一言居士の独言

>>学さん
>とどいてませんか？

小保方さん、挟む場所間違えたと? Vで挟まないといけないの? 泥縄努力過程でもちと気になってたことではあるんですけど。ちょっと考えてみます。
お礼に、英文特許、[00429]に4Nの尻尾がある。以上です。ちと休みます。


>>学さん
>2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント、読めたかどうかのお返事だけください。

<2019/5/31(金) 午後 5:15の学とみ子からの数コメント>は届いていません。以上です。


[0本1]
>>学さん
頂いた情報で、吉村さんの説明は以下でした。私がお聞きしているのは"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのかということです。90%は何ですかと問うています。端的にご教授願いたいです。
>>
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。

[0本2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述していますよね。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めません、ご教授いただきたい。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。


>>学さん
>今朝のLコメント見てください。とても重要なコメントいただきました。

そこに同じ質問をしましたので是非アップしてください。お願いします。これが分からないと重要か間違ってるかすら判断できません。以上です。


[質問1]
>>Lさん
学さんから頂いた情報で、吉村さんのコメントは以下でしたが、"理論的"に 0本になるケース(GLすらないケース)がどういう場合なのか。90%は何であるかについてご教授願えませんか。
>>
*ttps://blog.miraikan.jst.go.jp/topics/20140317stap-2.html
理論的な組み合わせは相当数ありますが、実験的にはD2J2のプライマーで検出されるGLをもつT細胞は10%程度ではないかと言われています。もし１個のT細胞がマウスになったとすると、可能性としてはGLもしくは組み換えの１本のみ、GLと組み換えの２本、組み換えの２本、あるいは全く検出できない、となります。

[質問2]
今の私の理解では理論的にGLが無いケースはありえませんが、現に二つも事例があるのですし、吉村さんは90%もあるとおっしゃってるのですから、私の理解が間違ってるに決まっています。私の理解は以下の通り既述しています。こんな大事なところで理解が間違っていては先に進めませんので困っています。ご教授いただけませんか。以上です。
>>
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。

1. 2019/06/02(日) 08:14:57|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[配慮1]
>>学さん
「議論のためのスペース用です」に私の"あのね"さんへの回答である<学さんこっちでやれと言う意味ですね1～6>がアップされている。ここで私が間を置かずに連続投稿して書き込み禁止になったものですから、ひとつ前の「特殊人たちが集まっている事が示せて、何らかの意味はあったかと思います。 」に<学さんこっちでやれと言う意味ですね7～14>を書き込んだ後、<どのように考えるか1,2>を送りました。後者はアップされて今の議論に繋がっているんですが、前者はアップされていませんので、"あのね"さんや、"おそまつ"さんは僕からの直接的もしくは間接的表現であれ、返事を受け取れていません。御多忙でしょうが、急ぎませんのでアップしていただけるとありがたいです。僕のコメントは最後に必ず"以上です"と入りますから、それが無いときは終わってないということです。連番が欠けていてもアップが無いとわかるはずです。

[配慮2]
先生が女性らしい御配慮でもコメントを取捨選択なさっておられるのはわかってますが、私には私の書き込みに関するポリシーがあるんです。私のためにご配慮いだだく必要はありません。書き込みによる自分自身への影響は自己責任と自覚しています。無論ブログ主ですので、取捨選択はご自由で、それが気に入らないコメンテーターはここに来なければいいという選択肢があることも分かっております。

[配慮3]
さて本論ですが、「議論のためのスペース用です」にLさんの新しい書き込みがあったということですね。私は学さんへの回答と自分のコメントのアップに注意を取られていて気づいていませんでした。
>>
吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。

[配慮4]
私のTCR再構成に関する理解はに書いていますから、私の理解の程度はご存じのはずなので、私の泥縄の理解レヴェルに合わせてご説明願いたいです。

①吉村先生は、・・・

この情報知りません。出典教えていただきたい。

②T細胞が1個、キメラに入ると・・・

キメラ胚に一個のT細胞STAPを入れてキメラを作製したと仮定した時という意味ですか、それとも実際にそういうことをして検証されている論文がある話なんですか?

[配慮4]
③D2J2で検出されるのは、・・・

PCRで最終的に再構成された遺伝子断片を検出した時という意味ですか? アーティクルのマテメソにある二つのプライマーで探している部位のことですね。
>>
PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination.

[配慮5]
④0本から2本といっていますね。

PCR産物をゲルに流したときに現れる線が0から2本という意味ですか? 僕はここが理解できませんから、知識に欠如があるんですね。ご指導願います。
因みに私の理解は一個のT細胞由来STAP細胞移植キメラが作られていたとして、そのキメラのドナー細胞由来部分の体細胞をPCRにかけた場合、そのT細胞が受容体再構成を受けていないものだったら、増幅されたPCR産物はGLラインに集まってきて、1本の線が現れる、また、再構成を受けていたT 細胞であった場合は下に下がるほど徐々に短くなって軽くなったものが集まる仕組みのラダーのどこか一種類の線の場所に集まるというものですから、無論、1本現れるというものです。

[配慮6]
0本になる場合というのは検体細胞のDNA混合液の中に(Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′)で挟まれている配列が存在し無いないことを意味するので、こんなことは普通ありません。
<0本から2本>の意味が「0か、長いか、短いかの三通りだ」という意味なら分かりますが、出典を確認していないのでそこもよく分かりません。

⑤D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います

上述の通り、私の泥縄理解ではそれはD2J2領域、もしくはD2、J2のプライマー部位のどちらかが欠失している細胞のDNAだということになる。

[配慮7]
⑥Lさんはゲル２レーン27,28のレーンの形がT細胞と比べて形がおかしいと言っていますが、可能性としては、2-3個のT細胞がキメラに入ったのかもしれないといってますね。このゲル部分のDNA解析を勧めています。

これは特許図の話ではありませんし、15-29という一部しかないものですから何とも言えませんね。第一僕の理解を先に修正しないと、間違った理解の頭でこんな話はできません。以上です。ご指導下されたし。私のブログの件はもう少し待ってください。

[病院帰り1]
行き帰りの運転中に考えて分かりました。T細胞の受容体再編成は相同染色体上の片方だけに起こるんでしたね。1本の場合は再構成の起きてないT細胞、2本が再構成を起こしているT 細胞ですね。GLと別にもう1ラインですね。0本は分からないままです。以上です。

