一言居士の独言

一言居士さん

あなたは、ここ数年分身HNさん達に自問自答形式でマラソン考察を
なさって来られました。私達にとっては様々にヒントを頂き
感謝しています。
しかしながら、私達さえ、その詳細考察にはとても、ついて行けない
テンポでした、一言居士さんにとっては自明の事案も
私達には、解らないままの展開がしばしばでした、ですので、なおさら、こちらの方々は最近一言居士さん説を知ったばかりですから、理解するのは大変なんです。皆様との、そのギャップをご理解くださいませね。

2019/4/26(金) 午後 2:57[ Ooboe ]返信する




>>Ooboe さん
livedoor Blog のの<アベノミクスの切り札は消費税0パーセント>のコメント欄に43コメある中の38～40に要旨書いてますよ。
*ttp://mitridaterediponto.livedoor.blog/
以上連絡です。

2019/4/27(土) 午前 6:48[ 一言居士 ]返信する

[mさん1]操作間違えたので再送です。
mさん、お久しぶりです。"一研究者ブログ"と"したらば"以来ですね。あなたもアンチのフォロワーがどっとついてくるお方でしたね。Ooboeさんには無理そうです。パートナー氏がブログ開設されるようですからそちらに伺って意見交換することにいたしましょう。
手法としてはurlを暗号化してもらって知らせてもらえばいいわけです。urlという文字はアルファベット26文字の並びを一つ横にずらすとwsmになりますね。一つずらす、或いは二つずらすと指定する。もしくは最初の文字は2つ、二番目は1つ、三番目は3つと決めてそれを繰り返すと指定する。第三者にはほとんど解読不能になると思います。連絡を指定する場所は学さんブログのようにこの件に関して皆が見ている場所ではいけませんね。例えばうち捨てられている例のしたらばの何かつまんないスレッドを利用するとか、5ちゃんのどこかを利用指定するとかしないといけませんね。

2019/4/27(土) 午前 8:06[ 一言居士 ]返信する

[mさん2]
でもこの方法でなにより一番難しいのはmさんがジムさんに対して自分自身が本当にmであるということを証明することでしょうね。妨害者がmさんになりすまして私の居場所を聞き出すこともできますからね。私は今ジムさんと何もこのことに関して話していませんが、私も自分のブログを開設するかもしれませんので、人に借りているこの場所にこだわってはいませんからバレても構いませんね。遊びであなたやってごらんになりますか。
自分が自分であるということを文章だけで証明するのは結構大変ですよ。妨害者はあなたの文章をコピペ使用してきますからね。Ooboeさんと私の間では付き合いが長いので新たな組合わせでの絵文字の使い方の斬新さとか、互いに知っているが他者は知らないであろう情報を入れるとかいう手法で識別可能ですが、そんなにいままでのやり取りのない相手に自分であることを証明するのはかなり困難です。あなたが、工夫してジムさんにあなたがmであることを確信させることが出来たら、私が今いる場所でお会いしましょう。あなたの場合見知らぬ相手に自分がmであると証明するのは簡単だと思います。あなたは自分のブログをお持ちだ

2019/4/27(土) 午前 8:06[ 一言居士 ]返信する

[mさん3]
ところで妨害者たちがどういう人種であるかに関しては
①文科省配下のスピン屋さんたち
②出版界の利害関係者配下のスピン屋さんたち
③ただ単に愚かな人たち
私は②が一番多いと思ってますがいかがでしょうね。以上、連絡でした。

2019/4/27(土) 午前 8:07[ 一言居士 ]返信する




[学さん説1]
1.若山氏は”キメラを作った”(キメラは論文通りの本物?)
2.実験妨害(第三者既存ESコンタミ説? キメラは第三者原因の偽物?)
3.実験ミスを疑う(既存ESコンタミ? キメラはミス原因?)
4.レターの実験は、ＥＳ，ＴＳ様の移行の遺伝子発現をする細胞が実際に"あった派”(既存ESを培地誘導した? 論文通りのSTAPからの培地誘導?)
5.STAPライバル派が情報操作をし(東北大ミューズ細胞利権団体グループ、京都大iPS細胞利権団体グループ?)
6.権力組織が後押した(安倍政権? 文科省単独?)
7.STAPを偽物にするために、理研上層部が攻撃され、そこににお金が流れた(安倍政権の官房機密費? 文科省単独で傘下独法の裏金プール金?)
8.情報操作の一環。私の魚拓騒ぎはそうした情報操作プロの仕事。STAP情報操作のためにお金が動いた。(安倍政権? 文科省単独? ため息グループは"③ただ単に愚かな人たち"であるところの"人脈維持を目的とする知人系学者層"ではない?)

[学さん説2]
もう少し詳しくお願いします。もはや私はここで自説は述べません。以上です。


[学説理解1]
1.若山氏は”キメラを作った”(キメラは論文通りの本物?)
2.実験妨害(第三者既存ESコンタミ説? キメラは第三者原因の偽物?)
3.実験ミスを疑う(既存ESコンタミ? キメラはミス原因?)
4.レターの実験は、ＥＳ，ＴＳ様の移行の遺伝子発現をする細胞が実際に"あった派”(既存ESを培地誘導した? 論文通りのSTAPからの培地誘導?)
5.STAPライバル派が情報操作をし(東北大ミューズ細胞利権団体グループ、京都大iPS細胞利権団体グループ?)
6.権力組織が後押した(安倍政権と 文科省の対立?)
7.STAPを偽物にするために、理研上層部が攻撃され、そこににお金が流れた(安倍政権の官房機密費? 文科省単独で傘下独法の裏金プール金?)
8.情報操作の一環。私の魚拓騒ぎはそうした情報操作プロの仕事。STAP情報操作のためにお金が動いた。(安倍政権? 文科省単独? ため息グループは"③ただ単に愚かな人たち"であるところの"人脈維持を目的とする知人系学者層"ではない?)

{学説理解2]
①研究ミスがあった可能性がある。(小保方さん、若山さん、ラボ仲間)
②研究の妨害があった可能性がある。(本人たちの研究の妨害で、妨害なら内部の人間なのでラボ仲間)
③-1.研究ミスを隠したい人たちが研究現場にいる（小保方さんは論文を取り下げようとはしていませんから若山さんとラボ仲間）
③-2.研究妨害を隠したい人たちが研究現場にいる(ラボ仲間)
④-1.高額な遺伝子解析をいくらしたって何もわからない。③-1の場合（若山さん、放医研、東北大、東大、桂解析チーム）
④-2.高額な遺伝子解析をいくらしたって何もわからない。③-2の場合(ラボ仲間のバックに組織がある。桂解析チーム、文科省、安倍官邸、東北大ミューズ細胞利権団体グループ、京都大iPS細胞利権団体グループ?)
⑤安部政権と官僚たちの間の確執の疑い。(ヒエラルヒー:官邸→文科省→理研→ＣＤＢ、ここのすべての組織が論文発表を喜んだ?)
以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:53:03|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[愉快たること1](連番送りそこなったので再送です)
>>学さん
>彼らの悪意と無知を記録に残しておこうと思いますよ。

したらばをご覧になったらいいです。今でも残ってますから。
*ttps://jbbs.shitaraba.net/study/12348/
*ttps://jbbs.shitaraba.net/study/12377/#1

[愉快たること2]
>ＳＴＡＰ擁護を自己満足でやっていても、意味がありません。

どうせ最後には仏さんかイエスさんか、なんだか知らない神の身元に行くんですから、いずれ死ぬのにやってる遊びに意味なんて私は求めてません。生まれてきたからには自己満足の達成感ですね。若い人たちは世のため人のために仕事してたらそれでいいいんです。こんな無罪放免されている年金生活者の集いになんか来るなよと思ってます。

[愉快たること3]
>便所の落書きなんて、お疲れの清掃員に迷惑をかけるだけですからね。

したらば掲示板をご覧になって誰かに迷惑かけてると思われますか。あそこはそもそも誰もいない掲示板だったんですよ。
　　　役人の子はにぎにぎをよく覚え
　　　役人の骨っぽいのは猪牙（ちょき）に乗せ
江戸川柳というのは便所の落書きですね。江戸幕府が当時の清掃員を雇ってゴシゴシやらせたんですが消せなかったから今に残ってます。無論書いた人は誰かわかりません。分かったら田沼意次に殺されていたでしょう。もっとも殺されなくてもどうせ寿命で死んでるんですけどね。落書きだけは生き残って今でも大手を振って通用している。僕はこういうのがとても愉快なんです。ではまた。



[希望1]
静かですね。スピン屋さんたちはこういう時、別の話題に逃げますが、皆さん黙りこんじゃいましたね。私の仮説を否定できないから黙り込んでおられるが、無論同意もされていない。別の仮説があり得るとお考えです。弥生式土器の破片は私の復元形以外にも作成可能だと。
私は自分で自分の仮説の重要な部分に間違いを見つけました。桂報告のGLSの検証に関する問題です。私は若山さんが小保方さんのGOF-ESのチューブの中身をGLS1に入れ替えたと考えて、だから犯人はこの入れ替え行為に関してだけでも若山さんなのだと指摘した。でもそれは間違いです。

[希望2]
まず事実関係です。学生のGOF-ESに関しては木星リストの102番を2014/8/1に、GLS1に関しては122番を2014/10/21に松崎氏が解析比較して同一であると証明している。このとき28番のGLS1は使われていない。これは丹羽さんが2014/4/22に核型解析で持ち出していて松崎氏の持ち出し記録はない。桂報告の内容は以下です。
①GOFマウス****X染色体異常なし***8番染色体異常なし***キメラ作成可
②GOF-ES******X染色体異常あり***8番染色体異常なし***キメラ作成不可
③GLS1********X染色体異常あり***8番染色体異常あり***キメラ作成不可

[希望3]
桂報告は②と③を特にX染色体異常ありの点で同一だとして、③の8番染色体異常はGLS樹立後に入ったとしているんですね。ところがこの両方の異常はキメラ作成を不可能にします。しかし、Extended Data Figure 7-bのGOF由来キメラはできてますね。小保方さんはこの時に若山さんに②を渡したことになるんでしょ。でもキメラはできてる。矛盾です。
そして私の若山さんの手による中身の入れ替え説も否定されていますね。若山さんが②の中身を③に入れ替えていたのなら8番染色体のトリソミー異常は②にもあるはずですね。彼はGLSに関しては入れ替えはしていない。あるがままなんですね。

[希望4]
小保方さんによる学生のGOF-ES使用の捏造はExtended Data Figure 7-bのGOF由来キメラの存在によって否定されたと同時に、若山さんのGLSを使った中身入れ替えも否定された。そしてキメラは出来ている。本物である可能性は否定されていませんね。無論若山さんの作ったntESであった可能性も否定されていませんけどね。どうでしょう。以上です。



