一言居士の独言

[連投1]
>>学さん
>遠藤解析によると、FI細胞のSNIPsをB６、non-B6との分類法で分けると、TSマーカの各SNIPごとのばらつきがみられることから（図2Cを参照）、FI細胞中の混入TS細胞は、B6でも１２９でもないマウス由来（CD1）との判定になるのです。

少なくともSox21に関してはESはいうに及ばず、他の細胞にも発現があって、Sox21が出ていたらTS細胞であるという意味で、Sox21がTS特異的マーカーであるという遠藤さんの主張はTs.Marker さんによって否定されましたね。ただ、Sox21がTS細胞内で重要な働きをしているという意味で、TS特異的マーカーであるかもしれないのは後の論文が明らかにしつつあるということですね。

[連投2]
遠藤論文が10%のCD1はTSであるという根拠はもはやElf5だけですね。Elf5はどんな場合もESには出ないのですか。Elf5は確かにTS特異的マーカーだと小保方論文には書かれています。ある幹細胞に特異的なマーカージーンって何でしょうね。Oct4が発現していたらES細胞なのならSTAP細胞はES細胞だということになります。ES細胞にはOct4の発現があるということですよね。逆は真ではない。そういう間違いが多い。Letter Extended Data Figure 5-e,fのGFPとBFPの共挿入ES細胞の入ったGOFのFI-SCではないのですか。これは若山研に無いESですから丹羽研の提供だとすると、CD1のTSも丹羽研提供ですから、このESもCD1であった可能性はありますよね。無論GOFのFI-SCはあったに決まっている。だって、小保方さんは黒いマウスを渡されているんでしょ。彼女は混乱の中で若山さんをかばうために何を渡されたか知らなかったとまで答えていますね。なんてかわいそうなんだろう。以上です。



[連投1]
>>楠本さん、Ooboeさん
>自分は全くのど素人なので・・・
>どれが漏れ出し画像なのかがよくわかりません・・・

Ooboeさん、お久しぶりですね。一度に大量投稿するとスパム的なものと機械が判断するようです。1,2日間書き込めなくなるので、一日の投稿量を自粛しています。
お問い合わせの漏れ出しの原理は分かっていません。世界中で誰にも分っていないという意味です。ニュートンは人間の知っていることは浜の真砂の一粒に過ぎないという意味のことを言っています。丹羽さんが初めて見つけましたが、理研での検証目的が違うので、原因究明はされないままに事実報告をされただけです。分かったと言ってる人は今のところ私は知りません。ただ、GOFマウスを設計した人は心当たりがあって報告されているか、何か調査中なのかも知れませんね。

[連投2]
まず最初に自家蛍光についてですが、死細胞は自家蛍光を発します。自家蛍光は死細胞だけではありませんが、今は死細胞だけに絞りましょう。次に当たり前ですがGFPは緑色にしか蛍光しません。そして自家蛍光は様々なスペクトルを出すということです。緑色に蛍光している蛍光顕微鏡映像を赤色フィルターに切り替えたとき、何も蛍光してなかったらもとの緑色蛍光はGFPの蛍光です。もし、赤色蛍光がでていたらそこには自家蛍光が含まれているということですね。
注意すべきは"含まれている"のであって元の緑色蛍光像にGFPの蛍光が無いということではありません。その識別はフィルター切り替えだけでは不能です。必要ならPCRでGFPの人工遺伝子の発現もしくは、免染でGFP蛋白質の存在を確認しなければなりません。

[連投3]
更に、注意すべきは死細胞は自家蛍光を発するが、死にかけの細胞は自家蛍光は発しません。以下は根本さんの紹介している有志の会の記事です。
>>
理研の広報室に自家蛍光の特徴を聞くと「死滅発光はだいたい一時間から三時間くらい。」との事

論文に添付されているライブセルイメージング編集動画において、3時間というのは30分インターバルの方で6コマ分なんですが、一秒間のコマ送りはほぼ9コマです。自家蛍光はその都度1秒間以内で消えているんです。マクロファージが掃除してしまうんですね。マクロファージは酸浴に強いみたいですね。

[連投4]
死にかけてるということはまだ生きているということです。そしてここでも注意すべきは、死にかけの細胞はOct4遺伝子を発現しOct4蛋白を作ることがあると言われていますが、これ自体は自家蛍光ではないということです。今、自家蛍光とGFPの話をしています。混同しないでください。GFPの蛍光と、内在性Oct4の発現もしくはOct4蛋白の発現を区別しましょう。
緑色蛍光に関して、以下の現象がありうるわけです。
①GFPのみの発現
②GFPの発現と自家蛍光の混交
③自家蛍光のみの発現
④丹羽氏発見の"常時"5から10%のGFP漏れ出し

[連投5]
①は赤が無ければGFPの蛍光ですが、④が常時あるということです。②と③は見ただけでは区別できません。④こそ、誰もが騙された当時未知のアーティファクトだったということです。
ここでもっと重要なことを確認しなければなりませんね。①だったからと言ってSTAP細胞が多能性細胞であるということには全然ならないということです。ES細胞は常時Oct4を発現しています。多能性維持のために不可欠な蛋白質だとされているんでしょ。でもOct4が発現したら、それは多能性細胞なのか。逆は真ではない。
STAP細胞が多能性細胞とされたのは遺伝子発現解析によるのではありません。若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。キメラができたから多能性細胞なんです。

