取り敢えず、以下の理解ということにしとこうということですね。今一つ納得できませんがね。
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe
各セグメントとその間の距離は以下で、イントロンの中も切り取られ得るという解釈のようですが、そんなことが起こるのならバンドはもっと細切れに現れますよねえ。
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp
ただ571bpの中で切り取りがあるのだと解するより他にGLバンドとD2-J2.1バンドとが別々に表れてくる理由が分からないということのようです。まあ、とりあえずそういう理解にしておいて考えを前に進めようということらしいです。では、対話をどうぞ。
- 2019/07/04(木) 18:19:19|
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いまいち納得が行きませんでしたが、本庶さんの『ゲノムが語る生命像』を読み直していたらVDJ組み換えの説明にRAG1/2が出てましたからそこからネット検索で芋づる式に利根川さんの研究成果の説明を見つけて解決しましたね。
crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.html
切り取る場所はイントロンの中の特定の配列12RSS、23RSSと決まってるんですね。ランダムに切り取られるのではない。だからいろんな長さの断片は出来ないんですね。それを切り出す役目をRAG1/2が担っている。で、D2-J2.1の間にも切り取られる場所が一つあるんですね。だから前回の8バンドは正しいということです。GLとD2-J2.1は長さが違う。だからGLバンドとは別に出るということです。
中に二つ動画がある。
*ttps://www.youtube.com/watch?v=27o1OOnO4YY
*ttps://www.youtube.com/watch?v=QTOBSFJWogE
最初ので疑問は解決しますね。D2-J2.1の間にもRAG1/2で切り取られる領域が一つある。
あるべき8バンドを再掲しておきましょう。今度は疑念無しです。
①Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLバンド)
②Ps-D2-J2の12345p6-Pe(GLと同じだが違いはD2-J2.1の中間部が切り取られて短くなっているもの)
③Ps-D2-J2の2345p6-Pe
④Ps-D2-J2の345p6-Pe
⑤Ps-D2-J2の45p6-Pe
⑥Ps-D2-J2の5p6-Pe
⑦Ps-D2-J2のp6-Pe
⑧Ps-D2-J2の6-Pe
やっと、Gel1,2の問題に入れますかね。どうなっていくのか、対話を聞いてみましょう。
- 2019/07/05(金) 16:41:02|
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どうやら以下はマウスのケースではなくヒトのケースのようですね。たまたま(Jβ2.4(62bp)***28bp***Jβ2.5(63bp))の間が短いからすぐ見つかるだろうと探したら無かったんですね。それと合計39bpないと変ですが28bpしかない。数え直したら35bpのようですが、いずれにしても足りない。従って以下はヒトの23RSSではないかと。
>>
HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 23bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
アルイミオウジ変態糞ジジイに頑張ってもらいましょう。その間、我々は釣りです。ひひひ。なにしろ、遊んで暮らしているもんで。
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ちょっとど素人の手に負えませんが、まず認識の間違いから訂正しておきましょう。以下はそもそもこんな問題になると思ってなかったので大雑把に調べた結果で、各J、Dエクソンは長めにとっている。アルイミオウジ変態糞ジジイの紹介してくれた表の見方がよく分からなかった所為です。以下は忘れましょう。
>>
Dβ2(17bp)-Jβ2.1(59bp)***571bp
Jβ2.1-Jβ2.2(60bp)***144bp
Jβ2.2-Jβ2.3(63bp)***201bp
Jβ2.3-Jβ2.4(62bp)***77bp
Jβ2.4-Jβ2.5(63bp)***28bp
Jβ2.5-Jβ2.6(56bp)***87bp
Jβ2.6-Jβ2.7(63bp)***154bp
では正しくはどうかというのは時間があったら調べて表にできますが、あの表ではグリーンに色付けされている部分をクリックすると分かるようになっていて、拡大すると赤のバーが出て、そこにこのエクソンのトリプレットコドンが区切り表示されていて、しかも対応する20種のアミノ酸の略号まで示されている。この部分が厳密なエクソン部分です。トリプレットですから必ず原則は3の倍数bpになる。(ならないのもある。)
