一言居士の独言

[連投1]
>>学さん
>この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな？と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか？と想像します。

大まかにそういうことだと思います。

[連投2]
ただし、STAP細胞を作らされているということはその都度どんなマウスを渡されているかはわかっています。GRASへの解析依頼に関しては基本、長である若山さんの依頼認可が必要ですから若山さんの指示で行っていて、この手伝いを詳しい先輩(共著者の野老博士さんだと思います)が手伝ってくれたと手記では説明されています。従って小保方さんが全く関与していないということはないですね。ただ、笹井研に移ってからの分析は小保方さんが行っていて、このヒートマップは同じく共著者の門田さんの仕事ですね。笹井さんがかわいがっていた人のようです。

[連投3]
GRASからの再度サンプル提出要請はないです。彼らは提出されたものを分析するだけです。再提出しているのは笹井さんや小保方さんです。樹上図がうまく理屈どうりにならなかったからですね。丹羽さんのCD1のTSは若山さんの作ったTSが分化していたらしいという理由で提供されたものです。これは報告書に書かれています。ところが遠藤さんが分析した二つのTSラインはB6と129のF1だという結果になっている。でも登録はTSは全部CD1になっています。Ts.Markerさんの分析の記事のところにも書きましたが、この登録事務時にも何か混乱があるようだと推測しています。というのもあまりに矛盾が多いんです。

[連投4]
で、肝心のヒートマップですが、まず最初のaはSTAP細胞の全RNA発現遺伝子ですね。それに対してESとSTAP-SCとTSとFI-SCの同じ遺伝子発現がどうであるかと比較されている。STAP細胞が基準ですからこのときのSTAP細胞に例えばSox21が発現していなければ、他の細胞には発現していても項目には上がりません。そういう比較ですね。bは同様にES細胞基準です。
二つの問題があると思いますね。
①酸浴されているのはSTAP細胞だけで、GRAPDH値が他と違う。
②時々の細胞の状態によって発現RNAが変わる可能性。特にSTAP細胞はまだ確かな幹細胞であると確定していない。

[連投5]
①は相沢論文に論じられていることです。ハウスキーピング遺伝子が動いたら比較はできません。
②はキメラができたとされているから笹井さんたちが油断したんで、これがまだ博論段階の研究だったら、こんな分析は何も言えてることになりません。でも、キメラはできていて、STAP細胞は幹細胞だと、小保方さんは言うに及ばず、笹井さん、丹羽さんも含めて若山さん以外の関係者全員が信じているんです。事件は単相ではありません。以上です。
(追伸)丹羽論文記事のところにもコメントしています。こちらは受け付けられていますが、まだアップされていません。お気づきでないのかとも推測しています。





[連投1]
>>学さん
自家蛍光はいろんなスペクトルを出すので、緑色フィルターだけで見るのではなくて、赤色フィルターでも見ますね。因みにライブセルイメージングでは同時に多画面を見れるので、緑も赤も同時に確認されたら自家蛍光が混じってることだけはわかりますが、手記にある通り、小保方さんはキメラ成功前から若山研でライブセルイメージング実験をラボメンバーに手伝ってもらって自家蛍光確認も行っています。(86P)

[連投2]
実験の都合次第で自家蛍光の無いものだけを取り出すこともできるでしょうし、自家蛍光の混じっている細胞しか観察されず、加えて必要があるなら、緑色蛍光が本当に挿入マーカー遺伝子の蛍光であるかどうかは別の手段で確認できますね。
①挿入人工遺伝子の存在をPCRで確認する方法
②マーカー標的している目的のmRNA自体の存在をPCRで確認する方法
③目的のmRNAの発現結果であるタンパク質の存在を免染確認する方法
丹羽さんは取り混ぜてすべて行っていますね。

[連投3]
自家蛍光の存在は蛍光顕微鏡を見るときの初歩知識で、関連の専門家ならだれでも知っています。STAP細胞の緑色蛍光を自家蛍光だと最初にいいだしたのがノフラーさん、日本では関さんですが、若山さんの人脈ですね。ノフラーさんのブログで、誰かさんがハアイ、ポールと呼び掛けて問答があるのですが、対してTs.Markerさんの<やっぱりね>質問はガン無視されていることはご承知のとおりです。

[連投4]
>>ＧＯＦマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、ＯｃｔｍＲＮＡと、蛋白産生が見れています。

ここは自家蛍光もあったかどうかは確認写真がありませんが、ただ、自家蛍光の無いものを使っているということでしょうね。アルブクレマウスですね。僕の勘違いは後で述べます。

