかは知りませんが、取りあえずはOct4-GFPを発現している。しかし、JAKiを入れると分化してしまうのでOct4-GFP発現を失う。BFPの方はCAGですから分化し始めても蛍光しているということですね。これで実験結果に不合理は無いということです。

[培地の違い11]
Extended Data Figure 5-cのFI-SCのOct4-GFPが蛍光しているのに、5-eのOct4-GFPが蛍光していないのは、前者の培地がES培地であり、後者の培地がTS培地だからだということです。前者は査読者の求めに応じて、まずES-like転換後のFI-SCにJAKiを添加してES細胞でないことを示したもの。後者は、TS培地の中でTS-like転換されているFI-SCのOct4-GFP蛍光がなく、混ぜているES細胞ではOct4-GFP蛍光があり、JAKi添加後では消えるという違いを示しているものです。

[培地の違い12]
論文のリジェンドの説明では培地の違いが分かりにくいですね。ど素人には理解しにくい。でも、本文の説明をよく読めば、 の実験ってExtended Data Figure 5-e,fの実験では無いかと気づけますね。

[培地の違い13]
プロトコルにある培地の説明です。
>>
(i) ESC maintenance medium consists of KnockoutTM DMEM (Life Technologies), 20% FBS, 1 × NEAA, 1 × Glutamine, 1 × Nucleosides, 10-4M 2-mercaptoethanol, and 1000 U/ml LIF.
>>
(i) TS medium consists of RPMI 1640 with 20% FBS, 1 mM Sodium Pyruvate, 100 µM 2-mercaptoethanol, 2 mM L-glutamine, 25 ng/ml of recombinant FGF4, and 1 µg/ml of heparin.

[培地の違い14]
小保方さんはFI-SCの遺伝子解析においてもリジェンドの中で培地の違いを明確にしないで書いています。すべてがTS培地にある状態での遺伝子発現なのか明確でない。
一連の考察は無論桂報告の欺瞞を明らかにしていますが、肝心のSTAP細胞は論文通りの形であったのか否かはこの検討だけではわかりません。"あった"か"ntES"であったのかは12/27テラトーマの体細胞組織と言われた試料の説明がつくかつかないかで決まる。ntESなら説明できるということです。
そして最後に残された問題は光る胎盤ですね。次回にします。以上です。



[歴史観1]
私はこの事件に関っている個々人の犯罪性はとても低いと考えています。だから社会的影響を慮って匿名の掲示板で便所の落書きだと断って考察を続けてきているんです。若山さんは別に最初からそんなことを意図していたわけでは無論ないに決まっているが、結果的にかなりひどいパワハラを小保方さんに行うことになってしまったなあと判断してる。でも彼がそんなことをする羽目に追い込まれてしまった事情というのは、競争社会の中で生き伸びるために誰でもがしている努力の一環に対して、外部からの不可避的な影響があったからに過ぎません。自分の意図しないことが思いがけず実現してしまうという、これも大人なら誰でも大なり小なり経験していることです。

[歴史観2]
この競争社会にはルールがあって法治されている。この法の内側で足の引っ張り合いをしていることをもって犯罪だと言ったら、逮捕者だらけになってしまう。自分はそういうことをしなくて済んでいると信じている道徳的人々なら別の判断があるかもしれませんね。聖書に石もて投げよと命じられている人々ですね。あの場面では誰一人投げられなかったみたいですけど。

[歴史観3]
理研が若山さんと小保方さんの研究を自ら取り上げることをしなかった間の2012年12月まで、若山さんはどんな違法行為もしていないということを認識できるだけの歴史的視点を持つ訓練のできている人がここにどれだけいらっしゃるでしょうかね。自分の中にある今の知識と歴史的人物がその時点で持っていた知識との識別訓練ができる歴史観のある人です。若山さんは小保方さんと研究しているこの時期、この1年後に論文を笹井さんと丹羽さんが通してしまうなんて予想もしていません。それを知っているのは今の我々です。当時の歴史的彼は知らない。特に小保方さんを預かってから幹細胞研究の論文を書かせようとしている時期の若山さんは小保方さんごと理研が自分のデータを奪っていくであろう、そして論文は通って、自分の研究が捏造判断されることになるかもしれないなんてつゆ思っていませんね。

[歴史観4]
小保方さんを預かって以来、若山さんは私たちのntES仮説であってすら、ただ小保方さんとヴァカンティ研に対してntES化して別の研究をしているんだよと言ってないだけです。この言ってないことはあの時点でなんら犯罪じゃないですね。ましてや、我々の推測では一時的な時間稼ぎの嘘で、山梨大に助手で来てくれとプロポーズしたら二つ返事のはずだからその時には本当の研究内容を小保方さんに知らせるつもりだったんだということで、何ら犯罪要件を構成していませんよね。それを歴史観を得るための訓練をしていない人たちは、それは"捏造論文になっちゃうじゃないか"と短絡する。一体、この時点でどこにどんな論文があるんでしょうかね。そういう人はSTAP論文が事件化してのちの現在の視点から過去を見ているんです。過去の人になり切る訓練ができてないんです。

[歴史観5]
あちこちの歴史資料館で例えば弥生式土器の出土断片の復元したものが展示されていますが、あれは全断片が残っていたら完全復元できるんですね。今ではコンピューターが断片の形状を全部記憶して組み合わせを決定してしまいます。考古学は理科系の学問で歴史学とは違いますね。断片が少ないときはあるものだけで噛み合う破片だけを組み立てて、残りは白い粘土で補充する。一つには土器は基本中央を通る縦軸に対してシンメトリになってますから推測できる部分が多いんですね。

[歴史観6]
でもたまに下部の部分だけしかなくて上部が何一つないのに複雑な形で復元されている土器をごらんになるでしょう。あれは今度は累積した知識があって、完品の復元データが沢山分類されていて、下部がこの形の時は上部は必ずあれになるというデータがあるんですね。それで上部断片は一片もないのに上部が"お前あの時代にタイムマシンに乗って見てきたのか"と疑義したくなるほど精巧に復元される。学問の力ですね。

