一言居士の独言

(レター論文FI幹細胞記述のリヴュー)


もう一度レター論文のFI-SCの件に関する記述を検討しましょう。STAP幹細胞の後の説明です。
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We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4. When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ~30% of wells). The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins integrin α7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).

STAP細胞をTS培地で培養したらどうなるかを試したというところからですね。既述しているFigure 2-aとbの実験ですね。96ウェルプレートのそれぞれにSTAP細胞塊を1個ずつ置いた。最大30%までのウェルで平らな細胞塊が成長してきて、免染の結果、インテグリンα7とEomes蛋白とCDx2等の遺伝子マーカーを発現したというわけです。ここは既に確認したところです。
マテメソでは最大50%と書かれていて微妙にニュアンスが異なっている。
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Cell culture
STAP cells were generated from low-pH-treated CD45+ cells, followed by culture in B27 + LIF medium for 7 days, as described1. For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 on MEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates. In minor cases (10 out of 50 experiments), no colony growth was observed and/or only fibroblast-like cells appeared. The cells were subjected to the first passage during days 7–10 using a conventional trypsin method. Subsequent passages were performed at a split ratio of 1:4 every third day before they reached subconfluency.

で、本文の続きです。
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These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day. Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)<13> or STAP stem cells.

30継代以上できたんですね。その結果ここで初めてFI-SCと名付けられた。これは遺伝子操作しないES細胞ともSTAP幹細胞とも違うと強調される。更にこう続く。
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In the blastocyst injection assay, unlike STAP stem cells, the placental contribution of Fgf4-induced stem cells (cag-GFP-labelled) was observed with 53% of embryos (Fig. 2f, g; n = 60). In the chimaeric placentae, Fgf4-induced stem cells typically contributed to ~10% of total placental cells (Fig. 2h and Extended Data Fig. 2a, b).

STAP幹細胞キメラは胎盤貢献しないが、FI-SCキメラは60匹の中で53%が胎盤貢献していたという。その胎盤への貢献度は最大10%程度だったと。
Figure 2-hは以下です。FACSでGFP細胞をソートした結果です。



そのリジェンドです。
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h, Quantification of placental contribution by FACS analysis. Unlike Fgf4-induced cells, ES cells did not contribute to placental tissues at a detectable level.

Extended Data Figure 2-bは以下です。



そのリジェンドは以下です。
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a, b, Immunostaining (cross-section) of placentae obtained in the blastocyst injection assay with GFP (constitutive)-labelled ES cells (upper) or Fgf4-induced stem cells (bottom). Brown shows pan-cytokeratin and red shows GFP (ES cell or Fgf4-induced stem cell contribution). Regions indicated in a are shown in b. Fgf4-induced stem cells contributed to all layers of placentae, whereas no contribution was observed with ES cells. a, Scale bars, 5 mm. b, Scale bars, 50 μm.

本文の続きです。
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Despite their similarities, we noted that Fgf4-induced stem cells also possessed some critical differences compared with blastocyst-derived trophoblast stem cells. First, Fgf4-induced stem cells exhibited moderate GFP signals and expressed a moderate level of Oct4 (Fig. 2b; moderate and low levels of immunostaining signals were also seen for Oct4 and Nanog proteins, respectively; Extended Data Fig. 2c), unlike conventional trophoblast stem cells that have little Oct4 expression (Fig. 2e). Second, unlike trophoblast stem cells, blastocyst-injected Fgf4-induced stem cells also contributed to embryonic tissues (in all cases that involved chimaeric placentae; n = 32), although the extent of contribution was generally modest (Fig. 2g).

上で60匹のキメラの内の53%が胎盤貢献していたと書かれていた。ここではそれが32匹と書かれている。つまり53%ですね。若山さんがFI-SCでキメラを作っているんです。そしてその胎児胎盤を渡している。小保方さんはそれを免染とGFP保有細胞をFAC選別することで調べた。
Extended Data Figure 2-c は以下です。




そのリジェンドは以下です。
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c, Pluripotent marker expression of Fgf4-induced stem cells. Scale bars, 50 μm.

遺伝子発現解析をしてこれは大変なことだと笹井さんは興奮しているわけです。遺伝子発現解析に驚いているのではない。遺伝子はいろいろと条件の変化によって発現形態を変えますから、いろんなマーカーが出ているから驚いているわけではないわけです。
そもそもこの細胞は酸浴させた体細胞で、多能性を獲得していて、その証拠にキメラが出来ているんです。そのキメラのできているSTAP細胞をあれこれと培地誘導した細胞でキメラを造ったら、一つには実際に胎盤貢献しているという実験結果が出たのと、もう一つは、その細胞の遺伝子解析をしたらTSマーカーとESマーカーとどちらも出ているから驚いている。最後のは付け足しです。キメラができたから仰天していて、その胎盤からGFPが出たからまた仰天した。ここをまず確認しないといけないんですね。遺伝子解析結果は従の従です。
我々はキメラは出来てないと見たわけです。ntES化によるいたずらだと。そして胎盤は光っていてはおかしい部分だけを選んでGFPのFACSソーティングを行ったかと疑義しているわけです。胎児側胎盤内血管とか卵黄嚢は胎児側の組織ですからそもそも光っていて当たり前です。光っていてはいけないのはラビリンス部分です。ここはESでは光らない。自然胚だと胎盤は母親側と胎児側の両方で形成されてくる。胎児のトロフォブラストがラビリンスに入り込む。でもESはもともとトロフォブラストを形成できないので、ESキメラの胎児側ラビリンスはリシピエント胚の中のトロフォブラストが形成に預かる。4Nでも同じで、このことは若山さんのところの特許申請書の説明にも書かれている。
大本の酸浴STAP細胞からキメラが出来ていなかったら、遺伝子解析結果に大した意味はありませんよね。ラビリンス以外の胎盤や、胎膜(漿膜・羊膜・尿膜) ではない卵黄嚢を調べてGFPがあったというのでは、遺伝子解析に意味は有りませんよね。遺伝子解析単独では何も言えてない。キメラが出来て初めて多能性細胞だと言える。ラビリンスが光って初めて、STAP細胞キメラやFI幹細胞キメラの胎盤貢献が証明される。あの写真がラビリンスだけの蛍光写真だとどうしてわかりますかね。
大事なのは確かにキメラになったということと、胎児側のラビリンスや、胎膜が光っているという証拠です。遺伝子発現解析結果ではない。

では、キメラもできてない、胎盤も光ってない、つまりいたずらと勘違いだったとして、この遺伝子解析結果は何を意味することになるのか。普通のESではないということは証明されていますね。この時の証拠こそ遺伝子解析結果以外にに無いわけです。キメラも胎盤蛍光も無かった。その細胞の遺伝子発現解析結果だけがある。
査読者のアドヴァイスによるJAKiの実験はこれがESでないことを証明してくれた。Figure 2-jはここで使われたFI-SCがESでないことを証明した。そして隣の2-kの実験は同じFI-SCにESでは出ない筈のCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7が発現していて、かつES細胞はコンタミしてないことが示されている。可能性としてはTS細胞がコンタミしていたのではだったのではないかということだけです。
捏造しようとしていたのならGRAS提出試料とこの実験で使われた試料が同じという保証は有りません。この実験はTSで行われたのかもしれない。それは残存サンプルを解析しないと分かりませんよね。このサンブルは木星リストに残されていますね。桂地チームは調査してないですね。もう一度貼り付けましょう。





青文字の寺下さんの③④はFI-SCでしたね。ESのJAKi実験は(下段)の小保方さんの⑰⑱でした。従ってFI-SCと書かれていないが③④はそうなんですね。
(上段　8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

RNAサンプルですからCAGの人工遺伝子のRNAがあれば見つかりますね。TSでは無いとすぐわかる。

ところで、丹羽さんのCD1のTSにはGFPは入っていない。でも若山さんのTSにはGFPが入っている。「僕のマウス」TSですよね。自然胚に入れてTS細胞のGFPが光っている写真を比較用に撮ったものがあるはずなのに何も使われていない。これもおかしな話なんですけどね。

本文を読み進めましょう。
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Third, immunostaining revealed that the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic level, although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e). This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts). Fourth, in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells gradually died in 7–10 days and did not differentiate into large and multi-nuclear cells, unlike trophoblast stem cells (Extended Data Fig. 2d).

まず先にこのCdx2に関しては私は今でも何か腑に落ちない感じがしています。ティシュー論文ではコントロールのESにCdx2があるんです。



左のFigure2はESと骨髄スフィアの3ライン、右のFigure3はESと脊髄、筋肉、肺のスフィアのPCR結果です。別々の実験でコントロールはその都度取られている。バンドの形が違います。
Cdx2はどちらのコントロールESにも出ています。これはネイチャー論文ではTSマーカージーンと定義されていて、STAP細胞からの発現はあるが、ES細胞からの発現はない。
恐らくティシュー論文の実験は定性分析だと思われる。ネイチャー論文では発現量も比較されている。
Oct4とCdx2は胚盤胞期以前はどちらも発現していて、インナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時に、両側に分かれる。一方の発現を押さえる蛋白質があって、外側にあるか内側に有るかの位置関係で発現が決まる。
でも理屈ではそうなっているがでは、ES細胞にはCdx2はゼロかというとそんなこともない。わずかには有りますね。





ティシュー論文の図は間違いではないが、遺伝子発現解析に何を求めるかということですね。ES特異的マーカーとは何かということを問うのなら定量的に調べないと有意なことが言えないということになる。ティシュー論文は小保方さんの初期論文ですから、主旨を取るならESマーカーであるOct4がスフィアにも出ていると素直に読むべきなんでしょうけどね。

本文に戻って、細胞質内と核内との違いのデータはないですね。the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic levelということを示す図が無い。この2-eは定量PCR結果ですね。後ろの although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e)に対応している。そもそも核内にprotein accumulationなんてあるわけないですよね。核内では関係遺伝子が転写されてRNAが作られ、それが核外に出た細胞質内でたんぱく質が作られる。図もない上に言ってることがおかしい。
後ろに続くこの文章も全く意味が分からない。
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This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts).

染色で出ないと言ってるのだとしたらそれは当たり前ですけどね。これって笹井さんが一から書き直したと言ってるんでしょ。


Extended Data Figure 2-dは以下です。



リジェンドです。
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d, e, Effects of Fgf4 withdrawal from Fgf4-induced stem cell culture. Unlike trophoblast stem cells (d, left), which generated multi-nucleated large cells (arrow) in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells (d, right) simply stopped proliferation and gradually died on Fgf4 withdrawal. Scale bars, 50 μm. This finding suggests that placental differentiation of Fgf4-induced stem cells in vivo may involve more than just Fgf4 signal suppression.


胎盤は筋肉と同じで多核細胞なんですね。TS細胞はFgf4を排除すると分化を始めるが、FI-SCは同様の処置では死滅する。従って胚の中では更に何かがあって分化し始めるのであろうという推測ですね。そもそも胎盤貢献してたのかという疑義が無い場合の話です。

桂報告書は太田ESだと言ってる。太田ESをFgf4入りのTS培地で誘導して見たらいいのにね。受精卵ESをTS培地で培養は出来ないと思うけどな。我々はntESだと思っている。Ts.Marker さんは新手の多能性細胞だと。

まあ、若山さんに太田FES1を使ってFI-SCを再現してもらおう。

取り敢えずFI-SCの特徴は4つでした。
①従来のTSはOct4タンバクを発現しないがFI-SCは発現する。
②FI-SCはキメラの胎盤のみならず胎児にもわずかながら貢献する。
③FI-SCの核内にはCdx2タンバクの蓄積が無い。(私の知識レベルだと当たり前なのだが?)
④TSと異なりFgf4を抜いただけでは分化を始めず、試験管内では死滅する。


さて、もう少し先まで読み進めましょう。
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To investigate the relationship among STAP cells, STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells, we performed genome-wide RNA-sequencing analysis (Fig. 2i for dendrogram; Extended Data Figs 3 and 4 for expression analyses of representative genes　; Supplementary Tables 2 and 3 for analysis conditions). Whereas STAP cells formed a cluster with STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells and not with the parental CD45+ cells, STAP cells were an outlier to the rest of the cell types in the cluster. In contrast, STAP stem cells were closely clustered with ES cells. Fgf4-induced stem cells formed a cluster with a sub-cluster of ES cells and STAP stem cells, whereas trophoblast stem cells comprised an outlier to this cluster, indicating a close relationship of Fgf4-induced stem cells with these pluripotent cells.


まあ、これがものすごいんですよね。CD45+細胞とTSとESは別としてすべてが皆異なった遺伝子発現になっているんですよね。Ts.Marker さんや学さんがレター論文の実験を見たらSTAP現象は有るのだと主張したくなる理由がこれなんですよね。何はともあれすべてが違っているということです。多能性の問題以前の話ですね。それぞれが別の種類の細胞だということです。






でも、忘れないでくださいよ。これはSTAP現象があるという証拠ではない。細胞がそれぞれ別の発現をしているということだけです。多能性を証明しているのは以下の二つの実験事実です。
①キメラができた。
②胎盤が光った。
この二つの信憑性に疑義があるとその段階でただ単になんかいろんな細胞があるねと言うだけの話になる。



リジェンドです。
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i, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, approximately unbiased P values.

ちょっとデンドログラムはど素人の私には歯が立たない。

先に進みましょう。
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However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).

ネイチャー査読者はES細胞がコンタミしてないことをJAKi検証しろと指示したんですが、笹井さんはSTAP幹細胞がコンタミしている可能性があるから調べたと書いた。ここはESのコンタミはしていないということを書くこと自体が恥ずかしいレベルなんですよね。だからそれをSTAP幹細胞がコンタミしていたらいけないからJAKi検証したとレトリックを使ったんですが、JAKiで取り除けるのは(ICM)-type pluripotent cellsですから、STAP幹細胞は(ICM)-typeではないので矛盾している。でもこれでJAKiを使ってESは入っていないと証明しましたから査読者のご機嫌は損ねていない。
コントロールのESコンタミというのは恥ずかしいレヴェルだというのは以前のサイエンスの査読に以下のような表現があるのでわかる。(2)は若山研をあからさまに馬鹿にしてますよね。尤もそれくらい信じられない報告でもあったということです。
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This is such an extraordinary claim that a very high level of proof is required to sustain it and I do not think this level has been reached. I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.

[ In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control).]の部分は既述しているように私の持っているFig. 5e, fではFI-SCのOct4-GFPのグリーン蛍光は左右ともに無い。でも本文の論旨では左右ともに、つまりKAKiが無くてもあってもグリーン蛍光している写真であるはずです。ここは自分の持っている写真ではそれが分からないということ以上には言えない。
ただし、gはOct4-GFPのFI-SCがあったという証拠で、無かったら、小保方さんの捏造ですよね。ところが、桂報告は無いと書かずに、若山さんが作った記憶が無いと証言したことを記しているだけです。この鋭い対立点をどうしてぼやかすのか。どちらが嘘をついているのでしょうかね。Extended Data Figure 5-gとそのリジェンドは以下です。




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g, FACS analysis of integrin α7 expression in Fgf4-induced stem cells. Over 40% of Fgf4-induced stem cells strongly expressed both the pluripotency marker Oct4-GFP and the trophoblast marker integrin α7. The bottom panel shows an isotype control for integrin α7 antibody. In ES cells, integrin-α7-expressing cells were less than 0.1% (data not shown; three independent ES cell lines were examined).

小保方さんがどうしてOct4-GFPでなくてOct4そのものでFACSしなかったかということは以前から気にはなってるんですけどね。一度もGFPのアーティファクトは疑わなかったんでしょうね。ただし、そのことによって、Oct4-GFPのFI-SCはあったという証明がここにあって、事実が無かったのだったら、これは小保方さんの捏造を証明する。しかし、事実あったか否かは、記憶が無いとされているだけです。
調べられていないFI-SCの残存試料は木星リストにたくさんある。AC129-14で既述しています。

先に進みましょう。
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Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

いよいよ、Expandable ES-like cells です。若山さんは関さんに僕はあんなことは言ってないし、実験もしてないと主張したそうですが、それなら発表前に抗議すべきでしょうという批判はさておいても、小保方さんが持っていたFI-SCをLIF培地に戻すなり、笹井さんがそう指示したりしたとしても、Oct4-GFPを発現しだしてES-likeに戻ったというのは本当だということになる。これが嘘なら小保方さんの捏造です。ここでもGFPが光ったというのですからGOF由来のFI-SCは有るのでないといけない。
Figure 3-aは以下です。



リジェンド。
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a, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells in LIF + 20% FBS medium.


Figure 3-bです。完全にESに戻っている。



リジェンドは以下です。
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b, qPCR analysis of ES-like cells derived from Fgf4-induced cells for pluripotent marker genes (left) and trophoblast marker genes (right). Values are shown as ratio to the expression level in ES cells (left) or trophoblast stem (TS) cells (right).

FI-SC状態の時はFigure 2j,kでしたね。もう一度貼り付けましょう。



グラフとか写真は簡単に捏造できます。小保方さんが捏造していたら何もかも捏造していることになりますね。言い訳はできません。ESの増殖率表とか、メチル化実験のサンブルの選別なんていうレベルの話ではありません。このFI-SCに関しては何もかも捏造していて、GOF由来FI-SCがないのですからすべてのデータを捏造していることになる。しかも若山さんがそれを見ているにも関わらず平気で嘘データを並べ立てていることになるんですね。
桂チームは何をしてたんでしょうかね。小保方さんのこの悪辣さをよく放置できましたね。

丹羽さんは小保方細胞をプロトコルに書かれた培地で誘導しようとしましたができずに、最終的には全部死滅してしまいました。桂報告書はFI-SCは太田細胞FES1だと結論しましたから、太田ESをプロトコルのTS培地で培養して見たらよかったんでしょ。というよりそんなことすら試さないで何を主張しているんでしょうかね。

Extended Data Figure 6-a,bは以下です。



リジェンドです。テラトーマは木星リストの20番にありましたね。既述です。
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a, Immunohistochemistry of ES-like cells for trophoblast and pluripotency markers. ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells no longer expressed the trophoblast marker (integrin alpha 7), but they did express the pluripotency markers (Oct4, Nanog and SSEA-1). Scale bar, 100 μm. b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.


Figure 3-c,dは以下です。Plating efficiancyというのが何かはよくわからないが、要するに6%から9%くらいのOct4-GFPコロニーが形成されるということらしい。Itgα7のディムでも少しは出来ると。
ここのコントロールのESの8%の意味が良く分からない。




リジェンドは以下。
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c, d, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells sorted by FACS for strong integrin α7 (Itga7) expression in LIF + 20% FBS medium. d, Formation frequency (shown by percentage) of Oct4-GFP+ colonies from cells plated on gelatin-coated dishes at a clonal density. **P < 0.01; t-test; n = 3.


ストロングとディムとESとを並べて同じLIF培地に入れたんでしょ。ESは100%蛍光しないとおかしいのではないかな。それとこの時のESは誰に提供してもらったものかな。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが学生のGOF-ESしか持ってないことを知っていたかな。もしも小保方さんがntESも受精卵ESも同じだと考えていて、それを笹井さんと丹羽さんが知らずに、小保方さんが学生のntESをここでコントロールとして使ったのだとしたら、FI-SCはntESだと分かるところなんですけどね。何しろ桂チームは何も調べてない調査チームですからね。

本文の続きです。
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To confirm further that Fgf4-induced stem cells with a trophoblast-like nature were converted into ES-like cells, rather than just selecting ES-like cells pre-existing in the Fgf4-induced stem cell culture, we examined the effect of the MEK inhibitor PD0325901 on the ES-like cell generation from Fgf4-induced stem cells. Like trophoblast stem cells, Fgf4-induced stem-cell survival is dependent on FGF–MEK signals, and the inhibition of MEK activity caused massive cell death (Extended Data Fig. 6c). However, PD0325901 is also known to be a main effector in 2i medium[17] and to promote ES cell maintenance. Addition of PD0325901 to LIF+FBS-containing medium strongly inhibited the formation of ES-like colonies from Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, left, and Fig. 3f). This inhibition was unlikely to be due to secondary toxic effects from massive cell death of Fgf4-induced stem cells, as colonies formed in the presence of PD0325901 when ES cells were co-plated in the same culture with Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, right, and Fig. 3f).

FI-SCからExpandable ES-like cells に転換するときにそもそもFI-SCの中にあらかじめ存在していたExpandable ES-like cellsが選択されたのではなくてTS-like nature を持ったFI-SCから培地誘導によってエピジェネティク制御が転換されたのだということを証明したいということですね。
ここも又よくわからないところで、仮にTS-likeとES-likeが共存しているような細胞だと思ったら先にそのこと自体を研究して事実を確定させるんじゃないのかなあ。
ただ、こういう視点でFI-SCは何にでもなるんだよという現象報告をしている段階なのだということなら、それは別にやってはいけないなんてことはないんだからやるんだろうなと、我々ど素人は思うだけだですね。自分の仕事の分野でこういうケースに出会ったらとことん調べるけどな。そうでないと気持ちが悪い。
小保方さんはデータを渡されて論文にしてくれと指示されただけだし、笹井さんは論文が通るように手伝ってくれと頼まれているだけで、そのものを研究しているわけではない。この幹細胞化論文というのはとてつもなくおかしい論文で、そもそも若山さんが自分で書くべき論文です。小保方さんに書いてくれと言ったのは、自分と一緒に山梨大についてきてくれという意味ですよね。
理研がこの事件を曖昧にしたがっているのは、こんな私的な事柄を世間に引っ張り出してさらしてしまった直接の原因が自分にあるからなんですね。小保方さんを採用しなかったら事件は無かった。
ここは既に我々には分かり切っているところですね。手記も読まないでこの件に関して何か論じるなんて間抜けな話です。悪党かアホかのどちらかだ。
まあ、それはさて置いて、あらかじめ存在しているかもしれない ES-like cellsがあるかどうかを調べるために、MEK inhibitor PD0325901を使ってみたという。あれ、JAKiではいけないのか。こちらはES細胞を除去するものでした。MEK inhibitor PD0325901はTS-like natureの細胞を殺し、ES-like　natureの細胞を増殖させるという。この実験をしろという査読者の指示は最初のリヴァイズ時の査読書にはありまません。後でどういう指示が加わったのかは分かりません。ただ、小保方さんが思いつくような実験とは思えませんね。小保方さんはESとかTSはよく知らない。だからこそ若山さんのところにキメラ作成依頼に来ている。ESもTSも自分の手で作ったことはありません。笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしている。


Extended Data Figure 6-c は以下です。MEK inhibitor PD0325901を入れたらFI-SCが死滅したという実験証拠です。




リジェンドは以下。
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c, MEK inhibitor treatment assay for Oct4-gfp Fgf4-induced stem cells in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4. No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was observed from dissociated Fgf4-induced stem cells in MEK-inhibitor-containing medium. Scale bar, 100 μm.

でも、これって、死滅したという証拠写真になってませんね。本文には死滅した写真ということになっている。でもこの写真の上の写真はブライトフィールドですよね。そして下の写真はOct4-GFP発現写真で、リジェンドにはOct4-GFP細胞塊が出現しないと書いている。
TS-like nature の細胞は死滅して、ES-like nature の細胞があれば増殖するはずなんですから、理屈はあってるんですけど、写真はそれでは立証したことになってない。まず、ブライトフィールドで細胞があるということを示し、次にそのGFP発現写真を並べた後に、MEKiを入れたらどう変化したのかの写真が必要です。そもそもFI-SCはOct4も少ないながら発現しているんですよね。小保方さん疲れてましたかね。

で、本文後半部、Figure 3-e,f は以下です。




リジェンドは以下。
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e, f, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells (dissociated) in LIF + 20% FBS medium with MEK inhibitor. **P < 0.01; NS, not significant; Tukey’s test; n = 3.
e, No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was seen from Fgf4-induced cells in the presence of MEK inhibitor (left), whereas colonies frequently formed when cells were co-plated with Oct4-GFP ES cells (right; plated cells were 1/20 of Fgf4-induced cells). f, Quantification of colony formation per plated cells (1 × 103 Fgf4-induced cells and/or 1 × 103 ES cells). Unlike Fgf4-induced cells, ES cells formed colonies (regardless of co-plating with FI-SCs) in the presence of MEK inhibitor. Bars and error bars represent mean values and s.d., respectively (b, d, f). Scale bars: 100 μm (a, c, e).

これもMEKiを入れてない状態でのOct4-GFP発現状態の写真が無い。

そもそもこの実験で使われているGOF由来FI-SCは何なのか? あったのか、なかったのか。


若山さん。あなた論文の発表記者会見場に責任著者としていたよね。これって、GOFのFI-SCが無いのなら、ここまで放置していたあなたの捏造論文だよな。8月に責任著者を降りたいと言った時なぜ本当のことを言わなかったの。GOFのFI-SCがないのなら、ここにある実験はすべて捏造だ。あなた、論文は通るはずが無いと信じていたね。或いは祈るように願っていた。


さて、本文に戻りましょう。
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Here we demonstrate that STAP cells, which have a limited self-renewal ability, can be induced to generate two distinct types of robustly self-renewing stem cells—STAP stem cells and Fgf4-induced stem cells—under different culture conditions. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In contrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.

Figure 4は以下です。何度でも貼り付けましょう。4-bはTs.Markerさんによって再確認されている。




ChIP-Seqのデータは公共データベースに登録されている。丹羽さんのTS以外は2012年の8月の分です。丹羽さんの分は若山さんのTSが分化していたようなので丹羽さんが提供した。

ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　GOF
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-Acr-CAG
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-CAGヘテロ
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1


報告書(スライド)の疑義は既述です。1月最終とは何か。



Ts.Marker さんの再確認図も保存のために添付しておきましょう。あちこちに置いておかないといつ何が有るか分からない。
横列、上段Oct4,Nanog,Sox2、下段Cdx2,Eneos,Itgα7の並び。
縦列は以下。
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　129xB6-CAGヘテロ
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　129xB6-Acr-CAG
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1





Ts.Marker さんはbivalent pattern genes (Gata2, brachyury, Nkx6-2) は調べてない。小保方さんはESとSTAP細胞を間違えて図に示しているが、実際には持ち込むときに既にラベルを間違えていて、論文に図示するときに気づいて訂正している可能性がある。なぜなら、桂報告書はSTAP細胞はFES1という受精卵ESだと言っている。STAP細胞の方がNanogの発現量が多いことになる。
この時点で若山さんはFigure 4-bのESとSTAPが入れ代わっているので間違いだから論文の取り下げと言った。そして、後にはSTAPは太田ESだと言い出した。でもこのFI-SCにESマーカーがわずかに出ていることをどう説明するのかというTs.Marker氏の質問には誰も答えない。

私はntES化したもので、ntESの知られていなかった性質だと推測した。それでキメラが出来ている理由も説明でき、小保方さんが精神異常者だというあり得ない可能性も考えなくてよくなり、まして若山さんは別の実験をしていただけだから、そもそも捏造なんて考えもしてなかったのだという、ごく常識的な判断が可能になる説明をした。
それに対して、Ts.Marker氏は小保方細胞はキメラの出来る細胞であったし、共培養用によって、幹細胞化もできたのだと解釈したが、それならできている事実をどうして発表後に取り下げたのかの説明をしなければならないと再三我々が要請しているのに、今のところ答えられていない。学氏に至っては実験ミスだったと言い出す始末で、それは出来ない側の立場になり、キメラがどうして実験ミスでできたのかというとESコンタミしか考えられなくなり、事故コンタミの可能性は細胞を解凍するいう行為自体が意図を証明しているのであり得ない以上、擁護派として支離滅裂と批判されている。


本文に戻りましょう。
>>
Recent studies have also begun to reveal dynamic regulations in multiple cellular states related to pluripotency. These include reports of co-expression of Oct4 and Cdx2 in rat ES cells maintained in the presence of a GSK-3β inhibitor[19][20] and of Oct4 expression in rat extra-embryonic precursors[21].Another recent study has indicated that conventional ES cell culture also contains a very minor population of Oct4− cells with features resembling those of very early-stage embryos, including bidirectional potential[22]. However, these cells are dissimilar to STAP cells as they are Oct4−, unlike STAP cells and Fgf4-induced stem cells. Our preliminary genome-wide RNA-sequencing analysis indicated that both morulae and blastocysts are outliers to the cluster of STAP and ES cells (Extended Data Fig. 6d–f and Supplementary Tables 4 and 5).


ここでもOct4-GFPのFI-SCがあることになっている。Extended Data Figure 6-d,e,fは以下です。



リジェンドは以下。
>>
d, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, AU P values. As this analysis included morula and blastocyst embryos from which only small amounts of RNA could be obtained, we used pre-amplification with the SMARTer Ultra Low RNA kit for Illumina Sequencing (Clontech Laboratories). e, f, Volcano plot of the expression profile of STAP cells compared to the morula (e) and blastocyst (f). Genes showing greater than 10-fold change and P value 1.0 × 10(to the power of−6 )are highlighted in red and are considered up- (or down-) regulated in the STAP cells.


正直この実験は何をやってるのか知識不足で分からない。Supplementary Tables 4 and 5は蛋白質の発現表だが、これも知ってるのはCdx2だけしか無くて何を意味しているのか理解できない。

本文最後です。
>>
A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells and involves the acquisition of a wider developmental potential related to both ICM- and trophoectoderm-like states. Because of the inability to clone STAP cells from single cells, we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell level or two different states of STAP cells coexisting (or fluctuating between them) in culture. As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.


笹井さんは記者会見時の記者の質問に対して、疑義が生じているのはアーティクル論文であって、自分の纏めたレター論文ではないと答えました。彼はここに書かれている通りに信じていたのです。そして丹羽さんもそう信じていた。しかし、若山さんはGOFのFI-SCを作った記憶が無いと後に言い出した。何を言ってるのか。レター論文の実験はGOFのFI-SCが存在しなければできない実験ではないか。責任著者が何をいまさらそんなことを言いだしているんだ。論文を一度も読んで無かったとでも言うのか。読みもしないで自分でも理解できない論文になっていたと笹井さんに言ったのか。存在しないFI-SCの実験を行ったと論文のあちこちに書いている小保方さんの嘘をずっと放置していたとでもいうのか。何をとぼけたことを言ってるんだ。お前は責任著者だろうが。

それともGOFのFI-SCは作られていて、小保方さんにそう言って渡していたのか。キメラが小保方細胞核のntES化によって作られている嘘を白状できなくなってしまったから、GOFのFI-SCは作って無いと説明したのか?

