(ではこちらの考察の続きです。大概で収束させないと。)10.AC129の実験(129ローザ）、キメラ作成報告書10P。
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なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。
若山氏の説明だと129の何なのであろうか。
①市販129/Sv 購入したそのもの、もしくは自家繁殖されているとしたらそれも
②129/Sv-CAG(ホモ) 「僕のマウス」の片割れ
③129/Sv carring Rosa26-gfp 小保方さんが聞いていた背景
「若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。 」というのはどういうことかな。実験は若山さんがしているのだから、該当する実験は何かわかる。笹井研でやったことも笹井さんや丹羽さんに確認できる。小保方さんに聞いても分かる。どうして「可能性が高い」なんて話になっているのか。調査怠慢かさもなければ何か隠しているということになる。一人ずつ呼び出して調査しているはずなので、怠慢ではなくて、証言同士に矛盾があるということになる。誰の嘘か。確認しないといけない。理研には弱みがありそうですね。ＳＴＡＰに関する弱みと理研自体にある弱みを雇用者に知られている。「誤記と考えられ」たのならすぐに小保方さんに聞けばいいだけのこと。誰が129/Sv carring Rosa26-gfp だと言ったのか、誰がキメラができたと言ったのかと。そしてそのキメラは今どこにあるのかと。更に公共データ登録されたエビステムセルは誰が作ったのか。その129/SvのGFPは何かと。
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Tru-Seq
③SRR1171558 丹羽研(or 若山研) Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
④SRR1171559 丹羽研(or 若山研) Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
この実験はレターの実験でTru-Seqは６月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はＳＴＡＰ事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。問題はキメラができたことですからね。捏造だと言ってる以上誰が犯人か決めないといけませんね。灰色だと容疑者全員が迷惑する。
刺激による多能性獲得というのはキンガ・ヴァイニーツ論文以来課題になっていますね。笹井さんはいい名前を付けたものです。
渋谷さんの紹介している論文を楠本さんがアップしてくれているので、その一部をここに貼り付けて置きましょう。小保方細胞自体は世界の課題なんですね。
キメラを誰が捏造したかははやく終わらせておかないといけませんね。
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STAP CONTROVERSY
In early 2014, a paper described a “unique cellular reprogramming phenomenon” of exposing adult differentiated cells to low pH. CD45-positive spleen lymphocytes from 1-week-old C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene and adult cells derived from the brain, skin, muscle, fat, bone marrow, lung and liver that were transiently exposed to low pH were reported to acquire pluripotency in vitro. A portion of such cells, which the authors termed stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) stem cells, were shown to express pluripotency markers, differentiate to triploblastic lineages under specified conditions, and contribute to chimaeras and germline transmission when injected into mouse blastocysts. Compared to mouse ESCs, STAP cells displayed limited self-renewal capability in ES-specific media and did not form colonies in dissociated culture[52]. The authors hypostatised that “unknown cellular mechanisms” triggered by sublethal stress unlocked the cells from their differentiated state and allowed re-expression of pluripotency-related genes, reflecting early embryonic stages. Such phenomena do not likely occur in vivo-at least not in mammalian organisms-as presumed mechanisms block progression from the initial OCT-4 activation to further reprogramming. Several months later, the paper was retracted due to “errors classified as misconduct” by the institutional investigation committee[53]. The negative impact of the retraction was further combined with news about possible “honour suicide” of one of the senior authors. However, while the “multiple errors” could indeed impact the study reproducibility and the credibility of the reported data, they could not rule out the existence of the STAP phenomenon. Interestingly, a recent paper reported a method of preconditioning adult human umbilical cord blood-derived stem cells to increase survival after transplantation. Exposure to oxidative stress and serum deprivation increased cell resistance in vitro, possible pointing to an adaptative mechanism for cell survival[54].この実験はレターの実験でTru-Seqは６月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はＳＴＡＰ事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。
若山さんがFES1の中身をFLSとすり替えたんですね。ははは。今まで何度も繰り返している通りです。サンプルを入れ替えたからこそ桂調査の結果が出た。入れ替えてなかったら小保方さんが犯人ですから、入れ替えたか、入れ替えてないかを確認したらいいんですね。
11.B6/129による何らかの実験(ntESG1、G2 ?)、公開データ登録情報(B6/129)小保方さんが犯人だったら世界三大捏造事件に匹敵する捏造なんだそうですが、若山さんが犯人だったら、結果的には、今までに類なく悪質な、無実の人間に自分の罪をお仕着せた捏造偽造事件ということになりますね。
もしそうだったとしたら、社会正義の観点からこんなの放置していていいのかな。
これがOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼された動機でしょうね。
ntESG1G2のチューブに貼られたラベルは論文と一致しているのに中身は別物だった。
入れ替えられているという事実ですよね。
こんなものの提出を受けて桂チームはよく分析を続けられたよなあ。中身違ってるけどどうなってんのと問うのが普通で、中身が違ってたので、これは関係ないから候補細胞から外したという。頭をひねるよな。ひひひ。お前って誰なの?
このチューブに入っていた細胞は無論太田ESではない。では何なのか。よくもこれを調べようとしないでいられたねえ。普通聞くよね。太田さんでも、若山さんでもいいから、ラベルと中身か違ってるけどこれ何と。どこから持ってきたのと。
太田さんだったら、君の論文は捏造だねと言わないといけない。若山さんだったら、ラベルは誰の書いたものなのかと聞かないといけない。Ooboe さんのパートナー氏はとても単純なことを検察に調べて欲しいとおっしゃってるだけですね。太田さんと若山さんに聞いても梨のつぶてだからですよね。
でも、こういう事柄は事件になってからの話です。公共データ登録されているC57BL/6x129/Svの細胞を使った実験は一体どういう実験だったのか。
小保方さんは言われるがままにマウス背景を書いているはずなんですけどね。小保方さんが捏造者であったにせよ、こんなところでマウス背景に関して嘘を書いて得るメリットがない。小保方さんが捏造者だというのはただESを若山さんに渡したということのはずですよね。彼女は若山さんに対して他にキメラを作らせる手段を持っていない。
公共データ登録されている細胞のC57BL/6x129/Svは実際に調べてみると違っている。GOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている。
彼女はこの頃若山さんの幹細胞の実験を手伝わされていて、いろんな細胞をGRASに提出しているが、基本2012年の8月のことで、この時点でレター論文は想定されていない。ただGRASに提出して調べてもらっただけだ。この提出時に彼女が細胞の背景をどう書いているかは公表されていない。公表されているのはレター論文が完成してアクセプト間近時点の2013/11/5に理研に提出しているデータで、これも調査されていないが、最終的に小保方さんの申告を受けて理研が2014/2/13に登録したのがC57BL/6x129/Svなのである。
①一つには、
この2014/2/13時点で小保方さんの記述を書き換えた奴が居るかもしれない。②もう一つは、
実際にはGOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている細胞のすべてをC57BL/6x129/Svと小保方さんに嘘を教えた奴が居る。たぶん、①だと思われる。というのはGOF+CD1は丹羽さんのくれたBFPを使ったレター実験の可能性が高い。小保方さんの登録を書き換えた奴が居る。
ただし、小保方さんは手記にあるようにAcr-CAGそのものを知らない。2012年8月に何かC57BL/6x129/Svを使っていると聞かされている実験が行われていたかもしれない。
12.GRAS提出試料(129/B6)の実験?途中寄り道しすぎて、自分でアイテマイズしておきながらその意味を見失ってしまった。
11は公共データベースのF1の登録背景が基本B6/129になっている疑問であったが、検査の結果出てきたのは129/B6だったわけだから、実際にこの頃若山さんが行っていた、或は行わせていた実験は何だったのかということだったかな。
若山さんは途中までは何かを調べていた。特にFI-SCの実験ですね。でも、同時に小保方さんを挟んだヴァカンティ氏との関係が何かうまくいってない。何しろ山梨大に助手で誘われていながら彼女はいい返事はまだしていない。後に書かれた手記によればヴァカンティ・小島・大和・常田各氏とも相談していて、最終的にはついて行くべきでないというアドヴァイスを受けたと書いている。子弟関係を考えたら常識ですね。聞かなくても分かっているようなアドヴァイスです。ヴァカンティ研に留学の話が出たのはヴァカンティ氏がメンバーを探しているのを知人の大和氏が知って、自分の学生を紹介したものです。これは後にデイナ・グッドイヤーが取材して書いている。
でも彼女は優柔不断なんですね。子供心のままですよね。自分で決められない。自分の細胞研究にだけ関心があって、周りの人間関係に無頓着です。人が自分の面倒を見てくれるのが常態の子供心が長くつづくということと、子供の純粋な好奇心が長く続くということは関係があるのかな。
ここは助手で誘われたときに行けないと答えなければならなかったところですね。
でもキメラはできている。我々の推理では若山さんは助手条件で誘える時点まで彼女を引き留めるために、ntES化してキメラを作ったのだということを隠していたと考えた。
前年の春に最初の勧誘を受けて、ヴァカンティに相談した。この時の経緯が手記に書かれているのですが、無論小保方さんの立場で書かれている。
若山さんのところにあるGOFマウスで研究したいということをヴァカンティに訴えたようですが、その前に、若山さんに自分のラボに誘われたと言っていて、この時点でヴァカンティが仰天したのは想像に難くないでしょう。既に契約している。社会常識が無いにもほどがある。誘われた時点で既に契約しているから行けないと断らないといけませんよね。或いは大和氏に相談しないと。誘った若山さんも若山さんでしょう。もっとも、ここで日本中が震災と原発が津波で大爆発している渦中にあるのを忘れてはいけませんよね。ヴァカンティ氏は若山研に小保方さんを渡す気なんて全然なかったとデイナに語っていますね。
小保方さんの世界は自分中心に回っていて、周りのみんなという漠然とした保護社会があって、自分が一生懸命に何かを解明しようと努力していたらみんなが助けてくれると考えているらしい。仮に皆がさうさせてくれないときは自分の努力が足りないので、もっと研鑽して認めてもらうようにしないといけない。みんなが自分を指導してくれると考えて居る。
こういう子供は可愛いよね。