Ooboe さん、私は昨日からここはREAD ONLYと決めています。DORAさんのところも今のチェックをやってもらったら引き揚げます。ジムさんのところに<ペーパー1枚の報告>の原稿を送って終了です。私のいる場所はジムさんが知っています。私のいる場所でなら何か御批判がありましたら真摯に応答いたします。でもその場所はジムさんのコメント欄に連絡して、あなたの指定した場所に、あなたの指定したHNで、しかも暗号コード表を作成して、ジムさんに返事を暗号文に直してもらってから送信してもらわなければなりません。なにしろあなたが来るとアンチがどっと追ってくるものですから。ふふふ。お待ちしてまぁぁぁす。以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:50:36|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[学さんへのお答え1]
>>学さん
>核移植して一旦ＥＳ化した細胞は、ＥＳ細胞でしょう？

受精卵ESは自然のインナーセルマスから取り出した一次人工幹細胞です。ntESは体細胞核をリシピエント卵でリプログラムした時点で一次人工幹細胞で、その発生途中のインナーセルマスを取り出した時点で二次人工幹細胞ということになり、更にキメラ胚に入れて発生途中のインナーセルマスから取り出した三次人工幹細胞です。同じだと考えるのは危険でしょうね。それが胎盤の問題に発展したと思います。

[学さんへのお答え2]
>核移植技術を黙ってやったら、すぐ、ねつ造論文になってしまいます。

あなたが諸般の事情を配慮されてアップされなかった私のコメントに答えは書かれていますよね。私はさういうご疑問に先回りしてお答えしている。論文が通らなかったら捏造論文にはなりません。なぜこうなったかの経緯はアップされなかったところを再読されてください。以上です。



>>学さん
了解です。スピン屋さんは相手にしないのが一番ですけどね。
学さんはジムさんのブログは一度ここでご自身が紹介されているのでご存じのはずですけど。
http://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28651565.html
私は今ここに原稿を送っていません。今、学さんのところで考察していることが最後の考察になると思っていて、あなたの批判を全部説明し終えて、あなたにご納得いただいたら、ひとつの成立し得る仮説としての持論を纏めてジムさんのところに送る予定なんです。755の2019/3/19の投稿で中断されています。後の論考はここの学さんのブログにしかないんです。ジムさんは御承知です。以上です。


[培地の違い1]
>>学さん
前回の続きです、まず以下はレター論文の最後の二つの文章です。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture.

[培地の違い2]
(続き)
Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.

[培地の違い3]
Extended Data Figure 5-a,bの培地はES細胞なんですからES培地ですね。ではc,dの培地はなんでしょうか。Fgf4誘導細胞の作り方はFigure 2にあります。STAP細胞をFGF4培地に入れる。すると最初Oct4-GFPの蛍光していたものが7日目辺りで消える。そして第一回目の継代をon feeder条件で行った時点でうっすらととまたOct4-GFPが蛍光する。この状態の免染とqPCR結果がc,d,e です。Oct4が少し、Cdx2とEomesがたくさんという結果です。

[培地の違い4]
それに対して、Extended Data Figure 5-c,dの培地は何なのか。リジェンドには以下のようにある。
>>
a–f, JAK inhibitor treatment assay for Fgf4-induced stem cells. Fgf4-induced stem cells were cultured under feeder-free conditions and treated with 0.6 μM JAK inhibitor for 48 h. JAK inhibitor treatment assay eliminated ES cells (Oct4-GFP+) from the culture (a, b).

[培地の違い5]
(続き)
The level of Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem cells, which was moderate, was maintained even after JAK inhibitor treatment (c, d; three independent experiments). Scale bar, 100 μm.

[培地の違い6]
条件がfeeder-freeになってますが、培地が何かは書かれていない。しかし、Figres 2の作り方なら常識的にはFGF4培地だとしておきましょう。ここにJAKiを入れた。そもそも論文上はSTAP細胞はインナーセルマス由来ではありませんから、そこから誘導されたとされるFI-SCが元論文の通りになるかどうかも分かりませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていた。これが仮に我々の仮説であるntESだったとしても受精卵ES細胞で行われた元論文の結果と同じになるとは限りませんが、結果的にはならなかった。つまり蛍光し続けていたわけです。

[培地の違い7]
ではe,fの培地は何なんでしょうかね。リジェンドは以下です。
>>
e, f, For an additional control, Fgf4-induced stem cells were plated in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4 together with Oct4-GFP ES cells that constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells).

[培地の違い8]
（続き)
Whereas BFP-expressing colonies (ES-cell-derived) still expressed Oct4-GFP in trophoblast stem-cell culture medium after 2 days (e), no Oct4-GFP+ colonies from BFP-expressing ES cells were observed in the JAK-inhibitor-treated culture (f).

[培地の違い9]
ここではTS培地だとはっきり書いてありますね。Fgf4が入っている。c,dが本当にTS培地なら同じです。この場合常識的にはeの中段は光ってないといけない。何度も書いている通りです。でも、c,dはfeeder-freeとは書いてあるがTS培地であるとはっきりとは書かれていませんでしたね。仮にこれがa,b,c,dともにfeeder-freeのES培地だったらどうなるのか。
a,bはそもそもコントロールのES細胞なんですからともかくとして、この場合この細胞はFigure 3で説明されているES-likeに転換されたFI-SCだということになる。これだととても大量のESマーカーを発現して、TSマーカーの発現が少なくなる。このことはFigure 3-bで証明されている。

[培地の違い10]
FI-SCはTS培地の中ではES特異的マーカーであるOct4を発現していないか、もしくはとても微弱という意味です。光ってなくていい。それに対してES細胞はFgf4の入ったTS培地の中でどれだけ生き続けられるのかは知りませんが、取りあえずはOct4-GFPを発現している。しかし、JAKiを入れると分化してしまうのでOct4-GFP発現を失う。BFPの方はCAGですから分化し始めても蛍光しているということですね。これで実験結果に不合理は無いということです。

[培地の違い11]
Extended Data Figure 5-cのFI-SCのOct4-GFPが蛍光しているのに、5-eのOct4-GFPが蛍光していないのは、前者の培地がES培地であり、後者の培地がTS培地だからだということです。前者は査読者の求めに応じて、まずES-like転換後のFI-SCにJAKiを添加してES細胞でないことを示したもの。後者は、TS培地の中でTS-like転換されているFI-SCのOct4-GFP蛍光がなく、混ぜているES細胞ではOct4-GFP蛍光があり、JAKi添加後では消えるという違いを示しているものです。

[培地の違い12]
論文のリジェンドの説明では培地の違いが分かりにくいですね。ど素人には理解しにくい。でも、本文の説明をよく読めば、 の実験ってExtended Data Figure 5-e,fの実験では無いかと気づけますね。

[培地の違い13]
プロトコルにある培地の説明です。
>>
(i) ESC maintenance medium consists of KnockoutTM DMEM (Life Technologies), 20% FBS, 1 × NEAA, 1 × Glutamine, 1 × Nucleosides, 10-4M 2-mercaptoethanol, and 1000 U/ml LIF.
>>
(i) TS medium consists of RPMI 1640 with 20% FBS, 1 mM Sodium Pyruvate, 100 µM 2-mercaptoethanol, 2 mM L-glutamine, 25 ng/ml of recombinant FGF4, and 1 µg/ml of heparin.

[培地の違い14]
小保方さんはFI-SCの遺伝子解析においてもリジェンドの中で培地の違いを明確にしないで書いています。すべてがTS培地にある状態での遺伝子発現なのか明確でない。
一連の考察は無論桂報告の欺瞞を明らかにしていますが、肝心のSTAP細胞は論文通りの形であったのか否かはこの検討だけではわかりません。"あった"か"ntES"であったのかは12/27テラトーマの体細胞組織と言われた試料の説明がつくかつかないかで決まる。ntESなら説明できるということです。
そして最後に残された問題は光る胎盤ですね。次回にします。以上です。



[歴史観1]
私はこの事件に関っている個々人の犯罪性はとても低いと考えています。だから社会的影響を慮って匿名の掲示板で便所の落書きだと断って考察を続けてきているんです。若山さんは別に最初からそんなことを意図していたわけでは無論ないに決まっているが、結果的にかなりひどいパワハラを小保方さんに行うことになってしまったなあと判断してる。でも彼がそんなことをする羽目に追い込まれてしまった事情というのは、競争社会の中で生き伸びるために誰でもがしている努力の一環に対して、外部からの不可避的な影響があったからに過ぎません。自分の意図しないことが思いがけず実現してしまうという、これも大人なら誰でも大なり小なり経験していることです。

[歴史観2]
この競争社会にはルールがあって法治されている。この法の内側で足の引っ張り合いをしていることをもって犯罪だと言ったら、逮捕者だらけになってしまう。自分はそういうことをしなくて済んでいると信じている道徳的人々なら別の判断があるかもしれませんね。聖書に石もて投げよと命じられている人々ですね。あの場面では誰一人投げられなかったみたいですけど。

[歴史観3]
理研が若山さんと小保方さんの研究を自ら取り上げることをしなかった間の2012年12月まで、若山さんはどんな違法行為もしていないということを認識できるだけの歴史的視点を持つ訓練のできている人がここにどれだけいらっしゃるでしょうかね。自分の中にある今の知識と歴史的人物がその時点で持っていた知識との識別訓練ができる歴史観のある人です。若山さんは小保方さんと研究しているこの時期、この1年後に論文を笹井さんと丹羽さんが通してしまうなんて予想もしていません。それを知っているのは今の我々です。当時の歴史的彼は知らない。特に小保方さんを預かってから幹細胞研究の論文を書かせようとしている時期の若山さんは小保方さんごと理研が自分のデータを奪っていくであろう、そして論文は通って、自分の研究が捏造判断されることになるかもしれないなんてつゆ思っていませんね。

[歴史観4]
小保方さんを預かって以来、若山さんは私たちのntES仮説であってすら、ただ小保方さんとヴァカンティ研に対してntES化して別の研究をしているんだよと言ってないだけです。この言ってないことはあの時点でなんら犯罪じゃないですね。ましてや、我々の推測では一時的な時間稼ぎの嘘で、山梨大に助手で来てくれとプロポーズしたら二つ返事のはずだからその時には本当の研究内容を小保方さんに知らせるつもりだったんだということで、何ら犯罪要件を構成していませんよね。それを歴史観を得るための訓練をしていない人たちは、それは"捏造論文になっちゃうじゃないか"と短絡する。一体、この時点でどこにどんな論文があるんでしょうかね。そういう人はSTAP論文が事件化してのちの現在の視点から過去を見ているんです。過去の人になり切る訓練ができてないんです。

[歴史観5]
あちこちの歴史資料館で例えば弥生式土器の出土断片の復元したものが展示されていますが、あれは全断片が残っていたら完全復元できるんですね。今ではコンピューターが断片の形状を全部記憶して組み合わせを決定してしまいます。考古学は理科系の学問で歴史学とは違いますね。断片が少ないときはあるものだけで噛み合う破片だけを組み立てて、残りは白い粘土で補充する。一つには土器は基本中央を通る縦軸に対してシンメトリになってますから推測できる部分が多いんですね。

