一言居士の独言

さて、STAP問題が忘れ去られないように周りを掻きまわしていたら、自分の本題を思い出せなくなってしまった。
AC129の実験とは何であったかということでした。我々は小保方細胞核使用ntES論者です。小保方さんを引き留めるためにntES化によって作成したキメラをSTAP細胞本来の力でできたかのように一時的に嘘をついた。ただ、実験そのものは小保方さんを山梨に連れて行けたら研究課題にしようとしていたもので、真面目な研究だった。翌年に助手で誘ったが返事を保留されてしまって、本当のことを言えなくなってしまっているうちにヴァカンティが本気になって米国の特許仮申請をしてしまった。無論、後から何かの間違いだったと言い訳することは出来るので、しばらくは自分の実験に熱中していた。そして胎盤が光るということを見つけた。この間に小保方さんの論文は3誌にリジェクトされる結果になった。その途中で西川さんのアドヴィスを貰って、TCR再構成の検査を行ったが、幹細胞とキメラのPCR解析結果に自分の行ったntES作製ではあり得ない結果が出たという疑義があったのではないかと推測して見ている。その後にAC129の実験を行ってる。キメラができたローザだと小保方さんは聞いているが、後に捏造だとされた。この流れが良く分からないのであった。


(特許のキメラTCR再構成バンド)


①桂報告書ではこの実験はマウス背景の違いによってＳＴＡＰ細胞のでき方にどんな差があるかを調べる実験とされている。
②小保方さんは渡されたマウスを129/Sv carrying Rosa26-gfp だと書いている。この場合若山さんがなぜこんなマウスを渡したかと考えると、細胞のトレースのためだとしか考えられない。
③①にせよ②にせよキメラまでは当然作らないと差は分からない。
④若山さんは①だと言いながらキメラは作って無いと言ってる。作っていたのに廃棄したからだと考えるのが普通で、キメラがあると背景が分かる。幹細胞なら中身を入れ替えられる。
⑤問題は何をどうやってトレースしようとしたのか。
⑥そして、なぜ、トレースしてみようと思ったのか。
⑦ムー論文は既に出ていてトレースの仕方は分かっていてる。丹羽さんがやったのと同じことだ。これでクローン胚を作ってntESにしてみたらどうなるか。





⑧キメラが出来ることは当然なのだから、問題は胎盤が光るかということになる。
⑨この頃若山さんは自分が普段使っているntES由来の胎盤は光らないと思っていて、小保方細胞核使用ntESから作ったキメラ胎盤は光ると思っている。だからこそFI-SC誘導細胞を作ろうとしていた。
⑩このローザの実験でのキメラ胎盤も当然光ったことになる。仮に見間違いだとしても、同じように見間違うのだから胎盤に関しては光ったと確認できたことになる。
⑪白血球の時はＴ細胞に当たるか否かの保証がなく、何がＳＴＡＰになったか証明できなかったが、このローザクレマウスは肝臓の細胞だと分かっている。キメラは出来て当たり前だが胎盤も光っている。今までのｎｔＥＳの胎盤は光らない。小保方細胞核を使ったから光ったのだという結論になる。この場合キメラも幹細胞も129/Sv carrying Rosa26-gfp だということになる。
⑫しかし、ある時自分はずっと勘違いしていたと気づいたとしよう。そしてそのことを誰にも知らせまいとするとき、幹細胞の中身は入れ替えて小保方さんのＥＳによる捏造にしないといけない。129のＥＳは小保方さんは持ってない。だから「僕のマウス」ＥＳを入れた。キメラは129でできているので「僕のマウス」キメラには色が違うからできない。だから捨てて、キメラは作って無いと言った。
⑬ここでの問題は何時どうやって気づいたかということになる。
⑭レター論文の笹井さんの追加実験結果かもしれない。
⑮もしそうなら、引っ越しの時の細胞の入れ替えのみならず、MTA再締結の頃、つまり石川フライデーのカギの付け替え問題とも絡んでいるかもしれない。
⑯ではレター論文のどの実験で若山さんは自分の勘違いに気づいたのか。
⑰若山さんは8月頃責任著者を降りたいと笹井さんに言った。この頃にはＪＡＫｉ検証結果が出ていて、寺下さんからその情報を得ている。木星リストに2013/5/14及び15と書かれている。
⑱そんな検証方法があるならと、今までの自分のGOFのntESをＪＡＫｉ検証してみたら蛍光が消えなかったので、そもそも自分の作っていたntESは通常のＥＳとは違う性質を持っていたのだと気付いたのかも知れない。小保方細胞は関係ないのだと。


(記録)


前のブログで以下のように書いた。
>>
(Ooboe さんへの連絡)
まあ、冗談はさて置いて、Ooboeさんたちは自分のブログを早く開設した方がいいと思いますよ。そしてTs.Marker さん、和モガさん、根本さん、DORAさん位に知らせて、そこで自説展開して意見を求めていたら、人々が集まってきますよ。私にも知らせてくれたら伺います。その内興味のある人たちが読むようになります。
書き込む場所がないから学さんのところに間借りしているんでしょ。僕はあそこはため息氏と学氏はほぼ同一人物だと思ってますよ。同一チームかな。そこにいくらOoboe さんが書き込んでも悪口の対象になるだけで、世間の一般人は読んでませんよ。あれは興行手段です。珍しくないじゃないですか。
ため息なんてしたらば荒らしの犯人じゃないですか。金曜日にいつも出掛けている。ああ、これはジムさんしか知らない話でしたか。
パートナーさんに是非ブログ開設してもらってください。難しくないよ。何なら若い人に作ってもらったらいい。

本日学ブログに以下の書き込みを行ったら、後で3と4を消された。学さんは照井さんのようです。本当に困るんですね。


>>
学さんへ1

あなたは開業医をされていたんでしたっけね。医者だということはご自分でおっしゃってたが、何か不注意でため息グループに暴き出されたのでしたかね。そして何かホームページにいたずらされた。当然ですが、それを怒ってらっしゃった。
お気持ちは分かりますが、あちらはああいう仕事が好きな人なんでしょ。パソコンいじりばかり書いてる。僕なんかああいうのは音痴なんで逆にうらやましいくらいですね。財務省出身の異色経済評論家の高橋洋一氏なんか自分でパソコン作るとネット番組で自慢してる。あの人は東大の数学でしたよね。まあ、理系の人は仕事でもあるんで、基礎から学んでますよね。
我々は仕事の関係で必要最小限の取説だけ学んで使う。ああいうのは面白そうで興味はあるんだけど、中途半端にやっても面白くないし、趣味で勉強するには他にやりたいことが多すぎるということで、ただ羨ましがってるだけということになってしまう。あはは。

学さんへ2

でも、悪事にそれを使ってると話は別ですからね。違法行為なら警察に届ければいいですね。違法とまではいかない場合はそれは法的な解決の無い場所ですから、目には目を歯には歯をのハムラビ法典でいいんです。やられたらやり返せばいい。まあ、復讐するときは10倍返しです。やったらやり返されるのだと悪人に知らしめないと悪弊が横行してしまいますから、それこそが社会正義だと言っていいでしょう。体育館の裏に呼びつけといてボッコボコに蹴り入れてやればいいんですよ。お前どこで転んだんだと笑ってやればいい。
ただし、警察に届けられたら取り締まられるような範囲まで出てはいけない。相手はそこまでやってないんでしょ。やってたら警察に届ければいいだけで、ちゃんと法が裁いてくれる。悪事と言うのは法の網の目をすり抜ける範囲でしか行えないんです。そこが道徳と違うところで、正常な人間は普段意識してないが道徳律に縛られていて、法律よりずっと細かい網の目の中で生活している。悪人と言うのはみんなが道徳的なのを利用して自分の利を図るんですから、逆にみんなが道徳的であることを止めると全然自分の利を図れなくなってしまう。現在の中共の騙しあいのシナ社会がそうですね。日本はあんな野蛮国ではない。

学さんへ3

>>
本人が希望しない状態で

私のため息ブログを見るところご本人は所謂"出臍"です。目立ちたがり。クラスに数人必ずいるでしょ。大人になって芸能人になったりする子。Terui先生はそこまでの、つまり、抑えきれないほど内から湧き出る"出臍"の才能は無いんですね。だから芸能人にはなれなくて学者どまりなんです。
それと彼は隠れている気なんてさらさら無いと見えます。というよりあのブログの目的は学内で何かの連絡に使ってるものではないですかね。Teruiと書いてあるから、あのブログを利用している人たちはあれはterui先生だと分かっている。多分学内ですから書いてなくても関係者が分かっているくらいではないですか。勤務先の大学は目白大学でしたよね。自分で書かれているんですよ。学さんがこれはいけないと思われるなら○○大学に直されて構いませんが、それって逆に○○大学に失礼じゃないですかね。彼は学内で他の先生を批判したりしている。でもそれはご本人の自由です。学内で批判もできないで学問の自由なんてあったものじゃない。ご本人は教員で、しかも博士さんですからね。逃げも隠れもできない仕事で、いつもその身を律していないといけない。我々一般民間人とは立場が違います。彼は何にも悪いことしてないから堂々と自分の名を出しているんです。私の見るところでも彼にはやましいことは何も無いと見えます。学先生はお医者とは言え、開業医でしょ。民間人だ。学校の教員ではない。価値観は同じではないですよ。

学さんへ4

学先生はteruiさんのブログで自分の病院のことをいろいろ書かれ、悪口を言われ、ババア(失礼)呼ばわりまでされていて、悔しいんでしょ。でもヤフーに言っても警察に届け出ても解決できませんよね。なぜかというと法の網の目の大きさの範囲内だからです。そういう場合はどうしたらいいかというと、、、ハムラビ法典でしたよね。10倍返しです。体育館の裏に呼びつけて蹴りを入れてやればいいだけです。喧嘩するときは自分の有利な場所で行う。戦争と同じです。鵯越の逆落としです。背後を襲う。体育館の裏に仲間と待ち伏せして置く。戦争はなんでもありです。女だからそういう発想をできないんですよね。まあ、裏返すと女性を相手に彼が如何に女の腐ったような男かということです。

学さんへ5

で、私のため息ブログを子細に読んで鑑みるところ、とても立派なことが書かれていて、terui先生はそういう"女の腐ったような男"には見えないんですけどね。これってとても不思議なんですけど、唯一、理解可能なケースとしては、私のブログに書いているように、terui先生とgaku先生は同一人物だと思えば、別に自分自身にババア呼ばわりしたところで何も"女の腐ったような男"だということにはなりませんよね。
所謂マッチポンプですけど、どんな世界でも常套的に使われている手法で国際間の外交なんかでは当たり前ですね。
でも、私はそんなことはどうでもいいんで、真実を知りたいだけですから、私の方針であちこちに書き込むんです。無論、自分のブログにもです。すべて私の判断で他人の判断の入る余地はありません。
私はしたらば掲示板を荒らされましたが、あれはKCIA出身の半島人の経営している情報収集用ネットなんで、分かって書いてますからどうなっても構わないんですが、荒らした奴は別人ですので、復讐はいずれする予定ですが背後を襲いますからここでは分からないでしょうね。そいつの生活に実害を与えたらいいだけですからネット上でやる必要はない。でも、ウクライナ航空みたいに誤爆するとまずいですよね。慎重に判断しないと。

学さんへ6

>>
あちらの皆さん、どの方も進化がないじゃあないですか。同じスタンスで同じ事しかいってません。

文科省と関与したNHKを含むマスコミの雇われ人と若山さんのお仲間グループによるスピン工作屋達なんですから当たり前ですよね。わずかな小遣い貰って乞食生活しているんですから、進化なんてする気のある筈はないじゃないですか。進化したら学さんがあの花咲かアルツハイマーお爺さんに小遣い上げるんですか。あなたはそんな相手といつまでも言い争っておられるから、ああ、terui さんだと私なんかに思われてしまうんでしょ。
どうですか。学さん。私の妄想を打破してやってください。
彼らを相手にしないでザハリッヒに問題を考えませんか。

Letter Extended Data Figure 5-c,dは本物ですか、それとも小保方さんの画像捏造ですか。


私は一度ため息ブログに書き込んだことがあるんですが、彼は学さんと同じように何か人のコメントを切り取ってアップするんですよね。そして最後にはあなたはあなたでやってくださいと言いましたかね。それ以来連絡はしませんが、学さんが小保方擁護を装って人を集め、ため息ブログで叩くという手法ですから、学さんはいつも論破される側の藁人形役です。ときどき私なんかが出て行くと、コメントを遮るんですね。あれは照井本人です。

まあ、成程そこまでやってるのかと理解すると、ES説は嘘なのだと逆に確信が持てますね。彼らの存在自体が証明している。

彼らが居なければ自然に忘れられていくと思いますけどねえ。便所の落書きしているのは私くらいのものだということでいいのにねえ。それがそうならないのは彼らは恐れているんですね。内心の疚しさに耐えられないので、いつまでも見えない敵を見張っている。天知神知我知子知。忘れられないんだな。ひどいことしちまったなあと。我知。

(メモ)

(中立的STAP関連ブログ)

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❷和モガブログ　　[2018/11以降完全休眠中]
❸和モガトゥイッター　[2018/11以降完全休眠中]
❹アトモス部屋　[ヤフー終了に伴い消去]
❺Ts.Markerブログ　[ヤフー終了に伴い消去]
⑥Zscan4のブログ　[TSさん引っ越し]
⑦Ts.Markersトゥイッター　[平常運転]
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⑨一研究者・教育者の意見　[2020/1に2年ぶりゴーン氏ネタで復活]
⑩根本ブログ　[引っ越し後現在ヴァカンティの特許のみフォロー中]
⑪がんばれ、小保方晴子先生！西岡フェイスブック　[平常運転]
⑫小保方晴子さんの病気が完全回復し、毎日を笑顔で過ごせるように　[ジムさんのブログ:平常運転]
⓭ryobu-0123のブログ　[2018/2以降完全休眠中]


(分からあああん奴)
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(工作員系)
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⑯ため息ブログ　[平常運転:照井氏のブログ]
⑰考察学とみ子　[平常運転:照井氏の成りすましブログ]
⑱学とみ子のブログ　[平常運転:照井氏の成りすましブログ]


(DORA氏ブログへの書き込みメモ)

2019年12月28日
小保方さんが結婚してた？

コメント
1. 一言居士
2020年01月14日 12:37
彼は忙しいらしくて愛想無いので、ここに置手紙して置こう。ひひひ。
私にとっての問題意識のあるところ、他は彼から学んだし、現在共通認識なので触れない。

2014年4月4日
もしSTAP細胞が捏造だったとすれば（2）
>>
（調査委員長の石井俊輔氏は「なぜこのまま発表しなかったのか」と言っている）

読み手が論文論旨を理解しやすく提示するのが図の役目と認識している。それが捏造を生みやすいとか、科学的に自分の認識の間違いを誘発しやすいから、ルールがあるということを教えられてない。


2. 一言居士
2020年01月14日 12:39
2014年8月28日
CDBは解体した方がいいのでは？
>>
研究者なら誰でも知っていると思うけど、笹井氏レベルの科学者っていうのは、ほんのごく一握りで、あとはほとんどクズ。重箱の隅をつつくようなことばかりやっている。ただ、それを言うと９割の研究者が失職するので誰も口に出して言わないけどね。

誰が将来の笹井氏か事前には分からない。民間企業の研究所では千三つの当然のコストとして処理されている。


3. 一言居士
2020年01月14日 12:42
2014年9月21日
若山研、ES細胞移管手続きの書面が存在しない？

理研上層の指示。事務手続きはマニュアル化されているので忘れるとかうっかりはない。発表までの守秘のため。


2014年9月26日
捏造の証拠を捏造する。
>>
遠藤高帆氏がトリソミーの一件を論文にして発表したらしいが、これにもおかしな点がある。なぜなら、若山氏所持のSTAP細胞サンプルにも、理研が分析したSTAP細胞サンプルにも、トリソミーはなかったからである。

遠藤の解析間違い。


4. 一言居士
2020年01月14日 12:43
2014年12月23日
あらためて「自家蛍光」説（３）
>>
そして若山氏は、「研究室のスタッフが小保方さんの隣でじっくり見て、メモをとって、それを忠実に繰り返しても、なぜか成功しないのです」と証言している。

ESを混ぜたと誘導している。


2014年12月23日
捏造の証拠はいまだに一つもない。
>>
真葛原雪氏によれば、ゲノムインプリンテイングのある哺乳類では、アリル特異的な発現があるという。つまり、一方のアリルだけが偏って発現することもあるわけで、あながちトリソミーが原因であるとは言えない。
>>
「ＦＩ幹細胞＝ＥＳ＋ＴＳ」というのもおかしい。なぜなら、ＴＳ細胞に特有の遺伝子の発現に、Ｂ６側からの寄与があるからである。このことは、「ＦＩ幹細胞」にもともと胎盤形成能力があることを示している。私は遠藤論文は怪しいと思ったが、やはりというか、「ＦＩ幹細胞の培地ではＥＳは増殖しない」という丹羽氏の証言を得た。

遠藤論文の論証の粗雑さ。データの証拠能力調査なし(公共データベース登録マウス背景記入は他者が関与している)。


5. 一言居士
2020年01月14日 12:45
2014年12月30日
やはりＳＴＡＰ細胞は存在する。
>>
マウスは成熟するのに３ヶ月ほどかかります。「世代を超える」のに十分な期間がありません。逆位反復配列を維持したマウス集団を共有すれば、ＳＴＡＰとＥＳの双方に逆位反復配列が現れる可能性はあります。しかし、これはあくまで可能性として論じているだけで、どちらの可能性が大きいかといえば、やはり混入の可能性の方が大きいと思います。
>>
ＡＣ１２９とＦＬＳ－Ｔ１，Ｔ２は、この中のＥＳ１とだけ、きわめて酷似しています。四つの遺伝子の欠失、ＳＮＰタイプ、性別、何からなにまで同じです。こういうことは、まず偶然ではあり得ませんから、これは混入だと思います。

若山さんによる中身の入れ替え。「僕のマウス」ES1は山梨の若山さんが最終的に持っていて、理研には存在してない。


6. 一言居士
2020年01月14日 12:50
2014年12月30日
ＳＴＡＰ細胞の存在を証明してしまった調査委員会。
>>
調査委は、残されたキメラ子やテラトーマの遺伝子を解析していますが、それらはすべてＦＥＳ１由来であると結論していることです。しかしながら、実験当時、ＦＥＳ１は若山研に存在していなかったのですから、それがＦＥＳ１であるはずがありません。ということは、その正体は、それと同じ特徴をもつＦＬＳ３だったということになります。ＳＴＡＰは存在したのです。墓穴を掘りましたねえ。

ＳＴＡＰは小保方細胞核使用ntESとして存在し、そのままFLS誘導したとされた。これだと動機の説明が可能。


2015年1月24日
「一研究者・教育者の意見」に一本とられたのだけれども。
>>
「小保方氏自身も捏造と認めたＤＮＡのメチル化のデータについてである。ＳＴＡＰ幹細胞がＥＳ細胞であったとしたら、データを改ざんする必要はなかったはずなのだ」

その通り。


7. 一言居士
2020年01月14日 12:53
2015年1月9日
「99.95%一致する」について
>>
スライドの表には「ＦＥＳ１とＦＥＳ２で異なるＳＮＰｓのみ使用して比較」とあります。そんなことをして何の意味があるのかわかりません。これでは、ＦＬＳ３とＦＥＳ１は「同一マウス由来」ということの証明にしかなりません。

その通り。ここまではちと気になったことだけ。ここから先はDORA説の全文。コメントなし。


8. 一言居士
2020年01月14日 12:56
2015年1月1日
じつは遠藤高帆論文もウソだった。
今回の調査報告で、もうひとつはっきりしたことがあります。それは、遠藤高帆論文がでっち上げだったということです。遠藤高帆論文の要点は次の二つでした。
（１）１２９Ｂ６由来の細胞にトリソミーがある。（２）ＦＩ幹細胞はＥＳとＴＳの混ぜ物である。
ところが驚いたことに、この二つとも、今回の調査報告では検証されていないのです。まず、トリソミーについてですが、調査報告では、トリソミーはみつかったのですが、それは１２９Ｂ６ではなく、Ｂ６の方でした。これでは辻褄が合いません。それから、もっと変なのは、ＦＩ幹細胞の方です。遠藤高帆が解析したのはＯｃｔ４ＧＦＰの入ったＢ６由来のＦＩ幹細胞です。ところが、今回の調査委の報告では、アクロシンの入った１２９Ｂ６由来のＦＩ幹細胞は見つかったものの、遠藤高帆が解析したＢ６由来のＦＩ幹細胞は見つからなかった、というのです。？！？！‥‥んなアホな。
遠藤高帆論文を錦の御旗にして「ＳＴＡＰは捏造」と騒いだマスコミ。「ＳＴＡＰ細胞・見えてきた実態」とかいう見出しをつけた日経サイエンスの古田彩。このオトシマエどうつけるんじゃ、おんどれ。「遠藤高帆論文はでっち上げでもいいです。忘れてください。今度は調査委員会が別の証拠をでっち上げてくれたので、こんどはこっちを錦の御旗にします」ってか？　これがあんたらのやり口か？