［0本の意味と特許20図1]
>>学さん

Lさんの書き込みの特許図に関してのコメントについてのみ事実指摘します。

>特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。
なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。

［0本の意味と特許20図2]
Lさんは血液細胞が入ったことを認めておられますね。
>
特許図については、キメラマウスの尾組織からのDNA解析であれば、#6-#9のテンプレート量が多いと思われるサンプルで見られる微かなバンドは、コンタミした血液中のT細胞由来で良いと思います。

［0本の意味と特許20図3]
学さんも英語版お持ちでないようですのでURL貼っておきます。
*ttp://kanda-ip.jp/wp-content/uploads/2014/01/id00000022883817.pdf

>しかし、これがキメラマウスの脾臓から再度STAP細胞塊を作って抽出したDNAであるならば、理解不能なデータです。「２Nキメラ由来SAC」というのがどういうサンプルなのか、詳細が分からないと何とも言えないです。「SAC由来２Nキメラ 」の間違いではないか、とも思ったりはします。

確認されればお分かりのように、事実はLさんの推測通りですね。翻訳が雑なだけです。Lさんも英語版を読まれてないんですね。

［0本の意味と特許20図4]
私の前回のコメントは以下です。
>>
[TCRの件24]
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。

［0本の意味と特許20図5]
>なお、この図で一番問題なのは#1と思われ、捏造の可能性を疑います。サンプルを取り違えた可能性、とも言えなくもないですが、いずれにせよ問題です。

問題はここですね。#1にGLバンドがない。私も相同染色体の片方のことをうっかりしていましたが、GLバンドのない細胞は正常の細胞ではあり得ないんですね。これはArticle Extended Data Figure　2-gの　も同じでしたね。

［0本の意味と特許20図6]
このことに関する私のコメントは以下です。ただし、この時点では相同染色体の片方の存在を失念している。でも無いという意味では同じです。無いということはこのケースで正常な細胞で正常な検査をやってればあり得ないと思います。

［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件10]
(Extended Data Fig. 2g)の方はどうかというとTcell STAP #1にはあるが、#2にはバンドが何もない。つまりベータ鎖部分のDNAが分解されてしまっている細胞群ということになりますね。どんな細胞であれ、再構成されていないときにはGLに溜ってこないといけないですね。再構成されて短くなった奴の長さの順番にラダーができる。一番短い奴が最下段にまでひっぱられる。検体は(本文)によればですよね。でも検体は同時にです。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。遺伝子であったらDNAは全部分解されているわけではない。するとベータ鎖部分だけが分解してしまったということになる。もし残存蛋白質なら死細胞自体のDNAが全部分解されてしまっている集団だったのかもしれない。なぜラダーが何にもないのかの説明は書かれていませんから読み手には分かりませんね。理解はそこで止まります。

［0本の意味と特許20図6]
>>
[TCRの件14]タイトル連番抜けたので再送です
対して(本文)のという書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。

［0本の意味と特許20図7]
ここに吉村さんの出典の分からないコメントが関係している。

>吉村先生は、T細胞が1個、キメラに入るとD2J2で検出されるのは、0本から2本といっていますね。D2J2で検出できない部分で再構成が起きると、バンドは出ないだろうと思います。

吉村さんの<0本>の意味も、という学さんのコメントの意味も私には分からない。教えてください。以上です。

1. 2019/06/02(日) 08:09:32|
2. 学さんブログ検討記録
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[組織由来別STAP細胞キメラ1]
>>学さん
>学とみ子的には、組織由来別のSTAP出てきた時点で、その度に核移植細胞を作ってたら大変じゃあないのかな？

学さんには必要ないとは思いますがntESの作成手順は以下ですね。作るのはお手の物ですよ。STAP実験とは別に自分たちが毎日やってる実験です。
①リシピエント卵を徐核し、ドナー核をインジェクトしてクローン胚を作る。
②クローン胚を仮親の子宮に入れて発生させる。このクローンマウスの達成率は数%と言われている。
③達成率向上手段として、このクローン胚を胚盤胞期まで培養して正常に成長したもののいくつかのインナーセルマスを取り出してES培養する。この時のntESの樹立率は20%程度だと言われている。
④このntESの4Nキメラを作って近似クローンとし、生殖細胞を採取して畜産応用技術とする。

[組織由来別STAP細胞キメラ2]
全ての準備がされている段階からのスタートだと、胚盤胞期というのはE4ですから、ntES作成にかかる日数は4日です。培養確認も行えば、1週間は普通のキメラ出産まで余計にかかる。私が[応答5-追伸]に<他の実験で作られたキメラである可能性もある。>と書いているのはそのためです。もっとも生まれてから相当日数経過してから渡せば小保方さんは気づけませんけどね。私の仮説では小保方さんに論文を書かせるまでは若山さんは小保方さんをヴァカンティの手から奪えないので、論文を書かせるために渡している試料です。できるだけリジェクトされるように書いてもらわないといけませんからね。

[組織由来別STAP細胞キメラ3]
再掲
[応答5-追伸]
行われていたのなら、どうやってそんな論旨に不都合なキメラ率の悪いキメラを渡したのでしょうかね。ntESにしたら達成率の悪さは別にして普通にキメラはできます。肝臓由来STAPキメラがたまたま肝臓にのみしか行ってないほどのキメラ率の低いキメラや、皮膚由来STAPキメラが皮膚に多くキメラ形成しているようなキメラを渡すというのはおかしな話で、Article Figure 4-dのようになんにでも分散してキメラが入っているサンプルを選択できなかったというのも変ですね。他の実験で作られたキメラである可能性もある。若山さんは論文が通ってもらっては困るんですね。特許も同じです。通ってもらっては困る。若山さんの真の目的はただ小保方さんをヴァカンティに縛り付けている条件である"論文を書"かせて、彼女をヴァカンティの許から解放して、山梨大に連れていくことだけだったんです。

[組織由来別STAP細胞キメラ4]
<引っ越し配慮で、お願いします>とおっしゃるわりに質問があるのでその意味を図りかねますが、僕はこのSTAP細胞核移植ntESを作る具体的な作業過程でTSR再構成された細胞にぶち当たる確率に関してご教示願っておきたいんですが。以上です。