1. 2019/12/25(水) 11:43:26|
2. AC129
4. | コメント:0

(木星リストの保存)













(FI-SCに関する情報整理)

FI-SCに関する情報は以下である。

[細胞実物]　木星リスト内、及び若山氏持ち出しリスト内
❶CTS-1(全解析でAcr-CAG、Oct4-GFPは無いと確認されている)
❷CTS-11,12,13(シーケンシングでAcr-CAGだと書かれ、Oct4-GFPに関しては無いということが仄めかされているが断定されてない)



この分は丹羽氏が持ち出した記録は有るが、松崎氏の記録はない。



BCA報告書の細胞リストでは4ラインとも少なくともシーケンシングはしていることになっている。
Ooboe さんのパートナー氏が入手した管理簿も再掲して置こう。



この管理表には少なくとも松崎氏が持ち出した記録はない。また丹羽さんの調査結果報告もない。しかし、桂報告書もＢＣＡ報告書も全ライン調べたと書いている。しかも山梨の分も調べたと書いている。そしてＧＯＦのＦＩ-ＳＣは無かったと。にも関わらず、公共データベースはGOFの細胞とCD1のTS細胞が混ぜられたサンプルがあったことを証している。しかし、木星リストにはそれが無い。小保方さんがＥＳコンタミしたのだと称するサンプルはいくらでもあるのになぜ、このサンプルだけが無いのか。佐藤本でも指摘されている。先を急ぐまい。

❸次に存在している試料は写真番号の⑤です。



木星さんが写真まで入手されている。ＣＴＳという文字が見えます。DNA試料です。



これも調査された気配がない。又、明細が不備ですね。以下のようだ。
1.ES
2.FLS
3.TS
4.CTS
5.CD45+
6.ES②
7.FLS②
8.TS2②
9.CTS②
10.CD45②
最下段は
STAP RNA1
STAP RNA2
epi-sc RNA①
epi-sc RNA②

❹次はー30度フリーザーの9番です。
組織サンプルブロックと書かれているようだが、黒文字は小保方さん、青は恐らく寺下さんでしょう。そもそも何の組織なのか。ＡＣＴＳという表記はアニマルカルスＴＳという意味。ＳＴＡＰ細胞から作られたＦＩ-ＳＣという意味だが、その組織となるとＦＩ-ＳＣキメラの組織なのか。不明ですね。




❺次はキメラの切片です。



FI-SCキメラの胎児と胎盤ですね。胎盤貢献していることになっている。
14番は若山研■■氏となっていて、小保方さんが担当していない。14番だけなのか全部なのかもわからない。少なくとも14番は他者でしかも大事な胎盤部分というのは気になるところ。Figure 2-f,gで使われている。





Figure 2-a,bはFI-SCへの誘導の仕方が示されていて、特に5-bはGOF由来STAP細胞からの誘導の写真で、小保方さんにはできないので、写真自体が若山さんの撮影したものということになる。GFPのFI-SCを作ってないという証言と矛盾している。







これがトリック写真なら、何度も繰り返すが理研は小保方さんを捏造者として警察に届け出ないといけない。

Figure 5-c,d.eは免染とRNA発現解析であるが、CD1のTSが混ぜられているというものを別としても、今でもデータは残ってい.る。





Ts.Marker さんはずっと指摘し続けている。
>>
SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

トゥイッターのみならずノフラーのブログにも書き込んでおられるが無視し続けらている。
>>
tt‏ @ts_marker 2018年3月26日
その他
Everyone in the world can witness. SRR1171567 FI-SC H3K27me3 SRR1171568 FI-SC H3K4me3 SRR1171569 FI-SC input DNA Incidentally, contamination of TS cells has not been reported in this data.

私はntESをTS培地で誘導した結果だと考えて居るが、Ts.MarkerさんはTS細胞との共培養の結果で本体はあくまでもSTAP細胞だという主張です。この分はFACSでTS細胞は完全に取り除かれていることになる。

いずれにせよESではあり得ない実験が行われている。

❻キメラ切片のすぐ下です。Ts.Marker さんと検討したまさにその実験です。



中身を整理してみましょう。
(上段　8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

青文字は寺下さんが手伝ったものではないでしょうかね。黒は小保方さん。5/14というのは2013/5/14ということで2013/4/4にリヴァイズ通知が来て、査読者がESコンタミでないことをJAKiを使って確認するよう指示している。この指示に査読者の勘違いもありそうでしたね。
ESが消えたらSTAP由来のFI-SCも消えるかもしれない可能性だってJAKiの効果にはありますね。
ただ、結果は違った。まずFigure 2-jでESにJAKiを入れるとOct4,Nanog,Rex1というESマーカー発現が1/5にまで減った。対して③④のFI-SCはそもそも発現量はESに比して少ないがJAKiに対する反応では変化なく、ESコンタミではないかという査読者の疑義を晴らす結果になった。青字が寺下さんなら、寺下さんがこの分のRNA抽出を手伝ったということでしょう。





(上段)の③④はFI-SCです。ESは(下段)の⑰⑱にあって小保方さんが抽出している。
大事なのはここは査読者がアドヴァイズしている通りにqPCRで内在性遺伝子の発現確認をしていることです。査読者は免染で確認できると書いていましたね。それは2-c,dで実行されている。GFP確認ではないということです。従って、ここで使われたCTSはF1のFI-SCであっても可能だということです。③④は発現したRNAですからOct-4-GFPでもCAG-GFPでも発現していれば確認できるでしょうね。

対してFigure 2-kの実験は黒字でかつ翌日の2013/5/15に行われているようです。下段を先に整理しましょう。
(下段　45本)
①E7.5 RNA 4本
②TS RNA 2本
③CTS RNA
④RNA
⑤CTS RNA 2013.5.15
⑦cardiac STAP d3 RNA
⑧cardiac STAP d7 RNA
⑨TS niwa-1 RNA 2本
⑩TS niwa-2 RNA 2本
⑪RNA Q1-1
⑫RNA Q1-2
⑬RNA Q2-1
⑭RNA Q2-2
⑮RNA Q3-1
⑯RNA Q3-2
⑰JAKi+ ES DNA
⑱JAKi- ES DNA
⑲lymphocyte RNA 2本
⑳GFP+ RNA
㉑GFP- RNA
㉒renal P3
㉓renal しんとうRNA
㉔cardiac fibro
㉕Hepatocyte p10
㉖Lung
㉗Liver
㉘heart

①はE7.5とありますから受精後7.5日の帝王切開された胎児のRNA試料ということになりますが、胎児の細胞が発現しているRNAだということでしょうね。FI-SCだとは書いてないが同じ実験グループのなかにある以上FI-SCキメラの体細胞RNAではないでしょうか。❺のキメラ胎児だと考えるのが妥当でしょう。STAP細胞やSTAP幹細胞キメラとも考えにくい。
②は2-kで使われたTSですね。若山さんの「僕のマウス」TSであろうと推測される。なぜなら丹羽さんの提供したTSは⑨⑩に弁別されている。丹羽さんのTSは系統樹を作る際に若山さんのTSが分化してしまっているのではないかという話になって後CD1のTSが提供されたということになっている。報告書の本文記載では2013年の8月である。しかし、8月であると系統樹は完成されないままに投稿されているということになってしまう。これがおかしいのでスライドでの時期が(1月最終)とごまかされたのではないかと疑義したが、ここでは若山さんのTSと丹羽さんのTSが併存している。JAKiの実験はここにある通り、2013/5/14と15の両日のようである。(1月最終)の時期に分化が疑われていたら既に5月の実験では若山さんのTSは使用されていなかったはずである。分化しているのではないかと疑義されたのはこのJAKiの実験時ではないか。ここでのTSマーカー発現がおかしかったから丹羽さんのTSが提供されたと考えるのが自然である。
2-kのグラフのコントロールのTSは丹羽さんの⑨⑩のTSが使われたと思われる。JAKi検査ではFI-SCのTSマーカーであるCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7ともに変化なかった。そもそもJAKiはESマーカーに対するインヒビターなのでTSマーカーとは関係しないが、少なくともES細胞は入ってないぞという証明にはなっている。この2-kの実験もGFPを使ったもので無いのでF1のFI-SCでもOct4-GFPのFI-SCでもできる実験であるが、どちらであったかは確認されていない。しようと思えば小保方さんがここに全部証拠を残しているから今からでもできる。





捏造犯はこんなに詳細な証拠は残さないでしょうね。

TSの実験で使われたFI-SCも(上段)の③④です。JAKiを入れる前のFI-SCは(下段)の③④⑤です。⑤が日付入りで実際に使ったものではないか。③④はうまく結果の出なかったFI-SCラインも参考のためにRNA抽出して置いたということなのかとも推測するが分かりませんね。

⑦⑧は心臓組織のSTAP細胞ですが、3日目と7日目のRNAです。しかも血球で行わずに心臓組織細胞で行っている。⑪～⑯は何のRNAなのかは分かりませんね。㉒は腎臓、㉓は腎臓の浸透圧刺激でしょうか、㉔は心筋、㉕は肝臓、㉖は肺、㉗は肝臓，㉘は心臓の何かは分かりませんが全部RNA試料でしょうね。これはJAKiの検証分とは別の試料のようです。

⑳㉑はGFPの有無で分けられているが、これもJAKiの実験分か否かは分かりません。もしJAKiの実験だったらExtended Data Figure 5-dが有りで、5-c,fの中段が無しの分だということになる。すると㉑がBFPのESの入った試料ということになる。でもわかりませんね。



❼次は20番です。FI-SCと書かれているのは笹井さんが参加して以降の実験サンプルです。笹井さん以前にFI-SCという言葉はできていない。




テラトーマと書かれているのでその染色サンプルですから切片グラスです。Extended Data Figure 6-bにある。





以下はその注です。
>>
b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

Figure 4-aの構想は誰のものかと以前考えた。レター論文を書いたのは笹井さんである。一から書き直したと証言している。しかし、データを渡されて論文化してくれと小保方さんに頼んだのは若山さんで、何の説明もなくデータを渡されて小保方さんが論文を書けるわけがない。無論、若山さんは小保方さを山梨に連れて行って、一緒に論文にしようと誘っているのである。しかし、実際には若山さん→小保方さん→笹井さんとデータと説明が受け渡されて、最終的にレター論文となった。



STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells のテラトーマがこれだというものです。
[テラトーマ:この時は随分大きくなった]と答えたのは小保方さんですから、このテラトーマを作ったのは彼女ですが、STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells の誘導を行ったのは誰か。
因みにSTAP-SC→Expandable ES-like cellsとFI-SCs →Expandable FI-SCsは誘導培地も見つけられていない単なる空想ですね。それに対してFI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cellsからはテラトーマが作られている。

①STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs
②FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells

①は若山さんにしかできない。②は既に①があればだれにでもできる。
後に項を改めて検討しましょう。

❽更に次は34番です。



これは何と対応しているのかわかりません。

❾そして最後が54、55番です。



ACTSと書かれているのは若山研時代のものですね。
uteresと書いているのはuterusのスペルミスです。複数形がuteriもしくはuterusesなので何か複数形で書こうとして間違えたのかもしれませんが中身が単数なのか複数なのか分かりませんから判断できませんね。

1. 2019/12/23(月) 08:43:44|
2. AC129
4. | コメント:0

(ではこちらの考察の続きです。大概で収束させないと。)

10.AC129の実験(129ローザ）、キメラ作成

報告書10P。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

若山氏の説明だと129の何なのであろうか。
①市販129/Sv 購入したそのもの、もしくは自家繁殖されているとしたらそれも
②129/Sv-CAG(ホモ)　「僕のマウス」の片割れ
③129/Sv carring Rosa26-gfp 小保方さんが聞いていた背景

「若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。 」というのはどういうことかな。実験は若山さんがしているのだから、該当する実験は何かわかる。笹井研でやったことも笹井さんや丹羽さんに確認できる。小保方さんに聞いても分かる。どうして「可能性が高い」なんて話になっているのか。調査怠慢かさもなければ何か隠しているということになる。一人ずつ呼び出して調査しているはずなので、怠慢ではなくて、証言同士に矛盾があるということになる。誰の嘘か。確認しないといけない。理研には弱みがありそうですね。ＳＴＡＰに関する弱みと理研自体にある弱みを雇用者に知られている。「誤記と考えられ」たのならすぐに小保方さんに聞けばいいだけのこと。誰が129/Sv carring Rosa26-gfp だと言ったのか、誰がキメラができたと言ったのかと。そしてそのキメラは今どこにあるのかと。更に公共データ登録されたエビステムセルは誰が作ったのか。その129/SvのGFPは何かと。
>>
Tru-Seq
③SRR1171558　丹羽研(or 若山研)　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv
④SRR1171559　丹羽研(or 若山研)　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv

この実験はレターの実験でTru-Seqは６月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はＳＴＡＰ事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。問題はキメラができたことですからね。捏造だと言ってる以上誰が犯人か決めないといけませんね。灰色だと容疑者全員が迷惑する。
刺激による多能性獲得というのはキンガ・ヴァイニーツ論文以来課題になっていますね。笹井さんはいい名前を付けたものです。
渋谷さんの紹介している論文を楠本さんがアップしてくれているので、その一部をここに貼り付けて置きましょう。小保方細胞自体は世界の課題なんですね。
キメラを誰が捏造したかははやく終わらせておかないといけませんね。
>>
STAP CONTROVERSY

In early 2014, a paper described a “unique cellular reprogramming phenomenon” of exposing adult differentiated cells to low pH. CD45-positive spleen lymphocytes from 1-week-old C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene and adult cells derived from the brain, skin, muscle, fat, bone marrow, lung and liver that were transiently exposed to low pH were reported to acquire pluripotency in vitro. A portion of such cells, which the authors termed stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) stem cells, were shown to express pluripotency markers, differentiate to triploblastic lineages under specified conditions, and contribute to chimaeras and germline transmission when injected into mouse blastocysts. Compared to mouse ESCs, STAP cells displayed limited self-renewal capability in ES-specific media and did not form colonies in dissociated culture[52]. The authors hypostatised that “unknown cellular mechanisms” triggered by sublethal stress unlocked the cells from their differentiated state and allowed re-expression of pluripotency-related genes, reflecting early embryonic stages. Such phenomena do not likely occur in vivo-at least not in mammalian organisms-as presumed mechanisms block progression from the initial OCT-4 activation to further reprogramming. Several months later, the paper was retracted due to “errors classified as misconduct” by the institutional investigation committee[53]. The negative impact of the retraction was further combined with news about possible “honour suicide” of one of the senior authors. However, while the “multiple errors” could indeed impact the study reproducibility and the credibility of the reported data, they could not rule out the existence of the STAP phenomenon. Interestingly, a recent paper reported a method of preconditioning adult human umbilical cord blood-derived stem cells to increase survival after transplantation. Exposure to oxidative stress and serum deprivation increased cell resistance in vitro, possible pointing to an adaptative mechanism for cell survival[54].

この実験はレターの実験でTru-Seqは６月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はＳＴＡＰ事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。

若山さんがFES1の中身をFLSとすり替えたんですね。ははは。

今まで何度も繰り返している通りです。サンプルを入れ替えたからこそ桂調査の結果が出た。入れ替えてなかったら小保方さんが犯人ですから、入れ替えたか、入れ替えてないかを確認したらいいんですね。


11.B6/129による何らかの実験(ntESG1、G2 ?)、公開データ登録情報(B6/129)

小保方さんが犯人だったら世界三大捏造事件に匹敵する捏造なんだそうですが、若山さんが犯人だったら、結果的には、今までに類なく悪質な、無実の人間に自分の罪をお仕着せた捏造偽造事件ということになりますね。
もしそうだったとしたら、社会正義の観点からこんなの放置していていいのかな。
これがOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼された動機でしょうね。

ntESG1G2のチューブに貼られたラベルは論文と一致しているのに中身は別物だった。入れ替えられているという事実ですよね。
こんなものの提出を受けて桂チームはよく分析を続けられたよなあ。中身違ってるけどどうなってんのと問うのが普通で、中身が違ってたので、これは関係ないから候補細胞から外したという。頭をひねるよな。ひひひ。お前って誰なの?

このチューブに入っていた細胞は無論太田ESではない。では何なのか。よくもこれを調べようとしないでいられたねえ。普通聞くよね。太田さんでも、若山さんでもいいから、ラベルと中身か違ってるけどこれ何と。どこから持ってきたのと。
太田さんだったら、君の論文は捏造だねと言わないといけない。若山さんだったら、ラベルは誰の書いたものなのかと聞かないといけない。Ooboe さんのパートナー氏はとても単純なことを検察に調べて欲しいとおっしゃってるだけですね。太田さんと若山さんに聞いても梨のつぶてだからですよね。

でも、こういう事柄は事件になってからの話です。公共データ登録されているC57BL/6x129/Svの細胞を使った実験は一体どういう実験だったのか。
小保方さんは言われるがままにマウス背景を書いているはずなんですけどね。小保方さんが捏造者であったにせよ、こんなところでマウス背景に関して嘘を書いて得るメリットがない。小保方さんが捏造者だというのはただESを若山さんに渡したということのはずですよね。彼女は若山さんに対して他にキメラを作らせる手段を持っていない。
公共データ登録されている細胞のC57BL/6x129/Svは実際に調べてみると違っている。GOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている。
彼女はこの頃若山さんの幹細胞の実験を手伝わされていて、いろんな細胞をGRASに提出しているが、基本2012年の8月のことで、この時点でレター論文は想定されていない。ただGRASに提出して調べてもらっただけだ。この提出時に彼女が細胞の背景をどう書いているかは公表されていない。公表されているのはレター論文が完成してアクセプト間近時点の2013/11/5に理研に提出しているデータで、これも調査されていないが、最終的に小保方さんの申告を受けて理研が2014/2/13に登録したのがC57BL/6x129/Svなのである。

①一つには、この2014/2/13時点で小保方さんの記述を書き換えた奴が居るかもしれない。
②もう一つは、実際にはGOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている細胞のすべてをC57BL/6x129/Svと小保方さんに嘘を教えた奴が居る。

たぶん、①だと思われる。というのはGOF+CD1は丹羽さんのくれたBFPを使ったレター実験の可能性が高い。小保方さんの登録を書き換えた奴が居る。
ただし、小保方さんは手記にあるようにAcr-CAGそのものを知らない。2012年8月に何かC57BL/6x129/Svを使っていると聞かされている実験が行われていたかもしれない。


12.GRAS提出試料(129/B6)の実験?

途中寄り道しすぎて、自分でアイテマイズしておきながらその意味を見失ってしまった。
11は公共データベースのF1の登録背景が基本B6/129になっている疑問であったが、検査の結果出てきたのは129/B6だったわけだから、実際にこの頃若山さんが行っていた、或は行わせていた実験は何だったのかということだったかな。

若山さんは途中までは何かを調べていた。特にFI-SCの実験ですね。でも、同時に小保方さんを挟んだヴァカンティ氏との関係が何かうまくいってない。何しろ山梨大に助手で誘われていながら彼女はいい返事はまだしていない。後に書かれた手記によればヴァカンティ・小島・大和・常田各氏とも相談していて、最終的にはついて行くべきでないというアドヴァイスを受けたと書いている。子弟関係を考えたら常識ですね。聞かなくても分かっているようなアドヴァイスです。ヴァカンティ研に留学の話が出たのはヴァカンティ氏がメンバーを探しているのを知人の大和氏が知って、自分の学生を紹介したものです。これは後にデイナ・グッドイヤーが取材して書いている。
でも彼女は優柔不断なんですね。子供心のままですよね。自分で決められない。自分の細胞研究にだけ関心があって、周りの人間関係に無頓着です。人が自分の面倒を見てくれるのが常態の子供心が長くつづくということと、子供の純粋な好奇心が長く続くということは関係があるのかな。
ここは助手で誘われたときに行けないと答えなければならなかったところですね。
でもキメラはできている。我々の推理では若山さんは助手条件で誘える時点まで彼女を引き留めるために、ntES化してキメラを作ったのだということを隠していたと考えた。
前年の春に最初の勧誘を受けて、ヴァカンティに相談した。この時の経緯が手記に書かれているのですが、無論小保方さんの立場で書かれている。
若山さんのところにあるGOFマウスで研究したいということをヴァカンティに訴えたようですが、その前に、若山さんに自分のラボに誘われたと言っていて、この時点でヴァカンティが仰天したのは想像に難くないでしょう。既に契約している。社会常識が無いにもほどがある。誘われた時点で既に契約しているから行けないと断らないといけませんよね。或いは大和氏に相談しないと。誘った若山さんも若山さんでしょう。もっとも、ここで日本中が震災と原発が津波で大爆発している渦中にあるのを忘れてはいけませんよね。ヴァカンティ氏は若山研に小保方さんを渡す気なんて全然なかったとデイナに語っていますね。
小保方さんの世界は自分中心に回っていて、周りのみんなという漠然とした保護社会があって、自分が一生懸命に何かを解明しようと努力していたらみんなが助けてくれると考えているらしい。仮に皆がさうさせてくれないときは自分の努力が足りないので、もっと研鑽して認めてもらうようにしないといけない。みんなが自分を指導してくれると考えて居る。
こういう子供は可愛いよね。
生きていくための予算獲得するためには研究不正もある程度はして論文を飾り立てインパクトファクターを盛り込まないとなかなか認めてくれない。予算もつかなきゃ自分も苦しいし、弟子を育てることもできない。一体何のために自分はこの世界に入ったのか。千三つの世界ですから。三つに当たらなかった人は退いて後進の指導に当たらないといけない。教育と管理の仕事に回るんですね。私企業の研究所でも同じです。たくさん雇っている研究者の全てが大発見するなんて思ってないし、雇った研究者は必ず大発見してくれそうな人を選んでいるんだけど、現実に大発見する人は千人に三人なんだという計算のもとで会社を経営している。国営企業は簡単にはつぶれないからそこが緩いだけで、原理原則は同じで千三つです。経営原則は自然則並みにシビアなものですね。国営企業の潰れた代表例は旧国鉄でした。
シニアな研究者は小保方さんみたいな人に弱いんでしょうね。常田氏はまだそんな学生だとも思わなかったと言ってる。大和氏はハルさんと呼んでいて、ハルさんは出来ないだろうと刺激するとガンバル人と見抜いている。ヴァカンティ氏は会ってすぐにブライトだと見抜いた。若山さんは博論時の手伝いで一度会ってるがその時の感想は出ていない。震災で腰かけた時に惚れ込んで、自分の研究室に誘った。その前の2月前後に東京でも出会って小保方さんが挨拶に行っている。笹井さんは隣に並んでプロジェクターを見ながら論文のリヴァイズをしている過程で惚れ込んだ。
彼女にはそういう類の魅力がある人だと分かる。相沢さんは早稲田の古い先輩だということと、副所長までしていて組織からの信頼も厚い人なので、小保方さんのベイビーシッター役を仰せつかっている。再現実験では一時復帰して小保方さんの上司になっていて、机を並べている。手記に小保方さんに対して自業自得だと言ったことが書かれている。これはまさに小保方さんの先輩として彼女の魅力が仇になったことを批判しているのではないかと推測される。子供心を批判したのだと思われる。断るべきところでちゃんと断らないからこうなったと理解したのではないか。机を並べているときに先輩として尋ねているかもしれない。小保方さんが60万の支払いに応じた時、もう二度とお前には合わないと怒ったのは、まだ子供心なのかということではなかったか。その後も言葉とは裏腹に食事に誘ってやっている。
因みに、小保方さんが支払ったのは弁護団の圧力で、二つの理由がある。一つは彼女の心理状態が訴訟に堪え得ないと判断したこと、もう一つは弁護団自身が、小保方さんを弁護できる自信が無かった。裏返すと小保方さんが犯人ではないかと疑っていた。弁護士の仕事はクライアントにとって一番いい結果になるように努力することなので、この問題では争わない方がいいと判断した。その代わり、早稲田への訴訟は勧めている。これは小保方さんの証言なく、弁護団だけで勝てると判断しているんですね。ど素人の私でも勝てると思いますね。詐欺で訴えることすらできる。深読みすれば、法学部の博士課程まで出ている鎌田学長は小保方さんが訴訟してくれて、早稲田が負けることを望んでいたかもしれないようなところです。早稲田が文科省の圧力下で判断したことは国民には自明ですからね。対して、この時点で誰も若山さんのntESだという認識は生まれていませんからね。こちらの裁判は小保方さんには耐えられないとみたんですね。相沢さんはその辺りまで考えてはいない。ただ、小保方さんがES捏造するような人でないことは分かっているので、なぜ払ったのだと直情しただけでしょうね。

小保方さんがシニアの研究者にとっては可愛い人だったというのは若山さんでもそうですね。可愛いと思っているのに悪意を持って接するということはあり得ません。小保方さんが手記を書く段階になってすら、若山さんを憎む気持ちになれないと書いているのは、若山さんは常に小保方さんに対して好意的に接していたからですね。その思い出があるから憎めないのです。どこかの時点から変わったんです。

それが、この辺りなんですけどね。



13.GRAS提出STAP細胞(lysate)が「僕のマウス」ESになるようにした犯罪行為

129B6F1 GFP ES-6 とAC129と STAP ChIP-seq control は同じ細胞であるというBCAの結論は納得しやすいものですね。何度でも貼り付けましょう。




まず3つのサンプル共に、赤のホモSNPs領域が129 cag-GFP mouse と一致している。そして他はすべて緑で、青のSNPsホモ領域はほとんどありませんが、18番にわずかに存在している青の領域は B6 cag-GFP mouse の18番と一致している。3つの細胞は同じものです。
我々は、若山さんが小保方さんによるES捏造だと思わせるために、AC129と STAP ChIP-seq control の中身を129B6F1 GFP ES-6 に入れ替えたのだと主張している。現に、そのES6は最終的に若山さんが山梨大に保持していて、理研の小保方さんのフリーザーには無かった。もしサンプルの入れ替えが無かったとしたら、AC129というのは129/Sv-X1の白毛マウスで作ったものなのでしょうから、検査の結果「僕のマウス」が出てきたのなら小保方さんがESを渡したのだという結論になります。ここはとても重要なところです。
入れ替えがあったか無かったかということが焦点なのです。
細胞の大きさからして若山さんはESを渡されて気づかないということは無いと既に我々は証明している。何百回と胚盤胞に注入している。気づかないことはあり得ません。犯人は若山さんなんです。
するとここに重大な疑義が生じますよね。GRASに残されていたというSTAP Lysate です。これが「僕のマウス」ESであった。8月に小保方さんが提出した細胞で、STAP細胞だと書いていたものでしょうね。それが残されていたと伊藤さんは証言した。これが本当かどうかは証明が難しいでしょうね。伊藤さんは第三者ではありませんからね。警察が差し押さえた後に検査した結果だとまた事情は違いますけどね。
調査が杜撰だからこうなるんですね。法律の立て付けが悪いのです。警察を入れて裁判させて決着させないといけない。
犯人が若山さんであっても、小保方さんであっても、無実側は迷惑しますよね。事実が判明して困るのは真犯人なのであって、自業自得です。無実だったら晴れ渡りますね。そうしないといけないですよね。

まず、STAP　Lysateって何ですかね。長期培養のできないSTAP細胞のDNAを細かく刻んで溶液の中で保存しているものですね。まずDNAはこの溶液の中で当然2年以上経過しているわけですから凍結してあったはずですが、中身の変質は無いのでしょうね。それとどうして保存してあったままのサンプルの写真とSTAP Lysateであることを示すラベルなり書類なりの開示が無いのかな。
いわば犯人たちがやりたい放題のことを行って言いたい放題のことを言ってると思われても仕方がありませんね。何しろ報告書は基本的に疑われていますからね。親の雌雄の違うラベルサンプルを渡されていながら理由を問いもしない。どこから太田ESが来たのかということを問い合わせても答えない。これで信用しろという方が無理ですね。本当はこの時点で詰んでるんですがね。

①小保方さんがES細胞とSTAP細胞を間違えた。
②伊藤さんが嘘をついている。
③小保方さんに誰かが実験で使った残りの細胞をsTAPだと言い間違えて渡した。

Letter Figure 4-bは小保方さんがSTAPとESと間違えてるんでしたよね。リトラクト理由とともにもう一度貼りましょう。

(4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.