[連投5]
>>ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か？とのことのようです。

これはFigure3-aのことをおっしゃってるのだと思われますが、コントロールのES細胞ではCAG-GFP遺伝子と内在性Oct4遺伝子の発現量がそれぞれ1に設定してあり、赤と緑の棒グラフで示されていて、それに対して、GOFマウスの肝細胞を乖離した時点で既にOct4-GFPが対数スケールで7%程度発現している。ATP処理しても8%程度、HCL処理すると10%に近いという結果ですが、それに対する内在性Oct4遺伝子の発現は検出限界のゼロです。つまりGFPは光ってるが肝心の内在性Oct4遺伝子の発現はほとんど無いと言ってるわけですね。

[連投6]
これはqPCRの検証でmRNAそのものを検出しているのでもちろん自家蛍光の問題なんかとは無関係です。Oct4-GFP人工遺伝子は発現しているが、内在性のOct4蛋白質を作る遺伝子そのものは発現してないという結果ですね。丹羽さんはそのGFPの異常発現をleaky expressionと言ってますが、原因には触れていませんね。
Oct4-GFPの設計は内在性のOct4遺伝子を動かすためのプロモーターと同じものをGFP製造プログラムにつなげていますから、一方が動き出したら他方も動く仕込みです。でも生体の中でのことですから、酸浴亜致死下では双方の発現がどうなるかまでは考えられていませんよね。

[連投7](ヤフーの書込不可表示で中断してました。)
またコントロールのESのGFPはCAG-GFPです。なぜOct4-GFPマウスのESを使わなかったのか、そして、ES細胞を酸浴させるとそのOct4-GFPの発現がどうなるかをどうして確認しなかったのかという問題もありますが、理研の予算を使って特許申請維持できるのかということを確認するための実験をしているわけですから、Oct4-GFP人工遺遺伝子の設計が酸浴などという非常識な条件下に対してどうであるかということを研究するのが目的ではないわけですよね。そんなこと始めてたら検証は延々終わらないことになります。

[連投8]
では、理研に来る前に小保方さんが追及していた細胞は何であったのかというと、無論、ハーバードと東京女子医大時代に小保方さんはGFPなんて使っていません。qPCR検証です。丹羽さんはFigure3-aの実験で、酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールをES10個分にしました。その結果が小保方さんが理研に来る前から追いかけていた細胞のようですよね。

[連投9]
丹羽さんの検証では一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかすら分からない。たくさんの数の細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。しかし、その一個にES細胞1個分の発現量のある酸浴細胞が1個でも存在していると大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を何十回も行って何百個のスフィア塊を使って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。(手記53P)それが今あるティシュー論文でヴァカンティが今もなお特許申請継続している実験結果です。

[連投10]
物理刺激と酸浴刺激の違いはあるが、小保方細胞の出現経過は共通しているのではないでしょうかね。無論、こんな微量な細胞でキメラがネイチャー論文のようなあんなに高い確率でできてくるわけがありません。キメラは若山さんの曰くつきの"いたずら"です。ただ、その曰くはともかくとして、そんないたずらが可能であったのは丹羽さんが見つけたGFPの漏れ出し現象があったからです。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも思い込んだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると思いこんでいるんです。だから騙され続けた。二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたんです。

[連投11]
若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。自分がキメラ実験してますからね。ただ、GFPの光っていることが内在性Oct4発現と対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていません。若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。それはいたずらなんかじゃない。正真正銘の科学者の好奇心ではないですか。そして実際にそれを行ってキメラと幹細胞を作ったが、その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんです。その因果がここまで事件を引っ張ってきたのだとみています。

[連投12]
>>つまり、ＡＴＰ酸浴後肝細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。
>>ＴＳさんの解析でも明らかなように、ＳＴＡＰ細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

その通りだと思います。いや、ハーヴァード時代からその意味では彼女の細胞は本物です。

①ハーヴァード以来の小保方細胞
②理研での酸浴細胞
③若山さんの曰くつき"いたずら"キメラと幹細胞

三つを分けて考えるべきだと思っているんです。

[連投13]
>>ExtFig4aの蛍光図は、肝細胞であることをしめす緑色蛍光です。・・・the cell aggregates were derived from 8-days old of Alb-cre/Rosa-GFP Tg mice.

