一言居士の独言

DNAラダーがなんであるか、やっとわかったようです。しかし、本質な問題はまだ解決していないようです。

①原理的に16通りある再編成断片が一体幾つのラダーを形成するのかという専門的知識。(各断片の重さの分類)
②キメラ胚に入れた多能性細胞のどれが、或いはどれとどれが例えば尾部組織になるのか。
③キメラ体細胞組織細胞採取の際に白血球を取り除く手法はあるのか。

さてさて、登場人物たちの考察検討はどうなっていくのでしょうねえ。

1. 2019/06/15(土) 12:26:03|
2. STAP事件
4. | コメント:11

①原理的に16通りある再編成断片

勘違いだったようですね。だんだんよくなる法華の太鼓。

>>
ドクター・ワトソン
DJリコンビネーションの結果残る断片は以下の19通りだ。その内小保方さんのプライマーで検出されるのは(*GL)と(*リアレンジバンド)の二種類で、バンド位置としては6か所だ。
>>
01.D1-J1の123456-D2-J2の1234567(*GL)
02.D1-J1の23456-D2-J2の1234567(*GL)
03.D1-J1の3456-D2-J2の1234567(*GL)
04.D1-J1の456-D2-J2の1234567(*GL)
05.D1-J1の56-D2-J2の1234567(*GL)
06.D1-J1の6-D2-J2の1234567(*GL)
07.D1-J2の1234567
08.D1-J2の234567
09.D1-J2の34567
10.D1-J2の4567
11.D1-J2の567
12.D1-J2の67
13.D1-J2の7
14.D1-J1の123456-D2-J2の234567(*リアレンジバンド)
15.D1-J1の123456-D2-J2の34567(*リアレンジバンド)
16.D1-J1の123456-D2-J2の4567(*リアレンジバンド)
17.D1-J1の123456-D2-J2の567(*リアレンジバンド)
18.D1-J1の123456-D2-J2の67(*リアレンジバンド)
19.D1-J1の123456-D2-J2の7

そうだったんですか。では対話を聞いてみましょう。

1. 2019/06/15(土) 19:39:50|
2. STAP事件
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結構な難関ですね。単純でない。今胎盤が光ったのかという問題の途中でTCR再構成の問題に迷い込んでいる。必要な多くの情報が隠し込まれてしまっていますね。政治的収拾を図ろうとする目的で書かれている報告書ですから、事実を解明して国民に報告しようという素直な健全な民主的精神が欠落しているんですね。事件解明の仕事の前に、情報隠蔽が行われているわけですから、我々の仕事が難しくなるのは当たり前です。しかし、便所の落書きにとって、むつかしい問題ほど面白くてやめられませんね。ははは。退屈しのぎに格好の題材です。我こそはと思う人たちは増えこそすれ居なくなることはないでしょうね。では、退屈な登場人物たちの対話を聞いてみることにしましょう。

1. 2019/06/20(木) 07:17:22|
2. STAP事件
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キメラを作った犯人が居るんですね。キメラは出来ていますからね。

①2011年の11月に小保方さんが太田ESを渡して若山さんに捏造させた。(桂報告書調査結果)
②2011年の11月に若山さんが小保方酸浴細胞の核をクローン胚に入れてntESにし、その性質を見るという別の実験でキメラを作ったが、リクルート上の理由から小保方さん引き留めのために、できたよとだけ言ったことが、事件の発端。(手記の記載に基づく我々の推理)
③2011年の11月に若山さんが小保方細胞のナイフ切り分け移植をしたことが原因でキメラができた。(論文主張、ある派)

(A)使われた細胞は脾臓由来白血球であったので、後に西川氏のアドヴァイスに従って2012年4月以降にTCR再構成検証実験が行われた。白血球はその分化抗原であるCD45によってFACS選別されものと、更に中でもT細胞分化抗原であるCD90もしくはCD3によって選別されたもの3種類が使われ、酸浴前と酸浴後の細胞群でPCR確認された。論文にはArticle Figure 1-i及びExtended Data Figure 2-gに示されている。前者に関しては事件後に笹井さんと小保方さんの連名でGel1とGel2が提出され、当時の実験結果写真であると確認され、この2枚の中から選んで画像構成された図表と分かったが、後者に関してはデータの由来調査されていない。

(B)STAP幹細胞に関しては手記の記載と調査結果を総合する限り、まずラボのメンバーが担当しTCR再構成が8株のうち2株にあるというラボ内で報告を受けて小保方さんがラボ内で報告したが、コントロールの無い実験で不正確な検査だった。幹細胞株を外部にも公開するということになって自分でやり直したところTCR再構成が無かったので、丹羽さんがこれらの幹細胞にはTCR再構成が無いと書いた。