[連投6]
沢山の人々が無意識にか意図してか、遺伝子解析結果から結論を導こうとしていますよね。これはレター論文を一から一言一句リヴァイズした笹井さんですら陥っている錯誤です。無論、笹井さんと丹羽さんの場合は、キメラができているという大前提があっての錯誤です。その証拠に手記127Pに丹羽さんの「浅い解析」という言葉が書き留められていますね。どうしてそんな「浅い解析」を放置できたか。若山さんがキメラができていると言ってるからです。その根本が動かない限りは遺伝子解析は後にちゃんとやればいいという判断になる。でも、キメラはスタンダードな意味ではできていないということだったらどうなるでしょう。
もし、レター論文の遺伝子解析結果だけでこの細胞は多能性細胞だなんて主張したら物笑いの種でしょう。若山さんはスタンダートな意味でできてないことを知ってるから、こんな論文は通るはずがないと思っている。他の人々はキメラはスタンダードなプロトコルに従ってできている。だからそれが通らないのは論文の書き方によるのだと思っている。

[連投7]
本当はキメラを何べんでも作って見せたらいいだけじゃないですか。それが実証科学というものだ。でも、書き方が悪いから通らないとされたら、通せと言われた人々はキメラ作成以外で査読者に疑われているところを掘り下げて説得するしかない。そんなことで論文が通ったら変でしょ。だから若山さんは通らないと思っていた。あるいは通らないことを祈ってたかもしれませんね。でも通ったんですよ。笹井さんと丹羽さんのクレジットが加わったからです。
もう書きすぎてますね。次回にしましょう。Ooboeさんの私の論考に関するご理解はほぼその通りです。以上です。

[連投8](昨日の続きです)
>>楠本さん、Ooboeさん

加えて、後の丹羽論文が発見した小保方細胞に関する新知見は、GFPの発現とは離れて、一回の実験で約30個のスフィア塊ができ、ひとつの細胞塊が約千個の細胞で構成されているとして、30000個の細胞総数ですが、その中で内在性Oct4遺伝子の発現量は、スフィア塊30個の20%、すなわち6個のスフィア塊の中に散在し、細胞個数に換算して6から12個分だということです。
小保方さんはハーヴァード時代に一回にこの30個程度のスフィア塊をたくさん作り、ひとつづつシャーレで培養してそのなかの20個に一つ50個に一ついう確率で三胚様分化を導きました(手記53P)。この結果は丹羽さんのPCR検証結果と一致していますね。このハーヴァード時代の細胞が何であったかはまだ分かっていません。小保方さんは震災がなかったらその研究を進めていたことでしょうね。

[連投9]
若山さんは真実を語るべきチャンスを逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって仏教の言うところの縁起ですよね。利害関係者らしいオホホ・ポエムに以下のようにありますね。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」
「ＣＤＢの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり」
「もうホント馬鹿じゃないかと」
「で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。ＣＤＢは５月末になってからやっと細胞の調査を始めた」
「けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のＥＳが同定ｗｗｗ」

[連投10]
情報は寺下さんからも入るんですね。無論寺下さんは若山先生方と単なる電話での会話をしているだけですね。それだけで情報は伝わる。
小保方さんが米国に帰ったところまでで何もとりたてて世間を騒がせるようになる要素はなかったところに、竹市さんがたまたま倫理委員会の席上で興味を持っていたところに、西川さんから小保方さんが米国に帰ったという話を聞いてURLに採用したらといったことが、オホホ・ポエムが<「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」>と言っている真意でしょうね。本音がでてますね。でも、因縁ですよね。倫理委員会で検討されたのは若山さんが自分の血液でSTAP細胞を小保方さんに作らせたことが機縁ですよね。因果は巡る。西川さんが最初に理研を辞任したのもこのURLの契機を作ったことが後ろめたかったんでしょうね。無論、こういうのは偶然に過ぎない。躓いたのは道端にあった石が悪いのかに類した話にしかならない。

[連投11]
繰り返しになりますが、若山さんは小保方さんに惚れ込んでいて山梨大に連れて行きたかった。向こうに連れて行ったら本当のことが言える。そしてちゃんとした論文を書かせてやろうと思っている。でも、ヴァカンティの手前、あれは何かのコンタミだったんだよと言い訳する準備もしておかなければならない。ところが小保方さんはどうも日本の研究室の因習が好きでなかったようですね。ヴァカンティのもとに帰ってしまった。助手の誘いをちゃんと断らないままにプイとヴァカンティの元に帰った。これは小保方さんを擁護する私であってもいくらなんでも礼儀を知らんと内心怒るでしょうね。ここは若気の至りも過ぎてると思いますね。礼を尽くして説明して断らないと失礼ですね。あれだけ世話になっておきながら、黙って帰るのか。そして他者の口を通して断ってくるのか。今まで引き延ばしてきていたのは何だったのか。

[連投11]
手記239Pに相沢さんが小保方さんに対して「身から出たサビだ」というくだりがあります。小保方さんは再現実験中に相沢さんのチームに所属していて、相沢さんは大学の大先輩だということもあっていわゆるベイビーシッター役を仰せつかっていますから、小保方さんから今までの経緯を聞いていて、気づくところがあったんではないですか。孫くらいの年の差です。
ここはどんな経緯なのかの調査がありませんから一方的な言い分だけを強調するのはよくないかもしれませんが、若山さんは総じてずっと小保方さんに対して優しいですよね。人に対して優しくて、相手のわがままに対して宏量の人ほど一旦憤ると内心収まりませんね。こういう人は我慢強いので本心を表情や語気に出したりはしませんよね。