[歴史観6]
でもたまに下部の部分だけしかなくて上部が何一つないのに複雑な形で復元されている土器をごらんになるでしょう。あれは今度は累積した知識があって、完品の復元データが沢山分類されていて、下部がこの形の時は上部は必ずあれになるというデータがあるんですね。それで上部断片は一片もないのに上部が"お前あの時代にタイムマシンに乗って見てきたのか"と疑義したくなるほど精巧に復元される。学問の力ですね。

[歴史観7]
我々のSTAP事件に対する態度もこの土器の復元と似ています。存在しない部分は合理的な推測で補完するんですね。で、大事なのは全体像が矛盾無く復元されているかということです。弥生土器は全国で大量に発掘されていますからミッシングリングというのは少ない。でもSTAP事件は一回しか起きてない事件なので、他の事例で推測できる部分が少ない。するとあり得る復元像は何通りかできる可能性がありますね。でもどのあり得る復元像も内部に噛み合ってないところ、或いは想像でもいいから合理的に説明できていない部分を残していてはいけませんね。

[歴史観8]
私はそういう意味であり得る復元像としてntES仮説を展開しているんです。"ある論"で誰が全体の復元像を提示してますか。私は何人かそういう努力をしている人を知っていますが、そのうちの誰も、なぜ"ある"のに若山さんは論文を撤回しようとあんなに必死になったのかを、説明された人はいません。つまり完全復元されていないんです。Ooboe さんとパートナー氏は正直にその部分は思いつけないのだとおっしゃってる。誰か思いついて完全復元してあげてください。それ以前に、少なくともOoboe さんたちみたいに完全復元されていないという自覚だけは持たれてください。

[歴史観9]
Ooboeさんから特許に関する質問をいただいています。Ooboeさんとパートナー氏とはやり取りの付き合いが長いのでおっしゃりたいことはすぐわかります。
研究に秘密はつきものだということ、ましてこの共同研究は契約書さへ締結されていないということを思い出されてください。加えて、若山さんは小保方さんをヴァカンティの手から奪いたいと思っている。手記は何度も読み返されていますよね。若山さんが小保方さんをリクルートしようとしていることは最後のRULへの誘いがあった時点での若山さんとのやり取り説明も含めて全部で4か所に書かれていますね。

[歴史観10]
奪いたい理由に二つあるとみています。
①小保方さんの熱心さを見て、自分が今までやってきた研究のブレイクスルーをもたらしてくれると思ったくらい惚れ込んだ。
②たまたま彼女の持ってきた細胞の性格をntES化してみるという課題をみつけた。そして胎盤が光ってるのではないかと思い込んだ。
③そして②は山梨大側での予算獲得のプロジェクト研究の課題と関連して魅力的だと考えた。

①が最大の理由です。この動機がなかったら事件は起きてない。②や派生した③が主因なのではない。

[歴史観11]
他方で小保方さんをヴァカンティの手から奪うためにクリアしなければならない条件は論文を書かせるということですね。小保方さんが助手の待遇で二つ返事しなかった理由もこれですね。<論文が出るまでは>(81P)とくぎをさされていることになっている。この二つ返事のタイミングを失って、罪もないエイプリルフールはまたも種明かしが先延ばしされてしまった。仕方なく若山さんはキメラがナイフ切り分けでできたと小保方さんに書かせたままネイチャーに投稿させ、結果はリジェクトだった。ここで論文は書かせたから、後はヴァカンティのティシュー誌に載せて置いたらいいじゃないかと若山さんは思っていたんでしょ。万が一にでもリバイズになったら自分からああ勘違いだったと断ればいいだけです。

[歴史観12]
ところがヴァカンティは承知しなかった。デイナの取材はここに繋がっているんですね。
>>
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

[歴史観13]
ネイチャーリジェクトを受けてヴァカンティがセルとサイエンスを提示して低いバーを飛びたいのかいと小保方さんを励ましたんですね。ヴァカンティはキメラが本当にできたと思ってますからね。当然ですよね。。若山さんはこんなレヴェルでネイチャーに通ることはないと知ってるから、これで一件落着と思ってたんです。ティシュー誌はヴァカンティ主催だからそこにぶら下げておいたらいい。誰にも再現はできない。結局ネイチャーの査読者がいってたようにESコンタミだったんだろうで消え去っていく。ヴァカンティに問われたら自分が何か間違ったのかなと言って置けば済む。その時はもう山梨大に居て理研の実験室でのことは分からなくなってますからね。小保方さんの核を使ったntES論文はずっとあとから世に問えばいいんです。若山さんの目的は小保方さんを山梨に連れて行くことです。

[歴史観14]
ネイチャーの結果が4月のいつ出たのかははっきりしませんが、ヴァカンティが米国の特許仮申請を出したのは2012/4/24です。この話は小保方さんを通して若干前に若山さんの知るところとなってるはずですね。
で、Ooboeさんのお問い合わせの特許の件はこちらではない。ヴァカンティのは酸浴細胞からキメラができたという論文に関する特許で、彼は今でもキメラができたという部分を外して特許申請維持しつづけていますね。これは認可されるか否かは別にして本物の研究結果ですね。STAP細胞は本物だという言い方で正しいのはこの意味に限定した場合だけです。初期研究に引き続いて酸浴細胞でも試験管内三胚様分化は確認されていますからね。キメラが嘘なだけです。

[歴史観15]
Ooboeさんのお問い合わせの特許は「2012年8月になると…」(手記101P)の幹細胞化論文の特許の話ですね。
若山51%、小保方39%、ヴァカンティ5%、小島5%と若山さんの言った小保方酸浴細胞の幹細胞化特許ですね。増殖能力の弱い小保方細胞を自分の技術で増殖できるようにしたから51%なんですね。ES細胞を増殖したんじゃないですね。Ooboe さんたちに公開請求してもらいたいのは、存在しているなら、このときに作られた特許申請のための諸資料です。そこにどんなことか書かれていたのか。今我々が知っているのはクムリナ書き込みでキメラ胚を使ったということと、後にはその必要もなくなったと書かれていることだけですね。

[歴史観16]
後にはその必要がなくなったというプロトコルってES培地に入れるだけですね。どこにも51%の特許請求できる若山さんの技術はないことになります。クムレナ書き込みはただES細胞を渡されていたんだという言い訳をしているだけで、51%だと言ってヴァカンティ達と争った理由が消えてしまっているとわかります。そもそも小保方さんは2011年にキメラができた時に同時樹立されたと言われた幹細胞をES培地で作れてないし、後に若山さんの培地をもらってやってもできてない。彼はntES化していることを隠したままですからね。できなくて当たり前だ。

[歴史観17]
この特許は結局は正式申請はされていませんね。若山さんと理研知財との間でやり取りされただけで、後に理研とハーヴァード、東京女子医大との共同申請時に吸収された。この時点でもクローン胚に入れたとは書かれてないはずです。小保方さんはやり取りの経緯を見ていますからね。若山さんにとっては通らなくてもいい。研究はまだまだ山梨で続けていく予定ですからね。でも、特許にするつもりですから研究は最終的には本物でなければならないですね。

[歴史観18]
若山さんは
①GFP蛍光は真正のOct4発現を反映していると信じている。
②この細胞は試験管内で三胚様分化した何物かではあると信じている。
③この細胞をntES化してキメラを作ったら胎盤が光ったと信じている。

ntES化することこそ「僕の技術」です。"ヴァカンティなんかには何の権利も"ありません。そして理研で行った小保方さんの酸浴細胞が無ければできない研究という意味で、39%です。ヴァカンティ研を全部合わせたら49%ですね。ES培地で培養してできたなんてことで若山さんの51%に値しますか。そして小保方さんを山梨の若山研に連れてこれたらヴァカンティ研に10%、山梨大に90%の特許になるということでしょ。Ooboe さん、ntESキメラの胎盤が光っていると分かった時、若山さんが舞い上がっていては変ですか?　続きは次回ということで取り合えず以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:47:32|
2. 学さんブログ検討記録
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[Oct4-GFP蛍光1]
>>学さん
そろそろ本題です。Extended Data Figure 5-a,bの問題からです。
小保方さんはB6の受精卵ESを持ちません。小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのはntESです。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて前提で実験をする人はまともな科学者にはいないはずです。このリヴァイズ実験は笹井さんと丹羽さんの指導で行われている。JAKiの元論文は受精卵ES細胞での実験ですね。誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということになります。査読者がやりなさいといった実験なんですから提供者は笹井研か丹羽研で、若山研ではありません。査読書の到着日は2013/4/4です。若山研は理研にはもうありません。

[Oct4-GFP蛍光2]
FI-SCが多能性細胞であることはキメラができたこと、或いは一歩譲ってもテラトーマができたことにあるわけです。
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっているグラススライド試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

[Oct4-GFP蛍光3]
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんで小保方さんと一緒に作業した。小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しのようですね。でも彼女も東北大です。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを預かっているわけです。東北大は大隅理事長、遠藤さんの出身校であり、東大の松崎さんも東北大の教授経験者ですね。東北大はPNASで小保方さんの細胞論文と争って勝ったミューズ細胞論文を出した学校で業界と提携したプロジェクトもあるところです。Ooboeさんとパートナー氏は太田ESが若山さんの手で東北大の黒木助教授のところに分析依頼に出されている事実を突き止めていますね。FI-SCのキメラを小保方さんに渡したのは無論若山さんで、他の人にはできません。
①はCAG-GFPだとリジェンドにありますからCTS1のAcr-CAGだと思われますが、無論、JAKi検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違います。

[Oct4-GFP蛍光4]
GOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果データが添付されて無いのですから、そもそも多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、CTS1キメラができたんだから、GOF由来FI-SCでもできるだろうと論理的に演繹推論されているだけで実証データはつけられていない。このGOF由来FI-SCがOct4-GFP発現していて、JAKiを入れても発現は消えないという現象が何であり得るかという問題を考えないといけないのですね。

[Oct4-GFP蛍光5]
若山さんは、小保方さんの作ったGOF由来STAP細胞をFgf4誘導したものと言って渡していた細胞があって、それにいろいろと口頭で説明していたものを、笹井さんと小保方さんとで論文化したということなんですから、全部が全部若山さんの考えていたことと一致しないのは当然ですが、彼はGOFマウスからFgf4誘導した細胞はつくった"記憶がない"と言ってますね。大問題ですよね。論文の骨子のところに書かれていて、原稿を送られているのに、見てなかったとでもいうのですかね。まあ、実際そういってますけどね。Figure 2-a,bは何なんでしょうかね。誰が写した写真なんでしょうか。Ts.Markerブログで最初から指摘されていますね。無いものをあるように作ったら捏造です。桂さんに仕事中に寝ないように注意申しあげたいものですね。まあ、無論ただの嫌味ですがね。

