一言居士の独言

(本題に戻ります)

問題はSNPs解析に戻ります。再掲しましょう。



一番下のたまたま分析を受けた129 cag-GFP mouseの15番染色体のSNPsパターンは最上段3つの細胞とは違うというところを確認してください。これは若山さんの129マウスにマウスコンタミがあるからでしたね。解析を受けた129と上3つを作った時の129が少し違うのです。でも上三つは同じマウスからできている。そしてAC129はどうせ若山さんが「僕のマウス」ES-6を詰め替えたものです。しかし、STAP Lysateは違いますよね。これは小保方さんがChIP検査のためにかき集めた細胞だと証言していると伊藤さんが記者会見で語っています。人から取り戻している細胞ですね。このときに誰かが129B6F1 ES6を渡しましたね。AC129の実験時ではありません。小保方さんはF1のSTAP細胞として提出しているのです。

このことは何を意味するかというと、既に2012年の8月には小保方さんは嵌められているということです。そして原因は恐らく特許での対立です。若山さんはこの対立での経緯でこのまま放置できなくなった。万が一の時には小保方さんの捏造で逃げる準備が行われている。と考えると何となく辻褄はあう。でも、これはSNPs解析結果ですね。思い出してください。Nanogの発現解析はSTAP細胞とES細胞は違っていましたよね。伊藤さん。本当にSTAP Lysateが残っていましたか?
>>
ただ、唯一やったのが、あ、GRASの方に残っていたChIP seq　のinput 、しかもSTAP細胞のインプットはDNAとして残っていたので、それが10ページバワーポイントの、えーと、ところに書いてある、３番のアイテマイズして書いてあるところですけれども、これに関しては、えーと、３０倍になるだけ、他のゲノムと同量となるまで読んでいます。そして、読んだ結果、この、同一であるということを、ま、認定したということで、それ以外に、それ以外に関しては、ま、残っていませんのでやってない、やってません。
(*ttps://www.youtube.com/watch?v=M9oJGioHvIQ　1:15:00から)

因みにここで伊藤さんはこのたくさん集めた細胞は別の実験だと言ってますね。つまり彼らはこれがAC129の実験時のSTAP細胞ではないことを聞いているんです。にもかかわらず、「公開データ再解析の結果に よれば、論文に記載された実験の中では Letter Fig.4 に使われた可能性が高く」と書いているのです。嘘ですね。彼らはここで小保方さんが若山さんの「僕のマウス」ESを使ったと主張しているのです。そのくせNanogの件は無視している。それならこの時のESは何なのか。



GRASに残されている記録を全部発表してもらいたい。若山さんのこの頃の実験ノートを出してもらいたい。どうして小保方さんばかりに訳の分からない因縁をつけているんでしょう。小保方さんは調査チームを信用して実験ノートを提出しているのに、彼らは全コピーをNHKに違法に流出させて犯人の検挙もしてないだろうが。告発すらしていない。犯罪を知ったら警察に届けるという公務員義務違反をしていて恬として恥じない。日本の知的レヴェルは明らかに下がってますね。こんなのが博士だと思うと情けないね。ははは。

さて、いよいよこの時の129/Svは何なのかという問題に入れるわけです。FLS3以下5つの細胞株の6番染色体が一番下の129 cag-GFP mouseとは違うことを確認してください。これも又別のコンタミマウスなんですね。でも他のB6のSNPsパターンは全部同じだということも確認してください。これって市販の129/Svマウスではありませんよね。アルイミオウジ氏も疑義を呈している。でももし129 cag-GFP mouseだったら18番染色体にヘテロでGFPが入っているはずです。

やっと最初の問いに戻りましたね。どうしてFES3のGFPは岡部マウス側のAcr-CAGのみが調べられて、母親側の18番にCAGが無いかどうかを確認されてないのか。もしそれがあったらFES1,2には無いはずのものですよね。仮にterで作ったという記憶が間違いでX1であったとして、しかもそれは市販の129/Svではなく、更に若山さんの129/Sv-CAGホモだったとして、更に、どうして7年も前のコンタミマウスのSNPsパターンの同じ親にぶち当たるのだ。

FES1,2ともに中身の細胞は若山さんによってFLS3に入れ替えられているということです。

さあ、大問題です。若山記者会見です。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=hD3Wd9cpo78

FLS1-8は15番にヘテロで4コピーのGFPがあり18番には無い。「僕のマウス」シリーズには15番にはGFPは無く、18番にホモで1コピー入っている。誰でも知ってることですね。
ところで15番にGFPが入っているという第三者機関の発表は間違いとされた。遠藤さんが発見したことになっているが、それはともかくとしてではFLSの18番にはGFPが無いという結論はどうなっているのか。一方が間違っているのに他方は合っているというのも変な話しで、その場合は間違った原因を述べなければならず、又同時に18番を調べた手法の確認も必要です。でもそれはうやむやになっているままなんですね。SNPsパターンは129x1/Sv-CAGホモマウスの特徴がほとんど全染色体に分布してますよね。どうなってるんでしょうかね。

今、アルイミオウジ氏がいくら兄妹交配を重ねても決してホモ化しないSNPsがあるなどというトンデモ主張中ですが、又、テヘで終わるのでしょうかね。そんな現象があるのなら、そもそも報告書のSNPs解析は意味を持ちませんね。
有る特定の129マウスが近交系マウスになったというのは兄妹交配回数が20回を超えて、基本すべての対立遺伝子がホモに揃っているものです。129特異的SNPsというのはその全遺伝子の並びの中で野生型と比較してSNPとして違っている箇所が特定されているということです。近交系マウスの中では全部ホモになっているSNPsです。これは定義なので近交系マウスの中のヘテロなSNPsというのはあり得ないんです。まずヘテロなSNPsになっていたら近交系マウスではない。以前から説明せずに一人よがりする人ですから他所から見て何とも言えませんが、近交系マウスの中でヘテロなローカスというのはいくらでもある。全遺伝子がホモに揃っているというのは実験目的での実用の範囲で言うものです。実際にはヘテロなアレルは残っています。以下が参考になる。
*www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/Kuramoto/contents/ExpAnimGenet_1_inbred.pdf



マウスの場合は胎児から成熟して妊娠できるようになるまで２０日と５０日の合計７０日かかる。２０回の交配というのは２．８年、４０回の交配というのは７．７年、６０回の交配は１１．５年です。マウスの全塩基数は３０億個程度です。６０回やってヘテロ残存率が0.0003%になった時の数は9000個です。染色体数を20として一本に４５０か所ある。２０回の交配後既に近交系マウスとして扱われるので、その場合では38,709,000か所残っているので染色体１本につき約２百万か所のヘテロなアレルがあることになる。
このヘテロなアレルは両親の違いがそのまま残っているだけのものです。これを更に兄妹交配して世代を重ねていくとヘテロだったものがどちらかに固定されていくんです。一旦固定されると何度交配してもホモなんですから子供には同じ核酸が分配される。これがインクロスと呼ばれる交配なんです。全部がインクロスになったら完全クローンになりますが、理論的にはこのやり方では無限に繰り返してもヘテロはわずかに残ってゼロに限りなく近づくが完全なゼロにはならない。
この問題と、ある近交系マウスに特異的なSNPsというのは無関係です。これは野生型と違う核酸になっている場所のことで、近交系マウスではほぼすべてのアレルがホモですから、ホモの中で野生型と違っている場所という意味です。ヘテロなSNPsなんて子供を造ったら分かれてしまうのでその近交系マウスに特異的SNPということにならないんです。定義の問題ですね。ホモで且つ野生型でない場所。そして近交系マウスの種類によって核酸の種類も場所も違っているものを特異的SNPsという。
まあ相変わらず一人で分かった気になってまともな説明が無いので端からは何とも言えませんが、この問題の解にはなってない筈です。
アルイミオウジ説の話になったので序に書いて置きますが、彼はntESG1,G2のGをgenerationと解して、最初のntESがG1で、それを使ってキメラマウスを作って更にntES化したのがG2と推測している。そして実際に若山さんはこのやり方で２０世まで作っていて別の論文があるわけです。でも太田さんのG1ははっきりしていて、2008年論文で2005年論文で作ったF1のntESを解凍して使った。その解凍した細胞を129B6F1G1と書いているんです。すると解凍する前の状態のラベルはどう書いてあるのかということになる。株分けした時に以前の分に129B6F1G2と書いたとしたらこれはgenerationの意味ではありません。ただ、日経サイエンスに太田さんは自分は２種類の受精卵ESと４種類のntESを作ったと証言している。太田さんに聞けばわかることで、彼には説明義務がありますよね。でも、チューブのラベルと中身が違っていることの説明は彼一人の判断では出来そうもありませんよね。

(残された問題の整理)

さて、問題の数も少なくなってきましたね。ただし、解の困難さは増してきました。ここらで残されている問題を整理しておきましょう。

①FLSは「僕のマウス」を渡したと一方的に証拠の提出もなく若山さんが主張しているが、実際の検査で出て来たのはAcr-CAGのB6(岡部マウス)と市販のGFP無しの129X1/SvのF1だという報告書の調査結果となっている。しかし、129側の18番染色体に1コピーのCAG-GFPが入っているのではないかという疑義がでた。なぜなら、SNPs解析結果がこの129は「僕のマウス」の片親であることを示唆しているからだ。最初に放医研がFLSを検査した時、15番にヘテロに4コピーのCAGがあり、18番にはGFPが無かったと発表していたが、後に15番のGFPが否定されたが18番に関しては何も触れられなかった。又間違いの原因もちゃんと説明されていない。内在性アクロシン遺伝子を間違えたのならホモだと思うはずでヘテロに間違うというのは考えにくい。調査自体がとてもあやしい。すると18番に無かったというのは本当なのかという疑義が残るということです。理研のチームはGFPを自分でちゃんと確認したかということです。この説明も無い。

②小保方さんはなぜローザだという説明を受けたのか。彼女は徒手空拳で何の理由もなくローザと書く動機が無い。誰かがローザだといった筈である。

③なぜカルスキメラ子の8番に3番染色体欠失があるのにAcr-GFPがないのか。多分これが我々素人にとっては最大の難問になりそうですね。というのも他のことは誰かが何かをしたとか、し忘れたとかいう可能性を思いつけるが、この問題だけはど素人ではなぜこうなるのかの一つの可能性すら思いつけない。



欠失とAcr-GFPはB6の同じ3番染色体上にある。一つの細胞に欠失が起きてそれが分裂して増える。最初は一つの細胞です。ここにAcr-CAGがあったらその後の体細胞分裂でGFPはずっと引き継がれる。欠失は同じなのにGFPが無いということはあり得ないんで、その場合は欠失の種類が違うということしか考えられない。逆にGFPありとGFP無しの細胞に同じ欠失が起こることも無いですね。まあ、せいぜい突然変異でGFPが消えたというなら分かりますけどね。そんな確率で起きることですかね。



この表ではB6に129がコンタミしている場所を指摘していますが、129にB6がコンタミしている場所を提示していませんね。もう一段深めて推定する発想力が無いんですね。そういう発想力があったらマウスコンタミの無いB6と129のデータをコントロールとして並べますよね。客観的たろうという姿勢が無いんです。まあ、科学者としての資質としては相当低い人々でしょうね。一般の会社に入っても役だたずでしょう。こういう奴って悪いことばっかり考えるんだよなあ。ときどき見かけるタイプ。流出させてはいけないデータを羽織ゴロツキとかNHKなんかに流す。



NHKに調査チームが病床の小保方さんの手元から奪い取るように持ち去った実験ノート3冊分の全コピーが流出するという犯罪があった。誰が流出させたのかをNHKが答える義務はない。又理研内での自己点検報告の草稿が作られたとき、それが毎日新聞の記者にリークされた。このリーク者を毎日新聞が公表する義務はない。しかし、二つの公務員としての犯罪が行われたことが明確であるにも関わらず理研がこの事件を警察にとどけることが無かった。これはこれ自体が犯罪ですね。
これは追及されるべき事柄です。日本は法治国家では無いのか。
内部告発も取材源秘匿の自由もちゃんと保証されている。でも違法行為は警察が取り締まるという義務も又課せられているんだとということを忘れてもらっては困る。理研は今からでもNHKに小保方さんの実験ノートを流出させた犯人を捕まえるよう依頼しないといけない法律になっている。無論、その際でも、NHKは警察に対して犯人が誰かを教えなければならないというような義務はありません。取材源の秘匿は法で保護されている。ただし、裁判所の令状があると別ですけどね。裁判所は裁判所で個々のケースで令状を出すか否かは判断します。このケースでは出ませんね。でも警察はそんなもの無くても犯人をすぐ特定しますよ。捜査権限がありますからね。実験ノートに関与した者なんて限られたわずかな人数です。こんなことをそのような人間が調査したとするサンプルの中身に工作しなかったなどと考える方がどうかしてますよね。何れ、その問題は最後の課題となるでしょう。


(①の問題から順番に)

SNPs解析結果は129が「僕のマウス」の片割れだと示唆しているにも拘わらず、その18番染色体にCAG-GFPが無いという結論は放医研の出したときのままになっている。そしてB6側の結論が間違っていたと判明した後に理研が129側を確認したか否かも知らされていない。

放医研の調査結果を若山さんが記者会見発表して後に、遠藤氏がそのデータを若山さんから貰って、放医研の出した15番にヘテロに4コピーのCAG-GFPがあると発表した結論は間違いであったと言った。放医研はCAG-GFPを探していたので、CAG-GFPのプロモーターの位置をプライマーで挟んで探していた。その時に、そのプライマーではアクロシン遺伝子の有る場所を検知してしまったのだという。支離滅裂の説明ですね。意味が分からん。




まず不可思議なのはFLSの15番に4コピー入っているとしたPCR産物は何かということです。どういうプライマーで挟んだのかということです。CAG-GFPの挿入された場所を探している。CAG人工遺伝子の並びそのものをプライマーにかけるということになる。
若山さんは自分のマウスはCAGだと説明していますね。だから放医研はCAGを探そうとした。そして順序はともかくとして「僕のマウス」には18番にホモでCAGがあるとした。若山さんは今まで自分のマウスのGFPがどこに入っているのか調べたことがなかったのでしょうかね。岡部マウスはもらった時に3番に入っていると聞いていたわけでしょ。岡部マウスは放医研では調べていませんよね。でも記者会見では3番だと答えている。普通自分のマウスのGFPがどこに入っているかは調べるよね。そもそもマウスの飼育はときどきコンタミが無いかどうかのSNPs検査にも出すものですよね。



FLS1-8の18番にはCAG-GFPが無いが、「僕のマウス」ESにはある。しかもホモで入っていると。



では、15番はどうか。FLS1-8にはある。しかも「僕のマウス」ESには無い。ところがこの15番は間違いだったという。では18番は正しいのか?
これが分からないわけです。桂報告書もGFPが何番染色体に入っているかをリスト上に記載していない。15番を間違えるような奴が18番は間違えなかったとどうしていえるでしょうか。そもそも探したプライマーを明らかにしていない。本当に両方とも同じプライマーで挟んだのかということすら疑われる。18番のCAGが正しいなら15番のCAGも正しいはずだ。アクロシン遺伝子はヘテロに4コピーなんてあり方はしないぞ。これは別のプライマーじゃないのか。



記者会見の画像ではプライマーのところが写されてないものもあって分かりにくいので、片瀬久美子氏のブログのを参考に以下に貼り付けて置こう。




上にどういうプライマーで挟んだのかが図示されている。コンストラクトというのは人工遺伝子のことで、無論これは若山さんがロックフェラー大学でB6にヴィルスヴェクターを使って遺伝子挿入したときのコンストラクトです。若山さんが行ったのですからその遺伝子構成は若山さんが知っていて、これを探すときに若山さんは放医研の知り合いに教えている。で、その末端につけられているポリＡのあるあたりの部分にプライマーを設定した。要するに若山さんの人工遺伝子の尻尾を探したわけです。
実験3は18番染色体を調べた結果ＦＬＳ1-8には存在せず、所謂「僕のマウス」シリーズにはあった。従って、若山さんの「僕のマウス」のＧＦＰ人工遺伝子は18番に入っていたことが分かったというものです。
このプライマーが分からないわけです。上の図のAの長さは286ｂｐと書かれていて、プライマーの長さは通常20bp程度を前後に二か所設定するわけです。前はポリＡのある場所ですが、後ろはコンストラクトの外に表示されている。でも、これは人工遺伝子全体が挿入された場所が分かっていませんからこの後ろのプライマーのＤＮＡの並びは分からない筈ですね。プライマーが分かっていたら既にどこに有るかわかってるということですから調査する必要はない。
ど素人が常識的に若山さんの人工遺伝子を探そうとするとき、コンストラクト全体の遺伝子の並びは分かっていますから、頭の20bpと尻尾の20bpで挟みますね。そして染色体ごとに探すとまずＧＦＰの存在している染色体番号は判明しますよね。もっとも頭の並びはプロモーターの並びなので内在性のプロモーター位置を掴んでしまうかもしれませんが、後ろの20bp以上並ぶポリＡはＤＮＡにはないので特定できそうですし、それも何らかの紛らわしいことがあるのなら、中にあるＥＧＦＰ遺伝子の頭と尻尾に設定してもいいですね。要するに何番染色体に存在しているかということはそんなにむつかしくなさそうに思われる。
ところがこの実験3は妙なプライマー設定だと見受けられる。後ろのプライマーはコンストラクトの外に表示されてませんか。これって挿入位置が既に正確に分かっているコンストラクトの存在を再確認しているだけではないのか。

また、実験4は何をしようとしているのかがど素人には分からない。こちらは全体の長さが519bpです。そして図を見る限りはコンストラクトの少し前の位置から後ろは実験3のプライマーの後ろと同じようです。つまりこの位置の中にコンストラクトがあることがあらかじめ分かっているということです。そしてその区間にＦＬＳ1-8ではワイルドタイプの遺伝子が並んでいるのだということなのでしょうが、では「僕のマウス」シリーズではどうかというとバンドが何もない。つまりその中にコンストラクトが挿入されて長くなっているから519bp以上の長さになっているからこのバンドのラインには出て来ないんですね。

これって、どこに入っているかは事前に正確に分かっているということじゃないですか。若山さんは挿入位置を教えて、それがあるか無いかを放医研に確認させただけではないですか。

となると、岡部マウスの情報も分かった上で確認させているのではないかと疑われて来る。




岡部マウスは3番に入っていることは放医研で調べたことにはなってなくて、かつ記者会見では3番と若山さんが言ってますから、あらかじめ岡部さんから教えられている。でも、この調査ではアクロシンなんて思いもよらないという前提で放医研にＣＡＧ-ＧＦＰの在処を探させているということになっている。
マウスの15番には内在性のアクロシン遺伝子が存在しています。こちらは実験3,4の後です。ＦＬＳには18番にＧＦＰが無かった。でも蛍光してますからどこかにはある。で染色体を虱潰しに調べたら15番で引っかかってきたという。変ですよね。これはＣＡＧの遺伝子配列をプライマーに使っている。若山さんのコンストラクト全体の中でプライマー設定されている。15番にはＥＧＦPはありません。因みにGFPとEGFPは同じです。蛍光発色の強化されたものです。
実験6は15番を調べたものと若山さんは記者会見で解説した。このPCR結果はあり得ないものです。ＧＬSに無いのは当たり前ですが、そもそも15番にはGFPはない。それがＦＬＳ1-8には出ている。これは何なんでしょう。
そして実験7はA-Dで挟んでいる。これって若山さんのコンストラクトの中です。絶対に出ません。何なんでしょうか。

ひょっとして岡部マウスのコンストラクトを使ってないかと考えてみるとどうなりますかね。頭にアクロシンプロモーターがついている。すると15番にある内在性アクロシン遺伝子のプロモーターを掴むということはあるんですね。そして後ろのＤの並びがあったかどうかでしょうね。


(どうしてこんなに分かりにくいのか)

まずは実験3と4から確認していきましょう。見やすいように再掲します。




プライマーAはコンストラクトの後ろの方にポリAの並びがあって、その辺りからコンストラクトの末尾の少し後ろで挟んでいる。赤い矢印がそれですが、その長さは286bpと記載されている。そしてプライマーBはコンストラクトの少し前からプライマーAの後ろの位置と同じく、コンストラクトの少し後ろで挟んでいて、その長さは519bpと書かれていて、割り算するとプライマーAの長さは実寸でプライマーBの55%の長さです。この図でも赤の矢印とバーの長さと数値はそれを正しく示している。でも私は最初プライマーAはポリAの付近を挟んでいると思いましたが、他の人はどうなんでしょうかね。プライマーAのバーの長さと上の[CAG promoter---intron---EGFP---polyA]の概念図と比較すると尻尾の部分と誤解しますね。でもプライマーBはコンストラクトの長さを縮小していますよね。破線で縮小が示されている。プライマーの長さは数値で明確に書かれていますから、プライマーAはEGFPまで含んでいるんですね。全体の55% です。どうしてこんな紛らわしい表示にするのでしょうかね。全体を縮小しなかったらいいだけですね。何も面倒でないどころか、その方がシンプルで分かりやすい。縮小している意味が分かりませんよね。人が嘘をつこうとするときこういう姑息な手段を取りがちだということはまあ、警察のようにそれを仕事にしている人々だとか、そうでなくても比較的長く生きて経験豊富な人たちにとってはお見通しでしょうかね。しなくていいことをしている。分かりにくくするため以外には考えられない操作ですね。

コンストラクトの少しでも外側を使わなかったら実験4は出来ないというのは当たり前ですが、少し外側がプライマーとして知られているというのは事前にどこに自分のGFPが入っているかを知っているということです。

プライマーはAGCTの4種の塩基の並びの20桁程度を使います。4の20乗ですから組み合わせ数がほぼ1兆1千億程度になる。その20桁と同じ並びが他の場所にある確率は1兆1千億分の1ということです。マウスの全DNAの桁数は30億塩基程度ですから、余裕で同じ場所は無いと言っていいわけです。

[18番染色体に挿入遺伝子は存在するか?]ということを示している若山さんの記者会見での説明資料にある実験3は二つある前後のプライマーの後ろ側は若山さんのコンストラクトの外側にある。つまり挿入遺伝子は18番に有るということはあらかじめ分かっていて、かつ、どの場所にあるかまで正確にわかっていて、その確認をしているPCR実験です。もし場所が分かっていなくて分かっているのが若山さんのコンストラクトの遺伝子配列情報だけだったとしたら、その外側のプライマーはコンストラクト全体がどの染色体のどの場所に入ったのか分からないのですから作れません。
この実験はすべてが分かった後にその確認のために行われた実験だということになるわけです。[18番染色体に挿入遺伝子は存在するか?]という表題も又ミスリーディングなもので、このPCRで18番に有ることを探し当てたのではありません。既にどこに有るかわかっているものを確認しただけです。

実験4はその明らかな証拠で、プライマーBは若山さんのコントラストを内側に含んだ場所に設定してある。プライマーは業者に依頼して作ってもらうわけですが、どこに入っているか分かって無いと頼めません。これはプライマーの内側にワイルドタイプの遺伝子配列があるものがバンドに出ているものです。若山さんのコンストラクトが入っていたらその分長くなりますから、このバンド位置には出ないということです。これも分かったことを確認しているのであって、記者会見の席上で放医研とやらに調べてもらったなんて大げさなものではありませんね。このくらいは自分のところでできますね。どこに有るか分からないときは業種や専門機関に調べてもらう。高価な機械が必要です。この実験3と4はそのようなものでなく、放医研に頼んだとしたら結論が出た後の確認実験に過ぎません。或いはそもそも自分のマウスのGFP挿入位置なんて作成初期に専門業者に出して調べてもらっているはずのものなのですから、情報を全部与えてただ確認実験だけを第三者の立場だと称して行ってもらっただけのものかもしれない。そもそも放医研は研究所としては正式に依頼を受けたことは無いと言ってる。では依頼されたのは誰なんでしょうね。


次は実験6,7です。これも見やすいように再掲します。





この説明図を見て異様に感じるのは実験3、4では若山さんのコンストラクトを探している、もしくは確認しているはずなのに、ここではそのコンストラクトが示されていないということです。その代わりにCAG-GFPが5つ繋がった概念図が示されている。若山さんのコンストラクトの中のCAG-GFPは1つです。何を探しているのか、又、何を確認しているのでしょうかね。

[18番染色体に挿入遺伝子は存在するか?]というタイトルの実験は実質的には18番染色体のどの位置に有るかということまでが分かっている上での確認実験でした。ところがこの実験は違いますね。[15番染色体に挿入遺伝子は存在するか?]というタイトルで、こちらは本当にあるかないかも分かってない。探しているのは若山さんのコンストラクトではありませんね。検査されているサンプルのGFPがどこにあるのかを探している。若山さんのコンストラクトは「僕のマウス」ESの18番にあったがFLSの18番には無かった。しかし、常時蛍光はしているからどこかに何らかのCAG-GFPは入っている。ではどこにあるのかを調べようとしているんですが、CAG-GFPを探しているのですからCAG-GFPの構造の前後をプライマーに取ればいいんですよね。CAG-GFPの構造は分かっていますからその中でプライマー設定するとそれがPCRにかかってきますからCAGがあるということは分かる。でもこれではどこにあるのかは分からない。そもそも常時蛍光しているんですから有ることは分かっていますからそんな検査は無駄です。これを知るにはある一定区分で区切ったたくさんの種類のプライマーを作って、それをワイルドタイプと比較すればいいとど素人でも思いつきますね。GFPが挿入されている断片は長いので上に出てワイルドタイプは下に出る。二本出たらそこにある。ゲノムは全部読まれていて並びは分かっていますからあとは更に厳密に範囲を狭めて行ったらいいですね。
ゲノムウォークという手法があって、挿入遺伝子の構造は分かっているのですからどちらでも片方のプライマーは設計できるわけです。他方がどこに有るかわかってないんですからここにアダプターを付けて取り敢えずの場所の検討をつけた後にそのアダプターに反応した場所を新たなプライマーとする方法がある。以下はタカラバイオのゲノムウォーキングキッドの宣伝の中の図です。




