一言居士の独言

>>hidetarouさん
スクショの件は別として、あの画像は論文のものそのもので、不鮮明といえばもともとの論文画像が不鮮明なんです。あの方のブログは2005年から始まっていてそもそもはSTAP事件とは無関係です。置かれている画像はとても客観的なものです。gとeで縮尺がちょっと正確な比較になっていませんが、元画像左下隅にスケールが入っていて1マイクロメーターなんですから見てる方が頭の中で少し調整したらいいだけですね。
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楠本 英正さんがリンクをシェアしました。
3時間前
（４）Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点
某所からコピーした画像は不鮮明。

(続き)CD45+(陽性)というのはマウスの白血球の抗体マーカーですべての白血球で発現しますが種類によって発現量が異なる。一番強く発現するのがリンパ球なんですが、他の白血球が発現しないわけではありません。今、あのね氏と検討しているのがその問題だということはお分かりだと思います。
私は　[STAP細胞　< 　CD45+細胞　< 　ES細胞=STAP幹細胞 ]　ですねと問題提起しています。

(続き)小保方さんは論文では主にリンパ球を使ってSTAP細胞を作っています。TCR再構成の実験をするときだけはCD90でもう一度T細胞だけをFACS選別します。でも厳格な選別ではないから、丹羽さんがヘテロな集団だと言ってるんですね。
マウスの白血球のもともとの構成割合はB細胞:60%、T細胞:30%、マクロファージ:5%、その他、5%です。脾臓の構成細胞全体での細胞の大きさは5から10マイクロメーターです。

(続き)
参考
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David Aphkhazava
23.19
Size of mouse splenocytes?
Does anyone know what the size of a mouse splenocyte is?
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Joseph michael Cantor
University of California, San Diego
5-10 um on average, with resting B and T cells comprising the lower end of the range and macrophages on the upper end. Adult mouse spleens typically contain 1x10e8 white blood cells: 50-60% B cells, 30% T cells, 5% macrophages, and <5% others.

(続き)桂報告書26Pには以下のようにあります。論文取り下げ理由になっている件も含めて、間違いは研究不正ではないので、真偽は調べられていなんです。調べればわかるというのに。
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１３） 予備調査の結果、本調査での検討は不要とされた以下の事項についても検討した が、研究不正行為はないと判断した。

