一言居士の独言

胎盤の問題に戻る前に学さん仮説の批判をしておこうということになったようですね。TCRに関してとても良いコントを頂きましたのでお礼の批判ですね。本当は一枚報告に向けて邁進すべきところですが、最後のご挨拶ということでしょうか。
ただTCRの件はほぼ理解が及んだ感じですが、Kahoの日記にあるコメントには先に触れて置きましょう。こちらはPCR検査ではない。
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・・・私はこのまっとうな意見に対して「調べる手段はあるよ」と思っていました．それが先程述べた”input”です．
このデータは50塩基ほどの断片なので，再構成されたDNA配列全体は分かりません．しかし，切り取られた配列がなくなるため，「再構成が起きたかどうか」は分かります．
ゲノム再構成とは染色体のある部分が編集されて短くなるので，DNA配列をみるとその部分がなくなってしまいます．
もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．
この解析を始めた時，私は軽い気持ちで，実験生物学をやっている人が見つけられないものでも自分ならすぐに分かるという軽い優越感を得ようとしていました．
しかし，結果は驚くべきものでした．
まず，CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます．しかしSTAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです．
これが私の解析が悪いせいなのかと思い，全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが，他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました．つまり，STAP細胞はT細胞由来ではなかったのです．
この段階で私は，この論文におけるT細胞の選別が非常に悪く，幹細胞が混ざっていたのではないかと推測しました．しかしそれは甘かったのです．
低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．これは，実験の手技が悪いとか，ミスであるとか，そういう話ではありません．
それもこの”input”の比較によって明らかになります．・・・


対象インプットデータは以下です。
>>
①SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG
③SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAG

①にはあるが②と③に見られないと言ってる。そして杜撰にも(STAP細胞，そして低pH環境下においたCD45+細胞)と言ってるが、STAP細胞なんて記載はどこにもないしそれに該当するものもない。あるのは酸浴細胞だけなので、これは③のSTAP幹細胞の誤植ではないかと推測される。また(低pHで処理するとT細胞はほとんどいなくなります．)と根拠もなく述べているところは杜撰な論理以前で、酸浴細胞にはT細胞が自分のやり方で見つからなかったから、いなくなるんだという根拠です。そして自分が見つけられなかったたった一つの事実を根拠に(ではなぜSTAP幹細胞ではTCR再構成が起きていることを証拠として提出しているのでしょうか．)と先に進んでいる。まず自分の結論が正しいのかということから確認しないといけない。しかも、STAP幹細胞でTCR再構成が確認されたなんてどこにも書かれていない。丹羽さんと笹井さんが外させている。書かれているのはSTAP細胞にはあるということだけだ。間抜けも極まってますね。そもそもが(もしSTAP細胞がT細胞からつくりだされたとすると，ES細胞，CD45+細胞，STAP細胞で比較するとES細胞に比べてCD45+細胞とSTAP細胞ではTCR領域のDNAが減っていることが期待されます．)という方法論はどこから来てるのかということですね。緻密さの欠落した論理ですね。

我々の論考ではCD45+細胞にはTCR再構成がPCRで確認されてましたね。STAP幹細胞のデータはありませんね。桂報告が隠蔽したままですね。ラボメンバーの実験ノートが確認されている。もっと情報があるはずですね。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが今はないと言ったから外させた。またキメラのPCR結果はありましたね。でもこれも実験が杜撰と判断して結論づけは早いから以後の確認報告とさせた。丹羽さんが外させたんでしたね。我々の結論はSTAP幹細胞は小保方核使用ntESですから、若山さんはCD45+細胞からドナー核を選んでいる。T細胞に当たっていなかった可能性が半分以上ありますね。キメラのPCR結果はリシピエント由来血液のコンタミと結論しています。

問題は酸浴細胞からTCRリアレンジメントが発見されなかったとしているところです。ゲルを見ればリアレンジメントがあるのは明確でしたね。方法論自体が杜撰なんだと思われますね。FI-SCでもたったひとつのマーカー蛋白の発現をもってTSだと断じた。頭の構造が杜撰なんですね。ひひひひ。

1. 2019/06/23(日) 09:59:27|
2. STAP事件
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なんとマウスのJ2の方が6個と判明したようです。7個と書かれているArticle Extended Data Figure 2-gの概念図はヒトのTCR遺伝子でした。どこまで続くぬかるみぞ。でも、とりあえず我々の認識の方は正しく修正しておきましょう。17通りですね。

01.D1-J1の123456-D2-J2の123456(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の123456(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の123456(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の123456(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の123456(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の123456(*GL)
07.D1-J2の123456
08.D1-J2の23456
09.D1-J2の3456
10.D1-J2の456
11.D1-J2の56
12.D1-J2の6
13.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
14.D1-J1の123456-D2-J2の3456(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の456(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の56(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の6(*リアレンジバンド)