[連投12]
こういう話は巷にあふれていて珍しくもない話ですが、そういう下世話なことも考えておかないと事件の全体像はつかめないかもしれませんね。
追い詰められて仕方なかったとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えています。この入れ替えが無いということが証明されていたら犯人は小保方さんですよ。その意味では桂チームの細胞の由来に関する解析結果は見事なものです。ただ、入れ替えがなかったことが一切証明されていないばかりか、理研はそれに関する問い合わせに対して言を左右にして答えませんから、この解析結果はA=Aだという馬鹿げた結果しか意味し得なくなっているんです。

[連投13]
入れ替えは一方的に若山さんが悪い。でも、相手は自分に対してあんなことしたやつだよということになるでしょう。万が一論文が通ってしまって、捏造だと騒がれたときはどうするのか。キメラは自分がntESで作ってしまっている。これはESコンタミだったと言い逃れるしかないですね。よく小保方さんに対してそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが若山さんに対して何をしたかを思い出さないといけませんよね。だからああいう下世話なことも考えておく必要があるわけです。
若山さんは本心では論文が通らずにうやむやになることを望んでいたと思います。でも、内偵させていることにもなっている小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いていますよね。

[連投14]
2013年8月に笹井さんにレターの件をむにゃむにゃと話したが、理解してもらえなかったということで、笹井さんにも責任著者の一人になってもらって、いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、11jigenにもリークしておいたということで、だから記者会見発表後すぐに大騒ぎになったわけです。
では若山さんはいつからそんな準備をしていたのか。最初はヴァカンティの特許仮申請ですね。あれは何かのコンタミだったようだという言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。ヴァカンティに対してはキメラができたのはコンタミだったと説明し得るようにするためですね。これはFLSのジャームライントランスミッション実験で、キメラの成長を待って行いますから5月から6月頃です。

[連投15]
ネイチャー論文ではマウス背景はGFPに関してヘテロだけしかありません。小保方さんはホモであった可能性を若山さんからにおわされて試料ラベルに+/-表示をしていますね。実際にはヘテロに結果が来たんですから論文にヘテロ表示している。ではホモであったということはいつ分かったのかというと、事件後の若山記者会見の席上です。僕のマウスはホモだったと言い出した。それならどうして論文を早く修正させなかったのかと言いたくなりますよね。責任著者でしかも実験の実行者じゃないか。
論文原稿も修正させず、ジャームラインがホモのはずがヘテロに来たと小保方さんに口頭でいっただけで事件化するまで何も言わなかった。なぜか。この言い訳は小保方さんが山梨についてきてくれていたらヴァカンティにする予定だった言い訳だからです。竹市さんが小保方さんを論文ごとURLにして奪い去った後にする予定だったものではないが、もはやそれしか道が無くなっていたんですよ。

[連投16]
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。更に2012年8月にはAC129の実験で小保方さんがそれをコンタミしたとしているが、この時の実験は小保方さんはキメラができていてローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれません。というのもFLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロールES株129B6F1ES-1で作られている。AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるんですね。木星リストの謎となってDORAさんが疑義していたところですね。以上です。私は先頭のJAKiのスレッドに行きます。こここそ、私の本当に知りたかったところなんです。
"学さんにお願いですが、あまりどんどん先に進まないでください。私は応答するのに
書き込み量制限があるんです。以上です。明日JAKiのスレッドに行きます。"

1. 2019/06/01(土) 07:39:50|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連投1]
>>楠本さん
>追記
ご存知だと思いますがこのブログの画像はパートナー氏が理研に開示請求した検証実験時の画像でスタップ論文の画像とは違います。

分かっています。私がSTAP論文のArticle Extended Data Figure4-dをいきなり持ち出したので説明不足が生じたようですね。

[連投2]
小保方さんはいつもの通りに酸浴させてSTAP細胞塊を作っていますから、ネイチャー論文のも、検証実験時の開示分も、STAP HOPE PAGEにあるものも、また相沢さんの論文のも、丹羽さんの論文のも、みな同じものです。論文のdimに関しては
①GFPの漏れ出しに強い発現と弱い発現が2対1程度にある。
②GFPの発現細胞の中に真正の内在性Oct4遺伝子発現細胞がごくわずかある。
と、解することができます。論文にはSTAP細胞からたくさんのテラトーマができていると書かれていますね。それがArticle Extended Data Figure4-dに掲げられている。

[連投3]
小保方さんはSTAP細胞に関してはずっとヴァカンティ足場を使用してテラトーマを作っています。なぜ、丹羽さんの指摘したようにあんなに少ない細胞からテラトーマができるかの秘密がヴァカンティ足場です。足場に培養液を含ませて5万個のスフィア構成している細胞を載せて、足場ごと皮下に埋納する。このやり方で、3/20、8/20できた。dimだけを使った結果は0/10ですね。実質的にはこのテラトーマライクは三胚分化実験に近いものですね。

[連投4]
なぜ漏れ出しというアーティファクトに強弱があるのかも含めて、漏れ出しの原理自体は分かっていません。
この酸浴実験というのはGOFのスペックとして想定されている実験ではありませんから、亜致死下に細胞を置いてもちゃんとGFPはOct4遺伝子と相関して働くなどということは確認されていない。プロモーターとの相関はあっても、そもそも核腔からmRNAが出てくる仕組みはそんなに単純ではありませんから、酸浴下でも、生きていて通常の環境にある細胞と同様に出てくるという保証はありません。これは専門家が研究すべき事柄なのであって実験もしないど素人が可能性を論じても取り留めないだけではないて゜しょうかね。以上です。



