取り敢えずの調査結果ですね。
D1-(CAC)GG,(TGATT,CAA)TT,CTATG,GGAA(G,C)C(TTT,ACAAA,AA)CCA
D2-(CAC)AA,(TGATT,CAA)CT,GGAAG,AGGT(G,C)T(TTT,ACAAA,AA)GCT
TTATT,T(T)TCT,CCTCA,TCCTA,TGGCA,C(TGTG)-J1.1
TCCAT,A(T)TCG,AGTAT,CTGTA,TTCTG,A(TGTG)-J1.2
GGGGT,T(T)TGA,AGTGG,ACCCG,GGAGG,C(TGTG)-J1.3
GAAGT,T(T)TAC,CACCA,GGCTT,TAATG,T(TGTG)-J1.4
GGGAG,T(T)TGT,CACCC,TCATG,TTGTA,C(TGTG)-J1.5
TAGGT,T(T)TAC,CAAGG,CCACC,TGCAG,C(TGTG)-J1.6
GGGGC,T(C)CAT,TTCTG,ACTGG,AGGGG,T(TGTG)-J1.7
AAGAA,T(T)CTT,GGTAG,CCCTT,TTCTG,C(TGTG)-J2.1
GAGGT,T(T)GTG,CCAGC,ATTTCCAGGA,C(TGTG)-J2.2
TGAGT,T(T)TTG,TCCTG,AGCCT,GGAGG,C(TGTG)-J2.3
CCAGT,T(T)TTG,TCCTG,TACCA,AGAGG,C(TGTG)-J2.4
ATAGT,T(T)TTG,TGTTG,GGTTC,TGGGG,C(TGTG)-J2.5
CGGGT,T(T)CTC,TTGGG,AGTCA,CAGGG,T(TGTG)-J2.6
CGGGT,T(T)GTG,TGTGG,GGTTG,AGCCT,C(TGTG)-J2.7
実験が4Ｎキメラで行われていない理由は若山さんにあるということですね。誰が考えたって、ESのコンタミでなく、酸浴T細胞がキメラになったことを査読者に証明するに際して２ＮキメラのＴＣＲ再構成結果を示す人はいない。これって世紀の大発見のはずですね。どうやら若山さんだけは大したことでないと思ってるようです。世紀の大発見だと思ったら４Ｎキメラで厳密に調べますね。はは。論文は通ってもらったら困るんですね。きっと。
さてさて登場人物さんたちの話を聞いてみましょうかね。
- 2019/07/13(土) 08:42:33|
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どうやら以下はマウスのケースではなくヒトのケースのようですね。たまたま(Jβ2.4(62bp)***28bp***Jβ2.5(63bp))の間が短いからすぐ見つかるだろうと探したら無かったんですね。それと合計39bpないと変ですが28bpしかない。数え直したら35bpのようですが、いずれにしても足りない。従って以下はヒトの23RSSではないかと。
>>
HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 23bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
アルイミオウジ変態糞ジジイに頑張ってもらいましょう。その間、我々は釣りです。ひひひ。なにしろ、遊んで暮らしているもんで。
********************************************************
ちょっとど素人の手に負えませんが、まず認識の間違いから訂正しておきましょう。以下はそもそもこんな問題になると思ってなかったので大雑把に調べた結果で、各J、Dエクソンは長めにとっている。アルイミオウジ変態糞ジジイの紹介してくれた表の見方がよく分からなかった所為です。以下は忘れましょう。
>>
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp
では正しくはどうかというのは時間があったら調べて表にできますが、あの表ではグリーンに色付けされている部分をクリックすると分かるようになっていて、拡大すると赤のバーが出て、そこにこのエクソンのトリプレットコドンが区切り表示されていて、しかも対応する20種のアミノ酸の略号まで示されている。この部分が厳密なエクソン部分です。トリプレットですから必ず原則は3の倍数bpになる。(ならないのもある。)
我々ど素人の疑問は*ttp://crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.htmlの報告とその中の動画に出ている12/23ルール(トウェルヴ・トゥエンティスリー・ルール)がヒトのTCRの話なのか、マウスにも共通する話なのかという問題で、まずそこの説明にある以下の配列がマウスでは簡単には見つからないということと、この計算だとイントロン領域は最低でも7+23+9=39bp以上の長さが必要だが、とても短い場所がある。Jβ2.4とJβ2.5の間が一番短そうだ。
>>
HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 23bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