ど素人にはちょっとややこし過ぎて理解できませんが、まあ結論的に言えば場所の特定手法はちゃんとあるということです。業者に頼めば有料でやってもくれる。

ところが、放医研の第三者とやらは間違えたのです。マウスの15番染色体にはCAGは入っていなかったんです。ではこの15番染色体にヘテロで4コピーあったと報告したCAG-GFPは何であったのか。誰でも疑問に思いますね。竹市さんの疑問を貼り付けておきましょう。
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2014年7月22 日に訂正版を発表しました。
*ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140616_2/

2014年6月16日
CDB に保全されている STAP 関連細胞株に関する検証について
発生・再生科学総合研究センター
センター長 竹市雅俊

背景
STAP 論文では、脾臓から採取された免疫細胞が弱酸性にさらされることにより、多能
性を獲得することを報告した。STAP 細胞から増殖可能な細胞株として STAP 幹細胞が作
製された。STAP 論文に関する疑惑が明らかになった後、山梨大学若山教授は第三者研
究機関に STAP 幹細胞株の DNA 解析を依頼した。その情報は理研と共有され、理研は CDB
に保全されている STAP 関連幹細胞株の解析を進めてきた。

CDB 小保方研 STAP 幹細胞株の検討目的
CDB に保全されている STAP 関連細胞株（STAP 幹細胞、FI-幹細胞株）およびそれらから
作出されたキメラマウスの遺伝子情報を比較解析し、各細胞株間の遺伝子レベルの相違
と起源に関する客観的に検証可能なデータを得ることを目的とする。

CDB で保全されている小保方研細胞株の解析と結果
小保方研細胞株サンプルの遺伝子解析（遺伝的背景および CAG-GFP 挿入部位の確認）

• 小保方研細胞株サンプルのSTAP幹細胞６株に関して、遺伝的背景を６種のSNPマー カーを用いて検査したところ、以下の結果が得られた。GLS-1およびGLS-11につい ては核型の解析も行った。 1. FLS-3およびFLS-4： B6129F1: CAG-GFP, ♂ 2. GLS-1およびGLS-11： B6: oct4-GFP, ♂（核型の解析ではY染色体の一部に欠 失が見られる） 3. AC129-1およびAC129-2: 129B6F1: CAG-GFP ♂ （129 CAG-GFP マウス由来と されたが, 129B6F1由来であることが判明）。

• CDB では、若山氏から、STAP 幹細胞の CAG-GFP 遺伝子挿入位置の情報提供を受け、 上記 STAP 幹細胞株の CAG-GFP 遺伝子挿入部位を検証した。
STAP 幹細胞株 AC129-1 および AC129-2 は、１８番染色体 GFP の挿入を持つ若山研 GFP マウスと同じ部位に、 1 コピーの CAG-GFP 遺伝子の挿入を持つことが判明した。かつ、相同染色体の両方に挿入されていることも若山研 GPF マウスと一致した。他方、FLS-3 および FLS-4 に関しては、１５番染色体の片方の染色体に GFP 遺伝子が挿入されていることが判明した。また、CAG-GFP 遺伝子は複数コピーがタンデムに並んだ形で挿入されていた。これらの結果は若山研のサンプルの解析結果と一致した。

解析結果に対する見解
１．若山氏が提供されたとされる光るマウス（CAG-GFP 遺伝子保持マウス）から小保方氏が STAP 細胞を作成し、それを若山氏が受け取って樹立した STAP 幹細胞株に関して、保管されていたストックの解析から、CAG-GFP 遺伝子の挿入状況の違いにより、STAP 幹細胞は２種類の異なる遺伝子型のマウス由来であることがわかった。一方は、若山氏が提供した（CAG-GFP を１８番染色体にホモで持つ）もの、もう一方は由来不明（CAG-GFP を１５番染色体にヘテロで多コピー持つ）のものであった。

２．CAG-GFP を１５番染色体にヘテロで持つマウスがどこ由来なのか、そのマウス個体が STAP 細胞から STAP 幹細胞が樹立された時期に若山研（あるいは小保方研）に生存個体として存在していたのかは不明であり、今後、さらなる検証を進める


誰でも15番にどうしてそんなものが見つかったのかを不思議に思いますよね。ここにはCAGはありません。にも関わらずどうして放医研の第三者といわれる人はここにCAGを4コピー見つけたのか。マウスの15番には本来の内在性アクロシン遺伝子があって、そのプロモーター領域もあります。仮に若山さんが岡部マウスのコンストラクトを聞いていてそれを教えていたのだとしましょう。ゲノムウォークするときに既知のプライマーがアクロシンプロモーターになっていた時には15番の内在性遺伝子領域をひっかけた可能性がありますね。でも、ここには4コピーなんて入っていません。4コピーあるのはCAGで3番に入っているのが岡部マウスです。間違えたにしても話がおかしすぎますよね。


(アクロシンプロモーター)

放医研の第三者とやらはあくまでもCAGを探していたのだとしましょう。ゲノムウォーキング手法を使うとCAGが5個タンデムに並んだ断片が見つかったのだとしましょう。そして周辺を調べたらそこにアクロシンプロモーターが見つかったので15番だと思ったということですね。ところがそのアクロシンプロモーターは岡部マウスの人工遺伝子につけられていたアクロシンプロモーターだったということですね。
そして後に遠藤氏がそれに気が付いたという話になっているわけです。我々は誰が犯人か知っている。するとこのストーリーが作られたものだということはすぐわかる。その証拠が無いかということですね。
アクロシンマウスは若山さんは自分で維持飼育してますからね。「僕のマウス」B6でなければ、GOFのB6か、岡部マウスB6に決まっている。遠藤さんなんて出てこなくても可能性の中にはすぐ上がってくるものです。そもそも話が白々しいんですよね。あたかも自分は岡部マウスなんて考えもしてなかったなんて、最初のテラトーマからアクロシンが出でいて、このマウスが「僕のマウス」でないことは桂報告書の指摘するところです。FLSの時に「僕のマウス」を渡したということに実験ノートの証拠すらない。

岡部マウスの特徴は以下です。
>>
１）Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入の位置、コピー数、周囲の塩基配列 表：STAP 幹細胞株一覧に挙げた 12 種類の幹細胞から STAP 幹細胞 FLS-T を除く 11 種 類の幹細胞株、それらの幹細胞が作製された 129 系統、および C57BL/6 系統の NGS によ る全ゲノム解析を行なった。その結果、Acr-GFP/CAG-GFP の共挿入は、STAP 幹細胞 FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、そして ES 細胞 FES1 並びに FES2、ntES1 並びに ntES2, および 129/GFP ES の 7 株の第 3 染色体の同一部位に共通に存在することが判明した。また、Acr-GFP が第 3 染色体の片方にのみ挿入されていること（FISH により確認）、Acr-プロモーターの コピー数がどれも約 20 コピーであること、GFP 挿入部位を挟んで第 3 染色体の約 20kb の重複があることと、GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ ることも共通していることが判明した。これらの特徴は、2003 年に CDB 若山研が大阪大 学岡部研より導入した Acr-GFP/CAG-GFP マウスの特徴と完全に一致する。 (4P)

①3番染色体にAcr-GFP/CAG-GFP 共挿入がある。
②アクロシンプロモーターのコピー数は20コピー程度である。
③GFP挿入部位を挟んで約20kbの重複がある。
④GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ る。
⑤この特徴を共有しているのは2003年に岡部研より導入した岡部マウス、FLS3、CTS1、FES1、FES2、ntES-G1、ntES-G2、129/GFP ESである。

無論岡部マウスはホモ、その他はF1なのでヘテロに入っている。

ところで3番染色体には③④の二つの異常がある。しかし以下には欠失だと書かれていて、これが何なのかは上記引用箇所だけでは分からない。何度でも貼り付けましょう。




赤の四角は欠失と書かれていますよね。③④の中腹や交叉乗り換えとは違います。これって何でしょう。

>>
４）第 3 染色体と第 8 染色体の欠失変異
STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。この２箇所の欠失は、STAP 幹細胞 FLS および FI 幹細胞 CTS の全ての株にも 共通に存在することがPCR産物の塩基配列決定により確認された。一方、この両欠失は、 市販の 129 の亜系である 129 x 1/SVJJmsSlc(SLC)と 129+Ter/SvJcl(CLEA)のいずれにも存在しない。また、この第 3 染色体の 5kb の欠失も、市販の B6 の亜系である C57BL/6JJmsSlc (SLC)、C57BL/6NCrSlc (SLC)、C57BL/6J (Charles River)、C57BL/6NCrl (Charles River)、C57BL/6JJcl (CLEA)、C57BL/6NJcl (CLEA)のいずれにも存在しない。 さらに、2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかっ た。 もし、これらの細胞が論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 から作製された株で あるなら、これら 2 個所の欠失の両方、または片方が市販の 129 系統、C57BL/6 系統の いずれかに存在していなければならず、STAP 研究の行なわれた 2 年強という期間でこれ ら 2 個所の欠失が生ずることは考えにくい。従って、この結果は、これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。(6P)

8番は129側ですので今は論じない。B6の3番に別の欠失5kbがあるんですね。そしてそれを共有しているのは今度は、FLS3、CTS1、FES1、129/GFP ESです。岡部マウス、FES2、ntES-G1、ntES-G2には無い。
さて、いよいよ謎のキメラ子です。もう一度貼り付けます。

1. 2019/11/07(木) 18:02:54|
2. AC129
4. | コメント:3

(連絡)

AC129の考察途中ですが、Ooboeさんから問い合わせがありましたので、返事を書きます。コメント欄では表示が制約されますのでここでやります。問い合わせは以下です。
>>
コメント

お久しぶりです
パートナーの手続き、進展中です。
桂調査委員の皆様にも検察申告書と
証拠資料集を添付して送付しました。

2019/11/07(木) 08:28:34 | URL | Ooboe #- [ 編集 ]

太田氏にも、送付する予定です。が
添付したい、桂報告と
論文との矛盾指摘必要箇所が
見つからないらしい。
教えてあげてください。
2019/11/07(木) 08:36:02 | URL | Ooboe #- [ 編集 ]

太田論文の何ページ目の何行目？
ですか？
2019/11/07(木) 09:04:31 | URL | Ooboe #- [ 編集 ]

まず、桂報告書の方を提示しましょう。
>>
２−３．調査結果および評価
２−３−１．科学的検証等の結果から生じた新たな疑義の調査
２−３−１−１．STAP 関連の細胞株、キメラマウス、テラトーマに関する調査結果および評価

（ａ）調査に使用した細胞株（以下の（ｂ）〜（ｄ）などで使用した） 理研によりゲノム解析が行われた STAP 関連細胞株の一覧を下の表に示す。



*1 親マウス系統と SNPs の比較解析により判定
*2 細胞株培養開始日。ただし FES1 FES2 ntESG1 ntESG2 は凍結日
*3 作製者は 「CAG-GFP (ホモ）」と記載
*4 作製者は「129 CAG-GFP (ホモ） 」と記載
*5 129B6 F1ES1～6 が STAP 幹細胞に対する標準 ES 細胞として作製されたが、本調査に最も関わり が深いのは 129B6 F1ES1 である。
*6 正式名称は、 FES1：129B6GFP1 FES♂、 FES2：129B6GFP2 FES♂、ntESG1：129B6F1G1、ntESG2： 129B6F1G2

この中で上段の 8 種類の細胞は、予備調査時に CDB 細胞リプログラミング研究ユニッ ト（以下「小保方研」という）、または山梨大学生命環境学部若山研究室（以下「山梨大 学若山研」という）に保存されていた STAP 幹細胞、FI 幹細胞、および関連する ES 細胞 である。また、STAP 幹細胞 FLS が、Acrosin プロモーター下に GFP を発現する Acr-GFP と、CAG プロモーター下に GFP を発現する CAG-GFP の共挿入を含むことが判明した後に、 過去に CDB ゲノム・リプログラミング研究チーム（以下「CDB 若山研」という）で作製さ れた Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入 ES 細胞を取り寄せて解析したのが、下段の 4 種類の細胞で ある。ゲノム解析は、この他に STAP 細胞等の作製に用いられたマウス系統についても行 われた。

「下段の4種類の細胞」がどこからどういう経路で取り寄せられたのかが書かれていないからOoboe さんたちが検察に調査依頼されているわけです。
これはチューブに入っている細胞でラベルが貼られている。その内容が注6に書かれているもので、

FES1：129B6GFP1 FES♂
FES2：129B6GFP2 FES♂
ntESG1：129B6F1G1
ntESG2： 129B6F1G2

コロンの右側が正式に記載されている文字です。ntESG1とntESG2は129がメスでB6がオスという表記です。ところがこれを調査チームが調べたら「B6N SLC♀/ 129+Ter CLEA♂ 」であった。この時点で既にラベル表記事項と中身が違っている。下段4種の細胞はどこかから取り寄せたと書いてありますね。その中の二つがラベル記載事項と中身が違っていたら、まず、その理由を調査しなければなりませんよね。そうでないと調べている4種すべてに関して細胞の信頼性がないじゃないですか。

ところが彼らは証拠能力を調査することなく残り二つの細胞の検査に入った。よく知られている通りです。
>>
他方、同じ Acr-GFP/CAG-GFP の挿入を持つ ES 細胞 ntESG1、および ntESG2 の X 染色体は C57BL/6 であることが判明したことから、調 査対象の STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1 と性染色体の構成が異なるため、これ らは比較解析の対照から除外された。



いえいえ、サンプルのラベルと中身が違っていたら送られてきた先に問い合わせをしないといけません。なぜ違っているかの理由を聞いて、かつ残りの二つは本物なのかとも問い合わせないといけない。

このラベルには日付も入っている。凍結日ですがG1が2007/8/3、G2が2005/1/20です。これが太田さんの2005年論文と2008年論文に対応しているラベル表記だということです。

2005年論文は以前Ooboeさんとの連絡で知らせて、確かパートナー氏とネットカフェでダウンロード印刷してもらわれた経緯でしたね。それを相沢さんに見せたらよく調べてみるということで、相沢さんはもう一本の論文も見つけられた。
山梨大の若山研のホームページに関連論文の紹介があって、以前はこの二本の論文がありましたが、現在消されています。私は二本ともエクセルにコピーしていますから原文自体は持っていますが、この論文は今このブログではコピペすると書き込み禁止になります。たぶん若山さん側がコピペできないように処理登録したのだと思います。
ですから今原文を提示してここですとお知らせすることはできません。又論文にはページは打たれていません。
ただ、以前既に書いたように、グーグル翻訳したものを貼り付けると大丈夫のようです。
2005年論文は以下です。
>>
Generation of Normal Progeny by Intracytoplasmic Sperm Injection Following Grafting of Testicular Tissue from Cloned Mice That Died Postnatally
Biology of Reproduction, Volume 73, Issue 3, 1 September 2005, Pages 390–395, https://doi.org/10.1095/biolreprod.105.041673
Published:
1-Sep-05
Article history
Received:
8-Mar-05
Revision Received:
29-Mar-05
Accepted:
26-Apr-05

細胞凍結は2005/1/20で論文の投稿は2005/3/5です。実験が終わってから論文を書くんですね。ここで使われたマウスは論文の中のMiceと書かれた項目の中にあります。原文を貼ると拒絶されますからグーグル翻訳を貼ります。そのままで手を入れません。
>>
未成熟雄B6C3F1、成体雌ICR、および成体雌BDF1マウスは、静岡研究所動物センター（浜松、日本）から購入しました。雌129 / Sv-terおよび雄ICRヌードマウスは、それぞれCLEA Japan、Inc.およびCharles River Japan、Inc.から購入しました。アクロシン/ eGFP（Acr3-EGFP）[34]およびpCX-eGFP [35]導入遺伝子（C57BL / 6TgN（acro / act-EGFP）OsbC3-N01-FJ002 [36]の両方を搭載した緑色蛍光タンパク質（GFP）トランスジェニックマウス）は、M。岡部博士（大阪大学、大阪、日本。すべての株指定は元の研究のものである）によって親切に提供されました。 GFP導入遺伝子を保持する129B6F1マウスを作成するために、雌129 / Sv-terマウスを雄のC57BL / 6 GFPトランスジェニックマウスと交配させ、GFP導入遺伝子のヘミ接合体であるこれらの交配の子孫を核移植のドナーとして使用しました。すべての動物実験は、実験動物の管理と使用のためのガイドに準拠し、理化学研究所神戸研究所の実験動物実験の組織委員会によって承認されました。

これをそのままグーグル翻訳機に掛けて日本語から英語変換すると原文が見れます。

2008年論文は以下です。
>>
Increasing the Cell Number of Host Tetraploid Embryos Can Improve the Production of Mice Derived from Embryonic Stem Cells
Biology of Reproduction, Volume 79, Issue 3, 1 September 2008, Pages 486–492, https://doi.org/10.1095/biolreprod.107.067116
Published:
1-Sep-08
Article history
Received:
12-Dec-07
Revision Received:
9-Jan-08
Accepted:
25-Apr-08

こちらはES Cell Linesの項目にあります。これもグーグル翻訳です。
>>
D3 ES細胞株は、もともとDoetschmanらによって確立されました。 [12]、およびGFPトランスジェニック細胞株（129SV（D3）-Tg（ACTB-EGFP）CZ-001-FM260Osb）は、pCAG-EGFP [10、11]を使用して確立され、岡部勝博士によって親切に提供されました。 （大阪大学、大阪、日本）。 E14 ES細胞株[7]は、1985年にエジンバラ（スコットランド）のマーティンフーパー博士によって同系交配マウス系統129 / Olaから派生し、ピーターモンバエルツ博士（ロックフェラー大学）から入手しました。 129B6F1G1 [13]およびBDmt2 [14]は、129B6F1バックグラウンドのSertoli細胞とGFPおよび雄BDF1マウスの尾端細胞をドナーとして使用して、当研究室で以前に確立された核移植由来ES（ntES）細胞株です。 それぞれ核移植。 GFPを発現するオスの129B6F1マウスは、メスの129 / SvマウスをオスのC57BL / 6 GFPトランスジェニックマウス（pCAG-EGFP [10、11]およびAcr3-EGFP [17]を使用して構築されたダブルトランスジェニックマウス系統[16]）と交配させることにより作成しました。

この中の129B6F1G1 [13]の脚注は以下です。
>>
13
Ohta
H
,
Wakayama
T
.
Generation of normal progeny by intracytoplasmic sperm injection following grafting of testicular tissue from cloned mice that died postnatally
.
Biol Reprod

2005
;
73
:
390
–
395
.
Google Scholar
CrossRef
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PubMed

追伸(AC129-8より)
アルイミオウジ説の話になったので序に書いて置きますが、彼はntESG1,G2のGをgenerationと解して、最初のntESがG1で、それを使ってキメラマウスを作って更にntES化したのがG2と推測している。そして実際に若山さんはこのやり方で２０世まで作っていて別の論文があるわけです。でも太田さんのG1ははっきりしていて、2008年論文で2005年論文で作ったF1のntESを解凍して使った。その解凍した細胞を129B6F1G1と書いているんです。すると解凍する前の状態のラベルはどう書いてあるのかということになる。株分けした時に以前の分に129B6F1G2と書いたとしたらこれはgenerationの意味ではありません。ただ、日経サイエンスに太田さんは自分は２種類の受精卵ESと４種類のntESを作ったと証言している。太田さんに聞けばわかることで、彼には説明義務がありますよね。でも、チューブのラベルと中身が違っていることの説明は彼一人の判断では出来そうもありませんよね。

1. 2019/11/07(木) 11:10:17|
2. AC129
4. | コメント:5

(なぜローザ)

清成さんの名前が出たので、少し寄り道しておきましょうかね。
>>
理研CDBの研究室主宰者22名、連名でSTAP論文問題に対する声明を発表

2014年3月14日 19時12分 マイナビニュース

理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB)の研究室主宰者22名は3月14日、連名で英科学雑誌「Nature」に掲載されたSTAP細胞に関する論文に関連して生じているさまざまな問題に対する声明を発表した。
今回の声明を出したのは以下の22名の研究室主宰者(声明文記載順)。
・戎家美紀・永樂元次・榎本秀樹・藤原裕展・古田泰秀・花嶋かりな・平谷伊智朗・今井猛・猪股秀彦・北島智也・清成寛・清末優子・倉永英里奈・Raj Ladher・森本充・森下喜弘・西村隆史・Guojun Sheng・柴田達夫・高橋政代・上田泰己・Yu-Chiun Wang
なお、声明の原文は以下のとおり。
今回Nature誌に掲載されたSTAP論文に関連して生じている様々な問題に対し、下記に名を連ねる者は、同じ理研CDBの研究室主宰者として大変深刻に受け止め、憂慮しております。わたしたちは同じ研究者として科学の公正性を回復、担保するためのあらゆる努力を払う所存です。また、理化学研究所における研究活動が社会の信頼無くしては成り立たないことを十分に自覚しております。我々は、社会及び研究者コミュニティーに対して最大限誠実な行動を取ることをお約束すると共に、高い規範の下に研究活動に励み、その成果を社会に還元すべく不断の努力を続けることをここに表明いたします。

清成寛さんは、若山さんが協力を断ったために、小保方さんの再現実験でキメラ胚に移植する実験を代わりにしてくれた人です。







八細胞期胚へのES細胞のインジェクション写真ですね。彼はすべてを分かってると思いますね。彼はES細胞も、そして小保方さんが作ったSTAP酸浴細胞も両方ともインジェクトしたことがあるんです。




左下のマイクロインジェクションの針は1～2マイクロメーターという細さです。注射する対象物の大きさは移植者が常に意識していることで、ESを混ぜられて分からなかったなどということはありません。笹井さんもそうおっしゃっておられたとおりです。清成さんにES細胞が混ぜられていても分からなかったと思いますかと聞いたら彼はとても困ったでしょうね。記者は誰も聞かなかった。左上の写真はまさに若山さんが小保方さんから渡された細胞をナイフカットしてインジェクトしている当の写真です。細胞塊の中にES細胞が見えますか?　胚盤胞の一番左奥にあるのはリシピエントのインナーセルマスです。ほぼES細胞と同じ大きさですが、そんなものが混じっていて若山さんが気づかないなんてことはありません。この実験は264個の胚盤胞を使って行われているんですよ。清成さんが再現実験で行ったインジェクション操作も244回です。若山さんは64匹のキメラマウスを得たが、清成さんは生まれたマウスの一匹もGFP確認できなかった。

若山さんの作ったキメラマウスは小保方さんの酸浴細胞をナイフカットして移植したキメラ胚から作られたものではありません。彼が小保方酸浴細胞の核を移植したクローン胚から作ったntES由来のキメラなんです。その意味で小保方さんは無実です。

キメラは実際にできています。なぜできたのかを説明できなければなりません。小保方さんが出所不明の太田ESと学生にもらったGOF ESとFLSのコントロールとして若山さんから貰っていた「僕のマウス」ESを使って、若山さんを騙してキメラマウスを作らせたというのが桂報告書とBCA報告書の結論です。

出来ているキメラ、幹細胞、テラトーマ=太田ES、GOF ES、「僕のマウス」ES

これが両報告書の結論です。この結論が間違っているのです。重大な間違いなのでこのまま放置してもらっては困る。従ってOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼をされているのです。

GLという名の幹細胞が2011/11/25に培養開始されて樹立されている。この細胞は調べられていませんが、できているのですから、両報告書の論理では学生のntESを混ぜて小保方さんが若山さんに渡したからできたということになる。後のGLSは学生のGOF ESを使ったと言ってるのですから、この時も学生のGOF ESを使っていないとおかしい。ところが2011/12/27に移植したテラトーマからはアクロシンCAGが出たので、両報告書は太田ESが使われていると結論した。テラトーマはGOFマウスがドナーになっている。小保方さんがESを使うなら学生のGOF ESを使うはずなのに、出てきたのは太田ESだという矛盾に両報告書は真摯に向き合わなければならない。

更に、AC129とFLS-Tシリーズの幹細胞から「僕のマウス」ESが出たことは、小保方さんの捏造ではないということが確認されてしまうと、今度は誰が何のために行ったのかという、新たに深刻な問題を発生させる。

①日本細胞生物学会から竹市所長に送られたメールの連名者達
②大隅理事長
③11Jigen
④世界展望
⑤東北大学黒田教授
⑥放医研の協力者
⑦京都大学太田氏
⑧遠藤氏
⑨吉村氏
⑩岡部氏
⑪日経サイエンス記者
⑫毎新聞社記者
⑬理研から小保方さんの実験ノートをNHKに全コピー違法流出させた者
⑭細胞リストを毎日新聞に違法流出させた者
⑮ノフラー氏
⑯李氏
⑰感想氏
⑱小保方バッシングを行い続けてきた書き込み者達(日経サイエンス記者の知り合いと自分で言ってるものもいる)

等々、たくさんの人々が調査対象者になるでしょうね。

最初に小保方さんの高校時代の個人的な悪意ある噂話を流布した週刊誌があったが、誰に頼まれたのかを調査すべきでしょうね。吉村さんはネットに流出していたと称しながらネイチャー査読文を更に拡散した犯人で、しかもTCR再構成の有り方に関して素人に向けてスピン解説をしている。加えて後に遠藤氏論文の中で謝辞の対象者になっている。若山・遠藤・吉村というラインがありますね。一方でNHKには若山さん自らが番組出演している。データを流したのは彼自身ですね。番組にはなぜか山梨大の若山研に大日向氏が出演してPCRの小芝居をしている。いつ山梨に来たのか。若山さんは共同著者なので仮に小保方さんが捏造したのだったら共著者間と理研内で話し合って解決に向かわせないといけない立場です。何をしているのでしょうかね。