(C)キメラに関してはGel2と特許20図に検査結果があるが、全く調査されなかった。

(D)TCR再構成バンドは理論的には6か所に出るはずであるが、分子量の絶対値が分からないので近い重さのものが1本に見えてしまうのか否かはどこにも解説されていない。更に実験のミスもあり得るようで、6本以上の場所にバンドが見えているものもある。この説明もどこにも見当たらない。ただゲル2の5番と6番目の罫線の間に見えている明確な3本のバンドがリアレンジバンドであるらしいことは、小保方さんがそのバンドにコントロールを合わせようとして不正認定されたことから推定できるし、素人目にもこれがリアレンジバンドでなければどこにそんなものが現れ得るのかと判断される。残りの2本がどうなのかはどの報告書も説明していない。

(結論)
1.この明確な3本のバンドに関してのみ言えば、濃淡を別にすると以下のゲル1の④から⑭まで全部出ているが⑦が特に薄いのと④⑤⑥が比較的濃く出ている。小保方さんはこれを使ったが、④の3本の明確なバンドを強調するためにGel2の⑯とこれを差し替えた。こちらはゲル1よりもっと濃く出でいたからである。後に石川氏が②③④⑤⑥をそのまま使ってたら問題なかったと言っている通りである。それはお作法という教育上の不正指摘だったということになる。

Gel1
①DNA ladder
②ES Cell
③Fibroblast
④CD45+ cells
⑤Sorted-Oct4+ 1
⑥Sorted-Oct4+ 2
⑦Sorted-Oct4+ 3
⑧Sorted-Oct4+ 4
⑨Sorted-Oct4+ 5
⑩Sorted-Oct4+ 6
⑪STAP cluster 1
⑫STAP cluster 2
⑬STAP cluster 3
⑭STAP cluster 4

Gel2
⑮DNA ladder
⑯CD45+/CD3+ 1(100ng)
⑰CD45+/CD3+ 1'(50ng)
⑱CD45+/CD3+ 2(100ng)
⑲CD45+/CD3+ 2 (50ng)
⑳CD45+ 1
㉑CD45+ 2
㉒CD45+/CD90+
㉓CD45+/CD90+
㉔CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉕CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉖CD90 STAP1(Sorted-Oct4/<後ろ不明>
㉗2N chimera 1(CD45 STAP)
㉘2N chimera 2(CD45 STAP)
㉙2N chimera 3(CD45 STAP)

2.ここでGel1の⑤⑥⑦⑧⑨⑩のSorted-Oct4+ と⑪⑫⑬⑭のSTAP clusterの違いを説明した報告もない。Gel1はすべてCD45選別細胞だと思われる。Sorted-Oct4+は酸浴後にGFP蛋白質を発現している細胞をFACS選別しているのだと思われるが、ではSTAP clusterは何かと考えるとただ単に形態的にスフィア塊形成しているものではないかと推測される。
GOFマウスの脾臓細胞由来のCD45+細胞はT細胞以外も含む。Oct4-GFPで選別することによって生き残ってGFP蛍光している細胞の中にT細胞が含まれているかどうかが分かる。結果はT細胞が含まれていたということが分かった。
⑪⑫⑬⑭はCAGマウス、つまりF1マウスが使われているSTAP cluster　ではないかとも推測される。この場合は恒常的なGFPなので選別が利かないので形態判断で選別したものにT細胞が含まれているか否かを確認して、結果はあったということになる。そう考えると、これは別にF1でなくても行える実験で、Sorted-Oct4+ 選別される前の酸浴スフィア塊であるかもしれない。

3.STAP幹細胞の実験結果は桂報告書は公表していない。関与したラボメンバーの実験ノートに関しては触れているのでデータは残されているはずだが、FLSであろうと思われる8株に関しては、小保方さんのリバイズ中の後の検証後に無いと分かっていたので、長期培養の所為で消えたと笹井さんも丹羽さんも判断したことになる。キメラはGel2であったことになっている。その思い込みが二人にある。

4.しかし、そのPCR検査がどうもしっかりしたものでないということは両氏が気づいていたことで、特に丹羽さんはTCR再構成検査結果は論文に入れない方がいいとアドヴィスした。その結果、論文の中で、STAP細胞とキメラマウスの尻尾を調べたと書かれていた本文に関して、その結果報告からキメラの分が削除されて、妙な論旨構成になってしまった。キメラマウスに関してPCR検査がなされたことはGel2と特許20図が証明している。結果を記さなかったのは丹羽さんの判断で、後にもっと厳密な実験をしてから正確な報告をした方がいいという判断で、キメラが出来ていることを疑っているのではない。疑ったらその時に言ってる。
何がキメラになったかのかは分からないというのが当時の笹井さんと丹羽さんの判断で、キメラ自体は出来ているのだから、細胞の追跡は後の論文で報告したらいいとう判断である。