9. 一言居士
2020年01月14日 12:57
結局、遠藤高帆論文の解析結果は、今回の調査報告では全く検証されなかったことになります。遠藤高帆論文は、でっち上げだった。‥‥しかし、問題はそれだけに止まらない。遠藤高帆の解析したＦＩ幹細胞に限って見つからないなんて、ヘンだと思いませんか？他は全部見つかっているのに、これだけ見つからないなんて。これは偶然なんでしょうか？　本当は、見つかったけれども、都合の悪い結果が出たので、隠しているのでないですか？　そうとしか考えられないですよ。ますます怪しい調査報告。みなさん、こんなものを鵜呑みにするのですか？


10. 一言居士
2020年01月14日 12:58
2015年1月1日
謎が解けた。
記者会見で桂勲氏が「ＥＳ細胞を作製するとき（遺伝子に）かなり変異がはいる」と言ってましたが、だったら細胞の培養中にも変異がはいるのではないでしょうか。「培養変異」として知られています。ＳＴＡＰ幹細胞やＦＩ幹細胞の培地は特殊です。そんなところにＥＳ細胞を混入したら、まともじゃすまないに決まってます。とくにＦＩ幹細胞の培地では「ＥＳ細胞は全滅する」と丹羽さんが証言しているのです。全滅しないまでも、少なくとも遺伝子はダメージを受けて変異が生じるに決まってます。だとすれば、元のＥＳ細胞と、培地に混入した後のＥＳ細胞で、遺伝子が何から何まで同じってのは、むしろ変じゃないですか。皆さん、調査委の報告が絶対正しいと思い込んでいるもんだから、その結果がどんなに変でも真に受けてしまう。「ＦＩ幹細胞の培地ではＥＳ細胞は全滅する」っていうのに、「ＦＩ幹細胞＝ＥＳ細胞」だなんて、デタラメですよ。
はっきり言いましょう。調査委の報告書は、何から何までデタラメです。完全なでっち上げなんですよ。それじゃあ、どうやってでっち上げたのかというと、そのカラクリは簡単です。若山研の誰かがＳＴＡＰ幹細胞とＥＳ細胞のサンプルをすり替えて渡したんすよ。最初から、どちらもＥＳ細胞ですから、どちらも同じ遺伝子の特徴が現れるのは当たり前です。理研内部にも共謀者がいて、小保方さんの研究室のサンプルは、理研の共謀者がすり替えたんですよ。だとすれば、何もかも説明がつきます。


11. 一言居士
2020年01月14日 13:00
今回の調査で、遠藤高帆氏の解析したＢ６由来のＦＩ幹細胞だけ見つからなかったのは何故か。それは、遠藤高帆氏が事前に厳密なＳＮＰ解析をしてしまったからですよ。遠藤氏の解析結果は非常に複雑なものでした。ＴＳ細胞の混入の可能性もあったし、ＦＩ幹細胞それ自体にもわずかにＴＳ細胞の遺伝子の発現があった。非常にややこしかった。
ＳＴＡＰ幹細胞は、ＥＳ細胞とそっくりの性格を持ちますから、ＥＳ細胞とすり替えてもばれる危険性はありません。しかし、Ｂ６由来のＦＩ幹細胞は、すでに遺伝子を詳しく解析され、（わずかではあるが）ＴＳ細胞と同じ遺伝子の発現を持つという結果を出されてしまった。である以上、犯人は、それと同じような遺伝子の特徴を示すサンプルを用意できなかったのです。ＥＳとＴＳを適当に混入しても、遠藤氏の出した複雑な解析結果と同じにはならない。話が面倒になるので、「Ｂ６のＦＩ幹細胞は見つからなかった」ことにした。これが真相です。


12. 一言居士
2020年01月14日 13:01
2015年1月1日
謎が解けた（２）
わかりやすく補足します。ＦＩ幹細胞は、ネイチャー論文では胎盤を形成する細胞だとされていました。そこで、遠藤高帆氏は、Ｂ６由来のＦＩ幹細胞の遺伝子データを解析して、「ＦＩ幹細胞はＥＳ細胞とＴＳ細胞が９対１で混ざったもの」という結論を出しました。とすれば、今回調査された１２９Ｂ６由来のＦＩ幹細胞の方でも同じような結果が出てもよさそうなものですが、そうではなかった。しかし、なぜ、それに疑問が生じないかいうと、こちらの方は事前に遺伝子解析がなされていませんから、どんな結果でも好きなように言えるわけです。「調査委が出した結果がこうなんだから、こうなんだ」と言われてしまえば、それまでです。しかし、Ｂ６由来のＦＩ幹細胞の方は事情が違います。Ｂ６由来のＦＩ幹細胞は、遠藤氏によってすでに遺伝子が解析されていますから、それと一致するサンプルとすり替えなければなりません。そんなことをするのは面倒だし、リスクも大きいので、「Ｂ６由来のＦＩ幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。そういうことです。


13. 一言居士
2020年01月14日 13:02
2015年1月2日
調査委の報告が遠藤氏論文と食い違う件。
「遠藤氏の解析は正しいのか、捏造か、どっちだい？」という質問を受けました。正直、私も一瞬混乱しました。厳密に言えば、生データを知っているのは遠藤氏の方ですから、究極的には、私が遠藤氏論文の真偽を判定することはできない。しかし、少なくとも言えるのは、調査報告が遠藤氏論文と一致しないのは、おかしいということです。双方が一致しないということは、少なくとも、どちらか一方がウソを言っていることになります。もちろん、双方がウソという可能性もあります。
いずれにしても、遠藤氏は、「ＦＩ幹細胞はＥＳ細胞とＴＳ細胞の９対１の混ざり物」という結論を出しました。それなら、調査報告でも、それと同じ結論が出てもいいはずです。ところが、調査報告では、そういう結論を示していません。これは変だと気づくべきです。


14. 一言居士
2020年01月14日 13:03
ですけれども、調査委の側にも言い逃れをする余地があります。‥‥「遠藤氏が解析したデータはＢ６由来のＦＩ幹細胞であり、当委員会が解析したのは１２９Ｂ６由来のＦＩ幹細胞である。当委員会が解析したＦＩ幹細胞にはＴＳ細胞の混入は見られなかったのである」‥‥と主張できるわけです。
しかし、仮に、遠藤氏の解析したＢ６由来のＦＩ幹細胞を犯人がでっち上げるとすれば、どうすればいいでしょうか？　若山研にあるＢ６のＥＳ細胞を持ってきて、丹羽氏のＴＳ細胞と「９対１」の割合で混ぜる必要があります。しかし、そうやって、サンプルをでっち上げても、その遺伝子の解析結果が遠藤氏論文と一致するという保証はありません。たぶん、一致しないでしょう。となれば、非常に話がややこしくなります。ですから、そういう事態を避けるために、「Ｂ６由来のＦＩ幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。これが真相だと思います。


15. 一言居士
2020年01月14日 13:06
2015年1月2日
調査報告は完全なでっち上げである。
今回の調査報告は完全なでっち上げである。以下、その根拠をまとめておきます。
（１）ＦＥＳ１は、かつて若山研にいた人が作製したものである。その人は、小保方さんが若山研にやってくる以前に若山研を去っており、そのさいＦＥＳ１をすべて持ち去っている。それが若山研に残されていたという証拠も全くない。したがって、小保方さんがＦＥＳ１を盗むことは出来ない。
（２）したがって、小保方さんの冷蔵庫にあった１２９ＧＦＰ・ＥＳは、ＦＥＳ１ではない。
（３）にもかかわらず、「１２９ＧＦＰ・ＥＳ＝ＦＥＳ１」であるという調査委の遺伝子解析はおかしい。⇒これは致命的な矛盾です。
（４）１２９ＧＦＰ・ＥＳが若山研で作製されたものならば、若山氏がそれを「知らない」というのはおかしい。誰がそれを冷蔵庫に置いたのかを知っていて「知らない」と言っているのであれば、若山氏はその人物をかばっており、したがって、冷蔵庫にそれを置いたのは小保方さんではない。


16. 一言居士
2020年01月14日 13:07
（５）若山研に所属するＥＳ細胞のケースについて、若山氏が本当に「知らない」のであれば、なおさら小保方さんがそれを「知っている」はずはない。いずれにしても、１２９ＧＦＰ・ＥＳを冷蔵庫に置いたのは小保方さんではない。
（６）「ＦＩ幹細胞の培地でＥＳ細胞は全滅する」と丹羽氏が証言しているにもかかわらず、「ＦＩ幹細胞はＥＳ細胞が混入して増殖したものである」という調査委の報告はおかしい。
（７）少なくとも、ＦＩ幹細胞の培地に混入されたＥＳ細胞は遺伝子にダメージを受けているはずであり、それが混入以前のＥＳ細胞の遺伝子とピタリ一致するというのは、むしろ不自然である。
（８）遠藤高帆氏が「ＦＩ幹細胞はＥＳ細胞とＴＳ細胞が９対１で混入したものである」と結論しているのに対して、調査委が単に「ＦＩ＝ＥＳ」と断定したのはおかしい。少なくとも、どちらかがウソを言っている(両方ウソもありうる)。
（９）調査委が遠藤高帆の解析したＢ６由来のＦＩ幹細胞を「見つからなかった」というのは、きわめて怪しい。おそらく、「遠藤氏の解析結果と矛盾しないサンプルをでっち上げることができなかった」というのが、その真相だと思われる。
以上です。


17. 一言居士
2020年01月14日 13:22
DORA氏は論文通りのSTAP細胞はあるとした。そして、GOF由来FI-SCはあるとしたのである。なぜならば遠藤氏が発見していると。しかし、遠藤氏はそのFI-SCの背景として登録されているのはF1だから捏造だと主張している。DORA氏は小保方さんが理研にデータ提出した後、記者会見発表を待ってから理研が正式にNCBIに登録したことに気づいていない。他者が関与している。それはともあれ、その上で、今Letter Extended Data Figure 5-c,dが真正な写真かどうかが問われている。最後の問いだと言ってよい。

戻ってきてくれないかなあ。


(DORA説からの発展)


学ブログに対してLetter Extended Data Figure 5-c,dをザハリッヒに検討しないかと呼びかけましたが無視して相変わらずため息ブログとのじゃれあいです。両方とも照井本人のようですね。最近一研究者ブログが復活したという情報をTs.Marker さんブログで聞きつけたので、 すぐに一言居士の名前でコメントしましたが返事が無い。アク禁になってたんだが外れていた。でも今は復活したかな。試してない。

今、Ooboeさんにとって 信用できる書き込み場所は根本さんだけかな。和モガさんは止めてるから書き込むと迷惑する。Ts.Markerさんは議論を余り好まない。多分理系の現役の方ではないか。余り正体を現したくないんでしょうね。多く語るといろいろと情報が出てしまうからね。DORAさんも現役臭い。出世の妨げになってはいけないね。根本さんは弁護士なんじゃないかな。仕事が忙しそうだ。Ooboe さんが書きこむならあそこでしょうね。あそこはとても客観的な場所だ。類は友を呼ぶでしょうね。人はOoboe さんの居るところに集まっているんで学さんのところに集まっているわけではない。

一番いいのはパートナー氏がブログ開設することですね。楠本さんに拡散してもらったら普通の人がたくさん集まる。あの西岡さんのガンバレブログに今アップされている動画は12月の作製だが10万人以上が見てる。関心は消えてないのが分かる。ただし、あの動画の内容はあまり正確ではないね。

DORA氏は今は処世上の理由でSTAP細胞事件には関心を失っている模様。でもかつての分析は誰よりも正確ですね。和モガさんとTs.Marker さんは、アルイミオウジ氏も含めて、自分の興味で現象を追うところがあって、STAP細胞の不思議に関心がある。その方向だと、自分で小保方さんの研究を引き継いで実験した方がいいでしょうね。事件は別問題でもっと人間の行動動機を分析しないといけない。科学的専門知識だけではとても解けない。
その点、DORAさんは自分では解に至ったと判断してたんじゃないかな。DORA説には考え抜けはあっても、主張間に矛盾が無いんです。そういう風に全体を眺めて解こうとしているからね。
でも、DORA説だとなぜ若山さんが論文を取り下げたのかが説明できません。DORAさんは若山さんが嘘をついているのだと判断しているんです。小保方さんは無実だ。でも、若山さんがまさかESコンタミなんてさせるわけがない。じゃあ、なぜキメラができたのだと考えると、論文通りにできてたからだよと結論する。そこで安心してこの問題から降りた。ここまでとてもクリアで説明されてないことはあるが、説明されていることで矛盾していることはない。
説明されてないことの最大の疑問が、できてたのに、しかもアクセプトまでされてるのに、どうして若山さんが嘘をついてまでできている真正の論文を取り下げたのかということです。これは科学知識の範疇内の問題ではない。専門の問題ではなく、一般的良識の問題です。大学は学生に常識を教えるところだと諭吉が言った意味での良識ですね。

何か間違えたから取り下げたのだ。そうでなくちゃんとできてるのに一人大騒ぎして取り下げるはずはない。小保方さんに騙されていたということに気づいたから一人大騒ぎしたのだと、DORA氏が考えて居るかというと、そうではなく、私は犯人ではないと言ってるのは若山さんだけで、小保方さんも笹井さんも丹羽さんも誰も自分は捏造してないなんて言ってないという。そんなことを言うのは疑われている人だ。自分自身で自分が疑わしい人の言い訳じゃないかと。これは諭吉の言う良識で、専門知識は不要です。

小保方さんは手記を書いた。これが書かれずにそのまま姿を消していたら、小保方さんは犯人だと世間に思われたままだったでしょうね。若山さんは小保方さんをリクルートしようとしていた。このことは手記だけでなく、デイナ・グッドイヤーのヴァカンティへの聞き取りでも明らかになった。分からなかった動機の一つが世間の目に明らかになった。このことを言ってるのは手記だけで、桃子も聞いてない、NHK、日経サイエンスも知らない。デイナは手記を日本にいる友達に訳してもらって小保方さんにインタヴューした。やっぱりきっかけは手記です。

話は東北大震災の日に遡るのだ。小保方さんは震災の所為で若山研に腰かけたが、ビザが取れた時に引き留められて自分のラボに来ないかと誘われたが、ヴァカンティが反対した。小保方さんの希望を入れてGOFマウスでの実験を出来るように日本出張扱いにしてくれた。この辺りがとても妙で、若山さんはなぜ断らなかったかという問題がある。
推測ではこの時既に山梨大への転勤は決まっていたので、やはり助手で誘えば来てくれるのではないかと考えていたのではないか。というのも、帰国前に誘った時に自分のラボに来いと言っている。CDBでの10年の期限が迫っていているのに、その後どうしてやるつもりだったのかという問題になる。せっかくハーヴァードに就職できているのにそれを遮るのならもっと後まで責任を負わねばならない。だから、そういう推測が出来るということになる。すべては手記が書かれたから推測可能になった。
野依理事長がキメラができなかったとき、どうして返さなかったのかと疑義したが、そういう裏事情は桂報告書時点で誰もしらなかったのである。知っていたのは西川さんと若山さんと小保方さんだけだ。小保方さんが手記で語ったから、背景が理解できるようになったのである。NHKも桃子も日経サイエンスも知らなかった。何にも調査取材できてない。

若山さんは最初小保方さんの熱心さを気に入って山梨大に助手として連れて行きたかったという動機を持っているんですね。
この時、まだ何もできてないので小保方細胞に関心があったわけでは無いことが分かる。

赤ちゃんマウスを使うように指導したころからGFPがよく光り出した。そして、ライブセルイメージング実験が行われていて、最初光らないものが徐々に光り出す。自家蛍光でないことは最初から分かっていて、後の丹羽さんの検証で、GFPの漏れ出しが発見された。知られざるアーティファクトですね。この頃誰も知りませんから多能性指標が出たと信じた。若山さんも同じです。


これが知られざるアーティファクトであったのか、本当の多能性マーカー発現であったのかは、丹羽さんの実験が正しいのかどうか、論文通りの手法ではないのではないか等も問われますね。論文では内在性Oct4発現もちゃんと定量PCRで確かめられていてES並に出ているが、キメラが出来ているからということで結果を盛っていないかという疑義も出ているところです。でもArticle Figure 2-aの免染結果はスゴイですよね。捏造写真ならES細胞でしょうけど、彼女はメチル化実験でESを使わなかったから結果が出ないので、いろいろと操作したのだったはずですよね。ここでESならメチル化でも使うでしょ。でも使ってないのみならず、最初は正直に持っていったら、是では使えないと若山さんに言われている。

ともあれ、これだけ光っていてもキメラは出来なかった。論文は後から書かれたので、データは後から揃えられた分もあるでしょうね。小保方さんは図は論文論旨が理解されやすいように添付するものだと思っている。とても危険な思い込みでしょうね。捏造意図が無くても、事実を思いの方向に捻じ曲げる危険性がある。キメラが出来てないときはいろいろと事実に従って論旨を考えてますが、キメラが出来てしまうと、できたという事実に添って他のデータをあるべき姿に捻じ曲げてしまう。こういうのはどんな分野でも素人の陥りやすい陥穽ですよね。事実が論旨を作らないといけないという根本が飲み込まれていたら、キメラの成功と他のデータが矛盾していたら、真実により近づけるからうれしいのでなければならない。その矛盾を考えることによって自然と人間の思い込みとの違いに気づけて新発見がある。
キメラは出来ているのに脱メチル化はしていなかった。これはとことん解明しなければならない矛盾です。誇れるデータではないと自覚しているなんて問題ではない。自然科学者としての使命の自覚の問題です。何をやってるんだということですね。自然の真実を解明したいんじゃないのか。
これを指摘する側の精神構造もおかしいですよね。目くそ鼻くそじゃないんですか。白線を入れるルールなんてどうでもいいでしょ。データをいじっちゃいけないという規則の問題ではないでしょ。脱メチル化していないという事実はキメラがほんとには出来てない筈だという証拠なんでしょ。
小保方さんは自分で気づけないといけません。そういう姿勢だと科学者にはならない方がいい。

犯人は若山さんだと分かってしまったから言うのですが、小保方さんは別の分野で処世して行った方がいい。どんなに才能の有りそうな人を選りすぐっても、そもそも科学的新発見をする人は1000人に3人なんです。早く自分の才能が無いことに気づいたのは不幸中の幸いだと思わないといけない。997人の中に入ってくすんでいるより、別の分野で活躍したがいい。一番いいのは取り敢えず普通の主婦になることだ。これだと少なくとも大きくは人生は間違わない。保険掛けとく。ホーキング博士は自分の説が間違ってる方に友達と賭けたと書いてる。悲しさは勝ち金でコンペンセイトされる。かな?　神がお決めになっていたら、主婦になっていても又違う道が開けるでしょう。キューリー夫人は主婦ですよね。何事も神の御心のままに。

では翻ってなぜキメラができたのか。キメラができていたのなら、その時のSTAP細胞は大半が脱メチル化していたはずだ。若山さんが使った細胞は小保方さんの脱メチル化してない細胞ではなかったのか。
小保方さんは正直に脱メチル化してませんと先生のところに持っていった。それを若山さんはなぜどうしてかなと問わなかったのか。それでは使えないって何だ。
ここはキメラが出来ているのだから脱メチル化しているはずだ。あなたの検査テクニックの問題じゃないのかと押し返すのが自然でしょう。あなたちゃんとメチル化検証できるのかと。
ところがここに妙な事実がある。桂報告書ではこのメチル化実験は2011年10月27日 1 セット、同11月17 日に 2 セットGRASに依頼されたという。キメラ成功前である。キメラ成功は2011/11/28である。

>>
その後、2012年4月12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2cとして発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあ り、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞（CD45+および Cultured CD45+） のデータについては、両者のパターンが酷似していた。

これでは使えないと若山さんが言ったから2012年4月12 日付けの PR 資料が捏造された。使えないと言われた元の資料は2011年10月27日 1 セット、同11月17 日に 2 セットのままだったから、使えないと言われた。
若山さんは脱メチル化していない小保方細胞を使ってキメラを造れはしないであろう。2011/11/28に帝王切開された4 Nキメラは10日ほど前の11/17頃に小保方さんから渡されたことになる。小保方さんは2011/11/17のその日に第二回目のGRAS提出をしている。その時のSTAPですね。ES細胞は入ってませんね。ES細胞が入っていたら脱メチル化してたでしょう。ES捏造しようとしている人が、GRASにはそのまま脱メチル化してない細胞を渡すなんてことはありませんね。小保方さんは素直に作って、それを若山さんとGRASに渡したんですよ。一方はキメラができ、他方は脱メチル化してない真正な実験結果だった。若山さんはそれを見せた小保方さんに、それじゃあ使えないよと言った。若山さんが何をしたから脱メチル化してない細胞からキメラが作れたのでしょうかね。

ntES化したからだ。若山さんは脱メチル化程度が低いからキメラが出来ないのだと知っている。でもntES化することによってキメラはできる。そして大量にGFP蛍光している小保方細胞の性質をキメラに何が加わったかによって解明できると考えた。