[どのように考えるか1]
>>学さん
>私がTCRを話題にしていても、STAP派の方からコメントがないのですが、どのように考えますか？

私の場合は異論がないからです。ただし私は小保方細胞核使用ntES由来キメラとして考えて、という意味です。

[どのように考えるか2]
>そこにあるキメラ尻尾のTCRは、なぜ、皆さん騒がないのでしょうか？ES派は、なんらかの秘密を共有していて気づかないふりをしているのではないか？（ホントに知らない可能性もありますが・・・）

私はエクセル原稿を貼りつけて連続送信するものですからスパム認識されて書き込み禁止になってしまうようです。一旦そうなってしまうとそこにはもう入れません。この場所で論じるのが適当でない場合は議論用の2を作っていただけるとそこでお答えします。しばらく待ちます。以上です。

[TCRの件1]
>>学さん
>そこにあるキメラ尻尾のTCRは、なぜ、皆さん騒がないのでしょうか？

過去に一度議論されているまま、分からないことが多すぎて中途半端に放置されれているからです。あたなも僕がntESであったとしたらこの結果をどう解釈てきますかと問うているのにまだ答えて下さっていない。ここで問題提起しましょう。

[TCRの件2]
まずアーティクル論文はご承知の通り、以下です。
>>
(本文)
In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+ cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells.

[TCRの件3]
(Fig. 1i)
i, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene. GL is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons. Negative controls, lanes 1, 2; positive controls, lane 3; FACS-sorted Oct4-GFP+ cells (two independent preparations on day 7), lanes 4, 5.

[TCRの件4]
(Extended Data Fig. 2e–g)
e, Schematic of Tcrb gene rearrangement. f, T-cell-derived STAP cells. Scale bar, 100 μm.

[TCRの件5]
g, Genomic PCR analysis of (D)J recombination at the Tcrb gene of T-cell-derived STAP cells. G.L. is the size of the non-rearranged germline type, whereas the smaller ladders correspond to the alternative rearrangements of J exons (confirmed by sequencing). Negative controls (ES cells), positive controls (lymphocytes) and T-cell-derived STAP (two independent preparations on d7) are indicated.

[TCRの件6]
(マテメソ)
TCR-β chain gene rearrangement analysis
Genomic DNA was extracted from STAP cells and tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells. PCR was performed with 50 ng DNA using the following primers (Dβ2: 5′-GCACCTGTGGGGAAGAAACT-3′ and Jβ2.6: 5′-TGAGAGCTGTCTCCTACTATCGATT-3′) that amplify the regions of the (D)J recombination.

[TCRの件7]
The PCR products were subjected to gel electrophoresis in Tris-acetate-EDTA buffer with 1.6% agarose and visualized by staining with ethidium bromide. PCR bands from STAP cells were subjected to sequencing analysis and identified as rearranged genomic fragments of the (D)J recombination.

[TCRの件8]
(マテメソ)には二種の細胞で確認されたと書かれている。
①STAP cells
② tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells.

①はどういう細胞かというと(本文)に書かれているようにを酸浴させてになって蛍光している細胞ですね。再構成を受けている細胞がたまたま全部死滅しない限りは<①STAP cells>のPCR検査結果は陽性になるに決まっていますね。そもそも確率的にある程度高く残るのでなければ西川さんのアドヴァイス自体が細胞追跡法としてそんなに良い方法ではないわけです。西川さんはとてもたくさん光ってるから再構成細胞もたくさん入っていると大まかに考えている。

[TCRの件9]
そしてこの(Fig. 1i)のレーン表示に白線を入れるというお作法上の問題があって石井調査チームによって不正とされた。これは定量ではなくてあるかないかの定性検査なのだからそんなお作法は無いという認識だったというのが小保方さんの弁明ですね。これはサイエンスの査読でも注意されていただろうとも騒がれましたが、意識してなかったと言ってますね。石井さん自身が昔同じことしていて、当時は問題なかったようですね。でも委員を辞任しましたね。科学的事実認識としてはどうでもいい話ですね。再構成はあったということで、確率的にもその程度入っていておかしくないですよね。

[TCRの件10]
(Extended Data Fig. 2g)の方はどうかというとTcell STAP #1にはあるが、#2にはバンドが何もない。つまりベータ鎖部分のDNAが分解されてしまっている細胞群ということになりますね。どんな細胞であれ、再構成されていないときにはGLに溜ってこないといけないですね。再構成されて短くなった奴の長さの順番にラダーができる。一番短い奴が最下段にまでひっぱられる。検体は(本文)によれば(FACS-purified CD90+CD45+ T cells)ですよね。でも検体は同時に(Oct4-GFP+ cells )です。このGFPのFACS選別の際に何を基準にしたのかわかりませんね。遺伝子なのか蛋白質なのか。遺伝子であったらDNAは全部分解されているわけではない。するとベータ鎖部分だけが分解してしまったということになる。もし残存蛋白質なら死細胞自体のDNAが全部分解されてしまっている集団だったのかもしれない。なぜラダーが何にもないのかの説明は書かれていませんから読み手には分かりませんね。理解はそこで止まります。

[TCRの件11]
総じてこの実験で明らかになったのは体細胞であるCD45陽性リンパ球を酸浴させてOct4-GFPを発現している細胞の中にTCR再構成を受けている細胞が含まれていることがあるということです。酸浴させた段階でも生き残ることがあるよという証明だけです。
問題は<② tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells.>ですよね。STAP細胞を移植したキメラなんですからここからTCR再構成を受けている細胞が出てきたら、それはSTAP細胞がキメラ形成能を持った証拠なのだという西川さんの細胞追跡法を実践したものです。キメラの尻尾の細胞は血液ではありませんから、ここに再構成があったら、それはSTAP細胞の中に含まれていた再構成細胞が分化してきたものだということになります。再構成を受けているT細胞の割合はどういうことになっているか。以下です。

[TCRの件12]
CD45というのは白血球共通抗原のことですね。マクロファージは単球からの派性細胞ですね。
Balb/C系統♂10週齢マウス白血球構成
リンパ球 70%、単球3%、好酸球2%、桿状核好中球17%、分葉核好中球8%
Balb/C系統♀10週齢マウス白血球構成
リンパ球 82%、単球2%、好酸球4%、桿状核好中球8%、分葉核好中球4%
Balb/C系統♂♀Ave.10週齢マウス白血球構成
リンパ球 76%、単球2%、好酸球3%、桿状核好中球13%、分葉核好中球6%