Jβ2.4とJβ2.5の間だけ調べた結果は以下です。８桁の数字は頭の核酸の位置です。
>>
Jβ2.4エクソン
41543362
AGT,CAA,AAC,ACC,TTG,TAC,TTT,GGT,GCG,GGC,ACC,CGA,CTA,TCG,GTG,CTA(3x16=48bp)
イントロン
41543411
GTAAGCTGGG
GTATAGTTTT
TGTGTTGGGT
TCTGGGGCTG
TG(42bp)
Jβ2.5エクソン
41543453
AAC,CAA,GAC,ACC,CAG,TAC,TTT,GGG,CCA,GGC,ACT,CGG,CTC,CTC,GTG,TTA(3x16=48bp)
この42bpのイントロンの中にマウスのRSSがあるはずなんですけどね。どうやらヒトの場合とは少し違うんでしょうね。イントロンの最後がTGTGになっていますが、これは各Jエクソンの上流直前の構造として共通だということは確認できました。また、更に19bpを隔てた先は必ずTだと分かっています。(J1.7のみはC、そもそもJ1.7があるんですね。)
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かなり専門的でウィキレヴェルでは太刀打ちできなくなってきましたので、ここはアルイミオウジ変態糞ジジイに任せて、我々は本来の考察に戻りましょう。では登場人物さんたちお願いします。
- 2019/07/09(火) 09:55:29|
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いまいち納得が行きませんでしたが、本庶さんの『ゲノムが語る生命像』を読み直していたらVDJ組み換えの説明にRAG1/2が出てましたからそこからネット検索で芋づる式に利根川さんの研究成果の説明を見つけて解決しましたね。
crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.html
切り取る場所はイントロンの中の特定の配列12RSS、23RSSと決まってるんですね。ランダムに切り取られるのではない。だからいろんな長さの断片は出来ないんですね。それを切り出す役目をRAG1/2が担っている。で、D2-J2.1の間にも切り取られる場所が一つあるんですね。だから前回の8バンドは正しいということです。GLとD2-J2.1は長さが違う。だからGLバンドとは別に出るということです。
中に二つ動画がある。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=27o1OOnO4YY
*ttps://www.youtube.com/watch?v=QTOBSFJWogE
最初ので疑問は解決しますね。D2-J2.1の間にもRAG1/2で切り取られる領域が一つある。
あるべき8バンドを再掲しておきましょう。今度は疑念無しです。
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe
やっと、Gel1,2の問題に入れますかね。どうなっていくのか、対話を聞いてみましょう。
- 2019/07/05(金) 16:41:02|
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取り敢えず、以下の理解ということにしとこうということですね。今一つ納得できませんがね。
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe
各セグメントとその間の距離は以下で、イントロンの中も切り取られ得るという解釈のようですが、そんなことが起こるのならバンドはもっと細切れに現れますよねえ。
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp
ただ571bpの中で切り取りがあるのだと解するより他にGLバンドとD2-J2.1バンドとが別々に表れてくる理由が分からないということのようです。まあ、とりあえずそういう理解にしておいて考えを前に進めようということらしいです。では、対話をどうぞ。
- 2019/07/04(木) 18:19:19|
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濃く出ている3本の線はGel2の2Ｎキメラのリアレンジメントがあった証拠と考えざるを得なくなりましたね。我々はこの実験時に白血球が入ったとみていますが、もしそうでないとしたら、我々のntES仮説は間違いであったということになるでしょうね。前々記事で既に小保方さんは太田ESを渡していないと証明している。ではなぜキメラができたのか。論理の導くところ本物であったということになる。
こうなると若山さんの罪は重大だということになってしまいますね。できているものを何らかの理由で隠し込み、人一人を自殺に追い込んだということになる。