[歴史観7]
我々のSTAP事件に対する態度もこの土器の復元と似ています。存在しない部分は合理的な推測で補完するんですね。で、大事なのは全体像が矛盾無く復元されているかということです。弥生土器は全国で大量に発掘されていますからミッシングリングというのは少ない。でもSTAP事件は一回しか起きてない事件なので、他の事例で推測できる部分が少ない。するとあり得る復元像は何通りかできる可能性がありますね。でもどのあり得る復元像も内部に噛み合ってないところ、或いは想像でもいいから合理的に説明できていない部分を残していてはいけませんね。

[歴史観8]
私はそういう意味であり得る復元像としてntES仮説を展開しているんです。"ある論"で誰が全体の復元像を提示してますか。私は何人かそういう努力をしている人を知っていますが、そのうちの誰も、なぜ"ある"のに若山さんは論文を撤回しようとあんなに必死になったのかを、説明された人はいません。つまり完全復元されていないんです。Ooboe さんとパートナー氏は正直にその部分は思いつけないのだとおっしゃってる。誰か思いついて完全復元してあげてください。それ以前に、少なくともOoboe さんたちみたいに完全復元されていないという自覚だけは持たれてください。

[歴史観9]
Ooboeさんから特許に関する質問をいただいています。Ooboeさんとパートナー氏とはやり取りの付き合いが長いのでおっしゃりたいことはすぐわかります。
研究に秘密はつきものだということ、ましてこの共同研究は契約書さへ締結されていないということを思い出されてください。加えて、若山さんは小保方さんをヴァカンティの手から奪いたいと思っている。手記は何度も読み返されていますよね。若山さんが小保方さんをリクルートしようとしていることは最後のRULへの誘いがあった時点での若山さんとのやり取り説明も含めて全部で4か所に書かれていますね。

[歴史観10]
奪いたい理由に二つあるとみています。
①小保方さんの熱心さを見て、自分が今までやってきた研究のブレイクスルーをもたらしてくれると思ったくらい惚れ込んだ。
②たまたま彼女の持ってきた細胞の性格をntES化してみるという課題をみつけた。そして胎盤が光ってるのではないかと思い込んだ。
③そして②は山梨大側での予算獲得のプロジェクト研究の課題と関連して魅力的だと考えた。

①が最大の理由です。この動機がなかったら事件は起きてない。②や派生した③が主因なのではない。

[歴史観11]
他方で小保方さんをヴァカンティの手から奪うためにクリアしなければならない条件は論文を書かせるということですね。小保方さんが助手の待遇で二つ返事しなかった理由もこれですね。<論文が出るまでは>(81P)とくぎをさされていることになっている。この二つ返事のタイミングを失って、罪もないエイプリルフールはまたも種明かしが先延ばしされてしまった。仕方なく若山さんはキメラがナイフ切り分けでできたと小保方さんに書かせたままネイチャーに投稿させ、結果はリジェクトだった。ここで論文は書かせたから、後はヴァカンティのティシュー誌に載せて置いたらいいじゃないかと若山さんは思っていたんでしょ。万が一にでもリバイズになったら自分からああ勘違いだったと断ればいいだけです。

[歴史観12]
ところがヴァカンティは承知しなかった。デイナの取材はここに繋がっているんですね。
>>
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

[歴史観13]
ネイチャーリジェクトを受けてヴァカンティがセルとサイエンスを提示して低いバーを飛びたいのかいと小保方さんを励ましたんですね。ヴァカンティはキメラが本当にできたと思ってますからね。当然ですよね。。若山さんはこんなレヴェルでネイチャーに通ることはないと知ってるから、これで一件落着と思ってたんです。ティシュー誌はヴァカンティ主催だからそこにぶら下げておいたらいい。誰にも再現はできない。結局ネイチャーの査読者がいってたようにESコンタミだったんだろうで消え去っていく。ヴァカンティに問われたら自分が何か間違ったのかなと言って置けば済む。その時はもう山梨大に居て理研の実験室でのことは分からなくなってますからね。小保方さんの核を使ったntES論文はずっとあとから世に問えばいいんです。若山さんの目的は小保方さんを山梨に連れて行くことです。

[歴史観14]
ネイチャーの結果が4月のいつ出たのかははっきりしませんが、ヴァカンティが米国の特許仮申請を出したのは2012/4/24です。この話は小保方さんを通して若干前に若山さんの知るところとなってるはずですね。
で、Ooboeさんのお問い合わせの特許の件はこちらではない。ヴァカンティのは酸浴細胞からキメラができたという論文に関する特許で、彼は今でもキメラができたという部分を外して特許申請維持しつづけていますね。これは認可されるか否かは別にして本物の研究結果ですね。STAP細胞は本物だという言い方で正しいのはこの意味に限定した場合だけです。初期研究に引き続いて酸浴細胞でも試験管内三胚様分化は確認されていますからね。キメラが嘘なだけです。

[歴史観15]
Ooboeさんのお問い合わせの特許は「2012年8月になると…」(手記101P)の幹細胞化論文の特許の話ですね。
若山51%、小保方39%、ヴァカンティ5%、小島5%と若山さんの言った小保方酸浴細胞の幹細胞化特許ですね。増殖能力の弱い小保方細胞を自分の技術で増殖できるようにしたから51%なんですね。ES細胞を増殖したんじゃないですね。Ooboe さんたちに公開請求してもらいたいのは、存在しているなら、このときに作られた特許申請のための諸資料です。そこにどんなことか書かれていたのか。今我々が知っているのはクムリナ書き込みでキメラ胚を使ったということと、後にはその必要もなくなったと書かれていることだけですね。

[歴史観16]
後にはその必要がなくなったというプロトコルってES培地に入れるだけですね。どこにも51%の特許請求できる若山さんの技術はないことになります。クムレナ書き込みはただES細胞を渡されていたんだという言い訳をしているだけで、51%だと言ってヴァカンティ達と争った理由が消えてしまっているとわかります。そもそも小保方さんは2011年にキメラができた時に同時樹立されたと言われた幹細胞をES培地で作れてないし、後に若山さんの培地をもらってやってもできてない。彼はntES化していることを隠したままですからね。できなくて当たり前だ。

[歴史観17]
この特許は結局は正式申請はされていませんね。若山さんと理研知財との間でやり取りされただけで、後に理研とハーヴァード、東京女子医大との共同申請時に吸収された。この時点でもクローン胚に入れたとは書かれてないはずです。小保方さんはやり取りの経緯を見ていますからね。若山さんにとっては通らなくてもいい。研究はまだまだ山梨で続けていく予定ですからね。でも、特許にするつもりですから研究は最終的には本物でなければならないですね。