>>楠本さん
お返事がないところを見ると御納得がないということでしょうね。分かっていないことが含まれたままの状態で説明するのが難しいのですが、GFPの漏れ出しに関しては原因は分からないということです。でも、そのこととは別に、論文のテラトーマは本物であり得るということを申し上げているつもりなんです。なぜなら小保方さんは理研に来る前からヴァカンティ足場を使ってテラトーマライクを作っていますから、理研での酸浴時にも今までの物理刺激の細胞が含まれているならテラトーマライクはできるんです。その結果がアーティクルの表だと理解しているんです。以上です。

>>学さん
<あのね説続き2>に私の返事を送っています。アップしていただけませんか。あのままだとあのねさんは気づけません。以上です。


[連投1]
>>学さん
早速アップしてくださって有難うございます。今度は学さんへの返信です。
>
①②③のどれであるかわかりません。当事者は沈黙してますから。
しかし、実は、ここが一番大事なんです。何があったのか明らかにされないまま、小保方氏はESで捏造したとの話になっちゃったんです。STAP細胞の不可思議な点を、小保方氏の悪行に持ってかれちゃったんです。ＣＤＢ挙げての大捏造でなければ、ES説は可能になりません。ここを多くの一般人にわかって欲しいです。

[連投2]
①②③というのは以下です。
>>
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。(或いは若山さんの他の技術であっても、論文に書かれているものでない実験が行われていた。)

当事者たちはたくさんしゃべっていると思います。その証言同士が互いに矛盾しているところから誰が犯人かを演繹できると思います。学さんは私とは所見が違いますが、私の申し上げていることをいち早く理解して、先へ先へとスレッドを作ってくれていますね。その時に我々ど素人の理解の難しいであろうところをかみ砕きながらついでに教えてくれてますね。大変ありがたく思っております。

[連投3]
まず①に関しては、これを主張しているのは桂報告書で<当事者は>調査チームであって、決して<沈黙して>いません。ご承知の通りBCA報告に至ってはタイトルがSTAP cells are derived from ES cellsとそのものです。調査チームの調べた細胞同士の関係は以下であったと主張しています。
①FLS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)
②GLS→GOF-ES(学生が小保方さんに渡したntES)
③CTS→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)

[連投4]
④AC129→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑤FLS-T→129B6F1ES1(若山さんがFLS作成に関して作ったと主張するGFPホモのコントロールES)
⑥12/27テラトーマ→FES1(太田さんが実験にも使用せず作ってみたとされている岡部マウスとのF1由来受精卵ES細胞)

[連投5]
この報告は分析結果そのものは正しいのですが、サンプルの中身に関して真正性がまったく担保されていなくて、証拠能力がありません。このことは桂報告書が出てすぐに和モガさんが、これは中身が同じだと証明しただけで、中身の入れ替えが行われていないという前提の証明が無いと指摘されました。
その後、木星さんが、若山さんと理研はMTAも交わさずに細胞持ち出しが行われていること、太田ESが山梨大に送られたことまで調査し、Ooboeさんのパートナー氏がもっと深く調査して、結局、太田ESに関してはすべての試料が山梨の若山研経由していることがはっきりしました。加えて理研が太田さんに細胞を渡し、その容器を太田さんが理研に返していることまで突き止めています。

[連投6]
桂報告は事故コンタミであったことを可能性として否定していません。本人が全部持ち出したと言っている太田ESが使われていると主張していていながら、そんな置忘れサンプルがなぜ事故で解凍されるのかということを不審にも思わずに事故コンタミの可能性を残した非論理に彼らの嘘のしっぽが出ています。
事故でなかったら犯人がいるということです。ここで既に桂報告の論理は崩れています。事故なら犯人追及は不要で、実験に関わった若山さんか小保方さんが原因である可能性が一番高いのですから、どういう経過の実験であったのかを調査するだけで原因は分かります。そして原因が分かったら調査報告して終わりです。ところがそちらはやってない。

[連投7]
なぜ事故コンタミの調査をしなかったかというと、事故でないということを知っているからですね。無いはずの太田ESが使われていると分析結果が出たんだから、だれがこんなものを持ち込んだのだと考えるのが普通です。すると置忘れしかない。置き忘れられた細胞を誰かが使ったんだから、これを解凍した人は故意に解凍したに決まっている。そんなものを事故で解凍のしようがないでしょ。だから犯人は居ると知ってるんですね。
犯人の候補は三通りしかありません。
①若山さん
②小保方さん
③第三者

[連投8]
これですべてを尽くしてます。若山さんが太田ESをポトリと落として小保方さんのために偽キメラを作ってやる動機なんて知られていません。ラボ仲間が客員の小保方さんのためにポトリもなければ、ましてどこかからやってきた見知らぬ人がポトリはなおありません。従って犯人は小保方さんだということになる。だから、事故コンタミの可能性調査をしなかったんです。
では桂報告はどうして小保方さんが犯人だとはっきり言わなかったのか。小保方さんが訴訟するに決まっているからそれを逃れようとしたんですね。だから犯人は分からない、事故コンタミもあり得るとカモフラージュしました。自分たちは小保方さんが犯人だとは言ってないと暗に主張しているんです。小保方さんは抗弁しにくいんですね。