一つには理研が大々的に記者会見をして世間に宣伝してしまったということがある。こんな大成功の後ですから引っ込みがつかないというようなこともあるかもしれませんが、そもそも若山さんはただ騙されただけなんでしょう。だったら理研に行って、理研上層部のいる前で、自分は小保方さんに騙されたんだと言えばいいことです。罪は無いではありませんか。そして小保方さんが認めたら、理研はあれは間違いだったと世間に謝ったら済むことです。ところが彼はそうしなかった。マスコミを巻き込みながら小保方さんに騙されたと騒いだのです。そして当の小保方さんは今に至るまで、自分はESを若山さんに渡したことは無いと主張しているままです。どうしてこんなことになったのか。若山さんが理研に行って、皆の居る前で堂々と小保方さんと対峙しなかったからではありませんか。最初の成功時に渡したマウスは何だったのか、「僕のマウス」ではなかったじゃないか。どうしてFLSの時の話から始めなければならないんだい。半分しかGFPが来なかったなんて話は不要でしょ。最初はGFPはヘテロじゃないか。皆の居る前で捏造したと言ってる相手と対峙すべきでしょ。ナイフカットで胚盤胞注入した時にどうしてわからなかったのと笹井さんに聞かれて困るようなことでもあるのか。なんでも本当のことを言って説明すればいいだけじゃないか。君は一体何をしているんだい。

理研も又どうして警察を入れなかったのか。公務員は犯罪を知ったら必ず警察に届けるということになってる。研究倫理の問題ではない。NHKに小保方さんの実験ノートの全コピーが流出した時点で既に犯罪です。公務員は誰でもまず警察に届けなければならない。理研はみなし公務員の義務を怠っている。マスコミ業も惨状のようですね。

お前たちは何をやってるんだということですよ。一般国民は飽きれてるぜ。自動車や工作機械や薬品や発電機やコンピューターを作っている製造業に従事している社員も、ダムやビルや住宅を作っている土建業の人々も、世界各地から物質を調達している商社マンたちも、金融機関に勤めている人々も、卸でも小売りでも流通産業に従事しているものや、JRやANAや宅急便の運輸業に従事している人々も、医者や看護師や弁護士や公認会計や、有りとあらゆる大人の日本国民はお前たちのユルフンに呆れている。無能だね。永遠にぬるま湯に浸かってせいぜいナガイキセイヤ。

(さて、戻って、なぜローザ)

若山研で使われたことのある129マウスは太田氏が論文で使った129/Sv-ter、そして129/Sv-X1、更にロックフェラー大学で作ったB6のGFPホモマウスからGFPだけを移し替えた129/Sv-X1GFPホモがある。
太田氏は129/Sv-terと岡部マウスとのF1を使って2005年の論文の実験を行った。論文の掲載経緯は以下です。

Biology of Reproduction, Volume 73, Issue 3, 1 September 2005, Pages 390–395, https://doi.org/10.1095/biolreprod.105.041673
Published:
1-Sep-05
Article history
Received:
8-Mar-05
Revision Received:
29-Mar-05
Accepted:
26-Apr-05

問題になったFES1とFES2の凍結日は2005/12/7です。論文は３月に提出されていますから実験は当然もう終わっています。ntESG2の凍結日は2005/1/20です。番号の若いntESG1の凍結日は2007/8/3ですが、これは2008年の論文があって、ここで2005年時の凍結細胞を解凍してもう一度使っている。番号はこの時に振り直されているのではないかと推定される。2008年論文の掲載経緯は以下です。

Biology of Reproduction, Volume 79, Issue 3, 1 September 2008, Pages 486–492, https://doi.org/10.1095/biolreprod.107.067116
Published:
1-Sep-08
Article history
Received:
12-Dec-07
Revision Received:
9-Jan-08
Accepted:
25-Apr-08

この太田氏の二つの論文で作られたntESは129/Sv-ter x 岡部B6なんです。論文にちゃんと書いてあります。岡部B6というのは無論問題のアクロシンGFPの共挿入マウスですね。
ところが、若山氏が京都大学の太田氏から入手して理研にも最終的に提出されたはずのサンプルは論文と同じくラベルも129/Sv-ter x 岡部B6だっんですが、なんと調査した結果は親の雌雄が逆になっていた。つまり岡部B6 x 129/Sv-ter になっていた。

加えて驚くべきことに桂調査チームはこの事実をスルーしたのです。提出されたサンプルの中身が論文とラベルと異なっているにも関わらず、中身の入れ替えを問題にすることなく、同時提出されているFES1とFES2を証拠採用しているのです。
>>
他方、同じ Acr-GFP/CAG-GFP の挿入を持つ ES 細胞 ntESG1、および ntESG2 の X 染色体は C57BL/6 であることが判明したことから、調 査対象の STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1 と性染色体の構成が異なるため、これ らは比較解析の対照から除外された。 (5P)

頭大丈夫か？ユルフンかい？

他方、ntESG2は実験終了後早々の2005/1/20には凍結されていて、その後論文の提出作業に入る。FES1とFES2は約１年後の2005/12/7の凍結です。何の目的もなく作ったと太田さんは日経サイエンスに証言している。実験には使っていないから作ってすぐに凍結しているはずです。ところがこの129はterではなく、X1なんです。岡部マウスとのF1の受精卵ESなんです。今まで使っていて飼育しているF1ではなく、又一から交配し直して受精卵ESを作ったという。ntESではありません。何のためにこんなものをつくったのか。本人は何の目的もなく作ったと言っていて、しかも日経サイエンスにはterで作ったと記憶していると語っている。そちらの方が普通でしょう。X1で作るときは交配からやりなおさないといけない。
>>
太田氏によると、このES細胞2株は、核移植ES細胞を作ったのと同じころ、たまたま作ったES細胞だという。結局研究に使うこともなく、2010年3月に他大学に転出する際にすべて持って出たと思っていた。
太田氏の記憶では母マウスはクレア社の茶色い１２９＋Ｔｅｒマウスだったが、実際には129X1の白マウスだった。(53P)

GLSの遺伝子異常の件から我々は既に若山さんのサンプルの入れ替えを立証しています。このＦＥＳでもサンプルは入れ替えられているのです。薄茶のマウスと白毛のマウスの違いを覚えてないいうことはあり得ないことです。受精卵ＥＳを作ったことは覚えているので、論文の実験では薄茶を使っていたことは明確で、その後新たに白毛を交配させて受精卵ＥＳを作ったのなら覚えていますよ。その記憶がないというのは以前の実験で使っていた維持飼育していたＦ1を使ったということです。若山さんはそれを取り寄せて、中身をＦＬＳに取り換えた。

BCA報告のSNPs解析結果です。FES1の中身は入れ替えられていてFLS3ですから一致は少しも不思議でない。129GFP ESはそもそも小保方さんが使っていたFLSですからこれも当たり前の結果です。ただし、このサンプルに関して小保方さんも含めて全員が知らないと言ったという証言が確認されていますが、小保方さんに対してどういう聞き方をしたかですね。後にサンプルの中身に関して答えているところでは129GFP ESはFLSのことになります。それを知らないと答えたのはいつの時点での話なのか、又どういう聞き方をしたのかによる。小保方さんは自分がどういう目に遭っているのかを知らないのです。そしてラボに迷惑もかけられないと考えている。しかも桂調査チームもまさかntES化実験だった可能性なんかには気づいてもいないし、若山さんの嘘の動機にも気づいていない。







ntESG1とG2はラベルと中身が違っているものです。そのntESとFES2の一部のSNPs分布が重なっている部分がある。中身の入れ替え時にきれいに洗いだされていないのではないかとも疑われるところです。和モガさんが既に指摘していますね。ただ、この場合は両方が混じるので又違うパターンになるのではないかとも疑義されます。
いずれにせよ、FES1も2もX1ですから太田さんの作ったものではない。またntESG1もG2も太田さんの二本の論文の細胞とは違います。親の雌雄が違っている。むしろラベルの記載が論文通りなのが中身の入れ替えを証していると疑義される。

BCA報告書にはあからさまな間違いが書いてあります。
>>
These STAP cell lines were then compared with four ES cell lines—FES1, FES2, and two nuclear transfer ES lines (ntESG1 and ntESG2) (ref. 9)—established from crossing the Acr/cag-GFP mouse strain with 129 mice in the Wakayama laboratory in 2005 (Extended Data Fig. 1a and Extended Data Table 1).

(ref. 9)というのは以下ですね。
>>
9. Ohta, H. & Wakayama,T. Generation of normal progeny by intracytoplasmic sperm injection following grafting of testicular tissue from cloned mice that died postnatally. Biol. Reprod. 73, 390–395 (2005).


この論文で使われているF1はB6N SLC♀/ 129+Ter CLEA♂ではありません。親の雌雄が逆でチューブのラベルに書いてある通りの、ntESG1：129B6F1G1、ntESG2： 129B6F1G2 です。BCA報告は論文もちゃんと読んでない。しかも、ラベルと中身が違ってるのにそれをスルーした。こんな解析データをつけて何の意味があるのでしょうかね。中身は太田氏の細胞ではない、にも関わらず太田氏の細胞だと言ってる。どうしたのだ。アンポンタンなのか。ユルフンなのか?

この論文には明確にメスが129だと書いてありますが、今現在コピペできないようにされていますね。以前は山梨大の若山研文献にもありましたが今外されている。このこと自体が若山さん犯人を証明していると言ってもいいでしょう。論文はOoboeさんとパートナー氏、そして相沢さんも持っている。無論、私もです。

日本語訳なら大丈夫かな。
>>
マウス

未成熟雄B6C3F1、成体雌ICRおよび成体雌BDF1マウスは、静岡研究所動物センター（Hamamatsu、Japan）から購入した。メス129 / Sv-terおよびオスICRヌードマウスは、CLEA Japan、Inc.およびCharles River Japan、Inc.からそれぞれ購入した。アクロシン/ eGFP（Acr3-EGFP）[34]およびpCX-eGFP [35]トランスジーン（C57BL / 6TgN（acro / act-EGFP）OsbC3-N01-FJ002 [36]）の両方を有する緑色蛍光タンパク質（GFP）トランスジェニックマウスは、 ）は、大阪大学（Osaka、Osaka、Japan;すべての菌株の名称は元の研究の名称である）のOkabe博士によって親切に提供された。 GFP導入遺伝子を有する129B6F1マウスを作製するために、メス129 / Sv-terマウスをC57BL / 6 GFPトランスジェニックマウスの雄と交配させ、核移植のためのドナーとしてこれらの交配の子孫を使用した。すべての動物実験は実験動物のケアと使用のガイドラインに準拠しており、理研神戸研究所の実験動物実験機関委員会の承認を受けています。

はは。

(驚くべき虚偽)

以下は桂報告書のスライド版にあるSNPs解析表です。



こちらはBCA報告に添付されているSNPs解析表です。



どこが違うか確認されてください。
上部のGOFマウス関係は別として一番下に129 cag-GFP mouseとcag-GFP mouseが置かれている。これは言うまでもありませんが「僕のマウス」の両親です。AC129を巡る問題1で説明したとおり、若山さんはロックフェラー大学でB6のCAGホモマウスを作った。後の調査で18番染色体にGFPが入っていることが分かっています。その後彼は理研に移籍してからこのB6cagホモマウスのGFPをそのまま129/Sv-X1に移し替える実験を長期にわたって行った。一度B6GFPホモマウスと市販の129を交配させてF1を作る。F1ですから今度はGFPがヘテロに入っている。このF1に市販の129をかけ戻す。戻し交配という。この時常にGFPの光っている子供に対してのみ戻し交配を続ける。これを20継代続けるとGFPのみが最初のB6の遺伝子座に残る129の近交系マウスに戻る。その後にヘテロ同士の兄妹交配からホモの子供を作るんです。何度掛け合わせてもすべての子供からGFPが出るとホモになっていることが確認できる。20継代は大体4年位かかる。これでGFP以外は完全に近交系マウスになる。しかし、直前のグラフを見ると129は近交系になってませんよね。

近交系になってないという言い方は誤解が有るかもしれません。129特異的SNPsというのが分かっていて、こういう分析をすると全部ブルーになるマウスがあるというのが前提です。ピンクが混じっていてはおかしいわけです。上の表の若山さんの129はピンクが混じっています。でもこのままで20継代続けたら近交系マウスになります。ただし129/Svマウスとは言えないということです。これは近交系マウスになっていたとしても若山さんマウスということです。ただ、この１件だけでは近交系マウスとして固定しているかどうかは分からない。たくさん抜き出して全部同じパターンになっていたら若山129マウスとして近交系になっているということですが、どうも他の交配結果からして、近交系にもなりきっていませんね。遺伝子配列にヘテロのままになってるいろんなマウスか混じっているようです。つまりマウスコンタミして２０継代まで経過していないということです。ここに例示されているパターンのものだけでないということですね。他のパターンのマウスが混じっている。だからこそ129B6129BF1ESも1と6の二種のSNPsパターンに分かれたということです。たまたま使われたマウスが２種だけで実際にはもっと違ったパターンのマウスも入っている可能性がある。

BCA報告は129の全部ブルーの市販のマウスのSNPsパターンを示していません。なぜでしょうね。純粋に青とピンクが半々になったらグリーンで示されることになる。ここにピンクが入っているということは全部ブルーであるはずの１２９側にピンクが入っているということです。若山さんの129のブルーの中にピンクが入っているパターンがそのまま他の細胞のグリーンの中にピンクで残っているものを表にしてみましょう。





〇は若山マウスと同じB6混入があるという意味です。✖は若山さんのB6混入パターンと違うという意味で、▲は又✖とも違うパターンという意味です。〇という表示はそれが正しいパターンだという意味に取られやすいのですが、若山さんの１２９は全然正しくないものです。本当は正しいブルーだけのパターンのものをコントロールとしてつけるべきでしょうが、既述しているようにそれがつけられていませんから、代わりにntESG1G2を基準にしてそれを〇表示してみましょう。ntESG1G2は太田さんの論文とチューブラベル表示のものではなくて中身は親の雌雄の違う別の細胞です。でも使われている129+terは市販のもので、若山１２９マウスではありませんね。報告書が確認しています。こちらは緑の中にほとんどピンクが無いということを確認してください。129+terにはB6のコンタミがほとんどないんです。少しだけあるのはもともとのジャクソン研究所でのコンタミではないかと疑われる。というのもこちらにあるピンクはX1にもありますからね。共通している。以下にntESを〇にした表を示します。



６番と１５番染色体以外の染色体に関するB6のコンタミパターンは全部若山129マウスと同じだということに気づけます。市販の129X1/Svにはこういうコンタミは無いはずですね。むしろ129+ter/Svと同じはずです。というのも129X1/Svと129+ter/SvのSNPsパターンがそんなに違っているのなら、こういう比較そのものが意味をなさなくなる。報告書は129とB6のSNPsパターンを比較しているだけです。129の中の亜種で違うSNPsなんて使うわけがありませんね。
上の表は他のF1細胞の１２９がすべて若山マウスであった可能性を暗示しています。つまり記者会見の情報から推測するに18番に1コピーのCAGが入っているということです。このことは放医研が最初GFP位置を間違えたことに端を発してうやむやになったままで調べられていませんね。

６番と１５番のコンタミパターンが違っているというのは若山129マウスの中が不均一な遺伝子構成を持ったマウスでコロニー形成されていた。つまり近交系マウス化できていなかったという原因に求められるのではないでしょうか。

問題はGFPです。若山129マウスはCAG-GFPホモです。F1マウスの３番にヘテロでAcr-CAGが、１８番にヘテロでCAGが入っていなければならない。

この問題は一度マクズハラさんのブログでアルイミオウジ氏の指摘として論じられている。
radiation-japan.info/journal/science/stem_sell/stap-cell-case.html



彼もその原因は分かってないから警察に呼び掛けているわけです。

では129のGFPの問題に入る前に、先にB6の方を確認して置きましょう。GOFマウスとGOFESはいいですね。ほぼ全部ピンクです。若山さんがロックフェラー大学で作ったCAGホモのB6マウスもほぼ全部ピンクです。129は混じってませんね。18番にわずかに有りますけどね。ちょっと原因が分かりません。ただもっと大きな問題が6番、11番、12番、そしてこの18番にありますからね。

ここには岡部マウスのSNPsパターンがつけられていない。

①岡部マウスは大阪大学の岡部さんのところにある。
②そしてその後太田さんが大阪大学から岡部マウスを理研若山研に持ち込んだ。そしてすぐに2005年の論文でそのマウスを使いました。そのサンプルは残っていますが、報告書の分析では使われていない。
③2005年の実験1年弱後に何の目的も無く岡部マウスとの受精卵ESが太田さんによって作られた。
④報告書が分析したのは論文とラベルの記載とは異なった親の雌雄の違ったサンプルの中身でした。でも使われているB6は岡部マウスだと分かっている。この時期の岡部マウスが一つあるということです。

管理場所と時期の違った四種類の岡部マウスがあるわけです。

129とB6のF1であるからには全てのSNPsパターンは緑が原則です。そこにブルーが入っているということはB6側に129が入っているということです。GOFのマウスとロックフェラー大のCAGホモB6はほぼ全部ピンクでした。緑の中にブルーがはっきり出ている細胞のB6は岡部マウスなんです。これをどうやって調べるか。

まずntESG1,G2の129+terにはB6のコンタミがほとんどありませんでしたね。ほぼ全部ブルーです。ここにその129+terと岡部マウスが掛け合わされた結果がある。④の結果ですね。緑の中にブルーのある部分は④の岡部マウスB6にコンタミしている129のSNPsなんです。なぜなら、129+terが全部ブルーだと分かっているからです。なぜ全部ブルーだと分かったかというと、ntESG1,G2は全部グリーンになっていてB6の混入が無いからです。でもブルーの混入はある。これが④の岡部マウスに混入した129のSNPsなんです。それを基準にしてみましょう。





黄色の場所の▲が岡部B6マウスを若山研で自家飼育している過程で入り込んだ129です。AC129-1、129B6F1ES6、STAP Lysateの三つはいいですね。相手のB6はロックフェラー大で作った若山さんのCAGホモマウスで、解析をうけていますね。129のコンタミはありません。問題になっているのはあくまでも岡部マウスなんです。再掲しましょう。




まずntESG1,G2のコンタミ場所は他のいずれとも共通していないということを確認しましょう。この岡部マウスが一つあるということです。④の分ですね。太田さんの論文のものではありませんよ。どこかから出てきたものです。今、Ooboe さんのパートナー氏が検察に調査依頼されています。

次にFLS-3、129/GFP ES、CTS1、FES1の4つの細胞株作成時に使われた岡部マウスがある。この4つは同じ場所に同じパターンのコンタミがあって、同じ岡部マウスからの作製のようですね。そして上記ntESG1,G2とは全く違う場所にあるということを確認しましょう。

そして、最後にFES2に使われた岡部マウスがあって、これは6番、12番にはなくて、11番のみFES1と共通している。時期的にはFES2の岡部マウスが使われたあと更に6番、12番のコンタミが加わっているので、作られた順番はFES2が先で、その後にFES1が作られていることになる。そしてntESG1,G2の岡部マウスは飼育コロニーの違うものとしか考えられませんね。

129も岡部マウスのB6も自家飼育している間にマウスコンタミが発生している。これが遺伝子調査結果にどう反映しているのかはとてもむつかしい問題です。逆にマウスコンタミが無ければおよそ遺伝子解析なんてできなかったでしょうね。でもあったからいろいろと問題が分かったが、そのありようがどうであったか。とても錯綜しています。

そもそも小保方多能性細胞の探求にとって若山研のマウス管理は適合的ではありませんでしたね。Oct4遺伝子を発見するのにGFPを使って大丈夫だなんて酸浴させて死にそうになってる細胞で適合的な実験方法でしょうかね。ジャームライントランスミッション実験でGFPを確認するのにそれだけマウスコンタミのあったコロニーの中で交配するなんて適合的ではないでしょう。でも、それは若山研の責任ではありませんね。若山さんのクローン胚の探求にとって、マウスコンタミは大した問題ではなかったはずですよね。こういうことになったのは偶然に過ぎない。バカンティ氏側がキメラを作ってくれと頼んできた流れです。小保方さんの細胞研究をするためのラボではありません。でもこのラボでOct4-GFPが大量に光った。誰が悪いのでしょうかね。

リクルートの話とはこれは別なんですね。多分科学的にはこちらが問題だった。

(そもそもAC129の問題とは何なのか)

AC129は129-CAG-GFPマウスから作られたと言われているのにこの幹細胞からは「僕のマウス」ESが出てきた。これは中身の入れ替えで説明できる。でもSTAP lysateはどうなのか。これも中身は「僕のマウス」ESだった。桂報告書はサンプルを調整してGRASに提出したのは小保方さんだったと主張している。でも一つのことを忘れている。若山さんはリトラクション理由に何と書いているか。
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(4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.




これが本当ならStap Lysateと書かれているサンプルはESなんですね。こちらを分析して「僕のマウス」ESが出るのは当たり前です。まさかそんなことしてないですよね。




大丈夫か?

>>
３）STAP 細胞由来 ChIP-seq (input)サンプルは 129B6 F1ES1 から取得された

（調査結果） 小保方氏が CDB ゲノム資源解析ユニット（以下「GRAS」という）に持参し残されてい た STAP 細胞由来 ChIP-seq (input)サンプルを再度 NGS 解析した結果、STAP 細胞由来と される ChIP-seq input データは CAG-GFP の挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来の細胞か ら取得されたものと判明した。さらに SNPs の解析、特異的な欠失変異の解析により（２ －３－１－１(ｄ)参照のこと）CAG-GFP が挿入された 129B6 F1ES1 とほぼ同一細胞由来の データであることが明らかとなった。

ES Lysateの方は調べたのか? リトラクション日付は (03 July 2014)よ。両方調べて初めて若山さんのリトラクション理由が本当か嘘かが分かる。又両方の結果を記載して初めて報告書がどちらのサンプルが「僕のマウス」ESだったとしているのかが分かる。このままだと、どちらが「僕のマウス」ESだったのかが分からない。その可能性として4つある。

①STAP LysateとラベルされているデータとES Lysateとラベルされているデータのどちらも「僕のマウス」ESだった。
②STAP Lysateとラベルされているデータだけを調べてそれが「僕のマウス」ESだった。
③リトラクション理由書に取り違えがあると書かれていたのでES Lysateと記載されている方がSTAP Lysateだと見做してそれのみを分析したら「僕のマウス」ESだった。
④そもそもSTAP Lysateとラベルされているデータしかなかった。

①ならそう書くことによって129/Sv-CAG-GFPのデータは無いので　 Fig.ure 4-b　は捏造であると報告しなければならない。
②の場合はリトラクション理由書に書かれている通りES Lysateが129/Sv-CAG-GFPである可能性があるので、それを調べないままにSTAP Lysateが「僕のマウス」ESだと書いた桂報告書自体が捏造だとされなければならない。
③の場合は、ではSTAP Lysate を調べてないことによってリトラクション理由書が虚偽記載されているということを確認しないまま報告書を書いたということになり、これも捏造報告書だということになる。
④の場合はリトラクション理由書に取り違えがあると書かれていることに気づいていない杜撰な報告書だということになる。

調査報告に瑕疵があるということは明白ですね。取り下げてもらうか、訂正してもらわないといけない。

我々は若山さんが犯人だと考えているので、リトラクション理由には強い疑義を抱いている。どうしてあんなに似ている　Figure 4-b　の取り違えに気づけるのか。手伝った人が居るのではないかと。また、取り違えが本当なら、リトラクション理由書はむしろ桂調査の結果を否定することになるのはどうしてかと。

リトラクション理由書が先に提出されている。その後にGRASに残されていたデータが再解析された。若山さんはデータが残されていたことは予期してなかったと思われる。しかし、STAP Lysateを記載通りに調べたら、中身がESであったということになると、取り違えは本当であったということになる。ところが、ではどうして調査チームはES表記されている方を調べなかったのか。そもそも我々は試料が残されていたということ自体を疑うもので、調査チームの中に犯罪者が居るのではないかと疑義している。資料が残されていたということは記者会見の席上で伊藤氏が証言している。その時の彼の表情については既述しているとおりである。
AC129を巡る問題1で述べたことを再掲しましょう。

**********

>>
(4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.