そしてこれはTsさんのIGV解析で証明確認されている。Nanogの少ない方がSTAPです。小保方さんは本当に間違えている。若山さん、もしくは手伝ったメンバーがTs.Markerさんの確認したIGVの図を持っているということです。




これはAC129を巡る問題6で一度考えました。これ自体はIGV図にキャプションをつけた時に間違えたんですね。小保方さんはLetter Figure 4-bのSTAPとESを逆に書いてしまった。それはいいとして正しくはTs.Markeさんの図ですね。STAP細胞はNanog発現量がES細胞より少ないんですね。ところが、ここでSTAPとされているものは報告書では「僕のマウス」ESだったんでしょ。だったら上のESは何なのか。どちらもESなのか。それとも上がSTAP細胞なのか。それだと小保方さんの間違いは更なる間違いによって訂正されているということになるが。


14.AC129の中身を「僕のマウス」ESに入れ替えた犯罪行為

ちょっとTs.Markerさんのブログで道草してしまったので、早く終わらせよう。その前に少しだけ触れて置く。

Ts.Marker氏は和モガさんや、DORAさんなんかと同じで所謂理系の人のようだ。若山さんはこの世界では著名人なのでやはり敬意があるんでしょうね。完全に客観的にはなれないようです。この情に支配されていると言辞はアンチ小保方派に近くなる。アンチは単に情だけでなく利害的にも若山さんを擁護している。何となく敬意があって客観的になれないのではなくて、自分たちに不利になるから擁護しているんです。特に騒いでしまったマスコミの関係者のスピン屋さんですね。今更小保方無実なんて考えたくもない。理研や文科省関係のスピン屋さんたちも同じです。蒸し返されると大問題になってしまう。利己心は情の最たるもの、情の情たる所以です。
Ts.markerさんたちはそうではないんですね。理研の報告書はおかしいと思っている。理研は小保方さんがESを渡したと言ってるも同じです。だから理研がおかしいというのは小保方さんは無実だと言ってることになるんですが、自分たちの尊敬する、或は尊敬まではしなくても、ちゃんとした研究者で、立派な人だと信じ込んでいる若山さんが何か悪いことなんてするはずが無いと考える。すると事件に関する真相解が思いつけなくなってしまう。なぜならば若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立しているからです。どちらかが嘘をついているとしか見えなくなってしまっている。
このジレンマに陥っていてそれを解きほぐすストーリーが思いつけないということです。誰一人彼らの中でそれを言った人はいない。だんまりです。唯一パートナー氏だけが思いつかないと正直に述べられただけです。
私も思いついたら既にそちらの立場に立っていますから思いつけないんです。だからこちらにいる。でも、思いつけないから解は無いのだとは言えませんからね。だからこそ可能性として残しているんです。

私はど素人の無関係な人間ですから若山さんに対する敬意なんてありません。そもそも私は内心で他人を尊敬したことなんてありゃしない。先生が偉いのは子供の間だけで、後は社会的慣習としての敬語の使い方があるだけですね。人を尊敬することがないから、逆に言うと人を馬鹿にするなんてこともありませんね。全く対等です。上下関係をつけたがる人というのはまだ精神的には未熟ですよね。で、社会は未熟な面が残って無いとバラバラになり易いんですよね。人間は群れる動物です。
でもそういう私でも好き嫌いはありますから、嫌いな人間との関係は出来るだけ当り障りなく疎遠に維持し、好きな人間たちとのみ付き合いします。それで今まで困ったこともないですね。ということは大抵の大人たちはそうしているんではないですかね。

「若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立している」という事例の最たるものがこのAC129です。若山さんが129/Svを渡したと言っているのに、できた幹細胞からは129B6F1が出てきた。私は渡されたマウスの細胞を返したと小保方さんは言ってます。
第三者が介入してないとしたら、どちらかが嘘をついているか勘違いしている以外にはありません。この問題を解決しないで科学的に実験結果の解釈のみをあげつらっても、事件の真相には至れない。

若山さんはAC129の実験の後にSTAP細胞の作り方を小保方さんに教えて貰いに行ってFLS-Tを作った。このときに渡したマウスは何であるか書かれていないが、「僕のマウス」を渡しているらしい。というのも後の調査結果でマウス背景が違うということは言われていないからです。FLS-Tのマウス背景は「僕のマウス」だった。ただし、遺伝子欠失と重複が「僕のマウス」ES-1であると発覚した。STAP細胞ではなく既存のESと一致したということです。

でも、このES1を最終的に持っていたのは若山さんでした。理研側には残されていなかった。小保方さんが二回の捏造の上にたまたま若山さんだけがサンプル整理した後にES1を持ち帰っていたのだというような偶然があるのでしょうかね。
そういう偶然が無く、小保方さん犯人もないのなら、若山さんはAC129の中身も後にES-1に入れ替えたことになるのです。

立派な学者はそういうことをしないと信じるのなら小保方さんが捏造したのだと結論しなければならなくなるでしょう。

でも理研にはES1は無いのにES6が置かれていて、小保方さんは不明と答えている。これを置いたのは若山さんで1と6の識別が可能だと思ってなかったんでしょうね。


(ゲノムウォークの話)

さて、アイテマイズして置いた項目は一応検討しましたが考察は全然進展しませんね。隠されている情報があまりに多いからですね。隠されていると言っていけなければ調査されてない事柄が多すぎると言い直してもいい。

ここで、途中になっていたアクロシン発見に至る経緯の話に戻りましょう。



若山さんの「僕のマウス」は由来がロックフェラー大学で自分自身が作ったB6-CAGホモマウスですから、その挿入した人工遺伝子であるコンストラクトは若山さんは知っています。入った染色体がどこかは偶然によりますから調べないと分かりません。若山さんは放医研に自分のコンストラクトを教えて調べてもらったんです。放医研は若山さんのコンストラクトの頭と尻尾にプライマー設定して、FLS1-8、AC129、「僕のマウス」ES、FLS-T1,2の全てを調べてもらった。
なぜすべて調べたということが分かるかというと、本来このプライマーで引っかかってくるはずなのは、まず「僕のマウス」を渡したと言っているんですからFLS1-8、当然ですが「僕のマウス」ES、そして後にバックグラウンドは違ってるとは言ってないんですからFLS-T1,2ですね。でもそれ以外もこの同じプライマーで調べたんです。なぜならAC129にも18番染色体にホモで見つかっている。ということは、そもそも「僕のマウス」を渡したと言ってるんですから当然である上に、本来ない筈のAC129まで調べてあったと言ってるんですから、FLS1-8も調べた結果無かったというデータがあるんです。ところがそれは示されていませんよね。
この18番に無いという証拠は重要なものです。もしかしたら、18番にヘテロであった可能性に関して既述していますよね。

左側の18番に無いという図は右のプライマーで探した結果ではありませんからね。全然別のプライマーで調べた結果です。騙されないでください。
それから、これを探すのは難しくない。コンストラクト配列が分かっているからです。
序ながら岡部マウスのAcr-CAG挿入のコンストラクトも岡部さんから聞いているので分かっています。
若山さんの記者会見での説明はとても不自然なものです。自分が光る精子を集めて顕微受精しているんですから、18番になかった結果それでも光っているわけですから岡部マウスではないかと調べさせたらいいだけです。ゲノムウォークの必要はないはずなんですがね。彼はプライマーを調べるのが大変なんですがなんて、また、GFPがヘテロに来たと小保方さんに言ったときのよえうに、あたかもゲノムウォーキングで調べたかのような仄めかしを言ってる。

第三者機関が放医研であることはNHKの藤原記者が質問で暴露した。でも藤原氏はなぜ知ってるのか。若山さんが事前に知らせていたでき質疑応答ではないのか。放医研に確認したら法人として正式には受けていないと言った。そして個々の研究者が個人的に引き受けることはあるとしたが、それが誰かも言ってない。今でも本当に放医研の知人が引き受けたのかどうかすら分からない。若山さんが勝手に作った資料でないという証拠もない。
FLSの18番染色体上に1コピーのGFPがあったら第三者なら若山さんが嘘をついていることを知っているでしょうね。またなかったとしても、無かった結果は提示したのでどうして記者会見で示さないのかと訝ったでしょうね。しかし、そう考えるより、これは若山さんの一人芝居ではないのかと考えた方が理解しやすい。

桂報告書の解析チームはすべてを自分たちの手で確認したかどうか分かりません。彼らも又、FLSの18番にCAGがヘテロに1コピーあったか無かったかに触れていない。我々がそれにこだわるのはFLSの129側にB6のコンタミがあるSNPsパターンが129 cag-GFP mouse と一致しているからです。このパターンの示唆するところはAC129以下3ラインは言うに及ばず、FLS以下の4ラインの18番には1コピーのCAGがヘテロに入っているということです。それに対してntESG1,2の129には129 cag-GFP mouse のようなB6のコンタミは無い。




岡部マウスの使われているらしい細胞株には以下の特徴があった。
>>
１）Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入の位置、コピー数、周囲の塩基配列
表：STAP 幹細胞株一覧に挙げた 12 種類の幹細胞から STAP 幹細胞 FLS-T を除く 11 種 類の幹細胞株、それらの幹細胞が作製された 129 系統、および C57BL/6 系統の NGS によ る全ゲノム解析を行なった。その結果、Acr-GFP/CAG-GFP の共挿入は、STAP 幹細胞 FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、そして ES 細胞 FES1 並びに FES2、ntES1 並びに ntES2, および 129/GFP ES の 7 株の第 3 染色体の同一部位に共通に存在することが判明した。また、Acr-GFP が第 3 染色体の片方にのみ挿入されていること（FISH により確認）、Acr-プロモーターの コピー数がどれも約 20 コピーであること、GFP 挿入部位を挟んで第 3 染色体の約 20kb の重複があることと、GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ ることも共通していることが判明した。これらの特徴は、2003 年に CDB 若山研が大阪大 学岡部研より導入した Acr-GFP/CAG-GFP マウスの特徴と完全に一致する。 (4P)

以下の特徴が共通していると書いているのでしたよね。AC129-8で検討した。

①3番染色体にAcr-GFP/CAG-GFP 共挿入がヘテロに存在している。
②アクロシンプロモーターのコピー数は20コピー程度である。
③GFP挿入部位を挟んで約20kbの重複がある。
④GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ る。
⑤この特徴を共有しているのは2003年に岡部研より導入した岡部マウス、FLS3、CTS1、FES1、FES2、ntES-G1、ntES-G2、129/GFP ESである。

ところが⑤に挙げられた細胞には別の識別可能の特徴がっあった。
>>
４）第 3 染色体と第 8 染色体の欠失変異
STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来；第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。この２箇所の欠失は、STAP 幹細胞 FLS および FI 幹細胞 CTS の全ての株にも 共通に存在することがPCR産物の塩基配列決定により確認された。一方、この両欠失は、 市販の 129 の亜系である 129 x 1/SVJJmsSlc(SLC)と 129+Ter/SvJcl(CLEA)のいずれにも存在しない。また、この第 3 染色体の 5kb の欠失も、市販の B6 の亜系である C57BL/6JJmsSlc (SLC)、C57BL/6NCrSlc (SLC)、C57BL/6J (Charles River)、C57BL/6NCrl (Charles River)、C57BL/6JJcl (CLEA)、C57BL/6NJcl (CLEA)のいずれにも存在しない。 さらに、2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかっ た。 もし、これらの細胞が論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 から作製された株で あるなら、これら 2 個所の欠失の両方、または片方が市販の 129 系統、C57BL/6 系統の いずれかに存在していなければならず、STAP 研究の行なわれた 2 年強という期間でこれ ら 2 個所の欠失が生ずることは考えにくい。従って、この結果は、これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた（129 x C57BL/6）F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。(6P)

B6側だけに着目すると、[第3染色体の5kbの欠失]がFLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES に共通して、他には無いということである。FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウスの受精卵に無かった。

①FLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES
②FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウス

二つのグループに分かれたということである。

②に関して事実関係を整理しておくと、この中のntES-G1,G2は不明の細胞である。

a.太田さんは6ラインの細胞を持ちだしたと日経サイエンスに証言している。それが何かは明らかにはなっていない。
b.この細胞の入っていたチューブのラベルには129B6であると書かれていて、その凍結年度も含めて桂報告書にある細胞表にある通りで、このラベル表記と太田さんの論文は一致している。
c.しかし、このチューブの中身はラベル及びそれと一致している論文とは全く違っていて親の雌雄が逆であったため誰かが中身を入れ替えたという証拠となっている。無論中身は論文当時の太田ntESではないのは無論であるが、どういう経緯で作られた細胞であるのかすらわかってない。
d.FES2も同様に太田さんの受精卵ESではない。太田さんは同じ親でいくつかの受精卵からこの2ラインを作っている。マウスは多産なので一つのペアがあれば複数個の胚盤胞が得られるので、何匹もの掛け合わせはしない。全く同じ親の卵なので、FES1とFES2のSNPsパターンが違うということはあり得ない。従ってFES1とFES2の作られた卵は別の親のペアの卵である。この時点でこの二つの細胞の片方、もしくは両方は太田さんが片手間で作ったと言ってる受精卵ES細胞ではないということになる。
e.2010年度に凍結された岡部マウスの受精卵に3番染色体の欠失は無い。しかし、他は上述のように中身が違っているので樹立年を特定できないので比較できない。

①に関しても事実関係を整理しておくと、この4つの細胞ラインは同じものだということであるが、作成の前後を言うことはできない。

a.FLSは2012年の初頭に樹立されて、凍結されたものや、継代培養を重ねたものやがあると推測される。
b.129/GFP ES に関しては和モガさんとDORAさんは犯人が小保方さんを陥れるために、彼女が手に入れた置忘れの太田細胞のラベル書き換え分だと思わせるように忍び込ませた細胞だと推測されている。小保方さんはこの細胞に関して調査に対して知らないと答えているようだ。彼女が犯人だったらこんなものを残したまま、最終的に自分が管理していた冷凍庫の中も検査してくれとわざわざ自分から申し出ることはない。不都合なものは捨ててから申し出るでしょう。
ただし、4ラインは同じものだという結論なのでもともとFLSの使っている分ということも考えられる。当時の状況で皆が知らないと言っていたと聞いているから自分も知らないと答えておかないと周りに迷惑がかかるかなと考えた可能性もないことはない。彼女は何が起きたかが理解できてない。うかつなことの言えない状況ではあった。
ただ、本当に知らなかったもしれないが、その場合は犯人が入れたということになる。中身はいずれにせよFLSですね。
c.FES1は太田ESではないですね。犯人が中身をFLSに入れ替えたものです。太田ESだったらFES1,2はSNPsパターンが同じになるはずです。入れ替えられている。

(Ts.Marker氏との対話記録)

Ts.ＭａｒｋｅｒさんはＳＴＡＰ細胞ある派です。以下に彼のブログのコメント欄での討論内容を記録して置いて、新しい場所に移動します。

9. 一言居士
2019年12月14日 08:15
別件ですが、以下の二つ、GOF+10%のCD1とされている。
>>
SRR1171565　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
SRR1171566　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2
Letter Extended Data Figure 5-e,fで使われたサンプルの公開データ登録分だと思います。BFPは若山研にはなかったものですし、この実験がJAKiを使った笹井研での実験なのは自明です。気づかれてないので聞き取り調査されていませんが、丹羽さんがCD1のBFPマウスを提供したものだと思います。この実験ではBFPを10%混ぜたと書いてあります。桂報告はこのことに気づていません。Figure 2の樹上図を作るためにCD1のTSを混ぜたのだという推測で小保方さんの捏造を示唆している。因みにCD1のTSは若山さんの「僕のマウス」TSが分化してしまっているようだったので、丹羽さんが提供していることが分かっています。
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

10. 一言居士
2019年12月14日 08:17
若山さんはGOFマウスでFI-SCを作った覚えは無いと証言しています。覚えはないということです。後に記憶違いの言い訳が出来る言い方です。実験ノートもちゃんと記載していないのではないでしょうか。そもそも共同著者で幹細胞化実験に関しては主導していた人です。作ったか作ってないかははっきり覚えているはずですし、論文に書いてあるのに後になって見てなかったなんて、世紀の大発見論文だと記者会見発表して出席して置きながら、後になってそんな言い訳はトンチンカン過ぎます。
小保方さんが捏造するなら、学生にもらったGOFのntESしかありません。学生のGOFESでこの実験を行うと論文の結果は出ませんから、更に写真の工作までしていることになる。共同著者に若山さんが居るのにそんなことってできないでしょうや。私はGOFのFI-SCは作ってないよと言われただけでアウトですね。現にそういわれた。これってやってたら相当悪質な捏造ですよね。裏返せば若山さんが嘘をついていたらこれは人を陥れるとても悪質な犯罪ではありませんかね。

11. 一言居士
2019年12月14日 08:20
同じくTs.Marker さんのSRR1171567,8,9のIGV解析結果は以下です。すべてAcr-CAGマウスだという調査結果です。見方はこれでいいのかどうかは分かりません。ご教授乞う。
>>
SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

568のTSマーカー発現は驚くべきものですね。桂報告書はこれを太田ESを若山さんがTS培地で誘導した結果だと言っていることになりますね。太田ESは受精卵ESだということになってますよね。私はあなた方の解析結果は若山さんのntESの性質だと今のところは解釈していますが、太田受精卵ESをTS培地誘導してこんな結果になるとは考えません。
ご意見乞う。以上です。

12. Zscan4
2019年12月14日 19:14
>>11
前から気になってたんですが、”　若山さんのntESの性質だ　”　とは？

13. 一言居士
2019年12月15日 08:35
(12への回答)
Ts.Markerさんは論文通りのSTAP細胞があるというお立場でしたね。今はどうなのかは存じませんが、私がntESではと書いた時「それはないよ」という意味のことをしたらばにコメントされたのを記憶している。理由は書かれていませんでしたが、当時IGVの解析結果を発表されていたのでその解析結果からそれは無いとおっしゃってると理解していた。ただ、ある派の弱点はあるのにどうして取り下げたのかということの理由が述べられていないというところです。

私は小保方細胞は"ある"が理研のキメラのできたSTAP細胞は無いという結論です。無いから取り下げたので、ある派の説明できない部分を説明している。

14. 一言居士
2019年12月15日 08:36
すると、彼らは何をしたのかという問題になります。理研は小保方さんがFESを見つけてコンタミしたと推測した。これはありません。繰り返さない。
でも、では若山さんが捏造するのかと考えればそんなわけがない。そして手記を読んで初めて理解できることは、小保方さんが腰かけて後どうして米国に戻らなかったかというと、若山さんが自分のラボに来いと誘ったからだと知れた。この話は手記以外のどこにも書かれていない。『捏造の科学者』にも一言も触れられていない。無論、桂報告書にも書かれていない。こんな重大な動機に関する情報を警察だったら絶対に見逃しませんね。警察は犯罪があったら動機を考えます。
彼女の書いていることが事実だというのは、彼女が理研に残ったことで分かる。後のデイナ・グッドイヤーの記事でも分かります。
私の小保方核使用ntES論は繰り返しません。AC129を巡る諸問題で繰り返し考え続けています。

15. 一言居士
2019年12月15日 08:38
そこで、御質問の件ですが、丹羽さんの再現実験に関する報告論文でOct4-GFPに関しての漏れ出しの有ることが分かった。他方内在性Oct4を発現している真の小保方細胞の数は極度に少なくて、その事実はティシュー論文での三胚葉分化実験結果に関して手記で述べていることと一致している。
若山さんはOct4-GFPを大量に発現しているスフィア塊から一個の細胞を選んでクローン胚に移植した。何百個かのクローン胚を作ったはずですが、真の小保方細胞には当たっていない筈なんです。すると1から2%だとされているクローン達成率である実験でntES化されて1割程度に成功率が上がっているはずの小保方細胞核使用ntESは実質、"GFPの漏れ出しているただのCD45陽性細胞の核"を使っただけの、昔からの若山研のntESだということになる。若山さんはそもそも自分の研究していたntESをTS培地誘導していただけだということになる。それが以下の結果なのではないかと。
>>
SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

16. 一言居士
2019年12月15日 08:40
一般にESと言えば受精卵ESで胚盤胞期にはインナーセルマスとトロフォブラストの機能分化が起きていて、インナーセルマスの胎盤貢献機能はストップさせられています。だからES細胞からのキメラでは胎児側からの胎盤への貢献が無い。リシピエントの胎盤が貢献するんですね。
ntESは受精卵ESと違って、核が体細胞核ですので細胞質の貢献でリプログラムが進んでも胎盤異常がとても多くて研究課題になっている。胚盤胞期にインナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時にインナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです。あなたが解析されたSRR1171568の結果はそれを表しているのではないかと申し上げているんです。無論、素人の推測です。これは恐らく専門家が取り組むべき真正の研究課題だと思います。
太田ESは受精卵ESです。SRR1171568の結果は出ないのが通説ですよね。
本物のSTAP細胞なのか、小保方細胞核を使っていると思い込んだ若山さんのntESか、どちらなのか。ある派は発表までされている論文をなぜ取り下げたのかの考えうる理由を提示しないといけないです。パートナー氏は分からないと正直におっしゃってる。他の人のコメントはまだ頂いてないです。以上です。

17. 横川
2019年12月15日 17:11
ntESは受精卵ES細胞と同じで胎盤には寄与しないです。
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070221_aff.html

18. Zscan4
2019年12月15日 17:52
>>16
　”　インナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです　”

　ではちょっと強引ですね。

19. Zscan4
2019年12月15日 18:09
>>考えうる理由

NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。

このあたりだと思うんだけど。
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど

20. 一言居士
2019年12月15日 20:29
御批判有難うございます。初めてまともな根拠をあげての客観的資料に基づく反論を受けました。

先に横川さんに御返事申し上げます。
>>
STAP細胞の最大の特徴である、胎盤に分化する能力はどうか。
「初期の頃のES細胞は胎盤にいかないとされていたけれど、今は技術も向上して、より質の良いESができます。特に僕の研究室は、キメリズムを高めるのが研究室のテーマの一つでもあったので、もしかしたらESでも胎盤にけっこう寄与しているかもしれないですよね。」(『捏造の科学者』　76P)

ご指摘の理研ニュースは2007年2月21日付です。取材は2014年です。ちょっと私のような素人には難しいです。私の結論は総合的なもので、Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)の説明として考えうる可能性として挙げているものです。無論若山さんはESを渡されたという前提でES細胞も胎盤に貢献し得るということを言ってるんで、私に言わせるとそれならntESの方がずっと胎盤に貢献する可能性が高いのではと思ったまでです。

21. 一言居士
2019年12月15日 20:31
Zscan4さん(Ts.Marker さんではいけないですかねえ)にお応え致します。
>>
ちょっと強引ですね。

STAP細胞由来TS培地誘導細胞だとおっしゃるんでしょ。もしそうでないのにPou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)はどうしたらあり得るのでしょうか。
ES細胞だとこの結果にはならないということは同意されていると思います。
①論文通りのSTAP細胞がある。
②小保方細胞はあるが、キメラのできたSTAP細胞は無い。
どちらかだと私も思っていて、再現できなかったことと、できてるのに取り下げる理由が思いつかないというのが私が②の判断になっている理由です。


22. 一言居士
2019年12月15日 20:33
>>
NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。
このあたりだと思うんだけど。

実験ミスがあったことに気づいたから取り下げたと理解されますが、実験ミスでは論文通りのキメラができたことにはなりませんよね。若山さんはES細胞を渡されたと言ってるんですよね。若山さんが実験ミスしたのだが、その責任を小保方さんに押し付けたということですか。

>>
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど

Zscan4さんは「論文通りのSTAP細胞は無かった」というお立場なんですか。それだと私の理解も違ってしまいますが。
学さんが何か誰かが捏造したのではなく、何らかの手違いみたいなことがあったのではと可能性模索されているようですが、実験ミスを小保方さんの所為にしたら既に若山さんの犯罪です。若山さんは小保方さんが自分に既存ES細胞を渡したと言っていることになるのではないですか。以上です。

23. Zscan4
2019年12月15日 21:23
>>22
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。

別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。

「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」

あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている？
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。

和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。

ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照　気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。

また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない。

24. 一言居士
2019年12月16日 06:17
>>
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。

幹細胞は小保方さんにはできなかったのだが、若山さんはできているといい、丹羽さんに相談したら、若山さんを信じるべきだということになって、論文に出来ると書いた。手記にはそうあります。これは組織的なミスコンダクトでしょう。こんな論文ってあり得ないですよね。自分にできないものを筆頭著者に出来ると書かせた。組織的に動くとこういうことにもなり易いですね。皆が上司の指示に従って行ったということになる。笹井さんも、丹羽さんも論文を通してやってくれと言われている。現にキメラも幹細胞もできているんだからそうなりますね。ひょっとして捏造なのかという姿勢で見てはいない。でも個人の論文だったら自分にできないことを論文に出来るとは書かないでしょう。
共同研究だからということではないですよね。共同研究ならちゃんと出来るように教えるのが当たり前です。自分にしかできないと言って教えなかった。それなら自分で論文を書くべきです。STAP細胞の作り方は小保方さんから教えて貰っているではありませんか。

25. 一言居士
2019年12月16日 06:19
論文通りのSTAP細胞があるというのは幹細胞もキメラもできるという意味です。筆頭著者にはできないが責任著者ができたので出来ると書いた。小保方さんに責任はありません。若山さんが出来ると書かせたようなものですから、若山さんが再現しなければならないが、彼は小保方さんにESを渡されていたのにずっと気づかなかったのだと逃げた。STAP細胞の作り方を教わった時にはできたが、山梨に戻って自分一人になるとできなかったと主張した。小保方さんの犯罪だと主張しているのです。桂報告書も若山さんの主張に添って既存ESのコンタミだという結論になっている。
ESではないということは我々の間では了解済みではないでしょうか。ESを渡したのなら小保方さんの悪質な犯罪です。理研は訴訟しないといけない。公務員に課せられている法的義務です。理研は訴訟しなかった。訴訟したら争いになってどちらも調べ上げられてしまったでしょうね。とっくに解決していますよ。理研は若山さんを庇った。今までの貢献度を考えたということです。若い将来の有る小保方さんのために訴訟しないでおいてやるという振りで、その実は若山さんを庇ったのです。現に小保方さんは博士号剥奪されひどい目に遭っているが、若山さんはおとがめなしですね。

26. 一言居士
2019年12月16日 06:22
まずESではないということが証明されたら何が行われたにせよ、小保方さんに押し付けて逃げた若山さんの犯罪は確定します。従って、若山さんは無実だというなら、若山さんがESだと勘違いして思い込んでしまったのだと考えるよりない。若山さんは出来ていたのに、小保方さんが博論のテラトーマ画像を使ったという理由で、疑いはじめ、自分は騙されていたのだと思い込んだのだと主張した。
でも、テラトーマからはアクロシンが出ている。小保方さんはF1の赤ちゃんマウスを自分で手に入れることはできません。テラトーマ実験に使われたマウスはGOFマウスです。彼女は学生にコントロールとしてもらったGOFESを持っていますから、捏造するならそれを使います。それにESで捏造したら立派にテラトーマが出来ますから、体細胞の切り出しなんてあり得ません。彼女はティシュー論文でESのテラトーマを作っています。ESのテラトーマを知っているから変だと思って3誌までずっと使わなかったんです。
小保方さんの実験したマウスの上からF1の幹細胞を注射したのは若山さんです。小保方さんがなぜ12/27Harukoを使わなかったのかが問い詰められていくと自分のしたことが暴露されてしまう。だから突然手のひらを返した。自分が裏切られているということに気づかない小保方さんは調査の尋問に苦しんで病気になってしまった。テラトーマが変だったとは言えないじゃないですか。それはラボの全員を疑う証言になってしまう。

27. 一言居士
2019年12月16日 06:24
>>
別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。
「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」

二つは連続しているのですか。プラスアルファの意味は分かりません。共培養の話は以前ずっと議論は聞いてました。どうやって幹細胞に誘導したかという問題ですよね。でも若山さんは自分はいままでES細胞を渡されていたのだと主張しています。これってESを渡されていたのなら、ESをESと共培養したり、ESをTSと共培養したことになるんでしょ。あくまでもSTAP細胞は有るという前提の話で、できていたのに若山さんが騙されたと思い込んでいるのだというストーリーですね。でも若山さんはできていたかもしれないと思っていたら再現実験に参加したのではないですか。もう一回試してみたらいい。丹羽さんにはプロトコル通りではできませんでした。テラトーマに注射したのが若山さんなら参加するはずもない。

28. 一言居士
2019年12月16日 06:28
>>
あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている？
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。

手記にそんな話があるというのは気づきませんでしたから、3T3細胞でググって分かりました。こういう語彙を知っているというのはZscan4さんは専門が近いのですね。
細胞シート技術の話で、東京女子医大での彼女の専門ですね。岡野さんの開発した細胞シート研究を引き継いだ大和さんのところで彼女は勉強していて、その彼女の専門分野の能力をヴァカンティさんに試験された時の話ですね。
「共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。」は素人なのでどれが該当するのか分かりません。「上皮・間充組織相互作用」という小島さんの研究を手伝った時に出てくる話と、インサートと呼ばれる培養皿の話しか見つけられません。

29. 一言居士
2019年12月16日 06:30
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照　気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない

結局、共培養の話ですね。共培養でSTAP細胞は幹細胞化できたのだと。無論キメラも論文通りにできたのだと。他の要素との整合性を考えないといけませんよね。私の論は繰り返しません。

「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。そもそもこんなことを推測しなければならないなんてどれだけ杜撰な調査でしょうね。丹羽さんに確認してそれと書けばいいことです。BFPの実験分だという可能性にすら気づいてないんでしょうね。10%混ぜたと書かれているんだから10%だと分かった時に気づきそうなものです。なんで樹上図の捏造だなんてことから考え始めるのか。論文をまともに読んでいるとは思えない。

30. 一言居士
2019年12月16日 06:33
Ts.Markerブログでは桂調査を強く批判されていて、疑問点をたくさん指摘されている。しかし、その調査結果は若山さんの主張している通りの結論になっています。にも関わらずどうしてその批判は若山さんには向かないのでしょうか。
若山さんは無実であるという前提と、若山さんの主張通りの結論を出した桂報告書を批判するという行動の両立する理由は私には若山さんは間違ってES細胞を渡されたと思い込んでいるのだとZscan4さんが推測しているとしか理解できない。
そういう理解でよろしいのでしょうか。以上です。

31. Zscan4
2019年12月16日 21:24
>>29
+10のTSではなく、+10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

32. Zscan4
2019年12月16日 21:25
>>31
1個%が抜けた。

33. Zscan4
2019年12月16日 21:29
>>32
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがﾂｨｰﾄしてたっけ。

34. Zscan4
2019年12月16日 21:34
>若山さんの主張している通りの結論になっています。

どうして、そう解釈なさるのでしょう。

ま、人それぞれ....