[連投9]
本当に小保方さんがES細胞で捏造したと分かっていたらそんなことをする必要はありません。訴訟は受けて立つべきで賠償金も請求できます。彼らは小保方さんが犯人だと証明できてないと分かっていたんですよ。若山さんも怪しいと感じていた。このことは手記227Pに川合理事の証言が書き留められていますね。
理研はたくさんのことを隠していて小保方さんの論文不正という落としどころに落とそうとしているのだということは誰でも薄々感じていることですね。独法の闇があってそれに触れそうになってる。だから文科省が裏でヒヤヒヤしていて蓋をしようとしていて、理研内部の調査チームにも圧力がかかっている。それで論理が支離滅裂になっていて、それでもお前さんたちは博士さんなのかと思わず笑いだしそうになるような非論理を言ってるわけです。これ以上連投いるととまた書き込み禁止になりそうですので今日のところは以上です。明日続きを書きます。

[連投10](続きです。)
桂チームは若山さんが怪しいとも思っていたんでしょうけど、文科省から圧力があって幕引きを迫られた。だから小保方さん犯人説で落としどころとせざるを得なかった。それと同時に若山さん犯人説でntESではないかとまでは気づけてなかった。どうしてかというと若山さんの動機が分からなかったんですね。これが分かったのは手記が出てからです。桂チームはもやもやとしたままで結論を出さないといけなくなって、当然予期される小保方さんからの訴訟を配慮して、それをかわすために犯人は分からないという屁理屈をしつらえた。そして事故の可能性も否定できないとやわらげた。世間は小保方さんが犯人だと思ったでしょうね。論理がそういう基本構造になってますからね。桂報告の内部矛盾に気づけない限りはESによる故意の捏造で犯人は小保方さんだと桂報告が言っていると解すのが普通ですね。これが狙いなんですね。

[連投11]
これで一件落着させたいんでしょうが、世間は納得はしてませんね。世間はこの細胞生物学の専門に関してはど素人ですが、各自みな自分の専門分野は持っていて、そこで使われている論理はこの分野と共通のものです。専門知識の壁に阻まれてしかとはその矛盾に気づきにくくされているから明確にできないんですけど、言ってることが非論理だなということは直感的にわかりますね。
なんかもぐもぐと怪しげなこと言ってるなという感じです。今新しいDORAさんのブログで問題にされている官僚制度の硬直化の問題ですね。いわゆる独法の闇、特別会計の闇ですかね。こちらの問題は世間の方がはるかに知っていて、関係業界にとって仕事がどこから来るかは自分の身につまされる問題で、裏事情はよく知ってる。学会も同じだということくらい一目です。

[連投12]
本当はSTAP事件は官僚制度の硬直化による弊害が遠因かもしれません。でもそんな迂遠なこと言ってても始まりません。
事件は2011年11月に顕微鏡下でキメラ胎児が光ったことから始まりました。CAG-GFPが光ったんです。その次に小保方さんがGOFマウスで作ったSTAP細胞でテラトーマを作ったものからAcr-CAGが出ました。桂報告書はこれをどこにあったかすらわからないFES1の混入と結論した。となると当然最初のF1キメラのGFPもAcr-CAGだということになります。

[連投13]
小保方さんはGOFマウスでテラトーマを作ろうとしているのですから、捏造するなら持っているとはっきりわかっている学生のGOF-ESを使いますよね。かといって若山さんが太田ESで捏造なんてするわけもないということになると、つまり、このAcr-CAGのF1マウスは若山さんが交配したもので、太田ESではないということになるんです。そして若山さんはF1キメラと同時にできたと言われている幹細胞を小保方さんのテラトーマの上から注射したんです。だからAcr-CAGが出たんです。

[連投14]
若山さんはどうしてそんなややこしいことをしているのか。それが分からないから桂チームがもやもやしてたわけですが、文科省の幕引き指示でああいう処理にするしかなかったんですね。このリクルートに関する動機は桂報告時点では若山さんと西川さん以外には誰もはっきりとは知らなかったのではないかと思います。我々世間がそのことを知ったのは手記が出てからで、しかも小保方さん自身はそれが原因だということに気づかないまま正直にあった出来事を書いているだけです。

[連投15]
①小保方さんは2011年の5月頃に若山研に入るよう若山さんから誘われた。
②それが契機で論文が出るまでの間はヴァカンティ研の所属で若山研の客員になった。
③酸浴GFP蛍光に成功したがキメラはできなかったので、どうやら論文をまとめて米国に帰ろうとした。
④そこにナイフ切り分けでできたと言われた。
⑤翌年になって今度は山梨大の助手で来ないかと誘われたが返事を留保した。

[連投16]
⑥4月にヴァカンティが米国特許仮申請した。
⑦ジャームライン確認実験の終わった5月頃若山さんがGFPが半々に来たと小保方さんに言った。
⑧8月頃若山さんが盛んに山梨に来るように小保方さんを勧誘した。ラボ仲間もついていかないとマウスみたいに食べられちゃうぞと加勢した。
⑨11月に小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったところに西川さんから理研に来いと誘われた。この時まで彼女は若山さんに助手の件を返事していなかった。
⑩そして小保方さんは若山さんのデータを持ったまま理研のRULに採用された。