[TCRの件13]
白血球の中に占めるリンパ球は成体マウスの全身で雌雄平均76%というデータですね。実験は赤ちゃんマウスで、かつ、脾臓からの取得なのでその構成比は違いますが参考にはなりますね。その中の更なる詳細構成はど素人なのでうまく検索できないんですが、マウスの場合でひとつのデータとして仮りに、B細胞:60%、T細胞:30%、NK細胞10%としておきましょうか。
CD45で選別するとT細胞は全体の23%で、かつ脾臓に来た段階でTCR再構成を受けているT細胞の割合はまた少なくなる。仮に半分としても11%です。でも楽にPCRにかかってきますね。CD45+選別だけのSTAP細胞は必ずバンドが出る。それが(Fig. 1i)ですね。

[TCRの件14]タイトル連番抜けたので再送です
対して(本文)の(CD90+CD45+ T cells)という書き方だと先にCD90でT細胞を選別して置いて、そこからCD45で白血球以外でCD90を発現しているかもしれない細胞を取り除いているんでしょうね。ほぼT細胞だけですね。CD45+ 選別よりもっと確率は高くて少なくとも半分はラダーが出る。出ない集団でもGLはでますから#2が如何に少ないケースに当たったかということは特筆すべきでしょうね。私は小保方さんが多忙の疲れた頭で何か勘違いして、あえて無いものも示すべきというような思い込みで、GLすらない特殊なケースを入れてしまったのではないかと思います。

[TCRの件15]
ではキメラはどうなのか。まず前提としてこのキメラは当然4Nキメラですよね。2Nだとリシピエント胚由来の尻尾の部分の細胞に当たる可能性がある。当然4Nキメラです。この実験は行われたと(マテメソ)にありますね。でもキメラの結果に関しては何も触れられていない。これは編集中にキメラ結果記述が削除されたからですね。笹井さんと丹羽さんが外させているんですね。その理由があるんですね。

[TCRの件16]
問題はこの時に使われた細胞は何かということです。できるだけ実験がより厳密になるように(CD90+CD45+ T cells)だったとしてみましょう。そもそもSTAP細胞作製時点でTcellが大半であれば残ってくる細胞も、幾分かは別の細胞があるにせよ、Tcellですね。このTcellの中は再構成されているものとされていないものがあるんですね。でもキメラ胚に移植されるのは1個ではなくて20から30個程度ですね。再構成のあるT細胞と無いT細胞のなにがしかの割合での混合物が移植される。

[TCRの件17]
(FACS-purified CD90+CD45+ T cells)を酸浴させ(Oct4-GFP+ cells)となったものをキメラ移植するときの細胞構成要素
①再構成されたT細胞
②再構成されていないT細胞
③FACS選別でわずかに混じり込んでくるB細胞等のリンパ球もしくはリンパ球以外の白血球等

[TCRの件18]
上記①～③はOct4-GFP標識基準でSTAPとされているものですね。この標識の当否に関するサイエンス査読者の指摘もあったが、後に丹羽さんがGFPの漏れ出し現象を指摘したことで根本的な瑕疵の存在があきらかになった。しかし、この時点では知られていませんから、当事者たちはSTAP細胞だと信じている。そこは問題ないですね。でもこの時点でも問題はこのキメラはGOFマウスの酸浴4Nキメラなんでしょうねということです。F1だと(Oct4-GFP+ cells)を確認せずに、スフィア形成しているというだけの形態判断で、選別されたことになっている。この場合は本来ならOct4-GFPを発現してないから取り除かれるスフィア塊まで入ってくる。つまり単なる体細胞の生き残りまで入っているということになる。(後の丹羽さんの検証を踏まえてGFP標識は当てにならないという前提で考えるとほとんどすべての細胞塊は体細胞のままだということになりますけどね。無論今は実験は本物であったという前提で考えています。)

[TCRの件19]
さて、論文ではキメラ実験はしているのにその結果がどこにもない記述の仕方になっているので、幹細胞側のTCR結果推移経緯も知っていた丹羽さんが後々に問題になりそうな結果は外させたから、本文のこの部分に関する記述が尻切れトンボの様相になったのだと推測されるところだと述べました。
僕はあちらと学さんとの間の議論の経緯はフォローしてませんので、そこは前提されてください。問題になっているのは特許図にキメラ尾部のTCR再構成結果らしきものがあるということですよね。ここは以前から議論のあるところでしたよね。

[TCRの件20]
アーティクルの(マテメソ)で行われた実験は当然4Nでなければ厳密な証明にはなりませんね。ところが特許図は2Nキメラなんですよね。もし、最初に添付されていたはずの<② tail tips from chimaeric mice generated with STAP cells derived from CD45+ cells>が特許図に類するものであったのなら、幹細胞側の経緯もあいまって、丹羽さんがそれを取り合えず外させるのは当たり前ですよね。若山さんが引っ越しの多忙が落ち着いたら4Nでやってもらえばいいだけです。でも、そういう事情の詳しい事実関係は分からないのでネットでの議論が中途半端のまま終わっていたんではなかったですか。

[TCRの件21]
2NキメラであってもTCR再構成があればリシピエント側のインナーセルマス由来でないのは明確ですから、西川さんの意図した証明にはなっているんですね。ただし、特許図は9例すべてに再構成があるんですね。従ってこれは2Nキメラのリシピエントとドナー細胞のどちらが来るかという確率を考えても再構成のある分だけの9例だということになる。仮に尻尾なら、リシピエント側の細胞が尻尾にならなかったキメラが無いということは確率的にありませんからね。9例もあれば半々になる。従って18例程度あっての半分の9例ということになる。

[TCRの件22]
再構成のある2Nキメラマウスの尻尾はそれぞれ独立したマウスの尻尾だということですね。そこで以下の御質問になる。大事なところなので、TCR再構成実験のど素人理解開示の途中ですがその問題もからめて検討しましょう。