Letter Figure 4-bは以下です。よくこの程度の粗雑な簡略図でSTAPとESの取り違えに気づけたものです。誰かラボ内に手伝った人でもいて、元データを持っていた人がいたことが推察されます。



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2年前の生データがSTAP細胞だけ冷凍されて残っているというのも変で、残っているならこの時の試料の全てのはずですが、記者会見では伊藤氏が口頭で記者の質問に答えて、この時の分析の試料がGRASにたまたま残っていたのだと証言しただけで、他の試料の有無に関しての更なる追及も無かった。又その保管に関して文書で追加説明があったということもない。伊藤さんはBCA報告の著者の一人です。
>>
Daijiro Konno, Takeya Kasukawa, Kosuke Hashimoto, Takehiko Itoh, Taeko Suetsugu, Ikuo Miura, Shigeharu Wakana, Piero Carninci & Fumio Matsuzaki

桂会見での古田女史の質問に対する答えは以下でした。言い終わった後の彼のしぐさと表情は精神分析学の研究対象に好例かもしれない。(*ttps://www.youtube.com/watch?v=M9oJGioHvIQ　1:15:00から)
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ただ、唯一やったのが、あ、GRASの方に残っていたChIP seq　のinput 、しかもSTAP細胞のインプットはDNAとして残っていたので、それが10ページバワーポイントの、えーと、ところに書いてある、３番のアイテマイズして書いてあるところですけれども、これに関しては、えーと、３０倍になるだけ、他のゲノムと同量となるまで読んでいます。そして、読んだ結果、この、同一であるということを、ま、認定したということで、それ以外に、それ以外に関しては、ま、残っていませんのでやってない、やってません。

なぜ、たくさんある中の、唯一、STAP ChIP lysateだけが残されていたのか、どういう形で唯一残されていたのか、誰かの恣意で残されていたのか、それともGRASには残し方に関する規則は無いのか。裁判だったらまず最初に検討されるもので、ここにちゃんとした答えが無いと証拠採用はされない。

**********

①唯一やったのが
②STAP細胞のインプットはDNAとして残っていた
③読んだ結果、この、同一であるということを、ま、認定したということ
④それ以外に、それ以外に関しては、ま、残っていませんのでやってない、やってません。

つまり、STAP Lysateと書いてあるDNAのインプット試料だけがあったということです。そしてこの記載事項は2014/7/3に提出さけているリトラクション理由書の記載が本当なら、小保方さんが論文の図表として採用するときに間違えたか、そもそもGRASに提出するときに既に記載を間違えているかのどちらかです。ただ、リトラクション理由書は試料が残っていたということを知らなかった可能性が高い。若山さんは何をもって取り違えに気づいたのか。あのレター論文の図だけを見て取り違えに気づけるというのは難しいのではないか。何か、別の根拠があるはずです。

図だけを見て気づけるのはNanogの発現量です。ただこれがどちらがどうといえるためには元の解析データを若山さんが持っているのでなければならない。この場合は元のデータには提出時の記載事項通りに結果が知らされていることになる。若山さんは小保方さんの図表とGRASの結果を比較してNanogの発現量から図表は結果を取り違えていると主張したことになる。この場合、GRASのSTAP Lysateと書かれているデータが図表のESだということになる。Nanogの発現量の小さい方です。これが「僕のマウス」ESだったということになる。

もう一つの可能性はそもそも小保方さん自身がSTAP細胞を作ったのちにGRASにES細胞と一緒に提出するときに記載を間違えた場合です。この場合はGRASは記載されたとおりにデータを渡すので、そもそものデータが逆になっていることになるが、若山さんが図表とGRASの間での取り違えに気づくことも無いでしょう。

明確なのは小保方さんがSTAP細胞と記載してGRASに提出した細胞は「僕のマウス」ESだということです。少なくともSTAP細胞は小保方さんが作るので、これが「僕のマウス」ESであるためには提出記載の取り違えか、或は、渡されたマウスが「僕のマウス」だったかしかありません。取り違えはES記載された試料が残ってないので確認できない。渡されたマウスが「僕のマウス」だったのなら129/Sv-CAG-GFPマウスの実験なんて無かったということになる。

我々は若山さんが嘘をついていることを知っている。AC129の問題は彼がここで何をしたかを解明することです。

取り敢えず、 Fig.ure 4-bに関して登録されているデータを書きに提示しましょう。

ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-CAGヘテロ
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1

伊藤さんが試料そのものが残っていたと言っているのは⑫のことです。生試料があったと言ってる。その他は残って無かったと。
>>
ただ、唯一やったのが、あ、GRASの方に残っていたChIP seq　のinput 、しかもSTAP細胞のインプットはDNAとして残っていたので、それが10ページバワーポイントの、えーと、ところに書いてある、３番のアイテマイズして書いてあるところですけれども、これに関しては、えーと、３０倍になるだけ、他のゲノムと同量となるまで読んでいます。そして、読んだ結果、この、同一であるということを、ま、認定したということで、それ以外に、それ以外に関しては、ま、残っていませんのでやってない、やってません。

本当に残ってなかったかな。私の直感は以下のようなものでしたけどね。今でも見れますね。
>>
桂会見での古田女史の質問に対する答えは以下でした。言い終わった後の彼のしぐさと表情は精神分析学の研究対象に好例かもしれない。(*ttps://www.youtube.com/watch?v=M9oJGioHvIQ　1:15:00から)

若山さんがリトラクション理由に挙げているのは⑤と⑪が逆になっているということです。そしてレターの図を見て誰にでも違いの気づけるところはNanogのグラフですが、これはTs.Marker さんが解析図を作ってくれています。



上が⑤で下が⑪です。これを見ると確かに小保方さんはグラフを間違えていますね。Nanogの多く発現している方がESです。これは論文のグラフを作ったときの間違いです。そしてリトラクション理由書の指摘事実は正しいということです。でもこれを以てリトラクトする必要はありませんよね。間違いは訂正したらいいだけです。共同著者の若山さんの行為はそういうものではない。論文そのものを全否定しているんです。自分で行った実験であるにも関わらず。他の共著者には説明も無い。話し合いもせずに一方的にリトラクトだと一人で騒いだ。何をしたのだということですね。そして小保方さんに騙されてES細胞でキメラを作らされてしまったのだというストーリーをマスコミを通して拡散した。そんなことマスコミを通すことか。共著者間で批判しあうべきことでしょう。共著者間の話し合いのテーブルにつけない理由があるわけです。我々は既にその理由を知ってるということです。

でも、今我々が解明しようとしているのはそのことではない。以下のように公共データ登録されている細胞⑪が「僕のマウス」ESであったという事実です。
>>
SRR1171583　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　SAMN02393447　SRS559100　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells 　2013/11/5　H.Obokata　PRJNA238286　RIKEN　2014/2/13

小保方さんは2013/11/5に理研にデータを提出していて、理研はそれを2014/2/13に NCBI に登録したんです。その時の事務の担当者が誰かは分かっていません。
ここで小保方さんはこの細胞のマウス背景をC57BL/6x129/Svと書いています。まず最初に気づかなければならないことはこの細胞はAC129を作成したSTAP細胞ではないということです。雌雄の書き分けは小保方さんの間違いなのか事務担当者の間違いなのかは分かりませんが、AC129の実験で使われたマウスは「僕のマウス」の片親である129X1/Sv-CAG-GFPホモマウスだと報告書に書かれている。でも小保方さんが登録したのはF1マウスのSTAP細胞です。小保方さんはこのマウスをAC129作成時のSTAP細胞だなんて書いていませんよね。それどころかF1のSTAP細胞だと書いている。

そして検査の結果事実F1のマウス背景結果が出た。小保方さんがF1と書いているものからF1の結論が出て何がおかしいのだ。
報告書はAC129の背景を調べたらF1だったと分かったが、このAC129は129マウスで行ったものなのだからここからF1結果が出てきたらおかしいと言ってるわけです。AC129を作ったのは若山さんでしょ。自分で白毛の129/Svを小保方さんに渡してそのSTAP細胞からAC129を作ったんでしょ。そしたら中身がF1だったから小保方さんが自分にESを渡したのだと騒いでいるわけですけど、自分で中身をESに詰め替えたんでしょ。そうでないという証明が何もないじゃないか。何を一方的な嘘をついているんだよ。

それに関しては桂報告書も以下のような嘘を書いている。
>>
STAP 幹細胞 AC129 とされる細胞は 2012 年 8 月 13 日に作製されていることから、この 細胞はこれ以降に実施された実験に用いられたと判断した。公開データ再解析の結果に よれば、論文に記載された実験の中では Letter Fig.4 に使われた可能性が高く、また Letter 論文 Fig. 2i にも使われた可能性がある。しかし実験記録の不備から使用実験を 特定するには至らなかった。なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

「論文に記載された実験の中では Letter Fig.4 に使われた可能性が高く」などという推測は小保方さんが提出してる記載事実を見たらあり得ないと分かるでしょうに。小保方さんはF1だと書いているではないか。

これが本当に2012年の8月に提出されているSTAP細胞だったら必ず若山さんはF1マウスを小保方さんに渡しています。STAP細胞は継代保存ができない。維持培養期間は出来てからせいぜい1週間程度です。昔の細胞を提出するなんてことはできません。ChIPSeqに出した日付はGRASに残っているでしょう。生試料まであったというのだから、分析日付くらい分かっているはずだ。この頃小保方さんはたくさんのSTAP細胞を作らされたと証言していることを伊藤さんが記者会見の席で説明しましたね。他の人の実験のために使われたと言ってると。この細胞はAC129の実験のものだけではないでしょうよ。F1でも作らされている。それを小保方さんは提出しているんです。若山さんは実験ノートをつけていませんよね。よくもまあ、小保方さんのことが言えたものです。伊藤さんは小保方さんがかき集めたSTAP細胞が129/Svだったとでも思っていたんですかね。その実験は一回で終わってるでしょうに。

AC129作成時のSTAP細胞が「 Letter Fig.4 に使われた可能性」なんて全くありません。

1. 2019/10/31(木) 22:32:20|
2. AC129
4. | コメント:3

一枚報告補記9

(前置き)

Ooboeさんから依頼がありましたから、学さんに対する疑義はもうこれ以上は言いません。
あのねさんから応答がありましたのでテラトーマの件に関して補記を書きます。私はど素人なのでウェットとドライという専門用語は知りませんからあのねさんのコメントを見て後から調べただけですが、ちゃんと呼びかけには応じていただけました。以下にまずコメント全文引用します。こういう議論こそ望むところですね。
学さんのコメント欄は時間表示がなくかつ上に積み重なってくる設定になっているので読みずらいですね。上からの順番に直します。
>>
あのね
　小保方実験ノート(117P)記載の4匹入荷した12/27Haruko PGA 免疫不全マウスを使ったテラトーマのExperimental No.がなぜ2番から始まっている理由を考えてみます。小保方ノートにNo.1が記載されていないのは、免疫不全マウスのNo.1は、若山研の誰かに別に用途を告げられてNo.2からノートに記載したと考えるのが自然です。多分、小保方さんは必要だと言われて入荷した残りの3匹の免疫不全マウスを渡されて実験しているのですよ。なので、No.2から書かれているのは、連動した同じテラトーマ実験系で共有されていることを推察しなければなりません。No.1の免疫不全マウスを若山氏は何に使ったのでしょうかね？
2019/09/22 URL 編集

あのね
　もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html
2019/09/22 URL 編集

以上のあのねさんの疑義に関して批判を述べる前に、いい機会ですので、「テラトーマを巡る諸考察」と題して、バックグラウンド情報を整理しておきましょう。この補記のシリーズはOoboe さんの部門別説明が欲しいという要望にお応えしているものです。

「テラトーマを巡る諸考察」

(免疫不全マウス)

まず最初にこの時の免疫不全マウスはヌードマウスです。以下は川田龍平議員の質問書の一部です。
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二　理研の調査委員会の「不服申立てに関する審査の結果の報告」によると、小保方氏は不服申立ての理由補充書において二〇一二年一月二十四日にマウスからテラトーマを取り出したと主張しているとのことである。先般、私が文部科学省に資料請求したところ、提出されたゲノム・リプログラミング研究チームの購入物品一覧では、この実施日までに購入された免疫不全マウスは二〇一一年一二月二十七日に検収された六週齢のBALB/c-nu/nuマウスのみである。この購入の認可予算名の項目欄には「文部科学省」と記録されているが、該当する科学研究費補助金の研究課題名と代表者を示されたい。また、その研究課題に対して交付された科学研究費補助金は、ストレスによる体細胞の初期化の研究であるＳＴＡＰ細胞研究とは別課題のはずであり、ＳＴＡＰ細胞研究には使用できないものと考えるが、政府の見解を明らかにされたい。

2011/12/27こそ、小保方さんが渡米準備休暇中に休日出勤してテラトーマ実験を行った日です。以下はOoboeさんのパートナー氏が情報公開請求された謝金支払い認可表の12月と1月分です。2012/1/24は最初の出勤日の翌日だと分かります。4週間での切り出しです。



問題の実験ノートの図です。





以下は私がそれを書き写したものです。



今NHKの『不正の真相』は見れなくなっていますが、昔何度も巻き戻して確認して「No2が一番大きなマウス」と読めるところは、実はマウスではなくてテラトーマだと分かっています。テラトがマウスと読めますがその後ろにーの先が映っている。右側の記載はケージに貼り付けられていたラベルを利用して書いてそれをノートに貼った時に後ろの文字が隠れたものです。そのことが弁護団の説明のところに書かれているようです。

12/27入荷(6W)と書かれているところは、川田議員が文科省に確認しているものと一致しています。小保方さんはアーティクルにはNOD/SCIDを使ったと書いていますが、写真は下3枚に博論時の免染写真を貼り付けていた。博論時のテラトーマ実験はNOD/SCIDなんです。以下は博論日本語概要の当該記載箇所です。
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第四章では同様の細胞群がその他の組織にも存在しているかを確認するため三胚葉由来組織の代表的な組織である脊髄（外胚葉）、筋肉（中胚葉）、肺（内胚葉）から細胞を単離し、粉砕処理後、無血清培養条件下で浮遊培養を行った。タンパク質マーカーの発現は骨髄で行ったときと同様にc-kit, Sca-1, SSEA-1, E-cadherin陽性の細胞が確認された。遺伝子発現解析の結果、骨髄のときと同様、ES細胞に特異的な遺伝子の発現が多数確認された。特に肺由来のsphereからは高頻度にOct4陽性のsphere細胞塊が確認された。一方、脊髄からは多くのsphere形成が確認されるが、Oct4などのES細胞特異的な遺伝子マーカーを発現したsphereの割合は骨髄由来のsphereと比較して低い値を示した。培養系での分化誘導実験を行うと、骨髄のときと同様に、各特異的なマーカーで陽性を示す三胚葉由来組織の細胞へと分化した。さらにPGAに播種しNOD/SCIDマウスの皮下に移植すると、骨髄のときと同様に上皮、神経、筋肉、軟骨、腺といった三胚葉系の組織へと分化した。以上のことから、骨髄中から発見された広範な分化能を有する細胞群は、脊髄、筋肉、肺といったすべての三胚葉由来組織からも単離され得ることが確認された。

因みにハーヴァードでの実験でもNOD/SCIDを使っていて、以下はティシュー論文の当該箇所です。
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In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid fibers, 200µm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

この12/27検収のマウスはヌードマウス(BALB/c-nu/nu)といわれている免疫不全マウスです。小保方さんは2012/1/24にこれを切り出してHE染色したまま放置してこのテラトーマ画像は3誌論文には使わずに博論のを使ったんです。だから超免疫不全マウスと言われているNOD/SCIDと正しく意識していることにはなるんです。ただ、その後差し替えがあった。

(実験ノート)

その話に進む前に、まず、あのね氏の指摘のマウス番号の件です。「小保方実験ノート(117P)記載の4匹入荷した」と書かれているが何匹であったかは情報公開されていません。あのね氏のは少なくとも4匹という推測です。
記載事項の確認ですが、右カット、左カットという言葉はマウスを区別するために耳を切っていて、右の耳を切っているか、左の耳を切っているかの区別ですから切らないのも入れて3匹しか区別できません。それでカット数で更に区別していると推測される。つまり左カットは3つ切込みを入れたものと、2つ切込みを入れたもので区別しているのだと解釈して見る。
右耳カットマウス(No2)は精巣、左あし、右かたですから、マウスの体に右かたに小さな半円で場所指定してあり、左側の足の部分にも半円がある。そしてお尻の精巣部にも半円があって理解できる。
左耳3つ切込みマウス(No3)は精巣、左かたですからテラトーマの図示箇所は合っている。
問題は左耳2つ切込みマウス(No4)の絵が無いにもかかわらず、No4という書き込みはあって線で示されているのはNo3のマウスの絵の精巣のテラトーマ位置である。この線が何かの汚れで本当は右側にもう一匹のマウスの絵が隠れているといいのですが、これがない。
左耳2つ切込みマウス(No4)マウスは精巣と右あしです。するとNo4の線は右足に引かれていると考えるとNo3とNo4の精巣は半円表示を省略しているのだと考えるしかなくなる。
これですべて納得されたということになったら、この時のマウスの検収が何匹であったかは分からないが、No1のマウスが何か別の目的で使われているということが分かる。ここにはES細胞がコントロールとして使われているのではないかということも考えられる。このコントロールは耳が切ってないのでしょうね。ただ、小保方さんがNo1を実験ノートに記載してない事情は明らかになっていませんが、Noは打たれているのですから関係した実験だということは間違いありません。別の人が別の目的で使ったら小保方さんがナンバーを振ることはない。

もう一度実験ノートに戻ります。



この実験ノートには日付がありませんが、左側の書き込みノート部分の日付は2012/1/24だということは明らかですね、「薄切りの後、染色」と書かれている。右側は2011/12/27にマウスが納品されたときのケージに貼られていたラベルの余白を利用してメモ書きとして書き込んでいたものを、2012/1/24にテラトーマを切り出してHE染色した後に実験ノートを書き、その後右側にそのラベルを貼り付けたんです。だから"テラトーマ"という文字の"ーマ"部分が隠れて、"テラト"が"マウス"に見えるわけです。
この時に作られた試料が桂報告書(スライド)に示された以下ですね。2012/1/24に作られたんです。



実験ノートに「カルス大量移植」と書かれている。パラフィンブロック「CD45カルステラトーマ」のカルスという語彙が対応していますね。実験ノートの「テラトーマ、PFA固定」のPFA(paraformaldehyde=パラホルムアルデヒド)がブロックを固定したパラフィンのことですね。スライドグラスには「6weeks +PGA 12/27移植　Haruko」と書かれている。6weeksというのは検収されたヌードマウスの週齢で、実験ノートに貼られたラベルの「12/27　入荷　(6W)」と一致し、川田議員の「二〇一一年一二月二十七日に検収された六週齢のBALB/c-nu/nuマウス」という調査記載と何ら矛盾が無い。+PGAというのはヴァカンティ足場を使ったという意味ですね。上掲のティシュー論文のマテメソにあるpolyglycolic acid fibersのことです。ヴァカンティが耳マウスを作った時の足場です。培養液をこれに含ませて細胞塊を包んで皮下に移植する。結局試験管内実験に近いもので、スタンダードなテラトーマではありません。
CD45カルスと書かれているように使われている細胞はリンパ球です。小保方さんはキメラができたと聞いていますから、ひょっとしたら今までと違って足場なしでもできるかもしれないと考えたでしょうが、安全のために今まで通り足場を使いました。これでも増殖力が今までと違っていれば今までより良くできるはずです。そして今まで一度も行わなかった精巣へのインジェクションを行った。これはES細胞で使われる手法です。以下の相沢報告に10の5乗個以上のES細胞が必要だと書かれている。小保方さんは5乗個入れて、かつハートマークを書いた。楽しみだったでしょうね。>>
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Previous studies also examined the pluripotency of purported STAP cells by their potency to generate teratomas in immune-deficient mice. However, more than 10^5 cells are required to form teratoma subcutaneously in the flank of an immune-deficient mouse using ES or EC (embryo carcinoma) cells, and the process takes about one month. No teratoma formation was examined in the present study, since the frequency of green fluorescent cell aggregates was low and time was limited. Teratoma formation under the kidney capsule, which also takes about two months using blastocyst embryos, was also not examined.

この10の5乗個は精巣だけではありません。他の足場を使ったものも10の5乗個入れたんです。キメラができているのですからESに近くは出来るはずだと考えたんですね。因みにレター論文のFI-SCのキメラは10の5乗個でできています。私の仮説ですとntESなんですから当たり前ですけどね。

(移植細胞数)

ティシュー論文では使われた個数は2x10^6です。上記ティシュー論文のマテメソに2000 spheres, each containing *1000 cellsとあります。

博論では10の7乗個です。以下は博論の草稿の11jigen氏の公開しているものです。
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Figure 13 Teratoma forming assay
10^7 bone marrow cells and ES cells were injected subcutaneously into immunedificienl mice.
After 6 weeks of implantation, cell masses were harvested.

アーティクル論文では無論博論のをそのまま使っていますから10の7乗です。要するに本来の小保方さんの細胞はある程度の本当の多能性を帯びているらしき細胞がとても少ないんですね。ここでESのテラトーマもコントロールとして作っているということを確認してください。彼女はESのテラトーマを知っているんです。
無論ティシュー論文でも以下のようにESのテラトーマが作られていて大きさが比較されている。
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Although the spheres in this study described were capable of generating teratoma-like tissue, the transplanted cells did not form large teratomas as did ES cells, nor they did express Eras in vitro as ESCs,[31] which suggests that the teratoma-like tissue they generate may be very different from true teratomas generated from ESCs. In addition, the cells studied did not express the trophectoderm marker Cdx2[32 ]or also associated with ESCs. These differences of gene expression pattern may explain the differences of the biological function between ESCs and adult stem cells in this study.

小保方さんがこの12/27移植テラトーマですべてを10の5乗にした理由は分かりますね。キメラが出来てると聞いてますからね。ハートマークの意味が分からない人たちというのはそもそもフローベールの"感情教育"ができてないのかな。ハートマークの書き込みは12/27の実験中のラベルにメモ書きされているものです。
まあ、こういう書き込みが氾濫しましたね、
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小保方さんは実験ノートを公開しない方が良かったんじゃ
小保方氏の実験ノート、代理人が一部を公開：朝日新聞デジタル
小保方さんの実験ノートの一部が公開されましたが、見て思わずファッ！？となってしまいました。
ハートマークが書かれているのに驚き、「陽性かくにん！ よかった。」は思わずよかったね！と子どもを諭すような心持ちになれました。
真面目なツッコミを入れると「ストレス条件を試した」とは書かれてますが、どのようなストレスを加えたのか書かれていません。マウスの絵には「大量」、「一番」などと記載されていますが、具体的な量も大きさも書かれていません。第三者がこの記述を見ても行われた実験内容をトレースするのは厳しいです。この実験ノートを見れば、小保方さんが論文で使用した図の実験条件が異なっているのもさもありなん。小保方さんが、まともに実験データを管理できているとは思えません。
実験ノートは実験の正当性を証明するためのものです。そのため第三者が読んでも分かるように書きます。また、 小保方さんのラボノートについて | 栗原潔のIT弁理士日記 で述べられるように特許の正当性にも関わってきます。
書き方は流派があるでしょうが、実験ノートとはなんぞやという人には 実験ノート - Google 検索 のイメージと小保方さんが公開した実験ノートを比べてみると、小保方の実験ノートの酷さが分かるかと思います。
あるいは、「よかった」などと書かれた業務日誌や議事録を想像してみてみるとよいでしょう。
正直、なぜ代理人がこれを公開したのかさっぱりわかりません。理研が調査を継続しないことを受けての対応のようですが、小保方さんにとどめを刺しているようにしか見えない。
しかも、わざわざ代理人がワープロソフトで打ち直しているのも謎です。打ち直さないともっとひどいのか。打ち直してるのにわざわざハートマークを入れてるのは、もしかしたら心臓を表しているのかもしれませんね！
代理人は特許の関係ですべては公開できないとしてますが、特許は既に申請しているので公開しても問題は無いはずで、しかもわざわざ打ち直していることからも、人様に見せられるようなまともな記述が、これくらいか無かったのでしょう。
あるいは、実験ノートの公開は代理人の本意ではなく、小保方さんがどうしても公開したいと迫り、譲歩した結果がこの惨状なのかもしれません。

当時はこういう見当はずれの悪口ばっかりでしたね。どういう社会心理なんでしょうかね。
ともあれ、2012/1/24にテラトーマは摘出されていくつかのスライドにされてHE染色までされて、そのまま免染されずに放置されたのです。なぜでしょうかね。以下は小保方さんがES染色までしておいたもので、三誌には使用されていません。



これに関して桂報告書は以下のように書いている。
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４）テラトーマとマウス組織の区別
「CD45 カルス-テラトーマ」の試料が GFP を恒常的に発現する Acr-GFP/CAG-GFP 細胞 を含むことから、移植細胞に由来する組織とホストマウス由来の組織を GFP の抗体染色 で区別することを試みた。その結果、テラトーマ組織内に多くの GFP 陽性の細胞が確認 できた。他方、移植細胞に由来すると報告された小腸上皮（Article Fig.2e 右）と膵臓 （Article Extended Data Fig.4c）様の組織は GFP 陰性であり、テラトーマに由来する ものではなくホストマウスの組織であることが判明した。

Article Figgure 2-e



Article Extended Data Figure 4-c



小保方さんはESのテラトーマを作ったことのある人なので作ろうと思えば簡単にできますね。
桂報告書はこのテラトーマからAcr-CAG-GFPが出たから、これは小保方さんがFES1を使って捏造したのだと言ってるわけです。でもこのテラトーマはGOFマウスのリンパ球から作られているものです。捏造するなら学生のGOF ESを使うに決まっていますね。
ドナーにF1マウスは使えませんね。GOFマウスに関しては小保方さんはテクニカルスタッフに依頼して用意してもらうことができ、出来たら自分で取りに行くこともできますが、F1の交配はテクニカルスタッフには任せられていません。若山さんが自分で交配します。ですからこの時のドナー細胞はGOFマウスの脾臓由来のリンパ球なんです。
桂報告も少し考えたらわかりそうなものですがね。小保方さんが仮に学生のGOF ES を使ってこのテラトーマを造ったら簡単にできてしまいますよ。ハーヴァードでも東京女子医大でもコントロールのESテラトーマは作っているんですからね。
仮に小保方さんの捏造だったらそもそもせっかく捏造したテラトーマを小保方さんがどうして3誌で使わなかったのかを考えないんですかね。一部のテラトーマに、ましてGFPがなかったからリシピエントマウスの組織細胞を切り出したなんて、言ってることが頓珍漢も極まってますよね。ESで捏造したら簡単にできてしまうではないか。どうして体細胞なんかを切り出す必要があるのだ。これも考えなかったんですかね。しかも、体細胞か否かはヌードマウスなんだから遺伝子解析で簡単に識別できるのにそれをやってない。ただGFPがないから体組織だと。博士号返上しなければならないのは小保方さんではなくて彼らではないのか。

以下はBCA報告のFigure 1のテラトーマ関連の図です。cはキメラ子1～9の件で今『AC129について』と題した部門別考察中ですが今ここでひっかかっている。No8のキメラのAcr-GFPが無い。1段目と2段目はどちらも3番染色体上にあって、一緒に動くはずのものです。この問題はここではやりません。



テラトーマはd,e,f,g,hです。
まずdです。



以下はd,eのリジェンドです。分かりやすくするために分かち書きにしています。
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d,e, Teratomas are derived from ES cells. qPCR reproducibly detects Acr-gfp (d), and FES1 ES-cell-specific deletions (e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block.
Lanes 1: STAP cell teratoma;
2: STAP cell teratoma (separately prepared);
3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell);
4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell);
5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell);
6: C57BL/6NCrSlc mouse; and
7: no template DNA.
Each value shows fold-amplifications relative to the Il2 gene (seeSupplementary Methods).