生きていくための予算獲得するためには研究不正もある程度はして論文を飾り立てインパクトファクターを盛り込まないとなかなか認めてくれない。予算もつかなきゃ自分も苦しいし、弟子を育てることもできない。一体何のために自分はこの世界に入ったのか。千三つの世界ですから。三つに当たらなかった人は退いて後進の指導に当たらないといけない。教育と管理の仕事に回るんですね。私企業の研究所でも同じです。たくさん雇っている研究者の全てが大発見するなんて思ってないし、雇った研究者は必ず大発見してくれそうな人を選んでいるんだけど、現実に大発見する人は千人に三人なんだという計算のもとで会社を経営している。国営企業は簡単にはつぶれないからそこが緩いだけで、原理原則は同じで千三つです。経営原則は自然則並みにシビアなものですね。国営企業の潰れた代表例は旧国鉄でした。
シニアな研究者は小保方さんみたいな人に弱いんでしょうね。常田氏はまだそんな学生だとも思わなかったと言ってる。大和氏はハルさんと呼んでいて、ハルさんは出来ないだろうと刺激するとガンバル人と見抜いている。ヴァカンティ氏は会ってすぐにブライトだと見抜いた。若山さんは博論時の手伝いで一度会ってるがその時の感想は出ていない。震災で腰かけた時に惚れ込んで、自分の研究室に誘った。その前の2月前後に東京でも出会って小保方さんが挨拶に行っている。笹井さんは隣に並んでプロジェクターを見ながら論文のリヴァイズをしている過程で惚れ込んだ。
彼女にはそういう類の魅力がある人だと分かる。相沢さんは早稲田の古い先輩だということと、副所長までしていて組織からの信頼も厚い人なので、小保方さんのベイビーシッター役を仰せつかっている。再現実験では一時復帰して小保方さんの上司になっていて、机を並べている。手記に小保方さんに対して自業自得だと言ったことが書かれている。これはまさに小保方さんの先輩として彼女の魅力が仇になったことを批判しているのではないかと推測される。子供心を批判したのだと思われる。断るべきところでちゃんと断らないからこうなったと理解したのではないか。机を並べているときに先輩として尋ねているかもしれない。小保方さんが60万の支払いに応じた時、もう二度とお前には合わないと怒ったのは、まだ子供心なのかということではなかったか。その後も言葉とは裏腹に食事に誘ってやっている。
因みに、小保方さんが支払ったのは弁護団の圧力で、二つの理由がある。一つは彼女の心理状態が訴訟に堪え得ないと判断したこと、もう一つは弁護団自身が、小保方さんを弁護できる自信が無かった。裏返すと小保方さんが犯人ではないかと疑っていた。弁護士の仕事はクライアントにとって一番いい結果になるように努力することなので、この問題では争わない方がいいと判断した。その代わり、早稲田への訴訟は勧めている。これは小保方さんの証言なく、弁護団だけで勝てると判断しているんですね。ど素人の私でも勝てると思いますね。詐欺で訴えることすらできる。深読みすれば、法学部の博士課程まで出ている鎌田学長は小保方さんが訴訟してくれて、早稲田が負けることを望んでいたかもしれないようなところです。早稲田が文科省の圧力下で判断したことは国民には自明ですからね。対して、この時点で誰も若山さんのntESだという認識は生まれていませんからね。こちらの裁判は小保方さんには耐えられないとみたんですね。相沢さんはその辺りまで考えてはいない。ただ、小保方さんがES捏造するような人でないことは分かっているので、なぜ払ったのだと直情しただけでしょうね。
小保方さんがシニアの研究者にとっては可愛い人だったというのは若山さんでもそうですね。可愛いと思っているのに悪意を持って接するということはあり得ません。小保方さんが手記を書く段階になってすら、若山さんを憎む気持ちになれないと書いているのは、若山さんは常に小保方さんに対して好意的に接していたからですね。その思い出があるから憎めないのです。どこかの時点から変わったんです。
それが、この辺りなんですけどね。
13.GRAS提出STAP細胞(lysate)が「僕のマウス」ESになるようにした犯罪行為129B6F1 GFP ES-6 とAC129と STAP ChIP-seq control は同じ細胞であるというBCAの結論は納得しやすいものですね。何度でも貼り付けましょう。
まず3つのサンプル共に、赤のホモSNPs領域が129 cag-GFP mouse と一致している。そして他はすべて緑で、青のSNPsホモ領域はほとんどありませんが、18番にわずかに存在している青の領域は B6 cag-GFP mouse の18番と一致している。3つの細胞は同じものです。
我々は、若山さんが小保方さんによるES捏造だと思わせるために、AC129と STAP ChIP-seq control の中身を129B6F1 GFP ES-6 に入れ替えたのだと主張している。現に、そのES6は最終的に若山さんが山梨大に保持していて、理研の小保方さんのフリーザーには無かった。もしサンプルの入れ替えが無かったとしたら、AC129というのは129/Sv-X1の白毛マウスで作ったものなのでしょうから、検査の結果「僕のマウス」が出てきたのなら小保方さんがESを渡したのだという結論になります。ここはとても重要なところです。
入れ替えがあったか無かったかということが焦点なのです。
細胞の大きさからして若山さんはESを渡されて気づかないということは無いと既に我々は証明している。何百回と胚盤胞に注入している。気づかないことはあり得ません。犯人は若山さんなんです。
するとここに重大な疑義が生じますよね。GRASに残されていたというSTAP Lysate です。これが「僕のマウス」ESであった。8月に小保方さんが提出した細胞で、STAP細胞だと書いていたものでしょうね。それが残されていたと伊藤さんは証言した。これが本当かどうかは証明が難しいでしょうね。伊藤さんは第三者ではありませんからね。警察が差し押さえた後に検査した結果だとまた事情は違いますけどね。
調査が杜撰だからこうなるんですね。法律の立て付けが悪いのです。警察を入れて裁判させて決着させないといけない。
犯人が若山さんであっても、小保方さんであっても、無実側は迷惑しますよね。事実が判明して困るのは真犯人なのであって、自業自得です。無実だったら晴れ渡りますね。そうしないといけないですよね。
まず、STAP Lysateって何ですかね。長期培養のできないSTAP細胞のDNAを細かく刻んで溶液の中で保存しているものですね。まずDNAはこの溶液の中で当然2年以上経過しているわけですから凍結してあったはずですが、中身の変質は無いのでしょうね。それとどうして保存してあったままのサンプルの写真とSTAP Lysateであることを示すラベルなり書類なりの開示が無いのかな。
いわば犯人たちがやりたい放題のことを行って言いたい放題のことを言ってると思われても仕方がありませんね。何しろ報告書は基本的に疑われていますからね。親の雌雄の違うラベルサンプルを渡されていながら理由を問いもしない。どこから太田ESが来たのかということを問い合わせても答えない。これで信用しろという方が無理ですね。本当はこの時点で詰んでるんですがね。
①小保方さんがES細胞とSTAP細胞を間違えた。
②伊藤さんが嘘をついている。
③小保方さんに誰かが実験で使った残りの細胞をsTAPだと言い間違えて渡した。
Letter Figure 4-bは小保方さんがSTAPとESと間違えてるんでしたよね。リトラクト理由とともにもう一度貼りましょう。
(4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.
そしてこれはTsさんのIGV解析で証明確認されている。Nanogの少ない方がSTAPです。小保方さんは本当に間違えている。若山さん、もしくは手伝ったメンバーがTs.Markerさんの確認したIGVの図を持っているということです。
これはAC129を巡る問題6で一度考えました。これ自体はIGV図にキャプションをつけた時に間違えたんですね。小保方さんはLetter Figure 4-bのSTAPとESを逆に書いてしまった。それはいいとして正しくはTs.Markeさんの図ですね。STAP細胞はNanog発現量がES細胞より少ないんですね。ところが、ここでSTAPとされているものは報告書では「僕のマウス」ESだったんでしょ。だったら上のESは何なのか。どちらもESなのか。それとも上がSTAP細胞なのか。それだと小保方さんの間違いは更なる間違いによって訂正されているということになるが。
14.AC129の中身を「僕のマウス」ESに入れ替えた犯罪行為ちょっとTs.Markerさんのブログで道草してしまったので、早く終わらせよう。その前に少しだけ触れて置く。
Ts.Marker氏は和モガさんや、DORAさんなんかと同じで所謂理系の人のようだ。若山さんはこの世界では著名人なのでやはり敬意があるんでしょうね。完全に客観的にはなれないようです。この情に支配されていると言辞はアンチ小保方派に近くなる。アンチは単に情だけでなく利害的にも若山さんを擁護している。何となく敬意があって客観的になれないのではなくて、自分たちに不利になるから擁護しているんです。特に騒いでしまったマスコミの関係者のスピン屋さんですね。今更小保方無実なんて考えたくもない。理研や文科省関係のスピン屋さんたちも同じです。蒸し返されると大問題になってしまう。利己心は情の最たるもの、情の情たる所以です。
Ts.markerさんたちはそうではないんですね。理研の報告書はおかしいと思っている。理研は小保方さんがESを渡したと言ってるも同じです。だから理研がおかしいというのは小保方さんは無実だと言ってることになるんですが、自分たちの尊敬する、或は尊敬まではしなくても、ちゃんとした研究者で、立派な人だと信じ込んでいる若山さんが何か悪いことなんてするはずが無いと考える。すると事件に関する真相解が思いつけなくなってしまう。なぜならば若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立しているからです。どちらかが嘘をついているとしか見えなくなってしまっている。
このジレンマに陥っていてそれを解きほぐすストーリーが思いつけないということです。誰一人彼らの中でそれを言った人はいない。だんまりです。唯一パートナー氏だけが思いつかないと正直に述べられただけです。
私も思いついたら既にそちらの立場に立っていますから思いつけないんです。だからこちらにいる。でも、思いつけないから解は無いのだとは言えませんからね。だからこそ可能性として残しているんです。
私はど素人の無関係な人間ですから若山さんに対する敬意なんてありません。そもそも私は内心で他人を尊敬したことなんてありゃしない。先生が偉いのは子供の間だけで、後は社会的慣習としての敬語の使い方があるだけですね。人を尊敬することがないから、逆に言うと人を馬鹿にするなんてこともありませんね。全く対等です。上下関係をつけたがる人というのはまだ精神的には未熟ですよね。で、社会は未熟な面が残って無いとバラバラになり易いんですよね。人間は群れる動物です。
でもそういう私でも好き嫌いはありますから、嫌いな人間との関係は出来るだけ当り障りなく疎遠に維持し、好きな人間たちとのみ付き合いします。それで今まで困ったこともないですね。ということは大抵の大人たちはそうしているんではないですかね。
「若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立している」という事例の最たるものがこのAC129です。若山さんが129/Svを渡したと言っているのに、できた幹細胞からは129B6F1が出てきた。私は渡されたマウスの細胞を返したと小保方さんは言ってます。
第三者が介入してないとしたら、どちらかが嘘をついているか勘違いしている以外にはありません。この問題を解決しないで科学的に実験結果の解釈のみをあげつらっても、事件の真相には至れない。
若山さんはAC129の実験の後にSTAP細胞の作り方を小保方さんに教えて貰いに行ってFLS-Tを作った。このときに渡したマウスは何であるか書かれていないが、「僕のマウス」を渡しているらしい。というのも後の調査結果でマウス背景が違うということは言われていないからです。FLS-Tのマウス背景は「僕のマウス」だった。ただし、遺伝子欠失と重複が「僕のマウス」ES-1であると発覚した。STAP細胞ではなく既存のESと一致したということです。
でも、このES1を最終的に持っていたのは若山さんでした。理研側には残されていなかった。小保方さんが二回の捏造の上にたまたま若山さんだけがサンプル整理した後にES1を持ち帰っていたのだというような偶然があるのでしょうかね。
そういう偶然が無く、小保方さん犯人もないのなら、若山さんはAC129の中身も後にES-1に入れ替えたことになるのです。
立派な学者はそういうことをしないと信じるのなら小保方さんが捏造したのだと結論しなければならなくなるでしょう。
でも理研にはES1は無いのにES6が置かれていて、小保方さんは不明と答えている。これを置いたのは若山さんで1と6の識別が可能だと思ってなかったんでしょうね。
(ゲノムウォークの話)さて、アイテマイズして置いた項目は一応検討しましたが考察は全然進展しませんね。隠されている情報があまりに多いからですね。隠されていると言っていけなければ調査されてない事柄が多すぎると言い直してもいい。
ここで、途中になっていたアクロシン発見に至る経緯の話に戻りましょう。
若山さんの「僕のマウス」は由来がロックフェラー大学で自分自身が作ったB6-CAGホモマウスですから、その挿入した人工遺伝子であるコンストラクトは若山さんは知っています。入った染色体がどこかは偶然によりますから調べないと分かりません。若山さんは放医研に自分のコンストラクトを教えて調べてもらったんです。放医研は若山さんのコンストラクトの頭と尻尾にプライマー設定して、FLS1-8、AC129、「僕のマウス」ES、FLS-T1,2の全てを調べてもらった。
なぜすべて調べたということが分かるかというと、本来このプライマーで引っかかってくるはずなのは、まず「僕のマウス」を渡したと言っているんですからFLS1-8、当然ですが「僕のマウス」ES、そして後にバックグラウンドは違ってるとは言ってないんですからFLS-T1,2ですね。でもそれ以外もこの同じプライマーで調べたんです。なぜならAC129にも18番染色体にホモで見つかっている。ということは、そもそも「僕のマウス」を渡したと言ってるんですから当然である上に、本来ない筈のAC129まで調べてあったと言ってるんですから、FLS1-8も調べた結果無かったというデータがあるんです。ところがそれは示されていませんよね。
この18番に無いという証拠は重要なものです。もしかしたら、18番にヘテロであった可能性に関して既述していますよね。
左側の18番に無いという図は右のプライマーで探した結果ではありませんからね。全然別のプライマーで調べた結果です。騙されないでください。
それから、これを探すのは難しくない。コンストラクト配列が分かっているからです。
序ながら岡部マウスのAcr-CAG挿入のコンストラクトも岡部さんから聞いているので分かっています。