[歴史観18]
若山さんは
①GFP蛍光は真正のOct4発現を反映していると信じている。
②この細胞は試験管内で三胚様分化した何物かではあると信じている。
③この細胞をntES化してキメラを作ったら胎盤が光ったと信じている。

ntES化することこそ「僕の技術」です。"ヴァカンティなんかには何の権利も"ありません。そして理研で行った小保方さんの酸浴細胞が無ければできない研究という意味で、39%です。ヴァカンティ研を全部合わせたら49%ですね。ES培地で培養してできたなんてことで若山さんの51%に値しますか。そして小保方さんを山梨の若山研に連れてこれたらヴァカンティ研に10%、山梨大に90%の特許になるということでしょ。Ooboe さん、ntESキメラの胎盤が光っていると分かった時、若山さんが舞い上がっていては変ですか? 続きは次回ということで取り合えず以上です。
  1. 2019/06/01(土) 10:47:32|
  2. 学さんブログ検討記録
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学さんブログでの検討記録23

[Oct4-GFP蛍光1]
>>学さん
そろそろ本題です。Extended Data Figure 5-a,bの問題からです。
小保方さんはB6の受精卵ESを持ちません。小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのはntESです。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて前提で実験をする人はまともな科学者にはいないはずです。このリヴァイズ実験は笹井さんと丹羽さんの指導で行われている。JAKiの元論文は受精卵ES細胞での実験ですね。誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということになります。査読者がやりなさいといった実験なんですから提供者は笹井研か丹羽研で、若山研ではありません。査読書の到着日は2013/4/4です。若山研は理研にはもうありません。

[Oct4-GFP蛍光2]
FI-SCが多能性細胞であることはキメラができたこと、或いは一歩譲ってもテラトーマができたことにあるわけです。
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっているグラススライド試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

[Oct4-GFP蛍光3]
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんで小保方さんと一緒に作業した。小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しのようですね。でも彼女も東北大です。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを預かっているわけです。東北大は大隅理事長、遠藤さんの出身校であり、東大の松崎さんも東北大の教授経験者ですね。東北大はPNASで小保方さんの細胞論文と争って勝ったミューズ細胞論文を出した学校で業界と提携したプロジェクトもあるところです。Ooboeさんとパートナー氏は太田ESが若山さんの手で東北大の黒木助教授のところに分析依頼に出されている事実を突き止めていますね。FI-SCのキメラを小保方さんに渡したのは無論若山さんで、他の人にはできません。
①はCAG-GFPだとリジェンドにありますからCTS1のAcr-CAGだと思われますが、無論、JAKi検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違います。

[Oct4-GFP蛍光4]
GOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果データが添付されて無いのですから、そもそも多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、CTS1キメラができたんだから、GOF由来FI-SCでもできるだろうと論理的に演繹推論されているだけで実証データはつけられていない。このGOF由来FI-SCがOct4-GFP発現していて、JAKiを入れても発現は消えないという現象が何であり得るかという問題を考えないといけないのですね。

[Oct4-GFP蛍光5]
若山さんは、小保方さんの作ったGOF由来STAP細胞をFgf4誘導したものと言って渡していた細胞があって、それにいろいろと口頭で説明していたものを、笹井さんと小保方さんとで論文化したということなんですから、全部が全部若山さんの考えていたことと一致しないのは当然ですが、彼はGOFマウスからFgf4誘導した細胞はつくった"記憶がない"と言ってますね。大問題ですよね。論文の骨子のところに書かれていて、原稿を送られているのに、見てなかったとでもいうのですかね。まあ、実際そういってますけどね。Figure 2-a,bは何なんでしょうかね。誰が写した写真なんでしょうか。Ts.Markerブログで最初から指摘されていますね。無いものをあるように作ったら捏造です。桂さんに仕事中に寝ないように注意申しあげたいものですね。まあ、無論ただの嫌味ですがね。

[Oct4-GFP蛍光6]
論文が正しいとすると、小保方さんはOct4-GFPが光っているけど、JAKiを入れても蛍光が消えない細胞を持っていたということになる。無論渡したのは若山さんで、FI-SCという名前は笹井さんが命名しただけで、若山さんはCalls TSと名付けていただけですね。ではこの細胞は何か。
①ESの可能性はこの実験によって否定されていることになる。
②GOF由来STAPをFgf4誘導してもできないことが一応丹羽論文に書かれている。
③私はGLSをFgf4誘導した細胞と考えていて、GLSは2011年にGOF由来STAP細胞の核を使用してntESを作り、キメラ胚に入れて再度ES化したGLを2012年になってそのままGLSとしたと考えている。従ってこの現象はさういう細胞の持っている性質だと考えている。

[Oct4-GFP蛍光7]
丹羽さんの検証結果と初期の小保方さんの実験成果を踏まえると、若山さんは小保方細胞核を使用してクローン胚を作った時に真正の小保方細胞には当たっていないとわたしは考えています。従って、彼の作った細胞はただたんに白血球細胞を使ったntESをキメラ胚に入れて再度ES化した細胞の本来持っている性質を表していて、結果的にはSTAP細胞は不要な実験だったのだと思っています。この細胞はFgf4誘導された結果、JAKiを入れても分化を起こさないという性質を持っているということです。

[Oct4-GFP蛍光8]
これだけのことは押さえたうえで、Extended Data Figure 5-e,fの問題を考えようということです。最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと同じ株であるのかということです。もし違う株を使ってると話が変わる。でも普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は光ってるではないか。まずはその原因から考えることになる。私は結論は持っていないんです。ロゴスの導くままに推論するだけです。次回にします。以上です。



[学さんへの返事1]
>>学さん
>上記のコメントですが、2013年、1月、6月にGRASに持ち込んだTS2が何物かは桂報告書に書いてあるのでしょうか?TS2とは、何ものなのか?がわかる記述がありますか?