我々の推論はSTAPキメラとは別の実験の結果に関して、リクルート上の理由で時間稼ぎのために小保方さんに対して罪もない嘘をついたことが事件の発端で、その後の経緯から最後までこの嘘を正直に説明する機会を失ってしまったことが事件の真相なのだというものですから、若山さんの小さな直接的な原因以外に周りの人々が欲得づくで動いたことが事件をこれほどまでに拡大したのだということになりますが、もしキメラが本当にできていたのに若山さんが中心になってその論文を取り下げたのだとしたら、これは刑法犯になりそうですよね。
ただ、そういうことを推測させるどんな証拠や情報も我々は持っていない。我々の選択すべき道は一応今の段階ではntES仮説以外には無い。仮にその道が行き止まりだったら、どの分かれ道まで戻ったらいいのでしょうかね。途方に暮れることになるでしょうね。
さて、登場人物たちは我々をどこに連れて行くのでしょうか。話を聞いてみましょうかね。
- 2019/07/02(火) 06:47:12|
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マウスのJ2セグメント数は蛋白質を作る働きとして存在しているのは6個のようです。5番目と6番目のセグメントの間にpseudogene segment(偽遺伝子)と呼ばれる配列があって、これは正常であったセグメントに突然変異でストップコドンが入ってしまったりして機能を失ったものです。TCR再構成の時には認識されるのでPCRにはかかってくる。従ってバンド数としては7本になる。例の九大の教科書は機能の話をしているので6個で正しいんですね。ただseudogene segment(偽遺伝子)の説明を省略しているだけです。
ではバンドの識別としてはどう表示するかというと、どうやら決まりが無くて、J2の1,2,3,4,5,6(=pseudogene segment),7と書く場合と、J2の1,2,3,4,5,pseudo,6と書く場合があって紛らわしい。
アルイミオウジ氏が最新で紹介している論文は以下です。
①The T cell receptor β enhancer promotes access and pairing of Dβ and Jβ gene segments during V(D)J recombination
*ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC263837/
ここではJ2の1,2,3,4,5,6(=pseudogene segment),7という書き方ですからJ2.7が出てくるんです。
同じグループの研究のようですが我々が見つけた論文がある。
②Control of V(D)J Recombinational Accessibility of the Dβ1 Gene Segment at the TCRβ Locus by a Germline Promoter
*ttps://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(00)80031-X
こちらではJ2の1,2,3,4,5,pseudo,6という書き方になっている。バンド数はあくまでも7個ですが、最後のセグメントナンバーはJ2.6になるんですね。紛らわしいですが、分かってしまえば大した問題ではないですね。そう思えばいいだけです。
問題はGLバンドの意味ですね。裏返すとGLとされているPCR産物のプライマーが何かということになるわけです。小保方さんは周知の如く、(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟みましたからね。GLはDβ2-Jβ2.6の間で一切の切り取りの無い配列ですね。つまり
D2-J2の123456(*GL)
の配列の断片産物ですね。ただし、このJ2.6の(5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)がpseudogene segmentのプライマーなのか、①の数え方ではJ2.7であるが②の数え方ではJ2.6であるセグメントのプライマーなのかはわかりません。常識的には後者ですけどね。
そこは誰も気づかなかったのかという我々の疑義に関係した問題です。
その問題と全く別にアルイミオウジ氏が誤読しているというか、よく読んでないことによるGLに関する誤解は別ですね。①②の論文ともにプライマーが複数使われていて、だから一番長い配列がGL になる。小保方さんはD2-J2.6で挟みましたからD2-J2.1という繋がりは何も切り取られていない配列でGLになるんですが、①②の論文はもう少し前ともう少し後ろで挟んでいる。だからGLバンドとD2-J2.1が別のバンドになっているんです。従って彼が以前どこかから持ってきたゲルの画像から類推して小保方さんの論文のリアレンジバンドを推定している図は間違いです。
- 2019/07/01(月) 18:54:08|
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