[連投17]
この話は小保方さんが理研に採用されるまでの間全て内輪の話です。論文も三誌リジェクトされていて全然世間に出ている話ではありません。唯一問題なのがヴァカンティの仮申請だったんですが、これも内内の話しで、あれはコンタミだったらしいで終わり得ることでした。何も深刻なことはないわけです。でも理研が入ってからは後に引けなくなってしまいましたね。
最初のF1キメラが太田ESで作られたものではないということに納得があると、もう演繹的に論文通りの本物でもあり得なくなってます。本物だったら若山さんはあんな記者会見をする必要がないでしょうし、12/27テラトーマからアクロシンが出たのを太田ESだと言われて黙っていることもないでしょう。小保方さんはテラトーマに太田ESを入れるくらいならGOF-ESを入れるでしょうし、若山さんが太田ESコンタミなんてする理由がありませんね。だからntES化の別実験でできたキメラと幹細胞をそれと説明せずできたよと言ったんです。翌年まで引き留めておくための軽い一時的嘘です。

[連投18]
それがわかると、ヒートマップや遺伝子解析の問題で、CD45+細胞と酸浴STAP細胞は小保方さんの作ったそのままの細胞で、STAP幹細胞とFI幹細胞は若山さんのntESなのだと思っての結論にならなければならないということになります。その際に丹羽さんのみつけたGFPの漏れ出しとともに重要なのが、相沢さんの見つけたGapdh値の不安定性です。小保方さんの作ったミンチし、遠心し、FACSソートされたCD45+細胞と酸浴されたSTAP細胞の遺伝子解析はGapdhがあてにならないのに対して、若山さんの作ったSTAP幹細胞とFI幹細胞の遺伝子解析結果は普通に使えるものだということになる。

[連投19]
FI-SCの568のTs.Marker<やっぱりね>分析は若山さんのnt-ESのもともとの性質である可能性があるとみています。小保方酸浴細胞核を使うときに丹羽漏れ出しが前提されていると小保方さんの昔からの真正なOct4発現細胞に当たっている確率はとても低い。つまり、若山さんはただ単に普通のリンパ球の細胞核をクローン胚に入れただけの可能性が高いと推測されるんです。
そして、もしFGF4誘導によって、これに何か胎盤貢献能が付与されたとしたら、それはヴァカンティ研とは全く関係ない、ただ単に若山さんの発見であるにすぎない可能性もあります。そこには胎盤は本当に光ったのかという問題が横たわっているんですね。次の機会に卵黄嚢に関しての小保方さんと笹井さんの行き違いについて考えてみたいと思います。以上です。

1. 2019/06/01(土) 07:30:05|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連投1]
この場を借りてガンバレの楠本さんへの連絡をさせてください。
>>
学さんのブログで漏れ出し現象について言及しておられますが、OCT4-GFPが強く発現している画像とそうでない画像があると思うのですが、どう思われますか。

GFPの漏れ出しは丹羽さんの発見で、Oct4-GFP人工遺伝子が発現して、GFPという蛍光蛋白質が製造されて、紫外線を当てると緑色蛍光しているにも関わらず、肝心なOct4遺伝子そのものが発現してないという現象で、こちらはPCRで遺伝子の発現を確認し、発現していてもOct4蛋白が製造されているか否かは免疫染色で確認しますが、まずPCRでOct4遺伝子のmRNAが発現していないと言ってるんです。

[連投2]
漏れ出しの発見はそれ自体が一つの科学的発見で、だれかが興味を持ったら調べるでしょうから、丹羽さんはInterestingly と書いているんでしょうね。この調査を通して大発見が無いとも限りません。
どんな遺伝子も先頭にプロモーター配列がくっついていて、このプロモーターが体内の特定の蛋白質の増減に反応して本体の遺伝子が発現したりしなかったりする仕組みになっています。

[連投3]
Oct4蛋白質を製造する設計図であるOct4遺伝子にもそれを稼働させるプロモーター配列があります。対してGFP遺伝子はご承知の如くオワンクラゲが蛍光蛋白質を製造する仕組みを利用して目的の遺伝子の発現と対応させて光らせる人工遺伝子で、Oct4遺伝子がターゲットなら人工遺伝子をOct4遺伝子のプロモーター部位につなげたものをヴィルスベクターを使って核内の染色体に感染挿入させる。これで、内在性Oct4遺伝子が発現するときには、同時にGFP遺伝子も発現するという仕組みができる(人工遺伝子に対して内在性遺伝子と呼び分けている)。これがGOFマウスと呼ばれているものだと理解しています。

[連投4]
若山研ではこのマウスを使ってES細胞の研究をしていましたので、必要があって自家繁殖させていました。PCRでの発現確認はとても面倒なものなので、小保方さんはOct4の発現をリアルタイムで確認できるGOFマウスでやってみたかったという動機と震災の偶然が重なって、若山さんのところでこのGOFマウスを使っての酸浴実験を始めたら、たくさん光るようになったわけです。無論、若山さんも小保方さんもGFPの漏れ出しなんて、この時には知らないんです。

[連投5]
三胚様分化する細胞であるということに加えて事件のもう一つの原因になったのがこのGFPの漏れ出しというアーティファクトだったわけです。自家蛍光を識別できないなんて児戯です。博士さんたちですよ。蛍光顕微鏡の見方なんて一般教養レベルではないのですかね。この未知のアーティファクトがなかったら若山さんはこの細胞をntES化しようとは思わなかったでしょうね。博論の実験ですでに小保方さんのスフィア塊からはまともなキメラはできないと分かっていました。

[連投6]
小保方さんの三胚様分化実験でも20個に1個、50個に1個の成功率で、しかもティシュー論文では一個のスフィア塊の構成細胞が2000個以上とされている中のどの細胞が分化したのかすらわからないのですから、そのままでもう一度やろうとは思いませんね。フロリダ会議で"できてきている"のではないかと方向転換した実験の中で多数GFP蛍光が出た。この組み合わせで、若山さんはスタンダードなやり方ではキメラができないと結論された後に、ntES化を試そうという気になったのだと推測しています。このGFP確認された細胞ならクローン胚に入れられる。