5.何がキメラになったのかは分からない。その判断は正しかった。つまりそれが以下の問題を生み出しているのである。

①2011年の11月に小保方さんが太田ESを渡して若山さんに捏造させた。(桂報告書調査結果)
②2011年の11月に若山さんが小保方酸浴細胞の核をクローン胚に入れてntESにし、その性質を見るという別の実験でキメラを作ったが、リクルート上の理由から小保方さん引き留めのために、できたよとだけ言ったことが、事件の発端。(手記の記載に基づく我々の推理)
③2011年の11月に若山さんが小保方細胞のナイフ切り分け移植をしたことが原因でキメラができた。(論文主張、ある派)


6.
a.2011年11月にキメラができた時幹細胞もできた。小保方さんができないといってたので、自分がやってみたらできたと若山さんは証言している。できないことをまず確認してから自分の手技を試すのであるから、まず小保方さんの渡した太田ESを通常培地で培養したらできなかったから、自分の手技を使ったのであろう。太田ESは通常のES培地で増殖するから、小保方さんが渡した細胞は太田ESではない。まさか、いきなりできないことを確認もせずに何か別のことをやったのであろうか。あり得ないことだ。
b.太田ESと白血球はそもそも大きさが違う。白血球は体細胞の中で一番小さい細胞で、インナーセルマスより断然小さい。インジェクトするときにすぐわかる。楠本さんがガンバレで比較写真をアップしてくれている。
c.小保方さんは学生のくれたGOF-ESを持っているのでテラトーマを捏造するならそれを使う。太田ESを使う理由がない。
d.テラトーマをESで捏造すると簡単にできるので、体細胞なんかを切り出してくるなんてありえない。これを説明し得るのは我々のntES論だけで、リシピエントのテラトーマが混じっているだけだ。


最初のキメラ成功時に捏造が発生している。

さてさて、登場人物たちの討論は続きます。興味深々ですね。

1. 2019/06/21(金) 08:58:45|
2. STAP事件
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ありゃまあーーーー。消費税問題にまで飛び火しちゃいそうですね。ははははは。財務省は消費税率を上げたらその分増収するという予算を組めるんで特別会計に予算を流せるんですね。実質税収は減っても関係ないんですね。裏に回してしまえばあとの配分はどうにでもなる。あっちからこっちこっちからあっちですね。死人の分の着服等はあっても年金事業団に積み立てられていた250兆近かった積立金はバブルの崩壊ですさまじい含み損失を出していて、中国の鬼城と同じなんですね。銀行は大問題になったが、年金事業団のバブル損失は誰も彼も口を拭ってしまった。三重野の罪は重大だったんですね。政策の失敗です。地頭が悪いんですね。知恵の出ない秀才っていますな。本物じゃないんだな。その会計処理でGDP成長率横ばいで30年近くもかかったということですね。財政赤字はどれだけ出ても輪転機回せるから関係ないんですね。今、表面上の財政赤字はゼロになってる。インフレ税なんだけど、インフレになってないから実現してないだけで、なった時にマネーの減価が起きる。今の状況では理論的には2,3割の減価になるでしょうね。大したことはないと言えば大したことはない。一応経済実力のある国ですからね。こういうバブル損失というのは誰かが儲けて誰かが損した。銀行に預けていた人は国が救済した。年金は含み赤字をそのままにして裏で30年かけて消している。これって結果的にはマネーを増やして帳尻を合わせただけですね。将来の生産物に関する分配権を移動調整しているだけなんですね。年金の支給が減った受給者たちの分はバブルで土地を売り抜けて儲けた人の分配権になってる。年金事業団の箱モノに天下った役人の給与退職金はそこの含み赤になっていて、受給者の分配権を盗んだことになってるんですね。天下りというのは皆その類です。

問題は将来の生産物の生産を保証している生産財という実物貯蓄ですね。たとえて言えば、1人の若い人で5人の年寄りのコメが生産できているのは年寄りたちが将来のために耕運機を造って機械力の形で貯蓄しているからですね。こちらの実物資産の将来の形が今問題になってる。車では食えなくなる時代が来たらその生産ラインは使えなくなる。新しい分野に更新していかないといけないんですね。ヴィジョンの無い経営者や役人では無理ですね。本当に頭のいい奴が求められている。

ははははは。STAP問題なんて、実はどうでもいいような問題ですよね。でも、退屈なんで、登場人物たちは議論をやめないでしょうね。さてさて、どうなることやら。

1. 2019/06/21(金) 11:09:39|
2. STAP事件
4. | コメント:66