さて、どういうことになって行ってるんでしょうかね。話を聞いてみましょう。

1. 2019/06/27(木) 08:03:43|
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ヒトは7個のはずですがね。教科書に書かれている。マウスが分かりませんね。ネットの情報は不確かのようです。他所のトゥイッターで何か調べられているようですから結論を待ちましょう。その間、小保方さんが太田ESを使ったなんてことは無いのだということを何度も蒸し返しておきましょうかね。登場人物さんたちお願いします。

1. 2019/06/30(日) 16:42:04|
2. STAP事件
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マウスのJ2セグメント数は蛋白質を作る働きとして存在しているのは6個のようです。5番目と6番目のセグメントの間にpseudogene segment(偽遺伝子)と呼ばれる配列があって、これは正常であったセグメントに突然変異でストップコドンが入ってしまったりして機能を失ったものです。TCR再構成の時には認識されるのでPCRにはかかってくる。従ってバンド数としては7本になる。例の九大の教科書は機能の話をしているので6個で正しいんですね。ただseudogene segment(偽遺伝子)の説明を省略しているだけです。

ではバンドの識別としてはどう表示するかというと、どうやら決まりが無くて、J2の1,2,3,4,5,6(=pseudogene segment),7と書く場合と、J2の1,2,3,4,5,pseudo,6と書く場合があって紛らわしい。

アルイミオウジ氏が最新で紹介している論文は以下です。
①The T cell receptor β enhancer promotes access and pairing of Dβ and Jβ gene segments during V(D)J recombination
*ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC263837/
ここではJ2の1,2,3,4,5,6(=pseudogene segment),7という書き方ですからJ2.7が出てくるんです。

同じグループの研究のようですが我々が見つけた論文がある。
②Control of V(D)J Recombinational Accessibility of the Dβ1 Gene Segment at the TCRβ Locus by a Germline Promoter
*ttps://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(00)80031-X
こちらではJ2の1,2,3,4,5,pseudo,6という書き方になっている。バンド数はあくまでも7個ですが、最後のセグメントナンバーはJ2.6になるんですね。紛らわしいですが、分かってしまえば大した問題ではないですね。そう思えばいいだけです。

問題はGLバンドの意味ですね。裏返すとGLとされているPCR産物のプライマーが何かということになるわけです。小保方さんは周知の如く、(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟みましたからね。GLはDβ2-Jβ2.6の間で一切の切り取りの無い配列ですね。つまり

D2-J2の123456(*GL)

の配列の断片産物ですね。ただし、このJ2.6の(5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)がpseudogene segmentのプライマーなのか、①の数え方ではJ2.7であるが②の数え方ではJ2.6であるセグメントのプライマーなのかはわかりません。常識的には後者ですけどね。

そこは誰も気づかなかったのかという我々の疑義に関係した問題です。

その問題と全く別にアルイミオウジ氏が誤読しているというか、よく読んでないことによるGLに関する誤解は別ですね。①②の論文ともにプライマーが複数使われていて、だから一番長い配列がGL になる。小保方さんはD2-J2.6で挟みましたからD2-J2.1という繋がりは何も切り取られていない配列でGLになるんですが、①②の論文はもう少し前ともう少し後ろで挟んでいる。だからGLバンドとD2-J2.1が別のバンドになっているんです。従って彼が以前どこかから持ってきたゲルの画像から類推して小保方さんの論文のリアレンジバンドを推定している図は間違いです。

1. 2019/07/01(月) 18:54:08|
2. STAP事件
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濃く出ている3本の線はGel2の2Ｎキメラのリアレンジメントがあった証拠と考えざるを得なくなりましたね。我々はこの実験時に白血球が入ったとみていますが、もしそうでないとしたら、我々のntES仮説は間違いであったということになるでしょうね。前々記事で既に小保方さんは太田ESを渡していないと証明している。ではなぜキメラができたのか。論理の導くところ本物であったということになる。
こうなると若山さんの罪は重大だということになってしまいますね。できているものを何らかの理由で隠し込み、人一人を自殺に追い込んだということになる。

我々の推論はSTAPキメラとは別の実験の結果に関して、リクルート上の理由で時間稼ぎのために小保方さんに対して罪もない嘘をついたことが事件の発端で、その後の経緯から最後までこの嘘を正直に説明する機会を失ってしまったことが事件の真相なのだというものですから、若山さんの小さな直接的な原因以外に周りの人々が欲得づくで動いたことが事件をこれほどまでに拡大したのだということになりますが、もしキメラが本当にできていたのに若山さんが中心になってその論文を取り下げたのだとしたら、これは刑法犯になりそうですよね。

ただ、そういうことを推測させるどんな証拠や情報も我々は持っていない。我々の選択すべき道は一応今の段階ではntES仮説以外には無い。仮にその道が行き止まりだったら、どの分かれ道まで戻ったらいいのでしょうかね。途方に暮れることになるでしょうね。

さて、登場人物たちは我々をどこに連れて行くのでしょうか。話を聞いてみましょうかね。

1. 2019/07/02(火) 06:47:12|
2. STAP事件
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