>あなたの核移植では、一つの細胞を選びますから、それがT細胞なら一種類のTCRが増幅されます。そこ、大丈夫ですか？

大丈夫ではないかもしれませんね。でもその時は僕は自分のntES仮説を間違いだと知って捨て去るだけですよ。大した問題ではありません。僕の探求の目的はSTAP事件の真実理解です。ただし、僕はntES仮説を捨て去ると僕にとってはまだよくわからない共培養仮説程度しか他に乗り換えるべき道を今のところ持ってないんです。ほとんどの可能性ある道は虱潰しに歩きつぶしている。どこかに別の道がありますかねえ。それを知りたくて学さんのブログにきているのです。

[TCRの件23]
私の説は小保方細胞核をntESにしてみたということですからね。その手順は上述した以下の細胞のどれかを一つ選ぶということですね。無論達成率が低いのでたくさんのクローン胚を作る。でもそこに入れられたそれぞれのクローン胚のドナー核はおっしゃる通り一つです。
①再構成されたT細胞
②再構成されていないT細胞
③FACS選別でわずかに混じり込んでくるB細胞等のリンパ球もしくはリンパ球以外の白血球等

[TCRの件23]
まず当たった細胞が①だったとするとこのキメラの体細胞はPCRで調べるとTCR再構成されたラダーのどこか一つしかないゲル写真になります。②の場合はGLラインだけの出るゲル写真になる。③の場合も同じですね。GLだけだ。
ところが、特許図20にはラダーのあるゲル写真が９例あるから、ラダーがあるということは多種の再構成細胞があることを意味しているのだからこれはntES由来ではないということになるというお答えですね。有難うございます。お返事は今頂きました。

[TCRの件24]
では、翻ってその特許図の方の検討に入りましょう。
日本文の特許図20には<2Nキメラマウス由来SAC>とあって意味が分かりにくいですが、元の英文は<2N CHIMERIC MICE DERIVED FROM SACs>で、SACsはStress Altered somatic Cellsの略ですね。ただし、尻尾の細胞で調べたか否かは特許条文には書かれていない。この小保方細胞の名前がSTAPになったのは笹井さんの参加して以降で、それ以前の3誌論文ではSACsでした。

[TCRの件25]
最初にネイチャー投稿した論文を根拠にヴァカンティが2012/4/24に米国特許仮出願したものと、後に理研若山研時代に若山さんが理研の知財と検討していて、ヴァカンティと対立していたころの幹細胞化関連特許原案の作成過程までの経緯を新たなSTAP論文につなげて、理研、ハーヴァード、東京女子医大の三者共同申請に纏めたものがこの特許申請書ですが、TCRのアドヴァイスはネイチャー論文がリジェクトされて西川さんに相談したという小保方さんの手記記載が正しいならは５月前後の実験ですね。セルに載せたのが最初と調査報告されている。

[TCRの件26]
この２Nキメラの尻尾かどうかは確定できないが何らかの特定された部位の体細胞をある程度の量を取ってPCRにかけたらベータ鎖DNA部位が短くなるなり方に違いのある多様な細胞があると分かった。つまりこの体細胞部位には再構成のされ方の異なっている細胞がたくさん含まれているということです。こういうことはどういうケースで起きるか。特定部位は仮に尻尾だとしておきましょう。移植細胞数は２０個程度だとしましょう。
①多様なTCR再構成を持つSTAP細胞を２０個程度移植してその細胞がほぼ全部均等に尻尾に入った。だからラダーが２０程度出ている。
②１、2個のTCR再構成を受けたSTAP細胞だけが尾部に入ったがPCRの元サンプルに血液が混じっているから、再構成されていないT細胞から作られたキメラのリンパ球が新たに各種のTCR再構成を起こしてラダーが出来る。

[TCRの件27]
STAP細胞もSTAP核使用ntESも一つずつは起こしていたとしても一種類の再構成しか起こしていませんね。②のケースは私のntES仮説のケースも含まれますね。
では①はどのくらい起こりにくいでしょうね。キメラ胚に入れた時リシピエント側もドナー側も２０個程度ずつで４０個のインナーセルマスになっている。ここからまず三胚様分化し、各器官に分化発生していくわけですが、ドナーとして20個入れた細胞が増殖してそれぞれの一部が尻尾に20種類ほぼ均等に分配されていくというのはとても考えにくいですよね。でもラダーは9例とも20くらいあるじゃないですか。変ですね。血液が混じってしまっているんだと思っています。だから丹羽さんがこの図を外させた。すでに出ている見方です。

[TCRの件28]
私のntES仮説は取り合えずSTAP事件で知られている諸情報を無矛盾に包摂できている唯一の仮説として考えたものです。ミッシングリングの存在があって、他に同時並行的に成立する仮説もある可能性は否定できませんが、私には思いつけないだけです。また他の仮説はどれも完全論証されていませんね。これは論証なので本当はキメラがntESで作られていると直接実証できる道があれば一番いいのですが、今までのところでは和モガさんの見つけてきた金華豚の論文でmtDNAのヘテロプラズミーを調べる方法をTs.Markerさんとされていましたが、うまく見つかりません。

[TCRの件29]
今学さんから貴重な御批判を頂いたのが契機で私はもう一つ、一個のＴ細胞由来ntESが元となっているはずのキメラの体細胞のTCR再構成の再PCR検査で単一のバンドが検出されないかなとも考えましたが、そういうキメラは凍結されていないでしょうね。
キメラだけでなく、もう一つ私の説ではたとえばＦＬＳは単一のＴＣＲ再構成を持つ幹細胞のはずなんですね。
①再構成されたT細胞
②再構成されていないT細胞
③FACS選別でわずかに混じり込んでくるB細胞等のリンパ球もしくはリンパ球以外の白血球等
②③の細胞がたまたま選ばれていたら普通のntESと同じ結果で、再構成の存在をもって、ntESであると実証する道はありません。でも①だった場合のみは、ちゃんと実験検証して、ntESだったら単一バンドがでますね。

[TCRの件30]
今更そんな検証実験を理研がやってくれるとも思えませんね。受精卵ESであるかntESであるかの識別は相当に困難であるようですね。
例えば近交系マウスであるB6マウスの雌の受精卵から受精卵ES細胞を作る。同じマウスの尻尾の体細胞からリシピエント卵もB6を使ってntESを作る。この二つをそれぞれ識別できるＤＮＡ解析方法はありません。ＤＮＡ配列は全部同じでSNPsも同じで、nonコードDNA領域も識別に使えない。mtDNAのヘテロプラスミーによる識別方も使えない。T細胞を使った今回の特殊な実験でのみ場合によって識別できるということですね。RNAの発現解析によってのみ、おおまかな識別が出来そうですがＥＳ細胞とntES細胞のＲＮＡ発現を細かく調べた研究もありませんよね。レター論文で我々がもたもたするのはその所為ですね。