あります。すでに挙げていますが再掲します。

[学さんへの返事2]
(桂報告書15P)
2-3-1-2.ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ(公共データ ベースに公開))、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。

[学さんへの返事3]
要するにデータの出所は三種類なんです。
① NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ(公共データ ベースに公開))
②本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データ
③本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)

<TS2>は②の出所で、①に無いものです。

[学さんへの返事4]
(桂報告書16-17P)
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。

[学さんへの返事5]
(続き)
再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

[学さんへの返事6]
TS2とFI-SC3が6月提出だということは報告書(スライド)の方の表で分かります。ただしスライドは<1月:最終>と書かれているけどこれが<6月:最終>の間違いだということは報告書側の記載からFI-SC2が1月でFI-SC3が6月になることからわかります。1月と6月では査読(2012/4/4)の前と後に分かれるので、これはわざと間違えて書いている可能性が高い。わざと分かりにくく書いているんです。

[学さんへの返事7]
>>学さん
>FI-SC3に混じっていたのはCD1だとかいてあります。桂報告書26Pに書かれた丹羽研のTSは何マウスからか?は書いていないです。2012年8月のTS1は、Cag入り128xB6とあります。丹羽研が用意したとわれるTSは、何からか?はわからないのではないですか?

16Pのに関して、報告書(スライド)にもと書かれていますし、また自己点検報告にもあるし、公開データ登録された記載もある。これはいいんでしょ。26Pの<丹羽研が用意したとわれるTS>は16Pのなんです。このことは次のご質問への回答でご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事8]
>>学さん
>FI実験と言うのは、2012年早々にやっていて、5月に樹立とあるので、FIを用いた実験はその前からやっているでしょう。若山研での実験の最中に、他の人がGRASにサンプルを持ち込んでいると考えました。

そう考えることはできないのです。GRASというのはCDB内の別の組織なんで依頼された分析に関してはすべて記録が残されていて、かつデータだけでなく残存サンプルもあったんです。FI-SCに関して若山さんが認可した分析依頼関係は2011年8月、笹井さんたちが依頼したのは2012年1月、2012年6月の3回だと桂調査チームがが報告しているんです。もっと以前に小保方さんの実験関係で依頼されたのはFI-SC関連の分析ではありませんでしたね。メチル化実験の分でした。
これで26Pの<丹羽研が用意したとわれるTS>は16Pのだとご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事9]
>>学さん
>上記のレフェリーの指摘は、STAP実験全体へのES,TSコンタミへの警告だと思います。ですから、ExtFig5efに限定した話ではないと思います。

以下の下りはのことを論じています。<STAP実験全体>の話ではありません。この査読者要請は2012/4/4以降に実験実施されたものです。若山研で行われたものではありません。若山さんが記者会見で自分のところではできない実験があるとおっしゃった実験はこのJAKiの実験しか該当しそうなものはありませんよね。

[学さんへの返事10]
(続き)
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells).

[学さんへの返事11]
訴訟で裁判所に呼び出されたとき、検察の言うことは聞くがお前の言うことは聞かないと裁判官に言われた被告は、その裁判官の弾劾運動を起こして罷免するよりないですね。そもそも手記を読まないで何か事件に関して語る資格はないと思います。両者の言い分を聞いて客観判断するのが裁判です。Oct4-GFPだと書いてある論文に対してそれがCAGだったらなんて、笹井さん、丹羽さん、小保方さんが捏造しているのだと仮定することですね。まず論証するか実証するかしてからにしてもらわないと。桂報告書の非論理は我々がすでに指摘しているんですからそれに対して具体的に反論があれば受けるだけですね。まず事件の全体像を構築してこないと。以上です。私の場所に戻ります。
  1. 2019/06/01(土) 10:44:51|
  2. 学さんブログ検討記録
  3. | コメント:0

学さんブログでの検討記録22

>>学さん
>あなたが、一研究者で何を追及されたのか?を私は聞きたいです。

12/27のテラトーマがリシピエントマウスの体細胞であるということがあり得るのかと。
そこで徒労してブログ主からアク禁を食らってしたらばの自分の住処に戻った瞬間にntESだと気付きました。あなたが今お書きになっているように、クローン胚からのntESを若山さんはもう一度キメラ胚に入れて再度ES化する。そのときにリシピエント卵のインナーセルマスからもテラトーマができるんです。それでGFPが無い。4Nであってもまだ胎生致死段階前なんです。だからソートしないといけない。桂チームは生データがあるんですから全遺伝子解析したらよかったんです。リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。以上です。


「学さん宛訂正]
リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。

テラトーマのリシピエントマウスの体細胞なら免疫不全マウスであるヌードマウスです。キメラ胚を作るときのリシピエント卵のインナーセルマスからのテラトーマだったらICRマウスです。桂チームはそれを確認しないでGFPがないからヌードマウスの体細胞だと断定した。何度も見慣れた光景です。以上。




[桂報告の矛盾1]
>>Ts.Marker さん
>若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。

横レスかもしれませんが、お答えいたします。STAP関連実験で使われた細胞は事後であれMTAされていてTSは「僕のマウス」TSしか若山さんは持ち出ししていないことになっていますので公共データ登録されているChip-seqのCD1TSは丹羽研供出のものという推測にならないとおかしい。無論、Tru-seqのCD1TSは桂報告書がはっきりと丹羽研供出と述べていますね。若山さんは胎盤が光ったから調べるようにと指示したキメラ胎児のコントロールとしてESとTSを作ってどちらもキメラを作って胎盤を渡したと証言していますし、現に木星リストにもありますから、STAP実験で作られたTSはCAGホモの「僕のマウス」TSだということになるのが、論理的帰結です。

[桂報告の矛盾2]
Tru-seqは樹上図を作ったときに8月分のデータは「僕のマウス」TSが分化していたのではないかと疑われる発現になっていて、小保方さんの持っていた若山さんから渡されていた「僕のマウス」TSで取り直しても同じだろうからというので6月に丹羽研でCD1のTSを作って遺伝子発現解析用のコントロールとして提供したということになる。つまり樹状図が論文に加えられたのも4月の査読指示から行われていると考えられる。従ってはFigure-4bのChip-seqもCD1TSだと考えるのが当然で、分化していると判断されている8月のデータを使うことはないはずですね。

[桂報告の矛盾3]
レター論文で公共データ登録紹介されている分は以下です。
RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
実際に登録されているデータはもっと多いですが、ナンバーの後ろにアスタリスクのあるものとこのレターの紹介と一致している。 ただしSAMN02393433だけはつけ忘れられている。