ご指摘有難うございます。僕は以前からOct4-GFPだと勘違いしてました。3個目のスフィア塊にOct4蛋白染色がないのにGFPが光っているのを漏れ出し原因だと思ってました。ただExtFig4aはFig4aですね。

[連投14]
>>凝集塊は1０個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。

ティシュー論文に「Individual spheres possessed >2000 cells.(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)」とあります。STAP論文にもどこかにあったと思いますけど今見つけられません。いずれにせよ、勘違いなさっておられるので、図のブライトフィールドの三番目のスフィア塊の直径上に並んでいる細胞数を数えてみてください。12個程度でしょ。半径が6個のスフィアの体積は4πr^3/3で904個程度と逆残できます。写真はパラフィン固定して薄くスライスした中央付近の断面です。上は桑実胚なので16細胞期ですが、下は胚じゃなくてスフィア塊です。若山さんがナイフで切り分けてインジェクトするあれです。以上です。

連絡
>>学さん
場違いなところに前回の残りを投稿してすみませんが、ヤフーがおかしいようです。途中で投稿できなくなりました。以下のような表示です。(一部です。)
>
ご覧になろうとしているページは現在表示できません。
ご不便をおかけして申し訳ございませんが、お客様がご覧になろうとしているページは現在表示できません。 一時的なエラーですので、しばらく時間をおいてから再度お試しください。
もし、何度もこのページが表示される場合は、以下をご確認ください。・・・

1. 2019/06/01(土) 07:09:01|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連投1]
>>Ts.Markerさん
私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの分析したライン別に記載されてください。

[連投2]
このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568,CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowtie2,TopHat2)
SMARTer=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。

[連投3]
ご承知の通り、このデータの整理は相当の混乱があって、2年間のデータを合わせて整理されていて、かつ、いつ誰がどういう経緯で登録したのかもわかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが中身がそれぞれ全く違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591はB6と129が出ていて若山さんの作ったF1のTSのようです。この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければ後の検討に差し障る理由です。以上要望でした。



[連投1]
>>学さん
アルイミオウジ氏も気づかれていなかったですが、～10は肩の小さい3が脱落しているんです。10の三乗です。つまり～1000で、スフィア塊は最大1000個程度の細胞で構成されているという意味です。このことはスフィア塊の写真を見ればわかる通りで10個以下なんてことはあり得ませんし、球を想定して計算しても1000個程度とわかりますし、ティシュー論文以来細胞塊は約1000個の細胞でできていると書き継がれていることでもあります。誤植の類なんですけど、あの分析に丹羽さんが10個のESを基準にしていることでなんとなく曖昧に気づかずに読み過ごされていることが多いようです。

[連投2]
（図3b）は約1000個の細胞で構成されているスフィア塊を10個のES細胞のマーカー遺伝子発現量と比較したものが19例並べてあるグラフです。メモリは対数表示で、Oct4に関して言えば0.1のライン以上が4例あるということです。10個のESの発現量との比較ですから、0.1の近辺では1個分が発現しているということです。1000個の中の1個です。しかも比較的発現のある19例を並べてあるんですから、何もない事例もあるということです。1000個の19例だと19000ですが、スフィア塊は20から30個程度形成されたと書かれています。で、結果的に最大30スフィアの20%つまり最大6個のスフィアのそれぞれに1個か2個の内在性Oct4遺伝子発現があった。つまり最大12個あったという結論なんです。それは最初の50万個の細胞に対しては0.0012–0.0024%であるということですね。

[連投3]
これでもティシュー論文では試験管内三胚葉分化も足場付きテラトーマならできているわけです。それは大量に入れた細胞の中の一個でも多能性細胞であれば分化するからですね。これが今でもヴァカンティが特許申請継続している理由です。でも、相沢さんと丹羽さんの検証目的は理研の名前で出しているネイチャー論文の骨子通りに特許も申請していますから、キメラが再現できるか否かだけが検証の目的で、理研の予算を使って行っているのですから、ティシュー時の細胞が何であったかなどという検証はやれません。目的が違うということです。結果は、再現できないから特許申請は取り下げるというものです。

[連投4]
そこの理解に関して一致できれば、今度は丹羽論文の曖昧さに関しても指摘できることになると思います。ES10個分の発現量と比較して0.1は確かに1個分ですけど、これは必ずしも一個だとは言えませんよね。1/100が10個集まったら1/10です。1/1000が100個集まっても1/10です。とても微量な発現がたくさんあるという可能性を否定できていませんね。

[連投5]
（図4a）に2個のスフィア塊の中で11個のOct4発現個別細胞が免染で黄色く着色されているのが見えます。結論には6個のスフィア塊の中に1から2個だったはずですね。これは1から2個分の発現量と読み替えないといけないんでしょうね。
>>However, the frequency was very low; 5 × 10^5 liver cells yielded only ~30 cell aggregates, in which about 20% of the cell aggregates contained 1–2 Oct3/4 positive cells, indicating a frequency per seeded liver cell of 0.0012–0.0024%.