まず、12/27テラトーマの二つ用意された切片とFLS4からAcr-GFPが検出されている。他には無い。次にOct4-GFPを調べたらGLSから出た。6のC57BL/6NCrSlc mouseは普通のB6でGOFマウスではありませんから出ない。ところが1からはPCRでわずかに検出されているということを最初に指摘したのがアルイミオウジ氏です。和モガさんがそれを後に論じたんでしたね。
12/27テラトーマを作った時に小保方さんが使った赤ちゃんドナーマウスはGOFマウスです。F1マウスでは行っていません。そして、このテラトーマ実験は小保方さんが休暇申請している中を自主出勤して作られていて、そのことを若山さんは知らなかったようなのです。手記210P。
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キメラ実験やSTAP幹細胞の樹立が成功した後、STAP研究は若山先生の指揮下で行われていた。若山研での初めてのテラトーマの実験はキメラ実験が成功した後に行われたものだった。テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。又テラトーマ実験の経過観察の期間、私はアメリカに出張しており、管理は他の若山研のスタッフによって行われていた。経過観察の報告を若山研の他のスタッフから受けた際、その旨をさらに若山先生に報告までしている。しかし、若山先生は、テラトーマの実験があったからキメラの実験をする気になったと主張していた。

小保方さんはこの手記を書く時点で何があったのかを分かっていませんから、自分にとって不審なことを書き連ねているだけですね。
この中でマウスの購入に関して若山さんの許可が必要なのは当然で、免疫不全マウスを買っていいよという許可は出していることは間違いない。で、手配したのは奥さんかテクニカルスタッフかは分からないが、12/27に入荷すると小保方さんが聞いているのは当たり前で、それまでにSTAP細胞を作っておかないといけませんからね。出来るまでに1週間かかります。

ともあれ、小保方さんがまずテラトーマ実験をしたいと若山さんか奥さんに申し込んでいるはずです。そうでないとマウスは12/27に届きません。ただ小保方さんは「テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。」と書いている。自分が直接言ってたら言ったと書きますから、第三者経由で申し込んでいるんですね。奥さんである可能性が一番高いでしょうね。そんなにたくさん人の居るラボではありません。若山さん、奥さん、野老博士、李博士、小保方博士、テクニカルスタッフの坂出さん、山中さん、男子学生の糸井さん、京極さん、女子学生の寺下さん。事務員さんの11人の世帯です。小保方さんがテラトーマの実験をしたいのでマウスを購入してくださいと頼めるのは直接でなければ奥さん、野老さん、李さんですが李さんは外国人でかつ男性ですから、奥さんか野老さんでしょうね。普通は奥さんでしょう。

若山さんは12/27に免疫不全マウスが来ることまで知っていたかどうかは分かりませんね。奥さんに任せていたら細かいことまでは分からない。ただ許認可はしますから買っていいよと言ってる。一方で小保方さんは年末年始を仕事したいということで渡米するために休暇申請を出している。これは当然若山さんには言わないといけませんから、彼は知ってる。すると12/27にテラトーマ実験を小保方さんがするということは知らなかった可能性があるんですね。少なくとも小保方さんはそのことを若山さんには言ってない。言ってたら言ったと手記に書くでしょうが、そのことは書いてない。自分は渡米してテラトーマの管理はしてないが、スタッフから聞いて若山さんにメール報告しているから知っていたはずだと言ってる。メールは見たとは限りませんからね。それから、テラトーマができたからキメラ実験をする気になったというのは博論のテラトーマの話を聞いてキメラを作ってみる気になったという意味のことを言ったのかもしれないですね。いずれにせよ、若山さんがそういったという事実の情報は私は持ってない。小保方さん側から見て不審に思ったことを書いているんでしょうね。何しろ彼女は手記を書いている時点でもこの事件で何が起きたのかを分かってはいないんですね。
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又テラトーマ実験の経過観察の期間、私はアメリカに出張しており、管理は他の若山研のスタッフによって行われていた。経過観察の報告を若山研の他のスタッフから受けた際、その旨をさらに若山先生に報告までしている。しかし、若山先生は、テラトーマの実験があったからキメラの実験をする気になったと主張していた。

若山さんはテラトーマを作るためにこれを使いなさいとF1を渡してはいないことは分かりますよね。もしこの実験がF1マウスで行われていたならば、小保方さんは真っ先にF1マウスをくれたのは若山さんではないかと書くでしょう。知ってた筈だなんて曖昧なことは書かない。つまり小保方さんはGOFマウスを使ったんですね。GOFマウスの交配は彼女が腰かけてから、いつも赤ちゃんマウスが出来てくるように若山さんがテクニカルスタッフに指示をだしてやっています。小保方さんはマウスを自分で取りに行くこともできますが、後の管理を任せているくらいですから、誰かは関与しているはずですね。少なくともGOFマウスが使われたということくらいは証言者があるのではないでしょうか。テラトーマからはOct4-GFPが出なければいけません。桂報告書はそのことも確認出来てないんですね。ただ論文に書かれているからGOFであるはずだがアクロシンが出たから云々という杜撰な論理の運びです。小保方さんは確かにGOFマウスを持って行ったということは第三者に確認しておかないといけませんね。警察なら必ず裏を取ります。大事なところです。彼女がGOFを使ったのなら捏造は学生のESで行うでしょう。若山さんがF1を渡していたのなら小保方さんはFES1を使うでしょう。

桂報告書の前提では彼女はどちらの細胞も持っていたことになっていますよね。小保方さんが最初のキメラ成功時にFES1を若山さんに渡したと言ってるんでしょう。そして2011/11/25に樹立されたGLという幹細胞樹立時にも学生のGOS ESを渡したと言ってることになるんでしょ。その時のキメラは残されて無いがそれも学生のGOF ESを渡したからこそできたんでしょうよ。そして次にGOFマウスを使ってテラトーマ実験した時に小保方さんが学生のGOF ESを使わずにFES1を使ったんですって?頭大丈夫か?
GLの検査をどうしてしなかったかについては今楠本さんが情報公開請求されていますね。

テラトーマからAcr-CAGが出ました。そしてアルイミオウジ氏の指摘で試料1のテラトーマからわずかにOct4-GFPが検出されていると分かった。なぜこうなるのか。
小保方さんが自分でコンタミさせるなら学生のntESを使いますね。でもここで使われているESはアクロシン入りです。私は若山さんがF1のntESを上から注射したと言ってる。では若山さんは、2011/11/25に培養開始したGLが2011/12/27以降には樹立されていたはずですから、どうしてそれを注射しなかったのか。

小保方さんが捏造するなら悪事ですからこっそりやるに決まっている。でも若山さんはそうではない。若山さんは取り敢えずここでテラトーマが出来てればいいんです。翌年の早いうちに小保方さんを山梨大に助手で勧誘するつもりですから、それまでちょっといたずらで騙していたらいいんです。むしろ、先生、このテラトーマCAGが光かってるんですけどなぜなんですかと、聞いてきてもらった方が話をはじめやすいじゃないですか。まさか、若山さんがこんな類の捏造なんてするわけがないでしょ。何の得にもならない。ばかばかしい。ただちょっとの間引き留めておきたかっただけじゃないですか。ただ、彼女は蛍光顕微鏡では調べなかった、カモシレナイ。HE染色したときに既に変だと気付いている。

我々のntES論は若山さんは小保方さんを引き留めるために一時的嘘をついただけだと考えているものです。なぜ一時的にでもあれ、嘘をつく必要があったのか。本当のことを言って引き留めるのが一番早い。ntES化してみようよとどうして若山さんは小保方さんに話してみなかったか。その答えは手記に有ります。88P。
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しかし、若山先生のご意見は違っていて、「Oct4陽性細胞という多能性を示す細胞が採取できるならば、キメラマウス作製こそが最重要なデータであり、iPS細胞のような(無限増殖できる)幹細胞ができるかもしれない可能性を追うことを目的とすべきだ」とおっしゃっていた。

小保方さんはまずは自分の細胞を調べたかった。幹細胞化には当面の興味はない。若山さんはそれを分かっていたんです。根気強く勧誘しようとおもっている。この時Oct4-GFPは光り始めていた。

(NOD/SCID)

彼女は12/20迄には赤ちゃんマウスを受け取っています。謝金支払い認可表で分かるように、彼女はキメラができたというヴァカンティ研への報告のために土日を挟んで12/10から12/18まで渡米しているんです。そして一旦帰国し、12/19から12/22まで4日間日本に戻っている。12/20近辺に彼女は日本に居ますね。
テラトーマは小保方さんが行う実験ですが、免疫不全マウス購入は若山さんに依頼しないと手に入りません。マウスそのものは2011/9/9に申請されていて、2011/10/4に承認されている。以下は申請書の一部です。あくまでも若山さんの研究申請ですね。



申請されているマウスは以下です。無論BALB/c-nu/nuでNOD/SCIDではありません。テラトーマ用のIsogenecマウスとしてドナーであるGOFマウスと同じ背景のB6も用意されている。



こういう申請がありながら共同研究契約書が無いということはとても理解に苦しむところですね。でもそういう報告ですから納得するよりない。この申請書により相沢さんは早くからSTAP研究を知ってたんですね。竹市さんはこの頃知りません。一番早いのは西川さんで、小保方さんを理研に腰かけさせるときに若山さんが相談をしている。或いは博論時のキメラ実験の時も聞いていたかもしれない。

ここにIsogenec移植モデルとして若山さんが2011/9/9時点で普通のB6マウスを申請していることはとても重要です。テラトーマはキメラと違って免疫拒絶があるんです。キメラはリシピエントの卵の中にドナー細胞という異物を入れる。でも卵の側で胚盤胞期はまだ免疫体系が確立されていないので拒絶がないんです。それに対してテラトーマは通常皮下にドナー細胞をインジェクトする。通常のリシピエントマウスでは拒絶されてドナー細胞は死滅してしまいます。だから通常は免疫不全マウスをリシピエントとして使う。所謂無毛が特徴でヌードマウスと呼ばれているものです。バカンティ医師が耳マウスを作った時に使用したマウスもヌードマウスですね。
ところが小保方さんはハーヴァードと東京女子医大で作った時はNOD/SCIDという人間の細胞を移植しても拒絶しないような超免疫不全マウスを使っています。足場の使用はヴァカンティ医師と共通なのでそれが原因では無くてヌードマウスではスフィア塊が死滅してしまうんですね。わざわざNOD/SCIDを使ってテラトーマライクをやっと作れているんです。
そのころ小保方さんは博士課程の学生でヴァカンティ研には留学で来ている。デイナの記事で明らかになっているように、ヴァカンティ医師が自分の研究を推し進めてくれる若い人を求めていた時にヴァカンティ医師の知人の大和氏が自分の預かっている学生を紹介した。青田買いですね。青田売りかな。紹介がてら留学させたら、小保方さんは試験管内三胚様分化実験を成功させてしまった。ヴァカンティ医師が驚いて留学期間をハーヴァードもちで延長させた。そして論文をPNASに出してアクセプト寸前まで行ってミューズ細胞に逆転された。その結果小保方さんの論文はヴァカンティ氏主催のティシュー誌に掲載されたんです。このときにミューズ細胞論文がPNASでなく他の雑誌に掲載されていたらSTAP事件は起きなかったかもしれませんね。小保方さんもヴァカンティ医師も平常心でこの細胞の研究を続けることになったでしょうね。

小保方さんの学部の時代の指導教官は常田さんで、化学の先生です。小保方さんの博論は自分の指導しやすい形でのテーマをアドヴァイズしたんですが、小保方さんがスフィア研究の続きに拘ったんですね。大和氏のところで勉強したのは岡野氏の細胞シートです。その関係でヴァカンティ研との人脈があるんですね。それでキメラを作ってもらってみようということになって、ヴァカンティ研にいる小島さんの伝手で若山さんのところに行くことになった。若山さんも運命論的にはいい迷惑でしたね。この話が無かったら若山さんは普通に山梨大の教授に納まっていたと思いますよ。

Isogene[i]c移植モデルをどうして使わなかったのかねと誰かが聞いたのを覚えている人がどれだけいるでしょうね。笹井さんが手伝ってあげて、2013/3/11の深夜に小保方さんは論文をネイチャー誌にネット送信しましたね。そして2013/4/4にリヴァイズの連絡があった。その査読文書にどうしてNOD/SCIDなのかね。どうしてsyngeneic miceを使わなかったのかねと問うた人がある。Refelee #2さんですね。流出査読文書は私のブログの[ネイチャー査読(1)]に置いてあります。4枚目の17行目からです。
>>
Data should be provided on the frequency and reproducibility of in vitro differentiation.How many cells were grafted for the teratoma assy? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?The frequency and sizes(weights) of Teratomas should be presented.Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-gfp)?

この問いに対する論文上での小保方さんの答えが以下ですね。
>>
we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice.

質問者がsyngeneic miceではいけないのかと問うたことに対する答えです。対してどうしてヌードマウスではいけないのかと問うた人が無いので知られていませんが、ヴァカンティは足場を使ってヌードマウスで耳マウスを作っているのですから、ヌードマウスでもいいはずですね。でもハーヴァードに居るときにできなったんですね。足場の問題ではない。結果的にいろいろ試してNOD/SCIDでしかできなかったんでしょう。
若山さんはその話は当然知ってますね。そして自分のところで酸浴させて仮にテラトーマを作ることになったとき、それはまずsyngeneic mice(=Isogeneic mice)で行い、次にヌードマウスで作ってみる。そういう予定で申請書を出している。足場付きで、しかもNOD/SCIDでしかできないなんてそれはテラトーマとは言えないと考える。当然ですね。小保方さんも論文ではテラトーマライクとちゃんと認識しています。
ところが、先にキメラが出来てしまったんです。小保方さんは取り敢えずヌードマウスの手配をお願いした。今まで自分が作っていた細胞ではキメラはできなかったんですから、今度は違うと思って不思議ではないですね。で、移植数はESと同じ10^5にした。そして精巣に注射した。これでESと同程度の増殖力だったらテラトーマができる。でも違っているかもしれない。だから今まで通りの足場付きの皮下移植も行ったが、その時の細胞数も10^5にした。
それが、12/27Harukoなんです。そしてこのテラトーマは論文では基本三誌論文の最後まで使われなかったんです。
因みにsyngeneic miceを使うというのは近交系マウスはDNAがほとんど同じなので、同一系統のすべてのマウスは自分自身と同じです。完全ではないがクローンに近いんですね。拒絶反応というのは非自己を攻撃する免疫反応ですが、胸腺でT 細胞が作られるとき、自己を攻撃しないものだけが選別される。その選別機能が同じだというような原理のようです。学さんに詳しく教えて貰うといいでしょうね。

移植細胞数をもう一度確認しましょう。以下はティシュー論文のテラトーマ記載です。
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In vivo differentiation assay
Sphere cultures from representative tissues were washed twice with Hank’s balanced salt solution (Gibco). Under a microscope, 2000 spheres, each containing *1000 cells, were collected using a glass pipette and placed in a 50mL tube. Hank’s balanced salt solution (20mL) was added to each tube and subsequently centrifuged at 800rpm for 3min. The supernatant was discarded and the pellet was resuspended in 50mL of DMEM with 10% fetal bovine serum. This solution was seeded onto a sheet 3x3x1mm, composed of a nonwoven mesh of polyglycolic acid fibers, 200µm in diameter, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of a 4-week-old NOD/SCID mice (Jackson Laboratory).

博論草稿です。
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Figure 13 Teratoma forming assay
10^7 bone marrow cells and ES cells were injected subcutaneously into immunedificienl mice.
After 6 weeks of implantation, cell masses were harvested.

アーティクルです。
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In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 10^7 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.

アーティクルではSTAPテラトーマと、STAP幹細胞テラトーマの二つに関して述べられている。STAPテラトーマの記載は博論のテラトーマに対する説明ですね。彼女は正しく博士論文のテラトーマ写真に対する説明をしているんです。12/27Harukoは三誌のリジェクトまで使われていないという彼女の認識なんです。彼女は12/27HarukoはESか何かのコンタミがあると考えた。彼女はESのテラトーマがどういうものか知っています。 だからHE染色まで行ったが、免疫染色をせずに放置していたんです。そして論文には間違いなく自分が作ったテラトーマライクである博論のを添付していたんです。キメラはできていますからね。テラトーマはサプリとして添付されていただけだった。

STAP幹細胞のテラトーマは無論博論以前にはありませんし、12/27Harukoにもありません。もし若山さんが小保方さんに最初のキメラ成功時のF1の幹細胞を渡していて、精巣に注入しなさいと言っていたら、小保方さんは手記に「テラトーマ作製に用いられる免疫不全マウスの購入は若山先生の許可がないと行えないために、若山先生はこの事実を知っていたはずである。」と書くことは無かったでしょう。そもそも若山さんはこの日に小保方さんがテラトーマ実験を行うという予定すら知らなかったんです。しかも、彼女は休日予定になっているところを突然出勤している上に、若山さんはそのときラボに居なかったのは明白です。だから彼女は渡米後に報告しているんです。ここで幹細胞のテラトーマ作製は行われていない。ここで行われていなかったら後に行われたということである。STAP幹細胞のテラトーマ写真は以下のArticle Extended Data Figure 8-hにある。



リジェンドは以下です。
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h, Clonability of STAP stem cells. Clonal expansion from single STAP stem cells was performed. Pluripotency of clonal cell lines was confirmed by teratoma formation assay, showing the formation of neuroectoderm (left), muscle tissue (middle) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

ついでですからFI-SCのテラトーマも以下に図示しておきましょう。Letter Extended Data Figure 6-bです。



リジェンドは以下です。
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b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

試料は木星リストの、小保方さんが申し出て竹市さん曰く「リークしない人たち」(竹市、松崎、丹羽、片山)の立会いの下、理研に提出された小保方研の-30度フリーザーの以下に残されている。

(STAPテラトーマ)
23番　CD45カルステラトーマlike、6 weeks +PGA 12/27移植Haruko、他
52番　テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３
53番　testis テラトーマ CD45 カルス、CD45 カルス-テラトーマ、他
(STAP幹細胞テラトーマ)
３２番　FLSテラトーマ 8/6/2012　[増殖拡大(4週間)]
３６番　FLSテラトーマ、他
(FI幹細胞テラトーマ)
２０番　FI-SC Brown:PanCK,FI-SC Brown:CK8,good CK8,TS8-1, FLS ひか てらとーま、他　[テラトーマ:この時は随分大きくなった]

因みに「リークしない人たち」の中にリーク者が居たことは『捏造の科学者』に暴露されている。224P。
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「CDB自己点検検証委員会の報告書案、目を通しに来られますか」
その頃、私はさる人物から願ってもない提案を受けた。数日後、指定された場所に向かうと、前置きもそこそこに資料を手渡された。
急いで目を通すと、幾つかの初めて知る内容に気づいた。記事になる、と確信したが、さすがにコピーをとるわけにはいかない。おそるおそるバッグからカメラを取り出し、撮るジェスチャーをして目で了承を求めると、相手は軽くうなずき、別の作業を始めた。

報告書案などを持っている人間は特定される。公務員が公文書を部外に流出させた犯罪現場の証言記述ですね。よくもまあこんなことを書いたな。この非常識な記者は誰からも二度と取材に応じてもらえないだろうな。

それはともかくとして２０番はOoboe さんのパートナー氏が入手した持ち出し記録の方から抜粋しましたが、木星さんが入手した時点のリストには[FLS ひか てらとーま]はありません。

木星リストは以下です。



持ち出しリストは以下です。



サンプル数は６のままです。[TS8-1, FLS ひか てらとーま]が加わっている。誰が加えたのか。しかも[てらとーま]はひらがなです。FLSはSTAP幹細胞ですね。

『捏造の科学者』の扉の写真にある細胞リストや写真は違法に内部から流出したものです。後に木星さんたちが合法的に公開請求したようなものではありません。公務員法違反犯罪のあった動かぬ証拠です。

(小保方さんの嘘)

事件化して後、調査に対して彼女は博論の画像を取り違えたのだと説明しました。それは嘘ですね。画像の取り違えだったら細胞数の説明は10^5でなければならないし、使われた免疫不全マウスはヌードマウスでなければならない。アーティクル論文の説明はむしろ博論の画像に対してこそ正しく書かれているんです。彼女はなぜ12/27Harukoを使わなかったのかの説明が出来なかったんです。それは後に手記で彼女が書いている行動から推測されるように、不審だった。だから使わなかった。それを若山さんやそのラボの仲間たちに対しての配慮から言えなかった。だから嘘になってしまったというのが根本にある原因です。
そして、最後に残された問題が、ではどうしてネイチャー論文では博論の画像の上から12/27HarukoのHE染色画像だけが貼り付け加工されているのかということです。このネイチャーの画像は3誌にはないものです。三誌にあったのは博論の画像ですね。以下が11jigen氏が示したアーティクルと博論の画像比較です。



博論と、三誌論文まで右側の写真が使い続けられていて、問題は何もありません。サイエンスでも左の写真にはなってない。ではいつ左の写真になったのか。これは笹井さんの証言がありますね。笹井さんがテラトーマ画像を見た時には、右側のものではなかったんです。小保方さんはまだ左のe図の上の画像ではないが、12/27HarukoのHE染色画像を博論の画像の上段に貼り付けていたんです。笹井さんはその元の画像に戻ってもっと鮮明な部分を撮影し直させた。そのことは笹井さんが最初貼ってあった写真と同じ画角の部分があることを確認したと言っています。そこよりももっと見栄えの良い同じグラススライドの別の画角を撮影させ直したと説明している。
ということはサイエンスが2012/8/21にリジェクトされて後、小保方さんがサイエンスベースでどこか別の雑誌に掲載する準備をしていたリヴァイズ原稿に、理研からの呼び戻しがあって、日本に向かう飛行機の中で2012/12/11の日付を入れた時までの4か月弱の期間中に、小保方さんが博論のHE染色画像を12/27Harukoに差し替えたんです。

この差し替えは小保方さんの意思があってのものです。論文原稿のテラトーマの説明記述は博論のままになっていてこそ首尾一貫している。今回は酸浴細胞を使っているが、小保方さんの意識の中では博論時の細胞と酸浴細胞は繋がっています。理研でSTAPテラトーマがうまくできなかったために、博論でできたものを三誌論文にサプリとして使っていてこれには説明もつけていない。ただテラトーマもできているという意味で画像のみを貼り付けている。
しかし、小保方さんが12/27Harukoを博論のHE画像と差し替えた時、このテラトーマは論文に記載されている説明と違うテラトーマになってしまう。論文記載は書き換えられなければならない筈です。
ただし、誤解してはいけないのはSTAP幹細胞やFI幹細胞のキメラはできているし、何よりもキメラはできていて、後には胎盤も光ると、次から次へと自分の細胞の多能性証明が揃ってくる中で、STAP細胞のテラトーマだけが、今までと同じく、足場付きで、しかもNON/SCIDを要求することもできない中で、ヌードマウスで作っていて、どうしてもちゃんとしたものができない。自分の持っている一番良い出来のが博論のであったということです。
彼女は12/27Haruko を3誌論文に全部リジェクトされる最後まで使わなかった。これはとても立派なことでしょうね。彼女はESテラトーマを知っている。変だと思ったから使わなかった。大したものです。でも、誰かがいたずらしているなんてこともつゆ思っていませんからね。なんか変だがどうしてESなんかが事故混入するのかなあと不思議に思っている。我々のntES論では若山さんか上から注射した。でも彼女はそんな可能性を考えることはできない。何しろキメラは出来ているんですから、ひょっとして若山さんが何か注射したと考えると、キメラから疑うことになる。普通の人はキメラは本当はできてなくて、先生がテラトーマにもいたずらしているなんてことは気づけませんね。すると何か変だがどうしてだろうという疑念にとどまる。では、使うのは止めて置こうという判断はできる。そしてやりなおせばいいと。そしてどういう経過か、最終的には、12/11ヴァージョンでは上段のHE染色の分だけが12/27Harukoに貼り替えられ、しかもキャプションもその時に書き換えられている状態になった。ここを11jigen氏が調査している。



見ずらいでしょうが、本物は11jigen氏のHPで確認してください。まず一番下の画像が博論の画像です。一番上が最終的にアーティクルに貼られた画像です。11jigen 氏が、そのキャプション部分を画像解析で調べたら博論の画像の上がまず切り取られていて上の画像の下の端の部分が残ってしまったので、一旦キャプション毎黒塗りし、その上に新たにキャプションを書き直した。別に不審なことでも何でもありませんね。何しろ捏造だと思いたがってるわけです。
よく見てくださいよ。彼女の博論のキャプションは黄色ですね。免染画像の上に直接書き込まれている。ところが11jigen氏が黒塗りの下に画像解析で見せているのは上の画像のバリだけでなく、キャプションの色も分かりますね。紫色ですよね。そもそも最初は黄色だったですね。彼女はサイエンスリジェクト後に12/11ヴァージョンを準備していた、その時に12/27Harukoを使おうとして上を差し替えた時に、バリ出には構わず、ただ中央のキャプションの色を紫に変更した。そして笹井さんがもっといい画角を使えと指示した時に、バリにも気づいて全部を黒塗りにしてその上から新たに3枚とも字体の違うキャプションを入れたんですね。その時の真ん中の色は緑ですね。つまり黄色→紫→緑と変遷しているんです。これは小保方さんと笹井さんが説明している通りですね。11jigen 氏は気づいていないですが、渡辺報告書は12Pでそれを指摘している。
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さらに、本件画像 データの分析によれば、２回にわたり、オリジナルの画像データ上に文字を追加するなどした跡が認められるところ、この文字については、「私自身も正直、文字があることに気 がついていた」旨、3 月 19 日に述べている。