[Oct4-GFP蛍光6]
論文が正しいとすると、小保方さんはOct4-GFPが光っているけど、JAKiを入れても蛍光が消えない細胞を持っていたということになる。無論渡したのは若山さんで、FI-SCという名前は笹井さんが命名しただけで、若山さんはCalls TSと名付けていただけですね。ではこの細胞は何か。
①ESの可能性はこの実験によって否定されていることになる。
②GOF由来STAPをFgf4誘導してもできないことが一応丹羽論文に書かれている。
③私はGLSをFgf4誘導した細胞と考えていて、GLSは2011年にGOF由来STAP細胞の核を使用してntESを作り、キメラ胚に入れて再度ES化したGLを2012年になってそのままGLSとしたと考えている。従ってこの現象はさういう細胞の持っている性質だと考えている。

[Oct4-GFP蛍光7]
丹羽さんの検証結果と初期の小保方さんの実験成果を踏まえると、若山さんは小保方細胞核を使用してクローン胚を作った時に真正の小保方細胞には当たっていないとわたしは考えています。従って、彼の作った細胞はただたんに白血球細胞を使ったntESをキメラ胚に入れて再度ES化した細胞の本来持っている性質を表していて、結果的にはSTAP細胞は不要な実験だったのだと思っています。この細胞はFgf4誘導された結果、JAKiを入れても分化を起こさないという性質を持っているということです。

[Oct4-GFP蛍光8]
これだけのことは押さえたうえで、Extended Data Figure 5-e,fの問題を考えようということです。最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと同じ株であるのかということです。もし違う株を使ってると話が変わる。でも普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は光ってるではないか。まずはその原因から考えることになる。私は結論は持っていないんです。ロゴスの導くままに推論するだけです。次回にします。以上です。



[学さんへの返事1]
>>学さん
>上記のコメントですが、2013年、1月、6月にＧＲＡＳに持ち込んだＴＳ２が何物かは桂報告書に書いてあるのでしょうか？ＴＳ２とは、何ものなのか？がわかる記述がありますか？

あります。すでに挙げていますが再掲します。

[学さんへの返事2]
(桂報告書15P)
２－３－１－２．ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義
STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ（公共データ ベースに公開）)、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。

[学さんへの返事3]
要するにデータの出所は三種類なんです。
① NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ（公共データ ベースに公開）)
②本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データ
③本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)

<ＴＳ２>は②の出所で、①に無いものです。

[学さんへの返事4]
(桂報告書16-17P)
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。

[学さんへの返事5]
(続き)
再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

[学さんへの返事6]
TS2とFI-SC3が6月提出だということは報告書(スライド)の方の表で分かります。ただしスライドは<1月:最終>と書かれているけどこれが<6月:最終>の間違いだということは報告書側の記載からFI-SC2が1月でFI-SC3が6月になることからわかります。1月と6月では査読(2012/4/4)の前と後に分かれるので、これはわざと間違えて書いている可能性が高い。わざと分かりにくく書いているんです。

[学さんへの返事7]
>>学さん
>ＦＩ－ＳＣ3に混じっていたのはＣＤ１だとかいてあります。桂報告書26Pに書かれた丹羽研のＴＳは何マウスからか？は書いていないです。2012年8月のＴＳ１は、Ｃａｇ入り１２８ｘＢ６とあります。丹羽研が用意したとわれるＴＳは、何からか？はわからないのではないですか？

16Pのに関して、報告書(スライド)にもと書かれていますし、また自己点検報告にもあるし、公開データ登録された記載もある。これはいいんでしょ。26Pの<丹羽研が用意したとわれるＴＳ>は16Pのなんです。このことは次のご質問への回答でご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事8]
>>学さん
>ＦＩ実験と言うのは、2012年早々にやっていて、5月に樹立とあるので、ＦＩを用いた実験はその前からやっているでしょう。若山研での実験の最中に、他の人がＧＲＡＳにサンプルを持ち込んでいると考えました。

そう考えることはできないのです。GRASというのはCDB内の別の組織なんで依頼された分析に関してはすべて記録が残されていて、かつデータだけでなく残存サンプルもあったんです。FI-SCに関して若山さんが認可した分析依頼関係は2011年8月、笹井さんたちが依頼したのは2012年1月、2012年6月の3回だと桂調査チームがが報告しているんです。もっと以前に小保方さんの実験関係で依頼されたのはFI-SC関連の分析ではありませんでしたね。メチル化実験の分でした。
これで26Pの<丹羽研が用意したとわれるＴＳ>は16Pのだとご理解いただけるはずです。

[学さんへの返事9]
>>学さん
>上記のレフェリーの指摘は、ＳＴＡＰ実験全体へのＥＳ，ＴＳコンタミへの警告だと思います。ですから、ＥｘｔＦｉｇ５efに限定した話ではないと思います。

以下の下りはのことを論じています。<ＳＴＡＰ実験全体>の話ではありません。この査読者要請は2012/4/4以降に実験実施されたものです。若山研で行われたものではありません。若山さんが記者会見で自分のところではできない実験があるとおっしゃった実験はこのJAKiの実験しか該当しそうなものはありませんよね。

[学さんへの返事10]
(続き)
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells).

[学さんへの返事11]
訴訟で裁判所に呼び出されたとき、検察の言うことは聞くがお前の言うことは聞かないと裁判官に言われた被告は、その裁判官の弾劾運動を起こして罷免するよりないですね。そもそも手記を読まないで何か事件に関して語る資格はないと思います。両者の言い分を聞いて客観判断するのが裁判です。Oct4-GFPだと書いてある論文に対してそれがCAGだったらなんて、笹井さん、丹羽さん、小保方さんが捏造しているのだと仮定することですね。まず論証するか実証するかしてからにしてもらわないと。桂報告書の非論理は我々がすでに指摘しているんですからそれに対して具体的に反論があれば受けるだけですね。まず事件の全体像を構築してこないと。以上です。私の場所に戻ります。

1. 2019/06/01(土) 10:44:51|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

>>学さん
>あなたが、一研究者で何を追及されたのか？を私は聞きたいです。

12/27のテラトーマがリシピエントマウスの体細胞であるということがあり得るのかと。
そこで徒労してブログ主からアク禁を食らってしたらばの自分の住処に戻った瞬間にntESだと気付きました。あなたが今お書きになっているように、クローン胚からのntESを若山さんはもう一度キメラ胚に入れて再度ES化する。そのときにリシピエント卵のインナーセルマスからもテラトーマができるんです。それでGFPが無い。4Nであってもまだ胎生致死段階前なんです。だからソートしないといけない。桂チームは生データがあるんですから全遺伝子解析したらよかったんです。リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。以上です。


「学さん宛訂正]
リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。
↓
テラトーマのリシピエントマウスの体細胞なら免疫不全マウスであるヌードマウスです。キメラ胚を作るときのリシピエント卵のインナーセルマスからのテラトーマだったらICRマウスです。桂チームはそれを確認しないでGFPがないからヌードマウスの体細胞だと断定した。何度も見慣れた光景です。以上。




[桂報告の矛盾1]
>>Ts.Marker さん
>若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。

横レスかもしれませんが、お答えいたします。STAP関連実験で使われた細胞は事後であれMTAされていてTSは「僕のマウス」TSしか若山さんは持ち出ししていないことになっていますので公共データ登録されているChip-seqのCD1TSは丹羽研供出のものという推測にならないとおかしい。無論、Tru-seqのCD1TSは桂報告書がはっきりと丹羽研供出と述べていますね。若山さんは胎盤が光ったから調べるようにと指示したキメラ胎児のコントロールとしてESとTSを作ってどちらもキメラを作って胎盤を渡したと証言していますし、現に木星リストにもありますから、STAP実験で作られたTSはCAGホモの「僕のマウス」TSだということになるのが、論理的帰結です。

[桂報告の矛盾2]
Tru-seqは樹上図を作ったときに8月分のデータは「僕のマウス」TSが分化していたのではないかと疑われる発現になっていて、小保方さんの持っていた若山さんから渡されていた「僕のマウス」TSで取り直しても同じだろうからというので6月に丹羽研でCD1のTSを作って遺伝子発現解析用のコントロールとして提供したということになる。つまり樹状図が論文に加えられたのも4月の査読指示から行われていると考えられる。従ってはFigure-4bのChip-seqもCD1TSだと考えるのが当然で、分化していると判断されている8月のデータを使うことはないはずですね。

[桂報告の矛盾3]
レター論文で公共データ登録紹介されている分は以下です。
RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
実際に登録されているデータはもっと多いですが、ナンバーの後ろにアスタリスクのあるものとこのレターの紹介と一致している。 ただしSAMN02393433だけはつけ忘れられている。

[桂報告の矛盾4]
これを見ると、小保方さんはレター論文ではFI-SCとTSに関して以下の分だけを登録したように書いている。
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)

[桂報告の矛盾5]
⑬⑭は分化していると判断されたもので8月の分析分ですね。でも小保方さんはキメラ胎盤の比較をするためのコントロールとして渡されたTSはこれだからいの一番にこれを登録した。遺伝子解析は別にどんなTSでもESでもコントロールにできますね。私が丹羽研?と書いているのはCD1と記載されているからですが、実際に検証されたのは129xB6-CAGですから「僕のマウス」TSだということがわかる。これは若山さんのTSです。やっぱりこれにCD1と書いたのは誰かという問題があるんですね。

[桂報告の矛盾6]
桂報告書はこれを丹羽研から供出されたと書いているのにこの分析結果が129B6-CAGであることとの矛盾に気づいていません。分化していたから丹羽研がCD1を供出したと書いて置きながら、この「僕のマウス」TSに関してCD1TSだと書かていることだけは信じていることになる説明になってるんです。だから私は丹羽さんのCD1TSのTru-Seqデータは登録されていないと申し上げた。でも⑬⑭はここにCD1と記載されていなかったら若山さんのTSですよね。誰がCD1と書いたのか。これは分化していたから丹羽研が提供して取り直したデータではありませんよね。取り直したデータはどこにあるのか。無いんです。桂報告が分析したのはこの⑬⑭なんですよ。

[桂報告の矛盾7]
では⑦⑧にコンタミされたと仄めかしたCD1のTSは何を分析したのか。⑬⑭は129B6ですよ。彼らがコンタミされたと言ってるCD1TSの特徴と言っているデータはChIP-seqデータなんですよ。丹羽研のものです。これが若山研のだったら丹羽研から供出されたものは一切公共データ登録されていないということになる。でも、桂報告はCD1TSがあると書いている。どこにあるんでしょうね。

[桂報告の矛盾8]
⑦⑧は当然GOF由来FI-SCで論文のメインの論旨を構成している物証なんですからこれを登録するのは当たり前です。そこにCD1がコンタミしていると最初に主張したのが遠藤さんです。これで小保方さんの捏造を示唆したんですね。でもこれはExtended Data Figure 5-e,fで使われた試料を解析に出したからなんですね。ここに出たCD1はESで、そこで検出されたElf5はESから発現していたElf5だと私は申し上げていて、これを確認するのは簡単で熊本大学におられる丹羽さんに聞けばいいだけです。でも電話しても彼は答えないと思いますよ。理由はもう皆さんお分かりの通りで、業界ではもう空気を読めと言うことになっちゃってるんですよね。これが日本人の長所でもあり弱点でもある和をもって尊しと為すなんでしょうね。小保方さんとヴァカンティ、小島さんたちは今のところその犠牲者ということです。以上です。深いところのあそこに戻ります。