[連投6]
このことはGFPの蛍光に関しても言えるかもしれません。Ooboeさんのパートナー氏は予備的再現実験時の小保方さんの作った自家蛍光ではない沢山の蛍光細胞の出現写真をガンバレブログにアップされています。亜致死酸浴下条件でOct4-GFPが内在性Oct4遺伝子発現に正確に比例して発現するのか否かはわかっていません。こんな実験をしたのは小保方さんが初めてだからです。丹羽さんも1割程度の漏れ出しという現象を発見しています。分かってないことが多いですけど、前述した通り理研の検証実験は特許申請維持の可否検証が目的ですので多くを要求することはできませんね。事件は複雑なので、多面的に検討していくしかないと思っています。以上です。

1. 2019/06/01(土) 07:06:03|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[連投1]
>>Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。Sox21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。

[連投2]
>>学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSox21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のものでなければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあってはなりませんよね。

[連投3]
アクロシンの件は、2014年になった事件後、第三者機関の分析結果を、遠藤さんが、若山さんを経由して、入手し、アクロシンだと言い出したものです。2012年時の研究中のGRASへの試料持ち込み経緯とはまた別件です。これから検討することになります。

[連投4]
>>Ts.Markerさん
あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?

そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565,566です。無論あなたも解析されている。これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。

[連投5]
そして、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にあるようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに一般的でないSox21を入れたのか

[連投6]
現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、この話も今はやらないようにしましょう。

[連投7]
学さんが学さんらしく直感で先走られているように、アクロシンが入っていると言い出したのは若山さん言い出しっぺの第三者機関解析データ経由の遠藤さんです。そして遠藤さんが565,566にコンタミがあると言ったんです。そしてTS特異的マーカーがあるから、TSのコンタミだと言ったんです。桂チームはTSのコンタミだとは言ってなくて、別の細胞でCD1である可能性が高いものが1割程度と言ってる。

[連投8]
ここはExtended Data Figure 5-eにあるBFPとGFP共挿入ESの提供元が丹羽研であるとマウス背景がCD1である可能性が出て来るところです。この実験はGOF由来FI-SCに10%の共挿入ESを混ぜている。
TSの混入を言い出したのは遠藤さんです。その根拠にSox21が使われている。ESであった可能性を先回りしてつぶしていることになりますね。以上です。ここまでのところの御批判をいただきたい。

1. 2019/06/01(土) 07:03:14|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

一言居士
[連投1]
>>学さん
議論の場をしつらえて下さって有難うございます。

>>Ts.Markerさん
論文のご紹介有難うございます。

[連投2]
論文発表の時系列順序は以下です。
(小保方論文　Published online　29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文　published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency

[連投3]
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales　論文　Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence

[連投4]
上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初からお気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うようアドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているデータを解析した時にTS細胞分とFI-SC分にSox21発現があったから。

[連投5]
①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことはもっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析したの中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。

[連投6]
はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果、後の論文にあるようにそれが今他者の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。

[連投7]
もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんにアップしていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを調べられて、ある程度分かっているのをES特異的マーカージーンと呼んでいるんですよね。逆にどんな細胞でもOct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そしてそこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。

[連投8]
もし、②が原因で遠藤さんが

(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

とされているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にもなりませんね。ただし、ややこしいのは、遠藤論文の論旨に従ってこのSox21遺伝子のSNP痕跡をトレースに使っているところがまたよくわからない論理になってますね。でもそこは後の問題としましょう。

[連投9]
ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題があるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んでいることが、すべての無反省で不注意な解析になっている遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを御批判いただきたい。

1. 2019/06/01(土) 07:01:06|
2. 学さんブログ検討記録
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[連投1]
>>Ts.Markerさん
私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が早いです。ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。
という根拠論文に関する質問です。

[連投2]
事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されているようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点をお知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する

[連投3]
あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そしてLさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

[連投4]
あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのままこれはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーであるCdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

[連投5]
一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文でTS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としてもSox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。

[連投6]
私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしかヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21

脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。

[連投7]
そこで私の予備的質問は以下です。

Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。

以上です。因みに私はこの議論がレター論文のヒートマップ分析の意味に関しての検討に繋がっていくことをとても期待しています。

1. 2019/06/01(土) 06:59:40|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0