[連投7]
若山さんは既に最初のGOFの実験時に同時並行でGOFのntES化を初めていると思います。最初からF1でやることはないでしょうね。ただ沢山光っているから、形態判断でF1も次にやってみて、小保方さんに最初に成功だと見せた胎児はCAG入りだということはレター論文のExtended Data Figure1-aを見ればわかる。しかもPCのプロパティに2011/11/28の4Nキメラとあって、加えて桂報告書によれば「129/Sv×B6GFP」が正しい書き方だと言ってるんですからGFPがヘテロに入っていると言ってることになる。
>>
なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。(21P)

[連投8]
このCAGはAcr-CAGだというのはそのあとの12/27テラトーマからアクロシンが出ていることで分かります。これは小保方さんが渡米しているときに若山さんが上から注射したんで、小保方さんはGOFマウスのSTAP細胞を使っていますから、捏造するなら学生のGOF-ESを使うに決まっています。小保方さんは捏造なんてしませんし、無論若山さんはなおさらです。若山さんは当時内示はされていたが、まだ山梨大に行くということが人事秘で誰にも言えなかったので、小保方さんに助手の条件を提示できないままアメリカに帰られそうになるのを止めるために一時的に"できた"と言っただけなんですよ。

[連投9]
ご質問の主旨はExtended Data Figure4-dですよね。dimからはできない。FACS選別したOct4-GFP+細胞からは3/20できた。目視でよく光ってる塊のまま入れたら8/20できたというものですね。
無論、このテラトーマ作成はヴァカンティ足場を使ったものだから、ほとんど三胚様分化実験をシャーレごと皮下に埋めたようなテラトーマで、ES細胞のスタンダードなプロトコルによるテラトーマとは違います。ティシュー論文と博論でもヴァカンティ足場を使ってます。理研でも12/27テラトーマは実験ノートにもそう書かれている。問題はNOD/SCIDが理研でも使われているのかどうかですが、少なくとも12/27テラトーマはヌードマウスですね。ティシュー論文と博論では明確にNOD/SCIDです。

[連投10]
問題は12/27テラトーマ以外はどうだったのかということですが、情報がありません。ここは査読者の質問もあってなぜNOD/SCIDなのかと問われていてアーティクルのマテメソにも炎症を防ぐためと書き込んでます。12/27テラトーマは最初使っていませんから、他の実験事実がそうだったのか、今までの実験のすべてを纏めるときにNOD/SCIDで代表させたのか、小保方さんの意識の中でどういう区別になっているのかはわかりません。以上です。

>>あのねさん
「あの日」66pは博論の話です。63Pから読み直してください。後に持ち去られたとおっしゃっているのは別件との混同です。それとFLSの命名者は若山さんで、Lはリンパ球のことです。はや飲み込みしないで注意深くお願います。

1. 2019/06/01(土) 07:26:42|
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[連投1]
>>学さん
ティシュー論文のFig.2のコントロールのESにそのCdx2の発現があることになっていて、対する各組織細胞から採取された細胞のスフィア塊からはいずれにも見られません。
The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers
(*ttps://www.researchgate.net/profile/Karen_Westerman/publication/47154811_The_Potential_of_Stem_Cells_in_Adult_Tissues_Representative_of_the_Three_Germ_Layers/links/556637fc08aefcb861d19869/The-Potential-of-Stem-Cells-in-Adult-Tissues-Representative-of-the-Three-Germ-Layers.pdf)

[連投2]
この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒ですらあったと思っていますが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラはできないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術でキメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。

[連投3]
ティシュー論文のすごいのは発見事実です。逆にその論理の運びはど素人が読んでも変ですね。笹井さんが12/11ヴァージョン原稿を初めて見た時の感想はこのティシュー論文を読むことで推察可能ではないでしょうか。彼女はFig2でただESとスフィアは違う多能性細胞だということを言うためにこの遺伝子発現解析比較をしている。このやり方は転じてネイチャー論文ではCdx2がES細胞では見られず、TS細胞は無論、STAP細胞とFI-SCには見られるという論理になってるんです。彼女はその矛盾に気づいていません。彼女が見ているのはスフィア細胞が三胚様分化したという事実、STAP細胞からキメラができたという事実、その胎盤が光ったという事実です。彼女の論理は個別の事実に対して"分かりやすい"説明可能なデータをつけることです。

[連投4]
そしておそらく"生もの"は死に向かって"川の流れのように"経過して行くものである以上、何事も厳密には繰り返し得ないものなのだという形而上学的な裏事情(エントロピー増大則ととらえればフィジカルかもしれませんが)を反映して、どんなデータでも何回も取り直していたら論理構成に都合のいいデータは得られるのがこの細胞生物学という怪しげな科学分野の陥穽なのだということは、西川さんもどこかで書いておられたのではなかったでしょうかね。自分も学生たちにもう少し頑張ってみろと指示したと。ガンバルって、何でしょうかね。

[連投5]
論文のキメラが嘘だと言われて通らないときには、論理をいじるのではなくて、何度でもキメラを作って見せたらいいだけです。それだけの話しで、論文の書き方が悪いから通らないのだと誰がいいだしたのか。理研の罪が一番大きいんですね。だから、本当のことを報告できないで、灰色のままに多くの人々を放り出して不幸にしてしまったんではありませんかね。理研という組織の罪は理事長が引責辞任された。しかし個別の個人の誰が悪いとも言えません。