若山さんの記者会見での説明はとても不自然なものです。自分が光る精子を集めて顕微受精しているんですから、18番になかった結果それでも光っているわけですから岡部マウスではないかと調べさせたらいいだけです。ゲノムウォークの必要はないはずなんですがね。彼はプライマーを調べるのが大変なんですがなんて、また、GFPがヘテロに来たと小保方さんに言ったときのよえうに、あたかもゲノムウォーキングで調べたかのような仄めかしを言ってる。
第三者機関が放医研であることはNHKの藤原記者が質問で暴露した。でも藤原氏はなぜ知ってるのか。若山さんが事前に知らせていたでき質疑応答ではないのか。放医研に確認したら法人として正式には受けていないと言った。そして個々の研究者が個人的に引き受けることはあるとしたが、それが誰かも言ってない。今でも本当に放医研の知人が引き受けたのかどうかすら分からない。若山さんが勝手に作った資料でないという証拠もない。
FLSの18番染色体上に1コピーのGFPがあったら第三者なら若山さんが嘘をついていることを知っているでしょうね。またなかったとしても、無かった結果は提示したのでどうして記者会見で示さないのかと訝ったでしょうね。しかし、そう考えるより、これは若山さんの一人芝居ではないのかと考えた方が理解しやすい。
桂報告書の解析チームはすべてを自分たちの手で確認したかどうか分かりません。彼らも又、FLSの18番にCAGがヘテロに1コピーあったか無かったかに触れていない。我々がそれにこだわるのはFLSの129側にB6のコンタミがあるSNPsパターンが129 cag-GFP mouse と一致しているからです。このパターンの示唆するところはAC129以下3ラインは言うに及ばず、FLS以下の4ラインの18番には1コピーのCAGがヘテロに入っているということです。それに対してntESG1,2の129には129 cag-GFP mouse のようなB6のコンタミは無い。
岡部マウスの使われているらしい細胞株には以下の特徴があった。
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１）Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入の位置、コピー数、周囲の塩基配列
表：STAP 幹細胞株一覧に挙げた 12 種類の幹細胞から STAP 幹細胞 FLS-T を除く 11 種 類の幹細胞株、それらの幹細胞が作製された 129 系統、および C57BL/6 系統の NGS によ る全ゲノム解析を行なった。その結果、Acr-GFP/CAG-GFP の共挿入は、STAP 幹細胞 FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、そして ES 細胞 FES1 並びに FES2、ntES1 並びに ntES2, および 129/GFP ES の 7 株の第 3 染色体の同一部位に共通に存在することが判明した。また、Acr-GFP が第 3 染色体の片方にのみ挿入されていること（FISH により確認）、Acr-プロモーターの コピー数がどれも約 20 コピーであること、GFP 挿入部位を挟んで第 3 染色体の約 20kb の重複があることと、GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ ることも共通していることが判明した。これらの特徴は、2003 年に CDB 若山研が大阪大 学岡部研より導入した Acr-GFP/CAG-GFP マウスの特徴と完全に一致する。 (4P)
以下の特徴が共通していると書いているのでしたよね。AC129-8で検討した。
①3番染色体にAcr-GFP/CAG-GFP 共挿入がヘテロに存在している。
②アクロシンプロモーターのコピー数は20コピー程度である。
③GFP挿入部位を挟んで約20kbの重複がある。
④GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ る。
⑤この特徴を共有しているのは2003年に岡部研より導入した岡部マウス、FLS3、CTS1、FES1、FES2、ntES-G1、ntES-G2、129/GFP ESである。
ところが⑤に挙げられた細胞には別の識別可能の特徴がっあった。
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４）第 3 染色体と第 8 染色体の欠失変異
STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。この２箇所の欠失は、STAP 幹細胞 FLS および FI 幹細胞 CTS の全ての株にも 共通に存在することがPCR産物の塩基配列決定により確認された。一方、この両欠失は、 市販の 129 の亜系である 129 x 1/SVJJmsSlc(SLC)と 129+Ter/SvJcl(CLEA)のいずれにも存在しない。また、この第 3 染色体の 5kb の欠失も、市販の B6 の亜系である C57BL/6JJmsSlc (SLC)、C57BL/6NCrSlc (SLC)、C57BL/6J (Charles River)、C57BL/6NCrl (Charles River)、C57BL/6JJcl (CLEA)、C57BL/6NJcl (CLEA)のいずれにも存在しない。 さらに、2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかっ た。 もし、これらの細胞が論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 から作製された株で あるなら、これら 2 個所の欠失の両方、または片方が市販の 129 系統、C57BL/6 系統の いずれかに存在していなければならず、STAP 研究の行なわれた 2 年強という期間でこれ ら 2 個所の欠失が生ずることは考えにくい。従って、この結果は、これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。(6P)
B6側だけに着目すると、[第3染色体の5kbの欠失]がFLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES に共通して、他には無いということである。FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウスの受精卵に無かった。
①FLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES
②FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウス
二つのグループに分かれたということである。
②に関して事実関係を整理しておくと、この中のntES-G1,G2は不明の細胞である。
a.太田さんは6ラインの細胞を持ちだしたと日経サイエンスに証言している。それが何かは明らかにはなっていない。
b.この細胞の入っていたチューブのラベルには129B6であると書かれていて、その凍結年度も含めて桂報告書にある細胞表にある通りで、このラベル表記と太田さんの論文は一致している。
c.しかし、このチューブの中身はラベル及びそれと一致している論文とは全く違っていて親の雌雄が逆であったため誰かが中身を入れ替えたという証拠となっている。無論中身は論文当時の太田ntESではないのは無論であるが、どういう経緯で作られた細胞であるのかすらわかってない。
d.FES2も同様に太田さんの受精卵ESではない。太田さんは同じ親でいくつかの受精卵からこの2ラインを作っている。マウスは多産なので一つのペアがあれば複数個の胚盤胞が得られるので、何匹もの掛け合わせはしない。全く同じ親の卵なので、FES1とFES2のSNPsパターンが違うということはあり得ない。従ってFES1とFES2の作られた卵は別の親のペアの卵である。この時点でこの二つの細胞の片方、もしくは両方は太田さんが片手間で作ったと言ってる受精卵ES細胞ではないということになる。
e.2010年度に凍結された岡部マウスの受精卵に3番染色体の欠失は無い。しかし、他は上述のように中身が違っているので樹立年を特定できないので比較できない。
①に関しても事実関係を整理しておくと、この4つの細胞ラインは同じものだということであるが、作成の前後を言うことはできない。
a.FLSは2012年の初頭に樹立されて、凍結されたものや、継代培養を重ねたものやがあると推測される。
b.129/GFP ES に関しては和モガさんとDORAさんは犯人が小保方さんを陥れるために、彼女が手に入れた置忘れの太田細胞のラベル書き換え分だと思わせるように忍び込ませた細胞だと推測されている。小保方さんはこの細胞に関して調査に対して知らないと答えているようだ。彼女が犯人だったらこんなものを残したまま、最終的に自分が管理していた冷凍庫の中も検査してくれとわざわざ自分から申し出ることはない。不都合なものは捨ててから申し出るでしょう。
ただし、4ラインは同じものだという結論なのでもともとFLSの使っている分ということも考えられる。当時の状況で皆が知らないと言っていたと聞いているから自分も知らないと答えておかないと周りに迷惑がかかるかなと考えた可能性もないことはない。彼女は何が起きたかが理解できてない。うかつなことの言えない状況ではあった。
ただ、本当に知らなかったもしれないが、その場合は犯人が入れたということになる。中身はいずれにせよFLSですね。
c.FES1は太田ESではないですね。犯人が中身をFLSに入れ替えたものです。太田ESだったらFES1,2はSNPsパターンが同じになるはずです。入れ替えられている。
(Ts.Marker氏との対話記録)Ts.ＭａｒｋｅｒさんはＳＴＡＰ細胞ある派です。以下に彼のブログのコメント欄での討論内容を記録して置いて、新しい場所に移動します。
9. 一言居士
2019年12月14日 08:15
別件ですが、以下の二つ、GOF+10%のCD1とされている。
>>
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
SRR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2
Letter Extended Data Figure 5-e,fで使われたサンプルの公開データ登録分だと思います。BFPは若山研にはなかったものですし、この実験がJAKiを使った笹井研での実験なのは自明です。気づかれてないので聞き取り調査されていませんが、丹羽さんがCD1のBFPマウスを提供したものだと思います。この実験ではBFPを10%混ぜたと書いてあります。桂報告はこのことに気づていません。Figure 2の樹上図を作るためにCD1のTSを混ぜたのだという推測で小保方さんの捏造を示唆している。因みにCD1のTSは若山さんの「僕のマウス」TSが分化してしまっているようだったので、丹羽さんが提供していることが分かっています。
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
10. 一言居士
2019年12月14日 08:17
若山さんはGOFマウスでFI-SCを作った覚えは無いと証言しています。覚えはないということです。後に記憶違いの言い訳が出来る言い方です。実験ノートもちゃんと記載していないのではないでしょうか。そもそも共同著者で幹細胞化実験に関しては主導していた人です。作ったか作ってないかははっきり覚えているはずですし、論文に書いてあるのに後になって見てなかったなんて、世紀の大発見論文だと記者会見発表して出席して置きながら、後になってそんな言い訳はトンチンカン過ぎます。
小保方さんが捏造するなら、学生にもらったGOFのntESしかありません。学生のGOFESでこの実験を行うと論文の結果は出ませんから、更に写真の工作までしていることになる。共同著者に若山さんが居るのにそんなことってできないでしょうや。私はGOFのFI-SCは作ってないよと言われただけでアウトですね。現にそういわれた。これってやってたら相当悪質な捏造ですよね。裏返せば若山さんが嘘をついていたらこれは人を陥れるとても悪質な犯罪ではありませんかね。
11. 一言居士
2019年12月14日 08:20
同じくTs.Marker さんのSRR1171567,8,9のIGV解析結果は以下です。すべてAcr-CAGマウスだという調査結果です。見方はこれでいいのかどうかは分かりません。ご教授乞う。
>>
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
568のTSマーカー発現は驚くべきものですね。桂報告書はこれを太田ESを若山さんがTS培地で誘導した結果だと言っていることになりますね。太田ESは受精卵ESだということになってますよね。私はあなた方の解析結果は若山さんのntESの性質だと今のところは解釈していますが、太田受精卵ESをTS培地誘導してこんな結果になるとは考えません。
ご意見乞う。以上です。
12. Zscan4
2019年12月14日 19:14
>>11
前から気になってたんですが、” 若山さんのntESの性質だ ” とは？
13. 一言居士
2019年12月15日 08:35
(12への回答)
Ts.Markerさんは論文通りのSTAP細胞があるというお立場でしたね。今はどうなのかは存じませんが、私がntESではと書いた時「それはないよ」という意味のことをしたらばにコメントされたのを記憶している。理由は書かれていませんでしたが、当時IGVの解析結果を発表されていたのでその解析結果からそれは無いとおっしゃってると理解していた。ただ、ある派の弱点はあるのにどうして取り下げたのかということの理由が述べられていないというところです。
私は小保方細胞は"ある"が理研のキメラのできたSTAP細胞は無いという結論です。無いから取り下げたので、ある派の説明できない部分を説明している。
14. 一言居士
2019年12月15日 08:36
すると、彼らは何をしたのかという問題になります。理研は小保方さんがFESを見つけてコンタミしたと推測した。これはありません。繰り返さない。
でも、では若山さんが捏造するのかと考えればそんなわけがない。そして手記を読んで初めて理解できることは、小保方さんが腰かけて後どうして米国に戻らなかったかというと、若山さんが自分のラボに来いと誘ったからだと知れた。この話は手記以外のどこにも書かれていない。『捏造の科学者』にも一言も触れられていない。無論、桂報告書にも書かれていない。こんな重大な動機に関する情報を警察だったら絶対に見逃しませんね。警察は犯罪があったら動機を考えます。
彼女の書いていることが事実だというのは、彼女が理研に残ったことで分かる。後のデイナ・グッドイヤーの記事でも分かります。
私の小保方核使用ntES論は繰り返しません。AC129を巡る諸問題で繰り返し考え続けています。
15. 一言居士
2019年12月15日 08:38
そこで、御質問の件ですが、丹羽さんの再現実験に関する報告論文でOct4-GFPに関しての漏れ出しの有ることが分かった。他方内在性Oct4を発現している真の小保方細胞の数は極度に少なくて、その事実はティシュー論文での三胚葉分化実験結果に関して手記で述べていることと一致している。