加えて11jigen 氏が黒塗りの下に見つけた画像は博論画像そのものではなかった。小保方さんが間違えたと言ってるのは博論画像を2011年の11月に若山さんたちにプログレスレポートとして説明するためにPDFに加工したものだった。だから11jigen氏が国会図書館まで出かけて行って入手してきた小保方さんの博論のコピー画像と色が違っていた可能性がここに一つあるわけです。
でも、色の違いのもう一つの書き換えのチャンスとしてはやはり12/27HarukoのHE染色画像を彼女自身が使おうとした時の可能性もあります。後に述べる理由で真実は後者です。しかし、本質的な問題はそこではないですね。本質的問題は彼女が今まで使わないと決めていた12/27HarukoのHE染色画像をなぜ使おうとしたのかということです。
彼女は理研に来てからはテラトーマライクすらうまく作れていないはずですよね。NOD/SCIDが無いからですね。でも彼女自身はその理由に気づいてはいません。STAP幹細胞も、FI幹細胞もテラトーマはヌードマウスでできているんです。幹細胞は自分の細胞を使って若山さんが作ってくれていると信じ込んでいる。でも自分の作ったSTAPからはテラトーマライクすらうまくできない。ということは自分で本物と確信のある免染画像も博論のしか無いということです。
彼女は3誌リジェクトされたあとヴァカンティ氏のティシュー誌に掲載する予定にせよ、誘惑に負けたかもしれませんね。12/27HarukoはどうもESコンタミ臭い。だから使わないでいたが、ESコンタミであったとも限らない。では完全に差し替えてしまうか。免染は査読にはあまり影響しないが、HE染色は見栄えの判断で左右されやすい。免染は自分の確信ある本物なんだから残すとして、はっきりしないHE染色画像は差し替えて置こうかと中途半端に不正をしたのではないか。それも3誌リジェクトされてどうする当ても明確にはなく準備している段階で行っていますよね。
笹井さんは12/27Harukoに関して小保方さんがなんとなく疑念を抱いていて3誌までは使っていなかったのだということは知りません。

ここまで推測していくと小保方さんのこの嘘は言い訳のできないもののはずですよね。ところが彼女は手記で堂々と間違えたのだと言ってる。誘惑に負けたのだとは言ってないし、そもそも12/27Harukoが偽物だと思っていたなんてことも言ってない。

我々は若山さんの嘘を証明していて、小保方さんが無実だということを知っている。では彼女は本当に手記に書かれている通りに間違えたのだということがあり得るのかどうかを検証してみましょう。

我々の観点とは違うが、渡辺報告はずっとこの問題を小保方さんの不正という方向から追っています。小保方さんと弁護団はずっとそれに抗弁している。それを再度よく検討してみようではありませんか。我々はずっと小保方さんの言うことを信じる。そういう立場を貫く。小保方さんは手記において博論画像の取り違えに気づいたのは自分であって、ネットの指摘では無いと抗弁している。ここは相手がそういうことを言うから抗弁しているだけなのでどうでもいいですね。
まず、渡辺報告書のこの辺りから始めてみましょうかね。
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不服申立て者のデータ管理は、「2 月中旬に１枚１枚写真をチェックしていたら、テラト ーマの写真、免疫染色の写真が、どこを見ても、近々のデータの中のどこを見ても見つからなかった、これはおかしいということに気がついた、しかも、それが、アッセンブルされた状態だったので、なかなか見つからなかった、学生時代のデータにまでさかのぼって探したら、博士課程のときに行っていた実験のフォルダーの中でその写真が見つかった、昔使っていたハードディスクに入っていた、画像データは、当初、若山研での実験で得られたものと思っていたが、東京女子医科大学での実験で得られたものであったことに気づ いた、いつ間違えたかも分からない」旨、3 月 19、23 日に説明している。

この下りは手記の142Pに事件の始まりとして書かれている。論文発表から約一週間後に竹市所長のところにある学会の数人から連名のメールが来た。後に11jigen氏の指摘したティシュー論文のgel写真の捏造疑惑であった。手記では小保方さんはティシュー論文を持っていなかったので、大学に提出した博士論文を見直したという。
ここがおかしいのは、ティシュー論文のgelの捏造疑惑は博論を見ても分からないはずです。ティシュー誌を取り寄せるのではなくて博論を見なおしていたら、疑惑指摘とは全く別の自分がネイチャーに掲載したテラトーマの写真が博論のと同じだということに気づいたという。そして、笹井さんに報告して叱られ、若山さんに謝った。

まずティシュー論文のgel写真は一週間後に11jigen氏が公表して大騒ぎになったが、原因はヴァカンティ研のラボメンバーの間違いで訂正も出され、小島氏が関係者に説明してくれた。ここで発表1週間後の連名のメールと2/14の11jigen氏の調査結果は関連していることが分かる。11jigen氏は発表当初から待ち構えていたのである。武田邦彦教授が早くから指摘していましたね。学者仲間の内部から情報が入るんですね。こんな早期から調べがティシュー論文まで及んでいるということはリーク者は若山さんということになる。それは2013年の8月に笹井さんに責任著者を降りたいと言ったその辺りからの流れですね。

にも関わらず小保方さんの手記の説明もおかしいですね。ティシュー誌のgel疑惑を竹市さんから知らされ、原著論文を今持ってないから博論を見てたら、テラトーマ画像の取り違えに気づいたという。普通はそんなことより、原著論文であるティシュー誌をヴァカンティ研に要請してメール添付で見るのじゃないか。ただ、これは文章の構成が悪かっただけで、博論をメール指摘を契機に調べ直したということを書きたかったのかもしれない。

渡辺報告は「2 月中旬に１枚１枚写真をチェックしていたら」と小保方さんが言ったことになってる。違うでしょ。手記では竹市さんに捏造指摘メールが来たと知らされて、ティシュー誌が無かったので、博論を見ていたら間違いに気づいたと言ってる。

問題は「いつ間違えたかも分からない」と彼女が言ったとされているところです。本当にそういったのか。彼女は2011年の11月に若山ラボでのプログレスレポートで博論の画像をPDF加工していることは思い出している。だから近いファイルにそれが入っていたことは自分で理解している。手記では一旦は博論のハードディスクまで遡っているが、これが若山研でのPDFであることまでは思い出している。

問題は手記にこうあるところですね。
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博士論文に掲載したテラトーマの写真は未発表のデータで、新たに投稿論文の図表として用いることには問題がないのだが、ネイチャー誌に記載していたテラトーマの作製の方法とは記述が異なっていたので、掲載の方法として不適切だった。

その通りですよね。我々が既に上で解明してますよね。細胞数も違っているし、NOD/SCIDも違っている。我々は小保方さんが12/27Haruko をESコンタミではないかと疑義してわざと使用を見合わせたと解釈しましたが、彼女自身は取り違えたと主張しているんですね。我々は自分が12/27Harukoテラトーマを疑っていたことを若山さんの手前言い出せないから嘘をついていると解釈しましたが、でもこの嘘は笹井さんに対しても嘘になっていますよね。

我々は今小保方さんは犯人ではないから小保方さんを信じるという立場で考えている。小保方さんは取り違えたと言ってる。そして論文の記述は図表に対して適切になってないと書いている。つまりよく理解している。ところが下は博論、上は12/27Haruko になっている。そして論文の記述は博論に対しては正しく、12/27Harukoに対しては不適切なのである。彼女はその自己矛盾に気づいてない風に手記を書いている。

小保方さんは元の画像が博論画像だと意識しないままにもちゃもちゃやっていたという。博論でないということは何だと思っていたかというと、どちらも12/27Haruko だと思っていたということである。それなら間違っているのは論文の説明の方なのだから説明を細胞数10^5、リシピエントマウスはヌードマウスと書き直したらいい。その代わり、12/27Harukoの免染画像は別途有るのでなければならない。

根本的には理研の実験は酸浴刺激で、博論は物理刺激です。最初に調査チームが小保方さんに分かっているのかと釘を刺すものだから、小保方さんは自分自身の科学的姿勢に関しての間違いに気づかされていて、自分が本当にはどういうつもりで何をしたのかということを説明しずらい尋問になっている。我々の推測では更に加えて12/27Harukoは怪しいと自分で思っていたということは言えない以上、結局しどろもどろになるしかなかったんですね。尋問している側もまさかntESで別の実験が行われていて、リクルート上の都合で他愛ない嘘がつかれている状態で、小保方さんはそれに気づいていないのだということを知りようもないわけです。分からないもの同士で問答している。そして分からないことが小保方さんの嘘と受け止められているんですね。こういうの、ダメなんです。分からないことは今のところ分からないと結論しておかないといけない。どちらも非科学的で、非合理です。魔女狩り裁判の類です。こういう人たちには西洋の合理性の淵源を"魔術からの解放"過程に捉えたM.Weberの注意喚起を拳拳服膺していただきたいですねえ。何しろ人は生まれ変わるとき記憶を全消去されて出てきますから一からインプットし直さないといけない。そういう仕事に失敗すると文明は先祖帰りして退化していきますね。

(免疫染色画像)

彼女は何時12/27Harukoの免染を行ったか。渡辺報告書13P。
>>
一方、2012 年 6 月に取得されたという 免疫染色データ（画像 B）

2012/1/24にHE染色したのにどうして6月まで免染しなかったのか。言うまでもなく、疑っていたからだ。小保方さんは調査時にこれが言い出せなかったんではないのかと考えたわけである。ではなぜ6月に免染もしてみようと思ったのかと考えを進めると、ここで初めてSTAPテラトーマを何度もヌードマウスで作り直してみたが、できなかったのだという事情に気づける。
12/27Harukoが変だと思ったら何度でも作り直せばいいことだ。実際彼女は何度もテラトーマを作っていると答えている。実験ノート記載が杜撰で信じてはもらえなかったが、我々は今とことん信じるという立場でこの問題を考えている。彼女が作ったと言っているから作ったのだと信じる。ではその何度も作ったものの結果はどうだったのか。これは後の検証結果を参考にして推測するのであるが、GFPの単なる漏れ出しであった小保方さんの細胞はハーヴァードで最初に苦労してNOD/SICDを使わずにできたはずはないということになる。どういう出来方であるにせよ、ヌードマウスで博論に勝るものが出来ようはずはない。だからこそ、チャンピオンデータだったのではないか。
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（４）本画像データが学位論文に由来することに対する認識について 不服申立て者は、テラトーマに係る本画像データについて、「ある意味、チャンピオンデータであった」、「学位論文の実験で、本件画像データのように非常にきれいなテラト ーマの写真ができたことは少なかった」旨、3 月 19、23 日に説明した。(12P)
>>
（キ）不服申立て者には、得られたデータを綿密に検討することをしていなかったこともうかがわれ、また、いわゆるチャンピオンデータにこだわっていたともうかがわれる点がある（チャンピオンデータは、頻度は低いながら非常にうまく行った実験のデータを意味 し、2012 年論文の投稿時からチャンピオンデータであるとするこのデータが使用されてい た。）。 (15P)

渡部報告は無論GFPの漏れ出しなどという現象を知らない。そして彼女がキメラが出来ているのに自分の細胞からはテラトーマができないという問題に苦しんでいることも理解できていないし、まして、12/27Harukoを彼女が使わなかったのがなぜかという視点を持たない。彼女はキメラができたと若山さんに騙されているままなのだということを知らないのである。
私が思うに当時の渡辺調査の置かれている状況でこれに気づくのは困難ですね。もし、気づけるとしたら、小保方さんが12/27Haruko は変だったので使わなかったんですけど、どうしても今まで通りにできなかったから最後には、6月に免染もしておいてみたんですという意味のことを答えていたら調査チームも理解したかもしれませんね。でもどうしてそんなことが言えるでしょうかね。キメラは出来ている。自分の酸浴細胞はギラギラ光っている。誰かが私のテラトーマに何かしているとチラとても疑うことはあったとしても、それを言うことはできないでしょう。記者会見して2か月もたってない。彼女は実験全体は本物だと信じているのです。ただ、なぜかテラトーマが今まで通りにできない、いや、今までどおり以上に簡単にできなければいけないのに、自分でやり直してもできなかったんですね。今私のntES仮説に立ってこの調査を見渡せばその現象は理解可能ですね。そして小保方さんも、調査委員も肝心な真実の情報を欠如したまま論争しているだけだと見えますね。幹細胞も彼女にはできませんでしたよね。同じことです。ここに若山さんが何かしているという証拠がでているのだけど、自分が大発見しているということを立証してくれている人のことを疑うということは人間の心理としてはとてもむつかしいでしょうね。

小保方さんは6月に免染して、それをセルにもサイエンスにも使わなかった。テラトーマの出来具合が査読で問題になっては居ないんですね。サプリとしてつけられているだけだ。小保方さんが2月に放置したものを6月に免染したのはやり直しをあきらめたからですね。12/27Harukoは変だけど免染もしておこうということです。余り長く放置していると変質してしまう。このことは報告書も指摘していますね。
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（エ）テラトーマを取り出してからすぐに免疫染色などの解析を行うのが通常である。サンプルの保存中にタンパク質などの分解あるいは変性が生じ、抗体の反応性の消失または 低下をきたす可能性があるためである。2012 年 1 月 24 日にテラトーマを取り出してから 2012年6月9日に免疫染色解析を行ったという説明には違和感を感じざるを得ない。また、 この間、不服申立て者は、当該研究内容の論文を、4 月に Nature 誌（2012 年論文）、6 月 に Cell 誌、7 月に Science 誌に投稿している。2012 年論文では成体マウスの脾臓細胞を用 いた研究内容であったが、Cell 誌への投稿論文より新生仔の脾臓を用いた内容へと変更を行 っている。本研究におけるテラトーマの解析の重要性を考えれば、新生仔の脾臓細胞から 作成された STAP 細胞に由来するテラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）を、Cell 誌 投稿以降の投稿論文に使用しなかったことは、なおさら理解し難いものである。(14P)

二つのことが指摘されています。蛋白質の変性に関しては笹井さんはテラトーマの問題が発覚してすぐに12/27Harukoの再免染を小保方さんに命じて保存させている。2012年6月時点から更に1年半以上経過している。それは指摘していない。大丈夫なんですね。桂報告(スライド)のパラフィンブロックも大丈夫でしたね。小保方さんは化学は専門なんですね。
「本研究におけるテラトーマの解析の重要性」というのは調査チームがそう思い込んでいるだけで、査読で指摘されないから小保方さんもあまりこだわっていないんですね。3誌リジェクトされてからいろいろ考えたわけでしょう。新生児を使っているのは最初からで、論文にそのことを書いてなかったから情報を追加しただけでしょう。

ここで小保方さんと弁護団が出してきた「テラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）」こそが重要なんですね。三誌までは博論画像が使われている。そして、それはそれで構わないんですね。物理刺激と酸浴細胞を混同しているという批判はあるとしても彼女の中では刺激細胞で同じものなんですね。だから博論のを使った。なぜ12/27Harukoを使わなかったかについては口を閉ざしている。でも嘘はついてない。

問題はアーティクル論文のテラトーマが混乱してしまっているんですね。ここでも博論画像で通していたら、物理刺激と酸浴細胞を混同しているという批判だけで済んだはずです。これは本質は同じだと彼女は思っているんですから捏造にはなりようがない。間違いですね。或いは厳密さを欠く論文だと批判されたらそれでいいんですね。キンガ・ヴォィニーツは小保方さんのティシュー論文を先行論文として参考論文に挙げていますが、その方法論を批判していますね。でも、捏造だなんて言ってない。

このアーティクル論文の画像と説明文がどういう経緯でこの形で残されたかが問題の核ですよね。
小保方さんはアーティクルでは一転して12/27Haruko を使うことにした。今まで疑っていたけど、3誌リジェクトされているから、何かもう少しインパクトある書き方をしないといけないといろいろ考えたでしょうね。キメラは出来てるんですよ。落ちる理由が分からない。誰でもそう思いますね。キメラはできてないんだ。ESコンタミだったんじゃないか、若山さんが何かしてるんじゃないかと疑える人はいません。3誌査読者だって事故ESコンタミだと考えてリジェクトしているんです。どうしたらいいんでしょうかね。小保方さんの身になって考えてください。本当のことを書いているのに信じてもらえない。書き方が悪いんだと思いますね。もっと説得力ある書き方をしないから信じてもらえないんだと思う。そういうことをサイエンスリジェクトされてから笹井さんに12/11ヴァージョン原稿を渡すまでの間の4か月間、考えていた。この時にもちゃもちゃやってた原稿が12/11ヴァージョン原稿なんです。

「テラトーマの画像 B（2012 年 6 月 9 日作成）」は12/27Harukoの免染画像です。後にアーティクルに貼られていた上段の写真が12/27HarukoのHE染色画像です。彼女は自分で博論を見ていて、アーティクルの画像が博論のだと気付いたという。ということは12/11ヴァージョンでもちゃもちゃしていたとき、べースになっていた画像は12/27Harukoの上下写真だと思い込んでいたということでなければなりませんね。上下別々でなくて一体になったものがあるので無いといけません。
>>
イ 本件画像データの取扱いに係る問題点は、ずさんな管理にとどまらない。 「どういうデータが必要なのか、論文化するために、集めるような作業を、よくしてい た」、「パワーポイントで上書きをして Figure を作り続けていた」、「６個の写真ごとや っていた」、「３枚か６枚か分からないが、まとまったテラトーマの写真をアセンブリさ れた状態で Nature 誌の Figure も作ったと思う」、「テラトーマの画像は１枚１枚とってき たものではないと思う、１枚１枚やっていたら気がつくはずである」、「投稿論文時には、アセンブリされた状態の画像データを使用したと思う」、「論文１の投稿時にはアセンブ リした状態のまま使用し、その後、画像の入れ替えをした」旨、3 月 19、23 日に説明して いることからも明らかなとおり、学位論文の画像データや研究所における実験の画像データを集めた上、適宜アセンブリし、アセンブリした状態のまま上書きを繰り返しながら保 管し、アセンブリした状態のまま使用していたことが認められる。 (10P)

論文1というのはアーティクルの事です。このときに「論文１の投稿時にはアセンブ リした状態のまま使用し、その後、画像の入れ替えをした」というところは重大で、投稿は2013/3/10です。これ以降に画像を入れ替えた。最後の入れ替えですね。これが笹井さんの指示による入れ替えだということになる。この時にキャプションとバリを黒塗りして、キャプションの上書をした。それが最終形の画像です。するともう一つ前段階の画像は真ん中のキャプションがピンクで、バリの出たままの写真があって、笹井さんはそれを一旦は見ているということになる。そして彼の説明だとこの時の画像の上三枚は既に12/27Harukoであったということになる。博論の画像の次は2011年11月の若山研でのプログレスリポート用のPDFだ。

博論の画像は2010年のものです。最終画像になったのは2013/3/10のネイチャー論文提出後です。リヴァイズ実験中に笹井さんがHE染色のフォーカスの合わせ方に関してアドヴァイズした。その中間に文字の色がピンクの画像が作られた。そして笹井さんの証言により、その上の画像は既に12/27Harukoだった。2011年のプログレスレポートではまだ文字の色はピンクにはなっていないですね。なにしろまだ12/27Harukoは存在していない。12/27Harukoが作製されたのは2012/1/24です。
そして2013/6/10まで免染画像は存在していない。ということは上下6枚の12/27Harukoはそれ以前には存在し得ない。また、そして3誌論文では博論画像が使われてつづけている。

小保方さんは、サイエンスリジェクト後から12/11ヴァージョン完成の間に三誌に載せていた博論画像添付をやめて、12/27Haruko画像を使うと決めた。そのときに2012/1/24に作ったHE染色画像と、2012/6/9に作られた免染結果画像Bを6枚セットとして組み合わせたつもりが、元あった博士論文の6枚組の上半分のHE染色画像だけを差し替えてしまったと説明していることになる。

しかし、その場合は本文も同時に10^5細胞数で、免疫不全マウスもヌードマウスに書き直さねばならない。これは単に写真を取り違えて、博論の免染画像が残ってしまったということだけではなくて、テラトーマの説明本文全体をも書き直すのを忘れていたということにならないとおかしい。

手記の説明をもう一度貼りましょう。
>>
博士論文に掲載したテラトーマの写真は未発表のデータで、新たに投稿論文の図表として用いることには問題がないのだが、ネイチャー誌に記載していたテラトーマの作製の方法とは記述が異なっていたので、掲載の方法として不適切だった。

変でしょ。ここには「テラトーマの作製の方法」は正しいという前提が見えますね。画像が正しくなかったのだと。では、6枚共に12/27Harukoに差し替えたらどうなりますか。「テラトーマの作製の方法」は間違いじゃないですか。書き直さないといけない。でも彼女は本文を書き直さなければならないということには気づいていない。「テラトーマの作製の方法」は正しいのだ。画像を間違えたのだと言ってる。その正しい画像は「テラトーマの作製の方法」に従えば博論画像です。

小保方さんはこの手記を書く段階に来てもまだ自分が何をされたかに気づいていないのである。矛盾の中で生きている。12/27Harukoは自分の見るところESコンタミであるらしい。だから何度も作り直すがうまくできない。しかし、幹細胞のテラトーマは簡単にできてくる。12/27Harukoは出来たのだとしておこうと信じたくなりますね。本当は何度やり直してもうまくはできないのだけど。その葛藤の中で中途半端に見栄えだけを考えて上だけ変えると、後の言い訳は大変でしょうね。

それもこれも若山さんが騙しているからなんですね。根本に若山さんの他愛ない嘘が種明かしされないままに論文が書かれ続けているという事情がある。小保方さんが助手で山梨大についていくか否かの問いに答えないままに引きずったからこうなった。行くなら行く。行かないなら行かないとはっきりさせないと。
行くと返事していたら若山さんはなぜキメラとテラトーマができたのかをその場で説明したでしょうね。人事秘の解ける現在になるまであなたを引き留めておいて、助手の条件を提示したかっただけなのだと。そしてついてくるなら僕のntESの研究を全部引き継いでもらうという期待を語ったかもしれない。

でも、この期待があったとしたら、というより、ヘッドハンティングしようとしているのだからあるにきまっているが、それは若山さんが強引だったかもしれませんね。というのも小保方さんはヴァカンティ研のポスドクで、常田、大和、岡部、ヴァカンティという系譜の中で育てられている。そして何よりも既にヴァカンティ研で発見をしている。若山さんはその発見は最初の内は大したことないとおもってましたからね。腰かけて後最初に勧誘した時は小保方細胞なんてどうでもいいので、彼女の熱意に惚れたんですね。そして一度断られたが、その断り方も中途半端で、ひょっとしたら行くかもしれないと匂わしている。その継続の中で酸浴細胞が光り始めた。

ともあれ酸浴ではESコンタミらしきものと、足場付きの移植でくしゃくしゃっとしたテラトーマライクしかできていない。テラトーマライクであっても、博論のが一番しっかりできている。その気持ちが手記を書く段階でもまだあるんですね。調査尋問でも言い出せない。若山研を庇っていることもあるし、自分がそんなことを信じたくないという気持ちもある。なぜキメラができ、STAP幹細胞とFI幹細胞のテラトーマは出来るのにSTAP細胞のテラトーマは出来ないのか。彼女は知らないんですよ。
彼女は査読者の問いになぜNOD/SCIDを使ったかを本文で答えている。この彼女の答えは画像が博論のものであると分かっている人の答えです。12/27Harukoを使っていると分かっていたらNOD/SCIDなんて本文に書いていなかった筈ですよね。そうしたら査読者の質問はどうしてNOD/SCIDであってsyngeneic miceではいけないのだということでなく、どうしてヌードマウスであってsyngeneic miceではいけないのだということになっていたでしょう。その時彼女はSTAP幹細胞と、FI幹細胞のテラトーマはヌードマウスでできるが、STAP細胞テラトーマは足場付きで、しかもNOD/SCIDでなければちゃんとはできないのだということから先に答えなければならなかったでしょうよ。そしてsyngeneic miceは使ったことがないから分からないと。科学者なら自分の論理で自分の論文がおかしいと気付かないと。先生がそう言ったからというのでは一人前の科学者にはなれないでしょうよ。ガリレオもケプラーがそう言ったからなんて言ってたら今名前は忘れられていますよ。

(F1幹細胞の注射)

BCA報告のFigure 1に戻ります。テラトーマの関係を再掲します。



リジェンドは以下ですね。
>>
d,e, Teratomas are derived from ES cells. qPCR reproducibly detects Acr-gfp (d), and FES1 ES-cell-specific deletions (e) in genomic DNAs prepared from the STAP cell teratoma paraffin block.
Lanes 1: STAP cell teratoma;
2: STAP cell teratoma (separately prepared);
3: FLS4 (Acr/cag-GFP+ STAP stem cell);
4: 129B6F1 ES-5 (control ES cell);
5: GLS13 (Oct4-GFP+ STAP stem cell);
6: C57BL/6NCrSlc mouse; and
7: no template DNA.
Each value shows fold-amplifications relative to the Il2 gene (seeSupplementary Methods).

f, DAPI staining of a section taken from the STAP cell teratoma paraffin block. The intestinal epithelium and pancreatic tissue in the rectangles correspond Fig. 2e and Extended Data Fig. 4c from ref. 1, respectively.

g,h, Magnifications of the rectangles with immunostaining for enhanced GFP (eGFP), indicating that these tissues are derived from GFP-negative host tissues (white arrowheads). Scale bar, 1 mm.

eのグラフは以下に示す桂報告書(スライド)のB6と129の遺伝子異常の一致です。



f,g,hがCAG-GFPの無い組織部分があるという検証証拠写真です。小保方さんはGOFマウスをドナーに使っていますから通常はOct4-GFP蛋白質はテラトーマ段階では既に発現していませんから、こういう免染でOct4-GFP蛋白を見つけることはできません。でも桂報告書は誰かがCAG-GFPのESを移植したのだと疑っていて、CAG-GFPの蛋白質が免染で見つかっていて、かつ免染とは別にPCRで遺伝子異常も一致しているということです。因みにOct4-GFPと enhanced GFPのGFPは同じ蛋白質ですから区別はできませんが、テラトーマでは前者は発現しないからCAG-GFPなのだという演繹推論です。

これらの写真はe-GFP(CAG-GFP)の無いテラトーマ部分があるということを示している。原因の可能性は三通りですね。

①GOFマウスのテラトーマである。
②ホストマウスの体細胞を切り出してパラフィンブロックを作るときに一体化させて貼り付け加工したのだ。
③我々の説ではキメラ成功した時に同時樹立されたntESのソート前の幹細胞を上から注射したためにリシピエントのICRマウスのES細胞からテラトーマができたのだ。

一番自然なのは①です。Oct4-GFPの蛋白質はテラトーマ段階では消えてしまっていますから免疫染色で検出されることはありませんが、Oct4遺伝子自体は細胞が死滅してない限りは存在していますのでPCRに掛ければ検出される。それがアルイミオウジ氏の指摘した1単位の検出結果になっている。
ただ、GFPの検出されていない部分はあまりに出来すぎているテラトーマなんですね。小保方さんは多分足場付きでこんなテラトーマが今までできた経験はないでしょうね。他方桂チームも出来すぎているからとホストマウスの体組織を切り出して加工したのだと言ってる。でも、そもそもESによって捏造するのに学生のGOFESを持っているにも関わらずFES1を使っていると考えること自体がおかしい上に、ESの捏造なら簡単にテラトーマは出来るからそんなことをする必要はありませんよね。
そこで、小保方さんがこの12/27Harukoを3誌リジェクトまで使用しなかったということと相まって、既述しているように若山さんの注射だと我々は主張している。

(あのね氏への反論)

もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html


No.1はESコントロールではないのですかね。確定的なことは言えません。でもそのことは「誰かがESを重ねてinjectionした説」の根拠を否定しないと思いますけど。

(最後の矛盾)

Article Extended Data Figure 4-dです。



リジェンドは以下です
>>
d, Teratoma-forming ability of Oct4-GFP+ and Oct4-GFP-dim cells (isolated by FACS, top). Oct4-GFP+ cells, but not Oct4-GFP-dim cells, efficiently formed teratomas (table at the bottom). However, because STAP cells were dissociation-intolerant, the teratoma-forming efficiency of dissociated Oct4-GFP+ cells was lower than that of non-dissociated STAP cell clusters.