1. 2020/01/12(日) 18:23:56|
2. AC129
4. | コメント:4

ため息氏の話は止めだ。あほらしい。中止。戻ろう。

ＧＯＦのＦＩ-ＳＣは無ければおかしい。
ＧＯＦのＦＩ-ＳＣは無いのにあると聞いたか誤解してた場合には実験はどうなるか。
ここに戻ろう。

(論文の中のGOF-由来FI-SCの写真)

Figure 2-b



Figure 3-a



Figure 3-c



Figure 3-e



Extended Data Figure 5-c,d



Extended Data Figure 5-e,f



Extended Data Figure 6-c



これらの実験写真はOct4-GFPの挿入された、つまりGOFマウス由来のFI-SCが無ければ行えない実験です。
我々は小保方細胞はあるのだが、若山さんがその細胞核を使ってntESを作り、違いを調べるという別の実験を始めたことによってキメラが作られ、リクルート上の理由からヴァカンティと対立することになった経緯があって、その事実が小保方さんに知らされないままになってしまったことが、この事件の根本的真相だと述べてきた。

理由はともあれ、キメラを捏造したのは誰かということに関して、我々は犯人は若山さんだと言っている。そして小保方さんには論文作成に関して不正があるが、その不正を誘発させたのは、経緯はともかくとして、キメラが作られた真の理由を隠していることになった若山さんの責任が大半なのだと指摘している。

しかしながら、ここにGOFマウス由来のFI-SCが使われた実験があって、もし本当にGOFマウス由来FI-SCが、若山証言の通りに、無かったのならこの実験は捏造である。理由はともあれ、若山さんは我々の見るところ、ntES化してキメラを作ったことを最後まで白状しなかったことによって、この大捏造事件の主犯となっている。そして犯人であるのなら、GOFのFI-SCは作ってないという証言が嘘であることは理解しやすいことである。
他方、もし、若山さんのこの証言だけは本当であったらどういうことになるのか。キメラの作製に関する責任とは無関係に、この実験はそれと同等の捏造操作である。これはキメラができているから誘発されたというような言い訳のできないレヴェルの捏造になる。

桂報告書はGOFのFI-SCは無いという若山証言を信じ、かつ調べた範囲で、見つけていないことによって、GOFのFI-SCは無かったと結論付けた。つまり小保方さんの捏造だと断じる結論を出していながら、小保方さんを訴訟しなかった。桂報告書25Pは以下のように書く。
>>
（評価） Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性があると判断した。 しかしながら、前述のとおり、調査により得られたすべての証拠を総合しても ES細胞混入の行為者が特定できず、研究不正とは認められない。


恐るべき内部矛盾を包含した支離滅裂の文章です。こんな文章は間抜けな人間以外には絶対に書けません。中二から高校低学年以下の知能でしょうね。センテンス単位で書き手の間抜けさを指摘していきましょう。

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Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。

捏造されているかもしれないサンプルに対してどこで使用されたなんてことを書くこと自体が論理力が中二です。ここは残されてFI幹細胞CTS1とラベルされているサンプルにOct4-GFPの挿入がないことが実証されたと書かねばならないところです。それもWGSで調べたと書くべきでしょうね。

>>
またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。

今、書き手が実証したのはCTS1にはOct4-GFPが無かったということです。残されているFI幹細胞にはCTS11～13とラベルされている3株がある。CTS1にOct4-GFPが無かったと書いたら、次に証明しなければならないのはCTS11～13にはOct4-GFPがあったか無かったかです。これを素直に書いたらいいんでしょ。ところがこれが書かれていない。CTS1はWGS解析されているが、CTS11～13はシーケンシングされたと書かれているだけで、細胞リストのGFPタイプの欄にはCTS1とCTS11～13はどちらもまとめてAcr-CAGと書かれている。
これを読むとOct4-GFPも調べた結果無かったかのように思われるが、調べたとはどこにも書かれていない。ただし、Acr-CAGがあることは確認されている。
つまりこの文章はCTS11～13のOct4-GFP挿入の有無を確認してないときの書き方になっているのである。二種の細胞が混じっていたり、一つの細胞の中に二種のGFPが挿入されることは普通にあり得ることですから、ひとつづつ厳密に確認していかないといけない。ところが、こう続く。

>>
一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。

まず、ここで一方と書いて、話を転じているのだが、では今までの２センテンスは何の話をしていたのか。当然、ここで2回目のと書いている以上、1回目の話をしていたことになる。CTS11～13の話ではなかったのだ。一回目で残されているFI-SC関連の細胞サンプルはCTS1だけである。それなら、最初の「またこの細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。」というのは一回目にもっとたくさん作られていたかもしれないが、それは見つけられなかったという意味になる。
なぜ、出だしに、まず1回目の実験では、と書き出さなかったのか。論理力の低劣さが下地にありますね。如何に国語力がないか。或いは、まあ、間抜けな嘘つきか。

一回目の実験ノートに何株作られたのかが書かれていたのかに関して何も語っていない。ナンバーはCTS1から11に飛んでいて、その間の細胞はどうなったのかについて実験ノートに書いてないとお作法に反するのではないかな。若山さんのノートの書き方の杜撰さは指導したかね。2回目の実験でマウス背景を書いてないのはノートの書き方としては問題ないのかね。NHKにどうして流出させて、なんてルールを知らない奴だと揶揄しなかったのかね。

「2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。」という部分は何を言ってるか分からないよ。２回目にはGOFマウス由来のSTAP細胞があった可能性があるのかね。つまり、若山さんが作った覚えはないということを否定する可能性を認めたのかね。若山さんが嘘をついているという前提があったのかな。はっきりしてもらいたいね。それともここは単に若山さんが記憶違いをしてた可能性を考えたという意味なのか。もし単に記憶違いなら、実験ノートの不備は小保方さん並みに指弾されないといけない。重大な落ち度だ。
なぜならば、GOFマウス由来のFI-SCがつくられていたのなら、レター論文には基本的に嘘が無い。しかし、もし作られていなかったのなら。小保方さんに、キメラがなぜできたのかという疑義とは全く別の、重大な捏造実験嫌疑が発生するからだ。

センテンスごとに確認して行こうとしているが、まあ、なんと事実と事実の証拠の提示されていないことか。若山さんの実験ノートは一部たりとも添付されていない。Acr-GFPは調べたがOct4-GFPの有無はレトリックで無いことを臭わせだけで、事実叙述が無い。Oct4-GFPは調べた上で無かったと明確に書かれていない。実に気持ちの悪い文章である。この文章自体が捏造文章だと言っても過言でない、素直な記述が全然ない。精神病者の書いたような文章である。
ここまでひどいと読むに堪えないね。
最後に<調査により得られたすべての証拠を総合しても ES細胞混入の行為者が特定できず、研究不正とは認められない。>という結論が置かれているが、Oct4-GFPのFI-SCが無いのにレター論文が書かれていたら捏造だということは誰にでもわかる理屈だ。ES細胞混入の行為者なんてこのFI-SC実験の捏造に無関係でしょう。よくこんな報告書出せたな。

論文はGOF由来FI-SCがあると書かれている。報告書は無かったと仄めかしているが、確定証拠を挙げていない。無かったら捏造です。あったら若山さんの嘘です。どちらにせよ、不正があったんだ。何が「研究不正とは認められない」だ。頭大丈夫か。


(小保方さんの勘違いということがあるのか?)

小保方さんは幹細胞は作れない。ただし、一度だけFI-SCを作ってみたことがあるができなかったと言っている。では、この写真は若山さんが作ったもので、仮に若山さんが作ってないのだったら、小保方さんの捏造です。これって、GOFのSTAP細胞を7日間Fgf培地でTS-like細胞を誘導しているところの写真ですよね。7日目にon feederで継代に入る。STAP細胞は酸浴7日後に樹立されるが、その後1週間で死滅していく。このFI-SCは継代段階に入っていますね。この段階に持ち込めないから、小保方さんは自分ではできないと言ったんでしょ。ここにできてる写真がある。若山さんが作ったんです。さもなければ、つまり、小保方さんの捏造なら、これは単なる写真のトリックです。F1のFI-SCを渡されてGOFのFI-SCだと聞き間違えたとか勘違いしてたとか言うことは無いんです。

Figure 2-b


どちらかが不正をしているということが分かりますよね。

STAP細胞をES培地で誘導すると樹立1週間後に死ななくなるんですね。
STAP細胞をTS培地で誘導すると樹立1週間後に死ななくなるんですね。
で、桂報告書はこれが太田受精卵ESであったと言ってるんでしょ。
太田ES細胞をTS培地で一週間培養して見たらいいじゃないですか。
やってない。コントロール実験が何もない。簡単に出来ることなんですけどね。


次はExpandable ES-like cells です。FI-SCとして樹立された後、それをES培地に移す。そしたらES並みにGFPが蛍光を強めるんです。これって、GOF由来FI-SCの実験ですよ。Acr-CAGのFI-SCではできません。従って、小保方さんの捏造なら写真のトリックです。トリックなら簡単にできる。でも、これが研究不正とは認められないですって? 逆に若山さんの嘘だったら、人を陥れる犯罪ですよ。
頭大丈夫か?

Figure 3-a



次の実験はまずGOF由来FI-SCをIntegrin α7でFACSにかけ、TSマーカーを発現している細胞を選別する。はっきりTS-Likeの細胞だったぞという証明です。そしてそれをES培地に入れたら、ゼロ日目にはわずかしか光ってなかったESマーカーであるOct4-GFPが5日目には強く発現し始めたぞという証拠写真です。これも捏造なら写真の工作です。Acr-CAGのFI-SCをGOFのFI-SCだと勘違いしていて出来る実験ではありません。


Figure 3-c



問題はこれらの実験に関しては木星リストに実験のサンプルが残されているか否かであるが、まだよくわからない。前回の調査では外した21番かもしれない。





次はMEKiの実験です。MEKiを入れるとTS-like natureの細胞はFgf4シグナルを阻害されて生きていられなくなり、死滅する反面、MEKiはES細胞の成長促進剤でもある。従ってこの実験はまず左で、FI-SCが死滅して、かつES細胞のコンタミが無いことを証明している。
左は意図的にFI-SCの中にGOF由来ESを入れている。だからFI-SCが死滅していることと意図的に入れられたESが増殖していることで、ちゃんとそれがESの成長促進剤だということを証明している。このFI-SCも無論GOF由来でないといけないし、そうだと書かれているが、この実験はAcr-CAG-GFPのFI-SCを使っても同じ結果になる。なぜならどちらも結果は死滅するのでGFPは光らない。ただし、MEKiを入れる前の蛍光写真があるとFI-SCのOct4-GFPは弱くしか光らないが、Acr-CAG-GFPは強く光るから区別できる。でもこの実験では事前の写真は無い。

Figure 3-e




これも上述したように、事前の写真をつけなければF1のFI-SCを使って捏造することもできるが、そんなことしなくても捏造なら写真の操作だけで十分できる。


そして、いよいよですね。

Extended Data Figure 5-c,d



実験した試料が残されている。先ほどまでは他の写真を使って捏造しようと思えばできると書いた。無論この写真も同じです。しかし、この実験には試料があって、実際に行っているんです。めんどくさいことする捏造者ですよね。
a,bはGOFのES細胞を使っている。c,dはGOFのFI-SCです。





青文字は寺下さん、黒は小保方さんのようでした。2013/4/4のリヴァイズ要請を受けて2013/5/14と2013/5/15に査読者画指示に従ってJAKi検証を行った。
査読者は別にGFP蛍光で調べろとは言ってない。免染で調べたらわかると書いている。以下でしたね。しかし、小保方さんはPCRとGFP蛍光で行った。
>>
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cills, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.


そしてその試料が残されている。つまりGOFのFI-SCである筈のRNA試料が存在しているということです。木星リスト18番の内容は以下でした。

(上段　8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本
(下段　45本)
⑤E7.5 RNA 4本
⑥TS RNA 2本
⑦CTS RNA
⑧RNA
⑨CTS RNA 2013.5.15
⑩cardiac STAP d3 RNA
⑪cardiac STAP d7 RNA
⑫TS niwa-1 RNA 2本
⑬TS niwa-2 RNA 2本
⑭RNA Q1-1
⑮RNA Q1-2
⑯RNA Q2-1
⑰RNA Q2-2
⑱RNA Q3-1
⑲RNA Q3-2
⑳JAKi+ ES DNA
㉑JAKi- ES DNA
㉒lymphocyte RNA 2本
㉓GFP+ RNA
㉔GFP- RNA
㉕renal P3
㉖renal しんとうRNA
㉗cardiac fibro
㉘Hepatocyte p10
㉙Lung
㉚Liver
㉛heart





JAKi-というのはそのままということです。
ES
ES JAKi
TS
TS JAKi
FI-SC
FI-SC JAKi
の6種類無いといけない。

⑭～⑲は何か。
それとこれはRNA試料だがどの程度までわかるものなのか。Oct4-GFPのプロモーター部分は無いのではないかな。

TSの実験に関しては若山さんの作製分は分化していたというから丹羽さんのでやってるはずですが、ESが又分からない。間違いのないものを使うならこれも丹羽さんの物である可能性がある。そうするとExtended Data Figure 5-a,bも丹羽さんのGOF-ESである可能性もある。
捏造であるか否かを調べるためにどこまで科学的には無駄な金を使うのかという言う問題もからんで、全部調べろということもできないとなると、そもそも試料の由来調査を先に行わなかった不備が後々まで響いている、というよりなぜ警察を入れなかったのかということになる。せめて聞いてわかる事位調査しろよということだ。丹羽さんには聞いているはずだがその公表もない。
要するに隠したがっているということになる。要するに調査したくないわけだ。事件とは無関係なことで隠したいことだらけということだね。

次のここまでくると泥沼だ。

Extended Data Figure 5-e,f





見えている事実は以下だ。

①Oct4-GFPはJAKi添加前はESだけ光っている。JAKi添加後ESの蛍光も無くなる。
②CAG-BFPに関してはJAKi添加前はESだけ蛍光している。JAKi添加後もESだけ蛍光している。

②はCAG-BFPはESにしか入ってないから当然だ。Oct4-GFPは分化してしまうと消えるが、CAG-BFPは分化しても蛍光している。当然の結果だが、当然でないのは何のためにこんなコントロールをつけているのかという目的だ。
それはExtended Data Figure 5-a,b,c,dが写真のトリックじゃないということを証明するためだ。つまりES細胞は本当に入れてるのか。或いはFI-SCの写真は本当にFI-SCが入っているのかという疑いを晴らすためだ。これは更なるリヴァイズ時の要請かもしれないが、それを見た一般人はいない。桃子は三誌査読と再投稿時の4つしか読んでない。三誌論文の査読を桃子に流出させたのは若山さんということになる。というのも自己点検委員会はセルの原稿すら持ってないことになっていて、小保方氏が提出しないと述べているが、後には読んでる報告になっている。ここもおかしなところである。
ともあれ、それでも①のOct4-GFPはJAKi添加前でわずかでも光って無いとおかしいが、少なくとも持っているテキスト画像では見えない。見えないということは他の人も言ってるから、元画像を調べるしかない。

FI-SCはあったか、無かったのに小保方さんが捏造したかのどちらかで、小保方さんが勘違いしたということはない。自分で確認実験をしているのだから勘違いなどということはない。


情報が隠されているので実験に関して確定的なことは言えないが、一つだけ明確なことがある。





このExtended Data Figure 5-c,dは有るか無いかのどちらかだということです。これは小保方さんの嘘ならキメラの捏造とは別の捏造です。キメラの捏造犯は若山さんですね。それは太田ESが若山さんの偽造だということによって桂報告書の結論が否定されていることから演繹される。GOF由来FI-SCはあったのだとするとすべては整合してしまう。しかし、あったという客観的証拠は今のところ見つけられない。RNAでわかるものならあるが、どうなのか。


(あのねさんへの残りの返事)


学ブログで道草しているときにあのね氏から質問があった。最後の質問に答えていないので、ここで返事を書いて置こう。

>>
あのね
一言居士さん

鉛の兵隊さんとの会話の途中に割り込んですみません。少し疑問があるので質問します。

>あなたは太田ESコンタミだという前提で考えておられるようですが、我々は違うんです。若山さんはそもそも最初から岡部マウスのF1で実験していただけです。
理研の行ったSNPs解析は、理研の意図はともかくとして、諸細胞の作製された順序まで分かる方法になっているか否かの話は、次の段階の話なんです。

「若山さんはそもそも最初から岡部B6マウスのF1で実験しただけなんです」についての質問です。相手の129X1(旧名Sv)マウスは雄ですか？雌ですか？B6マウスは雄ですか？雌ですか？若山研の交配担当メンバーがマウスを誤ってreciprocal cross させてF1マウスを作製した可能性はどうでしょう？また論文に書かれた、当時にCDBで配布されていた129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、なぜ理研に飼育記録がないと一蹴され調査されなかったか？の理由の評論もお願いします。
お返事は一言さんのブログでも構いません。
2020/01/09 URL 編集

前半の質問には回答済なので、「また論文に書かれた、当時にCDBで配布されていた129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、なぜ理研に飼育記録がないと一蹴され調査されなかったか？の理由」の部分ですね。
この"129を巡る問題"シリーズはそれを考え続けているのですから、答えは今からです。嘘を暴き出そうというのですから暴く方が何倍も大変ですね。暗号は作るのはたやすいが破るのが難しい。


まず「129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、」と書かれているが、桂報告書は存在して無いと普通には読める書き方をしている。carrying Rosa GFP マウスはたくさんありますね。相沢さんの研究報告がある。でも129のcarrying Rosa GFP マウスは無いと書いているんです。普通にはそう読めるが、レトリックを弄して嘘を書いていると考えるなら、飼育記録がないと書いているので、どこかから買えばあったということにはなるし、そもそもTs.Marker さんが言ってるように、マウスは無くてもES細胞があったら若山研で4Ｎキメラ作成技術があるので、配偶子を採って復活させることもできます。
ただ、通常は科学者の報告というのはFACTベースで書かれていて、素直に読めばいいものなんですけど、桂報告書は違うんですね。彼らは丸く収めようとしているんです。どうしてかというと、この事件に自分たちが関わってしまっているから、第三者的に客観的断罪が出来ないんですよ。それは最初からわかっていることで、小保方さんを呼び戻したのは理研ですからね。呼び戻さなかったらこんな事件は無かったんです。だから遠因を遡って、誰の嘘なんだと言っても、近因は誰が考えてもお前じゃないかといわれてしまう。だから若山さんが犯人だとは言えない。若山さんは自分のラボの中で内輪のいろんな事情が背景にあった上で小保方さんとの間で嘘をついてたというだけでしょ。それを呼び戻して結果的には理研の特許絡みの話にしようとした。それは善意だったんだといっても、だからと言って全ての罪を若山さんに着せるなんてことは出来ないですね。
で、結局、若い小保方さんに全てを押し付けて逃げたんです。だから若山さんと理研内部の結託があるんです。
理研の結論は犯人は分からないというものです。当然ですが小保方さんも犯人ではない。でもどうしてキメラができたのかに関しては答えないと世間は許さない。太田ESを使った捏造だと。では犯人は分からないのだから小保方さんは今まで通り理研に務めて居られるかというと、それは世間が許さない。若山さんがESコンタミ捏造キメラなんて作るはずはない。あれだけの回数捏造しているんだから第三者でもない。小保方さんじゃないかと騒がれる。それで首にした。でも犯人は分からないことになっているから、彼女は論文不正をしたのだと理由付けした。そして博士号もだまして自主返上させ再試験で通さなかった。論文掲載料もお前が論文不正したからだと60万返却させた。責任著者たちには支払わせなかった。
バックには文科省があるということです。手記にも書かれているが、小保方さんは恐ろしかったから逃げ出したんですよ。たぶん正解でしょ。国の奨学金も使ってるから恩義にもなってたでしょ。ただほど高いものはない。結婚して自分のささやかな人生に戻るのがいいよ。組織の中をそつなく泳ぎとおすというのはなかなか運が居る。身動きとれなくなって自殺する次官だっているくらいだ。笹井さんも気の毒だった。政治の世界は面倒だよ。関わらないがいい。
ただし、文科省はこの事件そのものには無関係です。事件が天下り不正に及ぶのを恐れただけです。早い手打ちを望んだ。

後は暇を持て余しているいつ死んでも構わない年寄りたちが何の恐れもなく真実の追及を行ったらいいんです。あのねさんは現役なのだったら、あまり関わらない方がいいんじゃ無いかな。そもそも時間の無駄です。年寄りは生きてること自体が無駄だと自覚しているから、あなたがたとは立場が違う。一緒になって騒がないがいい。もう生き飽きたから殺してよと人に頼んでも誰も殺してはくれないんだよ。誰が殺人犯になってまで年寄りの望みをかなえてあげようとする若い人が居るよ。愛おしい孫がおじいちゃーんと言いながら自分の頭をふろおけの水の中に押し込んでくれるのが夢だという話をよく聞かない?
　

