一言居士の独言

アーティクル論文のマテメソにF1マウスを使った時の細胞の選別方法が以下のようにby their characteristic cluster morphologyと書かれていて、その特徴は (they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate)と書かれていますね。
>>
For experiments using STAP cells from CD45+ cells without the Oct4-gfp reporter, STAP cell clusters were identified by their characteristic cluster morphology (they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate).

very small cellsがどのような大きさかをES細胞と比較したのが以下の写真です。以前楠本さんにお願いした写真をやっと自分でも作れるようになりました。ど素人なので横並びはむつかしくてエクセルに貼り付けました。胚盤胞の大きさを罫線で合わせています。




どれほど小さくてそして、彼女が書いているようにばらばらになりやすいかをもっと拡大して示しましょう。



カット前との比較です。




彼女はティシュー論文時の小さな細胞を探していた時の思考習慣からSTAP細胞は小さいと思っていますからそのように主張もしているのですが、理研ではリンパ球を使っています。もともと細胞が小さいんですね。彼女のこういう勘違いは例えばライブセルイメージングで蛍光細胞が動いていることをアメーバの義足に比較して述べていますが、無論これはマクロファージが引っ張っているから動いている。そういう勘違いは多いんですけど、書いていることに嘘はないんですね。

アーティクルにあるナイフカット移植写真は若山さんが小保方さんの持ってきた細胞を実際に移植しているところを撮影したデモ写真です。小保方さんに騙されて太田ESを渡されたものがこの写真であるわけがないでしょう。ES細胞の大きさは胚盤胞期のインナーセルマスの大きさとほぼ同じです。このデモ写真の通りに移植されたものが本当に論文通りにキメラになっていたのなら、若山さんは論文を取り下げるのにあんなに必死にはならなかったでしょうね。

問題はこのデモ写真がいつ撮影されたものかということですが、仮に三誌に載せられていたとしたら査読者は何か触れたはずですが、知られている範囲では何も書かれていない。これがあればむしろES細胞では無いということを査読者たちにアピールできたでしょうけどね。ESのコンタミだと思われているんですね。
笹井さんは逆に再投稿ネイチャー論文でこの写真を若山さんに撮影してもらうよう依頼することを小保方さんに指示したかもしれないですね。その場合は2013年の3月に投稿した初稿に間に合うように撮影してもらってるでしょうから、まだ若山さんは理研に居るわけです。もしその依頼を断ったら何か隠し事でもあるのかと疑われますから当然引き受けるが、その時にES細胞を使ったら小保方さんに指摘されてしまう。仕方なく小保方さんの作ったままの細胞塊をナイフカットして太めのチューブで挿入した。そういう風に疑うこともできるわけです。

でもその場合は若山さんはこの時に初めてナイフ切り分けでしかも太いパイプを使ってこの写真を撮ったことになる。それも不自然ですね。この写真はまだ初期のころに撮られて小保方さんに渡していたものである可能性もありますね。それはまだ小保方さんを勧誘しようとして自分の技術を彼女に見せて自分たちの仕事に誘い込みたいという動機も兼ねて、実際にはキメラはこのようには作られていないが、ナイフカットという技術のデモとして撮影して渡されている可能性もある。

笹井さんは弁明記者会見でES細胞を若山さんに渡したら若山さんはすぐ気づくと説明しました。そのことは上記貼付した比較写真を見れば誰にでも納得できることですが、その時には記者会見での質問に答えただけですから、そこまで詳しく見て資料を作ってるわけではない。ただ小さいというのは論文もリバイズして書いていて知っているし、この移植写真も見ているわけです。この比較写真を後に作って示すこともできたでしょうけど、笹井さんはノイローゼになってしまいましたね。若山さんに対して何で嘘つくのと指摘するなんて信頼している人に対してできませんね。なんでこんなことになったのかとは質問したいでしょうけど、若山さんは話し合いに応じませんでしたね。そもそも著者間での話し合いを拒否しているのは若山さんです。笹井さんの何でこんなことになったのかという悩みはとてもよくわかりますね。若山さんがおかしいとは分かってる。でも、そもそも論文のリヴァイズを手伝ったのはその若山さんのためにもという善意がベースなので、どうして彼が話し合いにも応じないという態度になって行くのかわからなかったんですね。何か自分が強引なことをしてしまったのかという不可解な自責もないまぜになっている。この心理は小保方さんの逃避行にも見えていますね。何が何だか分からない憤りですね。

2013年の8月に若山さんが笹井さんにメールを送って責任著者を降りたいと相談したと本人が記者会見で語っている。そのときに実際に会ってよくよく話を聞いてやればよかったのかと、後になって悔やまれるというような事情ですね。むしろその時は自分の方が熱くなっていて、大丈夫だよ、君のためだよというような、若山さんの気持ちに対しては頓珍漢な対応をしてしまったのではないかという確信の無い自責ですね。何しろどうしてこういうことになるのかが分からない。責任感の強い人は往々にしてああでもないこうでもないと迷路に入り込んでこうなりやすいですね。鉄ッツアンみたいに知ったことかと居直れない。居直って生きていれば時間が解決していく問題もありますね。


どうですか。鉄さん。

1. 2019/07/24(水) 08:33:13|
2. STAP事件
4. | コメント:25

今、誰か俺を呼んだか?