35. 一言居士
2019年12月16日 22:07
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

その通りです。理研は何をもってTSと言ったのかと問うているんです。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）

CD1だということが分かったからTSだと早とちりしただけではないかと問うているんです。
ESかTSかの識別は何によるんですか?彼らはNGS によるSNPs解析によってCD1だとわかったから、丹羽さんの提供したTSがCD1であるがゆえにTSだとした。丹羽さんにESもCD1だったのかと問うては居ない。なぜならレターの実験をちゃんと見てないからです。そこに気づいていたら、丹羽さんに聞いたらESはCD1ではなかった、従ってTSが混ぜられていたのだと説明したはずです。聞いてない。
RNA-seq データだけでTSかESか決められますか。混ぜられているのにどういう判断をするのでしょうか。それでなくてもSTAP由来FI-SCなのか、太田ES由来FI-SCなのか、ましてntES由来FI-SCなのかすら分からないでいるのではないですか。蛋白質の発現だけで決められないからこんな問題になってるんじゃないんですか。
無論、BFP共挿入のOct4-GFPESのマウス背景がCD1だったのかどうかは知りませんよ。でも調べてないよなと言ってるんです。調べていないのならTSだとは断定できませんよね。以上です。

36. 一言居士
2019年12月16日 22:14
35が10のところに入ってしまいました。
書き込み方を間違ってる。失礼しました。
ややこしくなるので明日以降レスします。以上です。

37. 一言居士
2019年12月17日 08:10
例の雑談コーナーで 澪標なるHNのスピン屋さんがいますが、彼が以下のように言っている。
>>
余談ですが、STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事（具体的には、論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事、エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化,テラトーマ形成をはずしている事）、Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事からCDB/理研の体質は変わっていないと考えています。

①STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事
a.論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事
b.エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化をはずしている事
c.エンドポイントからテラトーマ形成をはずしている事
②Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事
③CDB/理研の体質は変わっていない

38. 一言居士
2019年12月17日 08:11
①は理研が数千万の予算を使って検証するのであるから、犯人捜し(事件の真相究明)のためでなく、理研が特許申請維持の可否を判断することが目的とされている。
だからまさに"論文通りの"STAP細胞はあるのか否かだけが問われ、キメラは出来ないから理研としての特許は取り下げたということです。その他はついでに分かったことだけです。本来第三者調査は事件の真相を究明して再発を防止するよう法の要請しているもので、特に小保方さんの無罪を(場合によっては有罪をも)証明したであろう大した費用も掛からない三胚葉分化実験に関して、それを行ったか否かすら答えてない意図的と邪推されても仕方のない不手際は違法行為とすら言えるでしょう。
②は共同研究であったかどうかすら分からないとパートナー氏に正式に答えている。根本さん指摘の通り今までの自己調査報告及び所内客員規定と完全に矛盾したことを言っている。
③がこの澪標なる人物の結論ですが、カッシーニ事件や捏造判定された所員からの逆提訴で敗訴した経緯のあるこの組織の体質に関るこの判断は国民共通のものではないでしょうかね。これは官僚組織のタガのゆるみで事件そのものよりずっと深刻な問題ですね。自分の目の前で戦死した多くの戦友に面目ないから自分を律するという倫理が完全に払底しているということのようです。武士道なんてとっくの昔に無くなってますからね。国の存立を危うくしているレベルに来ていると見えます。

39. 一言居士
2019年12月17日 08:14
Ts.Markerさんのお考えはほぼわかりました。専門が近く、かつまだ現役ですね。現役の間は人間関係から自由になることはできません。日常的にWertfreiheitをやってると人生をしくじってしまいますね。日常は情の世界です。あなたは若山さんを尊敬されている。或いは同じ世界、もしくは近い世界に属する人としてシンパシーを感じてらっしゃる。そして思考はその情と完全に分離はされていない。
今やっと自分のブログをもって自由な落書き場所を得ていますからそちらに戻ります。また、遊びに来させてください。以上です。

40. Zscan4
2019年12月17日 18:34
>>9

> Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

Xでもないんじゃない？

　前記事の2番目のグラフお確かめください。

41. Zscan4
2019年12月17日 18:43
>>35
B6のES　90％　と　CD1のES　10％　で　、あのCluster treeは無理じゃないですか？

42. 一言居士
2019年12月18日 09:56
私の書き込み方が悪くて彼方此方にコメント欄の論旨が飛ぶ結果になってしまいました。
申し訳ない。一旦、ここに纏めて戻します。始まりはあなたのこのコメントでした。
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと（DORAのブログ参照　気まぐれ先生より）
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない

ここのCD1の勘違いに関して私が以下のように指摘しました。
>>
「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。

ここは、CD1の提供は丹羽さんなので、若山研での共培養とは無関係ですから、あなたの勘違いということでいいと思います。だからと言って、私は共培養に関してはよくわかりませんから当然ながら否定はしていません。保留しているだけです。

43. 一言居士
2019年12月18日 09:57
で、指摘の後に私は自分のブログで考えている別のことを言い出した。それが以下です。
>>
桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。

これに対するあなたのコメントが以下です。
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

これは事実なので一致している。ご疑念は晴れているはずです。

>>
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがﾂｨｰﾄしてたっけ。

ここはOct4-GFPとCAG-BFPの共挿入マウスでICRマウスなんてあるのかという問いに置き換えて、私も調べましたが、そもそもOct4-GFPマウスはほとんどがB6ですね。GOFマウスは大保和之さんの発明なんでしたかね。このESを提供したのは丹羽さんだと思っていますが、丹羽さんは大保さんのB6のGOFマウスを使ってCAG-BFPを更に追加したマウスを持っているということになるんですかね。そもそも丹羽さんはCAGプロモーターの発明者の一人でしたね。
マウス背景からして私のCD1のES説は間違っているのかもしれない。誰か決定的に間違ってる証拠を示してくれると忘れられるんですけどね。

44. 一言居士
2019年12月18日 10:01
わあ、43が10のところに飛んだ。なんのためにまとめているのやら。仕方ないからそのまま続けます。

45. 一言居士
2019年12月18日 10:03
>>
B6のES　90％　と　CD1のES　10％　で　、あのCluster treeは無理じゃないですか？

B6のES90%ですか? 私が申し上げているのはB6のFI-SCが90%とCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが10%だという意味です。これはLetter Extended Data Figure 5-e,f の実験で使われている細胞ですからデンドログラムとは関係ないという趣旨です。
私はそもそも元になっている幹細胞はntESだと主張しているんですから、FI-SCもそれをTS培地誘導したものという認識です。ややこしいですが桂報告書は既存の受精卵ESですよね。これは無いということで私とあなたでは一致している。一致していないのはあなたはこれはキメラのできた論文通りのSTAP細胞をTS培地誘導したものだということですね。その時に共培養というテクニックが使われているのだということなんでしょう。
既述しているように私は科学的な視点からのこの可能性は否定していません。
ただ私がそちらに乗らないのは若山さんと小保方さんの証言の決定的な対立からどちらかが嘘をついているということがあるからです。このどちらが嘘をついているかに関して若山さんという結論しか出ないから、その動機からして、STAP細胞は論文通りにはできていないのだという側にいるのです。特にサンプルの中身の入れ替え疑惑です。でもそのことは自分のブログで書いていますからここでは繰り返しません、

46. 一言居士
2019年12月18日 10:05
話を戻して、でも、もしCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが存在してないのなら、これは10%のTSだという桂報告書は間違ってないということになる。TSを混ぜたのなら初めてデンドログラムを作るために何か操作した細胞なのかということになる。
ところが、御承知のように、そもそもこの公共データ登録されているFI-SCがデンドログラムに使われたという根拠は何もしめされていません。それどころか、桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。だったら使われてないんじゃないかとも読めるところです。しかもRNA-seq解析に出した日付を2013年1月最終と書いている。本文には2012年8月、2013年1月、2013年6月とあって、そこにある8月と1月と1月最終ってなんだというでたらめさです。

更に申し上げると、桂報告書はそもそもGOFのFI-SCは無いと言ってるんです。この話のおかしさはレター論文にOct4-GFPの光っているFI-SCがいろいろと出ていて、しかも写真は小保方さんは細胞自体を作れないんですから出所が若山さんに決まっている。ここはあなたが最初からさんざん指摘なさっているところですよね。
無いものがレター論文に図表としてたくさんあったら、それは小保方さんのとてつもなく悪質な捏造図表ですよね。その論文を最終版は発表後に見たにせよ、途中で何度も見せられているじゃないか。見たからこそ2013年の8月に笹井さんに責任著者を降りたいと言ったんでしょうよ。そんな悪質な捏造論文を放置した最大の責任者は若山さんだということになるじゃないか。そんな筈はありませんよね。彼は何かの実験をしていたんです。

47. 一言居士
2019年12月18日 10:15
私は以下のように書きました。
>>
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

あなたのお返事は以下です。
>>
>Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
Xでもないんじゃない？
前記事の2番目のグラフお確かめください。


なるほど。見方が分からなかったんです。このブログのTru-seqのカテゴリーにあるものでESはほとんど出てない。FI-SCには少し有りますが、TSと比較して出てないのだと判断していました。今度のグラフは分かりやすいですね。私の認識を以下のように改めます。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

48. 一言居士
2019年12月18日 10:18
そもそもFI-SC(私の説ではntESをTS培地誘導したもの)はTSマーカーを発現していますよね。あなたの見方で以下でいいですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね)　マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171568
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171567
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

このSRR1171565のサンプルは桂報告書本文によると2013年の6月、スライドによると1月(最終)ということなんですが、1月は既に小保方さんは笹井研で論文を書いていますが、レター論文自体は笹井さんが一人で書き直した。小保方さんは渡米してヴァカンティにアーティクル論文を見せている頃です。論文は3月に提出されています。4月に回答された一回目の査読文にデンドログラムをつけろという指示もないし、それに対するコメントもありませんから笹井さん原稿の最初からあったものか、それとも第2レフェリーがtranscriptome profilingをつけろと言ってるのでその一環としてつけたのだとしたら6月の間違いということになる。
いずれにせよ、TS細胞を混ぜたのだとしたら小保方さんの捏造ですよね。
でもntES-G1,2の細胞の中身は入れ替えられていますからね。FES1,2も太田さんの作ったと言っているそのままではない。入れ替えの犯人は私の見るところ若山さんです。

変ですね。本当にCD1はTSなのか。

CD1のOct4-GFPマウスが見つからないという理由だけがESであることを否定している。
この辺りどうなんでしょうかね。

それと私は以前に以下のように質問しています。お返事を頂いていない。ご教授いただけるとありがたい。
>>
We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ” とあるのなら、[14]に注書きされているはずですが、、、

以上です。

49. Zscan4
2019年12月19日 00:19
>若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね

別に丹羽研が遠くの違う研究所ということでもないし、CD1のTSを丹羽研しか持ち合わせていないということもないんじゃ。

フリーザの丹羽研からというTSは、いつ分与ってことになってますか？把握してないのでお願いします。

50. Zscan4
2019年12月19日 00:28
>>46
＞桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。

「未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現されたということ。

51. Zscan4
2019年12月19日 00:40
>>48

すぐに引っ掛かるはずですよ。
Differentiation of embryonic stem cell lines generated from adult somatic cells by nuclear transfer.

52. 一言居士
2019年12月19日 18:08
まず丹羽さんのCD1の件から。
木星リストのTS関係は以下です。
(マイナス80度)
15番　TS　EGFP3.5　丹羽PLより
20番　129 B6 TS-3
21番　129 B6 TS-4
22番　129 B6 TS-5
23番　129 B6 TS-6
26番　TS　P4
104番　TS　P4　丹羽研由来
112番　TS-5　コントロール
(マイナス30度)
9番　TS-3-1,TS-3-2,TS-6-1,TS-6-2,TS-8-1,TS-8-2(←青文字)　TS:コントロール
18番　TS RNA 2本,TS-niwa-1 RNA 2本,TS-niwa-2 RNA 2本
21盤　TS Itgα7

53. 一言居士
2019年12月19日 18:09
小保方さんは丹羽さん分は名前を入れているようです。書き分け方から推測される丹羽さんの分は(マイナス80度)の15番、104番、(マイナス30度)18番です。コントロールと書いているのは若山さんの「僕のマウス」TSのようです。18番にはJAKiの試料も入っていますからレター実験分です。
若山さんのTSは比較胎盤を提供するために作られたもので彼の持ち出しリストによると2012/5/25培養開始となっている。記者会見時にTSの胎盤も小保方さんに渡したと証言しています。
丹羽さんがCD1のTSを分与したのは桂報告書では26Pに「TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。」と 書かれている。又、以下の公共データベースのTSは無論分化してしまっているものは登録できませんから丹羽研のものを提出しているのだと思います、
>>
SRR1171590　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1
SRR1171591　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1
SRR1171592　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1
SRR1171593　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1
SRR1171594　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input　CD1

54. 一言居士
2019年12月19日 18:11
以下の桂報告書の16Pに書かれている「TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）」というのは丹羽研のCD1のTSを示唆しています。上記の590と591ですね。
>>
（調査結果） FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す（少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）。

対して「FI 幹細胞の RNA-seq データ」と言ってるのは以下の565と566です。これが所謂GOF+10%のCD1と言ってるものです。
>>
SRR1171565　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171566　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells

565のあなたのIVG解析結果は以下でした。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

55. 一言居士
2019年12月19日 18:12
①565と566はGOF+10%のCD1
②567,568,569はAcr-CAG-GFPの129B6

若山さんは桂報告書においてGOFのFI-SCは作った記憶が無いと証言していることになっている。若山さんの証言が正しいのなら、小保方さんは捏造犯だということになりますね。準公務員である理研のCDB所員は誰でも小保方さんを警察に突き出さないといけないことになっている。でも、桂報告書は記憶が無いと書いているので、忘れていただけの可能性があるのに訴訟は起こせませんね。真面目に調査しているんでしょうかね。理研は警察にちゃんと調べてもらうべきだったんじゃないでしょうかね。

それにしても奇妙なのは、小保方さんはどうして存在していない筈のFI-SCで笹井研でのレターリヴァイズ実験をしているのでしょうか。無いと明確にわかっているものをあると書いたら若山さんが気づくから、捏造するにしても、そんな非常識なことはしないでしょう。小保方さんは有ると聞いていて、しかもその現物の細胞を持っていたからレターのリヴァイズ実験をしていると考えるのが普通です。又、逆に、どうして存在しないGOFのFI-SCがリヴァイズ実験で使われていることに関して、作ったはずの本人であるはずの若山さんが共著者に名を連ねて、平気で論文発表記者会見に列席していたのか。奇妙すぎますよね。

56. 一言居士
2019年12月19日 18:15
あなたは、CD1のTSは若山研でGOFのFI-SCを作るときに、小保方さんがGOFのCD45陽性細胞から酸浴STAP細胞を作成したものを若山さんが受け取って、丹羽さんとは無関係なCD1のTSを用意して(丹羽さんから貰ったものでも構わないが)、そのTSと共培養してFI-SCを作成したが、Oct4でFACSソート選別したときに10%程共培養した時のCD1のTSが残ってしまったのだという推論ですね。「僕のマウス」TSはGFPが入っているから後にソートできないからCD1を使ったということですね。
この場合、系統樹の丹羽さんのCD1のTSとは無関係だということですね。分かりました。可能性としてはあり得ますね。特に共培養で多能性細胞の無限増殖能が得られるのかどうかも私は知りませんし、若山研でCD1のTSを作ったり、購入したり、他者から譲り受けたか否かも情報を持っていませんから、何とも言えないという意味で可能性を否定しません。
ただ、木星リストのTSは「僕のマウス」TSかリヴァイズ実験以降の丹羽さん提供のCD1のTSしかありません。共培養というのは若山さんがこっそり行っていることになるわけですから、小保方さんは当然持っていませんね。

57. 一言居士
2019年12月19日 18:17
次に「FI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現された」という件。報告書16P。
>>
４）未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq データで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いる と Letter Fig.2i は再現できない

私が勘違いしましたね。でも、ここは単純でないです。「未登録（論文には用いられていない）RNA-seq データ」とは何か。GRASへの調査依頼は3回行われている。1回目はレター論文とは全く無関係な若山研時代の検査要請です。2012年8月に提出されている。この後小保方さんはヴァカンティの許に帰ってしまうわけですね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。

58. 一言居士
2019年12月19日 18:19
「第一回目として」というのは桂報告の書き手の思い込みで、この時に第二回とか第三回は予定されてはいません。そもそも理研に雇用される予定すらなかった時期のものです。ですから当然Letter Fig.2i を作るために検査されたものではない。

報告書の続きです。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

59. 一言居士
2019年12月19日 18:28
まず笹井さんの書いたレター論文の趣旨に沿って、以前若山研時代に調べていた8月の既存データから樹状図を作ろうと思ったらできなかったということですよね。この時の細胞の背景は以下だった。
①TS1=129B6(CAG-GFP)
②FI-SC1=129B6(Acr-CAG-GFP)

この二つは論文には使われていなくて従って公共データベースにも登録されていない。恐らく①は「僕のマウス」TSです。②はF1のFI-SCですから、CTS-1だったんでしょうね。CTS-1は2012/5/25の培養開始で、後の検査で129B6(Acr-CAG-GFP)だと分かっている。ただし、この分のTru-seqデータは樹状図には使われなかったということですね。でもChIP-seqのデータはあって、論文でもFigure 4に使われているし、公共データ登録もされている。以下ですよね。
>>
SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　　Oct3/4 expressing cells
SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　　Oct3/4 expressing cells

同じくTs.Marker さんのIGV解析結果は以下でしたよね。全能性細胞に近い発現結果ですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね)　マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171567
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171568
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

60. 一言居士
2019年12月19日 18:30
樹状図になぜできなかったのか。普通は事実が樹上図のような関係には無い可能性があるからでしょう。そういう場合はどうするかというと、もう一度ちゃんと検査してみようということになりますね。それが1月の検査でこれこそが樹上図が作成できるかどうか初めて確かめられた検査ですから、笹井研で行われたものです。若山研での研究とは何の関係もない。若山研で作られた細胞の性質を笹井さんが新たに調べ直したということです。結果は以下です。
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP)　1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1　1月最終もしくは8月
③TS2=CD1　1月最終もしくは8月

①の公共データベース登録データは有りませんよね。従って樹状図にはCTC-1は使われていない。論文の樹状図に使われたと書かれているがどうしたのでしょうか。小保方さんが登録してないのに桂チームは何を解析したのでしょうか。まさかChIP-Seqデータは樹状図には使われてませんよね。残るのは②しかない。B6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。そしてGOFのFI-SCはつくられてないと若山さんが主張している。するとこれは、GOFのESに丹羽さんのCD1のTSを少し混ぜたものだ。捏造ですね。理研はどうして小保方さんを提訴してないのでしょうか。公務員法違反です。公務員は犯罪を見つけたら警察に届けなければならない。

61. 一言居士
2019年12月19日 18:33
あなたは以下のように私の勘違いを訂正してくれた。
>>
未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株／マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現されたということ。

FI-SC3は報告書が捏造細胞だと言っているB6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。あなたはそうではない。GOFのFI-SCは作られているのだと。ただ、その作り方に共培養過程があって、TSと共培養するのだと。そして若山研でGFPの入っていないTSとしてICRマウスが使われたのだと。ICRマウスは若山研にキメラのリシピエントマウスとしていくらでもある。この共培養したTSをFACSで取り除いた時に幾分残ってしまったのだと。

なるほど。ストーリーとしては分かりました。ただ、どうしてキメラができているのに論文を取り下げねばならないのかは理解できてません。

62. 一言居士
2019年12月19日 18:34
最後の件、よくわからないんですが、私が求めているのは以下の記述の有る論文で、無料のフルテキストです。さもなければ14の脚注の部分コピペでも構いません。
>>
”We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ”

取り敢えず以上です。小保方さんの捏造なのかということは後に又考えます。余りに長くなりそうなので。

63. 一言居士
2019年12月20日 10:59
続きです。
[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1　1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたGOFのFI-SCと丹羽さんの提供したCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたCD1背景のES細胞ではなかったのかという私の桂報告書主張に対するアンティテーゼとしての可能性提示は否定されました。
否定してくれたのはTs.Marker さんです。根拠は、[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1　1月最終もしくは8月]は樹上図作成に使われているもので、Letter Extended Data Figure 5-e,f での実験分ではないというものです。つまり、あなたの言葉では「FI-SC3のTru-Seq（登録されたデータ）では系統樹が再現された」から樹状図作成用に捏造されたものなのだという桂報告書の主張は否定されないという指摘です。
Ts.Marker さんは桂報告書に対しては、樹上図用のこのFI-SCは小保方さんが捏造したものではなく、そもそも若山さんがGOF背景のFI-SCを作るときに行った操作であるTSとの共培養に使用したCD1がFACS選別で残ってしまったものだという説明を与えた。
無論、この仮説は調査されていないので実証証拠は何もない、可能性だけの説です。

64. 一言居士
2019年12月20日 11:01
我々は他の情報から小保方さんの捏造は無いという結論を得ているので、FI-SCに関しても小保方さんの捏造は無いはずだと推測している。だから[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1　1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われた細胞ではないのかと考えたが、今否定された。かといってTs.Markerさんの可能性指摘はご本人に努力していただくとしても実証が困難そうである。我々は小保方さんが無実だと確信しているので、桂報告書の主張には間違いがあるはずだと考えて居る。ならばもう一度彼らの主張を吟味して見なければならないようだ。

樹状図に捏造があるという指摘である。こんなところに捏造があつてはキメラ作成時のESコンタミまで疑われても仕方がないでしょうね。我々は無いと思っている。
樹状図は何時作ることになったのか。

65. 一言居士
2019年12月20日 11:02
小保方さんはリジェクトされたサイエンス投稿論文をベースに12/11ヴァージョン原稿を作成していて、これを笹井さんに渡して、笹井さんはアーティクル論文をリヴァイズ完成させた。この時に、小保方さんは若山さんの幹細胞研究に関するデータを与えられていて、論文にするように依頼されていたが、その原稿もデータとともに渡していた。
12月中に笹井さんはアーティクルを纏めて小保方さんはそれを持って渡米しヴァカンティに見せた。ここでヴァカンティが喜んで、笹井さんに任せることを了承したので理研との間で特許に関する共同申請の話もついた結果、1月から笹井さんはレター論文の執筆に入った。これはご本人が証言しているようにアーティクルと違って小保方さんの持っていたデータを使って一から自分が書いたとされている。無論、若山さんの了解も得ている。手記によればネイチャーに二報同時で再投稿するということに拘ったのは若山さんだと言われている。この方針は1月に笹井さんがレター原稿に着手した時には決まっていたことになる。

66. 一言居士
2019年12月20日 11:04
一から書き直したとは言え、小保方さんは幹細胞化の論文も書きかけてはいたようですので、樹上図がこの時に入っていた可能性もある。桂報告書26Pでは、最初からあったかのような聞き取りになっている。
>>
１２）Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて  Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成し た系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点  Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、その データをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際には Callus1（当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味）と名付けられていた試 料が、Letter ではCD45+となっている点

「論文の図では系統樹の一部が除かれている点」と書かれていて、2012年8月に既に樹上図の構想があったかの如くに書かれている。
ここは8月時点で系統樹があって、その図から何かが除かれていると解することもできるし、後にできている系統樹にはこの8月時に調べたデータの一部は使われていないと解することもできる。桂報告書の書き手の思い込みの間違いは既に指摘していて、8月には小保方さんは理研に来る予定になっていない。歴史的思考訓練のできてない人はこういう勘違いを往々にしてするものです。ただ、証拠根拠が何も開示されていないので、書き手の勘違いが、事実認識に何か間違いを生じさせているかどうかは分からないところです。

67. 一言居士
2019年12月20日 11:07
系統図は小保方さんがデータを笹井さんに渡したときに既に構想されていたのか、或は笹井さんが構想して添付しようとしたのかということです。誰でも気づくのはSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞という言葉を作ったのは笹井さんだということです。それ以前にはどういう認識であったかというと、酸浴カルス細胞があって、そこからES-likeに誘導した細胞とTS-likeに誘導した細胞があるという認識です。小保方さんの認識は若山さんの構想通りで、自分で行った実験ではありませんから、聞いた通り以外には無いわけです。この時点で、こんな論文の書き方はトンチンカンだという話は今はしません。
小保方さんは若山さんの話と貰ったデータを見比べて何とか論文にしようと考える。Figure 4です。なんだか知らないが自分の作った細胞は若山さんが何かしたらES-likeになったり、TS-likeになる。後に若山さんはサイエンスカフェの関氏に自分はそんなことは言ってないのにあんな論文になってしまったと弁明したらしいですが、誰でもあのサンプルを渡されて論文にしてくれと言われたらああなりますね。共著者の癖に何をいまさらそんなことを言ってるんだということです。ただ、2012年8月には笹井さんにも責任著者になるよう引きずり込んでいる。責任著者を降りたいと言った。論文を既に見てるんです。論文が間違ってるんだったらここが間違ってるんだと訂正させないといけないですね。訂正はされていない。
なぜ。ちゃんと話し合えないのか。その理由は私は既に解明している。ここでは繰り返さない。

68. 一言居士
2019年12月20日 11:08
論文の系統図がいつ作られたかに関しては上記引用に引き続くところに書かれている。
>>
（調査結果） RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことか ら、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあっ た。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料 に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエン スを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説 明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置 するものを最終的に作図に用いたとのことであった。TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。

「CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した」んです。笹井さんが参加して後です。でも、「当初の系統樹」があった。

69. 一言居士
2019年12月20日 11:09
「当初の系統樹」はいつのものか。「マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあった」以前です。そして2013年3月の 「Nature再投稿」以前です。
「最終的に作図に用いた」のは何時ですか。スライドでは1月最終、本文では8月です。
>>
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP)　1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1　1月最終もしくは8月
③TS2=CD1　1月最終もしくは8月

①の段階では作図できなかったんでしょ。出来ないままに系統樹をできてる説明文と一緒に投稿したんですか。そんなことできないでしょ。8月の結果系統樹ができたのなら3月の投稿時には系統図はまだ添付されていなかったことになりますよね。だから本文では8月の分であるはずなのに、スライドでは1月に二度提出されていることになっている分の最終だとされた。系統樹は最終的に完成された時点で3月投稿されたままのものである。そういうことになる。では本文にある8月の解析に提出された分は何なのか。
②と③は公共データベースに提出しなければならなくなる分を提出しただけなのではないか。すると最終図に使われたFI-SCは①だったのではないか。何か嘘がありますよね。

70. 一言居士
2019年12月20日 11:12
Letter Extended Data Figure 5-e,fで行われた実験に関してもう一度リヴューしてみましょう。JAKiの検証は査読者の要請です。3月に投稿した論文には無かったものです。以下、流出査読文のReferee#2さんのコメントです。
>>
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cills, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

査読は当然ですが既に書き込まれていることに対してコメントされている。ここではGFPを言ってるのではなく内在性のOct4とNanogの発現を免染で確認したらいいと言ってますね。GOFのFI-SCがあるという前提にはなっていないコメントです。でも最終的に論文ではOct4-GFPのFI-SCがあって、それを使った写真になっている。当然ですが笹井さんと丹羽さんが相談に預かっている。だからこそBFPのESを提供している。これを使ったら明確な結果が出るよというアドヴァイスとともに小保方さんに渡しているのです。小保方さんがGOFのFI-SCを持っていると思っているからこそ渡した筈です。しかし、木星リストにはFI-SCのサンプルは4つしかない。しかも、マウス背景を知れる記載は無い。

71. 一言居士
2019年12月20日 11:14
その4ラインの木星リストの記載は以下です。FI-SC（ＦＧＦ4　ｉｎｄｕｃｅｄ　Ｓｔｅｍ　Ｃｅｌｌｓ）　と聞き取りされている。
>>
11番　Call TＳ-1　2　若山TL樹立　(丹羽　2014/6/17　調査持出)
12番　Call TＳ-11　1　若山TL樹立　(丹羽　2014/6/28　調査持出)
13番　Call TＳ-12　1　若山TL樹立
14番　Call TＳ-13　1　若山TL樹立

桂報告書25Pの説明です。すごいですね。何を言ってるのか分からない。日本語になってませんよね。
>>
（評価） Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹 立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作 製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性が あると判断した。

72. 一言居士
2019年12月20日 11:16
71が11のところに飛んでしまった。

73. 一言居士
2019年12月20日 11:17
11番は全解析を受けていてAcr-CAG-GFPでOct4-GFPが無いことが証明されている。では12-14番はどうか。ものすごい日本語ですね。Oct4-GFPがあるかないか、全解析したらいいんでしょ。でもGFPが入っているのは遺伝子解析しなくても分かります。これは解凍して培養中の細胞に紫外線を当てると蛍光しますからすぐわかる。この場合FI-SCだという建前になってますから、Oct4-GFPでもCAG-GFPでも、Acr-CAG-GFPでも暗室の中で紫外線を当てると蛍光します。
知りたいことはこのGFPがOct4-GFPか否かということで、全解析するか、一部シーケンシングする以外には知りようがない。それをどうしたということが書いてないのです。細胞リストには4株ともGFPはAcr-CAG-GFPだと書かれている。特にBCA報告のリストではCTS-1は全解析され他はシーケンシングされているとされている。でも、ここの本文は意味わかりませんね。どこからFES1のコンタミなんて話が出てくるのでしょうかね。これが言えるためには12-14番はシーケンシングで確かめてOct4-GFPは無かったとまず言わないといけない。あったのか、なかったのか。これだと少しあったのかという風に読める。少しでもあったら、それは何が混ぜられてようと元の細胞がGOFだということの証明になる。もしOct4-GFPが少しも無かったのなら、他にFI-SCが無く、この実験を行ったのが小保方さんたちであることは自明なので、使った細胞は持っているはずである以上、それが無いことによって小保方さんの捏造が決定する。

74. 一言居士
2019年12月20日 11:18
この書き方はOct4-GFPは全くなく、小保方さんの捏造を示唆しているが、それをごまかす為にFES1が混入して全体を支配してしまったがために元の細胞が駆逐されつくしてしまったと読めるようにレトリックを弄しているように思える。すると理研はむしろ小保方さんを庇っているのだということになる。でも、こんなことを本当に小保方さんがしていたのなら、とんでもないことで、若山さんのみならず、笹井さんと丹羽さんをも騙しているんですよ。処罰されて当然です。若いからと言って庇う方が間違ってる。とことん精神棒を入れ直してやらないといけない。それでも教育者か。
我々はキメラ捏造者はそれを意図していたわけではないが若山さんだと思っている。いろんな事情で嘘がそのまま最後まで貫徹してしまったとみている。若山さんが怪しい根拠はFES1の出所を明示しないこととラベルと中身の違う細胞を理研に提出していること等たくさんある。
若山さんが犯人だとその互いの証言の鋭い対立から演繹して小保方さんは犯人ではないということになる。小さな理解可能な不正は問わないが、この存在しないGOFのFI-SCがあるとして実験を行い続けた捏造行為はありえないことになる。

75. 一言居士
2019年12月20日 11:20
報告書24Pです。
>>
１１）Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が 確認できない点（Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹 細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか）

「系統として樹立されなかったのではないか」って、疑問符のままではいけませんね。どちらかによっては犯人が決まる。しかも若山さんは作って無いといい、小保方さんはその細胞を持っていて、論文の実験を行っている。二人の内のどちらかが犯人です。第三者は入れませんね。片や作ってない、方や作られたものを持ってる。こんな明らかなことはありません。
一般人もそれぞれ自分の仕事の都合があって専門家と同様に合理的論理を身につけています。論理自体には専門知識は関係しない。専門家でも論理がおかしければただのアホだと分かります。桂報告書はアホの書いた報告書だと一般人はおもってますね。お前たちは自分の専門分野でもちっとも仕事できてないだろうと見ている。

76. 一言居士
2019年12月20日 11:24
さて、小保方さんが捏造したのだという仮定に戻って、この時に使われたGOFのFI-SCと称するものは、小保方さんの手持ちのESだとしたら、学生からコントロールに使うために貰ったGOFのntESか、若山さんが作ったGLSを使うしかないでしょうね。
Letter Extended Data Figure 5の実験はJAKiを使ってESではOct4-GFP蛍光が消えるが、FI-SCでは消えないという写真を掲載している。Oct4-GFPですからGOFのFI-SCだということになっているし、又ESもGOFのESだということになる。

ここで小保方さんはGOFの受精卵ESを持ってないということに注意を向けないといけませんよね。
ntESと受精卵ESはESという言葉は作られるプロセスに関して共通していますが、核の中身が違います。方や自然胚で、方や系譜決定されてしまっている体細胞を受精卵の細胞質の力を借りてリプログラムされているものです。このリプログラム段階がどのような状態なのかが研究対象になっているわけです。受精卵ES細胞は胎盤貢献しない。これは普通のES細胞の取り出し方だと貢献しない。2005年に丹羽さんが胚盤胞期の特殊な段階での選別をした結果胎盤貢献するESを作った。因みに無論、小保方さんにはできません。いろんな操作をしないといけない。
ntESもESだから胎盤貢献しないという論理的類推は通じません。実証的にこれも普通には貢献しないという結果がでているだけです。どちらも研究過程にある細胞ですから同じと考えて実験するのは間違いの元でしょうね。