(Ooboe さんへの連絡)


まあ、冗談はさて置いて、Ooboeさんたちは自分のブログを早く開設した方がいいと思いますよ。そしてTs.Marker さん、和モガさん、根本さん、DORAさん位に知らせて、そこで自説展開して意見を求めていたら、人々が集まってきますよ。私にも知らせてくれたら伺います。その内興味のある人たちが読むようになります。
書き込む場所がないから学さんのところに間借りしているんでしょ。僕はあそこはため息氏と学氏はほぼ同一人物だと思ってますよ。同一チームかな。そこにいくらOoboe さんが書き込んでも悪口の対象になるだけで、世間の一般人は読んでませんよ。あれは興行手段です。珍しくないじゃないですか。
ため息なんてしたらば荒らしの犯人じゃないですか。金曜日にいつも出掛けている。ああ、これはジムさんしか知らない話でしたか。
パートナーさんに是非ブログ開設してもらってください。難しくないよ。何なら若い人に作ってもらったらいい。


(で、本題)


本題、何でしたっけねエ。
古墳の話が僕の本論の暇つぶしで、釣りの話が息抜きなんだけれど、129の件は気になって困る。分からないまま放置していると気になるからねえ。ほんとにやりたいことに集中できない。


(もう一度Ooboe さんへの連絡)

学さんのブログでは引用ができなかったのでこちらに書きます。


数字花咲かお爺さんが何か口から泡をお吹きなようですね。アワワワワと聞こえる。
Brief Communications Arising を学術論文だとおっしゃっている。理研からの緊急訂正報告ということでしょ。別にBCA論文と言ってもいいけどねえ。太田さんは博士さんなので学術命名規約なんて常識です。
>>
Obtained from H. Ohta. Full names: FES1: 129B6GFP1 FES male; FES2: 129B6GFP2 FES male; ntESG1: 129B6F1G1; ntESG2: 129B6F1G2.

129B6F1G1、129B6F1G2は129がメスだと書いてあります。中身はB6がメスだった。

Ooboe さんはそそっかしいんで僕のコメント読み落とされているようだ。代わりに僕が書いとこうかな。

>
数字花咲かお爺さんが何かフガフガおっしゃっているのでOoboeさんから日経サイエンスの取材に太田さんがどう答えたか教えてあげてください。
>>
この論文のこの細胞だと調査報告書に記載はないですが。
>>
細胞の名称についても特定論文のこの細胞であるという書き方をしていない。

日経サイエンス2015年3月号37P。
>>
大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。これらのES細胞のどれかが、STAP幹細胞FLSの正体として有力視された(核移植ES細胞とは、あらかじめ核を取り除いた別のマウスの未受精卵にも大田マウスの身体の細胞の核を移植したクローン胚から作る。)
>>
この調査で核移植ES細胞は母親が岡部マウスであり、FLSやCLS[CTSの間違い:居士注]、2株の受精卵ES細胞は母親が一般的な白マウスだったことが判明。核移植細胞が候補から外れた。

ここで書かれている核移植細胞が、FLS等の元細胞を探そうとしていた調査チームの目的から不一致なので外された129B6F1G1、129B6F1G2で、桂報告書の細胞リストに挙げられているものだ。

①129B6F1G1　核移植細胞　GFPタイプAcr-CAG(ヘテロ)　性別♂　マウス背景B6N SLS♀/129+te CLEA♂　凍結日2007/8/3
②129B6F1G2　核移植細胞　GFPタイプAcr-CAG(ヘテロ)　性別♂　マウス背景B6N SLS♀/129+te CLEA♂　凍結日2005/1/20

中身のマウス背景とラベル表記のマウス背景が違う。これが問題だということですね。


「大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。」だけでなく、京大に転勤した時にこれらの細胞を理研から持ち出した。日経サイエンス2015年3月号40P。
>>
大田氏はラベルに「129B6F1GFP FES1」と書き、この他に性別、凍結日、継代回数などを書いていたという。略号は、マウスの系統、蛍光タンパク室の遺伝子が入っていることを示す印(GFP)、受精卵から作ったES細胞を示す略号(FES-1)だ。注目すべきは蛍光タンパク質遺伝子の書き方で、GFPだけでは「何が光る」かは、分からない。太田氏によれば「細胞リスト表にはもちろん書いているが、当時、私が使うB6(黒マウス)はすべて岡部先生からの(精子を光らせる遺伝子と全身を光らせる遺伝子が入った)マウスだったので、GFPとしか書かなかった」という。太田氏は「(2010年に)すべて運び出したつもりだが、同じ株がCDBにあったのなら、私が置き忘れたのかもしれない」と話す。

「大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。」のですから「(2010年に)すべて運び出した」中に含まれている。

①②のラベル表記されているものがそれです。基本的にラベルはまずは凍結細胞を解凍して株分けした時に太田さんが書く。この時にラベルと中身が違っていたらそれは大田さんの責任です。
まず②は凍結日が2005/1/20とされている。これは桂報告が書いている日付です。ラベルに書いてあったか否かは分からないが、聞き取りもあってそういうことになってる。つまり2005/1/20の日付は基本的には大田さんがそういってるんです。


この時の論文が調べられていて太田さんの2005年論文とOoboe さんが言ってるものです。表題は以下です。若山さんと二人の共著で責任著者は無論若山さんです。
>>
Generation of Normal Progeny by Intracytoplasmic Sperm Injection Following Grafting of Testicular Tissue from Cloned Mice That Died Postnatally

Biology of Reproduction, Volume 73, Issue 3, 1 September 2005, Pages 390–395, https://doi.org/10.1095/biolreprod.105.041673
Published:
1-Sep-05
Article history
Received:
8-Mar-05
Revision Received:
29-Mar-05
Accepted:

この論文は今山梨大若山研の関係論文アーカイブからは消されました。どうしてでしょうね。以前にはありましたけどね。私が持っているのはそれです。その後相沢さんにOoboeさんのパートナー氏が見せている。
論文は2005/3/8に提出された。細胞は実験の終わった2005/1/20に凍結されたんです。
これが129B6F1のセルトリ細胞から作られたntESです。無論細胞の性別はセルトリ細胞由来ですからオスです。メスにはセルトリ細胞はないです。129はterです。無論、B6は岡部マウスです。太田さんは精子の研究者ですからね。でもここではG1という言葉はありませんね。


129B6F1G1という言葉が出てくるのは2008年論文です。表題は以下で、太田さんがファースト・オーサーで坂出さん、山形さん、若山さんの4人の共著論文です。
>>
Increasing the Cell Number of Host Tetraploid Embryos Can Improve the Production of Mice Derived from Embryonic Stem Cells

Published:
1-Sep-08
Article history
Received:
12-Dec-07
Revision Received:
9-Jan-08
Accepted:
25-Apr-08

論文は2007/12/12に提出された。細胞は実験の終わった2007/8/3に凍結された。
この論文で使われたF1の一つが129B6F1G1と名付けられていて、2005年論文で作られたntESを流用したと書いてあるんです。メスが129でオスがB6とこれはちゃんと文字で書かれている。


大田さんはntESを4株作った。提出されたのはそのうちの2株で、2005年と2007年の凍結分です。2007年分が129B6F1G1だということははっきりしている。129B6F1G2は2005年分を後に名付けたのではないかと推測されるがこれも調査が無いので分からない。そして残り2株は、調査チームはアクロシンが入っているものを取り寄せたかったのでしょうから、多分論文に使われている別のF1でしょうが、桂報告は調査して無いのでわかりませんね。仮に全部岡部マウス関連細胞だったとして以下ですね。
そうでない限り山梨で入れ替えたということになる。

①129B6F1G1　[論文記載背景129+ter CLEA♂/B6N SLS♀]　(ラベル記載細胞)　2007/8/3初期保存凍結
②129B6F1G2　[論文記載背景129+ter CLEA♂/B6N SLS♀]　(ラベル記載細胞)　2005/1/20初期保存凍結
③桂調査背景B6N SLS♀/129+ter CLEA♂　(チューブの中に入っていた細胞)
④桂調査背景B6N SLS♀/129+ter CLEA♂　(チューブの中に入っていた細胞)

大田さんの間違いだったら③④を解凍してラベルを①②と書いたということになる。しかも凍結日を論文に対応して桂調査に答えていることになる。③④が何かということはパートナー氏が本人に確認しているが答えない。③④には少なくともG1という言葉は無いはずです。だから間違えようがないんですね。


大田さんは少なくとも①②を若山さんに正しく送っているんです。中身を雌雄逆の細胞に入れ替えたのは若山さんです。どうしてかというと、FLSは僕が言ってるように小保方細胞核使用ntESなんですよ。あのね氏に説明したように、小保方さんがESコンタミ捏造犯でない限り、テラトーマからアクロシンが出たからには、最初の成功キメラマウスを作るときに若山さんから渡された赤ちゃんマウスのB6は岡部マウスだった。ntES側を余り調べられたくなかったんですよ。だから自分の持っていた雌雄逆のntESに入れ替えて、注意がntESに行かないようにしたんです。ntESはミトコンドリアDNAをその気になって調べられるとばれる可能性がある 。無論、FES1とFES2の中身はFLSです。これも入れ替えられている。太田さんはラベル情報の提供をしただけの結果になった。
理研はFES1とntESG1を若山研から取り寄せた。東北大はFES1，FES2,ntES,FLSを若山研から取り寄せた。東京大学にNHKが依頼した細胞も当然若山さんのところから渡していますね。FES2とntESG2は東京大学からではないですか。

1. 2020/01/06(月) 08:29:53|
2. AC129
4. | コメント:0

(ため息ブログの認識)

(導入)

ため息ブログのブログ主は桂報告書の信奉者ですが、ブログの開設が古くてまだSTAP事件が発生してないときから存在している。
若山さんが犯人だということは分かりましたので、今度は相手の立場に立って、どこが間違っているのかを検証していきましょう。このブログ主は後から参入しているので我々にとっては何が誤認識を誘発しているのかが見やすい。

アーカイヴの2015/11/14の記事に在米ポスドク氏の件が出てくる。一研究者ブログに出て来る妙な奴で、一隅を照らす者国の宝なりという伝教大師の言葉を振りかざす悪趣味な奴でお寺さんが聞いたら黙って実行しろいと一喝されそうな青洟垂れでしたね。こいつがテラトーマの体細胞を小保方さんが縛ってくっ付けたなんて間抜けたことを言い出したんでしたよね。豚腹で自分の足元が見え無いらしい。花壇の縁石の上を走れないらしいぜ。
このコーナーは気楽にいきましょう。もう分かっちゃったからね。我々のやくざ気質をのびのびと展開したいものです。

まずこの人が普通の人だというあたりから。
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Education, 論文捏造
同じ大学の先生なんだけど…
2014年9月26日 terui コメントする
小保方晴子さんに声援を送ろう　という得体の知れない人々の集まるフェイスブックがあって、
(図省略)
と投稿しているヒトがいたのね。リンクしているフェイスブックを開いたら、なんと目白大学経営学部経営学科教授だ。ホスピタリティ・マネジメントの研究をやっているらしく、文系だ。９月１４日の投稿なんだけど、この時期にこんなコメントて…なんかなぁ。わからないことに首を突っ込まない方がいいと思うんだけど。
Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。
小保方に一目惚れのおっさん群の一人だな。このセンセも下の林俊朗先生同様、同じ大学のセンセですと誇りをもって紹介できそうにないな。
ま、向こうも管理者のことを同僚ですなんて言わないだろうけど、言われたら困るけど。

この人は東京教育大の出身で理系です。2014年には目白大学で教えていたということです。この時期まだ桂報告書は出ていません。9月ですから再現実験している頃で、この頃から小保方さんが怪しいと見ているのが分かりますが、誰かに頼まれて書いているわけではないことは明らかです。無論、若山さんと知り合いだったとか学会で話したことがあるとかいう人間関係は我々には分かりませんね。
「Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。」と言ってるんで、結論を待つという態度です。ただ小保方さんが怪しいと思っている。一つには自分が教育者で現場を知ってるということがある。コピペの問題を騒がれたので裏の見える感じがあるんでしょうね。ただ、キメラがなぜできたかという問題が先鋭化していない段階です。
この段階でおかしな人だとは思えませんね。


一か月後の記事です。今度は博論の問題。ここも変ではない。ただし、法律の知識が無いので早稲田の手続きが何を意味しているのかに関して考え抜けしている。逆に一般人は早稲田が変なことしていると直感したところです。関心が論文不正に向かっているから、早稲田が法的に変なことをしているということに気づかない。でもこの時期はまだ情報が出そろってないのでマスコミ報道を疑う段階ではないので、この反応も特段おかしくない。
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Education, 論文捏造
１年間の執行猶予だそうで
2014年10月7日 terui コメントする
１年間猶予をあげるから、その間に研究倫理の講義を受講し、論文を書き直したら、博士を取り消さないよ。だそうで。
早稲田も苦労するね。なんせ論文審査がでたらめだったからですな。主査＝指導教員は１ヶ月の停職だって。停職＋３年間の審査資格剥奪くらいしたら？論文審査できなかったんだから、審査方法の勉強させないと。
Vacanti は論文審査を依頼されていないといっているんだから、それがホントだったら、文書偽造だろ？サインがあるはず。だれも質問しなかったね。
実験の実態が合ったと判断しているらしいけど、ホントか？Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。

我々は既に、この時早稲田は小保方さんが草稿を出したというミスと自分たちがそれを確認せずに博士号を与えたというミスをバーターにして、再審査という詐欺行為を行っていたことを指摘している。マスコミも気づいていないし、この照井さんも気づいていない。この時点で小保方さんは自ら博士号を返上しているんです。そしてなぜそうしたかというと彼らは再審査してもう一度与えるということを臭わせて騙したんです。
「論文を書き直したら、博士を取り消さないよ」と解している。違います。既に自主返納させている。博士号の取り消しは博士論文に不正があるということを証明しない限りできません。彼らは自主調査でその証明ができないことを知ってる。だから小保方さんを騙して自主返納させたんです。これは理研での不正とも何の関係もない。加藤さんは捏造を認めたが、今でも博士でしょ。博士論文に不正が無ければ取り消せません。小保方さんの博士論文の不正は早稲田大学によって証明されていない。
彼らは騙して小保方さんに博士号を自主返納させたんです。詐欺です。弁護士は訴訟するように小保方さんに勧めたんですけどね。絶対勝てる裁判です。早稲田は授業料の返還のみならず、莫大な慰謝料も払わなければならなかったでしょう。これは仮に小保方さんが理研の実験で捏造していてすら勝てる裁判です。
こういうところが理系というのは視野が狭いんですね。学生はコピペするものだ。俺はどれだけみてきたことかと。それはそれ、これはこれという多視野が無い。ニーチェの言うトンボの複眼思考ですね。
ここで既に大きな先入観が入っていることには気づけますね。
「ホントか？Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。」とあって、小保方さんのティシュー論文を読んでませんね。図の差し替えは正式に小島が説明している。この段階ではやじうまレヴェルですね。そして、それはまだこの段階ではおかしくはない。

照井さんがなぜ小保方さんが怪しいという方向にリードされるのかは単に11次元だとかマスコミの偏向報道に感化されているだけでなく、教育現場の惨状を知ってるからというのがある。これはまだ5月の段階の記事です。
>>
Education
中年Hは　おちょくられて　いる
2014年5月29日 terui 2件のコメント
もう過去になったかもしれないが、いやまだ早稲田の判定が出ていないから現在もか、コピペの問題である。小保方の博士論文じゃないけど、実習のレポートは放っておくとコピペが蔓延する。そこで、最初の実習のときから、「レポートはコピペするな、コピペしてもこういう道具があるからばれるのだ」とコピペした実際の学生のレポートを提示している。
機械的なコピペ判定は電子化した文書でないとできない。そこで、学生には紙媒体のレポートと、そのレポートの考察以降の部分をメールに添付して送付させている。コピペ判定ソフトはひたすら類似点を探すわけで、多くの実習は班を作って行うので、同一班なら結果が同一になるのが当然だ。したがって、目的、方法、結果は類似するにきまっているので、考察の部分だけをコピペ判定ソフトを使って類似度を算出するのだ。メール添付書類は紙媒体でのレポートを作成してしまえば、簡単なので学生に負担がないから、学生からの苦情があるわけがない。
レポートの評価は、紙媒体で提出された方で行う。メール添付と紙媒体の内容が一致しているかどうかを比較できるが、そんなことはしていない。紙媒体のレポートの締め切りのほうが早いので、紙媒体のレポートを仕上げてからメール送付するのが普通の手順だ。なにもメールのために新たに考察を書き加える理由がない。
しかし、そこに穴があった。中年H担当のクラスでは、コピペ判定で類似度が高くならないように、そして中年Hはメール添付書類と紙媒体のレポートを照合するわけがないと判断して、メール添付のほうは、昔のレポートの考察とか関係ない文書をコピペした奴がいる。紙媒体のほうは該当の実習の考察をコピペして書くのだ。そのような奴はクラスに数人しかいないから、コピペ判定ソフトで類似していると判定されるわけがない。むしろユニークであると判定されるに決まっている。レポート評価は紙媒体のほうで行うのでコピペがばれなければいいというわけだ。
紙媒体でコピペを判断するのは難しい。１００通近いレポートを読み、誰かのレポートと同じだなと思ってもどれと一致しているかを探すのは大変だ。学生は同じ教科書を参考にしてレポートを書くから、似たり寄ったりになるからますます大変だ。だからコピペ判定ソフトを使うのだ。
一回これで成功したら、紙媒体とメール添付書類を照合していないということがわかり、紙媒体のほうはコピペでメール添付は昔の考察とか関係ない文書を貼付けることを続けるのだ。
一昨年度の中年H担当クラスのメール添付書類を調べたら、いるいる。あー。中年Hは学生におちょくられているのだ。後期の実習の後半のメール添付書類を調べたら常習者がいた。紙媒体のレポートは誰かのレポートと同じだったにちがいない。すでに返却したからわからないが。
圧倒的多くの学生はこのようなことをしないが、同じような教科書を参考に書くから、レポートが何らかの格好で似てくる。これに対して、全く違う実習の考察とか全く関係ない文書のコピーをメールに添付すると、類似度がものすごく低い。あたりまえだな。だから類似度の高いものだけをチェックするのではなく、極端に低いものも見れば良いのだ。
中年Hが「類似度がxx％以上は、機械的にコピペと判断する」なんて学生に宣言するからこういうことになる。同級生と相談して、同じ教科書を参考にしてコピペに近いレポートを書くので類似度がどのくらいになるのか分からず心配である。だから本来の考察の後に関係ない文書を加えたりする。絶対ひっかからないように工夫するのだが、この程度しかできないのだ。
管理者は類似度が高ければ、両方を実際に比べコピペの判定することにしている。なんていったって、機械的な処理をするとエラーが必ず混入するからな。「xx％以上をコピペとする」などと決めつけたら、私は機械任せですよといっているのに等しいからな。学生に馬鹿にされる可能性が高い。


部外者としては気の毒だと思うだけですね。ただ、給金貰っている仕事だからね。
そもそも学ぶというのは真似ぶから来ていて、極端に言えばコピペすることだから、手書きでもさせた方が本人のためにはなるね。真似ることすらできない段階で自分の考えは書けない。ただ先生は評価しなければいけないんでしょ。しかも文科省から指導があるらしいな。まあ、評価試験の仕方はまた別にありそうだけどね。
こういう仕事ばかりしている人がSTAP事件に出会った時、自分の知ってる現場を思うのは仕方ないよね。

というようなことで、この人はこの段階では少しも変ではないというところを確認した後にこれがどこまで続いていくのかを見て行こう。

人脈関係では桂報告書の出たあたりでしょうかね。
>>
Education, 研究, 雑感
米ちゃ〜ん
2014年12月26日 terui コメントする
あらま、米（よね）ちゃん、相変わらずご活躍ですね。



すごいな、ニコニコの動画だと金髪のじじいじゃん。かっこいいい！！理研の外部調査委員のメンバーは記者会見まで非公開だったので、今日の会見までわからなかったよ。
奥様お元気？　奥様もユニークだったよね。面白くて会話するのが楽しかったんだけどね。
この偉い、理研の外部調査委員になった米ちゃんは、管理者の学部学生のときの１年上の先輩ね。よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいったよね。当時は痩せてひょろひょろだったのに、太ってそれなりに貫禄だね。しかし、当時は雀撃ちは下手くそだったね。人がいいからね。嘘つけないんだよね。だからすぐ読まれちゃうんだよね。下級生の管理者に読まれちゃっていたんだよね。当時はクラスが２０名しかいなかったから、先輩後輩関係が厳しく、生意気な管理者はよくK先輩に怒られていたよ。でも米ちゃんは管理者を捕まえて説教することなかったね。やさしかったからね。もっぱら説教するのはK先輩ね。K先輩はその後、どっかの教育委員会委員長になったらしいから、学部のときからその形はできていたんだ。
なつかしいね。

伊藤さんの隣にいた人ですね。東京都医学総合研究所シニア研究員米川博通さんと紹介されていた。
Ooboeさんのパートナー氏が手紙を送っている先の一人ですね。
ブログ主の1年先輩だというが、この段階では委員を務めていたことを知らなかったと書いている。ここもたまたま知り合いだったというだけのようですが、こういう人が言うんだから本当だとは思うでしょうね。でも、この桂報告書は大嘘だらけでしたね。
「よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいった」って、ゴム鉄砲かなあ。そんな時代ではなかったような気もするが。
後で裏事情を電話して聞き出したとかいうことなら又別だけどな。高橋洋一氏がネットで小保方さんが犯人のようだということをチラと言ったので、学者同士のヒソヒソ話があればまた考慮しないといけない。ただし、高橋さんも情報操作されただけかもしれない。