(続き)さて、ここから検討ですが、私もちょっとスケールに関して見落としていたことがありますね。それは置いといて、まず問題はSTAP細胞の写真です。縦にひょろ長いですね。インジェクション時のSTAP細胞はどれもほぼ球形ですね。比較対象にCD45+細胞がありますから、リンパ球を選別して作ったSTAP細胞だと主張しているんですね。でもSTAP細胞は縦の長さはほぼCD45+細胞と同じですが横幅が縮んでいる。なぜかということですが、FACS選別は厳密ではありませんから、マクロファージをたまたま拾ったのかとも疑義しますが、たくさんある中からわざわざそんな少ないものを選ばないのではないですかね。あれが培養中で凝集していない状態での形なんですかね。酸につけると細胞膜自体が溶けるということと幾分かの浸透圧に影響する濃度差で水分が外に出るということの両方が考えられますが、そんなことしたのは世界で小保方さんだけなんですから、やった人がちゃんと説明してくれないと一般人にはわかりませんね。
(続き)一方でCD45+細胞とES細胞の大きさの比較ははっきりしていますね。ES細胞は枠からはみ出していますね。CD45+細胞は枠の中に納まっています。gの写真の左端のCD45+細胞の写真を拡大してノギスで測定してください。1マイクロメーターのスケールに対して外枠の四角の一片の長さは8.7マイクロメーター程度です。細胞自体は縦横の長さが違うので平均すると直径約7.5マイクロメーターです。対して同じスケールで右端の写真のES細胞のはみ出している部分を想定して直径を計るとほぼ10.8マイクロメーターです。ところがこちらはスケールがやや短いのがわかりますね。私は今まで気づいていなかった。逆残すると1.2倍しないといけない。13.0マイクロメーターなんですね。
(続き)直径の違いはESを1とすると0.56です。直径1の球を体積で半分ずつの球に分割すると0.8になる。もう一度繰り返すと0.6になる。それ以下なんですから小保方さんの選別してきたCD45+リンパ球細胞とES細胞の体積比は1/8以下なんです。アーティクルにある若山さんのインジェクション写真の細胞の大きさの関係と同じですね。ここではリンパ球が使われているんです。STAP細胞は小さいという概念ではなくて、それを作るときに使ったCD45+リンパ球のサイズが小さいからSTAP細胞も小さいので、材料となる細胞にもっと大きなものを選べば当然STAP細胞は大きくなるということです。
(続き)さて次がeの写真の方でSTAP幹細胞の大きさは中間で曖昧ですね。私はスケールがこんなに違っているとは気づかなかったですね。小保方さんは条件を整えるということに意識が薄いと桂報告書が批判していましたが。ここはひとつの三枚組写真の中でスケールが違っていると気付かなかったですね。たぶんESがあまりに大きいので一覧性を考えて調整しているんですね。ここでは厳密な大きさ比較をしているのではなくて、こういう形だと示している意識のようですが、これは関心しないですね。こちらのCD45+細胞のスケールは見えない。元画像で既に見えていません。
(続き)で、これをよく見ると私の問題提起している　[STAP細胞　< 　CD45+細胞　< 　ES細胞=STAP幹細胞 ]のうち　[ES細胞=STAP幹細胞]は言えてませんね。単純比較する限り[STAP細胞　< 　CD45+細胞　< 　STAP幹細胞　 <　ES細胞 ]です。eの方のES細胞は斜めに縦長ですが実測して縦横平均してスケール対比するとほぼ12.1マイクロメーターになりますね。ESはgとeでそれほど違わない。ESの大きさは胚盤胞期のどの段階でインナーセルマスから取り出したかによりますね。ほぼ一回分の分割差が出ます。13.0が一度分割されると10.4になります。ですから、この13.0と12.1の違いは形態の平均直径の取り方の誤差でしょうね。対して、STAP幹細胞の写真は右橋が直線で別の細胞に押されて変形しているようですね。これだけでは何ともいえませんかね。ご検討願います。
(続き)因みに、私の仮説ではこのSTAP幹細胞は小保方核使用ntESをもう一度キメラ胚に入れてESにしたものです。この大きさ比較も根拠の一つとなると期待していましたが言えてませんかね。無論、お約束しているようにここでは論じませんが私の仮説の根拠はこれだけではありません。ただ、私の仮説を否定したかったら逆にこのSTAP幹細胞の大きさはCD45+細胞の大きさだよと証明できたらいいですね。するとSTAP細胞は論文通りにあったということになるかもしれませんね。無論、私はその時には反証をたくさん出すことになります。そしてまた頭を抱えることになるでしょう。桂報告の結論の方は論外だということでいいでしょうからね。正直行くべき道を失って途方に暮れることになりそうです。以上です。


>>hidetarouさん
細胞の大きさに関する上記の私の連投書き込みの相手はあなたの以下の書き込みに対するものです。私が不用意なことを書いたもので最初の投稿をアップしていただけないようです。学さんは今スピン屋さんたちと戦われている最中でもありますからね。誰がどこから頼まれているスピン屋さんであるかに関してはたぶん私の方が学さんより詳しいでしょうね。はは。でも今はそんなことは後回しです。以上。
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楠本 英正さんがリンクをシェアしました。
3時間前
（４）Article Extended data Fig.8e について STAP 幹細胞と ES の写真の取違いが疑われる点
某所からコピーした画像は不鮮明。

1. 2019/06/01(土) 06:54:11|
2. 学さんブログ検討記録
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