若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。
2019/4/17(水) 午前 0:12[ Ts.Marker ]返信する

STAPの前から丹羽研とはコラボしてるみたいだけど。
MTAも持っていったものだけで、さらに指摘を受けてからのものだから。
2019/4/17(水) 午後 0:43[ Ts.Marker ]返信する

[ChIP-seqの件1]
>>Ts.Marker さん
ややこしいですね。ちょっと整理し直してみました。ChIP-seq分を若山研のものと仮定しました。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590　若山研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　若山研　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
※データベース外　丹羽研　　(CD1系統-スライド)


[ChIP-seqの件2]
ChIP-Seq
⑯SRR1171592　若山研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(マウス背景調査はされていない）
⑰SRR1171593　若山研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1(マウス背景調査はされていない）
⑱SRR1171594　若山研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1(マウス背景調査はされていない）

[ChIP-seqの件3]
は6月分にしかなりませんね。査読指示後ですね。そこでCD1のTSを丹羽研が提供したのは8月のTS1が分化しているような結果になっていたからですね。分化しているかもという話は査読後の検討からですね。8月時点での若山研でCD1のTSを必要としてませんよね。ChIP-seq分も丹羽研ではないですか。以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:42:42|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[学さんへの連絡1]
>>学さん
了解しました。あのままでお願いします。ES捏造でなければ本物だということにはならないという論理だけ批判してもらったらよかったんですけど、他のことも説明可能だということを紹介しておかないと、あれはどう、これはどうという目的外の話になる。でも、そういう人と話してもどうせ得るものはないんですから不要といえば不要でした。私も自分のブログは何度も考えたんですけどね。私は世に問うつもりはまるでないんです。世間の片隅には分かっている人間もいるよと落書きしておきたいだけなんです。その意味ではしたらばはとても便利な場所だったんですけどね。人の助けを借りたいがためにちょっと一研究者ブログに出張に出かけたのが知られる契機となってアンチの猛攻を受ける結果にしてしまった。

[学さんへの連絡2]
ブログ規約は存じあげています。まあ、小保方さんに対してはあちこちで全く守られていませんけどね。取り合えずここではntES仮説でレターの結果が説明できるかという課題を自分で勝手に抱いているんです。もうすぐ終わってお暇出来ると思います。後のことは自分で考えます。ところでヤフーブログは終了予定ですが学さんはどこかへお引越しの準備はなさらないんですか? 以上です。


[Ts.Markerさんへの応答1]
>>ChIP-seq のTSはCD1 まだ若山研時代では？

本当はそれが自然なんですが、言いきれていません。なぜかと言うとRNA-seqでCD1系統とされているのは桂報告のTS2ですね。TS1は129B6-CAGですからいわば「僕のマウス」TSです。これが分化してしまっているらしいことから丹羽研からCD1系統でTSを作って渡している。
>>
TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。(26P)

[Ts.Markerさんへの応答2]
でもこの分(TS2)は公共データ登録はされていませんね。登録されているのはRNA-seqの「僕のマウス」TS(TS1)だけです。そしてCD1のTSが登録されているのはChip-seq分です。Figure 4-bのTSですよね。RNA-seqで「僕のマウス」TSが分化してしまっているらしいから丹羽研のCD1系のTS(TS2)でやり直したのなら、Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある。笹井研での実験の可能性もあります。そもそも若山研時代に「僕のマウス」TS(TS1)があるのにどうしてCD1でChip-seqをやりますかね。
Sox21に関してはもう一度論ずることになると思います。以上です。

> 一言居士さん
つや姫に向けてでした。
> 言いたかったことは色々あるのですが、遠藤氏のツイッターで十分だと思いました...

これで十分ですね。

注）＞ Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある
やってれば、記録は残る。****kawa氏が知ってる？
2019/4/14(日) 午後 8:20[ Ts.Marker ]返信する


[Ts.Markerさん　CD1の件1]
>>Ts.Markerさん
つや姫さんの件、そのお名前も討論の経緯も全くフォローしていません。僕の応答はトンチンカンでしたら忘れてください。ただ、粕川さんは松崎解析チームにいた人ですね。知ってるはずです。
僕はあなたに教えられて公共データ登録情報の取得方法を知りましたが、長くその意味が分からなくて、あなたの解析結果もあなたが何も説明してくれないから、むしろ和モガさんのブログの説明でその意味するところを少しだけ理解しました。今も完全には分かっていません。でも、データの整理はど素人でもできるんでいろいろと分析しました。その結果、通常と違って、小保方さんは直接登録したのではなく、理研を介して登録している。

[Ts.Markerさん　CD1の件2]
小保方さんは2013/11/5に理研にデータを提出している。にも関らず、理研は2014/2/13にNCBIに提出した。事件が発生した後です。事件は竹市さんに学会からの連名のメールの来た2014/2/7前後に発生しました(手記142P)。理研の提出は世界展望(2014/2/13)と11jigen(2014/2/14)がネットで小保方さんの博論の捏造を言い立てた日の前後と一致している。小保方さんはレター論文に提出したと書いてますから、2013/11/5に理研に渡したものは年内には登録されるはずと思っていたでしょう。ところが理研は提出忘れしていたか、それを手元で止めていた。この件に関してネット上で小保方さんは公開データ登録義務を知らずに人に言われて慌てて出したという噂が流されたのを覚えています。何かしら呼応も疑われるところです。

[Ts.Markerさん　CD1の件3]
無論常識的にはまだ論文が発表されていないのですから守秘のために理研は登録を控えていたと考えるのが普通で、このことは、若山さんがMTA無しで試料を持ち出したこととも共通していると思います。理研は若山さんと後にちゃんと約定すると約束した上で守秘のためにイレギュラー処理をしていると思っています。ただ、内部に情報漏洩者もしくは工作者がいて呼応している可能性は疑われますね。理研の登録日は記者会見発表の2014/1/28でもよかったはずです。ご承知の通り、このTS細胞に関してだけでも、登録上では5件すべてマウス背景はCD1と書かれている。でもRNA-seq分はCD1ではありませんよね。いわゆる「僕のマウス」TSだ。小保方さんはこんな間違いをするほど多忙でしたかね。TSに限りませんね。F1マウスは全部C57BL/6x129/Svと雌雄が逆に書かれている。とても変だと思います。誰かが手を入れた可能性も疑義される。尤も博論に草稿提出して気づかなかった人です。草稿であることは間違いないんですけどね。間違えるかと。とても粗忽だと思います。

[Ts.Markerさん　CD1の件4]
問題ののFI-SCですが、遠藤さんは無論RNAの解析ですからSNPsの分析でそう結論して、あなたも確認されていますね。一方、桂調査は細胞リスト表にある11種の細胞をNGS全ゲノム解析してマウス背景を確定している。無論GFPや雌雄や遺伝子異常もすべて分かっています。CTS1も全解析されていて129B6でAcr-CAG-GFPだと分かっている。でもCTS-11～13は解析していませんから、リスト表示は嘘になってるんですね。リストはCTS-11～13も含んだ形になっています。実際にはCTS-11～13は解析してないのですから虚偽と言っていいですね。

[Ts.Markerさん　CD1の件5]
TS-11～13を全解析して、仮にB6だと分かったらGOF由来FI-SCがあったと分かる。でも調べなかった。にも関わらず公共データベース登録されていたデータは調べてB6だということ、10%のCD1らしきものが混じっていると結論した。FI-SCだと書かれている試料からB6のSNPsが出ているにも関わらずCTS-11～13を全解析しなかった。小保方さんと笹井さんや丹羽さんはレター論文でOct4-GFPのFI-SCがあるという前提で論文を書いている。これが無かったのなら、どういうことなんだと大騒ぎにならないといけない問題です。話にならない論文だということになる。あると示している公共データを認めていながら桂チームはそれでもCTS-11～13を全解析しなかったんです。全解析が高価すぎるというならGFPだけ調べることもできたはずです。理由は若山さんが作った記憶がないと言ったからです。そんな馬鹿な話がどこにあるでしょうかね。

[Ts.Markerさん　CD1の件6]
基本的にはNGS全ゲノム解析だけではその細胞がESなのかTSなのかSTAPなのかSTAP-SCなのかFI-SCなのかはわかりませんね。ESやTSに関しては多能性細胞だと知られて長くどういう遺伝子が働いて多能性維持しているのか等々の研究も進んでいますから、RNA発現解析である程度は区別が可能なんでしょ。実際に発現している遺伝子だけを調べるわけですね。でも細胞はいろんなRNAを発現していますから、無論多視点で比較しないといけない。だからヒートマップなんかを使うと一目瞭然になるんでしょ。小保方さんのヒートマップでCD45、ES、STAPのどれからも多かれ少なかれOct4発現があることで、多視点比較が必要だと分かります。Oct4発現があるからESだということにはならない。

[Ts.Markerさん　CD1の件7]
これはTSにおけるCdx2でも、Eomesでも、Itgα7でも、Elf5でも、あるいはSox21でも同じです。TSでそういう遺伝子が特異な働きをしていることは知られていますが、それらの遺伝子が発現していたらTSだということではない。逆は必ずしも真でない。遠藤論文にはそういう基本的な論理に関しての錯誤がありますね。Sox21は言うに及ばず、Elf5の発現があるからTSだなんて論理は通りません。専門分野が違おうと、国が違おうと、そこで使われている論理は人類共通です。素人も玄人もない。

[Ts.Markerさん　CD1の件8]
遠藤氏はTSだと無意識なのか意図的なのかはともかく早とちりしましたが、桂報告は断定することは躊躇しました。曰く、<（少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ（CD1 系統）と酷似している）と。TSと断定できないということはESと酷似していても不思議はないと言ってるのに等しいので、ひょっとして、この公共データ登録されたB6背景のFI-SCのRNAはExtended Data Figure 5-e.fの実験で使われた10%混ぜられたOct4-GFP/CAG-BFP共挿入ES細胞の背景がCD1だったからで、CD1背景のTSと同様に丹羽研提供のものだったからではないかと申し上げている。遠藤氏と桂チームは論文をちゃんと読んでないのか。10%混ぜられていると知ったら気づかないか。どうしてそれを調べないのか。丹羽さんに聞いたら分かることです。確認してない。これも馬鹿げた話です。

[Ts.Markerさん　CD1の件8]
既存のESやTSならまだしもSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞やとその派生物に関してはまだキメラができて多能性細胞だということが証明されたばかりで、どういう遺伝子発現があってどんな働き方をしているのかは分かってませんよね。笹井さんや丹羽さんが今回の遺伝子解析は"浅い解析"(手記124P)と言っている真意ですね。ただキメラは出来てるというのは彼らの間での大前提で疑われていない。つまり、論文はSTAP細胞は多能性細胞であると主張している。