77. 一言居士
2019年12月20日 11:28
ではJAKiの研究はどうなのか。これは受精卵ESで確かめられている結果ですよね。この実験でコントロールに使うのは受精卵ESでなければならない。或いはその方がベターだということは明確で、わざわざntESを使う理由はない。では、Letter Extended Data Figure 5-a,bのESは受精卵ESなのでしょうかね。もしそうなら誰が提供したものなのでしょうか。というのも小保方さんは学生に貰ったGOF ESしか持っていなくて、これはntESです。
Oct4-GFPを発現して蛍光しているこのES細胞にJAKiを垂らしたらGFP蛍光が消えたという実験写真です。もし、これが学生のGOFのntESだったとしたらntESでもJAKiの効力は同じだということになる。私はntES論者でFLSもGLSも若山さんが小保方細胞核を使って作ったntESだと考えて居る。従って5-c,dの実験でJAKiを垂らしてもOct4-GFPが消えないのはntESの性質だと考えて居ましたが、もし5-a,bが学生のntESだったとしたら、私の説の間違いを証明していることになる。
私の説が成立するためには5-a,bは誰かに提供して貰ったGOFの受精卵ESであってもらわなければ困ることになります。因みにこの段階では後のGFPの漏れ出しは無関係です。

78. 一言居士
2019年12月20日 11:30
ちょっとほんとに長くなりつつある。明日にします。何か変なところはご指摘くださいよ。そうでないと自分のブログでなくここでやってる意味が無い。以上です。

79. Zscan4
2019年12月20日 21:53
特に連騰制限はしないつもりなので。
でも、あなたのおかげで一研究者ブログでコメント欄１ｍ離れてLさんと話すことになったのは笑ったな。

80. 一言居士
2019年12月21日 08:17
本当は自分のブログでやった方が図表が使えて考えやすいんですが、批判してもらいたくて書いているのでここでないと意味が無い。一研究者時代のことはもうよく覚えていません。あの頃は自分の分からないことがあって専門家に尋ねたくて参加していましたが、スピン屋さんばかりだと知って、途中からは斜に構えてましたね。アク禁を食らって出て行った瞬間にntESではないかと気づいた。さて、終わらせましょう。
このJAKiの実験は査読者に言われたものです。ヤーヌスキナーゼの発現を阻害すると複雑な経緯の結果細胞は多能性維持を止めて分化し始める。その結果としてOct4発現も止まるんですね。だからOct4-GFPも光らなくなる。ES細胞で確認されている実験なんでしょ。丹羽さんなんかの専門分野のようですね。小保方さんはLetter Extended Data Figure 5-a,bでまずESでの確認をした。次にFI-SCで同じことを行ったら蛍光は消えなかった。つまりOct4-GFPは消えなかった。だからES細胞のコンタミはないのだ。
そうなのか?誰がそんなことを言ったのか?
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

81. 一言居士
2019年12月21日 08:20
査読者が言ったんですね。STAP細胞もしくはESがコンタミしているんじゃないかと。なぜなら、TS-like cellsからはNanogが発現しているからだと。でもそもそもFI-SCはESマーカーとTSマーカーと両方発現するんですよね。Ts.Markerさんの分析でもそうなっている。

SRR1171565　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171567　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

82. 一言居士
2019年12月21日 08:21
Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.と言ったのは査読者です。分化を抑制しているのはヤーヌスキナーゼと連動している複雑な仕組みだ。私はど素人なんでよくわからない。でもこれを阻害したらES細胞に限らず、STAP幹細胞も、FI幹細胞も分化を始めてしまうのではないですか。査読者のアドヴァイスが間違ってませんかね。
でも査読者のご機嫌を損ねることはできませんからね。言われたことはやったのちに説明をすればいいだけですね。
小保方さんは5-c,dの実験の結果蛍光が消えないと示した。でもFigure 4-cでもまたTs.MarkerさんのIGV結果でもFI-SCはOct4を発現している。つまり多能性維持している。これはJAKiを入れたら分化し始めて消えるべきもののはずです。
小保方さんの理解は査読者がJAKiを入れたらESは消えるからそれでも残ったら本物だという説明なので、残っているから本物だと証明したことになっているのだけども、査読者が間違っているので、JAKiを入れたら本物も多能性細胞なのだから、分化し始めてしまう。つまりOct4-GFPは消えないと変だという可能性だってある。
小保方さんは素直に査読者の言に従って、GOF由来だと信じているFI-SCにJAKiを垂らしてみた。すると蛍光は消えなかった。ほらESはコンタミしてないでしょうと査読者に対して回答してニッコリ笑った。

83. 一言居士
2019年12月21日 08:23
ESは分化してしまってOct4-GFPは蛍光しなくなる。だからESのコンタミでないことは間違いないです。このケースで小保方さんがGOFのFI-SCを作るときに若山さんに学生のntESを渡していたらどうなのか。この場合は5-a,bも学生のntESにしておかないと分かりませんね。調査不足してますね。受精卵ESでもntESでもJAKiを垂らすと分化し始めるのなら、ここでOct4-GFPが蛍光し続けているのは小保方さんは捏造してないという証拠にもなるんですけどね。ただ、その場合、Ts.MarkerさんのIGV結果にOct4発現があるのに、JAKiが効かないというのはこのFI-SCとは何なんだろうという疑問は出ますね。でもそれが研究というものでしょうね。

他方、Oct4を発現しているのにFI-SCがOct4-GFPを蛍光し続けているのは変だと疑義することもできますね。この場合は桂報告の疑義と重なってくる。つまり、小保方さんの使っているFI-SCはCAG-GFPなのではないかということです。本人は当時いろんな実験が同時に行われていて、いろんな種類の背景のマウスでSTAP細胞を作らされている。彼女はCTS-1はF1でCTS-11～13をGOFだと思っていたのではないかという疑義です。

84. 一言居士
2019年12月21日 08:24
小保方さんは細胞を間違えてないかということです。細胞に二種類あると思い込んでいたのではないか。でもここは若山さんの証言通り一種類しかなかった。これだと蛍光が残っていることを査読者の勘違いに誘導されて、小保方さんは分からないままに本物の証明になっていると思い込んでしまったことになる。この辺り、丹羽さんもどの程度深く査読文を見ていましたかね。もし私の理解が正しいなら、査読者が安易な勘違いしたアドヴァイスをしていたということになるんですが、笹井さんと丹羽さんがよく読めばわかるはずです。どの程度よく読んだのか。笹井さんは副所長ですし、丹羽さんもメンターに指定されているとは言え自分のラボも運営している。忙しいのは常識的に理解可能ですけどね。調査が不足していますよね。というより桂報告書は出来るだけ隠そうとしていますからね。まあ、苦しい本音は分かりますけどね。しかし、世間はアホだと思ってます。仕方ありませんね。

85. 一言居士
2019年12月21日 08:26
いよいよExtended Data Figure 5-e,fです。まずはこのFI-SCがGOFであるというケースからです。
GOFのFI-SCの中にこれもGOFのESを10% 混ぜた。ただし、このESは更に加えてCAG-BFPが挿入されていて、常時ブルーに蛍光している。この状態で紫外線を当てて暗室撮影するとOct4-GFPとCAG-BFPが同時に蛍光する。緑と青が両方見える。上段がブライトフィールド、中段がグリーンフィルターを使ったOct4-GFP確認写真、下段がブルーフィルターを使ったCAG-BFP確認写真。そして左の列はJAKiを入れず、右は入っている。CAG-BFPは分化しまいとしてようと常時ブルーに光っている。下段は両方光っていて当たり前です。
何のためにBFPを使ったか。ちゃんとES細胞を入れているよという証明のためです。5-a,b,c,dは写真ですからどのようにでも捏造できる。でも5-e,fはESをちゃんと入れているぞという同時証明が可能です。

86. 一言居士
2019年12月21日 08:27
これって変でしょ。論文って捏造じゃないぞという視点で書くものじゃない。どうしてこうなるかというと、皆が信用しないからです。嘘だ、コンタミだ、何かの間違いだと、査読者が疑うから、嘘じゃないと抗弁する。
嘘だと言われたら、どこか敷居の低いところに発表してたらいいんでしょ。発表さえしてたら最初の発見者だという証明は確保されている。後は皆に知られない方がいいじゃないか。誰も知られないところでコツコツ潜行して研究できる。人が気づいた頃にはすっかり水をあけていて追いつけない。それが当たり前じゃないか。
どうしてそうならないのか。理研が論文を通してやってくれと組織決定しているからだ。論文を著名誌に通すことが目的になってしまっている。いや、こんな新発見をしている小保方さんを米国にやってしまうのかということもあるし、特許利権も思うし、理研でキメラができたのに何かもったいないなと。それも自然な思いでしょうね。竹市さんはいろんなことを考えたんで、別に捏造じゃないという論文を書けと言ったつもりは無論ないでしょうよ。でも指示された方は通さなきゃいけない。その辺の雑誌にぶら下げとこうという選択肢は笹井さんたちには最初から閉ざされている。笹井さんはヴァカンティ氏と特許の話も同時にしている。いろんなことをする過程で皆の思惑の集約した結果、捏造じゃないという論文を書くことになったというだけです。全体の中の個の行動は単独でそれのみを取り出してどうこう言えるものじゃない。社会の中の、とりわけ組織の中の個というのは基本的にはいわば時計の歯車ですからね。

87. 一言居士
2019年12月21日 08:32
で、まあ、そういうことは世間の一般人は最初から一目で判断してますよね。長い経験で臭うからね。もうそれで理解してしまう。一般人が分からないのはなぜキメラができたのかということだけです。

戻って問題は中段です。何もしないときはFI-SCもESも緑に光る。JAKiを入れたらどうなるか。
私の持ってる論文の写真は無料だったころにエクセルにコピペしていたものなんですが、肝心の蛍光があるのか無いのか判別できないんですけどね。
とても大きく拡大してもよく分からない。というより結果はグリーンの蛍光があるのは左のESだけです。FI-SCは左右ともに緑の蛍光が無い。無論、ESはJAKiを入れた右ではグリーン蛍光は消えている。
あなたのはどうですか?

次にFI-SCがCAG-GFPだったケースですけど、中段にグリーンが見えないので分かりませんね。見えてる結果だけいうとCAG-GFPは無いという結果です。そもそもCAG-GFPもOct4-GFPもどちらも光ってない。このFI-SCって何なんでしょうかね。
取り敢えず以上です。どこかで切り上げて自分のブログに戻りたいと思ってるんですけど、なかなか切りが付きませんね。

88. Zscan4
2019年12月21日 18:50
STAPはいろいろあるようなのです。

　かってに纏めた表はこちらです。(https://twitter.com/ts_marker/status/1158669913352884224)

89. Zscan4
2019年12月21日 19:07
>>83
CTS1の時は　1stap/well x4 確立できたのは3ライン

マテメソでは
”For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAPcell clusterswere transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 onMEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates.　　”

90. Zscan4
2019年12月21日 19:23
>>86
そうだからこのFI-SCはシーケンスにかけられると”コンタミ”してると指摘されてしまう。
（あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい？)

また、 ESやntESだらけだったはずの研究室なのに、ESは同時には培養してなかったと論文にも書かせた。（あの日より）

コンタミ捏造と言われては、一挙に信用を失うはずだ。

91. 一言居士
2019年12月22日 17:56
若山さんの持ち出しリストと論文や木星リストとの齟齬はOoboe さんとパートナー氏の課題でもありますね。ご指摘のものだけでなく、コントロールTSは樹立2と書かれていますが、木星リストには129B6のTS-3,4,5,6がある。FLBに至っては全部で8ラインの樹立の筈なのに、木星リストには11ラインある。中でも4Nは4ラインの樹立のはずなのに7ラインある。しかも全体のナンバーが1/31,2/2(4N)、2/3の作られた日付順と違って打たれている。ひどいものです。
以上です。

92. 一言居士
2019年12月23日 07:51
（あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい？)の件は、まず(あんまり光らないFI-SC)という言葉は5-e,fの実験から思いつかれた言葉ですね。JAKiが無くてもそもそも光ってないFI-SC写真はここにしかない。
ここでのやり取りは自分のAC129を巡る問題13ブログに一旦移し替えて、もう一度よく整理します。以上です。

1. 2019/12/08(日) 09:33:31|
2. AC129
4. | コメント:13

AC129を巡る問題10からのつづきです。何かの文字と相性が悪いと書き込み禁止になるようです。L氏のコメントに対するこちらの応答に関する写真をここに貼っておきます。ここなら多分大丈夫ではないか。





自家蛍光というのはGFP以外の蛍光です。GFPの漏れ出しはGFPが光っている。この誤認に関して何か言ってる人もないですね。
>>
筆頭著者が不正をしないで誠実に真正なデータを残した場合でも、自家蛍光の誤認がそのままだと、Oct4-GFP偽陽性に基づいてキメラの実験に進んだと思われます。

漏れ出しがあるのなら自家蛍光の誤認だと気づけないでしょう。デイリーも知らない事実でしょ。知らなければ漏れ出しは調べ方が適合的でなければ自家蛍光の中に含まれてしまう。だから考えが浅いと批判される。

下の写真のOct4は内在性のOct4遺伝子が働いてOct4蛋白を作っているという証明で、Oct4-GFPが光ったからOct4遺伝子が働いたはずだという証明ではない。直接証明です。右端のGFPはローザクレですから細胞の由来を証明している。Oct4-GFPではないからOct4遺伝子発現の間接証明ではないが、実物が免染確認されているからそんな必要もない。以前L氏は両者の蛍光がずれていて同じ細胞ではないなどと言ってましたが、細胞塊はスライスされているからわずかにずれるんです。

この結果は丹羽さんのFigure3-bの結果と矛盾している。こんなにあっては変でしょ。同じ肝臓由来酸浴細胞塊です。要するに小保方細胞が何かということは完全にわかっているわけではないということです。こんなことはティシュー論文を読んだら最初からわかってることです。だからこそ研究しているんでしょ。

小保方さんは正しく自分の細胞を再現している。キメラを捏造したのは若山さんです。最初は捏造のつもりでは無論なかったが、後の経緯でそうなってしまったということです。


(Ooboe さんからの連絡)

旅行に出ている間に連絡がありましたので、ここで検討します。連絡事項は[Ooboeさん情報]に追加しています。ここにも再掲します。
>>
パートナーは、小保方stap研究を無きものにした画策を第一次、第二次、第三次の画策として分類した時系列説明資料を、検察に提出しています。
この中での犯罪事案は諸々存在していましたが、偽計業務妨害、背任、公務員法違反、公文書虚偽作成、告発幇助間接正罪などのうち、明確なもの、2件にしぼって、告発手続きでなく、申告書提出の手続きをしているところです。
検察からの文書も全てではありませんが、一部公開する予定です。担当官は公開okとのことです。
2019/11/27(水) 13:30:12　　Ooboe


第一次共謀画策は、2014年3月～6月16日
第二次共謀画策は、6月25日～12月26日
第三次共謀画策を、2015年1月～6月
と大きく分類しています。

この経緯の中で、分水嶺時点を6月5日として検察に資料を集中して説明しています。
そのパートナー証拠の更なる裏付けをお願いしていますが、頑張れFBでは、詳細は控えるようです。
全経緯を通じての、解明ポイントを6月5日の理研本部会議時点として捉えると、6月25日以後の第二次共謀画策や第三次共謀画策の経緯の本質が浮上してくるので、犯罪事案の、間接的ではあるが、背景として、その内容を検察に理解して貰うのに焦点をあてたとのことです。

この詳細は、ブログ開設で展開したいそうですが、検察には、この首謀者と共謀者を証拠をもって特定して提示しているとのことです。

この首謀者については、居士さんの考察とは異なるものとなっています。

第一次画策以前の2011年から2015年の第三次画策の全経緯を通じて一貫した首謀者としてパートナーは検察に提示して説明しています。

抽象的で、ごめんなさい。
2019/11/28(木) 00:33:12 　　 Ooboe


①小保方stap研究を無きものにした画策
②共謀画策は三次にわたる
第一次共謀画策は、2014年3月～6月16日
第二次共謀画策は、6月25日～12月26日
第三次共謀画策を、2015年1月～6月
③分水嶺時点は6月5日の理研本部会議時点
④犯罪事案は以下の内の二件に絞って申告書提出手続き中
偽計業務妨害
背任
公務員法違反
公文書虚偽作成
告発幇助間接正罪、等

纏めると以上でしょうか。6月5日の理研本部会議時点がエポックであるということは会議に参加していた人たちの中に首謀者、もしくは首謀者にそそのかされている人が潜んでいるということになりますね。我々の今までの交換情報の中では松崎氏ということになると思います。

「この首謀者については、居士さんの考察とは異なるものとなっています。」の意味が二通り考えられるので、このことに関して少し述べておきましょう。

私は"犯人"は若山さんと言ってます。この意味は明確で、キメラができたのは若山さんのntES化手技の結果で、論文に書かれた小保方細胞の自然の結果でもなければ、小保方さんのESコンタミ捏造でもないという意味です。その意味で、私は犯人は若山さんだと言ってる。

対して、まず最初に、パートナー氏の(Ooboeさん、和モガさん、Ts.Markerさん、学さん、アルイミオウジさんをも含むかもしれませんが)推測の前提として明確に私のストーリーと対立しているのは首謀者ではなくて、論文通りにキメラのできているSTAP細胞があるか無いかという点です。

①論文通りのSTAP細胞由来キメラがある。
②小保方さんがESによって若山さんに捏造させたキメラがある。
③若山さんが小保方細胞核をntES化したものからのキメラがある。

パートナー氏の推理は①です。私は③です。桂報告書は②です。

②はありません。パートナー氏も私も否定済みですね。ため息ブログや雑談コーナーももはや小保方さんの論文不正を言い立てるばかりで、なぜキメラができたかに関しては口を閉ざし始めていますね。あそこにたむろしているのは小保方捏造を騒ぎ立てたマスコミ関係のスピン屋たちばかりです。言い訳集団です。医学界関係の論文不正というのは昔から有名でね。医者が自分の箔付けのために博士号を欲しがるので、一回限りの論文ということで審査や内容はユルユルで、不正は昔からまかり通っている。細胞生物学会にもはびこっているんですね。だいたい学会というのは利権団体ですからね。言うまでも無いが立派な医者、立派な研究者も昔から少数ながら常に存在している。そうでないと社会は維持できない。
小保方さんの不正の中で一番重大なのはメチル化検証です。これは若山さんがキメラを作る前からもちゃもちゃいじっていてプログレスレポートでいい加減な報告をしている。これは若山さんに誤解を与えたかもしれません。ただし、三誌論文にこのデータを使ったというのはキメラが出来ているんですから、若山さんが誘因になっている不正です。無論、不正は不正で、そもそも研究というのは真実を知るために実験しているのであって、実験事実に忠実でないものは、研究姿勢に既に問題がある。モラルなんて問題じゃない。ましてお作法なんて落第生に言う低レヴェルの話だ。意図しない結果を実験が教えてくれているのにそれを無視するなんて研究者じゃない。心が鍛えられていない。もしくはふんどしが緩んでいる。

①は再現実験ではできなかったので論文発表が早すぎるということは明確にされたが、あの再現実験は制約がありすぎますし、何をしたかに関して、隠されていることが多すぎる。特に三胚葉分化実験をしたかしなかったかに関してはとても深い疑義がある。その意味でできないということが証明されたとは言えません。でも、あり得た場合になぜ、理研が世界に向かって記者会見発表までしたものを後に無かったことにしたのかの説明が必要です。誰が、できているものをできていないことにして隠そうとするのかを考えないといけない。

この結果は世界的に大きな利権になるから理研が隠そうとするということはあり得ませんね。世界に向かって記者会見したのは理研です。
もうしてしまってから、初めてそれを知って、理研に対して隠せと命令できるとしたらもっと上の組織で、官僚組織ということになるが、これもないですね。笹井さんは文科省との折衝役で事前に文科省に説明しています。小保方さんをつれて行ったこともあると手記には書かれている。記者会見発表前には文科省からの天下り役員も知っていて連絡していますね。こういうのはないです。

「小保方stap研究を無きものにした画策」という言葉の中にSTAP研究と書かれているが、この研究はキメラができたことを事実として含んでいるものなのか、それとも理研以前の段階、つまりティシュー論文の研究までを意味しているのが曖昧です。
後者であっても現実的には小保方さんの博士号を剥奪し、ヴァカンティと小島両氏の地位を失わせたのですから、"無きものとした画策"ということはできます。どちらなのか、どちらもなのか、明確にしたいものです。
ただ、この課題は無数にある科学的課題の中の一つに過ぎません。時がたてばこの研究に興味をもってやり直す人は出てくるでしょうから、隠さなければならないほどの利権を生み出す課題でもないですね。利権になるのは臓器にまで作れた場合で、ESですらとんでもなく遠いのですから、こういう基礎研究を隠すなんてこともありません。笹井さんを失ってもっと遠くなってしまったとも言えますね。でも、弟子が続くでしょう。

[①論文通りのSTAP細胞由来キメラがある。]のに、なぜ隠そうと画策するのか。大した利権でないのに、隠そうとした動機は、だから[論文通りのSTAP細胞由来キメラがない]からだと、私は考えたんです。
私の方に来るためにあなた方をそちらに引き留めている理由をちゃんと書かないといけない。逆にその理由に私が納得したら、私の方からあなた方の方に行くでしょう。

私はあなた方が意図する意味での理研内の首謀者としては松崎氏であると考えている。笹井さんに対する内部権力争いにこの問題を利用して、報告書の基礎になる実験結果を提出した。ただし、ここには早く収拾しろという文科省の圧力もあって、利害が一致したということはありそうですね。もう一人松崎氏以外にGDがいますね。そちらですかね。そこは私は分からない。
無論、私は松崎氏を誘導したのは若山さんだと思っています。嘘をついて騙している。松崎氏はそれを信じて実験を行っている。ESコンタミ捏造だという結論を想定して実験を行っているんです。報告書が若山さんを全く容疑者として扱ってないことは自明ですね。全く客観的な調査ではない。
私のストーリーが正しいとして、後の若山さんの行動から人々は若山さんを疑えたかと考えるべきです。結構上手に騙しているんです。そもそも科学者はこんなことで人を疑いませんからね。私のストーリーに思い至れない人々は小保方さんのESコンタミとしか思えませんよ。たくさんそうでない事実を見ているんですけどね。若山さんがESコンタミ捏造なんてするわけはありませんからね。すると意図しない経緯でこうなったという事情は気づいていませんから調査できません。こういうことにはプロの捜査に慣れている警察を入れないといけないんです。業界の自主運営ではいけません。欧米は皆そうなってる。


(学さんの誤解)

序なので、2019/11/28付の学さんの考察記事に関してコメントしておきましょう。誤解がありますね。以下です。
>>
年数が経つと、1塩基変異が積み重なってきて、コロニーごとのマウスのSNP(1塩基単位の突然変異を含む)が、離れてくる現象について議論してます。

129であれ、B6であれ、その近交系マウスに特異的SNPsは100万か所単位で存在しています。調べているのはその中の一部だけです。まして、登録されていない新たにできたSNPsなんて調べられてはいません。
Ts.Marker さんのブログの2015/12/31の記事に以下のようにある。
>>
------ 追記　6/30 -----
マウスのSNPsは1000万といわれていますが、調査報告ではB6と129で違う300万を使用している。


(あのねさんへの返事)

学さんのブログにあのねさんがコメントされているのに気づきました。以下です。
>>
あのね
　このコメントを参考に考えて見ましょう。一言さんもブログで、なぜRosa？と書かれたようにブログで追加ご考察して下さい。

>5603. L
2019年11月17日 06:58
モンキーさんのコメントに納得できないのは、あまりに笹井先生に失礼な推測だと思うからです。笹井先生がそんないい加減な形でメソッドを書くとは考え難いです。なので、筆頭著者が書いた（あるいは筆頭著者からのインプットで笹井先生が書いた）と私は推測します。この場合は、まず、筆頭著者に誰かからRosaマウスについてのインプットがある必要があると思いませんか？ だとすると、どのような意図でインプットがあったのか、疑問に思いませんか？　謎でしょ？

　Rosa26の遺伝子座にGFPを挿入したマウスは、理研CDB相澤先生が動物資源開発センターの室長兼任で当時、確立してして論文発表しています。アブストを貼り付けますので日付に注目して下さい。2011年7月前後の時期に若山研究室ではどのようなSTAP実験をしていたか想像しましょう。

丁度、若山研でGOF-ESを作って、後に2つの近交系129マウスとB6マウスを交配させてF1マウスを作ろうとしていた時期だと思います。この時期はすでにCDB内部で129 carrying Rosa-26GFPマウス完成の案内通達があったはずで、研究所内で都合の良い129GFPマウスが配布されているのに、市販の129マウスだけを買う人はいません。若山氏はこのマウスも使ったと思います。後にこのマウスを調べると困る流れになります。FES1の由来のマウスに合わなくなるからです。そしてそんなマウスは無いことで済ませて、遺伝子配列は別口ですでに登録されているのにゲノムの比較調査されていません。

http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/11/111212_liveimagingmice.html
独立行政法人 理化学研究所 神戸研究所 発生・再生科学総合研究センター
2011年12月12日　「ライブイメージングに適した新たな蛍光マウスを開発」

発生過程において組織や器官が形成されていく仕組みを知るためには、個々の細胞の振る舞いを調べる必要がある。蛍光ライブイメージングは、生きたままの胚において特定の細胞や細胞内の構造を可視化し、その動きを追跡することができる技術である。マウスにおいても蛍光ライブイメージングが可能だが、多くの場合、蛍光遺伝子を染色体にランダムに導入しているため、「←ここ重要」発現部位を厳密に制御できない、発現量にバラツキがある、複数の構造を同時に標識できないなどの問題を抱えていた。理研CDBの動物資源開発室（相澤慎一室長）は、核や細胞膜など７種類の細胞内小器官を条件特異的に蛍光標識できる12系統のマウスを開発した。ライブイメージングに適した十分な蛍光シグナルが得られ、また、二重標識も可能であることが確認された。既に汎用されているCre-loxPシステムを発現制御系に用いているため、容易に発現部位を限定できる。この研究成果はGENESIS 誌の7月号に掲載され、同室はこれらのマウスの配布を開始している。

　これが129/Sv carrying Rosa26-GFPマウス。ところが、桂報告書10P

「…なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129である可能性が高い。」

　CDBに導入された記録や飼育記録はないなんて、よくも平然と言えたものですね。「これは誤記と考えられ」と含みを残して「誤記である」となぜ断言できないのですかね。少なくとも小保方さんが笹井先生らにSTAP細胞のライブイメージングで見せて「良く光っているね」と感想をもらしたマウスはRosa26-GFPマウス(若山研B6と交配F1を含む)のSTAP細胞であるほうが自然かなと思います。自己保身で調査に率先して協力した=小保方研に都合の良い細胞だけを残し、泥棒細胞を抱えたオフサイド若山さんの言質を取った調査委員会は市販の129マウスだと信じた。確証バイアスは恐ろしい。CDBで配布されたマウスも記録なしとなる。STAP論文が取り下げられて、なおかつ追撃でSTAP現象すら否定なら「嘘も方便」とはこのことですね。

調査報告書でも指摘されていたように、若山さんのマウスコロニーの管理の無頓着さについては、「あの日」の記述から考えられる考察案件を持っており、追ってそもそも論から後にコメントします。
2019/11/29 URL 編集


この件は既に考察済みなんですが、あれこれと何度も考え続けていますから、人にはなかなか分かりません。再説しますと、この相沢さんのマウスは6種の色違いの蛍光遺伝子とクレロックスシステムを使って最終的に12種類の同時識別可能なレポーター遺伝子を造れたということです。その時に使われたマウスの背景はここには書かれていません。従って、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは無いと言われたらそのまま受け取るか、無いという証拠を出せというよりない。誰もその試料を開示請求していません。
私が今考えているのは誰かが小保方さんに129/Sv carrying Rosa26-gfp だと言ったから、又誰かがキメラを作ったと言った、もしくは言ったと誤解したから、彼女は論文にそう書いているということです。
そもそもなぜ若山さんがこんな時期に背景マウス種の違いによるSTAP細胞の樹立確認をしたのか、しかも後にキメラは作らなかったと言っていて、確認目的ならキメラまで作ってみないと変なので、これは目的が違っていて、TCR再構成結果に対する別の関心から小保方さんに129のSTAP細胞を作らせたのではないかという可能性を今、考えているんです。


(和モガ氏のヘテロプラズミー)

Ts.Marker さんがいろいろと調べていましたが、最終的にNOD / ShiLtJまで突き止めてその後の進展が無かった。このマウスは免疫不全マウスなので、このようなマウスはクローン作製には使われない筈なので変だなと思考停止していました。この件に関して和モガさんも考察を続けられていたのはずっと読んでいましたが、今又読み直して読み落としに気づきました。以下のように書いている。
>>
NOD / ShiLtJマウスを提供しているCharles　River社のホームページにはNOD / ShiLtJマウスは非近交系のICRマウスが起源であると書かれている。

ICRは若山研でクローン胚を作るときのマウスです。ただ、Ts.Marker さんはICRを調べてない。
>>
--------------          12/7  調べ　　　　-----------------------
Mouse strain assembly hub - May 3, 2017 より
DBA/2J      T (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM004183.1)
129S1/SvImJ T (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM004179.1)
BALB/cJ     T (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM004214.1)
C57BL/6NJ   T (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM004277.1)

NOD/ShiLtJ  A (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM004185.1)

和モガさんの整理しているものもここに貼り付けて置きましょう。分かりやすいです。



ICRのデータがAであれば、私の小保方細胞核使用ntES論にとっても強力な傍証になるでしょうね。ただし、ヘテロプラズミーは必ず起こるというものでもないんですね。


(学さんの誤解2)

まだ学さんの誤解が続いているようです。ため息氏とのやり取りですが、ため息氏の認識が正しく、学さんは勘違いしている。これで双方で悪口の言い合いをするので、小保方さん擁護の学さんの旗色が悪くなるから、世間はスピン屋たちが正しいと誤解する。私はこれをスピン屋同士の芝居だと見做したわけですけど、Ooboe さんはそうではないとおっしゃるので、学さんの誤解だとして指摘し続けなければならないようです。
>>
F1では、１２９とB6がランダムに混じりますので、子どもごとに違う遺伝子構造ですが、１２９B6ES1～６の例でもわかるように、両親がそれぞれ、同じ遺伝子構造なので、その子どもごとに１２９とB6が混じり方が違っても、それでも、子どもの遺伝子の類似性が高いことがわかります。

