前回見つけたTGTGの配列はスプライシング因子の認識するマウスのイントロンの末尾配列なのかもしれないですね。多分調べると開始配列もあるかもしれない。それとRSSとの違いはどうなのか。アルイミオウジ変態糞ジジイには早く関係論文を見つけてきて欲しいものです。
いよいよ、Gel2の2ＮキメラのTCR再構成バンドがなんであるかの謎の検討ですね。ことと次第によっては我々の小保方細胞核使用ntES説は破綻するかもしれませんよ。ひひひひひ。その時は今まで別のルートで若山さんが犯人であると示されてきたたくさんの根拠をどう解釈し直したらよくなるのでしょうかね。その時はため息さんたちにでも解釈し直してもらいますかね。がはははははは。
- 2019/07/14(日) 18:54:41|
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まずはデータですね。
河本論文です。(*ttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/eji.200323461 Extensive proliferation of T cell lineage‐restricted progenitors in the thymus: an essential process for clonal expression of diverse T cell receptor β chains)
Figure3
Figure4
Figure3-B(拡大参考)
Figure3-C,D(拡大参考)
Charles E Whitehurst論文Figure3-D(*ttps://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(00)80031-X# Control of V(D)J Recombinational Accessibility of the Dβ1 Gene Segment at the TCRβ Locus by a Germline Promoter)
- 2019/07/18(木) 08:50:23|
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石井さんがそのままだったら問題なかったというGel1の並びは以下ですね。この4番のレーンが隣二つの酸浴細胞のポジコンとして小保方さんは気に入らなかったんですね。なぜならもう少しバンドのはっきり出ている別のレーンがあったからです。
Gel2の方に同じCD45+細胞が二つある。以下です。バンドがクリアに出てますよね。
ところが、小保方さんはこれを使わずに以下のを使った。これはでもCD45+ではなくてCD45+/CD3+ですね。
どうしてなのか。比較してみると以下です。GLバンドの薄いのを選んでいるようです。なぜなのかはわかりません。それから縮尺はご覧の通り全然違っているので引き延ばさないといけない。ここの石井報告の指摘はいいですよね。小保方さんは目的のためにはいけないと思ってない。小保方さんは縦方向だけに引き延ばしましたが、以下のはわかりやすいように縦横比そのままです。
以下が恐らくArticle Extended Data Figure 7-bにある129/Sv x B6GFPの20匹得られたキメラマウスの中の３匹でしょう。7-cでは９匹を選んでワイルドタイプも入れてジャームライントランスミッション実験をしていますね。子供を産ませるまでには50日ほど成長させなければならない。その後２０日掛けて出産させる。この時に若山さんが戻し交配で半分しかGFPが来なかったと小保方さんに言ったんですね。それを小保方さんはラベルに書き留めてこの時のSTAP細胞で作られているはずのFLSに+/-表示をしたんです。これが若山さんが「僕のマウス」であったはずという情報を小保方さんに刷り込んだ最初です。彼はこの頃に西川さんからTCRアドヴァイスを受けているんですね。そしてT細胞からの４Ｎキメラを小保方さんに作ってやらなかった。仕方なく、小保方さんは129/Sv x B6GFPと聞いていたこの時のキメラマウスを使ったんですね。何本かバンドが欠けていますね。それが今の問題です。
これがCharles E Whitehurst論文Figure3-Dで、ポリクローナルなT細胞検体をPCRに掛けたら本来出るべきバンドです。ここのGLバンドが薄い理由と小保方さんの上記選択と関係があるのかないのか。まだ分かっていません。
D2-J2.7の間の配列は以下です。
D2 (開始41542163～末端41542176 14bp)後続イントロン577bp
J2.1(開始41542754～末端41542803 50bp)後続イントロン153bp