[TCRの件31]
ど素人の解明手法は搦め手からです。以上です。御批判願います。

1. 2019/06/02(日) 08:05:42|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[応答1]
>>学さん
>そうですよね、Ooboeさん、一言居士さん。特許図に基づくSTAP擁護をするべきですね。

僕は小保方核使用ntES論者ですよ。Article Figure 4-dにCD45+酸浴細胞由来キメラ子9匹の器官別貢献度の表がある。白血球由来STAPだからと言って白血球になり勝ちな傾向なんてありませんよね。小保方さんは初期の研究から三胚様由来器官から取り出された多能性細胞が三胚様のそれぞれに分化するというヴァカンティ仮説から出発していますから、キメラも三胚様由来器官それぞれからのSTAP細胞で確認しているんでしょう。何も不思議はありません。Article にもちゃんとSTAP cells from other tissue sources•の項がある。ただし、ここでは遺伝子解析結果だけでキメラ検証実験に関しては触れられていない。それこそサイエンスの第二レフェリーに注意されたからではありませんか。

[応答2]
>>
10) It is stated that there was no differentiation tendency of SACs derived from any tissues when incorporated into chimeras. This does not appear to be true as liver-derived SACs exhibit a low contribution, and are skewed to liver differentiation. Similarly, skin-derived SACs appear to demonstrate a tendency to contribute to the skin.

[応答3]
肝臓由来キメラは貢献度がとても低くてたまたま貢献している場所が肝臓にしか出てなかつた。皮膚由来もそうだった。論理と実験結果が整合してないと批判されている。そういう実験結果はArticle では外したということでしょう。
そんなことよりも、若山さんは小保方さんの依頼に応じて肝細胞由来ntES、皮膚由来ntES等を作ってやったんだろうが、そのキメラは今どこにあるのでしょうね。それからその時の幹細胞は培養しなかったのですかね。その実験時作成されたSTAP細胞の凍結サンプルが木星リスト43、44番あたりでしょうかね。1wと3wのwはweek(s)で酸浴の期間でしょうか。そんなことを考えています。以上です。釣りが忙しくて。すみません。

[応答4-追伸]
説明が粗雑すぎたかもしれません。補足します。彼女の細胞は酸浴によってOct4-GFPをよく発現していたんですが、キメラができるほどの多能性段階ではなかったのに、若山さんからキメラができたと嘘の事実を告げられている。観察の解釈が捻じ曲げられ、都合の良いデータが選択されることになった原因です。この被害者は小保方さんだけでなく、後に笹井さん、丹羽さんに及びました。三胚様由来組織別キメラ実験はもし行われていなかったら、共著者の若山さんの責任ですね。このころ笹井さんも丹羽さんも居ない。論文指導を行っているのは若山さんです。

[応答5-追伸]
行われていたのなら、どうやってそんな論旨に不都合なキメラ率の悪いキメラを渡したのでしょうかね。ntESにしたら達成率の悪さは別にして普通にキメラはできます。肝臓由来STAPキメラがたまたま肝臓にのみしか行ってないほどのキメラ率の低いキメラや、皮膚由来STAPキメラが皮膚に多くキメラ形成しているようなキメラを渡すというのはおかしな話で、Article Figure 4-dのようになんにでも分散してキメラが入っているサンプルを選択できなかったというのも変ですね。他の実験で作られたキメラである可能性もある。若山さんは論文が通ってもらっては困るんですね。特許も同じです。通ってもらっては困る。若山さんの真の目的はただ小保方さんをヴァカンティに縛り付けている条件である"論文を書"かせて、彼女をヴァカンティの許から解放して、山梨大に連れていくことだけだったんです。

[応答6-追伸]
釣りが忙しくてまだジムさんのところに原稿を送っていませんが、彼女を引き留めて置くためのキメラができたという一時的嘘は、翌年のその時期になって山梨大の助手という地位を提示したときに、彼女がまだ論文が書かれていないという理由で二つ返事しなかったという事情によって、種明かしを引き延ばされた。さらにヴァカンティが特許仮申請を行ってしまったという困った事情が重なってくるんですね。このサイエンスの第二査読者の指摘しているキメラ実験はネイチャー投稿時点にはなかった実験かもしれませんね。ネイチャーでリジェクトされて、ヴァカンティは自分の主催誌であるティシュー誌にでもぶら下げておくだろう、小保方さんは約束を果たしたのだから山梨に来てくれると若山さんは読み違えた。ヴァカンティはより高いバーを飛べと小保方さんを励ましたことがデイナの記事で明らかになってますね。小保方さんはまた頑張るんですね。キメラはスタンダードには出来ていないのに。

[応答7-追伸]
いずれにせよ、ESを小保方さんが渡していたなんてことはあり得ないわけです。ESでそんなサンプルは作ろうと思ってもできなかったでしょうね。STAP細胞を渡したのに、STAP細胞そのものでは作られていないキメラが戻されてきたというのが泣き寝入りした小保方さんの内心の叫びですよね。私は全く急いでいません。急ぐと棺桶が近づいてくるものですから。以上です。また釣りです。

[飽きない釣り1]
>>学さん
>作る度にキメラの寄与率が違うのは当たり前

2Nキメラのドナー細胞がどの器官に行くかは単なる偶然の結果です。4Nキメラをつくって全胚がドナー細胞で構成されたとき、そのドナー細胞が多能性細胞であったことがキメラ樹立証明されたということになるのでしょうが、そこまでしなくても、2Nキメラでどこにでも貢献してドナー細胞が器官組織にまで分化していたら既にもはや多能性細胞と言えるので、たまたま成体幹細胞を拾い出してキメラ移植していたとしてもまともなキメラは出来ないのではありませんかね。キメラ形成するのはまだ系譜決定される前の段階までの細胞で、成体幹細胞は既に系譜決定が或る程度されているので、何がどうなっていくのかも決まっていない胚盤胞段階であるキメラ胚の中ではどうふるまうこともできなくなって死滅するのではないでしょうか。