説明の仕方が悪いんですね。「F1では、１２９とB6がランダムに混じります」というのは近交系が崩れている時の話ですよね。先に、完全な近交系ではランダムには混じらないという原理から順番に書かないから支離滅裂になるんですね。完全な近交系が保たれていたら「子どもごとに違う遺伝子構造」にはならない。何匹生まれても全部同じ遺伝子構造のF1になる。
それを説明した後に、マウスコンタミがあって近交系が崩れている場合は「F1では、１２９とB6がランダムに混じりますので、子どもごとに違う遺伝子構造」になると説明したらいいんです。
最初に説明すべきことを誰でも知っていることという前提で端折るだけなら、少しずつ違うのは当然だということで分かる人には誤解が無いんですが、逆になぜ少ししか違わないのかという説明として、後から、誰でも知っていることとして端折ったはずの説明を加えるから、あなた、どういう理解をしているのと、分かる人から反論されることになる。

>>
F1の場合は、それぞれ近交系で、１２９コロニー、B6コロニーでは、ほぼ同一遺伝子状態であっても、交配してしまうと、できてくるF１マウスは、それぞれ１２９とB6の混じり方が異なってくる。

ここも、「交配してしまうと、できてくるF１マウスは、それぞれ１２９とB6の混じり方が異なってくる。」のは近交系が崩れている場合ですから、前の文章に「F1の場合は、それぞれ近交系で、１２９コロニー、B6コロニーでは、ほぼ同一遺伝子状態であっても」という説明を置くと前後の文章が矛盾してしまう。「ほぼ同一遺伝子状態」が「同一」だと言ってるのか「同一でない」といってるのかというと、「も」が入っていることによって「同一」だと言ってることになるんです。作文の仕方が間違ってる。日本語の「も」の使い方の間違いです。学さんは日本人ではないのかな。

>>
2019年12月2日 4:12 PM
＞学とみ子は両親がヘテロザイゴート　のとき作成される配偶子は均一にならないからその子供同士のSNPは一致しないのがわからない？
近交系というのは兄弟同士等を掛け合わせて、すべての遺伝子（DNA)をホモザイゴートにしたマウス　のことでしょ？ホモザイゴートだと減数分裂にのとき、交叉が生じても配偶子の遺伝子構成は変わらないから兄弟のSNPsはほぼ一致する。

ため息さんの頭の中には、過去に１２９とB6が混じってしまった話と、自然に生じる塩基変化で遺伝子型が変化していく話とが区別つかず、混乱しているようです。

ホモザイゴートとは、１２９のみで維持、B6のみで維持の場合ですよ。事故的に他のマウスが混じっても、又、ホモザイゴートのコロニー内で、マウスの遺伝子は変化していきますよ。


①完全に近交系マウス同士のF1は何匹生まれても両親から半々に遺伝子を受け取るので完全に同じ遺伝子構成になる。子供同士でわずかずつ違うということはない。

ため息氏は近交系の基本認識を言ってるだけです。野生のマウスは両親の遺伝子を受け継いでいるので減数分裂の時にできる配偶子は遺伝子の並びが引き継いだ両親の遺伝子に分かれるので2種できる。でも、近交系のマウスはその両親が同じだから減数分裂しても全く同じ配偶子ができる。だから129とB6を掛け合わせた子は何匹生まれても遺伝子構成が全く同じ混血の子供たちが出来るんです。混血ではあるが子供同士で遺伝子の並びに違いがあるということはないんです。この時点でため息氏は何も間違ってない。

②マウスコンタミがあって近交系が崩れていたらどうなるか。

既に論じたように、若山研でのマウスコンタミには二つの要素があって、129に関してはそもそもジャクソン研究所で古くにB6の飛び込みがあって気づかれていなかった。
もう一つは、若山研で自家繁殖させている間に生じたマウスコンタミがある。
SNPsに関しては前回指摘したように、調査されているSNPsはそれぞれの近交系マウスの特異的SNPsとして登録公開されている1千万個程度の中の、特に、今回では129とB6で違っているSNPsの3百万個だとTs.Marker さんが書いていると指摘した。
SNPsはマウスを飼育していると生殖細胞にも突然変異が起きてきますから、最初に登録されていた1千万個に対して継代ごとに何個か、何十個かずつ増えてくる。でもこれは最初の登録されている場所とは違います。1千万個に対して有意なだけ増えると別種の近交系マウスとして新たに特異的SNPsが登録されます。それまでは変更ありません。学さんは新たに増えたものを調べていると思われているが、そんなところは調べられてない。
次にSTRに関してはFES1とFES2で違っていたからFLS3はFES1と同じだと東大グループと遠藤氏が結論したと日経サイエンスに書かれている。我々は無論若山さんがFES1のチューブにFLS3を入れたからだと思ってますが、それはともかくとして、同時期に同じ近交系マウス同士の親を交配して作ったらしきFES1とFES2のSTRが違ってるなんてありえないと知らねばなりませんね。FES1とFES2のSTRが違いうるという説明を太田さんにして欲しいね。どんな交配したの。

③培養変異の存在。
これは体細胞分裂ですからね。別の話です。

さて、学さんの「も」の使い方は変なんです。「ホモザイゴートとは、１２９のみで維持、B6のみで維持の場合ですよ。」と書かれているのは近交系なら当たり前のことです。そしてこのことをため息氏が言ってる。言ってることが同じならここで又確認する必要は無いでしょうよ。そこにどうして、「事故的に他のマウスが混じっても、又、ホモザイゴートのコロニー内で、マウスの遺伝子は変化していきますよ。」という訳の分からない文章が続くのか。
「事故的に他のマウスが混じっ」たら、既に近交系マウスではなくなっている。それはここには引用してないがため息氏は分かっている。それは向こうのブログに書いてありますね。ここで学さんが引用しているため息氏の文章の近交系マウスの認識は正しいんでしょう。そういう場合はまず正しいと認めた上で、私が言ってるのはマウスコンタミのことだと言えばいいだけでしょ。私の言いたいことはそこでは無いと。
でも、「事故的に他のマウスが混じっても、」という文章はどこに落ちていくんでしょうかね。事故的に混じったら近交系ではなくなる。はい。で、「又、ホモザイゴートのコロニー内で、マウスの遺伝子は変化していきますよ。」とは何を受けている文章なのでしょうか。これって「事故的に他のマウスが混じったら、又、ホモザイゴートのコロニー内で、マウスの遺伝子は変化していきますよ。」の間違いじゃないの。「も」が入ると意味が変わる。日本人じゃないんですかね。外国人ならこういう間違いは理解できますけどね。
学(ガク)さんって本名なら珍しいお名前ですが、ひょっとしてシナ系の帰化人の方ですかね。もしそういう帰化人1世のかたであったら、このことはとても理解可能ですね。そしてそういう配慮で読むことができる。

「も」の使い方の指摘は2度目です。なんとなくそうではないかと思えてくる。
ため息氏のスピンはそんなところにはないので、こういうやり取りをされて、本質的でないところで学さんがやり込められると、小保方さん擁護派は困るんですがね。


(アルイミオウジ氏の最近の動向)

アルイミオウジ氏を常にチェックしているのは最近では私くらいのものではなかろうか。
上の学さんの相手が自分のブログのコメント欄に書いているのが以下です。

>>
sigh
2019年11月22日 9:21 AM
>学とみ子
擁護の阿塁未央児さんも「学さんは何が言いたいのだろうか？　FES1とFES2で雄親のコロニーが違うという示唆が、桂報告書のどこにあるのだろうか？」と呟いていますよ。
何が言いたいの分かっている方はいないようです。説明したらどうでしょ？

ここで紹介されているアルイミオウジ氏のツイートが以下です。




学さんが言ってるのは上述したように同じコロニーから作られた筈のFES1とFES2のSTRが違ってるのはなぜかということでしょうね。

このこととは別に最近アルイミオウジ氏が面白いことを発言している。以下です。





私の疑義していたことですね。
>>
AC129を巡る問題8

(残された問題の整理)

さて、問題の数も少なくなってきましたね。ただし、解の困難さは増してきました。ここらで残されている問題を整理しておきましょう。

①FLSは「僕のマウス」を渡したと一方的に証拠の提出もなく若山さんが主張しているが、実際の検査で出て来たのはAcr-CAGのB6(岡部マウス)と市販のGFP無しの129X1/SvのF1だという報告書の調査結果となっている。しかし、129側の18番染色体に1コピーのCAG-GFPが入っているのではないかという疑義がでた。なぜなら、SNPs解析結果がこの129は「僕のマウス」の片親であることを示唆しているからだ。最初に放医研がFLSを検査した時、15番にヘテロに4コピーのCAGがあり、18番にはGFPが無かったと発表していたが、後に15番のGFPが否定されたが18番に関しては何も触れられなかった。又間違いの原因もちゃんと説明されていない。内在性アクロシン遺伝子を間違えたのならホモだと思うはずでヘテロに間違うというのは考えにくい。調査自体がとてもあやしい。すると18番に無かったというのは本当なのかという疑義が残るということです。理研のチームはGFPを自分でちゃんと確認したかということです。この説明も無い。


アルイミオウジ氏は学さん以上に説明能力の欠如している人なのでどういうことをしているのかということがちゃんと確認できるまでは何とも言えませんが、129CAG-GFPマウスから129X1を作ったという説明は聞き捨てならないところです。これは129X1に戻し交配したということですが、129X1があるのに戻し交配してGFPを消すという意味が分かりません。これはGFPの有無を調べればいいだけのはずですが、GFPは無かったのでしょうか。ちょっと明確でないところです。ただ、129にB6のコンタミしているSNPs分布が「僕のマウス」の片親である129と同じだという分析結果は私と同じですね。



また最近彼がやってるのはSNPsでなくてSNVsを見ているらしい。頻度が１%以上ならSNPであるが、それ以下まで入れると無数にあることになる。何をやってるのかちっともわからない。以下も、勘違いということでいいんだよな。





(学さんの誤解3)

学さんが何を誤解されているのかが段々はっきりしてきましたね。
>>
近交系マウス由来同士に、予期せぬ交雑がおきると、別の系統のSNPが、マウスに入ります。
さらに、交雑が進むと、別の系統のSNPをホモでもってしまうことがあります。
かつて混じったというと証拠でしょうが、近交系コロニーに戻して年数が経つと、次第に別の系統由来SNP変化が少なくなり、ワトソンさんらは、薄まると表現されたと思います。

以前に、専門家の方が、ヘテロはホモに収束するとか書ていたのを見ましたが、細胞は独自に、SNPの修復を行うと考えて良いのかな？、ここは確かでないです。

近交系マウスは基本自家繁殖させてはいけないです。マウス供給業者との契約でそうなってるはずです。
近交系マウスは兄妹交配を続けます。親にはかけ戻しません。親の管理ケージと生まれた子供たちの管理ケージは分けられています。
兄妹交配した子供は親たちよりホモ率が高いんです、その原理を使って20継代以上させて98%以上のホモ率になったものを近交系マウスと称して業者が販売している。
その後、買ったマウスの雌雄を交配させて維持繁殖させるときに、業者と同じように兄妹交配管理を続けているとホモ率はどんどん上がっていきます。以前そのデータを貼り付けましたね。
でも、買ったマウスをどのような管理をするのかは研究者たちの自由ですが、自分で繁殖させたものを使って論文を書くときに購入業者の名を使うと違法になりますね。論文にマウスの業者を特定させたいときは買ったものそのものを使わないと業者は責任取れません。今回みたいにこれだけのマウスコンタミがあると研究目的によっては責任問題になりかねない。間違った取説で使用されたものにメーカーは責任取れません。
若山さんのところではいろんなマウスを自家繁殖させていました。クローンの研究者ですので、作られたキメラの貢献度を見るためにGFPが入っていればいいんですね。基本自分たちの研究目的に支障が無ければある程度のコンタミは生じていても構わない。
そういう環境の中で今回の事件が発生している。小保方さんの研究は若山研のマウスで行われている。それ以前は彼女は自家繁殖マウスは使用していません。業者から買ったものだけです。
もし実験が購入マウスだけで行われていたら細胞の由来トレースはとても困難なものになっていたでしょうね。
若山さんがどういうマウス管理をしていたのかは分かりません。自家繁殖させていたらしいのは以下です。
①GOFマウス
②ロックフェラー大学で作ったB6-CAG-GFPホモマウス
③②からGFPを移し替えた１２９／Ｓｖ－Ｘ１－ＣＡＧ－ＧＦＰホモマウス
④太田さんが岡部研から持ち込んだＢ６－Ａｃｒ－ＣＡＧ－ＧＦＰホモマウス
他のものは情報が無いのでわかりません。動物実験申請書では業者名が黒塗りされていて、恐らく自家繁殖分と書き分けられているので黒塗りされているのではないかと思われますが、詳細が分からない。

①は小保方さんが手記でばらしてしまった。②③は「僕のマウス」の嘘の言い訳をするために記者会見で自分でばらした。④も記者会見で岡部さんに譲ってもらって維持していたとばらした。手記では顕微授精もしていたような書きざまになっている。自家繁殖させているとお金の節約にはなります。

どの自家繁殖も業者のように兄妹交配を厳密にやっていればホモ率はどんどん上がってくる。でも自家繁殖でしかも研究目的からしてそれほど関係のないものなら、一つのコロニーで維持繁殖させる。すると近交系マウスから所謂クローズドコロニーマウスになる。親との戻し交配も発生しますから近交系マウスの原理通りにはホモ率は上がりません。それでも買った時の近交系は維持されています。

ここに違うマウスのコンタミが入るとどうなるかということです。白毛の129のコロニーの中に黒毛のＢ６が飛び込んで気づいて取り除いた時には既に交配していたとする。その子は全部混血色ですから生まれた時に取り除く。これでコンタミは取り除かれた。でも、いつ気づくかによりますね。生まれた子供が更に交配するほど長く気づいていないと、F2では白毛の子もいくつか残る。すると毛色以外の遺伝子がＢ6である白毛マウスが残ってしまう。マウスが成熟するまで１か月以上はかかりますから、こういうことはとても起きにくい。

今回のコンタミで顕著なのは③のマウスですね。Ｂ6から129へGFPだけを移し替えた。その手法は基本的にＦ1に対する129の戻し交配です。半分Ｂ6が入ったものでGFPの光っている子供だけに129を何度も交配させる。これも20継代続けると近交系になります。若山129近交系GFPマウスです。このマウスに調査時点でＢ6のSNPsが所謂近交系マウスとしては大量に入っていた。入っていたのは事実で、しかし、この原因が分からないわけです。
①戻し交配回数不足
②そもそものジャクソン研究所でのコンタミ残滓
③若山129近交系GFPマウス樹立後の新たなB6の飛び込み事故

もう一度確認しましょうかね。ＢＣＡ報告の図です。




まず、ntESG1、G2の赤を見てください。ほとんどありませんが僅かに7,10,16番にあって他の細胞とも共有されている。これが②のジャクソン研究所でのコンタミ残滓ではないかと推測される。この129はterでテラトーマ専用に開発された129の亜種です。
それに対して、129cag-GFP mouseは129のX1です。市販のX1はデータとして示されていません。若山さんの「僕のマウス」の片割れの親マウスのデータだけが示されている。このコンタミはひどいですよね。市販されたものにこれだけコンタミがあるということはあり得ませんので、このコンタミは若山さんが作ってしまったものです。
一番特徴的な17,18,19番染色体を見ると上から順にＡC129からFES2まで８ライン全部に共通していますね。
上３つは「僕のマウス」ESで捏造したと言ってるわけですから、一致しているのは分かりますよね。でも、更にFLSから下三つは太田ＥＳで捏造したと言ってるんでしょ。更に下２つの太田ESはアクロシン入りの岡部マウスとのＦ１ですけど相手の129は市販のＧＦＰのない１２９じゃなかったですか。というのも彼は最初自分はterと交配したつもりだったと証言していて、加えて、自分はＢ6に関してはアクロシン入りの岡部マウスしか使わないのでただ単にＧＦＰと書いたと日経サイエンスに証言している。129側にもCAG-GFPの入った「僕のマウス」の片割れ129を使ったのならＧＦＰに関してそれと注記するでしょう。
FES1、2のB6コンタミが他のラインの１２９側のコンタミと一致しているのは若山さんがＦＥＳ1，2にＦＬＳ3を入れ替えたからです。

私がなぜアルイミオウジ氏の最近の動向を報告したのか。このことがあるからです。彼の報告にGFPの有無検証が出るのを待ちましょう。

疑義は以下の解析は間違っていのだが、正しい答えは示されていないということです。




放医研は何を探していたのでしたかね。
CAG-GFPがどこに有るかですよね。放医研は最初１５番にヘテロで入っていたと報告したことになっている。
でもそこにはGFPは無かった。実際には３番染色体にあったのです。岡部マウスのＡｃｒ-ＣＡＧ-ＧＦＰは３番に有るんです。
ではどうして放医研は１５番染色体にあると言ったのか。３番に有るのは内在性アクロシンプロモーター配列です。
では彼らは若山さんからプロモーター配列を知らされていてアクロシンプロモーター配列を含むプライマーで探していたのだ。若山さんは放医研が岡部マウスのＧＦＰを見つけてくれると期待していたのに放医研は内在性アクロシンのプロモーターを捕まえてしまったのです。
ということはここにある１８番にGFPが無いという結論も間違っている可能性がありますね。放医研はＣＡＧ-ＧＦＰを探しているのではなくてアクロシンＧＦＰを探している結果になっている。１８番にアクロシンプロモーターが無いのは当たり前です。ではＣＡＧ-ＧＦＰは調べ直したか。彼らは３番にＡｃｒ-ＣＡＧがあったと訂正した。では１８番にヘテロで１コピーＣＡＧが入っているか否かを調べたか。
少なくとも報告書は沈黙している。我々のＳＮＰｓ解析の分析では129は「僕のマウス」の片割れであるという結果になっている。つまり１８番にヘテロで１コピーのＣＡＧがあるはずだと。

上の記者会見の説明映像のFLSはアクロシンプロモーターを探した結果です。右のＡＣ１２９等はＣＡＧプロモーターを探している。プライマーが違うんです。もしCAGプロモーターでFLSを調べていたら１５番なんかに見つかるわけがない。そこにはCAGはありません。犯人は若山さんですよね。


(学さんの誤解4)

今度は、「すり替え、入れ替えなど、個人的な犯罪的行為をできるだけ考えないで、誰でも納得のいく説明はないものか？」という考察のようです。そこは最初に考えるところでないといけませんよね。まだだったんでしょうか。
互いに主張している事実関係に関して矛盾があるとどちらかが嘘をついていることになるんです。
ここをまず調べてないというところが怠慢ですね。
若山さんは「僕のマウス」を渡したと言っている。小保方さんは渡されたマウスでSTAP細胞を作って返したと言ってる。出来ている幹細胞を調べたらアクロシン入りだった。
若山さんが嘘をついているか、小保方さんが嘘をついているか、第三者が何かしたかのいずれかです。
この構図に関して一度も考えたことが無かったのでしょうか。
最初のキメラに第三者がESを入れて成功させてやるなんてことがあるでしょうか。いろんな種類の背景マウスですべて若山さんが渡したと主張しているマウス背景でない検査結果が出ている。第三者があり得ない決定的な証拠は最初の捏造が成功している捏造だからです。どうして成功していない段階から成功させるような手伝い捏造コンタミをする第三者がいますかね。この第三者は始めに成功させるようにコンタミさせた。ということはそれ以降も目的は成功させるようにコンタミさせていたのだということになる。どこにそんな第三者がいますか。
犯人は若山さんか小保方さんしかいないんです。そのことをまず押さえないと。選択肢が無くなったところから、ではどちらなのだと考える。
若山さんが嘘をついているのなら、彼の言ってることは一つも信じられない。小保方さんが嘘をついているのなら彼女の言ってることは皆嘘だ。二つを比較したらいいんですね。
彼女は手記でたくさんの証言をした。再現実験にも参加した。そして言ってることには嘘が無い。対して、若山さんは実験にも参加せず、矛盾に対する説明が無い。そして既存ESコンタミだとしている桂報告書がすべてだと証言した。つまり、既存ESがどこから来たのかということを証明しないと彼の証言は一つも信じられない。パートナー氏の質問状に彼は一切返事を書いてない。太田氏もそうです。どちらが嘘をついているかは明らかです。
では、どうしてこんなことになったか、という思考順序になっていくんですね。今頃「すり替え、入れ替えなど、個人的な犯罪的行為をできるだけ考えないで、誰でも納得のいく説明はないものか？」と考えているんですか?


(アルイミオウジ氏の最近の動向2)

①SNPとSNVの違いをどう理解しているのか説明してもらいたい。
②129の特異的SNPとして登録されている箇所の数と、B6の特異的SNPとして登録されている箇所の数を教えて貰いたい。
③Ts.Marker 氏はそれぞれ1000万か所程度だが、理研が調べた箇所は129とB6で異なっている300万か所と言ってるが間違いないか。
>>
------ 追記　6/30 -----
マウスのSNPsは1000万といわれていますが、調査報告ではB6と129で違う300万を使用している。
④近交系マウスの定義は最低でもホモ率98%で、ヘテロ残存率1.3%ですから、30億dpに対して4000万弱のヘテロアレルがある。②はこの4000万アレルの中にはないはずだ。(あったらSNPs判定はできない。)アルイミオウジ氏の言うヘテロSNPsとは何を意味しているのか、答えてもらいたい。
>>
*www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/Kuramoto/contents/ExpAnimGenet_1_inbred.pdf



⑤公開データ登録されている幹細胞のF1背景分に関して、129/Sv-X1にCAGがあるかないかのアルイミオウジ氏解析結果を教えて貰いたい。


(学さんの誤解5)

さて、ここまで説明後に初めて本来の話に戻れる。学さんの主張です。
>>
近交系は、クローンマウスではないので、９８％で一致しても、残りの２％で一致しなければ、減数分裂で配偶子に多様性が生まれます。

今300万箇所のSNPsの話をしている。ホモになっている場所だけの300万か所です。アルイミオウジ氏の話でも書きましたが、ヘテロのSNPを調べたらこのSNPs解析自体が意味をなさないでしょうよ。父母どちらもホモにそろっているからF1を造った時すべてヘテロになる。色分けだと緑になる。これが判定基準です。緑でなく青だとかピンクになっている部分があったら、それは親のSNPがヘテロだったということです。つまり、ホモであるべき場所がヘテロになっているから若山さんの維持繁殖させているマウスコロニーの近交系が崩れているということが分かる。本来ホモだという前提です。原理的にヘテロもあるのだとしたら、つまり登録されている特異的SNPがヘテロであり得るのだとしたらそもそもこの解析は何を識別していることになるでしょうか。根本的な無理解です。
自分の維持しているマウスコロニーにコンタミが無いかどうかを調べてくれる商売があるんですよ。登録されているデータがヘテロもあり得るんだったら調べようがないでしょ。登録されている特異的SNPsデータは全部ホモだというのが私の理解です。コンタミがあるとその場所がヘテロになる。
緑であるべきところがピンクになっているのは129にB6がコンタミしている。緑であるべきところが青になっているのはB6に129がコンタミしている。つまり、ピンクは129のコンタミを、ブルーはB6のコンタミを意味しているんです。区別が必要です。

129には以下の可能性がある。
a.市販の129/Sv-X1 GFP無し
b.市販の129/Sv-ter GFP無し
c.若山さんの自家繁殖させている129/Sv-X1 GFP無し
d.若山さんの自家繁殖させている129/Sv-ter GFP無し
e.若山さんの自家繁殖させている129/Sv-X1 CAG-GFP(ホモ)

B6には以下の可能性がある。
a.市販のB6 GFP無し
b.市販の(理研の)GOFマウス
c.若山さんの自家繁殖させているB6 GFP無し
d.若山さんの自家繁殖させているGOFマウス
e.若山さんの自家繁殖させているB6 CAG-GFP(ホモ)
f.大阪大岡部氏より移譲のB6-Acr-CAG-GFP(ホモ)
g.若山さんの自家繁殖させている岡部氏より移譲のB6-Acr-CAG-GFP(ホモ)

ピンクはa,c,dの可能性があるが、a.ではないはず。市販のものにこんなにコンタミの有ることは考えにくい。ntESG1,G2はb.dのどちらかだが、ほとんどコンタミは無い。
ブルーは全部gです。
もう一度貼り付けましょう。



ピンクはすべてに共通しているが6番染色体のみが「僕のマウス」グループと違っている。ここは129 cag-GFP mouseは緑になっている部分です。
それに対してブルーは元の岡部マウスのデータが無いが、「僕のマウス」グループ以外は全部自家繁殖の岡部マウスです。ここにコンタミのある部分が青で出ている。その出方に3種類ある。

①FLS3,129/GFP ES.CTS1,FES1
②FES2
③ntESG1、G2

なぜ3種類になるのか。まず最初に作られたのは③です。太田さんが岡部研から持ってきたときの岡部マウスで作ったもの。11番と18番にコンタミがある。
②は11番に③とは別のコンタミがある。ただし、この129はterではありません。なぜなら129 cag-GFP mouseのピンクパターンが共通しているからです。
①は6,11,12番に共通のコンタミが見られる。しかも11番は②と共通している。

以下が、学さんが言いたいことですね。我々の長年の関心事でもある。
>>
もっとも、調査チームが、FES1　FES2問題を論じているのは、ここではないけどね。
調査チームは、幹細胞成立後に起きた塩基変異が焦点だ。

何度も出てくるが、桂報告書の以下の6頁部分が、FES1　FES2問題の鍵となると思う。

今回 4 種の幹細胞には、第 6、第 11、第 12 染色体上に 129 に特徴的なクラスターが、また第 17、第 18、第 19 染色体等に C57BL/6 のクラスターが 認められることから、TaqMan PCR によって観察された 129 ホモの SNPs はこれら幹細胞 の作製に使用したマウスに存在した遺伝的背景の不均一性によるものと結論づけた。 ES 細胞 FES1 と FES2 でのみ異なる SNPs に関して、両者の遺伝的背景の相違によると 判断された上記第 6、第 11、第 12 染色体の SNPs クラスターを除外し、残った 1,290SNPs を用いて比較を行うと、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 129/GFP ES は同一細胞株といって良い程の高い類似性を示すことが判明した。従って、STAP 幹細胞 FLS3、FI 幹細胞 CTS1、および 129/GFP ES は同一の細胞由来であり、ES 細胞 FES1 と同 一、あるいはそれから派生した株の可能性が高い、と結論づけた。

FES1　FES2の作製時、親マウスがどのような状態であったかはわからない。
但し、同じ受精卵由来でないことはわかるが、両者のSNPが離れている原因が謎になっている。

学さんの疑義は今述べた我々の疑義そのものですね。
そして学さんはその原因を以下のように考えるのだけれども、日本語の助詞の使い方が間違っていてとても誤解をうけやすいのと、もう一つは推測そのものに間違いがあってややこしい。韓国系の人は助詞の間違いは少ない。シナ系の人は助詞の使い方が難しくてよく間違えますね。
>>
それぞれ、１２９もB6の両マウスは、マウス交雑の結果ヘテロであることから、F1において、129/B6とならずに、129/129、B6/B6の組み合わせができうる。
2003年に若山研究室に入導入されたアクロシン入りB６マウスは、FES1　FES2の親となったが、その遺伝子の詳細は公表されておらず、やはり129マウスのコンタミは起きていた。
つまり、FES1　FES2のSNPの様相は、ヘテロな親から引き継いだものと、ES作成後に生じてきた1塩基変異を合わせて考える必要がある。

学さんの今までの考えを理解すると、上の文章は以下のように直せる。
>>
それぞれ、１２９も(→と)B6の両マウスは、マウス交雑(→混入)の結果(特異的SNPsが一部)ヘテロであることから、F1において、129/B6とならずに、129/129、B6/B6の組み合わせができうる。
2003年に若山研究室に入導入されたアクロシン入りB６マウスは、FES1　FES2の親となったが、その遺伝子の詳細は公表されておらず、やはり129マウスのコンタミは起きていた。
つまり、FES1　FES2のSNPの(異なった)様相は、ヘテロな親から引き継いだものと、ES作成後に生じてきた1塩基変異を合わせて考える必要がある。

ここでも「も」の使い方がおかしいですね。学さんはシナ系の一世のとてもよく日本語のできる方ということでしょうかね。帰化人の2世で日本の学校に通った子はこういう間違いは絶対にしません。周りの子供たちから矯正されてしまいます。日本人がこのような助詞の使い方の間違いを絶対にしないのも同じ理由です。

でも、外国人、もしくは帰化1世の人だと分かれば簡単に理解できます。我々は日本語はプロですからね。事情が分かれば推測が可能になる。彼女が言ってることは我々の言ってることと全く同じです。

問題は彼女の推測自体が正しいかということです。「ES作成後に生じてきた1塩基変異を合わせて考える必要がある。」ということですが、上の図を見て、そんな推測ができますか。ntESG1G2にあった青はどうして他の細胞では消えてしまっているのですか。これは元のマウスが違うとしか思えませんね。というよりも、この実験が最初ですから、他の岡部マウスからこの時の青が消えた理由が解明されないといけない。加わったものより消えた方が問題でしょう。

岡部マウスは太田さんが若山ラボに来たことが契機で大阪大から移譲された。太田さんはその岡部B6マウスを使って、ntESG1,G2とFES1,2を作っている。
2005/1/20に凍結し、2007年にもう一度解凍して使用し再度2007/8/3に凍結したntESG1,G2にあったブルー部分のヘテロSNPsが、2005/12/7に凍結したFES1,2からは消えている。

(Ooboeさん情報)

途中ですが、今の考察と関連しますから、学さんのところに書き込まれたOoboeさんからの情報をここで確認しておきましょう。「Ooboeさんとパートナー氏の資料館」にもアップしています。
>>
現在、FES1、とFES2の調査用のES細胞サンプルの考察が続いておられますが、パートナーが入手しているそのサンプルについての情報をお伝え致します。参考にして下さいませ。
2019/12/04 URL 編集

Ooboe
前コメント、名前入力わすれました。ごめんなさい。
FES1などについてのパートナー入手情報
理研広報は、調査サンプルを受領し、解析を担当した、CDB非対称細胞分裂研の研究者に直々に確認され、その研究者はFES1とntESG1は山梨大、若山教授から取り寄せました。
FES2とntESG2は山梨、若山教授とは別のところから取り寄せました。
これと同じ内容は、情報公開室が確認しています。
今晩、続きをお伝え致します。
2019/12/04 URL 編集