[桂報告の矛盾4]
これを見ると、小保方さんはレター論文ではFI-SCとTSに関して以下の分だけを登録したように書いている。
Tru-Seq
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)

[桂報告の矛盾5]
⑬⑭は分化していると判断されたもので8月の分析分ですね。でも小保方さんはキメラ胎盤の比較をするためのコントロールとして渡されたTSはこれだからいの一番にこれを登録した。遺伝子解析は別にどんなTSでもESでもコントロールにできますね。私が丹羽研?と書いているのはCD1と記載されているからですが、実際に検証されたのは129xB6-CAGですから「僕のマウス」TSだということがわかる。これは若山さんのTSです。やっぱりこれにCD1と書いたのは誰かという問題があるんですね。

[桂報告の矛盾6]
桂報告書はこれを丹羽研から供出されたと書いているのにこの分析結果が129B6-CAGであることとの矛盾に気づいていません。分化していたから丹羽研がCD1を供出したと書いて置きながら、この「僕のマウス」TSに関してCD1TSだと書かていることだけは信じていることになる説明になってるんです。だから私は丹羽さんのCD1TSのTru-Seqデータは登録されていないと申し上げた。でも⑬⑭はここにCD1と記載されていなかったら若山さんのTSですよね。誰がCD1と書いたのか。これは分化していたから丹羽研が提供して取り直したデータではありませんよね。取り直したデータはどこにあるのか。無いんです。桂報告が分析したのはこの⑬⑭なんですよ。

[桂報告の矛盾7]
では⑦⑧にコンタミされたと仄めかしたCD1のTSは何を分析したのか。⑬⑭は129B6ですよ。彼らがコンタミされたと言ってるCD1TSの特徴と言っているデータはChIP-seqデータなんですよ。丹羽研のものです。これが若山研のだったら丹羽研から供出されたものは一切公共データ登録されていないということになる。でも、桂報告はCD1TSがあると書いている。どこにあるんでしょうね。

[桂報告の矛盾8]
⑦⑧は当然GOF由来FI-SCで論文のメインの論旨を構成している物証なんですからこれを登録するのは当たり前です。そこにCD1がコンタミしていると最初に主張したのが遠藤さんです。これで小保方さんの捏造を示唆したんですね。でもこれはExtended Data Figure 5-e,fで使われた試料を解析に出したからなんですね。ここに出たCD1はESで、そこで検出されたElf5はESから発現していたElf5だと私は申し上げていて、これを確認するのは簡単で熊本大学におられる丹羽さんに聞けばいいだけです。でも電話しても彼は答えないと思いますよ。理由はもう皆さんお分かりの通りで、業界ではもう空気を読めと言うことになっちゃってるんですよね。これが日本人の長所でもあり弱点でもある和をもって尊しと為すなんでしょうね。小保方さんとヴァカンティ、小島さんたちは今のところその犠牲者ということです。以上です。深いところのあそこに戻ります。




若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。
2019/4/17(水) 午前 0:12[ Ts.Marker ]返信する

STAPの前から丹羽研とはコラボしてるみたいだけど。
MTAも持っていったものだけで、さらに指摘を受けてからのものだから。
2019/4/17(水) 午後 0:43[ Ts.Marker ]返信する

[ChIP-seqの件1]
>>Ts.Marker さん
ややこしいですね。ちょっと整理し直してみました。ChIP-seq分を若山研のものと仮定しました。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
※データベース外 丹羽研  (CD1系統-スライド)


[ChIP-seqの件2]
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (マウス背景調査はされていない)
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1(マウス背景調査はされていない)
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1(マウス背景調査はされていない)

[ChIP-seqの件3]
は6月分にしかなりませんね。査読指示後ですね。そこでCD1のTSを丹羽研が提供したのは8月のTS1が分化しているような結果になっていたからですね。分化しているかもという話は査読後の検討からですね。8月時点での若山研でCD1のTSを必要としてませんよね。ChIP-seq分も丹羽研ではないですか。以上です。
  1. 2019/06/01(土) 10:42:42|
  2. 学さんブログ検討記録
  3. | コメント:0

学さんブログでの検討記録21

[学さんへの連絡1]
>>学さん
了解しました。あのままでお願いします。ES捏造でなければ本物だということにはならないという論理だけ批判してもらったらよかったんですけど、他のことも説明可能だということを紹介しておかないと、あれはどう、これはどうという目的外の話になる。でも、そういう人と話してもどうせ得るものはないんですから不要といえば不要でした。私も自分のブログは何度も考えたんですけどね。私は世に問うつもりはまるでないんです。世間の片隅には分かっている人間もいるよと落書きしておきたいだけなんです。その意味ではしたらばはとても便利な場所だったんですけどね。人の助けを借りたいがためにちょっと一研究者ブログに出張に出かけたのが知られる契機となってアンチの猛攻を受ける結果にしてしまった。

[学さんへの連絡2]
ブログ規約は存じあげています。まあ、小保方さんに対してはあちこちで全く守られていませんけどね。取り合えずここではntES仮説でレターの結果が説明できるかという課題を自分で勝手に抱いているんです。もうすぐ終わってお暇出来ると思います。後のことは自分で考えます。ところでヤフーブログは終了予定ですが学さんはどこかへお引越しの準備はなさらないんですか? 以上です。


[Ts.Markerさんへの応答1]
>>ChIP-seq のTSはCD1 まだ若山研時代では?

本当はそれが自然なんですが、言いきれていません。なぜかと言うとRNA-seqでCD1系統とされているのは桂報告のTS2ですね。TS1は129B6-CAGですからいわば「僕のマウス」TSです。これが分化してしまっているらしいことから丹羽研からCD1系統でTSを作って渡している。
>>
TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。(26P)

[Ts.Markerさんへの応答2]
でもこの分(TS2)は公共データ登録はされていませんね。登録されているのはRNA-seqの「僕のマウス」TS(TS1)だけです。そしてCD1のTSが登録されているのはChip-seq分です。Figure 4-bのTSですよね。RNA-seqで「僕のマウス」TSが分化してしまっているらしいから丹羽研のCD1系のTS(TS2)でやり直したのなら、Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある。笹井研での実験の可能性もあります。そもそも若山研時代に「僕のマウス」TS(TS1)があるのにどうしてCD1でChip-seqをやりますかね。
Sox21に関してはもう一度論ずることになると思います。以上です。

> 一言居士さん
つや姫に向けてでした。
> 言いたかったことは色々あるのですが、遠藤氏のツイッターで十分だと思いました...