若山さんはOct4-GFPを大量に発現しているスフィア塊から一個の細胞を選んでクローン胚に移植した。何百個かのクローン胚を作ったはずですが、真の小保方細胞には当たっていない筈なんです。すると1から2%だとされているクローン達成率である実験でntES化されて1割程度に成功率が上がっているはずの小保方細胞核使用ntESは実質、"GFPの漏れ出しているただのCD45陽性細胞の核"を使っただけの、昔からの若山研のntESだということになる。若山さんはそもそも自分の研究していたntESをTS培地誘導していただけだということになる。それが以下の結果なのではないかと。
>>
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
16. 一言居士
2019年12月15日 08:40
一般にESと言えば受精卵ESで胚盤胞期にはインナーセルマスとトロフォブラストの機能分化が起きていて、インナーセルマスの胎盤貢献機能はストップさせられています。だからES細胞からのキメラでは胎児側からの胎盤への貢献が無い。リシピエントの胎盤が貢献するんですね。
ntESは受精卵ESと違って、核が体細胞核ですので細胞質の貢献でリプログラムが進んでも胎盤異常がとても多くて研究課題になっている。胚盤胞期にインナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時にインナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです。あなたが解析されたSRR1171568の結果はそれを表しているのではないかと申し上げているんです。無論、素人の推測です。これは恐らく専門家が取り組むべき真正の研究課題だと思います。
太田ESは受精卵ESです。SRR1171568の結果は出ないのが通説ですよね。
本物のSTAP細胞なのか、小保方細胞核を使っていると思い込んだ若山さんのntESか、どちらなのか。ある派は発表までされている論文をなぜ取り下げたのかの考えうる理由を提示しないといけないです。パートナー氏は分からないと正直におっしゃってる。他の人のコメントはまだ頂いてないです。以上です。
17. 横川
2019年12月15日 17:11
ntESは受精卵ES細胞と同じで胎盤には寄与しないです。
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070221_aff.html
18. Zscan4
2019年12月15日 17:52
>>16
” インナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです ”
ではちょっと強引ですね。
19. Zscan4
2019年12月15日 18:09
>>考えうる理由
NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。
このあたりだと思うんだけど。
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど
20. 一言居士
2019年12月15日 20:29
御批判有難うございます。初めてまともな根拠をあげての客観的資料に基づく反論を受けました。
先に横川さんに御返事申し上げます。
>>
STAP細胞の最大の特徴である、胎盤に分化する能力はどうか。
「初期の頃のES細胞は胎盤にいかないとされていたけれど、今は技術も向上して、より質の良いESができます。特に僕の研究室は、キメリズムを高めるのが研究室のテーマの一つでもあったので、もしかしたらESでも胎盤にけっこう寄与しているかもしれないですよね。」(『捏造の科学者』 76P)
ご指摘の理研ニュースは2007年2月21日付です。取材は2014年です。ちょっと私のような素人には難しいです。私の結論は総合的なもので、Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)の説明として考えうる可能性として挙げているものです。無論若山さんはESを渡されたという前提でES細胞も胎盤に貢献し得るということを言ってるんで、私に言わせるとそれならntESの方がずっと胎盤に貢献する可能性が高いのではと思ったまでです。
21. 一言居士
2019年12月15日 20:31
Zscan4さん(Ts.Marker さんではいけないですかねえ)にお応え致します。
>>
ちょっと強引ですね。
STAP細胞由来TS培地誘導細胞だとおっしゃるんでしょ。もしそうでないのにPou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)はどうしたらあり得るのでしょうか。
ES細胞だとこの結果にはならないということは同意されていると思います。
①論文通りのSTAP細胞がある。
②小保方細胞はあるが、キメラのできたSTAP細胞は無い。
どちらかだと私も思っていて、再現できなかったことと、できてるのに取り下げる理由が思いつかないというのが私が②の判断になっている理由です。
22. 一言居士
2019年12月15日 20:33
>>
NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。
このあたりだと思うんだけど。
実験ミスがあったことに気づいたから取り下げたと理解されますが、実験ミスでは論文通りのキメラができたことにはなりませんよね。若山さんはES細胞を渡されたと言ってるんですよね。若山さんが実験ミスしたのだが、その責任を小保方さんに押し付けたということですか。
>>
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど
Zscan4さんは「論文通りのSTAP細胞は無かった」というお立場なんですか。それだと私の理解も違ってしまいますが。
学さんが何か誰かが捏造したのではなく、何らかの手違いみたいなことがあったのではと可能性模索されているようですが、実験ミスを小保方さんの所為にしたら既に若山さんの犯罪です。若山さんは小保方さんが自分に既存ES細胞を渡したと言っていることになるのではないですか。以上です。
23. Zscan4
2019年12月15日 21:23
>>22
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。
別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。
「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」
あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている？
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照 気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない。
24. 一言居士
2019年12月16日 06:17
>>
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。
幹細胞は小保方さんにはできなかったのだが、若山さんはできているといい、丹羽さんに相談したら、若山さんを信じるべきだということになって、論文に出来ると書いた。手記にはそうあります。これは組織的なミスコンダクトでしょう。こんな論文ってあり得ないですよね。自分にできないものを筆頭著者に出来ると書かせた。組織的に動くとこういうことにもなり易いですね。皆が上司の指示に従って行ったということになる。笹井さんも、丹羽さんも論文を通してやってくれと言われている。現にキメラも幹細胞もできているんだからそうなりますね。ひょっとして捏造なのかという姿勢で見てはいない。でも個人の論文だったら自分にできないことを論文に出来るとは書かないでしょう。
共同研究だからということではないですよね。共同研究ならちゃんと出来るように教えるのが当たり前です。自分にしかできないと言って教えなかった。それなら自分で論文を書くべきです。STAP細胞の作り方は小保方さんから教えて貰っているではありませんか。
25. 一言居士
2019年12月16日 06:19
論文通りのSTAP細胞があるというのは幹細胞もキメラもできるという意味です。筆頭著者にはできないが責任著者ができたので出来ると書いた。小保方さんに責任はありません。若山さんが出来ると書かせたようなものですから、若山さんが再現しなければならないが、彼は小保方さんにESを渡されていたのにずっと気づかなかったのだと逃げた。STAP細胞の作り方を教わった時にはできたが、山梨に戻って自分一人になるとできなかったと主張した。小保方さんの犯罪だと主張しているのです。桂報告書も若山さんの主張に添って既存ESのコンタミだという結論になっている。
ESではないということは我々の間では了解済みではないでしょうか。ESを渡したのなら小保方さんの悪質な犯罪です。理研は訴訟しないといけない。公務員に課せられている法的義務です。理研は訴訟しなかった。訴訟したら争いになってどちらも調べ上げられてしまったでしょうね。とっくに解決していますよ。理研は若山さんを庇った。今までの貢献度を考えたということです。若い将来の有る小保方さんのために訴訟しないでおいてやるという振りで、その実は若山さんを庇ったのです。現に小保方さんは博士号剥奪されひどい目に遭っているが、若山さんはおとがめなしですね。
26. 一言居士
2019年12月16日 06:22
まずESではないということが証明されたら何が行われたにせよ、小保方さんに押し付けて逃げた若山さんの犯罪は確定します。従って、若山さんは無実だというなら、若山さんがESだと勘違いして思い込んでしまったのだと考えるよりない。若山さんは出来ていたのに、小保方さんが博論のテラトーマ画像を使ったという理由で、疑いはじめ、自分は騙されていたのだと思い込んだのだと主張した。
でも、テラトーマからはアクロシンが出ている。小保方さんはF1の赤ちゃんマウスを自分で手に入れることはできません。テラトーマ実験に使われたマウスはGOFマウスです。彼女は学生にコントロールとしてもらったGOFESを持っていますから、捏造するならそれを使います。それにESで捏造したら立派にテラトーマが出来ますから、体細胞の切り出しなんてあり得ません。彼女はティシュー論文でESのテラトーマを作っています。ESのテラトーマを知っているから変だと思って3誌までずっと使わなかったんです。
小保方さんの実験したマウスの上からF1の幹細胞を注射したのは若山さんです。小保方さんがなぜ12/27Harukoを使わなかったのかが問い詰められていくと自分のしたことが暴露されてしまう。だから突然手のひらを返した。自分が裏切られているということに気づかない小保方さんは調査の尋問に苦しんで病気になってしまった。テラトーマが変だったとは言えないじゃないですか。それはラボの全員を疑う証言になってしまう。
27. 一言居士
2019年12月16日 06:24
>>
別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。
「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」
二つは連続しているのですか。プラスアルファの意味は分かりません。共培養の話は以前ずっと議論は聞いてました。どうやって幹細胞に誘導したかという問題ですよね。でも若山さんは自分はいままでES細胞を渡されていたのだと主張しています。これってESを渡されていたのなら、ESをESと共培養したり、ESをTSと共培養したことになるんでしょ。あくまでもSTAP細胞は有るという前提の話で、できていたのに若山さんが騙されたと思い込んでいるのだというストーリーですね。でも若山さんはできていたかもしれないと思っていたら再現実験に参加したのではないですか。もう一回試してみたらいい。丹羽さんにはプロトコル通りではできませんでした。テラトーマに注射したのが若山さんなら参加するはずもない。
28. 一言居士
2019年12月16日 06:28
>>
あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている？
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。
手記にそんな話があるというのは気づきませんでしたから、3T3細胞でググって分かりました。こういう語彙を知っているというのはZscan4さんは専門が近いのですね。
細胞シート技術の話で、東京女子医大での彼女の専門ですね。岡野さんの開発した細胞シート研究を引き継いだ大和さんのところで彼女は勉強していて、その彼女の専門分野の能力をヴァカンティさんに試験された時の話ですね。
「共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。」は素人なのでどれが該当するのか分かりません。「上皮・間充組織相互作用」という小島さんの研究を手伝った時に出てくる話と、インサートと呼ばれる培養皿の話しか見つけられません。
29. 一言居士
2019年12月16日 06:30
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照 気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない
結局、共培養の話ですね。共培養でSTAP細胞は幹細胞化できたのだと。無論キメラも論文通りにできたのだと。他の要素との整合性を考えないといけませんよね。私の論は繰り返しません。
「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。そもそもこんなことを推測しなければならないなんてどれだけ杜撰な調査でしょうね。丹羽さんに確認してそれと書けばいいことです。BFPの実験分だという可能性にすら気づいてないんでしょうね。10%混ぜたと書かれているんだから10%だと分かった時に気づきそうなものです。なんで樹上図の捏造だなんてことから考え始めるのか。論文をまともに読んでいるとは思えない。
30. 一言居士
2019年12月16日 06:33
Ts.Markerブログでは桂調査を強く批判されていて、疑問点をたくさん指摘されている。しかし、その調査結果は若山さんの主張している通りの結論になっています。にも関わらずどうしてその批判は若山さんには向かないのでしょうか。
若山さんは無実であるという前提と、若山さんの主張通りの結論を出した桂報告書を批判するという行動の両立する理由は私には若山さんは間違ってES細胞を渡されたと思い込んでいるのだとZscan4さんが推測しているとしか理解できない。
そういう理解でよろしいのでしょうか。以上です。
31. Zscan4
2019年12月16日 21:24
>>29
+10のTSではなく、+10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?