J2.2(開始41542957～末端41543007 51bp)後続イントロン215bp
J2.3(開始41543223～末端41543271 49bp)後続イントロン90bp
J2.4(開始41543362～末端41543410 49bp)後続イントロン42bp
J2.5(開始41543453～末端41543501 49bp)後続イントロン96bp
J2.6(開始41543598～末端41543645 48bp)後続イントロン164bp
J2.7(開始41543810～末端41543856 47bp)
D2からJ2.7までをGLとした場合のリアレンジ断片の長さと、その比。(RSSがイントロンの両端にあると仮定した場合)
GL*****(1694bp)**100%
D2-J2.1(1117bp)***66%
D2-J2.2(*914bp)***54%
D2-J2.3(*648bp)***38%
D2-J2.4(*509bp)***30%
D2-J2.5(*418bp)***25%
D2-J2.6(*273bp)***16%
D2-J2.7(**61bp)****4%
関係レーンをすべて横並びにしてみたのが以下です。どれがどのバンドかがうかがわれますね。
登場人物さんたちお願いします。
- 2019/07/18(木) 17:21:40|
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これってなぜGLバンドが薄い、或いは無いのか。この論文はD1の上流にあるシス領域を欠如させてその働きを見るものですが、この条件ではD1-J1とD1-J2の結合が出来なくて、全部D2-J2の結合になる。だからGLが少ないもしくは無いんですね。小保方さんのGel1,2の実験はそういう条件ではないから、D1-J1結合しているものはD2－J2間のプライマーではGLとして現れる。一つ解決しました。この図はメジャーとして使えます。
我々の問題の本質は以下のバンド欠如です。
比較図です。
いよいよ本論ですね。登場人物さんたち、どうぞ。
- 2019/07/21(日) 09:52:38|
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いよいよ正念場のようです。分かりやすく図解しましょう。
縮尺の問題は石井調査で明らかになったようにゲルの物理的な特性があって理論的な対数関数ですべての範囲はカバーしてないんですね。分かりやすく例えると、一番下のバンドに集まる軽い断片はゲルによってはツーと滑っちゃうんですね。その前まではぐっとグリップしてたのに山道のドライブでカーブを攻めるときのタイヤのトラクションと同様に限界点でいきなり滑り始めますね。滑っている時は関数が壊れているんで滑る前のJ2.5とかJ2.pの間の距離を一致させてもそれ以前の関数縮尺とは合わないんですね。
あれこれと縮尺をいじってみますがDのメジャーに対してどれがどのバンドと明確には決められませんね。ただ、理論的にはGLとJβ2.6の間に1,2,3,4,5,pの6本のバンドがあるはずだとは分かっています。Gel2自体の全てのレーンは同一のgelですが、メジャーのgelとは違います。メジャーはきれいに理論通り出てますが、Gel2は6本分はきれいにはでてません。二つのバンドが1本に重なっているかもしれませんね。そこはど素人にはよくわからない。ただ、我々が問題にしているのは27レーンと28レーンの下から2番目の矢印の位置にあるべきバンドが無いということです。明確にありませんよね。サイエンスの第二レフェリーがas appears in at least some of these animals. とうめいた理由が我々にもわかりますね。これってホントにマウスのTCR再構成バンドなの?
もう一度Gel2の全体です。
マウスですよね。マウスのT細胞のリアレンジバンドです。我々のntES論だとバンドは最大2本しか出ない筈ですね。でも
27と28レーンは最低でも4本はある。我々はリシピエントの白血球の除去が不完全だっのではと一縷の望みをかけていましたが、そんなことはありませんね。リシピエントの白血球が混じっていたら8本全部出ます。ただ、もともと他のレーンで明らかなように8本は見えてませんね。間隔が狭くて1本に重なっているものもあるんでしょうね。でもそれどころでない問題がありますね。どのレーンにもある3本対になっている明確なバンドの1本がレーン27とレーン28には欠けているのです。
後は登場人物さんたちの検討に任せましょうかね。では。
- 2019/07/21(日) 18:55:07|
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