一言居士の独言

[連投1]
>>あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。

[連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv　(未調査)
④SRR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv　(未調査)

[連投3]
⑤SRR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)

[連投4]
⑨SRR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

[連投5]
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)

[連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)

[連投7]
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投8]
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

[連投9]
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)

[連投10]
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)

[連投11]
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)

[連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
②SRR1171571　若山 　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
③SRR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
④SRR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投13]
⑤SRR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑧SRR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投14]
⑨SRR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑩SRR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)

[連投15]
あのねさん、とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のFI-SC細胞のTS特異的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。私はジムさんの*ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28578813.htmlに居ます。

1. 2019/06/01(土) 07:14:10|
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