3月の段階でもとりわけスピン屋さんを頼まれている風でもない。ただ桂報告書を素直に信じているという風に読める。
>>
Education, 論文捏造
コピペレポートの結果　　他の大学では
2015年3月11日 terui コメントする
東大教養学部であるレポートの７５％がコピペだったそうな。

期末レポートにおける不正行為について
本学部後期課程において、平成 26 年度冬学期の期末の課題として提出されたあるレポートの文章の約 75%が、インターネット上に公開されている文章からの引き写しであることが判明しました。言うまでもなく、他人の文章の無断借用は剽窃であり、その行為が学問倫理上許されないことは明らかです。教養学部では、前期課程・後期課程ともに「成績評価に関わる試験やレポート作成において、不正行為が認められた者（協力者も含む。）は、その学期に履修した全科目の単位を無効とする」という申し合わせをおこなっており、学生の皆さんへの配布文書にもその旨明記してあります。今回もこれに基づき、厳正な処置をとったことを周知いたします。
今回、こうした不正行為が発見されたことは大変遺憾なことです。今後はこのような事案が二度と起こらないよう、学生の皆さんは学問的倫理を十分に自覚して勉学に励んで下さい。
平成 27 年 3 月 10 日
教 養 学 部

あっちの大学で、同じようにしたら、何人、引っかかるかな。コピー元も同じ処分だから毎年必ず２名はいる。かなり強く警告してもだ。該当実習の評価を０点にしているだけだ。このくらいの大きな処分にしないとだめかな。

至極まっとうな意見だと思われる。

でもこの辺りからは何の証拠もなく失礼を通り越している。人格障害はどちらなのかと疑われてしまう。必要もないこと書いてるね。
>>
Education, 論文捏造
パーソナリティ障害の問題
2015年3月13日 terui コメントする
第５０回作業療法士国家試験問題　午後４７
作業療法中に簡単な作業であっても頻回に助言を求めるのはどれか。
1.　依存性パーソナリティ障害
2.　演技性パーソナリティ障害
3.　妄想性パーソナリテイ障害
4.　非社会性パーソナリティ障害
5.　自己愛性パーソナリティ締害
正解　１　解説するまでもないでしょ

さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1.　依存性パーソナリティ障害
2.　演技性パーソナリティ障害
3.　妄想性パーソナリテイ障害
4.　非社会性パーソナリティ障害
5.　自己愛性パーソナリティ締害
正解　５
精神科医の解説：ドラマ人格の時代？小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。

ここはそうでもない。前半まとも。
>>
Education, 論文捏造
１年経過して
2015年3月15日 terui 2件のコメント
始めSTAP細胞のニュースを聞いて、思ったことは「そんな馬鹿な」だった。管理者の頭は、ジジイだから昔に習った生物学が基本で、その後の発展を系統だって重ねて構築された知識で埋まっているわけではない。
管理者の頭にあったのは、動物と植物の決定的な違いは脱分化の可否だったのだ。だから、STAP細胞のニュースを聞いて、あらま、ES細胞の混入じゃないの？とは思ったわけだが、誰もが考えることがES細胞の混入だから、Natureの査読者もチェックしているにちがいない、だとすると、スッゲーなと思ったわけだ。
んで、すったもんだして、ES細胞を使ったインチキだったことが判明したわけで、なんだかな、管理者が通学の時に地下鉄で読んでいた岩波の生物学講座だったっけ？＝教科書なんかなかったからね＝から、進歩したんだろうけど、誰も制御できない世界になっちゃったんだね。管理者が読んだころの論文には捏造がないという前提で、お互いに、そのデータは事実として議論できたんだよね。
金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。


「金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。」というのはどこから仕入れた情報かな。訳のわからない人というのは竹市、西川、笹井、丹羽さんたちのことになるんだけど、こんな情報を内部から出す可能性のあるのは無論松崎だね。
それとここにはコメントが入っている。
>>
「１年経過して」への2件のフィードバック
バジル
2015年3月21日 9:46 PM
ため息ばかりさん、おひさです。
あちらの方も読みましたよ。もっと書いて！！
理研なんちゃらっていうブログのみさきはわたしです（笑）
なんか腹立たしくて書いちゃった。
で、今日はガーディアン紙の翻訳を読んでほしくてコメントしたけど、
もうね、擁護派の人には何を言っても無駄だとわかりました。
あちらの方は、読んでてめちゃくちゃスカッとします。
本当はあちらのブログをみなさんに紹介したい気分。
カメムシさんも、また唖然とすること書いてますよね（笑）
それにしても、小保方さんってメンタル異常なくらい強いなぁ。

admin
2015年3月22日 5:49 AM
読んでいただいてありがとうございます。
１年間楽しんだわけですが、擁護派がうだうだ言うようだとまだ楽しめるのかな？

一年間別の場所でアンチをやっていたんですね。私は当時は真相を知ることに精力を注いでいたんでこういうのはよく知らない。あちらというのがどこか誰かコメント欄に教えてくれると有難いね。だんだん正体が現れてきているかな。

そしていよいよ在米ポスドクの登場です。醜い豚腹です。人格も醜い。ヒヒヒ。
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Education
１回の活動電位で出入りするイオンの量
2015年4月23日 terui 10件のコメント
どの医学系の大学でも、生理学の講義の２，３回目くらいは興奮性細胞の活動電位がどうやって発生するかだ。
学生が質問してきた。「活動電位が発生するとNaイオンが細胞内に蓄積する。その量はどのくらいだ？量が多かったらまずいじゃん。」
ごもっともな、良い質問だ。すでに２回目の講義でNa-Kポンプの説明を行っていたから、この質問に対して返事ができる。「大した量ではないし、ポンプで排出されるんだよ」だ。
しかし、実際に計算したことなぞなかったから「大した量」の根拠がない。細胞内のKイオンの量に比べ１回の活動電位で細胞外に出て行くKイオンの量なぞ、ものすごく少ないというのは当たりまえだと思っていたからだ。それでもオーダー位は計算して見る価値がある。
細胞外から入り込むNa＋については、一個の細胞に対して細胞外の溶液の量は無限大に近いし細胞内Na＋の量は小さいから、細胞内から出て行くKイオンについて計算してみよう。細胞内のKイオンは有限だからな。以下の計算は合っているかな？だれか誤りを指摘してくれ。
[ 追記 ] 2015.11.14　在米ポスドクさんが誤りを指摘してくれました。以下に訂正しました。在米ポスドクさんありがとうございます。訂正前は青字でそのまま残しておきます。
細胞の直径を20 μmとして計算するとき、その半径10 μmを10 mm-2とすべきなのに　10 mm-3としたのが誤りの原因です。その他の値も原著に忠実にして、それらしくしたので、少し値が違いますが、大筋はかわっていません。
１回の活動電位が発生すると4.7 pmol／cm2のNa+が細胞内に入り6.6 pmol／cm2　のK＋が細胞外に出る（Keynes, 1951, http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1113/jphysiol.1951.sp004608/epdf）。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。Na＋とK＋の出入りが１対１ではないじゃん、という議論は別にして、5 pmol／cm2が出入りするとしよう。下記の仮定がいい加減だから有効数字は１桁で計算しちゃうのだ。1 cm2 は 100 mm2したがって以下では、１回の活動電位で　5 ×10-2 pmol／mm2のNa＋が細胞内に入り、同じ量のK＋が細胞外に出るとするのだ。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径は 10μm すなわち 10 mm–２で 細胞の表面積は4πｒ2だから4 x 3.14 x (10-２)2 = 12 x 10-４ mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル密度が同じだとして計算するのだ。
１個の球形の細胞が１回活動電位を出すと
5×10-2 [pmol／mm2] x 12 x 10–４ [mm2] = 60 x 10–６pmol
つまり、6×10-5 pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 mol のイオン数は６x1023 個でp（ピコ）とは10-12 だから1 pmol とは6×1011個のイオンになる。
6 x 10–5 x 6 x 1011 =36 x 106個のイオンが出入りすることになる。
細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ（２回目の講義資料）。細胞内液 １ L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020　個のKイオンがあるということだ。直径20μｍの細胞の体積は4/3πｒ3　だから4/3×3.14×(10-2)3 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-6 mm3 は 4×10-6 x 10-6 = 4 x 10-12 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-12 =640 x108 個、つまりが細胞内にKイオンは640 x108 個ある。
36 x 106 個　÷　640 x108 個　＝0.056 x 10-2
0.06% 変化する。
１回の活動電位が発生すると４pmol／cm2のNa+が細胞内に入り同じ量のK+が細胞外に出る（Keynes, 1951）。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。1 cm2 は 100 mm2したがって１回の活動電位で　4×10-2pmol／mm2のNa+が細胞内に入り、同じ量のK+が細胞外に出るとする。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径 10μm は 10 mm-3で 細胞の表面積は４πｒ２だから4 x 3.14 x (10-3)2 = 12 x 10-6 mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル濃度が同じだとするわけね。
したがって１個の球形の細胞が１回活動電位を出すと
4×10-2 [pmol／mm2] x 12 x 10-6 [mm2] = 48 x 10-8pmol となり
48×10-8pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 pmol とは6×1023 x 10-12個のイオンだから（「単位の話」を参照）
48 x 10-8 x 6 x 1023 x 10-12 =288 x 103個つまり約30万個のイオンが出入りすることになる。

細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ（２回目の講義資料）。細胞内液 １ L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020　個のKイオンがあるということだ。直径20μｍの細胞の体積は4/3πｒ3　だから4×10-9 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-9mm3 は 4×10-9x10-6 = 4 x 10-15 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-15 =640 x105 個、つまり６千４００万個のKイオンが細胞内にある。
288 x 103個　÷　640 x105 個 個　＝0.45 x 10-2 ≒ 5 x 10-3
0.5% 変化する。
別の推測によると「Ｋ＋イオンの流出量は軸索内部に存在するＫ＋イオンの約１万分の１である」だ。こんなもんかな？
なんか大きすぎるようなきがするけど。おなじようなオーダーだな。
どちにしろ、有効数字が１桁の概算で、１回の活動電位が細胞内のKイオン個数に及ぼす影響はほとんどないだろうで、事実ない。

ここのコメント欄です。一研究者ブログから続々という感じでしょうかね。
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「１回の活動電位で出入りするイオンの量」への10件のフィードバック
在米ポスドク（どこかでお馴染）
2015年11月14日 4:54 AM
細胞の表面積と体積の計算部分で、
細胞半径10 μm を1*10^(-3) mmとされているところ、 10^(-2) mmだと思います。
従って、最終計算結果が体積と面積の次元分だけ１桁異なってくるので、変化率は約0.05%となり、「なんか大きすぎる」という感覚と一致しそうです。
admin
2015年11月15日 10:17 AM
誤りの指摘ありがとうございます。書き換えました。
こんな価値があるとは思えないブログを読んでくださりありがとうございます。
在米ポスドク
2015年11月15日 5:30 PM
訂正を有り難うございます。
以前より楽しんで拝見しておりました。
質問に真剣に取り合ってくれる先生だからこそ、学生さんから良質の質問が出るんでしょうね。コロンバスの和訳を３日３晩考えたクシャミ先生を思い出しました。
それと、余談ですが、鍵箱は小さい六画レンチか小型のペンチをワッシャーの横から差し込んで手前のワッシャーを保定しつつナットを回して緩めればサラねじが抜けるのではないかな、と思いました。
admin
2015年11月16日 11:47 AM
２枚のワッシャはφ3mm の皿ネジで、１枚の方にネジ穴を作って固定しています。ワッシャの間にあるナットは4 mmのものですからスペーサーとして使っているだけです。この止めてあるφ3mm のネジの頭は外部に向いていないので、このネジを緩めるのは、ドアのとってを抜かないと無理です。ドアの取手は軸にネジで固定されているわけですが、このネジは鍵箱を取り除かないとアクセスできないです。
在米ポスドク
2015年11月17日 10:47 PM
あんまり褒められると面映くて、登場しづらくなっちゃいます。六角レンチを変換ミスするくらいのふつつかものです。
ナットはねじに噛んでいないのですね。納得しました。
この仕組みの最大の脆弱性は、４桁の数字でしょうね。システマチックに調べれば２、３時間かかりますが、ダイヤルが回しにくそうなので、学生さんは施錠時にわざわざ数字をランダムに戻さないでしょう。回しやすそうな位置（中央の２桁目）を手前方向に２、３した状態になっていると仮定して試せば、数分で開きそうです。
同じ鍵箱を２つ買ってつけておけば、部外者はどちらの鍵箱に鍵が入っているのか分からないのでセキュリティが高まりますが、見た目が悪いですね。
terui
2015年11月18日 6:28 AM
何桁あっても、おっしゃるように１桁だけ隣の数字にしておくのが多いですね。自転車のワイヤー鍵なんかそうですね。
鍵箱２つはいいアイデアですが、場所がない。バッテリー動作の電子錠なんてのがいいのですが、ドアを勝手に改造することになって、始末書ものになるし、許可なんか申請しても出ないですね。
科学誌印刷業者
2015年11月19日 12:25 AM
　学生の就職先とかの互恵関係にあるところで、個人認証ロックの導入について長期の信頼性確認試験の実験台を求めているところとかないですかね。
　もし見つかれば、大学の認可も得られやすく、しかも無料で導入できると思うのですが。
terui
2015年11月19日 6:51 AM
ちと、具体的に何を想定されているのかわかなないです。誰が、何のためにどのようなことをするのが、教えていただけないでしょうか？
科学誌印刷業者
2015年11月19日 8:03 PM
　指紋、静脈などなどのロック機構では、まだ認証エラーが十分に小さくなっていないように思います。
　比較的少人数で実験台になってくれて、しかも実験の信頼性が高いので、大学が導入を試してみてくれるなら食指が動くメーカがあるかもしれません。
terui
2015年11月20日 7:28 AM
業界が異なるので、そのような需要がどこまであるのかわかりかねます。
静脈認証で思い出すのは；大学の学生宿舎に個人認証で玄関のドアを開閉を制御するシステムを導入すべく、入札になったら、某韓国メーカが１円とかで応札して納品したんですね。手のひらの静脈認証システムでした。エラーばかりで、すべての学生宿舎の認証システムが破壊されてしまった　という事件です。１０年以上前の話です。

豚腹の方から出てきたように書かれている。裏でどういう打ち合わせかは分かりませんね。そしていよいよDORAさんブログで紹介したワトソンの件ですね。
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Education, 論文捏造
まだやっているようだーSTAP
2015年6月30日 terui 1件のコメント
STAP細胞捏造事件は、O が捏造した（公式な理研の調査では断定されていないけど）という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、まだ一部で議論が続いているのね（一研究者・教育者の意見）。ブログの主はO 擁護派ではない批判派でもないといいつつ、O だけが悪いのではない、未熟だったのだ、周囲のシニア研究者、早稲田の教育が悪いと主張するのだから擁護といわれてもしょうがないだろうが。３０歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。
STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検２級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。
O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。
マスコミや管理者のようなB級研究者の妬みによる小保方バッシングがけしからんという主張もある。O 本人の責任ではないかもしれないが、理研が大々的に打ち上げた、組織維持、研究費獲得のため大騒ぎな発表だったからしょうがないだろ。当時の理研執行部を批判するのは当然だが、そもそもの原因はO にあったんだから。S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。
挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。
延々と酢漬けの細胞からキメラを作ろうとしたのだが、当然、失敗続きだったのだが、あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。キメラができたというのは、導入した細胞が全ての組織、臓器に分化した、つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。
キメラができた＝万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。
S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。
ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。
上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。O への教育が悪かったというのも事実で、早稲田の指導教員や女子医の関係者は当然責められるべきだな。最悪な奴はO を利用したV だけどね。どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの？と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば　だけどね。

(中間考察)

さて、やっと彼の認識の全貌が語られましたね。彼はこのブログとは別に事件後すぐに別の場所で小保方さん犯人説を展開していたようですが、今それはちょっと分からないんで、この文章を元に彼の認識の誤りを批判しておきましょう。
>>
まだやっているようだーSTAP

お前もな。何かいう時は自分にブーメランで帰ってこないかどうかいつも確認しながら書いたほうがいい。

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2015年6月30日 terui

まだ小保方さんの手記は出ていないが、丹羽さんと相沢さんの報告は出ている。まだ読んでないようだ。

照井直人さん
神経生理学関係の博士さん
東京教育大の理学部生物学科の動物学の専攻でそのまま教育大の院に進んで、筑波大の講師から始めて教授になり、今70歳前後の先生
この頃65歳前後


>>
STAP細胞捏造事件は、O が捏造した（公式な理研の調査では断定されていないけど）という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、

誰もが認める結論って何人に聞いた? データを示せ。我々はお前はそう思ってるだけだと判断している。

>>
３０歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。

どこが未熟なのか説明してから後に、更に、誰が「未熟だから許す」と言ったのかちゃんと説明しろ。

>>
STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検２級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。

あ、そう。で。

>>
O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。データは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。

あれま、なんという杜撰な論理なんだい。ほんとに博士かよ。馬鹿士じゃないのかよ。もっちょっと論理的に語れよ。中二じゃあるまいし。O が筆頭の論文の責任著者はWじゃねえか。このデータを元に議論しなくて、どこに捏造証拠があるんだい。データはたくさん残されているんだよ。お前知らないのか。誰が信用できないのかを決めるのは証拠だ。お前の思い込みじゃない。

>>
胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。

誰が胎盤が光ったからESじゃないなんて言ってるんだい。勝手に藁人形を作って五寸釘立ててんじゃねえよ。そんな議論誰もしてない。誰がキメラを作ったのかと議論している。桂報告とお前は小保方さんがESを混ぜたと言ってるんだろ。我々は愚か者がとお前たちを断罪してるんだぜ。

>>
正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。

実験をした本人は若山さんだよ。大丈夫かお前は。キメラを作ったのはまず若山さんだ。そしてどんなマウスを渡したか記録してないのも若山さんだ。最初のマウスはGFPヘテロマウスなんだぜ。「僕のマウス」じゃないんだぜ。そんなことも知らないだろうが。間抜けが。ちゃんと調べてからものを言え。

>>
論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。

論文と残されたデータを比較しないで何が出来るんだ。お前は小保方さんがESをコンタミしたからキメラができたと思ってるんだろう。キメラができたと書かれているのは論文だ。論文にキメラが出来てないと書かれていたら事件は無いだろう。間抜けたことを言うな。お前頭大丈夫か。

>>
そもそもの原因はO にあったんだから。

そもそもの原因がWにあったことを同時に考えもしてない愚かな頭で研究者だって?　B級研究者が怒るぜ。他人迷惑な謙遜してんじゃねえよ。

>>
S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。

お前それを誰に聞いた? Wか、それともMか。それとも在米ポスドクか?