32. Zscan4
2019年12月16日 21:25
>>31
1個%が抜けた。
33. Zscan4
2019年12月16日 21:29
>>32
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがﾂｨｰﾄしてたっけ。
34. Zscan4
2019年12月16日 21:34
>若山さんの主張している通りの結論になっています。
どうして、そう解釈なさるのでしょう。
ま、人それぞれ....
35. 一言居士
2019年12月16日 22:07
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?
その通りです。理研は何をもってTSと言ったのかと問うているんです。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）
CD1だということが分かったからTSだと早とちりしただけではないかと問うているんです。
ESかTSかの識別は何によるんですか?彼らはNGS によるSNPs解析によってCD1だとわかったから、丹羽さんの提供したTSがCD1であるがゆえにTSだとした。丹羽さんにESもCD1だったのかと問うては居ない。なぜならレターの実験をちゃんと見てないからです。そこに気づいていたら、丹羽さんに聞いたらESはCD1ではなかった、従ってTSが混ぜられていたのだと説明したはずです。聞いてない。
RNA-seq データだけでTSかESか決められますか。混ぜられているのにどういう判断をするのでしょうか。それでなくてもSTAP由来FI-SCなのか、太田ES由来FI-SCなのか、ましてntES由来FI-SCなのかすら分からないでいるのではないですか。蛋白質の発現だけで決められないからこんな問題になってるんじゃないんですか。
無論、BFP共挿入のOct4-GFPESのマウス背景がCD1だったのかどうかは知りませんよ。でも調べてないよなと言ってるんです。調べていないのならTSだとは断定できませんよね。以上です。
36. 一言居士
2019年12月16日 22:14
35が10のところに入ってしまいました。
書き込み方を間違ってる。失礼しました。
ややこしくなるので明日以降レスします。以上です。
37. 一言居士
2019年12月17日 08:10
例の雑談コーナーで 澪標なるHNのスピン屋さんがいますが、彼が以下のように言っている。
>>
余談ですが、STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事（具体的には、論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事、エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化,テラトーマ形成をはずしている事）、Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事からCDB/理研の体質は変わっていないと考えています。
①STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事
a.論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事
b.エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化をはずしている事
c.エンドポイントからテラトーマ形成をはずしている事
②Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事
③CDB/理研の体質は変わっていない
38. 一言居士
2019年12月17日 08:11
①は理研が数千万の予算を使って検証するのであるから、犯人捜し(事件の真相究明)のためでなく、理研が特許申請維持の可否を判断することが目的とされている。
だからまさに"論文通りの"STAP細胞はあるのか否かだけが問われ、キメラは出来ないから理研としての特許は取り下げたということです。その他はついでに分かったことだけです。本来第三者調査は事件の真相を究明して再発を防止するよう法の要請しているもので、特に小保方さんの無罪を(場合によっては有罪をも)証明したであろう大した費用も掛からない三胚葉分化実験に関して、それを行ったか否かすら答えてない意図的と邪推されても仕方のない不手際は違法行為とすら言えるでしょう。
②は共同研究であったかどうかすら分からないとパートナー氏に正式に答えている。根本さん指摘の通り今までの自己調査報告及び所内客員規定と完全に矛盾したことを言っている。
③がこの澪標なる人物の結論ですが、カッシーニ事件や捏造判定された所員からの逆提訴で敗訴した経緯のあるこの組織の体質に関るこの判断は国民共通のものではないでしょうかね。これは官僚組織のタガのゆるみで事件そのものよりずっと深刻な問題ですね。自分の目の前で戦死した多くの戦友に面目ないから自分を律するという倫理が完全に払底しているということのようです。武士道なんてとっくの昔に無くなってますからね。国の存立を危うくしているレベルに来ていると見えます。
39. 一言居士
2019年12月17日 08:14
Ts.Markerさんのお考えはほぼわかりました。専門が近く、かつまだ現役ですね。現役の間は人間関係から自由になることはできません。日常的にWertfreiheitをやってると人生をしくじってしまいますね。日常は情の世界です。あなたは若山さんを尊敬されている。或いは同じ世界、もしくは近い世界に属する人としてシンパシーを感じてらっしゃる。そして思考はその情と完全に分離はされていない。
今やっと自分のブログをもって自由な落書き場所を得ていますからそちらに戻ります。また、遊びに来させてください。以上です。
40. Zscan4
2019年12月17日 18:34
>>9
> Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
Xでもないんじゃない？
前記事の2番目のグラフお確かめください。
41. Zscan4
2019年12月17日 18:43
>>35
B6のES 90％ と CD1のES 10％ で 、あのCluster treeは無理じゃないですか？
42. 一言居士
2019年12月18日 09:56
私の書き込み方が悪くて彼方此方にコメント欄の論旨が飛ぶ結果になってしまいました。
申し訳ない。一旦、ここに纏めて戻します。始まりはあなたのこのコメントでした。
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照 気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない
ここのCD1の勘違いに関して私が以下のように指摘しました。
>>
「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。
ここは、CD1の提供は丹羽さんなので、若山研での共培養とは無関係ですから、あなたの勘違いということでいいと思います。だからと言って、私は共培養に関してはよくわかりませんから当然ながら否定はしていません。保留しているだけです。
43. 一言居士
2019年12月18日 09:57
で、指摘の後に私は自分のブログで考えている別のことを言い出した。それが以下です。
>>
桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。
これに対するあなたのコメントが以下です。
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?
これは事実なので一致している。ご疑念は晴れているはずです。
>>
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがﾂｨｰﾄしてたっけ。
ここはOct4-GFPとCAG-BFPの共挿入マウスでICRマウスなんてあるのかという問いに置き換えて、私も調べましたが、そもそもOct4-GFPマウスはほとんどがB6ですね。GOFマウスは大保和之さんの発明なんでしたかね。このESを提供したのは丹羽さんだと思っていますが、丹羽さんは大保さんのB6のGOFマウスを使ってCAG-BFPを更に追加したマウスを持っているということになるんですかね。そもそも丹羽さんはCAGプロモーターの発明者の一人でしたね。
マウス背景からして私のCD1のES説は間違っているのかもしれない。誰か決定的に間違ってる証拠を示してくれると忘れられるんですけどね。
44. 一言居士
2019年12月18日 10:01
わあ、43が10のところに飛んだ。なんのためにまとめているのやら。仕方ないからそのまま続けます。
45. 一言居士
2019年12月18日 10:03
>>
B6のES 90％ と CD1のES 10％ で 、あのCluster treeは無理じゃないですか？
B6のES90%ですか? 私が申し上げているのはB6のFI-SCが90%とCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが10%だという意味です。これはLetter Extended Data Figure 5-e,f の実験で使われている細胞ですからデンドログラムとは関係ないという趣旨です。
私はそもそも元になっている幹細胞はntESだと主張しているんですから、FI-SCもそれをTS培地誘導したものという認識です。ややこしいですが桂報告書は既存の受精卵ESですよね。これは無いということで私とあなたでは一致している。一致していないのはあなたはこれはキメラのできた論文通りのSTAP細胞をTS培地誘導したものだということですね。その時に共培養というテクニックが使われているのだということなんでしょう。
既述しているように私は科学的な視点からのこの可能性は否定していません。
ただ私がそちらに乗らないのは若山さんと小保方さんの証言の決定的な対立からどちらかが嘘をついているということがあるからです。このどちらが嘘をついているかに関して若山さんという結論しか出ないから、その動機からして、STAP細胞は論文通りにはできていないのだという側にいるのです。特にサンプルの中身の入れ替え疑惑です。でもそのことは自分のブログで書いていますからここでは繰り返しません、
46. 一言居士
2019年12月18日 10:05
話を戻して、でも、もしCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが存在してないのなら、これは10%のTSだという桂報告書は間違ってないということになる。TSを混ぜたのなら初めてデンドログラムを作るために何か操作した細胞なのかということになる。
ところが、御承知のように、そもそもこの公共データ登録されているFI-SCがデンドログラムに使われたという根拠は何もしめされていません。それどころか、桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。だったら使われてないんじゃないかとも読めるところです。しかもRNA-seq解析に出した日付を2013年1月最終と書いている。本文には2012年8月、2013年1月、2013年6月とあって、そこにある8月と1月と1月最終ってなんだというでたらめさです。
更に申し上げると、桂報告書はそもそもGOFのFI-SCは無いと言ってるんです。この話のおかしさはレター論文にOct4-GFPの光っているFI-SCがいろいろと出ていて、しかも写真は小保方さんは細胞自体を作れないんですから出所が若山さんに決まっている。ここはあなたが最初からさんざん指摘なさっているところですよね。
無いものがレター論文に図表としてたくさんあったら、それは小保方さんのとてつもなく悪質な捏造図表ですよね。その論文を最終版は発表後に見たにせよ、途中で何度も見せられているじゃないか。見たからこそ2013年の8月に笹井さんに責任著者を降りたいと言ったんでしょうよ。そんな悪質な捏造論文を放置した最大の責任者は若山さんだということになるじゃないか。そんな筈はありませんよね。彼は何かの実験をしていたんです。
47. 一言居士
2019年12月18日 10:15
私は以下のように書きました。
>>
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
あなたのお返事は以下です。
>>
>Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
Xでもないんじゃない？
前記事の2番目のグラフお確かめください。
なるほど。見方が分からなかったんです。このブログのTru-seqのカテゴリーにあるものでESはほとんど出てない。FI-SCには少し有りますが、TSと比較して出てないのだと判断していました。今度のグラフは分かりやすいですね。私の認識を以下のように改めます。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
48. 一言居士
2019年12月18日 10:18
そもそもFI-SC(私の説ではntESをTS培地誘導したもの)はTSマーカーを発現していますよね。あなたの見方で以下でいいですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね) マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171568
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171567
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
このSRR1171565のサンプルは桂報告書本文によると2013年の6月、スライドによると1月(最終)ということなんですが、1月は既に小保方さんは笹井研で論文を書いていますが、レター論文自体は笹井さんが一人で書き直した。小保方さんは渡米してヴァカンティにアーティクル論文を見せている頃です。論文は3月に提出されています。4月に回答された一回目の査読文にデンドログラムをつけろという指示もないし、それに対するコメントもありませんから笹井さん原稿の最初からあったものか、それとも第2レフェリーがtranscriptome profilingをつけろと言ってるのでその一環としてつけたのだとしたら6月の間違いということになる。
いずれにせよ、TS細胞を混ぜたのだとしたら小保方さんの捏造ですよね。
でもntES-G1,2の細胞の中身は入れ替えられていますからね。FES1,2も太田さんの作ったと言っているそのままではない。入れ替えの犯人は私の見るところ若山さんです。
変ですね。本当にCD1はTSなのか。
CD1のOct4-GFPマウスが見つからないという理由だけがESであることを否定している。
この辺りどうなんでしょうかね。
それと私は以前に以下のように質問しています。お返事を頂いていない。ご教授いただけるとありがたい。
>>
We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ” とあるのなら、[14]に注書きされているはずですが、、、
以上です。
49. Zscan4
2019年12月19日 00:19
>若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね
別に丹羽研が遠くの違う研究所ということでもないし、CD1のTSを丹羽研しか持ち合わせていないということもないんじゃ。
フリーザの丹羽研からというTSは、いつ分与ってことになってますか？把握してないのでお願いします。
50. Zscan4
2019年12月19日 00:28
>>46
＞桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。
「未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現されたということ。
51. Zscan4
2019年12月19日 00:40
>>48
すぐに引っ掛かるはずですよ。
Differentiation of embryonic stem cell lines generated from adult somatic cells by nuclear transfer.