1. 2019/07/24(水) 14:45:57 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

気のせいだよ、鉄。

1. 2019/07/24(水) 14:46:54 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

アーティクルのマテメソは以下よ。
>>
Chimaeric mouse generation and analyses
For production of diploid and tetraploid chimaeras with STAP cells, diploid embryos were obtained from ICR strain females. Tetraploid embryos were produced by electrofusion of 2-cell embryos. Because trypsin treatment of donor samples turned out to cause low chimaerism, STAP spherical colonies were cut into small pieces using a microknife under the microscope, and small clusters of STAP cells were then injected into day-4.5 blastocysts by a large pipette. The next day, the chimaeric blastocysts were transferred into day-2.5 pseudopregnant females. For experiments using STAP cells from CD45+ cells without the Oct4-gfp reporter, STAP cell clusters were identified by their characteristic cluster morphology (they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate). When the STAP conversion conditions (low pH) were applied to CD45+ lymphocytes, most day-7 clusters that were large and contained more than a few dozen small cells were positive for Oct4 (although the expression level varied).

1. 2019/07/24(水) 14:47:45 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

翻訳機。お訳し。

1. 2019/07/24(水) 14:48:35 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

へいへい。
>>
キメラマウスの生成と分析
STAP細胞を用いた二倍体および四倍体キメラの産生のために、ICR系統雌から二倍体胚を得た。四倍体胚は2細胞胚の電気融合によって産生された。ドナーサンプルのトリプシン処理は低キメラ性を引き起こすことが判明したので、顕微鏡下でマイクロナイフを使用してＳＴＡＰ球状コロニーを小片に切断し、次いでＳＴＡＰ細胞の小さなクラスターを大きなピペットで４．５日目の胚盤胞に注入した。翌日、キメラ胚盤胞を2.5日目の偽妊娠雌に移した。 Oct4-gfpレポーターを用いないCD45 陽性STAP細胞を用いた実験では、STAP細胞クラスターをそれらの特徴的なクラスター形態により同定した（それらは非常に小さい細胞が強い圧縮を伴わない凝集体を形成している）。 ＳＴＡＰ変換条件（低ｐＨ）をＣＤ４５ 陽性リンパ球に適用した場合、大きく、数ダースを超える小さい細胞を含む７日目のクラスターの大部分が（発現レベルは変動したが）Ｏｃｔ４陽性であった。

1. 2019/07/24(水) 14:49:26 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

はい続きよ。
>>
Therefore, we used only well-formed characteristic clusters (large ones) for this type of study and cut them by microknife to prepare donor cell clusters in a proper size for glass needle injection. For an estimate of the contribution of these injected cells, we used STAP cells that were generated from CD45+ cells of mice constitutively expressing GFP (C57BL/6 line with cag-gfp transgenes; F1 of C57BL/6 and 129/Sv or DBA/2 was used from the viewpoint of heterosis).
Because the number of CD45+ cells from a neonatal spleen was small, we mixed spleen cells from male and female mice for STAP cell conversion. To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.

1. 2019/07/24(水) 14:50:42 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

へいへい。
>>
"したがって、我々はこのタイプの研究にはよく形成された特徴的なクラスター（大きいもの）のみを使用し、それらをマイクロナイフで切断して、ガラス針移植に適切なサイズのドナー細胞クラスターを準備した。これらの注入された細胞の寄与を知るために、GFPを構成的に発現するマウスのCD45 陽性細胞から生成されたSTAP細胞を使用した( cag-gfpを有するC57BL/6 ライン; C57BL/6 及び 129/Sv 又は DBA/2 のF1が雑種強勢の観点から使用された）。
"
新生児脾臓からのCD45陽性細胞の数が足りないので、STAP細胞変換のために、複数の雌雄マウスからの脾臓細胞を混合した。 ジャームライントランスミッションをより効率的に作るために、我々はいくつかの実験においてキメラを兄妹交配させた。

1. 2019/07/24(水) 14:51:43 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

はい最後。
>>
For the production of diploid and tetraploid chimaeras with STAP stem cells, diploid embryos were obtained from ICR strain females. Tetraploid embryos were produced by electrofusion of 2-cell embryos. STAP stem cells were dissociated into single cells and injected into day-4.5 blastocysts. In the chimaera studies with both STAP cells and STAP stem cells, we did not find tumorigenetic tendencies in their chimaeras or their offspring (up to 18 months).