>>
挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。

お前のインチキ精神医学の見立てかね。
>>
さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1.　依存性パーソナリティ障害
2.　演技性パーソナリティ障害
3.　妄想性パーソナリテイ障害
4.　非社会性パーソナリティ障害
5.　自己愛性パーソナリティ締害
正解　５
精神科医の解説：ドラマ人格の時代？小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。
教育してんの? 魔女狩りやってるの? お前東京高等師範の出なんだろ。恥ずかしくないか。

>>
あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。

太田ESは解凍しないと使えないということが分からないのか。テラトーマからAcr-CAGが出ているのを知らないのか。「意図してか誤ってかわからないが」とは何だ。太田ESだったら意図してに決まってるだろうが。曖昧なことを言ってるんじゃねえよ。最初のキメラのF1はGFPヘテロマウスなんだよ。桂報告に書いてあるだろうが。「僕のマウス」じゃない。

>>
つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。

そうだ。Wがキメラを捏造したから、サポート実験の捏造を誘発したのさ。すべての原因はキメラを捏造したＷだ。そして増殖率の捏造はＥＳ細胞の分であって、FLSではない。FLS1～8の40Ｐのサンプルが木星リストに残されている。この部分のレトリックは桂報告書の捏造で、Ooboeさんのパートナー氏によって 謝金支払い表が公表されている。彼女は殆ど皆勤している。

>>
それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。

何をわけの分からないことを言ってるんだ。最初のキメラの次はＧＬ作成時のGOFキメラが作られているはずだし、翌年にはGLS時のキメラ、FLS時のキメラ、又胎盤が光ったと言った時のキメラが作られている。何が再現性が無いだ。桂報告すら理解できてないじゃないか。


>>
キメラができた＝万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。

何をトチ狂ってるんだ。お前全然論文読んでないじゃないか。レーンの話はSTAP細胞のＴＣＲ再構成ありのＰＣＲ証拠写真だ。ポリクローナルな集団だからあって当たり前だ。その写真の一番わかりやすいと彼女が思ったレーンを切り貼りして白線を入れるルールを誤解してたと言うだけだ。定性の場合は不要、定量の時は入れないといけないと思っていたからだ。博論の写真はテラトーマに若山さんが幹細胞を注射して小保方さんでも出来すぎだと疑われたから使わなかったんだよ。お前何一つ調べてないだろ。

>>
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。

馬鹿野郎。お前のことだ。

>>
S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。

お前自分のこと言ってるじゃないか。お前Live Cell Imaging の動画見てないだろう。そもそも論文読んでないな。

>>
ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。

お前最近自分で自分のことおかしいと思い始めてるだろう? 65歳でボケるのは早いぜ。ガキに囲まれてセンセ、センセと言われてるとボケが早いとはいうけどな。

>>
上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、

見抜くもへったくれもない。そのシニアが犯人なんだよ。騙されていたのは小保方さん。

>>
理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。

根源はWなの。お前デカルトの方法的懐疑でも勉強し直せ。

>>
どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの？と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば　だけどね。

博士論文じゃなくて自分が実験して責任著者になっいるレター論文をちゃんと見たらこんな事件はなかったろうが。馬鹿かお前は。彼は通らないと高をくくっていたからこうなった。お前と同類の不正直さが事件の原因だ。




💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　👏　👣　👅　💋　🐦　👻　⛅　💩　🌠　💚　

つまらないから、この考察は中断。特許の話に行こう。

📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　


(特許の件)


根本さんブログに最新情報がある。ここに保存する。
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理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問
小保方論文の「改竄」「捏造」認定の不合理さ、バッシングの理不尽さ
2019/12/26
日本の特許庁での分割出願の動向（2019年12月初め現在）


Hidetaroさんに教えていただいた日本の特許庁での一連の動きについては、（仕事が多忙で落ち着いて読む余裕がなかったので）年末年始に読んでみたいと思います。



■2018年6月になされた分割出願の審査情報を閲覧するには、以下の画面から次のように辿ります。

https://www.j-platpat.inpit.go.jp/c1800/PU/JP-2015-516812/4D92FD4AEBCC7C813319CF58F47322014AE0C30B0CE7C9F998A6F49668E6F57A/11/ja　

　のサイトの右欄の、「経過情報」をクリックします。

　その表のタブの「分割出願情報」をクリックします。

　そうすると、「第一世代」の分割出願として、「特許出願 2018-117481」が記載されていくので、それをクリックします。

　そこに、一連の審査記録が表示されます。



■それをざっとみると、主な変更は次のようなものかと思います。



1　出願人の変更

日本の特許庁への出願人は、米国の場合と異なって、ハーバード大ブリガム＆ウィメンズ病院でしたが、米国と同様、V-CELL社に変更になっています。



2　日本での代理人の変更

　代理人が、高島特許法律事務所から山本特許法律事務所に変更になっています。11月28日付で山本事務所の代理人が選任され、12月2日付で高島事務所の代理人が辞任しています。

　11月28日の請求項の補正、意見書等は、すべて、山本事務所の代理人によって行われています。



3　請求項の変更

 19年5月28日付の拒絶理由通知を受けて、請求項を、

分割出願後当初の、

「Ｏｃｔ４を発現する細胞を含有する細胞塊を生成する方法」から、

「細胞集団中の多能性の幹細胞マーカーを発現する細胞の数を増やす工程を含む、非胚性の正常な分化した体細胞の集団において多能性細胞の数を増やす方法」

　に補正（修正）しています。



　STAP細胞出願の一番当初は、「多能性細胞を生成する方法」でしたが、それが「OCT4発現細胞含有の細胞塊の生成方法」になり、今回、「細胞集団の中の多能性マーカー発現細胞増加を含む多能性細胞を増やす方法」になりました。



　大きな拒絶理由の一つが、「もともとの出願の発明の課題が、細胞を脱分化させて多能性細胞を生成することだったはずだが、OCT4発現だけでは課題解決にならない」というものでしたので、それに対応して、再び、多能性細胞について、「細胞集団の中で増やす方法」としたようです。

　「増やす」という意味が分かりにくいのですが、11月28日付の「意見書」の中で、次のように書かれています。

 ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

「ほとんどの組織は、少数の多能性細胞を含みます。本願発明は、元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法に係る発明です。

　当業者は、本願発明の解決課題（すなわち、細胞をストレスに供することにより細胞を脱分化させ、多能性細胞を生成すること）が、補正後の本願発明の方法によって解決可能であることを容易に認識できますし、本願明細書の開示内容は、当業者が過度の試行錯誤を強いられることなく補正後の本願発明を容易に実施できる程度に十分に理解できるものです。

 　また、補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能であることは明確です。出願人はここに、本願において開示される方法の確実性を証明した、本願出願後の３つの論文を甲第１～３号証として提出いたします。甲第１～３号証は、審査官殿のご指摘とは異なり、外来遺伝子などを導入することなく、ストレス曝露のみによって細胞が脱分化できることを明確に実証しています。」

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊



 「元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法」と書かれているのを読むと、嘗てのバカンティ研究室の「芽胞様細胞（spore-like cells）」や東北大のMuse細胞のコンセプトを連想しますが、その後には、「脱分化」と書いてあります。



拒絶理由の中に、以下の指摘があります。

 ＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

そうすると、両Nature論文に掲載された実験データを取得した一連の研究活動と同一の研究活動に基づく本願明細書記載の実験データは、本願明細書に記載されたとおりの手法により得られたものであるか否かが不明であり、その信憑性について疑義があるというほかない。

一方で、本願の発明の詳細な説明の実施例と同内容を開示していた両Nature論文（参考文献１、２）の研究内容自体、すなわち、外来遺伝子の導入等なしに低pH等のストレス曝露のみによって細胞を脱分化させ得るか否かについて、参考文献５には、複数の研究グループによって、低pH曝露等による多能性細胞生成（STAP現象）についての再現実験が行われた結果（本願発明者の一人であるVacanti氏の研究室で行われたと認められるものも含む）、両Nature論文に記載されるようなSTAP現象を再現することはできなかった、と結論付けられている（参考文献５の第E6頁左欄第1,2段落, 第E8頁左欄第2段落）。その上、理化学研究所における解析の結果において、両Nature論文につき、用いられた全てのSTAP細胞関連材料はES細胞に由来するものであったことが判明し、細胞ストレスによって多能性細胞へと再プログラム化するという論文の証拠には異議がある、との結論となっ　　たものと認められる（参考文献６の第E5頁右欄第2段落）。そして、両Nature論文の共著者の一人（本願発明者ではない）による理化学研究所の検証実験チームの報告においても、STAP現象の実際の科学的重要性を調査すべく両Nature論文や関連情報に示された方法に基づいて再現実験を行ったものの、両論文に記載されたようなSTAP現象は、再現不可能（not reproducible）であると結論付けた、とされている（参考文献７のSummary）。

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊



　これに対する反論のひとつとして、下記の＊＊＊＊以下のように述べています。

　専門的なことはよくわかりませんが、反駁の趣旨は、以下のようなことだと理解しました。違っていたら、ご指摘ください。



「審査官は、「ネイチャー論文が取り下げられたし、桂調査委やそれを踏まえた理研グループの論文でES細胞混入だと結論とされているのだから、その取り下げ論文に依拠した主張をしても駄目だ」というが、取り下げ理由に含まれない部分で有効なデータが多々ある。透過電子顕微法や細胞ライブイメージングなど、小保方氏らが操作しようがないもので、「公正な参考研究所で行なわれた」客観的な試験データである。

　それらのデータをみれば、ES細胞では説明できない事象が多々ある。それらのデータによって、ストレスによる多能性細胞の増加という現象を裏付けできる。

　補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能である。」



＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊

【意見書抜粋】

　審査官殿は、参考文献１および２の両Nature論文が共に２０１４年７月３日に取り下げられた点についてご指摘です。これら両Nature論文が取下げられた理由は、当業者が本願発明を追試するのに必要な情報である「ＡＴＰ」の必要性について開示していなかったからです。

　ＡＴＰの重要性については、本願の実施例１において明確に示され、表３によって実証されています。

　多能性の意味をどのように規定するかは様々ですが、データははっきりと、細胞にストレスを加えて多能性へと方向付けることができることを実証しています。例えば、本願の図１Ａ～１Ｄをご参照いただきますと、図１Ａ～１Ｄは、ＣＤ４５陽性体細胞からのＯｃｔ４発現細胞の生成を示しており、特に、図１Ａは、ストレス処理細胞のＯｃｔ４－ＧＦＰ発現を示していますが、ストレス処理細胞がＯｃｔ４－ＧＦＰを発現した一方、非処理コントロールはそうではありませんでした。また、図１Ｂは、ストレス処理細胞および非ストレス処理コントロールの集団分析を示していますが、ＧＦＰ発現細胞集団は５日目でストレス処理群においてのみ観察されました。図１Ｃは、ストレス処理の前および後（７日目）のＣＤ４５陽性細胞の細胞サイズ分析を示しており、図１Ｄは、ストレス処理後のＣＤ４５陽性細胞の経時変化を示しています。これらの図は、ストレス処理した細胞において、最初はＣＤ４５が強発現していたものが、ＯＣＴ４が出現し、経時的に強くなるとともに、ＣＤ４５発現が経時的に次第に弱まる様子を示す、連続的な画像を示しています。胚性幹細胞はＣＤ４５を発現しませんので、この現象が胚性幹細胞の混入に拠るものであったと主張することはできません。ＣＤ４５＋細胞、ＳＴＡＰ細胞および胚性幹細胞の透過電子顕微法は、ＳＴＡＰ細胞の像が、胚性幹細胞とは異なるユニークな核クロマチン密度を有しており、それが、混入した胚性幹細胞ではあり得ないことを示しています。

　Nature論文（参考文献１）は、ＳＴＡＰ細胞が多能性マーカーを発現することを示しています。特に、ＧＦＰ陽性ＳＴＡＰ細胞が、様々な幹細胞マーカーを発現し、その発現が３日目～７日目にかけて増える様子を示した、図２ｂをご参照ください。個々の量が、胚性幹細胞について示されるものとは異なるので、その発現が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを示しています。また、図２ｃは、成体ＣＤ４５＋細胞と比較した、ＳＴＡＰおよび胚性幹細胞のＯＣＴ４プロモーターの後成的な変化を示しています。

この試験は、公正な参考研究所で行なわれたものです。ＳＴＡＰ細胞および胚性幹細胞は、対照と比較して顕著な脱メチル化を示しています。ＳＴＡＰ細胞は、胚性幹細胞とは異なる脱メチル化パターンを有しており、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図２ｆは、アルカリホスファターゼ染色を用いた異なる解離パターンを示しており、これもまた、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図３は、低ｐＨ処理による様々な細胞からのＳＴＡＰ細胞変換を示しています。図３ａおよびｂは、ＳＴＡＰ細胞および胚性幹細胞の両方からの胚性幹細胞マーカーの相対的発現を示しています。両方の細胞型がこれらのマーカーを発現していますが、その相対的な発現パターンは明確に異なり、このことは、ＳＴＡＰ細胞の結果が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを証明しています。図５ａは、ＳＴＡＰ細胞と胚性幹細胞の間の明確な形態の違い、ならびに、ｋｉ６７およびＢＲＤＵの量の間の顕著な違いを示しており、ＳＴＡＰ細胞が胚性幹細胞と異なるものであることを示し、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図６は、体細胞組織に由来するストレス処理した細胞から誘導された、体細胞組織のＳＴＡＰ細胞への変換を示しています。図５ｆは、ＳＴＡＰ細胞がＸ染色体不活化の形跡を示す一方で、胚性幹細胞がＸ染色体不活化の形跡を示さない様子を示しており、ＳＴＡＰ細胞を胚性幹細胞から区別しています。また、図９は、ＯＣＴ４産生に関して様々な組織に対する様々なストレスの影響を示しています（成体組織が胚性幹細胞を含まないことから、根拠が確実であると言えます）。さらに、図１ｃはＦＡＣＳ分析を用い、図２ｂの広範囲にわたるデータは、ストレス処理したＣＤ４５＋細胞が次第にＣＤ４５発現を失う一方で、ＯＣＴ４の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はＣＤ４５を発現しませんし、死細胞がＯＣＴ４産生を次第に増加させることもありません。

　Nature論文（参考文献２）は以下に示すような広範囲にわたるデータを提供しています：図３ｂおよびｃは、胚性幹細胞および成熟ＣＤ４５＋細胞と比較した、ＳＴＡＰ細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示しています。各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、ＳＴＡＰ細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体ＣＤ４５＋細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示しています。図４もまた、セグメントｂおよびｃにおけるトランスクリプトーム分析を示し、そのヒートマップは、成熟ＣＤ４５＋細胞、ＣＤ４５＋細胞および胚性幹細胞をストレス処理することによって誘導されたＳＴＡＰ細胞についての異なる発現値を示しています。図６ｄは、全般的発現プロフィールの階層的クラスタリングからの１クラスターを示し、ＳＴＡＰ細胞が、その由来となったＣＤ４５＋細胞とも胚性幹細胞とも異なり、かつ、別の細胞であることを明確に示しています。

　上記Nature論文の方法が機能しない（ＳＴＡＰ現象が再現不可能）と結論付けた論文は、ＯＣＴ４＋ＧＦＰ蛍光が死細胞の自発蛍光であったと記載しています。このように、本願明細書および参考文献１～２は、ストレス誘導因子が、高い割合の成体ＣＤ４５＋細胞を死に追いやったことを示しています。これらは自発蛍光を有したはずです。ストレス処理したＣＤ４５＋細胞の時系列動画（対応する論文

（https://www.researchgate.net/profile/Masayuki_Yamato/publication/259984904_Stimulustriggered_fate_conversion_of_somatic_cells_into_pluripotency/links/544edcd90cf2bca5ce90beeb/Stimulus-triggered-fate-conversion-of-somatic-cells-into-pluripotency.pdf）のvideo　1）は、堅牢な拡張型のプロセスであり、ストレス処理したＣＤ４５＋細胞が非常に生き生きしており、次第に緑になる（ＯＣＴ４発現が徐々に増える）様を示しています。ここで観察された細胞はあらゆる時点においてＯＣＴ４を発現し、初めから緑になっていますので、混入した胚性幹細胞ではあり得ません。なお、参考文献１と同様、図１ｃではＦＡＣＳ分析を用い、図２の広範囲にわたるデータは、ストレス処理したＣＤ４５＋細胞が次第にＣＤ４５発現を失う一方で、ＯＣＴ４の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はＣＤ４５を発現しませんし、死細胞がＯＣＴ４産生を次第に増加させることもありません。

　上記のとおり、本願明細書のデータは、ＡＴＰの重要性を示しており、補正後の本願発明の方法をサポートしています。ＡＴＰ処理を含めた本願発明の方法は、参考文献１～２の方法に基づくものであって、その後の論文において反駁されておらず、また、実施可能であることを裏付ける証拠も存在しています。

　例えば、上記甲第３号証（Ｂａｔｉｅら）は、多能性を取り扱った文献ではなく、ＡＴＰ処理も含めていませんが、補正後の本願発明を裏付けています。

　（以下略）」

＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊＊



　これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法（増加方法）」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して（笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ）、主張するということのようです。

　http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf



　ただ、実施可能であることを裏付ける証拠として挙げている甲3号証以下の実験論文？等が、実際どういうものなのかは、よくわかりませんが・・・・。

teabreakt2 7日前


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ヴァカンティが主張しているのは小保方細胞があるということですね。ライブセルイメージングはCD45+細胞、つまり白血球をFACS選別して酸浴刺激を与えたのちの細胞であるから、まずESはCD45を発現しないから入ってないよと言ってる。でも小保方さんが人の知らない間にGOF-ESをポトリと落としていたらESは入り得る。でもまた、GOF-ESが入っていたらライブセルイメージング観察の最初から光ってるはずだが、最初は何も光らないと言ってる。
ここはヴァカンティが正しいんですね。小保方細胞はあるんです。

大筋でこの特許の受理が難しいのはキメラができた理由がESコンタミだと桂報告書が言っていて、審査側はそれを疑ってないことです。つまり小保方細胞があることは認めても、それは、スタンダードなプロトコルではキメラも又テラトーマも作られていないので、多能性細胞であることを認めることはできないということです。
これは小保方細胞を若山さんがntES化しているということを審査官が認めたとしても同じですね。無論、そんなことは申請側は言ってないが、言ってたとしても特許は認められない。ntESならキメラが出来ていて何もおかしくない。その特許は若山さんのものです。もし、小保方細胞核を使っていたとしても、そのことによってどんな新しい事実が解明されたかを申請しない限り、ヴァカンティ側の特許は認められないでしょうね。でも、ヴァカンティはntES化したかもしれないとは思ってませんね。ただ、キメラがESのコンタミでできたと聞いているからそんなことは無いはずだと主張している。

我々の観点では小保方細胞の性質は以下です。

①内在性のOct4を代表とする多能性遺伝子発現をする。
②数はスフィア塊単位でも少ない。20から50個に対して一つ程度三胚葉分化する。
③ヴァカンティ足場を使うとテラトーマライクができる。スタンダードなプロトコルではできない。

ここまではティシュー論文段階で、三胚葉分化は小島も追試してネスティンを発見している。
ここに理研若山研で酸浴刺激実験の結果で発見された性質が加わる。

④内在性Oct4だけでなくOct4-GFPを発現する。それも大量に発現する。

しかし、これは丹羽さんの検証実験では酸浴という亜致死条件下でのGFPの漏れ出しの可能性指摘があった。つまり、GFP蛍光自体は本物で大量に光るが、内在性のOct4遺伝子の発現は無いというものである。これは知られていなかったアーティファクトによる誤認ということになる。ただし、丹羽さんは小保方さんの行った通りには検証していないので、小保方さんが普通に行えばどういう結果になったかは分からない。そして少量ではあるが本物のOct4遺伝子の発現も確認していて、スフィア塊単位での三胚葉分化実験結果は理論的にあり得ることを証明している。ただし、実際の確認に関しては行ったか否かも含めて報告がない。
こんな簡単に出来る実験に関して黙秘していること自体に意図が感じられるところである。分化の確認がなされていたら、事実事件化後に小島はネスティンを確認しているので、第三者の確認として重要な証拠になったところだが、理研は意図的に黙秘していると疑われても仕方がないところである。

関さんやノフラーは自家蛍光だといいましたね。そして丹羽さんの見つけた漏れ出し現象を発見できなかった。そのくせ自家蛍光だと言い張ってた。笹井さんがあんなにライブセルイメージングはESや自家蛍光で無いと言ってたのにではなぜと考えることをしなかった。そしてそれを追求しなかった。分からなかったら分からないと言って置けばいいのに、あんまり頭が良くないんですね。博士でも馬鹿はいるということです。そもそも就職できなかった落ちこぼれが院に残っているってのが最近の嘆かわしい現象なのかもしれない。まずは土下座して小保方さんと日本中に謝れや。お前たちの間違いが世間に与えた影響は大きい。これは小保方さんがESコンタミ犯だと後からわかったとしても取り消せない罪だということだ。早稲田大学が博論の捏造を証明しないまま小保方さんを騙して自主返納させた詐欺罪と同じだ。仮に小保方さんがESコンタミ捏造犯だとしても無視されることのできない罪だ。

⑤理研ではＳＴＡＰ細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示して、各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、ＳＴＡＰ細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体ＣＤ４５＋細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示していると、ヴァカンティはだから新種の多能性細胞だと主張している。

ここはTs.Markerさんや、学さん、アルイミオウジ氏、和モガ氏、Ooboeさんとパートナー氏らが論文通りのSTAP細胞があることの根拠にしているところだが、このトランスクリプトーム分析自体は特定のいろんな細胞の発現パターンが違っていたということ以上を意味していない。多能性証明はそれぞれの細胞からキメラが作られなければならない。
この場合、多能性を語る以前に、例えば別のES細胞を今分析したらレター論文のESのトランスクリプトーム分析と全く同じ発現になるということが先に証明されていないといけない。STAP細胞然り、STAP幹細胞しかり、CD45+細胞しかり、TS細胞然りである。これだけでは何も言えてない。

根本さんは正しくヴァカンティの意図を以下のように纏めて居るようです。
>>
　これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法（増加方法）」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して（笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ）、主張するということのようです。

特許を申請する以上、"多能性"主張を取り下げることはできません。つまり発見に関して独占権を主張する以上、何か有用性が付随していないといけない。もし多能性を外すと、ただ妙な細胞を見つけたということだけになってしまう。学問的な発見ではあり得ても、発見自体が何であるかということが確定して無いと特許の主張になりようがない。多能性はキメラができたことによって証明されていますから、ヴァカンティは小保方細胞からスタンダードな手話でキメラができたと主張するよりない。しかし、実際には私見によれば、若山さんはスタンダードな手法ではキメラを作っていない。つまりntES化の別の実験をしてた。桂調査は知ってか知らずか、ntESの可能性を排除してしまった結果、既存ESによるコンタミ結果としているので、審査官が桂報告を信頼している限り、特許申請は却下されること火を見るより明らかです。
この時、審査官が我々のntES説があることを知って、同意したとしても、特許は通りませんね。事実として小保方細胞からキメラがスタンダードなプロトコルでできたということは否定されているのですから。

ヴァカンティは小保方細胞があるということを主張している。そしてキメラができたということは疑義していたとしても、自分では言わず、審査官が、拒絶理由に、小保方細胞はあり、既存ESでも無いということを述べてくれるのを待っているようです。それを審査官が言ってくれたら彼は自分の仕事と地位を回復できる。それが彼が特許を争っている理由でしょうね。
審査官がキメラが作られた細胞は小保方細胞ではなく、かつ桂報告が主張するような既存の細胞でもなく、ntESでもあり得るが、特許は認めないと結論してくれたら、今度は理研と若山さんに賠償請求訴訟が起こされるんでしょうね。彼には自分が捏造に関与してないということを証明する他の手段が無いんですね。米国での事件だったらとっくの昔に警察が入って解決してますね。

1. 2019/12/31(火) 16:40:39|
2. AC129
4. | コメント:36

(レター論文FI幹細胞記述のリヴュー)


もう一度レター論文のFI-SCの件に関する記述を検討しましょう。STAP幹細胞の後の説明です。
>>
We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4. When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ~30% of wells). The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins integrin α7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).