52. 一言居士
2019年12月19日 18:08
まず丹羽さんのCD1の件から。
木星リストのTS関係は以下です。
(マイナス80度)
15番 TS EGFP3.5 丹羽PLより
20番 129 B6 TS-3
21番 129 B6 TS-4
22番 129 B6 TS-5
23番 129 B6 TS-6
26番 TS P4
104番 TS P4 丹羽研由来
112番 TS-5 コントロール
(マイナス30度)
9番 TS-3-1,TS-3-2,TS-6-1,TS-6-2,TS-8-1,TS-8-2(←青文字) TS:コントロール
18番 TS RNA 2本,TS-niwa-1 RNA 2本,TS-niwa-2 RNA 2本
21盤 TS Itgα7
53. 一言居士
2019年12月19日 18:09
小保方さんは丹羽さん分は名前を入れているようです。書き分け方から推測される丹羽さんの分は(マイナス80度)の15番、104番、(マイナス30度)18番です。コントロールと書いているのは若山さんの「僕のマウス」TSのようです。18番にはJAKiの試料も入っていますからレター実験分です。
若山さんのTSは比較胎盤を提供するために作られたもので彼の持ち出しリストによると2012/5/25培養開始となっている。記者会見時にTSの胎盤も小保方さんに渡したと証言しています。
丹羽さんがCD1のTSを分与したのは桂報告書では26Pに「TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。」と 書かれている。又、以下の公共データベースのTSは無論分化してしまっているものは登録できませんから丹羽研のものを提出しているのだと思います、
>>
SRR1171590 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1
SRR1171591 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1
SRR1171592 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
SRR1171593 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
SRR1171594 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input CD1
54. 一言居士
2019年12月19日 18:11
以下の桂報告書の16Pに書かれている「TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）」というのは丹羽研のCD1のTSを示唆しています。上記の590と591ですね。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）。
対して「FI 幹細胞の RNA-seq データ」と言ってるのは以下の565と566です。これが所謂GOF+10%のCD1と言ってるものです。
>>
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells
SRR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells
565のあなたのIVG解析結果は以下でした。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
55. 一言居士
2019年12月19日 18:12
①565と566はGOF+10%のCD1
②567,568,569はAcr-CAG-GFPの129B6
若山さんは桂報告書においてGOFのFI-SCは作った記憶が無いと証言していることになっている。若山さんの証言が正しいのなら、小保方さんは捏造犯だということになりますね。準公務員である理研のCDB所員は誰でも小保方さんを警察に突き出さないといけないことになっている。でも、桂報告書は記憶が無いと書いているので、忘れていただけの可能性があるのに訴訟は起こせませんね。真面目に調査しているんでしょうかね。理研は警察にちゃんと調べてもらうべきだったんじゃないでしょうかね。
それにしても奇妙なのは、小保方さんはどうして存在していない筈のFI-SCで笹井研でのレターリヴァイズ実験をしているのでしょうか。無いと明確にわかっているものをあると書いたら若山さんが気づくから、捏造するにしても、そんな非常識なことはしないでしょう。小保方さんは有ると聞いていて、しかもその現物の細胞を持っていたからレターのリヴァイズ実験をしていると考えるのが普通です。又、逆に、どうして存在しないGOFのFI-SCがリヴァイズ実験で使われていることに関して、作ったはずの本人であるはずの若山さんが共著者に名を連ねて、平気で論文発表記者会見に列席していたのか。奇妙すぎますよね。
56. 一言居士
2019年12月19日 18:15
あなたは、CD1のTSは若山研でGOFのFI-SCを作るときに、小保方さんがGOFのCD45陽性細胞から酸浴STAP細胞を作成したものを若山さんが受け取って、丹羽さんとは無関係なCD1のTSを用意して(丹羽さんから貰ったものでも構わないが)、そのTSと共培養してFI-SCを作成したが、Oct4でFACSソート選別したときに10%程共培養した時のCD1のTSが残ってしまったのだという推論ですね。「僕のマウス」TSはGFPが入っているから後にソートできないからCD1を使ったということですね。
この場合、系統樹の丹羽さんのCD1のTSとは無関係だということですね。分かりました。可能性としてはあり得ますね。特に共培養で多能性細胞の無限増殖能が得られるのかどうかも私は知りませんし、若山研でCD1のTSを作ったり、購入したり、他者から譲り受けたか否かも情報を持っていませんから、何とも言えないという意味で可能性を否定しません。
ただ、木星リストのTSは「僕のマウス」TSかリヴァイズ実験以降の丹羽さん提供のCD1のTSしかありません。共培養というのは若山さんがこっそり行っていることになるわけですから、小保方さんは当然持っていませんね。
57. 一言居士
2019年12月19日 18:17
次に「FI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現された」という件。報告書16P。
>>
４）未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq データで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いる と Letter Fig.2i は再現できない
私が勘違いしましたね。でも、ここは単純でないです。「未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データ」とは何か。GRASへの調査依頼は3回行われている。1回目はレター論文とは全く無関係な若山研時代の検査要請です。2012年8月に提出されている。この後小保方さんはヴァカンティの許に帰ってしまうわけですね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。
58. 一言居士
2019年12月19日 18:19
「第一回目として」というのは桂報告の書き手の思い込みで、この時に第二回とか第三回は予定されてはいません。そもそも理研に雇用される予定すらなかった時期のものです。ですから当然Letter Fig.2i を作るために検査されたものではない。
報告書の続きです。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。
59. 一言居士
2019年12月19日 18:28
まず笹井さんの書いたレター論文の趣旨に沿って、以前若山研時代に調べていた8月の既存データから樹状図を作ろうと思ったらできなかったということですよね。この時の細胞の背景は以下だった。
①TS1=129B6(CAG-GFP)
②FI-SC1=129B6(Acr-CAG-GFP)
この二つは論文には使われていなくて従って公共データベースにも登録されていない。恐らく①は「僕のマウス」TSです。②はF1のFI-SCですから、CTS-1だったんでしょうね。CTS-1は2012/5/25の培養開始で、後の検査で129B6(Acr-CAG-GFP)だと分かっている。ただし、この分のTru-seqデータは樹状図には使われなかったということですね。でもChIP-seqのデータはあって、論文でもFigure 4に使われているし、公共データ登録もされている。以下ですよね。
>>
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells
同じくTs.Marker さんのIGV解析結果は以下でしたよね。全能性細胞に近い発現結果ですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね) マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171567
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171568
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
60. 一言居士
2019年12月19日 18:30
樹状図になぜできなかったのか。普通は事実が樹上図のような関係には無い可能性があるからでしょう。そういう場合はどうするかというと、もう一度ちゃんと検査してみようということになりますね。それが1月の検査でこれこそが樹上図が作成できるかどうか初めて確かめられた検査ですから、笹井研で行われたものです。若山研での研究とは何の関係もない。若山研で作られた細胞の性質を笹井さんが新たに調べ直したということです。結果は以下です。
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP) 1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月
③TS2=CD1 1月最終もしくは8月
①の公共データベース登録データは有りませんよね。従って樹状図にはCTC-1は使われていない。論文の樹状図に使われたと書かれているがどうしたのでしょうか。小保方さんが登録してないのに桂チームは何を解析したのでしょうか。まさかChIP-Seqデータは樹状図には使われてませんよね。残るのは②しかない。B6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。そしてGOFのFI-SCはつくられてないと若山さんが主張している。するとこれは、GOFのESに丹羽さんのCD1のTSを少し混ぜたものだ。捏造ですね。理研はどうして小保方さんを提訴してないのでしょうか。公務員法違反です。公務員は犯罪を見つけたら警察に届けなければならない。
61. 一言居士
2019年12月19日 18:33
あなたは以下のように私の勘違いを訂正してくれた。
>>
未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現されたということ。
FI-SC3は報告書が捏造細胞だと言っているB6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。あなたはそうではない。GOFのFI-SCは作られているのだと。ただ、その作り方に共培養過程があって、TSと共培養するのだと。そして若山研でGFPの入っていないTSとしてICRマウスが使われたのだと。ICRマウスは若山研にキメラのリシピエントマウスとしていくらでもある。この共培養したTSをFACSで取り除いた時に幾分残ってしまったのだと。
なるほど。ストーリーとしては分かりました。ただ、どうしてキメラができているのに論文を取り下げねばならないのかは理解できてません。
62. 一言居士
2019年12月19日 18:34
最後の件、よくわからないんですが、私が求めているのは以下の記述の有る論文で、無料のフルテキストです。さもなければ14の脚注の部分コピペでも構いません。
>>
”We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ”
取り敢えず以上です。小保方さんの捏造なのかということは後に又考えます。余りに長くなりそうなので。
63. 一言居士
2019年12月20日 10:59
続きです。
[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたGOFのFI-SCと丹羽さんの提供したCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたCD1背景のES細胞ではなかったのかという私の桂報告書主張に対するアンティテーゼとしての可能性提示は否定されました。
否定してくれたのはTs.Marker さんです。根拠は、[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]は樹上図作成に使われているもので、Letter Extended Data Figure 5-e,f での実験分ではないというものです。つまり、あなたの言葉では「FI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現された」から樹状図作成用に捏造されたものなのだという桂報告書の主張は否定されないという指摘です。
Ts.Marker さんは桂報告書に対しては、樹上図用のこのFI-SCは小保方さんが捏造したものではなく、そもそも若山さんがGOF背景のFI-SCを作るときに行った操作であるTSとの共培養に使用したCD1がFACS選別で残ってしまったものだという説明を与えた。
無論、この仮説は調査されていないので実証証拠は何もない、可能性だけの説です。
64. 一言居士
2019年12月20日 11:01
我々は他の情報から小保方さんの捏造は無いという結論を得ているので、FI-SCに関しても小保方さんの捏造は無いはずだと推測している。だから[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われた細胞ではないのかと考えたが、今否定された。かといってTs.Markerさんの可能性指摘はご本人に努力していただくとしても実証が困難そうである。我々は小保方さんが無実だと確信しているので、桂報告書の主張には間違いがあるはずだと考えて居る。ならばもう一度彼らの主張を吟味して見なければならないようだ。
樹状図に捏造があるという指摘である。こんなところに捏造があつてはキメラ作成時のESコンタミまで疑われても仕方がないでしょうね。我々は無いと思っている。
樹状図は何時作ることになったのか。
65. 一言居士
2019年12月20日 11:02
小保方さんはリジェクトされたサイエンス投稿論文をベースに12/11ヴァージョン原稿を作成していて、これを笹井さんに渡して、笹井さんはアーティクル論文をリヴァイズ完成させた。この時に、小保方さんは若山さんの幹細胞研究に関するデータを与えられていて、論文にするように依頼されていたが、その原稿もデータとともに渡していた。
12月中に笹井さんはアーティクルを纏めて小保方さんはそれを持って渡米しヴァカンティに見せた。ここでヴァカンティが喜んで、笹井さんに任せることを了承したので理研との間で特許に関する共同申請の話もついた結果、1月から笹井さんはレター論文の執筆に入った。これはご本人が証言しているようにアーティクルと違って小保方さんの持っていたデータを使って一から自分が書いたとされている。無論、若山さんの了解も得ている。手記によればネイチャーに二報同時で再投稿するということに拘ったのは若山さんだと言われている。この方針は1月に笹井さんがレター原稿に着手した時には決まっていたことになる。
66. 一言居士
2019年12月20日 11:04
一から書き直したとは言え、小保方さんは幹細胞化の論文も書きかけてはいたようですので、樹上図がこの時に入っていた可能性もある。桂報告書26Pでは、最初からあったかのような聞き取りになっている。
>>
１２）Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成し た系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点 Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、その データをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際には Callus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試 料が、Letter ではCD45+となっている点