[飽きない釣り2]
STAP細胞は多能性細胞であると論文は主張しています。どんな器官から取り出されていようが刺激によってすべての器官になれる段階までリプログラムされていると主張している。サイエンスの査読者は2Nキメラの由来臓器別キメラ貢献箇所表示結果は小保方さんが言わんとしている論旨に全くそぐわないぞと批判しているだけではないのですか。多能性細胞はES段階ですからここから三胚様組織のなんにでもなれる。肝臓から作られたSTAP細胞は肝臓以外にもどんな組織にもなれるし、皮膚から作られたSTAP細胞も皮膚以外にもどんな細胞にもなれる。だからこそ多能性細胞なんでしょ。2Nでなく、4Nキメラにしてなんにでもならなかったら欠陥キメラになってしまって、生まれてくることができません。因みに胎盤にはなれないから全能性細胞ではないわけです。

[飽きない釣り3]
査読者は小保方さんが何にでもなるという証拠として出したデータがむしろなんにでもなってないように見えてしまうということを批判していて、肝臓由来STAP細胞が肝臓にしか貢献してなかったり、皮膚由来STAP細胞が皮膚にしか貢献していない2Nキメラデータをどうしてわざわざ何にでもなるという論証の論拠に使ってるのかと。そんなものがあること自体は2Nキメラなんだから当たり前だが、ことさらそんなデータをつけてどうしようというのだ。そう注意してくれているだけなのではありませんか。以上です。

1. 2019/06/02(日) 08:01:19|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

1
>>学さん
幹細胞化の実験の大半は理研若山研内で行われたものですが、その論文は若山さんが理研に居る間には発表されていません。2013/3/10に投稿されて、世間に発表されたのは2014/1/28です。
小保方さんはまず最初に酸浴細胞のOct4-GFPがよく光っている塊をナイフで切り分けてキメラ胚にインジェクトしたらキメラができたので私は新たな幹細胞を見つけたのだと最初のネイチャー投稿論文で報告したんです。そのときのテラトーマ写真は例のプログレスレポート用のPDF化した博論実験時のものをサプリに説明なしに添付していた。

2
ネイチャーは桃子本によればESコンタミだとか、他の細胞を拾ってきてるんだとか批判してリジェクトした。で、ヴァカンティの主催のティシュー誌にでも掲載して置けばいいものを彼は三大誌にこだわった。西川さんのアドヴァイスを入れてTCRの追跡結果をつけてセルに報告したがこれもリジェクトされた。そして最後にサイエンスに投稿して、後に事件化したためにサイエンスはその時の査読文を慣例を破って公表した。それがあなたのいま検討されているものですね。投稿されている現象は後のアーティクルの前半分に対応するものです。ですからサイエンス査読文には後に命名されるSTAP幹細胞やFI-SCに関するコメントが全くありませんね。学さんはTCRの説明に夢中なのでその経緯を見落として混同されてるんです。手記を読んでもお分かりの通り幹細胞化の論文は三誌リジェクト後に若山さんがこれとセットにして再投稿したらいいとアドヴァイスしたものですね。当時まだ書かれていません。そしてその後小保方さんはプイと米国に帰ってしまった。その後理研が小保方さんごと若山さんからその研究成果を奪ってしまった。

3
サイエンスの投稿論文は小保方さんが自分でリヴァイズしていたものがあって、その時にテラトーマのHE染色写真である上三枚が12/27テラトーマのと差し替えられた。幹細胞化の論文はまだ下書き程度でデータとともに笹井さんに渡された。そして二報同時論文が2013/3/10の深夜に投稿された。それに対する返事が4/4付けの私の貼り付けた違法に流出したリヴァイズ要請書です。犯人は桃子だと自分で自著の中で自白していますね。私は昔吉村教授のブログでみつけた。PDFであった9ページ分を9枚の写真に変換しています。何かにコピーされて拡大したらちゃんと読めるはずです。1-6がアーティクル分、7-9がレター分(幹細胞化実験結果の報告)です。まだSTAP幹細胞に関してアーティクルにも触れて置けと言う指示は出ていません。最初の査読指示です。

4
学さん。TCRの御説明は読んでいます。おっしゃることはよく理解できます。私はntES論ですからなかなかTCR再構成細胞に当たらなかったという違う視点からも見てます。クローン胚は一個ずつの細胞を移植しますからね。無論、小保方さんの作ったSTAP細胞のPCR結果にTCR再構成があるのは当たり前ですね。白線ルールなんかの問題じゃない。たくさんの細胞ですからね。当たらない方がおかしいくらいだ。幹細胞とキメラのTCRが問題なんですよね。ただ、別に広告収入をあてこまれているわけでもないでしょうに、どうしてアクセス数にこだわられるのか理解に苦しむ。アンチとのつまんないやり取りは退屈です。あなたの所望された査読文ですので読後感想くらいはお願いいたします。以上です。


[回答1](前回送付の1がまだアップされていません。)
>>学さん
>今回、アップしたリバイス要請書が、吉村研究室ブログ内にあったのですか？

そうです。事件化後、吉村教授がこんなものがネットで出回っている、コンフィデンシャルのはずだがと書いて、しかし、彼も結果的にはこれを広めるのに一役買ったのです。2014年頃にはこのネイチャーの最初の査読文か出回っていて、捏造騒ぎになってからはサイエンスもこのネイチャー査読文を自分のところの査読と合わせて雑誌内で紹介していました。吉村さんはその後このブログを更新したので見れなくなり、サイエンスも他誌のネガティブキャンペーンなるという面もあるので今は見れなくなっています。学さんはこの問題に参加された時期がやや遅かったのでご存じないだけで、最初から調べていた人たちは皆これを持っていて、盛んに論じあっていたものです。

[回答2]
そもそも最初に誰が流出させたのかは桃子本が出て分かりました。302Pに「5月のある日、私はどうしてもほしかったある資料を入手した。・・・」とある。「資料は、掲載時を含む計四回の投稿論文と査読コメント、関連資料の一式だった。」のですからこんなものを持っているのは若山さんか調査している理研の上層部しかありません。私は若山さんだと思いましたが、Ooboe さんのパートナー氏が相沢さんに問い合わせた感触では若山さんでないという感触だったようですから、調査サンプルの写真なんかも同時に流出させているので松崎GD のところくらいしか思い当たりませんね。