これで十分ですね。

注)> Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある
やってれば、記録は残る。****kawa氏が知ってる?
2019/4/14(日) 午後 8:20[ Ts.Marker ]返信する


[Ts.Markerさん CD1の件1]
>>Ts.Markerさん
つや姫さんの件、そのお名前も討論の経緯も全くフォローしていません。僕の応答はトンチンカンでしたら忘れてください。ただ、粕川さんは松崎解析チームにいた人ですね。知ってるはずです。
僕はあなたに教えられて公共データ登録情報の取得方法を知りましたが、長くその意味が分からなくて、あなたの解析結果もあなたが何も説明してくれないから、むしろ和モガさんのブログの説明でその意味するところを少しだけ理解しました。今も完全には分かっていません。でも、データの整理はど素人でもできるんでいろいろと分析しました。その結果、通常と違って、小保方さんは直接登録したのではなく、理研を介して登録している。

[Ts.Markerさん CD1の件2]
小保方さんは2013/11/5に理研にデータを提出している。にも関らず、理研は2014/2/13にNCBIに提出した。事件が発生した後です。事件は竹市さんに学会からの連名のメールの来た2014/2/7前後に発生しました(手記142P)。理研の提出は世界展望(2014/2/13)と11jigen(2014/2/14)がネットで小保方さんの博論の捏造を言い立てた日の前後と一致している。小保方さんはレター論文に提出したと書いてますから、2013/11/5に理研に渡したものは年内には登録されるはずと思っていたでしょう。ところが理研は提出忘れしていたか、それを手元で止めていた。この件に関してネット上で小保方さんは公開データ登録義務を知らずに人に言われて慌てて出したという噂が流されたのを覚えています。何かしら呼応も疑われるところです。

[Ts.Markerさん CD1の件3]
無論常識的にはまだ論文が発表されていないのですから守秘のために理研は登録を控えていたと考えるのが普通で、このことは、若山さんがMTA無しで試料を持ち出したこととも共通していると思います。理研は若山さんと後にちゃんと約定すると約束した上で守秘のためにイレギュラー処理をしていると思っています。ただ、内部に情報漏洩者もしくは工作者がいて呼応している可能性は疑われますね。理研の登録日は記者会見発表の2014/1/28でもよかったはずです。ご承知の通り、このTS細胞に関してだけでも、登録上では5件すべてマウス背景はCD1と書かれている。でもRNA-seq分はCD1ではありませんよね。いわゆる「僕のマウス」TSだ。小保方さんはこんな間違いをするほど多忙でしたかね。TSに限りませんね。F1マウスは全部C57BL/6x129/Svと雌雄が逆に書かれている。とても変だと思います。誰かが手を入れた可能性も疑義される。尤も博論に草稿提出して気づかなかった人です。草稿であることは間違いないんですけどね。間違えるかと。とても粗忽だと思います。

[Ts.Markerさん CD1の件4]
問題ののFI-SCですが、遠藤さんは無論RNAの解析ですからSNPsの分析でそう結論して、あなたも確認されていますね。一方、桂調査は細胞リスト表にある11種の細胞をNGS全ゲノム解析してマウス背景を確定している。無論GFPや雌雄や遺伝子異常もすべて分かっています。CTS1も全解析されていて129B6でAcr-CAG-GFPだと分かっている。でもCTS-11~13は解析していませんから、リスト表示は嘘になってるんですね。リストはCTS-11~13も含んだ形になっています。実際にはCTS-11~13は解析してないのですから虚偽と言っていいですね。

[Ts.Markerさん CD1の件5]
TS-11~13を全解析して、仮にB6だと分かったらGOF由来FI-SCがあったと分かる。でも調べなかった。にも関わらず公共データベース登録されていたデータは調べてB6だということ、10%のCD1らしきものが混じっていると結論した。FI-SCだと書かれている試料からB6のSNPsが出ているにも関わらずCTS-11~13を全解析しなかった。小保方さんと笹井さんや丹羽さんはレター論文でOct4-GFPのFI-SCがあるという前提で論文を書いている。これが無かったのなら、どういうことなんだと大騒ぎにならないといけない問題です。話にならない論文だということになる。あると示している公共データを認めていながら桂チームはそれでもCTS-11~13を全解析しなかったんです。全解析が高価すぎるというならGFPだけ調べることもできたはずです。理由は若山さんが作った記憶がないと言ったからです。そんな馬鹿な話がどこにあるでしょうかね。

[Ts.Markerさん CD1の件6]
基本的にはNGS全ゲノム解析だけではその細胞がESなのかTSなのかSTAPなのかSTAP-SCなのかFI-SCなのかはわかりませんね。ESやTSに関しては多能性細胞だと知られて長くどういう遺伝子が働いて多能性維持しているのか等々の研究も進んでいますから、RNA発現解析である程度は区別が可能なんでしょ。実際に発現している遺伝子だけを調べるわけですね。でも細胞はいろんなRNAを発現していますから、無論多視点で比較しないといけない。だからヒートマップなんかを使うと一目瞭然になるんでしょ。小保方さんのヒートマップでCD45、ES、STAPのどれからも多かれ少なかれOct4発現があることで、多視点比較が必要だと分かります。Oct4発現があるからESだということにはならない。

[Ts.Markerさん CD1の件7]
これはTSにおけるCdx2でも、Eomesでも、Itgα7でも、Elf5でも、あるいはSox21でも同じです。TSでそういう遺伝子が特異な働きをしていることは知られていますが、それらの遺伝子が発現していたらTSだということではない。逆は必ずしも真でない。遠藤論文にはそういう基本的な論理に関しての錯誤がありますね。Sox21は言うに及ばず、Elf5の発現があるからTSだなんて論理は通りません。専門分野が違おうと、国が違おうと、そこで使われている論理は人類共通です。素人も玄人もない。