我々ど素人の疑問は*ttp://crisp-bio.blog.jp/archives/8754896.htmlの報告とその中の動画に出ている12/23ルール(トウェルヴ・トゥエンティスリー・ルール)がヒトのTCRの話なのか、マウスにも共通する話なのかという問題で、まずそこの説明にある以下の配列がマウスでは簡単には見つからないということと、この計算だとイントロン領域は最低でも7+23+9=39bp以上の長さが必要だが、とても短い場所がある。Jβ2.4とJβ2.5の間が一番短そうだ。
>>
HEPTAMER(7bp) 5' CACAGTG 3'
SPACER(12 or 23bp)
NONAMER(9bp) 5' ACAAAAACC 3'
Jβ2.4とJβ2.5の間だけ調べた結果は以下です。８桁の数字は頭の核酸の位置です。
>>
Jβ2.4エクソン
41543362
AGT,CAA,AAC,ACC,TTG,TAC,TTT,GGT,GCG,GGC,ACC,CGA,CTA,TCG,GTG,CTA(3x16=48bp)
イントロン
41543411
GTAAGCTGGG
GTATAGTTTT
TGTGTTGGGT
TCTGGGGCTG
TG(42bp)
Jβ2.5エクソン
41543453
AAC,CAA,GAC,ACC,CAG,TAC,TTT,GGG,CCA,GGC,ACT,CGG,CTC,CTC,GTG,TTA(3x16=48bp)
この42bpのイントロンの中にマウスのRSSがあるはずなんですけどね。どうやらヒトの場合とは少し違うんでしょうね。イントロンの最後がTGTGになっていますが、これは各Jエクソンの上流直前の構造として共通だということは確認できました。また、更に19bpを隔てた先は必ずTだと分かっています。(J1.7のみはC、そもそもJ1.7があるんですね。)
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かなり専門的でウィキレヴェルでは太刀打ちできなくなってきましたので、ここはアルイミオウジ変態糞ジジイに任せて、我々は本来の考察に戻りましょう。では登場人物さんたちお願いします。
- 2019/07/09(火) 09:55:29|
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取り敢えずの調査結果ですね。
D1-(CAC)GG,(TGATT,CAA)TT,CTATG,GGAA(G,C)C(TTT,ACAAA,AA)CCA
D2-(CAC)AA,(TGATT,CAA)CT,GGAAG,AGGT(G,C)T(TTT,ACAAA,AA)GCT
TTATT,T(T)TCT,CCTCA,TCCTA,TGGCA,C(TGTG)-J1.1
TCCAT,A(T)TCG,AGTAT,CTGTA,TTCTG,A(TGTG)-J1.2
GGGGT,T(T)TGA,AGTGG,ACCCG,GGAGG,C(TGTG)-J1.3
GAAGT,T(T)TAC,CACCA,GGCTT,TAATG,T(TGTG)-J1.4
GGGAG,T(T)TGT,CACCC,TCATG,TTGTA,C(TGTG)-J1.5
TAGGT,T(T)TAC,CAAGG,CCACC,TGCAG,C(TGTG)-J1.6
GGGGC,T(C)CAT,TTCTG,ACTGG,AGGGG,T(TGTG)-J1.7
AAGAA,T(T)CTT,GGTAG,CCCTT,TTCTG,C(TGTG)-J2.1
GAGGT,T(T)GTG,CCAGC,ATTTCCAGGA,C(TGTG)-J2.2
TGAGT,T(T)TTG,TCCTG,AGCCT,GGAGG,C(TGTG)-J2.3
CCAGT,T(T)TTG,TCCTG,TACCA,AGAGG,C(TGTG)-J2.4
ATAGT,T(T)TTG,TGTTG,GGTTC,TGGGG,C(TGTG)-J2.5
CGGGT,T(T)CTC,TTGGG,AGTCA,CAGGG,T(TGTG)-J2.6
CGGGT,T(T)GTG,TGTGG,GGTTG,AGCCT,C(TGTG)-J2.7
実験が4Ｎキメラで行われていない理由は若山さんにあるということですね。誰が考えたって、ESのコンタミでなく、酸浴T細胞がキメラになったことを査読者に証明するに際して２ＮキメラのＴＣＲ再構成結果を示す人はいない。これって世紀の大発見のはずですね。どうやら若山さんだけは大したことでないと思ってるようです。世紀の大発見だと思ったら４Ｎキメラで厳密に調べますね。はは。論文は通ってもらったら困るんですね。きっと。
さてさて登場人物さんたちの話を聞いてみましょうかね。
- 2019/07/13(土) 08:42:33|
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