[Ts.Markerさん　CD1の件9]
その大前提が取り払われて、捏造じゃないかということになった。つまりSTAP細胞は多能性細胞であるか否かが分からなくなったということなんですから、論文の趣旨に沿ってその意味を考える態度は変更を余儀なくされている。論文の主旨はでたらめである可能性があるから忘れなさいと。でも捏造であれ、実験結果は事実が含まれているんで、全部嘘にはできません。ではそれらの事実らしきものが、論文が嘘か誠か分からない中で、何を意味しているかを考えないといけなくなる。
そういう検討は可能だと思って今私は学さんの用意してくれたExtended Data Figure5のあるこの場所に居るんです。取り合えず以上です。

1. 2019/06/01(土) 10:40:27|
2. 学さんブログ検討記録
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[楠本さんへの回答1]
>>hidetarou さん
>該当する論文はどれなんでしょうね。

まだ未開示分にあるんですね。開示された分の中にマウスでの酸浴実験のことが書かれていますから、4月に投稿された最初のネイチャー論文を意味しているのだと思います。この件に関する倫理審査委員会での審査は2012/4/27です。手記95Pによればそれ以前にすでに若山さんは自分の血液を提供して小保方さんに酸浴実験をさせているんですね。その残存試料が木星リストにあることは衆知のことですね。マウスとヒトではESでも培地が全く違いますからこの段階ではまだできるかどうかを試しているだけだと思っています。木星さんは若山さんの会見でキメラ作成を手伝っただけなんて言っておきながら、その実深々と関与しているではないかと批判しましたね。

[楠本さんへの回答2]
計画書にはntES化のことは何も書かれていませんが、ntES化していないとも書かれていないことに注意されておいてください。研究に秘密はつきものです。ただ仮にntES化していても申請書が嘘の記載にはならないように書くことはできるんです。
それからご存じだと思いますが、ヒト細胞をクローン胚に入れるときには厳しい制約があるということを確認されておいてください。不妊治療等で体外受精卵を何個か作るんですが、使わなかった余りで廃棄されるもので、当人の許可のあるもので、医療目的の基礎研究で使用許可をとった凍結されたもの等々の条件をクリアしたものだけです。

[楠本さんへの回答3]
具体的には、共著者の野老さんは名古屋のそういう不妊治療病院勤務の博士さんで若山さんのところに技術取得目的で勉強に来ています。若山さんは当然そこの院長先生とは知合いですから、そういうところから入手して研究を行うわけです。ヒトクローンなんてとんでもないですからね。日本では逮捕されますよ。つい最近野蛮な赤色チャンコロはやりましたよね。馬鹿な奴らです。政治犯の臓器売買なんてやってるやつらですからね。ア゛ーーーーーッ！　オゾマシイ。以上です。



[GOFのFI幹細胞の件1]
DORAさんのブログで一つの論証を書きました。STAP論文に書かれているキメラが、特にF1キメラが、太田ESによる捏造キメラではない場合、では何であるかに関して、論文通りにできたキメラであることはあり得ない。従って考えうる可能性として一番高いのは小保方細胞核を使ったntESであろうというものです。アクロシンキメラの残存試料は現存していますから、これが太田ESによる捏造でない場合は、論文通りにあったと考えるのがまず第一段階ですが、これがあり得ない論理構造になっている理由は、太田ESでは無いという論証自体の中に含まれている。

[GOFのFI幹細胞の件2]
つまり、太田ESによるFLSの捏造コンタミが無い以上、学生が小保方さんに渡したntESによるGLSの捏造も無かったことになるが、小保方さんの<■■由来→小保方>と聞き取り調査されている木星リスト102番のが2014/8/1に管理部署から松崎氏によって持ち出され解析を受け、GLSの方は木星リスト28番から40番のうちの丹羽さんが2014/4/22に核型解析に出したGLS-1と11を除くGLS-1～13及び、木星リスト122番のGLS-1～12と123番のFLS-1～8と13(FLSは8ラインしかないのでGLS13の間違いと推定される)の内の13が2014/10/21に松崎氏によって持ち出し解析された結果、両者の間に、あの有名な<４）X 染色体上の構造異常（大きな欠失＋末端重複逆位接続）が同一 (7P)>という事実が発見されました。

[GOFのFI幹細胞の件3]
因みにこの一致は具体的にはとあるようにGLSは1を使っているので木星リスト122番のGLS-1が使われている。木星リスト28番のGLS-1は丹羽さんが核型解析に出すために持ち出しているので松崎氏は持たない。序に桂報告書の杜撰さの例だが以下のの部分はGLS-1～13の間違いで、CTSの株と混同しているが、この間違い自体にも書き手の内心が現れている可能性もあって、書き手はCTSが気になっていたのかもしれませんね。というのも、その問題意識は今の私と同じものです。裏返すとSTAPがntES化されているという可能性に気づいていたということになるんですけどね。
>>
STAP 幹細胞 GLS1 と GLS11〜13 は、若山氏の実験ノートによると、小保方氏が GOF マ ウス細胞から作製した STAP 細胞を用いて、若山氏が 2012 年 1 月 31 日に樹立したこと が判明した。 (7P)

[GOFのFI幹細胞の件4]
ともあれ、この両サンプルの一致という桂報告の推論であると小保方さんの捏造コンタミを示唆するはずであった重大な証拠が、小保方さんの太田ESのコンタミは無いという証明から、逆に若山さんによるサンプルの中身の入れ替えを証明することになり、この入れ替え時期が2013/3/31の山梨大への移転引っ越し直前までに行われていることになり、小保方さんと笹井さんによる論文リヴァイズ中であることから、もうこの時点で、論文がアクセプトされてしまったときにはESコンタミで逃げるという準備がされていたと分かリます。彼は事件化してから言い訳を始めたのではありません。一年前から万が一の準備をしていて、とうとうアクセプトされそうだと判断してから各種のリークを始めているんです。本当にできているのにこんなことをするはずがありませんね。

[GOFのFI幹細胞の件5]
「僕のマウス」を渡したという言い訳は実はもっと早く準備されていて、これは2012年の4、5月になります。FLSのジャームライントランスミッション確認中に行われている。この実験はキメラマウスの成長を待って行いますから(キメラ胚から出産まで20日、成長に50日、子供の出産に20日で、合計90日で4月の末か5月の始め)そういう時期になる。若山さんは小保方さんが山梨大の助手を二つ返事で受諾すると思っていて、その条件提示のできる2012年の初旬である2011年の年度末までキメラができたよと嘘をついて時間稼ぎをしていたんですが、来てくれるということになったらntES化して性質を調べようとしてるのさと説明できたんですが、ここで彼女は論文ができるまではヴァカンティ先生の所属を変えられないと返事したと推定されますね。

[GOFのFI幹細胞の件6]
それでもちゃんと説明すればよかったと思いますが、若山さんはあきらめ切れなかったんですね。ntES化しているという事実を打ち明けないままに、彼女に論文を書かせる段取りをつけ、同時に自分たちのntESの研究に誘い込もうといろんな実験を見せている意味合いもあるんですね。小保方さんは自分の細胞に夢中でntESに関心がない。胎盤蛍光の話もこの時期になる。

[GOFのFI幹細胞の件7]
そうこうする内にヴァカンティが2012/4/24に特許仮申請してしまった。事前に小保方さんから若山さんはその動きを聞いていますね、彼女が山梨に来てくれたらヴァカンティにはESコンタミだったみたいということで済む話ですから、渡したのは「僕のマウス」なのに、半分GFPがこなかったと小保方さんに仄めかしたんです。だから木星リストに小保方さんが+/-表示したんです。4/19にはもう「僕のマウス」のESを樹立開始していますね。持ち出しリストにはESもTSのどちらも5/25とされていますが、嘘ですね。実験ノートにあったから桂報告書のリストには4/19と書かれているんです。このESは胎盤の光るキメラの実験のコントロールとして作られたと説明されている。このあたりの事情に関しては後にもう一度検証します。

[GOFのFI幹細胞の件8]
胎盤の光るキメラは3月中には小保方さんに渡されている。<4月頃には>FI-SCの実験を開始していたようだと手記100Pにありますね。私の仮説ではこのキメラは無論小保方細胞核をntES化したものをキメラ胚に入れたFLSから作られている。つまり若山さんの作る幹細胞キメラの胎盤が光ったという話なんです。そもそも若山さんは小保方さんの細胞に関してそれほど期待して山梨に誘っているのではなくて、自分たちの研究に参加してntES分野でのブレークスルーを期待していたと思いますね。それがこの幹細胞化の研究を通して彼女に論文を書かせようとしていた理由だと思います。興味を持って欲しかったんでしょう。

[GOFのFI幹細胞の件9]
ここまで、キメラはntESで作られているということを若山さんはヴァカンティと小保方さんに説明していませんが、これって何の犯罪でしょうかね。論文は三誌すべて結果的にリジェクトされている。若山さんは論文は必ずリジェクトされると判断していたと思います。自分が査読者だったら落とすでしょ。酸浴させてナイフ切り分けしたらキメラができたって誰も信じやしませんね。現に若山さんは自分自身がそんな作り方をしてないと知ってる。ヴァカンティのティシュー誌に掲載してたらいいじゃないか。誰にも再現なんかできやしないよ。ESコンタミだったかなあで終わりだ。「僕のマウス」を渡していたんだけど、そういえば半々にGFPがきたからなあ、とヴァカンティには後で説明したらいい。小保方さんが自分のラボに来てくれさえすればそれでいいんだ。

[GOFのFI幹細胞の件10]
ところが、ヴァカンティはそうしなかった。一流誌にこだわったのはヴァカンティで、デイナがニューヨーカーに書いた以下の記事の中に彼の言葉が書き留められている。小保方さんに向かって言った言葉でしょうね。若山さんは困ったでしょうね。

[GOFのFI幹細胞の件11]
>>
In the spring of 2012, Vacanti, Obokata, and Wakayama made their first submission to Nature. The journal rejected their manuscript, arguing that they had failed to prove that the cells had converted: perhaps they had simply isolated other stemlike cells within the tissue, or perhaps the samples had been contaminated with embryonic stem cells. Reviewers at Cell and at Science concurred.