[連投6]
若山さんは苦しかったでしょうけど、小保方さんをリクルートしたくてちょっと一時的に嘘をついていたのがこんなになってしまったと8月時点で言うべきだったでしょうかね。でも、それもあの時点ではこんな論文はリジェクトされるはずだという期待がありましたね。リジェクトされていれば何もなかったことです。仏教的縁起というものなのか、運命というものなのか。以上です。


[連投1]
>>学さん
質問してくださって有難うございます。
>
卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか？クローン胚って？どういう状態ですか？
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する

[連投2]
ご承知の通り、<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>といいます。そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。クローン胚から作るより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも若山さんの発見です。若山さんの研究室はそういう研究室です。
若山さんは、GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、キメラまではできないので、自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作り、通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたと考えています。説明の場を与えて下さって感謝いたします。

[連投3]
>>あのねさん
>自分なりの一つの根拠としたのは、理研の論文で「一滴の血液からクローンマウスを誕生させることに成功」から、CD45+である白血球から取り分けリンパ球は使えないことです。

了解いたしました。ただし、使えないとは書かれていませんし、リンパ球からも作られているのではないですか。ただ再構成されているような不完全な白血球を選ぶより、非リンパ球を使った方がいいに決まっているけれども、今までは選別手段がなかったが、我々がわずかな大きさの違いを識別してFACS選別できることを示したと主張している報告なのではないですか。

[連投4]
>論文通りならFACSでリンパ球を選別すると、その余りの非リンパ球を取り出すことができます。一方で極論すれば、実験で使用のたくさんのマウスの死骸から血液をシリンジで吸って薬剤を加えて遠沈すれば、非リンパ球層は分画されます。

厳密に選別できてないと実用にならないので、かの報告の主張となるのではないですか。それと遠心分離も厳密でないのではないですか。死骸である必要はないと思いますけど後の推測ストーリーと関係してるんですね。

[連投5]
>「あの日」66pでキメリズムが少ないけど１匹のマウスに２種類の遺伝子を持つことが解析され若山氏に報告されていることです。若山氏も「このSTAP実験系は本物だ。作法は違うけど立派なキメラマウスを作ってやろう」と考えたと思います。

時系列が違っています。博論の実験では直接血液は使っていません。東京女子医大でB6のCAG-GFPマウスを購入してその骨髄からのスフィア塊を若山研に持ち込んでいます。若山さんの指示です。ティシュー論文でも骨髄を使っています。ただ、この事実はとんでもなく大きな問題をはらんでいます。

[連投6]
丹羽検証によって真正のOct4遺伝子発現している細胞は30個のスフィア塊に最大12個程度しかないと分かっています。約3万個に12個です。2500個に一個の割合です。この時若山さんはトリプシンでばらして一個ずつ挿入している。二回の実験で300個程度のキメラ胚ですが、20個づつ入れたとして6000個の細胞をインジェクトしている。そこに当たって一本の毛が黒かったので剃毛して皮膚を見たらそこも黒かったということですね。

[連投7]
骨髄には造血幹細胞があります。このころには成体幹細胞はインサイチュでその組織にしかならないとのみ考えられていて、それを外に取り出した人はいない。しかし、STAP論文が発表されて後、先に見つけられていたムーさんの筋肉細胞からインサイチュでリプログラムされていることが分かっていた幹細胞に、キンガ・ヴィニーツはiMuSCs(injury induced muscle-derived stem cell-like cells)という名前をつけ、それを外に取り出して、三胚葉に分化させ、テラトーマとキメラ形成させました。
ティシュー論文でもし小保方さんが造血幹細胞を三胚葉分化させていたのなら、世界で初めてそんな破天荒なことをした人は小保方さんであったということになるんでしょうね。ただし、小保方さんは実際には各由来組織からスフィアを作ってまたも三胚葉分化させています。確率的には成体幹細胞であったとも思えないところで、やはり刺激惹起かなとも思えますね。ただし、清成さんはできませんでした。こちらの原因も考えないといけませんね。

[連投8]
私は別にntES論にこだわってはいません。事件の解明だけが目的で考えています。
①ESコンタミだった。
②本当にできていた。
③ntES化されていた。(或いは若山さんの他の技術であっても、論文に書かれているものでない実験が行われていた。)
どれかですが①はもはや我々の間ではあり得ませんね。この①の否定はまだ0oboeさんとパートナー氏、そして楠本さんたちが追っておられますね。
②を主張する人たちはできているのになぜ若山さんが取り下げたのか、また、なぜ再現検証実験でキメラができなかったのかの理由を見つけなければなりません。③は手記にある小保方さんがリクルートされている事情との関連をよく説明できてるんです。私は今のところまだ③にいます。
連投するとリジェクトされるのでこの辺で以上とします。

1. 2019/06/01(土) 07:20:02|
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[連投1]
>>あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。

[連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv　(未調査)
④SRR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv　(未調査)

[連投3]
⑤SRR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)

[連投4]
⑨SRR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

[連投5]
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)

[連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)

[連投7]
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投8]
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

[連投9]
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)

[連投10]
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)

[連投11]
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)

[連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
②SRR1171571　若山 　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
③SRR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
④SRR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投13]
⑤SRR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑧SRR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投14]
⑨SRR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑩SRR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投15]
あのねさん、とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のFI-SC細胞のTS特異的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。私はジムさんの*ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28578813.htmlに居ます。

1. 2019/06/01(土) 07:14:10|
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