[Ts.Markerさん CD1の件8]
遠藤氏はTSだと無意識なのか意図的なのかはともかく早とちりしましたが、桂報告は断定することは躊躇しました。曰く、<(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)と。TSと断定できないということはESと酷似していても不思議はないと言ってるのに等しいので、ひょっとして、この公共データ登録されたB6背景のFI-SCのRNAはExtended Data Figure 5-e.fの実験で使われた10%混ぜられたOct4-GFP/CAG-BFP共挿入ES細胞の背景がCD1だったからで、CD1背景のTSと同様に丹羽研提供のものだったからではないかと申し上げている。遠藤氏と桂チームは論文をちゃんと読んでないのか。10%混ぜられていると知ったら気づかないか。どうしてそれを調べないのか。丹羽さんに聞いたら分かることです。確認してない。これも馬鹿げた話です。

[Ts.Markerさん CD1の件8]
既存のESやTSならまだしもSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞やとその派生物に関してはまだキメラができて多能性細胞だということが証明されたばかりで、どういう遺伝子発現があってどんな働き方をしているのかは分かってませんよね。笹井さんや丹羽さんが今回の遺伝子解析は"浅い解析"(手記124P)と言っている真意ですね。ただキメラは出来てるというのは彼らの間での大前提で疑われていない。つまり、論文はSTAP細胞は多能性細胞であると主張している。

[Ts.Markerさん CD1の件9]
その大前提が取り払われて、捏造じゃないかということになった。つまりSTAP細胞は多能性細胞であるか否かが分からなくなったということなんですから、論文の趣旨に沿ってその意味を考える態度は変更を余儀なくされている。論文の主旨はでたらめである可能性があるから忘れなさいと。でも捏造であれ、実験結果は事実が含まれているんで、全部嘘にはできません。ではそれらの事実らしきものが、論文が嘘か誠か分からない中で、何を意味しているかを考えないといけなくなる。
そういう検討は可能だと思って今私は学さんの用意してくれたExtended Data Figure5のあるこの場所に居るんです。取り合えず以上です。
  1. 2019/06/01(土) 10:40:27|
  2. 学さんブログ検討記録
  3. | コメント:0

学さんブログでの検討記録20

[楠本さんへの回答1]
>>hidetarou さん
>該当する論文はどれなんでしょうね。

まだ未開示分にあるんですね。開示された分の中にマウスでの酸浴実験のことが書かれていますから、4月に投稿された最初のネイチャー論文を意味しているのだと思います。この件に関する倫理審査委員会での審査は2012/4/27です。手記95Pによればそれ以前にすでに若山さんは自分の血液を提供して小保方さんに酸浴実験をさせているんですね。その残存試料が木星リストにあることは衆知のことですね。マウスとヒトではESでも培地が全く違いますからこの段階ではまだできるかどうかを試しているだけだと思っています。木星さんは若山さんの会見でキメラ作成を手伝っただけなんて言っておきながら、その実深々と関与しているではないかと批判しましたね。

[楠本さんへの回答2]
計画書にはntES化のことは何も書かれていませんが、ntES化していないとも書かれていないことに注意されておいてください。研究に秘密はつきものです。ただ仮にntES化していても申請書が嘘の記載にはならないように書くことはできるんです。
それからご存じだと思いますが、ヒト細胞をクローン胚に入れるときには厳しい制約があるということを確認されておいてください。不妊治療等で体外受精卵を何個か作るんですが、使わなかった余りで廃棄されるもので、当人の許可のあるもので、医療目的の基礎研究で使用許可をとった凍結されたもの等々の条件をクリアしたものだけです。

[楠本さんへの回答3]
具体的には、共著者の野老さんは名古屋のそういう不妊治療病院勤務の博士さんで若山さんのところに技術取得目的で勉強に来ています。若山さんは当然そこの院長先生とは知合いですから、そういうところから入手して研究を行うわけです。ヒトクローンなんてとんでもないですからね。日本では逮捕されますよ。つい最近野蛮な赤色チャンコロはやりましたよね。馬鹿な奴らです。政治犯の臓器売買なんてやってるやつらですからね。ア゛ーーーーーッ! オゾマシイ。以上です。



[GOFのFI幹細胞の件1]
DORAさんのブログで一つの論証を書きました。STAP論文に書かれているキメラが、特にF1キメラが、太田ESによる捏造キメラではない場合、では何であるかに関して、論文通りにできたキメラであることはあり得ない。従って考えうる可能性として一番高いのは小保方細胞核を使ったntESであろうというものです。アクロシンキメラの残存試料は現存していますから、これが太田ESによる捏造でない場合は、論文通りにあったと考えるのがまず第一段階ですが、これがあり得ない論理構造になっている理由は、太田ESでは無いという論証自体の中に含まれている。

[GOFのFI幹細胞の件2]
つまり、太田ESによるFLSの捏造コンタミが無い以上、学生が小保方さんに渡したntESによるGLSの捏造も無かったことになるが、小保方さんの<■■由来→小保方>と聞き取り調査されている木星リスト102番のが2014/8/1に管理部署から松崎氏によって持ち出され解析を受け、GLSの方は木星リスト28番から40番のうちの丹羽さんが2014/4/22に核型解析に出したGLS-1と11を除くGLS-1~13及び、木星リスト122番のGLS-1~12と123番のFLS-1~8と13(FLSは8ラインしかないのでGLS13の間違いと推定される)の内の13が2014/10/21に松崎氏によって持ち出し解析された結果、両者の間に、あの有名な<4)X 染色体上の構造異常(大きな欠失+末端重複逆位接続)が同一 (7P)>という事実が発見されました。

[GOFのFI幹細胞の件3]
因みにこの一致は具体的にはとあるようにGLSは1を使っているので木星リスト122番のGLS-1が使われている。木星リスト28番のGLS-1は丹羽さんが核型解析に出すために持ち出しているので松崎氏は持たない。序に桂報告書の杜撰さの例だが以下のの部分はGLS-1~13の間違いで、CTSの株と混同しているが、この間違い自体にも書き手の内心が現れている可能性もあって、書き手はCTSが気になっていたのかもしれませんね。というのも、その問題意識は今の私と同じものです。裏返すとSTAPがntES化されているという可能性に気づいていたということになるんですけどね。
>>
STAP 幹細胞 GLS1 と GLS11〜13 は、若山氏の実験ノートによると、小保方氏が GOF マ ウス細胞から作製した STAP 細胞を用いて、若山氏が 2012 年 1 月 31 日に樹立したこと が判明した。 (7P)