[GOFのFI幹細胞の件12]
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

[GOFのFI幹細胞の件13]
若山研とヴァカンティ研の内輪の話を世間に持ち出したのは誰かということは繰り返しません。若山さんは本当のことも言えずにとても追い込まれてしまったんですね。でも最後まで論文がリジェクトされる可能性が高いと期待していたでしょうね。3誌のことがありますからね。論旨は何も変わっていない。リジェクトされて当たり前だ。加えてレターなんてと、その予測と笹井さんと丹羽さんの名声が結果的には災いしたんですね。とうとう通りそうになって、若山さんは万が一のために考えていたシナリオを実行せざるを得なくなったんでしょうね。通ってなかったら収まっていたかもしれません。2013年の8月に笹井さんと話をした。その時が最後のチャンスだったかもしれません。取り合えず以上です。私にとっての問題はこれからです。

1. 2019/06/01(土) 10:37:51|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

>>学さん
①4/6に連投1-10があります。
②4/8に連投11-12があります。
③4/9に連投13-20があります。
まだアップされてないのは②の前にある連投1-10で、それは①とは違います。②は①の続きではありません。よろしくアップされていただきますようお願いします。パブピアの記載に関する論考です。
お忙しい先生に事務的なことをお願いして申し訳ありませんが、Ooboe さんの書き込みだけでなく、恐らくスピン屋さんたちの嫌がらせ書き込みの中から識別されているのでしょうから大変だと思います。それで分かりやすくするために連投番号を振りましたが、前送文のアップ前に続きを送ったのが混乱の原因となってしまいました。次回からはもっと配慮します。送り直すか、次の論考の中で繰り返し説明してもいいのですが、送り直しは余計に混乱の原因になりそうですので待ちますが、面倒だったら、ああ、メンドクサイとお返事ください。次の論考での説明にします。以上です。

>>Ooboeさん
DORAさんの新しいライブドアブログでなぜ論文通りの本物のキメラが無いのかの論証を書かせてもらいました。一応見てやって置いてください。ジムさんのところでの書き込みはいま訳があって意識的に中断しています。以上です。



[ntES論チェックの件1]
>>
学さん
Ooboe さん

今、信頼できるDORAさんのブログで私のntES論の論理構成検証をお願いしています。一応、一段落するまではDORAさんブログのコメント欄においでになるのはお控え願うとありがたいです。対応が大変になりますので。
DORAさんを納得させられたら私のntES論も一つの論理整合的仮説として完成したということになります。無論、各種情報に関してミッシングリングの多い事件だから、内部に矛盾を包含しない仮説はひとつしか構築できないということも言い切れませんが、とりあえずはひとつは作れたということになりますね。

[ntES論チェックの件2]
学さんお尋ねの件、
>>
2011年11月に、最初にキメラができた日ですか？それが４Ｎキメラというのはおかしくないですか？ふつう、２Ｎキメラから始めてるのが、一般的かなと思いますが・・・。

御意。まず2Nか4Nか以前にどうしてF1からなんでしょうかね。STAP由来を確認するためにはGOFからではありませんか。2011年11月にキメラが初めてできたことは自己点検委員会の報告でも確認されています。最初にキメラが光ったんです。Oct4-GFPマウスではないんです。最初から、アクロシンはともかくとして、少なくともCAGなんです。できることは分かっていたんです。我々に言わせるとキメラができなかったことを小保方さんにちゃんと確認させた後、若山さんは自分の関心からその細胞核を使ってntESキメラを作って研究してみるという計画を実行し始めました。ntES化しているんですからキメラができるのは当たり前です。目的はその先にある。

[ntES論チェックの件3]
ともあれ、キメラができないことを確認した後、小保方さんはできないなりの論文を纏めてヴァカンティの元に帰ろうとしたのだと推測しています。ここは彼女は詳しく書いていません。若山さんはntES化研究を始めようとしていますから帰ってもらっては困るんですが、それ以上に、若山さんは彼女の熱心さを気に入っていて山梨大に連れて行きたがってるんですね。でもこの段階では手記88Pに研究方針の対立が書き込まれているように、小保方さんは細胞の性質をもっと直接に研究したがっていた。本当のことを言うと、帰ってしまう可能性があった。と同時に、若山さんは既に山梨大の教授が内定していたんですが、そのことがまだ言えない段階だった。翌年の年度末には発表できる。その時には助手という待遇提示ができて、小保方さんが喜んでくると思っていた。
来てくれるということになったら自分が何をしているのかをちゃんと説明できる。しかし、この時小保方さんは二つ返事でなかったんですね。何度も書きましたから繰り返しません。

[ntES論チェックの件4]
>>
渡したマウスについて、若山氏の言い分が正しいと桂報告書が決めるなら、Ａｃｒ入りは渡していないとの、証拠が必要になると、一言居士さんは、言おうとしていますか？

FLS樹立時に渡したマウスが「僕のマウス」であったがアクロシン入りだったという話がそのまま12/27テラトーマのアクロシンに繋がり、したがって最初のキメラもアクロシン入りだったと言っていることになるのは若山さんと桂報告です。これはESコンタミ論です。
ESコンタミ論は否定されていますよね。すると最初の成功キメラは出来ていたということになるではないですか。でも、実際に残されているキメラや幹細胞からはアクロシンが出ているじゃないですか。これは事実です。太田ESコンタミでもないのにアクロシン入りキメラは存在している。
それは、若山さんが「僕のマウス」を渡したと言ってることが嘘であること、そしてアクロシンが入っていて当たり前の別の実験が行われていたということを証しています。

[ntES論チェックの件5]
>>
失敗続きで初めて成功キメラができたときに、小保方氏はその時からＡｃｒ入りに変えるのは無理だとの議論が、以前からあります。つまり、“最初のキメラは本物であるはず”論ですが、それをふまえていますか？

アクロシン入りの岡部マウスとのF1が最初から使われているんです。渡したのは若山さんです。キメラからアクロシンが出ているのにそれが太田ESコンタミでなければ、最初から渡されていたマウスがアクロシン入りだったに決まっているではないですか。FLSの段階で「僕のマウス」を渡したという若山さんの嘘です。この点に関して他に解がありますか。この時の嘘は演繹的に最初のキメラもアクロシン入りだったという<事実の推測>に繋がっています。最初のキメラ作成時に渡したマウスも従ってアクロシン入りであってはなりませんね。でもだからと言ってここでは「僕のマウス」でないことは<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と桂報告が言ってることで分かっているんです。FLS時と違って、ここではヘテロマウスなんです。

[ntES論チェックの件6]

太田ESコンタミでキメラが作られているのでない限り、現に存在しているアクロシン入りのキメラはマウス段階から入っていたもので、それは若山研に維持されていた岡部マウスです。このことは和モガさんが最初から指摘しています。最小限維持するというのは出来てくる子供を処分するということです。手記にある光る精子がそれを証しています。彼は記者会見で岡部マウスもそういえばあったけどという体でとぼけてましたよね。太田ES以前に疑われるべきは岡部マウスです。若山さんはそのマウスを自分で維持しているんですよ。そういえばなん体の話ではない。彼は最初のキメラを破棄してしまっています。
桂調査は2011/11/28のキメラのマウス背景を<「129/Sv×B6GFP」 が正しい>と書きながら、そのGFPがCAGなのかAcr-CAGなのかを隠しましたね。聞かなかったと思われますか?　以上です。次は本題に戻る予定です。本題はJAKiです。まだ終わっていません。私が学さんブログに来た目的はそちらです。

1. 2019/06/01(土) 10:36:20|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

>>Ooboeさん、
パートナー氏に誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製や
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。②はもし本当ならSTAPキメラであっても、ntESキメラであっても大発見なんです。①の珍しくもないことと②の大発見を同列において混同なさらないでください。胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされていることになるんです。これからその問題を論じることになります。以上です。



[連投1](本題の続きです)
>>学さん
>私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

リヴァイズ通知が来た時のありさまは手記118Pから119Pに書かれています。小保方さんはリヴュアーコメントのほぼすべてに赤線が引かれてしまうありさまで、笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしていることがよくわかりますね。最初の投稿時には無かったご引用の本文文章を加えたのは笹井さんで、丹保さんもそれを読んでいます。GFP/BFP共挿入マウスを提供したのは丹羽さんか笹井さんで、丹羽さんである可能性が高く、しかもマウス背景はCD1である可能性が高いとも申し上げました。

[連投2]
第二レフェリーがcould be excludedとアドヴァイズした言葉を笹井さんはcan be removed と言い直していますね。これはやんわりとES細胞は死滅してexcludeされたわけではないよねとレフェリーに指摘しているのに対して小保方さんはリジェンドの中でeliminatedと笹井さんの苦労を徒労にしてしまっています。cludeというのはcloseの意味のラテン語根ですね。eはex、limiはlimitの意味のラテン語根limesで、excludeとeliminateはほぼ同義だと思いますが、removeは別の場所に動かすことで、ESが死滅したというニュアンスはないですね。

[連投3]
先行論文はヤーヌスキナーゼが多能性を維持しているようだからその阻害剤を入れたら多能性細胞は分化し始めると言ってるんですね。ESであった細胞が培地から死んでexcludeされると主張しているわけではない。 元論文を押さえれば、BFPが残っていること自体は問題ではありませんね。でも小保方さんはリジェンドでと書いていて、ES細胞が多能性細胞としての機能を失うという意味に受け止められないことはありませんが、同時に細胞自体が死滅するという意味が残ってしまう。またレフェリーのアドバイス
[連投4]
笹井さんはそこをうまく査読者の気持ちを傷つけずにと微調整したのではないですか。小保方さんはリジェンドを書くときに笹井さんの書いている文章の微妙なニュアンスに気づかなかったのではないでしょうか。

[連投5]
この相違は胎膜(fetal membranes)と卵黄嚢(yolk sac)に関する笹井さんの書いた本文と小保方さんの書いたリジェンドにも出現していて、笹井さんは胎膜(fetal membranes)と書いていますね。
>Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

[連投6]
それに対して小保方さんは リジェンドやグラフの中でyolk sacとfetal membranesを混在して使っています。fetal membranesは栄養外胚葉(trophoblast layer) 由来でこれが本当に光ったら事件ですが、yolk sacは、内部細胞塊(inner cell mass)が胞胚腔側の表層の原始内胚葉(hypoblast)と胚体(dorsal epiblast )に分かれた更に先に分化してくる胚体外中胚葉 (extraembryonic mesoderm)由来ですから、これは光って当たり前で、このことはPub Peerの覆面コメンテータも指摘しています。今度は笹井さんの方が、図表とリジェンドは小保方さんに任せて、不注意で見逃しているのではないかと思います。

[連投7]
Pub Peerの#12コメント冒頭は以下です。
>>
#12 Peer 5 commented 5 years ago
commented February 28th, 2014 10:04 AM and accepted February 28th, 2014 10:04 AM
The authors claim that "Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a-c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c)." and they show the analysis of chimaeric embryos with placentas at E12.5.

[連投8]
(続き)I'm sorry to say but that is normal in E12.5 chimaeric embryos produced by injection of wt ES cells into blastocyst, since the placental FETAL blood vessels and yolk sac mesoderm cells are derived from the ES-cell derived epiblast.