「論文の図では系統樹の一部が除かれている点」と書かれていて、2012年8月に既に樹上図の構想があったかの如くに書かれている。
ここは8月時点で系統樹があって、その図から何かが除かれていると解することもできるし、後にできている系統樹にはこの8月時に調べたデータの一部は使われていないと解することもできる。桂報告書の書き手の思い込みの間違いは既に指摘していて、8月には小保方さんは理研に来る予定になっていない。歴史的思考訓練のできてない人はこういう勘違いを往々にしてするものです。ただ、証拠根拠が何も開示されていないので、書き手の勘違いが、事実認識に何か間違いを生じさせているかどうかは分からないところです。
67. 一言居士
2019年12月20日 11:07
系統図は小保方さんがデータを笹井さんに渡したときに既に構想されていたのか、或は笹井さんが構想して添付しようとしたのかということです。誰でも気づくのはSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞という言葉を作ったのは笹井さんだということです。それ以前にはどういう認識であったかというと、酸浴カルス細胞があって、そこからES-likeに誘導した細胞とTS-likeに誘導した細胞があるという認識です。小保方さんの認識は若山さんの構想通りで、自分で行った実験ではありませんから、聞いた通り以外には無いわけです。この時点で、こんな論文の書き方はトンチンカンだという話は今はしません。
小保方さんは若山さんの話と貰ったデータを見比べて何とか論文にしようと考える。Figure 4です。なんだか知らないが自分の作った細胞は若山さんが何かしたらES-likeになったり、TS-likeになる。後に若山さんはサイエンスカフェの関氏に自分はそんなことは言ってないのにあんな論文になってしまったと弁明したらしいですが、誰でもあのサンプルを渡されて論文にしてくれと言われたらああなりますね。共著者の癖に何をいまさらそんなことを言ってるんだということです。ただ、2012年8月には笹井さんにも責任著者になるよう引きずり込んでいる。責任著者を降りたいと言った。論文を既に見てるんです。論文が間違ってるんだったらここが間違ってるんだと訂正させないといけないですね。訂正はされていない。
なぜ。ちゃんと話し合えないのか。その理由は私は既に解明している。ここでは繰り返さない。
68. 一言居士
2019年12月20日 11:08
論文の系統図がいつ作られたかに関しては上記引用に引き続くところに書かれている。
>>
（調査結果） RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことか ら、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあっ た。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料 に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエン スを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説 明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置 するものを最終的に作図に用いたとのことであった。TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。
「CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した」んです。笹井さんが参加して後です。でも、「当初の系統樹」があった。
69. 一言居士
2019年12月20日 11:09
「当初の系統樹」はいつのものか。「マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあった」以前です。そして2013年3月の 「Nature再投稿」以前です。
「最終的に作図に用いた」のは何時ですか。スライドでは1月最終、本文では8月です。
>>
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP) 1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月
③TS2=CD1 1月最終もしくは8月
①の段階では作図できなかったんでしょ。出来ないままに系統樹をできてる説明文と一緒に投稿したんですか。そんなことできないでしょ。8月の結果系統樹ができたのなら3月の投稿時には系統図はまだ添付されていなかったことになりますよね。だから本文では8月の分であるはずなのに、スライドでは1月に二度提出されていることになっている分の最終だとされた。系統樹は最終的に完成された時点で3月投稿されたままのものである。そういうことになる。では本文にある8月の解析に提出された分は何なのか。
②と③は公共データベースに提出しなければならなくなる分を提出しただけなのではないか。すると最終図に使われたFI-SCは①だったのではないか。何か嘘がありますよね。
70. 一言居士
2019年12月20日 11:12
Letter Extended Data Figure 5-e,fで行われた実験に関してもう一度リヴューしてみましょう。JAKiの検証は査読者の要請です。3月に投稿した論文には無かったものです。以下、流出査読文のReferee#2さんのコメントです。
>>
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cills, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.
査読は当然ですが既に書き込まれていることに対してコメントされている。ここではGFPを言ってるのではなく内在性のOct4とNanogの発現を免染で確認したらいいと言ってますね。GOFのFI-SCがあるという前提にはなっていないコメントです。でも最終的に論文ではOct4-GFPのFI-SCがあって、それを使った写真になっている。当然ですが笹井さんと丹羽さんが相談に預かっている。だからこそBFPのESを提供している。これを使ったら明確な結果が出るよというアドヴァイスとともに小保方さんに渡しているのです。小保方さんがGOFのFI-SCを持っていると思っているからこそ渡した筈です。しかし、木星リストにはFI-SCのサンプルは4つしかない。しかも、マウス背景を知れる記載は無い。
71. 一言居士
2019年12月20日 11:14
その4ラインの木星リストの記載は以下です。FI-SC（ＦＧＦ4 ｉｎｄｕｃｅｄ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ） と聞き取りされている。
>>
11番 Call TＳ-1 2 若山TL樹立 (丹羽 2014/6/17 調査持出)
12番 Call TＳ-11 1 若山TL樹立 (丹羽 2014/6/28 調査持出)
13番 Call TＳ-12 1 若山TL樹立
14番 Call TＳ-13 1 若山TL樹立
桂報告書25Pの説明です。すごいですね。何を言ってるのか分からない。日本語になってませんよね。
>>
（評価） Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹 立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作 製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性が あると判断した。
72. 一言居士
2019年12月20日 11:16
71が11のところに飛んでしまった。
73. 一言居士
2019年12月20日 11:17
11番は全解析を受けていてAcr-CAG-GFPでOct4-GFPが無いことが証明されている。では12-14番はどうか。ものすごい日本語ですね。Oct4-GFPがあるかないか、全解析したらいいんでしょ。でもGFPが入っているのは遺伝子解析しなくても分かります。これは解凍して培養中の細胞に紫外線を当てると蛍光しますからすぐわかる。この場合FI-SCだという建前になってますから、Oct4-GFPでもCAG-GFPでも、Acr-CAG-GFPでも暗室の中で紫外線を当てると蛍光します。
知りたいことはこのGFPがOct4-GFPか否かということで、全解析するか、一部シーケンシングする以外には知りようがない。それをどうしたということが書いてないのです。細胞リストには4株ともGFPはAcr-CAG-GFPだと書かれている。特にBCA報告のリストではCTS-1は全解析され他はシーケンシングされているとされている。でも、ここの本文は意味わかりませんね。どこからFES1のコンタミなんて話が出てくるのでしょうかね。これが言えるためには12-14番はシーケンシングで確かめてOct4-GFPは無かったとまず言わないといけない。あったのか、なかったのか。これだと少しあったのかという風に読める。少しでもあったら、それは何が混ぜられてようと元の細胞がGOFだということの証明になる。もしOct4-GFPが少しも無かったのなら、他にFI-SCが無く、この実験を行ったのが小保方さんたちであることは自明なので、使った細胞は持っているはずである以上、それが無いことによって小保方さんの捏造が決定する。
74. 一言居士
2019年12月20日 11:18
この書き方はOct4-GFPは全くなく、小保方さんの捏造を示唆しているが、それをごまかす為にFES1が混入して全体を支配してしまったがために元の細胞が駆逐されつくしてしまったと読めるようにレトリックを弄しているように思える。すると理研はむしろ小保方さんを庇っているのだということになる。でも、こんなことを本当に小保方さんがしていたのなら、とんでもないことで、若山さんのみならず、笹井さんと丹羽さんをも騙しているんですよ。処罰されて当然です。若いからと言って庇う方が間違ってる。とことん精神棒を入れ直してやらないといけない。それでも教育者か。
我々はキメラ捏造者はそれを意図していたわけではないが若山さんだと思っている。いろんな事情で嘘がそのまま最後まで貫徹してしまったとみている。若山さんが怪しい根拠はFES1の出所を明示しないこととラベルと中身の違う細胞を理研に提出していること等たくさんある。
若山さんが犯人だとその互いの証言の鋭い対立から演繹して小保方さんは犯人ではないということになる。小さな理解可能な不正は問わないが、この存在しないGOFのFI-SCがあるとして実験を行い続けた捏造行為はありえないことになる。
75. 一言居士
2019年12月20日 11:20
報告書24Pです。
>>
１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が 確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹 細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）
「系統として樹立されなかったのではないか」って、疑問符のままではいけませんね。どちらかによっては犯人が決まる。しかも若山さんは作って無いといい、小保方さんはその細胞を持っていて、論文の実験を行っている。二人の内のどちらかが犯人です。第三者は入れませんね。片や作ってない、方や作られたものを持ってる。こんな明らかなことはありません。
一般人もそれぞれ自分の仕事の都合があって専門家と同様に合理的論理を身につけています。論理自体には専門知識は関係しない。専門家でも論理がおかしければただのアホだと分かります。桂報告書はアホの書いた報告書だと一般人はおもってますね。お前たちは自分の専門分野でもちっとも仕事できてないだろうと見ている。
76. 一言居士
2019年12月20日 11:24
さて、小保方さんが捏造したのだという仮定に戻って、この時に使われたGOFのFI-SCと称するものは、小保方さんの手持ちのESだとしたら、学生からコントロールに使うために貰ったGOFのntESか、若山さんが作ったGLSを使うしかないでしょうね。
Letter Extended Data Figure 5の実験はJAKiを使ってESではOct4-GFP蛍光が消えるが、FI-SCでは消えないという写真を掲載している。Oct4-GFPですからGOFのFI-SCだということになっているし、又ESもGOFのESだということになる。
ここで小保方さんはGOFの受精卵ESを持ってないということに注意を向けないといけませんよね。
ntESと受精卵ESはESという言葉は作られるプロセスに関して共通していますが、核の中身が違います。方や自然胚で、方や系譜決定されてしまっている体細胞を受精卵の細胞質の力を借りてリプログラムされているものです。このリプログラム段階がどのような状態なのかが研究対象になっているわけです。受精卵ES細胞は胎盤貢献しない。これは普通のES細胞の取り出し方だと貢献しない。2005年に丹羽さんが胚盤胞期の特殊な段階での選別をした結果胎盤貢献するESを作った。因みに無論、小保方さんにはできません。いろんな操作をしないといけない。
ntESもESだから胎盤貢献しないという論理的類推は通じません。実証的にこれも普通には貢献しないという結果がでているだけです。どちらも研究過程にある細胞ですから同じと考えて実験するのは間違いの元でしょうね。
77. 一言居士
2019年12月20日 11:28
ではJAKiの研究はどうなのか。これは受精卵ESで確かめられている結果ですよね。この実験でコントロールに使うのは受精卵ESでなければならない。或いはその方がベターだということは明確で、わざわざntESを使う理由はない。では、Letter Extended Data Figure 5-a,bのESは受精卵ESなのでしょうかね。もしそうなら誰が提供したものなのでしょうか。というのも小保方さんは学生に貰ったGOF ESしか持っていなくて、これはntESです。
Oct4-GFPを発現して蛍光しているこのES細胞にJAKiを垂らしたらGFP蛍光が消えたという実験写真です。もし、これが学生のGOFのntESだったとしたらntESでもJAKiの効力は同じだということになる。私はntES論者でFLSもGLSも若山さんが小保方細胞核を使って作ったntESだと考えて居る。従って5-c,dの実験でJAKiを垂らしてもOct4-GFPが消えないのはntESの性質だと考えて居ましたが、もし5-a,bが学生のntESだったとしたら、私の説の間違いを証明していることになる。
私の説が成立するためには5-a,bは誰かに提供して貰ったGOFの受精卵ESであってもらわなければ困ることになります。因みにこの段階では後のGFPの漏れ出しは無関係です。
78. 一言居士
2019年12月20日 11:30
ちょっとほんとに長くなりつつある。明日にします。何か変なところはご指摘くださいよ。そうでないと自分のブログでなくここでやってる意味が無い。以上です。
79. Zscan4
2019年12月20日 21:53
特に連騰制限はしないつもりなので。
でも、あなたのおかげで一研究者ブログでコメント欄１ｍ離れてLさんと話すことになったのは笑ったな。
80. 一言居士
2019年12月21日 08:17
本当は自分のブログでやった方が図表が使えて考えやすいんですが、批判してもらいたくて書いているのでここでないと意味が無い。一研究者時代のことはもうよく覚えていません。あの頃は自分の分からないことがあって専門家に尋ねたくて参加していましたが、スピン屋さんばかりだと知って、途中からは斜に構えてましたね。アク禁を食らって出て行った瞬間にntESではないかと気づいた。さて、終わらせましょう。
このJAKiの実験は査読者に言われたものです。ヤーヌスキナーゼの発現を阻害すると複雑な経緯の結果細胞は多能性維持を止めて分化し始める。その結果としてOct4発現も止まるんですね。だからOct4-GFPも光らなくなる。ES細胞で確認されている実験なんでしょ。丹羽さんなんかの専門分野のようですね。小保方さんはLetter Extended Data Figure 5-a,bでまずESでの確認をした。次にFI-SCで同じことを行ったら蛍光は消えなかった。つまりOct4-GFPは消えなかった。だからES細胞のコンタミはないのだ。
そうなのか?誰がそんなことを言ったのか?