[GOFのFI幹細胞の件4]
ともあれ、この両サンプルの一致という桂報告の推論であると小保方さんの捏造コンタミを示唆するはずであった重大な証拠が、小保方さんの太田ESのコンタミは無いという証明から、逆に若山さんによるサンプルの中身の入れ替えを証明することになり、この入れ替え時期が2013/3/31の山梨大への移転引っ越し直前までに行われていることになり、小保方さんと笹井さんによる論文リヴァイズ中であることから、もうこの時点で、論文がアクセプトされてしまったときにはESコンタミで逃げるという準備がされていたと分かリます。彼は事件化してから言い訳を始めたのではありません。一年前から万が一の準備をしていて、とうとうアクセプトされそうだと判断してから各種のリークを始めているんです。本当にできているのにこんなことをするはずがありませんね。

[GOFのFI幹細胞の件5]
「僕のマウス」を渡したという言い訳は実はもっと早く準備されていて、これは2012年の4、5月になります。FLSのジャームライントランスミッション確認中に行われている。この実験はキメラマウスの成長を待って行いますから(キメラ胚から出産まで20日、成長に50日、子供の出産に20日で、合計90日で4月の末か5月の始め)そういう時期になる。若山さんは小保方さんが山梨大の助手を二つ返事で受諾すると思っていて、その条件提示のできる2012年の初旬である2011年の年度末までキメラができたよと嘘をついて時間稼ぎをしていたんですが、来てくれるということになったらntES化して性質を調べようとしてるのさと説明できたんですが、ここで彼女は論文ができるまではヴァカンティ先生の所属を変えられないと返事したと推定されますね。

[GOFのFI幹細胞の件6]
それでもちゃんと説明すればよかったと思いますが、若山さんはあきらめ切れなかったんですね。ntES化しているという事実を打ち明けないままに、彼女に論文を書かせる段取りをつけ、同時に自分たちのntESの研究に誘い込もうといろんな実験を見せている意味合いもあるんですね。小保方さんは自分の細胞に夢中でntESに関心がない。胎盤蛍光の話もこの時期になる。

[GOFのFI幹細胞の件7]
そうこうする内にヴァカンティが2012/4/24に特許仮申請してしまった。事前に小保方さんから若山さんはその動きを聞いていますね、彼女が山梨に来てくれたらヴァカンティにはESコンタミだったみたいということで済む話ですから、渡したのは「僕のマウス」なのに、半分GFPがこなかったと小保方さんに仄めかしたんです。だから木星リストに小保方さんが+/-表示したんです。4/19にはもう「僕のマウス」のESを樹立開始していますね。持ち出しリストにはESもTSのどちらも5/25とされていますが、嘘ですね。実験ノートにあったから桂報告書のリストには4/19と書かれているんです。このESは胎盤の光るキメラの実験のコントロールとして作られたと説明されている。このあたりの事情に関しては後にもう一度検証します。

[GOFのFI幹細胞の件8]
胎盤の光るキメラは3月中には小保方さんに渡されている。<4月頃には>FI-SCの実験を開始していたようだと手記100Pにありますね。私の仮説ではこのキメラは無論小保方細胞核をntES化したものをキメラ胚に入れたFLSから作られている。つまり若山さんの作る幹細胞キメラの胎盤が光ったという話なんです。そもそも若山さんは小保方さんの細胞に関してそれほど期待して山梨に誘っているのではなくて、自分たちの研究に参加してntES分野でのブレークスルーを期待していたと思いますね。それがこの幹細胞化の研究を通して彼女に論文を書かせようとしていた理由だと思います。興味を持って欲しかったんでしょう。

[GOFのFI幹細胞の件9]
ここまで、キメラはntESで作られているということを若山さんはヴァカンティと小保方さんに説明していませんが、これって何の犯罪でしょうかね。論文は三誌すべて結果的にリジェクトされている。若山さんは論文は必ずリジェクトされると判断していたと思います。自分が査読者だったら落とすでしょ。酸浴させてナイフ切り分けしたらキメラができたって誰も信じやしませんね。現に若山さんは自分自身がそんな作り方をしてないと知ってる。ヴァカンティのティシュー誌に掲載してたらいいじゃないか。誰にも再現なんかできやしないよ。ESコンタミだったかなあで終わりだ。「僕のマウス」を渡していたんだけど、そういえば半々にGFPがきたからなあ、とヴァカンティには後で説明したらいい。小保方さんが自分のラボに来てくれさえすればそれでいいんだ。

[GOFのFI幹細胞の件10]
ところが、ヴァカンティはそうしなかった。一流誌にこだわったのはヴァカンティで、デイナがニューヨーカーに書いた以下の記事の中に彼の言葉が書き留められている。小保方さんに向かって言った言葉でしょうね。若山さんは困ったでしょうね。

[GOFのFI幹細胞の件11]
>>
In the spring of 2012, Vacanti, Obokata, and Wakayama made their first submission to Nature. The journal rejected their manuscript, arguing that they had failed to prove that the cells had converted: perhaps they had simply isolated other stemlike cells within the tissue, or perhaps the samples had been contaminated with embryonic stem cells. Reviewers at Cell and at Science concurred.

[GOFのFI幹細胞の件12]
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

[GOFのFI幹細胞の件13]
若山研とヴァカンティ研の内輪の話を世間に持ち出したのは誰かということは繰り返しません。若山さんは本当のことも言えずにとても追い込まれてしまったんですね。でも最後まで論文がリジェクトされる可能性が高いと期待していたでしょうね。3誌のことがありますからね。論旨は何も変わっていない。リジェクトされて当たり前だ。加えてレターなんてと、その予測と笹井さんと丹羽さんの名声が結果的には災いしたんですね。とうとう通りそうになって、若山さんは万が一のために考えていたシナリオを実行せざるを得なくなったんでしょうね。通ってなかったら収まっていたかもしれません。2013年の8月に笹井さんと話をした。その時が最後のチャンスだったかもしれません。取り合えず以上です。私にとっての問題はこれからです。
  1. 2019/06/01(土) 10:37:51|
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