[連投9]
グーグル訳は以下です。
>>
＃12 Peer 5 コメント 5年前
投稿 2014/2/28, 10:04 AM 受付 2014/2/28 10:04 AM
著者らは、「驚くべきことに、注入されたSTAP細胞は、胚だけでなく、60％のキメラ胚（図1c）の胎盤と胎膜にも寄与していた（図1b及び拡張図1a-c）」と主張していて、12.5日胚で胎盤を持つキメラ胚の分析を示している。遺憾ながら胎盤胎児血管と卵黄嚢という中胚葉細胞はエピブラスト由来ES細胞からもたらされるので、野生型 ES細胞の胚盤胞注入されたE12.5キメラ胚では正常なことである。

[連投10]
ESのキメラ胎盤と卵黄嚢は光って当たり前だと言ってるわけですね。むしろFigure 1-aのESキメラとされているものの方が光ってないことが不思議だと。
>>
In that sense what is surprising to me is that in their chimaeras (fig 1a and 1c) produced by injection of GFP expressing ES cells (Rosa26GFP or CAG-GFP) into blastocyst none showed fluorescence in the placenta (fetal blood vessels) or yolk sac (yolk sac mesoderm).
[その意味で、私にとって驚くべきことは、胚盤胞へのGFP発現ES細胞(Rosa26GFPまたはCAG-GFP）のインジェクションによって作られたキメラ（図1aおよび1c）に於いて、胎盤（胎児血管）あるいは卵黄嚢（卵黄嚢中胚葉）がまったく蛍光していないことだ。]

[連投11]
若山さんが取り下げ理由書でFigure 1-a,bはどちらもSTAP細胞キメラだと言い出したことはご承知のとおりです。Rosa26GFPの幹細胞キメラは作ってないとも言い出した。ワキャワカラン状態です。でもそういう問題が出る前から、このパブピアの覆面コメンテーターは何かしらGFP蛍光に関する複雑な要因による錯誤があると言ってますね。我々は若山さんは小保方さんを山梨に連れていくための手段として論文を書くようにデータを渡していたものが、理研にさらわれた結果、笹井さんの手を介して、このようなワッキャワカラン論文になったのを、若山さんはむしろ論文が落ちることを望んでレター論文との同時提出を強く主張したのだと思っていることは既述した通りです。彼はこれならリジェクトされると期待した。

[連投12]
JAKi検証に戻って、問題なのはこの実験は何をしている実験なのかということです。ESコンタミがあるのかという杜撰管理の批判を、STAP幹細胞のコンタミを心配しているのだと、レトリックでかわしながら、実際には査読者が要請しているESのコンタミが無いことを確認した実験です。それはabとcdの対比によって実証されている。でもその対比の片方に捏造があってはいけないから同時にやったということです。c,dのOct4-GFPはJAKi添加前後で光っていますね。しかし、e,fの中段のFI-SCのOct4-GFPはどちらも光ってない。これはどちらも光っていなければ主張の論旨と合いませんね。いくら拡大しても緑色蛍光は見えませんよね。見えていないことを放置していること自体が意味不明ですね。原因を知りたいんですね。何かの説明不足などというものではありませんよね。文章を書いているのは笹井さんです。途中ですが以上にしておきます。もう書きすぎたかもしれない。

[連投13](本題、前回の続きです)
笹井さんは無論、母体側と胎児側の組織が結合した胎盤(placenta)部分と胎膜(fetal membranes)が光ったと理解している。ところが小保方さんはリジェンドとグラフ図表で、胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解ですよね。
胎盤は後回しにして、先に胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解の原因究明ですが、Extenred Data Figure 1-a,b,cともに卵黄嚢(yolk sac)と明確に書かれている。この図では胎膜(fetal membranes )という言葉は一切出てこない。推測できる最初の原因は小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)だと言われてキメラを渡されているということです。この時に、若山さんが胎盤にくっついているのは卵黄嚢(yolk sac)だと言って、それは光ってて当たり前なんだよと言ってなかった場合、小保方さんが卵黄嚢(yolk sac)も光ったら不思議なのだと理解していたことは間違いないことです。

[連投14]
cの写真はそれが膜であること、そしてそこにGFPが入っていることを免染で証明したものです。これは光ってて当たり前だと小保方さんが思ってたらこんな検査実験はしません。胎盤だけでいいですよね。ところがFigure 1では胎膜(fetal membranes )=卵黄嚢(yolk sac)の理解になっています。これは最初卵黄嚢(yolk sac)と聞いていたものに対して笹井さんが胎膜(fetal membranes )と言い直したことが原因だと推測できますよね。つまり、笹井さんは驚くべきことが起きたと思っているんですから卵黄嚢(yolk sac)が光るというのはおかしいので光ったことが驚きなのは胎膜(fetal membranes )なのだから胎盤とともに光ったというのは卵黄嚢(yolk sac)じゃなくて胎膜(fetal membranes )だろうと訂正したというようなことが推測されるんですね。

[連投15]
まず注意しなければならないのはアーティクルに関してはサイエンス投稿論文ベースの12/11ヴァージョン原稿があったのですが、レター論文に関しては小保方さんの下書き程度のものしかなく、データのキャプションや図表のリジェンドなんかもない生のデータを見せられながら笹井さんが一人で原稿を書いたのではないかと推測される。こういう状況で小保方さんが後から持っているデータを添付画像やグラフとしてリジェンドをつけながら整理編集していくとこういう部分が見逃されるということがあり得ますね。ただ、その場合それにしても結構深刻なミスだと思いますが、主旨として胎盤が光ったということなので、そちらに気を取られて見逃したかもしれないですね。

[連投16]
私は実験はとても素直に行われていると思っていますから、学さんの言う通り、という思いは同じです。つまりOct4-GFPと書かれているFI-SCはあるに決まってると思っています。現にOct4-GFPは蛍光している。残されている謎はeの中段でどうして光っていないのかという問題だけですね。
桂調査チームはCTS-1がAcr-CAG-GFPマウス由来だということを遺伝子全解析して証明しました。ところがCTS-11～13に関しては何も調べていません。若山さんの実験ノートには背景が書かれてなくて、ただ、若山さんの記憶に作った記憶がないと言ってるから作られてないのではと言ってる。調べればわかることを調べもせずに無いのではと言ってる。馬鹿げてますね。

[連投17]
これと同じことは12/27テラトーマのリシピエント体細胞切り出しでも行われていて、彼らは免疫不全マウスの細胞かどうかは調べればわかるのに、調べもしないで、GFPが無いという理由だけで体細胞だと主張しているのです。我々は無論キメラ胚のリシピエント側から作られたESだと言ってます。
私が笹井さんや丹羽さんの錯誤と言っているのは、彼らの錯誤はキメラはスタンダードに作られているということを前提としていて、業務命令で、論文を通すよう依頼されていて、キメラの作成に秘密があるなんてことを疑うことはできない状況の中での錯誤だという意味です。

[連投18]
と同時に、若山さんは小保方さんが2012年12月に理研のRULとして採用される以前はただ内輪での話をしているだけです。後に小保方さんのネイチャー論文として結実した論文に関して、2012年11月までの間、世間に対して何の責任もありません。論文は世に出ていません。若山さんに責任があるとしたらこの後の行動にあるんです。
でも事件は理研がその研究を小保方さんごと引き取ったことが引き金になっている。これが無かったら若山さんのそのあとの行動も無かったんです。そして、理研はそのことをよく理解しているということですね。若山さんを非難できないんです。

[連投19]
理研の調査が恣意的なもので結論ありきはもう大体わかっているんではないでしょうか。DORAさんは早くからそれを指摘しています。彼は理系なのでこの分野での問題に理解が早いんですね。桂報告が出てすぐにもう今の結論になっています。理研の報告はほとんど嘘です。私も遅まきながらそこに関しては同じ結論になっていて、ある程度理研の判断にもやむをえない落としどころという意味で理解はあるんですが、小保方さんが博士号を剥奪されたことは余計な不正でしたね。それはそれとして、今の私の関心は小保方細胞とは何であったのか、あるいは今でも何であるのか、そしてなぜキメラは出来たのかという問いにあります。それがこのJAKi検証の謎に解が潜んでいると思ってこの学さんブログに来ている理由です。

[連投20]
これから中段のOct4-GFPはどうしてどちらも光ってないのに放置されているのか。そして胎盤そのものは本当に光ったのかという問題に深入りしていかないといけないですね。取り合えず以上です。

>>学さん
昨日投稿した[連投1]から[連投12]が反映されていません。それから<あちら>に限らずスピン屋には興味がありません。それから、私は疑問に対する答えを求めてここにきています。また、ご迷惑なら、ここに来るのはやめます。私のスタンスは結論ありきではありません。議論によって真実をつかむことです。

>>学さん
失礼しました。Ooboeさん宛の応答だったんですね。交差して誤解しました。直前とこのコメントは無視されてください。ただし[連投1]から[連投12]が存在しないのでしたら送り直しますのでご連絡ください。

>二種が混じったとされるサンプルを、小保方氏がどう調整したか？すら質問していません。小保方氏が分与されたFI細胞を解凍してサンプル調整したと答えたら、調査委員は次の質問や検証が出来るでしょうに。

御意。何が起きたかが理解できてない状況で混乱している小保方さんに対して誘導質問しているんですね。不都合な答えの返ってくる可能性のある質問はしないことによって相手に言わせないという手法ですね。無論雇用の主従関係が前提での手法で、束縛から解除された上での法廷では通用しませんけどね。小保方さんは法廷闘争が怖かったようですね。当時まだ子供心だったんですね。それと自分が何をされたかが分かってなかった。また、自分が何をしたかもわかってなかったと思います。手記を書いたことによって大人の他者には見えたことがありました。そして多分最後にはご自分で気づかれたと思っています。

1. 2019/06/01(土) 10:32:30|
2. 学さんブログ検討記録
4. | コメント:0

[回答1]
>>学さん
>この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか？他のレフェリー分もあるのですか？

お答え申し上げます。多分今からでは入手困難と思います。私は2014年の事件発生当初、慶応大の吉村教授のブログでこんな流出論文がネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーを保存しています。
これは流出させてはいけないものだが、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは思いながらも本物だということはすぐにわかりました。この吉村教授の名は後に遠藤論文の謝辞 に、I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis.とあることで若山さん側の関係者だと分かりました。

[回答2]
また、流出させた張本人は須田桃子さんの『捏造の科学者』が出版されて、302P以降にこの査読文を何人かの研究者に送ったことが書かれています。コピーの流出元は若山さんか、調査資料として保持している理研の上層関係者しかありませんが、多分松崎さんだということはOoboe さんたちはよくご存じです。
今吉村さんのブログはリニューアルされていて査読文のコピーはそこに存在してません。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようですが、それも今は見れないようです。私はPDFからの変換ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものです。レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読コメントです。

[回答3]
加えてのご質問です。
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな？

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違います。

③小保方氏は、ｍRNAを混ぜることなんてできない

上記御質問と合わせて以下の時系列をご確認ください。

[回答3]
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(2012年8月/TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日の間)
4.第二回GRASへの試料提出(2013年1月/TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のJAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

[回答4]
(FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜたJAKi検証実験のデータを小保方さんが公共データ登録したものではないかと申し上げているのが③の御質問への答えです。これを遠藤氏はTSのコンタミだとして、その根拠にSox21とElf5の発現があるからとしたことを私はそういう論拠は論理的錯覚だと申し上げたんです。Sox21とElf5はどんな条件下でもTS以外からは発現しないのか。Sox21はいろんな細胞からでていることをTs.Markerさんが示しています。Elf5はどうなんですか。誰も調べてない。遠藤さんも調べていませんね。非論理だと申し上げている。とりあえず以上ですが、私のこの件に関する疑義は続きます。もうちょっと書けそうですが危ないので明日にします。

1. 2019/06/01(土) 08:09:50|
2. 学さんブログ検討記録
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