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.
81. 一言居士
2019年12月21日 08:20
査読者が言ったんですね。STAP細胞もしくはESがコンタミしているんじゃないかと。なぜなら、TS-like cellsからはNanogが発現しているからだと。でもそもそもFI-SCはESマーカーとTSマーカーと両方発現するんですよね。Ts.Markerさんの分析でもそうなっている。
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
82. 一言居士
2019年12月21日 08:21
Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.と言ったのは査読者です。分化を抑制しているのはヤーヌスキナーゼと連動している複雑な仕組みだ。私はど素人なんでよくわからない。でもこれを阻害したらES細胞に限らず、STAP幹細胞も、FI幹細胞も分化を始めてしまうのではないですか。査読者のアドヴァイスが間違ってませんかね。
でも査読者のご機嫌を損ねることはできませんからね。言われたことはやったのちに説明をすればいいだけですね。
小保方さんは5-c,dの実験の結果蛍光が消えないと示した。でもFigure 4-cでもまたTs.MarkerさんのIGV結果でもFI-SCはOct4を発現している。つまり多能性維持している。これはJAKiを入れたら分化し始めて消えるべきもののはずです。
小保方さんの理解は査読者がJAKiを入れたらESは消えるからそれでも残ったら本物だという説明なので、残っているから本物だと証明したことになっているのだけども、査読者が間違っているので、JAKiを入れたら本物も多能性細胞なのだから、分化し始めてしまう。つまりOct4-GFPは消えないと変だという可能性だってある。
小保方さんは素直に査読者の言に従って、GOF由来だと信じているFI-SCにJAKiを垂らしてみた。すると蛍光は消えなかった。ほらESはコンタミしてないでしょうと査読者に対して回答してニッコリ笑った。
83. 一言居士
2019年12月21日 08:23
ESは分化してしまってOct4-GFPは蛍光しなくなる。だからESのコンタミでないことは間違いないです。このケースで小保方さんがGOFのFI-SCを作るときに若山さんに学生のntESを渡していたらどうなのか。この場合は5-a,bも学生のntESにしておかないと分かりませんね。調査不足してますね。受精卵ESでもntESでもJAKiを垂らすと分化し始めるのなら、ここでOct4-GFPが蛍光し続けているのは小保方さんは捏造してないという証拠にもなるんですけどね。ただ、その場合、Ts.MarkerさんのIGV結果にOct4発現があるのに、JAKiが効かないというのはこのFI-SCとは何なんだろうという疑問は出ますね。でもそれが研究というものでしょうね。
他方、Oct4を発現しているのにFI-SCがOct4-GFPを蛍光し続けているのは変だと疑義することもできますね。この場合は桂報告の疑義と重なってくる。つまり、小保方さんの使っているFI-SCはCAG-GFPなのではないかということです。本人は当時いろんな実験が同時に行われていて、いろんな種類の背景のマウスでSTAP細胞を作らされている。彼女はCTS-1はF1でCTS-11～13をGOFだと思っていたのではないかという疑義です。
84. 一言居士
2019年12月21日 08:24
小保方さんは細胞を間違えてないかということです。細胞に二種類あると思い込んでいたのではないか。でもここは若山さんの証言通り一種類しかなかった。これだと蛍光が残っていることを査読者の勘違いに誘導されて、小保方さんは分からないままに本物の証明になっていると思い込んでしまったことになる。この辺り、丹羽さんもどの程度深く査読文を見ていましたかね。もし私の理解が正しいなら、査読者が安易な勘違いしたアドヴァイスをしていたということになるんですが、笹井さんと丹羽さんがよく読めばわかるはずです。どの程度よく読んだのか。笹井さんは副所長ですし、丹羽さんもメンターに指定されているとは言え自分のラボも運営している。忙しいのは常識的に理解可能ですけどね。調査が不足していますよね。というより桂報告書は出来るだけ隠そうとしていますからね。まあ、苦しい本音は分かりますけどね。しかし、世間はアホだと思ってます。仕方ありませんね。
85. 一言居士
2019年12月21日 08:26
いよいよExtended Data Figure 5-e,fです。まずはこのFI-SCがGOFであるというケースからです。
GOFのFI-SCの中にこれもGOFのESを10% 混ぜた。ただし、このESは更に加えてCAG-BFPが挿入されていて、常時ブルーに蛍光している。この状態で紫外線を当てて暗室撮影するとOct4-GFPとCAG-BFPが同時に蛍光する。緑と青が両方見える。上段がブライトフィールド、中段がグリーンフィルターを使ったOct4-GFP確認写真、下段がブルーフィルターを使ったCAG-BFP確認写真。そして左の列はJAKiを入れず、右は入っている。CAG-BFPは分化しまいとしてようと常時ブルーに光っている。下段は両方光っていて当たり前です。
何のためにBFPを使ったか。ちゃんとES細胞を入れているよという証明のためです。5-a,b,c,dは写真ですからどのようにでも捏造できる。でも5-e,fはESをちゃんと入れているぞという同時証明が可能です。
86. 一言居士
2019年12月21日 08:27
これって変でしょ。論文って捏造じゃないぞという視点で書くものじゃない。どうしてこうなるかというと、皆が信用しないからです。嘘だ、コンタミだ、何かの間違いだと、査読者が疑うから、嘘じゃないと抗弁する。
嘘だと言われたら、どこか敷居の低いところに発表してたらいいんでしょ。発表さえしてたら最初の発見者だという証明は確保されている。後は皆に知られない方がいいじゃないか。誰も知られないところでコツコツ潜行して研究できる。人が気づいた頃にはすっかり水をあけていて追いつけない。それが当たり前じゃないか。
どうしてそうならないのか。理研が論文を通してやってくれと組織決定しているからだ。論文を著名誌に通すことが目的になってしまっている。いや、こんな新発見をしている小保方さんを米国にやってしまうのかということもあるし、特許利権も思うし、理研でキメラができたのに何かもったいないなと。それも自然な思いでしょうね。竹市さんはいろんなことを考えたんで、別に捏造じゃないという論文を書けと言ったつもりは無論ないでしょうよ。でも指示された方は通さなきゃいけない。その辺の雑誌にぶら下げとこうという選択肢は笹井さんたちには最初から閉ざされている。笹井さんはヴァカンティ氏と特許の話も同時にしている。いろんなことをする過程で皆の思惑の集約した結果、捏造じゃないという論文を書くことになったというだけです。全体の中の個の行動は単独でそれのみを取り出してどうこう言えるものじゃない。社会の中の、とりわけ組織の中の個というのは基本的にはいわば時計の歯車ですからね。
87. 一言居士
2019年12月21日 08:32
で、まあ、そういうことは世間の一般人は最初から一目で判断してますよね。長い経験で臭うからね。もうそれで理解してしまう。一般人が分からないのはなぜキメラができたのかということだけです。
戻って問題は中段です。何もしないときはFI-SCもESも緑に光る。JAKiを入れたらどうなるか。
私の持ってる論文の写真は無料だったころにエクセルにコピペしていたものなんですが、肝心の蛍光があるのか無いのか判別できないんですけどね。
とても大きく拡大してもよく分からない。というより結果はグリーンの蛍光があるのは左のESだけです。FI-SCは左右ともに緑の蛍光が無い。無論、ESはJAKiを入れた右ではグリーン蛍光は消えている。
あなたのはどうですか?
次にFI-SCがCAG-GFPだったケースですけど、中段にグリーンが見えないので分かりませんね。見えてる結果だけいうとCAG-GFPは無いという結果です。そもそもCAG-GFPもOct4-GFPもどちらも光ってない。このFI-SCって何なんでしょうかね。
取り敢えず以上です。どこかで切り上げて自分のブログに戻りたいと思ってるんですけど、なかなか切りが付きませんね。
88. Zscan4
2019年12月21日 18:50
STAPはいろいろあるようなのです。
かってに纏めた表はこちらです。(https://twitter.com/ts_marker/status/1158669913352884224)
89. Zscan4
2019年12月21日 19:07
>>83
CTS1の時は 1stap/well x4 確立できたのは3ライン
マテメソでは
”For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAPcell clusterswere transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 onMEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates. ”
90. Zscan4
2019年12月21日 19:23
>>86
そうだからこのFI-SCはシーケンスにかけられると”コンタミ”してると指摘されてしまう。
（あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい？)
また、 ESやntESだらけだったはずの研究室なのに、ESは同時には培養してなかったと論文にも書かせた。（あの日より）
コンタミ捏造と言われては、一挙に信用を失うはずだ。
91. 一言居士
2019年12月22日 17:56
若山さんの持ち出しリストと論文や木星リストとの齟齬はOoboe さんとパートナー氏の課題でもありますね。ご指摘のものだけでなく、コントロールTSは樹立2と書かれていますが、木星リストには129B6のTS-3,4,5,6がある。FLBに至っては全部で8ラインの樹立の筈なのに、木星リストには11ラインある。中でも4Nは4ラインの樹立のはずなのに7ラインある。しかも全体のナンバーが1/31,2/2(4N)、2/3の作られた日付順と違って打たれている。ひどいものです。
以上です。
92. 一言居士
2019年12月23日 07:51
（あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい？)の件は、まず(あんまり光らないFI-SC)という言葉は5-e,fの実験から思いつかれた言葉ですね。JAKiが無くてもそもそも光ってないFI-SC写真はここにしかない。
ここでのやり取りは自分のAC129を巡る問題13ブログに一旦移し替えて、もう一度よく整理します。以上です。
- 2019/12/08(日) 09:33:31|
- AC129
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