出来ていることになっている。試行回数50か所にも及ぶ。すべてGOFでの実験です。

手記206P。
>>
STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンブルもなくなっていた。


今残っているのは以下ですね。
(STAPテラトーマ)
23番　CD45カルステラトーマlike、6 weeks +PGA 12/27移植Haruko、他
52番　テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３
53番　testis テラトーマ CD45 カルス、CD45 カルス-テラトーマ、他

この図の形式は2013/4/1の査読者の要求に沿ったものになっています。

再掲しましょう。
>>
Data should be provided on the frequency and reproducibility of in vitro differentiation.How many cells were grafted for the teratoma assy? Why were NOD/Scid rather than syngeneic mice used as recipients?The frequency and sizes(weights) of Teratomas should be presented.Are they teratomas or teratocarcinomas (easily monitored via Oct4-gfp)?


実験はGOFマウスで行われている。トリプシンで乖離したものとスフィア塊のままのもので、前者は20の実験で3つできた。後者は20の実験で8つできた。そしてFACSで蛍光の弱いdimを使うと10の実験で結果は0であった。この表の形式は2012/4/4のリヴァイズ要請に応じているから、新規にこの実験を行うと笹井研での実験となる。テラトーマ実験は4週間から6週間かかる。ただ、笹井さんの記者会見で明らかになっているように、笹井さんは12/27Harukoの画角を変えて撮影させているので、新たに一から行ったのなら不要な撮影になる。行っていないということだと、理研若山研での実験結果だということになる。しかし、テラトーマの重量を測っていたのかどうかも分からない。少なくとも12/27Harukoのテラトーマ重量は実験ノートには無い。

まず順を追って査読指示に関して考える。ここで小保方さんがNOD/SCIDを使って、査読指示通りの実験を一からやり直していたとしたらアーティクルに記載されたテラトーマの記載事項は嘘ではなくなる。この時に確認されなければならないのはNOD/SCIDの笹井研での購入記録です。笹井研というより小保方研の予算に関する申請書です。小保方さんは10月まで笹井研で間借りしている形になっている。しかし、彼女の動物実験申請書は逆流性食道炎モデル実験のもので2013/11/27の申請になっていて、実は笹井研でのリヴァイズ実験はすべて笹井研の予算で行われているようである。

ここで、この実験が笹井研でNOD/SCIDで行われたものだとすると、既述してきた推測はすべて不要で、間違っているということになる。実際にNOD/SCIDが使われていたのなら、最初の永田龍平議員の疑義から始める必要はなかったのである。

この問題は画像が間違っていたというものである。そしてその画像に12/27HarukoがあったからNOD/SCIDではなくヌードマウスだったはずだがという疑義になった。仮にArticle Extended Data Figure 4-dの実験がNOD/SCIDで行われていたのなら、小保方さんはそういえばいいだけです。テラトーマの本文記載事項は笹井研で行われたNOD/SCIDの実験のもので間違いないのですと。

もう一度アーティクルです。
>>
In vivo differentiation assay
1 × 10^7 STAP cells were seeded onto a sheet composed of a non-woven mesh of polyglycolic acid fibres (3 × 3 × 1 mm; 200 μm in pore diameter), cultured for 24 h in DMEM + 10% FBS, and implanted subcutaneously into the dorsal flanks of 4-week-old mice. In this experiment, to better support tumour formation from slow growing STAP cells by keeping cells in a locally dense manner, we implanted STAP cells with artificial scaffold made of polyglycolic acid fibres. Given the artificial nature of the material, we used NOD/SCID mice as hosts, to avoid possible enhancement of post-graft inflammation caused by this scaffold even in syngenic mice. STAP stem cells were dissociated into single cells and cell suspension containing 1 × 10^7 cells was injected into the testis. Six weeks later, the implants were analysed using histochemical techniques.

これは12/27Harukoの実験ではありませんと。でも、査読者は元の論文にNOD/SCIDの記載があったことを証明している。この本文が後に笹井研で行われたテラトーマ実験であったとしても、画像は12/27HarukoのままでリシピエントマウスはNOD/SCIDと書かれていたことは判明している。

笹井研でArticle Extended Data Figure 4-dの実験が新たに行われたということはないようです。小保方さんは若山研で行った実験を新たに査読者が指示した形式で整理しただけのようです。するとこのマウスはすべてヌードマウスだということになる。

そして、もう一度貼り付けましょう。手記206P。
>>
STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていたが、それらのサンブルもなくなっていた。


もう一度現在残されているSTAPテラトーマです。





50個のテラトーマが試行されていて、12/27Harukoのケースでは1匹に3か所が最大ですからそれで計算すると16匹分になる。同じく一回の実験で3匹使うと5,6回の実験になる。複数回という手記の記載と一致する。そのうち成功したのは11回分ですから5,60枚のグラススライドがあることになるが、手記にはそれが無くなっていたという。そして今残されている木星リスト上の数量とは合わない。更に今残されているのは12/27Haruko時の実験に関係したもののみのようだ。

「STAP細胞からのテラトーマの実験も複数回行われていた」という書き方は行為者が自分と別人と両方考えられる。また、「それらのサンブルもなくなっていた。」のなら、犯人は識別がついたというこということになる。テラトーマはヴァカンティ足場をつかわないのなら習えばだれにでもできるので、作ったのは小保方さんだけでない可能性がある。

23番の[CD45カルステラトーマlike]は彼女が足場を使っているからlike なんですね。同じく23番の[6 weeks +PGA 12/27移植Haruko]はまさに問題のグラススライドです。また52番の[テラトーマ1、ひか、テラトーマ２、テラトーマ３]は幹細胞だと記載がないから幹細胞だという判断でいますが、"ひか"は皮下でしょうからこれも足場付きではないかと思われる。53番の[testis テラトーマ CD45 カルス]は唯一ヴァカンティ足場を使わないSTAPテラトーマができていることになる。[CD45 カルス-テラトーマ]も問題のバラフィンブロックですね。


(応答です)


あのねさんから応答がありました。我々のストーリーを纏める前に検討してみましょう。
>>
あのね

>>学さん
>訴訟を断念した小保方氏は、良い選択をしたと思いますが、今後に沈黙を破り、もう少しメッセージを発信してくれるでしょうか？謎ですね。

　ただ、(希望的には)私はまだ訴訟を断念したとは思っていません(笑)。ペコリさんの意見を引用すれば、例えばSTAP騒動で小保方弁護団が小保方さんにNature論文の掲載費用返還に応じることを薦めたのは、その時はそうせざるを得なかったのは良い選択だったけど、ついでに弁護団は支払うことの「仕掛け」を用意したと言っています。すなわち、支払った60万円の掲載費用返還請求で、時効「会計法第30条」は来年です。訴訟すれば、全ての立証責任は理研側にあります。仕掛け=トロイの木馬から兵隊を出すかどうかは小保方さん次第ですが…
2019/09/30 URL 編集

[弁護団は支払うことの「仕掛け」を用意したと言っています。]ということを私は知りませんでした。どこかで確認されたんですね。可能ならソース開示願います。
私は博士号剥奪がひどいと思っています。あれは小保方さんが再試験という大学側からの申し出を受けたんですね。大学を信じた。自ら一旦博士号を返還した形になっていていますから、詐欺として私は口車に載せられて騙されたのですと訴訟しない限りは勝てませんし、弁護団は訴訟しなさいとアドヴァイズしている。小保方さんがしなかった。彼女はそういうことは嫌いなだけなんですね。自分の細胞は多能性細胞ではなかったのか。そちらの方が彼女には重大だったのだと思っています。他のことはどうでもいいんですね。
それとこの理研での事件は難しすぎて弁護団自身が小保方さんを疑っているんです。弁護士はクライアントの真にためになるように行動しようとする。その判断では理研とは戦わない方が良い。しかし、博士号剥奪は詐欺訴訟で勝てます。小保方さんが本当に理研の実験で若山さんを騙してESコンタミ捏造に導いたと仮定してすら勝てるんです。なぜなら博士号の剥奪は理研の捏造とは何の関係もありません。捏造事件で騒がれた人々はそのまま博士号維持しているではありませんか。まあ、剥奪されたのはシェーンくらいのものでしょう。あれは刑事訴追されましたからね。ちゃんと警察が調べている。それに対して早稲田大学は小保方さんの草稿提出に気づきもせずにノーチェックで博士号を与えた。お前の落ち度だろうが、まぬけが。金払って勉強した客に対して何だテメエは、恥を知れ。ということですね。はい。それだけのことです。

あのね
　一言居士さん、私の疑問に対して応えてくださってありがとうございます。実は私の中に様々な疑問があり、文書に走り書きをしており、それは一冊の本がかける程です。それを小出しに意見を述べています。本来なら、一言さんのコメントに反映させたいのですが、一言さんのブログが汚れてご回答に困られることを憂慮しつつ、学さんのブログを通して意見を述べました。私の立ち位置は一言さんの全て否定の意味ではありません。以後、質問させて頂きますが、お答えできる範囲でご自身のブログで意見されてください。
2019/09/30 URL 編集

あのね
>テラトーマからAcr-CAGが出ました。そしてアルイミオウジ氏の指摘で試料1のテラトーマからわずかにOct4-GFPが検出されていると分かった。なぜこうなるのか。小保方さんが自分でコンタミさせるなら学生のntESを使いますね。でもここで使われているESはアクロシン入りです。私は若山さんがF1のntESを上から注射したと言ってる。では若山さんは、2011/11/25に培養開始したGLが2011/12/27以降には樹立されていたはずですから、どうしてそれを注射しなかったのか。
2019/09/30 URL 編集

あのね
>>学さんの質問
>STAP細胞注射部位の上から、Acr-GFP細胞を重ねた可能性はどうなのでしょうか？あのねさんのコメントがいただけたら、ありがたいです。

　ノートに免疫不全マウスの1番がなぜ無いのかがの謎解きが先決です。これは、一言さんにも考察して欲しいんですけどね。私はノートの耳の切れ込みを同じにして1番の免疫不全マウスでES(小保方さんが知らない、研究室に既に何年も残されている(不法の)FES1を起こした"129 GFP ES"でテラトーマで渡米中の彼女の1匹を破棄してスワップしたと思います。10^5オーダーであのような立派なテラトーマはPGAでもできないと考えています。だから小保方さんは3匹全てがそうでないことに不審に思って、聞き取りでも以後にテラトーマ実験をしています。組織像はHE染色でまず評価するから、免疫染色が遅れた理由とかの桂報告書は呆れるね。彼女が疑っているから免疫染色が遅れているのですよ。報告書では、パラフィン切片でのFISH法で得られた結果を称賛して、パラフィンブロックで後の免疫染色が劣化すること等の指摘の矛盾には笑えますね。一度固定包埋されたら簡単に劣化しません。切削後のパラフィンブロックは空気と遮断するためにパラフィンコーティングします。
2019/09/30 URL 編集

[ノートに免疫不全マウスの1番がなぜ無いのかがの謎解きが先決です。これは、一言さんにも考察して欲しいんですけどね。]という問い合わせには、あなたと同じくESのコントロールではないかとここのすぐ上で答えていますよ。
>>
(あのね氏への反論)

もし小保方さんが既存のESをコントロールとするなら、No.1かNo.4に記載するはずです。私は小保方さんの免疫不全マウスに誰かがESを重ねてinjectionした説には賛成しません。No.1がないことが説明されていないからです。私が聞き取り調査委員なら「何で2番から始まっているの？1番はどうしたの？」の質問になるわけですが、報告書には何も書かれていません。その単純な疑問さえ彼女に聞かなかったのか？聞いたらとんでもない答えが返ってきて黙殺したのか？これは和モガさんとの意見の些細な違いでもあります。ttp://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-108.html

No.1はESコントロールではないのですかね。確定的なことは言えません。でもそのことは「誰かがESを重ねてinjectionした説」の根拠を否定しないと思いますけど。

私が書き続けているので多分見逃されましたね。どの時点で返答するかは紛らわしいですね。お察しします。今でもまだ終わってないんですよ。でもこの辺りはいずれにせよ大したことありませんね。
むしろ、[私はノートの耳の切れ込みを同じにして1番の免疫不全マウスでES(小保方さんが知らない、研究室に既に何年も残されている(不法の)FES1を起こした"129 GFP ES"でテラトーマで渡米中の彼女の1匹を破棄してスワップしたと思います。]の部分があなたの推測ですね。これはありませんよ。No1を打ったのは小保方さんです。若山さんではありません。小保方さんのNo1をスワップしてもそもそも小保方さんはそれを使っていないではありませんか。

あのね
　なお、不法と表現したのは、当時共同研究者がArc-GFP入りのESを樹立して理研に残していたからで、クローンの顕微受精に便利なESであることから若山氏は重宝していたでしょうね。私だったら、黙ってもらいますね。およそ10年前の凍結細胞をそのまま残すことは考えられません。数年単位で、例えばより優秀な凍結保存剤が販売されれば細胞起こして(解凍)凍結維持する作業はあったはずで、それが129GFPESと考えています。そこでなぜスワップしたか？の疑問になりますが、小保方さんは日頃からSTAP細胞からPGA環境でも「テラトーマ ライク」の結果の不満を若山氏に伝えていたと考えます。その時は、悪戯と言っては語弊ですが若山氏に悪意はなかったと考えています。細胞の取り寄せについてですが、FES1は129GFPESに化けているし、129GFPESは不法の細胞だから樹立日記入もない、若山研のある人しか誰も知らない幽霊細胞です。騒動が起こり、小保方さんの真性な試料を破棄取り捨てしてジャミングさせて、それだけを残したと考えています。
2019/09/30 URL 編集

まず、129GFPESは小保方さんが持っていたFLSにすぎません。特別なものではないです。これをFES1だと言ったのは若山さんに騙された桂報告書に過ぎません。そもそもFES1なんて太田さんが京都大学に全部持ち出してしまっていて理研若山研にはありません。後に若山さんが京都大学の太田さんから細胞を送ってもらって中身をFLS3に入れ替えて第三者機関に分析に出しただけのものです。何も難しくないです。
そもそも太田さんの2005年の論文は若山さんとの論文なんですから、ntES-G1を若山さんが持ってたという可能性はある。でもFES1、2というのはその論文とは無関係に半年後位に片手間で作ってすぐ凍結した受精卵ESなんですよ。論文の責任著者の若山さんとは無関係な細胞なんです。
また、2008年論文の実験は今も理研にいらっしゃるテクニカルスタッフの坂出さんが第2著者になっていて、Hiroshi Ohta, Yuko Sakaide, Kazuo Yamagata, Teruhiko Wakayamaという共著者陣ですから、その時の所謂ntES-G1に関してなら坂出さんが持っていて、フリーザーの隅に残されていたという可能性は有りますが、これらもFES1、2とは無関係です。しかもこのntES-G1G2は中身の親の雌雄が論文及びラベルともに違っていたというお粗末さです。
この2005年と2008年の論文は以前は山梨大の若山ラボの文献リストにアップされていましたが、今は消されています。もっとも私は論文コピーをエクセルに保存しています。このブログにはアップしていませんけどね。Ooboさんとパートナー氏そして相沢さんはその原稿をお持ちですよ。

重要なことは、最初のキメラ成功で小保方さんがFES1を若山さんに渡したからキメラができたのであるのなら、2011/11/25に樹立培養開始されたGLは小保方さんが学生のGOF ESを若山さんに渡したから樹立されたわけです。8株樹立されているんですよ。



12/27Harukoのドナー細胞はGOFマウスです。どうして、捏造するにせよ、このテラトーマに小保方さんがFES1を混入させるんですか。GOF ESを持っているんじゃないんですか。GLではそれを若山さんに渡したんではないんですか。渡さなかったのならどうしてGLが8株樹立されているのですか。この致命的な論理矛盾を押さえてください。

[そこでなぜスワップしたか？]はスワップしていたらの話ですね。いたずらで本当は持ってたFES1を若山さんが使ったと?小保方さんが+PGAでできないと言っていたからと?いたずらする動機はこの場合はもう只のおふざけになりますね。でもその前にキメラが出来ていて、幹細胞までできたと知らされている。こっちもおふざけだったのですか?私はリクルート目的だと説明しています。そしてntES化実験そのものは真面目な実験だと考えている。若山さんが捏造をおふざけでもすることはありません。真面目な研究で作っているキメラをどうやって作ったかを隠して、できたよとリクルートのための時間稼ぎの嘘に利用しただけだとストーリーを構築している。あなたの部分ストーリーは全体を説明し得ていないのではありませんか。

まずあなたは一冊の本を書くだけの材料をお持ちなのですから、書いてみるべきです。この事件で一体何がどうなってこうなったのかのストーリーをご自分なりに構築されてください。ご自分のブログでも、佐藤さんのように本になさってもいい。自分で書いていると最初に自分の作るストーリーのいろんな矛盾点に気づけます。矛盾を解消するようにストーリーを組み直していくと一応全体が整合する一つのストーリーが出来る。和モガさんはジグソーパズルに例えている。私は弥生土器の復元に例えています。土器でもジグソーパズルのピースでも、断片が全部残っていたら、完成形は一通りしかない。でも部品に大きな欠損があると、考えうる復元図は一通りとは限りません。もし、私の仮説に何か違和感を感じられるなら、まずはご自分の復元図を作ってみてください。人の推理の一部を取り出して別の可能性を提示する前に、まずご自分で全体を構成されてください。そうしないとどうしてその部分で一つの可能性だけが選ばれているのかを理解できません。
その問題と、部分的にではあれ、事実が違っているとか、論理が間違っている時は批判していただくと有難いですね。これは別の問題ですから、全体の整合性とは無関係にご指摘可能のはずです。私は間違ってたらすぐ訂正します。目的は何があったかを知ることで特に小保方さんを擁護しようという考えはありません。彼女が犯人だと分かったのならそう書きますが、今のところ若山さんが犯人だと分かったつもりでいるので、そう書いているだけです。ここのトイレの落書きは私の勉強室なんです。

因みにジムさんのところにリンクされているryobu-0123のブログはほとんど私と同じ推理ですが、一つだけとても違うところがある。それは若山さんの嘘の動機を私のようにリクルート目的だけでない、方便の嘘とみなさない、見方です。私はその方向ではあえて考えていませんが、頭の隅には当然ありますね。復元可能図は一つではないです。私があえてその可能性を深く追わないのは、そもそもこの事件は大した問題で無いと思っているからです。譬えは悪いが夫婦喧嘩には口を出さないというような感じでしょうか。でも刃物が出たら放置できないからと見守るような感じでしょうか。本来、こんな問題は外に出るような話ではないですね。とても特殊な環境で起きた例外的な事件だと思います。まあ、私は自分で納得できたらもういいんです。ただ、博士号剥奪はひどい詐欺事件だとは思ってるんです。

始めに戻って[本来なら、一言さんのコメントに反映させたいのですが、一言さんのブログが汚れてご回答に困られることを憂慮しつつ、学さんのブログを通して意見を述べました。]とおっしゃる部分に関して、コメント欄はご自由にお使いください。したらばの時と違ってアラシは消せますし、その気になれば事前にブロックできますから大丈夫です。私が困るような質問をしていただけるとありがたい。一人でやってると見落としはあるものです。

序に、Ooboe さんにも申し上げますが、タイトルのところにもご自分のハンネを入れるとここのテンプレートは見やすいです。題をつけたいときには本文の中で区分するといいです。

(諸情報間に整合性のとれた最も合理的なストーリーは構築可能か、それとも何か重大なミッシングリングがあるか。)

F1マウスによって最初のキメラができ、幹細胞も成功した。そのキメラの写真は2011/11/28の日付プロパティを持っている。

Letter Extended Data Figure 1-a



この写真が2011/11/28撮影だということは桂報告書が証言している。
>>
４）Letter Extended Data Fig.1a について 
・2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚 の写真の疑いがある点(論文撤回理由 2)（これについては、2014 年 5 月 10 日に著者か ら報告、5 月 21 日に報道されている） 
・この写真で胚の一部を胎盤と誤同定している可能性がある点

（調査結果） 4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いたPC に残存する写真（2011 年 11 月 28 日撮影）と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があっ て、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性 が高い。

この写真のマウスが129B6F1だということも桂報告書が証言している。
>>
（評価）
2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高 いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価 値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基 づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。

桂報告書とBCA報告書はともにキメラは既存ESのコンタミによってできたと結論していますから、この最初のキメラも当然太田ESであるFES1のコンタミということになる。そうでなければなぜできたのかを更に追求しないと結論にはなりません。また、この最初のキメラができた時に同時に樹立されたと、若山さん本人がインタヴューにも答えているし、後には小保方さんの手記にも書かれている、幹細胞もFES1だったということになる。そしてこの時にはGOFマウスでの幹細胞化実験も成功していて、若山さん自身が事後MTA締結の際の持ち出し細胞リストにGLとして記録している。この時にキメラが作られたのかどうかは分かっていませんが、まずは樹立された幹細胞があるのですから、これも学生のGOF ESによるコンタミであったということになる。リストは以下ですね。



GOFマウスのリンパ球由来と書かれている。樹立培養開始日は2011/11/25です。クムリナ書き込みにあるように、一旦キメラ胚に入れて作っているので、当然キメラも作られていると推測されますが、確認はありません。いずれにせよ、F1のキメラと幹細胞は太田ESで作られ、GOFマウスのキメラと幹細胞GLは学生のGOF ESによってつくられたというのが両報告書の結論になるわけです。

そして12/27にヌードマウスが入荷して、小保方さんは事前に用意していたGOFマウスのSTAP細胞を精巣インジェクションと足場付きの皮下埋納移植を行ったわけです。F1マウスはテクニカルスタッフや小保方さんには作成できないことは若山さん自身が記者会見で証言していますから、小保方さんはGOFマウスでテラトーマを作成した。キメラではありませんから蛍光確認なんてする必要はありません。むしろOct4-GFPが蛍光していることをちゃんと確認できるGOFマウスの方がいいわけです。

桂報告書は小保方さんがFES1と学生のGOF ESをどちらも持っていたと推測している。後者は推測ではなくて、事実ですね。で前者は何の証拠も無いばかりか、入手経路については疑問が残ったと書いている。でもあったのだと前提して無いと、コンタミはあり得ません。コンタミだと結論しているからにはあったと推測されているんです。そして無いはずのFES1が解凍されない限り使えない以上、このコンタミが故意であることは明確で、犯人は小保方さんだと言ってるも同様のレトリックを使って報告書を書いている以上、小保方さんがこのテラトーマに学生のGOF ES を使わずにF1マウスの太田ESであるFES1を混入したと言ってるのと同じなんですね。これって、普通アホと言わないか。F1キメラと幹細胞にはFES1を混入し、GOFキメラと幹細胞GLには学生のGOF ESを混入したのだと結論しておきながら、GOFマウスがドナーのテラトーマをFES1で小保方さんが捏造したと言ってるお前の脳みそはマコメミソかと、世界に揶揄されて恥ずかしくないかなあ。マルコメミソさんに失礼かな。

Ooboeさん、こんなもんでいいかな。あのねさんも何か疑問があったらここのコメント欄にお願いします。僕はそろそろAC129に戻ります。

追記(2019/10/7 6:00)
>>
楠本 英正
6時間前
理研よりGL、FLBの件で回答。
論文に使われていない為、解析していないと回答。

論文に使われている細胞だけが調査の対象になっては居ないし、論文に使われた細胞の全てが調査されたわけでもない筈だけど。FESとかFLS-TとかntES-Gなんて誰がどこから持ってきた細胞なんでしょうか。桂報告書に諸細胞をどういう方針で分析したかは記されていない。竹市さんが細胞の由来を確認しないと意味のある結論は出ないと忠告したにもかかわらず、誰が会議を主導したのか。

>>
Ooboe
学さん

毎日新聞、須田記者著書「捏造の科学者」はパートナーにとって、資料入手のヒントの宝庫でした。また、リーク画策者達は、まさか、ここまで記述されるとは、思わなかったでしょうね、理研CDB内リーク画策者によって、須田記者は、見事巧妙に操られ結果的に小保方stap否定の最大の功労者となっていきました。彼らは須田氏も願ってもない情報をリークし続けていました。
「自己点検委員会報告書の草案、眼を通しに来ませんか」などなど
2019/10/06 URL 編集