Ooboe
続きです。
前記にありますように、理研広報や調査委員会事務局に調査用サンプルの取り寄せについて報告された、BCA論文の筆頭著者でもあった研究者は、BCA論文中では、大田氏からFES1、FES2、ntESG1、ntESG2、を取り寄せたことになる記述をしています。
世界に発信されたBCA論文と、食い違う内容報告を、理研広報など、理研組織内では共有確認しているわけですが、なにより取り寄せ依頼し、受領し、解析したご当人がこの食い違いについての諸々の事実を把握していると思われます。
2019/12/04 URL 編集

Ooboe
さて、調査用ESサンプルを取り寄せ依頼、受領、解析をされた、CDB研究者はなにゆえに、理研にとっての公式発表を担当する広報室や、法令遵守担当のコンプライアンス室などの対し、組織内部にだけに共有される情報を伝え、対外発表のBCA論文や、調査報告書とは食い違う報告をしたのでしょうか？
もし、広報などに伝えた、内容通りならFES1とntESG1は、山梨大で用意された調査用サンプルということになります。
そして、FES2と、ntESG2は、別のところということですから。FES1とFES2は、出所が違う訳であり、細胞作成された、場所も同じでない別々に作られた、ことになります。又は、株分けでしょうか？
いずれにしろ、FES1は、京都大、大田氏から、取り寄せたのではなく、山梨大、若山研から取り寄せたと、BCA筆頭著者は、理研内部組織に伝えていたこの事実は、客観的公的事実であることには、変りがございません。
2019/12/05 URL 編集

Ooboe
パートナーは、FES1などのサンプル受領についての、MTA契約文書の開示請求をしましたが、情報公開室は、解析担当研に確認した結果を、パートナー宛に回答書を送付しています。その記述の中に、解析担当研究者が若山教授に直接依頼したもので、MTAや取り寄せ手続きの公的文書等は交わしていません、とありました。
6月30日理研は機関として、コンプライアンス室が予備調査を開始するとの発表をしていますが、しかしFES1等の調査取り寄せに予備調査事務局は、関与していませんでした。
この事案は普通の研究者間でのサンプル提供、受領手続きではありません。機関として、公的に取り寄せるべき事案であった訳ですから、関与していれば公的事務局として、文書交付は為されたはずでした。
解析調査をする側は、サンプルを取り寄せの依頼するのですから、取り寄せ宅配経費は、依頼側が支払うはずです。しかし解析担当研は会計処理をされてませんし、又、山梨大学、若山研の会計処理も為されてませんので、若山氏が自費でFES1の宅配経費負担をして理研解析担当研究者に送付していたことになります。
ということから、依頼したのは、逆に若山氏側であった。というのが整合的に帰結されてくる訳です。
以上
FES1等については不明瞭な事実が更に重なって存在していますが、省きます。
いずれにいたしましても、真正な調査サンプルとしての資格が無いに等しいのが、 FES1等サンプルでありました。
2019/12/05 URL 編集

ほぼすべて既知情報ですが、新しい情報の一つは直接やり取りした人がDaijiro Konnoさんだったということですね。でも指示は責任著者の松崎氏から出ますからね。

「BCA論文の筆頭著者でもあった研究者は、BCA論文中では、大田氏からFES1、FES2、ntESG1、ntESG2、を取り寄せたことになる記述をしています。」の部分、事実であるかどうかは別として、そもそも太田氏が出発点だということになっているから、訴訟法的な厳密な確認はしないで、そう書いたという言い訳はできます。変だと分かっていたろうがと責めることはできますけどね。

「FES1等の調査取り寄せに予備調査事務局は、関与していませんでした。」というのは重大です。ガヴァナンスが無いんですね。

ところで、今ため息ブログ氏がこの件に関して以下のように書いている。
>>
近交系に混入があってもはや近交系ではなくなり遺伝背景が均一でない、これでFES1とFES2のSNPsの違いを説明できると言っているんでしょ。

それだけでは説明できないと学さんも言っていて、我々も今、ここでそれを考えているところですね。ため息氏は全然専門家でないし、また、素人であってもこの件に関してよく調べている人でもないんで、こんな人と議論していても意味無いでしょうと言ってるんですけどね。

ため息氏のブログを読んでいたら目にとまったのでコメントしておきましょうかね。同じように誤解している人は多そうです。
>>
今さら何を言っているのでしょうね。FLSもAC129と同じようにCAG-GFP遺伝子の挿入部位を読んだのです。しかし、アクロシンプロモーターが付いたGFP遺伝子とCAG-GFP遺伝子が連結していたため、本来読むべき配列ではなく、通常15番染色体にあるアクロシンプロモーターの配列を読んでしまい、「15番」と誤認したのです。

15番にはCAGは無いと言ってるのに分からないんですね。アクロシンプロモーターを含むプライマーで探したから15番の内在性アクロシンプロモーターを誤認した。CAGのプロモーターを探していたら15番にはCAGはないから誤認するわけないでしょ。
この人はもと数字君とコンビの岡目何とか君じゃなかったかな。
何度でも貼り付けましょう。




右はCAGプロモーターを含むプライマーで挟んだ。
左はアクロシンプロモーターとCAGプロモーターの両方を含むプライマーで挟んだ。
左のサンプルを右のプライマーで挟んだら15番にはCAGプロモーターは無いから検出できない筈だよと言ってる。アクロシンプロモーターとCAGプロモーターの両方を含むプライマーで挟んだ時にのみ誤認があり得る。しかし、この場合左の18番に無いとされている結果もアクロシンプロモーターが無いだけという可能性があると言ってる。
そもそも、右はCAGプロモーターしか含んでいないプライマーなのは15番に誤認がないのでわかる。ではどうして左はアクロシンプロモーターを含むプライマーで探したのかね。分かってたんでしょ。アクロシンを3番に発見してもらいたかったけど15番と間違えたので遠藤様が登場したということでしょ。

放医研のお友達にはどういうゲノムウォークをしたから間違えたのだとちゃんとした説明をして欲しいね。無料だから間違えたのかね。この人はタカラバイオでは商売にならないから雇われないだろうな。こんな間違いしてたら、損害賠償請求されてしまう。小保方さんの弁護士は何をしてたのかね。それとも放医研の人は無関係だったのかな。


(学さんの誤解6)

ここ2回の記事で学さんは立ち直ったようです。もう彼らの相手はせずに、問題そのものを相手にするということのようです。直近の最後の記事に関しては私は完全同意です。そういう姿勢であっちを相手にしないと決めてくれたら私はそこに戻って質問してもいいですね。私は学さんの知識に関しては疑ってない。特にTCRについて教えられたことと、丹羽さんのGFPはクレだと私の勘違いを注意してくれた。忘れてませんよ。
時々刺激して無いと寝込んじゃうという意味では他の人がやってくれますよ。私なんか彼らが工作を続けていてくれているから何度でも繰り返し、若山さんが犯人だと繰り返せるわけです。彼らが続ける限り永遠に若山さんが犯人だと書き続ける。どうしてかというと彼らがいつまでも嘘の工作をし続けているからです。彼らが永遠に黙り込んじゃったらどうしますか。誰も何も言ってないのに、一人で若山さんが犯人だと同じ事を何度も繰り返さなくてはならなくなる。そうなると読者はそれはもう聞いたよと読まれなくなってしまう。雑談コーナーは今黙ってしまった。気づかれたか。はは。



(学さんが相手しなくていいように)

>>
一ヶ月前の質問です。まだ生きています。答えて頂戴。

１）　学とみ子説「T細胞はキメラに寄与できない」のだから、TCR再構成を使う実験の提案者（西川氏）やそれを受けた笹井氏等は免疫学・発生学・細胞学に無知な方だったの？
２）　FES1、FES2についてとは何を問題にしている？
３）　桂報告書のどこにES説では成り立たないことが書いてあるの？
４）　「科学的事実は、その時から、全く変化しました。」→ ５年経過してどんな科学的事実が変化したの？
５）　「これだけの事実が出てきて」→ ５年経過してどんな事実が出てきたの？
６）　「桂報告書に、若山研究室の見取り図を載せた人と同じレベルです。」→ どんなレベル？
７）　「遺伝子状態」て何？どのような状態のこと？
８）　「遺伝子が欠失すると多能性が発揮される」→ 具体的なそのような例を示して頂戴。核移植とiPSは遺伝子欠失ではないよ、そして実験的な多能性の発揮はこの２つしかないのでは？
９）　女王様とフィンガーボールのエピソードは笑い話だったの？
１０）　幹細胞作成時には細胞をソートしていないと思うのですが、ソートしているとはどういうことでしょ？


１）　学とみ子説「T細胞はキメラに寄与できない」のだから、TCR再構成を使う実験の提案者（西川氏）やそれを受けた笹井氏等は免疫学・発生学・細胞学に無知な方だったの？

学さんは論文どうりのSTAP細胞(小保方細胞ではない)があるという立場で考えておられるので、その推測の中でT細胞は選別されて生き残ってない筈だと考えたんです。白血球の他の細胞が生き残ったのではないかと。

２）　FES1、FES2についてとは何を問題にしている？

私も今問題にしていますが、私の場合は細胞が入れ替えられているという基本的視点からの問題意識です。言うまでもありませんが細胞の入れ替えが無いのなら犯人は小保方さんになります。特にGLSについては動きませんね。ntESG1G2は論文、ラベルと中身が違っている。細胞の入れ替えがあったことを示唆している。Ooboeさんたちの追っている問題です。学さんは若山さんが犯人だということを考えていないので、なかなかすべての情報要素を整合的に整理できないでいる段階だとみています。

３）　桂報告書のどこにES説では成り立たないことが書いてあるの？

そんなことは書いてない。既存ESだと言ってます。ただ、キメラの捏造を断定していない。それは私に言わせると政治的配慮なんですが、学さんは調査チーム内、或は理研内での対立を想像している、特に竹市さんは15番にGFPのあるマウスを調査中と報告している。理研には小保方さんを雇って問題を拡大した責任に関して各所に配慮があるという事情もある。そもそも大した問題でなかったものです。

４）　「科学的事実は、その時から、全く変化しました。」→ ５年経過してどんな科学的事実が変化したの？
５）　「これだけの事実が出てきて」→ ５年経過してどんな事実が出てきたの？

桂報告書記者会見の後に、より詳しいBCA報告がでて、ワトソン氏はそれを知らずに私と議論して、最後にブレンデルのピアノに関して喧嘩別れしましたが、あれはTs.Marker氏によるとDORAさんだったらしい。はは。その後再現検証実験についての丹羽さんの報告と相沢さんの報告がでた。米国でも再現実験の報告が出た。7月頃にはキンガ・ヴォイニーツの論文がでてティシュー論文が批判的に引用された。それといろんな人が既存の科学的事実から演繹した知見も増えてきているというような意味でしょう。

６）　「桂報告書に、若山研究室の見取り図を載せた人と同じレベルです。」→ どんなレベル？

アホでしょ。何も意味してない。

７）　「遺伝子状態」て何？どのような状態のこと？

これはこの言葉の使われた状態を知らないので分からない。

８）　「遺伝子が欠失すると多能性が発揮される」→ 具体的なそのような例を示して頂戴。核移植とiPSは遺伝子欠失ではないよ、そして実験的な多能性の発揮はこの２つしかないのでは？

2つ以外にミューズ細胞とムーさんの細胞があるかな。小保方細胞が何なのかは研究中ですね。今報告は止まってるが。ただ、「遺伝子が欠失すると多能性が発揮される」というのはどういう文脈の中で使われたのか、多能性獲得というのはリプログラムされることなので、欠失すると遺伝子情報が不完全になるという意味なので、遺伝子欠失と多能性発揮を結び付けた研究は誰もまだしてないのではないか。なにしろ、学さんはSTAP細胞有りの前提で考え続けられている過程での試行錯誤ではないでしょうかね。

９）　女王様とフィンガーボールのエピソードは笑い話だったの？

暗喩というのは何を裏に隠すかということなので、意図は本人でないと分からないし、分からないときに無理にわかる必要もない。何事かをあからさまにしたいときには比喩は使わない。

１０）　幹細胞作成時には細胞をソートしていないと思うのですが、ソートしているとはどういうことでしょ？

以前から気になってましたが、木星リストのFLBはソートされていると書かれているんです。まず事実を確認して後に、このソートは何かということになる。我々は無論ntESをキメラ胚に入れた後にそれを幹細胞としたわけですが、ここにはリシピエントのインナーセルマスが残るので、GFPでそれをソートしたと考えている。テラトーマの体細胞はソート前の幹細胞を若山さんが上から注射したからリシピエントのインナーセルマス由来のES細胞がテラトーマ化したとみている。これは2Nでも4Nでもソートされている。4Nでも胎生致死以前の段階なのでまだ死んでないと見られている。和モガさんも考察しているところです。

1. 2019/11/25(月) 09:40:06|
2. AC129
4. | コメント:11

(本題に戻る)

犯人は既に若山さんだと分かっている。アクロシン発見に至る経緯は白々しい小芝居だというのは理の当然ということになる。

①自分は「僕のマウス」を渡したのだという嘘が起点になる。証拠は何もない。実験ノートの記載すらないことになっている。
②FLSを作成している頃には小保方さんの後の論文記載によればGFPはB6側にのみ入っている認識で、それに対する共同著者である若山さんの否定も無い。
③4月にヴァカンティが米国特許仮申請をした。
④その後に当時結果の出たジャームライントランスミッション実験で、小保方さんに対して、GFPが半分にしか来なかったという情報を刷り込んだ。そもそもヘテロなら半分にしか来ないのが当たり前だが、ここであたかもホモで渡していたつもりだったんだというアリバイを作っている。実際には半分にしか来なかったのが事実なので、ヘテロだったということで、小保方さんはこの時にサンプルに+/-表示した。そもそもキメラ子以前にその親は全部オスだったのに実に白々しいことをしていると今となってはわかる。
⑤その後「僕のマウス」でES細胞を作って小保方さんに渡した。
⑥AC129の実験の話はその後の出来事である。

私の手法ははっきりしていて、若山さんが犯人であるから、何をしたかと推測していく作業です。若山さんが犯人であるのだからこうしたはずだと推測して、実際にその痕跡が無いかを確認していく。仮に私の出発点が間違っていたら必ず深刻な矛盾が出るということです。今のところ出てない。私としては難問にぶつかるたびにどうしてこんなにいつも考えた末には問いが解けてしまうのだろうかと驚く。逆の立場で考えていた初期には経験しなかったことですね。多分出発点が正しかったのだろうと推測している。
Ooboe さんは私が考え続けている意味を誤解されているかもしれませんね。若山さんが犯人だという確信は何も動いていません。私にとってはもう結論は出てしまっているんです。でも、だからと言って、彼の行ったことの全てがわかったわけではない。分かってないことの中で最大の難問がAC129なんです。これは基本三誌論文とは無関係で、TCR再構成検証、胎盤蛍光問題、ローザ、そして8月のGRASへの試料提出へと繋がっている問題で、小保方さんは後のレター論文に書いているようにAC129でキメラが作られたと聞いていること、そして公共データに登録されている諸細胞が基本F1であって、129ではないということとの間に大きな矛盾があって解明を待っている。だから考え続けているだけです。

L氏はこの分野の専門家らしいので私の専門知識の足りないところを補ってくれるのではないかと思って、Ooboeさんは議論してもらいたがっておられる。その議論を聞くことによってご自分の理解も進むと期待されている。
まず大間違いの認識を改めていただきたい。このSTAP問題をネットで扱っている人々に本物の専門家は一人も居ません。相沢さんは事件に関してあなた方とは話さないとおっしゃりませんでしたか。丹羽さんがこの件に関してあれから何か語られましたか。清成さんも何もおっしゃってませんね。私と例えば丹羽さんと議論をしたらOoboeさんはその議論を通してご自分の理解が進むと期待されている。丹羽さんでなくてもいい。本物の研究者とど素人代表の私が対話して、専門家の意見を聞き出してほしいと。大間違いなんです。
本物の専門家が私の質問に答えてくれるなんて思っていることが大間違いです。専門家が話せる位なら私が質問しなくても既に本が出てますよ。彼らは語らないと決めているんです。語っているのは有象無象です。Lさんもそうです。英国に何しに行ってるんですか。明治の学生は国家のために勉強した。ホームシックにかかって時々日本のブログに書き込んで寂しさを紛らわしているような暇なんてあったら勉強してますよ。
こういう状況で誰と対話しても得るものはありません。残念ですが、官僚制度の弊害が及んでいて、ラブオンザビーチというのは社会問題ですからね。STAP事件問題ではありません。ときどき羽蟻が飛んでるのをみかけるようになったら既に社会の基本構造に白アリがたかっていると見ないといけませんよね。

わたしは常時チェックしているんですよ。
>>
5558. 澪標
2019年11月12日 13:46
Lさん
　一言居士さんの「長い記事」とは、「AC129を巡る問題、1～8＜以下Ac129.Xと表記＞」だと思いますので、これを前提にコメントします。

　一言居士さんによるAC129.X論考は、学術的論考の規矩をはるかに逸脱したものと存じます。一例を挙げると

❶AC129.6ではSTAP様塊のキメラ実験においての、実験を実施した清成さんの意図的ともいえる沈黙
❷AC129.9ではChiP-seq lysateの存在有無を巡っての、伊藤さんによる意図的対処

それぞれの存在に言及していますが、その存在”立証法”は極めてレトリック（排中律の存立保証のない状況に置いての排中律の多用等)に満ちたものであり、プロパガンダとしか言いようがありません。

　プロパガンダであろうとなかろうと、一言居士さんご本人の主張（便所の落書き）に沿うもので限りにおいては、等閑に附せばよいことです。
　しかし第三者が別の場で、一言居士さんの所論について考察対象として、広く意見を求めるとなると別問題です。
　Lさんご自身が、一言居士さんの所論、立論方法、措辞の置き方について総括的評価を行って後にこそ、個別問題への言及・他者の意見の募集が可能と愚考いたします。
＜続く＞

5559. 澪標
2019年11月12日 13:50
　リゴリスティックにすぎるとお考えかもしれませんが、当ブログ、したらば掲示板、現在の自己ブログにおける一言居士さんの言説を振り返れば当然の帰結と存じます。
　くり返しになりますが、一言居士さんの言説でまず問題となるのは「主張の当否」ではありません。「主張がDue Processに則ったものであるか」です。
　敢えて申し上げます。興味の赴くままに話題を拾い上げ、言葉を発するのは幼児の伎と存じます。

　蛇足ですが、私の一言居士さんの発言への評価は
　和田家文書（東日流外三郡誌）についての古田武彦博士の論考と準同型の、”アプリオリに措定された結論＜博論記載のC.Vacanti留学時代の一連の実験は真実＞”から倒立的に構築されたポレミックなファンタジーです。
　＜博論記載のC.Vacanti留学時代の一連の実験は真実＞について、色々論考されていますが、正典(「あの日」＆「博論」＆「Tissue Engineering論文」）と外典（「小保方晴子日記」、「不服申立書」、「不服申し立て時の記者会見」、「STAP発表時の記者会見」、「STAP HOPE PAGE」）の間に存在する矛盾点には一切言及していません。


ここに書かれていることはすべて間違いでスピン記事に過ぎない。彼は正しくスピン屋としての仕事をしているんです。でもL氏に関して「敢えて申し上げます。興味の赴くままに話題を拾い上げ、言葉を発するのは幼児の伎と存じます。」という批判部分は単なるストレートボールです。私のL氏への評価は以前からこれです。若くて思考が浅い。多分語り合っていると彼の専門知識は私の参考になることはあるでしょうね。でもそれ以前に思考の深度が噛み合わないと思いますね。相手が何を考えているかに思い至らない。これは持って生まれた性格もあるんですよ。物を考える仕事に向いてないかもしれませんね。違う分野の方がいいかもしれない。
上の引用に対するLさんの理解は以下です。最後の部分ですね。澪標なる人物は私の論に対してスピンをかけているんですけど、Lさんが理解したようには言ってませんね。L氏はまず相手の思考を理解するという基本的な作業ができない性分です。これはスピン屋として意図的に誤解を作っているのではありません。


5580. L
2019年11月14日 04:45
5560. 体内時計さん

＞Lさんが仰る「意図」とはなんですか？

「意図」が何か不明と言ってますから、分からないという事です。モンキーさんのコメントにもありますが、使っていないRosa GFP knock-inを筆頭著者が自力で持ち出すとは考えにくいですよね。一言さんの記事を見て、誰かから、何らかの意図で、このマウスについてのインプットを得た筆頭著者が、このマウスを使ったと思い違いして書いてしまったと推測しましたが、モンキーさんの推測も有り得る話だと思いますよ。いずれにせよ、幾つも有り得る可能性のうちの一つでしかないですから。信頼できる情報が全然無いので、可能性を絞れませんから、疑問点としては残りますよね。

モンキーさんにしては珍しいと思うのですが、引用されたコメントにはたくさん推測が入っていて、簡単に納得はできないと思いますよ。ご自身の考えにフィットするコメントについては、推測であっても「納得」し、合わない推測について反論する、というのはバイアスですね。

一言さんのご意見は、澪標さんがおっしゃるように、彼の仮説に合うものをつなぎ合わせたもので、バイアスまみれですが、その中に一部でも真っ当な考察があれば、私は参考にしますよ（今回は読み込む暇がないですが）。体内さんのご意見についても同様で、モンキーさんの推測は、有り得るストーリーの一つだと思いますので、参考にさせて頂きます。（が、即納得するわけではありませんので、ご理解を）


「一言さんのご意見は、澪標さんがおっしゃるように、彼の仮説に合うものをつなぎ合わせたもので、バイアスまみれですが、」という理解が既に間違ってる。澪標氏は「当ブログ、したらば掲示板、現在の自己ブログにおける一言居士さんの言説を振り返れば当然の帰結」と書いている。そこから出発してわたしがデューを守ってないという具合にスピンを掛けていくんです。L氏ではスピン屋にもなれないでしょうね。

澪標なる人物は私の方法論が筋が通っているということを認めているんです。それが「当然の帰結」という言葉に現れてくる。私が「仮説に合うものをつなぎ合わせたもので」矛盾なく事件の結末を説明できているということに関して否定していない。私の方法論を否定するのなら、私の構築したストーリーに関して個別具体的な矛盾を指摘しないといけない。
逆に私は桂報告書のストーリーに関して個別具体的矛盾をたくさん指摘している。ここの「桂報告書疑義」に網羅している。
彼は私の諸論考の矛盾指摘ができないので、科学的方法論にまず法学的概念であるデューを捏造して、スピンの手法としている。指に唾をつけた瞬間ですね。論考はただ合理的で内部諸矛盾がなければそれでいいんです。科学の場合には物的実証が出来たらそれでいい。デュープロセスなんてありゃしない。
実証は素人側ではできないので、結局は理研チームの行った結果に関しては基本それをよりどころとするよりないんですね。ど素人は実験できないからね。専門家でも予算無しではできはしない。怪しい奴らだけど、科学者としての誇りくらいは持ってるだろうという仮定で信じるということですね。本当のことは隠すにしても提出しているデータが嘘ということでは自ら耐えられないであろうと。

まあ、彼らが例えば一つだけ。ntESG1のラベル記載と中身が違っていたということに関して何か合理的な説明ができたか、或は説明しようとしたかということを考えたらわかる。彼らが行わねばならないのは自分たちのストーリーである小保方さんのESコンタミという趣旨に対しての疑義に解を与えることです。で、相手の説を批判するときには言ってることが矛盾していると具体的に指摘すればいいんです。彼らはどちらもやってない。だから鉄さんにクソがと言われるんでしょうね。

(基本事実)
キメラは出来ている。

①論文通りにキメラができた。
②小保方さんが若山さんを騙して既存ESを渡したことによってキメラができた。
③若山さんが小保方細胞核を使ってntES化させたキメラをリクルートの都合で一時的に直接できたかのように語った。
④若山さんが誰も思いつかないような手法でキメラを作った。
⑤その他


Ooboe さんに申し上げておきますけど、①は無いんですよ。というのも再現実験してますよね。出来てない。論文発表するということは他人はともかくとして、論文の著者たちには簡単に再現できないといけないんです。条件が少しでも変わったらできないというのは、まだ解明途中なので、論文で公表されるべき段階ではありません。論文には何度でもキメラができたと書かれている。従って、いろんなことは考えられるにせよ、論文通りのSTAP細胞は無いという言辞は正しいんです。
①ならば論文通りにキメラは出来たのだが若山さんが参加しなかったから再現できなかったということ以外にありません。出来ている細胞を若山さんが隠したということです。若山さんが犯人だということですよね。なぜそんなことをしたのか考えないといけない。

②は桂報告書のストーリーです。矛盾指摘は嫌というほど行われていて、誰も解を発表してない。今パートナー氏だけが唯一行動されている。他は私も含めて話しているだけだ。

③これが私の説です。今のところ矛盾指摘はない。無論分かってない謎は多いので、ここが明らかになって結論が否定されるということはあり得ることでしょうね。でも今のところ何もわかってない。

④⑤はお手上げですね。


(私は何を考えているのか)

L氏は学生なのではなくて研究所か何かに勤務されているようてすね。
>>
5603. L
2019年11月17日 06:58
一言さんは、細かい解釈の積み重ねで論理展開するので、きちんと読まないと意見できないんです。あまりに長いので、最後のところだけ読んで、ちょっとおかしいなと思うところだけコメントしました（最後のところはそれまでの本文とは完全に独立しているように見えたので）が、まさか２番のところで噛みつかれるとは思いもしなかったです。とりあえず１番と３番がおかしい事をお伝えしたかったのが本心です。本文は今の仕事がひと段落ついたら、よく読んだ上でコメントする事にします。

モンキーさんのコメントに納得できないのは、あまりに笹井先生に失礼な推測だと思うからです。笹井先生がそんないい加減な形でメソッドを書くとは考え難いです。なので、筆頭著者が書いた（あるいは筆頭著者からのインプットで笹井先生が書いた）と私は推測します。この場合は、まず、筆頭著者に誰かからRosaマウスについてのインプットがある必要があると思いませんか？ だとすると、どのような意図でインプットがあったのか、疑問に思いませんか？　謎でしょ？

5604. L
2019年11月17日 07:37
あと、Oct4抜きのiPSの論文がちょっと話題になってますね。Oct4があるとリプログラミングの質が悪くなるとの事で、Oct4をマーカーにしたSTAPでは限界があったという事でしょう（仮に何らかの現象が筆頭著者のOct4-GFP陽性細胞に起きていたとしても）。

私の考察結果は一枚報告と一枚報告補記にある。ここは考察ではなく結論です。AC129を巡る問題は論考中ですから、分かりにくいのは当然で、本人が分からないから考えているわけです。ただ、考える前には必ず直感がある。それを述べておきましょう。


小保方さんのそもそもの論文の主旨はシンプルな主張です。細胞をもちゃもちゃ扱っていたらPCR検査でOct4発現する細胞をみつけ、それを培地誘導したら三胚葉に分化した。テラトーマはできなかったが、ヴァカンティ足場を使ったらテラトーマ様の分化があった。理研に来て、白血球を酸浴させたら、Oct4-GFPが大量に発現するようになり、PCRで確認したら、内在性Oct4遺伝子も発現していた。キメラを若山さんに作ってもらったらできなかった。だから米国に戻ってそのできなかった結果も含めて論文に纏めて発表しようとした。2011年11月のことです。

11次元氏はここまでの間に小保方さんが捏造していると言ってる。一番大きな要素は三胚葉分化させたことですね。ESを混ぜたんだよと言ってるのと同じです。
こんな論文はどこにでもあるでしょう。これが何かは今からの解明を待つ話ですよね。何か妙な発見があったよと言ってるだけだ。ここに小保方さんがES細胞をポトリと垂らして三胚様分化させて、発見だと騒いだのだと言ってる。面白い男ですね。
ヴァカンティ氏はこの時点(ティシュー論文発表時点)では特許申請していません。論文発表にとどまっている。小保方さんの博士号取得を待って自分のところで雇用し、この研究を続けさせてその成果を特許申請しようとしている。
ずっと後になって、笹井研で小保方さんはこの試験管内三胚葉分化実験を行って見せている。当然この時もES細胞を垂らしたということになりますね。ヴァカンティ研で見た仲間たち、東京女子医大で大和氏が見たもの、恐らくは若山研でも見せたはずの、そして笹井研では笹井さん自身が見たと言っている三胚葉分化実験はESだったのだということになる。これが11次元氏が主張していることですね。
11次元が指摘したティシュー論文の瑕疵はTCRのバンドの写真が捏造だというものです。この件に関してはヴァカンティ研から説明があって、手伝ってくれた仲間のミスだと小島氏が謝罪した。つまり、事実図の間違いはあったということです。
で、11次元氏はこれをどうするつもりなんでしょうね。ESコンタミだと言ったのは彼ですよ。この始末はどうなっているのか。
更に、再現実験で、これほど確実な検証チャンスがあったのに、三胚葉分化確認実験が行われたのか否かの理研発表が無い。これはキメラ作成なんかとは比較にならないくらい簡単に出来る検証です。私はやっていると思ってますよ。なぜならここで三胚葉分化しなかったら、小保方さんの捏造は確定するじゃないですか。事件は終わってしまいます。
ここで三胚葉分化した結果が出ていたらどうなるか。これってただティシュー論文、博論に捏造が無いということが証明されるだけだ。理研でのネイチャー論文が捏造であるか無いかとは無関係だ。しかし、11次元氏には落とし前をつけてもらわないといけませんよね。どれだけ騒ぎまくったか。この人が誰だったか、正体を暴くべきでしょうね。

三胚葉分化実験の結果に捏造がないのなら、早稲田大学は小保方さんの博士号を剥奪することはできません。理研で何があろうと関係ない。
でも、早稲田大学が博士号を剥奪した理由は小保方さんが自ら博士号を一旦返上して再試験を望んだので再試験の結果博士号を与えなかっただけです。ティシュー論文と博論に捏造が認められたということではありませんね。早稲田はそんな証明はしていないどころか、事前の調査で博士号剥奪は出来ないと結論しています。彼女は自分から返したので博士号を失ったんです。その時早稲田大学がどんな説得をしたのかは又別の事件ですね。再試験して再付与すると騙したんでしょ。何しろ草稿を提出した落ち度と、それを確認もしないで受け取った落ち度とをバターにしたということですよね。で、正しい本論文を出したけど今度は落第させたということです。私は詐欺に類した行為で大学は小保方さんの支払ってきた授業料は全額返還しないといけないんじゃないかと思いますね。