STAP細胞をTS培地で培養したらどうなるかを試したというところからですね。既述しているFigure 2-aとbの実験ですね。96ウェルプレートのそれぞれにSTAP細胞塊を1個ずつ置いた。最大30%までのウェルで平らな細胞塊が成長してきて、免染の結果、インテグリンα7とEomes蛋白とCDx2等の遺伝子マーカーを発現したというわけです。ここは既に確認したところです。
マテメソでは最大50%と書かれていて微妙にニュアンスが異なっている。
>>
Cell culture
STAP cells were generated from low-pH-treated CD45+ cells, followed by culture in B27 + LIF medium for 7 days, as described1. For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 on MEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates. In minor cases (10 out of 50 experiments), no colony growth was observed and/or only fibroblast-like cells appeared. The cells were subjected to the first passage during days 7–10 using a conventional trypsin method. Subsequent passages were performed at a split ratio of 1:4 every third day before they reached subconfluency.

で、本文の続きです。
>>
These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day. Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)<13> or STAP stem cells.

30継代以上できたんですね。その結果ここで初めてFI-SCと名付けられた。これは遺伝子操作しないES細胞ともSTAP幹細胞とも違うと強調される。更にこう続く。
>>
In the blastocyst injection assay, unlike STAP stem cells, the placental contribution of Fgf4-induced stem cells (cag-GFP-labelled) was observed with 53% of embryos (Fig. 2f, g; n = 60). In the chimaeric placentae, Fgf4-induced stem cells typically contributed to ~10% of total placental cells (Fig. 2h and Extended Data Fig. 2a, b).

STAP幹細胞キメラは胎盤貢献しないが、FI-SCキメラは60匹の中で53%が胎盤貢献していたという。その胎盤への貢献度は最大10%程度だったと。
Figure 2-hは以下です。FACSでGFP細胞をソートした結果です。



そのリジェンドです。
>>
h, Quantification of placental contribution by FACS analysis. Unlike Fgf4-induced cells, ES cells did not contribute to placental tissues at a detectable level.

Extended Data Figure 2-bは以下です。



そのリジェンドは以下です。
>>
a, b, Immunostaining (cross-section) of placentae obtained in the blastocyst injection assay with GFP (constitutive)-labelled ES cells (upper) or Fgf4-induced stem cells (bottom). Brown shows pan-cytokeratin and red shows GFP (ES cell or Fgf4-induced stem cell contribution). Regions indicated in a are shown in b. Fgf4-induced stem cells contributed to all layers of placentae, whereas no contribution was observed with ES cells. a, Scale bars, 5 mm. b, Scale bars, 50 μm.

本文の続きです。
>>
Despite their similarities, we noted that Fgf4-induced stem cells also possessed some critical differences compared with blastocyst-derived trophoblast stem cells. First, Fgf4-induced stem cells exhibited moderate GFP signals and expressed a moderate level of Oct4 (Fig. 2b; moderate and low levels of immunostaining signals were also seen for Oct4 and Nanog proteins, respectively; Extended Data Fig. 2c), unlike conventional trophoblast stem cells that have little Oct4 expression (Fig. 2e). Second, unlike trophoblast stem cells, blastocyst-injected Fgf4-induced stem cells also contributed to embryonic tissues (in all cases that involved chimaeric placentae; n = 32), although the extent of contribution was generally modest (Fig. 2g).

上で60匹のキメラの内の53%が胎盤貢献していたと書かれていた。ここではそれが32匹と書かれている。つまり53%ですね。若山さんがFI-SCでキメラを作っているんです。そしてその胎児胎盤を渡している。小保方さんはそれを免染とGFP保有細胞をFAC選別することで調べた。
Extended Data Figure 2-c は以下です。




そのリジェンドは以下です。
>>
c, Pluripotent marker expression of Fgf4-induced stem cells. Scale bars, 50 μm.

遺伝子発現解析をしてこれは大変なことだと笹井さんは興奮しているわけです。遺伝子発現解析に驚いているのではない。遺伝子はいろいろと条件の変化によって発現形態を変えますから、いろんなマーカーが出ているから驚いているわけではないわけです。
そもそもこの細胞は酸浴させた体細胞で、多能性を獲得していて、その証拠にキメラが出来ているんです。そのキメラのできているSTAP細胞をあれこれと培地誘導した細胞でキメラを造ったら、一つには実際に胎盤貢献しているという実験結果が出たのと、もう一つは、その細胞の遺伝子解析をしたらTSマーカーとESマーカーとどちらも出ているから驚いている。最後のは付け足しです。キメラができたから仰天していて、その胎盤からGFPが出たからまた仰天した。ここをまず確認しないといけないんですね。遺伝子解析結果は従の従です。
我々はキメラは出来てないと見たわけです。ntES化によるいたずらだと。そして胎盤は光っていてはおかしい部分だけを選んでGFPのFACSソーティングを行ったかと疑義しているわけです。胎児側胎盤内血管とか卵黄嚢は胎児側の組織ですからそもそも光っていて当たり前です。光っていてはいけないのはラビリンス部分です。ここはESでは光らない。自然胚だと胎盤は母親側と胎児側の両方で形成されてくる。胎児のトロフォブラストがラビリンスに入り込む。でもESはもともとトロフォブラストを形成できないので、ESキメラの胎児側ラビリンスはリシピエント胚の中のトロフォブラストが形成に預かる。4Nでも同じで、このことは若山さんのところの特許申請書の説明にも書かれている。
大本の酸浴STAP細胞からキメラが出来ていなかったら、遺伝子解析結果に大した意味はありませんよね。ラビリンス以外の胎盤や、胎膜(漿膜・羊膜・尿膜) ではない卵黄嚢を調べてGFPがあったというのでは、遺伝子解析に意味は有りませんよね。遺伝子解析単独では何も言えてない。キメラが出来て初めて多能性細胞だと言える。ラビリンスが光って初めて、STAP細胞キメラやFI幹細胞キメラの胎盤貢献が証明される。あの写真がラビリンスだけの蛍光写真だとどうしてわかりますかね。
大事なのは確かにキメラになったということと、胎児側のラビリンスや、胎膜が光っているという証拠です。遺伝子発現解析結果ではない。

では、キメラもできてない、胎盤も光ってない、つまりいたずらと勘違いだったとして、この遺伝子解析結果は何を意味することになるのか。普通のESではないということは証明されていますね。この時の証拠こそ遺伝子解析結果以外にに無いわけです。キメラも胎盤蛍光も無かった。その細胞の遺伝子発現解析結果だけがある。
査読者のアドヴァイスによるJAKiの実験はこれがESでないことを証明してくれた。Figure 2-jはここで使われたFI-SCがESでないことを証明した。そして隣の2-kの実験は同じFI-SCにESでは出ない筈のCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7が発現していて、かつES細胞はコンタミしてないことが示されている。可能性としてはTS細胞がコンタミしていたのではだったのではないかということだけです。
捏造しようとしていたのならGRAS提出試料とこの実験で使われた試料が同じという保証は有りません。この実験はTSで行われたのかもしれない。それは残存サンプルを解析しないと分かりませんよね。このサンブルは木星リストに残されていますね。桂地チームは調査してないですね。もう一度貼り付けましょう。





青文字の寺下さんの③④はFI-SCでしたね。ESのJAKi実験は(下段)の小保方さんの⑰⑱でした。従ってFI-SCと書かれていないが③④はそうなんですね。
(上段　8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

RNAサンプルですからCAGの人工遺伝子のRNAがあれば見つかりますね。TSでは無いとすぐわかる。

ところで、丹羽さんのCD1のTSにはGFPは入っていない。でも若山さんのTSにはGFPが入っている。「僕のマウス」TSですよね。自然胚に入れてTS細胞のGFPが光っている写真を比較用に撮ったものがあるはずなのに何も使われていない。これもおかしな話なんですけどね。

本文を読み進めましょう。
>>
Third, immunostaining revealed that the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic level, although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e). This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts). Fourth, in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells gradually died in 7–10 days and did not differentiate into large and multi-nuclear cells, unlike trophoblast stem cells (Extended Data Fig. 2d).

まず先にこのCdx2に関しては私は今でも何か腑に落ちない感じがしています。ティシュー論文ではコントロールのESにCdx2があるんです。



左のFigure2はESと骨髄スフィアの3ライン、右のFigure3はESと脊髄、筋肉、肺のスフィアのPCR結果です。別々の実験でコントロールはその都度取られている。バンドの形が違います。
Cdx2はどちらのコントロールESにも出ています。これはネイチャー論文ではTSマーカージーンと定義されていて、STAP細胞からの発現はあるが、ES細胞からの発現はない。
恐らくティシュー論文の実験は定性分析だと思われる。ネイチャー論文では発現量も比較されている。
Oct4とCdx2は胚盤胞期以前はどちらも発現していて、インナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時に、両側に分かれる。一方の発現を押さえる蛋白質があって、外側にあるか内側に有るかの位置関係で発現が決まる。
でも理屈ではそうなっているがでは、ES細胞にはCdx2はゼロかというとそんなこともない。わずかには有りますね。





ティシュー論文の図は間違いではないが、遺伝子発現解析に何を求めるかということですね。ES特異的マーカーとは何かということを問うのなら定量的に調べないと有意なことが言えないということになる。ティシュー論文は小保方さんの初期論文ですから、主旨を取るならESマーカーであるOct4がスフィアにも出ていると素直に読むべきなんでしょうけどね。

本文に戻って、細胞質内と核内との違いのデータはないですね。the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic levelということを示す図が無い。この2-eは定量PCR結果ですね。後ろの although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e)に対応している。そもそも核内にprotein accumulationなんてあるわけないですよね。核内では関係遺伝子が転写されてRNAが作られ、それが核外に出た細胞質内でたんぱく質が作られる。図もない上に言ってることがおかしい。
後ろに続くこの文章も全く意味が分からない。
>>
This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts).

染色で出ないと言ってるのだとしたらそれは当たり前ですけどね。これって笹井さんが一から書き直したと言ってるんでしょ。


Extended Data Figure 2-dは以下です。



リジェンドです。
>>
d, e, Effects of Fgf4 withdrawal from Fgf4-induced stem cell culture. Unlike trophoblast stem cells (d, left), which generated multi-nucleated large cells (arrow) in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells (d, right) simply stopped proliferation and gradually died on Fgf4 withdrawal. Scale bars, 50 μm. This finding suggests that placental differentiation of Fgf4-induced stem cells in vivo may involve more than just Fgf4 signal suppression.


胎盤は筋肉と同じで多核細胞なんですね。TS細胞はFgf4を排除すると分化を始めるが、FI-SCは同様の処置では死滅する。従って胚の中では更に何かがあって分化し始めるのであろうという推測ですね。そもそも胎盤貢献してたのかという疑義が無い場合の話です。

桂報告書は太田ESだと言ってる。太田ESをFgf4入りのTS培地で誘導して見たらいいのにね。受精卵ESをTS培地で培養は出来ないと思うけどな。我々はntESだと思っている。Ts.Marker さんは新手の多能性細胞だと。

まあ、若山さんに太田FES1を使ってFI-SCを再現してもらおう。

取り敢えずFI-SCの特徴は4つでした。
①従来のTSはOct4タンバクを発現しないがFI-SCは発現する。
②FI-SCはキメラの胎盤のみならず胎児にもわずかながら貢献する。
③FI-SCの核内にはCdx2タンバクの蓄積が無い。(私の知識レベルだと当たり前なのだが?)
④TSと異なりFgf4を抜いただけでは分化を始めず、試験管内では死滅する。


さて、もう少し先まで読み進めましょう。
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To investigate the relationship among STAP cells, STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells, we performed genome-wide RNA-sequencing analysis (Fig. 2i for dendrogram; Extended Data Figs 3 and 4 for expression analyses of representative genes　; Supplementary Tables 2 and 3 for analysis conditions). Whereas STAP cells formed a cluster with STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells and not with the parental CD45+ cells, STAP cells were an outlier to the rest of the cell types in the cluster. In contrast, STAP stem cells were closely clustered with ES cells. Fgf4-induced stem cells formed a cluster with a sub-cluster of ES cells and STAP stem cells, whereas trophoblast stem cells comprised an outlier to this cluster, indicating a close relationship of Fgf4-induced stem cells with these pluripotent cells.


まあ、これがものすごいんですよね。CD45+細胞とTSとESは別としてすべてが皆異なった遺伝子発現になっているんですよね。Ts.Marker さんや学さんがレター論文の実験を見たらSTAP現象は有るのだと主張したくなる理由がこれなんですよね。何はともあれすべてが違っているということです。多能性の問題以前の話ですね。それぞれが別の種類の細胞だということです。






でも、忘れないでくださいよ。これはSTAP現象があるという証拠ではない。細胞がそれぞれ別の発現をしているということだけです。多能性を証明しているのは以下の二つの実験事実です。
①キメラができた。
②胎盤が光った。
この二つの信憑性に疑義があるとその段階でただ単になんかいろんな細胞があるねと言うだけの話になる。



リジェンドです。
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i, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, approximately unbiased P values.

ちょっとデンドログラムはど素人の私には歯が立たない。

先に進みましょう。
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However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).

ネイチャー査読者はES細胞がコンタミしてないことをJAKi検証しろと指示したんですが、笹井さんはSTAP幹細胞がコンタミしている可能性があるから調べたと書いた。ここはESのコンタミはしていないということを書くこと自体が恥ずかしいレベルなんですよね。だからそれをSTAP幹細胞がコンタミしていたらいけないからJAKi検証したとレトリックを使ったんですが、JAKiで取り除けるのは(ICM)-type pluripotent cellsですから、STAP幹細胞は(ICM)-typeではないので矛盾している。でもこれでJAKiを使ってESは入っていないと証明しましたから査読者のご機嫌は損ねていない。
コントロールのESコンタミというのは恥ずかしいレヴェルだというのは以前のサイエンスの査読に以下のような表現があるのでわかる。(2)は若山研をあからさまに馬鹿にしてますよね。尤もそれくらい信じられない報告でもあったということです。
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This is such an extraordinary claim that a very high level of proof is required to sustain it and I do not think this level has been reached. I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.

[ In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control).]の部分は既述しているように私の持っているFig. 5e, fではFI-SCのOct4-GFPのグリーン蛍光は左右ともに無い。でも本文の論旨では左右ともに、つまりKAKiが無くてもあってもグリーン蛍光している写真であるはずです。ここは自分の持っている写真ではそれが分からないということ以上には言えない。
ただし、gはOct4-GFPのFI-SCがあったという証拠で、無かったら、小保方さんの捏造ですよね。ところが、桂報告は無いと書かずに、若山さんが作った記憶が無いと証言したことを記しているだけです。この鋭い対立点をどうしてぼやかすのか。どちらが嘘をついているのでしょうかね。Extended Data Figure 5-gとそのリジェンドは以下です。




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g, FACS analysis of integrin α7 expression in Fgf4-induced stem cells. Over 40% of Fgf4-induced stem cells strongly expressed both the pluripotency marker Oct4-GFP and the trophoblast marker integrin α7. The bottom panel shows an isotype control for integrin α7 antibody. In ES cells, integrin-α7-expressing cells were less than 0.1% (data not shown; three independent ES cell lines were examined).

小保方さんがどうしてOct4-GFPでなくてOct4そのものでFACSしなかったかということは以前から気にはなってるんですけどね。一度もGFPのアーティファクトは疑わなかったんでしょうね。ただし、そのことによって、Oct4-GFPのFI-SCはあったという証明がここにあって、事実が無かったのだったら、これは小保方さんの捏造を証明する。しかし、事実あったか否かは、記憶が無いとされているだけです。
調べられていないFI-SCの残存試料は木星リストにたくさんある。AC129-14で既述しています。

先に進みましょう。
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Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

いよいよ、Expandable ES-like cells です。若山さんは関さんに僕はあんなことは言ってないし、実験もしてないと主張したそうですが、それなら発表前に抗議すべきでしょうという批判はさておいても、小保方さんが持っていたFI-SCをLIF培地に戻すなり、笹井さんがそう指示したりしたとしても、Oct4-GFPを発現しだしてES-likeに戻ったというのは本当だということになる。これが嘘なら小保方さんの捏造です。ここでもGFPが光ったというのですからGOF由来のFI-SCは有るのでないといけない。
Figure 3-aは以下です。



リジェンド。
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a, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells in LIF + 20% FBS medium.


Figure 3-bです。完全にESに戻っている。



リジェンドは以下です。
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b, qPCR analysis of ES-like cells derived from Fgf4-induced cells for pluripotent marker genes (left) and trophoblast marker genes (right). Values are shown as ratio to the expression level in ES cells (left) or trophoblast stem (TS) cells (right).

FI-SC状態の時はFigure 2j,kでしたね。もう一度貼り付けましょう。



グラフとか写真は簡単に捏造できます。小保方さんが捏造していたら何もかも捏造していることになりますね。言い訳はできません。ESの増殖率表とか、メチル化実験のサンブルの選別なんていうレベルの話ではありません。このFI-SCに関しては何もかも捏造していて、GOF由来FI-SCがないのですからすべてのデータを捏造していることになる。しかも若山さんがそれを見ているにも関わらず平気で嘘データを並べ立てていることになるんですね。
桂チームは何をしてたんでしょうかね。小保方さんのこの悪辣さをよく放置できましたね。

丹羽さんは小保方細胞をプロトコルに書かれた培地で誘導しようとしましたができずに、最終的には全部死滅してしまいました。桂報告書はFI-SCは太田細胞FES1だと結論しましたから、太田ESをプロトコルのTS培地で培養して見たらよかったんでしょ。というよりそんなことすら試さないで何を主張しているんでしょうかね。

Extended Data Figure 6-a,bは以下です。



リジェンドです。テラトーマは木星リストの20番にありましたね。既述です。
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a, Immunohistochemistry of ES-like cells for trophoblast and pluripotency markers. ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells no longer expressed the trophoblast marker (integrin alpha 7), but they did express the pluripotency markers (Oct4, Nanog and SSEA-1). Scale bar, 100 μm. b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.


Figure 3-c,dは以下です。Plating efficiancyというのが何かはよくわからないが、要するに6%から9%くらいのOct4-GFPコロニーが形成されるということらしい。Itgα7のディムでも少しは出来ると。
ここのコントロールのESの8%の意味が良く分からない。




リジェンドは以下。
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c, d, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells sorted by FACS for strong integrin α7 (Itga7) expression in LIF + 20% FBS medium. d, Formation frequency (shown by percentage) of Oct4-GFP+ colonies from cells plated on gelatin-coated dishes at a clonal density. **P < 0.01; t-test; n = 3.


ストロングとディムとESとを並べて同じLIF培地に入れたんでしょ。ESは100%蛍光しないとおかしいのではないかな。それとこの時のESは誰に提供してもらったものかな。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが学生のGOF-ESしか持ってないことを知っていたかな。もしも小保方さんがntESも受精卵ESも同じだと考えていて、それを笹井さんと丹羽さんが知らずに、小保方さんが学生のntESをここでコントロールとして使ったのだとしたら、FI-SCはntESだと分かるところなんですけどね。何しろ桂チームは何も調べてない調査チームですからね。

本文の続きです。
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To confirm further that Fgf4-induced stem cells with a trophoblast-like nature were converted into ES-like cells, rather than just selecting ES-like cells pre-existing in the Fgf4-induced stem cell culture, we examined the effect of the MEK inhibitor PD0325901 on the ES-like cell generation from Fgf4-induced stem cells. Like trophoblast stem cells, Fgf4-induced stem-cell survival is dependent on FGF–MEK signals, and the inhibition of MEK activity caused massive cell death (Extended Data Fig. 6c). However, PD0325901 is also known to be a main effector in 2i medium[17] and to promote ES cell maintenance. Addition of PD0325901 to LIF+FBS-containing medium strongly inhibited the formation of ES-like colonies from Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, left, and Fig. 3f). This inhibition was unlikely to be due to secondary toxic effects from massive cell death of Fgf4-induced stem cells, as colonies formed in the presence of PD0325901 when ES cells were co-plated in the same culture with Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, right, and Fig. 3f).