Ooboe
2014年5月末、若山氏解析依頼の（偽称）第三者機関の解析結果の連絡を受けた、理研CDB内リーク画策GDは、このことをどのメディアよりいち速くスクープしたい記者魂を （くすぶる） べく 須田記者にリークしました。必ず山梨に飛んで行って若山氏に解析内容の記事化の了承を取りに行くものと踏んだでしょう、リーク画策者の思わく通り須田記者は取材に山梨に飛んで行きました。
解析内容の記事化の了承は得れませんでしたが、近く記者会見をする予定とのことを記事化出来ることになり6月4日の夕刊記事報道に繋がりました。
寝耳に水の須田記事、若山第三者機関解析結果記者会見発表記事に、急遽、理研本部テレビ会議に呼び出されることになり、
本部に対して解析結果の記者会見実現の説明をすることが、結果的に叶えられました。このことが小保方stap否定への、分水嶺となったのですから、stap否定最大の貢献者と思います、、。しかしその糸を巧妙に引いた画策リーク者こそ凄いです。
2019/10/06 URL 編集

リーク元のひとつは松崎GDの研究室ですね。NHKに小保方さんの実験ノートを流出させた複数の筋もある。若山さん自身は番組に出演していますからね。すべての大本は無論ここです。

1. 2019/09/27(金) 08:47:52|
2. 一枚報告補記
4. | コメント:0

一枚報告補記8

学氏から反論を受けましたから、再反論しましょう。

因みにジムさんに一枚報告補記の7の原稿のアップをお願いしましたが、音沙汰無しです。長期旅行か何かかもしれません。以前にも一度ありました。ひょっとしたら、飽きられたかもしれません。私も自分では分かってしまったつもりなので意欲下がり気味です。でも、Ooboeさんとパートナー氏が頑張っておられますから、その間はまだわかってないところを少しずつ解明して行こうかなと思っています。

ジムさんに送ったメールを紹介しておきます。
>>
お世話になっております。学さんがGLSに関して間違ったことばかり書かれているので、読後批判を書きました。補記7です。最近静まって話題性が無くなっていますから刺激のためにも、よろしければアップしてやってください。以上です。それと若干の連絡をさせてください。

小野小町
Ooboeさん、お元気? 学さんのところに書き込まれていることで、細胞の小ささに関して博論時に若山研へ持ち込まれた細胞はリンパ球ではありませんから注意なさってね。小保方さんが先を細めたパイペットは10マイクロメーターとされています。B6の骨髄細胞などから物理選別されているものです。
リンパ球は体細胞の中では各段小さいものでかつ酸浴させているから恐らく浸透圧の関係で水分が幾分抜けているのではないかとも想像しているわ。笹井さんもCD45より小さいとおっしゃってる通りよ。ただ小保方さんは物理選別の時代から小さい細胞を探しているので小さいということに関して思い込みが強いようだけど、リンパ球はそもそもが小さいということと区別がついていないのようなのね。

一言居士
楠本さん。情報公開請求のGLの説明待ってます。どんないいわけになるのか、そしてその中に何らかのヒントがあるかどうか、楽しみにしています。

Ooboe さん宛に追記しておくと、ピペットの径は博論概要の中に書かれています。私のブログの小保方さんの論文というカテゴリーの中に置いてあります。FACSでは6マイクロメーター以下の細胞を集めています。11jigen氏の紹介している小保方さんが間違えて草稿を提出してしまっていた第二章の文章には8マイクロメーターと書かれています。
>>
第二章では、spore-like stem cellの採取法を検討すると共に、幹細胞マーカーの発現を解析した。Spore-like stem cellsは細胞直径が非常に小さいという特徴を有しているため、小さい細胞を採取する方法を施行した。まず、cell sorterを用いてBlack6 マウスの骨髄細胞から、直径６μｍ以下の細胞のみを回収した。続いて低浸透の溶液で細胞を短時間処理することによって、大きな細胞の細胞膜を破壊し小さな細胞のみを回収した。また先端を10μｍほどまで細めたガラスピペットで細胞を粉砕することによって小さい細胞を回収した。
>>
A. Cell sorter
Forward scatter was calibrated by size-defined beads. Less　than 8 micro meters in diameter cells were isolated.

楠本さん宛に追記しておきますと、ジムさんと今連絡が取れませんので、取り敢えず私のブログのその他(0)以下のカテゴリー4件以外は自由に使われて結構です。特に、補講一枚報告(5)は今AC129に関して考え続けていて結論が出ていません。確定したら別の名前でSTAP事件(44)の上に入れる予定です。そうなったときはご自由にされてください。ただし、ここにあるのは"便所の落書き"に過ぎませんので、自己責任でのお取り扱いをお願いします。

では、本論です。


一言居士さんの反論
万能細胞 iPS ES STAP
携帯入力分をパソコンで書き直しました。内容が一部違って申し訳ありません。
一言居士さんから、すごく長い反論をいただきました。

この程度で長いなんて、それでは誰かの全集なんて一つも読めないじゃないですか。読んでて退屈だから投げ出したくなる位長いとおっしゃるのなら分かりますけどね。

竹市先生らもご指摘のように、調べたサンプルの出所が正当なものかがわからないのは、この問題を追っている人たちの共通の認識です。
しかし、事件関係者が誰も詳細を語っていないこの状況で、そこを追及しても何も始まりません。

竹市さんがそういったというのは佐藤さんが公開資料請求してそれを世間に知らせたからです。それまで誰も知りません。この指摘から「何も始まりません。」でしたか。この疑問からすべては始まったんではありませんか。和モガさんの問題意識の始まりはただここにはA=Bだという証明があるだけで、だからなんだということに関する関連情報の証拠が何もないというものでした。桂報告を読んだ者が共通に感じた疑義です。そしてその疑義は桂調査を依頼する前段階の会議の席上で竹市さんから指摘され、野依さんが同意していたということを佐藤さんやDORAさんが世間に知らせたものです。
いきなり何を否定なさるのでしょう。「調べたサンプルの出所が正当なものかがわからないのは、この問題を追っている人たちの共通の認識」なら、物事はその問題を中心に解明されて行かないといけない。「事件関係者が誰も詳細を語っていないこの状況」は事実誤認ではないですか。若山さんが自分に都合の良いことはたくさん詳細に語られていますよ。小保方さんも手記と日記でたくさんのことを書いている。我々はその証言間にある矛盾を指摘し、それを整理し、他方にあるA=Bなる検証事実との関連付けを行っている。「何も始まりません。」どころか、私は始めて5年の今ほぼ終わりましたよ。後はもう少し細かいところまで分からないかなと考えているだけです。

調査対象の物品がまずは正当なものとみなし、公開された調査結果から疑惑があれば、そこを指摘していくとの作業を、私たちはしています。

そこは同じです。"まずは"科学者の矜持程度は有るだろうという前提で検査事実に関して嘘はついてない筈だという仮定から始めるということで、ここでは語られたことは事実であろうが、全てが語られていないということは直感的に疑義されているということです。ただ、最終的には科学者の矜持も怪しいというところに落ち着きましたかね。その裏側には結論ありきの文科省圧力も加わっているとみています。文科省はパンドラの箱の蓋を開けられたくなかったんでしょう。ただ、この圧力をいいことに社内権力闘争を行っていた者があったということも分かってきましたね。

当初、学とみ子は小保方氏の悪口満載の桂報告書をひどい！と感じたのですが、理研から出てきた調査結果は、STAPはESから作られたと証明できないとするものであったので、学とみ子は満足です。
しかし、表面的には小保方氏が混ぜたと印象操作はしているので、ここはマイナス点ではあります。

「理研から出てきた調査結果」というのは実態はそうですが、法形式上は理研が依頼した第三者調査ですので誤解を避けるために注しておきましょう。この桂報告書と後に英語でネイチャー誌を通して世界に広報されたBCA報告書は「小保方氏の悪口満載」、「表面的には小保方氏が混ぜたと印象操作はしている」ものです。そしてその印象操作を糊塗するかのように、間違った論理を使って、犯人は分からないとしているものです。間違った論理ですから、間違いを訂正すると小保方さんが犯人だという印象操作が書かれていることになります。
そして両報告書の結論はキメラとSTAP幹細胞はFES1とGOF ESと「僕のマウス」ESを使った捏造であって、論文に書かれているように作られたものではないということでした。
これを「小保方氏が混ぜたと印象操作はしている」のが、両報告書だということです。「は」という言葉は強意の指示助詞として使われていますね。印象操作はしているが、何か別のことはしていないと強調されようとしている。何か別の事というのが学さんによれば、「STAPはESから作られたと証明できない」という結論だと裏読みなさっている。
これはあくまでも裏読みですね。表には明確に、キメラとSTAP幹細胞はFES1とGOF ESと「僕のマウス」ESを使った捏造であると書かれていますよね。

恐らく、報告書にESねつ造との書き方を匂わせないと、誰か？（理研の学術層でない部署の管理者？）が満足しなかったので、あのような印象操作となったのでは・・・と、学とみ子は想像します。

文科省から早く終わらせろという指示があったんです。理研のみならず、山梨大にも、それ以外のあちこちにも違法天下りしている。既にラブオンザビーチで知れ渡っている。裏金問題もある。文科省はこのSTAP事件には関与していません。藪をつつくなと言ったんですよ。それだけの話しです。

一般社会がES論で終わらせようとするプレッシャーの中で、桂報告書が書かれました。

日本の一般社会はどうなってるんだと固唾をのんで見守っていただけですよ。一般社会って理研内部の理事たちの"コンセンサス"のことをおっしゃってるんですか。ヒエラルキーは文科省-桂第三者調査委員会-理研理事会-理研調査科学チームの順です。上意下達です。

一般社会がES論で終わらせようとするプレッシャーの中で、桂報告書が書かれました。このプレッシャーをかけた組織は、ひどいですけど、それがパトロンを抱える日本の科学界が抱える問題点ですね。

パトロンという言葉は一般的には民間活動での資金援助者という意味で使われますよね。理研は当時独立法人で今は特定法人ですが、いずれにせよ、世界基準の定義では政府関連企業です。税金で運営されている。大学も含めて予算は文科省が差配している。無論最終的権限者は財務省であり、更には国会承認です。民間の技術部門や研究所は通常は政府のお金は入りません。無論、裏では産学協同のプロジェクトや公共投資を通して間接的な税金の投入はあるわけです。でも、そういうのはパトロンとはいいませんね。
お金は誰かが出すんです。資本主義社会ですから民間では株主と国民の家計部門の金を集めている金融機関が出す。理研や大学などの国営企業は政府が出す。
広い意味でお金を出している部門をパトロンと言っても構いませんが、お金は誰かが出さないと科学研究はできません。「パトロンを抱え」ていたら、それが「日本の科学界が抱える問題点」なんですか。パトロンが無ければいいんですか。それだと科学研究はできませんから、科学研究をしないがいいという意味ですか。そんな意味ではないでしょうよ。

そうしたプレッシャーの下で、科学的に遺伝子調査では、ESねつ造を決めることはできないというのが、報告書の結論です。

「そうしたプレッシャー」をかけているのがあなたのおっしゃる「パトロン」なんでしょ。もしそうなら、その「パトロン」は文科省ですよ。あなたは「文科省」という言葉をご存じないんですか。「パトロン」という言葉は歴史的にはヨーロッパの貴族が芸術家や学者を子飼いしているような関係をいいます。そもそもヨーロッパでは大学も教会も発祥は私立ですよね。
この事件の裏には利権団体として製薬会社もあるんです。広告宣伝には電通も入っいる。あなたが「パトロン」という言葉を使われると、とても紛らわしい。まさかあなたが製薬会社が資金援助しているからその利害関係の圧力の前に理研の科学調査チームが屈したのだなんてお考えではないでしょ。利権団体なんて文科省の前にはへりくだってしまいますよ。舐めたことしてたら厚生省から圧力がかかるかもしれない。
あなたがおっしゃりたいのは「文科省」の早く収拾しろという圧力に対して、ESコンタミ説で説明し、小保方さんを生贄の山羊、トカゲの尻尾にせざるを得なかったが、むしろそんなことはないのだということを報告書の各所に矛盾として散りばめて、科学者の抵抗を見せたのだとおっしゃりたいらしい。
私は断固あなたの解釈に反対します。あらかじめ言っておきます。これを行ったのは科学者の中の悪党です。

そして、小保方氏の作業内容から、彼女のES混入は無理との含みもあると思います。
STAPはESときめられないとの調査結果であったと、読者はそう読むべきです。

私がなぜあなたのことを隠れアンチだと疑義しているのかの理由がこのあなたの理研科学チーム、とりわけBCA報告を書いたメンバーに対するあなたのこの擁護姿勢だということはおわかりでしょう。

表面的なESと思わせる桂報告書の文言に、ES論者はこれで良いと思わされてしまったのです。

そう書いてありますからね。そう読まれて文句は言えませんね。自分で書いてるんですから、誤読ではない。読者に罪はない。ただ、矛盾があるから嘘をついているねと我々が指摘している。あなたはその矛盾は分かる人にはわかるように書き手が意図的に散りばめているのだとおっしゃってるんですよ。
国民を舐めてるんですか。報告書は法の要請下に事実を報告するよう義務付けられている。そんな舐めた態度で、報告書を書いている事自体が横柄でおこがましい。何様だ。と、国民は怒っているんです。国民はあなたの言う「パトロン」の更にヒエラルキーの上位に居るんです。勘違いなさらないでください。

小保方氏の未熟性の悪口が書き込まれたことで、ES説の扇動者は満足してしまったのです。

「ES説の扇動者」って誰のことですか。小保方ESコンタミで収拾しようとしたのは理研の理事会でしょう。文科省の早期収拾指示で決めたことだ。文科省は世間を鎮静化させて官僚不祥事に飛び火させなければ満足なので、「小保方氏の未熟性の悪口が書き込まれたこと」などという些末なことに満足なんてしませんよ。むしろそんな話には何の興味もないでしょう。文科省はESコンタミで行けなんて指示してない。早く終わらせろと言っただけです。ESコンタミ説で行くしかないと判断したのは理研上層部です。
彼らは調査の結果、それしかないと判断したんです。小保方さんが捏造したのだろうなあと本気でそう思ったのです。でも変だなあと思いながらも、時間がなかった。

ES説を堅持したいなら、FES2,や核移植ESの解析などしてはいけなかったのです。

「ES説」を言い出したのは若山さんだということを完全に忘れていますね。こういう試料を持ち出してきたのは若山さんです。持ち出されてきたから調査せざるを得なくなった。竹市さんが「細胞の出所が分からなくては特定の結論を導き出すことはできない」と言ったのはこのときです。
このときに犯人グループが調査の主導権を握ったんです。竹市さんが試料の分析を拒んでいると騒ぎ立てた。若山さん、遠藤さん、松崎さんらですね。桂調査の科学検証実働部隊は松崎GLでしたね。BCA報告の責任著者にもなっている。須田氏に細胞の写真を流出させたのも、おそらくNHKに小保方さんの実験ノートコピーを全部違法流出させたのもこの人脈です。

実は、桂報告書では、故意の混入を否定して、実験ミスの可能性も指摘しています。

間違った論理でね。太田ESの解凍は実験ミスでは起こり得ません。ミスで太田ESを解凍しますか。そもそもどこにあったの。そんなもの解凍して何をしようとしてたの。仮にそんな解凍が行われたのなら故意に決まってるじゃないか。実験ミスの可能性の指摘は論理的誤謬じゃないですか。間違ってる。つまりミスではないんだ。故意なんだ。もし本当に太田ESであったのならね。そもそも太田ESでは無かったのでしょ。
太田ESを使ったと結論し、その使用をミスだと言ってる桂報告は、論理的に考えたらミスでないことは自明なのだから、結論の太田ESコンタミは嘘だと読者が分かるように書いているとあなたはおっしゃる。
だから一般の大多数の常識人たちは法治とは何ぞやと問い直しているのです。国民を舐めてるのか。お前たち調査委員は法の命令に従って正しく報告したらそれでいいんだ。おこがましいことをするなということです。多分してないと思いますよ。彼らはただ間違えたのだ。

調べない方が良かったサンプルまで調べたのは、理研のアンチES論者だと思います。
FES1がおかしな細胞なのは、皆わかってます。
だからこそ、他の若山研のESを広く調べたと思います。

FES1、FES2、ntESG1、ntESG2を京都大からわざわざ取り寄せて持ち込んだのは若山さんです。肝心なことを忘れてますね。持ち込んだのはアンチES論者ではありません。FESで捏造していると騒いだのは若山さん、遠藤さん、松崎さんですよ。若山さんが嘘をつき中身を入れ替えてることが我々の検証結果でばれてきているだけです。

和モガさんが早くから指摘していましたが、理研は問題点を知っています。

理研は竹市さんと野依さんが主張していたということを佐藤さんとDORAさんが公開資料で暴露したんです。彼ら二人の意見は通らなかった。だから今でも試料の出所が問題になっていて、Ooboe さんのパートナー氏が検察に調査依頼されているんです。

科学力で、理研はES説の問題点を書いたのです。

問題点を指摘したのは和モガさん、Ts.Markerさん、木星さん、DORAさん、アトモス部屋さん、Ooboeさんとパートナー氏ら私もあなたも含めてその他たくさんの一般人たちです。理研は自分では何も白状していませんよ。ただ、理事長が変わったので公開請求に対して以前とは態度が変わっていますね。

こうした読み方を、学とみ子は紹介してます。

そういう読み方は間違ってる。かつ、コンプライアス違反の容認思想です。

ES論なんて、まともな研究者が信じるわけないです。

それは文科省圧力の前には誰も何もいいませんから分かりませんね。だから無関係な一般人たちが解明してきたわけです。「まともな研究者」なる人々は何も手伝ってくれていませんよ。むしろスピン屋が暗躍している。私はあなたもそうでないかと疑義していますがね。

本物の学者は、桂報告書で、巧みに故意のES説を否定したと思います。

桂報告書を書いた学者が桂報告書で巧みに故意のES説を否定したと思います、ですって! そんなことをするのは違法行為です。ただ事実を報告するのが彼らの責務です。あなたの言う通りなら彼らは訴訟されないといけないでしょう。ただでさえ訴訟されるべきなのにそこにまだ罪を加えるのですか。

小保方氏がメスオスを渡されたかどうかも不明です。全て闇の中です。

渡されたマウスのオスメスは小保方さんが見たらすぐわかります。オスメスは見たらわかるんですよ。そして論文にちゃんとオスメス取り混ぜたと書いてある。

渡されたマウスがクローンだった説だってあるんだから、その場合は、マウスとES細胞は自由に同一遺伝子構成で相互に行き来します。

渡されたマウスが何のクローンなんですか。マウスとES細胞って何のマウスとES細胞なんですか。自由に同一遺伝子構成で何と何が相互に行き来するんですか。ちょっと説明不足ではないですか。全く理解できません。具体的にあり得るストーリーを説明してください。

そうした技術のある研究室で起きた事件です。

そうです。だから私はntES論を唱えているんです。

誰かが何かをしたのかの人為的な問題については、実験者は沈黙します。

若山さんや小保方さんや笹井さん、丹羽さん、西川さん、遠藤さん、吉村さん、岡部さん、太田さん、ヴァカンティさん、小島さん、大和さん等々たくさんの人たちがそれぞれ沈黙していませんから、相互の証言の矛盾から演繹結論を引き出してます。全部一般人たちの仕事です。

故意のすり替えたとか、入れ替えたとかは、他者にはわかりません。

分かるんです。

新規の実験では、意図しないミスも起きます。

勿論です。でも桂報告書の言っているミスはありません。あれは論理的に故意です。

調べた株での結果から、一般人読者はすべての推論をしないとならないのです。
出てきた情報だけで考えて行くしかありません。

私も含めて一般人はそうしていますよ。他にできることがないからですね。我々の見るところではあなたはその努力がたりないか、むしろ隠れアンチの意図的なスピンではないかと疑義している。

理研ですら、人為的な行為はわからないのですから、調査は、自然におきる現象に注目せざるをえません。

調査は科学的調査結果のみでなく事件の解釈を含みます。正しい評価が法によって要請されている。分からないことは分からないとしなければならない。憶測と決めつけの勝った間違った報告書であると我々はみています。再評価を求めますね。

年余にわたり、マウスの一塩基変異がどのような状況であるかを、桂報告書は丁寧に調べたのです。
そこに事件の鍵があると思ったのです。FES１のSNPの状態に疑問を感じたから、理研はさらに他の提出されたES細胞をいろいろと調べたと思います。

SNPs解析は遠藤論文がでたからやってみたということです。遠藤論文はたくさん間違っています。そもそもあの趣旨で論文を書くのなら別にSTAPのデータを使わずにちゃんとコントロールをとってウェトとドライと両方やって論文発表したらいいんです。小保方さんを陥れようという不純な動機があるからあんな論文になる。自然の謎を解きたいという真摯な研究心はありませんね。だからトリソミーでも間違える。自分でちゃんと実験した結果を分析したらその間違いには気づけるんです。公開データを調べただけですべてが分かるなんて科学として間違ってるでしょ。君は何時から捜査員になったのだと国民からは見られていますね。

ES派は、調べれば調べる程、ESねつ造を確定できると思ったのではないでしょうか？

何度も聞きますが「ES派」って具体的にだれのことですか。私には若山さん、遠藤さん、松崎さん等々の人にしか受け取れないけど。それならその通りでしょう。

STAP細胞がES細胞から作られたと言える場合は、どのような状態なのかを、桂報告書は示しました。

GLSのことですか。既に述べたようにGLSとGOF ESが元あったままであると仮定したら小保方さんがGOF ESを若山さんに渡したということになる。逆に若山さんが犯人なら若山さんがGOF ESの容器にGLSを詰め替えたということになります。何度も繰り返しますが和モガさんの言ってるようにこれはA=Bだと証明されただけでだから何だということを言うためにはその由来に関する別途証明が要るのだということです。桂報告書はそれを示していないのです。
そして私は若山さんが犯人だということを証明したことから、逆にサンプルは必ず入れ替えられていると結論している。あなたみたいに分からないなんて書いていませんよ。私が書いていることを否定してください。まず、若山さんはESを入れられたのが分からなかったと嘘をついている。まずこれを否定してください。そうするとサンプルは必ずしも入れ替えられているということにはならない。その作業はあなたがいつもお相手をしているため息ブログの面々と同じことをすることになるでしょう。だから私はあなたは彼らのお仲間であろうと疑義しているんです。

そして、理研は、他のES細胞の遺伝子状態を示すことで、若山研究室で年余にわたって飼育されているマウスの一塩基変異がどのくらいの頻度で起きるかを明かにしてしまいました。

マウスはほとんど調べられていないと思いますよ。若山さんが山梨に持ち出してしまっていますからね。調べられているほとんどは残された幹細胞と、市販のマウスです。唯一「僕のマウス」の両方の親の一匹づつだけが調べられている。結果129/Svは近交系を保っていないと判明した。岡部マウスは調べられていません。それとGOFマウスは理研にあるもので、若山さんが自家飼育していたものだということは明らかになっていない、この件に関しては今別途考察中です。

理研は、意図したそこの調査で、ES説の問題点を指摘したかったのだと思います。

繰り返しますが桂報告書は第三者調査です。真実だけを報告したらいいんで、余計なことをすると違法になります。ESコンタミだと結論しながら、本当はそうではないんだと裏で言うようなマッチポンプみたいなことを意図していたらアウトです。その時はESコンタミでは無いと書かなければなりません。

追記
一言居士さんの指摘について
＞SNPsというのは同一近交系マウスとして固定されている数万か所の一塩基性変異のことです。

SNPと呼べない一塩基変異を話題にしてます。細胞単位で偶発的にこれが起きても、広がるかどうかはわかりません。マウスは一個の細胞から増えて来るので、一塩基変異はマウス全体を構成します。培養細胞とは違います。

「SNPと呼べない一塩基変異」は培養変異でしょ。データ開示されている何万か所かのSNPs以外に新たにジャームライン上で発生したSNPのことですか。どちらの話かわかりませんが、後者なら、SNPs解析は既知の何万か所だけを調べてます。例えばB6と129のそれぞれの既知のSNPsだけを調べてどちらになっているかをグラフにしてある。それがピンクとグリーンとブルーのグラフです。新たに加わったわずかのものは調べられていないから関係しません。GLSに関してはB6だけですから既知のデータがほぼ全部一致してあったということです。ほぼというのは培養変異で消えている場合もあり得るからです。でもそれはわずかだから背景マウスの同定には関係しないんです。
近親率表は繰り返しますが「僕のマウス」の特に129が近交系を維持して無くてマウスコロニーにコンタミによる不均一がまだ残っているんです。20世代兄妹交配していると129ではないが曲りなりにでも近交系になります。もっと近い時期にマウスコンタミが生じているんです。その差もあるし、「僕のマウス」以外では129のX1とterの違い、更には自家繁殖させているGOFマウスのマウスコンタミも考えられるので、岡部マウスのB6と同じSNPsを維持しているかすら不明です。

一動物が獲得した塩基変異は、標準マウスの塩基と違います。これはSNPと呼ばないようですが、今の議論とは別問題です。SNPの定義とは離れ、若山研究室におけるマウスの一塩基変異を問題にしてます。

「一動物が獲得した塩基変異」はジャームラインに載ってきたんですから獲得されたと書かれているんでしょう。これは近交系マウス樹立時のデータ登録されているホモに固定されたSNPsではありませんが、一塩基変異という意味ではSNPsですね。定義の問題ですから新規分は登録外だからその近交系マウス特異的SNPsと呼ばないということなら、それはそのとおりでしょう。これが蓄積して増えてきたら、名前を変更して亜種として新たにそのSNPsを特異的SNPsとして登録し直すだけです。
「若山研究室におけるマウスの一塩基変異を問題にしてます。」ということに対する私の答えが、自家繁殖の過程でマウスコンタミがあって、近親率の違いの原因が特定できないというものです。

1. 2019/09/21(土) 10:53:36|
2. 一枚報告補記
4. | コメント:0