キメラはこの後にできたんです。

若山さんは別の実験を始めてのだというのが私の仮説で、その仮説で事件を追っていくと何もかもがうまく整合していく。その結果は一枚報告とその補記に書いた。でもまだ分かってない問題がある。キメラができたにとどまらない、幹細胞化研究の実態です。それを今、AC129を巡る問題として考えている。
若山さんが犯人なんです。犯人は何をしていたのかと考えているんです。一旦自分の仮説を造ったら安易に立場を崩してはいけない。ちょっと難問にぶつかったら反対側に振れるようでは、逆にそちらでも難問にぶつかって、あっちとこっちと行き来する。とことん自分が間違ってると納得できるまで仮説を変えてはいけない。

放医研なんかに頼まないで、タカラバイオに金を払ってちゃんと調べてもらったら内在性アクロシンと間違えたなんてど素人みたいなことは言わないでしょうよ。

批判するのであるならちゃんと私の思考計画に沿って批判助言してもらいたいね。私が何を追っているかが分からなければ批判もできないでしょう。遺伝子解析は高いお金を払えばちゃんとその道のプロがやってくれる仕組みがもうできている。機械そのものの値段が高いから減価償却費が高くなる。だから一件数十万という検査費用になる。でも数十万払ったらちゃんとやってくれるから商売として成り立っているんです。間違えて済む商売だと思ってるんですか。賠償問題になるよ。それくらい確度高くやれる技術があるんでしょ。放医研が何を間違えたって? その理由が理解できるから①の問題は解決済みだって? 無料だったからいい加減にやって間違えた挙句小保方さんの印象を悪くするのに役立てたって? 頭大丈夫か? 警察だったらわざと間違えたふりをしているのだという疑義から検討し始めるでしょうね。

手記を読んでないという時点で既にこの問題を論じる資格が無いんだよ。小保方さんが犯人なら、手記は犯人の書いた言い訳だ。警察は喜んで読むだろうね。書かれていることの裏を取ればいいだけだ。彼女が犯人であろうとなかろうと犯人だと疑われている人間が語っていることは事件のカギになる。光る精子で顕微授精してましたって書かれれば、ああ岡部マウスはいたんだよな。若山さんは常時維持繁殖させているんだよなと気づける。アクロシンが出たとなったら、まず自分の維持繁殖から疑うべきでしょ。どうして６年も前の太田ESが出て来るんだい。ほんとに「僕のマウス」を渡したのか。実験ノートに書かれてないじゃないか。何か証拠出せよということでしょうよ。遠藤氏が調べたらアクロシンだったって? 臭い芝居するなよ。

そういう風に疑っていくんだよ。そしてその自分の疑いが間違いだと証明されたら逆が証明されたことになるんだ。どちらから疑って行っても同じ結論に至れるのさ。情報がフルに出そろっていればね。ミッシングリングがあるときはいくつかのか可能性が残ることになる。僕は一つ示している。理研も一つ示したが内部矛盾を指摘されて否定された。L氏はどういう可能的解を示すのかな。そして僕の解に矛盾があるのならどう指摘するのかな。恐らく手記を読みもしないで何のストーリーも描けないと思うけどな。必要な情報で欠けているものがありすぎる。若山さんは彼女をリクルートしようとしたということを手記を読んでなければ知らないはずだ。裏返すとなぜ小保方さんが理研の客員で研究することになっていったのかを知らない。これだけでも既に致命的な知識不足がある。


(AC129に至る経緯)

1.ヴァカンティによる米国特許仮申請
2.ジャームライントランスミッション結果が「ホモを渡していたのにヘテロだった」という小保方さんへの刷り込み情報
3.「僕のマウス」ESの作製(129/B6)
4.胎盤蛍光STAPキメラの発見(129/B6)
5.CTSの作製、胎盤蛍光CTSキメラの作製(129/B6)
6.「僕のマウス」TSの作製(129/B6)
7.ネイチャー誌のリジェクトを受けてのTCR再構成確認実験
8.幹細胞に関して小保方さんに直接やらせなかった
9.幹細胞とキメラTCR結果が若山さんの予期した結果で無かった可能性
10.AC129の実験(129ローザ）、キメラ作成
11.B6/129による何らかの実験(ntESG1、G2 ?)、公開データ登録情報(B6/129)
12.GRAS提出試料(129/B6)の実験?
13.GRAS提出STAP細胞(lysate)が「僕のマウス」ESになるようにした犯罪行為
14.AC129の中身を「僕のマウス」ESに入れ替えた犯罪行為


この時期にハーヴァード側と特許でもめている。そして１０月の末に小保方さんがヴァカンティの許に帰ってしまう。その間に何が行われていたのか。この辺りの解明が求められている。


1.ヴァカンティによる米国特許仮申請

ヴァカンティはティシュー論文の成果では特許申請していない。キメラができたと聞いて、そして小保方さんが最初のネイチャー投稿論文を書いた時期に合わせて特許の仮申請をしている。無論小保方さんが筆頭著者でヴァカンティが責任著者、そして若山さんが共同著者に名を連ねていたでしょうね。私の仮説ではこのキメラは小保方細胞核使用ntESからのキメラですが、彼女とヴァカンティはそれを知らない。２月頃に若山さんは小保方さんを山梨大の助手で勧誘している。前年の勧誘を入れると２度目の勧誘です。人事秘の解けるここまで彼女を引き留めるための便宜的嘘だったのだと推定している。ここで彼女が行かないとはっきり返事しなかったのが事件の遠因と考えている。無論、行くという返事はできません。彼女はこの時の現在ヴァカンティ研の所属ポスドクで、給料をハーヴァードからもらっている。
恐らく彼女はまだ論文が書かれていないのでヴァカンティとの約束が果たされていないと答えたでしょうね。１０か月後結局彼女はヴァカンティ研に帰ろうとしたんです。つまり山梨に行くという明確な意思は無かったんです。それをずるずる引き延ばした結果になった。４月にネイチャー論文を提出した。約束は果たされた。でもリジェクトされた。ESコンタミだよ。なんて杜撰な研究室だとあっさり拒否された。
ヴァカンティ氏はこの論文をティシュー誌に掲載し、論文は出たのだから約束通り、小保方さんを解放してくれて、若山氏は望み通り小保方さんを山梨大に連れていける筈だった。
でも、ヴァカンティ氏はそうせずに米国特許仮申請して、小保方さんにはメジャー誌を目指しなさいと励ました。キメラができているのなら当然の判断ですね。

2.ジャームライントランスミッション結果が「ホモを渡していたのにヘテロだった」という小保方さんへの刷り込み情報

若山さんは小保方細胞核は何物かだと思っています。キメラを作って見せてやったのはただ単に翌年に助手勧誘するための時間稼ぎのいたずら理由だけではない。なぜならば、もしそうなのなら、彼女が断った時には、何かの実験ミスでキメラができたようだといえば終わる話です。他所の誰かに頼んで確認してもらってくださいとやんわり縁を切ればいいだけで、ヴァカンティに対してもそんなにむつかしい言い訳でない。
小保方さんは行くということは言えないが、逆に自分の意思で行かないということは言えたんです。でも１０か月後には帰ってしまったほど行かない可能性も自分の心の中に抱えたまま、行かないとは言わなかった。言ったら縁が切れて論文完成まで行けないかもしれないとは考えるでしょうね。
仮に彼女が桂報告書の主張するようにESコンタミさせた捏造犯人だったとしたら、捏造した結果は論文にならないとどういう意味でも評価になりませんから、論文までは書かないといけない。書いた結果は若山さんのところで研究を続けるのか、ヴァカンティのところで研究を続けるのか、いずれにしても再現はありませんよね。歴史的経緯としては理研に採用されて、特許申請し、自分は逆流性食道炎モデルマウスからSTAP現象を確認する実験計画書も提出しているが、出来はしませんね。どうせESだったんでしょ。そもそもGOFマウスを使ったテラトーマ実験で持ってる学生のntESを捏造に使わないということはありません。CAGのESを使ったら蛍光してしまう。こんな馬鹿な捏造なんてあり得ません。
若山さんが犯人です。若山さんは捏造なんてしていません。ただ、方便の嘘と、勘違いの実験をしていただけです。これだと人間性の自然からして理解可能なんですね。
若山さんはヴァカンティが特許申請した時万が一の時の言い訳として「僕のマウス」での実験だったという嘘の言い訳で逃げる計画を考えた。彼はそもそもヘテロマウスを使っていたので、大本のマウスがホモだということにしておけば実際がヘテロならESコンタミだったと言い逃れると考えたわけです。
でも、若山さんはすぐにそうしてヴァカンティをあきらめさせるという行動に出なかった。その原因が若山研で初めてOct4-GFPが大量に光るという現象が確認されたからです。キメラはできなかったが、若山さんはこれは何物かだと信じたんです。彼はntES化実験を本気で行っていて、まだ結果が出ていなかった。だからホモの話はすぐにはしなかったんです。

3.「僕のマウス」ESの作製(129/B6)

3と4の前後は不明ですが、「僕のマウス」ESは細胞リストには2012/4/19が樹立開始日と書かれている。しかし、若山さんの持ち出しリストでは2012/5/25となっている。報告書は出来上がったのが５月の半ばと書いているんですね。４/１９という具体的な日付は実験ノートに書かれているのだと思われる。ヴァカンティの特許仮申請は4/25です。事前に小保方さんから伝えられているでしょうね。彼はまずいことになったなと考えていたでしょう。ただ、論文は落ちるという自信があり、事実落ちた。これで終わりだと思っていたら、ヴァカンティは諦めなかった、当たり前ですね。若山さんがあれはESコンタミだったみたいと言わない限りはあきらめませんね。
或いはあれはntES化してみたんだと本当のことを言わない限りはヴァカンティは諦めない。でも後者は結果が出ていない。研究中だ。自分の研究なのだからヴァカンティに本当のことを言うつもりもない。若山さんは小保方さんをリクルートしたいという望みと、自分のntES化技術の応用としてのSTAP研究を山梨で行いたいという望みを同時達成したがっている。二兎を追っている。

4.胎盤蛍光STAPキメラの発見(129/B6)

若山さんはキメラの胎盤が光っていると思った。欲目かもしれない。小保方さんに胎盤をいくつか渡した。つまりこの時､2月初頭の実験とは別に新たにSTAP細胞を作らせてSTAPキメラを作ったことになるが、既に検討したように、このキメラはFLSから作られたキメラではないかと思っている。ただし、STAPキメラだと言って胎盤を渡しているのだから、17日程度前には赤ちゃんマウスを渡していることになる。実際には使ってない。FLSの4Nキメラの胎盤だと思われる。小保方核使用ntESの胎盤が光ったということである。小保方さんに免染させた。
今となってはこれは小保方細胞核が原因ではなく、ntESの性質かもしれないとも考えられる。若山さんは当時未知であったGFPの漏れ出し蛍光に騙されて、小保方細胞核を移植したと思っていたが、その確率はとても低くて、単なるCD45細胞の核を移植しただけである可能性の方がはるかに高い。

5.CTSの作製、胎盤蛍光CTSキメラの作製(129/B6)

手記によれば胎盤が光ったという話になったのは２０１２年の春です。ところが桃子本では時期は分からないとしている。情報源は理研若山研の中で、関係者と書いているので、若山さん本人か奥さんの可能性が高い。他のラボ仲間は何も言えない筈なので、まあ、奥さんだと思っていて間違いないでしょうね。
なぜ２０１２年の春だとちゃんと言わないのか。時期を明示して何が悪いのか。STAPキメラというのはSTAP細胞の維持培養が１週間程度しかできないので、この時のキメラと言ってしまうと小保方さんに渡した赤ちゃんマウスがいつのだと小保方さんに分かってしまう。
桃子本では胎盤が光っていると言い出したのは誰か分からないということになっていて、記者会見で若山さんも誰だったか忘れたと答えているが、手記では若山さんから光っているから免染確認してくれと渡されたことになっている。桃子本では小保方さんがみんなの前に胎盤を持ってきたところから始まっているが、胎盤を切り出したのは若山さんに決まっている。何も取材してないということがわかる。質問もせずに言われたままに情報を垂れ流しているだけだ。特ダネのためなので、生活のための犯罪ですね。こういうのを羽織ゴロツキという。ジャーナリストではない。
胎盤をいくつか受け取った後に４月には後のFI-SCの研究に入ったようだと書かれているので、時期が３月末か４月の始めと推定できる。2月の初頭からFLSの実験に入っている。１か月以上後のことなので必ず、FLSとは違う時期に赤ちゃんマウスを渡していることになる。
FI-SCはGOFマウスでは作られていないという証言になっているが、Oct4-GFP蛍光している写真が論文に添付されている。若山さんは作った記憶が無いと言っていて、作って無いと断言していない。作っていなかったら論文添付写真は捏造だということになる。誰が撮影したものかと問われなければならない。桂調査は何も報告していない。
どちらかが嘘をついているんです。犯人はどちらかで、小保方さんのESコンタミ捏造は無い。すると若山さんということになるんです。若山さんということになると、ではなぜという問題が生じる。このことについて考えているのはここだけで他にはない。今もない。みんなでだんまりを決めこんでいる。これが文科省の判断なんです。その板の裏を捲ると白アリが大量に出てくるからです。若山さんを守るためではない。はは。スパイが多いねえ。そろそろ摘発しないといけないんじゃないかな。国外追放だな。

6.「僕のマウス」TSの作製(129/B6)

FI-SCは笹井さんがとても関心を抱いた現象ですが、あくまでもSTAP細胞のデリヴァティヴズとしての関心で、事実は単にntESの性質であった可能性が高い。ntESに胎盤異常が多いという原因との絡みで発生している現象ではないかと今となっては推測される。これはこれで若山さんの研究としてはとても重要な課題になりそうですね。小保方さんの細胞が何であるかとともに、それぞれ別途研究課題となるものだったでしょうが、どちらも今やできなくなってしまったのではないかな。
小保方さんの細胞は論文通りに三胚葉分化しなかったらただの捏造論文です。私は最初小保方さん犯人仮定で追っていました。理研でのキメラが小保方さんの捏造だったら三胚様分化もESによる捏造に決まっていると直感しましたから、早稲田の調査結果を読んでからティシュー論文を求めましたが、ど素人では手に入らない雑誌で、小保方さんの指導をしていて共著者のカレン博士がそれを自分のブログに公表してくれたのでやっと読めるようになった。なんだかひどい英文だと思いましたし、共著者に二人も米国人が居るのに、英文添削もしてくれないのかと思いましたが、彼らは英文には興味が無くて、報告されている事実にしか関心がないんですね。
三胚様分化したという事実だけです。これがESだったら当たり前の現象です。小保方さんはヴァカンティ研で３人の仲間と小島博士とカレン・ウェスターマン博士の指導の下に、分化確認をした。これはずっと後に小島さんが一部神経細胞分化は確認しています。
理研は再現実験時に三胚様分化確認はしたと思いますよね。常識的に小保方さんを疑うのだったらまずこの実験でしょう。この実験が嘘だったらキメラ確認なんて不要なんです。小保方さんを犯人だと決定できるではありませんか。それですべては終わる。ところが彼らはキメラ実験を行った。つまり、三胚様分化はしたのでしょうよ。三胚葉分化確認実験は２週間から６週間でできる。お金も大してかかりません。
三胚様分化確認実験を行って分化しなかったのにキメラ実験をすることはありません。問題は三胚葉確認実験もしないのにいきなりキメラ実験したのかということです。あり得ないと思いますがね。
小保方さんは２０１１年１１月のキメラが出来る以前にメチル化確認実験を行っている。小保方さんの不正は二種類あって、キメラができているのだからこうであるべきだという実験事実の歪曲、もう一つがGFPが光っているのだからこうであるべきだという実験事実の歪曲で、メチル化実験はまだキメラは出来てない時点だということです。しかもこの時に若山さんの圧力があったことを桂報告は指摘している。
ここはOct4-GFPが光っているからメチル化解除されているはずだという強い思いがあって、それは若山さん自身にもあったんです。捏造しろなんて言うはずもないが、メチル化解除されているはずだぞということは言ってるはずです。このGFP蛍光が漏れ出しだなんて発想は誰にもありません。この時に、小保方さんがもちゃもちゃせずに、メチル化解除されてませんとダイレクトに報告したら、後に丹羽さんが確認した現象の発見に方向転換していたでしょう。小保方さんは自分の細胞がどんなに確率低くしか三胚葉分化しないかということを若山さん以上によく知っていたはずです。

ともあれ、ここで若山さんはこの蛍光細胞が何物かであることを強く信じた。そしてそれをntES化した。小保方さんがメチル化実験で不正をしなかったら、つまり、実験事実に忠実であったなら、若山さんはこの細胞をntES化してみようとは思わなかったかもしれない。それよりも、メチル化したままなのにどうしてOct4-GFPがこんなに光るのかという疑問に忠実な実験をしたでしょう。

舞い上がってるという感じがしますね。

7.ネイチャー誌のリジェクトを受けてのTCR再構成確認実験

2012年８月になると若山さんは理研の知財と、自分に５１%、小保方さんに39%、ヴァカンティと小島に５%ずつの、幹細胞株化の特許申請手続きを始めたと手記にある。GRASヘの細胞提出はこの特許申請のためのデータづくりです。後のレター論文のためではありません。笹井さんが参加するなんて話は８月には爪の先ほども無い。

この話は小保方さんが手記の中で勝手に言ってるだけですが、理研側からもヴァカンティ側からも否定されていない。ヴァカンティは小保方さんに直接「僕を騙したのかい」と問い、彼女は「５年間も捏造のために没頭しない」と答えていて、ヴァカンティは今も特許申請維持している。手記は米語に翻訳されていてヴァカンティも読むし、小島さんは日本人なんだから当然読んで、嘘があったらヴァカンティに言いますよ。それどころか、その後に三胚葉分化確認実験をしてネスチンを発見したのは小島さんで、小保方さんの話に嘘が無いことは確認していて、ヴァカンティも彼女を信用している。
尤もヴァカンティももうキメラが若山さんの工作だというとは知ってしまっていて、特許のクレームは最初申請しなかったティシュー論文の成果に狭められてしまっている。でも、ヴァカンティにとってはこの特許の戦いしか自分の無実を証明する手段が無いんですね。米国だったら警察が入って調査して裁判で決着します。日本では役所の中の自主調査と再発防止という法の立て付けなので、ヴァカンティは日本の曖昧な決着の結論によって、米国での常識的処分に自主的に応じている。つまり、長期休職している。とても困っているわけです。日本で裁判してくれたらどんなにうれしいでしょうね。しかたないから間接的に特許申請で自分の身の潔白を示すしかない。ただ特許は認められたらティシュー論文の真実は証明されますが、認められなかった場合は、論文の真偽とは別に新規性の問題がありますから、身の潔白に関しては灰色のままに残ってしまう。その時はヴァカンティ氏が若山さんを米国法で訴訟する可能性は残るでしょうね。

取り敢えず小保方日記では彼女はどこかの研究室に拾われて今静かにしていることになっていますが、特許の方が決着したらまだ事件は蒸し返される可能性を秘めている。国の機関であるような仄めかしですが、研究そのものがどうなっているでしょうね。三胚葉分化したという事実は重いものですが、この細胞が新規の多能性細胞であるかどうかは別問題です。
日記は2016/10/10で終わった。３年経過しています。ヴァカンティの申請はまだ続いている。

他方、私の仮説である小保方細胞核使用ntES実験はどうなったのか。胎盤蛍光はヴァカンティと小保方さんの細胞とは無関係で、単に若山さんのntESキメラの胎盤蛍光であった可能性が高いのでした。ここに笹井さんがさまざまな検証を残してくれた。これがレター論文なんですよね。でも、今はまだその検討まではいかない。まだ笹井さんは参加していない。小保方さんの論文が最初のネイチャー提出でリジェクトされて、西川さんがTCR再構成の確認をしてみろとアドヴァイズしたところです。

この時、小保方さんはまず蛍光してない細胞と蛍光している細胞でTCR再構成確認した。順番として当然です。どちらも同じCD45陽性細胞だ。ではSTAP幹細胞はどうか。この実験を若山さんは小保方さんにやらせなかった。


8.幹細胞に関して小保方さんに直接やらせなかった

TCR再構成確認実験はネイチャーがリジェクトして、次のセル誌から記載されて、このことが書かれている。どういう書かれ方かは論文が無いので分からないが、最後のサイエンスの査読文は公表されていて、ここに、キメラのTCR結果に関してコメントされている。疑われている。
>>
The DNA analysis of the chimeric mice is the only piece of data that does not fit with the contamination theory. But the DNA fragments in the chimeras don’t look the same as those in the lymphocytes. This assay is not properly explained. If it is just an agarose gel then the small bands could be anything. Moreover this figure has been reconstructed. It is normal practice to insert thin white lines between lanes taken from different gels (lanes 3 and 6 are spliced in). Also I find the leading edge of the GL band suspiciously sharp in #2-#5.

ここでつけられていた図が何かは分かりません。後のネイチャー再投稿時には幹細胞とキメラの結果は丹羽さんがはずさせていますからありません。ここで白線を入れる話をしているのがアーティクルの図表とは限らないばかりか違う構成になっている図でしょう。

我々の仮説では若山さんは小保方さんの論文は通ってもらっては困るんです。キメラは別の実験のものだ。高名な雑誌にアクセプトされて知れ渡ると自分のやったことが捏造になってしまう。だから落ちてもらわないといけない。でも論文は書かせないとヴァカンティが小保方さんを手放さない。小保方さんを山梨大に連れてきて、ちゃんと本当のことを言ってから幹細胞化実験を共同研究したいんです。人には自分が何をやっているのかは教えたくない。
彼女が山梨に来ると言ってくれたら、初めてヴァカンティにはESのコンタミ事故があったようだと説明したらいい。あきらめてくれるだろう。
彼女が来ると言わなかったらどうなるのか。そのときもどうも後で調べたらESコンタミだったみたいだから、キメラができたことは間違いだったとして自分たちで研究してくれたらいいよといえばいい。

それがよりによって理研で採用してしまうなんて。オホホポエムは身勝手な本音を語っている。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」


9.幹細胞とキメラTCR結果が若山さんの予期した結果で無かった可能性

でも、８月までの時点ではすべてが流動的ですね

①若山さんはまだ自分の研究すべてが終わっていない。
②TCR再構成確認結果はntESとしても予期しない結果ではないのか。
③小保方さんは8/21のサイエンス通知をもって３誌ともにリジェクトされた。でもまだ山梨に来ると言ってない。
④彼女が8月にGRAS提出した試料は若山さんの幹細胞化実験に絡むもので、自分の研究分ではない。
⑤手記では１０月頃にラボ仲間も早く返事しないと言っている。若山さんはまだ誘い続けている。何しろ半年後には理研研究室は引き払って山梨で活動する。助手も早く決めないといけないのに彼女はまだ返事してない。
⑥11月10日頃に彼女はヴァカンティの許に帰った。


彼は４月初頭に胎盤が光ったのに小保方さんに免染を頼んだまま結果も聞かずにTS培地誘導実験を進めた。そしてCTSを作って、キメラ実験までしている。小保方さんにテラトーマ実験もさせている。
小保方さんは手記ではSTAP細胞由来キメラ胎盤をわたされているのだが、ここで「スフェアからのキメラマウスの胎盤だというものをいくつか渡され」という書き方をしている。酸浴細胞は長く培養維持できないので直前に作らされていたらそれと分かるが、ずっと以前のものだと凍結でもしておかないといけない。通常は帝王切開したての生ものである。小保方さんは事前に渡された赤ちゃんマウスの記憶が無かったのではないか。このことはなぜ2011/11/28のものとされるキメラ写真を免染時のキメラ写真としたのかと関係しているかもしれない。報告書はどうしてこれを調査しないのかな。両方に聞けばわかることだ。若山さんにでは渡した胎盤は何時のだと問えばいい。その時のキメラ写真は撮ったのか、渡したマウスの背景はと。どうして確認しないのか。どうして桃子に時期を言わなかったのかの理由とも連動している。
我々は小保方核使用ntESだと考えている。しかし、ここで仮に太田ESだったとして、胎盤が光るのは全部嘘だと。若山さんが騙されたのだと。しかし、騙された結果、太田ESをTS培地誘導したらCTSができて、そこからキメラとテラトーマもできた。胎児と胎盤のつなげたままのものもある。木星リストにある。
これらはすべて太田ESキメラだったのだと。胎盤は光ってないのだと。桂報告の推理はそういうことになる。

太田ESはTS培地で維持できるんだな。

以下のプロトコルは若山さんが教えたもののはずだ。
>>
FI stem cell conversion culture
1. STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium (Tanaka et al, Science, 1998) on MEF feeder cells in 96-well plates (Obokata, Nature, 2014b).
IMPORTANT
(i) TS medium consists of RPMI 1640 with 20% FBS, 1 mM Sodium Pyruvate, 100 µM 2-mercaptoethanol, 2 mM L-glutamine, 25 ng/ml of recombinant FGF4, and 1 µg/ml of heparin.
(ii) Different lots of FBS may results in significant differences in the behavior of cultured cells.
2. In most cases (40 of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates. In a minority of cases (10 of 50 experiments), no colony growth was observed and/or only fibroblast-like cells appeared.
IMPORTANT
(i) The cells in proliferative colonies also appear similar to fibroblasts, but gradually change morphology, coming to resemble epithelial cells.
3. The cells were subjected to the first passage during days 7–10 using a conventional trypsin method. Subsequent passages were performed at a split ratio of 1:4 every third day before they reached subconfluency.
IMPORTANT
The cells must not be dissociated completely. Partial dissociation is optimal to maintain viability and self-renewal, as seen in the case of embryo-derived trophoblast stem cells.


丹羽さんはこの培地はTSに適合的な培地だと書いている。むろん、小保方さんの細胞では樹立できない。桂報告書は太田FES1からなら樹立できると言ってることになるので、どうして樹立確認しなかったのか不思議ですね。簡単だよね。FES1は太田さんのところにあるし、培地はプロトコルに書かれている。残されたFES1ではだめだよね。FLSに中身が入れ替えられている。
FES1、2は受精卵ESだということになってますからね。胎盤は光らないよね。木星リスト-３０度フリーザーの14～17番にFI-SCキメラの胎盤羊膜胎児の切片スライドがあるぜ。どうして調べないの?

このFI-SCに関して笹井さんが後にとんでもない検証実験を行ったことになってしまった。JAK阻害剤とBFPを使っていろいろと調べた。ただ、それはこの１年後の話で、この８月のAC129の実験の裏に有りそうな実験の真の目的が何か。2012/8/12に培養開始されている。FI-SCの実験は６,７月の実験ですね。その後にAC129の実験を行った。
サイエンスリジェクト通知は2012/8/21です。


(L氏コメントチェック)

わたしは常時チェックしているんですよ。

5627. L
2019年11月24日 03:34
割り込みすいません。大筋同意しますが、多少言い過ぎな気もするので。

＞Oct4発現までは進んだ研究者もいましたが、調べたところ自家蛍光であると判明し、結果的にそこに参加していたすべての実験で再現できずでした。検証実験でも同様の結果、見解でした。

GFPレポーターでOct4プロモーター活性を検出できたのは、検証実験の筆頭著者だけです。他は、丹羽先生やデイリーを含め、いずれも自家蛍光との結論でした。 Oct4-GFPの再現は世界各国で不可能だったわけですが、検証実験は厳密に管理されており 、FACSを担当したのは筆頭著者ではないので、再現不能でも不正とは言えない事はご理解頂けると思います。世界のトップラボで再現できないからといって、そのような現象（酸浴でOct4-GFPが光る）が存在しないとは断定できない一つの事例であり、再現性だけで評価する事の危険性を感じます。

再現しなかった理由として、筆頭著者が何らかの技術を持ち合わせていた可能性がありますが、ご本人がそれを自覚していないか、きちんと詰めきれていなかったため、ブラックボックスになってますね。ちょっと不幸な事です。

もう一つの可能性として挙げられるのは、 使われたマウスの問題です。デイリーのラボのマウスは、Oct4プロモーターに改変が入っており、ナイーブ型ES細胞レベルまで初期化されないと光らないようになっています。プライム型ES細胞レベルの不十分な初期化でも光る理研のマウスとは異なっており、再現性を論じる上では問題と思われます。学さんの言い分にも一理あると思います。

5628. L
2019年11月24日 03:38
＞検証実験や追試の結果から、彼女にはOct4を発現する細胞隗までは作れていたのでしょう。しかしその先の多能性確認で思ったような結果が出なかったので捏造、改ざんしてデータをそろえたと思われます。

キメラのデータがあったので、 「Oct4を発現する細胞隗までは作れていた上に、キメラまで作成されたため、多能性があるとの前提に立ったサポートデータを集める必要があり、その要請に応えるために不正でデータをそろえた。」くらいまでしか言えません。それでも不正は不正ですけどね。ES混入ルートが不明という制約下では、これ以上言えないですよね。

＞小保方さんが不正をしないで誠実に真正のデータを残し、自家蛍光であると見極められていたら

適切なネガコンを設定して、自家蛍光をきちんと識別できる実験系を組んでいれば、不正の有無に関わらず、きちんと見極める事ができたと思います。この責任（実験系の不備）を、筆頭著者一人に負わすのか、チームで負うのか、という事です。

筆頭著者が不正をしないで誠実に真正なデータを残した場合でも、自家蛍光の誤認がそのままだと、Oct4-GFP偽陽性に基づいてキメラの実験に進んだと思われます。そこでES混入がおきれば、チーム全体で「行ける」という思い込みで突き進んでしまう可能性が高いと思います。Oct4-GFPのところでプロジェクトを止めるのに必要だったのは、真正なデータではなく、それが自家蛍光である事を判定できる実験系だったという事です。


①デイリーのラボのマウスは、Oct4プロモーターに改変が入っており、ナイーブ型ES細胞レベルまで初期化されないと光らないようになっています。

丹羽さんの使ったGOFも改変型だったのかな。
どういう仕組みでESレベルまでプロモーターが働いていることを認知する仕組みになってるのか解説を乞う。

丹羽さんのGFP漏れ出し現象に関して解説願いたい。自家蛍光との関係の説明。

因みに、小保方さんの細胞は丹羽実験でもOct4タンパク発現は確認されている。また、その細胞のトレースもローザGFPで確認されている。


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丹羽さんの写真をつけようとして書き込み禁止になってしまって元のブログを破棄しました。Ooboeさんのコメントをここ本文に移しておきます。


コメント

分身さん達、お久しぶりです

Lさんとのお願いについての思い残念だけど了解です。
もう少ししたら、パートナーは
差し支えない範囲で
楠本さんに検察申告の件資料を順次UPしてもらう準備をしているところです。
2019/11/14(木) 21:22:28 | URL | #- [ 編集 ]

1. 2019/11/25(月) 09:25:13|
2. AC129
4. | コメント:0