1. 2019/07/24(水) 14:52:45 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

へいへい。
>>
STAP幹細胞を用いた二倍体および四倍体キメラの産生のために、ICR系統雌から二倍体胚を得た。四倍体胚は2細胞胚の電気融合によって産生された。 ＳＴＡＰ幹細胞を単一細胞に解離し、そして４.５日目の胚盤胞に注入した。 STAP細胞とSTAP幹細胞の両方を用いたキメラ研究において、我々はそれらのキメラまたは更なる子孫に腫瘍形成傾向は見いださなかった（18ヶ月まで）。

1. 2019/07/24(水) 14:53:45 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

まず、論文では以下の実験が行われたと書かれているね。2N胚のリシピエントマウスはICRで4Nは2N胚の2細胞期に電気融合で4Nにする。それぞれの4.5日胚盤胞期にドナー細胞を移植したんだね。

①STAP細胞の2Ｎキメラ作成
②STAP細胞の４Ｎキメラ作成
③STAP幹細胞の2Nキメラ作成
④STAP幹細胞の4Nキメラ作成

1. 2019/07/24(水) 14:54:48 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

STAP細胞の由来マウスに関しては以下だね。

1.Oct4-GFP挿入マウス(FACS選別)
2.CAG-GFP挿入マウス(形態選別:小さい細胞の緩い結束細胞塊)

1. 2019/07/24(水) 14:55:55 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ドナー移植に関してはナイフカットして太いパイプを使って挿入するということがことさら書かれているのはその技術が古い技術で若山さんが昔経験していた技術だから今の人にはできないよという意味で小保方さんに内輪で自慢していたことを小保方さんがそのまま書き留めているのね。若山さんはその後記者会見なんかでも言ってたわね。でも、清成さんにもできたわね。

1. 2019/07/24(水) 14:56:42 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

難しいということとできないということは違うさ。練習すればだれでもできる。清成さんも何度もやってみるうちに慣れたということでしょうよ。今は機械で挿入するからそういう作業は楽になってるんでしょ。そんなことより、大きいパイプはわざわざ作るんだからね。ESを渡されて気づかないことなんかないんだよな。

1. 2019/07/24(水) 14:57:51 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ブログ本文に比較写真があって一目瞭然だ。あのデモ写真通りに小さなSTAP酸浴細胞のスフィア塊がナイフでカットされてインジェクトされた結果キメラができていたのなら論文通りのSTAP細胞はあったということになる。

1. 2019/07/24(水) 15:00:21 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

STAPある派の人たちの見方ね。

1. 2019/07/24(水) 15:01:30 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

でも、そのナイフカットした若山さん自身がES細胞を渡された、そしてそれは太田ESではないかと一人で騒ぎまくった。でもESの大きさはSTAP細胞と全然違う。それを証したのは彼自身が撮影したナイフカット写真だ。比較されているESのインジェクション写真はNPO法人発生工学研究会のホームページにある写真だ。若山さんは見て分かる歴然たる大きさの違いのあるものを騙されて渡されたと自ら主張している。ntES細胞のインジェクション実験は常時行っている研究室だよ。ntESとESの大きさは同じだ。論文のナイフカットされているSTAP細胞はリンパ球を使ってるから小さいんだよ。小保方さんが(they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate)と書いている通りの細胞を若山さんに渡したことはこの写真に明確じゃないか。この細胞の大きさはESではないよ。

1. 2019/07/24(水) 15:02:10 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

STAPある派の人たちはあるのに若山さんがなぜこんな明確な嘘をついてまで取り下げさせようとしたかの理由を説明できないといけないのよね。

1. 2019/07/24(水) 15:03:13 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

そんな理由は若山さん自身に身に覚えのある理由以外には考えつかないだろうよ。

1. 2019/07/24(水) 15:03:57 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

若山さんは自分の学者生命にかかわる問題だと思って論文を取り下げようとしたんだよな。論文は間違ってると自ら証言しているんだよな。だから取り下げるんだと。

1. 2019/07/24(水) 15:04:37 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ES細胞を渡されたんだと主張してるな。太田ESと学生のntESだと。でもこれは間違いだと比較写真で明らかなことだね。ではESでもなく学生のntESでもなく、どうやってキメラは作られたのかね。

1. 2019/07/24(水) 15:05:22 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

我々は若山さんが始めた小保方さんの酸浴細胞の核を使ったntES作成実験の過程で作られたキメラだと言ってる。そしてそのことはどうやらGel2のGOFマウスのリンパ球由来2NキメラのTCR再構成バンドに欠落バンドがあることによって証明されたようだね。

1. 2019/07/24(水) 15:06:13 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

STAPある派の人たちはなぜ若山さんが出来ているのに論文を取り下げたのかという理由の説明とともに、Gel2の2NキメラのTCRバンドがたくさんでていることによって(GLバンドだけでないことによって)これがESキメラではないことが証明されていることを主張するだけでなく、どうしてバンドに欠落があるのかの説明もできないといけないのね。

1. 2019/07/24(水) 15:07:14 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

我々は両方説明したうえで、なぜこんなことになってしまったのかの裏にあるリクルート背景まで説明しているからね。

1. 2019/07/24(水) 15:07:56 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

ただ、これだけのことをしているということがだんだん明らかになるに従って、これがただ単なるリクルート動機だけであったかどうかはryobu-0123氏の考察も気になるところかな。

1. 2019/07/24(水) 15:08:43 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]

💚　💜　💙　💏　💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　💚　💜　💙　💏　💞　💓　💖　💕　🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　

1. 2019/07/24(水) 15:10:27 |
2. URL |
3. #-
4. [ 編集 ]