[回答3]
須田氏は「まずは手分けして調査資料を和訳することにした。同時に複数の専門家へ、資料一式に目を通してもらうよう依頼した。(303P)」のですから、吉村さんがネットで拡散したのはこの専門家たちがネットに流したものをさらに拡散したのか、吉村氏自身が依頼された専門家であったのかどちらかでしょうね。情報源の秘匿も何もあったものじゃない人ですね。因みに吉村氏は遠藤論文が謝辞を書いている相手ですね。無論遠藤氏はkahoのブログで小保方さんを犯人扱いにした張本人ですね。「真綿でじわじわと」と書いた人です。

[回答4]
Ooboeさんがときどき揶揄されているように須田さんはよく歌う人で参考になることが多いですね。ネイチャー査読文にはすでに目を通していただけたと思いますが、レター査読に関して第一レフェリーが幹細胞化の結果をアーティクルに関連させるようアドヴァイズしていますね。でもこの人は査読文をお読みになれば分かるようにリジェクトしたいんですね。小保方さんは次の修正論文を10/3に提出している(手記126P)。でもここでもアーティクルには入れてないようで、結局この人が最後まで抵抗していた人のようなんですが、編集側から判断があってこの人の修正要求には答えなくていいということになって掲載になった。

[回答5]
この間の消息は桃子本308Pに「掲載版の論文では、アーティクルでもSTAP幹細胞の樹立について記載しているが、二〇一三年三月の投稿論文には含まれておらず、CDBの自己点検によれば「最後の段階で」盛り込まれたという。」ということで、ぎりぎりになって小保方さんはそれを承知したんですね。幹細胞化実験に関してアーティクルでも触れたがために、レター論文のリトラクトのみならずアーティクルまで関連してリトラクトに追い込まれたと小保方さんが悔やんでいる理由ですね。

[回答6]
この最後まで抵抗した人は須田氏によると最初のリジェクされたネイチャー査読時の第一レフェーリーと同一人物だという(309P)。あのね氏が若山さんが手をまわしている査読者ではないかという意味のことを書き込まれていませんでしたかね。まあ、分からいところではありますけど、若山さんは論文はずっとリジェクトされて欲しいんですね。小保方さんを山梨に連れていくことができたら初めてそこで本当のことを言ってちゃんとした論文を通させようと思っていた。
まあ、私の説はここでは言わない約束でしたね。
サイエンス査読検討でACTHに触れられていて、後のSTAP幹細胞の培地であるACTH+LIFと関係があるのかと思われているようですが、そもそも後のSTAP幹細胞に関しては2011年の最初から樹立されていますね。でも小保方さんは樹立できないんです。最後までできなかった。論文本文がどういう風に書かれていたかこころもとないでしょう。

[回答7]
STAP細胞は幹細胞です。なぜならキメラができたから。でもおかしい。どうして幹細胞なのに自己増殖がちゃんとできないのか。それは幹細胞ではないからだ。著者の小保方さんは酸浴細胞を作っただけで、キメラができたことも、幹細胞として増殖できた事実も、彼女の知らないことなんです。これであんな論文を書くのは無理なんですよ。彼女に書ける論文は自分の作った酸浴細胞はOct4-GFPがよく光っていたという報告論文だけです。将来これがなんであるか解明したいと書いていれば捏造論文にはなりませんね。
キメラ樹立も幹細胞化も若山さんが行った。幹細胞化って変でしょ。キメラができていたら既に幹細胞に決まってるんで、自己増殖するに決まっている。自己増殖能がそんなに弱いのにキメラができるということ自体がおかしいということです。STAP細胞からキメラ樹立方向と幹細胞化方向があるのじゃない。幹細胞化したからキメラができたんではありませんか。以上です。


”情報操作はこうしてなされた”という社会告発的なものであり、記者がこれを記事にしたら、何か賞をもらうに値することだと思います。日本社会は、記者を評価すると思います。

[引っ越し1]
>>学さん
>”情報操作はこうしてなされた”という社会告発的なものであり、記者がこれを記事にしたら、何か賞をもらうに値することだと思います。日本社会は、記者を評価すると思います。

Ooboe さんとパートナー氏がそれを追われています。いずれブログを開設してそこで調査結果を報告するとおっしゃってます。私はそれを楽しみに待っています。無論私のブログには以下述べるようには移設済みです。

[引っ越し2]
>ヤフーブログの引っ越し備えにご協力ください。

了解です。私はデータ関係は"したらば"から全部移し終わりました。文字化けがあってしばらく修正に時間がかかりそうです。他は自分が考え捨ててきた考察にすぎませんから不要です。要点は自分の頭の中にあります。これから纏めの報告を書く予定です。完成したら連絡板以外は書き込み禁止にしてから公開します。今禁止すると自分自身が書き込みにくくなりますので。

[引っ越し3]
>STAP細胞は、生体内で機能している幹細胞に似てるのでしょう。そのままでは、人工培地に適応させるのが難しい。

成体幹細胞とES細胞やiPS細胞やntES細胞やの人工幹細胞との違いですね。成体幹細胞はインヴィトロで培養できますでしょう? 似ているわけではないのではありませんか。ただSTAP細胞は作られた状態で長く維持できないとされている。しかし、キメラ内での増殖分化は確かめられていて、その達成率は半端なものではありませんね。インヴィボではいくらでも増殖分化できる。その意味では<人工培地に適応させるのが難しい。>と言えますね。
でも2011年の最初のキメラ成功時から若山さんはSTAP細胞の増殖を可能にしていますよね。これは普通に考えれば小保方さんの酸浴後の維持培地が長期維持に適さなかったということであって、若山さんの培地では維持できたということですから、STAP細胞は完全な意味での幹細胞なんですよね。それがなぜこういう論文になったか、お引越しの邪魔でしょうから、ジムさんのところで報告致します。以上です。

[引っ越し４]
追伸です。余りに中途ですので結論だけは示しておきましょう。小保方さんは自分でやって増殖させられなかった。若山さんに培地を教えられてもできなかった。その結果、自分のできたことだけをアーティクルに書いたんです。それで矛盾のしわ寄せはレター側に押し出されたんです。STAP幹細胞はFI幹細胞とともにSTAP細胞のderivativesだとされていく。そこに胎盤貢献問題が絡んでるということが査読文から伺われるんですね。こんどこそ以上です。

1. 2019/06/01(土) 11:02:05|
2. 学さんブログ検討記録
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