FI-SCからExpandable ES-like cells に転換するときにそもそもFI-SCの中にあらかじめ存在していたExpandable ES-like cellsが選択されたのではなくてTS-like nature を持ったFI-SCから培地誘導によってエピジェネティク制御が転換されたのだということを証明したいということですね。
ここも又よくわからないところで、仮にTS-likeとES-likeが共存しているような細胞だと思ったら先にそのこと自体を研究して事実を確定させるんじゃないのかなあ。
ただ、こういう視点でFI-SCは何にでもなるんだよという現象報告をしている段階なのだということなら、それは別にやってはいけないなんてことはないんだからやるんだろうなと、我々ど素人は思うだけだですね。自分の仕事の分野でこういうケースに出会ったらとことん調べるけどな。そうでないと気持ちが悪い。
小保方さんはデータを渡されて論文にしてくれと指示されただけだし、笹井さんは論文が通るように手伝ってくれと頼まれているだけで、そのものを研究しているわけではない。この幹細胞化論文というのはとてつもなくおかしい論文で、そもそも若山さんが自分で書くべき論文です。小保方さんに書いてくれと言ったのは、自分と一緒に山梨大についてきてくれという意味ですよね。
理研がこの事件を曖昧にしたがっているのは、こんな私的な事柄を世間に引っ張り出してさらしてしまった直接の原因が自分にあるからなんですね。小保方さんを採用しなかったら事件は無かった。
ここは既に我々には分かり切っているところですね。手記も読まないでこの件に関して何か論じるなんて間抜けな話です。悪党かアホかのどちらかだ。
まあ、それはさて置いて、あらかじめ存在しているかもしれない ES-like cellsがあるかどうかを調べるために、MEK inhibitor PD0325901を使ってみたという。あれ、JAKiではいけないのか。こちらはES細胞を除去するものでした。MEK inhibitor PD0325901はTS-like natureの細胞を殺し、ES-like　natureの細胞を増殖させるという。この実験をしろという査読者の指示は最初のリヴァイズ時の査読書にはありまません。後でどういう指示が加わったのかは分かりません。ただ、小保方さんが思いつくような実験とは思えませんね。小保方さんはESとかTSはよく知らない。だからこそ若山さんのところにキメラ作成依頼に来ている。ESもTSも自分の手で作ったことはありません。笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしている。


Extended Data Figure 6-c は以下です。MEK inhibitor PD0325901を入れたらFI-SCが死滅したという実験証拠です。




リジェンドは以下。
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c, MEK inhibitor treatment assay for Oct4-gfp Fgf4-induced stem cells in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4. No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was observed from dissociated Fgf4-induced stem cells in MEK-inhibitor-containing medium. Scale bar, 100 μm.

でも、これって、死滅したという証拠写真になってませんね。本文には死滅した写真ということになっている。でもこの写真の上の写真はブライトフィールドですよね。そして下の写真はOct4-GFP発現写真で、リジェンドにはOct4-GFP細胞塊が出現しないと書いている。
TS-like nature の細胞は死滅して、ES-like nature の細胞があれば増殖するはずなんですから、理屈はあってるんですけど、写真はそれでは立証したことになってない。まず、ブライトフィールドで細胞があるということを示し、次にそのGFP発現写真を並べた後に、MEKiを入れたらどう変化したのかの写真が必要です。そもそもFI-SCはOct4も少ないながら発現しているんですよね。小保方さん疲れてましたかね。

で、本文後半部、Figure 3-e,f は以下です。




リジェンドは以下。
>>
e, f, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells (dissociated) in LIF + 20% FBS medium with MEK inhibitor. **P < 0.01; NS, not significant; Tukey’s test; n = 3.
e, No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was seen from Fgf4-induced cells in the presence of MEK inhibitor (left), whereas colonies frequently formed when cells were co-plated with Oct4-GFP ES cells (right; plated cells were 1/20 of Fgf4-induced cells). f, Quantification of colony formation per plated cells (1 × 103 Fgf4-induced cells and/or 1 × 103 ES cells). Unlike Fgf4-induced cells, ES cells formed colonies (regardless of co-plating with FI-SCs) in the presence of MEK inhibitor. Bars and error bars represent mean values and s.d., respectively (b, d, f). Scale bars: 100 μm (a, c, e).

これもMEKiを入れてない状態でのOct4-GFP発現状態の写真が無い。

そもそもこの実験で使われているGOF由来FI-SCは何なのか? あったのか、なかったのか。


若山さん。あなた論文の発表記者会見場に責任著者としていたよね。これって、GOFのFI-SCが無いのなら、ここまで放置していたあなたの捏造論文だよな。8月に責任著者を降りたいと言った時なぜ本当のことを言わなかったの。GOFのFI-SCがないのなら、ここにある実験はすべて捏造だ。あなた、論文は通るはずが無いと信じていたね。或いは祈るように願っていた。


さて、本文に戻りましょう。
>>
Here we demonstrate that STAP cells, which have a limited self-renewal ability, can be induced to generate two distinct types of robustly self-renewing stem cells—STAP stem cells and Fgf4-induced stem cells—under different culture conditions. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In contrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.

Figure 4は以下です。何度でも貼り付けましょう。4-bはTs.Markerさんによって再確認されている。




ChIP-Seqのデータは公共データベースに登録されている。丹羽さんのTS以外は2012年の8月の分です。丹羽さんの分は若山さんのTSが分化していたようなので丹羽さんが提供した。

ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-CAGヘテロ
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1


報告書(スライド)の疑義は既述です。1月最終とは何か。



Ts.Marker さんの再確認図も保存のために添付しておきましょう。あちこちに置いておかないといつ何が有るか分からない。
横列、上段Oct4,Nanog,Sox2、下段Cdx2,Eneos,Itgα7の並び。
縦列は以下。
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1





Ts.Marker さんはbivalent pattern genes (Gata2, brachyury, Nkx6-2) は調べてない。小保方さんはESとSTAP細胞を間違えて図に示しているが、実際には持ち込むときに既にラベルを間違えていて、論文に図示するときに気づいて訂正している可能性がある。なぜなら、桂報告書はSTAP細胞はFES1という受精卵ESだと言っている。STAP細胞の方がNanogの発現量が多いことになる。
この時点で若山さんはFigure 4-bのESとSTAPが入れ代わっているので間違いだから論文の取り下げと言った。そして、後にはSTAPは太田ESだと言い出した。でもこのFI-SCにESマーカーがわずかに出ていることをどう説明するのかというTs.Marker氏の質問には誰も答えない。

私はntES化したもので、ntESの知られていなかった性質だと推測した。それでキメラが出来ている理由も説明でき、小保方さんが精神異常者だというあり得ない可能性も考えなくてよくなり、まして若山さんは別の実験をしていただけだから、そもそも捏造なんて考えもしてなかったのだという、ごく常識的な判断が可能になる説明をした。
それに対して、Ts.Marker氏は小保方細胞はキメラの出来る細胞であったし、共培養用によって、幹細胞化もできたのだと解釈したが、それならできている事実をどうして発表後に取り下げたのかの説明をしなければならないと再三我々が要請しているのに、今のところ答えられていない。学氏に至っては実験ミスだったと言い出す始末で、それは出来ない側の立場になり、キメラがどうして実験ミスでできたのかというとESコンタミしか考えられなくなり、事故コンタミの可能性は細胞を解凍するいう行為自体が意図を証明しているのであり得ない以上、擁護派として支離滅裂と批判されている。


本文に戻りましょう。
>>
Recent studies have also begun to reveal dynamic regulations in multiple cellular states related to pluripotency. These include reports of co-expression of Oct4 and Cdx2 in rat ES cells maintained in the presence of a GSK-3β inhibitor[19][20] and of Oct4 expression in rat extra-embryonic precursors[21].Another recent study has indicated that conventional ES cell culture also contains a very minor population of Oct4− cells with features resembling those of very early-stage embryos, including bidirectional potential[22]. However, these cells are dissimilar to STAP cells as they are Oct4−, unlike STAP cells and Fgf4-induced stem cells. Our preliminary genome-wide RNA-sequencing analysis indicated that both morulae and blastocysts are outliers to the cluster of STAP and ES cells (Extended Data Fig. 6d–f and Supplementary Tables 4 and 5).


ここでもOct4-GFPのFI-SCがあることになっている。Extended Data Figure 6-d,e,fは以下です。



リジェンドは以下。
>>
d, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, AU P values. As this analysis included morula and blastocyst embryos from which only small amounts of RNA could be obtained, we used pre-amplification with the SMARTer Ultra Low RNA kit for Illumina Sequencing (Clontech Laboratories). e, f, Volcano plot of the expression profile of STAP cells compared to the morula (e) and blastocyst (f). Genes showing greater than 10-fold change and P value 1.0 × 10(to the power of−6 )are highlighted in red and are considered up- (or down-) regulated in the STAP cells.


正直この実験は何をやってるのか知識不足で分からない。Supplementary Tables 4 and 5は蛋白質の発現表だが、これも知ってるのはCdx2だけしか無くて何を意味しているのか理解できない。

本文最後です。
>>
A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells and involves the acquisition of a wider developmental potential related to both ICM- and trophoectoderm-like states. Because of the inability to clone STAP cells from single cells, we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell level or two different states of STAP cells coexisting (or fluctuating between them) in culture. As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.


笹井さんは記者会見時の記者の質問に対して、疑義が生じているのはアーティクル論文であって、自分の纏めたレター論文ではないと答えました。彼はここに書かれている通りに信じていたのです。そして丹羽さんもそう信じていた。しかし、若山さんはGOFのFI-SCを作った記憶が無いと後に言い出した。何を言ってるのか。レター論文の実験はGOFのFI-SCが存在しなければできない実験ではないか。責任著者が何をいまさらそんなことを言いだしているんだ。論文を一度も読んで無かったとでも言うのか。読みもしないで自分でも理解できない論文になっていたと笹井さんに言ったのか。存在しないFI-SCの実験を行ったと論文のあちこちに書いている小保方さんの嘘をずっと放置していたとでもいうのか。何をとぼけたことを言ってるんだ。お前は責任著者だろうが。

それともGOFのFI-SCは作られていて、小保方さんにそう言って渡していたのか。キメラが小保方細胞核のntES化によって作られている嘘を白状できなくなってしまったから、GOFのFI-SCは作って無いと説明したのか?

1. 2019/12/25(水) 11:43:26|
2. AC129
4. | コメント:0

(木星リストの保存)













(FI-SCに関する情報整理)

FI-SCに関する情報は以下である。

[細胞実物]　木星リスト内、及び若山氏持ち出しリスト内
❶CTS-1(全解析でAcr-CAG、Oct4-GFPは無いと確認されている)
❷CTS-11,12,13(シーケンシングでAcr-CAGだと書かれ、Oct4-GFPに関しては無いということが仄めかされているが断定されてない)



この分は丹羽氏が持ち出した記録は有るが、松崎氏の記録はない。



BCA報告書の細胞リストでは4ラインとも少なくともシーケンシングはしていることになっている。
Ooboe さんのパートナー氏が入手した管理簿も再掲して置こう。



この管理表には少なくとも松崎氏が持ち出した記録はない。また丹羽さんの調査結果報告もない。しかし、桂報告書もＢＣＡ報告書も全ライン調べたと書いている。しかも山梨の分も調べたと書いている。そしてＧＯＦのＦＩ-ＳＣは無かったと。にも関わらず、公共データベースはGOFの細胞とCD1のTS細胞が混ぜられたサンプルがあったことを証している。しかし、木星リストにはそれが無い。小保方さんがＥＳコンタミしたのだと称するサンプルはいくらでもあるのになぜ、このサンプルだけが無いのか。佐藤本でも指摘されている。先を急ぐまい。

❸次に存在している試料は写真番号の⑤です。



木星さんが写真まで入手されている。ＣＴＳという文字が見えます。DNA試料です。



これも調査された気配がない。又、明細が不備ですね。以下のようだ。
1.ES
2.FLS
3.TS
4.CTS
5.CD45+
6.ES②
7.FLS②
8.TS2②
9.CTS②
10.CD45②
最下段は
STAP RNA1
STAP RNA2
epi-sc RNA①
epi-sc RNA②

❹次はー30度フリーザーの9番です。
組織サンプルブロックと書かれているようだが、黒文字は小保方さん、青は恐らく寺下さんでしょう。そもそも何の組織なのか。ＡＣＴＳという表記はアニマルカルスＴＳという意味。ＳＴＡＰ細胞から作られたＦＩ-ＳＣという意味だが、その組織となるとＦＩ-ＳＣキメラの組織なのか。不明ですね。




❺次はキメラの切片です。



FI-SCキメラの胎児と胎盤ですね。胎盤貢献していることになっている。
14番は若山研■■氏となっていて、小保方さんが担当していない。14番だけなのか全部なのかもわからない。少なくとも14番は他者でしかも大事な胎盤部分というのは気になるところ。Figure 2-f,gで使われている。





Figure 2-a,bはFI-SCへの誘導の仕方が示されていて、特に5-bはGOF由来STAP細胞からの誘導の写真で、小保方さんにはできないので、写真自体が若山さんの撮影したものということになる。GFPのFI-SCを作ってないという証言と矛盾している。







これがトリック写真なら、何度も繰り返すが理研は小保方さんを捏造者として警察に届け出ないといけない。

Figure 5-c,d.eは免染とRNA発現解析であるが、CD1のTSが混ぜられているというものを別としても、今でもデータは残ってい.る。





Ts.Marker さんはずっと指摘し続けている。
>>
SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

トゥイッターのみならずノフラーのブログにも書き込んでおられるが無視し続けらている。
>>
tt‏ @ts_marker 2018年3月26日
その他
Everyone in the world can witness. SRR1171567 FI-SC H3K27me3 SRR1171568 FI-SC H3K4me3 SRR1171569 FI-SC input DNA Incidentally, contamination of TS cells has not been reported in this data.

私はntESをTS培地で誘導した結果だと考えて居るが、Ts.MarkerさんはTS細胞との共培養の結果で本体はあくまでもSTAP細胞だという主張です。この分はFACSでTS細胞は完全に取り除かれていることになる。

いずれにせよESではあり得ない実験が行われている。

❻キメラ切片のすぐ下です。Ts.Marker さんと検討したまさにその実験です。



中身を整理してみましょう。
(上段　8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

青文字は寺下さんが手伝ったものではないでしょうかね。黒は小保方さん。5/14というのは2013/5/14ということで2013/4/4にリヴァイズ通知が来て、査読者がESコンタミでないことをJAKiを使って確認するよう指示している。この指示に査読者の勘違いもありそうでしたね。
ESが消えたらSTAP由来のFI-SCも消えるかもしれない可能性だってJAKiの効果にはありますね。
ただ、結果は違った。まずFigure 2-jでESにJAKiを入れるとOct4,Nanog,Rex1というESマーカー発現が1/5にまで減った。対して③④のFI-SCはそもそも発現量はESに比して少ないがJAKiに対する反応では変化なく、ESコンタミではないかという査読者の疑義を晴らす結果になった。青字が寺下さんなら、寺下さんがこの分のRNA抽出を手伝ったということでしょう。





(上段)の③④はFI-SCです。ESは(下段)の⑰⑱にあって小保方さんが抽出している。
大事なのはここは査読者がアドヴァイズしている通りにqPCRで内在性遺伝子の発現確認をしていることです。査読者は免染で確認できると書いていましたね。それは2-c,dで実行されている。GFP確認ではないということです。従って、ここで使われたCTSはF1のFI-SCであっても可能だということです。③④は発現したRNAですからOct-4-GFPでもCAG-GFPでも発現していれば確認できるでしょうね。

対してFigure 2-kの実験は黒字でかつ翌日の2013/5/15に行われているようです。下段を先に整理しましょう。
(下段　45本)
①E7.5 RNA 4本
②TS RNA 2本
③CTS RNA
④RNA
⑤CTS RNA 2013.5.15
⑦cardiac STAP d3 RNA
⑧cardiac STAP d7 RNA
⑨TS niwa-1 RNA 2本
⑩TS niwa-2 RNA 2本
⑪RNA Q1-1
⑫RNA Q1-2
⑬RNA Q2-1
⑭RNA Q2-2
⑮RNA Q3-1
⑯RNA Q3-2
⑰JAKi+ ES DNA
⑱JAKi- ES DNA
⑲lymphocyte RNA 2本
⑳GFP+ RNA
㉑GFP- RNA
㉒renal P3
㉓renal しんとうRNA
㉔cardiac fibro
㉕Hepatocyte p10
㉖Lung
㉗Liver
㉘heart

①はE7.5とありますから受精後7.5日の帝王切開された胎児のRNA試料ということになりますが、胎児の細胞が発現しているRNAだということでしょうね。FI-SCだとは書いてないが同じ実験グループのなかにある以上FI-SCキメラの体細胞RNAではないでしょうか。❺のキメラ胎児だと考えるのが妥当でしょう。STAP細胞やSTAP幹細胞キメラとも考えにくい。
②は2-kで使われたTSですね。若山さんの「僕のマウス」TSであろうと推測される。なぜなら丹羽さんの提供したTSは⑨⑩に弁別されている。丹羽さんのTSは系統樹を作る際に若山さんのTSが分化してしまっているのではないかという話になって後CD1のTSが提供されたということになっている。報告書の本文記載では2013年の8月である。しかし、8月であると系統樹は完成されないままに投稿されているということになってしまう。これがおかしいのでスライドでの時期が(1月最終)とごまかされたのではないかと疑義したが、ここでは若山さんのTSと丹羽さんのTSが併存している。JAKiの実験はここにある通り、2013/5/14と15の両日のようである。(1月最終)の時期に分化が疑われていたら既に5月の実験では若山さんのTSは使用されていなかったはずである。分化しているのではないかと疑義されたのはこのJAKiの実験時ではないか。ここでのTSマーカー発現がおかしかったから丹羽さんのTSが提供されたと考えるのが自然である。
2-kのグラフのコントロールのTSは丹羽さんの⑨⑩のTSが使われたと思われる。JAKi検査ではFI-SCのTSマーカーであるCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7ともに変化なかった。そもそもJAKiはESマーカーに対するインヒビターなのでTSマーカーとは関係しないが、少なくともES細胞は入ってないぞという証明にはなっている。この2-kの実験もGFPを使ったもので無いのでF1のFI-SCでもOct4-GFPのFI-SCでもできる実験であるが、どちらであったかは確認されていない。しようと思えば小保方さんがここに全部証拠を残しているから今からでもできる。





捏造犯はこんなに詳細な証拠は残さないでしょうね。

TSの実験で使われたFI-SCも(上段)の③④です。JAKiを入れる前のFI-SCは(下段)の③④⑤です。⑤が日付入りで実際に使ったものではないか。③④はうまく結果の出なかったFI-SCラインも参考のためにRNA抽出して置いたということなのかとも推測するが分かりませんね。

⑦⑧は心臓組織のSTAP細胞ですが、3日目と7日目のRNAです。しかも血球で行わずに心臓組織細胞で行っている。⑪～⑯は何のRNAなのかは分かりませんね。㉒は腎臓、㉓は腎臓の浸透圧刺激でしょうか、㉔は心筋、㉕は肝臓、㉖は肺、㉗は肝臓，㉘は心臓の何かは分かりませんが全部RNA試料でしょうね。これはJAKiの検証分とは別の試料のようです。

⑳㉑はGFPの有無で分けられているが、これもJAKiの実験分か否かは分かりません。もしJAKiの実験だったらExtended Data Figure 5-dが有りで、5-c,fの中段が無しの分だということになる。すると㉑がBFPのESの入った試料ということになる。でもわかりませんね。



❼次は20番です。FI-SCと書かれているのは笹井さんが参加して以降の実験サンプルです。笹井さん以前にFI-SCという言葉はできていない。




テラトーマと書かれているのでその染色サンプルですから切片グラスです。Extended Data Figure 6-bにある。





以下はその注です。
>>
b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

Figure 4-aの構想は誰のものかと以前考えた。レター論文を書いたのは笹井さんである。一から書き直したと証言している。しかし、データを渡されて論文化してくれと小保方さんに頼んだのは若山さんで、何の説明もなくデータを渡されて小保方さんが論文を書けるわけがない。無論、若山さんは小保方さを山梨に連れて行って、一緒に論文にしようと誘っているのである。しかし、実際には若山さん→小保方さん→笹井さんとデータと説明が受け渡されて、最終的にレター論文となった。



STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells のテラトーマがこれだというものです。
[テラトーマ:この時は随分大きくなった]と答えたのは小保方さんですから、このテラトーマを作ったのは彼女ですが、STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells の誘導を行ったのは誰か。
因みにSTAP-SC→Expandable ES-like cellsとFI-SCs →Expandable FI-SCsは誘導培地も見つけられていない単なる空想ですね。それに対してFI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cellsからはテラトーマが作られている。

①STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs
②FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells

①は若山さんにしかできない。②は既に①があればだれにでもできる。
後に項を改めて検討しましょう。

❽更に次は34番です。



これは何と対応しているのかわかりません。

❾そして最後が54、55番です。



ACTSと書かれているのは若山研時代のものですね。
uteresと書いているのはuterusのスペルミスです。複数形がuteriもしくはuterusesなので何か複数形で書こうとして間違えたのかもしれませんが中身が単数なのか複数なのか分かりませんから判断できませんね。

1. 2019/12/23(月) 08:43:44|
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